Name: Vallahi de, bu Aralık ayında (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-12-01T00:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 12 s
Description: Keşfedin Aralık 2011 JoVE sayısındaki nörobilim ve biyoloji alanındaki görselleştirilmiş deney yöntemlerini. Bu yöntemler karmaşık biyolojik süreçleri anlamak ve araştırmaların tekrarlanabilirliğini artırmak için kullanılır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/2770">HIV Zarf Glikoproteinlerinin Moleküler Yapılarının Kriyo-Elektron Tomografisi ve Otomatik Alt Tomogram Ortalaması Kullanılarak Belirlenmesi</a></h2>
Joel R. Meyerson1, 2, Tommi A. Beyaz1, <yazı tipi rengi='siyah'>Donald Bliss3, <yazı tipi rengi='siyah'>Amy Moran3, <yazı tipi rengi='siyah'>Alberto Bartesaghi1, <yazı tipi rengi='siyah'>Mario J. Borgnia1, M. Jason V. de la Cruz1, David Schauder1, Lisa M. Hartnell1, Rachna Nandwani1, 4, Moez Dawood5, Brianna Kim6, Jun Hong Kim7, John Sununu8, Lisa Yang9, Siddhant Bhatia10, Carolyn Subramaniam1, Darrell E. Hurt11, Laurent Gaudreault12, Sriram Subramaniam1 
 1Hücre Biyolojisi Laboratuvarı, Kanser Araştırma Merkezi, Ulusal Kanser Enstitüsü, Ulusal Sağlık Enstitüleri, 2Tıbbi Araştırma Konseyi Mitokondriyal Biyoloji Birimi, Cambridge Üniversitesi, 3Ulusal Tıp Kütüphanesi, Ulusal Sağlık Enstitüleri, 4Massachusetts Teknoloji Enstitüsü, 5William Fremd Lisesi, 6Virginia Üniversitesi, 7Duke Üniversitesi, 8Yale Üniversitesi, 9Notre Dame Üniversitesi, 10St. Louis Washington Üniversitesi, 11Biyoinformatik ve Hesaplamalı Biyobilimler Şubesi, Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü, Ulusal Sağlık Enstitüleri, 12Thomas Jefferson Bilim ve Teknoloji Lisesi
Protokol, kriyo-elektron tomografisi ve 3D görüntü işleme kullanarak zar proteinlerinin yapılarını belirlemek için yüksek verimli bir yaklaşımı tanımlar. Numune hazırlama, veri toplama, veri işleme ve yorumlama ayrıntılarını kapsar ve yaklaşım için temsili bir hedef olan HIV-1 Zarf glikoproteininin üretilmesiyle sona erer. Bu hesaplama prosedürleri, araştırmacıların ve öğrencilerin uzaktan çalışmasına olanak tanıyacak ve veri işleme ve yapısal analize katkıda bulunacak şekilde tasarlanmıştır.
<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/3118">İnsan Bebeklerinde Nosisepsiyonun Elektrofizyolojik Ölçümleri ve Analizi</a></h2>
L. Fabrizi1,*, A. Worley2,*, D. Patten1, S. Holdridge1, L. Cornelissen1, J. uysal3, S. Boyd2, R. Daha sonra1, 4 
 1Sinirbilim, Fizyoloji ve Farmakoloji, University College London, 2Klinik Nörofizyoloji Anabilim Dalı, Great Ormond Street Hastanesi, 3Elizabeth Garrett Anderson Kadın Doğum Hastanesi, Üniversite Koleji Hastanesi, 4Nuffield Anestezi Bölümü, Oxford Üniversitesi
 * Bu yazarlar eşit derecede katkıda bulundular
Protokol, kriyo-elektron tomografisi ve 3D görüntü işleme kullanarak zar proteinlerinin yapılarını belirlemek için yüksek verimli bir yaklaşımı tanımlar. Numune hazırlama, veri toplama, veri işleme ve yorumlama ayrıntılarını kapsar ve yaklaşım için temsili bir hedef olan HIV-1 Zarf glikoproteininin üretilmesiyle sona erer. Bu hesaplama prosedürleri, araştırmacıların ve öğrencilerin uzaktan çalışmasına olanak tanıyacak ve veri işleme ve yapısal analize katkıda bulunacak şekilde tasarlanmıştır.
<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/3189">İletken Mürekkeplerin Düzlemsel ve Üç Boyutlu Baskısı</a></h2>
Bok Yeop Ahn1, Steven B. Yürüteç1, Scott C. Daha ince1, <yazı tipi rengi='siyah'>Analisa Russo1, <yazı tipi rengi='siyah'>Ashley Gupta1, <yazı tipi rengi='siyah'>Steve Kranz1, <yazı tipi rengi='siyah'>Eric B. Duoss1, 2, Thomas F. Malkowski1, 3, Jennifer A. Lewis1 
 1Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümü, Illinois Üniversitesi, Urbana-Champaign, 2Mikro ve Nanoteknoloji Merkezi, Lawrence Livermore Ulusal Laboratuvarı, 3Halen, Kaliforniya Üniversitesi, Santa Barbara, Geniş Bant Aralıklı Yarı İletkenler Disiplinlerarası Merkezi'nde 
İletken metalik mürekkeplerin düzlemsel ve üç boyutlu baskısı anlatılmaktadır. Yaklaşımımız, basılı elektronik, optoelektronik ve biyomedikal cihazların mikro ölçekte alışılmadık düzenlerde üretilmesi için yeni yollar sağlar.
<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/3297">Kanser Kök Hücre Migrasyonunun Kompartımanlaştırıcı Mikroakışkan Cihazlar ve Canlı Hücre Görüntüleme Kullanılarak Değerlendirilmesi</a></h2>
Yu Huang1, 2,*, Basheal Agrawal3,*, Paul A. Clark3, Justin C. Williams1, 2, 3, John S. Kuo3, 4 
 1Wisconsin-Madison Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü, 2Malzeme Bilimi Programı, Wisconsin-Madison Üniversitesi, 3Wisconsin-Madison Üniversitesi Nörolojik Cerrahi Anabilim Dalı, 4Carbone Kapsamlı Kanser Merkezi ve Kök Hücre ve Rejeneratif Tıp Merkezi, Wisconsin-Madison Üniversitesi
 * Bu yazarlar eşit derecede katkıda bulundular
Kanser kök hücre göçünü araştırmak için bölümlere ayıran bir mikroakışkan cihaz tanımlanmıştır. Bu yeni platform, uygulanabilir bir hücresel mikro ortam yaratır ve canlı hücre hareketinin mikroskobik olarak görselleştirilmesini sağlar. Yüksek derecede hareketli kanser hücreleri, agresif infiltrasyonun moleküler mekanizmalarını incelemek için izole edilir ve potansiyel olarak gelecekteki daha etkili tedavilere yol açar.
<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/3311"> Bir Farede Feromon Algılama Vomeronazal Akut Doku Dilimi Hazırlama</a></h2>
Julien Brechbühl1, Gaëlle Luyet1, Fabian Moine1, Ivan Rodriguez2, Marie-Christine Broillet1 
 1Lozan Üniversitesi, Farmakoloji ve Toksikoloji Anabilim Dalı, 2Genetik ve Evrim Anabilim Dalı, Cenevre Üniversitesi
Farelerde, feromonları tespit etme yeteneğine esas olarak vomeronazal organ (VNO) aracılık eder. Burada, kalsiyum görüntüleme yapmak için VNO'nun akut doku kesiti preparatı anlatılmaktadır. Bu fizyolojik yaklaşım, canlı bir dokudaki alt popülasyonların ve/veya bireysel nöronların gözlemlenmesine izin verir ve reseptör-ligand tanımlaması için uygundur.
<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/3380">Kronik İn Vivo Optogenetik Stimülasyon için Yetişkin Doğumlu Koku Nöronlarının Seçici Viral Transdüksiyonu</a></h2>
Gabriel Lepousez, Mariana Alonso, Sebastian Wagner, Benjamin W. Gallarda, Pierre-Marie Lledo 
 Algı ve Hafıza Laboratuvarı, Institut Pasteur ve Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Koku soğancığının yetişkin doğumlu nöronları, rostral göç akımında Channelrhodopsin2 eksprese eden lentiviral enjeksiyon ve implante edilmiş bir minyatür LED ile kronik fotostimülasyon kullanılarak optogenetik olarak kontrol edilebilir.
<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/3404">Genetik Olarak Kodlanmış Bir Kalsiyum Sensörünü İfade Eden Vomeronazal Organın Kesit Preparatlarında Nöronal Yanıtların Görüntülenmesi</a></h2>
Limei Ma1, Sachiko Haga-Yamanaka1, Qingfeng Elden Yu1, Qiang Qiu1, SangSeong Kim1, C. Ron Yu1, 2 
 1Stowers Tıbbi Araştırma Enstitüsü, 2Anatomi ve Hücre Biyolojisi Anabilim Dalı, Kansas Üniversitesi Tıp Fakültesi
Vomeronazal organ (VNO), sosyal ve üreme bilgilerini ileten tür içi kimyasal sinyalleri algılar. VNO dokusunda G-CaMP2 eksprese eden transgenik fareler kullanarak Ca2+ görüntüleme deneyleri gerçekleştirdik. Bu yaklaşım, vomeronazal nöronların çok sayıda feromon uyaranına karmaşık tepki modellerini analiz etmemizi sağlar.
<h2 class="jove_title"><a href="https://www.jove.com/video/3438">İzole Kontraktil Lenfatiklerde Sitozolik Ca2+ Ölçümü</a></h2>
Flavia M. Souza-Smith, Kristine M. Kurtz, Jerome W. Breslin Belediyesi 
 Louisiana Eyalet Üniversitesi Sağlık Bilimleri Merkezi, Tıp Fakültesi, Fizyoloji Anabilim Dalı
Lenfatik düz kas kasılmasının Ca2+ bağımlı ve Ca2+ duyarlılaştırıcı mekanizmalarını incelemek için izole lenfatiklerde sitozolik Ca 2+ konsantrasyonunu değerlendirmek için bir yaklaşım sunuyoruz.

vallahi de, bu aralık ayında

December 2011: This Month in JoVE

The Journal of Visualized Experiments (JoVE), 2011 yılını, viral enfeksiyon yolunun kritik bir bileşeni olan HIV zarf glikoproteinlerinin yapısını görselleştirmeyi ele alan bir makale ile Dünya AIDS Günü'nü onurlandırarak başlayan bir Aralık sayısıyla kapatıyor.
Virion zarf yapısını belirlemek için anahtar yöntemlerden biri kriyo-elektron tomografisidir. Bu tekniği kullanmadan önce, çözünür virüsün bir altın ızgara üzerinde vitrifiye edilmesi gerekir - bu, viral bir süspansiyona altın eklenmesini, bu süspansiyonun ızgaraya aktarılmasını ve ızgaranın sıvı etan içine daldırılmasını içeren bir işlemdir. Izgaranın üzerinde ince bir sıvı tabakası halinde bulunan virüs parçacıkları, saniyede 100.000 K'den daha yüksek bir hızda donar. Vitrifikasyonu takiben, toplanan numuneler elektron mikroskobuna yüklenir ve ızgara eğilirken ızgara üzerinde kesin olarak tanımlanmış bölgelere odaklanmış bir elektron ışını ile vurulur. Bu görüntüleme seanslarından elde edilen eğim serisi, tek tek zarf proteinlerini çözmek için hizalanması ve ortalamasının alınması gereken yüzlerce ayrı görüntüden oluşur. Bu hesaplama açısından yoğun süreç, genellikle NIH'nin Biowulf'u gibi uzaktan erişimli paralel işleme yeteneğine sahip bilgisayar kümeleri gerektirir.
Bir kez tamamlandığında, 3D modeller yalnızca zarf glikoproteinlerinin yapısı hakkında bilgi sağlamakla kalmaz, aynı zamanda aşı tasarımını büyük ölçüde etkileyebilecek bilgi olan nötralize edici antikor B12 gibi diğer proteinlerle nasıl etkileşime girdiklerini de ortaya çıkarabilir.
Dr. Sriram Subramaniam'ın laboratuvarından çıkan bu makale, yalnızca lisansüstü öğrenciler ve doktora sonrası öğrenciler değil, aynı zamanda ortaokul ve lise öğrencileri de dahil olmak üzere yirmi yazarın katkılarını içeriyor ve dünya çapında 60 milyondan fazla insanı enfekte eden bir hastalığa karşı mücadelede bir etki yaratmak için asla çok genç olmadığınızı gösteriyor.
Clinical and Translational Medicine'de JoVE, University College London ve Oxford Üniversitesi'nden bebeklerde nosisepsiyon veya ağrı hissinin fizyolojik ilişkilerini araştıran bir makale sunuyor. Tipik olarak, bebekler ağlayarak ve yüz ifadelerini değiştirerek zararlı uyaranlara yanıt verirler - otonomik olduğu düşünülen ve beynin subkortikal bölgelerine bağlı olduğu düşünülen reaksiyonlar.
Bebek nosisepsiyonunda serebral korteks ve omuriliğin tutulumunu anlamak için yazarlarımız öncelikle bebekleri EEG ve EMG kayıtlarına hazırlar. Ayrıca, bebeğin yüz ifadelerinin fizyolojik verilerle ilişkilendirilebilmesi için fizyolojik izleme ve video kaydı da kurarlar. Bebeklerin nötr dokunsal uyaranlara verdiği tepkilerin değerlendirilmesinin ardından bebek, bebeklerden kan örnekleri almak için kullanılan klinik bir prosedür olan topuk delme işlemine tabi tutulur. Veri işlemeden sonra, bu bebeklerde zararlı ve zararlı olmayan uyaranlar arasında elektriksel potansiyeller karşılaştırılabilir ve bu da nosiseptif bilginin yenidoğanlar tarafından nasıl yorumlandığına dair anlamlı sonuçlara yol açacaktır.
JoVE'nin Biyomühendislik bölümü, Aralık ayında Wisconsin Üniversitesi, Madison'dan kanser kök hücre göçünü incelemek için bölümlere ayrılmış bir mikroakışkan cihazın imalatını içeren bir makale ile daha klinik bir odak noktası haline geliyor. Cihaz tasarımını takiben, şeffaf ve biyolojik olarak inert bir organosilikon bileşiği olan poli dimetil siloksan (PDMS) uygulaması için fotolitografi ile ana kalıplar oluşturulur ve bu da onu canlı hücrelerle mikroakışkan uygulamalar için uygun hale getirir. Spesifik olarak, yazarlarımız, oldukça kötü huylu bir beyin kanseri olan multiform glioblastomdan türetilen tümör kök hücrelerini bölümlere ayrılmış cihazlara yükler ve daha sonra bunları birkaç gün içinde veri toplayan özel bir görüntüleme sistemine yerleştirir. 
Bu yazarlardan alınan hızlandırılmış video, kanser kök hücrelerinin, interstisyel boşlukta olduğu gibi, boyut kısıtlı mikroakışkan kanallarda morfolojilerini düzenleyebildiğini ve bunun gibi odacıklar tarafından mümkün kılınan akışkan izolasyonunun, kanser kök hücre göçünü etkileyebilecek potansiyel terapötikler için ilaç taramasını kolaylaştırdığını göstermektedir.
Ayın sonlarında JoVE, Pasteur Enstitüsü ve Centre National de la Recherche Scientifique'den araştırmacıların, ışıkla aktive olan bir iyon kanalı olan kanal-rodopsin'in farelerin koku soğancığına ekspresyonunu ve ardından minyatür bir ışık yayan diyot (LED) kullanarak nöronal stimülasyonu indüklemek için bir yöntemi gösterdiği Fransa'ya gidiyor.
Yazarlarımız, enjeksiyon iğnelerinin hazırlanması ve virüsün yetişkin doğumlu nöroblastlar için bir göç bölgesi olan rostral göç akımına hassas bir şekilde enjekte edilmesi için ayrıntılı adım adım talimatlar veriyor. Ayrıca, minyatür LED stimülasyon cihazlarının nasıl üretildiğini, kalibre edildiğini ve ampulün üzerine hazırlanan bir kraniyal pencerenin üzerine nasıl yerleştirildiğini gösterirler. Özellikle, yazarlarımız yetişkin doğan nöronların mevcut koku alma nöronal devrelerine nasıl entegre olduklarıyla ilgileniyorlar ve uyanık davranan hayvanlarda LED stimülasyonunun, koku alma ampulünde viral olarak uyarılmış nöroblastların aktivasyonuna yol açabileceğini gösteriyorlar. rostral göç akımından göç etmiştir.
Bu video makaleler, JoVE'nin Aralık ayında öne çıkan özelliklerini içeriyor. Yaklaşan diğer kayda değer makaleler, iletken mürekkeplerin mikroelektrotlara modellenmesi, kontraktil lenfatiklerde sitozolik kalsiyumun ölçülmesi ve vomeronazal organdaki feromonlara nöronal tepkilerin görüntülenmesi için yöntemleri göstermektedir.

Vallahi de, bu Aralık ayında

The Journal of Visualized Experiments (JoVE), 2011 yılını, viral enfeksiyon yolunun kritik bir bileşeni olan HIV zar glikoproteinlerinin yapısının görselleştirilmesini ele alan bir makale ile Dünya AIDS Günü'nü onurlandırarak başlayan Aralık sayısı ile kapatıyor. Virion zar yapısını belirlemede temel yöntemlerden biri kriyoelektron tomografidir. Bu teknik kullanılmadan önce, çözünür virüs altın bir ızgara üzerinde vitrifiy edilmelidir; bu işlem, viral süspansiyona altın eklenmesini, bu süspansiyonun ızgaraya aktarılmasını ve ızgaranın sıvı etana daldırılmasını içerir. Izgaranın üzerindeki ince bir sıvı film tabakasında bulunan virüs partikülleri, saniyede 100.000 K'den daha yüksek bir hızla dondurulur. Vitrifikasyonun ardından, toplanan örnekler elektron mikroskobuna yüklenir ve ızgara eğilirken, ızgara üzerindeki hassas şekilde tanımlanmış bölgelere odaklanmış bir elektron demeti uygulanır. Bu görüntüleme oturumlarından elde edilen eğim serisi, tekil zar proteinlerini çözümlemek için hizalanması ve ortalamasının alınması gereken yüzlerce bireysel görüntüden oluşur. Hesaplama açısından yoğun olan bu süreç, genellikle NIH'nin Biowulf sistemi gibi uzak erişimli paralel işlemeye uygun bilgisayar kümeleri gerektirir. Tamamlandığında, oluşturulan 3D modeller yalnızca zar glikoproteinlerinin kendi yapıları hakkında içgörü sağlamakla kalmaz, aynı zamanda bunların nötralize edici B12 antikoru gibi diğer proteinlerle etkileşim biçimlerini de ortaya çıkarabilir; bu bilgiler aşı tasarımını büyük ölçüde etkileyebilecek niteliktedir. Dr. Sriram Subramaniam'ın laboratuvarından çıkan bu makale, yalnızca lisansüstü öğrenciler ve doktora sonrası araştırmacıların değil, aynı zamanda ortaokul ve lise öğrencilerinin de katkılarını içermekte olup, dünya genelinde 60 milyondan fazla insanı enfekte etmiş bir hastalığa karşı verilen mücadelede etki yaratmak için hiçbir zaman çok genç olunmadığını göstermektedir. Klinik ve Translasyonel Tıp alanında JoVE, University College London ve University of Oxford'dan, bebeklerde nosisepsiyonun veya ağrı duyusunun fizyolojik korelatlarını inceleyen bir makale sunmaktadır. Tipik olarak bebekler, ağlamak ve yüz ifadelerini değiştirmek suretiyle zararlı uyarılara tepki verirler; bu reaksiyonların otonom olduğu ve beynin subkortikal bölgelerine dayandığı kabul edilir. Bebek nosisepsiyonunda serebral korteks ve omuriliğin rolünü anlamak için yazarlar öncelikle bebekleri EEG ve EMG kayıtlarına hazırlar. Ayrıca, bebeğin yüz ifadelerinin fizyolojik verilerle ilişkilendirilebilmesi için fizyolojik izleme ve video kaydı sistemlerini kurarlar. Bebeğin nötr taktil uyarılara verdiği yanıtların değerlendirilmesinin ardından, bebeklerden kan örneği almak için kullanılan klinik bir prosedür olan topuk lansiyonuna tabi tutulur. Veri işlemenin ardından, bu bebeklerde zararlı ve zararsız uyarılar arasındaki elektriksel potansiyeller karşılaştırılabilir; bunun, nosiseptif bilgilerin yeni doğanlar tarafından nasıl yorumlandığına dair anlamlı sonuçlara yol açması umulmaktadır. JoVE'nin Biyoengineering bölümü, Aralık ayında University of Wisconsin, Madison'dan, kanser kök hücresi migrasyonunu incelemek için bölmelere ayrılmış bir mikroakışkan cihazın fabrikasyonunu içeren bir makale ile daha klinik bir odak noktası benimsemektedir. Cihaz tasarımının ardından, şeffaf ve biyolojik olarak inert bir organosilikon bileşiği olan ve bu özelliğiyle canlı hücrelerle yapılan mikroakışkan uygulamaları için uygun olan polidimetilsiloksan (PDMS) uygulaması için fotolitografi ile ana kalıplar oluşturulur. Yazarlar, yüksek derecede malign bir beyin kanseri olan multiform glioblastomdan türetilen tümör kök hücrelerini bölmelere ayrılmış cihazlara yükler ve ardından bunları birkaç gün boyunca veri toplayan özel bir görüntüleme sistemine yerleştirirler.

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Keşfedin Aralık 2011 JoVE sayısındaki nörobilim ve biyoloji alanındaki görselleştirilmiş deney yöntemlerini. Bu yöntemler karmaşık biyolojik süreçleri anlamak ve araştırmaların tekrarlanabilirliğini artırmak için kullanılır.

Vallahi de, bu Aralık ayında (Video) | JoVE Journal

Aaron Kolski-Andreaco

Vallahi de, bu Aralık ayında

Daha fazla video keşfet