Name: Genom çapında Gen Delesyonlar içinde Streptococcus sanguinis Yüksek Verimli PCR ile (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-11-23T13:00:00.000+00:00
Duration: 14 min 7 s
Description: Öğrenin Streptococcus sanguinis'te genom çapında tek gen delesyonları oluşturma yöntemini. Yüksek verimli PCR ve dönüşüm teknikleri kullanılarak gen fonksiyonları hızlıca incelenebilir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, Virginia Commonwealth Üniversitesi Başkanlık Araştırma Teşvik Programı (PRIP) 144602-3 (PX) tarafından, Sağlık (PX) Ulusal Enstitüleri ile hibe R01DE018138 tarafından kısmen desteklenmiştir. Biz Dr teşekkür ederim. Lei Chen, genom çapında mutantların inşaatı ile yardım için Yuetan Dou ve Wang Xiaojing. Biz de DNA dizi için Virginia Commonwealth Üniversitesi&#39;nde DNA Çekirdek Tesis ederim.

1. Primer Tasarım <ol><li> Astarlar S. dayalı ev komut kullanılarak tasarlanmıştır sanguinis SK36 genom dizisi. Primerler, F1/R1, F2/R2, ve F3/R3 üç set hedef gen, APHA-3 kodlaması, kanamisin e dirençli gen (Km r) protein 3 ve 1 1-kb yukarısında sekans amplifikasyonu için tasarlanmış sırasıyla, hedef gen, bir-kb aşağı sekansı (Şekil 1). Bu primerler arasında, F1 ve R3 programları EMBOSS paketi (içinde ePrimer3 kullanılarak tasarlanmıştır <a href="http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/index.html" target="_blank">http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/index.html</a> hedefin yukarı veya aşağı komşu bölgeleri yükseltmek için) Gen. Gene özgü primerler, R1 ve F3, 5 &#39;ve 3&#39; dizileri hedef genin bağlı olarak tasarlanmıştır. R1 ve F3 primerler APHA-3 tamamlayıcı olan kendi 5 &#39;ucunda 25 bp&#39;lik adaptör dizisi içerenGen. Her bir primerin erime sıcaklığına yakın olan bir ila 60 ° C 96-gözlü formata bütün PCR reaksiyonları için tavlama sıcaklık üniform bir kullanımını sağlamaktır. Olacak şekilde tasarlanmıştır </li><li> F1, R1, F3 ve R3, primerler bir gen sırasına göre 96 oyuklu levhalar içinde sentezlendi. Her bir plaka, aynı gen için primerlerin bir türünü içerir. Çok kanallı bir pipet kullanılarak PCR amplifikasyonu için 10 uM&#39;lik bir son konsantrasyon 96-kuyu çalışma astar levha içinde primerler seyreltilir. </li></ol> 2. Yüksek throughput PCR Amplifikasyon ve Saflaştırılması <ol><li> High-throughput yükseltmek için 1-kb yukarısında veya hedef S. mansap sanguinis genler, 1640 ul GKD 2 O, 250 ul 10xHigh Fidelity PCR Tamponu, 10 mM dNTP karışımı 200 ul, 50 mM 100 ul MgSO4, 100 ul ihtiva eden bir 15-ml konik bir tüp içinde buz üzerinde bir PCR kokteyl karışım birleştirmek 10 ul / ng S. sanguinis SK36 genomik DNA ve 10 ul Platin Taq DNA polymerase yüksek sadakat ve transferi çok kanallı pipet kullanarak 96-PCR plaka üzerinde her kuyuya karışımı 23 ul. Kanallı bir pipet kullanılarak PCR plaka için astar plakalar çalışan 10 uM her F1 ve R1, (ya da F3 ve R3 taban düzenekleri) 1 ul aktarın. PCR plate Mühür ve 1.5 dk 30 sn ve 68 ° C 30 sn 1 dk ve 94 ° C 30 döngü, 54 ° C için 94 ° C&#39;de amplifikasyon gerçekleştirin. </li><li> % 1 agaroz jel 48 kuyu montaj kanallı pipet yükleme ile etidyum bromür içeren hazırlayın. 96-plaka üzerine 5xDNA yükleme tamponu 1 ul 4 ul PCR ürünü karıştırın ve 10-ul kanallı pipet kullanarak agaroz jel üzerinde örnekleri yükleyebilirsiniz. 30 dakika için 135 V elektroforez çalıştırın. UVP dokümantasyon ve analiz sistemi altında jel üzerinde bant inceleyin. </li><li> Üreticinin talimatlarına göre santrifüj kullanılarak PureLink 96 PCR saflaştırma kiti ile PCR ürünleri arındırın. DNA salınımlı için, b kuyuya 40 ul steril GKD 2 O ekleyinplaka inding. </li><li> Rasgele Nanodrop spektrofotometre kullanılarak DNA konsantrasyonları incelemek için plaka üzerinde birçok saflaştırılmış amplikonlarının almak. Plaka üzerinde amplikonlarının konsantrasyon ayarlama için ~ ul / 10 ng. </li><li> Bir plazmid içeren Km r kaset PCR şablon olarak EcoR ben kullanılarak sindirilir. Sindirilen plazmid QIAquick PCR saflaştırma kiti ile arındırıldı ve doğrusal plazmid DNA son DNA konsantrasyonu 10 ng / ml &#39;den ayarlanır. SO 16.4 ul GKD 2 O, 2.5 ul 10xHigh Fidelity PCR Tamponu, 10 mM dNTP karışımı 2 ul 50 mM Mg 1 ul içeren Km r kaset amplikon için 25 ul karışım birleştirin 4, 10 uM, F2, 1 ul 1 ul 10 uM R2, 1 ul doğrusal plazmid DNA ve 0.1 ul Platin Taq DNA polimeraz yüksek aslına uygunluk. ° C 1 dakika, 30 saniye ve 68 saniye için 30 için 1 dakika, ve 94 ° C&#39;de 30 döngü, 55 ° C de 94 ° C &#39;de PCR amplifikasyon gerçekleştirin. % 1 agaroz jel elektroforezi ile PCR ürünü inceleyin. PooQIAquick PCR saflaştırma kiti ile 10 ayrı PCR saflaştırılmış gelen Km r kaset Amplikon la toplu. 10 ng / ul Amplikon konsantrasyonunu ayarlayın. </li><li> Son lineer rekombinant PCR amplikon elde etmek için, üç PCR amplikonlarının de PCR şablon olarak bir PCR plate her 1 ul (yaklaşık eşit molar miktarlarda) ile birleştirilir. Diğer bileşenler PCR SO 14.4 ul GKD 2 O, 2.5 ul 10xHigh Fidelity PCR Tamponu, 10 mM dNTP karışımı 2 ul 50 mM Mg 1 ul da dahil olmak üzere eklenir 4, 10 uM F1 1 ul, 10 uM, R3 1 ul, 0.1 ul Platinum Taq DNA polimeraz yüksek sadakat. PCR amplifikasyon 4 dk için 3.5 dakika ve son olarak da 68 ° C 30 sn için ve 68 ° C, 30 saniye 55 ° C, 2 dakika, 94 ° C&#39;de 30 döngü için 94 ° C sıcaklıkta gerçekleştirilir. </li><li> Agaroz jel üzerinde PCR amplikonlar inceleyin. Arındırmak ve yukarıda tarif edildiği gibi PCR amplikonlar ölçülmesine imkan verirler. -20 ° C&#39;de rekombine PCR amplikonlarının dondurun </li></ol> 3. Competent Hücreler Hazırlık <ol><li> Todd Hewitt et suyu hazır hale getirilir, oda sıcaklığına kadar soğutuldu ve 0.22 um filtre polistiren 4 kullanarak sterilize sonra kaynamaya kadar ısıtıldı ve 10 N NaOH kullanılarak 7.6 pH değeri ayarlanmış. TH + HS orta telafi etmek için 15 ml konik tüp içinde 11.7 ml Todd Hewitt suyuna 300 ul ısı inaktive at serumu (% 2.5 final konsantrasyon) ekleyin. Tablet TH + HS orta 2 ml ve tüpler 10 ml içine. </li><li> Stokta S. 5 ul inoküle sanguinis SK36 2 ml TH + HS ortama -80 ° C&#39;de dondurulmuş ve 37 sıkıca kapatma ile gecede kültür inkübe 10 ml-TH + HS tüp pre-kuluçkaya eşliğinde ° C,. </li><li> Gece boyunca sonra, 10 ml TH + HS içine 50 ul kültür aktarmak ve 3 saat (0,07-0,08 OD 660 tekabül eder), 37 ° C de inkübe tüp, hemen dönüşüm için kullanarak. </li></ol> 4. Hücre Dönüşüm ve Antibiyotik Seçimi <ol><li> 70 ng S. 2 ul ekleyin sanguinis SK36 yetsistans uyarıcı peptid (CSP) ve 37 blok 96-iyi ve onları ön ısıtma üzerine Eppendorf tüplerine 2 ul doğrusal rekombinant PCR amplikon (~ 50 ng) ° C Her tüpe 3 sa-inkübatöre SK36 kültürün 330 ul aktarın. 1 saat boyunca 37 ° C&#39;de inkübe edin. Kontrol olarak steril GKD 2 O ile DNA değiştirin. </li><li> Buz bloğu yerleştirin ve 500 mg / ml kanamisin beyin kalp infüzyon (BHI) agar plaka üzerinde her dönüşümün 100 ul yayıldı. Mikroaerobik koşullar altında 2 d, 37 ° C de inkübe plakaları. </li></ol> 5. Mutant Onay ve Depolama <ol><li> Her yedek mutant için, rastgele, 2 ayrı koloniler pick up 5 ml BHI 500 mg / ml kanamisin içeren haline koloni aşılamak ve 37 microaerobically gecede inokulum inkübe ° C -80% 30 gliserol, her kültür Cryopreserve ° C </li><li> Beklenen gen replasman içeren mutant, koloni her mutant kullanarak F1 için PCR ve R3 gerçekleştirmek olmadığını incelemek için96-kuyulu plakalı olarak PCR primerleri. Tek koloni ila yaklaşık 1 ul gece boyunca kültür 25 ul PCR amplifikasyon reaksiyonu içinde şablon DNA olarak kullanılmıştır. PCR ° C&#39;de 3.5 dakika ve son olarak da 68 ° C&#39;de 4 dakika için 30 saniye ve 68 için 30 saniye, 55 ° C&#39;de 5 dakika, 94 ° C&#39;de 35 döngü için 94 ° C sıcaklıkta gerçekleştirilir. </li><li> Tam çift bant mutantlar veya kirletici PCR amplikon tanımlamak için, etidyum bromid boyama ile&gt; 12 cm uzunluğunda% 2&#39;lik agaroz jel üzerinde 4 saat elektroforez ile PCR amplikon inceleyin. Bu agaroz jel elektroforez koşulu altında, ≥ 100 bp farkı ile herhangi amplikonlarının açıkça belirlenmiştir. Km r kaset amplifikasyon ve vahşi türdeki kaynaklanan bantları bir iç T1 astar vahşi tip geni PCR ile tespit edilebilir olup olmadığını belirlemek için kullanılır &lt;100 bp, göre farklı beklenen zaman. </li><li> İlave Silme işlemini onaylamak için, amplikonlarının PureLink 96 PCR saflaştırma kiti ile saflaştırılmış ve hangi P1 astar kullanılarak dizilerekKm r kaseti bağlanır. Sekanslama tarafından onaylandıktan sadece doğru mutantlar tutun. </li></ol>

<ol><li>Sassetti, C. M., Boyd, D. H., Rubin, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genes+required+for+mycobacterial+growth+defined+by+high+density+mutagenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genes required for mycobacterial growth defined by high density mutagenesis.</a> Mol. Microbiol. 48, 77-84 (2003).</li>
<li>Kobayashi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Essential+Bacillus+subtilis+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Essential Bacillus subtilis genes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 4678-4683 (2003).</li>
<li>Trieu-Cuot, P., Courvalin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleotide+sequence+of+the+Streptococcus+faecalis+plasmid+gene+encoding+the+3%275%22-aminoglycoside+phosphotransferase+type+III%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">Nucleotide sequence of the Streptococcus faecalis plasmid gene encoding the 3'5"-aminoglycoside phosphotransferase type III.</a> Gene. 23, 331-341 (1983).</li>
<li>Paik, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+virulence+determinants+for+endocarditis+in+Streptococcus+sanguinis+by+signature-tagged+mutagenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Infect.+Immun%22%5BJournal%5D)">Identification of virulence determinants for endocarditis in Streptococcus sanguinis by signature-tagged mutagenesis.</a> Infect. Immun. 73, 6064-6074 (2005).</li>
<li>Lukomski, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonpolar+inactivation+of+the+hypervariable+streptococcal+inhibitor+of+complement+gene+%28sic%29+in+serotype+M1+Streptococcus+pyogenes+significantly+decreases+mouse+mucosal+colonization%5BTitle%5D)+AND+%22Infect.+Immun%22%5BJournal%5D)">Nonpolar inactivation of the hypervariable streptococcal inhibitor of complement gene (sic) in serotype M1 Streptococcus pyogenes significantly decreases mouse mucosal colonization.</a> Infect. Immun. 68, 535-542 (2000).</li>
<li>Baba, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+Escherichia+coli+K-12+in-frame%2C+single-gene+knockout+mutants%3A+the+Keio+collection%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Syst.+Biol%22%5BJournal%5D)">Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants: the Keio collection.</a> Mol. Syst. Biol. 2, (2006).</li>
<li>de Berardinis, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+complete+collection+of+single-gene+deletion+mutants+of+Acinetobacter+baylyi+ADP1%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Syst.+Biol%22%5BJournal%5D)">A complete collection of single-gene deletion mutants of Acinetobacter baylyi ADP1.</a> Mol. Syst. Biol. 4, 174(2008).</li>
<li>Rodriguez, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physiological+and+molecular+characterization+of+genetic+competence+in+Streptococcus+sanguinis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Oral.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Physiological and molecular characterization of genetic competence in Streptococcus sanguinis.</a> Mol. Oral. Microbiol. 26, 99-116 (2011).</li>
<li>Perry, D., Kuramitsu, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+transformation+of+Streptococcus+mutans+Infect%5BTitle%5D)+AND+%22Immun%22%5BJournal%5D)">Genetic transformation of Streptococcus mutans Infect.</a> Immun. 32, 1295-1297 (1981).</li>
<li>Pakula, R., Walczak, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+nature+of+competence+of+transformable+streptococci%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Gen.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">On the nature of competence of transformable streptococci.</a> J. Gen. Microbiol. 31, 125-133 (1963).</li>
<li>Datsenko, K. A., Wanner, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((One-step+inactivation+of+chromosomal+genes+in+Escherichia+coli+K-12+using+PCR+products%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 6640-6645 (2000).</li>
<li>Xu, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+essential+gene+identification+in+Streptococcus+sanguinis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Genome-wide essential gene identification in Streptococcus sanguinis.</a> Sci. Rep. 1, (2011).</li>
</ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

İlk astar tasarımı sırasında komşu genler üzerinde dışsal antibiyotik gen ile bir hedef genin değiştirilmesi mümkün polar etkilerini en aza indirmek için, iki adım alınır. Silinen genlerin çoğu için, primerler R1 ve F3 önce stop kodonu ile 30 bp için başlangıç ​​kodonu takip eden 6 bp gelen kodlama bölgesindeki silmek için tasarlanmıştır. Son 30 baz çifti bitişik aşağı gen tarafından kullanılan potansiyel ribozomal bağlanma yeri korumak için korunur. Iki komşu genler arasındaki muhafaza bölge onlar zıt yönlerde bulunan ...

<table border="1"&gt;<tbody&gt;<tr&gt;<td<strong&gt; İsimler</strong</td&gt;<td<strong&gt; Şirket</strong</td&gt;<td<strong&gt; Katalog #</strong</td&gt;<td<strong&gt; Yorumlar (isteğe bağlı)</strong</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar F2</td&gt;<td&gt; Entegre DNA Teknolojileri</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; TGACTAACTAGGAGGAATAAATG<br/&gt; GCTAAAATGAGAATAT</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar R2</td&gt;<td&gt; Ibid</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; CATTATTCCCTCCAGGTACTAAAA<br/&gt; CAATTCATCCAGT</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar F2P</td&gt;<td&gt; Ibid</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; GATAAACCCAGCGAACCATTTGA</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar P1</td&gt;<td&gt; Ibid</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; GCTTATATACCTTAGCAGGAGACA</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar P2</td&gt;<td&gt; Ibid</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; GTATGACATTGCCTTCTGCGTCC</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar 5 &#39;end_R1_seq</td&gt;<td&gt; Ibid</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; GCCATTTATTCCTCCTAGTTAGTCA</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar 5 &#39;end_F3_seq</td&gt;<td&gt; Ibid</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; GTTTTAGTACCTGGAGGGAATAATG</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Astar 5 &#39;end_R1p_seq</td&gt;<td&gt; Ibid</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; CCTCAAATGGTTCGCTGGGTTTATC</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; CSP</td&gt;<td&gt; Synprep</td&gt;<td</td&gt;<td&gt; Dizi: NH2-DLRGVPNPWGWIFGR-COOH</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; DNA Polimeraz</td&gt;<td&gt; Invitrogen</td&gt;<td&gt; 11304-102</td&gt;<td&gt; Platinum Taq DNA Polimeraz High Fidelity</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; EcoRI</td&gt;<td&gt; New England Biolabs Inc</td&gt;<td&gt; R0101S</td&gt;<td&gt; Restriksiyon enzimi</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Agar</td&gt;<tdBiyoanalitik&gt; Amerikan</td&gt;<td&gt; AB01185</td&gt;<td</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Agaroz</td&gt;<td&gt; Promega</td&gt;<td&gt; V3125</td&gt;<td</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; BHI</td&gt;<td&gt; BD Biosciences</td&gt;<td&gt; 237.500</td&gt;<td&gt; Beyin Kalp İnfüzyon</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; At serumu</td&gt;<td&gt; Fisher Scientific</td&gt;<td&gt; SH3007403</td&gt;<td&gt; At serumu</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Km</td&gt;<td&gt; Fisher Scientific</td&gt;<td&gt; BP906-5</td&gt;<td&gt; Kanamisin</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; TH broth</td&gt;<td&gt; BD Biosciences</td&gt;<td&gt; 249.240</td&gt;<td&gt; Todd Hewitt broth</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; PureLink 96</td&gt;<td&gt; Invitrogen</td&gt;<td&gt; K310096</td&gt;<td&gt; PureLink 96 PCR saflaştırma kiti</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; QIAquick</td&gt;<td&gt; Qiagen</td&gt;<td&gt; 28106</td&gt;<td&gt; QIAquick PCR saflaştırma kiti</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Filtre</td&gt;<td&gt; Corning</td&gt;<td&gt; 431.117</td&gt;<td&gt; 0.22 mikron polistiren filtre</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Anoxomat Sistemi</td&gt;<td&gt; Mart Mikrobiyoloji bv</td&gt;<td&gt; Anoxomat Mark II</td&gt;<td</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Masa Üstü Santrifüj</td&gt;<td&gt; Thermo Scientific</td&gt;<td&gt; 75004377</td&gt;<td&gt; Sorvall Legend RT Plus mikroplaka rotor</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Jel Dökümantasyon</td&gt;<td&gt; UVP LLC</td&gt;<td&gt; BioDoc-O 210</td&gt;<td</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; İnkübatör</td&gt;<td&gt; Fisher Scientific</td&gt;<td&gt; 11-690-625D</td&gt;<td&gt; Isotemp</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Labnet kullanıcısının Jel XL</td&gt;<td&gt; Labnet</td&gt;<td&gt; E0160</td&gt;<td&gt; Labnet kullanıcısının Jel XL</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Mikrosantrifüj</td&gt;<td&gt; Eppendorf</td&gt;<td&gt; 22621408</td&gt;<td&gt; Mikrosantrifüj 5415 R</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Çok Kanallı pipetler</td&gt;<td&gt; Termo scientfic</td&gt;<td&gt; 4661040, 4661020</td&gt;<td&gt; Finnpipette F1</td&gt;</tr&gt;<tr&gt;<td&gt; Termal Cycler</td&gt;<td&gt; Uygulamalı Biosystems Inc</td&gt;<td&gt; N805-0200</td&gt;<td&gt; GeneAmp PCR sistemi 9700</td&gt;</tr&gt;</tbody&gt;</table

genom çapında gen delesyonlar içinde<em&gt; streptococcus sanguinis</em&gt; yüksek verimli pcr ile

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Transposon mutagenez ve tek gen delesyonu bakteriler 1,2 genom gen nakavt uygulanan iki yöntem vardır. Transposon mutagenesis, daha az zaman alan daha az maliyetli ve tamamlanmış genom bilgi gerekli değildir olmasına rağmen, bu yöntem iki zayıf vardır: azalma ile rekabet mutantlar karşı seçer ve bu karışık mutant kütüphanesi içinde bir farklı mutantların (1) olasılığı; ve (2) kısmi gen inaktivasyonu olasılığını sayede genlerin tamamen transposonun yerleştirilmesinin ardından kendi işlevini kaybetmek yok. Tek gen silme analizi transpozon mutasyon ile ilgili dezavantajları telafi edebilir. Genom tek gen delesyonu verimini artırmak için, bir model organizma olarak Streptococcus sanguinis kullanarak genom tek gen delesyonu için yüksek-throughput tekniği kurmaya çalışacaktır. Her gen delesyonu S. inşa sanguinis genom 1 ihtiva şekilde tasarlanmıştırHedefli gen, APHA-3 geni kodlayan, kanamisin e dirençli protein ve hedeflenen gen 1-kb akış aşağı-yukarı kb. Primerler F1/R1, F2/R2, ve F3/R3 üç set, sırasıyla tasarlanmış ve her bir silme, bu üç parçalarını inşa PCR büyütmesi için-96-kuyucuklu bir plaka biçiminde sentezlenir. Primerler, R1 ve F3 kendi 5 &#39;ucunda APHA-3 gen bölgeleri için tamamlayıcı olan 25-bp sekanslar içerir. APHA-3 geninin büyük ölçekli bir PCR amplifikasyon tüm tek gen silme yapıları oluşturmak için bir kez gerçekleştirilir. APHA-3 geninin promotörü başlangıçta kanamisin kaseti potansiyel kutup etkisini en aza indirmek için dahil edilir. Gen silme yapıları oluşturmak için yüksek verimli, PCR saflaştırma 96 çukurlu bir levha formatında gerçekleştirilir. Her gen delesyonu için doğrusal bir rekombinant PCR amplikon yüksek sadakat DNA polimeraz kullanılarak dört PCR reaksiyonları aracılığıyla yapılacaktır. Ilk exponS. ential büyüme fazı % 2.5 inaktive at serumu PCR-rekombinant yapıların dönüşümü için yeteneklerini artırmak için kullanılan Todd Hewitt broth kültürü sanguinis desteklenmiştir. S. Bu koşul altında,% 20&#39;ye kadar sanguinis hücrelerin DNA ~ 50 ng kullanılarak dönüştürülebilir. Bu yaklaşıma göre, tek gen silinmesi ile 2.048 nihai mutant S. 2.270 genler elde edildi dört gen ORF hariç sanguinis S. başka ORF tamamen kaplayabilir sanguinis SK36 ve 218 potansiyel elzem genler. Gen delesyonu yapıları oluşturma konusunda teknik, yüksek verim ve herhangi bir dönüştürülebilir bakteri genomu tek gen delesyonlar kullanımı kolay olabilir.

Sonra PCR primerleri, F1 ve R1 kullanılarak amplifikasyon, ve F3 ve R3&#39;ün her biri S. yaklaşık 1 kb yukan ve aşağı sanguinis gen 96-gözlü formata, sırasıyla (Şekil 2A) halinde elde edildi. Bizim PCR koşulları ve kullanılarak tasarlanmış primerler altında, belirli bir ürün S. amplifiye edildi Her bir PCR reaksiyonu içinde sanguinis genomik DNA. Bu sonuç primerlerin S. hedeflerine çok özel olduğunu göstermiştir sanguinis. PCR ile F1 ve R3 primerler...

Verimli bir genom tek gen mutasyonu yöntemi kullanılarak oluşturulmuştur<em&gt; Streptococcus sanguinis</em&gt; Bir model organizma olarak. Bu yöntem yüksek verimlilik rekombinant PCR ve dönüşümler yoluyla elde etti.

Genom çapında Gen Delesyonlar içinde<em&gt; Streptococcus sanguinis</em&gt; Yüksek Verimli PCR ile

Transpozona temelli mutajenez ve tek gen delesyonu, bakterilerde genom çapında gen nakavtı için uygulanan iki yöntemdir 1,2. Transpozon mutajenezi ... olmasına rağmen

Bu prosedürün genel amacı, yüksek verimli PCR aracılığıyla streptococcus sanguine türünde genom genelinde tek gen delesyonları gerçekleştirmektir. Bu işlem, öncelikle antibiyotik direnç geni ile hedef genin yukarı akış ve aşağı akış DNA dizilerini içeren üç amplikonun yüksek verimli PCR amplifikasyonu ile elde edilmesiyle gerçekleştirilir. İkinci adım, üç PCR amplikonunu kalıp olarak kullanarak lineer rekombinant PCR amplikonunun elde edilmesidir.Ardından, yetkin s sanguine hücreleri hazırlanır. Son adım, lineer rekombinant PCR amplikonunun yetkin s sanguineous hücrelerine transforme edilmesidir. Nihayetinde, doğru mutantları doğrulamak için kolon A PCR amplifikasyonu ve DNA dizilemesi kullanılır.Bu tekniğin, intihar plazmidi nakavt gibi tükenmiş diğer yöntemlere göre temel avantajı, yüksek verimli bir şekilde doğrudan genom genelinde delesyon mutantları oluşturabilmesidir. PCR primerleri, streptococcus sanguineous SK 36 genom dizisine dayalı kurum içi betikler kullanılarak, yazılı protokolde açıklandığı şekilde tasarlanabilir ve sentezlenebilir. Hedef genin bir kilobazlık yukarı akış dizisinin, A PHA üç gen ENC kodlamasının, kanamisin direnç proteininin ve hedef genin bir kilobazl

genome-wide-gene-deletions-streptococcus-sanguinis-high-throughput

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Sistematik, büyük ölçekli sentetik gen (bir gen ya da gen-epistasis) etkileşim ekranlar genetik ve fazlalık yolu çapraz konuşma keşfetmek için kullanılabilir. Burada, yüksek-throughput kantitatif sentetik genetik dizi tarama teknolojisi tarif eSGA biz epistatik ilişkileri durulaştırmada ve genetik etkileşim ağları keşfetmek için geliştirilen...

Bakteriyel Fonksiyonel Ağlar ve tanımında Haritalama<em&gt; Escherichia Coli</em&gt; Sentetik Genetik Diziler kullanarak

Yeşil Canavar yöntemi bir muhabir gen kodlaması yeşil flüoresan protein ile işaretlenmiş birden silme hızlı montaj sağlar. Bu yöntem, tekrarlanan delesyonlar cinsel çeşit döngüleri ve daha fazla silme taşıyan hücrelerin floresan merkezli zenginleştirme yoluyla maya suşu sürüş dayanmaktadır.

Çoklu Gen Delesyonlar Taşıma Maya Suşlarında Nesil için Yeşil Canavar Süreci

Kaynak: Tomás, J. M. ve diğerleri. Bakteriyel Glikosiltransferazların Bakteriyel Hareketlilikteki Rolünü Aydınlatmak için Boş Mutantların Üretimi. J. Vis. Uzm. (2022).Bu video, E. coli'de  bir intihar plazmitinin başlatıcıya bağlı amplifikasyonunu göstermektedir.Bir antibiyotik direnç geni taşıyan plazmit, yalnızca konakçı tarafından kodlanan bir başlatıcı proteinin varlığında çoğalır. Elektroporasyon ve geri kazanım ortamında inkübasyondan sonra, karışım antibiyotik içeren agar üzerine...

Bir Bakteriyel Konakçıda İntihar Plazmidinin Amplifikasyonu

CRISPR/Cas9, genlerin ve genetik elementlerin bozulmasını sağlayan sağlam bir sistemdir. Burada, CRISPR / Cas9 kullanarak memeli hücre hatlarında genomik delesyonların verimli bir şekilde oluşturulması için bir protokol açıklıyoruz.

CRISPR / Cas9 üzerinden Memeli Hücre Hatlarında Genomik Delesyonlar Üretimi

Geliştirici aktivitenin deneysel doğrulamasına en iyi fonksiyon kaybı analizi ile yaklaşılır. Burada, hibrit bir genom (Mus musculus129 x Mus castaneus) içeren F1 ES hücrelerinde gen transkripsiyonunun alele özgü regülasyonunu incelemek için CRISPR/Cas9 aracılı delesyon kullanan etkili bir protokol sunulmaktadır.

Yaratma CRISPR / Cas9 aracılığı monoallelik Delesyonlar Fare Embriyonik Kök Hücreleri Artırıcı Fonksiyonu Eğitim için

Bu yazıda, aynı anda Enterococcus spp ölçmek için kullanılabilecek bir çift yönlü dijital PCR deneyi. Ve eğlence sularda genel olarak insan ilişkili dışkı kirlenme göstergeleri olarak HF183 genetik işaretleyiciler açıklanmaktadır.

Eşzamanlı Niceleme için Dubleks Dijital PCR Testi<em&gt; Enterococcus spp.</em&gt; Ve Waters İnsan Fekal ilişkili HF183 Marker

Streptococcus mutans çoğunlukla gen kesintiye üretimi için facile, hızlı ve nispeten ucuz bir yöntem tarif suşları; Bu teknik gen kesintiye suşların çeşitli tür üretimi için adapte olabilir.

Nesil bir gen kesintiye Streptococcus mutans çoğunlukla zorlanma olmadan Gen Klonlama

Burada bir protokol antibiyotik direnç-kaset silme yapıları silme mutantlar diğer E. coli suşları yapmak için bir temel olarak önceden var olan kullanım için mevcut. Böyle silme mutasyonlar seferber ve büyük bir alıcı yük P1 bakteriyofaj iletim kullanarak odağı karşılık gelen eklenmiş.

Escherichia coli Excisable antibiyotik direnci kasetleri ile P1 iletim tarafından üreten gen silme

Burada açıklanan Streptococcus mutansbir gen ürün saflaştırma için basit bir yöntemdir. Bu teknik proteinlerin saflaştırılmasında, özellikle membran proteinlerinde ve yüksek moleküler kütle proteinlerinde avantajlı olabilir ve diğer çeşitli bakteri türleri ile birlikte kullanılabilir.

Streptococcus mutans'larda Yüksek Moleküler Kütle Proteininin Saflaştırılması

Burada tanımlanan floksed kaset allelic değişim mutagenezi, FLAEM kullanarak Chlamydia trachomatis hedefli, markerless gen delemesi için bir yöntemdir.

Klamidya trachomatis Floxed Kaset Allelic Exchange Mutagene tarafından Markerless Gen Deletion

Burada, Aeromonas'ın boş mutantlarının spesifik glikoziltransferazlarda veya glikoziltransferazlar içeren bölgelerde yapımını, motilitesi testlerini ve flagella saflaştırmasını, kodlanmış enzimlerinin bir glikanın biyosentezindeki katılımını ve işlevini ve bu glikanın bakteriyel patogenezdeki rolünü tanımlamaktayız.

Bakteriyel Glikoziltransferazların Bakteriyel Motilitedeki Rolünü Aydınlatmak için Boş Mutantların Üretilmesi

Öğrenin Streptococcus sanguinis'te genom çapında tek gen delesyonları oluşturma yöntemini. Yüksek verimli PCR ve dönüşüm teknikleri kullanılarak gen fonksiyonları hızlıca incelenebilir.

Genom çapında Gen Delesyonlar içinde

Daha fazla video keşfet