Name: Doğal Çevre gelen Magnetotactic Bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve Zenginleştirme (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00.000+00:00
Duration: 5 min 57 s
Description: Öğrenin tatlı su ortamlarından manyetotaktik bakteri izolasyonu ve zenginleştirme yöntemini. Bu teknik, çubuk mıknatıs ve cam kapiler yarış pisti kullanarak bakterilerin karakterizasyonunu sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

ABD Ulusal Bilim Vakfı Doğu Asya ve Pasifik Yaz Enstitüleri;; Amerika&#39;da Araştırma Bursu Programı Jeoloji Derneği&#39;nin ve Lisansüstü Araştırma ve Burs Mezunlar Hibeler Bu çalışma, ABD Ulusal Bilim Vakfı (EAR-0920299 ve EAR-0745808) hibe tarafından desteklenen Ohio Eyalet Üniversitesi. Biz onların anlayışlı yorum yapmak için editör ve iki anonim teşekkür etmek istiyorum.

1. MTB Koleksiyonu <ol><li> Magnetotactic bakteri toplamak için bir tatlı su sitede (MTB) karar verirken, genellikle yumuşak bir çamurlu tortu tabakası olan bir gölet veya yavaş hareket akışı ile başlamak en iyisidir. Bu gösteri biz Columbus Ohio State Üniversitesi (OSU), Ohio (ABD) kampüsünde Olentangy Nehri kenarında bir örnek toplanmıştır. Bu bizim gösteri için elverişli bir konumda iken, burada açıklanan protokol herhangi bir sucul yere uygulanabilir. Bu protokolde kullanılan malzemeler Tablo 1&#39;de bulunabilir. Su derinliği 10 ile 100 cm arasında bir konuma bulun. Böyle bir yerde, sen sediment açık, vida-top konteyner kullanarak üst-en tabaka toplamak gerekir. O bir buçuk katı kadar üçte biri ve tortu su ile geri kalan hacim ile doldurulana kadar kap içine tortu su ve kepçe. Su ile dolana kadar daldırılmış bir kapta muhafaza edin ve sonra sıkıca konteyner w kapITH onun vida-üst kapak. Bu tortu karıştırmak için gerekli değildir. Bir havlu ile kurulayın kabın dışını silin ve sonra laboratuvara numune alır. Bu sizin laboratuar geri örnek acele gerekmez. Biz laboratuvar onları geri getirmeden önce birkaç gün boyunca alanında plastik kaplarda MTB örnekleri bıraktım. Eğer alanında gölge ve serin bir yerde saklayın örnekleri olarak MTB sürece birkaç hafta ay için geçerli olmalı. </li><li> ÖRNEK laboratuarda sonra, kap gevşetmek ve buharlaşma miktarını azaltmak için konteyner kaplama bırakın. Karanlık bir odada, çekmece içinde oda sıcaklığında saklayın konteyner ya da tamamen alüminyum folyo ile kap kapağı. Tortu ve ince parçacıklar tamamen bir veya birkaç gün birkaç saat boyunca rahatsız edilmeden örnek bırakarak kabın dibine yerleşmek için izin verin. Bu tortu karıştırmak için gerekli değildir, MTB kesintisiz bir ortamı tercih ederler. Plastik kabın açık duvarlarEğer parçacıklar altına yerleşmiş olduğunu doğrulamanızı sağlar. Numunenin bağlı MTB aylarca örnek hayatta kalabilir. </li></ol> 2. MTB İzolasyon <ol><li> Eğer yaklaşık 1 cm sediment-su ara (Şekil 1A) Yukarıdaki plastik kabın yüzüne MTB, yer mıknatıslar yalıtmak için hazır olduğunuzda. Kabın dibinde tortu rahatsız etmemek için dikkatli olun. Karşı tarafında (Şekil 1A) üzerinde konteyner ve başka bir bar mıknatısın kuzey tarafında bir tarafında bir çubuk mıknatısın güney kutbu yerleştirin. Hemen hemen her mıknatıs bu tür bir manyetik karıştırma çubuğu ya da büyük soğutma mıknatıs olarak, kullanılabilir. Her şey tortu-su ara yukarıda doğru yükseklikte mıknatısları desteklemek için kullanılabilir. Bir karton ya da plastik kutu üst mıknatıs dayanma en iyi, ancak, aynı zamanda mıknatıs plastik kabın dış tarafına yapıştırılabilir olduğunu tespit ettik. Birkaç 30 dk bekleyinbakteriler için saat mıknatıs yüzmek. </li><li> Dikkatle güney kutbu çubuk mıknatıs (Kuzey yarımkürede toplanan numuneler için) konumunu yakın konteyner (Şekil 1A) içindeki suyu toplamak için steril bir pipet kullanın. Bu su güney kutup çubuk mıknatıs için çekici olmuştur MTB içermelidir. Daha sonra, bir kapiler yarış pisti daha fazla MTB zenginleştirmek için kullanılabilir. </li></ol> 3. MTB Racetrack <ol><li> Magnetotactic bakteriler ile örnek zenginleştirmek için, kılcal bir yarış pisti (Şekiller 1B ve 1C) gereklidir. Bu berrak plastik kap gelen hücreler izole önce yapılmış olması gerekir. </li><li> Bir yarış pisti yapmak için 5,75 inç (146 mm) cam Pasteur pipeti kullanın. Pipet üst kesmek için elmas kalem veya dosyayı kullanın, pipet uzunluğu önemli değildir, ancak bu suyun yaklaşık 1-2 ml içeren gerekir. Sonra, ucu eritmek için bir Bunsen beki kullanın, böylece(Şekil 1C) sızdırmaz olur. Elde edilen pipet bir açık uç ve bir kapalı ucu sahip olmalıdır. </li><li> Bu pistlerde birkaç sonra otoklav olun. Ayrıca, pamuk ve birkaç uzun metal iğnelerin otoklavlamayın gerekir. </li><li> Süzülmüş bir enjektöre bağlanmış uzun metal iğne kullanarak bir otoklavlanmış hipodroma Şekil 1A gösterilen sediment su arabiriminin yanında toplanan filtrelenmiş su numunesinin, ekleyin. Filtre gözenek boyutu su pisliği ve kirletici maddeleri ortadan kaldırmak için 0.22 mm olmalıdır. Bu kılcal cam içinde hiçbir hava kabarcığı olduğunu kesinlikle emin olmak için önemlidir. </li><li> Steril pamuk (Şekil 1B) ile pist alt takın. Uzaklıkta mühürlü ucu (Şekil 1C) 1 cm - 0.5 o yüzden yarış pisti mühürlü sonuna doğru pamuk itmek için metal iğne kullanın. </li><li> Steril bir pipet kullanarak, örnek MTB içeren su (bölüm 2.2) ekleyin rhazırlanmış bir MTB yarış pisti (Şekil 1B) eservoir (açık uçlu). </li></ol> 4. MTB Zenginleştirme <ol><li> Racetrack örnek sıvı ile doldurulduktan sonra, yatay bir yüzey üzerinde yan yatıyordu (örneğin, bir benchtop) ve yarış pisti kapalı ucu (Şekil 1B yanında (Kuzey yarımkürede) bir çubuk mıknatısın güney kutbu yerleştirin ve 1C). </li><li> Pamuk yoluyla göç MTB için 5 ila 30 dakika bekleyin. Sonra pistin ucuna yakın sıvı toplamak gerekir. Çok uzun bekliyorum kılcal ucu gibi diğer hareketli bakteri gibi kirleticileri, tanıtabilirsiniz. İsteğe bağlı olarak, pistin ucu görüntülemek ve MTB Racetrack&#39;in ucunda toplamak izlemek için ışık mikroskobu kullanabilirsiniz. Bu onu pamuk yumağı içinden geçirmek MTB ne kadar sürer belirlemek için izin verir. </li><li> Yavaşça pamuk tapa yakınındaki küçük bir çizik yapıp pistin sonuna koparmak için elmas bıçak kullanın. </li> &lt;li&gt; pistin ucundan sıvı kaldırmak için dar bir iğne (25 ya da 27 gauge) ile 1 ml şırınga kullanın. Bu, sıvı numune hemen zenginleştirilmiş MTB içermelidir. </li></ol> 5. Işık Mikroskobu ile MTB Gözlem <ol><li> Bir lamel üzerine zenginleştirilmiş MTB örnek bir damla (10-20 ul) yerleştirin. </li><li> Hızla yüzden bırak şimdi aşağı bakacak ve lamel asılı olduğu üzerine lamel çevirin. </li><li> Bir cam slayt üzerine oturan bir o-ring üzerine lamel yerleştirin. O-ring sonra biraz daha küçük bir çapı lamel (; Şekil 2, yaklaşık 1 cm) sahip olmalıdır. </li><li> Bir ışık mikroskobu sahneye bu asılı damla yerleştirin ve açılan bir kenarına odaklanmak. Ama asılı damla yöntemi (Şekil 2) için kullanmak zordur yağ, gerekmez; çoğu yüksek sayısal açıklık (örneğin, 0.93 NA) çünkü bir 60X kuru hedefi çok iyi çalışıyor. </li><li> Asılı d bir çubuk mıknatıs yakın güney ucunda yerleştirinrop ve MTB mıknatıs (Şekil 3) en yakın damla kenarına doğru göç etmeye başlayacaktır. Birkaç dakika içinde çok sayıda MTB damla kenar (Şekil 3) olmalıdır. Bakteri mıknatıs kutup geri tarafından manyetik olduğu kendine kanıtlamak ve daha sonra bakteri ters yönde yüzmek dikkate alınmalıdır. </li></ol> 6. Transmisyon Elektron Mikroskobu (TEM) tarafından MTB Gözlem <ol><li> Bakır ızgara üzerine zenginleştirilmiş MTB bir damla (~ 20 ul) yerleştirin ve bakteriler 10 dakika için yerleşmek için izin. </li><li> Temiz filtre kağıt parçası ile fazla su Wick. </li><li> İsteğe bağlı olarak, ızgara olumsuz% 2 uranil asetat,% 2 fosfotungstik asit, pH 7.2,% 2.5 ya da sodyum molibdat 7, 8, 9 ile boyanmış olabilir. Bu, hemen zenginleştirilmiş MTB ile ızgara inkübe sonra leke üzerine bir damla bakır ızgara yerleştirilmesiyle gerçekleştirilir. Negatif leke ile ızgara inkübe kez st bağlı olarak değişirain kullanılan ve sonra temiz filtre bir parça kağıt ile sıvı kapalı fitil. </li><li> Transmisyon elektron mikroskobu (TEM, Şekil 4) kullanılarak MTB gözlemleyin. Iş Burada anlatılan MTB Formvar stabilize ve karbon kaplı 200 mesh bakır ızgaralar (Ted Pella # 01800) adsorbe edilmiştir. Şebekelerini 10 dk için hücre süspansiyonu damla karbon tarafı aşağıya doğru yerleştirildi, ardından hemen 30 saniye süreyle bir su damlası üzerinde ızgara yerleştirilmesi ile bir kez yıkanmıştır. Boyanması için, ızgaralar saniye 5 dakika için 30 için% 2 uranil asetat (Ted Pella # 19481), bir damla üzerine yerleştirilir ve daha sonra tamamen filtre kağıdı parçası kullanarak kurutuldu. Izgaraları TEM 200KV yüksek açılı halkasal karanlık alan KÖK kullanarak 80kV veya FEI Tecnai F20 ya hiç bir FEI Tecnai Ruh kullanılarak analiz edildi. </li></ol>

<ol><li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li>
<li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Reviews+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li>
<li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+%28Fe3O4%29+and+Greigite+%28Fe3S4%29+in+a+Magnetotactic+Bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li>
<li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li>
<li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li>
<li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+%27capillary+racetrack%27+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Letters%22%5BJournal%5D)">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li>
<li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li>
<li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li>
<li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li>
<li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Brazilian+Journal+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li>
<li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome%3A+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li>
<li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing%2C+China%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li>
<li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomineralization%2C+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Earth+and+Planetary+Science+Letters%22%5BJournal%5D)">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li>
<li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Micron%22%5BJournal%5D)">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li>
</ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Magnetotactic bakteriler mutlaka her sucul ortamda 8 bulunmayan ancak ortaya çıktığında, onlar 100 sipariş üzerine bulunabilir - mililitrede 2 başına 1.000 hücreleri. Optik mikroskop kullanılarak MTB gözlemlemek için, yaklaşık 50 bakteri / numunenin 8 ml gerekir. Sizin örnek hiç veya az MTB varsa, o zaman ya da örnekleri toplamak veya sonraki bölümde ele tekniklerden birini veya birkaçını deneyin gerekir yeni bir çevresel sitesi seçmeniz gerekecektir. Öncelik...

<table border="1"><tbody><tr><td> Ürün Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar (isteğe bağlı) </td></tr><tr><td> Cam slayt </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td> Cam Pasteur pipetler </td><td> Fisher Scientific </td><td> 13-678-6A </td><td></td></tr><tr><td> O-ring </td><td> Donanım mağaza </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Kapak fişleri </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12 542B </td><td></td></tr><tr><td> Çubuk mıknatıs </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td> Konteyner </td><td> Herhangi </td><td></td><td> Herhangi plasten az 0,5 L tutabilir ve kapatılabilir ic veya cam kap </td></tr><tr><td> Pamuk </td><td> Herhangi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 60X kuru lens ile Mikroskobu </td><td> Zeiss </td><td></td><td> Bir 60X kuru lensi kesinlikle gerekli değildir, ama bu yağ kullanmadan yüksek NA verir </td></tr><tr><td> Elmas kalem </td><td> Fisher Scientific </td><td> 08-675 </td><td></td></tr><tr><td> 0.22 mm filtre </td><td> Fisher Scientific </td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> 1 ml şırınga </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td> Mikrosantrifüj tüpleri </td><td> Fisher Scientific </td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Formvar / Karbon200 örgü, bakır ızgaralar </td><td> Ted Pella Inc </td><td> 01800 </td><td></td></tr><tr><td> Uranil asetat </td><td> Ted Pella Inc </td><td> 19481 </td><td></td></tr><tr><td> Tecnai Ruh TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

doğal Çevre gelen magnetotactic bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve zenginleştirme

Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

Magnetotactic bakteriler (MTB) ilk başta Massachusetts (ABD) tuzlu bataklıklar toplanan sediment örnekleri 1975 1 tarif edilmiştir sucul mikroorganizmalardır. O zamandan beri MTB tüm dünyada 2 yerinden tabakalı su ve sediman-sütunlarında tespit edilmiştir. Her MTB ile ortak bir özelliği, hücre içi, zar bağlı manyetik magnetit nanokristaller (Fe 3 O 4) ve / veya greigite (Fe 3 S 4) ya da her ikisi de 3, 4, magnetosomes, yer almasıdır. Güney yarımkürede genellikle bir mıknatıs 3,5 kuzey ucunda çekiliyor ise Kuzey yarımkürede, MTB tipik bir bar mıknatısın güney ucuna çekilir. Çevresel numunelerden MTB izole etmek için çalışırken bu özellik kullanılabilir. MTB zenginleştirmek için en yaygın yollarından biri, bir doğal kaynak sediment ve su toplamak için net bir plastik kap kullanmaktırbir tatlı su birikintisi gibi. Kuzey yarımkürede, bar mıknatısın güney ucunda sadece sediman-su ara sediman Yukarıdaki kabın dışına karşı yerleştirilir. Bir süre sonra, bakteri bir pipet ile mıknatıs yakınında kabın içine çıkarılabilir ve daha sonra bir kılcal yarış pisti 6 ve bir mıknatıs kullanılarak daha da zenginleştirilmiş. Bir kez, zenginleştirilmiş bakteri asılı damla yöntemi kullanarak bir mikroskop lamı üzerine yerleştirilebilir ve bir ışık mikroskobu gözlenen veya bir bakır ızgara üzerine yatırılır ve transmisyon elektron mikroskobu (TEM) kullanılarak gözlenmiştir. Bu yöntemi kullanarak, izole MTB mikroskobik gibi yüzme gibi özelliklerini belirlemek için incelenebilir hücreleri, manyetik kristallerin şekli, magnetosomes sayısı, her hücrede magnetosome zincirlerinin sayısı, kompozisyonu flagella, hücre morfolojisi davranışları, tipi ve sayısı nanomineral kristaller ve intrasellüler vakuoller varlığı.

Bir mıknatıs çevresel örneklerde (Şekil 1A) bulunan magnetotactic bakteriler (MTB) izole etmek için kullanılan etkili bir araçtır. Bir kılcal racetrack (Şekil 1B) aynı zamanda çevresel numune içinde bulunan sigara magnetotactic mikroorganizmalar ayrılabilir bir pamuk yumağı içinden onları çekmek için MTB manyetik özelliklerini kullanır. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/50123/50123fig1.jpg" /> Şekil ...

Bu doğal sularda da uygulanabilir magnetotactic bakteriler (MTB) toplamak için bir yöntem göstermektedir. MTB izole ve bakteri doğal manyetizma yararlanır nispeten basit bir kurulumu kullanarak sediment örneklerinin zenginleştirilebilir. İzole MTB sonra ışık ve elektron mikroskobu kullanarak hem ayrıntılı olarak incelenebilir.

Doğal Çevre gelen Magnetotactic Bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve Zenginleştirme

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

Bu prosedürün genel amacı, manyeto taktik bakterilerini tatlı su ortamından izole etmektir. Bu, önce bir nehir veya gölün kenarından su tortusu örneklerinin toplanmasıyla gerçekleştirilir. İkinci adım, bir çubuk mıknatıs kullanarak çevresel numune içinde bulunan manyeto taktik bakterileri izole etmektir.Daha sonra, manyeto taktik bakterileri, bir cam kılcal yarış pisti ve mıknatıs kullanılarak zenginleştirilir. Son olarak, manyeto taktik bakteriler optik mikroskopi kullanılarak karakterize edilir. Sonuç olarak, transmisyon elektron mikroskobu, bakterilerin ve manyetit içeren manyeto bölgelerinin boyutunu ve şeklini göstermek için kullanılır.Bu yöntem, manyeto'nun yeryüzünde nasıl evrimleştiği ve manyeto taktiği bakterilerin nanometre boyutlu mıknatısları nasıl sentezlediği gibi temel soruları, çevresel mikrobiyolojiyi anlamamıza yardımcı olur. Bugün prosedürü gösteren Zachary bir Stryker olacak. Zachary laboratuvarımda doktora adayı.Kardeşim ve benimle birlikte Ohio Eyalet Üniversitesi'nde çalışıyor. Manyeto taktik bakterileri veya MTB'yi toplamak için bir tatlı su sahasına karar verirken, yumuşak, çamurlu bir tortu tabakasına sahip bir gölet veya yavaş hareket eden bir dere ile başlamak genellikle en iyisidir. Bu gösteride, Columbus, Ohio'daki Ohio Eyalet Üniversitesi kampüsünde Oland Tangy Nehri'nin kenarında bir örnek topladık.Suyun derinliğinin 10 ila 100 santimetre arasında olduğu bir yer bulun ve şeffaf bir vidalı üst kap kullanarak, kabı en üstteki tortu tabakasıyla ve kalan boşluğu suyla doldurun, kabı laboratuvarda su altında kapatın, kapağı gevşetin ve buharlaşmayı azaltmak için kabı örterek bırakın ve tortuya izin vermek için birkaç saat ila birkaç gün karanlıkta saklayın ve yerleşecek parçacıkları bulun. MTB'yi zenginleştirmek için yarış pistleri yapmak. 5.75 inçlik bir cam hamur makinesi pipetinin üstünü kesmek için bir elmas kalem veya törpü kullanarak başlayın ve bir ila iki mililitre su için yeterli alan bırakın.Ardından, uç otoklavı kapatmak için bir ve brülörü kullanın. Pamuk ve uzun metal iğnelerle birlikte birkaç yükseltme izi. MTB'yi izole etmeye hazır olduğunuzda, plastik kabın yanlarına, kabın zıt taraflarındaki güney ve kuzey kutupları ile tortu suyu arayüzünün yaklaşık bir santimetre yukarısına mıknatıslar yerleştirin.Tortuyu rahatsız etmemeye dikkat edin. Bakterilerin mıknatısa yüzmesi için 30 dakika ila birkaç saat bekleyin. Ardından, tortu suyu arayüzünün yakınındaki numune kabından sıvıyı çıkarmak için bir şırınga kullanın.Şırıngaya bir filtre ve filtreye metal bir iğne takın, ardından kılcal damarda kabarcık olmadığından emin olun. Filtrelenmiş numune suyunu steril pamuk ve metal iğne ile bir otoklav yarış pistine eklemek için iğneyi kullanın. Kılcal damarın içindeki pamuğu sızdırmaz uçtan 0,5 ila bir santimetre uzağa iterek yarış pistini tıkayın.Steril bir pipet kullanarak, manyeto taktik bakterilerini mıknatısın güney kutbuna yakın bir yerde kümelendikleri kaptan çıkarın ve su içeren MTB'yi yarış pistinin açık ucuna ekleyin. Yarış pisti numune sıvısı ile doldurulduktan sonra, yatay bir yüzeye yan yatırın ve bir çubuk mıknatısın güney kutbunu yarış pistinin conta ucunun yanına yerleştirin. MTB'nin pamuğun içinden geçmesi için beş ila 30 dakika bekleyin.Pamuk tapanın yanında nazikçe küçük bir çizik yapmak için elmas bir bıçak kullanın ve yarış pistinin ucunu koparın. MTB ile zenginleştirilmiş sıvıyı yarış pistinin ucundan çıkarmak için dar bir iğne ile bir mililitrelik bir şırınga kullanın. MTB'yi ışık mikroskobu ile gözlemlemek için, zenginleştirilmiş numuneden bir damla bir kapak fişi üzerine yerleştirin.Kapak sürgüsünü bir cam kızak üzerinde duran bir O-ringin üzerine yerleştirin. Buna asılı damla denir. O-ring, kapak kızağından biraz daha küçük bir çapa sahip olmalıdır.Ardından, slaytı bir ışık mikroskobu sahnesine yerleştirin ve damlanın bir kenarına odaklanın. Daha sonra MTB'yi damlanın bir tarafına çekmek için, bir çubuk mıknatısın güney ucunu birkaç dakika içinde o tarafa yakın bir yere yerleştirin, birçok MTB damlanın kenarında olmalıdır. MTB'yi TEM ile gözlemlemek için, zenginleştirilmiş bakteri damlasının üzerine var stabilize edilmiş ve karbon kaplı 200 gözenekli bir bakır ızgara yerleştirin ve numunenin 10 dakika dinlenmesine izin verin.Numuneyi 30 saniye boyunca bir damla su üzerinde yıkadıktan sonra, 30 saniye ila beş dakika boyunca %2'lik bir pisuar asetat damlasına koyun ve ardından 200 kilovoltta transmisyon elektron mikroskobu kullanarak numuneleri tamamen kurutmak için bir parça filtre kağıdı kullanın. Burada, bir çevresel tortu örneğinden zenginleştirilmiş tek bir manyeto taktik bakterinin bir transmisyon elektron mikroskobu görüntüsü gösterilmektedir. Hücre ve manyeto bölgelerinin spirali ve morfolojisi, tek bir flegel ile birlikte açıkça görülebilir.Manyeto taktik bakterileri çevreden toplandıktan sonra, manyetik ayırma tekniği uygun şekilde yapılırsa yaklaşık üç saat sürecektir. Bu prosedürü takiben, yeni keşfedilen manyeto taktik bakterinin diğerleriyle, diğer mikroorganizmalarla filogenetik ilişkisi nedir gibi ek sorulara cevap verecek olan 16 s ribozomal RNA analizi gibi diğer yöntemler de gerçekleştirilebilir.

collection-isolation-enrichment-naturally-occurring-magnetotactic

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Mikrobiyal ökaryotlarda hem kalıcı buz kaplı Antarktika göllerde fotosentetik kaynaklı karbon ve en yırtıcı türlerinin bir kaynağıdır. Bu rapor, Antarktika gölü Bonney gelen metabolik olarak çok yönlü mikrobiyal ökaryotlar izole etmek için bir zenginleşme kültür yaklaşımı açıklar ve Ribuloz-1 ,5-bisphophate karboksilaz oksijenaz (RUBISCO'nun) faaliyeti için bir radyoizotop testi kullanılarak inorganik karbon fiksasyonu potansiyeli değerlendiriyor.

Karbon Fiksasyon Potansiyel bir Kimyasal Tabakalı Antarktika Gölü ve Ölçme Mikrobiyal Ökaryotik Zenginleştirme Kültürlerinin Kurulması

Kaynak: Le Nagard, L., et al. Magnetospirillum cinsinin büyüyen manyetotaktik bakterileri: MSR-1, AMB-1 ve MS-1 suşları. J. Vis. Uzm. (2018).Bu video, Magnetospirillum bakterilerinin hem sıvı hem de yarı katı ortamlar kullanılarak mikroaerobik koşullar altında nasıl kültürleneceğini göstermektedir. Oksik-anoksik arayüzde görünür bir bakteri bandının oluşumunu ve oksijen tükendikçe yukarı doğru göçünü vurgular. Video ayrıca, bir manyetik alana tepki olarak yönlü yüzmeyi gözlemleyerek...

Magnetospirillum bakterilerinin yetiştirilmesi ve manyetotaktik davranışlarının değerlendirilmesi

Kaynak: Watson, DC, et.al. Escherichia coli ve Diğer Bakterilerden Hücre Dışı Veziküllerin Ölçeklenebilir İzolasyonu ve Saflaştırılması. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, genetiği değiştirilmiş bakterilerin dış zarından türetilen hücre dışı veziküllerin (EV'ler) izolasyonunu ve konsantrasyonunu göstermektedir. İşlem, EV'leri serbest bırakmak için bakterilerin kültürlenmesini, ardından hücreleri ve kalıntıları uzaklaştırmak için sıralı santrifüjleme ve filtreleme adımlarını içerir. Son olarak,...

Dış Zar Kaynaklı Hücre Dışı Veziküllerin Bakterilerden İzolasyonu ve Zenginleştirilmesi

Bakteri toplulukları içeren sulak alan toprağından elde edilen zenginleştirme kültürüyle başlayın.Kültür, Feammox aktivitesi, ferrik demir indirgemesine bağlı amonyum oksidasyonu sergiler ve bu metabolik süreci gerçekleştirebilen bir bakterinin zenginleşmesini gösterir.Medya kullanarak kültürü seri olarak seyreltin.Seyreltilmiş numuneleri ferrik demir ve amonyum ile desteklenmiş test agar plakalarına çizin.Feammox olmayan yollardan demir azalmasını ekarte etmek için ferrik demir veya amonyum...

Amonyum Oksitleyici Demir İndirgeyicilerin Sulak Alan Toprağından Türetilmiş Zenginleştirme Kültüründen İzolasyonu 

Kaynak: Villela, H. D. M . ve diğerleri. Metaorganizma Araştırması ve Koruma için Biyoremediasyon ve Probiyotik Geliştirme için Mikrobiyal Suşların Araştırılması. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, EE2 içeren ortamda kirletici bozucu deniz bakterilerinin seri seyreltme, koloni seçimi ve büyüme yoluyla izole edilmesini göstermektedir. Protokol, tek karbon kaynağı olarak EE2'yi kullanarak, bu çevresel kirletiyi metabolize edebilen bakteri suşlarını tanımlar.

Deniz Bakterilerinin Kirletici Bozucu Suşların İzolasyonu Taraması

Kaynak: Villela, H. D. M . ve diğerleri. Metaorganizma Araştırması ve Koruma için Biyoremediasyon ve Probiyotik Geliştirme için Mikrobiyal Suşların Araştırılması. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, petrol bazlı ortamda deniz suyu örneklerinin zenginleştirilmesiyle petrol bozucu deniz bakterilerinin seçici izolasyonunu gösteriyor; bu da ham petrol biyoremediasyonu ve çevresel temizlikte potansiyel uygulamalara sahip saf suşların geri kazanılmasını sağlıyor.

Deniz Suyu Örneklerinden Petrol Bozucu Deniz Bakterilerinin Seçici Zenginleştirmesi ve İzolasyonu

Otel bünyesindeki mikrobiyal zenginleştirme veya in situ yetiştirme teknikleri kültür zor mikrobiyal özellikleri, özellikle düşük-biyokütle veya geochemically aşırı ortamlar üzerinden Yalıtım kolaylaştırabilir. Burada, biz yeteneğine sahip hücre dışı elektron taşıma (EET) mikrobiyal suşları zenginleştirmek için bir harici güç kaynağı'nı kullanmadan bir elektrokimyasal set-up tanımlamak.

Anot respiring bakteri yerinde zenginleştirmek için kendini ayakta elektrokimyasal Set-up

Biz birkaç soy-in Magnetospirillum iki farklı büyüme ortamının içinde büyüyen bir yordam mevcut. M. magneticum zorlanma AMB-1 ve M. magnetotacticum zorlanma MS-1 sıvı ortamda yetişir iken Magnetospirillum gryphiswaldense zorlanma MSR-1 yarı katı ortam sıvı ve O2 konsantrasyon gradyanı yetişir.

Cins Magnetospirillummagnetotactic bakteri büyüyen: suşları MSR-1, AMB-1 ve MS-1

Ağır metale dayanıklı mikropların jeotermal kaynaklardan izole edilmesi, biyoremediasyon ve çevresel izleme biyosistemlerinin geliştirilmesi için sıcak bir konudur. Bu çalışma, kaplıcalardan ağır metal toleranslı bakterilerin izole edilmesi ve tanımlanması için metodolojik bir yaklaşım sunmaktadır.

Çevre Kirliliğini Ele Almak için Ekstremofilik Mikroorganizmaların Biyoprospektifi

Doğal katil hücreler, lenfosit küçük bir nüfus. Burada StemCell Teknolojileri kit kullanarak, bu hücrelerin insan kanı negatif seleksiyon tarafından nasıl izole etmek göstermektedir. Elde edilen hücreler, bu nedenle bir takım prosedürler için kullanılacak hazır antikorlar tarafından uygulanabilir ve bakir, ve.

İnsan Kanı StemCell Teknolojileri RosetteSep Kit ile gelen NK Hücreleri zenginleştirilmesi

Öğrenin tatlı su ortamlarından manyetotaktik bakteri izolasyonu ve zenginleştirme yöntemini. Bu teknik, çubuk mıknatıs ve cam kapiler yarış pisti kullanarak bakterilerin karakterizasyonunu sağlar.

Doğal Çevre gelen Magnetotactic Bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve Zenginleştirme

Daha fazla video keşfet