Arabidopsis Kök Gravitropic Müdahale Yüksek çözünürlüklü Zaman lapsed Resim Toplama Masaüstü Tarayıcılar kullanma

Bu protokol, ticari olarak temin edilebilen düz yataklı tarayıcı kullanılarak bir yerçekimi uyarana yanıt Arabidopsis fide görüntülerin hızla toplanması için bir işlemi tarif etmektedir. Yöntem aşağı analiz algoritmaları için mükellef yüksek çözünürlüklü görüntüleri, ucuz, yüksek hacimli yakalamak için izin verir.

Bu videonun genel amacı, model bitki operasyonunda kök tropik tepkisinin yüksek çözünürlüklü görüntü yakalaması için tarayıcı tabanlı bir yöntemi göstermektir. Bu protokole başlamak için, belirlenen tohum stoğundan elde edilen tohumlar, şeffaf bir ortam içeren Petri kaplarına ekilir Tohumlar belirlenen süre boyunca çimlendikten sonra, Petri kapları büyüme odasından çıkarılır, tarama için hazırlanır, daha sonra dikey olarak yönlendirilmiş düz yataklı tarayıcılara yerleştirilir. Plakalar daha sonra 90 derece döndürülür ve belirlenen bir süre boyunca taranır.

Görüntüler bilgisayara veya bir veri depolama aygıtına kaydedilir ve daha sonra görüntü işleme için kullanılır. Görüntü elde etmeden önce, iki B taranmış bitki dokusunu içeren ağa plakalarını hazırlayın. İlk olarak, AGA Plakasının kapağında ve yanlarında biriken yoğuşmayı bir silme mendiliyle emdirin.

Ardından, gelecekteki yoğuşmayı önlemek için bol miktarda Triton X 100 uygulayın. Son olarak, kapağı sabitlemek ve havalandırmanın görüntü almaya başlamasına izin vermek için plakayı mikro gözenekli bantla sararak bu işlemi tamamlayın. Görüntüleri istediğiniz konuma kaydetmek için klasörler ayarlayın.

Her klasör adı, taranacak bilgilerle ilgili bir meta veri derlemesinden oluşur. Bu örnekte, benzersiz kimlik yaşı, boyutu ve tohum stoğu, klasör adlarına dahil edilen verilerdi. Bu meta veriler daha sonra kopyalanabilir ve bir klasör adına yapıştırılabilir.

Bu Protokol, görüntüleri toplamak için birden fazla tarayıcının kullanıldığını varsayar ve birden fazla tarayıcıyı tek bir bilgisayara bağlamak için talimatlar sağlar. Bu nedenle, görüntüleri kaydetmek için üç klasör ayarlanmıştır. Bir sonraki adım, zamanlayıcıları belirlenmiş bir toplama süresi için ayarlamaktır.

Bu noktada hala yapılması gereken biraz hazırlık olduğundan, zamanlayıcıları biraz daha fazla süre için ayarladığınızdan emin olun. Ardından, ilk tarayıcıyı açın ve tarama programını görüntüleyin. Giriş sekmesi altında, kaynağı doğru tarayıcıya ayarlayın ve kırpma sekmesi altındaki otomatik tekrarlama açılır kutusunu yok olarak ayarlayın.

Önizleme alanını Maksimum olarak ayarlayın ve önizlemeye basın. İlgilenilen bölgeyi yakalayacak bir kırpma kutusu seçin ve önizleme alanını kırpma kutusu olarak ayarlayın. Ardından görüntüyü tekrar önizleyin.

Toplanan verileri istenen konuma kaydetmek için çıktı sekmesine basın ve her tarayıcıya karşılık gelen önceden yapılmış klasör adlarını bulun. Sonraki tarayıcıyı açın ve görünüm taramasını tekrarlayın. Verilerin kaydedileceği doğru klasörleri seçtiğinizden emin olarak diğer iki tarayıcı için yönergeleri ayarlayın.

Her sekmeyi gözden geçirmek ve tüm tarayıcı ayarlarının istendiği gibi olduğundan emin olmak da önemlidir. Laboratuvarımız, yapılmakta olan görüntü toplama türü için aşağıdaki ayarların en iyi sonucu verdiğini bulmuştur. Ancak, farklı görüntü toplama türleri için başka Ayarlar gerekebilir.

Tüm ayarlar Kontrol edildikten sonra, giriş sekmesini seçin ve otomatik tekrarlama açılır kutusunu üç Tarayıcıda da sürekli olarak ayarlayın. Hazırlanan Plakaları, fideler yatay olarak yönlendirilecek şekilde tarayıcılara yerleştirin ve tarayıcıda stabiliteyi sağlamak için arka planın keçe tarafını geçici olarak plakalara yerleştirin. Bu protokolü bir partnerle gerçekleştiriyorsanız, bir kişinin plakaları 90 derece çevirmesini ve hemen keçe gören arka planı çevirmesini sağlayın, diğer kişi daha sonra tarama düğmesine basar ve her ikisi de arka planı bir bungee kordonu ile tarayıcıya sabitler.

Bu işlemi ikinci ve üçüncü tarayıcılar için tekrarlar. Her görüntünün tamamen taranması yaklaşık iki ila üç dakika sürmelidir Son görüntüler gösterildiği gibi görünecektir. Tümünün düzgün bir şekilde kaydedildiğinden emin olmak için görüntülerin kaydedildiği klasörleri kontrol etmek iyi bir fikirdir.

Tarayıcıları, belirlenen zaman taraması için rahatsız edici olmayacak bir alanda tutmak idealdir. İdeal fenotipik tepkileri sağlamak için tarama alanındaki çevresel koşulları da göz önünde bulundurmak ihtiyatlıdır. Aşağıdaki resimler, bu videoda açıklanan yöntem kullanılarak toplananlara örnektir.

A ve B ile C ve D panelleri, tek bir tarama periyodundan elde edilen ilk ve son görüntülerdir. A ve B taranan alanın tamamını gösterir. C ve D, taranan alanın tek bir plakayı gösteren kırpılmış bir bölgesi olsa da, çeşitli tutarsızlıklar gözlemlenebilir.

Şekil A, çimlenme ve büyüme yörüngesindeki değişimi göstermektedir. Görüntü B, plakaların yoğuşma biriktirebileceğini gösterirken, C ve D görüntüleri, fidelerin sağlam büyümesi ve çalışma boyunca görüntü kalitesi nedeniyle iyi sonuçlar olarak kabul edilir. Bu yazıda özetlenen prosedür, nispeten uygun fiyatlı olmasının yanı sıra yüksek verim ve yüksek çözünürlüklü olması nedeniyle kök görüntüleme dünyasındaki kendi nişine uymaktadır.

Bu yaklaşımın ek bir yararı, belirli bir araştırma grubunun görüntüleme ihtiyaçlarını karşılamak için kolayca özelleştirilebilmesidir. Yöntem ayrıca diğerlerinin görüntülenmesi için de özelleştirilmektedir.