Name: Nonexperts için Phylogenetics İçin Pratik Kılavuz (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-02-05T17:00:00.000+00:00
Duration: 12 min
Description: Öğrenin, DNA veya protein dizilerinden güvenilir filogenetik ağaçlar oluşturmayı. BLAST, hizalama ve evrim modelleri kullanarak biyoinformatik analiz yapın. Bu yöntem, araştırmacılara evrimsel ilişkileri anlamada pratik bir rehber sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz yazının yorumları için O&#39;Halloran laboratuar üyelerine teşekkür. Biz D. O&#39;Halloran fonlanmas için Biyolojik Bilimler George Washington Üniversitesi Bölümü ve Fen Kolomb Koleji teşekkür ederim.

1.. Temel Yerel Hizalama Arama Aracı (ŞOK): Çevrimiçi Arayüz <ol><li> Biyoteknoloji Bilgi Ulusal Merkezi (NCBI) de ŞOK 1 web sunucusunu ziyaret etmek için bu linke tıklayınız. - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (Şekil 1). </li><li> Sorgu kutusuna girdi bir FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş metin dizisi (örneğin bkz. Şekil 2). </li><li> Arama kullanmak ve daha sonra &quot;patlama&quot; tıklayın uygun BLAST programı ve ilgili veritabanı veya ilgi bireysel türler tıklayınız. Not: FASTA biçimlendirilmiş dizisi, bir &quot;&gt;&quot; işareti ile gösterilen bir açıklama satırı ile başlar. Description &quot;&gt;&quot; işareti, dizisi (yani. Nükleotid veya amino asitler) sonraki satırda açıklamasını izledikten sonra hemen takip etmelidir. BLAST aramanın çıkış HTML, düz metin, XML, ya da vurmak ta olarak görülüyorlen HTML ayarlanmış varsayılan (Şekil 3) ile (Metin veya csv). </li></ol> 2. Temel Yerel Hizalama Arama Aracı (ŞOK): Yerel Çalıştırılabilirler <ol><li> Bu linkten son BLAST komut satırı ŞOK yürütülebilir indir: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a> - </li><li> PC kullanıcıları için em&gt;: En son blast win32.exe dosyasını çift tıklatın ve lisans sözleşmesini kabul ve yüklemek için tıklayın. Not: NCBI-patlama-2.2.27 +: varsayılan kurulum dizini C. </li><li> Aşağıdaki gibi PC çevre değişkeni yapılandırın: <ol><li> &quot;Start&quot; butonuna ve daha sonra sağ &quot;bilgisayar&quot; tıklayın PC tıklayın </li><li> &quot;Özellikler&quot; e tıklayın ve pop-up &quot;gelişmiş&quot; sekmesine tıklayın </li><li> &quot;Ortam Değişkenleri düğmesine&quot; tıklayın ve yeni pop-up th altında &quot;yeni&quot; butonuna tıklayınbölümde e &quot;kullanıcı için kullanıcı değişkenleri&quot; </li><li> NCBI-patlama-2.2.27 + bin: pop-up değişken adı &quot;Yol&quot; ve değişken değeri &quot;C ekleyin. Not: bin dizini çalıştırılabilir (.. Yani blastp, vb) içerir. </li></ol></li><li> Mac kullanıcıları için em&gt;: Terminal uygulamasını açın (bu sadece açık &quot;Finder&quot; yapmak ve &quot;Terminal&quot; arama ve bu &quot;terminal&quot; simgesi gösterilecek). Terminal penceresi türü içine: &gt; Ftp <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov">ftp.ncbi.nih.gov</a> Not: Ayrıca PC için yukarıdaki örnekte kullanılan URL&#39;sini yazabilirsiniz </li><li> NCBI ftp sitesi türünü Adı ve Şifre için &quot;anonim&quot;, ve sonra yazın erişmek için: &gt; Cd blast / yürütülebilir / SON </li><li> Yazarak yürütülebilir listeleyin: &gt; Ls </li><li> Aşağıdaki (veya ne olursa olsun en son sürümü şu anda) yazarak en son sürümünü almak: 2; NCBI-patlama-2.2.7-macosx.tar.gz olsun </li><li> &quot;Exit&quot; yazarak NCBI ftp sunucusu siteyi çıkın. </li><li> Yazarak indirilen dosyaların sıkıştırması: &gt; Tar-xzf NCBI-patlama-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li> Yazarak komutları ararken kabuk bu dizinin arama böylece yoluna patlama yürütülebilir ikili dosyaların konumunu ekleyin: &gt; PATH = $ PATH: new_folder_location </li><li> Bu yazarak yoluna yerini eklendi olmadığını kontrol edin: &gt; Echo $ PATH </li><li> Buraya tıklayarak (günlük olarak güncellenmektedir) önceden biçimlendirilmiş bir BLAST veritabanları indir: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a> </li><li> &quot;Db&quot; klasörünün içine veritabanını yerleştirin. </li><li> PC&#39;de em&gt;: ve yazarak NCBI-patlama klasöre dizini değiştirin (bu &quot;Başlat&quot; ve arama çubuğuna &quot;cmd&quot; yazıp yapmak için) bir MS-DOS komut istemini açın: C: Users&gt; cd .. [hamlebir klasör yukarı] C: &gt; cd NCBI-patlama-2.2.27 + Bu dizini değişecektir: C: NCBI-patlama-2.2.27 +&gt; </li><li> Aşağıdaki &quot;makedb&quot; komutunu kullanarak veritabanı oluşturun: &gt; Makedb-db / briggsae.fasta-dbtype prot-out db / briggsae Not: Aşağıdaki örnekte (Şekil 4) olarak veritabanı &quot;briggsae&quot; adlı ve organizmadan Caenorhabditis briggsae itibaren bir bağlantı grubu oluşur. </li><li> &quot;Db&quot; klasörünün içine bir FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş protein metin dizisini takarak &quot;test&quot; adı verilen bir sorgu protein dizisini oluşturun. </li><li> Aşağıdaki komutu yazarak bir blastp arama üzerinden veritabanı sorgulayın: &gt; Blastp-sorgu db / test.txt-db / briggsae-out text.txt </li><li> Bir Mac&#39;te em&gt;: (adım 2.4) ve yukarıdaki talimatlara göre NCBI ftp web sitesine erişerek yerel Blast aramalar için bir veritabanı yüklemekn tipi: &gt; Lcd .. / veritabanları / </li><li> Yazarak ilgi genomunu ya da dizisini indir: &gt; Olsun NC_ [Erişim #]. Fna Not: &quot;. Fna&quot; FAŞTA biçimlendirilmiş bir nükleotid diziye işaret eder ve &quot;FAA.&quot; FAŞTA biçimlendirilmiş amino asit sekansları anlamına gelir. </li><li> Ftp siteyi çıkmak için &quot;çıkın&quot; yazınız. </li><li> Yazarak veritabanını olun: &gt; Db / mouse.faa-out fare-dbtype prot makeblastdb-in </li><li> &quot;Bin&quot; klasörünün içine bir FAST biçimlendirilmiş bir sorgu sırasını yerleştirin ve aşağıdaki komutu ile veritabanı sorgulamak: &gt; Blastp-sorgu &quot;senin query.fasta&quot;-db &quot;Veritabanı&quot;-out results.txt </li></ol> 3. Çoklu Dizi Hizalamalarını oluşturuluyor <ol><li> Yaygın olarak kullanılan Çoklu dizi hizalama (MSA) programları erişmek için bu bağlantıları tıklayın: ClustalW 6 <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> Salikorngn 7 <a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a> MAFFT 8,9 <a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a> KAS 10 <a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a> T-Kahve 11 <a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a> PROBCONS 12 <a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons</a> </li><li> - Bu linke tıklayın <a href="http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular">http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular</a> sorgu kutusuna ve giriş FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş dizisi verileri - Not: T-Kahve ikinci bir numune çıkışı, Şekil 5&#39;de görülebileceği gibi, benzer artıklar renk kodludur. </li><li> Bir komut satırı sürümü (ClustalW) veya bir grafik v olarak Clustal MSA indirinbu linki tıklayarak ersion (ClustalX): <a href="http://www.clustal.org/clustal2/">http://www.clustal.org/clustal2/</a> - sonra uygun yürütülebilir tıklayın (yani kazanmak, Linux, Mac OS X). </li><li> FASTA biçimlendirilmiş dizisi metin olarak veri yüklemek ve (Şekil 6) hizalamak. </li></ol> 4. Evrim Best-fit Modelleri Belirlenmesi <ol><li> Prottest 13 programı indirmek için buraya tıklayın: <a href="http://darwin.uvigo.es/our-software/">http://darwin.uvigo.es/our-software/</a> </li><li> Prottest indirildikten sonra ProtTest.jar dosyasına çift tıklayın </li><li> Prottest başlatıldıktan sonra, &quot;dosyayı seçin&quot; üzerine tıklayın ve (Şekil 7) dizisi verileri yüklemek. </li><li> Ardından &quot;start&quot; ve programı (Şekil 8) başlayacak. Not: run (Şekil 8) tamamlandıktan sonra, program kriterlerine göre en iyi modeli gösterir ör<html> &quot;AIC göre en iyi modeli: DEDİKODU + I + G&quot; </li></ol> 5. Maksimum Olabilirlik veya Bayes Çıkarım tarafından Sıra Tabanlı Filogeniler çıkarım <ol><li> Burada PhyML 4 İndirilme: <a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a> </li><li> Çift uygun uygulama (yani phyml Windows phyml Linux, vb.) Ve arayüz penceresi (Şekil 9) açılır tıklayarak yürütülebilir başlatın. </li><li> Yazarak bir PHYLIP biçimlendirilmiş dizisi olarak giriş sırasını yükleyin: &gt; &quot;Dosya adı&quot;. Phy Not:, dizi formatları arasında dönüştürme mevcut &quot;Readseq&quot; web programını kullanmak için - <a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a> . </li><li> &quot;Y&quot; yazarak programı başlatın. </li><li> Burada MrBayes 5 indir: rceforge.net / download.php &quot;&gt; http://mrbayes.sourceforge.net/download.php </li><li> Yürütülebilir dosya üzerinde programın tıklayın başlamak ve yazarak programa NEXUS biçimlendirilmiş dizisi verileri okumak için: &gt; &quot;Dosya adı&quot; yürütmek. Nex </li><li> Evrimsel bir model oluşturdu. </li><li> Yazarak çalıştırmak için nesillerin sayısını seçin: &gt; Mcmcp ngen = 1000000 [1000000 Bu nesillerin sayısını ayarlar] &gt; Karter yanıyor = 10000 [Bu 10000 burnin ayarlar] </li><li> Yazarak sonuçlar dosyasında şube uzunlukları kaydedin: &gt; Mcmcp savebrlens = yes </li><li> Yazarak analizi çalıştırın: &gt; Mcmc </li><li> &quot;SUMT&quot; komutunu kullanarak ağaçları özetler. </li></ol> 6. Filogeniler görselleştirme <ol><li> Burada ağaç görüntüleyici programların listesini görüntülemek: <a href="http://www.treedyn.org/overview/editors.html">http://www.treedyn.org/overview/editors.html</a> </li><li> TreeView 14 progr indirinburadayım: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a> </li></ol>

<ol><li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Weights+for+data+related+by+a+tree%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li>
<li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+look+at+the+statistical+model+identification%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Trans.+Automat.+Contr%22%5BJournal%5D)">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li>
<li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimating+the+dimension+of+a+model%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Stat%22%5BJournal%5D)">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li>
<li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple%2C+fast%2C+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood%5BTitle%5D)+AND+%22Syst.+Biol%22%5BJournal%5D)">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li>
<li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MRBAYES%3A+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li>
<li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CLUSTAL+W%3A+Improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting%2C+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.</a> Nucleic Acids Res. 22 (22), 4673-4680 (1994).</li>
<li>Lassmann, T., Sonnhammer, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kalign--an+accurate+and+fast+multiple+sequence+alignment+algorithm%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.</a> BMC Bioinformatics. 6, 298 (2005).</li>
<li>Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MAFFT+version+5%3A+Improvement+in+accuracy+of+multiple+sequence+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MAFFT version 5: Improvement in accuracy of multiple sequence alignment.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 511-518 (2005).</li>
<li>Katoh, K., Misawa, K., Kuma, K., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MAFFT%3A+A+novel+method+for+rapid+multiple+sequence+alignment+based+on+fast+fourier+transform%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast fourier transform.</a> Nucleic Acids Res. 30 (14), 3059-3066 (2002).</li>
<li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MUSCLE%3A+Multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li>
<li>Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((T-coffee%3A+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">T-coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment.</a> J. Mol. Biol. 302 (1), 205-217 (2000).</li>
<li>Do, C. B., Mahabhashyam, M. S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProbCons%3A+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li>
<li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProtTest+3%3A+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li>
<li>Page, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TreeView%3A+An+application+to+display+phylogenetic+trees+on+personal+computers%5BTitle%5D)+AND+%22Comput.+Appl.+Biosci%22%5BJournal%5D)">TreeView: An application to display phylogenetic trees on personal computers.</a> Comput. Appl. Biosci. 12 (4), 357-358 (1996).</li>
<li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((jModelTest+2%3A+More+models%2C+new+heuristics+and+parallel+computing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing.</a> Nat. Methods. 9 (8), 772 (2012).</li>
<li>Chevenet, F., Brun, C., Banuls, A. L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TreeDyn%3A+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li>
</ol>

Biz ifşa hiçbir şey yok.

Bu yazı için bizim umudumuz o Filogenetikte için yeni araştırmacıları veya öğrencilere rehberlik etmek için bir başlangıç ​​noktası olarak hizmet verecek olmasıdır. Genom dizileme projeleri son birkaç yıldır daha pahalı hale gelmiştir ve bunun sonucu olarak bu teknoloji için kullanıcı talebi artıyor ve şimdi büyük dizi veri setlerinin üretimi küçük laboratuarlara olağandır. Bu veri kümeleri genellikle işlevini anlamaya başlamak için bir filogenetik çerçeve gerektirir genlerin setleri ile araştırmacılara sunmak. Filogene...

İki (veya daha fazla) türler gelişmiş anlamak amacıyla, her bir örnekten dizisi ya da morfolojik veriler elde etmek için gerekli olan ilk olarak, bu veriler, evrimsel uzayda ilişkisini ölçmek için kullanabilir miktarlarını temsil eder. (Örneğin mil, inç, mikron) mevcuttur daha fazla veri daha doğru bir ölçüm eşit olacak olan, doğrusal mesafe ölçme zaman olduğu gibi. Ergo, bir araştırmacı evrimsel mesafe anlamak için hassaslığı ile ağır ilişkileri ölçmek için kullanılabilir bilgi veri hacmine etkilenir. Farklı örnekler, farklı oranlarda ve farklı mekanizmalarla gelişmeye çünkü Ayrıca, biz iki takson arasındaki ilişkiyi ölçmek için kullanılan yöntem de doğrudan evrimsel ölçümlerin doğruluğunu etkiler. Bu nedenle, evrimsel ilişkiler doğrudan gözlenemeyen ancak bunun yerine sırası veya morfolojik verilerin, evrimsel çıkarım sorunu yola çıkılarak çünküilişkiler istatistik biri haline gelir. Phylogenetics optimal takson arasındaki evrimsel geçmişini yeniden amacıyla evrim kalıpları istatistiksel modellerini uygulama ile ilgili biyoloji dalıdır. Takson arasındaki bu imar takson ait phylogeny olarak adlandırılır. Burada dizileri bir dizi filogenezlerini çıkarım için adım boru hattının bir adım tarif moleküler biyologlar ve evrimsel biyologlar arasında uzmanlık köprü yardımcı olmak için. Öncelikle, biz detay web tabanlı arayüz üzerinden ve yerel yürütülebilir kullanarak Basic Local Alignment Search Tool (BLAST 1) algoritması kullanılarak veritabanı sorgulama dahil adımlar, bu genellikle tanımlanamayan bir benzer dizilerin bir listesini elde ilk adımdır Sorgu, bazı araştırmacılar da bu tür Phylota (http://www.phylota.net/) gibi web arayüzleri yoluyla tek bir grup için veri toplama ilginizi çekebilir rağmen. C BLAST algoritmasıdırSorgu sırası benzeyen &quot;hit&quot; aramak için sıralarının bir veritabanına karşı primer amino asit veya nükleotid dizisi verileri omparing. BLAST programı, Stephen Altschul ve arkadaşları tarafından tasarlanmıştır. Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) 1. BLAST sunucu farklı programlar bir dizi oluşur ve burada en yaygın ŞOK programların bazılarının bir listesi: i) Nükleotid-BLAST nükleotid (blastn): Bu program, bir DNA dizisi giriş gerektirir ve DNA veritabanından en benzer DNA dizileri döndüren bir kullanıcının belirlediği Spesifik bir organizma için (örneğin,.) ii) Protein-protein BLAST (blastp): Burada, kullanıcı, bir protein sekansı girer ve program, kullanıcının belirttiği protein veritabanından en benzer protein dizilerini verir. iii) Pozisyonu Özgü Iterative BLAST (PSI-BLAST) (blastpgp): Kullanıcı girişi bir prote olduğunuyanında yakın ilişkili proteinler, bir dizi döner sırayla ve bu veri kümesi bir muhafaza profili oluşturulur. Sonraki yeni bir sorgu bir protein veritabanını sorgulamak için kullanılır sadece bu korunmuş &quot;motifler&quot; kullanılarak üretilen ve bu korunmuş &quot;motifleri&quot; yeni bir dizi ayıklanır ve sonra bir protein veritabanı kadar sorgulamak için kullanılan hangi proteinlerin daha büyük bir grup döndürür proteinlerin daha büyük bir küme retuned ve başka bir profil oluşturulur ve işlem tekrarlanır. Her adımda sorguya ilgili proteinlerin dahil ederek bu program kullanıcının daha farklı olan dizileri belirlemek için izin verir. iv) Nükleotid 6-frame çeviri-protein (BLASTX): Burada, kullanıcı, altı çerçeveli kavramsal çeviri ürünleri (yani dönüştürülür bir nükleotid sekansı, girdi sağlamaktadır her iki kol), bir protein sekans veri tabanına karşı.. v) 6-çerçeve çeviri-nükleotidi Nükleotit6-kare için (TBLASTX): Bu program, bir DNA nükleotid sekansı, girdi alır ve onu bir nükleotit sekans veri tabanının altı çerçeveli çevirileri karşı karşılaştırır altı-çerçeveli kavramsal öteleme ürünleri içine girişi anlamına gelmektedir. vi) Protein-nükleotid 6-kare için (TBLASTN): Bu program, bir nükleotit sekans veri tabanının altı okuma çerçevesi karşılaştırmak için bir protein sekansıdır girişini kullanır. Sonra, bir dizi veri kümesi bir Çoklu Dizi Hizalama (MSA) üretmek için yaygın olarak kullanılan programları tanımlamak, ve bu bir dizi veri kümesi için evrimin en uygun modelleri belirlemek programlarına bir kullanım kılavuzu ile takip edilmektedir. Filogenetik rekonstrüksiyon istatistiksel bir sorundur, ve bu nedenle, filogenetik yöntemler istatistiksel bir çerçeve dahil etmek gerekir. Bu istatistiki çerçeve kümesi içinde sekans değişikliğini içermektedir evrimsel bir model haline gelir. Bu evrimsel model nükleotid ya da amino asit ikamelerinin süreci hakkında varsayımlar bir dizi oluşur ve belirli bir veri kümesi için en uygun bir model istatistiksel testler yoluyla seçilebilir. Farklı modellerin verilerine uygun mümkün olanlar bir dizi içinde en uygun modeli seçmek için olabilirlik oranı testleri (Likelihood oran) veya bilgi kriterler ile mukayese edilebilir. İki ortak bilgi kriterleri Akaike bilgi kriteri (AIC) 2 ve Bayesian bilgi ölçütü (BIC) 3 vardır. Optimal hizalama üretildiğinde, hizalanmış verilerden soyoluşu oluşturmak için pek çok farklı yöntem vardır. Evrimsel ilişki çıkarım çok sayıda yöntem vardır, genel olarak, iki kategoriye ayrılabilir: mesafeye göre yöntem ve dizi-bazlı yöntem. Uzaklık dayalı yöntemler dizilerden ikili mesafeleri hesaplamak ve sonra ağaç elde etmek için bu mesafeleri. Dizi-bazlı yöntemler, doğrudan sekans hizalama kullanın ve genellikle t aramaBir eniyilik kriter kullanarak ree alanı. Biz akrabalık ilişkileri yeniden inşa için iki dizi-tabanlı yöntemler anahat: Bu maksimum olabilirlik çerçeveyi uygular PhyML 4, ve Bayes Markov Zinciri Monte Carlo çıkarsama kullanır MrBayes 5. Olabilirlik ve Bayes yöntemleri filogenetik rekonstrüksiyonu için istatistiksel bir çerçeve sağlar. Yaygın olarak kullanılan ağaç-yapı araçları üzerinde kullanıcı bilgilerini sunarak, filogenetik ilişkileri anlaması için gerekli gerekli verilere okuyucuya tanıtmak.

<table><tbody><tr><td>BLAST web sayfası&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a</td></tr><tr><td>>BLAST yürütülebilir dosyaları&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td></tr><tr><td>Önceden biçimlendirilmiş BLAST veritabanları</td><td></td><td></td><td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a</td></tr><tr><td>>Clustal</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.clustal.org/ ">http://www.clustal.org/</a></td></tr><tr><td>Kalign</td><td></td><td></td><td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td></tr><tr><td>MAFFT</td><td></td><td></td><td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td></tr><tr><td>MUSCLE</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td></tr><tr><td>T-Coffee</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td></tr><tr><td>PROBCONS</td><td></td><td></td><<td>a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&nbsp; </a></td></tr><tr><td>Se-Al&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a</td></tr><tr><td>>BSEdit&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td></tr><tr><td>JalView</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td></tr><tr><td>SeaView</td><td></td><td></td><td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td></tr><tr><td>ProtTest& nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a</td></tr><tr><td>>Java Runtime&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td></tr><tr><td>Readseq</td><td></td><td></td><td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td></tr><tr><td>jModelTest</td><td></td><td></td><td><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">HTTPS://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td></tr><tr><td>PhyML</td><td></td><td></td><<td>a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td></tr><tr><td>MrBayes</td><td></td><td></td><td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td></tr><tr><td>TreeView</td><td></td><td></td><td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td></tr><tr><td>TreeDyn</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td></tr></tbody></table>

nonexperts için phylogenetics İçin pratik kılavuz

A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

Birçok araştırmacı, inanılmaz farklı odaklar karşısında, araştırma soru (lar) için Phylogenetics uygulamaktayız. Ancak, birçok araştırmacı bu konuya yeni ve bu yüzden doğal sorunları sunuyor. Burada nonexperts için Filogenetikte için pratik giriş derlemek. Biz bir adım-adım şekilde, gen sekansı veri setlerinden güvenilir filogenezlerini üretmek için bir boru hattı anahat. Biz çevrimiçi arayüzleri yanı sıra yerel yürütülebilir yoluyla benzerlik arama araçları için kullanıcı kılavuzu ile başlar. Sonra, evrim iyi uygun modelleri belirlemek için yazılım kullanarak protokolleri takip çoklu dizi hizalamalarını üretmek için programlar keşfedebilirsiniz. Biz sonra maksimum olabilirlik ve Bayes kriterleri aracılığıyla akrabalık ilişkileri yeniden protokolleri anahat ve nihayet filogenetik ağaçlar görselleştirmek için araçları tanımlamak. Herhangi bir filogenetik yaklaşımlar ayrıntılı bir açıklaması yoluyla bu olmasa da, ki bu durum pratik başlangıç ​​informat ile okuyucu sağlamak yaparyaygın phylogeneticists tarafından kullanılan anahtar yazılım uygulamaları iyon. Bu yazı için vizyonu filogenetik çalışmalar başlamadan araştırmacılar için pratik bir eğitim aracı olarak hizmet etmek ve aynı zamanda bir sınıf veya eğitim-laboratuvar içine dahil edilebilir bir eğitim kaynağı olarak hizmet verebilir olacaktır.

Bir sorguya benzerlikler bulma araştırmacılar yeni dizilere potansiyel bir kimlik atfetmek ve aynı zamanda dizilerinin arasındaki ilişkileri anlaması için izin verir. ŞOK 1 için dosya giriş türü FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş bir metin dizisi veya GenBank sayıdır. FASTA biçimlendirilmiş dizisi, bir &quot;&gt;&quot; işareti (Şekil 2) ile gösterilen bir açıklama satırı ile başlar. Description &quot;&gt;&quot; işareti, dizisi (yani. Nükleotid veya amino asitler) sonraki satırda açıklama...

Burada nükleotid ya da amino asit dizisi veri setleri güvenilir filogenezlerini üretilmesi için adım adım boru hattını açıklar. Bu kılavuz, araştırmacılar veya filogenetik analize yeni öğrencilere hizmet etmeyi amaçlamaktadır.

Nonexperts için Phylogenetics İçin Pratik Kılavuz

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

Bu makalenin genel amacı, DNA veya protein dizilerinden güvenilir bir filogenetik ağ oluşturmaktır. Bu işlem, öncelikle NCBI'daki blast programları kullanılarak benzer dizilerin belirlenmesiyle gerçekleştirilir. İkinci adım ise benzer dizilerin hizalanmasıdır.Ardından, hizalamadan yola çıkarak en uygun evrim modeli belirlenir. Son adım ise hizalanmış dizilerden filogenetik ilişkinin çıkarılmasıdır. Nihayetinde, bu adım adım iş akışı, kullanıcıların dizi verilerinden güvenilir filogenilere nasıl ulaşabileceğini göstermek için kullanılır.Bu yöntem, yeni dizilerin kimliğini ve işlevini belirleyerek çeşitli alanlardaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Temel yerel hizalama arama aracının veya blast'ın çevrimiçi sürümünü kullanmak için Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'ne veya NCBI Blast Web Sunucusuna gidin. Uygun blast programına tıklayın.Burada gösterilen gibi FASTA formatındaki bir metin dizisini sorgu kutusuna girin. Aramada kullanmak için uygun blast programına tıklayın ve ardından blast'a tıklayın. Çıktı varsayılan olarak HTML formatındadır ve giriş metin dizisine en benzer dizileri görüntüler.Bir sonraki bölüm, Windows Mac üzerinde yerel bir blast yürütülebilir

a-practical-guide-to-phylogenetics-for-nonexperts

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

ITS2 Veritabanı filogenetik çıkarım aynı anda dikkate sırası ve iç kopyalanamaz boşluk 2 ikincil yapısı için bir tezgah olduğunu. Bu doğru bir açıklama, yapı tahmini, çoklu dizi-yapı uyum ve hızlı ağaç hesaplama ile veri toplama içerir. Özetle, bu tezgah birkaç tıklama ilk filogenetik analizler kolaylaştırır.

ITS2 Veritabanı

Bu iletişim kuralının amacı farklı proteinler arasında tutarlı terminoloji ve sınıflandırma ölçütlerini yoksun bir grup için bir referans geliştirmektir. Bu başvuru analizleri ve bir bütün olarak grup tartışma kolaylaştıracak ve kurulan adlarına ek olarak kullanılabilir.

Oluşturma ve tartışma ve proteinler arasında farklı grup sınıflandırılması kolaylaştırmak için bir başvuru uygulama

Tatlılar prokaryot üzerinden sıra Homoloji Ökaryotlar ve SemiSWEETs dayalı bir filogenetik ağaç oluşturma yöntemi açıklanmıştır. Filogenetik analiz homolog proteinler veya genler arasındaki evrimsel ilişkisi farklı organizma gruplarından açıklamak için yararlı bir araçtır.

Ökaryotik gen kökenli araştırmaya filogenetik analizi kullanılarak

Görev yürüyen merdiven basamak yetenekli yürüme değerlendirmek ve ön ayakları ve hindlimb, yerleştirme adım ve ekstremite arası koordinasyon ölçmek için yeni bir testtir.

Görev Yürüyüş Merdiven Basamak: Puanlama Sistemi ve Pratik Uygulama.

Genetik Đndüklenebilir Kader Haritalama (GIFM) işaretleri ve ince, mekansal ve zamansal kontrolü ile parça...

Genetik Đndüklenebilir Kader Haritalama Pratik Bir Yaklaşım: Hücreler Mark ve Track Görsel Bir Rehberi In Vivo</em

Bu plazma / seroloji alınan tam kandan genomik DNA'nın izole edilmesi için yeni bir yöntem tarif edilmektedir. Plazma toplama sonra, sıkıştırılmış kan genellikle atılır. Bizim yeni bir yöntem mevcut yöntemlere göre önemli bir gelişme gösteren ve ek kan almadan, DNA ve tek bir koleksiyon edinilebilir plazma yapar.

Plazma Protein Koruma Kan Alma Kitleri Genomik DNA Ayıklama Pratik ve Yeni Bir Yöntem

Tek bir embriyonik hücre kaderi, kalıtsal molekülleri ve / ya da hücrede gelen sinyalleri tarafından etkilenebilir. Klivaj dönemi Xenopus embriyosunun kaderi haritaları kullanarak, tek blastomer hücre-hücre etkileşimleri karşı kalıtsal molekül katkıları değerlendirmek için izole kültür için tespit edilebilir.

Blastomer Eksplantlarından Embriyonik gelişim sırasında Hücre Kader Taahhüt Test Etmek için

V3 iş akışı lekesiz jeller kullanan batı lekeli bir prosedürdür. Lekesiz teknoloji, araştırmacıların protein ayırma kalitesini görselleştirmelerine, transfer verimliliğini doğrulamalarına ve en önemlisi güvenilir bir yükleme kontrolü olarak toplam protein nicelemesini kullanarak ilgi proteinindeki değişimi doğrulamalarına olanak tanır.

Batı Blotting'de Pratik, Kullanışlı ve Güvenilir Toplam Protein Yükleme Kontrolü için V3 Lekesiz İş Akışı

Floresan kullanarak western blotlamanın ilerlemesi, kantitatif analizlere olanak tanıyan protein ekspresyonundaki ince değişikliklerin tespit edilmesine izin verdi. Burada, çeşitli türler ve doku tiplerinde bir dizi proteinin tespiti için sağlam bir metodoloji açıklıyoruz. Yaygın teknik sorunların üstesinden gelmek için bir strateji de sağlanmaktadır.

Sorun Giderme Stratejileri Modern Kantitatif Floresan Western Blot A Guide

kemoterapötik antibiyotik arasında değişen ilaçlar yer alır nephrotoxins, kaynaklanacak böbrek yaralanmaları, kimin patogenezi tam olarak anlaşılamamıştır karmaşık bozuklukları oluşabilir. Bu protokol, zebra balığı böbrek koruyucu önlemlerin tanımlanması için uygulanabilir, bu koşullar, hastalık modelleme için nasıl kullanılabileceğini göstermektedir.

Zebra balığı Nephrotoxin Mikroenjeksiyon Akut Böbrek Yaralanması Model

Öğrenin, DNA veya protein dizilerinden güvenilir filogenetik ağaçlar oluşturmayı. BLAST, hizalama ve evrim modelleri kullanarak biyoinformatik analiz yapın. Bu yöntem, araştırmacılara evrimsel ilişkileri anlamada pratik bir rehber sunar.

Nonexperts için Phylogenetics İçin Pratik Kılavuz

Daha fazla video keşfet