ChroP Yaklaşım Kromatin Odağı özgü Proteomic Manzaralar teşrih Chip ve Kütle Spektrometre birleştirir

Bu prosedürün genel amacı, farklı elementlerin transkripsiyonel durumu belirlemek için nasıl sinerji oluşturduğunu anlamak için işlevsel olarak farklı kromatin alanlarının proteomik bileşimini karakterize etmektir. Sekiz. Bu, önce kültürlenmiş hücrelerden çekirdeklerin hazırlanması ve kromatinin enzimatik veya mekanik yollarla optimal uzunlukta parçalara sindirilmesiyle gerçekleştirilir. İkinci adım, bir histon translasyon sonrası modifikasyona veya ilgilenilen bölgeyi spesifik olarak işaretlediği bilinen bir proteine karşı yem antikorları kullanılarak immünopresipitasyon yoluyla toplu kromatinden farklı bir fonksiyonel alanı saflaştırmaktır.

Daha sonra, immüno-saflaştırılmış kromatin proteinleri SDS sayfası ile ayrılır ve kütle spektrometresinden önce ingel sindirilir. Bir sonraki adım, yüksek çözünürlüklü bir cihaz üzerinde sıvı kromatografisi kütle spektrometresi analizidir. Sonuç olarak, kütle spektrometresi ham verileri, özel amaçlı yazılım tarafından analiz edilir, ardından histon modifikasyonlarını tanımlamak ve ölçmek için spektrumların manuel olarak incelenmesi ve sırasıyla girdiye göre immüno-çökeltilmiş materyaldeki nispi bolluğun hesaplanmasına veya SLAC oranına ve yeme rakip olarak çözünür peptit kullanılarak yapılan rekabet deneylerine dayalı olarak proteinleri zenginleştirir. Histo modifikasyon modeli ve varyans arasındaki etkileşimler hakkında fikir edinebilir ve hepsi uyumlu bir şekilde hareket eden belirli kromatin bölgelerine ve bu şekilde işe alınan nükleer interaka ulaşabiliriz.