Name: Nükleosid trifosfatlar - sentezinden Biyokimyasal Karakterizasyonu için (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-04-03T16:00:00.000+00:00
Duration: 15 min 22 s
Description: Öğrenin, modifiye nükleozid trifosfatların dört adımlık tek kap yöntemiyle sentezini, ters faz HPLC ile saflaştırılmasını ve NMR ile MALDI-TOF kullanılarak biyokimyasal karakterizasyonunu.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Bu çalışma, İsviçre Ulusal Bilim Vakfı (Hibeler n PZ00P2_126430 / 1 ° ve PZ00P2_144595) tarafından desteklenmiştir. Prof C. Leumann minnetle laboratuvar alanı ve ekipman sağlayarak, hem de onun sürekli destek için için kabul edilmektedir. Bayan Sue Knecht verimli tartışmalar için kabul edilmektedir.

1.. Modifiye nükleosit trifosfatın sentezi Seçilen sentetik yaklaşım bu yöntem genellikle güvenilir ve çok az yan ürünlerin (Şekil 1A) 39 yol açar beri Ludwig ve Eckstein tarafından geliştirilen prosedürü takip eder. <ol><li> Iki defa, susuz piridin (2 mi) ile ve daha sonra gece boyunca vakum altında kuru olarak uygun 3&#39;-OAc-korumalı nükleositi (genellikle 0.1 mmol) Coevaporate. Aynı zamanda, bir gece boyunca vakum altında kuru tributilamonyum pirofosfat (0.13 mmol). </li><li> Kuru piridin (0.2 mi) bir minimum nükleositi eritin ve bir birlikte-çözücü olarak, kuru dioksan (0.4 ml) ekleyin. Son olarak, 2-kloro-1 ,3,2-benzodioxaphosphorin-4-on (0.11 mmol) ekleyin ve 45 dakika için oda sıcaklığında reaksiyona izin verir. Not: Bu, özellikle bakım 2-kloro-1 ,3,2-benzodioxaphosphorin-4-on bir reaktif ile alınması gerektiği dikkat çekicidir. Gerçekten de, bir atıl gaz altında bu hava ortam maddesi içinde bir kullanıcının depolamaBurada da ayrışmasını önlemek için yeterli değildir. Bu nedenle, bu ayrışma oluşturulur bu, beyaz bir katı ve kullanım öncesinde kazınıp gerektiğini açıklar. </li><li> Kuru DMF (0.17 mi) içinde tributilamonyum pirofosfat çözeltisi ve taze damıtılmış tributilamin hazırlayın (58 ul; moleküler elekler eklemek hiç). Reaksiyon karışımına (beyaz bir çökelti oluştu fakat hızla kaybolur), elde edilen çözelti ilave edin ve 45 dakika boyunca oda sıcaklığında reaksiyona girmesine izin verir. </li><li> Bir iyot çözeltisi piridin (0.16 mmol) (0.98 mi) ve H2O (20 ul) hazırlayın ve (III) &#39;ün merkezi Pα okside etmek için reaksiyon karışımına ekleyin. Elde edilen koyu renkli çözelti, 30 dakika boyunca oda sıcaklığında karışmaya bırakın. </li><li> I 2 fazlalığını gidermek için NAS 2 O 3,% 10 sulu solüsyonu kullanın. Çözücüyü vakum altında çıkarın (döner buharlaştırıcı içinde su banyosunun sıcaklığı, 30 ° C&#39;nin altında tutulmalıdır). H2O (5 mi) ilave edin ve bir mil izinsiklik trifosfat kısmı hidrolize 30 dakika boyunca oda sıcaklığında beklemeye Karışımı soğutun. </li><li> Bu aşamada, koruyucu gruplar, genellikle (3&#39;-OAc ve nükleobaz yan zincirler üzerindeki grupların, yani) çıkarılır. Sonuç olarak, ham için NH4 OH (2 H, O, 10 ml içinde% 30) ekleyin ve oda sıcaklığında 1.5 saat karışması ve çözücüyü vakum altında çıkarın. </li><li> 2 tüp içine H 2 O ve bölünmüş 2 ml ekleyin. 30 dakika boyunca aseton ve santrifüj (1,000 x g) içinde NaClO 4 arasında bir% 2 çözeltisi 12 ml ilave edilir. Bu prosedür bir kez daha tekrar edilir. Bu çökelme böylece esas olarak takip eden RP-HPLC arıtma basitleştirilmesi, (çökelecektir) trifosfattan sentezinde kullanılan çözücüler ve reaktifler ayrılmaktadır. </li><li> Yağlı tortu, hava ile kurutmadan sonra, (standart prosedürler izlenerek Malzemeler ve Şekil 3&#39;ün de listesi bakınız), ham bir 31 P-NMR spektrumunu kaydetme ve4 ml H2O içinde eritildi Not: Bu sentezleme prosedürü esas olarak tadil edilmiş deoksinükleosit trifosfat jenerasyonu üzerinde odaklanırken, çok benzer bir prosedür, (sadece, 3&#39;-bis-O-asile ön-maddeleri 2 &#39;kullanılarak) kendi RNA meslektaşları için uygulanabilir. </li></ol> 2. Modifiye nükleosid trifosfatlar HPLC ile saflaştırılması <ol><li> Trietilamonyum bikarbonat (Teab) bir 1 M stok çözeltisinin hazırlanması: 40 <ol><li> Damıtılmış ve süzüldü H 2 O&#39;dan ≈ 600 ml trietilamin 1 mol (139 mi) ihtiva eden bir çözelti hazırlayın </li><li> Kabarcık CO2 (kuru buz ve bir gaz kabarcık ile) kuvvetli karıştırma altında çözelti içine 7.6 bir pH (bu, en az 10 saat sürer) ulaşana kadar. Bu stok çözeltisi, bir aya kadar buzdolabında muhafaza edilebilir. </li></ol></li><li> Arıtma: <ol><li> Ultra saf su içinde 50 mM Teab 2 L (eluent A) a: 1 M stok çözelti hazırlayın iki geçici belleknd 50% MeCN (eluent B) 50 mM Teab 1 L. Her iki yıkama sıvıları vakum altında ve 20 dakika boyunca karıştırıldıktan Degas (dikkat ve özen gaz alma sırasında CO2 kaldırarak pH değerini değiştirmek için o kadar olarak gereklidir). </li><li> 300 ul damıtılmış H2O içinde ham trifosfat 10 ul eritilerek, bir analitik numune hazırlayın ve bir yarı-hazırlayıcı RP kolonu (C18) ile donatılmış ve değişen bir gradyan kullanılarak, bir HPLC sistemi içine enjekte edilir, 40 dakika içinde% 0-100 B (Şekil 4). Trifosfat R t (genellikle kromatogramda ana pik olan) ve (a biraz daha düşük R t vardır) difosfat göre HPLC programı ayarlayın. Bu koşulları ve bazı difosfat içerebilir ilk fraksiyonlar kaldırarak kullanılarak ham karışım arındırın. </li><li> Ürünü içeren tüm fraksiyonlar birleştirilir ve dondurularak kuru (istenmeyen diphosph için hidrolizini minimuma indirmek amacıyla, döner buharlaştırıcı üzerinde buharlaştırma tercih edilir) yedik. (Saflaştırma maddesi kalıntısı trietilamin çıkarmak için) ultra-saf su ile bir kaç kez Coevaporate. NMR ile trifosfat saflığını standart protokoller uygulanmasıyla (1H ve31P NMR her ikisi) ve MALDI-TOF (bkz. Şekil 5) değerlendirmek. Bu protokolün uygulanması ile elde edilen tipik verimler, tipik olarak alt tabakaya bağlı olarak,% 30-70 aralığı içinde yer alır. </li></ol></li></ol> 3. Primer Uzatma Reaksiyonları ve TdT Polimerizasyon <ol><li> Primerin 5&#39;-uç etiketleme <ol><li> Uygun primerin 30 pmol karıştırın (örneğin P1, Malzeme Listesi) 10x polinükleotid kinaz (PNK) tamponu, γ-[32P]-ATP, PNK 1 ul ve GKD 2 O 3 ul için (4 ul 40 ul toplam reaksiyon hacmi). 30 dakika boyunca 37 ° C&#39;de inkübe edin ve reaksiyon karışımı daha sonra kinaz (70 ° C &#39;de 10 dakika) ısı devre dışı bırakır. </li><li> Etiketleme reaksiyonu sırasında hazırlamaksilanize cam yünü ile 1 ml pipet takıp ve G10 çözeltisi (GKD 2 O içinde% 10, otoklav) ile ucu doldurarak bir Sephadex G10 kolonu. Spin ve 500 ul GKD 2 O ve 50 ul GKD 2 O. ile son bir kez yıkama ile üç kez yıkayın (Serbest radyoaktif etiket çıkarmak için) G10 boyunca reaksiyon karışımının çalıştırın. </li><li> Jel (PAGE% 20) radyo-etiketli primer arındırmak ve ezmek uygulanmasıyla kurtarmak ve 15 için 72 ° C&#39;de% 1 LiClO 4 ve 1 mM 3 NEt (pH 8) ihtiva eden sulu bir çözelti ile 500 ul bir yöntem (yani, bir elüsyon emmek dk). Çökelti etanol ve G10 elüt oligonükleotid tuzunun giderilmesi. </li></ol></li><li> Primer uzatma reaksiyonu <ol><li> Tavlama 1 radyo-etiketli primer P1 pmol, 10 pmol primer P1 ve 10 (kullanılacak polimerazın tedarikçi tarafından sağlanan) 10x reaksiyon tamponu içinde şablon T1 (Malzeme Listesi) pmol t yerleştirerekUbe, sıcak (90-95 ° C) su içinde ve yavaş yavaş (45 dakika boyunca), oda sıcaklığına kadar soğuması için izin verilir. </li><li> Buz üzerinde tüp koyun ve (sırayla) dNTP kokteyl ekleyin (değiştirilmiş veya her ikisini de içeren, doğal trifosfatı, 100 uM son konsantrasyon) ve DNA polimeraz 1 U (ekzo (Vent - Klenow, Pwo ya da 9 ° N,) m) ve 20 ul toplam reaksiyon hacmi için, su () ile tam. (-) Kullanılıyor Vent (ekzo 30 dakika boyunca, örneğin 60 ° C) enzim en uygun çalışma sıcaklığında inkübe edin. </li><li> Durdurma solüsyonu (formamid (% 70), etilendiamintetraasetik asit (EDTA, 50 mM), bromofenol mavisi (% 0.1), ksilen siyanol (% 0.1)) 20 ul ekle örnekleri (95 ° C, 5 dakika) ısı, soğuk aşağı (0 ° C), ve denatüre poliakrilamid jel elektroforezi ile çözmek. Fosforimagere canlandırın. </li></ol></li><li> TdT polimerizasyon <ol><li> Tek şeritli 7 pmol seyreltin, Etiketlenmemiş primer P2 (Malzeme listesi), 1 ul tampon maddesi TdT 10x in radyo-etiketli primerden 1 pmol. </li><li> Buz üzerinde tüp koyun ve (sırayla) (10 ve 200 uM arasında bulunan uygun bir konsantrasyonda) dNTP kokteyl ile TdT polimeraz (4 U) ekleyin. 1 saat boyunca 37 ° C&#39;de inkübe edilir. Stop solüsyonu 10 ul ekleyin örnekleri (95 ° C, 5 dakika) ısıtın, (0 ° C) soğumaya bırakın ve (SAYFA 15%) denatüre poliakrilamid jel elektroforezi ile çözmek. Fosforimagere canlandırın. </li></ol></li></ol> 4. Modifiye nükleosid trifosfatlar ile PCR <ol><li> Her ikisi de ileri 8 pmol karıştırın ve amplifiye edilecek şablonun 0.5 pmol ile geri primerler. 10x reaksiyon tamponu ve (200 uM son konsantrasyon) dNTP kokteyl ilave edin ve buz üzerinde tüp koydu. 20 ul bir son hacme ulaşmak için 1 U DNA polimeraz ve H2O ile birlikte ekleyin. PCR şişenin içine karışımı aktarın ve 30 PCR döngüleri yürütmek.</li><li> 2x sakaroz yükleme tamponu 6 ul 6 ul seyreltin ve elektroforezi (etidyum bromür ile boyanmış) agaroz ile% 2 çözmek. Fosforimagere canlandırın. </li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Nükleik asitlerin içine modifikasyonların dahil antisense ve antijen maddelerin geliştirilmesi 42,43, etiketleme ve oligonükleotidlerin 41 fonksiyonel etiketleme de dahil olmak üzere pek çok pratik uygulamalar için ilgi çekici olan ve genetik alfabe 44-46 genişletmek çabalarında. Kimyasal değişiklikler ve fonksiyonel gruplar genellikle, standart ve otomatik katı faz sentezi protokolleri uygulanmasıyla nükleik asitler dahil edilir. Bununla birlikte, fosforamidit yapı taşları da kimyasal i...

<html> 5&#39;-nükleosit trifosfatlar ((d) NTP&#39;ler) evrensel enerji birimi olmaktan hücre metabolizması düzenleyicileri kadar sayısız işlem ve fonksiyonların katılan önemli bir biyomoleküllerin bir sınıfını temsil eder. Bu temel biyolojik dönüşümler rollerine ilave olarak, bunların modifiye edilmiş oligonükleotidlerin muadilleri olarak işlevsel grupların sokulması için bir çok yönlü ve hafif bir platform, güzel bir şekilde, genellikle 1,2 uygulandığı bir otomasyonlu katı faz sentezini tamamlar bir yöntem olarak gelişmiş var. Gerçekten de, (d) NTP&#39;ler RNA ve DNA polimerazların 3 alt-tabakalar için, amino asitler 4-13, boronik asitler 14,15, nornbornene 16, diamondoid benzeri kalıntıları 17 için, yan zincirler de dahil olmak üzere işlevsel grupların zenginliği olarak hareket edebilir Resim organik kataliz 18, safra asitleri 19 ve hatta 20 oligonükleotidler oligonükleotid içine sokulabilir. _content &quot;&gt; nükleik asitlerin işlevsellik için uygun bir vektör temsil ötesinde, modifiye edilmiş dNTP, SELEX ve modifiye katalitik nükleik asit 21-30 ve çeşitli pratik uygulamalar için 10 aptamers oluşturulması için in vitro seçimi diğer ilgili kombinasyon yöntemlerinde meşgul olabilir 31-36. modifiye edilmiş dNTP&#39;ler polimerizasyonu tarafından ortaya olan ilave Yan zincirler, bir seçim deney sırasında incelenmiş ve nükleik asitlerin 37&#39;nin oldukça kötü fonksiyonel cephanelik takviye edilebilir kimyasal alanını artırmak düşünülmektedir. Ancak, bu rağmen çekici özellikleri ve sentetik ve analitik yöntemlerin her ikisi de gelişmesinde yapılan son ilerlemeler, evrensel uygulanabilir ve yüksek verimli bir prosedür modifiye nükleosit trifosfat 2,38 işçiliği ihtiyaç vardır. Bu mevcut protokolün amacı, (bazen) karmaşık prosedürleri önde gelen t içine ışık tutmaktıro sentezi ve bu aktive edilmiş yapı blokları (Şekil 1 B) biyokimyasal karakterizasyonu. Özel vurgu genellikle bulmak zor ya da deneysel bölümlerde bulunmadığına ancak saf (d) NTP&#39;ler izolasyonu (Şekil 1) yol açan sentetik yolunun başarılı bir şekilde tamamlanması için henüz çok önemli olan tüm sentetik ayrıntılar verilecektir.

<table><tbody><tr><td>Tribütilamonyum pirofosfat&nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>P8533</td><td>Higroskopik katı, Ar</td></tr><tr><td>2-Kloro-1,3,2-benzodioksafosforin-4-on&nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>324124</td><td>Neme duyarlı</td></tr><tr><td>Piridin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>82704</td><td>Moleküler elekler altında</td></tr><tr><td>Dioksan</td><td>Sigma Aldrich</td><td>296309</td><td>Moleküler elekler altında</td></tr><tr><td>Dimetilformamid (DMF)</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>40248</td><td>Moleküler elekler altında</td></tr><tr><td>Asetonitril ve nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td></td><td>HPLC sınıfı</td></tr><tr><td>Trietilamin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>90342</td><td></td></tr><tr><td>Tribütilamin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>90781</td><td></td></tr><tr><td>ddH2O</td><td>Mili-Q</td><td></td><td>deiyonize ve saflaştırılmış su, Dietilpirokarbonat (DEPC) Dietilpirokarbonat</td></tr> <tr><td>(DEPC)</td> varlığında otoklavlanmış <td>Sigma Aldrich</td><td>159220</td><td></td></tr><tr><td>D2O</td><td>Cambridge İzotop Laboratuvarları, Inc.</td><td>DLM-4-25</td><td></td></tr><tr><td>&#947;-[32P]-ATP</td><td>Hartmann Analytics</td><td>FP-301</td><td></td></tr><tr><td>Doğal dNTP'ler</td><td>Promega</td><td>U1420</td><td></td></tr><tr><td>Havalandırma (exo-) DNA polimeraz</td><td>NEB</td><td>M0257S</td><td></td></tr><tr><td>DNA polimeraz I, Büyük (Klenow) Parça</td><td>NEB</td><td>MO210S</td><td></td></tr><tr><td>9&derece; Nm DNA polimeraz</td><td>NEB</td><td>MO260S</td><td></td></tr><tr><td>Terminal deoksinükleotidil Transferaz (TdT)</td><td>Promega</td><td>M828A</td><td></td></tr><tr><td>Pwo DNA polimeraz</td><td>Peqlab</td><td>01 01 5010</td><td></td></tr><tr><td>T4 PNK</td><td>Thermo Scientific</td><td>EK0032</td><td></td></tr><tr><td>Akrilamid/bisakrilamid (19:1, %40)</td><td>Serva</td><td>10679.01</td><td></td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Apollo Scientific</td><td>BIA1177</td><td></td></tr><tr><td>G10 Sephadex</td><td>Sigma</td><td>G10120</td><td></td></tr><tr><td>Urea</td><td>Apollo Scientific</td><td>BIU4110</td><td></td></tr><tr><td>Jüpiter yarı hazırlayıcı RP-HPLC sütunu (5&#956; C18 300 &Aring;)</td><td>Phenomenex</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gene Q Termal Döngüleyici</td><td>Bioconcept</td><td>BYQ6042E</td><td></td></tr><tr><td>PCR şişeleri</td><td>Bioconcept</td><td>3220-00</td><td></td></tr><tr><td>HPLC sistemi</td><td>Amersham Pharmacia Biotech</td><td></td> <td>& Auml; kta basic 10/100</td></tr><tr><td>Tüm oligonükleotidler Microsynth'ten satın alındı ve SAYFA</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>5&#039;-CAAGGACAAAATAC ile saflaştırıldı.
CTGTATTCCTT P1</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>5&#039;-GACATCATGAGAGA 
CATCGCCTCTGGGCTA 
ATAGGACTACTTCTAAT 
CTGTAAGAGCAGATCC 
CTGGACAGGCAAGGAA 
TACAGGTATTTTTTCCTTG T1</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>5&#039;-GAATTCGATATCAAG P2<</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr>td colspan="4">Deneysel prosedürler ve ekipmanlar hakkında daha fazla bilgi aşağıdaki makalelerde bulunabilir: 
Chem. Eur. J. 2012, 18, 13320-13330 
Org. Biyomol. Chem. 2013, DOI: 10.1039/C3OB40842F</td></tr></tbody></table>

nükleosid trifosfatlar - sentezinden biyokimyasal karakterizasyonu için

Nucleoside Triphosphates - From Synthesis to Biochemical Characterization

Bir kimyasal fonksiyonelliğin getirilmesi için geleneksel bir strateji olgunlaşmamış zincirine uygun şekilde modifiye edilmiş fosforamidit öncüleri eklenmesi ile katı-faz sentezi kullanılmasıdır. Ancak, oldukça kısa dizilere sentezi ve sınırlama sırasında kullanılan koşullar, bu yöntemin uygulanabilirliğinin engellemektedir. Öte yandan, modifiye edilmiş nükleosit trifosfatlar nükleik asitler, pratik bir uygulama geniş palette modifiye nükleik asitlerin kullanımı için bir yol açıyor bir strateji içine çok sayıda işlevsel grupların sokulması için hafif kullanılmıştır yapı taşları aktive edilir Böyle ribozimlerin ve DNAzimler fonksiyonel etiketleme ve nesil gibi. En önemli sorunlardan biri, bu nükleosid analoglarının izolasyonu ve karakterizasyonu yol açan metodoloji karışıklık bulunur. Bu ekran yazıda, thes sentezi için detaylı bir protokol mevcute fosfor (III) bazlı reaktifler kullanılarak değiştirilmiş analoglarıdır. Buna ek olarak, onların biyokimyasal karakterizasyonu için prosedür astar uzatma reaksiyonları ve TdT kuyruklanmasız polimerizasyon özel bir vurgu ile, ifşa edilir. Bu ayrıntılı protokol modifiye dNTP işçiliği ve kimyasal biyolojide bunların daha sonraki kullanım için faydalı olacaktır.

Bu nükleik asitler 41 içine işlevsel grupların bir çok dizi kolay sokulması için izin verirse, modifiye nükleosit trifosfatlar sentetik hedefleri çekici edilir. Bununla birlikte, bu aktif yapı bloklarının izolasyonu ve karakterizasyonu genellikle zor olduğu ortaya çıkar. Sonuç olarak, bu tarifnamede gösterilen sonuçlar, belirtilen sentetik ve biyokimyasal işlemler (Şekil 1 B) içinde çeşitli adımları için bir yardım el sağlamak düşünülmektedir. Özel olarak, <strong...

Burada tarif edilen protokol modifiye nükleosit trifosfat yol açan karmaşık güzergah yolunda çok sayıda engeller açıklamak ve kesintiye uğratmak için amaçlamaktadır. Dolayısıyla, bu protokol bu aktive bina bloklarının sentezini ve pratik uygulamalar için onların durumu hem de kolaylaştırır.

Nükleosid trifosfatlar - sentezinden Biyokimyasal Karakterizasyonu için

The  traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the  use of solid-phase synthesis by appending suitably modified ...

Bu videonun genel amacı, modifiye edilmiş nükleosit fosfatların sentezinden tam biyokimyasal karakterizasyonlarına kadar olan prosedürü göstermektir. Bu, önce uygun şekilde korunan nükleosit öncüsünü, dört aşamalı bir kap prosedürünün uygulanmasıyla karşılık gelen tri fosfata dönüştürerek gerçekleştirilir. İkinci adım, elde edilen tri fosfatın önce bir çökeltme ve daha sonra ters faz yüksek performanslı sıvı kromatografisi ile saflaştırılmasıdır.Daha sonra, tri fosfat analogu, yüksek saflık sağlamak için nükleer manyetik rezonans ve matris destekli lazer DESORPSIYON iyonizasyon uçuş süresi veya NMR ve maloff ile karakterize edilir. Son adım, primer uzatma reaksiyonları ve terminal deoksi nükleotid transferaz veya TDT polimerizasyon reaksiyonlarıdır. Son olarak, reaksiyon ürünleri ve dolayısıyla tri fosfatın substrat kabulü, jel elektroforezi ile analiz edilir.Bu yöntemin Borge yaklaşımı gibi diğer sentetik stratejilere kıyasla avantajı, daha az yan ürünün oluşması ve dolayısıyla saflaştırmanın daha kolay olmasıdır. Genel olarak, bu tekniğe yeni olan kişiler, birden fazla alanda bilgi gerektiren oldukça uzun ve karmaşık bir prosedür olduğu için mücadele edeceklerdir. Bu yöntemin fil

nucleoside-triphosphates-from-synthesis-to-biochemical

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

Bu makale, C2'- O -konumunda modifiye edilmiş RNA dodekamerlerinin katı faz sentezi, saflaştırılması ve karakterizasyonu hakkında ayrıntılı bir prosedür sunmaktadır. UV-vis ve dairesiz dikroizyum fotometrik analizleri yapısal yönleri, yani tek telli veya çift telli elektronları ölçmek ve karakterize etmek için kullanılır.

Bir 2&#39;-amino asit içeren RNA Oligomerlerinin Katı Faz Sentezi Protokolü<em&gt; Ç</em&gt; Tiyofenilmetil Değiştirme ve Sirküler Dikroizm ile Karakterizasyonlar

Burada, bir geçici koruma ribonucleosides ile regioselective O- glikozilasyon tarafından iletişim kuralları disaccharide nükleozitler sentezi için mevcut onların 2', döngüsel bir boronic ester kullanan 3'-diol moieties. Bu yöntem Adenozin, guanozin sitidin Üridin 5-methyluridine ve ilgili disaccharide nükleozitler vermek 5-fluorouridine gibi birkaç korumasız nükleozitler uygulanır.

Regioselective O- glikozilasyon nükleozitler üzerinden geçici 2', 3'-Diol koruması tarafından Boronic Ester Disaccharide nükleozitler sentezi için

NMR tabanlı aktivite, iki nükle ribohidolaz enzimin inhibitörlerinin tanımlanması ve karakterize edilmesi için geliştirilmiştir. 500 μM ve 250 μM ' de ilk bileşik olarak yapılan protokoller, ıC50 değerlerinin belirlenmesi, deterjan sayacı ekranı, atlama-seyreltme sayacı ekranı ve E. coli tüm hücrelerde saptanması için doz-yanıtı sağlar.

NMR tabanlı aktivite bileşik Inhibisyonu belirlenmesi için Assays, ıC50 değerleri, Artifactual aktivite, ve Nükrenoside Ribohidolases tüm hücre aktivitesi

Bitkilerde in vivo nükleozidler/nükleotidler nicelemesi için kesin ve tekrarlanabilir bir yöntem burada açıklanmıştır. Bu yöntem bir HPLC-MS/MS kullanmaktadır.

HPLC-MS/MS ile Nükleozid/Nükleotid İçerik Ölçümü için Bitki Numunesi Hazırlama

Oligonükleotid 5′-trifosfatlar, esansiyel biyolojik yollarda her yerde bulunan bileşenlerdir ve biyoteknoloji uygulamalarında artan kullanım görmüştür. Burada, standart otomatik sentez teknikleriyle hazırlanan oligonükleotidlerden başlayarak oligonükleotid 5′-trifosfatların rutin sentezi ve saflaştırılması için teknikleri açıklıyoruz.

Oligonükleotidlerin Kimyasal Trifosforilasyonu

Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

Kasıtlı olarak tasarlanmış metal-organik çerçeve maddelerin sentezi, aktivasyon ve karakterizasyonu bina blokları uyumsuz veya istenmeyen polimorflan termodinamik istenen formlar üzerinde tercih edilir, özellikle de zordur. Biz süperkritik CO 2 kurutma yoluyla kılcal ve aktivasyon çözücü-destekli bağlayıcı değişimi, toz X-ışını kırınımı uygulamaları, bu zorlukların bazılarını ele nasıl açıklar.

Fonksiyonlu Sentezi ve Karakterizasyonu Metal-organik Altyapıları

Bu el yazmasının amacı, asil klorür ve potasyum alkiniltrifloroborat tuzu başlangıç malzemelerinden ynonların hazırlanması için basit bir yöntem göstermektir. Tek kap reaksiyonu, hava ve nem dışlanmadan bor triklorür varlığında hızla ilerler.

Asil klorür ve potasyum Alkynyltrifluoroborate Tuzlarından Ynones Metal içermeyen sentezi

Rutenyum fosfin kompleksleri yaygın olarak sıvılaştırma homojen katalitik reaksiyonlar için kullanılmaktadır. N -triphos ligand N (CH2 PPh 2) 3 taşıyan yeni üç dişli rutenyum komplekslerinin bir dizi sentezi rapor edilmiştir. Buna ek olarak, levulinik asit ile dihidrid Ru- N -triphos kompleksinin stoikiometrik reaksiyon tarif edilmiştir.

Rutenyum bir Serisi Sentezi, Karakterizasyonu ve Tepkime<em&gt; K</em&gt; -triphos<sup&gt; Ph</sup&gt; Kompleksi

CdS veya ZnS'nin yarı iletken kabukları ile kaplanmış tek tip altın nanoparçacıkların sentezi gerçekleştirilir. Yarı iletken kaplama, önce bir gümüş sülfür kabuğunun biriktirilmesi ve gümüş katyonlarının çinko veya kadmiyum katyonları ile değiştirilmesiyle gerçekleştirilir.

Sentezi, Karakterizasyonu ve Hibrid Au / CdS ve Au / ZnS Çekirdek / Shell Nanopartiküller işlevselleştirilmesi

Öğrenin, modifiye nükleozid trifosfatların dört adımlık tek kap yöntemiyle sentezini, ters faz HPLC ile saflaştırılmasını ve NMR ile MALDI-TOF kullanılarak biyokimyasal karakterizasyonunu.

Nükleosid trifosfatlar - sentezinden Biyokimyasal Karakterizasyonu için

Daha fazla video keşfet