Name: Metabolitlerdeki Soruşturma MALDI-Kütle Spektrometrik Görüntüleme Medicago truncatula Kök Nodüller (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-03-05T17:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 59 s
Description: Öğrenin MALDI kütle spektrometrik görüntüleme yöntemiyle bitki kök dokusundaki endojen metabolitleri analiz etmeyi. Medicago truncatula kök nodüllerindeki biyolojik süreçleri incelemek için bu tekniği kullanın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yazarlar Medicago truncatula örnekleri sağlamak için UW-Madison Tarla Bitkileri Bölümü&#39;nde Dr Jean-Michel Ane kabul etmek istiyorum. Bu çalışma, Ulusal Bilim Vakfı (NSF) fon tarafından kısmen desteklenen hibe CHE-0957784, Wisconsin Üniversitesi Enstitüsü ve Wisconsin Mezunlar Araştırma Vakfı (warf) ve Romnes Fakültesi Araştırma Bursu programı (LL). EG, bir NSF Lisansüstü Araştırma Bursu (DGE-1256259) kabul eder.

1.. Aletler <ol><li> MALDI-TOF/TOF MSI. Küçük moleküllerin analizi için bir MALDI kaynağı ile donatılmış bir kütle spektrometresi (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) kullanın. Ilgi Analitlerin bağlı olarak pozitif ya da negatif iyon modunda satın almalar gerçekleştirin. Ilgi konusu bir kitle aralığını belirleme ve iyon görüntüleri oluşturmak için numunenin yüzeyi boyunca x ve y boyutları hem de 50 um aralıklarla 500 lazer vuruşla / nokta toplar. Lazer çekim raster genişliği ve sayısı, sırasıyla daha yüksek uzamsal çözünürlük ve maksimum sinyal yoğunluğu elde etmek için ayarlanabilir. DHB matris tepe ya da kütle spektrumu kalibre etmek için slayt ya da doğrudan dokuya uygulanan iç standartları kullanarak. </li><li> Yüksek Çözünürlüklü LC-MS. (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) LC-MS HILIC bir sütun ilgi analitlerle bağlı olan bir C-18 kolonu, veya normal faz (NP) ile ters faz (RP) LC kullanarak Çalıştır örnek özler. Mobil fazları ve kullanınözel numune türüne uygun olarak geçişlerini. Numune türüne bağlı olarak pozitif ya da negatif iyon modlarında satın almalar gerçekleştirin. </li></ol> 2. Doku Hazırlanması <ol><li> Nodüle bağlı kök 3-4 mm bırakarak, bitki kök nodül kesin. </li><li> Hemen ayrıldıktan sonra, bir kriyostat fincan doku yerleştirin ve jelatin (deiyonize su içinde 100 mg / ml) ile karşılamak için forseps kullanır. Doku hava kabarcıkları ile fincanın alt tutulmak için bu gereklidir. </li><li> Flaş jelatin sertleşir ve opak hale gelinceye kadar bir kuru buz / etanol banyosu içerisinde fincan yerleştirerek doku dondurma. -80 ° C&#39;de kullanıma kadar saklayın örnekleri. </li><li> Numuneler kaldırmak -80 ° C derin dondurucuya, plastik karyostat fincan kesip ve aşırı jelatin uzak trim. Ekim doku dokunmak icar değil iken, optimum kesim sıcaklığında (Ekim) medya bir kuruş büyüklüğünde bir miktar ile karyostat aynasının için gömülü doku monte edin. Kriostat koyunuzEkim katılaşıncaya kadar kutu. </li><li> Ayna ve jelatin yaklaşık 15 dakika boyunca (-20 veya -25 ° C&#39;ye set) karyostat kutusuna gelmesini sağlayınız. </li><li> Arkasını (non-ITO ısıtarak ITO kaplı cam üzerine her dilim montaj sirostat (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) bölüm dokuya yaklaşık bir hücrenin kalınlığı (8-20 mikron doku tipine bağlı olarak) ve çözülme kullanın elinizin arkasında bir ITO kaplı cam slayt tarafı) kaplı. Dondurulmuş doku dilim yakın ısındı slayt ITO kaplı tarafı yerleştirin ve dilim slayt üzerine sopa sağlar. Slayt üzerinde birbirine yakın bölümlere yerleştirerek MSI sırasında daha iyi uyum sağlayacaktır. </li></ol> 3. Matrix Uygulama <ol><li> MALDI Matrix Airbrush Uygulama <ol><li> Tüm prosedürler pistole bir çeker ocak içinde yapılmalıdır. </li><li> Iyice airbrush çözüm kabı ve memeyi (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) metanol ile temizleyin veDHB matris çözelti ile çözelti kabı doldurmak (% 50 methanol/0.1% TFA v 150 mg / ml / h). </li><li> Yaklaşık 35 cm numuneden airbrush tutun ve 10 saniye püskürtme süresi ve her bir kat arasında 30 saniye kurutma süresi ile sürgünün yüzeyinde matris 10-15 kat uygulanır. </li><li> Matris çözeltisinden tıkanmasını önlemek için bittiğinde metanol ile iyice tekrar airbrush temizleyin. </li></ol></li><li> MALDI Matrix Otomatik Püskürtme Uygulama <ol><li> Otomatik püskürtücü sistem üreticileri tarafından sağlanan start-up talimatları izleyin. </li><li> 40 mg / ml &#39;si kullanılarak kök nodüllerde metabolitlerin MSI (% 50 methanol/0.1% TFA in v / v) DHB matris olarak, ~ 80 ° C, hızı 1250 mm / dk, 50 akış hızı için, sıcaklığı ayarlamak için ul / dakika, ve 24 geçiş sayısı. En iyi kapsama alanı için, bu ağızlık 90 ° ve / veya her bir geçiş arasında meme 1,5 mm ofset döndürmek için tavsiye edilir. Püskürtücü yöntemini başlatın. Bir si olarakde not, burada kullanılan özel püskürtme sistemi, çözücünün buharlaştırılması için daha hızlı bir memeyi ısıtır. Çözücü buharlaşır olarak, matrisin hızlı konsantrasyonu artar. Hava püskürtmeli ve otomatik püskürtme ile numuneye uygulanan matris konsantrasyonları karşılaştırılabilir. </li><li> Otomatik püskürtücü sistem üreticileri tarafından sağlanan kapatma talimatları izleyin. </li></ol></li><li> MALDI Matrix Sublime Uygulama <ol><li> (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) yüceltme odasının dibine 300 mg DHB dışarı tartılır. </li><li> Doku bölümleri çift taraflı iletken bant ile aşağı bakacak soğuk parmağı (yüceltme odasının üst kısmı) için cam slayt sopa. Hatta matriks birikimi üreten, hatta iletkenlik için çift taraflı bant ile slayt tüm geri örtün. </li><li> Birlikte C-kelepçe ile süblimasyon haznesinin üst ve alt yarıları sıkıştırma parçası. Vakum ve reklam bağlayınüst rezervuar d buz ve soğuk su. </li><li> Oda sıcaklığında, bir ısıtma gömleği içerisinde süblime odası yerleştirin. </li><li> Vakum pompası açın. 15 dakika bekleyin ve ısıtma manto açın. Isıtma ceketi, 10 dakika boyunca, 120 ° C&#39;ye ulaşması gerekir. </li><li> 10 dakika sonra, ısı, vakum yakın valfi (yani odasının iç vakum altında kalır) kapatmak ve vakum pompası kapatın. </li><li> Vakum basıncı serbest vanayı açmak ve numunenin çıkarılması, odacık oda sıcaklığına izin verir. Süblimasyon odasının büyüklüğü cam slayt süblimleştirilerek matris miktarını belirler. Küçük odalar (150 ml&#39;lik bir cam kaba büyüklüğü) DHB &#39;yaklaşık 100 mg kullanır ve cam slayt kesim gerektirir ise daha büyük bir süblimasyon odalar (bir 400 ml çanak büyüklüğü) DHB&#39; nin yaklaşık olarak 300 mg kullanır, böylece odacık uyar. </li></ol></li></ol> 4. Image Acquisition <ol> &lt;li&gt; Mark &quot;öğretmek noktaları&quot; olarak kullanılacak bir WiteOut düzeltme sıvısı kalem ile numunenin her köşesinde bir + desen. MALDI slayt adaptör plaka içine cam slayt yerleştirin ve bir tarayıcı kullanarak örnek bir optik görüntü almak. </li><li> 50 mikron bir raster adım büyüklüğü ve eşit veya raster adım boyutundan daha küçük bir lazer çaplı enstrüman şirket tarafından sağlanan yazılımı kullanarak bir görüntü elde etme dosyayı kurmak. Bu özel alet üzerinde, en az bir lazer ayarı 40-50 um bir çapa sahip yaklaşık olarak 10 um ve küçük lazer ayarı bir lazer çapı verir. </li><li> Yazılımın içine optik görüntü yüklemek ve optik görüntü ile plaka hizalayın. </li><li> Yaygın matris küme iyonları, iç standartları, veya bir kalibrasyon karışımını kullanarak satın başlamadan önce aleti kalibre. </li><li> , Bir &quot;boşluk&quot; olarak kullanılmak üzere slayt üzerinde saf matris bir nokta da dahil olmak üzere MSI ile analiz edilecek doku alanı, belirtin. </li><li> Ac başlayınedinirken karşılaşılan. </li></ol> 5. Görüntü Üretimi <ol><li> Satıcı tarafından sağlanan ticari yazılım olarak görüntüleme dosyayı açın ve iyon görüntüleri ayıklayın. Diğer açık kaynak yazılım MSI veri işleme 19 için kullanılabilir. </li></ol> 6. Metabolit Tanımlama <ol><li> Satıcıya özel yazılımını kullanarak kütle spektrumu ilgi belirli bir m / z (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) seçin. Bir analit tepe kütle spektrumu seçilmektedir ve iyon görsel özellikle doku bölümünde lokalize oluştuğunda bir analit, bir matris iyonu ayırt edilebilir. </li><li> Bunlar analit bir listesini oluşturmak ve MS / MS deneyler. Analit numune listeleri için Temsilcisi Sonuçları Tablo 1 ve Tablo 2 bakınız. </li><li> Doğru elde etmek için (varsa veya yüksek çözünürlükte MALDI-MS), bir yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi ile hedefli LC-MS analizi yapınkütle, ilgi konusu analitlerin ölçümleri ve ayrıca karakteristik parçalanma desenleri elde etmek için, hedef analitlerin LC-MS/MS gerçekleştirin. </li><li> Hedef analitler için varsayılan kimlik belirleme için arama veri tabanı yapın. Metabolit veri tabanları arasında şunlar vardır: METLIN, ChemSpider, PubChem, KEGG ve HMDB. </li><li> Doğru kitle veritabanı araştırma gelen varsayılan kimlik doğrulamak için, standartlar, edebiyat, ve / veya parçalanma tahmini yazılım MS / MS spektrumları için hedeflenen analitlerden MS / MS maç. </li></ol>

<ol><li>Seeley, E. H., Schwamborn, K., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+of+Intact+Tissue+Sections%3A+Moving+beyond+the+Microscope%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Imaging of Intact Tissue Sections: Moving beyond the Microscope.</a> J. Biol. Chem. 286, 25459-25466 (2011).</li>
<li>van Hove, E. R. A., Smith, D. F., Heeren, R. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+concise+review+of+mass+spectrometry+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">A concise review of mass spectrometry imaging.</a> J. Chromatogr. A. 1217, 3946-3954 (2010).</li>
<li>Lietz, C. B., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Qualitative+and+quantitative+mass+spectrometry+imaging+of+drugs+and+metabolites%5BTitle%5D)+AND+%22Adv.+Drug+Deliv.+Rev%22%5BJournal%5D)">Qualitative and quantitative mass spectrometry imaging of drugs and metabolites.</a> Adv. Drug Deliv. Rev. 65, 1074-1085 (2013).</li>
<li>Ye, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI+mass+spectrometry-assisted+molecular+imaging+of+metabolites+during+nitrogen+fixation+in+the+Medicago+truncatula-Sinorhizobium+meliloti+symbiosis%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">MALDI mass spectrometry-assisted molecular imaging of metabolites during nitrogen fixation in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti symbiosis.</a> Plant J. 75, 130-145 (2013).</li>
<li>Ye, H., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+vision+for+better+health%3A+mass+spectrometry+imaging+for+clinical+diagnostics%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chim.+Acta%22%5BJournal%5D)">A vision for better health: mass spectrometry imaging for clinical diagnostics.</a> Clin. Chim. Acta. 420, 11-22 (2013).</li>
<li>Wei, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolomics+and+Its+Practical+Value+in+Pharmaceutical+Industry%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Drug+Metab%22%5BJournal%5D)">Metabolomics and Its Practical Value in Pharmaceutical Industry.</a> Curr. Drug Metab. 12, 345-358 (2011).</li>
<li>Kobayashi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Novel+Serum+Metabolomics-Based+Diagnostic+Approach+to+Pancreatic+Cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidem.+Biomar%22%5BJournal%5D)">A Novel Serum Metabolomics-Based Diagnostic Approach to Pancreatic Cancer.</a> Cancer Epidem. Biomar. 22, 571-579 (2013).</li>
<li>West, P. R., Weir, A. M., Smith, A. M., Donley, E. L. R., Cezar, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predicting+human+developmental+toxicity+of+pharmaceuticals+using+human+embryonic+stem+cells+and+metabolomics%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol.+Appl.+Pharm%22%5BJournal%5D)">Predicting human developmental toxicity of pharmaceuticals using human embryonic stem cells and metabolomics.</a> Toxicol. Appl. Pharm. 247, 18-27 (2010).</li>
<li>Spegel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Time-resolved+metabolomics+analysis+of+beta-cells+implicates+the+pentose+phosphate+pathway+in+the+control+of+insulin+release%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+J%22%5BJournal%5D)">Time-resolved metabolomics analysis of beta-cells implicates the pentose phosphate pathway in the control of insulin release.</a> Biochem. J. 450, 595-605 (2013).</li>
<li>Pendyala, G., Want, E. J., Webb, W., Siuzdak, G., Fox, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomarkers+for+neuroAIDS%3A+The+widening+scope+of+metabolomics%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Neuroimmune.+Pharm%22%5BJournal%5D)">Biomarkers for neuroAIDS: The widening scope of metabolomics.</a> J. Neuroimmune. Pharm. 2, 72-80 (2007).</li>
<li>Prell, J., Poole, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+changes+of+rhizobia+in+legume+nodules%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Metabolic changes of rhizobia in legume nodules.</a> Trends Microbiol. 14, 161-168 (2006).</li>
<li>Kutz, K. K., Schmidt, J. J., Li, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+tissue+analysis+of+neuropeptides+by+MALDI+FTMS+in-cell+accumulation%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">In situ tissue analysis of neuropeptides by MALDI FTMS in-cell accumulation.</a> Anal. Chem. 76, 5630-5640 (1021).</li>
<li>Stemmler, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-mass-resolution+direct-tissue+MALDI-FTMS+reveals+broad+conservation+of+three+neuropeptides+%28APSGFLGMRamide%2C+GYRKPPFNGSIFamide+and+pQDLDHVFLRFamide%29+across+members+of+seven+decapod+crustaean+infraorders%5BTitle%5D)+AND+%22Peptides%22%5BJournal%5D)">High-mass-resolution direct-tissue MALDI-FTMS reveals broad conservation of three neuropeptides (APSGFLGMRamide, GYRKPPFNGSIFamide and pQDLDHVFLRFamide) across members of seven decapod crustaean infraorders.</a> Peptides. 28, 2104-2115 (2007).</li>
<li>Rubakhin, S. S., Churchill, J. D., Greenough, W. T., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+signaling+peptides+in+single+mammalian+cells+using+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Profiling signaling peptides in single mammalian cells using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 78, 7267-7272 (1021).</li>
<li>Neupert, S., Predel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometric+analysis+of+single+identified+neurons+of+an+insect%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Bioph.+Res.+Co%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometric analysis of single identified neurons of an insect.</a> Biochem. Bioph. Res. Co. 327, 640-645 (2005).</li>
<li>Caprioli, R. M., Farmer, T. B., Gile, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+imaging+of+biological+samples%3A+localization+of+peptides+and+proteins+using%5BTitle%5D)+AND+%22MALDI-TOF+MS.+Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Molecular imaging of biological samples: localization of peptides and proteins using.</a> MALDI-TOF MS. Anal. Chem. 69, 4751-4760 (1997).</li>
<li>Baluya, D. L., Garrett, T. J., Yost, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+MALDI+matrix+deposition+method+with+inkjet+printing+for+imaging+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Automated MALDI matrix deposition method with inkjet printing for imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 79, 6862-6867 (2007).</li>
<li>Hankin, J. A., Barkley, R. M., Murphy, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sublimation+as+a+method+of+matrix+application+for+mass+spectrometric+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Sublimation as a method of matrix application for mass spectrometric imaging.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 18, 1646-1652 (2007).</li>
<li>Robichaud, G., Garrard, K. P., Barry, J. A., Muddiman, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MSiReader%3A+an+open-source+interface+to+view+and+analyze+high+resolving+power+MS+imaging+files+on+Matlab+platform%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">MSiReader: an open-source interface to view and analyze high resolving power MS imaging files on Matlab platform.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 718-721 (2013).</li>
<li>Northen, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clathrate+nanostructures+for+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Clathrate nanostructures for mass spectrometry.</a> Nature. 449, (2007).</li>
<li>Shrivas, K., Hayasaka, T., Sugiura, Y., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Method+for+simultaneous+imaging+of+endogenous+low+molecular+weight+metabolites+in+mouse+brain+using+TiO2+nanoparticles+in+nanoparticle-assisted+laser+desorption%2Fionization-imaging+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Method for simultaneous imaging of endogenous low molecular weight metabolites in mouse brain using TiO2 nanoparticles in nanoparticle-assisted laser desorption/ionization-imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 83, 7283-7289 (2011).</li>
<li>Thomas, A., Charbonneau, J. L., Fournaise, E., Chaurand, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sublimation+of+new+matrix+candidates+for+high+spatial+resolution+imaging+mass+spectrometry+of+lipids%3A+enhanced+information+in+both+positive+and+negative+polarities+after+1%2C5-diaminonapthalene+deposition%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Sublimation of new matrix candidates for high spatial resolution imaging mass spectrometry of lipids: enhanced information in both positive and negative polarities after 1,5-diaminonapthalene deposition.</a> Anal. Chem. 84, 2048-2054 (2012).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((2%2C3%2C4%2C5-Tetrakis%283%27%2C4%27-dihydroxylphenyl%29thiophene%3A+a+new+matrix+for+the+selective+analysis+of+low+molecular+weight+amines+and+direct+determination+of+creatinine+in+urine+by+MALDI-TOF+MS%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">2,3,4,5-Tetrakis(3',4'-dihydroxylphenyl)thiophene: a new matrix for the selective analysis of low molecular weight amines and direct determination of creatinine in urine by MALDI-TOF MS.</a> Anal. Chem. 84, 10291-10297 (2012).</li>
<li>Shroff, R., Rulisek, L., Doubsky, J., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acid-base-driven+matrix-assisted+mass+spectrometry+for+targeted+metabolomics%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Acid-base-driven matrix-assisted mass spectrometry for targeted metabolomics.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106, 10092-10096 (2009).</li>
<li>Shroff, R., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proton+sponge%3A+a+novel+and+versatile+MALDI+matrix+for+the+analysis+of+metabolites+using+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Proton sponge: a novel and versatile MALDI matrix for the analysis of metabolites using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 81, 7954-7959 (2009).</li>
<li>Shimma, S., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+Microscopy+to+Reveal+Distinct+Localization+of+Heme+B+%28m%2Fz+616%29+in+Colon+Cancer+Liver+Metastasis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mass+Spectrom.+Soc.+Jpn%22%5BJournal%5D)">Mass Microscopy to Reveal Distinct Localization of Heme B (m/z 616) in Colon Cancer Liver Metastasis.</a> J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 55, 145-148 (2007).</li>
<li>Paschke, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mirion-A+Software+Package+for+Automatic+Processing+of+Mass+Spectrometric+Images%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Mirion-A Software Package for Automatic Processing of Mass Spectrometric Images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 1296-1306 (2013).</li>
<li>Parry, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((omniSpect%3A+an+open+MATLAB-based+tool+for+visualization+and+analysis+of+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization+and+desorption+electrospray+ionization+mass+spectrometry+images%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">omniSpect: an open MATLAB-based tool for visualization and analysis of matrix-assisted laser desorption/ionization and desorption electrospray ionization mass spectrometry images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 646-649 (2013).</li>
</ol>

Yazarlar, hiçbir rakip mali çıkarlarını olmadığını beyan ederim.

Yukarıda tartışıldığı gibi, örnek hazırlama MSI akışı en kritik adımdır. Dengesiz doku gömme bazı durumlarda olası zor ya da olmamak Kesit neden olacaktır. Kesit boyutu ve yeterli dengeleme zamanı doku bütünlüğünün korunması ve katlama ve gözyaşları kaçınarak için çok önemlidir. Matris ve uygulama tekniği seçimi tespit edilecek analitlerin türlerini belirlenmesinde rol, uzamsal çözünürlük ve sonuçların tekrar elde edilebilirliğini oynayacaktır. Matrisler veya uygulama teknikleri bir arada kullanmak tamamlayıcı sonuçlar ...

Metabolitler ve büyüyen alan biyobelirtecin keşif, bitki ve diğer biyolojik sistemlerde metabolik yolları deşifre ve toksikoloji profil 4,6-10 dahil olmak üzere birçok önemli biyolojik uygulamalar vardır. Biyolojik sistemleri inceleyerek önemli teknik zorluk onlara 11 aksatmadan metabolomic yolları incelemektir. MALDI-MSI tek organlar 12,13 ve hatta tek hücre 14,15 analitlerin hassas algılama sağlar dokulara doğrudan analizi sağlar. Örnek hazırlama, güvenilir ve tekrarlanabilir kütle spektral görüntüler üretiminde çok önemli bir adımdır. Görüntülerin kalitesi büyük ölçüde, doku gömme ortamı, dilim kalınlığı, MALDI matris ve matris uygulama tekniği gibi faktörlere bağlıdır. Görüntüleme uygulamaları için ideal bir kesit kalınlığı bir hücre (numune tipine bağlı olarak 8-20 um) genişliğidir. MALDI bir organik, kristalinin birikimi gerektirene matris bileşimi, analit ablasyon ve iyonizasyon yardımcı olmak için numune üzerine tipik olarak bir zayıf asit,. 16 farklı matrisler farklı sinyal yoğunlukları, müdahale iyonları ve bileşikleri farklı sınıflarının iyonizasyon verimliliği sağlar. Matris aynı zamanda uygulama tekniği kütle spektrum görüntü ve farklı teknikler kalitesinde bir rol analitlerin farklı sınıflar için uygun oynar. Üç matris uygulama yöntemleri bu protokolü sunulmuştur: Pistole, otomatik püskürtücü, ve yüceltme. Airbrush matris uygulaması yaygın MALDI görüntülemede kullanılmıştır. Airbrush matris uygulamanın avantajı, nispeten hızlı ve kolay olmasıdır. Bununla birlikte, matris airbrush uygulamanın kalitesi büyük ölçüde kullanıcının beceri bağlıdır ve daha az tekrarlanabilir ve analitlerin difüzyon, özellikle de küçük moleküller 17 neden olma eğilimindedir. Otomatik püskürtücü sistemler ve matris uygulama airbrush benzer mekaniği var, ama have püskürtme daha tekrarlanabilir hale manuel pistole uygulamasıyla görülen farklılığı yok etmek için geliştirilmiştir. Bu yöntem bazen daha fazla zaman tüketen geleneksel airbrush matris uygulaması daha olabilir. Manuel airbrush ve otomatik püskürtücü sistemleri hem de solvent bazlı matris uygulaması yöntemlerdir. Ancak, özü ve yüksek kütle bileşikleri 18 gözlemlemek için çözücü gerekli yoksun; Sublime bu analit yayılmasını azaltır çünkü metabolitleri ve küçük moleküllerin kütle spektrum görüntüleme için daha popüler hale geliyor, kuru bir matris uygulaması tekniğidir. Metabolitleri Emin kimlik genellikle tandem kütle MS / MS spektrumları standartları, edebiyat, veya teorik spektrumları karşılaştırılır ile doğrulama için (MS / MS) deneyleri, ardından varsayılan kimlik elde etmek için doğru bir kitle ölçümler gerektirir. Bu protokol, yüksek çözünürlükte (kütle m / z 400 at 60.000 çözme gücü), sıvı kromatografisi (LC)-MS Medicago biyolojik sistem olarak kökler ve kök nodüller truncatula kullanarak uzamsal bilgiler ve endojen metabolitlerin emin kimlik elde etmek üzere her ikisi de MALDI-MSI kuple edilir. MS / MS deneyler MALDI-MSI veya LC-MS ile doku özleri ile ilgili doku üzerine direkt olarak gerçekleştirilen ve metabolit özdeşimlerin doğrulama için kullanılabilir. Bu protokol, M. endojen metabolitleri eşlemek için basit bir yöntem sağlar uyarlanmış ve çeşitli doku tipleri ve biyolojik sistemlerde küçük moleküllerin MSI uygulanabilir truncatula.

<table><tbody><tr><td>Jelatin</td><td>Difco</td><td><a href="http://catalog.bd.com/bdCat/viewProduct.doCustomer?productNumber=214340">214340</a></td><td>çözünmesi için ısıtın</td></tr><tr><td>Kriyostat- HM 550</td><td>Thermo Scientific</td><td>956564A</td><td></td></tr><tr><td>İndiyum kalay oksit (ITO) kaplı cam slaytlar&nbsp;</td><td>Delta Technologies</td><td>CB-90IN-S107</td><td>25 mm x 75 mm x 0,8 mm (genişlik x uzunluk x kalınlık)</td></tr><tr><td>2,5-Dihidroksibenzoik asit (DHB) matrisi&nbsp;</td><td>ICN Biyomedikal<</td><td>a href="http://www.labsource.com/Catalog/Item.aspx? ItemID=1787195">PI90033</a></td><td></td></tr><tr><td>Airbrush</td><td>Paasche Airbrush Company</td><td>TG-100D</td>, <td>75 ml çelik kap ile birleştirilmiş</td></tr><tr><td>Otomatik matris püskürtme sistemi- TM-Sprayer</td><td>HTX Technologies, LLC</td><td>HTX. TMSP'yi seçin. H021-U</td><td>Cihaz kurulduğunda özel başlatma ve kapatma talimatları verilecektir</td></tr><tr><td>Süblimasyon aparatı&nbsp;</td><td>Chemglass Life Science</td><td><a href="http://www.chemglass.com/product_view.asp?pnr=CG-3038">CG-3038-01</a></td><td></td></tr><tr><td>Vakum pompası- Alcatel 2008 A</td><td>İdeal Vakum Ürünleri</td><td>P10976</td><td>Nihai Basınç = 1 x 10-4 Torr</td></tr><tr><td>ultrafleXtreme MALDI-TOF/TOF</td><td>Bruker Daltonics</td><td>276601</td><td></td></tr><tr><td>FlexImaging</td><td>Bruker Daltonics</td><td>269841</td><td>"Satıcıya özel yazılım"a bir</td></tr> <tr><td>örnekMALDI LTQ Orbitrap</td><td>Thermo Scientific</td><td>IQLAAEGAAPFADBMASZ</td><td>Doğru kütle ölçümleri için yüksek çözünürlüklü MALDI cihazı</td></tr><tr><td>Q Exactive</td><td>Thermo Scientific</td><td>IQLAAEGAAPFALGMAZR</td><td>Doğru kütle ölçümleri için yüksek çözünürlüklü LC-MS cihazı</td></tr></tbody></table>

metabolitlerdeki soruşturma maldi-kütle spektrometrik görüntüleme<em&gt; medicago truncatula</em&gt; kök nodüller

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

, Bu tür ilaçlar ya da endojen metabolit olarak küçük moleküller, çalışma potansiyel olarak 1 çalışılmaktadır metabolik yollar değişikliklere neden olabilir, ilgi konusu doku homojenizasyon gerektiren doku özleri istihdam için kullanılan çoğu teknikleri. Kitle spektometrik görüntüleme (MSI) biyolojik doku örneklerinin 1-5 bozulmamış dilimleri içinde Analitlerin mekansal bilgi verebilir güçlü bir analitik araçtır. Bu teknik, proteinler, peptitler, lipidler ve bu endojen metabolitler gibi küçük moleküller de dahil olmak üzere bileşiklerin çeşitli incelemek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Matris destekli lazer desorpsiyon / iyonizasyon (MALDI)-MSI ile, birden fazla metabolit uzaysal dağılımı, aynı anda tespit edilebilir. Burada, baklagil kök ve kök üzerindeki nodüllerde hedefsiz metabolomiks MSI deneyler için özel olarak geliştirilmiş bir yöntem gerçekleşen biyolojik süreçlerin içine anlayışlar ortaya koyabilir sunulmuştur.yöntem Burada sunulan numune hazırlama görüntü edinimi, tipik bir MSI iş akışını gösterir ve küçük molekülleri tespit için yararlı birçok matris uygulama tekniklerini gösteren, matris uygulama adım üzerinde duruluyor. MS görsel üretildikten sonra, ilgi konusu metabolitlerin analizi ve tanımlanması tartışılan ve gösterilmiştir. Burada sunulan standart iş akışı kolayca farklı doku tiplerinin moleküler türler ve enstrümantasyon için modifiye edilebilir.

MSI Deneysel bir genel görünüşü Şekil 1&#39;de gösterilmiştir. Deneyin başında, numune hazırlama kritik bir adımdır. Nodüller bitki kökünden kesilmiş ve jelatin gömülür. Dondurulmuş edilirken doku, herhangi bir kabarcıkları ile, kriyostat fincan karşı bastırılmış olması gerekir, bu bölümlere edilirken bu doku daha kolay ve düzgün hizalama temin edecektir. Doku dilimlenmiş edilirken, bu, uygun kalınlıkta doku kesmek için önemli olan, çok kalın bölümden çıkarılan ve doku tespit analitlerin sayısını azalta...

Kitle spektometrik görüntüleme (MSI), biyolojik süreçler içine yeni anlayışlar sağlayabilir kendi doğal ortamlarında bileşikleri koruyarak, sağlam dokularda çeşitli kimyasal türler keşfetmek ve tanımlamak için kullanılan güçlü bir araçtır. Burada küçük moleküllerin analizi için geliştirilmiş bir MSI yöntem tarif edilmektedir.

Metabolitlerdeki Soruşturma MALDI-Kütle Spektrometrik Görüntüleme<em&gt; Medicago truncatula</em&gt; Kök Nodüller

Most techniques used to study small molecules, such as pharmaceutical drugs or endogenous metabolites, employ tissue extracts which require the ...

Bu prosedürün genel amacı, bitki kök dokusundaki küçük moleküllerin güvenilir, çoklu kütle spektrometrik görüntülemesini gerçekleştirmektir. Bu işlem, öncelikle doku örneklerinin uygun boyuta getirilmesiyle sağlanır. İkinci adım ise maldi matrisinin doku örneği üzerinde optimize edilmesi ve uygulanmasıdır.Ardından, numune MALDI'ye tabi tutulur, MSI yapılır ve doku genelinde spektralar toplanır. Son adım, biyolojik olarak önemli analitlerin tanımlanabildiği veri işlemedir. Nihayetinde, MALDI MSI, baklagil kök nodüllerinde bulunan endojen metabolitlerin tespit edilmesi için kullanılır.Bu yöntem, bitki kök dokusundaki metabolitler hakkında bilgi sağlayabilir; ancak memeliler, kabuklu böcekler ve daha fazlasını içeren diğer model sistemlerden alınan küçük moleküllerin ve dokuların incelenmesinde de uygulanabilir. Öncelikle, önceden hazırlanmış bitki dokusu örneklerini -80 °C dondurucudan çıkarın. Ardından, plastik kriyostat kabını kesin ve fazla jelatini temizleyin; OCT medyası dokuya temas etmeyecek şekilde, bozuk para büyüklüğünde bir miktar optimal kesme sıcaklığı veya OCT medyası kullanarak gömülü dokuyu bir kriyostat tutacağına monte edin.OCT katılaşana kadar kriyostat chuck'ını e

maldi-mass-spectrometric-imaging-for-investigation-metabolites

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bir ekstrasellüler matriks polisakkaritlerin yapısına anlayışlar kazanmak için hızlı bir şekilde açıklanmıştır. Yöntemi dakika miktarda malzeme analiz edilmesi için izin kütle spektrometresi glycosylhydrolases özgüllüğü ve duyarlılığı yararlanır. Bu teknikte doku kendisini doğrudan kullanılmak üzere uyarlanabilir.

Ekstrasellüler polisakkaritler Oligo Kitle Profil (Olimp)

Atmosferik basınçta çalıştırılan bir kütle spektrometresi görüntüleme (MSI) kaynağı, orta kızılötesi lazer desorpsiyonu ve elektrosprey post-iyonizasyonun birleştirilmesiyle geliştirilmiştir. Doku ile ilgili materyalin rezonans desorpsiyonunu kolaylaştırmak için enerji emici matris olarak eksojen buz matrisi kullanıldı. Bu makale, tüm vücut yenidoğan faresinin IR-MALDESI MSI'sini gerçekleştirmek için adım adım bir protokol sağlar.

Kızılötesi Matriks destekli lazer desorpsiyon Elektrosprey İyonizasyon tarafından tüm vücut Kütle Spektrometre Görüntüleme (IR-MALDESI)

Yaprak sprey kütle spektrometresi numune hazırlama en aza indirir ve küçük moleküller bitki doku üzerinden hızlı tespiti için izin kromatografi, ortadan kaldırır bir doğrudan kimyasal analiz tekniğidir.

Yaprak sprey kütle spektrometresi: Doğrudan metabolitleri bitki doku üzerinden değerlendirmek için bir hızlı ortam iyonlaşma tekniği

Bu yöntem, ksenobiyotiklere maruz kaldığında S. alba yapraklarındaki metabolik süreçleri anlamak için kütle spektrometresi görüntüleme (MSI) kullanır. Yöntem, belirli, bozulmamış dokular içinde ilgi çekici bileşiklerin ve tahmin edilen metabolitlerin mekansal lokalizasyonuna izin verir.

Salix alba Leaves'ta Kizobiyotik Metabolizmasının Kütle Spektrometresi Görüntüleme Yoluyla Araştırılması

Bu protokolün amacı, biyolojik örneklerde metabolik ve moleküler tespiti en üst düzeye çıkarmak için MALDI MSI kullanarak deneyler planlarken numune hazırlama konusunda ayrıntılı rehberlik sağlamaktır.

MALDI Kütle Spektrometresi Görüntüleme Kullanarak Metabolik Profilleme için Örnek Hazırlama

Bu çalışmada, bitkilerden DESI-MSI örnekleri hazırlamak için bir dizi yöntem sunulmuş ve DESI montaj kurulumu, MSI veri toplama ve işleme prosedürü ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Bu protokol, bitkilerde uzamsal metabolom bilgisi elde etmek için çeşitli koşullarda uygulanabilir.

Geleneksel Çin Tıbbının Mekansal Metabolomunda Tanımlanan Metabolitlerin DESI-MSI Kullanılarak Görselleştirilmesi

Bu protokol, MALDI-IMS analizi için düşük su içeriğine sahip sert tohum numune kesitlerinin hazırlanması, analitlerin orijinal dağılımının ve bolluğunun korunması ve yüksek kaliteli sinyal ve uzamsal çözünürlük sağlanması hakkında ayrıntılı rehberliği tanımlamayı amaçlamıştır.

Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon-Görüntüleme Kütle Spektrometrisi Analizi için Sert Palmiye Tohumlarının Hazırlanması

Beyin organoidlerinin kütle spektrometresi görüntülemesi (MSI) için bu modeller içindeki metabolit dağılımlarının haritalanmasına izin veren gelişmiş bir yöntem geliştirilmiştir. Bu teknoloji, erken gelişim sırasında ve hastalıkta beyin metabolik yolları ve metabolit imzaları hakkında bilgi sunarak insan beyninin işlevinin daha derin bir şekilde anlaşılmasını vaat ediyor.

İnsan Beyni Organoidlerinin Kütle Spektrometresi Kullanılarak Moleküler Görüntülenmesi 

Kıllı kök kompozit bitkiler, bitki-Rhizobium etkileşimleri ve nodül-dönüşümü zor olan türlerin çalışma nasıl kullanılabileceğini Biz...

Kompozit Bitkiler Üretimi Medicago truncatula Nodül Tahliller için kullanılan

Ex vivo</emVasküler Reaktivite incelenmesi için> İzole İskelet mikrodamar Hazırlık

Öğrenin MALDI kütle spektrometrik görüntüleme yöntemiyle bitki kök dokusundaki endojen metabolitleri analiz etmeyi. Medicago truncatula kök nodüllerindeki biyolojik süreçleri incelemek için bu tekniği kullanın.

Metabolitlerdeki Soruşturma MALDI-Kütle Spektrometrik Görüntüleme

Daha fazla video keşfet