Name: Sudan Viral Konsantrasyon için Küçük Bir Ses Prosedürü (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-02-03T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 28 s
Description: Öğrenin su örneklerinden adenovirüs konsantrasyonu için küçük ölçekli bir yöntemi. Cam selüloz filtre ve Sea Light ikincil konsantrasyon tekniği kullanılarak kurtarma oranları optimize edilir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Dr. Nicholas J. Ashbolt ve Dr. G. Shay Fout'a makaleyi inceledikleri için teşekkür ederiz.

Züccaciye ve Filtre gövdeleri 1. Hazırlık <ol style="margin-left: 40px;"><li> Aksi belirtilmediği sürece, 15 dakika için 121 ° C&#39;de tüm cam, filtre gövdesi ve çözümleri sterilize. Sterilite sağlamak için, tüm açıklıkları veya alüminyum folyo ya da sterilizasyon öncesinde bant güvenli kağıt ile ya maruz yüzeyleri kapsar. </li><li> 1 L&#39;lik bir yan kol Erlenmeyer şişesine filtre yuvası (47 mm çapında) takılarak filtreleme aparatı birleştirin. Gerekli filtreleri toplayın: 47 mm çap elektronegatif / elektropozitif disk filtreler. </li><li> 1 L&#39;lik 1.5% sığır eti ekstresi hazırlanması (topaklanması; topaklanma parçacıklarını üreten çözeltinin pH değeri 3,5, ya da olmayan flokülasyon altına düştüğünde, pH 3.5 agrega değildir) eti ekstresi, 15 g içinde çözülerek 0.05 M glisin ile, 1 L deiyonize su ve 3.75 g glisin ilave edilmesi. Not: Non-pıhtılaştırıcı sığır ekstraktlar önce yüksek konsantrasyona kadar selit kullanılmasını gerektirmektedir. </li><li> Elüsyon katkı sodyum polyph ekle% 0.1 konsantrasyonda sığır ekstraktı osphate. </li><li> 1 M hidroklorik asit solüsyonu ekleyin sığır eti ekstresi, istenilen pH pH solüsyonu karıştırma, damla damla. 121 ° C&#39;de, 15-30 dakika süreyle otoklavlanmaktadır sığır özü. </li><li> Ince, orta, ya da (non-flokülan sığır özü yalnızca kullanım için) büyük parçacık celite 0.1 g ölçün. </li><li> Erlenmeyer yan kol şişeye ve vakum prizine uyumlu boru takarak vakum / emme hazırlayın. </li></ol> Çözümler ve Virüs Stokta 2. Hazırlık <ol style="margin-left: 40px;"><li> 1 M HCl 1 L hazırlayın. </li><li> 1 M NaOH ile 1 L hazırlayın. </li><li> 1x PBS çözeltisi hazırlayın (137 mM NaCI, 2.7 mM KCI, 1.47 mM K 2 PO 4 ve 4.3 mM NaH 2 PO 4). <ol><li> 1 M NaOH ile 9.0&#39;a 1x PBS pH ayarlayın. </li></ol></li><li> Hazırlayın ve 9 ml PBS (pH stok virüsü 1 ml karıştırılarak 10 4 -10 5 en muhtemel sayı (EMS) ml -1 stok virüs sulandırmak7), daha önce tarif edildiği 8,13. 1 ml alikotlar içinde -80 ° C&#39;de saklayın. <ol><li> Potansiyel kirleri çıkarmak için şırınga filtreleme (0.22 mikron gözenek boyutu) virüs stok sterilize edin. </li></ol></li><li> Klor Musluk Suyu <ol><li> Ölçü steril kullanılarak steril musluk suyu içinde 1 litre dereceli silindir ve manyetik bir karıştırma çubuğu ihtiva eden bir 2 L&#39;lik bir kap içine dökün. </li><li> Sodyum tiyosülfat 0.7 g eklenir ve granüller eriyene kadar karıştırılır. 1 M HCI veya 1 M NaOH çözeltisi kullanılarak gerekirse 7-7.5&#39;e musluk suyu pH ayarlayın. </li><li> Çözülme virüs başak (1 ml) ve dechlorinated steril musluk suyu 1 L başak tüm hacim ekleyin. 10 dakika boyunca karıştırın. </li><li> Katkılı bir örnekle aynı şekilde, her bir deney ve yöntem ile ilgili bir yöntem boş (adenovirüs olmadan kloru giderilmiş musluk suyu) hazırlayın. </li></ol></li></ol> Millipore Filtre Aparatı 3. Hazırlık <ol style="margin-left: 40px;"><li> Filtre konut üzerinde steril örtü çıkarın. SağlamakFiltre gövdesi üst kase ve alt filtre ekranı arasında uygun uyum filtrasyon sırasında örnek sızıntıyı önlemek için. </li><li> 1 L&#39;lik bir Erlenmeyer şişesi, steril kılıf çıkarılır. İyi bir yalıtım oluşturmak, filtre ünitesinin mantar Erlenmeyer şişesi üst açıklığı içinden rahatça sığar emin olun. </li><li> Alt filtre ekranından filtre ünitesinin üst kase çıkarın ve steril forseps ile ekran üzerinde kare 47 mm elektropozitif filtre diski yerleştirin. Alt ekran filtresi konut kase takın ve saat yönünün tersine çevirerek yerine kilitleyin. </li></ol> 4. dokunun Su Filtrasyon (Birincil Konsantrasyon) <ol style="margin-left: 40px;"><li> Virüsün 100 ml steril dereceli silindir kullanarak musluk suyu çivili ölçün. </li><li> Virüs, 100 mi 47 mm&#39;lik kıvrımlı cam / selüloz filtresi veya bir nano alüminyum oksit / cam elyaf filtre diski ya da ihtiva eden filtre gövdesine musluk suyu çivili dökün. </li><li> Su yavaş yavaş filtre geçmesine izin verin. O kalan artıklar kaldırmak için nazik vakum uygulayınFiltre yüzeyinden f musluk suyu. </li><li> Tripsin tedavisi kullanıldığında, yüzey filtre edilir ve 5 dakika boyunca inkübasyona% 0.25 tripsin 5 ml ilave ediniz. </li><li> Steril deiyonize su, 50 ml kullanılarak filtre yüzeyinden tripsin yıkayın. </li></ol> Filtre 5. Virüs Elüsyon <ol style="margin-left: 40px;"><li> 2 L&#39;lik bir Erlenmeyer şişesi filtre gövdesini kaldırmak ve 250 mi yan kol şişede üzerine yerleştirin. </li><li> Silindir mezun kullanarak sığır ekstraktı 100 ml ölçün. Yavaş yavaş filtre gövdesine sığır ekstraktı 100 ml dökün. </li><li> Sığır özü küçük bir (250 mi) bir Erlenmeyer şişesi içinde sığır eti ekstresi yakalama, üzerine dökülen tipteki filtrenin izin verin. Filtreden kalan sığır özü ile çekmek için vakum uygulayın. </li></ol> 6. Celite İkincil Konsantrasyon <ol style="margin-left: 40px;"><li> Bir heyecan plaka yıkanarak virüs içeren transfer şişeler. Hafif girdap oluşturmak için karıştırma, karıştırma plaka üzerinde steril manyetik karıştırma çubuğu ve yer ekle. </li><li> Selit 0.1 g eklemesığır özü, 100 ml toz ve selit dağılmasını sağlar. Sığır özü içine steril pH probu yerleştirin. </li><li> PH değeri 4.0 ulaşmak için sığır özü akıllıca 1 M HCl damla ekleyin. Yavaş yavaş 10 dakika boyunca karıştırın izin verin. </li><li> 2 L&#39;lik bir Erlenmeyer şişesi kullanarak (daha önce tarif edildiği gibi) filtre yuvası üzerine 47 mm ön filtresi yerleştirin. </li><li> Ön filtre üzerinde 100 ml sığır özü / selit karışımı dökün. Sığır ekstraktı yoluyla dökmek için izin verin. Filtreden kalan sığır özü üzerinden çekin hafif vakum uygulayın. </li><li> Filtre konut ağzının ucunda metal boru klibi yerleştirin. Metal boru klibe steril 15 ml polipropilen toplama tüpü takın. Geri Erlenmeyer şişesi içine filtre muhafazasını yerleştirin. </li><li> Ön filtre üzerinde toplanan selit üzerinde 1x PBS tamponu 5 mi, pH 9.0 ekleyin. </li><li> PBS ön filtre ile damla izin verin. 15 ml toplama tüpüne artık PBS üzerinden çekin hafif vakum uygulayın. </li></ol> 7. Organik Flokülasyonu İkincil Konsantrasyon <ol style="margin-left: 40px;"><li>Bir heyecan plaka yıkanarak virüs içeren beher aktarın. Sığır ekstraktı 100 ml steril manyetik karıştırma çubuğu ekleyin ve hafif vorteks oluşturmak için karıştırın. </li><li> Sığır özü içine steril pH probu yerleştirin. </li><li> Sığır özü akıllıca 1 M HCI damla ekleyin ve 3.5 pH ayarlayın. 30 dakika boyunca karıştırın. </li><li> 4 ° C&#39;de 15 dakika boyunca 2500 x g&#39;de 250 ml&#39;lik santrifüj konik tüplere eluat ve santrifüj dökün. </li><li> Pelet bozmaya değil değil süpernatant alarak bakım kapalı dökün. 1x PBS, pH 9 5 ml pelletini. </li><li> 4 ° C&#39;de 10 dakika boyunca 4.000 xg&#39;de süspansiyon santrifüjleyin. Süpernatantı dökün ve pelet atın. </li><li> 7-7,5 pH ayarlayın, filtre -80 ° C&#39;de 0.22 mikron şırınga filtresi ve dondurma ile sterilize. </li></ol> 8. Viral Nükleik Asit Ekstraksiyon <ol style="margin-left: 40px;"><li> Üreticinin talimatlarına uygun olarak, uygun bir ticari kit kullanılarak viral nükleik asitlerin ekstre edilmesi. </li></ol> &lt;p class = &quot;jove_title&quot;&gt; 9. AdV 40/41 QPCR <ol style="margin-left: 40px;"><li> 8,13 yayınlanan primerler ve problar, aynı zamanda reaksiyon karışımı ve termal döngü profili kullanın. NOT: tahlil için algılama Tahmini sınırı reaksiyonu başına yaklaşık 5 qPCR birimdir. </li><li> Aşağıdaki gibi konsantrasyonlarda PCR büyütme katkı maddeleri ekleyin: 10 mM Tris (pH 8.3), 50 mM KCI, 4.5 mM MgCI2, 10 mM dNTP, 10 uM primerleri ve 1 uM probu ve polimeraz 0.5 ul olacak şekilde 45 son hacim ul, 96 oyuklu bir PCR reaksiyonu, plaka içindeki deliklerin uygun sayıda ilave edilebilir. </li><li> Bir 96-yuvalı, hızlı reaksiyon PCR plaka her biri uygun oyuğuna PCR amplifikasyon karışımı yüklenebilir 45 ul. </li><li> DNA 5 ul PCR plaka ihtiva eden uygun oyuklara örnek ekstre ekleyin. </li><li> , Isıya dayanıklı kapak contası ile plaka Kapak PCR plaka kuyuların dibine herhangi damlacıkları taşımak için plaka döndürün. </li><li> Foll olarak ayarla PCR amplifikasyon döngüleriakımları: 15 saniye için 95 ° C 40 döngü, 1 dakika süreyle 60 ° C&#39;de, ardından 10 dakika boyunca 95 ° C olarak ölçülmüştür. </li></ol> 10. Veri Analizleri <ol style="margin-left: 40px;"><li> 5-1: 1 kapsayan örneklerinin seri 5 kat seyreltmeleri üçlü ölçümleri analiz 625 seyreltme aralığı viral parçacıkların en olası sayı (EMS) belirlemek amacıyla, daha önce tarif edildiği gibi 8,13. </li><li> 5-1: 1 kapsayan adenovirüs deney sivri seri 5 kat seyreltmeleri analiz 15.625 seyreltme aralığı viral parçacıkların en olası sayı (EMS) tespit etmek için. </li><li> EPA EMS hesap (http://www.epa.gov/nerlcwww/online.html) kullanılarak, seyreltme tipi için hesap hesap ayarlayın (1: 5 ya da 1:10) dilüsyonlarda adedine ve sayısı seyrelme serisi içindeki örnekleri çoğaltırlar. </li><li> Yapın bir birim hacim vb (örneğin, 1 mi, 100 ml, normalize ardından verileri 10 log transformasyonu </em&gt;). Numunede mevcut viral parçacıkların sayısına bölünmesiyle verilen deney için kurtarma hesaplayın deneysel ani mevcut viral parçacıkların sayısı ile yoğunlaşmaktadır. </li><li> Farklı deneysel değişkenlerin etkisini değerlendirmek (örneğin, farklı celite tipleri, pH aralıkları, farklı filtre türleri ve farklı ikincil konsantrasyon teknikleri) (örn, eşleştirilmiş t-testi, bir ya da iki parametrik ya da parametrik olmayan istatistiksel testler yapılarak AdV verimleri üzerindeki veri dağıtım ve deneysel tasarım bağlı) ANOVA yollu. </li></ol>

<ol><li>Sinclair, R. G., Jones, E. L., Gerba, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viruses+in+recreational+water-borne+disease+outbreaks%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Viruses in recreational water-borne disease outbreaks: a review.</a> Journal of Applied Microbiology. 107, 1769-1780 (2009).</li>
<li>WHO. Guidelines for Safe Recreational Water Environments. , World Health Organization. Geneva. (2003).</li>
<li>Westrell, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Norovirus+outbreaks+linked+to+oyster+consumption+in+the+United+Kingdom%5BTitle%5D)+AND+%22Euro+Surveillance+%3A+Bulletin+Europeen+Sur+les+Maladies+Transmissibles+%3D+European+Communicable+Disease+Bulletin%22%5BJournal%5D)">Norovirus outbreaks linked to oyster consumption in the United Kingdom.</a> Euro Surveillance : Bulletin Europeen Sur les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin. 15, Norway, France, Sweden and Denmark. (2010).</li>
<li>Wong, K., Fong, T. T., Bibby, K., Molina, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+enteric+viruses+for+fecal+pollution+source+tracking+in+environmental+waters%5BTitle%5D)+AND+%22Environment+International%22%5BJournal%5D)">Application of enteric viruses for fecal pollution source tracking in environmental waters.</a> Environment International. 45, 151-164 (2012).</li>
<li>Cashdollar, J. L., Wymer, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+primary+concentration+of+viruses+from+water+samples%3A+a+review+and+meta-analysis+of+recent+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Methods for primary concentration of viruses from water samples: a review and meta-analysis of recent studies.</a> Journal of Applied Microbiology. 115, 1-11 (2013).</li>
<li>Ikner, L. A., Soto-Beltran, M., Bright, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+method+using+a+positively+charged+microporous+filter+and+ultrafiltration+for+concentration+of+viruses+from+tap+water%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">New method using a positively charged microporous filter and ultrafiltration for concentration of viruses from tap water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 77, 3500-3506 (2011).</li>
<li>Karim, M. R., Rhodes, E. R., Brinkman, N., Wymer, L., Fout, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+electropositive+filter+for+concentrating+enteroviruses+and+noroviruses+from+large+volumes+of+water%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">New electropositive filter for concentrating enteroviruses and noroviruses from large volumes of water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 2393-2399 (2009).</li>
<li>McMinn, B. R., Cashdollar, J. L., Grimm, A. C., Fout, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+the+celite+secondary+concentration+procedure+and+an+alternate+elution+buffer+for+the+recovery+of+enteric+adenoviruses+40+and+41%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virological+Methods%22%5BJournal%5D)">Evaluation of the celite secondary concentration procedure and an alternate elution buffer for the recovery of enteric adenoviruses 40 and 41.</a> Journal of Virological Methods. 179, 423-428 (2012).</li>
<li>Katzenelson, E., Fattal, B., Hostovesky, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organic+flocculation%3A+an+efficient+second-step+concentration+method+for+the+detection+of+viruses+in+tap+water%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Organic flocculation: an efficient second-step concentration method for the detection of viruses in tap water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 32, 638-639 (1976).</li>
<li>Fout, G. S., Schaefer, F. W. 3rd, Messer, J. W., Dahling, D. R. ICR microbial laboratory manual. 178, US Environmental Protection Agency. Washington, D.C. (1996).</li>
<li>Calgua, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virological+Methods%22%5BJournal%5D)">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> Journal of Virological Methods. 153, 79-83 (2008).</li>
<li>Calgua, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+quantification+of+classic+and+emerging+viruses+by+skimmed-milk+flocculation+and+PCR+in+river+water+from+two+geographical+areas%5BTitle%5D)+AND+%22Water+Research%22%5BJournal%5D)">Detection and quantification of classic and emerging viruses by skimmed-milk flocculation and PCR in river water from two geographical areas.</a> Water Research. 47, 2797-2810 (2013).</li>
<li>McMinn, B. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+adenovirus+40+and+41+recovery+from+tap+water+using+small+disk+filters%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virological+Methods%22%5BJournal%5D)">Optimization of adenovirus 40 and 41 recovery from tap water using small disk filters.</a> Journal of Virological Methods. 193 (2), 284-290 (2013).</li>
<li>Brinkman, N. E., Haffler, T. D., Cashdollar, J. L., Rhodes, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+methods+using+celite+to+concentrate+norovirus%2C+adenovirus+and+enterovirus+from+wastewater%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virological+Methods%22%5BJournal%5D)">Evaluation of methods using celite to concentrate norovirus, adenovirus and enterovirus from wastewater.</a> Journal of Virological Methods. 193, 140-146 (2013).</li>
<li>Albinsson, B., Kidd, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adenovirus+type+41+lacks+an+RGD+alpha%28v%29-integrin+binding+motif+on+the+penton+base+and+undergoes+delayed+uptake+in+A549+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Virus+Research%22%5BJournal%5D)">Adenovirus type 41 lacks an RGD alpha(v)-integrin binding motif on the penton base and undergoes delayed uptake in A549 cells.</a> Virus Research. 64, 125-136 (1999).</li>
<li>He, C., Lian, J. S., Jiang, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electronic+structures+and+hydrogen+bond+network+of+high-density+and+very+high-density+amorphous+ices%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Physical+Chemistry.+B%22%5BJournal%5D)">Electronic structures and hydrogen bond network of high-density and very high-density amorphous ices.</a> The Journal of Physical Chemistry. B. 109, 19893-19896 (2005).</li>
<li>Sedmak, G., Bina, D., Macdonald, J., Couillard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nine-year+study+of+the+occurrence+of+culturable+viruses+in+source+water+for+two+drinking+water+treatment+plants+and+the+influent+and+effluent+of+a+Wastewater+Treatment+Plant+in+Milwaukee%2C+Wisconsin%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Nine-year study of the occurrence of culturable viruses in source water for two drinking water treatment plants and the influent and effluent of a Wastewater Treatment Plant in Milwaukee, Wisconsin.</a> 71, 1042-1050 (2005).</li>
<li>Soto-Beltran, M., Ikner, L. A., Bright, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effectiveness+of+poliovirus+concentration+and+recovery+from+treated+wastewater+by+two+electropositive+filter+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Food+and+Environmental+Virology%22%5BJournal%5D)">Effectiveness of poliovirus concentration and recovery from treated wastewater by two electropositive filter methods.</a> Food and Environmental Virology. 5, 91-96 (2013).</li>
<li>Haramoto, E., Katayama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+acidic+elution+to+virus+concentration+using+electropositive+filters%5BTitle%5D)+AND+%22Food+and+Environmental+Virology%22%5BJournal%5D)">Application of acidic elution to virus concentration using electropositive filters.</a> Food and Environmental Virology. 5, 77-80 (2013).</li>
<li>Lee, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+electropositive+filtration+for+recovering+norovirus+in+water%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Water+and+Health%22%5BJournal%5D)">Evaluation of electropositive filtration for recovering norovirus in water.</a> Journal of Water and Health. 9, 27-36 (2011).</li>
<li>Gibbons, C. D., Rodriguez, R. A., Tallon, L., Sobsey, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+positively+charged+alumina+nanofibre+cartridge+filters+for+the+primary+concentration+of+noroviruses%2C+adenoviruses+and+male-specific+coliphages+from+seawater%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Evaluation of positively charged alumina nanofibre cartridge filters for the primary concentration of noroviruses, adenoviruses and male-specific coliphages from seawater.</a> Journal of Applied Microbiology. 109, 635-641 (2010).</li>
<li>Hill, V. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+rapid+method+for+simultaneous+recovery+of+diverse+microbes+in+drinking+water+by+ultrafiltration+with+sodium+polyphosphate+and+surfactants%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Development of a rapid method for simultaneous recovery of diverse microbes in drinking water by ultrafiltration with sodium polyphosphate and surfactants.</a> Applied and Environmental Microbiology. 71, 6878-6884 (2005).</li>
<li>Polaczyk, A. L., Roberts, J. M., Hill, V. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+1MDS+electropositive+microfilters+for+simultaneous+recovery+of+multiple+microbe+classes+from+tap+water%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Microbiological+Methods%22%5BJournal%5D)">Evaluation of 1MDS electropositive microfilters for simultaneous recovery of multiple microbe classes from tap water.</a> Journal of Microbiological Methods. 68, 260-266 (2007).</li>
<li>Rhodes, E. R., Hamilton, D. W., See, M. J., Wymer, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+hollow-fiber+ultrafiltration+primary+concentration+of+pathogens+and+secondary+concentration+of+viruses+from+water%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virological+Methods%22%5BJournal%5D)">Evaluation of hollow-fiber ultrafiltration primary concentration of pathogens and secondary concentration of viruses from water.</a> Journal of Virological Methods. 176, 38-45 (2011).</li>
<li>Melnick, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Round+robin+investigation+of+methods+for+the+recovery+of+poliovirus+from+drinking+water%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Round robin investigation of methods for the recovery of poliovirus from drinking water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 47, 144-150 (1984).</li>
<li>Schwab, K. J., De Leon, R., Sobsey, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Concentration+and+purification+of+beef+extract+mock+eluates+from+water+samples+for+the+detection+of+enteroviruses%2C+hepatitis+A+virus%2C+and+Norwalk+virus+by+reverse+transcription-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Concentration and purification of beef extract mock eluates from water samples for the detection of enteroviruses, hepatitis A virus, and Norwalk virus by reverse transcription-PCR.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 531-537 (1995).</li>
</ol>

Rekabet eden finansal çıkarlar yok. 
Bu makalede ifade edilen görüşler yazarlara aittir ve ABD Çevre Koruma Ajansı'nın görüşlerini veya politikalarını yansıtmayabilir. Ticari isimlerden veya ticari ürünlerden bahsedilmesi, kullanım için onay veya tavsiye teşkil etmez.

Elektropozitif filtreler su virüsleri konsantre yararlıdır; Ancak bu filtreler sırayla onların etkinliğini değiştirebilir kendi yapısı ve kompozisyon farklı olabilir. Bu sorunun Bileşikler, kapsid yapıları ve ücretleri konsantrasyon teknikleri optimum kurtarma 15 sağlamak için uyarlanabilir gerektiren virüs suşları arasında değişmektedir. (Örneğin, elektropozitif filtreler, dana özü elüsyon), hedef virüs daha etkili konsantrasyon 16,17 elde edilebilir, mevcut konsantrasyon teknikleri basit...

İnsan enterik virüsler su kaynaklı hastalıkların 1-3 önemli etken vardır, ama konsantrasyon olmadan kendi algılama zorlaştırır, genellikle kontamine çevre sularında düşük sayılarda bulunurlar. Virüsleri konsantre için kullanılan prosedürler, genellikle filtre yıkama sıvısının bir hava filtresi, yıkama, ardından adım, ve ikinci bir konsantrasyon yer alır. Yaygın bir filtrasyon işlemi (son 4,5 &#39;de gözden geçirilmiştir), elektropozitif filtreler gibi yüklü membran kullanılması ile ilgilidir. Bu filtreler, filtre alanı (pozitif yüklü) ve hedeflenen virüs parçacıkları arasındaki elektrostatik etkileşimleri kullanılarak su içinde süspansiyon haline getirilmiş virüs yakalama dayanır (negatif yüklü). Ticari olarak mevcuttur iki elektropozitif filtreler bu teknoloji güveniyor, cam / selüloz ve nano-alümina / cam elyaf filtreler. Cam / selüloz filtre maliyetleri cam / ce kullanımını sınırlamak kadar 10 kez nano-alümina / cam elyaf ki, vardırRutin virüs kontrolü için llulose filtreler. Son çalışmalar ucuz filtre alternatif kullanımını haklı, farklılıklar ortam su 6,7 den enterovirüslerin kurtarma bu iki filtre arasındaki nominal olarak sonucuna varmışlardır. Örneğin elektronegatif ve cam yün filtre gibi diğer filtre ayarları, ancak, her iki kaynak, su (elektronegatif filtreleri) tabi tutulmasını gerektirir ya da (cam yünü filtreleri), ticari olarak mevcut olmadığında, incelenmiştir. virüs konsantrasyonu prosedürlerinin geliştirilmesi çok sudan virüs verimini artırmak amacıyla, birinci konsantrasyon teknikleri (filtre) optimize odaklanmıştır. Ancak, hacimleri mililitrelik için tipik olarak 1 L yıkama sıvısı hacmini azaltır ikincil konsantrasyon işlemleri, ayrıca virüs geri kazanımlar 8 üzerinde önemli bir etkiye sahip olabilir. Bağırsak virüslerinin ikincil konsantrasyonu tipik olarak sığır özü bazı türleri gibi bir pıhtılaştırıcı madde dayanır (organik floccuyon) veya yağsız süt flokülasyon 9-12 filtre yüzeyleri virüs parçacıkları kaldırmak için. Son zamanlarda, selit (ince parçacık) eklenmesi ile bağlanmış sığır eti ekstresi ile bir ikinci yoğunlaştırma işlemi adenovirüs, enterovirüs ve Norovirus 8,13,14 geri kazanılması için umut verici olduğu gösterilmiştir. Bu virüs parçacıklarının organik flokülasyon yöntem ile aynı prensiplere göre, Celite konsantrasyonu işleri tutunur ve süspansiyon çözeltisinin pH&#39;ını değiştirilmesiyle partiküller (topak veya selit) salınır. Bu iki ikincil konsantrasyon teknikleri arasındaki karşılaştırmalar çivili adenovirüs (AdV) türleri 40 ve 41 8 kurtarma değerlendirilmiştir. Bu çalışma iki ikincil konsantrasyon teknikleri adenovirüslerin kurtarma istatistiksel olarak benzer olduğu sonucuna varıldı. Bununla birlikte, organik çökeltme yöntemi, bir 30 dakika gerektirir. pH 3.5 inkübasyon, selit tekniği pH 4.0 kısa bir inkübasyon (10 dakika) gerektirir ise. Organik flocculatiyonu, tertier konsantrasyon sırasında topaklanma maddeleri toplamak pahalı laboratuar ekipmanları (santrifüj) kullanımını gerektirir, farklı olarak selit tekniği süspansiyondan selit parçacıkları ayırmak için sadece temel laboratuar ekipmanı (vakum filtrasyon) kullanılır. Filtreler ve ikincil yıkama teknikleri belirli kombinasyonları da virüs kurtarma etkileyebilir. Bir çalışma birincil (elektropozitif filtrelerin) belirli kombinasyonları ve ikincil konsantrasyon teknikleri (Celite veya organik flokülasyon) adenovirüs 13 kurtarma önemli bir etkiye sahip olduğu sonucuna varmıştır. Bu bulgular, bu teknikler kullanılarak zaman bu optimizasyon optimum verilen bir su matris hedef virüsü geri kazanmak için gerekli olduğunu düşündürmektedir. Optimizasyon sayısız değişkenler (filtre tipi / marka, pH elüsyon çözeltisi, selit / organik flokülasyon) değerlendirilecektir çünkü, zorlu bir süreç birçok araştırmacı aktif önlemek tüketen bir zaman. Bu s içinHer virüs tipi eşsiz bir kapsid morfolojisi ve özel kapsid şarj görüntüler beri tudy, bir prosedür, Muhtemelen çivili insan adenovirüs 40 suşlar ve 41. kullanarak sudan virüs konsantrasyonu için en uygun koşulları belirlemek için geliştirilen, konsantrasyon protokolleri her virüs için optimize edilmesi gerekebilir Optimal viral kurtarma ulaşmak için hedef. 1) elektropozitif filtre ardından 2 diskler) ikincil konsantrasyon olarak celıte tekniği karşı kurulmuş bir organik flokülasyon yöntemi değerlendirmesini kullanarak musluk suyunda virüs kurtarma değerlendirilmesi, ve 3) değerlendirme: Bu çalışma AdV 40 ve 41 ile konsantrasyon için bir yaklaşım sağlar tertier konsantrasyonu için elüsyon tamponları.

<table><tbody><tr><td>Adenovirüs 40 hisse senedi</td><td>ATCC</td><td>VR-931</td><td></td></tr><tr><td>Adenovirüs 41 hisse senedi</td><td>ATCC</td><td>VR-930</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Tiyosülfat</td><td>Fluka Chemical Co.</td><td>72051</td><td></td></tr><tr><td>Elitler #577</td><td>Fluka Kimya A.Ş.</td><td>22142</td><td></td></tr><tr><td>NanoCeram 47 mm</td><td>Argonide</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>1MDS 47 mm</td><td>3M</td><td>6408502</td><td></td></tr><tr><td>AP-20 Ön Filtre 47 mm</td><td>Millipore Corp.</td><td></td><td></td>AP2004700</tr><tr><td>Glisin&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>50046-1KG</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Polifosfat</td><td>Acros Organics</td><td>390930010</td><td></td></tr><tr><td>Tripsin</td><td>Gibco</td><td>25200</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Sigma</td><td>P5368</td><td></td></tr><tr><td>Hidroklorik Asit</td><td>Fisher</td><td>A481-212</td><td></td></tr><tr><td>BBL Sığır Özü</td><td>BD Biosciences</td><td>212303</td><td></td></tr><tr><td>Difco Sığır Özü</td><td>BD Biosciences</td><td>211520</td><td></td></tr><tr><td>ABI 7900 Gerçek zamanlı PCR sistemi ABI</td><td>N</td><td>/A</td><td></td></tr><tr><td>Paslanmaz Çelik Filtre Muhafazası</td><td>Millipore Corp.</td><td></td><td></td>XX2004720</tr><tr><td>Kan DNA Ekstraksiyon Kiti</td><td>Qiagen&nbsp;</td><td>51104</td><td></td></tr><tr><td>EPA MPN Hesap Makinesi</td><td></td><td></td><td>http://www.epa.gov/nerlcwww/online.html</td></tr></tbody></table>

sudan viral konsantrasyon için küçük bir ses prosedürü

A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water

Küçük ölçekli virüs konsantrasyonu (numune hacimleri 1-10 L, burada çivili 100 ml su numuneleri ile simüle edilmiştir), virüs konsantrasyonu için optimal parametreleri belirlemenin verimli, uygun maliyetli bir yoludur. Virüsler, filtrasyon (elektropozitif, elektronegatif, cam yünü veya boyut dışlama) kullanılarak sudan konsantre edilebilir, ardından filtre yüzeylerinden virüsleri serbest bırakmak için sığır özü ile ikincil konsantrasyon ve son olarak 5-30 ml hacimli bir virüs konsantresi ile sonuçlanan üçüncül konsantrasyon elde edilebilir. Optimal konsantrasyon prosedürlerini belirlemek için, iki farklı elektropozitif filtre (bir cam / selüloz filtre [1MDS] ve bir nano-alümina / cam filtre [NanoCeram]) ve ayrıca farklı ikincil konsantrasyon teknikleri değerlendirildi; Üç farklı selit parçacık boyutunun (ince, orta ve büyük) değerlendirildiği Selit Tekniği ve ardından bu teknik, yerleşik organik flokülasyon yöntemiyle karşılaştırılmıştır. Çeşitli elüsyon katkı maddeleri, filtre yüzeylerinden adenovirüs (AdV) partiküllerinin salınımını artırma yetenekleri açısından da değerlendirildi. İnce parçacık selit, ikincil konsantrasyon sırasında viral sivri uçlar eklendiğinde, yerleşik organik flokülasyon yöntemine benzer AdV40 ve 41 seviyelerini geri kazandı. Cam / selüloz filtre, nano alümina / cam elyaf filtreye kıyasla hem AdV40 hem de 41'in daha yüksek seviyelerini geri kazandı. İstatistiksel olarak anlamlı olmasa da, %0.1 sodyum polifosfat modifiye edilmiş sığır özü eluantının eklenmesi, değiştirilmemiş sığır özütüne kıyasla %10 daha fazla AdV partikülü geri kazandı.

<html> Celite seçimi Celite Üç farklı öncesinde iyi performans varyant seçimi test edildi. Orta ölçekli parçacıklara cezası ile selitler yüksek adenovirüs geri kazanımlarını üretti. Daha büyük selitler kullanımı AdV40 ve 41 (aralık% 32% 100) (Şekil 1) her ikisi için de daha düşük kurtarma ile sonuçlanmıştır. Adenovirüs 40 Ortalama kazanımları 144% ± 52% (ince), 115% ± 28% (orta) ve% 82 ± 53% (büyük) partikül selitler ve AdV41, 132% ± 39% (ince),% 83 ± için % 25 (orta) ve% 11 ...

İnsan adenovirüsünün sivri uçları kullanılarak küçük hacimli su örnekleri için optimal viral konsantrasyon koşullarını belirlemek için bir yaklaşım geliştirilmiştir. Burada açıklanan teknikler, diğer viral hedefler için konsantrasyon parametrelerini tanımlamak için kullanılır ve büyük ölçekli viral konsantrasyon deneylerine uygulanır.

Sudan Viral Konsantrasyon için Küçük Bir Ses Prosedürü

Small-scale concentration of viruses (sample volumes 1-10 L, here simulated with spiked 100 ml water samples) is an efficient, cost-effective way to ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, başlangıçta virüs konsantrasyonlarını optimize etmek için tasarlanmış küçük ölçekli bir teknik kullanarak sudan virüs geri kazanımını optimize etmektir. Adenovirüsü sudan konsantre etmek için cam selüloz filtrenin en iyi elektropozitif filtre olduğu belirlenmiştir. İkincil elüsyon için, adenovirüsün filtre yüzeylerinden elüe edilmesinde celite ikincil konsantrasyon tekniğinin en iyisi olduğu kanıtlanmıştır. Ortaya çıkan bu teknik, test edilen tüm filtre ve elüsyon kombinasyonları arasında gözlemlenen en yüksek yüzde geri kazanım oranlarına sahip olması nedeniyle, musluk suyundan en fazla adenovirüsü geri kazandırmaktadır. Bu tekniğin, büyük ölçekli hacim konsantrasyonu gibi mevcut yöntemlere göre temel avantajı, daha küçük örnek hacimleri kullanmasıdır; bu da birçok konsantrasyon değişkeninin hızlı ve kolay bir şekilde değerlendirilmesine olanak tanır. Bu protokole hazırlanırken, mililitre başına 10 ila 100.000 MPN içeren 0.22 mikron filtrelenmiş viral solüsyon da dahil olmak üzere gerekli tüm solüsyonları hazır bulundurun.İşe bir litre steril musluk suyu ölçerek başlayın. Suyu, içinde manyetik karıştırma çubuğu bulunan iki litrelik bir behere aktarın

a-small-volume-procedure-for-viral-concentration-from-water

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Lentiviruses yapmak için, DNA vektörleri insan 293 hücrelerine transfekte. Hasattan sonra ve supernatant yoğunlaşarak, virüs titresi bir akış sitometresi ile floresan ifade tarafından belirlenir.

Lentivirüs Üretim

Deniz ve tatlı su sistemlerinin virüslerin ciro oranı bir azalma ve yeniden oluşmaları tekniği ile tahmin edilebilir. Veriler araştırmacılar, su sistemlerinde virüs aracılı mikrobiyal ölüm oranları anlaması için izin verir.

Su Sistemleri Virüs Üretim Oranlar tahmin

Cam yünü filtreler dünyada araştırma gruplarının bir dizi su bazlı virüsler kullanılır konsantre edilmiştir. Burada cam yünü filtreleri oluşturmak için basit bir yaklaşım göstermek ve filtreleri de su kaynaklı viral, bakteriyel ve parazitik patojenlerde konsantre etkilidir göstermektedir.

Konsantre Su Bazlı Virüsler ve Tarım Zoonotik Patojenler için Cam Yünü Filtreler

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the purification of an oncolytic virus from infected mammalian cell cultures using nuclease treatment, sequential centrifugation, membrane filtration, and sucrose cushion centrifugation.

 Oncolytic Virus Purification from Infected Mammalian Cells 

Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

Quantifying Infectious Viruses in Water Samples Using an In Vitro Total Culturable Virus Assay

Kaynak: Rghei, A. D., et al. Production of Adeno-Associated Virus Vectors in Cell Stacks for Preclinical Studies in Large Animal Models. J. Vis. Exp. (2021)Video, heparin tabanlı bir afinite matrisi kullanılarak ham konak lizatından rekombinant adeno-ilişkili virüs (AAV) vektörlerinin saflaştırılmasını göstermektedir. Viral partiküller immobilize edilmiş heparine bağlanırken, safsızlıklar yıkanarak uzaklaştırılır. Yüksek tuzlu bir tampon, bütünlüğü korunmuş virüsleri serbest bırakır ve bunlar...

Adeno-İlişkili Virüs Vektörlerinin Afinite Kromatografisi Tabanlı Saflaştırılması

Kaynak: Fricano-Kugler, C. J., et al. Designing, Packaging, and Delivery of High Titer CRISPR Retro and Lentiviruses via Stereotaxic Injection. J. Vis. Exp. (2016).Bu video, konak hücre kalıntıları içeren karışık bir süspansiyondan lentiviral partiküllerin konsantre edilmesi ve saflaştırılmasına yönelik adım adım süreci göstermektedir. Prosedür, çözünür safsızlıkları uzaklaştırırken viral partikülleri izole etmek için santrifüjleme, filtrasyon ve PEG-tuz çöktürme yöntemlerini kullanır. Nihai...

Viral Partiküllerin Konsantrasyonu ve Saflaştırılması

Burada, Buffalo Green Monkey böbrek hücresi hattını kullanarak toplam kültürlenebilir virüsleri ölçmek için bir prosedür sunuyoruz. Prosedür, çevresel ve içme sularında bulaşıcı virüslerin oluşumunu ölçmek için standartlaştırılmış bir araç sağlar.

Enterovirus Kültür ve RT-qPCR Su Norovirus Oluşum EPA Metot 1615 ölçülmesi. II. Toplam kültürlenebilir virüs Deneyi

Burada VirWaTest sunuyoruz, hangi kullanım noktasında su örneklerinden virüslerin konsantrasyonu ve tespiti için basit, uygun fiyatlı ve taşınabilir bir yöntemdir.

VirWaTest, su örnekleri virüslerin tespiti için bir nokta-of-kullanım yöntemi

Çevresel su ve atık su örneklerinden virüs konsantrasyonu, öncelikle virüslerin tanımlanması ve miktarının belirlenmesi için gerçekleştirilen zorlu bir görevdir. Çeşitli virüs konsantrasyon yöntemleri geliştirilmiş ve test edilmiş olsa da, burada farklı numune tiplerine sahip RNA virüsleri için ultrafiltrasyon ve yağsız süt topaklaşmasının etkinliğini gösteriyoruz.

Yağsız Süt Flokülasyonu ve Ultrafiltrasyon Kullanılarak Çevresel Su ve Atık Su Numunelerinden Virüs Partiküllerinin Konsantrasyonu

Adeno ilişkili virüs, süspansiyon hücre kültüründe üretilir ve çift iyodiksanol yoğunluk gradyan santrifüjlemesi ile saflaştırılır. Toplam virüs verimini artırmak, virüs çökelme riskini azaltmak ve nihai virüs ürününü daha da konsantre etmek için adımlar dahil edilmiştir. Beklenen nihai titreler 1012 viral partikül/mL'ye ulaşır ve klinik öncesi in vivo kullanım için uygundur.

İn Vivo Uygulamalar için İodiksanol Yoğunluk Gradyan Santrifüjü ile Adeno İlişkili Virüsün Süspansiyon Kültürü Üretimi ve Saflaştırılması

Öğrenin su örneklerinden adenovirüs konsantrasyonu için küçük ölçekli bir yöntemi. Cam selüloz filtre ve Sea Light ikincil konsantrasyon tekniği kullanılarak kurtarma oranları optimize edilir.

Sudan Viral Konsantrasyon için Küçük Bir Ses Prosedürü

Daha fazla video keşfet