Name: Kanatlı Üretim Örneklerden Bakteriyel Topluluklar Nitel ve Nicel Değerlendirme Karma DNA Ekstraksiyon Yöntemi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-12-10T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 24 s
Description: Öğrenin, kanatlı üretim örneklerinden bakteriyel toplulukların nitel ve nicel değerlendirmesi için mekanik homojenizasyon ve enzimatik ekstraksiyonu birleştiren yarı otomatik hibrit DNA ekstraksiyon yöntemini.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarlar, numune alımındaki yardımları için Latoya Wiggins ve Katelyn Griffin'e ve numune alma ve moleküler analizlerdeki yardımları için Laura Lee Rutherford'a teşekkür eder. Mikrobiyomik örnek hazırlama ve dizileme için Argonne Ulusal Laboratuvarı'ndan Sarah Owens'a da teşekkür ederiz. Bu araştırmalar, Tarımsal Araştırma Servisi, USDA CRIS Projeleri "Kanatlı İşleme Sistemlerinde Patojen Azaltma ve İşleme Parametreleri" #6612-41420-017-00 ve "Kanatlı Hayvanlarda Gıda Kaynaklı Patojenlerin Karakterizasyonu için Moleküler Yaklaşımlar" #6612-32000-059-00 tarafından eşit olarak desteklenmiştir.

Çevre Kanatlı Üretim Örnekleri 1. Mekanik Homojenizasyon <ol style="margin-left: 40px;"><li> Ekstre önce, 95 ° C&#39;ye kadar bir su banyosu ve bu, su banyosu zaman bu ısıya varılması için izin verir. </li><li> 2 ml Parçalama Matrisi e tüpüne toprak veya dışkı maddesinin 0.33 g tartılır. <ol><li> Bu tüpün kapasitesini aşan için aşağıdaki çözümleri neden olacağından, tüp numune 0.33 g aşmayın. </li><li> RT çözülme dondurulmuş örnekler ağırlığında önce. </li><li> Toprak / dışkı 1 g toplam analiz etmek için, dışarı 3 tartmak her çevresel numune için 0.33 gr örnekleri çoğaltmak. </li><li> Ekstre etmeden önce konik matris, boruların içinde -20 ° C&#39;de saklayın örnekleri, gerekirse. </li></ol></li><li> 825 ul Sodyum Fosfat Tampon ve örnek bir tüpe PLS çözeltisi 275 ul ekleyin. ~ 15 saniye boyunca bir vorteks ile karıştırın ve daha sonra 5 dakika için 14,000 x g&#39;de örnekleri santrifüj. </li><li> Superna Durusutant Tampon ASL 700 ul ekleyin ve. 5 saniye boyunca bir vorteks ile karıştırın. <ol><li> Tepeboşluğu bu noktada konik tüp mevcut (~% 10, toplam hacim) olduğundan emin olun. Herhangi bir tepe boşluğu varsa, borular çapraz kontaminasyon ve / veya örnek kaybına neden olabilir sonraki homojen hale getirme adımı sırasında sızıntı eğilimi olacaktır. </li></ol></li><li> Bir FastPrep 24 Aracı içine örnekleri yerleştirin ve 40 saniye boyunca 6.0 m / sn hızında örnekleri homojenize. </li><li> 5 dakika boyunca 14.000 xg&#39;de homojenize örnek santrifüjleyin. Steril 2 ml mikrosantrifüj tüp süpernatant aktarın. </li><li> Örnekten DNA kurtarma maksimize etmek için, tekrar aynı steril, 2 ml mikrosantrifüj tüp içine süpernatantlar birleştirerek, 1,4-1,6 adımları. </li></ol> Örnek homojenatlarında İnhibitörlerinin 2. enzimatik inhibisyonu NOT: Bu protokol QIAamp DNA Tabure Mini Kit kullanır. <ol style="margin-left: 40px;"><li> Kuluçkaya yatmak5 dakika süre ile 95 ° C su banyosu içinde yüzer yüzer içinde herhangi bir kalan hücreler DNA geri kazanımı maksimize etmek. <ol><li> Çoğunlukla, Gram-negatif organizmalar içeren örneklerin, 70 ° C&#39;de inkübe edilir. Gram-pozitif organizmalar (kanatlı dışkı örneklerinde olduğu) mevcut olan, ancak, 95 ° C de inkübe edilir. </li><li> Basınç bu mühürlü mikrosantrifüj tüplerinde kurmak gibi tüpler açık &quot;pop&quot; olmaz emin ve potansiyel örnek hacmi kaybetmek mikrosantrifüj tüpleri plastik kilitleme klipleri kullanın. </li></ol></li><li> Basınç, yeniden kap mikrosantrifüj tüpleri bırakın ve 15 saniye için bir girdap kullanarak karıştırmak için her mikrosantrifüj tüp açın. </li><li> , 1 dakika için 14,000 x g&#39;de santrifüjleyin süpernatan 1.2 mi çıkarmak ve yeni bir 2 ml&#39;lik steril mikrosantrifüj tüpü içine yerleştirin. </li><li> Her bir numune için 1 Inhibitex sekmesine ekleyin ve örnek bir homojen beyaz / kirli beyaz bir sıvı haline gelene kadar bir girdap kullanarak karıştırın. <ol><li> T kaçınınnumuneyi içeren mikrosantrifüj tüp içine yerleştirirken Inhibitex sekmesini ouching. Bunu gerçekleştirmek için, açık mikrosantrifüj tüp üzerinde doğrudan sekmesini içeren blister paketi yerleştirin ve yavaşça kabarcık paketinin dışında ve mikrosantrifüj tüpe sekmesini itin. </li></ol></li><li> 5 dakika boyunca 14.000 x g&#39;de oda sıcaklığında (-25 ° C), 1 dakika için örnek ve santrifüj inkübe edin. </li><li> 5 dakika için 14,000 x g&#39;de bir steril 1.5 mL mikrosantrifüj tüpü ve santrifüj tüm sıvı aktarın. <ol><li> Sıvı aktarımı sırasında adım 2.5 sonunda mikrosantrifüj tüpü altındaki topak olabilecek herhangi bir diğer parçacık kaçının. </li></ol></li></ol> Qiacube süreci Robotik Workstation Kullanımı 3. Otomatik DNA Saflaştırma Not: plastik sarf sayısı, santrifüj içinde deneme türbin çarkına adaptörleri düzenlenmesi, ve tamponlar / solüsyonlar gerekli hacimleri, num bağlıdırçalışma ediliyor örneklerin ber. <ol style="margin-left: 40px;"><li> Rotor adaptörleri içinde uygun yuvalara elüsyon tüpleri ve filtre tüpleri ekleyin. Her numune için, rotorun adaptörün orta yuvaya 400 ul ekle. Numune sayısı arıtıldıktan göre doğru düzende iş istasyonu santrifüj rotor adaptörleri yerleştirin. <ol><li> Bir başarısızlık arıtma protokolünün santrifüj adımlarından biri sırasında kesme neden olabilir bunu beri mikrosantrifüj tüp kapakları tüm düzgün rotor adaptörü içinde güvenli olduğundan emin olun. </li></ol></li><li> Iş istasyonuna 1.000 ul ve 200 ul filtre ipuçları gerekli sayıda ekleyin ve tamponların gerekli hacmi ile birlikte tampon şişeleri doldurmak. NOT: Bu arıtma protokolü (AL, AW1, AW2 ve AE) için gerekli tamponlar tüm QIAamp DNA Tabure Mini Kit içinde yer alır. Kullanıcı AW met için gerekli olan% 100 etanol tedarik gerekiyorffers ve arıtma işleminde kullanılan bir solüsyon olabilir. </li><li> Bir steril 1.5 mL mikrosantrifüj tüpü içine verilen proteinaz K çözeltisi gerekli hacmi ekleyin ve iş istasyonu üzerinde yuva A içine yerleştirin. Ayrıca, iş istasyonunun çalkalama bölümüne 2 ml güvenli kilit mikrosantrifüj örnek tüpleri RB (saflaştırılmış olan örneklerin sayısına eşit) gerekli numarayı ekleyin. <ol><li> Örnek tüplerin kapakları sıkıca makine başlangıçta gerekli tüm plastik ve sıvılar talep için kullanılabilir olduğundan emin olmak için iş istasyonu tararken bir hata neden olur bunu bir başarısızlık beri, iş istasyonunda uygun yuvalara yerleştirilir emin olun koşmak. </li></ol></li><li> Patojen Algılama Protokolü ve iş istasyonu doğru yüklendiğini emin sonraki ekranlar aracılığıyla okuma - İnsan Tabure - iş istasyonunda dokunmatik ekranı kullanarak, DNA Tabure seçin. Bir kez tüm onay ekranları bu protokolü çalıştırmak için, Başlat geçirilir. <ol><li> 12&#39;den fazla örneklerinden DNA ayıklanması ise 12 numune bir çalışma iş istasyonunda tamamlamak için ~ 72 dk sürer, çünkü, numunelerin sonraki seti için homojenizasyon işlemi (Adım 1) başlar. </li></ol></li><li> Sonraki mansap analizler için gerekli olana kadar -20 ° C&#39;de, rotor adaptörleri numune kaldırmak, onları kap, ve yer. <ol><li> Bu noktada, bir santrifüjleme / buharlaştırma tabanlı sistemi kullanılarak tek bir numune (toplam analiz miktarı = 1 g), 3 suret saflaştınlmasını birleştirir. Tris-EDTA tampon maddesi içinde 100 ul bir son hacme çoğaltır ve yeniden elüte birleştirin. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Maukonen, J., Simoes, C., Saarela, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+currently+used+commercial+DNA-extraction+methods+give+different+results+of+clostridial+and+actinobacterial+populations+derived+from+human+fecal+samples%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+microbiology+ecology%22%5BJournal%5D)">The currently used commercial DNA-extraction methods give different results of clostridial and actinobacterial populations derived from human fecal samples.</a> FEMS microbiology ecology. 79, 697-708 (2012).</li>
<li>Tang, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+effective+method+for+isolation+of+DNA+from+pig+faeces+and+comparison+of+five+different+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+microbiological%22%5BJournal%5D)">An effective method for isolation of DNA from pig faeces and comparison of five different methods.</a> Journal of microbiological. 75, 432-436 (2008).</li>
<li>McOrist, A. L., Jackson, M., Bird, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparison+of+five+methods+for+extraction+of+bacterial+DNA+from+human+faecal+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+microbiological%22%5BJournal%5D)">A comparison of five methods for extraction of bacterial DNA from human faecal samples.</a> Journal of microbiological. 50, 131-139 (2002).</li>
<li>Ariefdjohan, M. W., Savaiano, D. A., Nakatsu, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+DNA+extraction+kits+for+PCR-DGGE+analysis+of+human+intestinal+microbial+communities+from+fecal+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22Nutrition+journal%22%5BJournal%5D)">Comparison of DNA extraction kits for PCR-DGGE analysis of human intestinal microbial communities from fecal specimens.</a> Nutrition journal. 9, 23(2010).</li>
<li>Carrigg, C., Rice, O., Kavanagh, S., Collins, G., O'Flaherty, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+extraction+method+affects+microbial+community+profiles+from+soils+and+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+microbiology+and+biotechnology%22%5BJournal%5D)">DNA extraction method affects microbial community profiles from soils and sediment.</a> Applied microbiology and biotechnology. 77, 955-964 (2007).</li>
<li>Smith, B., Li, N., Andersen, A. S., Slotved, H. C., Krogfelt, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimising+Bacterial+DNA+Extraction+from+Faecal+Samples%3A+Comparison+of+Three+Methods%5BTitle%5D)+AND+%22The+Open+microbiology+journal%22%5BJournal%5D)">Optimising Bacterial DNA Extraction from Faecal Samples: Comparison of Three Methods.</a> The Open microbiology journal. 5, 14-17 (2011).</li>
<li>Claassen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparison+of+the+efficiency+of+five+different+commercial+DNA+extraction+kits+for+extraction+of+DNA+from+faecal+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+microbiological%22%5BJournal%5D)">A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples.</a> Journal of microbiological. 94, 103-110 (2013).</li>
<li>Scupham, A. J., Jones, J. A., Wesley, I. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+DNA+extraction+methods+for+analysis+of+turkey+cecal+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+applied+microbiology%22%5BJournal%5D)">Comparison of DNA extraction methods for analysis of turkey cecal microbiota.</a> Journal of applied microbiology. 102, 401-409 (2007).</li>
<li>Salonen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+fecal+DNA+extraction+methods+with+phylogenetic+microarray%3A+effective+recovery+of+bacterial+and+archaeal+DNA+using+mechanical+cell+lysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+microbiological+methods%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of fecal DNA extraction methods with phylogenetic microarray: effective recovery of bacterial and archaeal DNA using mechanical cell lysis.</a> Journal of microbiological methods. 81, 127-134 (2010).</li>
<li>Peng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+direct+boiling+method+with+commercial+kits+for+extracting+fecal+microbiome+DNA+by+Illumina+sequencing+of+16S+rRNA+tags%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+microbiological%22%5BJournal%5D)">Comparison of direct boiling method with commercial kits for extracting fecal microbiome DNA by Illumina sequencing of 16S rRNA tags.</a> Journal of microbiological. 95, 455-462 (2013).</li>
<li>Yuan, S., Cohen, D. B., Ravel, J., Abdo, Z., Forney, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+methods+for+the+extraction+and+purification+of+DNA+from+the+human+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+one%22%5BJournal%5D)">Evaluation of methods for the extraction and purification of DNA from the human microbiome.</a> PloS one. 7, 33865(2012).</li>
<li>Qu, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+Metagenomics+Reveals+Host+Specific+Metavirulomes+and+Horizontal+Gene+Transfer+Elements+in+the+Chicken+Cecum+Microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+one%22%5BJournal%5D)">Comparative Metagenomics Reveals Host Specific Metavirulomes and Horizontal Gene Transfer Elements in the Chicken Cecum Microbiome.</a> PloS one. 3, 2945(2008).</li>
<li>Sekelja, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abrupt+temporal+fluctuations+in+the+chicken+fecal+microbiota+are+explained+by+its+gastrointestinal+origin%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+environmental+microbiology%22%5BJournal%5D)">Abrupt temporal fluctuations in the chicken fecal microbiota are explained by its gastrointestinal origin.</a> Applied and environmental microbiology. 78, 2941-2948 (2012).</li>
<li>Oakley, B. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Poultry-Associated+Microbiome%3A+Network+Analysis+and+Farm-to-Fork+Characterizations%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+one%22%5BJournal%5D)">The Poultry-Associated Microbiome: Network Analysis and Farm-to-Fork Characterizations.</a> PloS one. 8, 57190(2013).</li>
<li>Cook, K. L., Rothrock, M. J., Eiteman, M. A., Lovanh, N., Sistani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+nitrogen+retention+and+microbial+populations+in+poultry+litter+treated+with+chemical%2C+biological+or+adsorbent+amendments%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+environmental+management%22%5BJournal%5D)">Evaluation of nitrogen retention and microbial populations in poultry litter treated with chemical, biological or adsorbent amendments.</a> Journal of environmental management. 92, 1760-1766 (2011).</li>
<li>Rothrock, M. J., Cook, K. L., Warren, J. G., Eiteman, M. A., Sistani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+mineralization+of+organic+nitrogen+forms+in+poultry+litters%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+environmental+quality%22%5BJournal%5D)">Microbial mineralization of organic nitrogen forms in poultry litters.</a> Journal of environmental quality. 39, 1848-1857 (2010).</li>
<li>Rothrock, M. J., Cook, K. L., Warren, J. G., Sistani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+alum+addition+on+microbial+communities+in+poultry+litter%5BTitle%5D)+AND+%22Poultry+science%22%5BJournal%5D)">The effect of alum addition on microbial communities in poultry litter.</a> Poultry science. 87, 1493-1503 (2008).</li>
<li>Li, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+QIAamp+DNA+Stool+Mini+Kit+for+ecological+studies+of+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+microbiological%22%5BJournal%5D)">Evaluation of QIAamp DNA Stool Mini Kit for ecological studies of gut microbiota.</a> Journal of microbiological. 54, 13-20 (2003).</li>
<li>Dridi, B., Henry, M., El Khechine, A., Raoult, D., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+precalence+of+Methanobrevibacter+smithii+and+Methanosphaera+stadtmanae+detected+in+the+human+gut+using+an+improved+DNA+detection+protocol%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+one%22%5BJournal%5D)">High precalence of Methanobrevibacter smithii and Methanosphaera stadtmanae detected in the human gut using an improved DNA detection protocol.</a> PloS one. 4, 7063(2009).</li>
<li>Harms, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+PCR+quantification+of+nitrifying+bacteria+in+a+municipal+wastewater+treatment+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+science+and+technology%22%5BJournal%5D)">Real-time PCR quantification of nitrifying bacteria in a municipal wastewater treatment plant.</a> Environmental science and technology. 37, 343-351 (2003).</li>
<li>Rothrock, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+microvolume+DNA+quantification+methods+for+use+with+volume-sensitive+environmental+DNA+extracts%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+natural+and+environmental+sciences%22%5BJournal%5D)">Comparison of microvolume DNA quantification methods for use with volume-sensitive environmental DNA extracts.</a> Journal of natural and environmental sciences. 2, 34-38 (2011).</li>
<li>Navas-Molina, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aNavas-Molina%2C+JA+%22Methods+in+Enzymology%22">Methods in Enzymology</a>. DeLong Edward, F. 531, Academic Press. 371-444 (2013).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-high-throughput+microbial+community+analysis+on+the+Illumina+HiSeq+and+MiSeq+platforms%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+journal%22%5BJournal%5D)">Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms.</a> The ISME journal. 6, 1621-1624 (2012).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+patterns+of+16S+rRNA+diversity+at+a+depth+of+millions+of+sequences+per+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 Suppl 1, 4516-4522 (2011).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nature methods. 7, 335-336 (2010).</li>
<li>Edgar, R. C., Haas, B. J., Clemente, J. C., Quince, C., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UCHIME+improves+sensitivity+and+speed+of+chimera+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection.</a> Bioinformatics. 27, 2194-2200 (2011).</li>
<li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Search+and+clustering+orders+of+magnitude+faster+than+BLAST%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST.</a> Bioinformatics. 26, 2460-2461 (2010).</li>
<li>DeSantis, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Greengenes%2C+a+chimera-checked+16S+rRNA+gene+database+and+workbench+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+environmental+microbiology%22%5BJournal%5D)">Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB.</a> Applied and environmental microbiology. 72, 5069-5072 (2006).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PyNAST%3A+a+flexible+tool+for+aligning+sequences+to+a+template+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment.</a> Bioinformatics. 26, 266-267 (2010).</li>
<li>Price, M. N., Dehal, P. S., Arkin, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FastTree+2%E2%80%93approximately+maximum-likelihood+trees+for+large+alignments%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+one%22%5BJournal%5D)">FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments.</a> PloS one. 5, 9490(2010).</li>
<li>Cook, K. L., Rothrock, M. J., Lovanh, N., Sorrell, J. K., Loughrin, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+and+temporal+changes+in+the+microbial+community+in+an+anaerobic+swine+waste+treatment+lagoon%5BTitle%5D)+AND+%22Anaerobe%22%5BJournal%5D)">Spatial and temporal changes in the microbial community in an anaerobic swine waste treatment lagoon.</a> Anaerobe. 16, 74-82 (2010).</li>
<li>Cook, K. L., Rothrock, M. J., Warren, J. G., Sistani, K. R., Moore, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+alum+treatment+on+the+concentration+of+total+and+ureolytic+microorganisms+in+poultry+litter%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+environmental+quality%22%5BJournal%5D)">Effect of alum treatment on the concentration of total and ureolytic microorganisms in poultry litter.</a> Journal of environmental quality. 37, 2360-2367 (2008).</li>
<li>Lovanh, N., Cook, K. L., Rothrock, M. J., Miles, D. M., Sistani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+shifts+in+microbial+population+structure+within+poultry+litter+associated+with+physicochemical+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Poultry+science%22%5BJournal%5D)">Spatial shifts in microbial population structure within poultry litter associated with physicochemical properties.</a> Poultry science. 86, 1840-1849 (2007).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Kullanılan DNA ekstraksiyon yöntemi örneği daha önce 1,3,6 görülen DNA ekstraksiyon yöntemleri bağımlı doğasını analiz destekleyen, hem dışkı ve çöp örneklerin nicel ve nitel toplam bakteri topluluğu tahminleri etkilemiştir. Dışkı ve çöp numuneler hem için, DNA ekstraksiyon yöntemleri performans sırası nicel (Mekanik&gt; Hybrid&gt; Enzimatik) ve nitel (enzimatik&gt; Hybrid&gt; Mekanik) toplam bakteri topluluğu tahminleri için farklı oldu. Melez yöntem yüksek nicel veya nitel tahminler üretmek değil iken, her ...

Karmaşık klinik veya çevresel örnekleri (örneğin, dışkı, toprak) analiz ederken, DNA'nın çıkarılması için kullanılan iki ana metodoloji vardır. Birincisi, yoğun bir boncuk çırpma aşaması kullanılarak matrisin mekanik olarak bozulmasıdır, ikincisi ise bakteri hücrelerini kimyasal olarak serbest bırakmak ve aynı anda matristen PCR inhibitörlerini inhibe etmek için matrisin enzimatik bir bozulmasıdır. Bu iki tür ekstraksiyon yönteminin çalıştığı farklı araçlar göz önüne alındığında, önceki çalışmaların uygun DNA ekstraksiyon yönteminin hem yüksek oranda numuneye hem de analize bağlı olduğunu göstermesi şaşırtıcı değildir. Karşılaştırmalı DNA ekstraksiyon çalışmaları daha önce bazı yöntemlerin çevresel örneklerden1-3 elde edilen DNA kalitesi ve miktarının iyileştirilmesi için daha uygun olduğunu gösterirken, diğerleri denatüre edici gradyan jel elektroforezi (DGGE)4-6, terminal kısıtlama fragmanı uzunluk polimorfizmi (T-RFLP)7, otomatik ribozomal intergenik aralayıcı analizi (ARISA)8 ve filogenetik mikrodiziler9 gibi topluluk düzeyinde analizler için iyileştirmeler göstermiştir. Bu nedenle, özellikle bakteri topluluğu analizlerindeki son gelişmeler göz önüne alındığında, çevresel örneklerin türlerine ve bu örnekler üzerinde gerçekleştirilen analiz türlerine göre uygun DNA ekstraksiyon yöntemlerinin kullanılması veya geliştirilmesi gerekmektedir. 
Yeni nesil dizileme, daha kantitatif topluluk değerlendirmeleri (örneğin, kantitatif PCR (qPCR)) ile bağlantılı olarak, çevresel ve klinik bilimlerde daha yaygın hale geliyor, ancak DNA ekstraksiyon yöntemlerinin bu veri setleri üzerindeki etkisini belirlemek için çok az araştırma yapılmıştır. DNA ekstraksiyonu karşılaştırma çalışmalarının çoğu, tarımsal hayvan örneklerinden değil, insan veya insan model örneklerinden10,11 elde edilen mikrobiyomik topluluk tahminleriyle ilgilendi. Kanatlı odaklı az sayıdaki yeni nesil dizileme çalışması, spesifik metagenomik12,13 veya mikrobiyomik14 sorularını ele aldı; DNA ekstraksiyon yönteminin elde edilen mikrobiyomik analizler üzerindeki etkisini tartışmadılar. Kümes hayvanı üretimiyle ilgili çevresel örneklerin (örn. dışkı, altlık/yatak takımı, mera toprağı) karmaşık doğası göz önüne alındığında, DNA ekstraksiyon yöntemlerinin dikkatli bir şekilde seçilmesi gerekir. Kümes hayvanlarıyla ilgili çevresel numunelerin çok sayıda PCR inhibitörü içerdiği bilinmektedir ve PCR ve müteakip aşağı akış analizi için 500 kata kadar DNA özü seyreltmeleri gerekli olmuştur15-17. Bu nedenle, sadece matrisi fiziksel olarak bozmak için değil, aynı zamanda mevcut çok sayıda inhibitörü azaltabilmek/ortadan kaldırabilmek için DNA ekstraksiyon yöntemlerinin bu tür numuneler için optimize edilmesi önemlidir. 
Enzimatik bir ekstraksiyon yöntemi olan QIAamp DNA Dışkı Mini Kiti, zor bağırsak/dışkı örneklerinden(1,18,19) DNA ekstrakte edilirken "altın standart" olarak kabul edilmiştir ve kümes hayvanı çevre örneklerine başarıyla uygulanmıştır8,14. PCR inhibitörlerinin tescilli bir matris kullanılarak enzimatik olarak uzaklaştırılması, otomatik iş istasyonları kullanarak verimi önemli ölçüde artırma (ve numune işleme hatasını azaltma) yeteneği gibi, bu tür çevresel numuneler için bu yöntemi kullanmanın en büyük avantajlarından biridir. Önemli bir dezavantaj, bakteri hücrelerini çevresel matristen fiziksel olarak ayırmak için mekanik bir homojenizasyon adımının olmamasıdır. Kanatlı kökenli olmayan bağırsak ve dışkı örneklerini test ederken, bir DNA ekstraksiyon protokolüne boncuk çırpma veya mekanik bozulma adımının eklenmesi, ekstraksiyon verimliliğini9, DNA verimi/kalitesi1,4,5'i önemli ölçüde artırdı ve zenginlik, çeşitlilik ve kapsama açısından aşağı akış topluluk analizlerini önemli ölçüde iyileştirdi5,6,11. Bu çalışmalar sadece mekanik boncuk çırpma yöntemlerini "altın standart" enzimatik yöntemle karşılaştırmakla kalmadı, aynı zamanda bazıları sonuçları iyileştirmek için mekanik boncuk çırpma adımını enzimatik protokole ekledi6,9,11. 
Yukarıdaki çalışmalardan elde edilen sonuçlara göre, bakteri topluluğu analizleri (hem kalitatif hem de kantitatif), enzimatik yönteme mekanik bir homojenizasyon aşamasının eklenmesi yoluyla kümes hayvanlarıyla ilgili çevresel örneklerden iyileştirilebilir. Bu nedenle, bu çalışmanın amacı iki yönlüydü: (1) hem mekanik (güçlü homojenizasyon adımı) hem de enzimatik (PCR inhibitörü uzaklaştırma ve otomasyon) ekstraksiyon yöntemlerinin en çok arzu edilen yönlerini kullanan yeni bir DNA ekstraksiyon tekniği geliştirmek ve (2) bu yeni yöntemin kantitatif (qPCR yoluyla) ve kalitatif (mikrobiyomik yoluyla) bakteri topluluğu değerlendirmelerini temsili mekanik ve enzimatik yöntemlerle karşılaştırmak.

<table><tbody><tr><td>Lysing Matrix E tüp</td><td>MPBio</td><td>6914-050</td><td>Farklı boyutlar mevcuttur ve kedinin son 3 numarası. Hayır. boyutu belirtin (-050 = 50 tüp, -200 = 200 tüp, -1000 = 1.000 tüp)</td></tr><tr><td>Sodyum Fosfat Çözeltisi</td><td>MPBio</td><td>6570-205</td><td>Ayrı olarak satın alınabilir veya dışkı için FastDNA Spin Kitinde bulunabilir (Kat. 116570200)</td></tr><tr><td>PLS Tampon</td><td>MPBio</td><td>6570-201</td><td></td></tr><tr><td>Tampon ASL (560 ml)</td><td>Qiagen</td><td>19082</td><td></td></tr><tr><td>FastPrep 24 homojenizatör</td><td>MPBio</td><td>116004500</td><td>48 x 2 ml HiPrep adaptörü (Kat. No. 116002527) mekanik homojenizasyon adımının verimini iki katına çıkarmak için kullanılabilir</td></tr><tr><td>QIAamp DNA Tabure Mini Kiti</td><td>Qiagen</td><td>51504</td><td></td></tr><tr><td>QIAcube24 (110V)</td><td>Qiagen</td><td>9001292</td><td>Ön sonuçlar, QIAcube HT (Kat. Hayır. 9001793) verimi artırmak için kullanılabilir, ancak bu makine için farklı sarf malzemeleri gereklidir ve daha karşılaştırmalı çalışma yapılması gerekir.</td></tr><tr><td>Filtre Uçları, 1.000 ml (1024)</td><td>Qiagen</td><td>990352</td><td></td></tr><tr><td>Filtre Uçları, 200 ml (1024)</td><td>Qiagen</td><td>990332</td><td></td></tr><tr><td>QIAcube Rotor Adaptörleri (10 x 24)</td><td>Qiagen</td><td>990394</td><td>Rotor adaptör kitinde bulunan 1,5 ml'lik mikrosantrifüj tüpleri için bir alternatif vardır. Sarstedt Mikro tüp 1.5 ml Güvenlik Kapağı, Cat'tir. No. 72.690</td></tr><tr><td>Numune Tüpleri RB (2 ml)</td><td>Qiagen</td><td>990381</td><td>Alternatif: Eppendorf Safe-Lok mikro test tüpü, Cat. 022363352</td></tr></tbody></table>

kanatlı Üretim Örneklerden bakteriyel topluluklar nitel ve nicel değerlendirme karma dna ekstraksiyon yöntemi

A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples

DNA ekstraksiyon protokolleri etkisi araştırıldı edilen numune tipine ve uygulanan aşağı doğru analiz tipleri, hem yüksek ölçüde bağlı olabilir. Yeni bakteriyel topluluk analizi teknikleri (örneğin, microbiomics, metagenomik) kullanımı bu disiplinler içinde tarım ve çevre bilimleri ve birçok çevresel örneklerde daha yaygın hale geliyor düşünüldüğünde physiochemically ve mikrobiyolojik (benzersiz örn, fekal ve çöp / çarşaf örnekleri olabilir kümes hayvanları üretim spektrumu), uygun ve etkili DNA ekstraksiyon yöntemleri dikkatle seçilmiş gerekir. Bu nedenle, yeni bir yarı-otomatik hibrit DNA ekstraksiyon yöntemi çevre kanatlı üretim örnekleri ile kullanılmak için özel olarak geliştirilmiştir. Mekanik ve enzimatik: Bu yöntem, DNA ekstraksiyonu iki temel tür bir kombinasyonudur. Bir iki adım yoğun mekanik homojenizasyon adımı (kullanarak boncuk-yenerek özellikle ÇEVREYLE için formüledışkı örnekleri örnek matris bakterilerin uzaklaştırılması ve DNA geliştirmek ve Gram-pozitif bakteri topluluk üyelerinin kurtarma geliştirmek için tal örnekleri) &quot;altın standart&quot; enzimatik DNA ekstraksiyon yöntemi başında eklenmiştir. Hibrid yöntemi enzimatik ekstraksiyon kısmı başlatıldı sonra, kalan saflaştırma işlemi numune verimi arttırmak ve örnek işleme hatayı azaltmak için bir robot iş istasyonu kullanılarak otomatik edildi. Kanatlı dışkı ve çöp örnekleri işlerken katı mekanik ve enzimatik DNA ekstraksiyon yöntemleri ile karşılaştırıldığında, bu yeni hibrid yöntemi nicel dikkate iyi genel kombine performansı, toplam bakteri topluluklarının tahminleri (microbiomics kullanarak) (16S rRNA qPCR kullanarak) ve nitel sağlanan .

Bu çalışma için, taze dışkı pisliği ve çöp örnekleri güneydoğu ABD'de ticari broiler evi (~ 25.000 kuş) elde edildi. piliçler (Gallus gallus) Cobb-500 haçlar vardı ve onlar örnekleme zamanında 59 gün eski. Taze dışkı ve çöp örnekleri (waterer / besleyici hatları arasında, waterer / besleyici hatlarının yakınında, soğutma pedi yakın ve egzoz fanları yakın) evin içinde dört farklı alanda kurtarıldı ve bu alanların her birinden örnekler toplanmış beş içeriyordu bu alan içinde örnekler. Evin dört alanlarından örnek...

Çevresel kümes hayvanı üretim örnekleriyle kullanılmak üzere yeni bir yarı otomatik hibrit DNA ekstraksiyon yöntemi geliştirildi ve toplam bakteri topluluklarının nicel ve nitel tahminleri açısından ortak bir mekanik ve enzimatik ekstraksiyon yöntemine göre iyileştirmeler gösterdi.

Kanatlı Üretim Örneklerden Bakteriyel Topluluklar Nitel ve Nicel Değerlendirme Karma DNA Ekstraksiyon Yöntemi

The efficacy of DNA extraction protocols can be highly dependent upon both the type of sample being investigated and the types of downstream analyses ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, mekanik DNA homojenizasyonunu PCR inhibitörü uzaklaştırması ve kanatlı üretim sürekliliği boyunca çevresel numunelere altın standart ve somatik ekstraksiyon yöntemini birleştiren yeni bir DNA ekstraksiyon tekniği geliştirmektir. Bu, önce bir çevresel numunenin, karmaşık çevresel numuneleri etkili bir şekilde homojenize etmek için bir boncuk karışımı içeren mikro santrifüj tüplerine bölünmesiyle gerçekleştirilir. İkinci adım, bakteri hücrelerinden ve çevresel matristen nükleik asitleri verimli bir şekilde serbest bırakmak için tüpleri yüksek güçlü bir homojenizatöre yerleştirmektir.Daha sonra homojenat, PCR inhibisyon bağlama fazı yoluyla altın standart enzimatik DNA ekstraksiyon yöntemi için başlangıç materyali olarak kullanılır. Son adım, kullanıcıya bir dizi alt uygulamaya uygun ekstrakte edilmiş DNA numuneleri sağlamak için numuneleri bir DNA ekstraksiyon robotik iş istasyonuna yerleştirmektir, sonuçta alüminyum MiSeq platformu kullanılarak kantitatif PCR ve mikrobiyom analizi, bu yeni hibrit yöntemin, mekanik veya enzimatik ekstraksiyon yöntemiyle numune işlemeye kıyasla toplam bakteri topluluklarının kalitatif ve kantitatif değerlendirmelerinin en iyi kombinasyonunu sağladığını göstermek için kullanılmıştır yalnız. Bu yöntem, kümes hayvanı üretim sürekliliği boyunca mikrobiyal toplulukların analizine ilişkin içgörü sağlar, ancak benzer şekilde karmaşık çevresel örnekler içeren domuz sığırları veya mahsul üretimi gibi diğer tarımsal sistemlere de uygulanabilir.Bugün bu prosedürü gösteren, laboratuvarımdaki bir öğrenci olan Kaitlyn Griffin olacak. Deneye başlamak için bir su banyosunu 95 santigrat dereceye ayarlayın. Daha sonra, toplam bir gram oda sıcaklığı, toprak veya dışkı materyalini numuneler arasında iki mililitrelik bir lizing matrisi ET tüpü değiştirme eldivenine analiz etmek için 0.33 gramlık üç kopyayı tartın.Bir numune tüpüne 825 mikrolitre sodyum fosfat tamponu ve 275 mikrolitre ön lizis çözeltisi veya PLS ekleyin. Daha sonra numuneleri 15 saniye vorteksleyin, tüpleri karıştırdıktan sonra 14.000 G'de beş dakika santrifüjleyin. Süpernatanı boşaltın ve 700 mikrolitre tampon A SL ekleyin. Ardından tüpü beş saniye boyunca girdaplayın.Kontaminasyonu önlemek için her seferinde bir tüp açın. Ardından, numuneleri hızlı hazırlama 10 cihazına yerleştirmeden önce konik tüpte toplam hacmin %24'u kadar bir üst boşluk olduğundan emin olun. Numuneleri 40 saniye boyunca saniyede altı metre hızla homojenize edin.Hızlı hazırlama 24 ile homojenizasyondan sonra girdaplama arasındaki farka dikkat edin. Numuneyi beş dakika boyunca 14.000 Gs'de santrifüjleyin. Süpernatanı, steril iki mililitrelik bir mikro santrifüj tüpüne, ek bir 700 mikrolitre SL tamponunda yeniden homojenize etmek ve santrifüjlemek için lizling matrisi ET tüpünde kalan numuneye aktarın.Önceki ayarları kullanarak, açılmamalarını sağlamak için numune tüplerinin üzerine plastik kilitleme klipsleri yerleştirin ve süpernatanları 95 santigrat derece su banyosunda beş dakika inkübe edin. Ardından, basıncı boşaltmak için her bir mikro santrifüj tüpünü açın, tüpleri tekrar kapatın ve 15 saniye boyunca girdap haline getirin. Numuneleri bir dakika boyunca 14.000 GS'de santrifüjleyin.Santrifüjlemeden sonra, 1.2 mililitre süpernatanı steril iki mililitrelik bir mikro santrifüj tüpüne aktarın. Ardından, tırnağı içeren blister ambalajı doğrudan açık mikro santrifüj tüpünün üzerine yerleştirin ve tırnağı blister ambalajdan yavaşça tüpün içine itin. İnhibit X sekmesi ile tüp arasındaki teması önlemek için, her numuneye bir inhibit X sekmesi ekleyin.Daha sonra, numuneler homojen bir şekilde kirli beyaz bir sıvıya dönene kadar tüpleri girdaplayın. Numuneleri oda sıcaklığında bir dakika boyunca inkübe edin ve tüplerin dibinde kalan parçacıklardan kaçınarak beş dakika boyunca 14.000 peynirde santrifüjleyin. Tüm sıvıyı steril 1,5 mililitrelik bir mikro santrifüj tüpüne aktarın.Daha sonra tüpleri beş dakika boyunca tam hızda santrifüjleyin. Otomatik DNA saflaştırmasına başlamadan önce, iş istasyonunun uygun miktarda filtre ucu ve tampon içerdiğinden emin olun. Daha sonra, rotor adaptörlerine ellucian tüpleri ve filtre tüpleri ekleyin ve rotor adaptörünün orta yuvasına her numuneden 400 mikrolitre ekleyin.Rotor adaptörlerini iş istasyonu santrifüjüne yerleştirin ve tüm mikro santrifüj tüp kapaklarının rotor adaptörüne düzgün şekilde sabitlendiğinden emin olun. Proteinaz K çözeltisini steril bir 1.5 mililitrelik mikro santrifüj tüpüne ekleyin ve iş istasyonundaki A yuvasına yerleştirin. İş istasyonunun çalkalayıcı bölümüne iki mililitrelik güvenli kilitli mikro santrifüj tüpü ekleyin ve numune tüplerinin kapaklarının güvenli bir şekilde yerleştirildiğinden emin olun.İş istasyonundaki dokunmatik ekranı kullanarak, DNA dışkı insan dışkısı patojen tespit protokolünü seçin ve iş istasyonunun doğru şekilde yüklendiğinden emin olmak için sonraki ekranları okuyun. Tüm kontrol ekranları geçildikten sonra, protokolü çalıştırmak için başlat'ı seçin. Ardından numuneleri rotor adaptörlerinden çıkarın.Santrifüj buharlaştırma tabanlı bir sistem kullanarak tek bir numune için üç tekrarlanan saflaştırmayı birleştirin. Numuneyi tris EDTA tamponu ile 100 mikrolitrelik son hacme yeniden elüte edin. Son olarak, numuneleri kapatın ve aşağı akış analizi için ihtiyaç duyulana kadar eksi 20 santigrat dereceye yerleştirin.Bu grafik, mekanik yöntemin dışkı ve çöp örnekleri için genel olarak en yüksek toplam bakteriyel normalleştirilmiş gen bolluğu tahminlerini tutarlı bir şekilde sağladığını göstermektedir. Enzimatik yöntem tüm durumlarda en düşük tahminlere sahipti. Yeni hibrit ekstraksiyon yöntemi, kalitatif ve kantitatif toplam bakteri topluluğu tahminlerinin en iyi kombinasyonunu üretti.Test edilen üç ekstraksiyon yönteminden. Artık bu yeni, yarı otomatik hibrit DNA ekstraksiyon yönteminin nasıl gerçekleştirileceğini daha iyi anlamalı ve karmaşık çevresel örneklerden mikrobiyal toplulukların kalitatif ve kantitatif değerlendirmesinde faydasını görmelisiniz.

a-hybrid-dna-extraction-method-for-qualitative-quantitative

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Hava örnekli filtrelerden atmosferik biyolojik partiküllerin iki tamamlayıcı analizi burada açıklanmıştır: endotoksin ve DNA'nın ekstraksiyonu ve tespiti.

Endotoksin ve DNA İçeriği için Hava örneklenmiş Filtresi Analizi

Biz 16S rRNA gen sıralama amplikon kullanarak bakteri topluluklarının karakterizasyonu için sürüntü nükleik asidin çıkarmak için etkili, sağlam ve uygun maliyetli bir yöntem açıklanmaktadır. yöntem birden fazla örnek türleri için ortak bir işleme yaklaşımı sağlar ve alt analitik süreçlerin bir dizi barındırmaktadır.

Bakteriyel Topluluk Karakterizasyonu Verimli Nükleik Asit Ekstraksiyonu ve 16S rRNA gen Sıralama

Burada, gıda ve çevre microbiomes DNA örnekleri uyumlu algılama ve Salmonella quasimetagenomic sıralama yoluyla subtyping hazırlamak için bir iletişim kuralı mevcut. Kombine kullanım kültürü zenginleştirme, immunomagnetic ayrılık (IMS) ve birden çok deplasman amplifikasyon (MDA) Gıda ve çevre örnekleri Salmonella genomik DNA'ın etkili konsantrasyon sağlar.

Metagenomic yarı analiz Salmonella gıda ve çevre örnekleri

Çevre partiküler madde biyolojik kompozisyon anlama hastalığı yaymak ve insan sağlığı üzerinde önemli etkileri çalışma için önemlidir. Burada, biz üç tür bioaerosol örnekleme yöntemleri ve havada mikrop biyolojik bir analizini farklı çevresel koşullar altında hava mikrobiyal topluluklar daha iyi keşfetmek için kullanılır.

Kompozisyon ve Bioaerosols farklı çevresel koşullar altında dağıtım Analizi

Bakteriyel Fitness belirlenmesi için bu moleküler tabanlı yaklaşım dijital PCR üzerinden nicelik benzersiz genomik DNA barkodları kullanarak mikroorganizmaların kesin ve doğru algılanmasını kolaylaştırır. Protokol, Salmonella suşları için rekabetçi dizinin hesaplanmasında açıklanmaktadır; Ancak, teknoloji, herhangi bir genetiği değiştirilmiş organizmanın mutlak ölçümlerini gerektiren protokollere kolayca adapte olmaktadır.

Salmonella Fitness yüksek verimlilik analizi için dijital PCR tabanlı rekabetçi endeksi

Burada, ticari bir piliç hattı olan Ross PM3'ün yumurtalarından mikropsuz civcivlerin üretilmesi için bir yöntem açıklıyoruz. Bu yöntem, diğer kanatlı hayvan türlerinden mikropsuz hayvanların üretimi için uyarlanabilir.

Mikrobiyota Çalışmaları için Ticari Bir Hattan Mikropsuz Hızlı Büyüyen Piliçlerin Üretimi

Bu protokol, üriner bakterilerin kültleme, dizileme ve de novo hibrid genom montajı için kapsamlı bir yaklaşımı detaylandırmak. İdrar kolonizasyonuna, patogeneze ve antimikrobiyal direncin yayılmasına katkıda bulunan kromozomal ve ekstrakrozomal genetik elementlerin incelenmesinde yararlı olan tam, dairesel genom dizilerinin üretimi için tekrarlanabilir bir prosedür sağlar.

Kısa ve Uzun Süredir Okunan Dizileme Teknolojilerini Kullanarak İdrar Bakterilerinin Tam Genomlarının Üretilmesi için Hibrit De Novo Genom Montajı

Protokol, anaerobik bağırsak bakterilerinin izolasyonunu iyileştirmek için iki metodoloji sunar. Birincisi, farklı kültür ortamları kullanılarak çok çeşitli bakterilerin izolasyonuna odaklanır. İkincisi, ekolojik önemini tam olarak anlamak için muhtemelen miyo-inositol'ü asimile eden belirli bir mikrobiyal grubun yetiştirme adımlarına odaklanır.

Tavuğun Gastrointestinal Sisteminden Anaerobik Bakteri Yetiştiriciliğini Geliştirme Stratejileri

Kümes hayvanlarında Salmonella'nın düşük seviyelerde doğru bir şekilde ölçülmesi, mevcut bir endüstriyel ve düzenleyici zorluktur. Bu protokol, çiğ ve pişirmeye hazır kümes hayvanı ürünlerinde Salmonella'nın miktar tayinini sağlayan bir MPN testini açıklar. Bu yöntem hızlı, hassastır ve FSIS yönergeleriyle uyumludur, gıda güvenliğini artırır ve halk sağlığı çabalarını destekler.

Çiğ ve pişirmeye hazır tavuk ürünlerinde salmonella'yı ölçmek için modifiye edilmiş en olası sayı testi

Sahada kullanılabilir DNA analizinin güvenilir ve doğru formları birçok sektör için hayati öneme sahiptir. Bu makale, alanda çevresel mikrobiyal analiz için iki yöntem sunmaktadır: 1) biyolojik ekstraksiyon saha kiti kullanılarak çevresel örneklerden mikrobiyal DNA'nın izolasyonu ve 2) alan qPCR ünitesi aracılığıyla DNA analizi.

Biyolojik Çıkarma Saha Kiti ve Saha QPCR Birimi kullanılarak Alanda Mikrobiyal DNA Analizi

Öğrenin, kanatlı üretim örneklerinden bakteriyel toplulukların nitel ve nicel değerlendirmesi için mekanik homojenizasyon ve enzimatik ekstraksiyonu birleştiren yarı otomatik hibrit DNA ekstraksiyon yöntemini.

Kanatlı Üretim Örneklerden Bakteriyel Topluluklar Nitel ve Nicel Değerlendirme Karma DNA Ekstraksiyon Yöntemi

Daha fazla video keşfet