Bir Aquatic Mikrobiyal Metaproteomics İş Akışı: Tandem Kütle Spektrometre tabanlı analiz için uygun Triptik Peptitler için Hücreleri itibaren

Bu prosedürün amacı, deniz suyundan elde edilen mikrobiyal biyokütleden protein ve DNA'nın ekstraksiyonu ve ardından tandem kütle spektrometresi tabanlı proteomik analiz için triptik peptitlerin üretilmesidir. Bu, daha önce bir kartuş filtrede biriken hücrelerin ilk olarak parçalanmasıyla gerçekleştirilir. İkinci adım, ultra santrifüj filtre üniteleri kullanarak hücre lizatını konsantre etmektir.

Daha sonra lizat, biri protein çökeltmesi ve diğeri DNA çökeltmesi için olmak üzere iki fraksiyona ayrılır. Son adım, proteinlerin ingel tripsin sindirimini gerçekleştirmek ve sıvı kromatografisi, tandem kütle spektrometresi analizi için uygun peptit ekstraktını yapmaktır. Sonuç olarak, müteakip biyoinformatik analiz, numunede eksprese edilen proteinleri tanımlamak için kullanılabilirken, izole edilen DNA metagenomik ve/veya 16 S-R-R-N-A gen analizi için kullanılabilir.