Name: Endotoksin ve DNA İçeriği için Hava örneklenmiş Filtresi Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-03-07T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 16 s
Description: Keşfedin, hava örneklenmiş filtrelerden endotoksin ve DNA içeriğini analiz etme yöntemini. Bu teknik, biyolojik aerosollerin iç ve dış ortamlardaki sağlık etkilerini anlamak için araştırmacılara güvenilir bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarlar, destek ve tavsiyeleri için Weizmann Enstitüsü Kimya Fakültesi'nden Dr. Yoav Barak'a teşekkür eder. Bu çalışma, İsrail Bilim Vakfı (hibe # 913/12) ve Federal Alman Eğitim ve Araştırma Bakanlığı'nın finansmanıyla Minerva Vakfı tarafından desteklenmiştir.

<ol><li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Methods+of+Air+Sampling+and+Analysis%22">Methods of Air Sampling and Analysis</a>. Lodge, J. P. J. , 3rd ed, Lewis Publishers, Inc. (1988).</li>
<li>Costa, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characteristics+of+carbonaceous+aerosols+in+Emilia-Romagna+%28Northern+Italy%29+based+on+two+fall%2Fwinter+field+campaigns%5BTitle%5D)+AND+%22Atmos.+Res%22%5BJournal%5D)">Characteristics of carbonaceous aerosols in Emilia-Romagna (Northern Italy) based on two fall/winter field campaigns.</a> Atmos. Res. , (2015).</li>
<li>Brent, L. C. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Development%2C+enhancement%2C+and+evaluation+of+aircraft+measurement+techniques+for+national+ambient+air+quality+standard+criteria+pollutants+%5B%5D%22">Development, enhancement, and evaluation of aircraft measurement techniques for national ambient air quality standard criteria pollutants [dissertation]</a>. , University of Maryland, College Park. Thesis 3682591 (2014).</li>
<li>Okuda, T., Schauer, J. J., Shafer, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+methods+for+elemental+analysis+of+atmospheric+aerosols+for+evaluating+human+health+impacts+of+aerosols+in+East+Asia%5BTitle%5D)+AND+%22Atmos.+Environ%22%5BJournal%5D)">Improved methods for elemental analysis of atmospheric aerosols for evaluating human health impacts of aerosols in East Asia.</a> Atmos. Environ. 97, 552-555 (2014).</li>
<li>Hospodsky, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterizing+airborne+fungal+and+bacterial+concentrations+and+emission+rates+in+six+occupied+children%27s+classrooms%5BTitle%5D)+AND+%22Indoor+air%22%5BJournal%5D)">Characterizing airborne fungal and bacterial concentrations and emission rates in six occupied children's classrooms.</a> Indoor air. , (2014).</li>
<li>Bottos, E., Woo, A., Zawar-Reza, P., Pointing, S., Cary, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Airborne+Bacterial+Populations+Above+Desert+Soils+of+the+McMurdo+Dry+Valleys%2C+Antarctica%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Airborne Bacterial Populations Above Desert Soils of the McMurdo Dry Valleys, Antarctica.</a> Microb. Ecol. 67, 120-128 (2014).</li>
<li>Ovadnevaite, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Submicron+NE+Atlantic+marine+aerosol+chemical+composition+and+abundance%3A+Seasonal+trends+and+air+mass+categorization%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Geophys.+Res.+Atmos%22%5BJournal%5D)">Submicron NE Atlantic marine aerosol chemical composition and abundance: Seasonal trends and air mass categorization.</a> J. Geophys. Res. Atmos. 119, (2014).</li>
<li>Lodge, J. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ES%26T+Books%3A+Methods+of+Air+Sampling+and+Analysis%2C+3rd+ed%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Sci.+Technol%22%5BJournal%5D)">ES&T Books: Methods of Air Sampling and Analysis, 3rd ed.</a> Environ. Sci. Technol. 23, 938(1989).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Aerosol+Measurement%3A+Principles%2C+Techniques%2C+and+Applications%22">Aerosol Measurement: Principles, Techniques, and Applications</a>. Pramod, K., Baron, P. A., Willeke, K. , John Wiley & Sons. (2011).</li>
<li>Vincent, J. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aVincent%2C+JH+%22Aerosol+Sampling%3A+Science%2C+Standards%2C+Instrumentation+and+Applications%22">Aerosol Sampling: Science, Standards, Instrumentation and Applications</a>. , John Wiley & Sons. (2007).</li>
<li>Duquenne, P., Marchand, G., Duchaine, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+of+Endotoxins+in+Bioaerosols+at+Workplace%3A+A+Critical+Review+of+Literature+and+a+Standardization+Issue%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Occup.+Hyg%22%5BJournal%5D)">Measurement of Endotoxins in Bioaerosols at Workplace: A Critical Review of Literature and a Standardization Issue.</a> Ann. Occup. Hyg. 57, 137-172 (2013).</li>
<li>Okuda, T., Schauer, J. J., Shafer, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+methods+for+elemental+analysis+of+atmospheric+aerosols+for+evaluating+human+health+impacts+of+aerosols+in+East+Asia%5BTitle%5D)+AND+%22Atmos.+Environ%22%5BJournal%5D)">Improved methods for elemental analysis of atmospheric aerosols for evaluating human health impacts of aerosols in East Asia.</a> Atmos. Environ. 97, 552-555 (2014).</li>
<li>Lewtas, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Air+pollution+combustion+emissions%3A+Characterization+of+causative+agents+and+mechanisms+associated+with+cancer%2C+reproductive%2C+and+cardiovascular+effects%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat.+Res.-Rev.+Mutat%22%5BJournal%5D)">Air pollution combustion emissions: Characterization of causative agents and mechanisms associated with cancer, reproductive, and cardiovascular effects.</a> Mutat. Res.-Rev. Mutat. 636, 95-133 (2007).</li>
<li>Lang-Yona, N., Lehahn, Y., Herut, B., Burshtein, N., Rudich, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Marine+aerosol+as+a+possible+source+for+endotoxins+in+coastal+areas%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Total.+Environ%22%5BJournal%5D)">Marine aerosol as a possible source for endotoxins in coastal areas.</a> Sci. Total. Environ. 499, 311-318 (2014).</li>
<li>Levin, J., Bang, F. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clottable+protein+in+Limulus%3A+its+localization+and+kinetics+of+its+coagulation+by+endotoxin%5BTitle%5D)+AND+%22Thromb.+Diath.+Haemorrh%22%5BJournal%5D)">Clottable protein in Limulus: its localization and kinetics of its coagulation by endotoxin.</a> Thromb. Diath. Haemorrh. 19, 186-197 (1968).</li>
<li>Heid, C. A., Stevens, J., Livak, K. J., Williams, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real+time+quantitative+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Real time quantitative PCR.</a> Genome Res. 6, 986-994 (1996).</li>
<li>O'Dowd, C. D., de Leeuw, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Marine+aerosol+production%3A+a+review+of+the+current+knowledge%5BTitle%5D)+AND+%22Phil.+Trans.+R.+Soc.+A%22%5BJournal%5D)">Marine aerosol production: a review of the current knowledge.</a> Phil. Trans. R. Soc. A. 365, 1753-1774 (2007).</li>
<li>O'Dowd, C. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biogenically+driven+organic+contribution+to+marine+aerosol%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Biogenically driven organic contribution to marine aerosol.</a> Nature. 431, 676-680 (2004).</li>
<li>Yang, R., Paparini, A., Monis, P., Ryan, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+next-generation+droplet+digital+PCR+%28ddPCR%29+with+quantitative+PCR+%28qPCR%29+for+enumeration+of+Cryptosporidium+oocysts+in+faecal+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Parasitol%22%5BJournal%5D)">Comparison of next-generation droplet digital PCR (ddPCR) with quantitative PCR (qPCR) for enumeration of Cryptosporidium oocysts in faecal samples.</a> Int. J. Parasitol. 44, 1105-1113 (2014).</li>
<li>Stetzenbach, L. D., Buttner, M. P., Cruz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+enumeration+of+airborne+biocontaminants%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Detection and enumeration of airborne biocontaminants.</a> Curr. Opin. Biotechnol. 15, 170-174 (2004).</li>
<li>Dannemiller, K. C., Gent, J. F., Leaderer, B. P., Peccia, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Influence+of+housing+characteristics+on+bacterial+and+fungal+communities+in+homes+of+asthmatic+children%5BTitle%5D)+AND+%22Indoor+air%22%5BJournal%5D)">Influence of housing characteristics on bacterial and fungal communities in homes of asthmatic children.</a> Indoor air. , (2015).</li>
<li>Yamamoto, N., Hospodsky, D., Dannemiller, K. C., Nazaroff, W. W., Peccia, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Indoor+emissions+as+a+primary+source+of+airborne+allergenic+fungal+particles+in+classrooms%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Sci.+Technol%22%5BJournal%5D)">Indoor emissions as a primary source of airborne allergenic fungal particles in classrooms.</a> Environ. Sci. Technol. 49, 5098-5106 (2015).</li>
<li>Yamamoto, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Particle-size+distributions+and+seasonal+diversity+of+allergenic+and+pathogenic+fungi+in+outdoor+air%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Particle-size distributions and seasonal diversity of allergenic and pathogenic fungi in outdoor air.</a> ISME J. 6, 1801-1811 (2012).</li>
<li>Karottki, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cardiovascular+and+lung+function+in+relation+to+outdoor+and+indoor+exposure+to+fine+and+ultrafine+particulate+matter+in+middle-aged+subjects%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Int%22%5BJournal%5D)">Cardiovascular and lung function in relation to outdoor and indoor exposure to fine and ultrafine particulate matter in middle-aged subjects.</a> Environ Int. 73, 372-381 (2014).</li>
<li>Guy, D. Endotoxins and Depyrogenation. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGuy%2C+D+%22Industrial+Pharmaceutical+Microbiology%3A+Standards+and+Controls%22">Industrial Pharmaceutical Microbiology: Standards and Controls</a>. Hodges, N., Hanlon, G. , Euromed. 12.1-12.15 (2003).</li>
<li>Associates of Cape Cod Incorporated. Limulus Amebocyte Lysate - PYROTELL-T. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.acciusa.com/pdfs/accProduct/inserts/PyrotellT.pdf">http://www.acciusa.com/pdfs/accProduct/inserts/PyrotellT.pdf</a> (2006).</li>
<li>Associates of Cape Cod Incorporated. Endotoxin (E. coli O113:H10) Control Standard Endotoxin (CSE). , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.acciusa.com/pdfs/accProduct/pisheets/CSE%200.5ug.pdf">http://www.acciusa.com/pdfs/accProduct/pisheets/CSE%200.5ug.pdf</a> (2007).</li>
<li>Associates of Cape Cod Incorporated. Cape Cod Certificate of Analysis. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.acciusa.com/pageCOA.php">http://www.acciusa.com/pageCOA.php</a> (2015).</li>
<li>Thorne, P. S., Bartlett, K. H., Phipps, J., Kulhankova, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Five+Extraction+Protocols+for+Quantification+of+Endotoxin+in+Metalworking+Fluid+Aerosol%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Occup.+Hyg%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Five Extraction Protocols for Quantification of Endotoxin in Metalworking Fluid Aerosol.</a> Ann. Occup. Hyg. 47, 31-36 (2003).</li>
<li>Thornton, B., Basu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+PCR+%28qPCR%29+primer+design+using+free+online+software%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Mol.+Biol.+Educ%22%5BJournal%5D)">Real-time PCR (qPCR) primer design using free online software.</a> Biochem. Mol. Biol. Educ. 39, 145-154 (2011).</li>
<li>Madigan, M. T., Clark, D. P., Stahl, D., Martinko, J. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMadigan%2C+MT+%22Brock+Biology+of+Microorganisms%22">Brock Biology of Microorganisms</a>. , 13th ed, Benjamin Cummings. (2011).</li>
<li>Watson, J. G., Chow, J. C. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWatson%2C+JG+%22Aerosol+Measurement%3A+Principles+and+Techniques%22">Aerosol Measurement: Principles and Techniques</a>. , 3rd ed, John Wiley & Sons, Inc. 591-613 (2011).</li>
<li>Mueller-Anneling, L., Avol, E., Peters, J. M., Thorne, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ambient+endotoxin+concentrations+in+PM10+from+Southern+California%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Health+Perspect%22%5BJournal%5D)">Ambient endotoxin concentrations in PM10 from Southern California.</a> Environ. Health Perspect. 112, 583-588 (2004).</li>
<li>Hospodsky, D., Yamamoto, N., Peccia, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accuracy%2C+Precision%2C+and+Method+Detection+Limits+of+Quantitative+PCR+for+Airborne+Bacteria+and+Fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Accuracy, Precision, and Method Detection Limits of Quantitative PCR for Airborne Bacteria and Fungi.</a> Appl. Environ. Microbiol. 76, 7004-7012 (2010).</li>
<li>Kutyavin, I. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3%E2%80%B2-Minor+groove+binder-DNA+probes+increase+sequence+specificity+at+PCR+extension+temperatures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3′-Minor groove binder-DNA probes increase sequence specificity at PCR extension temperatures.</a> Nucleic Acids Res. 28, 655-661 (2000).</li>
<li>Brankatschk, R., Bodenhausen, N., Zeyer, J., Bürgmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+absolute+quantification+method+correcting+for+quantitative+PCR+efficiency+variations+for+microbial+community+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Simple absolute quantification method correcting for quantitative PCR efficiency variations for microbial community samples.</a> Appl. Environ. Microbiol. 78, 4481-4489 (2012).</li>
<li>Strober, W. Appendix 3B, Trypan Blue Exclusion Test of Cell Viability. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStrober%2C+W+%22Current+Protocols+in+Immunology%22">Current Protocols in Immunology</a>. , John Wiley & Sons, Inc. (2001).</li>
<li>Hollander, A., Heederik, D., Versloot, P., Douwes, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+and+enhancement+in+the+analysis+of+airborne+endotoxin+levels+in+various+occupational+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Am+Ind+Hyg+Assoc+J%22%5BJournal%5D)">Inhibition and enhancement in the analysis of airborne endotoxin levels in various occupational environments.</a> Am Ind Hyg Assoc J. 54, 647-653 (1993).</li>
<li>Kennedy, S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKennedy%2C+S+%22PCR+troubleshooting+and+optimization+%3A+the+essential+guide%22">PCR troubleshooting and optimization : the essential guide</a>. , Caister Academic Press. (2011).</li>
<li>Joiner, T. J., Kraus, P. F., Kupiec, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+Endotoxin+Testing+Methods+for+Pharmaceutical+Products%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pharm+Compd%22%5BJournal%5D)">Comparison of Endotoxin Testing Methods for Pharmaceutical Products.</a> Int J Pharm Compd. 6, 408-409 (2002).</li>
<li>Ebentier, D. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+the+repeatability+and+reproducibility+of+a+suite+of+qPCR-based+microbial+source+tracking+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Water+Res%22%5BJournal%5D)">Evaluation of the repeatability and reproducibility of a suite of qPCR-based microbial source tracking methods.</a> Water Res. 47, 6839-6848 (2013).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Bu çalışma Filtreler üzerinde toplanan aerosol örneklerinde endotoksin ve DNA hediyesi hem ölçülmesi için çıkarma ve algılama yöntemleri anlatılmaktadır. yöntemler doğru rutinleri gerektiren ve uzun Deneyciler Burada tartışılan birkaç temel ve önemli noktaları yapışır gibi kolayca yapılabilir. endotoksin algılama adım için, lizat çözüm oldukça viskoz ve pipetleme üzerine kabarcıkları üretmek eğiliminde olduğunu unutmayın. Sana kabarcıklar kaldırmak zordur, ve onlar mikroplaka okuyucu değerle...

Filtrelerin hava örnekleme atmosferik aerosoller araştırma temel araçtır. 1 örneklenmiş filtreler çeşitli kimyasal, fiziksel ve toplanan çevre parçacıkların biyolojik karakterizasyonları için başlangıç ​​noktasıdır. 2-11 Bu yaklaşımın avantajı çeşitli analizler olabilmesidir aynı numune üzerinde off-line gerçekleştirilir. Araştırmacı tüm farklı analizler verileri etkinleştirir derlenmesi atmosfer bilimleri karmaşık sorunların çözümünde toplanan parçacıkların ve yardımların özelliklerinin iyi bir anlayış elde etmek için. 12,13 Örneğin, deniz ve iç hava örnekleri aynı sırasında alınan süresi Bu çalışma için örnek partikül toksisite ve biyolojik kompozisyon. 14 ile ilgili olarak karşılaştırılabilir, lipopolisakarit (LPS), aynı zamanda endotoksinlerin şekilde bilinmektedir gram-negatif bakteri hücre duvarları, bileşenler, kıyı-ve örneklendiği filtrelerden ekstre edildi bir iç site ve kullanılarak değerlendirildilimulus amebocyte lizat (LAL) testi. Buna paralel olarak, bakteriyel içeriğin bir genomik değerlendirme (toplam bakteri, gram negatif ve siyanobakteri kantitatif) polimeraz zincir reaksiyonu (Q-PCR) kullanılarak aynı numune üzerinde gerçekleştirilmiştir. LAL Test endotoksin içeren bir sulu çözeltiye, at nalı yengeç, Limulus Polyphemus&#39;un gelen amebocytes sulu ekstraktının ilave edildikten sonra oluşan bulanıklık ölçümlerine dayanır. Örnek yüksek endotoksin konsantrasyonu hızlı türbidite geliştirir. 15 Q-PCR analizi, belirli bir DNA fragmanı amplifiye olarak yayılan bir floresan sinyali dayanır. 16 sinyal gerçek zamanlı izleme PCR üslü fazda standart bir eğri ile reaksiyonu ve kalibre, ilk DNA miktar olarak tespit edilebilir. Bu ikisinin kombinasyonu başka bir yerde ayrıntılı olarak, 14 endotoksin ve düzeyleri iyi bir tahmin sağlayabilir, diğerleriyle birlikte analizleriörneklerinde, kaynak bakteri miktarı. Burada sunulan yöntemin amacı, filtreler çıkarılır, biyo-aerosolleri endotoksin ve DNA içeriği son derece doğru ve güvenilir bir analiz sağlamaktır. Aerosol fiziksel ve inorganik kimyasal özellikleri örnekleme yöntemleri ve daha yakın zamanda, yöntemler organik madde bileşeni araştırmak için geliştirilmiştir iyi bilinen iken, 17 aerosollerin biyolojik bileşeni yetersiz araştırma olmuştur. 18 akımı gerekçesi yöntem ayrıntılı olarak, ayıklanması analiz ve havadaki aerosoller biyolojik kısmını tanımlamak için sağlam bir yöntem sunarak bu boşluğu doldurmak için. 14 Burada açıklanan yöntem filtre analizini içeren biyolojik kapalı ve açık aerosol araştırma projelerinde yaygın kullanım alanı bulur bekleniyor. 20-24

<table><tbody><tr><td><güçlü>Filtre örnekleme</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>HiVol 3000 - Yüksek Hacimli Hava Örnekleyici</td><td>Ecotech</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kuvars Mikrofiber Filtreler</td><td>Whatman</td><td>1851-865</td><td>203 mm x 254 mm</td></tr><tr><td>ELF - Laboratuvar Odası Fırınları</td><td>Karbolit</td><td>ELF 11 serisi</td><td></td></tr><tr><td>Alüminyum folyo</td><td>Opal</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Company</td><td>Katalog Numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td>Endotoxin</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>16368&nbsp;</td><td>Laboratuvar Reaktifi, %96</td></tr><tr><td>Airstream Sınıf II Biyolojik Güvenlik Kabini AC-4E1</td><td>ESCO</td><td>10011712</td><td></td></tr><tr><td>Pyrotell -T</td><td>Associates of Cape Cod, Inc.</td><td>T0051</td><td></td></tr><tr><td>Cape Cod, Inc.</td> <td>Kontrol Standardı Endotoksin</td> Associates<td>E0005-1</td><td> Escherichia coli&nbsp; O113: H10, 0.5 ve mikro; g/flakon 1 Paket</td></tr><tr><td>LAL Reaktifi Cape</td><td>Cod, Inc. Su Ortakları</td><td>W0051</td><td></td></tr><tr><td>Luer-Lok Uçlu 10 ml steril şırınga</td><td>Becton-Dickinson & Co.</td><td></td><td></td>309605</tr><tr><td>BD Precisionglide şırınga iğnesi</td><td>Becton-Dickinson & Co.</td><td>305129</td><td>Steril&nbsp;</td></tr><tr><td>Parafilm-M sızdırmazlık bandı</td><td>Parafilm</td><td>P7543</td><td>Sigma katalog numarası</td></tr><tr><td></td><td>Mikrotüpler Axigen</td><td>MCT-200-C</td><td>2 ml, pirojen içermez</td></tr><tr><td>1,12 cm çap Mantar Delici</td><td>Boekel Scientific</td><td>1601 BD Serisi - Çelik</td><td>Çeşitli çaplarda deliciler içeren bir mantar delici setinin parçası.</td></tr><tr><td>50 mm Petri Kabı</td><td>Miniplast Ein-Shemer</td><td>72050-01</td><td>Aseptik</td></tr><tr><td>Vorteks Cini 2&nbsp;</td><td>Bilimsel Endüstriler, Inc.</td><td>SI-0297</td><td></td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj 5415 D</td><td>Eppendorf</td><td>22621408</td><td></td></tr><tr><td>TC MicroWell 96 F SI, kapaklı</td><td>Nunc</td><td>167008</td><td>Düz tabanlı kuyular (kapaklı (ayrı ayrı sarılmış)), steril, pirojen içermez</td></tr><tr><td>Synergy HT Çok Algılamalı Mikroplaka Okuyucu</td><td>Biotek</td><td>7091000</td><td></td></tr><tr><td><güçlü >İsim< / güçlü ></td> <td>< güçlü > Şirket< / güçlü></td><td>Katalog Numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td>DNA</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DNA uzakta</td><td>Sigma Aldrich</td><td>7010</td><td></td></tr><tr><td>İlgilenilen mikrobiyal türlerin standart DNA'sı</td><td>ATCC veya diğer kültür koleksiyonu</td><td></td> DNA <td>ekstraksiyonu için uygun mikrobiyal suş veya ekstrakte edilen DNA</td></tr><tr><td>Neubauer ile geliştirilmiş</td><td>Marienfeld</td><td>640030</td><td>hemositometre</td></tr><tr><td>TE tamponu, Düşük EDTA'lı</td><td>Life Technologies</td><td>12090-015</td><td>10 mM Tris-HCl (pH 8.0)&nbsp; 0.1 mM EDTA&nbsp;</td></tr><tr><td>Nükleaz içermeyen PCR sınıfı su&nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>3315959001</td><td></td></tr><tr><td>PCR primerleri</td><td>Sigma Aldrich</td><td></td><td>İlgilenilen mikrobiyal türleri</td></tr> hedefler <tr><td>Çift Etiketli Problar</td><td>Sigma Aldrich</td><td></td><td>İlgilenilen mikrobiyal türleri hedefler</td></tr><tr><td>Vidalı kapaklı tüpler</td><td>Axigen</td><td>ST-200-SS</td><td>2 ml & nbsp;</td></tr><tr><td>PowerSoil DNA ekstraksiyon kiti&nbsp;</td><td>Mo Bio Laboratories</td><td>12888-100</td><td></td></tr><tr><td>Cam boncuklar, asitle yıkanmış 425-600 & mikro; m</td><td>Sigma Aldrich</td><td>G8772-100G</td><td></td></tr><tr><td>Cam boncuklar, asitle yıkanmış < 106 ve mikro; m</td><td>Sigma Aldrich</td><td>G4649-100G</td><td></td></tr><tr><td>PowerSoil Çözeltisi C1</td><td>Mo Bio Laboratories</td><td>12888-100-1</td><td>Hücre lizis tamponu, Güç toprak Kiti</td></tr><tr><td>Magic Touch buz kovası</td><td>Bel-Art</td><td>18848-4001</td><td></td></tr><tr><td>Mini-Boncuk Çırpıcı-16</td><td>BioSpec</td><td>607EUR</td><td></td></tr><tr><td>StepOnePlus Gerçek Zamanlı PCR Sistemi</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>4376600</td><td></td></tr><tr><td>Hızlı SYBR Green Master Mix Uygulamalı</td><td>Biyosistemler</td><td>4385612</td><td></td></tr><tr><td>TaqMan Gen İfadesi Master Mix</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>4370048</td><td></td></tr><tr><td>MicroAmp Hızlı Optik 96 Kuyulu Barkodlu Reaksiyon Plakası, 0.1 ml</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>4346906</td><td></td></tr><tr><td>MicroAmp Sıçramasız 96 Kuyulu Baz</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>4312063</td><td></td></tr><tr><td>MicroAmp Optik Yapışkan Film</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>4311971</td><td></td></tr><tr><td>Santrifüj 5810 R</td><td>Eppendorf</td><td>5811 000.010</td><td>Rotor A-4-62, MTP kovaları ile&nbsp;</td></tr></tbody></table>

endotoksin ve dna İçeriği için hava örneklenmiş filtresi analizi

Air-sampled Filter Analysis for Endotoxins and DNA Content

Açık aerosol araştırmaları yaygın filtreler örneklenmiş partiküler madde kullanır. Bu prosedür, toplanan partiküllerin değişik karakterizasyonları paralel yapılmasını sağlar. Burada sunulan yöntemin amacı, filtreler çıkarılır, biyo-aerosolleri endotoksin ve DNA içeriği son derece doğru ve güvenilir bir analiz sağlamaktır. örnek filtrelerden Lipopolisakkaridler gibi yüksek moleküler ağırlıklı organik moleküllerin, ekstraksiyonu pirojensiz su bazlı ortam içinde örnek çalkalama içerir. Daha sonra yapılan analiz bir türbidimetrik ölçümü kullanılarak tespit edilebilir bir enzimatik reaksiyona dayanır. örneklenmiş filtreler üzerindeki yüksek organik içeriğin bir sonucu olarak, örneklerden DNA ekstraksiyon ilk topraklar için tasarlanmış ve DNA verimi artırmak için modifiye edilmiş bir ticari bir DNA ekstraksiyon kiti kullanılarak gerçekleştirilir. Algılama ve kantitatif polimeraz zincir Reacti kullanarak belirli mikrobiyal türlerin miktar(Q-PCR) analizi tarif diğer yöntemlerden karşılaştırılmıştır.

Bu &quot;off-line&quot; örneklenmiş filtreleri analizleri kullanılarak atmosferik aerosoller incelemek için yaygındır (Şekil 2). 32 Kimyasal örneklenmiş madde, organik (örneğin protein, hidrokarbon molekülleri, sakkaritler) ve inorganik (örneğin metaller, tuzlar) dahil içeriği analizleri . Biyolojik analizler uygulanabilir ve cansız mikroorganizma içeriği, bir DNA ya da yaklaşımı mikroskobu kullanarak tür tanımlamak, hem de DNA tabanlı ölçümü...

Hava örnekli filtrelerden atmosferik biyolojik partiküllerin iki tamamlayıcı analizi burada açıklanmıştır: endotoksin ve DNA'nın ekstraksiyonu ve tespiti.

Endotoksin ve DNA İçeriği için Hava örneklenmiş Filtresi Analizi

Outdoor aerosol research commonly uses particulate matter sampled on filters. This procedure enables various characterizations of the collected particles ...

Bu prosedürün genel amacı, filtreler üzerinde örneklenen, ekstrakte edilmiş havadaki partiküllerin endotoksin ve DNA içeriğinin nasıl doğru şekilde analiz edileceğini açıklamaktır. Bu yöntem, sağlıkla ilgili nedenlerin anlaşılması gibi iç ve dış mekan biyolojik aerosol araştırmalarındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Filtre örnekleme prosedürünü laboratuvarımdan lisansüstü öğrencisi Yinon Mazar gösterecektir.Yüksek hacimli örnekleme için kuvars fiberden yapılmış filtreler kullanın. Veya araştırma ihtiyaçlarına en uygun filtre kesme boyutunun yanı sıra özel filtre tipini seçin. Organik ve biyolojik bileşik örneklemesi için kullanılacak filtreleri, önce her birini ayrı ayrı alüminyum folyoya sararak ön pişirme işlemine tabi tutun.Ardından, bunları bir laboratuvar fırınında 450 °C'de en az beş saat boyunca pişirin. Bu işlem, önceden mevcut olan tüm organik kalıntıları yok edecektir. Pişmiş filtreleri, örnekleme için kullanılana kadar 20 °C'de saklayın.Ardından, beraberindeki metin protokolünde açıklanan türden bir yüksek hacimli örnekleyiciyi temizleyin ve dezenfekte edin. Daha sonra, önceden pişirilmiş filtreyi filtre kasetine yerleştirin ve uygun bir örnek toplamak için örnekleyiciyi üretici talimatlarına uygun olarak çalıştırın. İkinci sınıf bir biyogüvenlik kabininde, temiz bir 1,12 santimetre çaplı mantar delicisi kullanarak, temiz ve önceden pişirilmiş filtre materyalinden 22 adet dairesel parça kesin.Kontrol olarak kullanılacak bir dizi endotoksin katkılı filtre hazırlamak için bu parçaları kullanın. Ardından, toplanan örneği içeren filtreleri temiz bir 1.12 santimetre çaplı mantar delicisiyle kesin ve her bir örneği kendi pirojen içermeyen iki mililitrelik tüpüne yerleştirin. Ayrıca, kurutulmuş endotoksin katkılı filtreleri ayrı pirojen içermeyen iki mililitrelik tüplere aktarın.Her bir tüpe bir mililitre pirojensiz su ekleyin. Ardından, bir laboratuvar çalkalayıcısı kullanarak oda sıcaklığında 60 dakika boyunca çalkalayın. Sonra, örnek tüplerini bir mikrosentrifüjde 10 dakika boyunca 375 ×g hızında santrifüjleyin.Ardından, endotoksinleri içeren süpernatantı yeni, pirojensiz iki mililitrelik bir tüpe aktarın. Endotoksin testi için, öncelikle numune konumlarını belirleyerek kapaklı, pirojensiz 96 kuyucuklu düz tabanlı bir mikroplaka hazırlayın.Ardından, mikroplaka okuyucuyu açın ve cihazı 37 °C'de, her beş dakikada bir çalkalama yapacak şekilde kinetik reaksiyon için programlayın. Bunu 405 nm'de ölçümlerle takip edin. Beş dakikalık çalkalama ve plaka okuma işlemini 18 kez tekrarlayın.Filtreleri spike etmek için daha önce kullanılan 50 µL standart endotoksin çözeltilerini A1 ile A10 ve B1 ile B10 satırlarına yerleştirerek numuneleri plakaya yükleyin. Boş örnekleri (blank) A11, A12, B11 ve B12 hücrelerine yerleştirin. Ardından, santrifüj edilmiş spike'lı filtre ekstraktının ve boş örneklerin süpernatanlarını C ve D satırlarına ekleyin. Daha sonra, deneysel numunelerin ve boş örneklerin süpernatanlarını gerektiği şekilde kalan kuyucuklara ekleyin.Testi aktive etmek için, her kuyucuğa hızlıca 50 µL limulus amebocyte glycate çözeltisi ekleyin. Plakayı yatay olarak hafifçe sallayın. Plakayı okuyucuya yerleştirmeden ve deneysel çalışmayı başlatmadan önce.İşlem tamamlandığında, plakayı plaka okuyucudan çıkarın. Standart eğriyi kullanarak her bir örnekteki endotoksin seviyesini belirleyin ve ayrıca endotoksinlerin örnek filtrelerinden çıkarılma verimliliğini hesaplayın. İlk olarak, beraberindeki metin protokolünde açıklandığı şekilde DNA eklenmiş filtreleri hazırlayın.Her filtre örneği için, 0,5 mililitrelik steril tüplere 0,1 gram 425 ila 600 mikrometre çapındaki boncuklar ve 0,3 gram 106 mikrometre veya daha küçük çaplı boncuklardan oluşan asitle yıkanmış cam boncuk karışımı hazırlayın. Ardından, dezenfekte edilmiş 1,12 santimetre çapında bir mantar delicisi kullanarak her filtre örneğinin rastgele seçilen bölgelerinden üç adet dairesel parça kesin. Filtre örneklerini ayrı ayrı vidalı kapaklı iki mililitrelik tüplere yerleştirin.Ardından, DNA ekstraksiyon kiti ile birlikte verilen hücre liziz tamponundan 60 µL ile birlikte cam boncuk karışımını her tüpe ekleyin. Tüpleri kapatın ve örnekleri boncuk parçalayıcıya (bead beater) yerleştirin. Filtrelenmiş hücreleri mekanik olarak parçalamak için boncuk parçalayıcıyı bir dakika boyunca kullanın ve ardından örnekleri bir dakika daha buz üzerinde bekleterek soğutun.Bu döngüyü beş kez tekrarlayın. Kit tedarikçisinin protokolünü takip ederek liz edilen hücrelerden DNA'yı ekstrakte edin. Elüsyon sonrası, DNA verimini artırmak için elüe edilen örneği ekstraksiyon kolonundan ikinci kez geçirin.Isınması için kantitatif PCR cihazını önceden açın. Cihazın işletim yazılımında, yeni bir program dosyasına kantitatif PCR çalışmasına ait detayları girin. Ardından, çalışma yüzeyini yüzey DNA dekontaminasyon solüsyonu ile dezenfekte edin ve yalnızca steril tüpler, uçlar ve reaktifler kullanın.Ayrıca, çalışma tezgahının yanına bir buz kovası yerleştirin ve tac polemoraris karışımını kovanın içine koyun. Kantitatif PCR reaksiyon karışımını, beraberindeki metin protokolünün dördüncü tablosunda açıklandığı şekilde hazırlayın. Reaksiyon karışımını kullanıma kadar karanlıkta ve buz üzerinde saklayın.Ardından, çalışma yüzeyine temas etmesini önlemek ve temiz tutmak için temiz bir mikroplakayı plaka tutucuya yerleştirin. Kantitatif PCR mikroplakasının kuyucuklarına üç tekrar şeklinde bir mikrolitre standart DNA, örnek DNA veya nükleazsız su ekleyin. Daha sonra, her bir reaksiyon kuyucuğuna dokuz mikrolitre master reaksiyon karışımı ekleyin.İşlem tamamlandığında, plakayı optik yapışkan filmle kapatın ve tüm kenarlarından sıkıca mühürleyin. Termosikletöre yerleştirmeden önce, plakayı plaka kovalarıyla donatılmış bir santrifüjde 1000 ×g hızında bir dakika boyunca döndürerek çöktürün. Son olarak, hazırlanan kantitatif PCR programını aktif hale getirip çalıştırın.Endotoksin ekstraksiyonu sırasında, endotoksini filtreden ayırmak için filtre örnekleri santrifüjde döndürülür. Farklı santrifügasyon hızları, özellikle yüksek endotoksin konsantrasyonlarında, farklı ekstraksiyon verimlilikleri ile sonuçlanır.Seçilen spesifik filtre ve uygulanan protokol için öncelikle bir ekstraksiyon verimliliği testi gerçekleştirilmelidir. Temiz filtrelere standart eklemesi (spiking) yapıldığında, örneklenmiş kuvars filtrelere kıyasla daha yüksek ekstraksiyon verimlilikleri elde edilir ve bu iki verimlilik de standart çözeltinin doğrudan tespitiyle elde edilen verimlilikten daha düşüktür. Yöntem uzmanlaşıldığında, endotoksin analizi uygun şekilde yürütüldüğü takdirde üç buçuk saat içinde tamamlanabilir.Bu prosedürü takiben, organizmaların atmosferdeki taşınımına ilişkin ek soruları yanıtlamak amacıyla DNA dizileme gibi diğer yöntemler uygulanabilir. Bu videoyu izledikten sonra, hava örneği filtrelerinden endotoksinlerin ve DNA'nın nasıl verimli bir şekilde ekstrakte edileceği ve bunların nasıl doğru şekilde analiz edileceği konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.

air-sampled-filter-analysis-for-endotoxins-and-dna-content

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Bu video, kemilüminesans tabanlı bir yöntemle bir tam kan örneğindeki endotoksin aktivitesini araştırmak için hızlı bir biyo-testi göstermektedir. Bu test, endotoksin aracılı sepsisin erken evre tanısı için hızlı ve hassas bir biyobelirteç testidir.

Endotoksin Aktivite Testi: Kan Örneğindeki Endotoksin Aktivitesini Araştırmak İçin Kemilüminesans Bazlı Bir Biyo-Test

Bu video, PEGile lipozomal doksorubisin nano formülasyonlarında endotoksin kontaminasyonunu tahmin etmek için Limulus amoebosit lizat veya LAL testinin türbidimetrik formatını açıklar. Endotoksinin LAL reaktifi ile reaksiyonunu takiben çözeltinin bulanıklığı, numunedeki endotoksinin tahmin edilmesine yardımcı olur.

Türbidimetrik Limulus Amiposit Lizat Testi: Nano Formüllü İlaçlarda Endotoksin Kontaminasyonunu Tespit Etmek ve Ölçmek İçin Bir Teknik

Bu videoda, at nalı yengeçlerinin kan hücrelerinden elde edilen Limulus Amip Losit Lizat kullanılarak nano formülasyonlarda bakteriyel endotoksinlerin varlığını belirlemek için bir jel-pıhtı testi açıklanmaktadır. Test, nano bazlı formülasyonlar da dahil olmak üzere farmasötik ürünlerin endotoksin kontaminasyonunun test edilmesine yardımcı olur.

Jel-Pıhtı Limulus Amip Lizat Testi: Nanopartikül Formülasyonlarında Bakteriyel Endotoksin Tayini İçin Bir Yöntem

Bu video, makrofajlardaki transkripsiyon faktörleri nükleer faktör-kappa-B (NF-κB) ve aktivatör protein-1'in (AP-1) toll benzeri reseptöre (TLR) bağlı aktivitesini incelemek için bir testi göstermektedir. TLR'ler, NF-κB ve AP-1'i aktive ederek, hasarla ilişkili moleküler modelleri (DAMP'ler) tanıdıktan sonra bir pro-inflamatuar sinyal kaskadını tetikler. Tasarlanmış raportör makrofajlar, NF-κB ve AP-1 aktivasyonu üzerine salgılanan embriyonik alkalin fosfataz (SEAP) enzimi üretir ve bu...

Makrofajlarda TLR'ye Bağımlı NF-&kcy;B/AP-1 Transkripsiyon Faktörü Sinyalizasyonu için Bir Test

Su örneklerinin bir filtre kartuşu ile filtrelenmesi ve filtreyi çıkarmak için muhafazayı kesmek zorunda kalmadan çevresel DNA'nın (eDNA) çıkarılması için bir protokol açıklıyoruz. Bu protokol, balıklardan alınan eDNA'yı metabarkodlama için geliştirilmiştir, ancak diğer organizmalardan alınan eDNA'ya da uygulanabilir.

Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı

Bir ortam içerisinde mantar çeşitlilik belirleme iş sağlığı çalışmalarda sağlık tehlikeleri tanımlamak için kullanılan bir yöntemdir. Bu iletişim kuralı DNA çekme--dan amplifikasyon ve sıralamanın mantar Its bölgeler için mesleki hava örnekleri açıklar. Bu yaklaşım geleneksel değerlendirme yöntemleri tarafından göz ardı edilebilir birçok mantar türleri algılar.

Toplama ve mesleki hava örnekleri çıkarma mantar DNA analizi için

Bu konuda, insan bütün kan örneklerinin endotoksin aktivitesinin başında ölçmek için bir protokol sunuyoruz. Endotoksin aktivite tahlil gerçekleştirmek için basit bir test ve sepsis ile eleştirel hasta hastalarda yararlı bir biyomarker olabilir.

Eleştirel hasta hastalarda tam kan endotoksemi tespiti için endotoksin aktivite assay

Çevre partiküler madde biyolojik kompozisyon anlama hastalığı yaymak ve insan sağlığı üzerinde önemli etkileri çalışma için önemlidir. Burada, biz üç tür bioaerosol örnekleme yöntemleri ve havada mikrop biyolojik bir analizini farklı çevresel koşullar altında hava mikrobiyal topluluklar daha iyi keşfetmek için kullanılır.

Kompozisyon ve Bioaerosols farklı çevresel koşullar altında dağıtım Analizi

Endotoxins mühendislik Nanomalzemeler içinde tespiti nanomedicine alanında büyük zorluklardan biri temsil eder. Burada, nano tanecikleri potansiyel endotoksin kirlenme tahmin etmek için üç farklı biçimlerinin LAL oluşan çerçeve açıklar bir örnek çalışma mevcut.

Nano-formülasyonları endotoksin tespiti Limulus Amoebocyte Lysate (LAL) deneyleri kullanarak

Bu protokol, araştırmacılara, biyomateryal implant mikroçevresini modelleyen çeşitli polimerik yüzeylere ve adsordi protein katmanlarına yanıt olarak bir murine makrofaj hücre hattında TLR bağımlı NF-кB/AP-1 transkripsiyon faktörü aktivitesini ölçmenin hızlı ve dolaylı bir yöntemini sağlar.

Polimerik Yüzeylerde Adsorbe Protein Katmanlarında Sinyalizasyonu NF-kB/AP-1 Sinyallerini İnceleyecek Bir Makrofaj Muhabiri Hücre Tetkik

Sahada kullanılabilir DNA analizinin güvenilir ve doğru formları birçok sektör için hayati öneme sahiptir. Bu makale, alanda çevresel mikrobiyal analiz için iki yöntem sunmaktadır: 1) biyolojik ekstraksiyon saha kiti kullanılarak çevresel örneklerden mikrobiyal DNA'nın izolasyonu ve 2) alan qPCR ünitesi aracılığıyla DNA analizi.

Biyolojik Çıkarma Saha Kiti ve Saha QPCR Birimi kullanılarak Alanda Mikrobiyal DNA Analizi

Keşfedin, hava örneklenmiş filtrelerden endotoksin ve DNA içeriğini analiz etme yöntemini. Bu teknik, biyolojik aerosollerin iç ve dış ortamlardaki sağlık etkilerini anlamak için araştırmacılara güvenilir bir yaklaşım sunar.

Endotoksin ve DNA İçeriği için Hava örneklenmiş Filtresi Analizi

Daha fazla video keşfet