Name: Sıçan Karaciğer DNA Strand Breaks ve Oksidatif DNA Hasar Ölçüm Vivo Alkali Comet Assay ve Enzim-modifiye Alkali Comet Tahlili (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-05-04T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 38 s
Description: Keşfedin sıçan karaciğerde DNA strand kırıkları ve oksidatif DNA hasarını ölçme yöntemini. Alkali comet assay ve enzim modifiye versiyonu ile tek hücre düzeyinde hasar tespiti yapın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma ABD Gıda ve İlaç Dairesi tarafından desteklenmiştir. CPA çalışmasının Elsevier B.V. tarafından orijinal olarak yayınlandığını kabul ediyoruz: Ding W, Bishop ME, Peace MG, Davis KJ, White GA, Lyn-Cook LE, Manjanatha MG. Siproteron asetat ile tedavi edilen F344 sıçanlarında genotoksisitenin cinsiyete özgü doz-yanıt analizi. Mutasyon Araştırması 774: 1-7, 2014 (PMID: 25440904)

Etik bildirimi: hayvanlarla ilgili Prosedürleri Toksikoloji Araştırmaları FDA / Ulusal Merkezi Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi (IACUC) tarafından onaylanmıştır. NOT: Burada anlatılan çalışma tasarımı, in vivo kemirgen alkalin kuyruklu tahlil 18 kendi doğrulama için Alternatif Yöntemler Doğrulama Japon Merkezi (JaCVAM) tarafından geliştirilen protokole dayanmaktadır ve daha OECD Kılavuzda tavsiyelerine göre modifiye TG489 19 . 1. Hazırlık <ol><li> slayt hazırlama <ol><li> % 1 normal ısıda eriyen agaroz çözülür (a / h) fosfat tampon maddesi içinde (Ca2 +, Mg2 + serbest fenol kırmızı içermeyen) bir mikro dalga fırın içinde ısıtma ile. </li><li> 55 ° C su banyosunda erimiş% 1 standart agaroz çözüm yerleştirin ve küvetli sıcaklık dengelenmesi. Dip cam mikroskop herhangi excès boşaltın, agaroz çözeltisi içine slaytlaragaroz s ve temiz slaytlar arkasını silin. Oda sıcaklığında kurumaya slaytlar düz bir yüzeye dik slaytlar yerleştirin ve izin ver; kuru bir yerde slaytlar saklayın. </li></ol></li><li> Comet tahlil çözeltilerin hazırlanması <ol><li> % 0.5 düşük erimeli agaroz bir çözelti hazırlayın. Fosfat tamponu içinde agaroz (Ca2 +, Mg2 +, ve fenol kırmızı içermeyen), erime noktası düşük çözülür bir mikrodalga fırınında ısıtılarak. kuyrukluyıldız slayt hazırlanması sırasında 37-45 ° C&#39;de çözüm tutmak; Daha sonra kalan agaroz çözüm atın. </li><li> Lizis tampon hazırlayın. disodyum etilendiamintetraasetik asit (disodyum EDTA, Bay 372,24 g / Mol) ve 2.5 M sodyum klorür (NaCI, Bay 58.44 g / mol) ve 10 mM Tris hidroksimetil aminometan (Tris baz, Bay 121.14 g / mol), 100 mM&#39;lik çözelti yapmak saflaştırılmış su içinde, 10 N sodyum hidroksit çözeltisi (NaOH, Bay 40 g / mol) ile pH 10 olacak şekilde ayarlanır. Kullanılacağı gün, son konsantreler elde etmek için çözeltiye Triton X100 ve dimetil sülfoksit (DMSO, Bay 78.13 g / mol) ekleyinsırasıyla% 1 ve% 10, iyonları, ve kullanımdan önce en az 30 dakika boyunca 4-10 ° C&#39;de karıştırıldı. </li><li> Kullanım gününde taze enzim tamponu sağlayın. 40 mM 2- [4- (2-hidroksietil) piperazin-1-il] etansülfonik asit (HEPES, Bay 238,3 g / mol), 100 mM potasyum klorür (KCl, Bay 74,55 g / mol), 0.5 mM ihtiva eden bir çözelti hazırlayın disodyum EDTA ve saflaştırılmış su içinde% 0.2 sığır serum albümini (BSA, Bay 66.463 g / mol). 10 N potasyum hidroksit çözeltisi (KOH, 56.1 g / mol) ile 8.0 pH ayarlayın. Oda sıcaklığında karıştırın ve kullanımdan önce, tam bir çözünme edin. </li><li> 300 mM NaOH ve arıtılmış su içinde 1 mM disodyum EDTA ihtiva eden bir alkalin tampon çözeltisi hazırlayın. kullanımdan önce en az 30 dakika boyunca 4-10 ° C&#39;de karıştırılır. kullanmak ve pH&gt; 13 olduğundan emin olmak için önce çözeltinin pH ölçün. </li><li> saflaştırılmış su içinde 0.4 M Tris bazı ihtiva eden bir çözelti hazırlayın ve hidroklorik asit (HCI, Bay 36.46) ile pH 7.5 olacak şekilde ayarlanır. 4-10 ° C&#39;da, çözelti saklayın. Bu tampon nötralize edilir. </li><li> f yapmakresh Kullanım gününde tampon kıyma. Hank Dengeli Tuz Çözeltisi içinde 20 mM disodyum EDTA ve% 10 DMSO ihtiva eden çözeltisi (HBSS, Ca2 +, Mg2 +, ve fenol kırmızı içermeyen) hazırlayın. Buz üzerinde kullanıma kadar muhafaza edin. </li><li> boyama çözeltisinin hazırlanması için, 1 Tris-borat-EDTA (TBE tamponu) nükleik asit ile floresan lekesi hazır çözeltisi: 10,000 (h / h). alüminyum folyo kullanarak ışık çözüm koruyun. 2-8 ° C&#39;de saklayın ve 24 saat ile kullanın. </li></ol></li></ol> Fare karaciğerinden Tek hücre süspansiyonları 2. Hazırlık <ol><li> Hayvanların ötanazi Amerikan Veteriner Hekimleri Rehberinde önerilen CO 2 gazı aşağıdaki yöntemlerle fareleri euthanize: 2013 Sürümü 20. <ol><li> 2,75 CO 2 akış hızını ayarlayın. Ötenazi odasında sıçan koyun (örneğin, kurutucu kavanoz, havalandırmalı kapak sıçan kafes) ve tank vanasını açarak CO 2 açın. kadar 1,5 ile 2,5 dakika bekleyinSıçan bilinçsiz hale gelir. Maksimum ayara CO 2 akışını artırmak. solunum kesilmesinden sonra, ötenazi sağlamak için yaklaşık olarak 1 dakika boyunca bölme sıçan bırakın. Sıçan hiçbir kalp atışı olduğunu onaylamak için palpe ve sıçan onun uzuv çekilme olmadığını belirlemek için ayak kısma ötenazi doğrulayın. </li></ol></li><li> % 70 etanol ile saçlı-cildi dezenfekte edin. karın boşluğu açın ve cerrahi makas ile sağlam karaciğer çıkarın. karaciğer çıkardıktan sonra, cerrahi makas ile kalan karaciğer sol yanal lob çıkarın. Bir kesme tahtası üzerinde sol yanal lob yerleştirin ve tek kullanımlık bir tek kenarlı jilet kullanarak iki komşu 3-4 mm kalınlığında enine kesitler halinde kesilmiştir. </li><li> (Bölümün kıvrık önlemek için) filtre kağıdı üzerinde bir çapraz bölüm yerleştirin ve% 10 nötr tamponlu formalin (NBF) içine bölümüne yerleştirin. 1 ya da daha fazla: bir dokuya% 10 NBF oranı 10 olduğundan emin olun. en az 72 saat, proc bir tespit süresinden sonrahistopatolojik (aşağıda, bkz: bölüm 7) için karaciğer ESS. </li><li> 6 cm Petri kabındaki 5 ml buz gibi soğuk tampon maddesi kıyma (bölüm 1.2.6) içine ikinci enine karaciğer bölümü yerleştirin ve kalıntı kan uzaklaştırmak için 3 kez yıkayın. </li><li> 1 ml buz gibi soğuk tampon kıyma içeren yeni bir 2 ml santrifüj tüpüne karaciğer bölümü aktarın. hücreleri çıkarmak için iyi bir makas ile iyi bir şekilde yıkandı karaciğer bölümü kıyma. herhangi bir doku topaklar kaldırmak için 40 mikron hücre süzgecinden hücre süspansiyonu süzün. </li><li> buz üzerinde tek bir hücre süspansiyonu yerleştirin ve 1 saat içinde slaytlar yapmak için kullanabilirsiniz. Konsantrasyonu yaklaşık olarak 2 x 10 6 hücre / mL olması için (hemasitometre veya elektronik hücre sayacı ile, örneğin) sayarak hücreleri konsantrasyonunu kontrol edin. </li></ol> Comet Slaytlar 3. hazırlanması <ol><li> 10 eriyik hacim, 37 ° C,% 0.5 düşük erime noktalı agaroz çözeltisi (bölüm 1.2.1) ile tek bir hücre süspansiyonu, bir hacim karıştırın.Hemen normal erime noktası agaroz (Bölüm 1.1) ile kaplanmış bir slayt üzerine 100 ul pipetle. Hemen hücre agaroz karışımı üzerinde bir kapak kayma yerleştirin. Her bir numune için en az 8 slaytlar. NOT: Tüm slaytlar bir sayı ya da benzer bir kod tespit edilmeli ve slaytlar olarak kör atılır böylece kimlik (aşağıda, Madde 6.2.2), kaydetti. </li><li> 30 dakika boyunca 4 ° C&#39;ye slaytlar düz ve serin yatırın. </li><li> Jel katılaşmış sonra, yavaşça kapağını fişleri kaldırmak ve önceden soğutulmuş lizis tamponu (bölüm 1.2.2) slaytlar batırmayın. ışıktan slaytlar korumak ve O, 1 saat (en az) 4 ° C&#39;de lisis tamponu içinde slaytlar tutmak / N (maksimum). </li></ol> Comet Slaytlar 4. Enzim Tedavisi <ol><li> lizis tamponu gelen her doku örneğinden hazırlanan 8 slaytlar 6 çıkarın ve onları oda sıcaklığında enzim tamponu (bölüm 1.2.3) ile 5 dakika her biri için 3 kat durulayın. Alkali Comet yöntemi w için kalan iki slaytlar kullanınildirimde enzim tedavisi (aşağıda, 5.1 bakınız). duruladıktan sonra, boşaltma ve dokularla slaytlar blot fazla sıvıyı çıkarın. </li><li> 1 enzim tamponu ile hOGG1 ve Endo III enzimi stokları seyreltilir: 1.000 (h / h). Buz üzerinde kullanıma kadar yerleştirin. </li><li> Tek başına enzim tamponu (referans slaytlar olarak kullanılan 2 adet kaydırak), 200 ul hOGG1 çözeltisi (2 kaydıraklı) veya 200 ul Endo III çözeltisi (2 kaydıraklı) 200 ul: Her bir tedavi grubunda hazırlanan slaytlar için aşağıdaki çözümlerden 200 ul uygulayın. </li><li> , Nemli bir kağıt havlu ile astarlanmış bir Petri plakalara slaytlar koyun Parafilm slaytlar kapak ve Endo III ile tedavi edilen ve referans slaytlar ve hOGG1 ile muamele slaytlar 30 dakika, 45 dakika boyunca 37 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> İnkübasyondan sonra damıtılmış su ile yıkayın ve slaytlar altında 5.2 de tarif edildiği gibi işleme devam eder. </li></ol> 5. çözme ve Elektroforez <ol><li> slaytlar enzimlerle muamele için değil, lizis tamponu slaytları kaldırmakSlaytlar drenaj ve artık deterjan ve tuzları yok etmek için 5 dakika boyunca soğuk nötralizasyon tamponu (bölüm 1.2.5) ile bir kez yıkayın. </li><li> boşluk kaçınarak Adımlar 4.5 ve yatay jel elektroforezi tankında rastgele 5.1&#39;den yer slaytlar. Sıvı seviyesi sadece slaytları kapsar kadar taze yapılmış pH&gt; 13 elektroforez tamponu (bölüm 1.2.4) ile doldurun (agaroz üzerinde kabarcıkları önlemek ve emin tank seviye yapmak). DNA ayırma başlangıcında tampon pH ve sıcaklık kaydedilir. </li><li> 20 dk alkali yükümlü hasar DNA ve ifade açma için izin için slaytlar alkali tampon kalır edelim. </li><li> Çözme sırasında, program, güç kaynağı elektroforez deposu (pozitif ve negatif elektrotlar arasındaki cm mesafe ile ayrılır V / cm = Volt) 0.7 V / cm üretmek. </li><li> açma sonra, güç kaynağındaki çalışma düğmesine basın. Gerekirse, yükselterek ya da tampon seviyesini düşürerek 300 mA akım ayarlayın. th tutmaksadece slaytlar yüzeyi üzerinde e tampon seviyesi. 20 dakika boyunca 4 ° C&#39;de elektroforez gerçekleştirin. başlangıç ​​ve elektroforez sonunda kayıcı yerleştirme tampon sıcaklığı ve akımı (amper) kaydedin. NOT: Çok fazla tampon DNA göç engelleyebilir düşük voltaj neden olacaktır. </li><li> elektroforez sonra, yavaşça 5 dakika boyunca (Bölüm 1.2.5) tanktan slaytlar kaldırma ve nötralizasyon tamponu daldırarak aşırı alkali nötralize. slaytlar boşaltın ve iki kez daha tekrarlayın. </li><li> 5 dakika boyunca soğuk% 100 etanol içinde daldırarak slaytlar sabitleyin. depolama için kuru bir alanda kuru hava ve yer slaytlar izin verin. </li></ol> 6. DNA Boyama, Comet Görselleştirme ve Analizi <ol><li> DNA boyama <ol><li> Bir karton veya metal tepsi üzerinde slaytlar yerleştirin ve her slayt nükleik asit floresan leke çalışma solüsyonu (bölüm 1.2.7) 200 ul ekleyin ve cam kapak slip ile kaplayın. slaytlar koruyunIşık slaytlar skorlama öncesi en az 30 dakika boyunca boyama solüsyonu ile temas halinde kalmasını sağlamaktadır. Bir seferde 20 gruplar halinde slaytlar Leke. </li><li> Her slayt okumaya başlamadan önce, hafifçe kapak camı rahatsız etmemek için dikkatli olmak, aşırı boyama çözüm uzak leke. </li></ol></li><li> Comet Görselleştirme ve Puanlama <ol><li> bilgisayar monitöründe kuyruklu yıldız sürgünün canlı görüntüleri bir floresan mikroskop bağlı bir video kamera kullanın. </li><li> Rasgele hücreleri içeren bir mikroskop alanı seçin. Fare kullanma, bir hücreyi seçin. farenin sol tıklama ile &quot;kuyruklu kafa&quot; merkezi tıklayın. NOT: Bilgisayar yazılımı hücre için tüm ölçüm parametrelerini hesaplar ve bir veri dosyasına veri ekler. </li><li> Geçerli alan (adım 6.2.4 bakınız) tüm hücreleri Puan ve sonra hücrelerin başka bir dizi bulmak için mikroskop sahne kontrolleri ve ekrandaki videoyu kullanın. 6.2.2&#39;de tarif edildiği gibi bu hücreleri puan. </li><li> slayt f Skorurom sağa sola ve yukarı aşağı. yaklaşık 10 alanları rastgele seçin. Bu süreçte, görünüm alanında görüntülenen herhangi bir uygun kuyrukluyıldız hücre önyargısız attı edilmelidir. NOT: Aşağıdakilerden herhangi biri doğruysa bir kuyruklu yıldız puanı etmeyin: 1) slayt kenarlarında herhangi bulunur; 2) İki veya daha fazla kuyrukluyıldızların üst üste; 3) kuyruk enkaz var; 4) Yazılım baş ve kuyruk ayırt edemez; veya 5) çekirdek ve / veya kuyruk boyama slayt diğer kuyruklu yıldız büyük ölçüde farklıdır. Not: kuyruk hemen hemen tüm DNA floresan ile Kuyrukluyıldızlar genellikle &#39;dikenli&#39; kuyruklu olarak adlandırılır. Kirpi kuyrukluyıldızların attı edilmemelidir, ancak slayt puanlama sırasında tespit kirpi sayısı kaydedilir ve toplam kuyruklu bir yüzdesi olarak rapor edilmelidir. </li><li> En az 150 kuyrukluyıldız hücre / toplam örneği almak için organ / doku başına iki slaytlar okuma slayt başına en az 75 kuyrukluyıldızlar, analiz edin. Bir slayta hücrelerinin istenen sayısından sonra olmak vartr sonuç daha sonra veri analizi için bir tablo dosyası olarak kaydedilir, attı. </li></ol></li></ol> 7. Histopatolojisi Analizi <ol><li> Doku 21 kırparak ardından% 10 NBF 72 saat tespitin en az sonra, rutin işleme ve 22 orta bazlı parafin-balmumu örneklerinin sol lateral karaciğer lobu gömün. Bölüm numuneler, yaklaşık 5 mikron cam slaytlar üzerinde toplar. </li><li> hematoksilen &amp; eozin (H &amp; E) ile bölümleri Leke: <ol><li> boyama prosedürü öncesinde 2 saat için 60 ° C fırın içinde parafın doku kesitleriyle slaytlar ısıtın. </li><li> tarafını deparaffinize ksilen kullanın. Bir akan musluk suyu durulama için kademeli etanol (EtOH) ile slaytlar rehidrate. </li><li> 2 dakika ve 40 saniye hematoksilen 450 ml slaytlar yerleştirin. 4 saniye asit ile durulayın slaytlar (450 mi deiyonize edilmiş su, 2 ml buzlu asetik asit) 5 dakika akan musluk suyu ile durulanır, aşağıdaki. </li><li> kaydırdı yerleştirin2 dakika ve 30 saniye, ve 1 dakika boyunca% 70 EtOH durulama için musluk suyu durulama çalıştırarak ve ardından 2 dakika boyunca 1 ml amonyum hidroksit içeren 450 ml% 70 EtOH içinde es. </li><li> 3 dakika boyunca 4 mL buzlu asetik asit ihtiva eden 450 mi Eosin Y çözeltisi ile slaytlar inkübe edin. </li><li> kademeli EtOH ile slaytlar dehydrate. ksilen ile slaytlar (üç kez 1 dk) temizleyin ve kapak fişleri slaytlar yerleştirilir kadar ksilen slaytlar tutun. </li></ol></li><li> 1 (minimal), 2 (hafif), 3 (orta), ya da 4 olarak şiddeti ışık mikroskobu, kayıt bulguları ve sınıf non-neoplastik lezyonlar slaytlar inceleyin (işaretli). NOT:; hafif = 16-35%, orta = 36-60%; belirli bir lezyon için uygulanan şiddeti dereceli lezyonu olan karaciğerin nispi oranda (en az = &lt;% 1-15 dayanır ve işaretlenmiş = 61- % 100). </li></ol> 8. Veri analizi <ol><li> Hayvan istatistiki değerlendirmeler için deneysel birim olarak kabul edilir. DNA hasarı% DN olarak ifade edilirkuyruk A. </li><li> aşağıdaki gibi oksidatif DNA hasarı hesaplanır: Referans slaytlar (enzim yok tedavisi) arka plan DNA zincir kırıkları (SB) bir tahmin sağlar. NOT: Enzim-tedavi slaytlar bir zincir kırıkları ölçüsünü ve okside üsleri (SB + OX) sağlar. DNA hasarının bir fonksiyonu olarak kuyruk,% DNA için doğrusal bir doz cevap varsayarsak, SB + OX gelen SB çıkarma okside pirimidinler / değiştirilmiş pürin 23 DNA zincir kırıkları bir tahminini verir. </li><li> Araç kontrol ile tedavi edilen hayvanlarda tepkilerin ikili karşılaştırma için Dunnett testi tarafından takip tek yönlü ANOVA ile dozun bir fonksiyonu olarak kuyruk% DNA analiz edin. NOT: Tüm testler tek kuyruklu ve daha az 0.05 p değeri istatistiksel anlamlılık için kriter olarak ayarlanır. </li></ol>

<ol><li>Collins, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+comet+assay+for+DNA+damage+and+repair%3A+principles%2C+applications%2C+and+limitations%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The comet assay for DNA damage and repair: principles, applications, and limitations.</a> Mol Biotechnol. 26 (3), 249-261 (2004).</li>
<li>Olive, P. L., Banath, J. P., Durand, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+in+radiation-induced+DNA+damage+and+repair+in+tumor+and+normal+cells+measured+using+the+%27comet%27+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Radiat+Res%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity in radiation-induced DNA damage and repair in tumor and normal cells measured using the 'comet' assay.</a> Radiat Res. 122 (1), 86-94 (1990).</li>
<li>Guidance on Genotoxicity Testing and Data Interpretation for Pharmaceuticals Intended for Human Use S2(R1). ICH. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.ich.org/fileadmin/Public_Web_Site/ICH_Products/Guidelines/Safety/S2_R1/Step4/S2R1_Step4.pdf">http://www.ich.org/fileadmin/Public_Web_Site/ICH_Products/Guidelines/Safety/S2_R1/Step4/S2R1_Step4.pdf</a> (2011).</li>
<li>Committee, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scientific+opinion+on+genotoxicity+testing+strategies+applicable+to+food+and+feed+safety+assessment%5BTitle%5D)+AND+%22EFSA+Journal%22%5BJournal%5D)">Scientific opinion on genotoxicity testing strategies applicable to food and feed safety assessment.</a> EFSA Journal. 9 (9), 2379(2011).</li>
<li>Ding, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sex-specific+dose-response+analysis+of+genotoxicity+in+cyproterone+acetate-treated+F344+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat+Res+Genet+Toxicol+Environ+Mutagen%22%5BJournal%5D)">Sex-specific dose-response analysis of genotoxicity in cyproterone acetate-treated F344 rats.</a> Mutat Res Genet Toxicol Environ Mutagen. 774, 1-7 (2014).</li>
<li>Ding, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+genotoxicity+of+estragole+in+male+F344+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Mol+Mutagen%22%5BJournal%5D)">In vivo genotoxicity of estragole in male F344 rats.</a> Environ Mol Mutagen. 56 (4), 356-365 (2015).</li>
<li>Ding, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+genotoxicity+of+furan+in+F344+rats+at+cancer+bioassay+doses%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Appl+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">In vivo genotoxicity of furan in F344 rats at cancer bioassay doses.</a> Toxicol Appl Pharmacol. 261 (2), 164-171 (2012).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytotoxicity+and+genotoxicity+assessment+of+silver+nanoparticles+in+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22Nanotoxicology%22%5BJournal%5D)">Cytotoxicity and genotoxicity assessment of silver nanoparticles in mouse.</a> Nanotoxicology. 8 (suppl 1), 36-45 (2014).</li>
<li>Ding, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methyleugenol+genotoxicity+in+the+Fischer+344+rat+using+the+comet+assay+and+pathway-focused+gene+expression+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Sci%22%5BJournal%5D)">Methyleugenol genotoxicity in the Fischer 344 rat using the comet assay and pathway-focused gene expression profiling.</a> Toxicol Sci. 123 (1), 103-112 (2011).</li>
<li>Manjanatha, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotoxicity+of+doxorubicin+in+F344+rats+by+combining+the+comet+assay%2C+flow-cytometric+peripheral+blood+micronucleus+test%2C+and+pathway-focused+gene+expression+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Mol+Mutagen%22%5BJournal%5D)">Genotoxicity of doxorubicin in F344 rats by combining the comet assay, flow-cytometric peripheral blood micronucleus test, and pathway-focused gene expression profiling.</a> Environ Mol Mutagen. 55 (1), 24-34 (2014).</li>
<li>Smith, C. C., O'Donovan, M. R., Martin, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((hOGG1+recognizes+oxidative+damage+using+the+comet+assay+with+greater+specificity+than+FPG+or+ENDOIII%5BTitle%5D)+AND+%22Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">hOGG1 recognizes oxidative damage using the comet assay with greater specificity than FPG or ENDOIII.</a> Mutagenesis. 21 (3), 185-190 (2006).</li>
<li>Collins, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+oxidative+damage+to+DNA+and+its+repair+with+the+comet+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Measuring oxidative damage to DNA and its repair with the comet assay.</a> Biochim Biophys Acta. 1840 (2), 794-800 (2014).</li>
<li>Brendler-Schwaab, S., Hartmann, A., Pfuhler, S., Speit, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+in+vivo+comet+assay%3A+use+and+status+in+genotoxicity+testing%5BTitle%5D)+AND+%22Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">The in vivo comet assay: use and status in genotoxicity testing.</a> Mutagenesis. 20 (4), 245-254 (2005).</li>
<li>Hartmann, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recommendations+for+conducting+the+in+vivo+alkaline+Comet+assay.+4th+International+Comet+Assay+Workshop%5BTitle%5D)+AND+%22Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">Recommendations for conducting the in vivo alkaline Comet assay. 4th International Comet Assay Workshop.</a> Mutagenesis. 18, 45-51 (2003).</li>
<li>Collins, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigating+oxidative+DNA+damage+and+its+repair+using+the+comet+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat+Res%22%5BJournal%5D)">Investigating oxidative DNA damage and its repair using the comet assay.</a> Mutat Res. 681, 24-32 (2009).</li>
<li>Collins, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comet+assay+in+human+biomonitoring+studies%3A+reliability%2C+validation%2C+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Mol+Mutagen%22%5BJournal%5D)">Comet assay in human biomonitoring studies: reliability, validation, and applications.</a> Environ Mol Mutagen. 30 (2), 139-146 (1997).</li>
<li>Gutzkow, K. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+comet+assay+using+96+minigels%5BTitle%5D)+AND+%22Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">High-throughput comet assay using 96 minigels.</a> Mutagenesis. 28 (3), 333-340 (2013).</li>
<li>International Validation of The in vivo Rodent Alkaline Comet Assay For the Detection of Genotoxic Carcinogens. JaCVAM. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://cometassay.com/JaCVAM.pdf">http://cometassay.com/JaCVAM.pdf</a> (2009).</li>
<li>Test Guideline (TG) No. 489 In Vivo Mammalian Alkaline Comet Assay. OECD. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.oecd-ilibrary.org/environment/test-no-489-in-vivo-mammalian-alkaline-comet-assay_9789264224179-en;jsessionid=m5560j16hf1r.x-oecd-live-02">http://www.oecd-ilibrary.org/environment/test-no-489-in-vivo-mammalian-alkaline-comet-assay_9789264224179-en;jsessionid=m5560j16hf1r.x-oecd-live-02</a> (2014).</li>
<li>AVMA Guidelines for the Euthanasia of Animals: 2013 Edition. AVMA Panel on Euthanasia. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.avma.org/KB/Policies/Documents/euthanasia.pdf">https://www.avma.org/KB/Policies/Documents/euthanasia.pdf</a> (2013).</li>
<li>Ruehl-Fehlert, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revised+guides+for+organ+sampling+and+trimming+in+rats+and+mice--part+1%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Toxicol+Pathol%22%5BJournal%5D)">Revised guides for organ sampling and trimming in rats and mice--part 1.</a> Exp Toxicol Pathol. 55 (2-3), 91-106 (2003).</li>
<li>Carson, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Self-Instrumental+Text%5BTitle%5D)+AND+%22Histotechnology%22%5BJournal%5D)">A Self-Instrumental Text.</a> Histotechnology. , 25-37 (1996).</li>
<li>Dusinska, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((THE+COMET+ASSAY%2C+modified+for+detection+of+oxidised+bases+with+the+use+of+bacterial+repair+endonucleases%5BTitle%5D)+AND+%22Dusinska+Protocol+%5BInternet%5D%22%5BJournal%5D)">THE COMET ASSAY, modified for detection of oxidised bases with the use of bacterial repair endonucleases.</a> Dusinska Protocol [Internet]. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.cometassayindia.org/Dusinska-protocol.PDF">http://www.cometassayindia.org/Dusinska-protocol.PDF</a> (2000).</li>
<li>Schuppler, J., Gunzel, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Liver+tumors+and+steroid+hormones+in+rats+and+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Toxicol+Suppl%22%5BJournal%5D)">Liver tumors and steroid hormones in rats and mice.</a> Arch Toxicol Suppl. 2, 181-195 (1979).</li>
<li>Hobkirk, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Steroid+sulfotransferases+and+steroid+sulfate+sulfatases%3A+characteristics+and+biological+roles%5BTitle%5D)+AND+%22Can+J+Biochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Steroid sulfotransferases and steroid sulfate sulfatases: characteristics and biological roles.</a> Can J Biochem Cell Biol. 63 (11), 1127-1144 (1985).</li>
</ol>

Yazarların hiçbirinin çatışan çıkarları veya çatışan çıkarları yoktur. Bu materyallerdeki bilgiler, FDA tarafından resmi bir bilgi dağıtımı değildir ve ajansın konumunu veya politikasını temsil etmez.

Bu protokol, tek hücre düzeyinde sıçan karaciğer hem doğrudan ve oksidatif DNA hasarının eşzamanlı ölçümünü açıklamaktadır. Genel protokol (örneğin, DNA hasarı olmayan deney maddesinin tarafından değil, hayvan dokularının kullanım ve işleme neden) tek hücre ya da çekirdekler minimal işleme neden olduğu DNA hasarının izole edilebilir olan herhangi bir dokuya uygulanabilir. Araştırmamızda, biz kemik iliği 7,9, mide 6, böbrek 9, mesane 9, akciğer 9, kalp ...

alkali comet tahlil tek hücre düzeyinde DNA zincirinde kırılmalara ölçer. tek hücre süspansiyonları, bir mikroskop lamı üzerine agaroz gömülür ve hücrelerin DNA süper-döngüler içeren nükleotidler oluşturmak için lize edildi. anot doğru göç DNA serbest ipliklerini, iplikli sonları içeren DNA döngüler süperburulma kaybı pH&gt; 13 sonuçlara Elektroforez, floresan mikroskop ile görülebilir kuyruklu yıldız benzeri yapılar oluşturarak. Parçalanmış DNA, DNA kırılmasını 1 ölçmek için kullanılabilir fragmanının boyutu ve toplam yoğunluğu (ön ve arka) ile karşılaştırıldığında kuyruklu kuyruk nispi floresan göre &quot;kuyruk&quot; olarak kuyruklu &quot;kafa&quot; den göç 2. Tahlil, basit, duyarlı, çok yönlü, hızlı ve 1 nispeten ucuzdur. DNA&#39;ya hasar veren ajanlar tarafından neden parçalanmış DNA&#39;nın saptanması hücrelerde DNA hasarına miktarının belirlenmesi için bir tahlil veya kullanılmış gelen çekirdekler izole edilir Indivipotansiyel olarak genotoksik malzeme (ler) ile muamele edilmiş hayvanların, çift dokular. Avantajları nedeniyle, in vivo kuyrukluyıldız tahlil geçerli Uyumu Uluslararası Konferansı (ICH) 3 ve Avrupa Gıda Güvenliği Otoritesi ürün güvenliği değerlendirmeler yapılması için (in vivo mikronükleus testi ile eşleştirilmiş) ikinci in vivo genotoksisite deneyi (EFSA olarak tavsiye edilir ) 4 düzenleyici kurallar. Laboratuvarda, gıda maddeleri, ilaç, ve Nanomalzemelerin 5-10 tarafından uyarılan in vivo DNA hasarına değerlendirilmesinde tahlil istihdam var. Fare Karaciğer Bu protokolde bir örnek olarak kullanılmıştır, ancak kuyruklu deney, deney hayvanlarının diğer dokular / organ sürece dokusundan izole edilebilir bozulmamış tek hücreler ile gerçekleştirilebilir. DNA hasarının bazı türleri temel alkali kuyrukluyıldız tahlil değiştirmeden, DNA zincir kırıkları olarak tespit etmek zordur. oksidatif DNA hasarı durumunda, iplik breaks örneğin 8-OxoGuanine (8-oxoGua) ve metil-fapy-guanin 11&#39;de sonları oluşturur insan 8-OxoGuanine-DNA-N-glikosilaz 1 (hOGG1 gibi tamir enzimleri ile sindirme ile DNA oksidatif lezyonlar oluşturulabilir. Ayrıca, Endonükleaz III (Endo III) okside pirimidinlerin 1 ağırlıklı olarak sonları oluşturur. bu nedenle, bir enzim-sindirim adımı eklenmesi çalışma, canlılar üzerinde 12 oksidatif DNA hasarı ölçmek için özel ve hassas bir yöntem sağlar. bu deneyler kullanarak, gösterdiğimiz sıçan ve fareler 6-8 karaciğer ve sıçanların 10 kalbinde toxicant yol açtığı oksidatif DNA hasarı. In vitro hassas tarafından tanımlanan genotoxins in vivo deneyinde takip 3,13 testleri gibi 1), 2) çok sayıda dokuda ksenobiyotik kaynaklı DNA hasarının mekanizmasını için: alkali Comet deney genetik toksikoloji ve insan Biyomonitorlama bir çok uygulama alanı vardır 14, 3) araştırmak içinkanserojen, 4), 5) İnsan hastalıkları ve mesleki maruz kalmayı 16 araştırmak ve DNA hasarı tamir 15 değerlendirmek için bir genotoksik ya da eylem olmayan bir genotoksik modu (MOA) 7 kullanarak çalışır 6) için potansiyel yüksek verimli bir tarama deneyinde olarak organ-spesifik genotoksisite 17.

<table><tbody><tr><td>Lameller (No. 1, 24 x 50 mm)&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>12-544-14</td><td></td></tr><tr><td>Mikroskop Slaytları</td><td>Fisher</td><td>12-550-123</td><td></td></tr><tr><td>Dimetilsülfoksit (DMSO)&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>67-68-5</td><td></td></tr><tr><td>EDTA, Disodyum</td><td>Fisher</td><td>BP120-1</td><td></td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu tuzlu su</td><td>Fisher</td><td>ICN1860454</td><td></td></tr><tr><td>1x Hanks Dengeli Tuz Çözeltisi (HBSS) (Ca 2 + , Mg 2 + ücretsiz)</td><td>HyClone</td><td>SH30588.02</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Fisher</td><td>BP310-1</td><td></td></tr><tr><td>Düşük Erime Noktalı Agaroz ( LMP)</td><td>Lonza</td><td>50081</td><td>NuSieve GTG Agaroz</td></tr><tr><td>Normal Eriyen Agaroz (NMA)&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>BP1356-100</td><td></td></tr><tr><td>pH testi kağıt şeritleri (pH 7.5-14)</td><td>Fisher</td><td>M95873</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum Klorid</td><td>Fisher</td><td>7447-40-7</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum Hidroksit</td><td>Fisher</td><td>1310-58-3</td><td></td></tr><tr><td>slayt etiketleri (0,94 x 0,5 inç)</td><td>Fisher</td><td>NC9822036</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Klorür (NaCl)&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>7647-14-5</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Hidroksit (NaOH)&nbsp;</td><td>Balıkçı</td><td>1310-73-2</td><td></td></tr><tr><td>SYBR ve ticaret; Altın&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>9002-93-1</td><td></td></tr><tr><td>Trizma Tabanı&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>77-86-1</td><td></td></tr><tr><td>2.0 ml mikrosantrifüj tüpleri</td><td>Fisher</td><td>05-402-6</td><td></td></tr><tr><td>Hücre süzgeci (40 & mikro; m)</td> <td>Fisher</td><td>22363547</td><td></td></tr><tr><td>Endonükleaz III (N.)&nbsp;</td><td>New England Biolabs</td><td>M0268S</td><td>Seyreltme 1:1.000</td></tr><tr><td>hOGG1&nbsp;</td><td>New England Biolabs</td><td>M0241S</td><td>Seyreltme 1:1.000</td></tr></tbody></table>

sıçan karaciğer dna strand breaks ve oksidatif dna hasar Ölçüm vivo alkali comet assay ve enzim-modifiye alkali comet tahlili

In Vivo Alkaline Comet Assay and Enzyme-modified Alkaline Comet Assay for Measuring DNA Strand Breaks and Oxidative DNA Damage in Rat Liver

Onarılmamış DNA hasarı genetik dengesizliğe yol açabilir ve bu da kanser gelişimini artırabilir. Bu nedenle, DNA'ya zarar verme potansiyeli olan ajanların belirlenmesi halk sağlığının korunması açısından önemlidir. İplik kopmaları olarak DNA hasarını tespit eden in vivo alkali kuyruklu yıldız testi, yanıtları kimyasalların in vivo absorpsiyonu, doku dağılımı, metabolizması ve atılımını (ADME) ve ayrıca DNA onarım sürecini yansıttığı için özellikle ksenobiyotiklerin genotoksik tehlikelerini değerlendirmek için önemlidir. Diğer in vivo DNA hasar tahlilleriyle karşılaştırıldığında, tahlil hızlı, hassas, görsel ve ucuzdur ve oksidatif DNA hasarını spesifik onarım enzimleri kullanarak iplik kırılmalarına dönüştürerek, tahlil oksidatif DNA hasarını verimli ve nispeten artefaktsız bir şekilde ölçebilir. Kuyruklu yıldız tahlili ile DNA hasarının ölçümü, hem akut hem de subkronik toksikoloji çalışma tasarımları kullanılarak gerçekleştirilebilir ve kuyruklu yıldız tahlilini diğer toksikolojik değerlendirmelerle entegre ederek, tahlil, hayvan kaynaklarından maksimum düzeyde yararlanarak hayvan refahı gereksinimlerini ele alır. Tahlillerin bir diğer önemli avantajı, sadece az miktarda hücreye ihtiyaç duymaları ve hücrelerin çoğalan hücre popülasyonlarından türetilmesi gerekmemesidir. Tahliller, klinik veya mesleki olarak maruz kalan bireylerden elde edilen çeşitli insan örnekleriyle de gerçekleştirilebilir.

In vivo olarak, alkalin Comet deney siproteron asetat (CPA) 5 ile muamele edilmiş sıçanların karaciğer doğrudan ve oksidatif DNA hasarı, hem ölçmek için bir enzim ile modifiye edilmiş Comet yöntemi ile bağlantılı olarak yapılmıştır. EBM ile, cinsiyete spesifik bir şekilde sıçan karaciğer tümörleri neden olmaktadır sentetik hormon ilaçtır kadınlarda 24 ile karşılaştırıldığında erkek sıçanlarda karaciğer tümörlerinin indüklemek için gerekli olan yüksek dozlar...

Alkali kuyruklu yıldız testi, ökaryotik hücrelerde DNA ipliği kırılmalarını ölçer. Bir Endonükleaz III veya insan 8-oksoguanin-DNA-N-glikosilaz sindirim adımı ekleyerek, test oksidatif DNA hasarını etkili bir şekilde tespit edebilir. Sıçan karaciğerinde DNA hasarını tespit etmek için bu tahlilleri kullanma yöntemlerini açıklıyoruz.

Sıçan Karaciğer DNA Strand Breaks ve Oksidatif DNA Hasar Ölçüm Vivo Alkali Comet Assay ve Enzim-modifiye Alkali Comet Tahlili

Unrepaired DNA damage can lead to genetic instability, which in turn may enhance cancer development. Therefore, identifying potential DNA damaging agents ...

In vivo alkali comet deneyi ve enzimle modifiye alkali comet deneyinin genel amacı, tek hücre düzeyinde doğrudan ve oksidatif DNA hasarını eş zamanlı olarak ölçmektir. Bu yöntem, ilk olarak FDA tarafından düzenlenen ürünlerin güvenlik analizi için düzenleyici bir araç olarak önerilmiştir. Düzenleyici güvenlik değerlendirmesinden moleküler epidemiyolojiye ve temel kanser araştırmalarına kadar uzanan alanlardaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir.Bu teknik hassas ve çok yönlü olmasının yanı sıra nispeten düşük maliyetlidir. Hemen hemen her hayvan dokusunda DNA hasarını tespit edebilme kapasitesine sahiptir. Genel olarak, bu yöntemi bilen kişiler, çeşitli dokulardan hızlı bir şekilde tek hücre süspansiyonları hazırlamanın zor olabileceğini ve bunun bir güçlük teşkil edebileceğini bilirler.Bu yöntemin görsel gösterimi kritik öneme sahiptir çünkü yöntem, bilimle birlikte belirli bir ustalık da gerektirmektedir. Metin protokolüne uygun olarak sıçanları karbondioksit gazı ile ötanize ettikten sonra, kalp atışının olmadığını doğrulamak için palpasyon yapın ve uzvunu geri çekmediğini onaylamak için ayak parmaklarını sıkın. Cildi dezenfekte etmek için etanol kullanın, ardından sağlam karaciğeri çıkarmadan önce abdominal kaviteyi açmak için cerrahi makas kullanın.Makas yardımıyla sol lateral lobu organın geri kalanından ayırın ve bir kesme tahtasına yerleştirin. Ardından, tek kullanımlık tek ağızlı bir jilet kullanarak yan yana iki adet 3 ila 4 milimetre kalınlığında transvers kesit alın. Transvers kesitlerden birini filtre kağıdına, ardından %10 nötral tamponlu formalin veya NBF içerisine yerleştirin.İkinci karaciğer kesitini, altı santimetrelik bir petri kabındaki beş mililitre buz gibi soğuk doğrama tamponuna yerleştirin ve kalıntı kanı temizlemek için üç kez durulayın. Ardından, karaciğer kesitini bir mililitre buz gibi soğuk doğrama tamponu içeren yeni bir iki mililitrelik santrifüj tüpüne aktarın. Hücrelerin salınması için kesiti ince makasla doğrayın, ardından doku topaklarını uzaklaştırmak için hücre süspansiyonunu 40 mikrometrelik bir hücre süzgecinden geçirin.Tek hücre süspansiyonunu buz üzerine yerleştirin ve bir hemositometre kullanarak konsantrasyonun yaklaşık iki çarpı 10⁶ hücre/mL olduğunu doğrulayın. Komet lamlarını hazırlamak için, bir birim tek hücre süspansiyonunu 10 birim erimiş 37 °C 0.5% düşük erime noktalı agaroz çözeltisi ile karıştırın. 100 µL'yi derhal önceden hazırlanmış agaroz kaplı bir lama pipetleyin ve agaroz hücre karışımını örtmek için bir lamel kullanın.Slaytları düz bir şekilde yerleştirin ve 4 °C'de 30 dakika boyunca soğutun. Jel katılaştıktan sonra, lamelleri nazikçe kaldırın ve slaytları önceden soğutulmuş lizis tamponuna daldırın. Karanlıkta, 4 °C'de bir saatten bir geceye kadar inkübe edin.İnkübasyonun ardından, her doku örneği için hazırlanan sekiz lamdan altısını liz tamponundan çıkarın ve oda sıcaklığındaki enzim tamponunu kullanarak bunları her biri beş dakika sürecek şekilde üç kez durulayın. Ardından, fazla çözeltiyi kurulamak için mendil kullanın. Sonrasında, hOGG1 ve Endo III enzim stoklarını enzim tamponu ile binde bire seyrelterek buz üzerine yerleştirin.Lamları nemlendirilmiş kağıt havlu serilmiş petri plaklarına yerleştirin, ardından her bir uygulama grubundaki lamlara aşağıdaki çözeltilerden 200 microliters uygulayın. İki lama sadece enzim tamponu, iki lama hOGG1 çözeltisi ve iki lama Endo III çözeltisi ekleyin ve lamları kapatmak için Parafilm kullanın. Ardından lamları 37 degrees Celsius'ye yerleştirerek Endo III uygulanmış ve referans lamları 45 dakika, hOGG1 uygulanmış lamları ise 30 dakika inkübe edin.İnkübasyonun ardından lamları süzün ve referans lamlar için kalıntı deterjan ile tuzları uzaklaştırmak amacıyla soğuk nötralizasyon tamponu kullanın. Ardından, enzimle işlem görmüş lamları durulamak için distile su kullanın. Lamları, arada boşluk bırakmayacak şekilde rastgele olarak yatay bir jel elektroforez tankına yerleştirin.Ardından, kabarcık oluşumundan kaçınarak, lamları yeni saja örtene kadar tanka taze hazırlanmış elektroforez tamponu ekleyin. Güç kaynağını santimetre başına 0,7 volt değerine ayarlayın ve DNA'nın çözülmesini ve alkaliye duyarlı hasarların belirginleşmesini sağlamak için lamları alkali tamponu içerisinde 20 dakika inkübe edin. Lamların yerleşimini, tampon sıcaklığını ve akımı kaydedin.Çözülme için yapılan inkübasyonun ardından, elektroforez tankını dört santigrat dereceye yerleştirin. Ardından güç kaynağındaki Çalıştır (Run) düğmesine basın ve gerekirse, tampon çözelti seviyesini lamların hemen üzerinde tutarak yükseltip alçaltarak akımı 300 miliampere ayarlayın. Örnekleri 20 dakika boyunca çalıştırın ve ardından lam yerleşimini, tampon çözeltinin sıcaklığını ve akımı tekrar kaydedin.Elektroforezin ardından lamları tanktan nazikçe çıkarın ve fazla alkaliyi nötralize etmek için bir nötralizasyon tamponuna daldırın. Ardından lamları süzün ve nötralizasyon işlemini iki kez daha tekrarlayın. Lamları soğuk %100 etanol ile beş dakika boyunca sabitleyin.Slaytların havada kurumasına izin verin ve kuru bir ortamda saklayın. DNA'yı boyamak için slaytları karton veya metal bir tepsiye yerleştirin ve her bir slayta 200 microliters nükleik asit floresan boya çalışma çözeltisi ekledikten sonra üzerini lamel ile kapatın. Slaytları ışıktan koruyun ve en az 30 dakika inkübe edin.Ardından lamları okumak için, lam camını yerinden oynatmamaya dikkat ederek fazla boyama çözeltisini nazikçe emdirerek temizleyin. Sonra, komet lamını video kamerayla donatılmış bir floresan mikroskobun tablasına yerleştirin ve hücre içeren rastgele bir alan seçin. Komet analiz yazılımını açtıktan sonra fareyi kullanarak bir hücre seçin ve ardından hücrenin komet başının merkezine sol tıklayın.Yazılım, hücre için parametreleri hesaplayacak ve bir veri dosyasına ekleyecektir. Mevcut alandaki tüm hücreler puanlandığında, başka bir alana geçin ve görünen uygun her bir kuyruklu yıldız hücresini tarafsız bir şekilde puanlamayı tekrarlayın. Lam başına 10 rastgele alanı ve en az 75 kuyruklu yıldızı puanlayın.Son olarak, verileri daha sonraki analizler için bir hesap tablosuna kaydedin. Daha önce bildirildiği üzere, CPA, sıçanlarda karaciğer tümörlerini cinsiyete özgü bir şekilde indükleyen sentetik bir hormonal ilaçtır; erkek sıçanlarda karaciğer tümörlerini indüklemek için dişilere kıyasla beş kat daha yüksek dozlar gerekmektedir. Burada gösterildiği gibi, in vivo alkali komet analizi ve enzimle modifiye edilmiş komet analizi, erkek karaciğerlerinde DNA hasarında anlamlı bir artış indüklemek için dişilere kıyasla beş kat daha yüksek CPA dozunun gerekli olduğunu kanıtlamıştır.Hidroksisteroid sülfotransferaz veya HST, yetişkin dişi sıçanlarda yetişkin erkeklere kıyasla 15 kat daha yüksek seviyelerde eksprese edilir. HST metabolizması, CPA'nın DNA'ya bağlanan metabolitlere aktivasyonunda hız belirleyici bir basamaktır. Burada görüldüğü üzere, CPA kaynaklı oksidatif DNA hasarı, erkek sıçan karaciğerlerinde genel olarak dişi sıçanlara göre daha fazlaydı ve bu nedenle erkek sıçanlarda tümör oluşumunda hız belirleyici olma olasılığı daha düşüktü.Bu tablolarda bildirildiği üzere, CPA ile işlem görmüş sıçanların karaciğerlerinin histopatolojik değerlendirmesi, madde kaynaklı apoptozis veya nekroz kanıtı göstermemiş olup, pozitif komet analizi sonuçlarının sitotoksisitenin ikincil bir etkisi olmadığına dair önceki sonuçları doğrulamıştır. Bu prosedür uygulanırken, tek hücre süspansiyonunun toplanması ve komet analizi lamlarının mümkün olan en kısa sürede hazırlanması önemlidir. Geliştirilmesinin ardından bu teknik, genetik toksikoloji alanındaki araştırmacıların DNA hasarını ve onarımını hemen hemen her hayvan dokusunda ve aynı zamanda insan örneklerinde nicel olarak incelemelerinin önünü açmıştır.Bu videoyu izledikten sonra, hayvan dokularındaki tek hücre düzeyinde hem ratların posts seviyelerini hem de oksidatif DNA hasarını eş zamanlı olarak ölçmek için in vivo alkali comet analizini, enzim modifiyeli comet analizi ile birlikte nasıl kullanacağınız konusunda daha iyi bir anlayış geliştirmenizi umuyoruz. Lütfen DNA hasarı reaktifleri ile çalışmanın son derece tehlikeli olabileceğini unutmayın. Bu prosedürleri uygularken lütfen her zaman kişisel koruyucu donanım kullanın.

in-vivo-alkaline-comet-assay-enzyme-modified-alkaline-comet-assay-for

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu videoda, doksorubisin ile tedavi edilen hücrelerde hem tek hem de çift sarmallı DNA kırılmalarını ölçmek için bir alkalin tek hücreli elektroforez testi gösteriyoruz. Alkali koşullar, DNA baz çiftleri arasındaki hidrojen bağlarını bozarak DNA ipliklerinin tamamen çözülmesine ve ayrılmasına neden olur. Bu, elektroforez üzerine agaroz jel içindeki hasarsız ve hasarlı DNA fragmanlarının diferansiyel göçüne izin vererek, dairesel kuyruklu yıldız kafasını oluşturan yavaşça göç eden hasarsız...

Alkali Tek Hücreli Jel Elektroforezi: Kemoterapiyi Takiben Bireysel Kanser Hücrelerinde DNA Hasarının Kantitatif Tahmini için Hassas Bir Teknik

Video, zararlı ajanlara maruz kaldıktan sonra DNA hasarını tespit etmek için kuyruklu yıldız testini göstermektedir. Alkali koşullar altında, DNA gevşer ve denatüre olur ve elektroforez üzerine, hasar görmemiş ve hasar görmüş DNA, agaroz jeli içinde farklı şekilde göç ederek kuyruklu yıldız şeklinde bir yapı oluşturur. Yavaş göç eden hasarsız DNA, dairesel kuyruklu yıldız kafasını oluştururken, hızla göç eden hasarlı DNA parçaları, uzun kuyruklu yıldız kuyruğunu oluşturur.

Hücrelerde DNA Hasarı Tespiti için Comet Deneyi

Comet assay alkali labil siteleri ve hipokampal nöronlar da dahil olmak üzere tüm hücrelerde DNA üzerinde DNA-DNA/DNA-protein çapraz bağlantılar dahil tek ve çift zincir kırıkları, tespit etmenin en etkin yoludur. Yöntem DNA hasar miktarının farklılıklara bağlı olarak, bir elektrik alanı içinde DNA diferansiyel göç yararlanır.

Comet Assay kullanma Hipokampal Nöronlar DNA Hasarı assaying

Biz burada görülmemiş verimlilik ile DNA hasarı kuyrukluyıldız tahlil tespiti sağlayan bir platform açıklar. Cihaz desenler mikroarreylerinin içine memeli hücreleri ve 96 örneklerinin paralel işleme sağlar. Yaklaşımı temel düzeyde DNA hasarı, pozlama kaynaklı DNA hasarı ve DNA onarım kinetik analizini kolaylaştırır.

CometChip: İnsan Microarrayed hücrelerde DNA hasarına ölçülmesi için bir Yüksek verim 96 Oyuklu Platformu

Comet tahlil farklı faktörler tarafından uyarılan DNA kırılmaları, ölçer. DNA hasarına yol açan (oksidatif stres hariç) tüm faktörler sabit tutulması durumunda, DNA hasar miktarı oksidatif strese iyi bir dolaylı bir parametredir. Bu protokolün amacı, oksidatif stresin dolaylı ölçümü için kuyruklu yıldız tahlil kullanmaktır.

Sistemik Oksidatif Stresin bir Dolaylı Tedbir olarak Comet Assay

Fare dalak lenfositlerinde kronik in vivo düşük doz ışınlamanın neden olabileceği DNA hasar seviyelerindeki ve DNA onarım kapasitesindeki değişiklikleri, DNA çift sarmallı kırılmaların bir belirteci olan fosforile histon H2AX'i ölçerek, akış sitometrisi kullanarak değerlendirmek için bir protokol sunulmaktadır.

Kronik sonra fare dalak DNA hasar ve Onarım Ölçme<em&gt; In Vivo</em&gt; Beta ve gamma-Radyasyonun Çok Düşük Doz Maruz Kalma

Kuyruklu yıldız tahlil tek ve çift iplikçikli DNA içeren DNA hasarı tatili algılamak için verimli bir yöntemdir. Kemoterapi tedavi edici etkisini değerlendirmek için kanser hücrelerinin DNA hasarı ölçmek için alkali ve tarafsız kuyruklu yıldız deneyleri tarif.

Vitro DNA hasarı kuyruklu yıldız tahlil kullanarak değerlendirmek

Bu protokol, DNA hasarı değerlendirmek için kuyruklu yıldız testinde kullanılmak üzere nekropsi sırasında yüksek kaliteli dondurulmuş doku örnekleri hazırlamak için çeşitli prosedürler açıklar: 1) kıyılmış doku, 2) gastrointestinal sistemden kazınmış epitel hücreleri, ve 3) küp doku bir doku kıyma cihazı kullanarak homojenizasyon gerektiren örnekler.

DNA Hasarının Değerlendirilmesinde Kuyruklu Yıldız Testinde Donmuş Dokunun Kullanımı

Burada, lezyon indüksiyonundan sonra DNA'nın kopyalanmasında tek sarmallı DNA boşluklarını araştırmak için DNA lif testinin iki modifikasyonunu açıklıyoruz. S1 fiber testi, ssDNA'ya özgü S1 endonükleazı kullanarak replikatif sonrası boşlukların tespit edilmesini sağlarken, boşluk doldurma testi, boşluk onarımının görselleştirilmesine ve nicelleştirilmesine izin verir.

DNA Fiber Testi Kullanılarak İnsan Hücrelerinde Replikasyon Sonrası Boşlukların Birikmesi ve Onarımının Tespiti

Kuyruklu yıldız tahlili, DNA hasarını tespit etmenin popüler bir yoludur. Bu çalışma, kuyruklu yıldız testinin temsili varyantlarında slaytları çalıştırmaya yönelik bir yaklaşımı açıklamaktadır. Bu yaklaşım, numune sayısını önemli ölçüde artırırken, tahlil çalışma süresini, slayt manipülasyonlarının sayısını ve jellere zarar verme riskini azalttı.

Hücresel DNA Hasarını Değerlendirmek için Yüksek Verimli Bir Kuyruklu Yıldız Testi Yaklaşımı

Keşfedin sıçan karaciğerde DNA strand kırıkları ve oksidatif DNA hasarını ölçme yöntemini. Alkali comet assay ve enzim modifiye versiyonu ile tek hücre düzeyinde hasar tespiti yapın.

Sıçan Karaciğer DNA Strand Breaks ve Oksidatif DNA Hasar Ölçüm Vivo Alkali Comet Assay ve Enzim-modifiye Alkali Comet Tahlili

Daha fazla video keşfet