Name: Glycan Düğüm Analizi: Glikomik A Aşağıdan yukarı Yaklaşım (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-05-22T15:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 36 s
Description: Öğrenin glikan düğüm analizi yöntemini biyolojik örneklerde glikomik A aşağıdan yukarı yaklaşımı kullanarak. Bu teknik, hastalık durumlarında değiştirilen glikan özelliklerini tek analitik sinyallere ayırarak erken kanser tespitine yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, Arizona Eyalet Üniversitesi Liberal Sanatlar ve Bilimler Koleji tarafından CRB'ye laboratuvar başlangıç fonları şeklinde desteklenmiştir. Ayrıca Flinn Vakfı'ndan (Hibe No. 1977) ve Ulusal Sağlık Enstitüleri Ulusal Kanser Enstitüsü tarafından R33CA191110 Numaralı Ödül kapsamında bir hibe ile desteklenmiştir. JA, Ulusal Sağlık Enstitüleri Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü (PREP) tarafından R25GM071798 numaralı ödülle desteklenmiştir. İçerik yalnızca yazarların sorumluluğundadır ve Ulusal Sağlık Enstitüleri'nin resmi görüşlerini temsil etmek zorunda değildir.

<ol><li>Li, M., Song, L., Qin, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycan+changes%3A+cancer+metastasis+and+anti-cancer+vaccines%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Glycan changes: cancer metastasis and anti-cancer vaccines.</a> J Biosciences. 35 (4), 665-673 (2010).</li>
<li>Stanley, P., Schachter, H., Taniguchi, N. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStanley%2C+P+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 8: N-Glycans(2009).</li>
<li>Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+frequency+of+protein+glycosylation%2C+as+deduced+from+analysis+of+the+SWISS-PROT+database%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database.</a> Biochim Biophys Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).</li>
<li>Brockhausen, I., Schachter, H., Stanley, P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBrockhausen%2C+I+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 9: O-GalNAc Glycans (2009).</li>
<li>Rini, J., Esko, J., Varki, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aRini%2C+J+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 5: Glycosyltransferases and Glycan-processing Enzymes (2009).</li>
<li>Gercel-Taylor, C., Bazzett, L. B., Taylor, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presence+of+aberrant+tumor-reactive+immunoglobulins+in+the+circulation+of+patients+with+ovarian+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gynecol+Oncol%22%5BJournal%5D)">Presence of aberrant tumor-reactive immunoglobulins in the circulation of patients with ovarian cancer.</a> Gynecol Oncol. 81 (1), 71-76 (2001).</li>
<li>An, H. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+glycans+in+serum+for+the+discovery+of+potential+biomarkers+for+ovarian+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Profiling of glycans in serum for the discovery of potential biomarkers for ovarian cancer.</a> J Proteome Res. 5 (7), 1626-1635 (2006).</li>
<li>Kanoh, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+serum+IgG+oligosaccharide+chains+with+prostate+cancer+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Anticancer+Res%22%5BJournal%5D)">Changes in serum IgG oligosaccharide chains with prostate cancer progression.</a> Anticancer Res. 24 (5B), 3135-3139 (2004).</li>
<li>Kyselova, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+in+the+serum+glycome+due+to+metastatic+prostate+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Alterations in the serum glycome due to metastatic prostate cancer.</a> J Proteome Res. 6 (5), 1822-1832 (2007).</li>
<li>Okuyama, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fucosylated+haptoglobin+is+a+novel+marker+for+pancreatic+cancer%3A+a+detailed+analysis+of+the+oligosaccharide+structure+and+a+possible+mechanism+for+fucosylation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Cancer%22%5BJournal%5D)">Fucosylated haptoglobin is a novel marker for pancreatic cancer: a detailed analysis of the oligosaccharide structure and a possible mechanism for fucosylation.</a> Int J Cancer. 118 (11), 2803-2808 (2006).</li>
<li>Zhao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoprotein+microarrays+with+multi-lectin+detection%3A+unique+lectin+binding+patterns+as+a+tool+for+classifying+normal%2C+chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer+sera%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Glycoprotein microarrays with multi-lectin detection: unique lectin binding patterns as a tool for classifying normal, chronic pancreatitis and pancreatic cancer sera.</a> J Proteome Res. 6 (5), 1864-1874 (2007).</li>
<li>Comunale, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+analysis+of+serum+associated+fucosylated+glycoproteins+in+the+development+of+primary+hepatocellular+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Proteomic analysis of serum associated fucosylated glycoproteins in the development of primary hepatocellular carcinoma.</a> J Proteome Res. 5 (2), 308-315 (2006).</li>
<li>Goldman, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+Hepatocellular+Carcinoma+Using+Glycomic+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Detection of Hepatocellular Carcinoma Using Glycomic Analysis.</a> Clin Cancer Res. 15 (5), 1808-1813 (2009).</li>
<li>Aurer, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+glycosylation+of+Igg+heavy+chain+in+multiple+myeloma%5BTitle%5D)+AND+%22Coll+Antropol%22%5BJournal%5D)">Aberrant glycosylation of Igg heavy chain in multiple myeloma.</a> Coll Antropol. 31 (1), 247-251 (2007).</li>
<li>Abd Hamid, U. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+strategy+to+reveal+potential+glycan+markers+from+serum+glycoproteins+associated+with+breast+cancer+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">A strategy to reveal potential glycan markers from serum glycoproteins associated with breast cancer progression.</a> Glycobiology. 18 (12), 1105-1118 (2008).</li>
<li>Kyselova, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer+diagnosis+and+prognosis+through+quantitative+measurements+of+serum+glycan+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chem%22%5BJournal%5D)">Breast cancer diagnosis and prognosis through quantitative measurements of serum glycan profiles.</a> Clin Chem. 54 (7), 1166-1175 (2008).</li>
<li>Hongsachart, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoproteomic+analysis+of+WGA-bound+glycoprotein+biomarkers+in+sera+from+patients+with+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Glycoproteomic analysis of WGA-bound glycoprotein biomarkers in sera from patients with lung adenocarcinoma.</a> Electrophoresis. 30 (7), 1206-1220 (2009).</li>
<li>Arnold, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+glycan+biomarkers+for+the+detection+of+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Novel glycan biomarkers for the detection of lung cancer.</a> J Proteome Res. 10 (4), 1755-1764 (2011).</li>
<li>Bones, J., Mittermayr, S., O'Donoghue, N., Guttman, A., Rudd, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra+performance+liquid+chromatographic+profiling+of+serum+N-glycans+for+fast+and+efficient+identification+of+cancer+associated+alterations+in+glycosylation%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Ultra performance liquid chromatographic profiling of serum N-glycans for fast and efficient identification of cancer associated alterations in glycosylation.</a> Anal Chem. 82 (24), 10208-10215 (2010).</li>
<li>Kodar, K., Stadlmann, J., Klaamas, K., Sergeyev, B., Kurtenkov, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immunoglobulin+G+Fc+N-glycan+profiling+in+patients+with+gastric+cancer+by+LC-ESI-MS%3A+relation+to+tumor+progression+and+survival%5BTitle%5D)+AND+%22Glycoconj+J%22%5BJournal%5D)">Immunoglobulin G Fc N-glycan profiling in patients with gastric cancer by LC-ESI-MS: relation to tumor progression and survival.</a> Glycoconj J. 29 (1), 57-66 (2012).</li>
<li>Chen, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+IgG+Fc-glycosylation+profiling+reveals+associations+with+age%2C+sex%2C+female+sex+hormones+and+thyroid+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Human IgG Fc-glycosylation profiling reveals associations with age, sex, female sex hormones and thyroid cancer.</a> J Proteomics. 75 (10), 2824-2834 (2012).</li>
<li>Takeda, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fucosylated+haptoglobin+is+a+novel+type+of+cancer+biomarker+linked+to+the+prognosis+after+an+operation+in+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer%22%5BJournal%5D)">Fucosylated haptoglobin is a novel type of cancer biomarker linked to the prognosis after an operation in colorectal cancer.</a> Cancer. 118 (12), 3036-3043 (2012).</li>
<li>Parekh, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Association+of+rheumatoid+arthritis+and+primary+osteoarthritis+with+changes+in+the+glycosylation+pattern+of+total+serum+IgG%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Association of rheumatoid arthritis and primary osteoarthritis with changes in the glycosylation pattern of total serum IgG.</a> Nature. 316 (6027), 452-457 (1985).</li>
<li>Mehta, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+levels+of+galactose-deficient+anti-Gal+immunoglobulin+G+in+the+sera+of+hepatitis+C+virus-infected+individuals+with+fibrosis+and+cirrhosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Increased levels of galactose-deficient anti-Gal immunoglobulin G in the sera of hepatitis C virus-infected individuals with fibrosis and cirrhosis.</a> J Virol. 82 (3), 1259-1270 (2008).</li>
<li>Horvat, T., Zoldoš, V., Lauc, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutional+and+clinical+implications+of+the+epigenetic+regulation+of+protein+glycosylation%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Epigenetics%22%5BJournal%5D)">Evolutional and clinical implications of the epigenetic regulation of protein glycosylation.</a> Clinical Epigenetics. 2 (2), 425-432 (2011).</li>
<li>Zoldoš, V., Novokmet, M., Bečeheli, I., Lauc, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics+and+epigenomics+of+the+human+glycome%5BTitle%5D)+AND+%22Glycoconj+J%22%5BJournal%5D)">Genomics and epigenomics of the human glycome.</a> Glycoconj J. 30 (1), 41-50 (2013).</li>
<li>Lowe, J. B., Marth, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genetic+approach+to+Mammalian+glycan+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">A genetic approach to Mammalian glycan function.</a> Annu Rev Biochem. 72, 643-691 (2003).</li>
<li>Tuccillo, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+Glycosylation+as+Biomarker+for+Cancer%3A+Focus+on+CD43%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Aberrant Glycosylation as Biomarker for Cancer: Focus on CD43.</a> Biomed Res Int. , (2014).</li>
<li>Varki, A., Kannagi, R., Toole, B. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aVarki%2C+A+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 44: Glycosylation Changes in Cancer (2009).</li>
<li>Brockhausen, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans+in+human+colon+and+breast+cancer%3A+glycodynamics+and+functions%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+reports%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans in human colon and breast cancer: glycodynamics and functions.</a> EMBO reports. 7 (6), 599-604 (2006).</li>
<li>Ohtsubo, K., Marth, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycosylation+in+cellular+mechanisms+of+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Glycosylation in cellular mechanisms of health and disease.</a> Cell. 126 (5), 855-867 (2006).</li>
<li>Bertozzi, C. R., Sasisekharan, R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBertozzi%2C+CR+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch 48 Glycomics (2009).</li>
<li>Borges, C. R., Rehder, D. S., Boffetta, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+surrogate+analysis+of+glycotransferase+activity+in+whole+biospecimens%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Multiplexed surrogate analysis of glycotransferase activity in whole biospecimens.</a> Anal Chem. 85 (5), 2927-2936 (2013).</li>
<li>Mcinnes, A. G., Ball, D. H., Cooper, F. P., Bishop, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+of+Carbohydrate+Derivatives+by+Gas-Liquid+Partition+Chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr%22%5BJournal%5D)">Separation of Carbohydrate Derivatives by Gas-Liquid Partition Chromatography.</a> J Chromatogr. 1 (6), 556-557 (1958).</li>
<li>Ciucanu, I., Caprita, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Per-O-methylation+of+neutral+carbohydrates+directly+from+aqueous+samples+for+gas+chromatography+and+mass+spectrometry+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Per-O-methylation of neutral carbohydrates directly from aqueous samples for gas chromatography and mass spectrometry analysis.</a> Anal Chim Acta. 585 (1), 81-85 (2007).</li>
<li>Ciucanu, I., Kerek, F. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/0008621584852428">A simple and rapid method for the permethylation of carbohydrates.</a> Carbohydr Res. 131, 209-217 (1984).</li>
<li>Kang, P., Mechref, Y., Klouckova, I., Novotny, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid-phase+permethylation+of+glycans+for+mass+spectrometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Commun+Mass+Sp%22%5BJournal%5D)">Solid-phase permethylation of glycans for mass spectrometric analysis.</a> Rapid Commun Mass Sp. 19 (23), 3421-3428 (2005).</li>
<li>Kang, P., Mechref, Y., Novotny, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+solid-phase+permethylation+of+glycans+prior+to+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Commun+Mass+Sp%22%5BJournal%5D)">High-throughput solid-phase permethylation of glycans prior to mass spectrometry.</a> Rapid Commun Mass Sp. 22 (5), 721-734 (2008).</li>
<li>Goetz, J. A., Mechref, Y., Kang, P., Jeng, M. H., Novotny, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycomic+profiling+of+invasive+and+non-invasive+breast+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Glycoconj+J%22%5BJournal%5D)">Glycomic profiling of invasive and non-invasive breast cancer cells.</a> Glycoconj J. 26 (2), 117-131 (2009).</li>
<li>Goetz, J. A., Novotny, M. V., Mechref, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic%2Fchemical+release+of+O-glycans+allowing+MS+analysis+at+high+sensitivity%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Enzymatic/chemical release of O-glycans allowing MS analysis at high sensitivity.</a> Anal Chem. 81 (23), 9546-9552 (2009).</li>
<li>Mulloy, B., Hart, G. W., Stanley, P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMulloy%2C+B+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. New York. Ch. 47: Structural Analysis of Glycans (2009).</li>
<li>Seed, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Silanizing+glassware%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Immunol%22%5BJournal%5D)">Silanizing glassware.</a> Curr Protoc Immunol. 21, A.3K.1-A.3K.2 (1997).</li>
<li>Stellner, K., Saito, H., Hakomori, S. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+aminosugar+linkages+in+glycolipids+by+methylation.+Aminosugar+linkages+of+ceramide+pentasaccharides+of+rabbit+erythrocytes+and+of+Forssman+antigen%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Biochem+Biophys%22%5BJournal%5D)">Determination of aminosugar linkages in glycolipids by methylation. Aminosugar linkages of ceramide pentasaccharides of rabbit erythrocytes and of Forssman antigen.</a> Arch Biochem Biophys. 155 (2), 464-472 (1973).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Genel olarak, heksozlarla kısmen metillenmiş alditol asetatlar başarılı üretim (PMAAs) Daha az zorluklarla doludur ve N -acetylhexosamine (HexNAc) PMAAs başarılı üretiminden daha sağlamdır. Bu prosedürün her aşamasında dışarı oynar gibi bu fenomenin arkasında tam mekanizması bilinmemekle beraber heksozlarla için HexNAcs göreceli özgü (yerine hidroksil grubuna göre) N-asetil grubunun eşsiz kimyaya ilgili olmalıdır. Asit hidrolizi ile ilgili olarak bunun altında yatan mekanizmanın Kısaca başka. 43</...

Glikolipidler, glikoproteinler, proteoglikanlar ve glikozaminoglikanlar topluca glukanlardır olarak bilinen karmaşık, heterojen karbonhidrat dört ana sınıfları oluşturmaktadır. Olarak plazma membranı, glikokaliksin ve hücre dışı matriks ve sıvıların her yerde ve integral parçaları, glukanlardır endositoz, hücre içi kaçakçılığı, hücre motilitesi, sinyal iletimi, moleküler tanıma, reseptör aktivasyonu, hücre yapışması, konak-patojen etkileşimi gibi çeşitli biyokimyasal süreçlerde katılmak hayatın neredeyse her alanında arası iletişim, immünosürveylansında ve immün yanıt inisiyasyon. 1 Present, glikan polimerler inşa glıkosıltransferazlarla olarak bilinen enzimler glikozit oluşturmak için (glıkanları yıkmak da glikozidazlar olarak da bilinir), hidrolaz, şeklini ile birlikte hareket, ve sonuçta glikan polimerler 2 kesinleşmiş üretirler. Her glıkosıltransferaz farklı glycoconjugates üzerinde çalışabilir olsa da, bir glıkosıltransferazgenel nükleofilik alıcılarının belirli bir kategori (örneğin, bir lipid, polipeptit, bir nükleik asit ya da giderek artan belirli bir aktif nukleotıt şeker donörü (örneğin, GDP-fukoz) bir monosakarit kısmını aktarmak bir nokta askı sistemine bağlanan ve anomeri özgü glikosidik bağı yanma oligosakkarit). Protein (özellikle membran ve salgı proteinleri) arasında% 50&#39;den fazla translasyon sonrası glikosilasyon ile modifiye olduğu tahmin edilmiştir 3 Rudimentary kombinasyon hesaplamalar glikosilasyon ile glikoproteinlerin tanınan ölçüde değişkenlik, çok yönlülük ve özgüllük için takdir sağlar.; bir polipeptit alt-tabaka, sadece 10 glikosilasyon sitesi vardır ve her bir sitenin yalnızca 3 farklı azalan monosakkarit&#39;in uçlarının 1 ile glikosidik bağ oluşturabilen, örneğin, daha sonra, teorik olarak, son glikoprotein 3 10 = 59.049 farklı kimliklerinin varsayabiliriz. glikoproteinler olarak, glikozidik bağları genellikle yan zincir nitrojen ile o formuAsn-X-Ser f asparagin artıkları / Thr K O 4 -glycans vermek üzere serin ve treonin kökleri 2 ve yan zincir hidroksilleri -glycans vermek üzere (X, prolin dışında herhangi bir amino asit olabilir). Birkaç istisna dışında, glıkosıltransferaz sıkı donör, alıcı, ve bağlantı özelliği göstermeyen, çünkü bir hücrenin glycome kompozisyonu (yani, glikosilasyon ürünlerinin tamamlayıcısı) eşsiz ve sınırlıdır. 5 Önemli ve bol kan plazma glikoproteinler bir alt sonucu olarak anormal glikosilasyonu acı anormal glikosiltransferaz ve faaliyetinin nedeniyle birçok patolojik koşullarda, özellikle de, kanser ve inflamatuar hastalıklar. 6-24 Temelde epigenetik faktörler nedeniyle, glycome memeli genomunun yaklaşık% 1&#39;i oluşumu, modifikasyon kodlar iken. Anlamlı 25,26 proteomu ve transcriptome daha, çeşitli dinamik ve karmaşık veGlikanların takımı olmayan bir şablon odaklı şekilde-belirgin bir kontrast 27 glikosilasyon ilerler polipeptidi ve nükleik asit biyosentezi için. Glikozilasyon enzimler ve besin ve öncü durumuna gibi çevresel faktörlerin göreceli miktarı ve etkinliği arasındaki etkileşim nihayetinde glikosilasyon doğasını, hızını ve kapsamını belirler. 5,28 Embriyo (örneğin, kararlılık ve farklılaşma), hücresel aktivasyonu ve ilerlemesi yoluyla hücre döngüsü etkisi gen ifadesi (yani, transkripsiyon ve çeviri) ve kimin aktivite hücrenin glikan profilinin hemen yukarı belirleyicisi olan mevcut glikoziltransferazların kimliğini ve miktarını değiştirebilir. (Bazıları) proliferatif olduğundan, yapıştırıcı ve kanserli hücrelerin bir invaziv sıradan embriyojenik hücreler, glıkan biyosentetik yollar (örneğin, ön-madde birikimi, deregüle sentezleme, aberran belirli değişikliklerin benzemektedir. t modifikasyonu, yapısal kesme veya yeni oluşumu) glikozilasyon açıkça glikozilasyon sadece birkaç değişiklikler karsinogenezini ve metastaz etkinleştirebilirsiniz, oldukça karmaşık olmasına rağmen tümör oluşumu, ilerlemesi, göç ve işgali 29 çeşitli aşamalarında gösterdiği gibi evrensel kanser biyobelirteçlerini hizmet; görünüşe göre, bazı &quot;anormal&quot; glikozilasyon ürünleri gerçekten bağışıklık tanıma kaçmasına ve daralan damar içi ve metastatik ortamlarda göç taleplerini hayatta kalmalarını sağlayarak kanserli hücreleri yarar. 28,30,31 şaşırtıcı değil, deneyler değişmiş kalıplarını bozan veya engelleyen ortaya koymuştur gen ekspresyonu ve anormal glikan oluşumu tümörogenez durdurabilir. 29 Bununla birlikte, bir biyo-sıvı numune (örneğin, idrar, tükürük, kan plazma veya serum) &#39;de tespit edilen anormal glıkanlar doğrudan kanser göstergeleri (veya başka bir hastalık), daha çok alt olmayabilir ince ama önemli sonuçlarıBağışıklık sistemi veya öngörülemeyen bir organında bir zararlı durumun ölçülebilir yansımaları değişiklikler. 32 Onlar glycome hakkında evrensel bilgi, pek çok moleküler etkileşim tabanlı Glikomik teknikleri (örneğin, lektin / antikor dizileri ve metabolik / kovalent etiketleme) sağlasa da tüm glıkan yapıların tespiti bağlıdır ve bireysel glukanlardır hakkında detaylı yapısal bilgi vermemektedir. belirgin aksine, kütle spektrometresi (MS) tanımlanmasına yardımcı ve bireysel glikan yapıları ölçmek ve polipeptit çekirdeklerine eki siteleri gibi yapısal bilgileri açığa çıkartabilir. Deregüle ifade veya sadece bir glıkosıltransferaz aktivitesi çok glikosilasyon yolakları zararlı moleküler olaylar kaskadını başlatabilir. Her glıkosıltransferaz birden fazla glycoconjugate alt tabaka üzerinde ve farklı büyüyen glikan polimerler arasında çalışabilir, çünkü deregüle biyosentetik kaskadlar dispropor verimarası olarak tek glikan ürünün miktarda ancak hücre içi veya dışı sıvılarda anormal glukanlardır birkaç heterojen sınıflar arttı. 33 Ancak, bu tür eşsiz anormal glukanlardır bazen kanser nedeniyle veya diğer glıkan-duygusal patolojiler için biyomarkerların olarak pratik olarak kabul edilir, büyük havuz ile karşılaştırıldığında ve glikanlar iyi düzenlenmiş, bu anormal glukanlardır olabilir sık ​​sık hatta kütle spektrometresi gibi son derece hassas tekniklerle saptanamaz kalır çok küçük bir bölümünü temsil etmektedir. Örneğin, hücre içi ve hücre dışı vücut sıvılarında (büyüklük sekiz emir açıklıklı) geniş protein konsantrasyonu spektrum daha bol türler tarafından maskelenir kıt glikoproteinler tespiti önleyebilirsiniz. 32 Dahası, glıkosıltransferaz aktivitesinin belirlenmesinde pratik bir hayli kalır ve birçok glıkosıltransferaz klinik Biosıvılar içinde bulunmayan ya da ex vivo inaktif hale çünkü teorik meydan. consisten zorluğuna rağmently tespit ve eşsiz bütün glukanlardır ultra dakika miktarlarda ölçülmesi, kütle spektrometresi uygulayıcıları klinik belirteç olarak bozulmamış glikanları istihdam yönünde büyük atılımlar yaptık. Biz son zamanlarda GC-MS kullanılarak, birlikte her glıkan ve birçok teklik vermek tüm kurucu şube noktası ve bağlantı özgü monosakkaritler ( &quot;glikan düğümler&quot;) tespitini kolaylaştırır, bozulmamış glukanlardır analizi için tamamlayıcı bir yaklaşım geliştirdik olgular doğrudan kusurlu glıkosıltransferaz (lar) göreli etkinliğini ölçmek moleküler temsilciler hizmet vermektedir. İlk 1958 glıkan analizi doğrudan uygulama rapor için, gaz kromatografisi (GC), 34 başına metillenmiş mono- ve disakaritler analiz bunların anomericity ve mutlak konfigürasyonunu belirleyebilir ve daha sonra kütle spektrometrik analizi için ayırmak için güçlü bir yöntem olduğu kanıtlanmıştır. 35 1984 ve 2007, Ciucanu ve meslektaşları arasındatanıtılan ve 2005 ve 2008 yılları arasında su ve kloroform. 35,36 kullanılarak permetilatlı glukanlardır sıvı / sıvı ekstraksiyon ardından sodyum hidroksit ve iyodometan kullanılan bir katı-faz glikan permethylation tekniği, rafine, Kang ve arkadaşları, bir zaman tasarrufu falso entegre permethylation adımına -Kolon yaklaşım. 2008 37,38, Goetz araştırma grubu karşılaştırarak ihtimali olan ve olmayan ayırt matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyon (MALDI) kütle spektrometrisi kullanılarak glıkan-profil yöntemi permethylation kantitatif bir katı-faz icat -invasive meme kanseri hücreleri 39 daha sonra, 2009 yılında, Goetz ekibi kombine enzimatik ve kimyasal salınım teknikleri yüksek alkali katı faz permethylation şemasında o -glycans bozulmamış glikoproteinler gelen ayırmak için 40 Goetz prosedürü eşzamanlı permethylation ve kimyasal salınımını kolaylaştırdı rağmen. o -glycans arasında, sadece önceden izole glikoproteinin uygulandıproteinler. Biz, 2013 yılında bu tekniği değiştirilmiş ve trifloroasetik asit eklenerek bütün bölünmemiş Biofluids ve homojenize doku örnekleri için uyarlanmış (TFA), hidroliz, indirgeme ve asetilleme adımlarını. Ayrıca, glikolipidler ve N&#39;den glikanlar serbest 33 Bu ilave adım glikoproteinlerden glıkanları -bağlı dönüştürmek ayırt edici metilasyon-ve-asetilasyon desenler benzersiz GC-MS tarafından analiz kolaylaştırmak orijinal bozulmamış glikan polimer 41 (Şekil 2) kurucu glıkan düğümleri karakterize kısmen metillenmiş alditol asetatlar (PMAAs, Şekil 1), içine onları. 33 Sonuçta, bu prosedür, &quot;göbek fukosilasyonu&quot;, &quot;6-sialilasyon&quot;, &quot;GIcNAc&#39;nin&quot; ve &quot;p 1-6 dal&quot; benzersiz glıkan özelliklerin doğrudan görece nicelenmesine dayanan kompleks biyo-sıvı tüm glıkanların bileşik portre üretir - her biri tek bir GC-MS kromatografisi yolu türetilenhic zirve. Bu makalede başka permethylation optimizasyonu, asetilasyonunu, izolasyon ve nispi ölçümü modunda gelişmeler ile birlikte temizlik aşamaları sunar.

<table><tbody><tr><td>Sodyum hidroksit boncukları&nbsp;</td><td>367176</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>20-40 ağ, reaktif sınıfı %97</td></tr><tr><td>0.9 ml Spin sütunu</td><td>69705</td><td>ThermoFisher Scientific'in Pierce bölümü&nbsp;</td><td>İçindekiler&nbsp; tapalar ve polietilen fritler&nbsp;</td></tr><tr><td>GC-MS otomatik numune alma cihazı şişesi (silanize edilmiş)*</td><td>C4000-9</td><td>ThermoFisher Scientific Target</td><td>DP Yüksek Geri Kazanım Şişesi, 1,5 inç ml, 12&nbsp; mm x 32&nbsp; mm, Teflon astarlı delinebilir kapaklar</td></tr><tr><td>içerir 1,5 ml polipropilen test tüpleri</td><td>05-402-25</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>Çıtçıtlı kapak</td></tr><tr><td>2 ml polipropilen test tüpleri</td><td>05-408-138</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>Çıtçıtlı kapak</td></tr><tr><td>Dimetil Sülfoksit (DMSO)</td> <td>D8418</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>Moleküler biyoloji için BioReagent, reaktif sınıfı %>99,0</td></tr><tr><td>İyodometan&nbsp;</td><td>I8507</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>Stabilizatör olarak bakır içerir, ReagentPlus %99</td></tr><tr><td>Asetonitril</td><td>A955-4</td><td>ThermoFisher Bilimsel&nbsp;</td><td>Optima LC/MS</td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj</td><td>75002436: Sorvall Legend Micro 17 Santrifüj</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>24 x 1.5/2.0 rotor, ClickSeal biyolojik muhafaza kapaklı. Rotor katalog numarası: 75003424</td></tr><tr><td>13 x 100 cam test tüpü (silanize edilmiş)*</td><td>53283-800</td><td>VWR</td><td>13 mm x 100 mm vidalı kapaklı borosilikat cam test tüpleri</td></tr> Cam <tr><td>test tüpleri için kapaklar</td><td>14-930-15D</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>Kimble ve ticaret; Siyah Fenolik Vidalı Kapaklar; 13&nbsp; mm-415 GPI dişi; PTFE yüzlü kauçuk astar.</td></tr><tr><td>Sodyum klorür ve nbsp;</td><td>S7653</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>% >99,5 saf</td></tr><tr><td>Kloroform</td><td>4440-08</td><td>Macron İnce Kimyasallar &nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Trifloroasetik asit&nbsp;</td><td>299537</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>Protein dizilimi için yeniden damıtma ile% 99 saflaştırılmış&nbsp;</td></tr><tr><td>Sodyum borhidrür</td><td>71321</td><td>Fluka Analitik&nbsp;</td><td>%99</td></tr><tr><td>Amonyum hidroksit çözeltisi&nbsp;</td><td>320145</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>NH < alt> 3< / alt> içerik: %28.0-30.0</td></tr><tr><td>Metanol</td><td>AH230-4</td><td>Honeywell Burdick & Jackson</td><td>HPLC sınıfı</td></tr><tr><td>Asetik asit & nbsp;</td><td>320099</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>%99,70</td></tr><tr><td>Plastik vakumlu desikatör ve nbsp;</td><td>Yeterli boyutta herhangi bir model</td><td>FoodSaver</td><td></td></tr><tr><td>Asetik anhidrit&nbsp;</td><td>539996</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>%99,50</td></tr><tr><td>Diklorometan&nbsp;</td><td>D143SK-4</td><td>ThermoFisher Bilimsel&nbsp;</td><td>Stabilize HPLC sınıfı</td></tr><tr><td>Aseton&nbsp;</td><td>9006-03</td><td>J.T.Baker</td><td>Baker Analiz Edildi&nbsp;</td></tr><tr><td>Isıtmalı buharlaştırma manifoldu (ana ünite)</td><td>pi18823</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>Thermo Scientific* Reacti-Therm* Isıtma ve Karıştırma Modülü; Isıtma ve Karıştırma Fonksiyonlu Üç Bloklu Model</td></tr><tr><td>Isıtmalı buharlaştırma manifoldu (üstten evaporatör)</td><td>pi18826</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>ThermoScientific* Reacti-Vap Evaporatör, 27 portlu; Üç bloklu Reacti-Therm ısıtma modülü ile kullanım için</td></tr><tr><td>Buharlaşma manifoldu için alüminyum numune tutucu bloklar</td><td>pi18816</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>Blok, Alüminyum, Reacti-Block S-1, 13&nbsp; mm çap test tüpleri, 13 delik (14&nbsp; mm çap x 45&nbsp; mm derinliğinde)</td></tr> <tr><td>Gaz kromatografı</td><td>Model A7890</td><td>Agilent&nbsp;</td><td>CTC PAL otomatik numune alma cihazı ile donatılmıştır</td></tr><tr><td>Kütle spektrometresi&nbsp;</td><td>GCT Premier (Uçuş Süresi)</td><td>Waters&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Bölünmüş modlu astar (devre dışı bırakılmış / silanize edilmiş)</td><td>5183-4647</td><td>Agilent</td><td>Küçük bir silanize cam yünü tapası içeren</td></tr><tr><td>DB-5ms GC sütunu</td><td>122-5532</td><td>Agilent</td><td>30 m x 0,25 mm ID x 0,25 mikron film kalınlığı</td></tr><tr><td>Klorotrimetilsilan</td><td>95541</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Cam vakumlu desikatör (cam eşyaların silanizasyonu için)</td><td>EW-06536-30</td><td>Cole-Parmer</td><td>12" genişliğinde; 230 mm plaka boyutu</td></tr><tr><td colspan="4">*Cam eşya silanizasyonu, büyük bir cam vakumlu desikatörde klorotrimetilsilan buharı kullanılarak gece boyunca şirket içinde gerçekleştirilir.</td></tr></tbody></table>

glycan düğüm analizi: glikomik a aşağıdan yukarı yaklaşım

Glycan Node Analysis: A Bottom-up Approach to Glycomics

Glikosiltransferazlar adı verilen enzimler tarafından şablon güdümlü olmayan bir süreçte sentezlenen glikanlar, çeşitli önemli hücre içi ve hücre dışı olaylarda anahtar oyunculardır. Başta kanser olmak üzere birçok patolojik durum, gen ekspresyonunu etkiler ve bu da glikozit hidrolaz ve glikosiltransferaz enzimlerinin nispi bolluğunu ve aktivite seviyelerini deregüle edebilir. Deregüle edilmiş glikosiltransferaz(lar)dan kaynaklanan benzersiz anormal bütün glikanlar, genellikle karmaşık biyosıvılar içinde eser miktarlarda bulunur, bu da bunların tespit edilmesini zorlaştırır ve bazen stokastik hale getirir. Bununla birlikte, uygun numune hazırlama ile, kütle spektrometrisinin en eski biçimlerinden biri (gaz kromatografisi-kütle spektrometresi, GC-MS), karmaşık biyoakışkanlarda bulunan dallanma noktası ve bağlantıya özgü monosakkaritlerin ("glikan düğümleri") koleksiyonunu rutin olarak tespit edebilir. Geleneksel yukarıdan aşağıya glikomik tekniklerin tamamlayıcısı olarak, burada tartışılan yaklaşım, bir numunedeki her bir bileşen glikan düğümünün tek bir bağımsız analitik sinyale toplanmasını ve yoğunlaştırılmasını içerir, bu da bir bütün olarak gliskorttaki değişiklikler hakkında ayrıntılı yapısal ve nicel bilgi sağlar ve potansiyel olarak deregüle edilmiş glikosiltransferazları ortaya çıkarır. Burada sağlanan permetilasyon ve müteakip sıvı/sıvı ekstraksiyon aşamalarında yapılan iyileştirmeler, permetillenmiş glikanların alkali sulu koşullara minimum düzeyde maruz kalmasını kolaylaştırarak tekrarlanabilirliği ve genel verimi artırır. Asetilasyon aşamasındaki modifikasyonlar, reaksiyonun derecesini ve toplam verimi daha da arttırır. Tekrarlanabilirliklerine rağmen, N-asetilhekzozamin (HexNAc) kısmen permetillenmiş alditol asetatların (PMAA'lar) genel verimlerinin, heksoz PMAA'lara göre beklenen teorik değerlerinden doğal olarak daha düşük olduğu gösterilmiştir. Her bir heksoz PMAA (veya HexNAc PMAA) için ekstrakte edilen iyon kromatogramı (XIC) altındaki alanın, tüm heksozlar (veya HexNAc'ler) için bu XIC alanlarının toplamına oranının hesaplanması, bir numunedeki tek tek glikan düğümlerinin nispi miktar tayinini kolaylaştıran yeni bir normalizasyon yöntemi sağlar. Şu anda mutlak tespit sınırları açısından kısıtlı olmasına rağmen, bu yöntem klinik biyosıvıların analizini hızlandırır ve geleneksel yukarıdan aşağıya glikomiklere tamamlayıcı bir yaklaşım olarak önemli bir umut vaat eder.

Göre iki kritik permethylation adım yanlış infaz edildiği durumlarda başarılı permethylation, hidroliz, azaltma, ve insan kan plazma örneklerinin asetilasyonunu gösteren bir toplam iyon akımı kromatogram (TIC) Şekil 3 &#39;de gösterilmiştir. Heksozların için HexNAcs Görece mutlak Verim: N -acetylhexosamine (HexNAc) kısmen olarak me...

Bu makale, GC-MS tarafından tespit edilmek üzere glikanların bileşen bağlarına özgü monosakkaritlere kimyasal olarak parçalanması yoluyla fraksiyonlanmamış biyoakışkanlardaki glikanların havuzlanmış bileşim profilini analiz etmek için tasarlanmış yeni bir aşağıdan yukarıya glikomik tekniğinin geliştirilmiş bir biçimini sunmaktadır. Potansiyel uygulamalar arasında kanser ve diğer glikan-afektif bozuklukların erken tespiti yer alır.

Glycan Düğüm Analizi: Glikomik A Aşağıdan yukarı Yaklaşım

Synthesized in a non-template-driven process by enzymes called glycosyltransferases, glycans are key players in various significant intra- and ...

Bu prosedürün genel amacı, monosakkarit kompozisyonunu ve bağlantı bilgilerini korurken biyolojik bir örnekteki tüm glikanları parçalamaktır. Bu işlem, sialilasyon ve bölücü N-Asetilglukozamin gibi ilgi çekici glikan özelliklerinin tekil analitik sinyallere indirgenmesini kolaylaştırır. Bu yöntem, glikomik alanında, belirli hastalık durumlarında hangi benzersiz glikan özelliklerinin değiştiği gibi temel soruların doğrudan yanıtlanmasına yardımcı olabilir.Bu tekniğin temel avantajı, beta 1-6 dallanması ve corfukozilasyon gibi hastalık durumlarında değişme eğilimi gösteren glikan özelliklerinin, birden fazla sağlam glikana yayılmak yerine tek bir analitik sinyalde toplanmasıdır. Genel olarak, bu yöntemi uygulayan bireyler, taze permetillenmiş glikanların yanlış işlenmesi nedeniyle N-Asetilsisteinlerin düşük verimliliklerinden kaynaklı ciddi zorluklar yaşamaktadır. Her bir biyolojik analitin 9 µL'sini ayrı 1,5 mL'lik test tüplerine aktararak numuneleri hazırlayın.Her bir numuneye, bir mikrolitre deiyonize su ve 270 mikrolitre yüksek saflıkta DMSO ekleyin. Ardından, vortexleyerek kuvvetlice karıştırın. Numune hazırlama işleminin ardından, sodyum hidroksit yüklü spin kolonlarını metin protokolünde açıklandığı şekilde monte edin.Analitik bir şırınga kullanarak, her analite 105 µL iyodometan ekleyin ve tüplerin kapaklarını hemen kapatın. Numuneleri vorteksle iyice karıştırın. Önceden hazırlanmış spin kolonlarını yuvalarından çıkarın ve 2.400 G'de 15 saniye boyunca santrifüjleyin. Rezervuar tüplerini ve akışı attıktan sonra, kolonları yeniden yuvalarına takın ve her analit için etiketlenmiş yeni bir dizi tüpün içerisine yerleştirin.Her bir analit çözeltisini ilgili spin kolona aktarmak için 1000 µL'lik bir pipet ucu kullanın. Analit çözeltisi eklendikten sonra, 200 µL'lik bir pipet ucunun ucundan yaklaşık iki milimetreyi kıvırın ve ucu, karıştırıcı olarak kullanmak üzere kolonun içinde bırakın. Kolonları her iki ila üç dakikada bir hafifçe karıştırmak için pipet uçlarını kullanın.11 dakika sonra kolonların tıkaçlarını çıkarın ve 2.400 Gs'de 15 saniye boyunca santrifüjleyin. Spin kolonlarını hemen çıkarın ve tıkaçları atarak ancak akış çözeltisini saklayarak yeni rezervuar tüplerine yerleştirin. Kolonlara 300 µL asetonitril ekleyin ve 9.600 Gs'de 30 saniye boyunca santrifüjleyin. Şimdi, ilk permetillenmiş akış çözeltilerini 3,5 mL sodyum fosfat tamponu içeren silanize cam deney tüplerine aktarın. Aktarılan süpernatantın berrak olduğundan ve herhangi bir katı maddenin aktarılmadığından emin olun.Plastik tüplerin dibinde küçük beyaz bir pelet oluşmuş olacaktır. Herhangi bir belirgin katı materyalin transfer edilmesinden kaçının. Bunun yapılmaması, N-Asetilsistein-glukozamin glikan notlarının düşük verimle elde edilmesine neden olacaktır.Tüm örneklerin aktarımı tamamlandığında, partideki her örneği hemen vorteksleyin. Ardından, asetonitril akış çözeltilerini ilgili deney tüplerindeki geri kalan sıvıyla birleştirin. Bu adım sırasında tekrar, herhangi bir katı, beyaz kalıntının aktarılmamasına dikkat edin.Bir sonraki örneğe geçmeden hemen önce, birleştirilmiş çözeltileri kapatın, çalkalayın ve vorteksleyin. Permetilasyondan sonra, bir çeker ocak içerisinde her bir deney tüpüne 1,2 milliliters kloroform ekleyin. Ardından tüpleri kapatın ve içerikleri kuvvetlice karıştırın.Katmanları ayırmak için çözeltileri kısa süreliğine 3, 000 Gs'de santrifüjleyin. Üstteki sulu katmanın çoğunu çekip atmak için bir pastör pipeti ucu kullanın ve bu katmandan yaklaşık üç mililitre bırakın. 3,5 mililitre 0,2 molar sodyum fosfat tamponu ekleyin, ardından deney tüpünün kapağını kapatın, karıştırın ve santrifüjleyin. Bu sıvı/sıvı ekstraksiyon adımını toplam üç kez gerçekleştirin.Son ekstraksiyonda sulu fazdan yaklaşık bir mililitre bırakın. Şimdi, metin protokolünde açıklandığı gibi, kloroform tabakasını dikkatlice temiz ve etiketlenmiş silanize bir cam deney tüpüne aktarmak için temiz, silanize bir pastör pipeti ucu kullanın. 75 °C'ye ayarlanmış, önceden ısıtılmış bir evaporasyon manifoldunda, örnekleri hafif bir nitrojen gazı akışı altında kurutun.Gaz akışının sıvı yüzeyini rahatsız ettiğinden ancak sıçratmadığından emin olun. Numuneler kuruduğunda, hidroliz için hazır hale gelirler. Her numuneye 325 µL 2 M trifloroasetik asit veya TFA ekleyin ve iyice karıştırın.TFA buharlaşmasını ve sonraki ısıtma adımı sırasında numune kaybını önlemek için, tüm numunelere ekleme işlemi yapıldıktan hemen sonra her bir numune tüpünün kapağını sıkıca kapatın. Glikanları hidrolize etmek için numuneleri 121 degrees celsius sıcaklıkta iki saat boyunca inkübe edin. Numuneler inkübe olurken, buharlaştırma manifoldunu tekrar 75 degrees celsius sıcaklıkta hazırlayın.İnkübasyon sonrası, örnekleri evaporasyon manifoldunda sabit bir nitrojen akımı altında kurutun. Örneklerin mümkün olan en kısa kurutma süresinde kurutulduğundan emin olmak için sık sık kontrol edin. Her bir örneğe, 10 g/L sodyum borohidrürden 475 µL ekleyin.Ardından, herhangi bir kalıntıyı çözmek için numuneleri iyice karıştırın. Test tüplerinin kapaklarını kapatın ve indirgenme reaksiyonunun bir saat boyunca devam etmesine izin verin. Sonra, her bir numuneye 63 µL metanol ekleyin.Numuneleri karıştırın ve ardından azot altında 75 °C'de kurutun. Her bir numuneye 125 µL asetik asit çözeltili metanol ekleyin. Numuneleri tekrar karıştırın ve ardından azot altında 75 °C'de kurutun.Numuneleri 20 dakika boyunca vakum altında tutarak tamamen kuruduğundan emin olun. Kurutma işleminden sonra, her numuneye 18 µL deiyonize su ekleyin. Ardından numuneleri kısa süreli olarak santrifüj edin ve çökeceği çözmek için iyice karıştırın.Ardından, her tüpe 250 µL asetik anhidrit ekleyin. Tüplerin kapaklarını kapatın, iyice vorteksleyin ve herhangi bir kalıntının tamamen çözündüğünden emin olmak için örnekleri bir su banyosunda iki dakika boyunca sonikasyona tabi tutun. Daha sonra örnekleri 50 °C'de 10 dakika boyunca inkübe edin.Şimdi her örneğe 230 µL konsantre TFA ekleyin. Örneklerin kapaklarını kapatıp karıştırdıktan sonra, 50 °C iç sıcaklıkta 10 dakika inkübe edin. Her örneğe 1,8 mL diklorometan ekleyin ve iyice karıştırın.Ardından, tüpe iki mililitre deiyonize su ekleyin ve iki kez sıvı/sıvı ekstraksiyonu gerçekleştirin. Diklorometan katmanını silanize edilmiş bir pastör pipeti ucuyla geri kazanın. Bir otomatik örnekleyici şişesine aktarın ve ardından örneği 74 °C'de azot altında kurutun.GC-MS öncesinde, her bir örneği 120 µL aseton ile yeniden çözünür hale getirin, kapaklarını kapatın ve iyice karıştırın. Split modunda, bir otomatik örnekleyici kullanarak her bir örnekten 1 µL'yi GC split-modu liner'ına enjekte edin. Uçuş süreli kütle spektrometreleri için 40'lık bir split oranı ve 0.8 mL/dk sabit akış modunda helyum gazı önerilir.Numuneyi, 325 °C'ye ulaşan iki basamaklı bir gradyan kullanarak analiz edin. Ayrılan numune bileşenlerini elektron iyonizasyonuna tabi tutun. Uçuş süreli kütle analizörü için, 0,1 saniyelik bir pals toplama hızıyla M/Z 40 ile 800 arasındaki fragmanları analiz edin.Bu protokolün hassasiyetini göstermek için, biyolojik bir örnek dikkatle işlenmiştir. Elde edilen kromatogram, karşılaştırma ve analiz kolaylığı sağlamak için istenen ürün pikleri arasında yeterli yoğunluk sunmaktadır. Ardından, aynı başlangıç biyolojik örneği aynı prosedürle işlenmiştir.Ancak, NaOH kolonundan geçirilen permasmetilasyon çözeltisindeki beyaz kalıntı, sıvı/sıvı ekstraksiyonu için kullanılan sonraki karışıma taşınmıştır. Kromatogram, aynı temel örnek ürünlerinin pik yoğunlukları için farklı bir oran vermektedir. Doğrudan karşılaştırıldığında, fark oldukça belirgindir.İkinci kromatogramdaki 4-pozisyonuna bağlı N-asetilglukozamin pikindeki belirgin çöküş, başarısız bir permetilasyon ve ekstraksiyonun tanınabilir bir özelliğidir. Hastalık durumlarındaki glikan kompozisyonu farklılıklarını saptamada bu yaklaşımın faydasını anlamak için, normal bir kan plazma örneği ve bir kanser hastası kan plazma örneğinden elde edilen ekstre edilmiş iyon kromatogramları, 2-bağlı manozlar için normalize edilir ve üst üste getirilir. Beta 1-6 dallanma ve sialoglikasyon gibi benzersiz glikan özelliklerindeki kantitatif farklılıklar kolayca görülebilir.Bu videoyu izledikten sonra, bottom-up glikomik glikan düğüm analizinin nasıl gerçekleştirileceği konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız. Core fukozilasyon, sialilasyon ve bisektin glikanite gibi ilgi çekici glikan özelliklerinin tekil analitik sinyallere indirgenmesini kolaylaştırın.

glycan-node-analysis-a-bottom-up-approach-to-glycomics

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

Bağışıklık, organlar ve hücreler içinde glycosphingolipid antijenlerin ekspresyonu profili içgörü kazanmak için bir spesifik ve duyarlı bir yöntem açıklanmıştır. Yöntem, kimyasal olarak sentezlenmiş bir standartlarına göre yapısal analizi için glycosphingolipid moleküllerinin adım adım parçalanma sağlayan iyon tuzak kütle spektrometri avantajına sahiptir.

Glycosphingolipid Antijenler Kütle Spektrometrik Analizi

Mikroarray&#39;ler kullanarak Bitki Hücre Duvarı Polimerlerin glukanıdır Profilleme

O-bağlı glikanların çeşitliliğini kapsamlı bir şekilde araştırmak için, permetilasyon ve hızlı bir faz bölme yöntemi ile birlikte jel içi indirgeyici β-eliminasyon için yeni bir prosedür, SDS-PAGE tarafından çözülen glikoproteinlerden doğrudan salınan O-bağlı glikanların analizine uygulanır ve kütle spektrometresi ile müteakip glikomik analize uygundur.

Kütle spektrometresi ile In-jel Geliştirilmiş İndirgemeli β-Eleme Kapsamlı O-bağlı ve için Sulfo-Glikomik

Plazmada kombine proteomik ve glikomik saflaştırma ve LC-MS/MS miktar tayini için yüksek verimli bir protokol geliştirilmiştir. N-bağlı glikozilasyon motiflerinin deamidasyon analizi, deglikosile edilmiş bölgelere özgüydü. N-glikanların doğru kantitasyonu, glikan hidrazid etiketleri stratejisi ile etiketleme yapılırken filtre destekli N-glikan ayrımının bireysellik normalizasyonuna bağlanmasıyla elde edildi.

Nicel Glycomics ve Proteomik Kombine Arıtma Stratejisi

Bu eser basılı glycan dizi (PGA) teknoloji küçük hayvanlarda Anti-karbonhidrat antikorlar dolaşan analiz için potansiyelini gösterir.

Basılı Glycan dizi: Anti-karbonhidrat antikorlar küçük hayvanlarda dolaşan repertuar analizi için hassas tekniği

Açık arama, daha önce bilinmeyen glikan bileşimleriyle süslenmiş glikopeptidlerin tanımlanmasını sağlar. Bu makalede, Acinetobacter baumannii'yi model olarak kullanan bakteriyel örnekler için açık arama ve müteakip glikan odaklı glikopeptid aramaları yapmak için kolaylaştırılmış bir yaklaşım sunulmuştur.

Acinetobacter baumannii O-bağlantılı Glikopeptitlerlerin Tanımlanması için Açık Arama Tabanlı Yaklaşımların Uygulanması

Bu protokol, insan protein glislerinin çevrimiçi kaynaklarla nasıl keşfedileceğini, karşılaştırılacağını ve yorumlanacağını göstermektedir.

Glikan Aracılı Protein Etkileşimlerinin İncelenmesi için Biyoinformatik Kaynakları

Mikroarray polimer profilleme (MAPP), biyolojik numunelerdeki glikanların bileşimsel analizi için yüksek verimli bir tekniktir.

Yüksek Verimli Glikan Analizi için Mikroarray Polimer Profilleme (MAPP)

Bu protokol, kanserlerin glikobiyolojisini daha iyi anlamak için gerekli olan karmaşık tümör mikro ortamlarındaki heterojen glikoproteom hakkında kapsamlı bilgiler sunan entegre bir omik teknolojisi olan glikomik kılavuzlu glikoproteomik yöntemini detaylandırır.

Glikomik kılavuzluğunda glikoproteomikler, karmaşık tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini kolaylaştırır 

Üretim gelişmekte olan bir pin-baskı yöntemi kullanılarak sol-jel türevli protein katkılı mikroarrayler geliştirmek için bir güdümlü malzeme tarama yaklaşımı açıklanmıştır. Bu metodoloji maliyet-etkin küçük moleküllü tarama için kullanılan asetilkolinesteraz ve multikinaz microarrays, geliştirilmesi yoluyla gösterilmiştir.

Kantitatif Sol-jel Türetilmiş Protein Mikroarray&#39;ler geliştirilmesi için Rehberli Malzeme Tarama Yaklaşım

Öğrenin glikan düğüm analizi yöntemini biyolojik örneklerde glikomik A aşağıdan yukarı yaklaşımı kullanarak. Bu teknik, hastalık durumlarında değiştirilen glikan özelliklerini tek analitik sinyallere ayırarak erken kanser tespitine yardımcı olur.

Glycan Düğüm Analizi: Glikomik A Aşağıdan yukarı Yaklaşım

Daha fazla video keşfet