Name: alt türlerinin Campylobacter jejuni Ssp. doylei Kütle Spektrometre tabanlı PhyloProteomics kullanma izolatlar (MSPP) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-30T12:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 43 s
Description: Keşfedin, Campylobacter jejuni ssp. doylei izolatlarını kütle spektrometrisi tabanlı filoproteomik (MSPP) ile alt tür düzeyinde sınıflandırma yöntemini. Bu hızlı ve ekonomik teknik, salgın durumlarında filoproteomik ilişkilendirmeyi görselleştirerek mikrobiyoloji ve epidemiyoloji alanlarında değerli bilgiler sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Mükemmel teknik destek için Hannah Kleinschmidt'e minnettarız. Bu makale, Deutsche Forschungsgemeinschaft'ın Açık Erişim destek programı ve Georg August Universität Göttingen'in yayın fonu tarafından finanse edilmiştir.

<ol><li>Seng, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ongoing+revolution+in+bacteriology%3A+routine+identification+of+bacteria+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).</li>
<li>Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF-MS-based+species+identification+and+typing+approaches+in+medical+mycology%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF-MS-based species identification and typing approaches in medical mycology.</a> Proteomics. 13 (5), 788-799 (2013).</li>
<li>Sandrin, T. R., Goldstein, J. E., Schumaker, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI+TOF+MS+profiling+of+bacteria+at+the+strain+level%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom+Rev%22%5BJournal%5D)">MALDI TOF MS profiling of bacteria at the strain level: a review.</a> Mass Spectrom Rev. 32 (3), 188-217 (2013).</li>
<li>Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discrimination+of+multilocus+sequence+typing-based+Campylobacter+jejuni+subgroups+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Discrimination of multilocus sequence typing-based Campylobacter jejuni subgroups by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> BMC Microbiol. 13, 247(2013).</li>
<li>Reil, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recognition+of+Clostridium+difficile+PCR-ribotypes+001%2C+027+and+126%2F078+using+an+extended+MALDI-TOF+MS+system%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Recognition of Clostridium difficile PCR-ribotypes 001, 027 and 126/078 using an extended MALDI-TOF MS system.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 30 (11), 1431-1436 (2011).</li>
<li>Kuhns, M., Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+discrimination+of+Salmonella+enterica+serovar+Typhi+from+other+serovars+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rapid discrimination of Salmonella enterica serovar Typhi from other serovars by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> PLoS One. 7 (6), e40004(2012).</li>
<li>Wolters, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+MS+fingerprinting+allows+for+discrimination+of+major+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF MS fingerprinting allows for discrimination of major methicillin-resistant Staphylococcus aureus lineages.</a> Int J Med Microbiol. 301 (1), 64-68 (2011).</li>
<li>Josten, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+the+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrum+of+Staphylococcus+aureus+identifies+mutations+that+allow+differentiation+of+the+main+clonal+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Analysis of the matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrum of Staphylococcus aureus identifies mutations that allow differentiation of the main clonal lineages.</a> J Clin Microbiol. 51 (6), 1809-1817 (2013).</li>
<li>Lu, J. J., Tsai, F. J., Ho, C. M., Liu, Y. C., Chen, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptide+biomarker+discovery+for+identification+of+methicillin-resistant+and+vancomycin-intermediate+Staphylococcus+aureus+strains+by+MALDI-TOF%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Peptide biomarker discovery for identification of methicillin-resistant and vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus strains by MALDI-TOF.</a> Anal Chem. 84 (13), 5685-5692 (2012).</li>
<li>Novais, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry+as+a+tool+for+the+discrimination+of+high-risk+Escherichia+coli+clones+from+phylogenetic+groups+B2+%28ST131%29+and+D+%28ST69%2C+ST405%2C+ST393%29%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry as a tool for the discrimination of high-risk Escherichia coli clones from phylogenetic groups B2 (ST131) and D (ST69, ST405, ST393).</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. , (2014).</li>
<li>Matsumura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+extended-spectrum-beta-lactamase-producing+Escherichia+coli+ST131+and+ST405+clonal+groups+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Detection of extended-spectrum-beta-lactamase-producing Escherichia coli ST131 and ST405 clonal groups by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry.</a> J Clin Microbiol. 52 (4), 1034-1040 (2014).</li>
<li>Christner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+MALDI-TOF+Mass+Spectrometry+Strain+Typing+during+a+Large+Outbreak+of+Shiga-Toxigenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rapid MALDI-TOF Mass Spectrometry Strain Typing during a Large Outbreak of Shiga-Toxigenic Escherichia coli.</a> PLoS One. 9 (7), e101924(2014).</li>
<li>Zautner, A. E., Masanta, W. O., Weig, M., Groß, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+Spectrometry-based+PhyloProteomics+%28MSPP%29%3A+A+novel+microbial+typing+Method%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP): A novel microbial typing Method.</a> Scientific Reports. 5, (2015).</li>
<li>The global view of campylobacteriosis. WHO. World Health Organisation (WHO), , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.who.int/foodsafety/publications/campylobacteriosis/en/">http://www.who.int/foodsafety/publications/campylobacteriosis/en/</a> (2013).</li>
<li>Dasti, J. I., Tareen, A. M., Lugert, R., Zautner, A. E., Gross, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni%3A+a+brief+overview+on+pathogenicity-associated+factors+and+disease-mediating+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni: a brief overview on pathogenicity-associated factors and disease-mediating mechanisms.</a> Int J Med Microbiol. 300 (4), 205-211 (2010).</li>
<li>Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seroprevalence+of+campylobacteriosis+and+relevant+post-infectious+sequelae%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Seroprevalence of campylobacteriosis and relevant post-infectious sequelae.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 33 (6), 1019-1027 (2014).</li>
<li>Zautner, A. E., Herrmann, S., Groß, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni+-+The+Search+for+virulence-associated+factors%5BTitle%5D)+AND+%22Archiv+Fur+Lebensmittelhygiene%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni - The Search for virulence-associated factors.</a> Archiv Fur Lebensmittelhygiene. 61 (3), 91-101 (2010).</li>
<li>Dingle, K. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multilocus+sequence+typing+system+for+Campylobacter+jejuni%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Multilocus sequence typing system for Campylobacter jejuni.</a> J Clin Microbiol. 39 (1), 14-23 (2001).</li>
<li>Dingle, K. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+characterization+of+Campylobacter+jejuni+clones%3A+a+basis+for+epidemiologic+investigation%5BTitle%5D)+AND+%22Emerg+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Molecular characterization of Campylobacter jejuni clones: a basis for epidemiologic investigation.</a> Emerg Infect Dis. 8 (9), 949-955 (2002).</li>
<li>Cody, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+genomic+epidemiological+evaluation+of+human+Campylobacter+isolates+by+use+of+whole-genome+multilocus+sequence+typing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Real-time genomic epidemiological evaluation of human Campylobacter isolates by use of whole-genome multilocus sequence typing.</a> J Clin Microbiol. 51 (8), 2526-2534 (2013).</li>
<li>Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MEGA6%3A+Molecular+Evolutionary+Genetics+Analysis+version+6.0%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.</a> Mol Biol Evol. 30 (12), 2725-2729 (2013).</li>
<li>Jolley, K. A., Chan, M. S., Maiden, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mlstdbNet+-+distributed+multi-locus+sequence+typing+%28MLST%29+databases%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">mlstdbNet - distributed multi-locus sequence typing (MLST) databases.</a> BMC Bioinformatics. 5, 86(2004).</li>
<li>Verroken, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization-Time+of+Flight+Mass+Spectrometry+for+Identification+of+Nocardia+Species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clinl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for Identification of Nocardia Species.</a> J Clinl Microbiol. 48 (11), 4015-4021 (2010).</li>
<li>El Khéchine, A., Couderc, C., Flaudrops, C., Raoult, D., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Matrix-Assisted+Laser+Desorption%2FIonization+Time-of-Flight+Mass+Spectrometry+Identification+of+Mycobacteria+in+Routine+Clinical+Practice%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry Identification of Mycobacteria in Routine Clinical Practice.</a> PLoS ONE. 6 (9), e24720(2011).</li>
<li>Goujon, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+bioinformatics+analysis+tools+framework+at+EMBL-EBI%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI.</a> Nucleic Acids Research. 38, Web Server issue 695-699 (2010).</li>
<li>Hall, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BioEdit%3A+a+user-friendly+biological+sequence+alignment+editor+and+analysis+program+for+Windows+95%2F98%2FNT%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Symposium+Series%22%5BJournal%5D)">BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT.</a> Nucleic Acids Symposium Series. 41, 95-98 (1999).</li>
<li>Jolley, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+multilocus+sequence+typing%3A+universal+characterization+of+bacteria+from+domain+to+strain%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Ribosomal multilocus sequence typing: universal characterization of bacteria from domain to strain.</a> Microbiology. 158, 1005-1015 (2012).</li>
<li>Suarez, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+proteins+as+biomarkers+for+bacterial+identification+by+mass+spectrometry+in+the+clinical+microbiology+laboratory%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Ribosomal proteins as biomarkers for bacterial identification by mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory.</a> J Microbiol Methods. 94 (3), 390-396 (2013).</li>
<li>Teramoto, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+classification+of+Pseudomonas+putida+strains+by+MALDI-MS+using+ribosomal+subunit+proteins+as+biomarkers%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic classification of Pseudomonas putida strains by MALDI-MS using ribosomal subunit proteins as biomarkers.</a> Anal Chem. 79 (22), 8712-8719 (2007).</li>
<li>Teramoto, K., Kitagawa, W., Sato, H., Torimura, M., Tamura, T., Tao, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+analysis+of+Rhodococcus+erythropolis+based+on+the+variation+of+ribosomal+proteins+as+observed+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-mass+spectrometry+without+using+genome+information%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biosci+Bioeng%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic analysis of Rhodococcus erythropolis based on the variation of ribosomal proteins as observed by matrix-assisted laser desorption ionization-mass spectrometry without using genome information.</a> J Biosci Bioeng. 108 (4), 348-353 (2009).</li>
<li>Bernhard, M., Weig, M., Zautner, A. E., Gross, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yeast+on-target+lysis+%28YOTL%29%2C+a+procedure+for+making+auxiliary+mass+spectrum+data+sets+for+clinical+routine+identification+of+yeasts%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yeast on-target lysis (YOTL), a procedure for making auxiliary mass spectrum data sets for clinical routine identification of yeasts.</a> J Clin Microbiol. 52 (12), 4163-4167 (2014).</li>
<li>Stark, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometric+profiling+of+Bacillus+cereus+strains+and+quantitation+of+the+emetic+toxin+cereulide+by+means+of+stable+isotope+dilution+analysis+and+HEp-2+bioassay%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometric profiling of Bacillus cereus strains and quantitation of the emetic toxin cereulide by means of stable isotope dilution analysis and HEp-2 bioassay.</a> Anal Bioanal Chem. 405 (1), 191-201 (2012).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Bir MSPP düzeni kurulması en kritik adım biyomarkır iyon kimliklerin kesin genetik belirlenmesidir. Hiç şüphesiz bir biyobelirteç tanımlamak mümkün değilse, o zaman düzeni 13 uzak tutulmalıdır. C. jejuni ssp. doylei Şema 14 farklı biyomarker iyonları içerir. Bu 5 daha C&#39;ye göre olan saptanabilir C arasında jejuni ssp. jejuni MSPP şeması 13 hayranlarıyla en önemli fark jejuni ssp. jejuni ve C...

Son on yılda, matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyon time-of-flight kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) klinik mikrobiyoloji 1, 2 mikrobiyal cins ve türlerin tanımlanması için son derece değerli standart yöntem olarak ilerlemiştir. Türlere tanımlama sağlam hücreler veya hücre lizatları küçük protein parmak izi kayıt dayanır. Rutin klinik mikrobiyoloji kullanılan bir kütle spektrometresi için tipik kütle aralığı 2-20 kDa olduğunu. Buna ek olarak, sonuçta elde edilen spektrumlar aşağıda türlere suşları ve aşağıda alttür seviye 3 ayırmak için kullanılabilir. Ilk öncü çalışmalar, Campylobacter jejuni 4 suşları özel bir alt grubunun, Clostridium difficile, 5, Salmonella enterica SSP için özel biyomarker iyonları belirledik. serovar typhimurium 6, Staphylococcus aureus 7-9 ve E12 - scherichia 10 coli. alel izoformları karşılık gelen birkaç değişken biyobelirteç kitlelerin kombinasyonu derin alttiplendirmesinde için seçenek sunar. Daha önce, başarılı bir C üzerinde kütle spektrometresi tabanlı phyloproteomics (MSPP) olarak adlandırılan anlamlı ve tekrarlanabilir phyloproteomic ilişkiler içine kitle profilleri bu varyasyonları dönüştürmek için bir yöntem uygulamaya jejuni ssp. jejuni izole koleksiyonu 13. MSPP multilokus sekansı yazarak (MLST) gibi bir DNA dizisi esas alt-tiplemesi tekniklerine kütle spektrometrik eşdeğer kullanılabilir. Campylobacter türlerinin bakteriyel gastroenterit önde gelen nedeni, dünya çapında 14, 15 vardır. Campylobacteriosis enfeksiyon sonrası sekel bir sonucu olarak, yani, Guillain Barre sendromu, reaktif artrit ve iltihaplı bağırsak hastalığı 16 ortaya çıkabilir. Enfeksiyonun başlıca kaynaklarıdırtavuk, hindi, domuz, sığır, koyun ve ördekler, süt ve yüzey suyunun 15, 17 kontamine hayvan eti. Bu nedenle, gıda güvenliği bağlamında düzenli epidemiyolojik sürveyans çalışmalara ihtiyaç vardır. MLST Campylobacter türleri 18 için moleküler yazarak &quot;altın standart&quot; dır. MLST yöntemi göre Sanger sekanslama emek yoğun, zaman alıcı ve nispeten pahalı olduğu için, MLST yazarak nispeten küçük izole kohort sınırlıdır. Bu nedenle, daha ucuz ve daha hızlı alt-tiplemesi yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu ihtiyaç MSPP gibi kitle spektrometrik yöntemlerle bir araya olabilir. Bu yazıda Campylobacter jejuni ssp bir koleksiyon kullanarak MSPP-yazmak için ayrıntılı bir protokol sunar. Doylei izolatları ve MLST ile potansiyel karşılaştırılması.

<table><tbody><tr><td>asetonitril</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Almanya</td><td>34967</td><td></td></tr><tr><td>Autoflex III TOF/TOF 200 sistemi</td><td>Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>GT02554 G201</td><td>Kütle spektrometresi</td></tr><tr><td>bakteri test standardı BTS</td><td>Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>604537</td><td></td></tr><tr><td>BioTools 3.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>263564</td><td>Yazılım Paketi</td></tr><tr><td>Bruker IVD Bakterial Test Standardı</td><td>Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>8290190</td><td>5 tüp</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei izolat&nbsp;</td><td>Belçika koordineli mikroorganizma koleksiyonu/Mikrobiyoloji Laboratuvarı UGent BCCM/LMG Ghent, Belçika</td><td>LMG8843</td><td>ATCC 49349; IMVS 1141; NCTC 11951; suş 093</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei izolat&nbsp;</td><td>Belçika koordineli mikroorganizma koleksiyonu/Mikrobiyoloji Laboratuvarı UGent BCCM/LMG Ghent, Belçika</td><td>LMG9143</td><td>Goossens Z90</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei izolat&nbsp;</td><td>Belçika koordineli mikroorganizma koleksiyonu/Mikrobiyoloji Laboratuvarı UGent BCCM/LMG Ghent, Belçika</td><td>LMG7790</td><td>ATCC 49350; CCUG 18265; Kasper 71; LMG 8219; NCTC 11847</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei izolat&nbsp;</td><td>Belçika koordineli mikroorganizma koleksiyonu/Mikrobiyoloji Laboratuvarı UGent BCCM/LMG Ghent, Belçika</td><td>LMG9243</td><td>Goossens N130</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei izolat&nbsp;</td><td>Belçika koordineli mikroorganizma toplama/Mikrobiyoloji Laboratuvarı UGent BCCM/LMG Ghent, Belçika</td><td>LMG8871</td><td>NCTC A603/87</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei izolat&nbsp;</td><td>Belçika koordineli mikroorganizma koleksiyonu/Mikrobiyoloji Laboratuvarı UGent BCCM/LMG Ghent, Belçika</td><td>LMG9255</td><td>Goossens B538</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei izolat&nbsp;</td><td>Belçika koordineli mikroorganizma koleksiyonu/Mikrobiyoloji Laboratuvarı UGent BCCM/LMG Ghent, Belçika</td><td>LMG8870</td><td>NCTC A613/87</td></tr><tr><td>Columbia agar tabanı&nbsp;</td><td>Merck, Darmstadt, Almanya</td><td>1.10455 .0500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>FlexSeries 1.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics için Pusula Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>251419</td><td>Yazılım Paketi</td></tr><tr><td>defibrine koyun kanı&nbsp;</td><td>Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Almanya</td><td>SR0051</td><td></td></tr><tr><td>etanol</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Almanya</td><td>02854 Fluka</td><td></td></tr><tr><td>formik asit</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Almanya</td><td>F0507</td><td></td></tr><tr><td>HCCA matrisi</td><td>Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>604531</td><td></td></tr><tr><td>Kimwipes kağıt mendil</td><td>Kimtech Science, Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Almanya</td> <td>aracılığıyla</td><td></td>Z188956</tr><tr><td>MALDI Biotyper 2.0</td><td>Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>259935</td><td>Yazılım</td></tr><tr><td>Paketi Mast Cryobank şişeleri</td><td>Mast Diagnostica, Reinfeld, Almanya</td><td>CRYO/B</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96 cilalı çelik hedef</td><td>Bruker Daltonics, Bremen, Almanya</td><td>224989</td><td></td></tr><tr><td>QIAamp DNA Mini Kiti&nbsp;</td><td>Qiagen, Hilden, Almanya</td><td>51304</td><td></td></tr><tr><td>rekombinant insan insülini</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Almanya</td><td>I2643</td><td></td></tr><tr><td>trifloroasetik asit</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Almanya</td><td>T6508</td><td></td></tr><tr><td>su, moleküler biyoloji sınıfı</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Almanya</td><td>W4502</td><td></td></tr></tbody></table>

alt türlerinin<em&gt; campylobacter jejuni</em&gt; ssp.<em&gt; doylei</em&gt; kütle spektrometre tabanlı phyloproteomics kullanma izolatlar (mspp)

Subtyping of Campylobacter jejuni ssp. doylei Isolates Using Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP)

-TOF MS tür ve alt türlerinin düzeyinde ama daha aşağıda, gerilme seviyesinde değil sadece bazı bakterileri ayırt etmek imkanı sunuyor. saptanabilir Biyomarker iyonlarının Alelık izoformları izole özgü kitle vardiya sonuçlanır. Kütle spektrometresi tabanlı phyloproteomics (MSPP) referans suşu dizisi bir genomu ile karşılaştırıldığında izole özgü kitle vardiya phyloproteomic ilişkilerin kesinti sağlayan bir düzeni kitle spektrometresi saptanabilir Biyomarker kitleleri birleştiren yeni bir tekniktir. çıkarsanan amino asit dizileri daha sonra MSPP tabanlı dendrogramlar hesaplamak için kullanılır. Burada bir Campylobacter jejuni ssp yazarak MSPP iş akışını açıklar. Yedi suşları izole koleksiyonu doylei. Yedi suşları genetik çeşitlilik ortaya insan kaynaklı ve multilokus dizisi yazarak (MLST) vardı. MSPP yazarak yeterince onların rafi yansıtan yedi farklı MSPP dizisi türlerinde sonuçlandılogenetic ilişkiler. C. jejuni ssp. MSPP Şema 2 ile 11 kDa kütle aralığı 14 farklı biyomarker iyonlarını çoğunlukla ribozomal proteinleri içerir doylei. MSPP ilke olarak, uzun bir seri dizi ile kütle spektrometrik platformlara uyarlanabilir. Bu nedenle, bu teknik zorlanma düzeyi mikrobiyal yazmak için kullanışlı bir araç olma potansiyeline sahiptir.

Daha önce, başarılı C için bir MSPP düzeni kurulmuş jejuni ssp. 13 jejuni. Burada, biz kardeş C alttür yöntemi uzatmak amaçlanmıştır jejuni ssp. doylei. Bu özel ortamda, yedi C. jejuni ssp. doylei izolatları / Laboratuvarı Mikrobiyoloji UGent BCCM / LMG Ghent, Belçika mikroorganizmaların Belçika koleksiyonundan elde edilmiştir. Bizim analizler için kullanılan tüm yedi izolatının insan kökenli idi. ishal re...

Kütle spektrometresi tabanlı phyloproteomics (MSPP) Campylobacter jejuni ssp bir koleksiyon yazın kullanıldı. Doylei multilokus dizisi yazarak (MLST) kıyasla gerilme seviyesinde izole eder.

alt türlerinin<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Ssp.<em&gt; doylei</em&gt; Kütle Spektrometre tabanlı PhyloProteomics kullanma izolatlar (MSPP)

MALDI-TOF MS offers the possibility to differentiate some bacteria not only at the species and subspecies level but even below, at the strain level. ...

MSPP veya Kütle Spektrometrisi tabanlı Filoproteomik olarak adlandırılan bu kütle spektrometrik prosedürün genel amacı, bakterileri suş düzeyinde alt tiplere ayırmaktır. Bu yöntem Mikrobiyoloji, Epidemiyoloji ve Hijyen alanlarındaki temel soruları yanıtlamak için kullanılabilir. Örneğin, filoproteomik akrabalığı görselleştirerek salgın durumlarını analiz etmek için kullanılabilir.Diğer tipleme yöntemleriyle karşılaştırıldığında MSPP, örnek başına düşük maliyetlidir ve oldukça hızlıdır. Nozokomiyal enfeksiyonlar giderek artan öneme sahip bir sorundur ve MSPP şemamızın diğer bakterilerin, hatta mantarların epidemiyolojik tiplemesine genişletilebilmesini umuyoruz. MSPP şemamız, suşlar arasındaki akrabalık hakkında bilgi sağlar; bu nedenle, ilaç direnci veya virülans gibi ilgili fenotiplerin tahmini için, bu fenotiplerin belirli genotiplerle korele olduğu durumlarda uygulanması mantıklıdır.Bu prosedüre başlamak için, 2,5 mg HCCA'yı 250 µL'lik bir organik çözücü karışımında (%50 isonitrile, %47,5 çift distile su ve %2,5 trifluoroacetic acid) çözerek iki tüp matris çözeltisi hazırlayın. Bunlardan birine internal kalibrat olarak rekombinant insan insülini ekleyin. Ardından, referans suşundan bir koloninin iğne başı boyutundaki miktarını doğrudan bir MALDI hedef plakasına yayın.Kalibrasyon pikinin kesin kütlesini belirlemek için, başka bir noktaya bir mikrolitre test standardı yerleştirin. Bakteri ve standardın her bir noktasının üzerine 1 mikrolitre HCCA katkılı matriks çözeltisi ekleyin ve oda sıcaklığında kristalleşmeye bırakın. Analiz edilecek her suş için yayma preparat hazırlama işlemini tekrarlayın.Her bir noktanın üzerine 1 µL spike edilmiş HCCA matris çözeltisi ekleyin ve oda sıcaklığında kristalleşmeye bırakın. Alternatif olarak, proteinler yapışması zor hücrelerden ekstrakte edilebilir. Bunun için, bir ekim özesi ile Agar plaka kültüründen yaklaşık 5 koloni toplayın.Bunları 1,5 mililitrelik bir reaksiyon tüpü içinde 300 µL çift distile su ile süspanse edin ve bakteriyel koloniler tamamen süspanse olana kadar tekrarlı pipetleme ile iyice karıştırın. Ardından 900 µL absolut etanol ekleyin ve karıştırın. Numuneyi 13.000 g'de 1 dakika boyunca santrifüjleyin.Pellet kurutulduktan sonra, 50 µL %70 formik asit içerisinde pipetle yukarı-aşağı çekilerek yeniden süspande edilir. Ardından, 50 µL asetonitril eklenir ve karıştırılır. Kalıntılar, 13.000 g'de 2 dakika santrifüj edilerek uzaklaştırılır.İşlem tamamlandığında, süpernatanttan 1 µL alarak bir MALDI hedef plakasındaki örnek konumuna aktarın. Örneği kuruttuktan sonra, her bir noktanın üzerine 1 µL HCCA matris çözeltisi ekleyin ve oda sıcaklığında kristalleşmeye bırakın. Bu aşamadan sonra, her bir nokta için 100'er atımlık adımlarla toplam 600 spektrum toplayarak MALDI-TOF analizi gerçekleştirin.Öncelikle, kütle spektrometresinin konfigürasyon yazılımındaki otomatik yürütme (auto execute) sekmesine tıklayın. Metod butonuna sol tıklayıp açılır menüden ilgili metodu seçerek metodu açın. Ardından, otomatik yürütme metod düzenleyicisini açmak için düzenle (edit) butonuna sol tıklayın.Biriktirme (accumulation) sekmesi altında, tatmin edici çekim (satisfactory shot) değerini 100 ve toplam (sum up) değerini 600 olarak ayarlayın. Her spektrum için listeden kalibran pikini seçin, 'automatic assign' (otomatik ata) seçeneğine tıklayın ve 'OK' tuşuna basın. Her noktadan kütle spektrumları elde ettikten sonra, spektrum tarayıcısı ile bir spektrumu açarak ve kalibran içermeyen bir spektrumla karşılaştırarak beklenen kütledeki piki bularak kalibrasyon pikinin kesin kütlesini deneysel olarak belirleyin. Kalibran pikinin, ilgilenilen organizmanın başka herhangi bir biyobelirteci tarafından kapatılmadığını kontrol edin.Referans suşun genom dizileme verilerini kullanarak, DNA dizisini karşılık gelen amino asit dizisine çevirerek kodlanan proteinlerin her birinin teorik monoizotopik moleküler ağırlığını hesaplayın. Dosyayı yükleyin veya bu protein dizisini uygun biyoinformatik kaynak panelinin giriş kutusuna kopyalayıp yapıştırın ve teorik izoelektrik noktayı ile moleküler ağırlığı hesaplayın. Sonuçları, bir sütunu gen tanımlayıcısını ve diğer sütunu moleküler ağırlığı içeren bir hesap çizelgesine kopyalayın.Kütlelerin aranmasını kolaylaştırmak için satırları hesaplanan moleküler ağırlığa göre sıralayın. Mono izotopik moleküler ağırlıktan 135 dalton çıkararak, demetiyanine formunun moleküler ağırlığı için hesap tablosuna ek bir sütun ekleyin. Genom tablosundan ölçülen kütleye bakarak, ölçülen her bir ana biyobelirteç kütlesini referans suşun hesaplanan kütleleriyle eşleştirin.Başka bir hesap çizelgesine, her bir biyobelirteç iyonunun kütlesini ve tanımlayıcısını kaydedin. Şimdi, referans suş için yapıldığı gibi, toplanan izolatlardan elde edilen kütle spektrumlarını kalibre edin. Her satıra bir izolat gelecek şekilde, kütle spektrumlarındaki varyant biyobelirteçleri belirleyin ve her bir biyobelirteç için ölçülen kütleyi ve tahmin edilen izoformu ilgili sütunlara kaydedin.C-Jejuni Subspecies doylei ATCC 49349'nin MALDI-TOF kütle spektrumu, hesaplanan moleküler kütlelerin referans spektrumuyla karşılaştırılması yoluyla tanımlanabilen 14 tek yüklü biyobelirteç iyonu içerir. Koleksiyon içerisinde, metiyoninsiz L32, L33 ve gil152939117 tarafından kodlanan hipotetik protein, S20 M ve S15 M için farklı izoformlar tespit edilmiştir. Biyobelirteç iyonlarına atanan geri kalan kütleler, test edilen izolatlarda değişmezlik göstermiştir. Kütle kaymasına karşılık gelen amino asit substitüsyonu, burada listelenen primerler kullanılarak ilgili genin PCR amplifikasyonu ve Sanger sekanslaması ile tanımlanmıştır.MSPP şemasına dahil edilen tüm biyobelirteç iyonlarının amino asit dizilerinin yanı sıra tespit edilen alelik izoformlar burada belirtilmiştir. İncelenen C jejuni subspecies doylei izolatlarından oluşturulan MLST tabanlı UPGMA dendrogramı, her bir izolatın farklı bir MLST sekans tipine ait olduğunu göstermektedir. LMG7790 suşu ise en uzun filogenetik mesafeye sahiptir.MLST analiziyle görüldüğü gibi, incelenen C. jejuni subspecies doylei izolatlarının MSPP analizinde LMG7790 izolatı en uzun filoprodeomik mesafeye sahiptir. Bu teknik uzmanlaşıldığında, düzgün bir şekilde uygulandığı takdirde tek bir gün içinde tamamlanabilir. Bu prosedür takip edilirken, deney sırasında kullanılan bazı maddelerin toksisitesini hatırlamak önemlidir.Örneğin, asetonitril cilt tahrişine neden olabilir. Ayrıca, direnç genlerinin varlığı gibi daha fazla parametreyi analiz etmek için MSPP'nin yanı sıra DNA dizileme gibi diğer yöntemler de uygulanabilir. Bu tekniğin geliştirilmesi, mikrobiyoloji alanındaki araştırmacıların fotogeniteyi keşfetmelerinin önünü açmaktadır.Bu videoyu izledikten sonra, MSPP'nin nasıl çalıştığı ve belirli sorulara nasıl uygulanabileceği konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız. Şiddetli patojenlerle çalışmanın son derece tehlikeli olabileceğini ve S2 laboratuvar ekipmanı gibi önlemlerin her zaman alınması gerektiğini unutmayın.

subtyping-campylobacter-jejuni-ssp-doylei-isolates-using-mass

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Yakalama Bileşikler fotoğraf crosslinking ve saflaştırma takip fonksiyonel geri dönüşümlü küçük molekül-protein etkileşim proteom karmaşıklığını azaltmak için trifunctional küçük moleküllerdir. Burada Yakalama...

Methyltransferases, profilleme ve Diğer S Adenosil- L</subYakalama Bileşik Kütle Spektrometresi (CCMS)> homosistein bağlayıcı Proteinler

Kütle spektrometrisi (antipersonel mayınları) ile kombinasyon halinde etiketli proteinlerin saflaştırılması Affinity protein etkileşimi ağların sistematik eşleme için ve biyolojik süreçlerin mekanistik temeli araştırmak için güçlü bir yöntem. Burada, bakteri için geliştirilmiş optimize edilmiş sıralı peptid afinite (SPA) antipersonel mayınları prosedürü...

Protein Kompleksi belirlenmesi<em&gt; Escherichia coli</em&gt; Tandem Kütle Spektrometresi ile Kombine Sıralı Peptid Affinity Arıtma kullanarak

Biz doğru bir şekilde sıvı Kromatografi yüksek çözünürlüklü bir Kütle Spektrometre için arabirim ile proteinler ile izobarik etiketleme, geniş ayırma, Biyoinformatik araçlarını ve kalite kontrol adımları birlikte quantitate için bir protokol mevcut.

Derin Proteom izobarik etiketleme, kapsamlı sıvı Kromatografi, kütle spektrometresi ve yazılım destekli miktar tarafından profil oluşturma

Burada montaj ve demontaj biolayer Interferometry (BLI) kullanarak şarbon toksini izlemek için bir iletişim kuralı mevcut. Montaj/demontaj biyoalgılayıcı yüzeyinde, büyük protein kompleksleri yüzey Görselleştirme ve elektron mikroskobu ve kütle spektrometresi, sırasıyla kullanarak kompleksleri bileşenlerinin tanımlaması için serbest bırakılır.

Dinamik Protein kompleksleri analiz monte ve kütle spektrometresi ve Elektron Mikroskopisi kullanılarak Biolayer Interferometry biyoalgılayıcı--dan serbest bırakmak

Campylobacter için dışkı kültürü kesin olmasa da, hala kimlik için altın standart olarak kabul edilir. C. jejuni'nin insan dışkısındaki nakil medyasında tespit ve sağkalım sınırını belirleme yöntemleri tanımlanmış ve daha doğru bir şekilde yeni bir immünoassay ile karşılaştırılmaktadır.

İnsan Dışkı Örneklerinde Campylobacter Jejuni'nin Ulaşım Medyasında Tespit ve Sağkalım Sınırını Belirlemek Için Kültür Yöntemleri

Protein Arginin ( R ) -metilasyonu, çoklu biyolojik yolları düzenleyen geniş çaplı bir translasyonel sonrası modifikasyondur. Kütle spektrometresi, modifiye peptid zenginleştirme için biyokimyasal yaklaşımlarla birleştirildiğinde, R-metil-proteomun küresel profilini çıkarmak için en iyi teknolojidir. İnsan hücrelerinde küresel R-metilasyonun yüksek güvenilirlikle tanımlanması için tasarlanan iş akışı burada açıklanmaktadır.

Global ve Yüksek Güvenilirlikli Protein R-Metilasyon Analizi için Kütle Spektrometrisine Dayalı Proteomik Yaklaşım

Burada, maldi-TOF-TOF tandem kütle spektrometresi ve yukarıdan aşağıya proteomik analiz kullanılarak genomik olarak sıralanmış patojenik bakteriler tarafından üretilen proteinlerin şirket içinde geliştirilen yazılımla hızlı tanımlanması için bir protokol sunuyoruz. Metastable protein iyonları, aspartik asit etkisi nedeniyle parçalanır ve bu özgüllük protein tanımlaması için yararlanılmıştır.

MALDI-TOF-TOF-MS/MS ve Yukarıdan Aşağıya Proteomik Analiz kullanılarak Escherichia coli'de Antibakteriyel Bağışıklık Proteinlerinin Tanımlanması

Masaüstü cihazları kullanan tüm genom dizileme (WGS) stratejilerinin fizibilitesi, laboratuvar ortamında halk sağlığı ile ilgili her mikrobun genom sorgulamasını basitleştirmiştir. Bakteriyel WGS için iş akışının metodolojik bir uyarlaması tanımlanmıştır ve analiz için bir biyoinformatik boru hattı da sunulmuştur.

Oreochromis spp. Çiftliklerinden Türetilen Patojenik Bir Escherichia coli Suşunun Karakterizasyonu Tüm Genom Dizilimini Kullanarak

Campylobacter , dünya çapında bakteriyel gıda kaynaklı gastroenteritin önde gelen nedenidir. Kuruluşların tesislerinde yaygınlığı azaltmak için önlemler almasına rağmen, kontamine ürünler sürekli olarak tüketicilere ulaşmaktadır. Son on iki yılda geliştirilen teknik, Campylobacter spp.'yi çiğ etten izole etmek ve tespit etmek için mevcut yöntemlerin sınırlamalarını ele almaktadır.

Campylobacter spp.'nin Çiğ Etten Tespiti ve İzolasyonu

Bu protokol, kültür ürünlerini MALDI-TOF MS ile birleştirerek süt ürünlerindeki mikrobiyal bileşimin hızlı ve uygun maliyetli bir şekilde değerlendirilmesini sağlar. Geleneksel kültür yöntemlerinden daha kısa bir geri dönüş süresi ile 16S rRNA dizilimi ile karşılaştırılabilir taksonomi sonuçları sunar.

MALDI Yaklaşımı ile Bakteriyel Proteomik Profilleme Kullanılarak Süt Ürünlerinin Mikrobiyal Güvenliğinin Değerlendirilmesi

Keşfedin, Campylobacter jejuni ssp. doylei izolatlarını kütle spektrometrisi tabanlı filoproteomik (MSPP) ile alt tür düzeyinde sınıflandırma yöntemini. Bu hızlı ve ekonomik teknik, salgın durumlarında filoproteomik ilişkilendirmeyi görselleştirerek mikrobiyoloji ve epidemiyoloji alanlarında değerli bilgiler sunar.

alt türlerinin

Daha fazla video keşfet