Name: Üzüm Berry metabolomik ve transkriptomik aracılığıyla yorumlanır Terroir Kavramı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: Keşfedin, metabolomik ve transkriptomik analizlerle Corvina üzüm çeşidinde terroir imzalarını nasıl belirleyebilirsiniz. Bu yöntem, çevresel faktörlerin üzüm kalitesi üzerindeki etkisini anlamaya yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, AB tarafından finanse edilen COST ACTION FA1106 "Domates ve asmada etli meyve kalitesini kontrol eden gelişimsel mekanizmaları belirlemek için entegre bir sistem yaklaşımı" kapsamında koordine edilen ağ oluşturma faaliyetlerinden yararlanmıştır. Bu çalışma, CARIVERONA Bank Vakfı tarafından finanse edilen 'Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale' projesi ve İtalya Tarım ve Orman Politikaları Bakanlığı tarafından finanse edilen 'Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)' projesi tarafından desteklenmiştir. SDS, İtalya Üniversite ve Araştırma Bakanlığı FIRB RBFR13GHC5 "Çevre Etkileşimlerine Göre Genotipte Asmanın Epigenomik Plastisitesi" projesi tarafından finanse edilmiştir.

<ol><li>Jessome, L. L., Volmer, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression%3A+A+major+concern+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Lc+Gc+N+Am%22%5BJournal%5D)">Ion suppression: A major concern in mass spectrometry.</a> Lc Gc N Am. 24 (5), 498-510 (2006).</li>
<li>Kim, H. K., Choi, Y. H., Verpoorte, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NMR-based+plant+metabolomics%3A+where+do+we+stand%2C+where+do+we+go%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biotech%22%5BJournal%5D)">NMR-based plant metabolomics: where do we stand, where do we go?</a> Trends Biotech. 29 (6), 267-275 (2011).</li>
<li>Sumner, L. W., Mendes, P., Dixon, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+metabolomics%3A+large-scale+phytochemistry+in+the+functional+genomics+era%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem%22%5BJournal%5D)">Plant metabolomics: large-scale phytochemistry in the functional genomics era.</a> Phytochem. 62 (6), 817-836 (2003).</li>
<li>Bottcher, C., von Roepenack-Lahaye, E., Willscher, E., Scheel, D., Clemens, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+matrix+effects+in+metabolite+profiling+based+on+capillary+liquid+chromatography+electrospray+ionization+quadrupole+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Evaluation of matrix effects in metabolite profiling based on capillary liquid chromatography electrospray ionization quadrupole time-of-flight mass spectrometry.</a> Anal Chem. 79 (4), 1507-1513 (2007).</li>
<li>Toffali, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+aspects+of+grape+berry+ripening+and+post-harvest+withering+revealed+by+untargeted+LC-ESI-MS+metabolomics+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Novel aspects of grape berry ripening and post-harvest withering revealed by untargeted LC-ESI-MS metabolomics analysis.</a> Metabolomics. 7 (3), 424-436 (2011).</li>
<li>Martin, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+we+trust+untargeted+metabolomics%3F+Results+of+the+metabo-ring+initiative%2C+a+large-scale%2C+multi-instrument+inter-laboratory+study%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Can we trust untargeted metabolomics? Results of the metabo-ring initiative, a large-scale, multi-instrument inter-laboratory study.</a> Metabolomics. 11 (4), 807-821 (2015).</li>
<li>Jaillon, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+grapevine+genome+sequence+suggests+ancestral+hexaploidization+in+major+angiosperm+phyla%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.</a> Nature. 449 (7161), 463-467 (2007).</li>
<li>Velasco, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high+quality+draft+consensus+sequence+of+the+genome+of+a+heterozygous+grapevine+variety%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">A high quality draft consensus sequence of the genome of a heterozygous grapevine variety.</a> Plos One. 2 (12), (2007).</li>
<li>Tornielli, G. B., Zamboni, A., Zenoni, S., Delledonne, M., Pezzotti, M. Ch. 11. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aTornielli%2C+GB+%22The+Biochemestry+of+the+Grape+Berry%22">The Biochemestry of the Grape Berry</a>. Gerós, H., Chaves, M., Delrot, S. 11, Bentham Science Publishers. (2012).</li>
<li>Anesi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+scientific+interpretation+of+the+terroir+concept%3A+plasticity+of+the+grape+berry+metabolome%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Towards a scientific interpretation of the terroir concept: plasticity of the grape berry metabolome.</a> BMC Plant Biol. 15, 1-17 (2015).</li>
<li>Berdeja, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Water+limitation+and+rootstock+genotype+interact+to+alter+grape+berry+metabolism+through+transcriptome+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Hort+Res%22%5BJournal%5D)">Water limitation and rootstock genotype interact to alter grape berry metabolism through transcriptome reprogramming.</a> Hort Res. 2, 1-13 (2015).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solar+ultraviolet+radiation+is+necessary+to+enhance+grapevine+fruit+ripening+transcriptional+and+phenolic+responses%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Solar ultraviolet radiation is necessary to enhance grapevine fruit ripening transcriptional and phenolic responses.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-16 (2014).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+sampling+bias+in+molecular+studies+of+grapevine+fruit+ripening%3A+transcriptomic+assessment+of+the+density+sorting+method%5BTitle%5D)+AND+%22Theor+Exp+Plant+Phys%22%5BJournal%5D)">Reducing sampling bias in molecular studies of grapevine fruit ripening: transcriptomic assessment of the density sorting method.</a> Theor Exp Plant Phys. 28 (1), 109-129 (2016).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
<li>Cramer, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+of+the+late+stages+of+grapevine+%28Vitis+vinifera+cv.+Cabernet+Sauvignon%29+berry+ripening+reveals+significant+induction+of+ethylene+signaling+and+flavor+pathways+in+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-21 (2014).</li>
<li>Dal Santo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plasticity+of+the+grapevine+berry+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">The plasticity of the grapevine berry transcriptome.</a> Genome Biol. 14 (6), 1-17 (2013).</li>
<li>Fasoli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+the+source%2Fsink+ratio+in+Vitis+vinifera+%28cv+Sangiovese%29+induces+extensive+transcriptome+reprogramming+and+modifies+berry+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Increasing the source/sink ratio in Vitis vinifera (cv Sangiovese) induces extensive transcriptome reprogramming and modifies berry ripening.</a> BMC Genomics. 12, 1-23 (2011).</li>
<li>Rinaldo, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Grapevine+Anthocyanin+Acyltransferase%2C+Transcriptionally+Regulated+by+VvMYBA%2C+Can+Produce+Most+Acylated+Anthocyanins+Present+in+Grape+Skins%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">A Grapevine Anthocyanin Acyltransferase, Transcriptionally Regulated by VvMYBA, Can Produce Most Acylated Anthocyanins Present in Grape Skins.</a> Plant Physiol. 169 (3), 1897-1916 (2015).</li>
<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
<li>Venturini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+transcriptome+characterization+of+Vitis+vinifera+cv.+Corvina+unveils+varietal+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity.</a> BMC Genomics. 14, 1-13 (2013).</li>
<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
<li>Pluskal, T., Castillo, S., Villar-Briones, A., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MZmine+2%3A+Modular+framework+for+processing%2C+visualizing%2C+and+analyzing+mass+spectrometry-based+molecular+profile+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data.</a> BMC Bioinformatics. 11, 1-11 (2010).</li>
<li>Ashburner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+Ontology%3A+tool+for+the+unification+of+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Gene Ontology: tool for the unification of biology.</a> Nat Genet. 25 (1), 25-29 (2000).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Bu makalede, üzüm dut terroir kavramını yorumlamak için kullanılan metabolomik, transkriptomik ve istatistiksel analiz protokollerini açıklar. HPLC-ESI-MS ile metabolomik analiz aynı anda metabolitleri çok sayıda algılamak için yeterince duyarlı olmakla birlikte, göreceli kantitatif matris etkisi ve iyon bastırma / geliştirme etkilenir. Ancak, benzer bir yaklaşım zaten Corvina çilek olgunlaşmasını ve hasat sonrası soldurma tanımlamak için kullanılır olmuştur, ve matriks etkileri düzeltme sonuçları 5 üzerinde ...

Bitkilerin genomları, transcriptomes, proteomlarda ve metabolomes dayalı büyük ölçekli veri analizi gibi asma bitkileri ve çevreleri arasındaki etkileşimleri yansıtan şarap terroir özellikleri gibi karmaşık sistemlerin, davranış içine görülmemiş fikir verir. aynı asma klonlar farklı bağlarında yetiştirilen bile bir şarap terroir farklı olabilir çünkü klonal genomları aynıdır, çünkü genomik analiz edilmesi bir fayda sağlamaz. Bunun yerine gen ifadesinin ve şarap kalitesi özelliklerini belirlemek çilek, metabolik özellikler arasındaki ilişkilere bakmak gerekir. mikrodiziler üzerinde immobilize problara hibridizasyon gibi olduğu genel özelliklerini kullanmak kantitatif analiz kolaylaştıran her transkript, benzer kimyasal özelliklere gelen transcriptome yararları seviyesinde gen ekspresyonunun analizi. proteomik A aksine, genel analitik yöntemlernd metabolomik nedeniyle bireysel protein ve metabolitleri büyük fiziksel ve kimyasal çeşitliliğin daha zordur. metabolomik durumunda bireysel metabolitleri boyutu, polarite, bolluk ve volatilitenin çok farklı olduğundan bu çeşitlilik daha aşırı, bu yüzden tek bir ekstraksiyon işlemi ya da analitik yöntem bütünsel bir yaklaşım sunuyor. uçucu olmayan metabolitler için uygun bir analitik platformlar arasında, yüksek performanslı sıvı kromatografisi dayananlar kütle spektrometrisi bağlanmış (HPLC-MS) çok daha hassas ultraviyole veya diyot dizi dedektörü ile HPLC (HPLC-UV, HPLC-DAD olarak alternatiflere göre ) ya da HPLC-MS ile nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopi ancak kantitatif analiz, matris etki ve iyon bastırma / iyileştirme 1-3 fenomenler etkilenebilir. (HPLC-E elektrosprey iyonizasyon kaynağı kullanılarak HPLC-MS ile Corvina üzüm meyveleri analiz sırasında bu tür etkilerin incelenmesiSI-MS), düşük tutma süreleri ile şekerler ve diğer moleküller güçlü bir şekilde belki de bu bölgede molekül çok sayıda yansıtan yetersiz olarak gösterdi, ve diğer moleküllerin bolluğu matrisi etkisiyle fazla veya etkilenmez, küçümsenmeyecek ki ancak matris etkisi için veri normalleşme genel sonuçları 4,5&#39;ten üzerinde sınırlı bir etkisi var gibiydi. Burada tarif edilen yöntem, olgunlaşma sırasında üzüm meyveleri içinde yüksek seviyelerde birikmesine orta kutup Metabolitlerin analiz edilmesi için optimize edilir ve bu önemli ölçüde terroir etkilenmektedir. Birlikte renk, tat ve şarap sağlıkla ilgili özelliklerinin belirlenmesi antosiyaninler, flavoneller, Flavan-3-ol, prosiyanidinlerin, diğer flavonoidler, resveratrol, stilbenler, hidroksisinamik asitler ve hidroksibenzoik asitler içerir. HPLC-MS ile niceleme güvenilir olduğu gibi şeker ve alifatik organik asitler gibi diğer metabolitleri nedeniyle effec matrise göz ardı edilirT ve iyon-bastırma fenomeni 5. Bu yöntemle seçilen polarite aralığında, yaklaşım mümkün 6 gibi birçok farklı metabolitleri tespit amaçlamaktadır ki hedefsiz olduğunu. Asma transkript binlerce eşzamanlı izlenmesine olanak tanır transkriptomik yöntemleri tam asma genom dizisinin 7,8 kullanılabilirliği ile kolaylaştırılır. yüksek verimli cDNA dizileme dayalı erken transkriptomik yöntemler kolektif RNA-Seq teknoloji olarak tanımlanan prosedürlerin bir koleksiyon haline gelecek nesil dizileme gelişiyle gelişmiştir. Bu yaklaşım hızla transkriptomik çalışmalar için tercih edilen bir yöntem haline gelmektedir. Ancak, transkript binlerce melezleme ile paralel olarak sayısal izin mikrodizide dayalı literatürün büyük bir gövde, dedikodu için birikmiş. RNA Seq bir ana teknoloji olmadan önce Nitekim, birçok özel ticari mikroarray platformları olmuştugeliştirilen izin asma transcriptome ayrıntılı olarak incelenecek olan. Platformların çok çeşitli arasında, sadece iki genom transcriptome analizi 9 izin verdi. En gelişmiş dizi böylece her bir deney maliyetlerini azaltarak, tek bir cihazda 12 adede kadar bağımsız örneklerin hibridizasyon izin verdi. 12 alt diziler her 29.549 asma transkript temsil eden 135,000 60-mer probları oluşmaktadır. Bu cihaz, çalışmaları 10-24 çok sayıda kullanılmaktadır. Bu iki platform şimdi kalkıyor ama yeni bir özel mikroarray son zamanlarda dizayn edilmiştir ve ek yeni keşfedilen asma genleri 25 temsil prob daha büyük bir sayı içeren gibi daha yeni bir gelişmeyi temsil etmektedir. transkriptomiks ve metabolomikler analizi ile üretilen büyük satış veri setleri farklı bir formda arasındaki ilişkiyi belirlemek için çok değişkenli teknikler de dahil olmak üzere veri analizi için uygun istatistiksel yöntemleri gerektirirVerilerin s. En yaygın olarak kullanılan çok değişkenli teknikler projeksiyona dayalı olanlardır ve bunlar gibi temel bileşenler analizi (PCA), ya da, denetimsiz olabilir gibi gizli yapıların diskriminant analizi (O2PLS-DA) 26 çift yönlü dik izdüşümü olarak, denetimli. Bu makalede sunulan protokol örneklerinin gruplar arasındaki farklılıkları belirlemek için keşif veri analizi ve O2PLS-DA için PCA kullanır.

<table><tbody><tr><td>Değirmen Öğütücü</td><td>IKA</td><td>IKA A11 temel</td><td></td></tr><tr><td>HPLC Otomatik Numune Alma</td><td>Cihazı Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 508 Otomatik Numune Alma Cihazı</td></tr><tr><td>HPLC Sistemi</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 127 Solvent Modülü HPLC</td></tr><tr><td>C18 Koruma Kolonu</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7,5 mm x 2,1 mm; 5 &mu; m) Koruma Kolonu</td></tr><tr><td>C18 Kolonu Grace</td><td></td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 mm x 2,1 mm; 3 &mu; m) Kolon</td></tr><tr><td>Kütle Spektometresi</td><td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp;-</td><td>Bruker Esquire 6000; Kütle spektometresi bir ESI kaynağı ile donatılmıştı ve analizör bir iyon tuzağıydı.</td></tr><tr><td>Ekstraksiyon çözücüleri ve HPLC tamponları</td><td>Sigma</td><td>34966</td><td>Metanol LC-MS sınıfı</td></tr><tr><td>Sigma</td><td>94318</td><td>Formik asit LC-MS sınıfı</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>34967</td><td>Asetonitril LC-MS sınıfı</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>39253</td><td>Su&nbsp; LC-MS sınıfı</td><td></td></tr><tr><td>Minisart RC 4 Şırınga filtreleri (0.2 & mu; m)</td> <td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>Veri toplama (a) ve işleme (b)</td> <td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Kontrol (a); Esquire 3.2 Veri Analizi ve MzMine 2.2 yazılımları (b)</td></tr><tr><td>Spektrum Bitki Toplam RNA kiti</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>Üzüm perikarplarından toplam RNA ekstraktino için</td></tr><tr><td>Nanodrop 1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>RNA 6000 Nano Reaktifler</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>RNA Çipleri</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Gen Ekspresyonu Yıkama Tamponu 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Gen Ekspresyonu Yıkama Tamponu 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>LowInput QuickAmp Etiketleme kiti Tek Renkli</td><td>Agilent Teknolojileri</td><td>5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>Kit RNA Spike In - Tek Renkli</td><td>Agilent Teknolojiler</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>Gen Ekspresyonu Hibridizasyon Kiti</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>cRNA Saflaştırma için</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer Mikrodizi</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>Conta kızakları</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Agilent SurePrint Microarray 4 dizili Hibridizasyon</td></tr><tr><td>Termostatik banyosunu</td> etkinleştirin <td>Julabo-Hibridizasyon</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Odası Agilent</td><td> Teknolojiler</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>Mikroarray Hibridizasyon Fırını</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>Hibridizasyon Fırını Döndürücü Raf</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>Döndürücü Raf Dönüştürme Çubuğu</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>Boyama kiti</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>Slayt boyama kabı ve Sürgülü raf</td></tr><tr><td>Manyetik karıştırıcı cihazı</td><td>AREX Isıtmalı Manyetik Karıştırıcı</td><td>F20540163&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Termostatik Fırın</td><td>Thermo Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Mikroarray Tarayıcı</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2565CA</td><td></td></tr><tr><td>Tarayıcı Karuseli, 48 konumlu</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>Sürgü Tutucular</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>Özellik çıkarma yazılımı v11.5</td><td>Agilent </td><td></td><td>Agilent Mikrodizi Tarayıcı G2565CA</td></tr><tr><td>SIMCA + V13 Yazılım</td><td>Umetrics</td><td></td><td></td></tr> İçindeki Teknolojiler</tbody></table>

Üzüm berry metabolomik ve transkriptomik aracılığıyla yorumlanır terroir kavramı

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

Terroir özellikle habitatlar ve yönetim uygulamalarına göre bu tür asma (Vitis vinifera) gibi ürünlerin özelliklerini etkileyen çevresel faktörlerin kombinasyonu ifade eder. Bu makale belli terroir imzalar çok değişkenli istatistiksel analiz kullanılarak asma çeşidi corvina&#39;nın berry metabolome ve transcriptome tespit edilebilir gösterir. yöntemi ilk uygun bir örnekleme planı gerektirir. Bu olgu sunumunda, Corvina çeşidinde belirli bir klon genetik farklılıkları en aza indirmek için seçildi ve numuneler üç farklı yetiştirme mevsimi boyunca üç farklı makro bölgeleri temsil eden yedi üzüm bağları toplanmıştır. Bir hedefsiz LC-MS metabolomik yaklaşımı MZmine yazılım ve parçalanma ağaç analizine dayalı bir metaboliti kimlik strateji kullanarak verimli veri işleme eşliğinde yüksek duyarlılığı nedeniyle tavsiye edilmektedir. Kapsamlı transcriptome analizi mikrodizileri kullanılarak elde edilebiliriçeren probları farklı terroirs bağlamında tüm farklı ifade genlerin aynı anda analizini sağlayan, ~ tüm tahmin asma genlerinin% 99 kapsayan. Son olarak, projeksiyon yöntemlerine dayalı çok değişkenli veri analizi metabolomik ve transkriptomiks verileri entegre ve bilgilendirici korelasyon tespit ayrıntılı olarak analiz edilecek izin, güçlü bağ bozumu-spesifik etkisini aşmak için kullanılabilir.

Bu makalede açıklanan vaka çalışması nispeten 189 örnekleri arasında sayısal moleküler iyonlar artı kendi izotopları, adüktleri ve bazı parçaları da dahil olmak üzere 552 sinyalleri (m / z özellikleri), (7 bağları x 3 olgunlaşma aşamaları x 3 büyüyen mevsim x içeren bir son veri matrisi vermiştir 3 biyolojik çoğaltır). veri noktaları için toplam sayısı, bu nedenle 104,328 idi. Parçalanma ağacı analizi metabolitleri ayrıca adüktleri, izotoplar ve fragmanlarına karşılık gelen, <em...

Bu makale, yani terroir kavramının, içgörü kazanmak için üzüm berry transkript ve metabolitleri hedefsiz metabolomik, transkriptomik ve çok değişkenli istatistiksel analiz uygulamasını açıklar, dut kalite özellikleri çevrenin etkisi.

Üzüm Berry metabolomik ve transkriptomik aracılığıyla yorumlanır Terroir Kavramı

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

Bu deneysel prosedürlerin genel amacı, Corvina üzüm kültivarının meyve metabolomu ve transkriptomundaki farklı teruar imzalarını gözlemlemektir. Burada açıklanan vaka çalışması, üç büyüme mevsimi boyunca üç makro bölgedeki yedi bağdan üç farklı olgunlaşma aşamasında örneklerin toplanmasını ve analiz edilmesini içermektedir. Açıklanan teknikler, hasat yılı etkisinin meyve metabolomu üzerindeki hakim olgunlaşma etkisini ortaya koymaktadır.Olgun meyvelerde, üç makro bölgeyi temsil eden belirgin spesifik kimyasal imzalar da tespit edilmiştir. Makro bölge düzeyindeki teruar imzası; hem transkriptomik hem de metabolomik veri matrislerini analiz etmek için PCA (temel bileşen analizi) ve auto BLSDA (çift yönlü ortogonal projeksiyonla ayrık analiz) gibi uygun istatistiksel teknikler kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Öte yandan, münferit bağlar arasındaki farklar daha belirsizdir ve daha gelişmiş ile hassas istatistiksel yaklaşımlar gerektirmektedir.Deneye uygun bir örnekleme planı geliştirerek başlayın. Örnekleme planının; örnekleme yerlerini, zamanlarını ve kesin örnekleme prosedürünü belirttiğinden emin olun. İki asma sırası boyunca farklı konumlardan 30 salkım hasat ettikten sonra, görünür hasarı olan veya enfeksiyon belirtileri gösterenlerden kaçınarak her salkımdan rastgele üç tane meyve seçin.Her olgunlaşma aşaması için üç bağımsız havuz elde etmek üzere bu işlemi tekrarlayın. Meyvelerin çekirdeklerini çıkarın ve perikarpı derhal sıvı azot içinde dondurun. Her havuzdaki tüm donmuş meyveleri otomatik bir değirmende öğütün.Her bir toz örneği, biri transkriptomik analiz ve diğeri metabolomik analiz için olmak üzere iki eşit parçaya bölün. Ardından, dövücüyü kapatıp çıkarın ve tozları -80 °C'de saklayın. Meyve örneklerinin metabolik ekstraktlarını, oda sıcaklığında, %0,1 formik asit ile asitlendirilmiş üç hacim metanol içinde, 40 kHz'lik bir ultrasonik banyoda 15 dakika boyunca hazırlayın.Ekstratları 4 °C'de 10 dakika boyunca 16,000 ×g'de santrifüjleyin. Süpernatanı iki hacim deiyonize su ile seyreltin ve 0.2 µm'lik bir filtreden geçirin. Metin protokolünde açıklandığı şekilde, bir elektro sprey iyonizasyon kaynağına bağlı yüksek performanslı sıvı kromatografisi veya HPLC-ESI-MS sistemini kurun.HPLC ayrımını, 30 µL örnek enjeksiyon hacmi kullanarak, A ve B çözücüleri ile lineer gradyanla ve 0.2 mL/dak sabit akış hızında gerçekleştirin. Kütle spektrumlarını, metin protokolünde listelenen parametreler ile dönüşümlü negatif ve pozitif iyonizasyon modlarında elde edin. LCMS verilerini işlemek için M Zeta Mine sürüm 2.14 gibi uygun bir açık kaynaklı yazılım kullanarak pik tespit hizalama, boşluk doldurma ve pik filtreleme prosedürlerini uygulayın.Elde edilen metin dosyalarını bir hesap tablosuna aktarın. Bu işlem; bir tanımlama numarası, kütle-yük oranı değeri ve alıkonma süresi ile tanınan tüm saptanan metabolitlerin, tüm örneklerdeki pik alan değerleri cinsinden kantifiye edildiği bir veri matrisi oluşturur. Deiyonize RNAaz içermeyen suyun 41,8 microliters nihai hacminde, 1,65 micrograms siyanin etiketli tamamlayıcı RNA yerleştirerek dörtlü paket format spesifikasyonlarına dayalı hibridizasyon düzeneğini hazırlayın.11 µL 10X bloklama ajanı ve 2,2 µL 25X fragmantasyon tamponu ekleyin. RNA'yı fragmente etmek için termostatik banyoda 60 °C'de 30 dakika inkübe edin. 30 dakika sonra, hemen buz üzerinde bir dakika boyunca soğutun.Son olarak, 55 µL 2X hibridizasyon tamponu ekleyin ve pipetleyerek iyice karıştırın. Oda sıcaklığında 15.500 ×g hızda bir dakika boyunca santrifüjledikten sonra, mikro santrifüj tüpünü hemen buz üzerine yerleştirin. Özel mikro-diziyi yüklemek için, etiketi yukarı bakacak şekilde bir conta lamını hibridizasyon odasının tabanına yerleştirin.Hibritleme örneğinin 100 µL'sini, hava kabarcığı oluşmamasına dikkat ederek bir pipet ucuyla her bir conta kuyucuğuna yavaşça yükleyin. Sayısal barkodun yukarı baktığından emin olarak, özel mikro-diziyi yavaşça aşağı bakacak şekilde yerleştirin. Sandviç çiftinin düzgün şekilde hizalandığından emin olun.Son olarak, hibridizasyon odasının kapağını sandviç haline getirilmiş slaytların üzerine yerleştirin ve kelepçeyi odaya el ile sıkıştırın. Kabarcıkların hareketliliğini değerlendirmek için monte edilmiş odayı döndürün. Monte edilmiş slayt odasını, 65 °C'ye ayarlanmış bir hibridizasyon fırınındaki dengeli bir rotiserye yerleştirin.Rotatörü 10 RPM hızda dönecek şekilde ayarlayın. Hibritizasyonun 17 saat boyunca sürmesine izin verin. Mikro-array lam yıkama işlemine geçmek için üç adet lam boyama kabı hazırlayın ve bunları uygun yıkama tamponları ile doldurun.İki kabı oda sıcaklığındaki bir numaralı yıkama tamponu ile, bir kabı ise önceden ısıtılmış iki numaralı yıkama tamponu ile doldurun. Hibridizasyon odasını sökün ve sandviç yapıyı çıkarın. Mikro-dizi lamının sayısal barkodu yukarı bakacak şekilde, sandviç yapıyı oda sıcaklığındaki bir numaralı yıkama tamponu ile dolu ilk lam boyama kabına daldırın ve temiz bir pens yardımıyla contayı mikro-dizi lamından ayırın.Mikrodizilim lamını hızla bir lam rafına aktarın ve oda sıcaklığındaki yıkama tamponu bir ile dolu ikinci lam boyama kabına yerleştirin. Lam boyama kabını manyetik karıştırıcı üzerine koyun ve orta şiddette karıştırarak bir dakika boyunca yıkayın. Lam rafını hızla, önceden ısıtılmış yıkama tamponu iki ile dolu üçüncü lam boyama kabına aktarın ve orta şiddette karıştırarak bir dakika boyunca yıkayın.Slayt boyama kabını yavaşça çıkarın ve damlacık oluşumunu önleyerek slaytı raftan dikkatlice alın. Mikro-dizi slaytını uygun bir tarayıcıya yerleştirin ve her bir diziyi, mikro-dizi üreticisinin kullanım kılavuzunda önerilen parametre ayarlarını kullanarak tarayın. İstatistiksel analiz yazılımını hazırlamak için önce metabolomik ve transkriptomik verileri içe aktarın.Elde edilen veri matrisini aktarmak için Dosya, Yeni Standart Proje, Yeni Standart Proje yolunu izleyin. Ardından Düzenle'ye tıklayın. Tüm matrisi devriğinizden (Transpose) emin olun ve uygun birincil ve ikincil kimlikleri (ID) atayın. Ardından işlemi tamamlayın.Çok değişkenli istatistiksel analizi gerçekleştirmek için Çalışma Seti (Workset) penceresine gidin, model türü olarak PCAX'i seçin ve AutoFit'e tıklayın. Örneklerin olası gruplandırmasını gösteren grafiği görmek için önce Scores, ardından Scatter seçeneğini seçin. PCA skor grafiğini inceleyin.İyi bir model elde edilirse, O2PLS diskriminant analiz modeli oluşturmak için aynı örnek sınıflarını kullanın. MacroZone tarafından sınıflandırılan örnekleri kullanarak iki O2PLS diskriminant analiz modeli oluşturmak için Ana penceresinden Yeni Olarak, M1 ve Gözlemler adımlarını izleyerek sınıfları atayın. İstenen sınıfları belirleyin.Ardından, model tipini PCAX'ten O2PLS diskriminant analizine değiştirin. Autofit düğmesine basın. Proje penceresinden M2'yi seçin, ardından grafiği ve örnek sınıflarının konumunu görmek için Scores ve sonrasında Scatter seçeneklerine tıklayın.Veri Türünü Seç (Select Data Type) kısmına gidin ve Gözlemler ve Yüklemeler (Observations and Loadings) seçeneğini belirleyin. Ardından Seri Ekle (Add Series) düğmesine tıklayın; PQ korelasyon bir (PQ correlation one), PQ korelasyon iki (PQ correlation two) ve mevcutsa diğer bileşenleri seçin. Grafik üzerinde farenin sağ düğmesine basarak Özellikler (Property) sekmesine gidin, Renk (Color) seçeneğini belirleyin ve ardından molekülleri ve sınıfları grafik sembolleri üzerinden ayırt etmek için Terimlere Göre (By Terms) seçeneğini seçin.İstenilen özelliklerle grafiği düzenlemek için Layout, Format Plot, Access ve/veya Styles bölümlerine gidin. Bir veya daha fazla spesifik sınıfı hangi metabolitlerin karakterize ettiğini gözlemlemek için Plot List ve ardından Scatter seçeneklerine gidin. Tüm veri matrisinin PCA ile yapılan keşifçi analizi, örneklerin ilk ve ikinci temel bileşenler boyunca veraison, orta olgunlaşma ve olgun aşamaları dahil olmak üzere olgunlaşma evresine göre kümelendiğini göstermiştir.Örnekler, üçüncü temel bileşen boyunca büyüme mevsimine göre kümelenmiştir. Olgun meyvelerin O2PLS ayırt edici analizi; Valpolicella, Garda Gölü ve Soave olmak üzere üç makro bölgeyi temsil eden spesifik teruar imzalarının tanımlanmasına olanak tanır. Bu modellerin yükleme grafikleri, örnek sınıfı P ile metabolitler Q arasındaki korelasyon olan PQ korelasyonu olarak ifade edilmiştir.Yükleme grafiklerinde kırmızı kareler örnek sınıfını veya makrobölgeleri, renkli üçgenler ise bireysel metabolitleri temsil etmektedir. Metabolitler kimyasal sınıflarına göre renklerle kodlanmıştır ve metabolitler ile örnekler arasındaki mesafe, aralarındaki ilişkileri yansıtmaktadır. Garda Gölü makrobölgesi stilbenler ile karakterize edilirken, Soave ve Valpolicella flavonoidler ile belirginleşmiştir.Antosiyaninler arasında, peonidin ve türevleri Garda Gölü makro bölgesinde daha yaygınken, diğer antosiyaninler Valpolicella makro bölgesinde daha yaygındı. Ayrıca, antosiyanin üç-O-glukozidleri Valpolicella makro bölgesinde daha yaygın görülürken, asillenmiş ve kumerillenmiş türevler Soave makro bölgesinde daha yaygındı. Transkriptomik, RA ve RNA sig yöntemleri, binlerce üzüm asması transkriptinin eş zamanlı olarak izlenmesine olanak tanır.Yakın zamanda, yeni keşfedilen ek asma cinslerini temsil eden ve çok daha fazla prob içeren yeni bir özel mikro-dizi tasarlanmıştır. Transkriptomik platformların hızla geçerliliğini yitirmesi nedeniyle; 1392 yeni tanımlanmış peno lokusu için 249 daha fazla peno öngörülen transkripti ve 179 corvina prava geni dahil olmak üzere, eskisine göre daha fazla prob içeren yeni bir platform kullanan alternatif bir prosedür tanımladık. HPLC-ESI-MS ile yapılan metabolomik analiz, çok sayıda metaboliti eş zamanlı olarak tespit edebilecek kadar hassastır.Bir örnekleme düzlemi oluşturma yeteneği kritik öneme sahiptir. Genetik farklılıkları en aza indirmek için tek bir klonun seçilmesi ve örneklemenin çoklu süresi, teruarlar arasındaki gerçek farkların belirlenmesini sağlamıştır. Aynı kültivarın daha az optimal bölgelerde yetişmiş hallerini karşılaştırmak ilgi çekici olurdu ancak ne yazık ki bu bağlar mevcut değildi.

the-terroir-concept-interpreted-through-grape-berry-metabolomics

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Proton Transfer Reaksiyon Süresi Uçuş Kütle Spektrometresi, uçucu organik bileşiklerin yüksek hassasiyetli, hızlı ve invaziv olmayan analizine izin verir. Potansiyelini göstermek için üç örnek veriyoruz: yoğurdun laktik asit fermantasyonu (on-line biyoproses izleme), farklı elma genotipleri (büyük ölçekli tarama) ve kahve içtikten sonra retronazal boşluk (burun boşluğu analizi).

Gıda Örneklerinde Otomatik Örnekleme Sistemi ve Özelleştirilmiş Veri Analizi ile Birleştirilen PTR-ToF-MS: Biyolojik İşlem İzleme, Tarama ve Burun Uzayı Analizi

Bu iletişim kuralı metabolizma birden çok besin kaynaklarının nicelik ve kapsamlı bir şekilde araştırmak için deneysel bir işlem açıklanır. İzotopik izleyici deneyleri ve analitik bir yordam, bir kombinasyonuna göre bu iş akışı, tüketilen besin kaderi ve molekülleri synthetized metabolik kökenli mikroorganizmalar tarafından belirlenecek sağlar.

Birden çok besin kaynaklarının mikrobiyal metabolizma araştırmaya izotopik izleyici deneyler kombinasyonuna göre iş akışı

Bu makalede tanımlama ve asma Arabidopsis Tóxicos Levadura içinde (ATL) E3 Ubikuitin ligazlar aile için uygulanan bir gen aile karakterizasyonu için yordam açıklanır.

Genom kapsamındaki bir tanımlama ve ifade Meta-Analizi ATL E3 Ubikuitin ligaz gen ailesinin asma için kapsamlı iş akışı

Burada, Traminette üzümlerinin, fermente üzümlerin ve nihai şarabın bakteri topluluğunu belirlemek için amplikon metagenomiğini tanımlamak için bir protokol sunuyoruz.

Metagenomik Amplikon Dizileme Kullanılarak Şarap Üretimi Sırasında Fermente Traminette Üzümlerinin Bakteri Topluluğunun Profillenmesi

Bu yazıda, transkripsiyonu ve bakteriyel transkripsiyonu hedefleyen antibakteriyel ajanların inhibitör aktivitesini işlevsel olarak incelemek için bir protokol açıklıyoruz.

İn Vitro Transkripsiyon Tahliller ve İlaç Keşfi Onların Uygulama

Akdeniz meyve sineği (medfly) Ceratitis capitata (Diptera: Tephritidae) dünya çapında bir tarım zararlısıdır. Biyolojisinin daha derin bir şekilde anlaşılması, medfly popülasyonlarını kontrol etmenin ve böylece ekonomik etkiyi azaltmanın anahtarıdır. Embriyo mikroenjeksiyonu, bu türde hem germ hattı transformasyonuna hem de ters genetik çalışmalara olanak sağlayan temel bir araçtır.

Dünya Tarım Pest Böcek Embriyo Mikroenjeksiyon yoluyla Nükleik Asitler teslim edilmesi,<em&gt; Ceratitis capitata</em

Bu protokol, acemi biyoinformatikçiler için karşılaştırmalı bir de novo transkriptom derlemesi ve açıklama iş akışını ana hatlarıyla belirtir. İş akışı tamamen CyVerse aracılığıyla ücretsiz olarak kullanılabilir ve Veri Deposu ile bağlanır. Komut satırı ve grafik kullanıcı arayüzleri kullanılır, ancak gereken tüm kodlar kopyalanıp yapıştırılabilir.

CyVerse Kaynaklarını Kaldıracak<emDe Novo</em&gt; Yetersiz Üretilmiş (Model Olmayan) Organizmaların Karşılaştırmalı Transkriptomikleri

bir heterolog ifade sistemi ile incelenmesi iyon kanalları biyomedikal araştırmalarda bir çekirdek tekniği haline gelmiştir. Bu yazıda, bir uyarılabilir promoterin kontrolü altında geçici transfeksiyon gerçekleştirerek sıkı bir şekilde kontrol iyon kanal ekspresyonunu elde etmek için bir zaman etkili bir yöntem sunmaktadır.

İndüklenebilir geçici transfeksiyon yoluyla kontrol edilebilir iyon kanal İfade

Galaxy ve DAVID biyoinformatik eğitim olmadan araştırmacılar analiz etmek ve RNA-Seq verileri yorumlamak için izin popüler araçlar olarak ortaya çıkmıştır. C. elegans araştırmacılar RNA-Seq deneyler, erişimi gerçekleştirmek ve Galaxy kullanarak veri kümesi işlemek ve DAVID kullanarak gen listelerinden anlamlı biyolojik bilgi elde etmek için biz bir protokol açıklar.

arasında Transkriptomik Analizi<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</emGalaxy Projesi Smokin Suite sayesinde&gt; RNA Sıralama Veri

Bu makalede, DNA izolasyon ve yüksek işlem hacmi sıralama kitaplığı inşaat sulak malzeme son derece kalitesiz DNA'ın kurtarma dahil olmak üzere ayrıntılı bir protokol gösterilir.

Sağlam DNA izolasyon ve yüksek işlem hacmi sıralama kitaplığı inşaat sulak numuneler için

Keşfedin, metabolomik ve transkriptomik analizlerle Corvina üzüm çeşidinde terroir imzalarını nasıl belirleyebilirsiniz. Bu yöntem, çevresel faktörlerin üzüm kalitesi üzerindeki etkisini anlamaya yardımcı olur.

Üzüm Berry metabolomik ve transkriptomik aracılığıyla yorumlanır Terroir Kavramı

Daha fazla video keşfet