Name: Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 4 s
Description: Öğrenin, filtre kartuşu kullanarak su örneklerinden çevre DNA'sı ekstraksiyonu için invaziv olmayan bir yöntem. Bu teknik, balıklar ve diğer sucul organizmalar için biyolojik çeşitlilik izleme ve metabarkodlama çalışmalarını destekler.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, Japonya Bilim ve Teknoloji Ajansı'ndan (JST) CREST tarafından temel araştırma olarak ve JSPS/MEXT KAKENHI (Sayı 26291083) ve Canon Vakfı'ndan M.M.'ye verilen hibelerle desteklenmiştir. Fon sağlayıcıların çalışma tasarımında, veri toplama ve analizinde, yayınlama kararında veya makalenin hazırlanmasında hiçbir rolü yoktu.

NOT: Bu protokol, su örnekleme ve metabarcoding yöntemleri ile uğraşmaz. Su çalışma amaçlı 16 bağlı olarak farklı şekillerde örneklenmiş ve görmek Miya ve ark., 12 MiFish primerler kullanılarak metabarcoding yöntemlerinin ayrıntılı bilgi için olabilir. örneklenen su çok soğuk tutulur ve Edna bozulmasını önlemek için birkaç saat içinde süzülür gerektiğini unutmayın. Ayrıca, bu protokol, bir döner karıştırıcı ve bir kuluçka kullanılmasını içerir dikkat ve ikinci önceki alacak kadar büyük olması gerekmektedir. Buna ek olarak, bir santrifüj konik borular sonrası filtrasyon filtreden kalan sıvıyı çıkarmak için, sırasıyla, kartuş içinde edilen DNA toplamak için vazgeçilmezdir hem 15 ml ve 50 ml barındırabilir. 1. Vida Kapağı ve 1 L Plastik Çanta İşleme NOT: filtrasyon hacmi&gt; 4 L ise bu adımı atlayın <ol><li> bir vida, C dairesinin merkezinde bir delik delinbir erkek luer-lock konnektörü çıkan boru ile aynı çapta (4.8 mm) ap (tek kullanımlık 1 litrelik plastik torbaya bağlı). Çapraz pense kullanarak filtrasyon sonrası başlık içinde suyun küçük bir miktarının tıkanmasını önlemek için uygun bir uzunluk (yaklaşık. 3 mm) erkek luer kilit bağlayıcısı tüpünü kısaltır. </li><li> sırasıyla, erkek luer-lock konnektörü alt ve yüzey hem polietilen (PE) ve polipropilen (PP) için özel bir yapıştırıcı tutkal sürün ve kapağını kapatın. İyi yapıştırma için birkaç dakika (üreticinin talimatlarına bakın) bekleyin. </li><li> vidalı kapak deliğine erkek luer kilit bağlantısını takın. iki bölümden (genellikle&gt; 24 saat) tam yapıştırma kadar bekleyin. Kullanmadan önce% 10 ticari ağartıcı (ca.% 0.6 sodyum hipoklorit) ile erkek luer-lock konnektör ile vidalı kapak sterilize edin. </li><li> Bir mes onu asmak için 1 litrelik plastik torba iki alt köşelerindeki iki deliklerh paneli (adım 3). delik çapı örgü panelinden sivri uçların daha büyük olduğundan emin olun. </li></ol> Filtrasyon Sistemi 2. Montaj <ol><li> Bir aspiratör pompasının giriş konnektörüne yüksek vakum tüp takın ve bir manifolda Hortumun diğer ucunu. Manifoldunun üç kırmızı t-vanaları &quot;kapalı konuma&quot; (yani, yatay) içinde olduğundan emin olun. </li><li> eldiven temiz bir dizi giyen, sırasıyla, uydurma bir kadın luer yerleştirin ve filtrasyon için vakum lastik boru üst ve alt uçlarında bir vakum konektörü. </li><li> Dikkatle filtre kartuşunun bir çıkış noktasına uygun dişi luer ekleyin ve bir silikon durdurucu vakum konektörü takın. </li></ol> Filtre Kartuşu kullanarak Su Örnekleri (≤4 L) 3. Filtrasyon NOT: filtrasyon hacmi&gt; 4 L Bu filtrasyon sistemi ise bu adımı atlayın kendi başına ayakta durabilen paneli f gerektirirya da 1 L su ile dolu plastik torba asılı. Bir örgü paneli, çoklu çatallar ve panel için bir stand, çevrimiçi mağazalardan temin, bu üniteyi montaj için yararlı olacaktır. giriş Otoklav ve kullanılmadan önce filtre kartuşu için luer kapaklar çıkış. <ol><li> plastik torba içine 1 L örneklenmiş su dökün ve erkek luer-lock konnektör ile vidalı kapağını kapatın. </li><li> Dikkatle plastik torba erkek luer-lock konnektör ile birleştirilmiş filtre kartuşunun bir giriş portuna bağlamak. Luer-lock konnektör fazla sıkmayın; pompalama başladığında, aksi takdirde ünite sızdırıyor. Tüm bağlantıları örgü panelinden plastik torba asılı önce güvenli olduğundan emin olun. </li><li> Dikkatle örgü panelinden iki çatal uç filtre kartuşu ile bir plastik torba takılmak ve manifold arasında bir giriş portuna bir silikon tıpa yerleştirin. </li><li> aspiratör açın. filtrasyon için kırmızı t-vanalarını açın. Filtre kartuşu kuruyana kadar t manifoldu çalıştırıntavuk kapalı konuma kırmızı t-vanayı çevirin. </li><li> su istenilen miktarda süzülür kadar 3,1-3,4 adımları tekrarlayın. NOT: subtropikal mercan resifleri alınan 1 L su için, filtrasyon için yaklaşık üç dakika sürer. </li><li> Dikkatle plastik torba ve vakum konnektörü filtre kartuşunu çıkarın. </li><li> giriş ve çıkış luer kapaklarla kartuşun her iki ucunu kap. </li><li> uygun hızlı kuruma ve non-bulaşması etiketlemesi için bir çözücü geçirmez kalem kullanarak kartuş ve giriş luer kapağını etiketleyin. </li><li> DNA ekstraksiyon önce -20 ° C&#39;de filtre kartuşunu saklayın. </li></ol> Su 4. Filtreleme (&gt; 4 L) Filtre Kartuşu kullanarak Örnekleri Not: su filtrasyon hacmi L. Bu filtrasyon sistemi bir vana ve tek kullanımlık 10 ml pipet ile donatılmış bir 10 L kitap şişe gerektirir ≤4 ise bu adımı atlayın. 10 ml pipet ucu (15.0 mm) bir iç çapa ve ucu bir konikucu, sırasıyla, filtre kartuşunun bir valf (15.0 mm) dış çapı ile giriş ağzına uygun olmalıdır. Her iki bağlantı bir sürtünme filtrasyon esnasında güvenli korunur. Kullanmadan önce% 10 ticari ağartıcı (yaklaşık% 0.6 sodyum hipoklorit) ile pipet sterilize edin. <ol><li> Kitap şişede alınan su numunelerinin uygun bir miktar hazırlayın. Sıkıca 10 L kitap şişe vananın içine 10 ml pipet yerleştirin. </li><li> Sıkıca pipet ucuna filtre kartuşunun çıkış noktası yerleştirin ve manifold giriş portuna silikon tıpa yerleştirin. aspiratör açın. filtrasyon için kırmızı t-vanalarını açın. Filtre kartuşu kuruyana kadar manifoldu çalıştırın, daha sonra kapalı konuma kırmızı t-vanayı çevirin. NOT: subtropikal dış mercan resifleri alınan deniz suyu 10 L için, filtrasyon için yaklaşık 30-40 dakika sürer. </li><li> Dikkatle plastik torba ve vakum konnektörü filtre kartuşunu çıkarın. Cap hemgiriş ve çıkış luer kapaklarla kartuşun sona erer. uygun hızlı kuruma ve non-bulaşması etiketlemesi için bir çözücü geçirmez kalem kullanarak kartuş ve giriş luer kapağını etiketleyin. DNA ekstraksiyonu önce -20 ° C&#39;de filtre kartuşunu saklayın. </li></ol> Filtre Edna 5. Ekstraksiyon NOT: adım 4 ve 5, biz büyük ölçüde kit tarafından sağlanan &quot;çekirdekli kan&quot; için protokol sonrasında ticari kiti kullanın. Basitlik için, biz tek bir kartuş işlenmesi için prosedürü açıklar. Uygulamada, bir defada işlemi 8 (veya santrifüj sayısını) veya daha az filtre tavsiye ederiz. <ol><li> 56 ° C&#39;ye kadar bir inkübatör önceden ısıtın. </li><li> tüpten menteşeli kapağı keserek 2.0 ml tüp hazırlayın. Kapağı atın. NOT: Bu tüp filtresi kalan sıvı için bir toplama tüpü olarak kullanılır. </li><li> Filtre kartuşunun giriş (NOT çıkışı) diş kapağını çıkarın ve giriş deliği i eklemektoplama tüpü nto. Sıkıca bir kendi kendine kapanan filmi kullanılarak kartuş toplama tüpünün arasında bir bağlantı mühür. </li><li> 15 ml konik tüp santrifüj adaptörüne kombine birimi yerleştirin. Filtrede geri kalan sıvının çıkması için 1 dakika için 5000 x g&#39;de kartuşu santrifüjleyin. </li><li> filtre kartuşu toplama tüpü çıkarın ve tüp atın. Yeniden kapak kartuş giriş portu. </li><li> (; Olmayan kiti tarafından sağlanan fosfat tamponlu tuzlu su) ve 200 ul AL tampon 20 ul proteinaz-K çözeltisi karışımı, 220 ul PBS hazırlayın. NOT: Filtre kartuşu karışımı dört kat hacimleri kapasitelidir (. Ca 1.8 ml). </li><li> giriş kapağını çıkarın ve bir pipet kullanarak filtre kartuşunun içine karışımı (440 ul) ekleyin. pipet sadece membranın üzerine kartuşunun içindeki görünür böylece giriş portuna tamamen pipet yerleştirin. </li><li> -Cap Yeniden giriş portu ve filtre araba koyunbir döner çalkalayıcıda kartuşunu. </li><li> 56 ° C&#39;de önceden ısıtılmış bir inkübatör döner sallayıcı yerleştirin ve 20 dakika boyunca 20 rpm bir hızda bir karıştırıcı üzerinde açın. </li><li> İnkübasyon sırasında, yeni bir 2.0 ml&#39;lik tüp hazırlanması uygun bir çözücü dayanıklı kalemle tüp etiket ve 50 ml konik bir tüp içinde yerleştirin. Not: Eski (2.0 mi) ve ikinci tüp (50 mi) ile ekstre DNA&#39;nın toplanması için, sırasıyla, 2.0 mi tüpünü tutmak için kullanılır. </li><li> inkübasyondan sonra, giriş kapağını çıkarın ve 50 ml konik tüp içinde 2.0 ml tüp içine (çıkış DEĞİL) kartuşun limanı girişini takın. bir vidalı başlık ile 50 ml konik tüp kapatın. </li><li> 1 dakika kartuştan ekstre DNA&#39;nın toplanması için 5000 x g&#39;de 50 ml konik tüp santrifüjleyin. Filtre kartuşu ve sterilize forseps kullanarak 2.0 ml tüp çıkarın ve tüp kap. Filtre kartuşunu atın. </li></ol> Ayıklanan DNA 6. saflaştırılması NOT: 100 ul tampon AE yerine ticari kitin kılavuzda belirtilen 200 ul Edna Zehir. <ol><li> Yukarıdaki aşama (yaklaşık 440 ul) 2.0 ml&#39;lik bir tüp içinde edilen DNA 200 ul etanol (% 96-100) ilave edildi ve vorteks yoluyla iyice karıştırılır. </li><li> Pipet 2 ml&#39;lik bir toplama tüpü içine yerleştirilen bir sıkma sütuna karışımı ile gerçekleştirilmektedir. 1 dakika için 5000 x g&#39;de santrifüjleyin. Flow-through ve toplama tüpü atın. </li><li> Yeni 2 ml&#39;lik bir toplama tüpü içinde spin kolon yerleştirin 5000 x g, 1 dakika süre ile 500 ul tampon Aw1 ve santrifüj ekleyin. Flow-through ve toplama tüpü atın. </li><li> g, yeni bir 2 ml&#39;lik bir toplama tüpü içinde spin kolon alındı ​​X 20,000 3 dakika boyunca 500 ul tampon Aw2 ve santrifüj ekleyin. Flow-through ve toplama tüpü atın. </li><li> (Değil kit tarafından sağlanan) yeni bir 1.5 ml tüp hazırlayın ve uygun hızlı kuruma ve etiketleme olmayan bulaşması için su geçirmez bir kalem kullanarak tüp etiket. spin kolon t aktar1.5 ml tüp o. </li><li> spin kolon membran merkezine 100 ul tampon AE ekleyerek DNA Zehir. Oda sıcaklığında 1 dakika boyunca inkübe edin ve daha sonra 1 dakika boyunca 6000 x g&#39;de santrifüjlenir. </li><li> spin kolon atın ve tüp kap. -20 ° C&#39;de arıtılmış, DNA saklayın. </li></ol>

<ol><li>Takahara, T., Minamoto, T., Doi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+environmental+DNA+to+estimate+the+distribution+of+an+invasive+fish+species+in+ponds%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Using environmental DNA to estimate the distribution of an invasive fish species in ponds.</a> PLoS ONE. 8, e56584(2013).</li>
<li>Takahara, T., Minamoto, T., Yamanaka, H., Doi, H., Kawabata, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimation+of+fish+biomass+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Estimation of fish biomass using environmental DNA.</a> PLoS ONE. 7, e35868(2012).</li>
<li>Sigsgaard, E. E., Carl, H., Møller, P. R., Thomsen, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+the+near-extinct+European+weather+loach+in+Denmark+based+on+environmental+DNA+from+water+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Biol.+Conserv%22%5BJournal%5D)">Monitoring the near-extinct European weather loach in Denmark based on environmental DNA from water samples.</a> Biol. Conserv. 183, 48-52 (2015).</li>
<li>Jerde, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+Asian+carp+DNA+as+part+of+a+Great+Lakes+basin-wide+surveillance+program%5BTitle%5D)+AND+%22Can.+J.+Fish.+Aquat.+Sci%22%5BJournal%5D)">Detection of Asian carp DNA as part of a Great Lakes basin-wide surveillance program.</a> Can. J. Fish. Aquat. Sci. 70, 522-526 (2013).</li>
<li>Jerde, C. L., Mahon, A. R., Chadderton, W. L., Lodge, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((%26%2334%3BSight-unseen%26%2334%3B+detection+of+rare+aquatic+species+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Conserv.+Lett%22%5BJournal%5D)">&#34;Sight-unseen&#34; detection of rare aquatic species using environmental DNA.</a> Conserv. Lett. 4, 150-157 (2011).</li>
<li>Mahon, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+eDNA+surveillance+sensitivity+for+detection+of+Asian+carps+in+controlled+and+field+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Validation of eDNA surveillance sensitivity for detection of Asian carps in controlled and field experiments.</a> PLoS ONE. 8, e58316(2013).</li>
<li>Minamoto, T., Yamanaka, H., Takahara, T., Honjo, M. N., Kawabata, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surveillance+of+fish+species+composition+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology%22%5BJournal%5D)">Surveillance of fish species composition using environmental DNA.</a> Limnology. 13, 193-197 (2012).</li>
<li>Keskin, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+invasive+freshwater+fish+species+using+environmental+DNA+survey%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Syst.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Detection of invasive freshwater fish species using environmental DNA survey.</a> Biochem. Syst. Ecol. 56, 68-74 (2014).</li>
<li>Wilcox, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust+detection+of+rare+species+using+environmental+DNA%3A+the+importance+of+primer+specificity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Robust detection of rare species using environmental DNA: the importance of primer specificity.</a> PLoS ONE. 8, e59520(2013).</li>
<li>Thomsen, P. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+a+diverse+marine+fish+fauna+using+environmental+DNA+from+seawater+samples%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Detection of a diverse marine fish fauna using environmental DNA from seawater samples.</a> PLoS ONE. 7, e41732(2012).</li>
<li>Kelly, R. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Harnessing+DNA+to+improve+environmental+management%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Harnessing DNA to improve environmental management.</a> Science. 344, 1455-1456 (2014).</li>
<li>Miya, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mifish%2C+a+set+of+universal+PCR+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+from+fishes%3A+detection+of+more+than+230+subtropical+marine+species%5BTitle%5D)+AND+%22Roy.+Soc.+Open+Sci%22%5BJournal%5D)">Mifish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species.</a> Roy. Soc. Open Sci. 2, 150088(2015).</li>
<li>Port, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+vertebrate+biodiversity+in+a+kelp+forest+ecosystem+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Assessing vertebrate biodiversity in a kelp forest ecosystem using environmental DNA.</a> Mol. Ecol. 25, 527-541 (2015).</li>
<li>Yamamoto, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+provides+a+%27snapshot%27+of+fish+distribution%3A+a+case+study+of+Japanese+jack+mackerel+in+Maizuru+Bay%2C+Sea+of+Japan%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA provides a 'snapshot' of fish distribution: a case study of Japanese jack mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan.</a> PLoS ONE. 11, e0149786(2016).</li>
<li>Valentini, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next+generation+monitoring+of+aquatic+biodiversity+using+environmental+DNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Next generation monitoring of aquatic biodiversity using environmental DNA metabarcoding.</a> Mol. Ecol. 25, 929-942 (2016).</li>
<li>Rees, H. C., Maddison, B. C., Middleditch, D. J., Patmore, J. R., Gough, K. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Review%3A+The+detection+of+aquatic+animal+species+using+environmental+DNA+-+a+review+of+eDNA+as+a+survey+tool+in+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Review: The detection of aquatic animal species using environmental DNA - a review of eDNA as a survey tool in ecology.</a> J. Appl. Ecol. 51, 1450-1459 (2014).</li>
<li>Stewart, F. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStewart%2C+FJ+%22Microbial+metagenomics%2C+Metatranscriptomics%2C+and+metaprotenomics+Vol.+531+Methods+in+Enzymology%22">Microbial metagenomics, Metatranscriptomics, and metaprotenomics Vol. 531 Methods in Enzymology</a>. DeLong, E. E. 10, Elsevier. Ch. 10 187-218 (2013).</li>
<li>Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large+volume+%2820L%2B%29+filtration+of+coastal+seawater+samples%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Large volume (20L+) filtration of coastal seawater samples.</a> J Vis Exp. (28), e1161(2009).</li>
<li>Smalla, K. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSmalla%2C+K+%22Molecular+Microbial+Ecology+Manual%22">Molecular Microbial Ecology Manual</a>. Akkermans, D. L., Elsas, J. D., Bruijn, F. J. , Springer. 13-22 (1995).</li>
<li>Thomsen, P. F., Willerslev, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+-+An+emerging+tool+in+conservation+for+monitoring+past+and+present+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Biol.+Conserv%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA - An emerging tool in conservation for monitoring past and present biodiversity.</a> Biol. Conserv. 183, 4-18 (2014).</li>
<li>Pedersen, M. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ancient+and+modern+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Phil.+Trans.+R.+Soc.+B%22%5BJournal%5D)">Ancient and modern environmental DNA.</a> Phil. Trans. R. Soc. B. 370, 20130383(2015).</li>
<li>Fukumoto, S., Ushimaru, A., Minamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+basin+scale+application+of+environmental+DNA+assessment+for+rare+endemic+species+and+closely+related+exotic+species+in+rivers%3A+a+case+study+of+giant+salamanders+in+Japan%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Ecol%22%5BJournal%5D)">A basin scale application of environmental DNA assessment for rare endemic species and closely related exotic species in rivers: a case study of giant salamanders in Japan.</a> J. Appl. Ecol. 52, 358-365 (2015).</li>
<li>Yamanaka, H., Minamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+environmental+DNA+of+fishes+as+an+efficient+method+of+determining+habitat+connectivity%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol.+Indicators%22%5BJournal%5D)">The use of environmental DNA of fishes as an efficient method of determining habitat connectivity.</a> Ecol. Indicators. 62, 147-153 (2016).</li>
<li>Moss, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliated+protists+from+the+nepheloid+layer+and+water+column+of+sites+affected+by+the+Deepwater+Horizon+oil+spill+in+the+Northeastern+Gulf+of+Mexico%5BTitle%5D)+AND+%22Deep+Sea+Res.+Pt+I%22%5BJournal%5D)">Ciliated protists from the nepheloid layer and water column of sites affected by the Deepwater Horizon oil spill in the Northeastern Gulf of Mexico.</a> Deep Sea Res. Pt I. 106, 85-96 (2015).</li>
<li>Hilton, J. A., Satinsky, B. M., Doherty, M., Zielinski, B., Zehr, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metatranscriptomics+of+N2-fixing+cyanobacteria+in+the+Amazon+River+plume%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+journal%22%5BJournal%5D)">Metatranscriptomics of N2-fixing cyanobacteria in the Amazon River plume.</a> The ISME journal. 9, 1557-1569 (2015).</li>
<li>Deiner, K., Walser, J. -C., Mächler, E., Altermatt, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Choice+of+capture+and+extraction+methods+affect+detection+of+freshwater+biodiversity+from+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Biol.+Conserv%22%5BJournal%5D)">Choice of capture and extraction methods affect detection of freshwater biodiversity from environmental DNA.</a> Biol. Conserv. 183, 53-63 (2015).</li>
<li>Eichmiller, J. J., Miller, L. M., Sorensen, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimizing+techniques+to+capture+and+extract+environmental+DNA+for+detection+and+quantification+of+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol.+Res%22%5BJournal%5D)">Optimizing techniques to capture and extract environmental DNA for detection and quantification of fish.</a> Mol. Ecol. Res. 16, 56-68 (2016).</li>
<li>Lemarchand, K., Pollet, T., Lessard, V., Badri, M. A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLemarchand%2C+K+%22Sample+Preparation+Techniques+for+Soil%2C+Plant%2C+and+Animal+Samples%27Springer+Protocols+Handbooks%22">Sample Preparation Techniques for Soil, Plant, and Animal Samples'Springer Protocols Handbooks</a>. Micic, M. , Springer. 325-339 (2016).</li>
<li>Turner, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Particle+size+distribution+and+optimal+capture+of+aqueous+macrobial+eDNA%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Ecol.+Evol%22%5BJournal%5D)">Particle size distribution and optimal capture of aqueous macrobial eDNA.</a> Methods Ecol. Evol. 5, 676-684 (2014).</li>
<li>Barnes, M. A., Turner, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ecology+of+environmental+DNA+and+implications+for+conservation+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22Conserv.+Genet%22%5BJournal%5D)">The ecology of environmental DNA and implications for conservation genetics.</a> Conserv. Genet. 17, 1-17 (2016).</li>
<li>Sorokulova, I., Olsen, E., Vodyanoy, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biopolymers+for+sample+collection%2C+protection%2C+and+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Microbiol.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Biopolymers for sample collection, protection, and preservation.</a> Appl. Microbiol. Biotechnol. 99, 5397-5406 (2015).</li>
<li>Renshaw, M. A., Olds, B. P., Jerde, C. L., McVeigh, M. M., Lodge, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+room+temperature+preservation+of+filtered+environmental+DNA+samples+and+assimilation+into+a+Phenol-Chloroform-Isoamyl+alcohol+DNA+extraction%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol.+Res%22%5BJournal%5D)">The room temperature preservation of filtered environmental DNA samples and assimilation into a Phenol-Chloroform-Isoamyl alcohol DNA extraction.</a> Mol. Ecol. Res. 2014, (2014).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Su ve toprak gibi çevresel numuneler kullanılarak birçok metabarcoding çalışmalarında aşağıdaki gibi filtre kartuşunun sonrası filtrasyon tedavi genellikle 24,25: 1) açık kesilmesi veya el aletleri (boru kesici veya pense) ile konut çatlama; 2) kartuştan filtrenin kaldırılması; ve 3) DNA ekstraksiyonu için bir jilet ile küçük parçalar halinde filtre kesilmesi. yaygın olarak kullanılan, ucuz ticari kiti kullanılarak filtre kartuşunun mahfaza içinde böyle hantal ve zaman alıcı laboratuvarda kirlenme eğilimli pr...

su ortamlarında çevresel DNA (Edna&#39;yı) su sütunu bulunan genetik malzemeyi ifade eder. Son çalışmalar, göletler 1-3, nehirler 4-8 dahil olmak üzere çeşitli su ortamlarında, gelen balıkları tespit etmek için Edna yararını göstermiştir 9 akarsu ve deniz suyu 10-14. Bazı yeni çalışmalar yerel balık toplulukları 7,9 birden fazla türün aynı anda algılama girişiminde ise bu çalışmaların çoğu, 3,9 tür tek veya birkaç invaziv 1,4-6,8,14 ve nadir ya da tehdit tespiti üzerinde duruldu 12,13,15 ve mesocosms 11,12. İkinci yaklaşım, &quot;metabarcoding&quot; olarak adlandırılır ve Edna metabarcoding taksonomik çeşitli örnekleri arasında, bir gen bölgesini coamplify PCR primerleri, bir ya da birden fazla setleri kullanır. Bu dizin ve adaptör ek kütüphane hazırlanması tarafından takip edilir ve dizin kütüphaneler, yüksek verimli, paralel dizilemesi ile analiz edilmektedirplatformu. Son zamanlarda Miya ve ark., 12 ( &quot;MiFish&quot; olarak anılacaktır) balıklardan Edna metabarcoding için evrensel PCR primerleri geliştirdi. MiFish primerler taksonomik familya, cins ve bazı yakından ilgili Petkim&#39;de hariç türlere balıklar belirlemek için yeterli bilgi içeren mitokondrial 12S rRNA geninin (163-185 bp), bir hiper-değişken bölgesini hedef. Edna metabarcoding bu primerlerin kullanımı ile Miya ve ark., 12 akvaryum yakın bilinen türlerin kompozisyonu ve mercan resifleri ile akvaryum tankları 230&#39;dan fazla subtropikal deniz türleri tespit edildi. metabarcoding protokolünü optimize balıklardan edna konsantrasyon düzeyleri değişen doğal deniz suyu karşılamak için, biz MiFish primerleri bazen sonradan kütüphane hazırlanması için hedef bölgeyi yükseltmek için başarısız olduğunu fark etmiş. Bu başarısız PCR amplifikasyonu daha muhtemel nedenlerinden biri TE yeterli miktarda olmamasıfiltre edilmiş su ve küçük miktarlarda ihtiva mplate DNA (örneğin 1-2 L). Belirli bir taksonomik grup edna konsantrasyonu büyük su hacimleri (&gt; 1-2 L), filtrasyon amplifikasyonu önce bilinemez olmasına rağmen olur kıt balık bolluğu ve biyokütle gibi sucul ortamlarda daha Edna toplamak için basit ve etkili bir araç olabilir açık okyanus ve derin deniz ekosistemleri. Disk fiber filtrelere Bağıl geleneksel balık edna araştırma 16 bir dizi kullanılır, filtre kartuşları 17 tıkanma önce büyük su hacimleri barındıran avantajına sahiptir. Aslında, yeni bir çalışma büyük hacimli (&gt; 20 L) filtre kartuşları 18 kullanılarak kıyı deniz suyu numunelerinin filtrasyon gösterdi. Buna ek olarak, ayrı ayrı paketlenmiş ve steril ve deneysel iş akışının birkaç adım böylece laboratuvar 19 bulaşma olasılığını azaltarak, filtre konut yapılabilir vardır. İkincisiözelliği büyük deneysel 20,21 zorluklar arasında hangi bulaşma riski kalır edna metabarcoding için kritik öneme sahiptir. Filtre kartuşları bu teknik avantajlara rağmen, iki istisna 8,15 ile balıkların Edna çalışmalarında kullanılan olmamıştır. Burada konut kesip açmak zorunda kalmadan kendi filtreden Edna filtre kartuşu ve çıkarma ile su örneklerinin filtrasyonu için bir protokol sağlar. Biz de su hacimleri (≤4 L veya&gt; 4 L) bağlı olarak iki alternatif su filtrasyon sistemleri sağlamaktadır. Yeni geliştirilen protokol performansı ve Araştırma grubumuzda 12,14,22,23 bir cam elyaf filtre kullanılarak önceden kullanılan protokol karşılaştırmak için, biz Edna büyük bir akvaryum tankı deniz suyunun analizini metabarcoding gerçekleştirmek (7500 m 3 ) bilinen türlerin bileşimi ile ve temsilcisi sonuçları olarak iki protokol türetilen tespit türlerin sayısını gösterir. Bu protokol, Holarak balıklardan Edna metabarcoding için geliştirilmiş, ancak diğer organizmalardan Edna de uygulanabilir olmuştur.

<table><tbody><tr><td>Örgü panel</td><td>Iris Ohyama</td><td>MPP-3060-BE</td><td></td></tr><tr><td>Metal çatal</td><td>Iris Ohyama</td><td>MR12F</td><td></td></tr><tr><td>Örgü panel standı</td><td>Amazon Japonya'dan temin edilebilen</td><td>4184-9507</td><td>markası yok</td></tr><tr><td>Vidalı kapaklı 1 L plastik torba</td><td>Yanagi</td><td>DP16-TN1000</td><td></td></tr><tr><td>Erkek luer kilit konektörü</td><td>ISIS</td><td>11620</td><td></td></tr><tr><td>10 ml pipet ucu</td><td>Eppendorf</td><td>0030 000.765</td><td></td></tr><tr><td>10 L kitap şişesi valfli</td><td>As One</td><td>1-2169-01</td><td></td></tr><tr><td>Sterivex-HV filtre</td><td>Millipore</td><td>SVHVL10RC</td><td>ms boyunca "filtre kartuşu" olarak gösterilir ve protokolde kullanılır</td></tr><tr><td>Erkek luer bağlantısı</td><td>As One</td><td>1-7379-04</td><td></td></tr><tr><td>Dişi luer bağlantısı</td><td>As One</td><td>5-1043-14&nbsp; &nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Giriş luer kapağı</td><td>ISIS</td><td>VRMP6</td><td></td></tr><tr><td>Çıkış luer kapağı</td><td>ISIS</td><td>VRFP6</td><td></td></tr><tr><td>Bir Olarak Yüksek vakumlu boru</td><td></td><td>6-590-01</td><td></td></tr><tr><td>Bir Vakum konektörü</td><td>Olarak</td><td>6-663-02</td><td></td></tr><tr><td>Bir Olarak Silikon tıpa</td><td></td><td>1-7650-07</td><td></td></tr><tr><td>Manifold</td><td>Bir Olarak</td><td>2-258-01</td><td></td></tr><tr><td>Aspiratör-GAS-1</td><td>Bir Olarak</td><td>1-7483-21</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy Kan & Doku Kiti (250)</td><td>Qiagen</td><td>69506</td><td></td></tr><tr><td>PowerWater Sterivex DNA İzolasyon Kiti</td><td>MO BIO</td><td>14600-50-NF</td>, ms Masaüstü Santrifüjde <td>"isteğe bağlı kit" olarak belirtilmiştir</td></tr><tr><td></td><td>Kubota</td><td>Model 4000</td><td>Maksimum hız 6.000 rpm</td></tr><tr><td>Sabit açılı rotor</td><td>Kubota</td><td>AT-508C</td><td></td></tr><tr><td>15 ml konik tüp için adaptör</td><td>Kubota</td><td>055-1280</td><td></td></tr><tr><td>RNAlater Stabilizasyon Çözeltisi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM7020</td><td></td></tr><tr><td></td><td>Parafilm</td><td>PM992</td>, <td>"kendinden sızdırmaz film" olarak gösterilir</td></tr></tbody></table>

filtrasyon su Örnekleri ve Çevre dna ekstraksiyon için bir filtre kartuşu kullanımı

Use of a Filter Cartridge for Filtration of Water Samples and Extraction of Environmental DNA

Son çalışmalar, balıklardan alınan çevresel DNA (eDNA) kullanımının non-invaziv bir izleme aracı olarak uygun olduğunu göstermiştir. Bu çalışmaların çoğu, su örneklerinden eDNA toplamak için disk fiber filtreler kullanmıştır, ancak su ortamlarında yapılan bir dizi mikrobiyal çalışmada filtre kartuşları kullanılmıştır, çünkü kartuş büyük su hacimlerini barındırma ve genel kullanım kolaylığı avantajına sahiptir. Burada, filtre kartuşu kullanılarak su numunelerinin filtrelenmesi ve muhafazayı kesmek zorunda kalmadan filtreden eDNA'nın çıkarılması için bir protokol sunuyoruz. Bu protokolün ana bölümleri şunlardan oluşur: 1) su numunelerinin filtrasyonu (su hacimleri ≤4 L veya >4 L); (2) önceden ısıtılmış bir inkübatöre yerleştirilmiş bir silindir çalkalayıcı kullanılarak filtre üzerinde DNA'nın ekstraksiyonu; ve (3) ticari bir kit kullanılarak DNA'nın saflaştırılması. Bu ve daha önce kullanılan protokollerin kullanılmasıyla, bilinen tür kompozisyonuna sahip büyük bir akvaryum tankından (7.500m3) alınan eDNA'nın metabarkodlama analizini gerçekleştiriyoruz ve iki protokolden kütüphane başına tespit edilen tür sayısını temsili sonuçlar olarak gösteriyoruz. Bu protokol, balıklardan alınan eDNA'yı metabarkodlama için geliştirilmiştir, ancak diğer organizmalardan alınan eDNA'ya da uygulanabilir.

Bu MiFish primerleri gibi kuşlar ve memeliler gibi bazı balık olmayan omurgalılar, hedef bölge coamplify çünkü aynı boyutta PCR ürünleri ile, izole etmek ve çıkarılan toplu Edna sadece balık Edna ölçmek teknik olarak zordur (ca. 170 bp ) 12. Bunun yerine balık Edna nicel, biz filtrasyon ve DNA ekstraksiyon iki farklı yöntem kullanılarak bilinen türlerin kompozisyonu ile bir akvaryum tankından Edna analizini metabarcoding MiFish gerçekleştirmek ve iki protokol kütüphan...

Su örneklerinin bir filtre kartuşu ile filtrelenmesi ve filtreyi çıkarmak için muhafazayı kesmek zorunda kalmadan çevresel DNA'nın (eDNA) çıkarılması için bir protokol açıklıyoruz. Bu protokol, balıklardan alınan eDNA'yı metabarkodlama için geliştirilmiştir, ancak diğer organizmalardan alınan eDNA'ya da uygulanabilir.

Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies ...

Bu protokolün genel amacı, çeşitli sucul organizmalardan metabarkodlama eDNA'sı elde etmek için su örneklerini bir filtre kartuşu ile filtrelemek ve filtreyi çıkarmak için gövdeyi kesip açmak zorunda kalmadan çevresel DNA'yı ekstrakte etmektir. Bu yöntem, biyolojik çeşitlilik izleme ve topluluk ekolojisi gibi ekolojik alandaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, filtre kartuşlarının daha büyük su hacimlerini kabul edebilmesi ve filtrasyon ile DNA ekstraksiyonunun steril bir şekilde gerçekleştirilebilmesidir.Bu prosedüre başlamak için, yüksek vakum hortumunu bir aspiratör pompasının giriş konnektörüne bağlayın. Hortumun diğer ucunu bir manifolda bağlayın. Manifolddaki üç kırmızı T-valfin kapalı konumda olduğundan emin olun.Ardından, temiz bir çift eldiven giyin. Vakum kauçuk borusunun üst ucuna bir dişi luer bağlantı parçası takın. Sonra, alt uca bir vakum konnektörü yerleştirin.Dişi luer bağlantısını filtre kartuşunun bir çıkış portuna dikkatlice takın. Ardından, vakum konnektörünü bir silikon tıpa ile birleştirin. Hazırlanan plastik torbaya bir litre örneklenmiş su boşaltın.Vidalı kapağı erkek luer-lock konnektör ile kapatın. Ardından, monte edilmiş filtre kartuşunun bir giriş portunu erkek luer-lock konnektöre dikkatlice bağlayın. Tüm bağlantıların güvenli olduğundan emin olun.Ardından, plastik torbayı ağ panelindeki iki dişten asın. Manifoldun giriş portuna bir silikon tıpa yerleştirin. Daha sonra, aspiratörü çalıştırın.Filtrasyon için kırmızı T-valfleri açın. Filtre kartuşu kuruyana kadar manifoldun çalışmasını sağlayın. Ardından, kırmızı T-valfleri kapatın.İstenen miktarda suyu filtrelemek için bu işlemin tamamını tekrarlayın. Örneklenen suyun tamamı filtrelendiğinde, filtre kartuşunu plastik torbadan ve vakum kabından dikkatlice çıkarın. Kartuşun her iki ucunu uygun luer kapaklarla kapatın.Ardından, solvente dayanıklı bir kalem kullanarak kartuşu ve giriş luer kapağını etiketleyin. DNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmeye hazır olana kadar 20 °C'de saklayın. Dört litreden daha büyük numuneler için, metin protokolünde detaylandırıldığı üzere on litrelik bir kitap şişesi hazırlayın.Filtrelenecek su örneğini ekleyin. Ardından, on mililitrelik bir pipet ucunu şişenin valfine sıkıca yerleştirin. Filtre kartuşunun giriş portunu pipet ucuna sıkıca yerleştirin.Ardından, manifoldun giriş portuna bir silikon tıpa yerleştirin. Aspiratörü çalıştırın. Sonra, filtrasyon için kırmızı T-vanaları açın.Filtre kartuşu kuruyana kadar manifoldun çalışmasını sağlayın. Filtrasyon tamamlandıktan sonra kırmızı T-valfleri kapatın. Kartuşu plastik torbadan ve vakum konnektöründen dikkatlice çıkarın.Ardından, kartuşun her iki ucunu uygun luer kapaklarla kapatın. Kartuşu ve giriş luer kapağını etiketlemek için solvente dayanıklı bir kalem kullanın. DNA ekstraksiyonu gerçekleştirilene kadar 20 °C'de saklayın.Bir inkübatörü 56 °C'ye önceden ısıtın. Ardından, 2.0 mL'lik bir tüpün menteşeli kapağını kesin ve kapağı atın. Filtre kartuşundaki giriş luer kapağını çıkarın.Ardından, giriş portunu 2.0 mililitrelik tüpün içine yerleştirin. Kendi kendini kapatan bir film kullanarak, kartuş ile toplama tüpü arasındaki bağlantıyı sıkıca mühürleyin. Sonra, birleştirilmiş üniteyi 15 mililitrelik konik tüp için uygun bir santrifüj adaptörüne yerleştirin.Filtrede kalan sıvıyı uzaklaştırmak için kartuşu 5000 ×g'de bir dakika boyunca santrifüjleyin. Santrifüj işlemi tamamlandığında, toplama tüpünü filtre kartuşundan çıkarın ve tüpü atın. Ardından, giriş portunun kapağını tekrar kapatın.Ardından, 20 µL protein A-Case çözeltisi, 220 µL fosfat tamponlu salin ve 200 µL tampon AL'yi karıştırın. Giriş kapağını çıkarın ve karışımı, pipeti giriş portuna tamamen yerleştirerek bir pipet yardımıyla kartuşun içine ekleyin. Giriş portunun kapağını tekrar kapatın. Daha sonra, filtre kartuşunu döner bir çalkalayıcıya yerleştirin.Rotary çalkalayıcıyı önceden ısıtılmış inkübatöre yerleştirin ve çalkalayıcıyı 20 dakika boyunca 20 rpm değerine ayarlayın. İnkübasyon sırasında, yeni bir 2.0 mililitre tüpü solvente dayanıklı bir kalemle etiketleyin. Ardından, bu tüpü 50 mililitre konik bir tüpün içine yerleştirin.İnkübasyon tamamlandıktan sonra giriş kapağını çıkarın. Ardından, giriş portunu yeni 2.0 mililitrelik tüpe yerleştirin. Konik tüpü vidalı bir kapakla kapatın.Ekstrakte edilen DNA'yı toplamak için 5000 ×g'de bir dakika boyunca santrifüjleyin. Ardından, 2.0 mL tüp içindeki kartuşu steril pens kullanarak çıkarın. Tüpün kapağını kapatın ve ekstrakte edilen DNA'yı metin protokolünde belirtildiği şekilde saflaştırın.Bu prosedürde, iki farklı filtre kullanılarak aynı manifold üzerinde dört farklı hacimdeki deniz suyu filtrelenir ve ardından eDNA ekstraksiyonu gerçekleştirilir. Filtre kartuşu, cam fiber filtrelere kıyasla ortalama %50 daha fazla tür tespit etmiştir. Bu teknikte uzmanlaşıldığında, işlem doğru şekilde yürütülürse iki saat içinde tamamlanabilir.Bu videoyu izledikten sonra, su örneklerinin bir filtre kartuşuyla nasıl filtreleneceği ve çeşitli sucul organizmalardan metabarcoding eDNA elde etmek için filtreyi çıkarmak amacıyla gövdeyi kesmek zorunda kalmadan eDNA'nın nasıl ekstrakte edileceği konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.

use-filter-cartridge-for-filtration-water-samples-extraction

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Biz sezyum klorür yoğunluk gradiyenti santrifüj arıtma için 0.22 mikron Sterivex filtreler, konsantre planktonik biyokütle yüksek molekül ağırlıklı genomik DNA çıkarılması için bir metodu tanımlar.

0.22 mcM Sterivex Filtreler ve Sezyum Klorür Yoğunluk Gradient Santrifüj DNA Ekstraksiyon

Bu el yazması, yeni nesil dizileme için DNA parçalarını saflaştırmak için otomatik bir jel boyutu seçim yaklaşımını açıklamaktadır. Ranger Teknolojisi, agaroz jel yükleme, elektroforetik analiz ve hedeflenen DNA parçalarının geri kazanılması sürecinin tamamının tam otomasyonunu sağlayarak yüksek verimli ve yüksek kaliteli yeni nesil dizileme kitaplıklarına olanak tanır.

Otomatik Jel Boyut Seçimi Çevre Su Örneklerinden hazırlanmıştır nesil Sıralama Kütüphaneler Kalitesi Geliştirmek için

Bu protokol, deniz suyundan toplanan mikrobiyal biyokütleden protein ve DNA'nın ekstraksiyonu ve konsantrasyonu ve ardından tandem kütle spektrometresi tabanlı proteomik analiz için uygun triptik peptitlerin üretilmesi içindir.

Bir Aquatic Mikrobiyal Metaproteomics İş Akışı: Tandem Kütle Spektrometre tabanlı analiz için uygun Triptik Peptitler için Hücreleri itibaren

Hava örnekli filtrelerden atmosferik biyolojik partiküllerin iki tamamlayıcı analizi burada açıklanmıştır: endotoksin ve DNA'nın ekstraksiyonu ve tespiti.

Endotoksin ve DNA İçeriği için Hava örneklenmiş Filtresi Analizi

Burada nicel PCR ile tespit tam kan HIV proviral DNA için basit ve hızlı bir kağıt bazlı DNA ekstraksiyon yöntemini tarif etmektedir. Bu protokol için diğer genetik işaretleyiciler saptanması veya alternatif yükseltme yöntemleri kullanılarak kullanılmak için uzatılabilir.

Nükleik Asitlerin süzülmesi İzolasyonu: basit ve hızlı DNA izolasyonu,

Burada, hidrolik kırılmanın su ve tortu mikrobiyal topluluklarını analiz ederek yakındaki akarsular üzerindeki etkilerini araştırmak için bir protokol sunuyoruz.

Hidrolik Çatlatmanın Akışlar Üzerindeki Etkisini Mikrobiyal Moleküler İmzalar Kullanarak Değerlendirmek

Burada, düşük moleküler ağırlıklı hücre dışı DNA oranını artırarak çevresel antimikrobiyal direnci (AMR) değerlendirmek için basit bir teknik sunuyoruz. % 20 -% 30 PEG ve 1.2 M NaCl ile önceki tedavi, hem genomik hem de yatay olarak transfer edilen AMR genlerinin saptanmasına izin verir. Protokol, ek optimizasyon ile kitsiz bir sürece uygundur.

Antimikrobiyal Direncin Kapsamlı Değerlendirmesi için Atık Sudan Düşük Moleküler Ağırlıklı DNA'nın Gelişmiş Ekstraksiyonu 

Burada, faal feribotlardan ve diğer ticari gemilerden deniz suyu örneklerinin toplanması ve filtrelenmesi yoluyla deniz eDNA'sını almak için yeni bir protokol sunuyoruz.

Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür

Sahada kullanılabilir DNA analizinin güvenilir ve doğru formları birçok sektör için hayati öneme sahiptir. Bu makale, alanda çevresel mikrobiyal analiz için iki yöntem sunmaktadır: 1) biyolojik ekstraksiyon saha kiti kullanılarak çevresel örneklerden mikrobiyal DNA'nın izolasyonu ve 2) alan qPCR ünitesi aracılığıyla DNA analizi.

Biyolojik Çıkarma Saha Kiti ve Saha QPCR Birimi kullanılarak Alanda Mikrobiyal DNA Analizi

Bu protokol, balina gözlem gemilerinden deniz balığı çevresel DNA (eDNA) örnekleri toplamak için standartlaştırılmış bir iş akışını tanımlar. Araştırmacılar ve eğitimli vatandaş bilim insanları için fizibilite önceliklidirken, çevresel koşullar, filtrasyon süresi, bulanıklık ve gemi üzerindeki lojistik uygulamanın pratik sınırlarını belirler.

Balina İzleme Gemileri için Çevresel DNA Örnekleme Örneği

Öğrenin, filtre kartuşu kullanarak su örneklerinden çevre DNA'sı ekstraksiyonu için invaziv olmayan bir yöntem. Bu teknik, balıklar ve diğer sucul organizmalar için biyolojik çeşitlilik izleme ve metabarkodlama çalışmalarını destekler.

Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı

Daha fazla video keşfet