Name: Bunların Anti layişmanya Faaliyet karışık Lizin tipi / Arjinin-monomerleri ve Değerlendirilmesi peptoidler Sentezi için etkili bir yöntem (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-02T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 2 s
Description: Öğrenin, lizin ve arjinin tipi monomerler içeren peptoidlerin sentezi ve Leishmania mexicana'ya karşı etkinliklerinin değerlendirilmesi yöntemini. Bu protokol, karma katyonik işlevselliğe sahip yeni anti-enfektif ajanlar geliştirmek için kullanılabilir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Finansal destek için Mühendislik ve Fizik Bilimleri Araştırma Konseyi (EPSRC) (HLB) teşekkür ederim. Biz de bu prosedürün çekimleri sırasında ona yardım için Sridevi Maalika Ramanoudjame teşekkür ederim.

Peptoidler 1. Katı faz sentezi Not: peptoidler el katı faz Peptoid sentezi submonomer prosedürü kullanılarak sentezlendi. Bu yöntem, yüksek bağlanma özelliğine ve iyi bir son ürün verimi sağlar. Katı faz üzerinde sentez, reaksiyona giren maddelerin fazlasının her adımın sonunda kolayca çıkarılabilir ve yöntem, aynı içinde yer farklı işlevselleştirilmiş katyonik monomerler (örneğin, arginin tipi ve lizin tip kalıntıları) sağlanması için burada modifiye edilmiş sağlar dizisi. 1,2 <ol><li> Doğrusal peptoid sentezi Dikkat: sentezini başlamadan önce güvenlik değerlendirmelerini yürütmek. Davlumbaz bütün tepkileri yürütmek ve uygun (yani, tek kullanımlık nitril eldiven, koruyucu gözlük ve laboratuvar önlüğü) olarak yeterli kişisel koruyucu ekipman giyin. Aşağıdaki reaktifler ve çözücüler kullanıldığında özellikle dikkat edin. Dimetilformamid (DMF), şüpheli bir teratojen ve ddiklorometan kullanılarak arıtılmıştır (DCM) kanserojen. N, N &#39;diizopropilkarbodiimid (DIC) ve piperidin solunum inhalasyon yoluyla, göz, deri için tehlikeli ve cilt hassasiyete neden olabilir. Hidrazin solunması halinde, ölümcül bir şüpheli kanserojen ve ciltte veya gözlerde ciddi yanıklara neden olur. Bromoasetik asit de deri, göz ve solunum yollarında zararlı ve temas üzerine yanıklara neden olabilir. Trifloroasetik asit (TFA) uçucu bir sıvıdır ve şiddetli yanıklar yüzden dikkatli kullanın neden olabilir. Ağır iş eldivenleri tavsiye edilir. <ol><li> İki cam hamuru ile sınırlanmış bir 20 ml polipropilen tepkime kabına 0.12 g Fmoc-korumalı Rink Amide reçinesi (0.1 mmol, tipik bir yükleme 0.7 mmol / g). reçineyi kabartmak ve oda sıcaklığında en az 60 dakika süre ile beklemeye gemiyi terk 5 ml dimetilformamid (DMF) ekleyin. katı-faz ekstraksiyon vakum platformunu kullanarak DMF boşaltın. </li><li> Şişen reçineye Fmoc grubunun korumasının kaldırılması için 2 mi piperidin solüsyonu (DMF v% 20 / h). üzerinde bir kap yerleştirinoda sıcaklığında (450 rpm) ve bir çalkalama platformu 5 dakika sallayın. Vakum istasyonu aracılığıyla çözüm çıkarın. <ol><li> 2 mi piperidin çözeltisi ile Fmoc koruması giderildikten tekrar edin ve oda sıcaklığında 15 dakika boyunca sallayın. daha önce olduğu gibi çözüm boşaltın. </li></ol></li><li> 2 mL DMF ilave edilmesi ve 30 saniye için reçine karıştırılarak reçine yıkanır. DMF boşaltın ve üç kez daha tekrarlayın. </li><li> Asetilasyon için, bromoasetik asit çözeltisi (DMF içinde 0,6 M) ve 1 ml ilave 0.2 ml N, N &#39;diizopropilkarbodiimid çözeltisi (DIC,% 50 DMF içinde hac / hac). Oda sıcaklığında 20 dakika boyunca çalkalanır, reaksiyon kabı bırakın. çözüm boşaltın ve 2 ml DMF üç kez reçine yıkayın. </li><li> yer değiştirme, amin çözeltisi (DMF içinde 1,5 M) 1 ml. Oda sıcaklığında 60 dakika süre ile reçineyi çalkalayın. çözüm boşaltın ve 2 ml DMF üç kez reçine yıkayın. <ol><li> Bir arginin-tipi monomer eklemek için, adım 1.7 izleyin. İstenen Peptoid sekansına bağlı olarak, farklı aminlereklenecektir. </li></ol></li><li> Tekrarlayın 1.1.4 ve 1.1.5 adımları. </li><li> Guanidin işlevselleştirilmiş monomer (örneğin, N-Arg) dahil etmek için, reçineye korumasız diamin çözeltisi (DMF içinde 1,5 M) 1 ml ilave edilir ve oda sıcaklığında 60 dakika boyunca sallayın. <ol><li> çözüm boşaltın ve 2 ml DMF üç kez reçine yıkayın. </li><li> Serbest primer amine Dde grubu ilave etmek ve oda sıcaklığında 60 dakika boyunca çalkalanır, 2-acetyldimedone (0.2 g, 0.5 ml DMF içindeki 1 mmol, 10 eşdeğer) ekleyin. çözüm boşaltın ve 2 ml DMF üç kez reçine yıkayın. </li></ol></li><li> Arzu edilen sekans gerçekleşene kadar 1.1.7 1.1.4 gibi submonomer sentezi devam edin. reçine yıkama ve üç kez tekrarlamak 2 ml DMF ekleyin. </li><li> reçine Dde grubu korumasını kaldırmak için, (DMF v / v) 4 ml% 2 hidrazin çözeltisi ilave edilir ve oda sıcaklığında 3 dakika boyunca sallayın. çözüm boşaltın ve üç kez tekrarlayın. </li><li> çözüm boşaltın ve 2 ml DMF üç t reçine yıkayınimes. </li><li> Ve N, N-diizopropiletilamin ya da DIPEA (serbest amin başına 6 eşdeğer) DMF (minimum hacimde, N Arg monomer başına yani serbest amin başına 6 eşdeğerleri) pirazol-1-karboksamidin ekleyin ve 60 dakika boyunca oda sıcaklığında çalkalayın . </li><li> boşaltın ve 2 ml diklorometan ile üç kez reçine yıkayın. daha sonra reçine bölünmesi (bölüm 2) kadar saklanabilir, 10 dakika boyunca havada kurumaya reçine bırakın. </li><li> sentezini duraklatmak için, üç kez DMF 2 ml reçine yıkayın. 2 mi DMF ekleme, sentez kap tapası ve davlumbaz oda sıcaklığında bırakın. NOT: Sentez herhangi deplasman adım (diketopiperazinlerin ikinci deplasman aşama haricinde oluşabilir) sonra durdurulmuş olabilir. </li></ol></li><li> Yan zincir koruma açma ve reçineden ayrılması <ol><li> displa sonra sentez sırasında herhangi bir noktada sentez (saflık ve kütle) ilerleyişini kontrol etmek için bir test Cleave TaahhütÇimento adım eklenmesi veya son sekans Dde-koruma grubunun veya sonrasında çıkarma yapılmıştır. <ol><li> Yeni 8 ml polipropilen sırlı kartuş içine reaksiyon kabından yaklaşık 10 reçine boncuk aktarın. </li><li> Trifloroasetik asit yarılma kokteyli, 1 ml ilave edilir (% 95 TFA,% 2.5 H2O,% 2.5 triizopropilsilan içeren) ve oda sıcaklığında 90 dakika boyunca sallayın. </li><li> yuvarlak tabanlı bir şişeye 10 ml fritli reaksiyon teknesi kullanılarak reçineden TFA yarılma kokteyli, filtre. </li><li> Bir dönen buharlaştıncı kullanarak yarılma kokteyli, buharlaştırın ve LC-MS veya analitik HPLC sunulmak üzere 1 mi, asetonitril / su içindeki yağ çözülür. </li></ol></li><li> Son bölünme için sentez için kullanılan aynı fritli polipropilen Reaksiyon kartuş TFA yarılma kokteyli, (% 95 TFA,% 2.5, H2O,% 2.5 triizopropilsilan) 4 ml ilave edilir ve bir kap kapağı. Oda sıcaklığında 90 dakika boyunca sallayın. </li><li> filtre inciyuvarlak tabanlı bir şişeye 50 ml fritli reaksiyon teknesi kullanılarak reçineden e TFA bölünmesi kokteyli. </li><li> Bir dönen buharlaştıncı kullanarak yarılma kokteyli, buharlaştırın. TFA uzaklaştırıldıktan sonra, ürün, bir yağ halinde elde edilmelidir. Bu ham petrolden TFA çıkışına yardım etmesi için, 2 mi susuz dietil eter ilave edilir ve Peptoid çökeltilmesi gerekir. <ol><li> Her iki durumda da pipetle dietil eter uzaklaştırılmış ve atın veya bir döner buharlaştırıcı kullanılarak buharlaştırılır. Tekrarlama dietil eter yağış üç kez. </li></ol></li><li> 10 mi asetonitril / asitleştirilmiş su çözeltisi içinde, ham peptoid çözülür (su v içinde% 50 asetonitril,% 0.1 TFA / hac). önceden tartılmış bir kaba transfer, 20 ° C&#39;de dondurma ve bir kuru toz liyofilize edin. </li></ol></li></ol> 2. Karakterizasyonu ve Arıtma Not: Peptoid sentezi izlenebilir ve bir C 18 sütunu ve EL kullanılarak analitik ters fazlı HPLC ile değerlendirildi son Peptoidelektrosprey sıvı kromatografisi kütle spektrometrisi (LC-MS). LC-MS için bütün çözücü HPLC çözücüleri, taze hazırlanmalıdır. <ol><li> Analitik HPLC <ol><li> Küçük bir cam şişe içinde peptoid 1 mg tartılır. çözülür ve su ile 1 ml ye tamamlanır asetonitril minimum hacim. Peptoid tamamen çözülmüş olduğundan emin olun. </li><li> Analitik HPLC 10 ul enjekte edilir (önerilen gradyanı 0-30 dakika üzerinde% 100 çözücü B&#39;ye burada çözücü A =% 95 su,% 5 asetonitril,% 0.05 TFA ve çözücü B =% 95 asetonitril,% 5 su,% 0.03 TFA) üreticinin talimatlarına göre. </li><li> 220 nm&#39;de UV spektrumu gözünüzde canlandırın. </li></ol></li><li> ESI-LC-MS <ol><li> Adım 2.1.1 olarak 1 mg / ml Peptoid çözüm olun. </li><li> Hedef peptoid moleküler ağırlığı imalatçı talimatları doğrultusunda, mevcut olup olmadığını belirlemek için LC-MS elektrosprey 1 ul enjekte edilir. </li><li> Bir PEPT kullanarak Peptoid dizisinin hedef kitle kontrolhesap ilgili talimatlar uyarınca oid hesap. 26 Bu web programı da kütle spektrumunda görülen herhangi bir silme / ekleme ürünlerinin atanmasına olanak verir. 26 </li></ol></li><li> Hazırlayıcı ters fazlı HPLC <ol><li> asitleştirildi 2 ml su / asetonitril (% 95 su,% 5 MeCN,% 0.1 TFA), ham peptoidler çözülür ve üreticinin protokolü kullanılarak preparatif RP-HPLC ile saflaştırılması. Analitik HPLC ve sütun boyutlara bağlıdır enjekte edilen miktar, elde edilen elüsyon zaman derecesi belirlenir. </li><li> 220 nm&#39;de ayarlanmış bir detektör kullanılarak görselleştirme. </li><li> 15 ml santrifüj tüplerine fraksiyonlar 20 ° C ve liyofilize donma toplayın. </li><li> LC-MS ve imalatçının protokolüne göre, analitik HPLC kullanılarak fraksiyonların yeniden analiz edin. Saflaştırılmış fraksiyonlar bir araya toplamaktadır. </li></ol></li></ol> Leishmania mexicana Parazitler karşı 3. Biyolojik Test Caution. Güvenlik değerlendirmeleri sentezini başlamadan önce yapılmalıdır Leishmania mexicana önce test başlangıç için yerinde olmalıdır İngiltere ve yeterli kontrol önlemleri bir tehlike grup 2 patojen sınıflandırılır. Tüm çalışmalar sınıf 2 mikrobiyolojik güvenlik kabini ve uygun (yani, nitril eldiven, koruyucu gözlük ve laboratuvar önlüğü) olarak giyilen yeterli kişisel koruyucu ekipman yapılmalıdır. <ol><li> Parazitlerin Alt kültür <ol><li> 30 saniye için 37 ° C su banyosu içinde şişeyi yerleştirerek 1 mi -150 ° C Donmuş stokun Leishmania mexicana M379 Defrost. </li><li> Olmayan bir havalandırmalı kapak ile 25 cm3 hücre kültür şişesi içinde (% 15 ısı ile inaktive edilmiş fetal büyükbaş hayvan serumu ve% 1 penisilin / streptomisin ile desteklenmiş, pH 7.0&#39;da) 10 mi Schneider Böcek ortamına stok solüsyonu aktarın. </li><li> 72 saat boyunca 26 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> durumunu kontrol etmek için mikroskop altında parazitleri (400X büyütme) inceleyin. they böcek sahne promastigotları, birçok bölünen hücreler ile log fazında procyclic formlar olmalıdır. </li><li> 5 x 10 5 parazit / ml her üç günde bir konsantrasyona alt kültürlenmesi parazitlerin procyclic promastigotlar koruyun. Neubauer geliştirilmiş hemasitometre kullanarak hücre sayımı. </li></ol></li><li> L. dönüştürülmesi memeli sahne aksenik amastigot formu 27 içine mexicana böcek sahne <ol><li> Gün 0: (% 15 ısı ile inaktive edilmiş fetal büyükbaş hayvan serumu ve% 1 penisilin / streptomisin ile desteklenmiş, pH 7.0&#39;da) Schneider Böcek ortamında 5 x 10 5 parazit / ml log aşaması parazit 10 mi kültür Hazırlama 25 cm3 hücrede bir havalandırma delikleri olmayan kapaklı kültür şişesi. </li><li> 48 saat boyunca 26 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> 3. Gün: 5 dakika boyunca 447 x g&#39;de 50 ml&#39;lik bir santrifüj tüpüne ve santrifüj aktarın 10 ml kültür. </li><li> eski orta dökün ve% 20 h ile desteklenmiş, pH 5.5&#39;te 10 mi Schneider böcek orta (ekleme) Cenin sığır serumu ve% 1 penisilin / streptomisin, akşam yemeği inaktive. Yavaşça bir pipet kullanarak yeni ortamda parazitlerin pelletini. </li><li> Neubauer geliştirilmiş hemasitometre kullanarak parazitlerin sayısını. 25 cm3 hücre kültür şişesine pH 5.5, orta ve transfer 5 x 10 5 parazit / ml &#39;lik bir konsantrasyona kadar seyreltilir. </li><li> Yaklaşık 6 gün boyunca 26 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> 9. Gün: Bir mikroskop (400X) kapsamında parazitleri inceleyin. Bu olmayan replike enfeksiyöz metacyclic promastigot aşamasına olmalıdır. </li><li> Neubauer geliştirilmiş hemasitometre kullanarak parazitlerin sayısını. PH 5.5 ortamı ile 5 x 10 5 parazit / ml &#39;lik bir konsantrasyona kadar seyreltilir. </li><li> Hücre kültürü 10 ml çıkarın ve hücre kültürü şişesine aktarın. 5 gün boyunca 32 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> 14. Gün: mikroskobu (400X) kapsamında parazitlerin görünümünü kontrol edin. Onlar kamçı karakteri eksik, patojenik amastigot aşamasında olmalıdırpromastigotlarının istic ve tahlil için hazır. </li></ol></li><li> L. sitotoksisite deneyi mexicana aksenik amastigotları. Not: peptoidler biyolojik testleri 96 gözlü plakalar içinde gerçekleştirilmektedir, yüksek kapasiteli testler kullanılır. Bu protokol, L. olarak test edilmesinin tanımlamaktadır mexicana aksenik amastigotları fakat özdeş deneyler, aynı zamanda uygun bir ortamda promastigot aşamasıyla parazitler üzerinde gerçekleştirilebilir. 60 dakika süre ile 100 um ve daha sonra bir 10-kat seyreltme takip eden 24 saat için kuluçkalanmıştır - bileşimler 3&#39;ten konsantrasyonlarda parazitler ile inkübe edilir. Sonuçlar Resazurin-bazlı hücre canlılığı çözeltisi (ör AlamarBIue) ile inkübasyondan sonra kuyu floresan ölçüm ile elde edilmiştir. <ol><li> Bileşik stok çözümleri hazırlayın. bir analitik terazi kullanılarak nihai saflaştınlmış Peptoid ürün, 1 mg tartılır. 5 mM&#39;lik bir konsantrasyona kadar moleküler biyoloji sınıf dimetilsülfoksit (DMSO) uygun hacim. 6 ul alikotları olun ve-20 ° C&#39;de dondurun. </li><li> 100 ila 3 uM, üç kopya halinde 96 oyuklu plakalar (önerilen bir plaka yerleşimi, sonuç bölümünde görülebilir Şekil 6) üzerinde bileşik solüsyonu hazırlayın. En üst üste (ör, A) her bir bileşiğin, 5 mM stok çözeltisi 2 ul ekle. Çok kanallı bir pipet kullanılarak üst sıra (pH 5.5 ve% 20 fetal sığır serumu (FBS),% 1 penisilin / streptomisin (P / s)), taze Schneider böcek orta 48 ul ekle. Diğer tüm satırlara (- F B) 25 ul Schneider Böcek orta ekleyin. <ol><li> Üst satırdan pipet 25 ul çözümü tarafından bir seri seyreltme yürütmek. Aşağıdaki satıra ekleyin ve karıştırın. son 25 ul çözelti atılmalıdır son satırda kadar dilüsyonları yürütmek. </li><li> üçlü olarak bir negatif kontrol olarak, bir pozitif kontrol ve DMSO (% 2 solüsyon) halinde amfoterisin B (5 mM stoklar) kullanın. </li></ol></li><li> Parazit çözüm hazırlayın: Transfer kültürünü bir 50 ml santrifüj tüpüne ve santrifüj de karşı5 dakika boyunca 447 x g. eski orta dökün ve (pH 5.5 ve% 20 FBS,% 1 P / S), 10 ml Schneider böcek orta ekleyin. </li><li> Yavaşça bir pipet kullanarak yeni ortamda parazitlerin pelet çözülür ve bir Neubauer geliştirilmiş hemasitometre kullanarak saymak. 8 x 10 6 parazitler / ml kültür sulandırmak. </li><li> 25 ul L ekleme her bir oyuğa mexicana kültürü. 32 ° C&#39;de 60 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> inkübatör plaka çıkarın ve her kuyudan 40 ul çözüm kaldırmak. </li><li> 90 uL taze ortam ilave edin ve 32 ° C&#39;de 24 saat boyunca inkübe edilir. </li><li> her bir oyuğa 10 ul Resazurin-bazlı hücre canlılığı solüsyonu ekleyin. 32 ° C&#39;de 4 saat inkübe edilir. </li><li> Üreticinin talimatlarına göre, (λ em 600 nm =, λ ex = 540 nm) plaka okuyucu kullanarak floresan ölçmek. (Ortamdan sadece kuyu) ortalama arka plan çıkarılması ve t ile ilgili normalleştirme sonra kuyuların floresan karşılaştırarak verileri analizO kontroller, DMSO&#39;nun. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+oligo%28N-substituted+glycines%29+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids oligo(N-substituted glycines) by submonomer solid-phase synthesis.</a> J. Am. Chem. Soc. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Bolt, H. L., Cobb, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+method+for+the+synthesis+of+peptoids+containing+both+lysine-type+and+arginine-type+monomers%5BTitle%5D)+AND+%22Org.+Biomol.+Chem%22%5BJournal%5D)">A practical method for the synthesis of peptoids containing both lysine-type and arginine-type monomers.</a> Org. Biomol. Chem. 14, 1211-1215 (2016).</li>
<li>Mojsoska, B., Zuckermann, R. N., Jenssen, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-activity+relationship+study+of+novel+peptoids+that+mimic+the+structure+of+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrob+Agents+Chemother%22%5BJournal%5D)">Structure-activity relationship study of novel peptoids that mimic the structure of antimicrobial peptides.</a> Antimicrob Agents Chemother. , (2015).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Eggimann, G. A., Bolt, H. L., Denny, P. W., Cobb, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigating+the+Anti-leishmanial+Effects+of+Linear+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Investigating the Anti-leishmanial Effects of Linear Peptoids.</a> Chem Med Chem. 10, 233-237 (2015).</li>
<li>Kapoor, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antimicrobial+Peptoids+Are+Effective+against+Pseudomonas+aeruginosa+Biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrob.+Agents+Chemother%22%5BJournal%5D)">Antimicrobial Peptoids Are Effective against Pseudomonas aeruginosa Biofilms.</a> Antimicrob. Agents Chemother. 55, 3054-3057 (2011).</li>
<li>Ryge, T. S., Frimodt-Moller, N., Hansen, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antimicrobial+activities+of+twenty+lysine-peptoid+hybrids+against+clinically+relevant+bacteria+and+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Antimicrobial activities of twenty lysine-peptoid hybrids against clinically relevant bacteria and fungi.</a> Chemotherapy. 54, 152-156 (2008).</li>
<li>Huang, M. L., Benson, M. A., Shin, S. B. Y., Torres, V. J., Kirshenbaum, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amphiphilic+Cyclic+Peptoids+That+Exhibit+Antimicrobial+Activity+by+Disrupting+Staphylococcus+aureus+Membranes%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Org.+Chem%22%5BJournal%5D)">Amphiphilic Cyclic Peptoids That Exhibit Antimicrobial Activity by Disrupting Staphylococcus aureus Membranes.</a> Eur. J. Org. Chem. , 3560-3566 (2013).</li>
<li>Huang, M. L., Shin, S. B. Y., Benson, M. A., Torres, V. J., Kirshenbaum, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Comparison+of+Linear+and+Cyclic+Peptoid+Oligomers+as+Potent+Antimicrobial+Agents%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">A Comparison of Linear and Cyclic Peptoid Oligomers as Potent Antimicrobial Agents.</a> Chem Med Chem. 7, 114-122 (2012).</li>
<li>Bolt, H. L., Eggimann, G. A., Denny, P. W., Cobb, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enlarging+the+Chemical+Space+of+Anti-leishmanials%3A+a+Structure-Activity+Relationship+Study+of+Peptoids+against+Leishmania+mexicana%2C+a+Causative+Agent+of+Cutaneous+Leishmaniasis%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Chem+Comm%22%5BJournal%5D)">Enlarging the Chemical Space of Anti-leishmanials: a Structure-Activity Relationship Study of Peptoids against Leishmania mexicana, a Causative Agent of Cutaneous Leishmaniasis.</a> Med Chem Comm. , (2016).</li>
<li>The World Health Organisation. Leishmaniasis. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.who.int/leishmaniasis/en/">http://www.who.int/leishmaniasis/en/</a> (2016).</li>
<li>Chon, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+overuse+and+resistance+in+dermatology%5BTitle%5D)+AND+%22Dermatologic+therapy%22%5BJournal%5D)">Antibiotic overuse and resistance in dermatology.</a> Dermatologic therapy. 25, 55-69 (2012).</li>
<li>Alvar, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leishmaniasis+Worldwide+and+Global+Estimates+of+Its+Incidence%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">Leishmaniasis Worldwide and Global Estimates of Its Incidence.</a> PLOS ONE. 7, (2012).</li>
<li>Croft, S. L., Barrett, M. P., Urbina, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemotherapy+of+trypanosomiases+and+leishmaniasis%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Parasitol%22%5BJournal%5D)">Chemotherapy of trypanosomiases and leishmaniasis.</a> Trends Parasitol. 21, 508-512 (2005).</li>
<li>Kedzierski, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leishmaniasis+Vaccine%3A+Where+are+We+Today%3F%5BTitle%5D)+AND+%22J+Global+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Leishmaniasis Vaccine: Where are We Today?</a> J Global Infect Dis. 2, 177-185 (2010).</li>
<li>Croft, S. L., Sundar, S., Fairlamb, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drug+resistance+in+leishmaniasis%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Drug resistance in leishmaniasis.</a> Clin Microbiol Rev. 19, 111-126 (2006).</li>
<li>Huang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Learning+from+Host-Defense+Peptides%3A+Cationic%2C+Amphipathic+Peptoids+with+Potent+Anticancer+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">Learning from Host-Defense Peptides: Cationic, Amphipathic Peptoids with Potent Anticancer Activity.</a> PLOS ONE. 9, (2014).</li>
<li>Wender, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Design%2C+Synthesis%2C+and+Evaluation+of+Molecules+That+Enable+or+Enhance+Cellular+Uptake%3A+Peptoid+Molecular+Transporters%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">The Design, Synthesis, and Evaluation of Molecules That Enable or Enhance Cellular Uptake: Peptoid Molecular Transporters.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97, 13003-13008 (2000).</li>
<li>Schröder, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoidic+Amino-+and+Guanidinium-Carrier+Systems%3A+Targeted+Drug+Delivery+into+the+Cell+Cytosol+or+the+Nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Chem%22%5BJournal%5D)">Peptoidic Amino- and Guanidinium-Carrier Systems: Targeted Drug Delivery into the Cell Cytosol or the Nucleus.</a> J. Med. Chem. 51, 376-379 (2008).</li>
<li>Kömel, D. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-penetrating+peptoids%3A+Introduction+of+novel+cationic+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Med.+Chem%22%5BJournal%5D)">Cell-penetrating peptoids: Introduction of novel cationic side chains.</a> Eur. J. Med. Chem. 79, 231-243 (2014).</li>
<li>Hein-Kristensen, L., Knapp, K. M., Franzyk, H., Gram, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+membrane+activity+of+%CE%B1-peptide%2F%CE%B2-peptoid+chimeras%3A+Influence+of+amino+acid+composition+and+chain+length+on+the+activity+against+different+bacterial+strains%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Bacterial membrane activity of α-peptide/β-peptoid chimeras: Influence of amino acid composition and chain length on the activity against different bacterial strains.</a> BMC Microbiology. 11, 1-12 (2011).</li>
<li>Su, Y., Doherty, T., Waring, A. J., Ruchala, P., Hong, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Roles+of+Arginine+and+Lysine+Residues+in+the+Translocation+of+a+Cell-Penetrating+Peptide+from+%2813%29C%2C+%2831%29P+and+%2819%29F+Solid-State+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem%22%5BJournal%5D)">Roles of Arginine and Lysine Residues in the Translocation of a Cell-Penetrating Peptide from (13)C, (31)P and (19)F Solid-State NMR.</a> Biochem. 48, 4587-4595 (2009).</li>
<li>Andreev, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Guanidino+groups+greatly+enhance+the+action+of+antimicrobial+peptidomimetics+against+bacterial+cytoplasmic+membranes%5BTitle%5D)+AND+%22BBA+Biomembranes%22%5BJournal%5D)">Guanidino groups greatly enhance the action of antimicrobial peptidomimetics against bacterial cytoplasmic membranes.</a> BBA Biomembranes. 1838, 2492-2502 (2014).</li>
<li>Foged, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+uptake+and+membrane-destabilising+properties+of+alpha-peptide%2Fbeta-peptoid+chimeras%3A+lessons+for+the+design+of+new+cell-penetrating+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22BBA+Biomembranes%22%5BJournal%5D)">Cellular uptake and membrane-destabilising properties of alpha-peptide/beta-peptoid chimeras: lessons for the design of new cell-penetrating peptides.</a> BBA Biomembranes. 1778, 2487-2495 (2008).</li>
<li>Vedel, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antiplasmodial+and+prehemolytic+activities+of+alpha-peptide-beta-peptoid+chimeras%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Bio+Chem%22%5BJournal%5D)">Antiplasmodial and prehemolytic activities of alpha-peptide-beta-peptoid chimeras.</a> Chem Bio Chem. 8, 1781-1784 (2007).</li>
<li>Lear, S., Cobb, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pep-Calc.com%3A+a+set+of+web+utilities+for+the+calculation+of+peptide+and+peptoid+properties+and+automatic+mass+spectral+peak+assignment%5BTitle%5D)+AND+%22J+Computer-Aided+Mol+Des%22%5BJournal%5D)">Pep-Calc.com: a set of web utilities for the calculation of peptide and peptoid properties and automatic mass spectral peak assignment.</a> J Computer-Aided Mol Des. , 1-7 (2016).</li>
<li>Bates, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+developmental+cycle+of+Leishmania+mexicana+in+axenic+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitol%22%5BJournal%5D)">Complete developmental cycle of Leishmania mexicana in axenic culture.</a> Parasitol. 108, 1-9 (1994).</li>
<li>Gossage, S. M., Rogers, M. E., Bates, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two+separate+growth+phases+during+the+development+of+Leishmania+in+sand+flies%3A+implications+for+understanding+the+life+cycle%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Parasitology%22%5BJournal%5D)">Two separate growth phases during the development of Leishmania in sand flies: implications for understanding the life cycle.</a> Int J Parasitology. 33, 1027-1034 (2003).</li>
<li>Seo, J., Lee, B. C., Zuckermann, R. N., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSeo%2C+J+%22Comp+Biomaterials%22">Comp Biomaterials</a>. Ducheyne, P., et al. 2, Elsevier. 53-76 (2011).</li>
<li>Nash, I. A., Bycroft, B. W., Chan, W. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dde+-+A+selective+primary+amine+protecting+group%3A+A+facile+solid+phase+synthetic+approach+to+polyamine+conjugates%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Lett%22%5BJournal%5D)">Dde - A selective primary amine protecting group: A facile solid phase synthetic approach to polyamine conjugates.</a> Tetrahedron Lett. 37, 2625-2628 (1996).</li>
<li>Culf, A. S., Ouellette, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid-phase+synthesis+of+N-substituted+glycine+oligomers+%28alpha-peptoids%29+and+derivatives%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Solid-phase synthesis of N-substituted glycine oligomers (alpha-peptoids) and derivatives.</a> Molecules. 15, 5282-5335 (2010).</li>
<li>Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid-phase+Submonomer+Synthesis+of+Peptoid+Polymers+and+their+Self-Assembly+into+Highly-Ordered+Nanosheets%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Solid-phase Submonomer Synthesis of Peptoid Polymers and their Self-Assembly into Highly-Ordered Nanosheets.</a> J Vis Exp. , e3373(2011).</li>
<li>Burkoth, T. S., Fafarman, A. T., Charych, D. H., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incorporation+of+unprotected+heterocyclic+side+chains+into+peptoid+oligomers+via+solid-phase+submonomer+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Incorporation of unprotected heterocyclic side chains into peptoid oligomers via solid-phase submonomer synthesis.</a> J. Am. Chem. Soc. 125, 8841-8845 (2003).</li>
<li>Nakayama, G. R., Caton, M. C., Nova, M. P., Parandoosh, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+the+Alamar+Blue+assay+for+cellular+growth+and+viability+in+vitro%5BTitle%5D)+AND+%22J+Immunol+Methods%22%5BJournal%5D)">Assessment of the Alamar Blue assay for cellular growth and viability in vitro.</a> J Immunol Methods. 204, 205-208 (1997).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

<html> Peptoidler artan bu yeni terapötik 3-5 hücre dağıtım maddeler gibi uygulamalarda, kimyasal biyoloji ve tıp kimyası alanlarına olan çalışılmaktadır 18,20 ve tanı araçlarıdır. 29 tipik olarak, bu diziler üzerinde patojenin seçicilik derecesi elde etmek üzere katyonik memeli hücreleri, hücre zarlarından nüfuz ve sulu sistemler içinde çözünürlüğe yardımcı olmak için yeteneği. Literatürde sadece lizin veya arjinin-mimetik artıkları ihtiva katyonik peptoidler sayısız örnekleri vardır. Ancak bugüne kadar, aynı sırada bu katyonik tortularının her ikisini de içeren peptoidler sentezi uygun bir sentetik prosedür eksikliğinden edilmiştir. Burada açıklanan protokol karışık katyonik peptoidler verimli bir şekilde sentezlenebilmektedir sağlar ve amfipatik peptoidler biyolojik ve kimyasal özelliklerini modüle etmek için bir yol sunar gibi son derece arzu edilen bir durumdur. NT &quot;&gt; Bizim yöntemi yaygın olarak kullanılan submonomer Peptoid sentezine bir uyarlama kullanan aynı dizi içindeki hem lizin ve arginin-monomerleri ilave izin verir. Oda sıcaklığında kavramalar kullanan ve bu yöntemle tahmin edilmektedir, böylece koruyucu grup kimyası kurulan araştırma grubu çoğunluğu için yararlı olacaktır. arginin tipi kalıntısı için ortogonal bir koruma eklemek için, bir korumalı olmayan diamin Dde-OH. diaminlerin çeşitli olabilir ile 60 dakikalık bir kaplin, standart yer değiştirme koşulları altında ilave edildi ve daha sonra korunmaktadır sırasıyla 1,6-diaminoheksan, 1,2-diaminoetan. koruma Dde-OH, DMF içinde de çözünür, yani yüklü uzun 2 karbon ila 6 karbon yan zincirleri sağlar ve çok etkili ve seçici bir koruma grubu için olan kullanılan primer aminler. Dde koruma grubu, etkilenmemiş gibi, Peptoid zincirin korumasız N terminalini ikincil aminler bırakır. 30 bir sınırlama olan syn tümtez elle yapılmıştır; Bununla birlikte, geliştirilmiş birleştirme koşulları otomatik peptid / Peptoid synthesizer ile kullanım için bir yöntem makul hale beklenmektedir. DDE grupların reçine üzerinde korumanın kaldırılması pirazol-1-karboksamidin kullanılarak reçine üzerinde guanidinylated edilebilir serbest aminlerin bırakmak için DMF içinde% 2 hidrazin çözeltisi kullanılarak yapılır. Pirazol-1-karboksamidin altı eşlenik ve DIPEA altı eşlenik reçine üzerinde serbest amin başına kullanılır (yani, her biri N&#39;dir Arg tipi monomer altı eşlenik yüklenecek). Yine, bu reaksiyon, aynı zamanda verimli ve pirazol-1-karboksamidin reaktifi DMF içinde iyi bir çözünürlüğe sahiptir. Reaksiyonun tamamlanması tipik olarak oda sıcaklığında 60 dakika sonra LC-MS ile görülmektedir. submonomer yönteminin çok yönlülüğü, birincil aminlerin çok çeşitli değiştirme aşamasında kullanılabilir şartlarına bağlı olarak birleştirme ka artırmak için optimize edilmesi gerekebilir, böyleceYukarıda tartışılan dizilerin için Verimliliği ve genel ürün verimleri veya saflık. 31, özel koşullar başarılı kaplinler için gerekli idi. Ancak, daha uzun değiştirme süreleri veya daha yüksek bir amin konsantrasyonları sorunlu yer değiştirme (örneğin, kötü nükleofilik veya sterik açıdan hacimli aminler için) için kullanılabilir. Bazı aminler durumda yerine submonomer sentezi için daha önce kapsamlı bir yöntemde olduğu gibi N-metil-2-pirolidon (NMP) ya da katı faz reaksiyonları için diğer uygun çözücüler içinde, bu erimesi tavsiye edilir, DMF içinde tamamen çözünebilir olabilir peptoidler arasında. 32 kloroasetik asit kullanılarak asetilasyon, diğer gruplar tarafından etkili olduğu gösterilmiştir, yan zincirler korumasız heteroatom ihtiva monomerler dahil etmek. 33. Buna ek olarak, diğer reçineler farklı C terminali işlevsellik ile peptoidler elde etmek için bu yöntemle kullanılabilir. Wang reçine ve 2-klorotritil klorür reçineleri rutin olarak kullanılanpeptoidler bir submonomer sentezi. Örneğin, bu yöntem, başarılı bir şekilde Rink Amide burada (kullanılan spesifik reçine bağlı olarak) ele 2 farklı katı destekler farklı yükleme prosedürü gerektirir. Grubumuz 2-klorotritil klorür reçinesi ile kullanılan bu nedenle bu literatür kontrol edilmelidir sentezi önce. Peptid sentezine benzer şekilde, peptoid dışı reçine son bölünme şartları, söz konusu dizi için optimize edilebilir. Bu protokol, bir TFA yarılma kokteyli (tutucular olarak triizopropilsilan ve su ile) kullanılmıştır. Burada yer alan peptoidler makul asit labil gruptur, sadece Boc koruma ihtiva etmiştir. Daha klivaj süreleri gerekebilir, korunan kalıntılar ya da kararsız koruma grupları daha asidin daha yüksek oranda dizilerin tam deproteksiyon sağlamak için (yani, 2 saatten fazla parçalanma süreleri PBF veya üçüncül-met içeren diziler için önerilmektedirasetil ester korumalı gruplar). (Örneğin, etanditiol ya da 2-merkaptoetanol, genellikle sistein ya da metionin gibi bir sülfür ihtiva eden yan zincirlere sahip peptidler kullanılır için) alternatif temizleyiciler, aynı zamanda özel bir yan zincirleri için de kullanılabilir. sunulan biyolojik deney farklı hücre hatları göre değiştirilebilen bir standart sitotoksiklik testidir. Her 96 oyuklu plaka elde edilen sonuçlar güven sağlamak için yeterli kontroller olması gerektiğini not etmek önemlidir. Bu hastalığın tedavisinde kullanılan bilinen bir ilaçtır Bu durumda, amfoterisin B, bir pozitif kontrol olarak kullanılır ve bu deneme için bir bileşik stok yapmak için kullanılan çözücü olarak DMSO, negatif kontrol olarak kullanılır. Diğer hücre hatları kullanılıyorsa, alternatif, uygun kontroller sağlanmış ve kullanmadan önce valide edilmelidir. L. mexicana bir saat süre ile 100 ve 2 uM arasındaki konsantrasyonlarda peptoid ile inkübe edilir ve daha sonra, parazit / Peptoid çözeltisi ile seyreltilir(yani, kuyular başlangıçta 100 uM Peptoid stoku 10 mcM seyreltilir) gecelik inkübasyon için on bir faktör. hücre canlılığı, reaktif deneyinin sonunda her oyuk (toplam oyuk hacmi% 10) ilave edilir. Bir görünür renk değişikliği Resim sürdürebilen parazitlerin (mavi) ve canlı parazit ara numaraları ile arasında bir spektrum sürdürebilen parazitlerin (pembe), kontrol kuyuları olan kuyular arasında görülür. Floresan canlı hücre sayısı ile orantılıdır ve hücrelerin metabolik aktivitesine karşılık gelir; resazurin boyası (floresan olmayan), metabolik olarak aktif hücrelerin azalma reaksiyonlarla parlak resorufine dönüştürülür. 34 Bu testte, hücre canlılığı, bir reaktif ile inkübasyon süresi L. için optimize edilmiştir mexicana. levhalar için değişir canlılığı maddesi ile inkübasyon süreleri farklı hücre konsantrasyonlarında da bu yöntem de kullanılabilir, örneğin, farklı hücre hatları (ile tohumlandı) Memeli hücreleri ile. kullanılan tam plaka okuyucu bağlı olarak, düşünceler floresan ölçümleri alınmadan önce yapılması gerekmektedir. kuyularda herhangi bir hava kabarcıkları doğru okumaları alınabilir sağlamak için kaldırılmalıdır. Bazı levha okuyucular durumda düz kullanılmalıdır 96 gözlü levhalar tabanlı olan plakaların alt okuma. Diğer makineler plaka üstüne okuyabilir, bu nedenle plakanın kapak ölçümünden önce çıkarılmalıdır. Son olarak, gelecekte, bu protokol paralel olarak birçok dizileri yapabilen otomatik synthesizer ile uyumlu olmayabilir. Ek olarak, siklik peptoidler sentezi, bu yöntem kullanılarak da mümkündür. Bu protokol, malzeme ya da tıbbi alanlar dahil olmak üzere birçok uygulamada yararlı olabilir lizin ve arginin-monomerleri, hem yeni bir Peptoid iskeleleri ulaşmak için kullanılabilecek bir bir sentetik prosedür araştırmacılar sağlamalıdır.

Peptoidler (ya da poli N Glycines ikame edilmiş) peptidler benzer özelliklere sunmak ve gibi giderek tıbbi ve malzemeler uygulamalar için araştırılmaktadır peptid-taklitlerinin sınıfıdır. peptidler, her bir amino asidin yan zinciri amid omurgasının α-karbon bağlıdır; peptoidler yan zincirler omurganın azot atomu üzerine kaydırılır. En önemlisi, bu peptoidler proteolize karşı daha büyük direnç verir. Peptoidler genellikle 1. Zuckermann ve ark., Peptoid monomerler katı bir destek ve bir birincil amin kullanılarak halojen sonucu, müteakip değiştirme bağlı bir amin işlevselliği sıralı haloacetylation inşa edilebilir öncülük submonomer yöntemi kullanılarak sentezlenir grubumuz en son geliştirmiştir Bu submonomer yöntemine uyarlama lizin ve arginin tipi peptoid kalıntıları f aynı peptoid dizisi içinde yer sağlamak içinirst zaman. 2 sentezini peptoid Bu manuel katı-faz yaklaşımı laboratuvarlarının çoğunda erişilebilir hale getirmek, ticari olarak mevcut reaktifler ve ortak laboratuar ekipmanları kullanmaktadır. Peptoidler Gram negatif bakterilerin çok sayıda bilinen antimikrobiyal peptitler karşılaştırılabilir Gram pozitif bakteri ve mantar türlerinin bir çok çeşitli karşı da umut verici aktivitelere sahip olduğu gösterilmiştir. 3-9 Çalışmamızda, peptoidler ihmal tropikal hastalık leishmaniasis tedavisi için yeni anti-enfektif bileşikler olarak kullanılmıştır. 5,10 Leishmaniasis dünya çapında 80&#39;den fazla ülkede endemiktir ve 12 milyondan fazla insan küresel enfekte olduğu tahmin edilmektedir. 11 hastalık kum sineği ısırmasıyla iletilir protozoon parazitler neden olur. Leishmania türlerinin kutanöz leishmaniasis, mukoza zarlarında yara ve hasar yol açan durumun, ya da hayatı tehdit edici viseral, giyim neden olabilirölümcül organ hasarına neden olan hmaniasis. Resim aşısı, bu hastalık için şu anda mevcut olan ve mevcut tedavilerin ciddi yan etkileri olan ilaçların az sayıda kullanır. Buna ek olarak, mevcut ilaçlara direnç çok yeni tedaviler umutsuzca etkili bir gelecekte leishmaniasis tedavisi için gerekli olan gelişmekte olan ve ciddi bir sorundur. 12-16 Bu antimikrobik uygulamalarda, peptoidler genellikle katyonik ve hidrofobik monomerlerin bir karışımı ile amfipatik olarak tasarlanmıştır. 3,4 Bu peptoidler bakteri hücreleri yönelik seçicilik derecesi elde memeli hücrelerine toksisiteyi azaltmak ve moleküler taşıyıcı olarak etkinliği geliştirmek için . 17-20, literatürde, anti-enfektif peptoidler çoğunluğu özel bir amino işlevselleştirilmiş lizine monomerleri ya da arginin tipi kalıntıları ya oluşmaktadır katyonik yan zincirlerine sahiptir. Katyonik zincirleri oluşan peptid-Peptoid kimeralar,mino asitler lisin ya da arginin, aynı zamanda, etkinlik ve toksisite, katyonik gruplar etkisini incelemek üzere sentezlenmiştir. 21-25 Poli-lisin peptoidler ticari olarak satılan Boc-korumalı amin kullanılarak sentezlenebilir. Poli-arginin peptoidler bir guanidinylation maddesi olarak pirazol-1-karboksamidin kullanan bir yöntem kullanılarak yapılabilir rapor etmiştir. Peptoid çıkarılan yan zincirler üzerinde reçine ve Boc koruma ayrıldı sonra 18 Ancak, bu şekilde, üstlenilebilir dizisi içindeki her lisin tipi Tortu, bir arginin kalıntısının dönüştürülür. Ince ayar için bir çaba olarak bileşiklerin kimyasal ve biyolojik özellikleri, biz (örneğin, N-Lys ve N Arg) ilk kez belirli bir Peptoid dizisi içine dahil edilmesi için ikili katyonik özelliğe izin veren bir yöntem geliştirdi. 2 Burada, TW sentezi, saflaştırılması ve karakterizasyonu açıklanmaktadıraynı sırayla hem lizin ve arginin-tipi artıklarını ihtiva yeni peptoidler o. Yöntem, bir guanidinylation reaktif olarak pirazol-1-karboksamidin olan reçine üzerinde dik N-Boc ve N -Dde koruması kullanır. Bu peptoidler biyolojik değerlendirmesi de Layişmanya mexicana Deri layişmanyozun etkeni karşı sitotoksisite deneyleri tarif edilmektedir. Bu ikili katyonik işlevselliği ile peptoidler ulaşmak için ve bunların biyolojik aktivitesini değerlendirmek için pratik bir yöntem sağlar. Yöntem, ileride Peptoid topluluğu tarafından amfipatik peptoidler sentezini yardım edeceği beklenmektedir.

<table><tbody><tr>Bu preparatta kullanılan iki frit <td>Crawford Scientific</td><td>12131017 ve 12131015</td><td>20 ml ve 6 ml kartuşlu</td> <td>polipropilen katı faz ekstraksiyon kartuşları</td></tr><tr><td>Trifloroasetik asit</td><td>Tokyo Kimya Endüstrisi (Avrupa)</td><td>T0431-100g</td><td>>98%; DİKKAT: ciddi yanıklara ve solunum yolu tahrişine neden olabilir</td></tr> <tr><td>N, N'-diizopropilkarbodiimid</td><td>Sigma Aldrich</td><td>38370-100ML</td> ><td>% 98; DİKKAT: gözler, cilt ve solunum yolu ile solunum yolu için tehlikelidir, ayrıca hassasiyete neden olabilir</td></tr><tr><td>Dimetilformamid</td><td>Fischer Scientific</td><td>10346180</td><td>HPLC derecesi; DİKKAT: şüpheli</td></tr><tr><td>teratojen Asetonitril</td><td>Fischer Scientific</td><td>10407440</td><td>HPLC sınıfı</td></tr><tr><td>Diklorometan</td><td>Fischer Scientific</td><td>10354263</td><td>% 99.8; DİKKAT: şüpheli kanserojen</td></tr><tr><td>Bromasetik asit</td><td>Sigma Aldrich</td><td>17000-100G</td><td>>99%; DİKKAT: yanıklara neden olur ve cilt, gözler ve solunum yolları için tehlikelidir</td></tr> <tr><td>( S) - (-) - alfa metilbenzilamin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>115568-100G</td><td>% 98; DİKKAT: yutulması halinde zararlıdır, cilt ile temas ettiğinde toksiktir, ciddi cilt yanıklarına ve göz hasarına neden olur, Nspe monomeri</td></tr><tr><td> N -Boc 1,4-diaminobütan</td><td>Tokyo Kimya Endüstrisi (Avrupa)</td> <td>A1373-25g</td><td>>98% sentezlemek için kullanılır; DİKKAT: NLys monomeri</td></tr><tr><td>N-Boc 1,2-diaminoetan</td> sentezlemek için kullanılan ciddi cilt yanıklarına ve göz hasarına neden olur <td>Tokyo Kimya Endüstrisi (Avrupa)</td><td>A1371-25g</td><td>>97%; DİKKAT: Nae monomer</td></tr><tr><td>1,2-diaminobütan</td><td>Sigma Aldrich</td><td>D13208-100G</td>% 99'u sentezlemek için kullanılan ciddi cilt yanıklarına ve göz hasarına neden olur<td>; DİKKAT: yanıcı sıvı ve buhar, yutulduğunda veya solunduğunda zararlı, cilt ile temas ettiğinde toksik, NhArg monomer</td></tr><tr><td>1,4-diaminoetan</td><td>Sigma Aldrich</td><td>03550-250ML ></td>99.5% sentezinde kullanılan ciddi cilt yanıklarına ve göz hasarına neden olur<td>; DİKKAT: yanıcı sıvı ve buhar, yutulduğunda veya solunduğunda zararlı, cilt ile temas ettiğinde toksik, ciddi cilt yanıklarına ve göz hasarına neden olur, NnArg monomeri &nbsp; sentezinde kullanılır; &nbsp;</td></tr><tr><td>HCl tuzu olarak 1H-pirazol-1-karboksamidin HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>402516-10G</td><td>; DİKKAT: yutulması halinde zararlıdır ve alerjik cilt reaksiyonuna neden olabilir, ciddi göz hasarına neden olur</td></tr><tr><td>Hidrazin monohidrat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>207942-5G</td><td>reaktif sınıfı; DİKKAT: şüpheli kanserojen, solunması halinde ölümcüldür ve ciltte ve gözlerde ciddi yanıklara neden olur</td></tr><tr><td>2-asetil dimedon</td><td>Novabiochem</td><td>8510150005</td><td>Dde-OH</td></tr><tr><td>Rink Amid reçinesi</td><td>Novabiochem</td><td>8551190005</td><td>100-200 ağ, yüksek yükleme</td></tr><tr><td>Piperidine</td><td>Sigma Aldrich</td><td>411027-1L</td><td>% >99,5, kontrollü bir maddedir, bu nedenle satın almadan önce yeterli izin alınmalıdır; DİKKAT: son derece yanıcı sıvı ve buhar, yutulduğunda zararlı ve cilt ile temas ettiğinde veya solunduğunda toksik, ciddi cilt yanıklarına ve göz hasarına neden olur, uzun süreli etkileri olan su yaşamına zararlıdır</td></tr><tr><td>Triizopropilsilan</td><td>Sigma Aldrich</td><td>233781-50G</td><td>%98; DİKKAT: yanıcı sıvı ve buhar, cilt tahrişine ve ciddi göz tahrişine neden olur</td></tr><tr><td>alamarBlue</td><td>ThermoFischer&nbsp;</td><td>DAL1025</td><td>Tehlikeli olarak sınıflandırılmamış</td></tr><tr><td>Schneider's Insect Medium</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S9895-1L</td> Toz haline getirilmiş<td>, besiyeri, üreticinin talimatlarına uygun olarak kullanımdan önce yapılmalıdır; Kullanmadan önce oda sıcaklığına ısınmasını bekleyin Biyolojik tahlillerde</td></tr><tr><td>96 kuyulu plakalar</td><td>VWR</td><td>734-1793</td><td>Düz tabanlı (alttan floresan ölçümüne izin vermek için), doku kültürü ile muamele edilmiş</td></tr><tr><td>Solvent rezervuarları</td><td>VWR</td><td>613-1182</td><td>Çok kanallı pipet ile kullanılır</td></tr><tr><td>Çok kanallı pipet</td><td>Eppendorf</td><td>3122000043</td><td></td></tr><tr><td>Pipet uçları</td><td>Starlab Group</td><td>S1111-3810, S1113-1810, S1111-6810</td><td>Kullanılan pipete bağlı olarak uç hacmi. 10&nbsp; &mikro; l, 10 - 200&nbsp; &mikro; l ve 1.000&nbsp; &mikro; l Tahliller için önerilir</td></tr><tr><td>25 cm < > 3 hücre kültürü şişeleri</td><td>VWR</td><td>734-2312</td><td></td></tr><tr><td>50 ml santrifüj tüpleri</td><td>VWR</td><td>525-0791</td><td></td></tr><tr><td>dimetilsülfoksit (moleküler biyoloji sınıfı)</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>D8418-50ML</td><td>Tehlikeli olarak sınıflandırılmamış</td></tr><tr><td>Isı ile Etkisiz Fetal Sığır Serumu</td><td>ThermoFischer&nbsp;</td><td>10082139-100mL</td><td>Gibco</td></tr><tr><td>Penisilin / Streptomisin</td><td>TermoFischer&nbsp;</td><td>15140148-20mL</td><td>Kısaltma: P / S</td></tr><tr><td>Amfoterisin B</td><td>Sigma Aldrich</td><td>46006-100mg</td><td>Amfoterisin B trihidrat, VetranalTM analitik standardı</td></tr></tbody></table>

bunların anti layişmanya faaliyet karışık lizin tipi / arjinin-monomerleri ve değerlendirilmesi peptoidler sentezi için etkili bir yöntem

An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity

Bu protokol, iki farklı işlevselleştirilmiş katyonik monomer içeren doğrusal peptoidlerin manuel katı faz sentezini tanımlar. Bu prosedürde, amino fonksiyonelleştirilmiş 'lizin' ve guanido fonksiyonelleştirilmiş 'arginin' peptoid monomerleri aynı peptoid dizisine dahil edilebilir. Bu prosedür, reçine üzerinde (N-(1-(4,4-dimetil-2,6-dioksosikloheksiliden)etil) veya Dde koruması, lizin monomerlerinin Boc korumasına ortogonal koşullar kullanır. Müteakip korumanın kaldırılması, arginin kalıntılarını oluşturmak için verimli bir reçine üzerinde guanidinilasyon reaksiyonuna izin verir. Prosedür, yaygın olarak kullanılan peptoid sentezinin submonomer yöntemi ile uyumludur ve basit peptoidlerin ortak laboratuvar ekipmanı ve ticari olarak temin edilebilen reaktifler kullanılarak yapılmasına izin verir. İki karışık peptoidin temsili sentezi, saflaştırılması ve karakterizasyonu açıklanmaktadır. Bu bileşiklerin Leishmania mexicana'ya karşı tarama deneylerinde potansiyel anti-enfektifler olarak değerlendirilmesi de açıklanmaktadır. Protozoan parazit L. mexicana, dünya çapında 12 milyona kadar insanı etkileyen ihmal edilmiş bir tropikal hastalık olan kutanöz leishmaniasis'in nedensel bir ajanıdır.

temsili bir sonuç, iki lisin tipi monomerler ve iki arginin monomerleri Her tarif edilecektir ihtiva eden iki adet 12 Kalıntı peptoidler sentezi ve karakterizasyonu gibi. sitotoksisite tahlilinde Daha sonraki sonuçlar gösterilmiştir. İki peptoidler [(N nArg N SPE N SPE) (N ae N SPE N SPE)] 2 (a) ve [(N hArg N SPE N SPE) (N Lys K SPE N SPE)] 2 (b) sentezlenmiştir kullanılarak 120 mg Rink Amide her (yükleme = 0.79 mmol / g) reçine. Ticari olarak satın alınan tüm tepkin maddeler ile, yukarıda tarif edildiği gibi, tüm asetilasyonu ve değiştirme aşamaları gerçekleştirilmiştir. Bu kalıntıların, aşağıdaki aminler değiştirme aşamasında kullanılmıştır: K SPE (S) - (-) - α-metilbenzilamin, N ae N - (tert-butoksikarbonil) -1,2-diamininoethane, N Lys A ^ - (tert-butoksikarbonil) -1,4-diaminobütan. Arginin türevinin kalıntıları için aşağıdaki korumasız diaminler birleştirildi N hArg 1,4-diaminobutan veya N nArg 1,2-diaminoetan (DDE-OH) 2-acetyldimedone on-reçine koruma eklenmiştir. Bütün sekans, sentezlenmiş sonra, DDE hidrazin koruma kaldırma guanidinylate serbest aminlerin elde edilir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54750/54750fig1.jpg" /> Şekil 1. peptoid yapıları: (a) [(N nArg N SPE N SPE) (N ae N SPE N SPE)] 2 ve (b) [(N hArg N SPE N SPE) (N <stro<html> ng&gt; Lys N spe N SPE)] 2.. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54750/54750fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54750/54750fig2.jpg" /> Şekil 2.. I karışık arginin / lisin peptoidler sentezlemek için kullanılan yöntem. diamin submonomer yönteminde Standart değiştirme aşaması; II. Dde-OH, 90 dakika ilavesi serbest amin korumak; III. Bundan başka ilave submonomer yöntemiyle Peptoid zincirinin uzatılmasına; IV. Dde DMF içerisinde% 2 hidrazin ile korumasının kaldırılması; . DMF pirazol-1-karboksamidin ve DIPEA ile reçine üzerinde serbest amin h Guanidinylation; vi. BOC grubunun reçineden ayrılma ve tamamen korunma asitli ayrılması.large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (A) 154 mg, (b) 163 mg: reçine ve liyofilizasyon bölünme ardından, ham ürün beyaz bir toz olarak elde edildi. en fazla 50 mg enjeksiyonları bir analitik sütun üzerine bir UV detektörü (λ = 250 nm) ile, 250 mm x 10 mm, 5 um LC pompası kullanılarak açıklandığı gibi ürünler RP-HPLC ile saflaştırılmıştır; oranı = 2 ml / dak. Hedef kitle tekabül eden fraksiyonlar bir araya getirilmiş ve beyaz tozlar halinde elde edildi: (a) 54 mg (B) 65 mg,% 90 saf fraksiyonlar&gt; yaklaşık% 30 nihai verir. Saflaştırmadan sonra son bileşik kimliklerin bir UPLC ve fotodiyot dizili bir detektör ile donatılmış bir üçlü dört kutuplu kütle spektrometresi kullanılarak LC-MS (bakınız Şekil 3) ile doğrulanmıştır. Doğru kütle spektrometrisi t aynı spektrometresi kullanılarak yapılmıştır<html> O [M + 2H] 2+ iyonları. Aşağıdaki şekilde hesaplanan ve gözlenen kitleler yakın anlaşma (Şekil 4) bulundu: (a) hesaplandı = 896,0026 amu, gözlenen = 896,0038 amu; (B) hesaplandı = 952,0691 amu, gözlenen = 952,0730 amu. <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/54750/54750fig3.jpg" /> Saflaştırılmış peptoidler Şekil 3. LC-MS. (A) m / z = 1,792 ve (b) m / z = 1,903. Üst TIC, orta LC-MS spektrumu, 220 nm alt UV kromatogramı nerede. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54750/54750fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/54750/54750fig4.jpg" /> Şekil peptoidler 4. Doğru kütle spektrometrisi verileri (a) ve (b).&quot;Https://www.jove.com/files/ftp_upload/54750/54750fig4large.jpg&quot; target = &quot;_ blank&quot;&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız. Ürün saflığı, analitik RP-HPLC ile değerlendirildi (3.5 um bir analitik sütun üzerine, 4.6 mm x 100 mm bir UV detektör ile LC pompa, akış hızı = 1 ml / dakika) ve 220 nm, emme görüntülenmiştir amid omurgası. Şekil 5A ve 5B, bileşikler, homojen olduğunu göstermektedir. <img alt="Şekil 5," src="/files/ftp_upload/54750/54750fig5.jpg" /> Şekil 5. Analitik saflaştırılmış peptoidler HPLC (a) ve (b). 40 ° C&#39;de (A =% 95 H2O,% 5 MeCN, 0.05 ° C&#39;de 30 dakika, kolon fırını içinde gradyan% 0-100 B yoktur % TFA; b.% 95 MeCN,% 5 H2O,% 0.03 TFA) = <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54750/54750fig5large.jpg" target="_blank">cl, lütfen</a>Bu rakamın büyük halini görmek için buraya ick. Saflaştırılmış peptoidler (a) ve (b) L karşı sitotoksisite deneyleri ile test edilmişlerdir mexicana aksenik amastigotları. L. Dondurulmuş stokları mexicana çözüldü ve deneye hazır amastigot aşamasmda dönüştürülmüştür. 72 saat çözülür ve sonra, parazitler, birçok bölünen hücreler ile log fazında procyclic biçimde böcek aşaması promastigotlar olmalıdır. Bu aşamada parazitler dönüşüm 9. günde. 27 tarif edilen pH ve sıcaklık geçişi kullanılarak amastigot aşamasmda dönüştürülebilir, parazitler replike olmayan enfeksiyon metacyclic promastigot aşamasına geçer. Son olarak 14. günde, parazitlerin promastigotlarının tipik flagella eksikliği patojen amastigot aşamasmda olmalıdır. 28 Bileşiklerin, 5 mM stok çözeltileri, hücre kültürü dereceli DMSO içinde yapılır ve ilgili üç kez test edildisağlam bir veri kümesi sağlamak için iki kez en az toplanmıştır. Temsili 96 oyuklu plaka planı, Şekil 6&#39;da gösterilmiştir. Testin sonunda hücre canlılığı, reaktif, test edilen her konsantrasyonunda parazitlerin kalabilirliğinin hesaplanması için tarif edildiği gibi (bakınız Şekil 7 ölçülmüştür her bir ve floresan ilave edildi ). ED50 değerleri, peptoid (a)&gt; 100 uM ve 37 uM, sırasıyla peptoid (b) olarak hesaplandı. Hata çubukları standart sapma olarak kuyu arasındaki değişimi göstermek, çizilen ve bu çoğu barlar için makul görülebilir. <img alt="Şekil 6," src="/files/ftp_upload/54750/54750fig6.jpg" /> (Pozitif ve negatif kontroller dahil) 2 Peptoid çözümleri üzerinde bir sitotoksisite deneyi için Şekil 6. Temsilcisi 96 plaka planı. + = Orta med (Schneider Böcek Orta pH 5.5,% 20 FBS,% 1 P / S). L. mex. =Med + 8 x 10 6 / ml parazit kültürü. AmphoB = DMSO içinde 5 mM. DMSO içinde peptoid = 5 mM stok çözüm. Boş kuyu steril su içermelidir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54750/54750fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 7," src="/files/ftp_upload/54750/54750fig7.jpg" /> L. karşı sitotoksisite deneyi 7. Sonuçlar Şekil Peptoid kullanılarak mexicana aksenik amastigot parazitler, (a) ve (b). Peptoid (b) (a) her iki bileşikler, doza bağlı bir etkiye sahip olan, uygun bir parazit oranını azaltmada peptoid daha etkili olduğu görülmektedir. Çizilen hata çubukları standart sapma olarak kuyu arasındaki farklılıklar gösterir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54750/54750fig7large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a>

Aynı dizide karışık katyonik işlevselliğe sahip peptoidleri sentezlemek için bir protokol sunulmuştur (lizin ve arginin tipi monomerler). Bu bileşiklerin, kutanöz leishmaniasis'e neden olan protozoan parazitler olan Leishmania mexicana'ya karşı daha sonraki testleri de açıklanmaktadır.

Bunların Anti layişmanya Faaliyet karışık Lizin tipi / Arjinin-monomerleri ve Değerlendirilmesi peptoidler Sentezi için etkili bir yöntem

This protocol describes the manual solid-phase synthesis of linear peptoids that contain two differently functionalized cationic monomers. In this ...

Bu prosedürün genel amacı, aynı peptoid dizisi içine hem lizin hem de arjinin tipi monomerleri dahil etmek ve bu bileşiklerin, ihmal edilen tropikal bir hastalık olan kutanöz leishmaniasis'in etken paraziti Leishmania mexicana'ya karşı aktivitesini değerlendirmektir. Kutanöz leishmaniasis için acilen yeni terapötiklere ihtiyaç duyulmaktadır ve bu prosedür, bu ihmal edilen tropikal hastalık için yeni bir potansiyel anti-enfektif sınıfı olarak peptoidlerin tanımlanmasına ve geliştirilmesine yardımcı olabilir. Bu protokolün temel avantajı, karışık katyonik fonksiyonellik içeren peptoidlerin sentezlenebilmesidir.Bu durum, dizilerin biyolojik aktivitelerini modüle etmeye yardımcı olabildiği için oldukça arzu edilen bir özelliktir. Bu test parazitin memeli formuna karşı yapılmış olsa da, Leishmania mexicana'nın böcek evresine karşı da kullanılabilir veya memeli hücre hatlarına uygulanabilir. Bu yöntemin görsel gösterimi, sentezin adım adım ilerleyen doğasını ve ayrıca Leishmania mexicana'nın yaşam döngüsünün çeşitli noktalarındaki parazit kültürünü gösterdiği için oldukça faydalıdır.Bu prosedüre başlamak için, metin protokolünde belirtildiği gibi dimetilformamid içerisinde çözeltileri hazırlayın. Ardından, iki fritli, kapaklı 20 mililitrelik polipropilen bir reaksiyon kabına 0,1 milimol Fmoc-korumalı rink amid reçinesi ekleyin. Beş mililitre dimetilformamid ekleyin ve kabı oda sıcaklığında 60 dakika boyunca bekletin.Ardından, DMF'yi bir katı faz ekstraksiyon vakum platformu kullanarak süzün. Sonra, iki mililitre hazırlanmış piperidin çözeltisi ekleyin. Kabı, oda sıcaklığında 450 RPM hızındaki bir çalkalama platformuna yerleştirin ve beş dakika boyunca çalkalayın.Çözeltiyi vakum istasyonu kullanarak boşaltın. Ardından, iki mililitre piperidin çözeltisi ekleyin ve aynı koşullarda 15 dakika boyunca çalkalayın. Çalkalama işlemi tamamlandıktan sonra, çözeltiyi vakum istasyonu aracılığıyla boşaltın.Reçineyi yıkamak için iki mililitre DMF ekleyin ve 30 saniye boyunca karıştırın. DMF'yi süzün ve yıkama işlemini üç kez tekrarlayın. Submonomer sentezine başlamak için, hazırlanan bromoasetik asit çözeltisinden bir mililitre ve hazırlanan DIC çözeltisinden 0,2 mililitre ekleyin.Oda sıcaklığında 20 dakika boyunca çalkalayın. Ardından, çözeltiyi süzün ve her seferinde iki mililitre DMF kullanarak üç kez yıkayın. Hazırlanan amin çözeltisinden bir mililitre ekleyin.Ardından, reçineyi oda sıcaklığında 60 dakika boyunca çalkalayın. Çözeltiyi süzün ve reçineyi her seferinde iki mililitre DMF kullanarak üç kez yıkayın. Sonra, bir mililitre bromoasetik asit çözeltisi ve 0.2 mililitre DIC çözeltisi ekleyin.Oda sıcaklığında 20 dakika boyunca çalkalayın. Ardından, çözeltiyi süzün ve her seferinde iki mililitre DMF kullanarak üç kez yıkayın. Guanidin fonksiyonelleştirilmiş bir monomer eklemek için, reçineye bir mililitre korunmamış diamine çözeltisi ekleyin.Oda sıcaklığında 60 dakika boyunca çalkalayın. Ardından, çözeltiyi süzün ve reçineyi iki mililitre DMF ile üç kez yıkayın. Hazırlanmış 2-asetil dimedon çözeltisinden 0,5 mililitre ekleyin.Oda sıcaklığında 60 dakika boyunca çalkalayın. Ardından, çözeltiyi süzün ve reçineyi üç kez iki mililitre DMF ile yıkayın. İstenen sekans oluşturulana kadar submonomer sentezine devam edin.Ardından, hazırlanan hidrazin çözeltisinden dört mililitre ekleyin ve oda sıcaklığında üç dakika boyunca çalkalayın. Çözeltiyi süzün ve bu işlemi üç kez tekrarlayın. Daha sonra, her yıkama için iki mililitre DMF kullanarak reçineyi üç kez yıkayın.Peptoid dizisindeki her serbest amin başına DIPEA ve altı eşdeğer pyrazole-1-carboxamidine ekleyin. Oda sıcaklığında 60 dakika boyunca çalkalayın. Çalkalama işlemi tamamlandıktan sonra çözeltiyi süzün.Her yıkama için iki mililitre diklormetan kullanarak reçineyi üç kez yıkayın. Reçineyi 10 dakika boyunca havada kurutun ve gelecekteki kullanım için saklayın. Sentezin ilerlemesini kontrol etmek için amin eklemelerinden sonra bir test ayrıştırması gerçekleştirilebilir.Final koparmayı başlatmak için, sentez için kullanılan aynı fritli reaksiyon kartuşuna dört mililitre koparma kokteyli ekleyin ve kabı kapatın. Oda sıcaklığında 90 dakika boyunca çalkalayın. Ardından, fritli reaksiyon kabını kullanarak, koparma kokteylini reçineden yuvarlak tabanlı bir balona filtreleyin.Koparma kokteylini döner evaporatör kullanarak uçurun. Peptoidi çöktürmek için iki mililitre susuz dietil eter ekleyin. Bir pipet kullanarak dietil eteri alın ve atın.Ardından, dietil eter çöktürme işlemini üç kez tekrarlayın. Çöktürme işlemi tamamlandığında, ham peptoidi 10 mililitre hazırlanmış asetonitril ve asitlendirilmiş su çözeltisi içinde çözün. Önceden tartılmış bir kaba aktarın.Ardından, -20 °C'de dondurun ve ters faz HPLC ile saflaştırmaya hazır kuru bir toz haline getirmek için liyofilize edin. Leishmania mexicana parazitlerini kültüre alıp aksenik amastigot evresine dönüştürdükten sonra, metin protokolünde belirtildiği gibi bileşik stok çözeltilerini hazırlayarak sitotoksisite analizine başlayın. Metin protokolünde belirtildiği gibi, 5 mM peptoid stok çözeltisinden iki µL, amfoterisin B kontrolü ve DMSO kontrolünü 96 kuyucuklu bir plakanın üst sırasına ekleyin.Çok kanallı bir pipet kullanarak, üst sıraya 48 µL taze besiyeri ekleyin. Diğer tüm sıralara 25 µL taze besiyeri ekleyin. Ardından, üst sıradan 25 µL çözelti pipetleyip bir alt sıraya ekleyerek ve karıştırarak seri dilüsyon işlemini gerçekleştirin.En alt sıradan pipetlenen son 25 µL atılarak tüm plaka için dilüsyonları tekrarlayın. Ardından, bir parazit kültürünü 50 mL'lik bir santrifüj tüpüne aktarın. 447 ×g'de beş dakika boyunca santrifüjleyin.Eski besiyerini dökün ve 10 mililitre taze besiyeri ekleyin. Ardından, bir pipet kullanarak parazit peletini yeni besiyeri içinde nazikçe resüspande edin. Neubauer geliştirilmiş hemositometre kullanarak sayım yapın ve kültürü mililitre başına sekiz milyon parazit olacak şekilde seyreltin.Kültür seyreltildikten sonra, her kuyucuğa 25 µL parazit ekleyin. Plakayı 32 °C'de 60 dakika inkübe edin. İnkübasyon tamamlandığında, her kuyucuktan 40 µL çözelti çıkarın.Her kuyucuğa 90 µL taze besiyeri ekleyin ve 32 °C'de 24 saat inkübe edin. Ardından, her kuyucuğa 10 µL rezazurin bazlı hücre canlılığı çözeltisi ekleyin. 32 °C'de dört saat inkübe edin.İnkübasyon tamamlandıktan sonra, floresan değerini ölçmek için bir plaka okuyucu kullanın. Verileri, ortalama arka planı çıkararak ve kuyucukların floresan değerlerini DMSO kontrollerine göre normalize ederek analiz edin. Bu çalışmada, her biri için 120 mg rink amid reçinesi kullanılarak iki peptoid sentezlenmiştir.Ürünler ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografisi ile saflaştırılır ve hedef kütleye karşılık gelen fraksiyonlar birleştirilerek beyaz tozlar şeklinde elde edilir. İki peptoid için toplanan miktar, %90'ın üzerindeki saflığa sahip fraksiyonlar için yaklaşık %30'luk verimle burada gösterilmiştir. Ürün saflığı, analitik ters faz HPLC kullanılarak değerlendirilir ve amid omurgasının absorbansı olan 220 nanometrede görselleştirilir.Peptoidlerin her ikisinin de homojen olduğu görülmektedir. L Mexicana'ya karşı yapılan sitotoksisite analizlerinin temsili sonuçları burada gösterilmiştir. Bileşiklerin beş milimolar stok çözeltileri hücre kültürü kalitesinde DMSO içerisinde hazırlanmış ve verilerin güvenilirliğini sağlamak amacıyla en az iki kez üç paralel şeklinde test edilmiştir.Peptoid B'nin, canlı parazit yüzdesini azaltmada peptoid A'dan daha etkili olduğu ve her ikisinin de doza bağlı bir etki gösterdiği görülebilir. Bu yöntemi izledikten sonra, hem lizin tipi hem de arjinin tipi monomerler içeren peptoidlerin nasıl sentezleneceği, karakterize edileceği ve saflaştırılacağı ile bunların Leishmania mexicana'ya karşı sitotoksisite analizlerinde nasıl kullanılacağı konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız. Peptoidlere çift katyonik fonksiyonellik ekleme yöntemimiz, yaygın olarak kullanılan submonomer peptoid sentezi yöntemine yalnızca tek bir ek basit adım eklemektedir.Bu yöntemi takiben, kütüphane çeşitliliğini artırmaya yardımcı olmak için farklı uzunluklarda lizin veya arjinin tipi altmonomerler eklenebilir; örneğin, iki ila altı karbon uzunluğunda yan zincirler kullanılabilir. Peptoid sentezi gerçekleştirilirken, istenmeyen ekleme veya silme ürünlerini önlemek için basamaklar arasında reçinenin iyice yıkanması gerektiğini hatırlamak oldukça önemlidir. Bu yöntem, araştırmacıların karışık katyonik fonksiyonelleştirilmiş peptoidlerin biyolojik aktivitesini keşfetmelerine ve bu aktiviteyi yalnızca lizin veya arjinin tipi monomerler içerenlerle karşılaştırmalarına olanak sağlar.Son olarak, parazitlerin ve bu protokolde kullanılan bazı reaktiflerin son derece tehlikeli olabileceğini unutmayın. Bu nedenle, her zaman uygun kişisel koruyucu ekipman kullanmak ve gerektiğinde bir çeker ocak veya mikrobiyolojik güvenlik kabini içerisinde çalışmak önemlidir.

an-efficient-method-for-synthesis-peptoids-with-mixed-lysine

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Peptoids çoğu laboratuarlarda kolayca sentezlenebilir sağlayan temel ekipman ve piyasada bulunan reaktifler içeren basit ve genel bir manuel peptoid sentez yöntemi özetlenmiştir. Amfifilik peptoid 36mer sentezi, saflaştırma ve karakterizasyonu yanı sıra, yüksek sıralı nanosheets olarak kendi montaj olarak açıklanmıştır.

Yüksek Sıralı Nanosheets Peptoid Polimerler ve Self-Meclis Solid-faz Submonomer Sentezi

Bir HMBA reçineden Yarılma Prosedürü: "emniyet yakalamak" kullanılarak, bir fonksiyonlandırılmış bis-peptit trimerininkinden verimli bir katı-faz peptid sentezi açıklanmaktadır.

Bir Fonksiyonlu Bis-Peptid Katı Faz Sentezi Metodolojisi &quot;Güvenlik&quot; Catch Kullanımı

Bu video, konfokal mikroskopi kullanılarak virüs kaynaklı peptit modifiye antikor konjugatlarının hücre içi dağılımını değerlendirme sürecini göstermektedir. Viral türetilmiş nükleer lokalizasyon sekansı, immün boyama ve floresan ölçümü ile doğrulanan sitoplazma içindeki antikor konjugatlarını yönlendirir.

Virüs Kaynaklı Peptit Modifiye Antikor Konjugatlarının Hücre İçi Dağılımının Değerlendirilmesi

Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

SPOT yöntemiyle sentezlenen peptit dizileri, Protein lizin metiltransferazların (PKMT'ler) substrat özgüllüğünü analiz etmek ve biyolojik rollerini anlamak için PKMT'lerin substrat spektrumunu tanımlamak için kullanılabilir. Bu protokol, peptit dizilerinin nasıl sentezleneceğini, PKMT'lerle nasıl metilleneceğini ve sonuçların nasıl analiz edileceğini açıklar.

SPOT Peptit Diziler Protein Lizin Methyltransferases Özgünlüğü Analizi

Mikrodalga ışınlaması kullanılarak siklik peptitlerin sentezi için basit ve genel bir yöntem özetlenmiştir. Bu prosedür, yan zincirleri ve farmakoforik kısımları korurken farklı konformasyonların bir koleksiyonu ile omurga siklik peptitlerinin sentezini sağlar ve bu nedenle biyoaktif konformasyonun taranmasına izin verir.

Mikrodalga Radyasyon Kullanımı Potansiyel Antiparazitik Therapeutics gibi omurga Siklik Peptit Kütüphanesi Gelişimi

Burada yazarlar, saflaştırılmış bir monoklonal antikor ve nokta-leke hibridizasyonulama yoluyla peptit taraması kullanarak doğrusal bir antijenik epitop tanımlamak için basit ve verimli bir protokol sunmaktadır. Tanımlanan epitop daha sonra terapötik ve tanısal uygulamalarda kullanılabilir.

Peptid, bir monoklonal antikor tarafından tanınan lineer B-hücresi epitopunun belirlenmesi: Tarama destekli

Bir iletişim kuralı oligo-peptoids dizi analizi tarafından takip manuel sentezi için kütle spektrometresi tarafından açıklanmıştır.

Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids

Polyamine tabanlı peptid amphiphiles (PPAs) sentezi gruplar bu reaktif işlevler maske korumanın akılcı kullanımı gerektiren birden çok Amin nitrogens, varlığı nedeniyle önemli bir sorundur. Bu yazıda, bu yeni sınıf kendi kendine montaj moleküllerin hazırlanması için facile yöntemi açıklanmaktadır.

Polyamine tabanlı peptid Amphiphiles (PPAs) ve ilgili Biyomalzeme kendi kendine montaj sentezi için facile iletişim kuralı

Bir protokol bilgi kodlanmış peptoid oligomers sentezi için ve dinamik kovalent reaktan çiftleri ve Lewis asidik nadir toprak olarak aminler ve aldehitler kullanarak moleküler merdivenler içine bu peptoidlerin dizi yönelimli kendini montaj için sunulmaktadır metal çok rol reaktifler olarak triflates.

Bilgi taşıyan Peptoidlerin sentezi ve Dizi yönelimli Dinamik Kovalent Öz-montaj

Bu protokol, katyonik peptid Mel4 ile RK758 peptit taklidi olan antimikrobiyal aktivite ve sitotoksisitenin üretilmesi ve değerlendirilmesi için bir yöntem tanımlar. Kimyasal sentez, rekombinant ifade ve standartlaştırılmış fonksiyonel testleri entegre ederek, peptit ve küçük molekül taklitlerinin üretimi ve testi için daha verimli bir iş akışı sağlar.

Antimikrobiyal Peptitler ve Taklitlerinin Üretimi ve Testi

Öğrenin, lizin ve arjinin tipi monomerler içeren peptoidlerin sentezi ve Leishmania mexicana'ya karşı etkinliklerinin değerlendirilmesi yöntemini. Bu protokol, karma katyonik işlevselliğe sahip yeni anti-enfektif ajanlar geliştirmek için kullanılabilir.

Bunların Anti layişmanya Faaliyet karışık Lizin tipi / Arjinin-monomerleri ve Değerlendirilmesi peptoidler Sentezi için etkili bir yöntem (Video) | JoVE Journal

Bunların Anti layişmanya Faaliyet karışık Lizin tipi / Arjinin-monomerleri ve Değerlendirilmesi peptoidler Sentezi için etkili bir yöntem

Daha fazla video keşfet