Name: RE: İnce ilaçlar kullanılması İlaç repurposing Hipotez Üretim Sistemi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-12-11T15:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 10 s
Description: Keşfedin RE:fine Drugs ile ilaç yeniden amaçlandırma hipotezleri oluşturmayı. Genomik ve fenomik verileri kullanarak ilaç, gen ve hastalık ilişkilerini analiz edin. Bu yöntem yeni tedavi önerileri geliştirmeye yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) Klinik ve Translasyonel Bilim Ödülleri (CTSA) Hibe (UL1TR001070) tarafından Ohio Eyalet Üniversitesi Klinik ve Translasyonel Bilim Merkezi'ne (CCTS) ve Ulusal Tıp Kütüphanesi'ne T15LM011270 Numaralı Ödül altında kısmen desteklenmiştir.

1. Gene Sorgular başlatılması, İlaç veya Hastalık Şartları <ol><li> http://drug-repurposing.nationwidechildrens.org: aşağıdaki bağlantıdan: &quot;fine Uyuşturucu RE&quot; için ana erişin. ilaç (jenerik ilaç adı), hastalık (yeni hastalık belirtisi) ya da gen (resmi HGNC gen sembolü): Aşağıdaki üç kategoriden herhangi birinden arama çubuğuna bir sorgu terimini girerek başlayın. </li><li> Sadece &quot;İlaç Adı&quot;, &quot;Yeni Hastalığı Endikasyon&quot;, &quot;Gen Symbol&quot; veya &quot;Tümü&quot; kategorileri dahil arama çubuğu işlevi Filtre. arama çubuğu sorgusu girişleri için otomatik doldurma fonksiyonu içerir. </li><li> Bir anahtar kelime koymak ve &quot;Ara&quot; butonuna tıklayın. Sıralama aşağıdaki sütunların herhangi sonuçların tablosu: &quot;İlaç&quot;, &quot;Kayıtlı Endikasyon&quot;, &quot;P-değeri&quot;, &quot;P-Value Arındırılmış&quot;, &quot;Oran Oran&quot;, &quot;Çalışma&quot;, &quot;Yeni Endikasyon&quot;, &quot;İlaç Banka Endikasyon &quot;,&quot; Medline Abstracts içinde &quot;,&quot; Cli arasındanical Deneme Kayıt &quot;,&quot; Potansiyel &quot;,&quot; SNP &quot;,&quot; Gen &quot;veya&quot; eylem &quot;. </li><li> uyuşturucu bilgi özelliğini etkinleştirmek için gelişmiş arama seçeneğine gidin. Belirli bir ilaç için &quot;Bilgi&quot; sütunundaki simgesine tıklayın. listeleyen bir sayfa gözlemlemek tüm dernek, Hastalık adı, İlaç adı p değeri, Gen ayrıntıları (NCBI Gen bağlantısı) ve İlaç ayrıntıları (drugbank link) de dahil olmak üzere, ilgili bilgiler. </li></ol> Gelişmiş Seçenekler 2. Arama <ol><li> Sayfanın sağ tarafında bulunan &quot;Gelişmiş&quot; butonuna tıklayın ve İleriki sonuçları geliştirmek için çeşitli seçenekler sunulmaktadır. ilaç, dernek, hastalık, potansiyel, gen ve eylem: gelişmiş arama seçenekleri aşağıdaki değişiklikleri içerir. </li><li> İhracat sayfanın sağ tarafındaki &quot;Dışa Aktar&quot; butonuna tıklayarak tablolar ile sonuçlanır. gelişmiş arama penceresini aşağı katlayın için &quot;Basit&quot; butonuna tıklayın. &lt;/ Li&gt; <li> gelişmiş seçenek &quot;ilaç&quot; sekmesi altında, belirli bir ilaç gösterge ya da sonuçları filtrelemek için ek bir ilaç adı belirtin. </li><li> &quot;Dernek&quot; sekmesinin altında, anlamlılık düzeyi P değeri, FDR ile Düzeltilmiş P değeri, etki boyutu (Odds Oranı) ve / veya filtre sonuçları tipi (GWAS, PheWAS veya ikisi) inceleyin. </li><li> &quot;Hastalık&quot; sekmesinin altında, tahmin edilen yeni kullanım için belirli bir hastalık açıklamasını belirtin. </li><li> &quot;Potansiyel&quot; sekmesinin altında, aşağıdaki kriterlerden herhangi birine göre filtre sonuçları: (i) ilaç göstergesi drugbank veritabanında bulunan olup olmadığını, ilacın eş oluşum ve hastalık ile Medline özetleri (ii) numarası ( ilacın ortak oluşum ve hastalık ve (iv) Potansiyel repurposing ile ClinicalTrials.gov veritabanı girişlerinin iii) sayısı. NOT: (ii) Güçlü desteklenen ilişki zaten drugbank veritabanında var: Bilinen: (i) repurposing Potansiyel seçenek keşif yenilik açıklar: Her iki klinik çalışma kayıt defteri ve Medline özetleri bazı destek, (iii) Muhtemel: klinik çalışma kayıt defterinde veya Medline özetleri ve ya bazı destek (iv) Roman: klinik çalışma defterinde ne Medline özetleri hiçbir kanıt. </li><li> &quot;Gen&quot; sekmesi altında, bir SNP tanımlayıcı girin veya Gen Sembol belirli ilaç hedef genler tarafından sonuçları filtrelemek için. </li><li> &quot;Eylem&quot; sekmesinin altında, agonist, antagonist diğer bilinmeyen veya tüm (: drugbank veritabanı kaynağı dahil) ilaç hedef (ler), karşı ilaç eylem türünü belirtin. </li></ol>

<ol><li>Borisy, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+discovery+of+multicomponent+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Systematic discovery of multicomponent therapeutics.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (13), 7977-7982 (2003).</li>
<li>Zhang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+synergy+screening+identifies+microbial+metabolites+as+combination+agents+for+the+treatment+of+fungal+infections%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">High-throughput synergy screening identifies microbial metabolites as combination agents for the treatment of fungal infections.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (11), 4606-4611 (2007).</li>
<li>Adams, C. P., Brantner, V. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimating+the+cost+of+new+drug+development%3A+is+it+really+802+million+dollars%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Health+Aff+%28Millwood%29%22%5BJournal%5D)">Estimating the cost of new drug development: is it really 802 million dollars?</a> Health Aff (Millwood). 25 (2), 420-428 (2006).</li>
<li>Bunnage, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Getting+pharmaceutical+R%26D+back+on+target%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Getting pharmaceutical R&D back on target.</a> Nat Chem Biol. 7 (6), 335-339 (2011).</li>
<li>Ashburn, T. T., Thor, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drug+repositioning%3A+identifying+and+developing+new+uses+for+existing+drugs%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Drug repositioning: identifying and developing new uses for existing drugs.</a> Nat Rev Drug Discov. 3 (8), 673-683 (2004).</li>
<li>Hurle, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+drug+repositioning%3A+from+data+to+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Pharmacol+Ther%22%5BJournal%5D)">Computational drug repositioning: from data to therapeutics.</a> Clin Pharmacol Ther. 93 (4), 335-341 (2013).</li>
<li>Jin, G., Wong, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+better+drug+repositioning%3A+prioritizing+and+integrating+existing+methods+into+efficient+pipelines%5BTitle%5D)+AND+%22Drug+Discov+Today%22%5BJournal%5D)">Toward better drug repositioning: prioritizing and integrating existing methods into efficient pipelines.</a> Drug Discov Today. 19 (5), 637-644 (2014).</li>
<li>Moosavinasab, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((34%3BRE%3Afine+Drugs%26%2334%3B%3A+An+Interactive+Dashboard+to+Access+Drug+Repurposing+Opportunities%5BTitle%5D)+AND+%22Database+%28Oxford%29%22%5BJournal%5D)">34;RE:fine Drugs&#34;: An Interactive Dashboard to Access Drug Repurposing Opportunities.</a> Database (Oxford). , (2016).</li>
<li>Zhang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+genome-wide+association+studies+for+cancer+research+and+drug+repositioning%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Use of genome-wide association studies for cancer research and drug repositioning.</a> PLoS One. 10 (3), e0116477(2015).</li>
<li>Rastegar-Mojarad, M., Ye, Z., Kolesar, J. M., Hebbring, S. J., Lin, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Opportunities+for+drug+repositioning+from+phenome-wide+association+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Opportunities for drug repositioning from phenome-wide association studies.</a> Nat Biotechnol. 33 (4), 342-345 (2015).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+survey+of+current+trends+in+computational+drug+repositioning%5BTitle%5D)+AND+%22Brief+Bioinform%22%5BJournal%5D)">A survey of current trends in computational drug repositioning.</a> Brief Bioinform. 17 (1), 2-12 (2016).</li>
<li>Denny, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+phenome-wide+association+study+of+electronic+medical+record+data+and+genome-wide+association+study+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of phenome-wide association study of electronic medical record data and genome-wide association study data.</a> Nat Biotechnol. 31 (12), 1102-1110 (2013).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mining+drug-disease+relationships+as+a+complement+to+medical+genetics-based+drug+repositioning%3A+Where+a+recommendation+system+meets+genome-wide+association+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Pharmacol+Ther%22%5BJournal%5D)">Mining drug-disease relationships as a complement to medical genetics-based drug repositioning: Where a recommendation system meets genome-wide association studies.</a> Clin Pharmacol Ther. 97 (5), 451-454 (2015).</li>
<li>Sanseau, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+genome-wide+association+studies+for+drug+repositioning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Use of genome-wide association studies for drug repositioning.</a> Nat Biotechnol. 30 (4), 317-320 (2012).</li>
<li>Xu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validating+drug+repurposing+signals+using+electronic+health+records%3A+a+case+study+of+metformin+associated+with+reduced+cancer+mortality%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Med+Inform+Assoc%22%5BJournal%5D)">Validating drug repurposing signals using electronic health records: a case study of metformin associated with reduced cancer mortality.</a> J Am Med Inform Assoc. 22 (1), 179-191 (2015).</li>
</ol>

Yazarlar, rekabet eden hiçbir finansal çıkarları olmadığını beyan ederler.

RE:fine Drugs interaktif panosu için burada açıklanan protokol, kullanıcının tercihlerine göre farklı şekillerde değiştirilebilir. Bu yöntem, GWAS ve PheWAS verilerini, ilacın yeniden kullanım hipotezi oluşturmanın altında yatan yeni bir paradigma olarak benzersiz bir şekilde bütünleştirir. Spesifik olarak, bu sistem hem 52.966 PheWAS ilişkilendirmesine hem de 7.945 GWAS ilişkilendirmesine, sonuçları çalışma türüne, etki büyüklüğüne ve/veya anlamlılık düzeyine göre filtrelemek için gelişmiş seçeneklerle erişim sağlar. Bu yöntemin mevcut hesaplamalı ilaç yeniden kullanım araçlarına göre bir diğer avantajı, sorguların ilaç, gen veya hastalık perspektiflerinden yapılabilmesidir. 
Bu yöntemin çeşitli sınırlamaları vardır. Şu anda, PheWAS verileri, Elektronik Tıbbi Kayıtlar ve Genomik (eMERGE) ağında yer alan ve ortalama yaşı 69.5 olan beş kurumdan öncelikle yetişkin hasta popülasyonu ile sınırlıdır 12. Ek olarak, "yeniden kullanım potansiyeli" özelliği, kriterlerinden biri olarak Medline özetlerinde arama terimlerinin birlikte bulunmasını kullanır. Birlikte oluşum kullanan metin madenciliği yöntemlerinin sözdizimsel yapı ve literatür yanlılığı açısından sınırlamaları olduğu iyi bilinmektedir. Bu nedenle, bu özelliğin, belirli ilaç yeniden kullanım hipotezlerini destekleyen potansiyel yeniliği ve/veya kanıtları araştırmak için bir başlangıç noktası olarak kullanılmasını ve biyomedikal literatür ve klinik araştırma veritabanları hakkında ek araştırma yapılmasını öneriyoruz. 
Burada açıklanmayan bu çalışma için gelecekteki yönler, bu veritabanını, kullanılabilir hale geldikçe ek GWAS ve PheWAS veri kaynaklarına genişletmek olacaktır. Büyük ölçekli GWAS çalışmalarından elde edilen sonuçları sistematik olarak ilacın yeniden kullanım hipotezlerine dönüştürmeye yönelik benzer çabalar daha önce yayınlanmıştı 9,13-14. Gelecekteki çalışmalarda GWAS verilerinden ilaç adaylarını tahmin etmek için bu farklı iş akışlarını karşılaştırmak faydalı olabilir. Ek olarak, daha önce özetlendiği gibi genomik, transkriptomik, kimyasal yapılar, ilaç yan etki profilleri dahil olmak üzere farklı veri kaynaklarından hesaplamalı olarak ilaç yeniden kullanım hipotezleri oluşturmak için birkaç başka yöntem mevcuttur 6,11. Gelecekteki metodolojik gelişmeler, ilaç kombinasyonu tahminlerinin otomatikleştirilmesini ve ilaç adayları için takip çalışmalarına rehberlik etmek üzere ilaç toksisitesi hakkında bilgi sağlanmasını da içerebilir. 
Ayrıca, RE:fine İlaçlarından üretilen hipotezler, klinik araştırmalara 15 başlamadan önce elektronik sağlık kayıtları kullanılarak daha da doğrulanabilir. Son olarak, bu sistemi diğer hedefe dayalı ilaç yeniden kullanım yöntemleriyle karşılaştırmak için gelecekteki çalışmalara ihtiyaç duyulacaktır.

Yüksek verimli ilaç ve kurşun bileşik taraması da dahil olmak üzere geleneksel ilaç keşfi yaklaşımları ile ilişkili masraflı ve verimsiz süreçler, hastalar 1,2 tedavilerin araştırmalar keşifler çeviri gecikmeler katkıda bulunmaktadır. 1 milyar dolar ve 15-20 yıllık bir ortalama başucunda 3 tezgah yeni bir ilaç getirmek için gereklidir. Dahası, ilaçların% 52 faz 1 klinik çalışmalarda gelişimi sırasında başarısız ve faz 2 girin bileşiklerin sadece% 25&#39;i tam faz 3 klinik çalışmalarda 4 içine geçin. ilaç repurposing veya ilaç yeniden konumlandırma hedefi başarısız ilaçları yenilemek ve / veya daha hızlı hastalara yeni tedaviler sunmak ve daha yüksek bir başarı oranı ile amacıyla onaylanan ilaçlar için yeni endikasyonlar bulmaktır. İlaç yeniden amaç 3-12 yıl 5 hastalarda kullanılmak üzere ilaçların kullanılabilir hale getirmek için zaman çizelgesini azaltabilir. İlaç repurposing için önemli tıbbi uygulamalar şunlardır: fakir Prognos ile hastalıklarıve düşük sağkalım oranları, ilaca dirençli hastalıklar, yeterince hastalık araştırma alanları ve yoksul ve yeterli hizmet alamayan hasta popülasyonları. Bilgisayar destekli ilaç yeniden amaç tasarımı ve bir ilaç adayı 6 için yeni endikasyonlar için hipotezler üretebilir otomatik iş akışları doğrulama süreci olarak tanımlanır. Mevcut hesaplama ilaç repurposing yöntemleri, hedef bazlı, bilgiye dayalı, imza tabanlı, ağ tabanlı kategorize ve hedefli bir mekanizma bazlı ve gen, hastalık veya ilaç perspektiflerden yönlendirilebilir edilmiştir. Ayrıca, hesaplamalı yaklaşımlar daha repurposed ilaç adayları 7 proof-of-concept doğrulama deneyleri ve küçük ölçekli klinik çalışmalar hızlandırabilir. Biz daha önce &quot;RE: İnce İlaçlar&quot; bildirdin, İlaç-Gen-Hastalık ilişkileri 8 geçişli teorisine dayalı ilaç repurposing hipotez üretimi için bir serbestçe kullanılabilir, etkileşimli web tabanlı bir araç. genel gBu yöntemin oal sistematik klinik, sanayi ve düzenleyici topluluklar da dahil olmak üzere çeşitli topluluklar, kullanıcılar için repurposing ilaç sağlamak için ilaç, genetik ve klinik verilerin farklı türlerini entegre etmektir. Bu sistem için temel yöntemler, daha önce genom boyu bağlantı çalışması (GWAS) ve araştırmayı 9,10 repurposing ilaç phenome çapında dernek çalışması (PheWAS) veri kullanımı için rapor edilmiştir. Veri bu tür yeni bir kombinasyonu diğer hedef bazlı yöntemler 6,11 bizim webtool ayırır. RE: İnce İlaçlar sistemi şu anda 916 ilaç, 567 gen ve 1770 hastalıkları kapsayan 60.911 ilaç repurposing hipotez içeriyor. webtool interaktif ilaç yeniden amaç hipotezler arama ve çeşitli kriterleri kullanarak bunları öncelik araştırmacılar için kullanıcı dostu bir arayüz sağlar. Örneğin, kullanıcılar biyomedikal literatürde destek ve klinik çalışmalarda databa ilaç yeniden amaç hipotez süzebilirsinizse, önemli p-değerleri, dernek odds oranları veya belirli endikasyonlar tarafından. Bu sistem için tek şart Internet erişimi.

<table><tbody><tr><td>" için ana sayfaya erişin RE: iyi ilaçlar" aşağıdaki bağlantıda: http://drug-repurposing.nationwidechildrens.org.&nbsp;</td><td>n/a</td><td>n/a</td><td>Bu sistem için tek gereksinim İnternet erişimidir</td></tr></tbody></table>

&quot;re: İnce ilaçlar kullanılması&quot; İlaç repurposing hipotez Üretim sistemi

Drug Repurposing Hypothesis Generation Using the "RE:fine Drugs" System

İlacın yeniden kullanımının vaadi, yüksek maliyetleri ve onay süresini azaltmak için mevcut ilaçların yeni hastalık endikasyonları için kullanılabileceğidir. İlacın yeniden kullanımı için hesaplamalı yöntemlerin amacı, daha güvenli, daha ucuz ve daha hızlı ilaç keşfi için çözümler sağlamaktır. Bu amaçla, büyük ölçekli GWAS ve PheWAS çalışmalarından elde edilen genetik ve klinik fenotip verilerini, geçişli İlaç-Gen-Hastalık üçlüsü kavramına ilişkin ayrıntılı ilaç bilgileriyle bütünleştiren yeni bir yöntem geliştirdik. İlacın yeniden kullanım amaçlı adaylarını belirlemek için gen, hastalık ve ilaç bazlı aramaları otomatikleştiren, ücretsiz olarak kullanılabilen, etkileşimli bir gösterge panosu olan "RE:fine Drugs"ı oluşturduk. Bu web tabanlı araç, bir dizi gelişmiş arama ve dışa aktarma seçeneği içeren kullanıcı dostu bir arayüzü destekler. Sonuçlar, biyomedikal literatür desteği, GWAS ve/veya PheWAS ilişkilerinin gücü ve istatistiksel önemi, hastalık endikasyonları ve moleküler ilaç hedefleri dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere çeşitli şekillerde önceliklendirilebilir. Burada, "RE:fine Drugs" sisteminde bulunan işlevleri gösteren ve bir vaka çalışması aracılığıyla farklı gelişmiş seçenekleri araştıran bir protokol sunuyoruz.

Bu örnekte, gen &quot;IL2RB&quot; bir gen temelli sorgu olarak girildi ve otomatik otomatik doldurma fonksiyonu (Şekil 1) gibi tanındı. Şekil 2&#39;de gösterildiği gibi, IL2RB geni için on iki ilacın repurposing hipotez, döndürülür. Bu durumda belirli bir ilaç yeniden amaç hipotezi, &quot;daklizumab&quot; Ayrıntılı bilgi sayfası, &quot;Bilgi&quot; sütununda (Şekil 3) sağlanmaktadır. İlaç sekme &quot;daklizumab&quot; ilaç karşılık gelen tüm sonuçlar oldu Şekil 4&#39;te gösterildiği gibi, sonuçlar, filtre edilmiştir. Şekil 5 &quot;nakli&quot; hastalık dönemi (: drugbank veritabanı kaynağı) için bilinen bir endikasyon yalnızca bu ilaçları gösterir. Dernek sekmesi pr oran oranı olarak tanımlanan istatistiksel anlamlılık (p-değeri) ve genetik etkinin büyüklüğü (odds oranı) tarafından SNP-fenotip ilişkileri filtre kullanıcıyı tanırSNP alleli olmayan bireylerde hastalığın varlığı oran üzerinden belirli bir genotip (SNP alel) olan kişilerde hastalığın esence. Şekil 6 0.000001&#39;den içinde 0.05 P-Değeri aralığında dernek sekmesinin altında filtre sonuçlarını gösterir. Şekil 7 biz çalışmamızda bulduğumuz yeni endikasyonlar dayanan &quot;astım&quot; için özel ilaç yeniden amaç hipotezler gösterir. Potansiyel sekmesi altında Şekil 8 sonuçları ilaç ve hastalık terimleri eş oluşumunu içeren 5 Medline özetlerin asgari sayısına göre filtrelemek için. Bu örnekte, gen sekmesi altında tüm ilaçlar sonuçları özgün sorgu dönem (Şekil 9) karşılık gelen, &quot;IL2RB&quot; gen için hedeflenir. Son olarak, &quot;eylem&quot; sekmesinin altında filtre Şekil 10 sonuç IL2RB geni üzerinde agonistler olarak hareket tüm ilaçları dönün. <img alt="Şekil 1"src = &quot;/ files / ftp_upload / 54948 / 54948fig1.jpg&quot; /&gt; Şekil 1: RE: ince İlaçlar interaktif pano anasayfa. Kullanıcılar bir uyuşturucu adı, yeni bir hastalık göstergesi ya da gen sembolü girerek sorgu başlayabilir. Bağlantıları da uyuşturucu yeniden amaç hipotezler üretme için yöntemler açıklayan GWAS ve PheWAS referans kağıtları verilmektedir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig2.jpg" /> Şekil 2: Sorgu girişleri için otomatik doldurma işlevi. Bir örnek olarak, gen sorgu terimi &quot;IL2RB&quot; otomatik bir gen terim olarak tanındı. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <pkeep-together.within sayfa = &quot;1&quot;&gt;: fo class = &quot;jove_content&quot; <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/54948/54948fig3.jpg" /> Şekil 3: gen temelli sorgusu (örneğin, IL2RB) üretilen İlaç repurposing sonuçları tablosu. IL2RB geni için Oniki ilaç repurposing hipotezler üretilmektedir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/54948/54948fig4.jpg" /> Şekil 4: sonuçları sayfasında tek tek ilaçlar için bilgi sayfası. &quot;Bilgi&quot; sütunundan simgesine tıklayarak uyuşturucu daklizumab için ayrıntılı bilgi gösterir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> Şekil 5: ilaç sekmesi altında Gelişmiş arama seçeneği belirli bir ilaca göre filtre uygulamak için. Bu örnekte, üç sonuç uyuşturucu daklizumab için gösterilmiştir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 6," src="/files/ftp_upload/54948/54948fig6.jpg" /> Şekil 6: İlaç sekmesi altında Gelişmiş arama seçeneği drugbank veritabanından spesifik bir hastalık göstergesi göre filtre uygulamak için. Hastalık dönem &quot;nakli&quot; için bilinen bir endikasyonu tüm ilaçlar gösterilir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> Şekil 7: Dernek sekmesi altında Gelişmiş arama seçeneği anlamlılık düzeyine göre filtrelemek için. Bu durumda, sekiz sonuç olan dernek anlamlılık düzeyi 0.05 0.000001&#39;den P-Değer aralığı içinde düşer sağlanmaktadır. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig7large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 8," src="/files/ftp_upload/54948/54948fig8.jpg" /> Şekil 8: Hastalık sekmesi altında Gelişmiş arama seçeneği bu çalışmada çıkarılan spesifik bir hastalık göstergesi göre filtre uygulamak için. Bu örnekte, dört sonuçları yeni kullanımı hastalığı gösterge olarak astım için gösterilmiştir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig8large.jpg" target="_blank">Daha büyük bir Versi görmek için buraya tıklayınız</a>bu rakamın üzerinde. <img alt="Şekil 9," src="/files/ftp_upload/54948/54948fig9.jpg" /> Şekil 9: Potansiyel sekmesi altında Gelişmiş arama seçeneği Medline özetler ilaç ve hastalık açısından bir co-oluşum göre filtre uygulamak için. Bu örnekte, dört sonuçları ilaç ve hastalık terimleri eş oluşumunu içeren 5 Medline özetlerin az sayıda tarafından desteklenen gösterilir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig9large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 10," src="/files/ftp_upload/54948/54948fig10.jpg" /> Şekil 10: gen sekmesi altında Gelişmiş arama seçeneği tüm sonuçlar, orijinal sorgu için kullanılan IL2RB genine karşılık belirli bir gen sembolü, göre filtre uygulamak için. Bu örnekte, tüm ilaçlar sonuçlarıGen sekmesi altında özgün sorgu terimine karşılık gelen, &quot;IL2RB&quot; gen için hedeflenir. Eylem sekmesinin altında Gelişmiş arama seçeneği agonist ilaçların yalnızca göre filtre uygulamak için. Bu örnekte, altı sonuç IL2RB geni agonistler olarak hareket eden tüm ilaçlar için döndürülür. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig10large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a>

Burada, web tabanlı ilaç yeniden kullanım hipotezi oluşturma aracını kullanan bir protokolü açıklıyoruz: "RE:fine Drugs." Bu protokol, sorgu türü (gen, ilaç veya hastalık) düzeyinde ve/veya mevcut gelişmiş seçenekler aralığında kullanıcının tercihlerine göre değiştirilebilir.

&quot;RE: İnce ilaçlar kullanılması&quot; İlaç repurposing Hipotez Üretim Sistemi

The promise of drug repurposing is that existing drugs may be used for new disease indications in order to curb the high costs and time for approval. The ...

Bu yazılım aracının genel amacı, hem genom çapında ilişkilendirme çalışması verilerine hem de fenom çapında ilişkilendirme çalışması verilerine dayanarak ilaç yeniden konumlandırma hipotezleri oluşturmak ve bunları önceliklendirmektir. Bu yöntem, hastalık endikasyonları kullanıldığında hangi mevcut ilaçların yeniden konumlandırılabileceği ve hangi adayların literatürde daha fazla desteğe sahip olduğu da dahil olmak üzere, ilaç keşfi alanındaki soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı; belirli bir hastalık, gen veya ilaç perspektifinden olsun, yeniden konumlandırma potansiyelini keşfetmek için birden fazla giriş noktasının mevcut olmasıdır.RE:fine Drugs ana sayfasına gidin. Arama çubuğuna bir sorgu terimi girerek başlayın. Bu terim, jenerik bir ilaç adı, yeni bir hastalık endikasyonu veya bir gen olabilir.Arama çubuğu işlevini yalnızca ilaç adı, yeni hastalık endikasyonu, gen sembolü veya tüm kategorileri içerecek şekilde filtreleyin. Arama çubuğu, sorgu girişleri için otomatik tamamlama işlevine sahiptir. Bir anahtar kelime girin ve Arama butonuna tıklayın.Sonuç tablosu, üst satırda listelendiği gibi birden fazla seçenekle saklanabilir. İlaç bilgisi özelliğini etkinleştirmek için gelişmiş arama seçeneğine gidin. Belirli bir ilaç için Bilgi sütunundaki simgeye tıklayın.İlişki için P-Değerini, hastalık adını, ilaç adını, gen ayrıntılarını ve ilaç ayrıntılarını listeleyen sayfayı inceleyin. Sunulan sonuçları daha fazla iyileştirmek için sayfanın sağ tarafında bulunan Gelişmiş butonuna tıklayarak çeşitli seçeneklere ulaşın. Gelişmiş arama seçenekleri; ilaç, ilişki, hastalık, potansiyel, gen ve eylemle ilgili düzenlemeleri içerir.Sayfanın sağ tarafındaki Export düğmesine tıklayarak sonuç tablolarını dışa aktarın. Gelişmiş arama penceresini açmak için Simple düğmesine tıklayın. Gelişmiş seçeneklerdeki ilaç sekmesi altında, sonuçları filtrelemek için belirli bir ilaç endikasyonunu veya ek bir ilaç adını belirtin.Sonuçları anlamlılık düzeyi P-Değeri, yanlış keşif oranıyla düzeltilmiş P-Değeri, etki büyüklüğü ve/veya çalışma tipine göre filtrelemek için ilişki (association) sekmesine tıklayın. Hastalık (disease) sekmesi altında, öngörülen yeni kullanım için belirli bir hastalık tanımı belirtin. Potansiyel (potential) sekmesi içinde, ilaç endikasyonunun DrugBank veri tabanında yer alıp almadığına, ilacın ve hastalığın birlikte geçtiği medline özetlerinin sayısına ve ClinicalTrials sayısına göre sonuçları filtreleyin.bu eşleşimle ilişkili gov veri tabanı girişlerinin yanı sıra yeniden konumlandırma potansiyelini inceleyin. Gen sekmesi altında, sonuçları belirli ilaç hedef genlerine göre filtrelemek için tek nükleotid polimorfizmi tanımlayıcısını veya gen sembolünü girin. Eylem sekmesine tıklayın ve ilaç hedefini etkileyen ilaç eylem tipini agonist, antagonist, diğer, bilinmeyen veya tümü şeklinde belirtin.Bu örnekte, IL2RB geni gen tabanlı bir sorgu olarak girilmiştir ve IL2RB geni için 12 ilaç yeniden konumlandırma hipotezi döndürülmüştür. Belirli bir ilaç yeniden konumlandırma hipotezine ait ayrıntılı bilgi sayfası, bilgi sütunundan sağlanmaktadır. Burada yalnızca transplant hastalığı terimi için bilinen bir endikasyonu olan ilaçlar gösterilmiştir.İlişkilendirme sekmesi, kullanıcının SNP fenotip ilişkilerini istatistiksel anlamlılığa ve genetik etki boyutuna göre filtrelemesine olanak tanır. Genetik etki boyutu, belirli genotipe sahip bireylerde hastalığın görülme olasılığının, SNP aleline sahip olmayan bireylerdeki olasılığa oranı olarak tanımlanır. Potansiyel sekmesindeki sonuçlar, ilaç ve hastalık terimlerinin birlikte geçtiği en az beş medline özetine göre filtrelenebilir.Bu örnekte, gen sekmesi altındaki tüm ilaç sonuçları, orijinal sorgu terimine karşılık gelen IL2RB geni için hedeflenmiştir. Son olarak, etki sekmesi altında agonist olarak filtrelenen sonuçlar, IL2RB geni üzerinde agonist olarak etkili olan tüm ilaçları getirir. Bu videoyu izledikten sonra, ilaç yeniden konumlandırma hipotezleri oluşturmak ve önceliklendirmek için RE:fine Drugs aracının nasıl kullanılacağı konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.

drug-repurposing-hypothesis-generation-using-the-refine-drugs-system

Research

JoVE Journal

Medicine

Tıp

Protein-protein etkileşimlerini hedeflemek için REPLACE stratejisinin uygulanmasını açıklıyoruz. REPLACE , optimize edilmiş peptidik inhibitörlerin ilaç benzeri moleküllere dönüştürülmesi için sentetik ve hesaplamalı yaklaşımları içeren yinelemeli bir stratejidir.

Aracılığıyla DEĞİŞTİR Protein-protein etkileşimleri İnhibitörlerinin Geliştirilmesi: Tasarım ve Geliştirme Olmayan ATP Rekabetçi CDK inhibitörleri Uygulama

Klinik başlangıcından önce aşağıdaki ya da - - hedefli tedavilerin ilaç direnci yaygın ve direniş mekanizmaları tanımlamak için ihtiyaç alternatif klinik yönetim stratejileri rehberlik için kritik öneme sahiptir. Burada, bu mekanizmaların keşfini hızlandırmak için sıralama ile in vitro ilaca dirençli hatların çift türetme bir protokol mevcut.

Uygulanması<em&gt; İn Vitro</em&gt; İlaç Direnci Tahliller: Klinik İlgili Direnç Mekanizmaları ortaya çıkararak yönelik Potansiyeli maksimize

Burada sunulan Protokolü küçük moleküller karaciğer hastalığının tedavisi için tanımlamak için bir platform açıklar. Adım adım açıklamasını nasıl iPSCs hücrelere 96-şey plakaları hepatosit özellikleri ile ayırt etmek ve küçük moleküller için potansiyel terapötik etkinlik ile ekran için hücreleri kullanmak için ayrıntılı sunulmaktadır.

İnsan kullanarak Pluripotent kök hücre kaynaklı hepatosit benzeri hücreler indüklenen ilaç bulma için

Bu çalışma, ilaç-peptit etkileşimlerini tanımlamak için bir strateji sunmayı amaçlamaktadır. Strateji, bir kuvars-kristal mikro denge (QCM) biyosensörüne dayanan ilaç tanıyan kısa peptitlerin biyopannasyonunu ve ardından ilaç tanıma ve ilaç bağlayıcı bölgelerin proteinler üzerinde ek açıklama için elde edilen bilgileri nicel olarak değerlendirmek için biyoinformatik analizini içerir.

İlaç-protein Etkileşimlerinin Küresel Doğrulanması için Biyosensör Tabanlı Yüksek Verimli Biyopanning ve Biyoinformatik Analiz Stratejisi

Hedef proteinin erime sıcaklığındaki değişiklikleri izlemek(yani,termal kayma tahlili, TSA), birkaç yüz bileşik parça kütüphanelerini taramak için etkili bir yöntemdir. İç triptofan floresanını ve parça taraması için hafif geri saçılmaları izlemek için robotik destekli nano-Diferansiyel Tarama Florüreti (nano-DSF) uygulayan bir TSA protokolü sunuyoruz.

Parça Bazlı Kurşun Keşfinde Tarama için Nano-Diferansiyel Tarama Florüretrisi

Mevcut çalışma, bir toplu RNA dizileme deneyinden vaka ve kontrol örneklerini karşılaştırarak oluşturulan hücre içi sinyal yollarının profiline dayalı olarak terapötik hedefleri tahmin eden ve önceliklendiren bir R betiği olan Pathway2Targets algoritmasını çalıştırmak için bir protokolü açıklamaktadır.

Aşağı Akış Yolu Zenginleştirme Analizi ve Hedef Önceliklendirme Gerçekleştirmek için İnsan Diferansiyel Olarak İfade Edilen Gen Listelerini Kullanma

Burada, beyin tümörlerinin cerrahi örnekleri, olarak adlandırılan "tümör eksplant yöntemi" ile ilaç etkinliğini test etmek için bir yöntem kurmuştur. Bu yöntemde, katı tümörlerin mikroçevresinin bozmadan ilaç etkinliğini değerlendirmek. Bu yöntemin güvenilirliğini doğrulamak için, ilk basamak kemoterapötik ajan, temozolomide tedavi glioma örnek temsili verileri açıklanmaktadır.

Cerrahi Örneklerinin tümör eksplantlarındaki Roman Anti-Kanser İlaç Geliştirme Yöntemi

Prob tabanlı konfokal lazer endomikroskopi gibi cep çözünürlüğü ile mesane kanseri gibi patolojik durumların dinamik, intravital görüntüleme sağlayan, sistoskopi sırasında insan üriner sistem gerçek zamanlı mikroskopi sağlar. Endomikroskopi, standart beyaz ışık endoskopinin tanısal doğruluğu artırmak ve cerrahi rezeksiyon geliştirmek için intraoperatif görüntü kılavuzluğunda sağlayabilir.

İdrar Yolu ve Probe tabanlı Konfokal Lazer Endomikroskopi: Tekniği

Kardiyovasküler hastalığın hayvan modellerinden arteriyel lezyonların ex vivo analizi klasik olarak histolojik ve immünohistokimyasal tekniklere dayanır. Bunlar 3 boyutlu lezyonlarda 2 boyutlu ölçümler sağlar. Bu el yazması, optik projeksiyon tomografisi kullanılarak 3 boyutlu kantitatif analiz için arteriyel lezyonların oluşumunu açıklamaktadır.

Üretim ve Farelerde arteriyel Lezyonlarının 3-Boyutlu kantitasyonu Optik Projeksiyon Tomografi ile

Tükürükten DNA ekstraksiyonu, çok az bozunma/parçalanma ile veya hiç bozunma/parçalanma olmadan, kolayca bulunabilen bir yüksek moleküler ağırlıklı DNA kaynağı sağlayabilir.  Bu protokol, tükürük toplama/saklama ve DNA ekstraksiyonu için yüksek kalite gereksinimlerine sahip alt DNA tahlilleri için yeterli kalite ve miktarda olacak şekilde optimize edilmiş parametreler sağlar.

Yeni Nesil dizinleri için Toplama ve Tükrük DNA çıkarımı

Keşfedin RE:fine Drugs ile ilaç yeniden amaçlandırma hipotezleri oluşturmayı. Genomik ve fenomik verileri kullanarak ilaç, gen ve hastalık ilişkilerini analiz edin. Bu yöntem yeni tedavi önerileri geliştirmeye yardımcı olur.

"RE: İnce ilaçlar kullanılması" İlaç repurposing Hipotez Üretim Sistemi

Daha fazla video keşfet