Name: Ana fenotipleri incelenmesi halinde Gambusia affinis Takiben Antibiyotik Tedavisi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-02-22T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 25 s
Description: Keşfedin Gambusia affinis kullanarak antibiyotik tedavisi sonrası ana fenotiplerin incelenmesini. Bu yöntem, mikrobiyom bozulmasının konak sağlığı üzerindeki etkilerini anlamak için basit ve uygun maliyetli bir sistem sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Bu proje kısmen, Sam Houston Eyalet Üniversitesi'ndeki EURECA'dan (Lisans Araştırma Deneyimlerini ve Yaratıcı Etkinlikleri Geliştirme Merkezi) TPP ve JMC'ye verilen FAST (Fakülte ve Öğrenci Ekibi) Ödülü ile finanse edilmiştir.

Bütün hayvan deneyleri, IACUC protokolleri onayı ile yürütülmüştür, 14-05-05-1018-3-01 13-04-29-1018-3-01 ve 14-04-17-1018-3-01 numaralandırıldı. 1. Hayvan Koleksiyonu, Taşıma ve Etik Bakım <ol><li> 19 L kova içine küçük bir daldırma net ve yer kullanarak saha sitesinden (http://www.sms.si.edu/irlspec/Gambusia_affinis.htm de kimlik kılavuzu) için Gambusia affinis toplayın. türler tanımlamak için görsel denetim kullanın. </li><li> gölet su ile bir kova 2 d - 1 için istirahat balık. Daha sonra, bir köpürme airstone GAZ 25 ° C&#39;de yarım havuz suyu / yarım musluk suyu ile dolu 76 veya 189 L akvaryum tankları, içine balık aktarın. minimal kendi cilt mikrobiyomları rahatsız olarak balık tutarken küçük bir dip ağı kullanın. NOT: Balık yoğunluğu 20 balık / akvaryum suyuna 38 L daha yüksek olmalıdır. Balık deneme önce en az 5 gün boyunca akvaryuma acclimated. </li><li> balık başına pul gıda 5 mg ile günlük rejim üzerinde balık yemi. Ho12 saatlik aydınlık / 12 saat karanlık çevrimi ile LD balık. </li></ol> Tüm deneyler için 2. İlk Antibiyotik Pozlama <ol><li> Aynı akvaryum her deneyden tüm balık çizim, iki ayrı gruba yerleştirmek (tedavi: maruz antibiyotik ve kontrol: maruz kalmayan) 19 L kovalarda. Önceki veriler aynı akvaryumda balık topluluk bileşiminde az değişiklik cilt microbiomes homojenize olması gösterileri topladı. 12 </li><li> Deneyler sırasında, yapay gölet 2 L su balıkları tutmak (APW 0.33 g / L CaCl2, 0.33 g / L MgSO 4, 0.19 g / L NaHCO3) kullanımdan önce otoklavlanarak sterilize edilir. </li><li> dimetil sülfoksit (DMSO) içinde 50 mg / ml ekleyerek rifampisin antibiyotik stok çözelti hazırlayın. Rifampisin balık için toksik olan bir Örnek geniş spektrumlu bir antibiyotiktir. İnsanlarda ve farelerde, bu dokularda de dağıtmaktadır. </li><li> rifampisin stoktan nihai yönetmek3 gün boyunca tedavi edilen balıklar grubu antibiyotik maruz kalma APW 2 L 25 ug / ml konsantrasyonda. 3 gün sonra, kültürlenebilir cilt bakteri sayısı önceden muamele edilmiş balık derisi benzer geri unutmayın. </li><li> Buna paralel olarak, APW arıtılmamış balık grup tutmak ve bir kontrol grubu olarak su sütununa DMSO, eşit miktarda (APW bir L başına 0.5 mL) verir. </li><li> Deneyler 2 L bir kovaya üç günlük antibiyotik maruziyetini (veya kontrol) dönemi, transfer balık sonrasında antibiyotik kendisi doğrudan etkilerinden kaçınmak amacıyla, balık fenotipleri bir antibiyotik değişmiş mikrobiyomları etkilerini ölçmek için tasarlanmıştır olarak taze APW. <ol><li> Antibiyotik balık organları tarafından kaldırılır böylece 10 saat dinlenme süresi kullanın. Baz balığı üç gün bir antibiyotik 25 ug / mL maruz kalan deneyler Bu eliminasyon süresi. pithing ardından omurilik kırpma yoluyla balık Euthanize, daha sonra bir doku değirmeni kullanarak tüm vücudu homojenize.</li><li> agar petri merkezine 0.2 um&#39;lik filtreleme sonra süspansiyonun 50 uL yerleştirerek antibiyotik varlığını belirlemek. Küçük bir fişi kaldırır ağar, içine steril 200 ul pipet, bir baş aşağı basarak bu süspansiyon için bir delik açın. </li><li> Besin agar 20 mL ölçülen hacmi ile agar kullanın ve rifampisin duyarlı bir gösterge organizmanın, Bacillus subtilis, bir pamuklu çubuk kullanarak yayılır. 25 ° CO / N inkübe bir besin agar B. subtilis edinin ve pamuklu çubuk kullanarak bir koloni elde etmek. 25 ° C&#39;de gece boyunca inkübe edildikten sonra, bir inhibisyon bölgesini gözlemlemek balık dokularında antibiyotik varlığını gösterir. </li></ol></li></ol> 3. mikrobiyomu Ekstraksiyon <ol><li> 2 ml steril PBST (137 mM Na ile dolu steril 15 ml konik tüp içine balık koyarak dış mukozal epidermis bir cilt mikrobiyomları örneği Özü10 s duraklatma artışlarla 1 dakika için 10 bir ayarda CI, 10 mM fosfat,% 0.1 Tween-20, pH 7.4) çözeltisi ve vorteksleme. tampon içinde deterjan ve tuz çözeltisi içinde bakteri eşit bir dağılım teşvik eder. Karşılaştırılabilir sonuçlar% 0.85 serum fizyolojik ile buldum ama saf su ile bakteri sayımı düşürülmüştür. </li><li> Bir kurtarma kepçeye konik tüp balık aktarın. Cilt ekstraksiyon ölümcül tipik olarak% 10 daha düşüktür. Her iki durumda da, hemen ekstraksiyonu sonucunda boru içinde bakteri süspansiyonu analiz veya gelecekteki analiz için -80 ° C&#39;de 15,000 x g&#39;de ve mağaza oda sıcaklığında bir santrifüj içinde 2 dakika dönüş bakterilerin pelet. NOT: Tüm kültür ve biyokimyasal analizler derhal vardır; DNA ya da protein izolasyonu dondurulmuş numuneler arasında olabilir. </li><li> İlk steril bir petri balık koyun, bir bağırsak mikrobiyomları örneği almak için. pithing ardından, cerrahi makas ile başının arkasında doğrudan servikal omurilik kesilmesinin balık EuthanizeVe daha sonra dışarıdan% 70 etanol mendil ile vücut sterilize. </li><li> diseksiyonu sonrası, yemek borusu sonra anüs önce keserek tüm gut kaldırın. </li><li> uzunluğunda 2 mm ve konik bir tüp içinde, iki ml PBST solüsyonu içine tüm bölümleri yer - küçük bölümler halinde 1 gut kesin. 1 dakika boyunca vorteks sonra (bağırsak bölümleri hazırlamak değil dikkat çekmek) başka bir temiz tüpe süpernatant kaldırmak. NOT: kısım ya deri örnekleri için belirtilen önceki yöntemle direkt analizler için kullanılan ya da topak haline olabilir çıkarılan bağırsak bakterileri içermektedir. </li></ol> Belirli Patojen 4. Enfeksiyon Modeli Hazırlama ve Banyo <ol><li> Edwardsiella ictaluri (E. ictaluri) nin bulaşıcı bir soy elde edilir ve -80 ° C&#39;de saklandı kültür tutun. Gerilme 93 - virüslü bir yayın balığı izole bu çalışmada kullanılan 146, Mark Lawrence, Veteriner Koleji, Mississippi State Üniversitesi&#39;nden elde edildi. </li><li> streBakteri kültürüne 19 ağar E. ictaluri medya (EIM) olarak adlandırılan bir seçici ve diferansiyel medya ve 27 ° C&#39;de 2 gün süreyle inkübe üzerine ak E. ictaluri stok. </li><li> kültüründen saf izole koloni transferi ve besleyici sıvı 40 mL ihtiva eden bir 150 ml şişeye aşılamak (NB, 5 g / L pepton, 4 g / L biftek ekstresi). 27 ° C &#39;de 2 gün boyunca 150 rpm&#39;de bir çalkalama yerleştirin şişe. </li><li> Inkübasyondan sonra, istenen bulaşıcı doz hacimleri E. ictaluri kültürü kalibre etmek için 650 nm&#39;de 0.2 OD bir spektrometre okuma PBST bir kültür örneği sulandırmak. </li><li> Sonraki transferi hem de tedavi edilen balıklar doku ilaç temizlenmesi için yaklaşık 10 saat boyunca 130 taze yapay gölet ml su, veya APW ihtiva eden tek tek plastik kaplara ve işlenmemiş balık gruplarına (antibiyotik maruziyet 3 gün sonra). </li><li> Sonra iki gruptan, temiz APW 130 mL içeren 8-ons plastik bardaklar içine tekrar her balık transferi. </li&gt; <li> Her balık APW içine E. ictaluri kültürü 2,8 x 10 6 CFU / mL (banyo enfeksiyon modeli) içeren bir öldürücü doz vermek ve 24 saat süreyle 27 ° C inkübatör tutmak. </li><li> E. ictaluri Banyodan sonra, APW 130 mL yeni bardak içine ayrı ayrı balık transferi. </li><li> su yerine, bir hafta süresince rekor balık ölümlerinin ardından. Balık bu dönemde beslenen değildir. Yayın balığı aksine, Gambusia nedenle deneysel son nokta olarak ölümcül kullanmak gereklidir, enfeksiyonun dış belirti göstermektedir. </li></ol> Dışkı ve Toprak 5. polimikrobik Mücadelesi <ol><li> dışkı Tedavisi <ol><li> steril eldiven ve steril bir 50 ml konik tüp kullanarak, daha önceki iki hafta içinde antibiyotik almamış sağlıklı gönüllü denekten alınan taze insan dışkı edinin. </li><li> toplanmasından sonra steril bir plastik torba içinde dışkı toplamak ve daha sonra bir steril 15 ml C aktarmakonical tüp. 800 mg / mL - 500 bir stok çözelti elde etmek PBST içinde dışkı süspansiyon bir stok konsantrasyonu oluşturur. Bu kalın karışım açılış büyük olacak şekilde steril makas ile alt kesilmiş bir 1 ml veya daha büyük plastik pipet kullanarak aktarmak için en iyisidir. </li><li> muamele edilmiş ve muamele edilmemiş kontrol balık gruplarına ilk antibiyotik maruz bırakıldıktan sonra, 130 ml&#39;lik bir toplam hacim APW içine ya da 15 mg / mL ya da 10 mg / mL&#39;lik nihai konsantrasyonlarda dışkı süspansiyonu içeren tek tek plastik bardak ayrılır. 25 ° C&#39;de bir kuluçka bardak tutun. </li><li> 2 gün boyunca yakın gözlemle fekal pozlama sırasında kayıt balık ölümleri. </li></ol></li><li> toprak Tedavisi <ol><li> Zengin organik humus 2 kg (mikropların en yüksek yoğunluğu ve çeşitliliği içermelidir) yaklaşık 7 - - 1 toplayın 15 cm aşağı derinlikte ve temiz bir plastik kap içine koyun. Toprak koleksiyonu izleyen iki gün içinde kullanılması gerektiğini unutmayın. </li><li> Korkunçctly ilk maruziyet süresinden sonra, APW 130 ml toprak 18.2 g ihtiva eden tek tek plastik kaplara antibiyotik tedavi edilen ve edilmeyen balık iki grupları ayrılır. balık eklemeden önce elle su kuyusundan toprak karıştırın. partiküllerin çoğu askıya alma ve fincanın dibinde kalmaz. </li><li> 25 ° C &#39;de 3 gün süre ile balık Açığa ve mortaliteye kaydedin. </li></ol></li></ol> 6. Osmotik Stres Mücadelesi <ol><li> Yukarıda tarif edildiği gibi, bir 10 saat dinlenme dönemi izler muameleden sonra, APW 150 mL 17.5 mg / mL (300 mM) NaCl içeren ayrı bir bardak içine balık tek tek ele. Bu balık kontrol etmek tamamen öldürücü olmayan deniz suyu tipik tuzluluk, (&lt;% 50) yarısı ama etkili osmotik düzenleme gerektiren, güçlü streslidir. </li><li> 36 saatlik bir süre boyunca balık ölümlerinin için gözlemleyin. </li></ol> 7. Nitrat Toksisite Mücadelesi <ol><li> Antibiyotik tanitima sonra 10 saat süreyle istirahat balıkbir sodyum nitrat konsantrasyonu içeren tek tek kaplara ure ve ayrı bir balık ya da 10 mg / ml (118 mM) veya APW 130 mL, 17.5 mg / ml (206 mM). </li><li> Düşük doz için mortalite 4 üzerinde d ve yüksek doz için 1 gün boyunca rekor. </li></ol> Bireyselleştirilmiş veya gruplanmış Fish 8. Büyüme Analizi <ol><li> kova gruplar olarak tamamlayın 3 gün antibiyotik maruz kalma ya da kontrol dönemi. </li><li> Bireysel için, 150 ml APW her biri 8-oz Strafor bardak doldurmak kabına bireysel balık transferi ve ilk değerlendirme için toplam vücut ağırlığı kaydedin. <ol><li> hem işlenmiş ve işlenmemiş gruplarındaki tüm balıklar için tekrarlayın. zaman açık bardak balık yemek olmaz çünkü yerine şeffaf plastik bardak beyaz Strafor bardak kullanın. </li></ol></li><li> balık başına iki pelet standart diyet ile günlük balık besleyin. pelet bireysel kitle düşük varyans (3.53 ± 0.42 mg her veya% 8 varyasyon), yolaçan çünkü topaklar gevreği yerine kullanılmıştırGıda benzer miktarlarda alan balıklarda g. görsel meyvelerin granül kaydederek tüketiminin izlenmesi. Tüketim oranları% 80 üzerinde tipik vardı. </li><li> 4 hafta boyunca her hafta sonunda, balık ağırlığı belirlemek. Taze APW ile yeni bir fincan hazırlayın bir denge üzerine yerleştirin ve ağırlığı kaydedin. Ardından, orijinal bardaktan bir daldırma net bir balık dökün ve sonra tekrar tartılır yeni fincan içine aktarın. Balık stresi önlemek için işlenmez. </li><li> Gruplar için, bir 19 L kovaya APW 2 L yerleştirin ve ölçek daralayın. Daha sonra grubun toplam ağırlığı kaydetmek, yeni APW kova içine aktarırken her iki grupta da birlikte balık tutmak. Tutanak balık grubu ağırlığı, yeni bir kovaya aktararak bir ay zaman aralığında her hafta. </li></ol> 9. Gut Transit Zaman <ol><li> floresein-etiketli 70 kDa anyonik dekstran kullanın. Dekstran önemli ölçüde sindirilmiş ve bağırsak tabaka boyunca absorbe edilmesi için çok büyük değil, dolayısıyla geçit bağırsak transit zamanı ölçmek olacaktır.Etiketli dekstran balık yemi dahil oldu. </li><li> steril 1.7 ml&#39;lik bir tüp içine steril deiyonize su, 360 uL ve jelatin 52 mg (% 13 solüsyon) ekleyin ve yer tüp 60 ° C sıcaklıkta bir blok üzerinde jelatin eriyene dek tamamen çözülür. <ol><li> bir havan ve havan tokmağı ve balık yağı 20 uL ile birlikte, tüp, bu toz, 40 mg ilave kullanılarak ince bir toz halinde öğütmek balığı gıda pullar. Karıştırma işleminden sonra, FITC-dekstran 1.6 mg ekleyin. </li></ol></li><li> ul laboratuarlarında Parafilm üzerine düşer 20 içine sıcak sıvı karışımı koyun ve onları hızlı bir şekilde serin ve katılaşmaya edelim. onlar çok sert balık yemek için haline gelmeden damla kadar 4 gün boyunca saklanabilir. Mağaza sonra nemlendirilmiş damla tutan bir kapalı plastik kutuda, içinde steril su süzülüyor bir petri, yarısı üzerine Parafilm koyarak buzdolabında düşer. </li><li> Sadece beslenme önce, çeyrek jilet kullanarak bölüme düşer. Styro balık acclimatebesleme olmadan bireysel olarak 2 gün boyunca köpük bardak (Not: Sadece maruz kalmamış kontrol balık kullanılmıştır). balık ile kap içine gıda dört çeyrek yerleştirin ve her yemek yiyecek kaç adet 30 dakika boyunca balık gözlemlemek. </li><li> Izleme dönemi başlayacak bir daldırma net kullanarak APW 80 mL bardak içine ayrı ayrı balık aktarmak için. Her 2 saat hafifçe elle APW girdap, ve daha sonra 4 ° C de, etiketlenmiş bir 1.7 mL bir tüp içinde 1 ml bir örnek ve mağaza alır. 36 saat boyunca numune almak. </li><li> Deneyin tamamlanmasından sonra, aynı anda tüm örneklerin bir floresan spektrofotometre ile kayıt floresans. bir küvet içine tüm 1 ml örnek yerleştirin ve 520 nm ve 495 nm &#39;de bir eksitasyon ve emisyon ile ölçülen floresan kaydedin. </li></ol>

<ol><li>Panda, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short-Term+Effect+of+Antibiotics+on+Human+Gut+Microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+ONE%22%5BJournal%5D)">Short-Term Effect of Antibiotics on Human Gut Microbiota.</a> PloS ONE. 9 (4), 95476(2014).</li>
<li>Perez-Cobas, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota+disturbance+during+antibiotic+therapy%3A+a+multi-omic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota disturbance during antibiotic therapy: a multi-omic approach.</a> Gut. 62 (11), 1591-1601 (2013).</li>
<li>Theriot, C. M., Young, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+and+metabolic+interactions+between+the+gastrointestinal+tract+and+Clostridium+difficile+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Gut+Microbes%22%5BJournal%5D)">Microbial and metabolic interactions between the gastrointestinal tract and Clostridium difficile infection.</a> Gut Microbes. 5 (1), 86-95 (2014).</li>
<li>Buffie, C. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Precision+microbiome+reconstitution+restores+bile+acid+mediated+resistance+to+Clostridium+difficile%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Precision microbiome reconstitution restores bile acid mediated resistance to Clostridium difficile.</a> Nature. 517, 205-208 (2015).</li>
<li>Sekirov, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic-Induced+Perturbations+of+the+Intestinal+Microbiota+Alter+Host+Susceptibility+to+Enteric+Infection%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Antibiotic-Induced Perturbations of the Intestinal Microbiota Alter Host Susceptibility to Enteric Infection.</a> Infect Immun. 76 (10), 4726-4736 (2008).</li>
<li>Looft, T., Allen, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collateral+effects+of+antibiotics+on+mammalian+gut+microbiomes%5BTitle%5D)+AND+%22Gut+Microbes%22%5BJournal%5D)">Collateral effects of antibiotics on mammalian gut microbiomes.</a> Gut Microbes. 3 (5), 463-467 (2012).</li>
<li>Magnadottir, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15950491">Innate immunity of fish.</a> Fish Shellfish Immunol. 20 (2), 137-151 (2006).</li>
<li>Gomez, D., Sunyer, J., Salinas, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mucosal+immune+system+of+fish%3A+the+evolution+of+tolerating+commensals+while+fighting+pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Fish+Shellfish+Immunol%22%5BJournal%5D)">The mucosal immune system of fish: the evolution of tolerating commensals while fighting pathogens.</a> Fish Shellfish Immunol. 35 (6), 1729-1739 (2013).</li>
<li>Nunes, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acute+Effects+of+Tetracycline+Exposure+in+the+Freshwater+Fish+Gambusia+holbrooki%3A+Antioxidant+Effects%2C+Neurotoxicity+and+Histological+Alterations%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Environ+Contam+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Acute Effects of Tetracycline Exposure in the Freshwater Fish Gambusia holbrooki: Antioxidant Effects, Neurotoxicity and Histological Alterations.</a> Arch Environ Contam Toxicol. 68 (2), 331-381 (2014).</li>
<li>Fryxell, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sex+ratio+variation+shapes+the+ecological+effects+of+a+globally+introduced+freshwater+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Sex ratio variation shapes the ecological effects of a globally introduced freshwater fish.</a> Proc Biol Sci. , 22(2015).</li>
<li>Nunes, B., Miranda, M. T., Correia, A. T. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27074930">Absence of effects of different types of detergents on the cholinesterase activity and histological markers of mosquitofish (Gambusia holbrooki) after a sub-lethal chronic exposure.</a> Environ Sci Pollu Res Int. , 1-8 (2016).</li>
<li>Leonard, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://file.scirp.org/pdf/AiM_2014051916164703.pdf">The Skin Microbiome of Gambusia affinis Is Defined and Selective.</a> Adv Microbiol. 4, 335-343 (2014).</li>
<li>Carlson, J. M., Hyde, E. R., Petrosino, J. F., Manage, A. B. W., Primm, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+host+effects+of+Gambusia+affinis+with+an+antibiotic-disrupted+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+C+Toxicol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">The host effects of Gambusia affinis with an antibiotic-disrupted microbiome.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 178, 163-168 (2015).</li>
<li>Karsi, A., Gulsoy, N., Corb, E., Dumpala, P. R., Lawrence, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+bioluminescence-based+mutant+screening+strategy+for+identification+of+bacterial+virulence+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">High-throughput bioluminescence-based mutant screening strategy for identification of bacterial virulence genes.</a> Appl Environ Microbiol. 75 (7), 2166-2175 (2009).</li>
<li>Hawke, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Edwardsiellosis+caused+by+Edwardsiella+ictaluri+in+Laboratory+Populations+of+Zebrafish+Danio+rerio%5BTitle%5D)+AND+%22J+Aquat+Anim+Health%22%5BJournal%5D)">Edwardsiellosis caused by Edwardsiella ictaluri in Laboratory Populations of Zebrafish Danio rerio.</a> J Aquat Anim Health. 25 (3), 171-183 (2013).</li>
<li>Petrie-Hanson, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Zebrafish+Danio+rerio+as+a+Model+for+Enteric+Septicemia+of+Catfish+%28ESC%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Aquat+Anim+Health%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Zebrafish Danio rerio as a Model for Enteric Septicemia of Catfish (ESC).</a> J Aquat Anim Health. 19 (3), 151-158 (2007).</li>
<li>Fultz, R. S., Primm, T. P. A Laboratory Module for Host-Pathogen Interactions: America's Next Top Model. J. Microbiol. Biol. Educ. 11, abstract 20-B (2010).</li>
<li>Uliano, E., Cataldi, M., Carella, F., Migliaccio, O., Iaccarino, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+acute+changes+in+salinity+and+temperature+on+routine+metabolism+and+nitrogen+excretion+in+gambusia+%28Gambusia+affinis%29+and+zebrafish+%28Danio+rerio%29%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+A%22%5BJournal%5D)">Effects of acute changes in salinity and temperature on routine metabolism and nitrogen excretion in gambusia (Gambusia affinis) and zebrafish (Danio rerio).</a> Comp Biochem Physiol A. 157, 283-290 (2010).</li>
<li>Shotts, E. B., Waltman, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+medium+for+the+selective+isolation+of+Edwardsiella+ictaluri%5BTitle%5D)+AND+%22J+Wildl+Dis%22%5BJournal%5D)">A medium for the selective isolation of Edwardsiella ictaluri.</a> J Wildl Dis. 26, 214-218 (1990).</li>
<li>Under animal toxicity studies, sodium chloride entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank. , National Library of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016).</li>
<li>Under animal toxicity studies, sodium nitrate entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank. , National Library of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016).</li>
<li>Under animal toxicity studies, sodium nitrite entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank. , National Library of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016).</li>
<li>Vilz, T. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+Assessment+of+Intestinal+Motility+and+Gut+Wall+Inflammation+in+Rodents%3A+Analyses+in+a+Standardized+Model+of+Intestinal+Manipulation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Functional Assessment of Intestinal Motility and Gut Wall Inflammation in Rodents: Analyses in a Standardized Model of Intestinal Manipulation.</a> J Vis Exp. (67), e4086(2012).</li>
<li>Katoh, H. International Harmonization of Laboratory Animals. National Research Council (US) International Committee of the Institute for Laboratory Animal Research. Microbial Status and Genetic Evaluation of Mice and Rats: Proceedings of the 1999 US/Japan Conference. , National Academies Press. (2000).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Bazı zorluklar ilaç balık dokularında tükenmiş olması için antibiyotik tedavisinden sonra temiz APW bir dinlenme dönemi gerektirmektedir. dinlenme süresi atlanır sonra antibiyotik varlığı tahlil bakterilere maruz kalma içerir, özellikle sonuçları karıştırabilir. olacağını antibiyotik pozlama sırasında ev sahibi, ön deneyler izleme mikrobiyomları bileşimi (16S profil veya tüm genom dizileme) ve nüfus yoğunluğunun (qPCR aracılığıyla 16S kantitatif) üzerindeki mikropların toplam sayısında büyük bir değişiklik olmadan değiş...

Antibiyotikler bir mikrobiyal topluluk dengesizliği anlamına dysbiosis giden insan mikrobiyomu bozabilir olduğu tespit edilmiştir. Antibiyotik tedavileri sonrasında Mikrobiyota en kompozisyon değişiklik özellikle gut 1, 2, toplumun çeşitliliğini alt kilit üyelerini azaltmak ve toplum metabolizmasını değiştirmek için gösterilmiştir. Bağırsak mikrobiyomları Antibiyotik rahatsızlık Clostridium difficile 3, 4 ve Salmonella 5 kolonizasyon direnci azaltabilir. Buna ek olarak, mikrobiyota bozulması çok sayıda sendrom ve insanlarda hastalık gelişimi ile bağlantılıdır (örn antibiyotik ilişkili enterokolit, enflamasyonlu bağırsak hastalığı, metabolik hastalıklar, vb.). Antibiyotikler de yaygın büyüme hızlandırıcı olarak tarımda uygulananÇiftlik ve kümes hayvanları üretimi 6. Bu güçlü araçlar kullanılması antibiyotik direnci hızlı bir artışın yanı sıra bozulur mikrobiyomu etkilerinde belirgin olarak meskun ev ile olan karşılıklı yan etkiler olmadan değildir. Birçok çalışma, geniş spektrumlu antibiyotik kullanımı uzun ömürlü Mikrobiyota yapısı ve işlevi için sonuçları henüz bir antibiyotik kesintiye mikrobiyomları etkileyen konak fizyolojisi yan etkileri vardır desteklenecek henüz sadece spekülasyonlar sahip olduğunu göstermiştir. Ev sahibi, Mikrobiyota ve antibiyotik arasındaki karşılıklı etkileşim özlü bir şekilde anlaşılmaktadır uzaktır. Bu nedenle, basit ve daha çözülebilir modeli oldukça kompleks bir memeli sistemi aydınlatan avantajlıdır. bağırsaktaki dahil insanlarda mukozal yüzeyler, aynı zamanda en yüksek yoğunluk ve mikropların çeşitliliğini ve en mahrem mikrop-konak ilişkileri liman. Balık teklifler s mukozal cilt mikrobiyomlarıbir model sistem olarak Everal avantajlar. Teleostei (kemikli balıklar) Teleost&#39;un hem doğuştan var ve kommensal bakteriyel topluluklar 7 ile bir ilişki birlikte geliştiğini bağışıklık sistemini elde ettiği Omurgalılar anlamı dahilinde sapmak için erken soylarından biridir. Balık cilt payları gibi fizyolojik fonksiyonlar, bağışıklık bileşenleri ve mukus üreten hücrelerin 8 düzenlenmesi olarak memelilerin tip 1 mukozal yüzeylerinde, pek çok özellikleri. balık derisi mukoza yüzeyi dış konumu deneysel işlemek için kolay ve örnek bir mikrobiyomları sunmaktadır. Batı Sivrisinek, Gambusia affinis (G. affinis), çiftleşme ve toksikoloji 9, 10, 11 incelenmesi için, geçmişte kullanılan bir model, balıktır. bir istilacı türler olarak vahşi küçük boyutu, nüfus bolluk göz önüne alındığında, m<html> inimal bakım maliyeti ve dayanıklı doğa, biz bir mukozal mikrobiyomları model olarak G. affinis geliştirdik. Dahası, Gambusia balıklarının nadirdir doğuran memeliler, genç yaşamak doğurma fizyolojisini paylaşıyoruz. Biz Gambusia 12 profilleme 16S kullanarak balık derisi, normal Mikrobiyota anda en kapsamlı çalışmayı tamamladı. Daha fazla çalışmalar deri ve bağırsak Mikrobiyota bozulması geniş spektrumlu antibiyotik 13 kullanarak aşağıdaki ana bilgisayarda üç olumsuz etkilerini göstermiştir. Beş farklı etkiler antibiyotik maruz aşağıdaki balık incelendi. mikrobiyomları en köklü konak fayda patojenlerin rekabet dışlama olduğunu. Balık patojen Edwardsiella ictaluri ticari yayın balığı çiftliklerinde 14 enterik septisemi salgınlar neden olduğu bilinmektedir. E. ictaluri da öldürücü zebrafish enfekte ettiği gösterilmiştirclass = &quot;xref&quot;&gt; 15, 16 ve Gambusia 17. su sütunu bu patojenle bir zorluk hariç bir ölçüsü olarak kullanılabilir. bağımsız bir patojene karşı duyarlılığa Karşılaştırma olarak, karışık organizmaların yüksek yoğunlukta maruz kalma sırasında hayatta kalma da gerçekleştirilmiştir. Dışkı ve organik zengin toprak mikrobiyal toplulukların sık karşılaşılan kaynak olarak kullanıldı. Bakteriyel bağırsak topluluk gerçekleştiren başka kurulmuş rol dolayısıyla ev sahibi genel beslenme alımını etkileyen, besin işleme ve enerji hasat olduğunu. beslenme brüt ölçümü olarak, balık vücut ağırlığı standart bir diyet beslenen bir ay önce ve sonra karşılaştırılmıştır. ortalama kontrol balık ay içinde ağırlık kazandı iken, ortalama kilo kaybı olarak balık antibiyotik ile tedavi edilen. kilo eksikliğinin mekanizması net değildir. Olası bir katkı faktörü bağırsakta gıda geçiş zamanı. Bir GI motivasıflı yöntemi geçiş zamanı belirlemek için Zebra balığı (Adam Zengin, SUNY Brockport, kişisel iletişim) uyarlanmıştır. antibiyotik ile tedavi edilen balıklar değiştirilmiş transit zamanı varsa henüz tespit edilmemiştir. Tüm organizmalar, özellikle balık, doğal ortamda yaşanan ortak bir meydan okuma ozmotik stres. Gambusia akut tuzluluğa 18 yüksek konsantrasyonlarda vurguladı zaman çabuk adapte gösterilmiştir. Şaşırtıcı bir şekilde, sergilenen bir antibiyotik değişmiş mikrobiyomları balık yüksek tuz stresine hayatta indirdi. Bu yeni fenotip mekanizması soruşturma altında. Özellikle akvaryumlarında su hayvanları, başka ortak stres, toksik azot formları (amonyak, nitrat, nitrit ve) &#39;dir. nitrat karşı hayatta kalma antibiyotik ile tedavi edilen ve kontrol balıklar arasında anlamlı bir farklılık yoktu. Bu makalede yer alan yöntemler, zebra olarak Gambusia veya benzeri balık model organizma, kullanılabilirbalık ve Medaka, deneysel manipülasyon aşağıdaki balık fenotipleri ölçmek için.

<table><tbody><tr><td>Rifampisin</td><td>Calbiochem</td><td>557303-1GM</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Nitrat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S5506</td><td></td></tr><tr><td>Floresein etiketli 70 kDa anyonik dekstran</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>D1823</td><td></td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu Salin (PBS) tabletleri</td><td>Calbiochem</td><td>6500-OP</td><td>tabletleri PBS yapmak için suda çözünür</td></tr></tbody></table>

ana fenotipleri incelenmesi halinde<em&gt; gambusia affinis</em&gt; takiben antibiyotik tedavisi

Examination of Host Phenotypes in Gambusia affinis Following Antibiotic Treatment

Tıpta antibiyotik kullanımının yaygınlığı, konakçıya ortaya çıkan sonuçların anlaşılmasının hayati önem taşıdığı anlamına gelir. Antibiyotikler genellikle konak mikrobiyom topluluk çeşitliliğini azaltır ve mikrobiyal topluluk bileşimini değiştirir. Antibiyotikle ilişkili enterokolit, inflamatuar bağırsak hastalığı ve metabolik bozukluklar gibi birçok hastalık, bozulmuş bir mikrobiyota ile ilişkilendirilmiştir. Konakçı, mikrobiyom ve antibiyotikler arasındaki karmaşık etkileşim, konak-mikrobiyom etkileşimlerini incelemek için izlenebilir bir modele ihtiyaç duyar. Tatlı su omurgalı balıklarımız, mukozal mikrobiyom yapısının ve işlevinin evrensel yönlerini araştırmak ve mikrobiyal topluluğu değiştirmekten kaynaklanan sonuçta ortaya çıkan konak etkilerini analiz etmek için yararlı bir model olarak hizmet eder. Yöntemler, bilinen bir balık patojeninin neden olduğu enfeksiyon, dışkı veya toprak mikroplarına maruz kalma, ozmotik stres, nitrat toksisitesi, büyüme analizi ve bağırsak hareketliliğinin ölçülmesi gibi konakçı zorluklarını içerir. Bu teknikler, konak fenotiplerinin hızlı bir şekilde belirlenmesi için esnek ve kullanışlı bir model sistemi göstermektedir.

Antibiyotik maruz 13 balık ana etkilerini incelemek için kullanılan deneysel sistemin genel şematik diyagramıdır Şekil 1A temsil balık deri (Şekil 1B) ve barsak (Şekil 1C) microbiomes ayıklanması için bir teknik içerir. önceki verileri, toplam deri kültürlenebilir sayısı tedavinin erken düşer iken, 3 gün sonra tedavi öncesi seviyelere geri döndü ortaya koymaktadır çünkü üç gün maruz antibiyotik dönemi olarak seçil...

Bu çalışma, bir antibiyotik ile cilt ve bağırsak mikrobiyomları toplulukları kompozisyon değiştirilmesinden model balık konak üzerindeki etkilerini ortaya çıkarmak için yöntemler içerir.

Ana fenotipleri incelenmesi halinde<em&gt; Gambusia affinis</em&gt; Takiben Antibiyotik Tedavisi

The commonality of antibiotic usage in medicine means that understanding the resulting consequences to the host is vital. Antibiotics often decrease host ...

Bu deneysel sistemin genel amacı, antibiyotik tedavisi sonrası konak organizmadaki negatif yan etkileri incelemektir. Dolayısıyla bu yöntem, bozulmuş bir mikrobiyom aracılığıyla konağın sağlığı üzerinde ortaya çıkan antibiyotik kaynaklı yan etkiler gibi, mikrobiyom alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajları; sistemin basit ve omurgalı konakçıların fizyolojik fenotiplerini incelemek için düşük maliyetli olması ve mukozal mikrobiyomun noninvaziv olarak bozulmasına olanak tanımasıdır.Bu tekniğin sonuçları, bir hayvanın mikrobiyomundaki bozulmanın nasıl ciddi yan etkilere yol açabileceğini karakterize etmektedir. Başlamak için, önceden elde edilmiş ve dondurulmuş bir Edwardsiella ictaluri enfeksiyöz suşunu E.Ictaluri selektif ve diferansiyel besiyeri agarına ekim yapın. Kültürü 27 °C'de iki gün boyunca inkübe edin.Kültürden saf izole bir koloniyi transfer edin ve 40 mililitre besiyeri içeren 150 mililitrelik bir erleni inoküle edin. Erleni 27 °C'de ve 150 RPM'de iki gün boyunca çalkalamalı inkübatöre yerleştirin. İnkübasyonun ardından, E.Ictaluri kültürünü istenen enfeksiyöz doz hacimlerine göre kalibre etmek için, kültürden alınan bir ör

examination-host-phenotypes-gambusia-affinis-following-antibiotic

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Kaynak: Bernut, A. ve ark., Zebrafish embriyolarında Mycobacterium abscessus'un Patogenezi ve Kordonlanmasının Çözülmesi ve Görüntülemesi. J. Vis. Deneyim (2015).Bu video, enfekte bir zebrafish embriyosundan Mycobacterium abscessus'u izole etmek ve nicelik ölçmek için bir protokolü göstermektedir. Bu işlem, embriyo ötenazisi, doku lizizasyonu ve homojenizasyonu ile bakterilerin serbest bırakılmasını, ardından santrifüj ve yüzeyaktif bir tamponda yeniden süspansiyonu içerir. Son olarak,...

Zebrafish embriyolarından bakterilerin izolasyonu ve yetiştirilişi enfeksiyon yükünü değerlendirmek için

Kaynak: Le, T. A. N . ve diğerleri, Caenorhabditis elegans'ın bağırsak geçirgenliği üzerindeki bakteri ve kimyasalların etkilerini ölçmek. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, Pseudomonas aeruginosa'ya maruz kalmak üzere C. elegans'ta bağırsak geçirgenliğini niceliklendirmek için floresan tabanlı bir testi göstermektedir. Kontrollerle beslenen Escherichia coli ile karşılaştırıldığında, patojenle tedavi edilen solucanlarda vücut boşluğuna florofor sızıntısı artar ve bu da epitel bariyer hasarını...

Bakteriyel Maruziyetten Sonra C. elegans'ta Bağırsak Geçirgenliğinin Değerlendirilmesi

Bu video, zebra balığı larvalarında mantar enfeksiyonunu ölçmek için bir yöntem göstermektedir. Mantar sporları larva arka beyin ventrikülüne mikroenjekte edilir ve larvalar enfeksiyon gelişimine izin vermek için kuluçkaya yatırılır. Enfekte larvalar belirli aralıklarla toplanır ve enfeksiyon ilerlemesi, koloni oluşturan birimlerin numaralandırılmasıyla değerlendirilir.

Zebra Balığı Larvalarında Mantar Enfeksiyonunu Ölçmek İçin Bir Teknik

Optik olarak şeffaf zebra balığı embriyoları, patojenik mikroorganizmalar ve doğuştan gelen bağışıklık hücreleri arasındaki etkileşimleri gerçek zamanlı olarak incelemek ve görselleştirmek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Mycobacterium abscessus'un mikro enjeksiyonu, floresan görüntüleme ile birlikte, zebra balığı embriyolarında kordon oluşumu gibi temel patojenik özellikleri incelemek için kullanılır.

Görüntüleme Patogenez ve Cording Deşifre ve<em&gt; Mycobacterium abscessus</em&gt; Zebra balığı Embriyolar

Bu iletişim kuralı karter temizleme bezi kullanımı ve Zebra balığı sistemleri, hangi nöbetçiler tek kullanım göre artan algılama patojen Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp. ve gibi algılamaya yol çamur analizini açıklar Pseudocapillaria tomentosa. P. tomentosa yumurta karantinada izlemek için bir sistem de önerilmiştir.

Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp. ve Pseudocapillaria tomentosa Zebra balığı sistemlerinde çevre tarama

İnsan sıtma parazitlerine kemirgen sıtma parazitlerinin yaşam döngüsü ve biyolojisinin çarpıcı benzerlikleri nedeniyle, kemirgen sıtma modelleri sıtma araştırmaları için vazgeçilmez hale gelmiştir. Burada, vahşi tip ve transgenik kemirgen sıtma türlerinin fenotipeksi analizinde kullanılan en önemli tekniklerden bazılarını standardize ettik.

Kemirgen Sıtma paraziti Asexual ve cinsel kan aşamaları ve sivrisinek aşamaları phenotypic Analizi

Zebra balığı (Danio rerio) yaygın olarak kullanılan omurgalı hayvan için bir model mikrobiyal kolonizasyon ve Patogenez hale gelmektedir. Bu iletişim kuralı protozoon Terliksi Hayvan caudatum gıda kaynaklı hastalık içinde zebra balığı larva için bir araç olarak açıklar. P. caudatum kolayca bakteri içselleştirmesi ve doğal preying davranış ile larva zebra balığı tarafından alınan.

Protozoon Terliksi Hayvan caudatum zebra balığı larva gıda kaynaklı enfeksiyonlar için bir araç olarak kullanma

Bu protokol zebra balığı larvalarında bir Aspergillus enfeksiyon modelini açıklar. Aspergillus sporları larvaların arka beyinlerine mikroenjeksiyona sokuldu ve immünosupresyona neden olmak için kimyasal tedavi kullanıldı. Enfeksiyon ilerlemesi, mantar büyümesini ve immün yanıtları ve canlı sporların koloni oluşturan birim kaplama ile numaralandırılmasını izlemek için günlük görüntüleme kurulumu ile izlenir.

Konakçı-Patojen Etkileşimlerinin Analizi için Zebra Balığı Larvalarının Aspergillus Sporları ile Enfeksiyonu

Bu makalede, izole ve sivrisinek midgut kültlenebilir mikropların belirlenmesi, sivrisinek bağırsak bakterilerin antibiyotik tükenmesi de dahil olmak üzere bireysel sivrisinek bağırsak bakterilerin etkisini araştırmak için bir protokol sunuyor ve belirli bir bakteri türleri yeniden tanıtmak.

Antibiyotik Tedavi Sivrisinekler ile Bakteriyel Oral Beslenme Tsay

Şu anda kronik bakteriyel enfeksiyonlara karşı ilaç taramasına uygun in vivo modellerin eksikliği vardır. Burada, zebra balığı larvalarında kalıcı bir enfeksiyon oluşturmak için bir Pseudomonas aeruginosa klinik izolatı ile yara enfeksiyonu için bir protokol açıklıyoruz.

Yaralı Zebra Balığı Larvalarında Kalıcı Pseudomonas aeruginosa Enfeksiyonunun Modellenmesi

Keşfedin Gambusia affinis kullanarak antibiyotik tedavisi sonrası ana fenotiplerin incelenmesini. Bu yöntem, mikrobiyom bozulmasının konak sağlığı üzerindeki etkilerini anlamak için basit ve uygun maliyetli bir sistem sunar.

Ana fenotipleri incelenmesi halinde

Daha fazla video keşfet