Name: Nükleotid Eksizyon Onarımında DNA Lezyon Tanınması için Atomik Kuvvet Mikroskopi Araştırmaları (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-05-24T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 59 s
Description: Keşfedin nükleotid eksizyon onarımında DNA hasar tanınmasını atomik kuvvet mikroskopisi ile. Bu yöntem, protein-DNA etkileşimlerini doğrudan görselleştirerek onarım mekanizmalarını anlamaya katkı sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

PUC19N, CPD içeren oligonükleotidler ve p44 sırasıyla Samuel Wilson, Korbinian Heil ve Thomas Carell, ve Gudrun Michels ve Caroline Kisker tarafından nazikçe sağlandı. Bu çalışma Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) FZ82 ve TE-671 / 4&#39;ten BT&#39;ye hibelerle desteklendi.

<ol><li>Janicijevic, A., Ristic, D., Wyman, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+molecular+machines+of+DNA+repair%3A+scanning+force+microscopy+analysis+of+their+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Microsc%22%5BJournal%5D)">The molecular machines of DNA repair: scanning force microscopy analysis of their architecture.</a> J. Microsc. 212 (3), 264-272 (2003).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+bending+and+unbending+by+MutS+govern+mismatch+recognition+and+specificity%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">DNA bending and unbending by MutS govern mismatch recognition and specificity.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (25), 14822-14827 (2003).</li>
<li>Tessmer, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanism+of+MutS+searching+for+DNA+mismatches+and+signaling+repair%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Mechanism of MutS searching for DNA mismatches and signaling repair.</a> J. Biol. Chem. 283 (52), 36646-36654 (2008).</li>
<li>Wagner, K., Moolenaar, G., van Noort, J., Goosen, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+analysis+reveals+two+separate+DNA-binding+domains+in+the+Escherichia+coli+UvrA+dimer%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Single-molecule analysis reveals two separate DNA-binding domains in the Escherichia coli UvrA dimer.</a> Nucleic Acids Res. 37 (6), 1962-1972 (2009).</li>
<li>Buechner, C. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strand-specific+recognition+of+DNA+damages+by+XPD+provides+insights+into+nucleotide+excision+repair+substrate+versatility%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Strand-specific recognition of DNA damages by XPD provides insights into nucleotide excision repair substrate versatility.</a> J Biol. Chem. 289 (6), 3613-3624 (2014).</li>
<li>Van der Linden, E., Sanchez, H., Kinoshita, E., Kanaar, R., Wyman, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RAD50+and+NBS1+form+a+stable+complex+functional+in+DNA+binding+and+tethering%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">RAD50 and NBS1 form a stable complex functional in DNA binding and tethering.</a> Nucleic Acids Res. 37 (5), 1580-1588 (2009).</li>
<li>Fuentes-Perez, M. E., Dillingham, M., Moreno-Herrero, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((AFM+volumetric+methods+for+the+characterization+of+proteins+and+nucleic+acids%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">AFM volumetric methods for the characterization of proteins and nucleic acids.</a> Methods. 60, 113-121 (2013).</li>
<li>Shlyakhtenko, L. S., Lushnikov, A. Y., Miyagi, A., Lyubchenko, Y. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specificity+of+binding+of+single-stranded+DNA-binding+protein+to+its+target%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Specificity of binding of single-stranded DNA-binding protein to its target.</a> Biochemistry. 51, 1500-1509 (2012).</li>
<li>Wirth, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conservation+and+Divergence+in+Nucleotide+Excision+Repair+Lesion+Recognition%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Conservation and Divergence in Nucleotide Excision Repair Lesion Recognition.</a> J. Biol. Chem. 291 (36), 18932-18946 (2016).</li>
<li>Kuper, J., Kisker, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Damage+recognition+in+nucleotide+excision+DNA+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Struct.+Biol%22%5BJournal%5D)">Damage recognition in nucleotide excision DNA repair.</a> Curr. Opin. Struct. Biol. 22, 88-93 (2012).</li>
<li>Buechner, C. N., Tessmer, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+substrate+preparation+for+atomic+force+microscopy+studies+of+protein-DNA+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Recognit%22%5BJournal%5D)">DNA substrate preparation for atomic force microscopy studies of protein-DNA interactions.</a> J. Mol. Recognit. 26 (12), 605-617 (2013).</li>
<li>Sun, Z., Tan, H. Y., Bianco, P. R., Lyubchenko, Y. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Remodeling+of+RecG+Helicase+at+the+DNA+Replication+Fork+by+SSB+Protein%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Remodeling of RecG Helicase at the DNA Replication Fork by SSB Protein.</a> Sci. Rep. 5, 9625(2015).</li>
<li>Billingsley, D. J., Bonass, W. A., Crampton, N., Kirkham, J., Thomson, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+studies+of+DNA+transcription+using+atomic+force+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-molecule studies of DNA transcription using atomic force microscopy.</a> Phys. Biol. 9 (2), 021001(2012).</li>
<li>Maurer, S., Fritz, J., Muskhelishvili, G., Travers, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+polymerase+and+an+activator+form+discrete+subcomplexes+in+a+transcription+initiation+complex%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">RNA polymerase and an activator form discrete subcomplexes in a transcription initiation complex.</a> EMBO J. 25 (16), 3784-3790 (2006).</li>
<li>Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSambrook%2C+J+%22Molecular+Cloning%3A+A+Laboratory+Manual%22">Molecular Cloning: A Laboratory Manual</a>. 1, 4th ed, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, NY. (2012).</li>
<li>Theis, K., Chen, P. J., Skorvaga, M., Van Houten, B., Kisker, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystal+structure+of+UvrB%2C+a+DNA+helicase+adapted+for+nucleotide+excision+repair%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Crystal structure of UvrB, a DNA helicase adapted for nucleotide excision repair.</a> EMBO J. 18 (24), 6899-6907 (1999).</li>
<li>Kuper, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+TFIIH%2C+XPD+helicase+is+exclusively+devoted+to+DNA+repair%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">In TFIIH, XPD helicase is exclusively devoted to DNA repair.</a> PLoS Biol. 12 (9), e1001954(2014).</li>
<li>Shlyakhtenko, L. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Silatrane-based+surface+chemistry+for+immobilization+of+DNA%2C+protein-DNA+complexes+and+other+biological+materials%5BTitle%5D)+AND+%22Ultramicroscopy%22%5BJournal%5D)">Silatrane-based surface chemistry for immobilization of DNA, protein-DNA complexes and other biological materials.</a> Ultramicroscopy. 97, 279-287 (2003).</li>
<li>Roth, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((XPB+helicase+regulates+DNA+incision+by+the+Thermoplasma+acidophilum+endonuclease+Bax1%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Repair%22%5BJournal%5D)">XPB helicase regulates DNA incision by the Thermoplasma acidophilum endonuclease Bax1.</a> DNA Repair. 11 (3), 286-293 (2012).</li>
<li>Ratcliff, G. C., Erie, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Novel+Single-Molecule+Study+to+Determine+Protein-Protein+Association+Constants%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">A Novel Single-Molecule Study to Determine Protein-Protein Association Constants.</a> J. Am. Chem. Soc. 123 (24), 5632-5635 (2001).</li>
<li>Yang, Y., Sass, L. E., Du, C., Hsieh, P., Erie, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+protein-DNA+binding+constants+and+specificities+from+statistical+analyses+of+single+molecules%3A+MutS-DNA+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Determination of protein-DNA binding constants and specificities from statistical analyses of single molecules: MutS-DNA interactions.</a> Nucleic Acids Res. 33 (13), 4322-4334 (2005).</li>
<li>Caron, P. R., Grossman, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Involvement+of+a+cryptic+ATPase+activity+of+UvrB+and+its+proteolysis+product%2C+UvrB%2A+in+DNA+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Involvement of a cryptic ATPase activity of UvrB and its proteolysis product, UvrB* in DNA repair.</a> Nucleic Acids Res. 16 (22), 10891-10902 (1988).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UvrB+domain+4%2C+an+autoinhibitory+gate+for+regulation+of+DNA+binding+and+ATPase+activity%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">UvrB domain 4, an autoinhibitory gate for regulation of DNA binding and ATPase activity.</a> J. Biol. Chem. 281 (22), 15227-15237 (2006).</li>
<li>Chammas, O., Billingsley, D. J., Bonass, W. A., Thomson, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-stranded+DNA+loops+as+fiducial+markers+for+exploring+DNA-protein+interactions+in+single+molecule+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Single-stranded DNA loops as fiducial markers for exploring DNA-protein interactions in single molecule imaging.</a> Methods. 60 (2), 122-130 (2013).</li>
<li>Truglio, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+basis+for+DNA+recognition+and+processing+by+UvrB%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Struct.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Structural basis for DNA recognition and processing by UvrB.</a> Nat. Struct. Mol. Biol. 13 (4), 360-364 (2006).</li>
<li>Kuper, J., Wolski, S. C., Michels, G., Kisker, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+structural+studies+of+the+nucleotide+excision+repair+helicase+XPD+suggest+a+polarity+for+DNA+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Functional and structural studies of the nucleotide excision repair helicase XPD suggest a polarity for DNA translocation.</a> EMBO J. 31 (2), 494-502 (2012).</li>
<li>Verhoeven, E. E., Wyman, C., Moolenaar, G. F., Goosen, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+presence+of+two+UvrB+subunits+in+the+UvrAB+complex+ensures+damage+detection+in+both+DNA+strands%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">The presence of two UvrB subunits in the UvrAB complex ensures damage detection in both DNA strands.</a> EMBO J. 21 (15), 4196-4205 (2002).</li>
<li>Verhoeven, E. E., Wyman, C., Moolenaar, G. F., Hoeijmakers, J. H., Goosen, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Architecture+of+nucleotide+excision+repair+complexes%3A+DNA+is+wrapped+by+UvrB+before+and+after+damage+recognition%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Architecture of nucleotide excision repair complexes: DNA is wrapped by UvrB before and after damage recognition.</a> EMBO J. 20 (3), 601-611 (2001).</li>
<li>Moolenaar, G. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Role+of+ATP+Binding+and+Hydrolysis+by+UvrB+during+Nucleotide+Excision+Repair%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">The Role of ATP Binding and Hydrolysis by UvrB during Nucleotide Excision Repair.</a> J. Biol. Chem. 275, 8044-8050 (2000).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Belirli hedef alanları içeren uzun DNA fragmanları üzerindeki proteinlerin bağlanma pozisyonlarının AFM istatistiksel analizleri, proteinin bu siteleri tanıması için kullanılan stratejilere ilginç ayrıntılar 2 , 3 , 4 , 5 , 6 gösterebilir. Ortaya çıkan konum dağılımlarını yorumlamak için DNA&#39;daki hedeflerin pozisyonları tam olarak bilinmelidir. Bu, iyi ta...

Atomik kuvvet mikroskobu (AFM), protein-DNA etkileşimlerinin analizi için güçlü bir tekniktir 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 . Tek molekül düzeyinde bir çözünürlükle heterojen örnekleri doğrudan görselleştirmek için yalnızca düşük miktarda numune malzemesi gerekir. Heterojenlik, bir proteinin farklı konformasyonel veya oligomerik durumlarından kaynaklanabilir. Özellikle, protein-DNA örnekleri bağlamında, protein kompleksleri genel olarak DNA bağlanması veya DNA içindeki spesifik bir hedef bölgeye bağlanma ile uyarılan farklı stoikiometri ve / veya konformasyonlar gösterebilir. Heterojen numuneler ayrıca iki (veya daha fazla) farklı protein türü ve farklı protein kompleksi içerebilirFormlar ( örn . Heteromerik komplekslere karşı yalnızca bir protein türünü kapsar) DNA ile farklı etkileşime girebilirler. Burada tartışılan çalışmalar, bu proteinlerin bir hedefini temsil eden bir lezyon içeren uzun (~ 900 baz çiftli, bp) DNA fragmanlarına bağlı DNA onarım proteinlerinin statik, kurutulmuş örnekleri üzerindeki havadaki AFM görüntülemesini kullanmaktadır. AFM&#39;nin yüksek, moleküler çözünürlüğü, farklı protein kompleksleri türleri arasında ayrım yapmayı ve proteinlerin DNA fragmanları üzerindeki bağlanma yerlerini belirlemeyi sağlar. Önemli olan, lezyonlar, DNA substratlarına iyi tanımlanmış pozisyonlarda eklenir. DNA&#39;daki lezyon yerinin konumu bilindiğinden, DNA&#39;ya bağlı olan proteinlerin dağılımı, (farklı) protein komplekslerinin (farklı) lezyon tanıma özelliklerine, örneğin belirli bir lezyon tipini ne kadar iyi tanıdıklarını (karşılaştırıldığında) Hasar görmemiş DNA&#39;ya) 2 , 3 , <supClass = &quot;xref&quot;&gt; 4 , 5 , 6 . DNA&#39;daki pozisyonları ayrıca lezyonlara spesifik olarak bağlanan protein kompleksleri ile DNA&#39;nın başka yerlerinde spesifik olmayan şekilde bağlanmış olan kompleksler arasındaki ayrımı da mümkün kılar. Bu farklı karmaşık türlerin (lezyona spesifik olmayan komplekslere spesifik olarak bağlanan kompleksler) ayrı karakterizasyonu, hedef bölge tanımlamasında indüklenen komplekslerde potansiyel konformasyonel değişiklikleri ortaya çıkarabilir. Burada odaklanan DNA tamir proteinleri, nükleotid eksizyon tamiri (NER) yolunda lezyonun tanınmasından sorumlu helikazlardır. Bakterilerde NER, UvrA, UvrB ve UvrC proteinleriyle elde edilir. UvrA, bir UvaA 2 / UvrB 2 DNA tarama kompleksinde başlangıç ​​lezyon algılamasından sorumludur. UvrB lezyon doğrulamasının ardından bu kompleks, lezyon yerinde bağlı monomerik UvrB&#39;ye dönüşür ve bu spesifik kompleks pRokaryotik NER endonükleaz UvrC. UvrC, lezyonu içeren kısa (12-13 nt) bir tek sarmallı DNA (ssDNA) uzatır. Eksik streç daha sonra DNA polimeraz ile doldurulur. Son olarak, DNA ligazı yeni sentezlenmiş gerdirmeyi orijinal DNA 9 , 10 ile sızdırmaz hale getirir. Ökaryotlarda, NER basamaklarının çoğunun proteinleri büyük, multimerik transkripsiyon faktörü II H (TFIIH) kompleksinin bir parçasıdır. Trimerik CEN2-XPC-HR23B kompleksi yoluyla ilk lezyon algılamasından sonra, TFIIH DNA hedef bölgeye yönlendirilir. Kompleks içindeki XPD, bir NER hedef lezyon varlığını doğruladığında, ökaryot NER endonükleazlar XPG ve XPF, lezyon 9 , 10 içeren kısa (24-32 nt) bir ssDNA serisini tüketmek üzere görevlendirilir. Burada, özellikle sırasıyla prokaryotik ve ökaryotik NER&#39;den gelen UvrB ve XPD helikazları incelenmiştir. Bu helikazlar, eşleştirilmemiş bir bölge gerektirir.DNA (bir DNA kabarcığı) iki DNA tek sarmalından birine bağlanıp daha sonra ATP hidroliziyle beslenen bu sarmal boyunca yer değiştirir. DNA lezyonlarına ilaveten, proteinler için yükleme yeri olarak işlev gören substratlara bir DNA kabarcığı ilave edildi. Spesifik lezyon DNA substratlarının hazırlanması prosedürü daha önce 11 açıklanmıştır. Bir lümen için iki birbirine yakın aralıklı kısıtlama bölgeleri olan dairesel bir DNA yapısı (plazmid) gerektirir. Bu çalışma bağlamında plazmid pUC19N (2729 bp) kullanıldı (S. Wilson laboratuarı, NIEHS tarafından hazırlandı). Bu plazmit, 48 nükleotit (nt) bir gerilimi çerçeve içine alan Nt.BstNBI nickazı için birbirine yakın mesafeli üç sınırlama bölgesi içerir. Lipaz ile inkübe edildikten sonra, bu alanlar arasındaki ssDNA&#39;nın uzantısı uzaklaştırılabilir ve herhangi bir hedef özelliği içeren bir oligonükleotid ile değiştirilebilir. Her adımdan sonra, enzimatik sindirim, agaroz jeliElektroforez. Yuvarlak dairesel DNA, orijinal süper-sargılı plazmid ile karşılaştırıldığında daha düşük elektroforetik hareketliliğinden dolayı ayırdedilebilir. DNA&#39;nın boşluk bırakılması ve çıkarılan gerilmenin spesifik alt tabaka oligonükleotidiyle değiştirilmesi, alt tabakayı münhasıran çentikler arasındaki bölgede kesen bir kısıtlama enzimi ile sindirim yoluyla değerlendirilebilir. Dolayısıyla, dairesel plazmitin enzim tarafından doğrusallaştırılması, çakıştırılmış DNA için bastırılacak ve spesifik oligonükleotidin eklenmesinden sonra restore edilecektir. Son olarak, iki endonükleaz sınırlama alanı (ideal olarak tek kesiciler), arzu edilen uzunlukta ve belirlenmiş bir konumda spesifik hedef alanı ve aynı zamanda lezyondan belirli bir mesafede bulunan bir DNA kabarcık ile, doğrusal bir DNA substratının oluşturulmasına izin verir. &#39;Veya 3&#39; yönünde. Lezyonların NER helikazları tarafından tanınması AFM görüntüleme yoluyla araştırılabilir. Tepedeki helikazların duraklatılmış DNA translokasyonuLezyon bölgesi, DNA üzerindeki protein pozisyon dağılımında zirve olarak görünür ve lezyon tanımayı gösterir. Bu helikazların DNA translokasyonu ayrıca yönlü, 5&#39;-3 &#39;polarite ile lezyon tanımanın yükleme yerine (DNA kabarcık yukarı akış veya lezyonun aşağısında) bağımlılığı da lezyonun öncelikli olarak tanınıp onaylanmadığını gösterir Translokasyona uğratılmış veya tersine, translokasyona uğramamış ssDNA iplikçikleri 5 , 9 . Sonraki bölümlerde, kullanılan yöntemler tanıtılacak ve bu deneylerden elde edilen önemli bulgular kısaca tartışılacaktır. Önemli olarak, burada gösterilen DNA tamiri ile ilgili örnek çalışmalara benzeyen AFM görüntüleme, DNA replikasyonu veya transkripsiyon 8 , 12 , 13 , 14 gibi farklı DNA etkileşen sistemlerin çalışmasına uygulanabilir </&gt; Sup.

<table><tbody><tr><td>Moleküler Kuvvet Probu (MFP) 3D</td><td>İltica Araştırması</td><td>N/A</td><td>atomik kuvvet mikroskobu (AFM)</td></tr><tr><td>Precision 390</td><td>DELL</td><td>N/A</td><td>bilgisayar</td></tr><tr><td>ThermoMixer ve 1,5 mL blok</td><td>DNA hazırlığı için</td><td>Eppendorf</td><td>5382000015</td> ısı bloğu</tr><tr><td>Rotilabo Blok Isıtıcı H 250 & 0,5 mL tüpler için bloklar</td><td>Carl Roth GmbH</td><td>Y264.1 & </td><td>Protein-DNA inkübasyonları için</td>Y267.1 ısı bloğu</tr><tr><td>Mini-Sub Cell GT</td><td>Bio-Rad Laboratories GmbH</td><td>1704467</td><td>jel tekerli ve güç beslemeli elektroforez odası</td></tr><tr><td>Power Pac Basic</td><td>Bio-Rad Laboratories GmbH</td><td>1645050</td><td>elektroforez güç kaynağı</td></tr><tr><td>Rotorlu Centifuge 5415 D</td><td>Eppendorf</td><td>2262120-3</td><td>tabla santrifüjü</td></tr><tr><td>Ultra-Lum elektronik UV transillümonatör MEB-15</td><td>Ultralum</td><td>900-1322-02</td><td>UV ışınlama tablosu</td></tr><tr><td>NanoDrop ND-1000</td><td>VWR International / PEQLAB Biotechnologie GmbH</td><td>N/A</td><td>UV spektrofotometre</td></tr><tr><td>TKAX-CAD ile 0.2 &; m kapsül filtre</td><td>Unity Lab Services</td><td>N/A</td><td>su deiyonizasyon ve filtre ünitesi</td></tr><tr><td>Name</td><td>Company</td><td>Katalog numarası</strong<></td>strong<td>>Comments</td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr>Igor <td>Pro Asylum Research</td><td>N/A</td> <td>AFM'de MFP yazılımı</td><td> yazılım</td></tr><tr><td>ImageJ (açık kaynaklı Java görüntü işleme)</td><td>NIH Image</td><td>N/A</td><td>Görüntü analiz yazılımı</td></tr><tr><td>Excel (Microsoft Office)</td><td>Microsoft Corporation</td><td>N/A</td><td>veri analiz yazılımı</td></tr><tr><td>Origin9 / Origin2016</td><td>OriginLab Corporation</td><td>N/A</td><td>istatistiksel veri analizi ve grafik yazılımı</td></tr> <tr><td>Name<</td><td>strong>Company</td><td>Katalog numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td>Material</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>OMCL-AC240TS</td><td>Olympus</td><td>OMCL-AC240TS</td><td>AFM konsolları</td></tr><tr><td>sınıf V-5 muskovit</td><td>SPI Malzemeleri</td><td>1805</td><td>mika levha</td></tr><tr><td>Amicon Ultra 0.5 mL 50k Ultracell</td><td>Millipore İrlanda Ltd.</td><td>UFC505096</td><td>santrifüj filtreleri</td></tr><tr><td>NucleoSpin Extract II&nbsp;</td><td>&nbsp; Macherey-Nagel GmbH</td><td>740 609.250</td><td>Agaroz jel ekstraksiyon kiti</td></tr><tr><td>Rotilabo selüloz kağıt tipi 111A</td><td>Carl Roth GmbH</td><td>AP59.1</td><td>AFM biriktirme kurutma kağıdı</td></tr><tr><td>Anatop 25 (0.02 &mu; m)</td> <td>Whatman GmbH</td><td>6809-2102</td><td>şırınga filtresi</td></tr><tr><td>SSpI, BspQI</td><td>New England Biolabs (NEB)</td> <td>R0132, R0712</td><td>DNA substrat hazırlığı için kısıtlama enzimleri</td></tr><tr>DNA hazırlama kontrolleri için<td>XhoI, BglII</td><td></td><td>R0146, R0144</td><td>kısıtlama enzimleri</td></tr><tr><td>çentik kısıtlama enzimi Nt.BstNBI</td><td>New England Biolabs (NEB)</td> <td>R0607</td><td>nickase</td></tr><tr><td>T4 DNA ligaz</td><td>New England Biolabs (NEB)</td><td>M0202S</td><td>Ligase</td></tr><tr><td>Tris, HEPES</td><td>Carl Roth GmbH</td><td>4855, 9105</td><td>tampon kimyasallar</td></tr><tr><td>NaCl, MgCl2, KCl, MgAsetat</td><td>Carl Roth GmbH</td><td>3957, HN03, HN02, P026</td><td>tuz kimyasalları</td></tr><tr><td>NaAc</td><td>Sigma-Aldrich Chemie GmbH</td><td>32318</td><td>tuz kimyasalları</td></tr><tr><td>DTT, TCEP, EDTA</td><td></td><td>6908, HN95, 8040</td><td>kimyasallar/ reaktifler</td></tr><tr><td>agaroz, asetik asit, HCl</td><td>Carl Roth GmbH</td><td>2267, 3738, K025</td><td>reaktifler</td></tr><tr><td>ATP</td><td>Carl Roth GmbH</td><td>K054</td><td>nükleotidler</td></tr><tr><td>oligonükleotid #1 Tablo 1'de</td><td>Biyomerler</td><td>özel</td><td>tamamlayıcı DNA oligonükleotid oligonükleotidleri</td></tr><tr><td>#2, #3 ve #6 Tablo 1'de</td><td>Entegre DNA Teknolojileri (IDT)</td> <td>özel</td><td>floresein içeren oligonükleotidler</td></tr><tr><td>, oligonükleotidler #4&nbsp; ve #5, Tablo 1'de</td>, <td>özel (örneğin TriLink veya GlenResearch'ten temin edilebilir)</td><td></td><td>Oligonükleotidler içeren CPD</td></tr><tr><td>SafeSeal reaksiyon tüpü 0.5 mL ve 1.5 mL</td><td>Sarstedt</td><td>72.704 ve 72.706</td><td>inkübasyon tüpleri</td></tr><tr><td>GeneRuler 1 kb</td><td>Thermo Scientific</td><td>SM0311</td><td>DNA merdiveni</td></tr><tr><td>6x konsantre jel yükleme boyası mor</td><td>Yeni İngiltere Biolabs (NEB)</td><td>51406</td><td>DNA yükleme boyası</td></tr><tr><td>Midori Green&nbsp;</td><td>Nippon Genetics Europe GmbH</td><td>999MG28055</td><td>DNA lekesi</td></tr></tbody></table>

nükleotid eksizyon onarımında dna lezyon tanınması için atomik kuvvet mikroskopi araştırmaları

Atomic Force Microscopy Investigations of DNA Lesion Recognition in Nucleotide Excision Repair

AFM görüntüleme, protein-DNA etkileşimlerinin incelenmesi için güçlü bir tekniktir. Bu tek molekül yöntemi, heterojen bir numunede farklı moleküllerin ve moleküler düzeneklerin aynı anda çözülmesine izin verir. DNA ile etkileşen protein sistemleri bağlamında, farklı protein kompleksi formları ve bunların DNA fragmanları içeren hedef bölgeler üzerindeki karşılık gelen bağlanma konumları bu şekilde ayırt edilebilir. Burada, AFM'nin prokaryotik ve ökaryotik nükleotid eksizyon DNA onarım (NER) sistemlerinde DNA lezyonu tanıma çalışmasına bir uygulaması sunulmaktadır. DNA ve protein numunesi hazırlama prosedürleri açıklanmakta ve deneylerin deneysel ve analitik detayları verilmektedir. Veriler, NER proteinleri tarafından hedef bölge doğrulamasının sağlanabileceği stratejiler hakkında önemli sonuçlara izin verir. İlginç bir şekilde, lezyonun tipine bağlı olarak ökaryotik NER sistemi için farklı lezyon tanıma ve tanımlama yaklaşımlarını gösterirler. Ayrıca, prokaryotik ve ökaryotik NER'de yer alan iki farklı helikazın farklı yapısal özellikleri, bu iki sistem için gözlemlenen farklı stratejilerle sonuçlanır ve bunları açıklar. Daha da önemlisi, bu deneysel ve analitik yaklaşımlar sadece DNA onarımı çalışmasına değil, aynı zamanda replikasyon veya transkripsiyon işlemlerinde yer alanlar gibi diğer DNA etkileşimli protein sistemlerine de çok benzer şekilde uygulanabilir.

Protein kompleks hacimlerine dayanan farklı karmaşık tipleri ayırt etme Prokaryot NER helikaz UvrB&#39;nin helikaz aktivitesi DNA bağlanması 22 , 23 tarafından uyarıldı. UvrB, iki adet tek ssDNA diziliminden birinin üzerine doğru yüklemek için DNA&#39;da (DNA kabarcığı) eşleştirilmemiş bir bölgenin olmasını gerektirir. In vivo , bu DNA yapısı, NER basamağının baş...

Burada, tek moleküllü AFM görüntüleme yoluyla farklı DNA lezyon tanıma yaklaşımlarının incelenmesi, örnek olarak nükleotid eksizyon onarım sistemi ile gösterilmiştir. DNA ve protein numunesi hazırlama prosedürleri ve AFM deneyleri için deneysel ve analitik detaylar açıklanmaktadır.

Nükleotid Eksizyon Onarımında DNA Lezyon Tanınması için Atomik Kuvvet Mikroskopi Araştırmaları

AFM imaging is a powerful technique for the study of protein-DNA interactions. This single molecule method allows the simultaneous resolution of different ...

Bu atomik kuvvet mikroskobu deneyinin genel amacı, DNA onarım proteinlerinin DNA'daki hasar bölgeleriyle etkileşimlerini çözmek ve çeşitli protein kompleksleri ile farklı DNA etkileşimlerini ayırt etmektir. Bu yöntem, belirli bir DNA onarım sisteminin DNA'daki hedef lezyonlarının tanınmasını nasıl başardığı gibi DNA onarım alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, DNA lezyonu tanıma sürecinde yer alan farklı kompleks türlerini doğrudan görebilmemiz ve analiz edebilmemizdir.Prosedürü göstermek, lisans araştırması sırasında bu yaklaşımı kullanan Nicolas Wirth olacaktır. Başlamak için, bir plazmidde tek sarmallı bir DNA boşluğu oluşturarak uygun bir DNA substratı hazırlayın. Boşluğu modifiye edilmiş, tek sarmallı DNA oligonükleotidleri ile doldurun ve son olarak uygun kısıtlama enzimlerini kullanarak plazma DNA'sını doğrusallaştırın.Bu deneyler için, çift sarmallı DNA substratları yaklaşık 1.000 baz çifti uzunluğundadır ve bir DNA lezyonunun yanı sıra DNA'ya protein yüklemesi için DNA kabarcığı adı verilen eşleşmemiş bir bölge içerir. Ardından, önce 10x Reaksiyon Tamponu ve suyu bir mikro reaksiyon tüpüne pipetleyerek AFM analizi için bir protein DNA örneği hazırlayın. Ardından, incelenen DNA ve proteinleri ekleyin.Örneğin, burada, DNA örneğinin 100 nanomolar ve bir mikromolar veya ökaryotik nükleotid eksizyon onarım proteinleri XPD ve p44'ün her biri. Ardından, reaksiyonu bir ısı bloğunda 37 santigrat derecede 30 dakika inkübe edin. İnkübasyonun ardından, numuneyi kısa bir süre aşağı doğru döndürün.Ardından, numuneyi üzerine yerleştirmek için bir mika substrat hazırlayın. Daha büyük bir şeritten bir santimetreye bir santimetrelik bir mika parçasını kesmek için bir neşter kullanın. Ardından, temiz, düz, anatomik olarak pürüzsüz bir alt tabaka yüzeyi ortaya çıkarmak için mika'nın üst katmanlarını çıkarmak için bir parça yapışkan bant kullanın.Protein DNA örneğini AFM biriktirme tamponunda elli ila yüz kat genişletin ve seyreltilmiş numunenin 20 mikrolitresini hemen mika yüzeyine bırakın. Seyreltme faktörü numune konsantrasyonuna bağlıdır. Numuneyi mika yüzeyine bıraktıktan hemen sonra, numuneyi birkaç mililitre filtrelenmiş, deiyonize su ile üç ila dört kez durulayın ve fazla sıvıyı kurulayın.Numuneyi kurutmak için hafif bir nitrojen akışı kullanın. Son olarak, numuneyi kenarlarından bir mikroskop lamına sabitlemek için yapışkan bant kullanın. Numuneyi AFM aşamasının ortasına yerleştirin ve mikroskop lamını sahneye sabitlemek için manyetik pedler kullanın.Ardından, AFM ucunu uç tutucuya yerleştirin. Vidayı parmak sıkılığında olacak şekilde sıkarak ucu bir kelepçe altında tutucuya sabitleyin. Sabitlendikten sonra, uç tutucuyu AFM ölçüm kafasına girin.Numuneyi merkezi bir konumda hareket ettirmek için konumlandırma vidalarını kullanın. AFM ölçüm başlığını numunenin üzerine yerleştirin ve başlığın bacakları sahne girintilerinin içinde olacak şekilde sabit bir şekilde durduğundan emin olun. Ardından, optimum sinyal gücü için AFM lazerini konsolun arkasına hizalayın.Lazeri kaba bir şekilde konumlandırmak için AFM video penceresindeki yansıma sinyalini izleyin. Bu AFM modelinde, AFM lazerin X ve Y konumlarını ayarlamak ve onu konsolun ucuna merkezi olarak yönlendirmek için AFM ölçüm kafasının sağ tarafındaki ve arkasındaki tekerlekleri çevirin. Ardından, iki tekerlekle lazer konumuna ince ayar yaparak dedektör toplam sinyalini optimize edin.Dedektör dizisinin üst ve alt diyotlarından gelen farklı sinyali sıfırlayarak AFM lazer yansımasını dedektör merkezine yönlendirin. Bu adım için, bu AFM modeli için ölçüm kafasının sol tarafındaki vidayı çevirin. Ardından, yazılımdaki ana panel ayar penceresine girerek konsol kalma frekansını belirleyin.Konsol salınımını çalıştıran Piezo için bir voltluk girişe karşılık gelen bir genlik seçin ve ardından salınım frekansını konut frekansından biraz daha düşük negatif %5'e ayarlayın. Şimdi bir otomatik frekans ayarı yapın ve salınımın fazını sıfırlayın. Sapmayı önlemek için görüntülemeye başlamadan önce sistemi yaklaşık bir saat termal dengeye ulaşacak şekilde bırakın.Görüntülemeye başlamaya hazır olduğunuzda, yazılım ana panelinde bir koruma ayar noktası ayarlayın ve tak'ı seçerek ucu numune yüzeyine yaklaştırmaya hazırlanın. Koruyucu ayara veya ayar noktasına ulaşılana kadar AFM kafasının ön tekerleğini manuel olarak indirin. Ardından, Z sensörü sinyali tamamen sola doğru uzayana kadar ön tekerleği dikkatlice daha fazla indirin.Titreşim salınım tablosunu etkinleştirin ve akustik izolasyon muhafazasını kapatın. Ardından, AFM ucunu numuneyle ince bir şekilde birleştirmek için hamster çarkını kullanarak AFM yazılımındaki ayar noktasını düşürün. İtici rejimde kılavuz çekme modu görüntülemesi yapmak için, faz sinyali serbest seviye fazından biraz daha düşük olana kadar ayar noktasını düşürün.Ardından, örneği taramaya başlayın. Sırasıyla 2, 048 veya 4.096 piksel çözünürlüklerine sahip dört mikrometreye dört mikrometre veya sekiz mikrometreye sekiz mikrometre karelik görüntü yüzey alanlarında saniyede 2,5 mikrometre tarama hızını kullanın; ve Taraması Yap düğmesine basın. AFM yazılımındaki görüntülerin doğrudan görsel incelemesi ile ilgili protein DNA komplekslerini önceden seçin.XPD numuneleri için olası kompleksler, XPD p44 DNA'nın yanı sıra XPD ve p44'ün farklı moleküler kütleleri nedeniyle belirgin şekilde farklı boyutlara sahip XPD DNA ve p44 DNA'yı içerir. Kesit penceresi imleçleri ile protein tepe bölümlerinin yüksekliğini ve çapını ölçmek için analiz penceresindeki kesit aracını kullanarak DNA üzerindeki tek tek protein zirvelerinin hacimlerini ölçün. Karmaşık türü doğrulamak için basit matematiksel modeller kullanarak tepe noktalarının hacmini belirlemek için bu değerleri kullanın.Son olarak, AFM sisteminizi, bu hacimleri proteinlerin ve protein komplekslerinin yaklaşık moleküler ağırlıklarına çevirmek için bilinen moleküler ağırlıklara sahip bir dizi proteinle kalibre edin. DNA fragmanı uzunlukları, protein komplekslerinin DNA üzerindeki konumları ve hedef bölge özgüllükleri veya DNA bandı açıları gibi ek özellikleri belirlemek için, ekteki metin protokolüne bakın. Burada, farklı boyutlarına göre ayırt edilebilen üç farklı türde DNA'ya bağlı komplekse sahip bir AFM görüntüsü gösterilmektedir.Birinci sınıf kompleksler sadece helikaz aktive edici ko-faktör p44 ile tutarlıdır, ikinci sınıf kompleksler sadece XPD proteininden oluşur ve üçüncü sınıf kompleksler hem XPD hem de p44'ten oluşur, çünkü XPD ile lejyon tanıma, helikaz aktivitesinin p44 tarafından aktivasyonunu gerektirir ve sadece üçüncü sınıf kompleksler lezyon tanıma gösterir. Farklı lezyon tanıma stratejilerini tanımlamak için, DNA substratları üzerindeki proteinlerin konumları, prokaryotik ve ökaryotik NER helikazları için kırmızı ile gösterilen bir DNA lezyonundan beş asal veya üç asal yönde bir DNA kabarcığında protein yüklemesi için ölçüldü. Protein pozisyon dağılımlarında, DNA lezyon pozisyonunda gelişmiş bağlanma nedeniyle DNA lezyonu tanıma bir tepe olarak görülebilir.Prokaryotik NER helikaz UVRB ve ökaryotik muadili XPD, farklı DNA zinciri tercihlerini gösteren farklı CPD lezyon tanıma stratejileri gösterir. Spesifik olarak, CPD lezyonları UVRB ile translokasyonlu iplikçik üzerinde tanınır, ancak tercihen karşıt, translokasyonsuz iplikçikte XPD ile tanınır. Bir kez ustalaştıktan sonra, bu yöntem analiz dahil birkaç saat veya gün içinde yapılabilir.AFM görüntülerindeki özellikleri yorumlayabilmek ve biyolojik sisteme ve ele almak istediğiniz soruya bağlı olarak DNA substratını dikkatli bir şekilde tasarlamak için oldukça saf protein ve DNA örnekleriyle çalışmak önemlidir. Ek olarak, jel elektroforez alanı, elektromobilite kayması veya DNA insizyon testleri gibi topluluk yöntemleri, elbette, bu AFM deneyleri için oldukça tamamlayıcıdır; ve bu yöntemler, DNA bağlanma afiniteleri veya DNA lezyonu eksizyon aktiviteleri gibi ek soruların ele alınmasına yardımcı olabilir. Bu teknik, protein DNA komplekslerini doğrudan görselleştirmek için nispeten hızlı ve basit bir yaklaşımdır ve bu kompleksler bize biyolojik bir sistemde meydana gelen süreçlerin iyi bir resmini verir.Tabii ki, bu sadece DNA onarım süreçlerini anlamada yararlı değil, aynı zamanda diğer protein DNA sistemlerine de uygulanabilir. Bu videoyu izledikten sonra, en sevdiğiniz protein DNA sisteminde bir numuneyi nasıl hazırlayacağınız, AFM ile nasıl görüntüleyeceğiniz ve verilerinizin yorumlanması için yararlı parametrelerin nasıl çıkarılacağı konusunda oldukça iyi bir fikre sahip olmalısınız.

atomic-force-microscopy-investigations-dna-lesion-recognition

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Bu videoda, ışınlanmış hücre çekirdeğindeki çift sarmallı DNA kırılma bölgelerinde DNA onarım proteinleri γH2AX ve 53BP1'in lokalizasyonunu görselleştirmek için immünofloresan yöntemini açıklıyoruz.

DNA Onarım Protein Etkileşimlerinin İmmünofloresan Tabanlı Görselleştirilmesi

Elektron spektroskopik görüntüleme, nükleik asidi proteinden nanometre çözünürlükte görüntüleyebilir ve ayırt edebilir. Transmisyon elektron mikroskobu örneklerinde etiketli proteinleri özel olarak etiketleyebilen miniSOG sistemi ile birleştirilebilir. Örnek olarak çift iplikli kopma onarım odaklarını kullanarak bu teknolojilerin kullanımını gösteriyoruz.

Elektron Spektroskopik Görüntüleme Kombinasyonunun miniSOG Etiketli DNA Onarım Proteinler Görselleştirme (ESI)

Lazerler sıklıkla DNA hasarına hücre tepkisinin çalışmada kullanılır. Bununla birlikte, normal koşullar altında, aralık, sıklık, ve çarpışmalar çoğaltma çatal nadiren karakterize lezyonlar üretir. Burada, lazer lokalize kol içi çapraz bağlar ile bu parametrelerin belirlenmesini sağlayan bir yaklaşım açıklar.

Lazer Lokalize Psoralen adüktlerinin Tek Molekül Analizi

Lazer microirradiation yaşayan hücrelerde DNA onarım çalışmaları için yararlı bir araçtır. Çeşitli DNA lezyonlar ikna etmek için UVA lazerler kullanımı için bir metodolojik yaklaşım gösterilir. Normal hücre döngüsü tutar yerel microirradiation için bir yöntemi optimize; Böylece, ışınlanmış hücre mitoz devam edin.

Gelişmiş protein-protein etkileşimleri ve Kinetik DNA lezyonlar, çalışmaya Confocal mikroskobu teknikleri

DNA hasar inducing ve DNA onarım proteinler seçili alt nükleer alanlarda yanıt izlemek confocal floresan mikroskopi ve lazer mikro-ışınlama teklif araçları. Bu teknik, hasar tespiti, sinyal ve işe alım ile ilgili bilgilerimizi önemli ölçüde ilerlemiştir. Bu el yazması tek ve Çift Kişilik strand sonu onarım incelemek için bu teknolojilerin gösterir.

Lazer mikro-ile kullanma için tek incelenmesi ve çift Strand Break onarım memeli hücrelerinde

DNA hasar onarım Kinetik eğitim lezyonlar tanımlanmış alt nükleer bölgeler itibariyle ikna etmek için bir sistem gerektirir. Biz bir yöntem bir 405 nm lazer ile donatılmış lazer tarama confocal mikroskop kullanarak yerelleştirilmiş çift iplikçikli kesmeleri oluşturmak ve tamir faktörler bu lezyonlar, dinamikleri ölçmek için otomatik yordamlar sağlar açıklar.

Soruşturma 405 Nm lazer mikro-ile kullanarak DNA lezyonlar için Protein alımı

Çift iplikli kırılmalara DNA tamiri lezyon ele sonra sadece onarım kompleksleri, tatili, aynı zamanda onların çözünürlük oluşumu gerektiren dinamik bir süreçtir. Burada, ayirt mikroskobu geçici ve uzun ömürlü çift iplikçikli tatili için bir araç olarak bu genom bakım mekanizma incelemek için kullanırız.

DNA onarım işlemleri, Darbe Gerilimlerinden ve uzun süreli iki iplikçikli DNA sonları ayirt mikroskobu ile karakterize

DNA hasarının ardından, insan hücreleri genomlarının bütünlüğünü geri yüklemek için gerekli onarım yollarını aktive ederler. Burada, dolaylı immünoffloresan yöntemini DNA onarım proteinlerini tespit etmek, mekansal ve zamansal işe alımlarını analiz etmek ve DNA hasarı nın olduğu yerlerde protein-protein etkileşimini sorgulamaya yardımcı olmak için bir araç olarak tanımlıyoruz.

DNA Onarım Proteinlerinin İmmünfluoresan Etkileşiminin Görselleştirilmesi

Bu protokol, lazer mikro ışınlama ile DNA onarım proteini alımını ölçmek gibi aşağı akış mikroskopi çalışmaları için S faz hücrelerini verimli bir şekilde tanımlamak için invaziv olmayan bir yöntemi açıklar.

S Aşamasında DNA İşe Alımını İncelemek için Lazer Mikro Işınlama

Bu eser bir pnömatik damlacık manipülasyon platformunda çoklu nükleotid polimorfizmi tespit etmek için basit ve görsel bir yöntem sunar. Damlacık manipülasyon ve çoklu nükleotid polimorfizmlerinin tespiti de dahil olmak üzere önerilen yöntem, tüm deney ile, ileri araçların yardımı olmadan, 23 ° C civarındaki gerçekleştirilebilir.

Bir Pnömatik Damlacık Manipülasyon Platformu Multi-nükleotid Polimorfizmlerinin Görsel Kolorimetrik Tespiti

Keşfedin nükleotid eksizyon onarımında DNA hasar tanınmasını atomik kuvvet mikroskopisi ile. Bu yöntem, protein-DNA etkileşimlerini doğrudan görselleştirerek onarım mekanizmalarını anlamaya katkı sağlar.

Nükleotid Eksizyon Onarımında DNA Lezyon Tanınması için Atomik Kuvvet Mikroskopi Araştırmaları

Daha fazla video keşfet