Name: Kliniğe Dayalı Biyorepositoryum Kurulması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-05-29T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: Keşfedin, dermatoloji kliniğinde atılan deri tümörü örneklerini araştırma için nasıl toplanır ve saklanır. Bu yöntem, klinik iş akışını bozmadan biyobelirteç çalışmalarına olanak tanır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, EEH&#39;ye verilen Midwestern Üniversitesi Sağlık Bilimleri Araştırma Kolaylığı Hibe Grubundan ve Midwestern Üniversitesi Araştırma ve Destekleme Programları Ofisi&#39;nden (Intranüal Grant) KJL&#39;ye verilen fonlardan desteklenmiştir. Bağımlı Laboratuarlar ve Bağlı Dermatoloji tarafından ek destek sağlanmıştır. Teknik yardımları için Sarah Potekhen, Jamie Barto, Stefani Fawks, Cody Jording, Stacie Schimke, Heather Kissel ve Ali Zaidi&#39;ye teşekkür ediyoruz.

İnsan dokusu numuneleri üzerindeki tüm deneyler Western IRB tarafından onaylandı (WIRB Protokol # 20142461). Bu prosedürler için dokuların toplanması için tek kriter, biyopsi ile kanıtlanmış SCC tanısıdır. Orijinal IRB protokolünde hiçbir dışlama kriterleri belirtilmemiştir, ancak bilinen kan yoluyla bulaşıcı bir hastalığa sahip hastalardan numuneler kullanılmamıştır. Bilgilendirilmiş onam, kutanöz doku, kan ve tükrük toplanmadan önce elde edildi. Midwestern Enstitüsü İnceleme Kurulu, Midwestern Üniversitesi&#39;nde (AZ # 807) klinik temelli biyorepositoryal örneklerle doğrulama çalışmalarını onayladı. 1. Kutanöz Tümör Doku İşleme NOT: Bu, bir Mohs histotechnologist tarafından gerçekleştirilecektir. <ol><li> RNA ve Eksplant Kültürü İçin Yeni Skuamöz Hücreli Karsinom (SCC) Doku İşleme <ol><li> Doku Mohs cerrahı tarafından eksize edildiğinde, 10 ila 50 mg (≥10 mm 3 </sup&gt;) Doku örneği ek işlemden önce gevşeme sırasında doku apikal yan merkezinden (slayt üzerinde düz durmasına izin vermek için dokuyu manipüle etme işlemi içindir). NOT: Bu, ancak tümör Mohs prosedürünün bir parçası olan histolojik değerlendirme öncesinde 10-50 mg boyutunda bir numunenin (≥10 mm2) çıkarılmasına izin verecek kadar büyükse mümkündür. Tümör, minimum 2 mm 3&#39;ün çıkarılmasına izin verecek kadar büyük değilse, RNA için işlem yapmaya devam etmeyin (aşama 5&#39;i atlayın). </li><li> Canlı dokuyu, cımberi kullanarak kültür ortamı (1: 1 DMEM karışımı: Ham&#39;s F-12, 25 mM HEPES, 100 IU / mL penisilin ve 100 μg / mL streptomisin) içeren etiketli bir 1.5 mL tüp içine aktarın ve Doku tamamen ortama batırılır. İlave işlemden önce bu tüpü 4 ° C&#39;de saklayın. </li><li> RNA izolasyonu ve ekspresyon analizi için dokuyu kullanın (bkz. Adım 5) ve / veya kuruluş(Bkz. 6. adım) 24 saat içinde eksplant kültüründen geçirilir. </li><li> Hastadan çıkarılan tümör numunesinin geri kalanını (basamak 1.1.1) bir kriyostat doku tutucusu (veya &quot;sıkıştırma çubuğu&quot;) üzerine yerleştirin. Mohs histolojisinin tamamlanmasına ve deneysel analiz için ilave histolojik slaytların hazırlanmasına izin vermek için, dokuyu optimum kesme ısısı (OCT) bileşiğine katıştırın, dokuyu tutucuya dondurarak tutun. </li></ol></li><li> Histolojik Slaytların Hazırlanması <ol><li> Bir kriyostat kullanarak 7 μm kalınlığında doku kesitlerini kesin ve her tümör numunesi için iki (veya daha fazla) slayt oluşturun. Her bir slaydın tümörün en fazla üç bölümünü içerdiğinden emin olun. NOT: İki slayttan biri Mohs histotechnologist tarafından H &amp; E ile boyanacak ve ilave slaytlar IF, IHC veya FISH analizi ile işlenebilir. </li><li> Doku düzeltmek için slaytlar 1-2 saniye boyunca aseton koyun. Bu slaytları kurumaya bırakın. H &amp; E etmeyinDeneysel protokole bağlı olarak gelecekteki immünofloresan (İF), immünohistokimya (IHC) veya floresans in situ hibridizasyon (FISH) analizinde kullanılacak slaytı boyayın veya örtücü lamel kullanın. </li></ol></li><li> Post-Mohs Doku İşleme <ol><li> Mohs işlemi tamamlandıktan (1.1-1.2 arası adımlar) sonra, kriyostat odasında çalışın ve kriyo yerleştirici ortamdan numuneyi alın ve etiketli kriyojenik bir tüp içine yerleştirin. </li><li> Doku çözülmeden önce etiketlenmiş flakonu sıvı nitrojene yerleştirin. Proteinler ve / veya DNA analizi için örnekler kullanılacak olursa, ileride protein ekspresyonu ve DNA mutasyon analizi için saklanması için birkaç dakika içinde sıvı azot veya -80 ° C&#39;lik bir dondurucuya aktarılabilirler (aşama 4-5&#39;e bakınız) . NOT: Mohs sonrası örnekten bozulmamış RNA isteniyorsa, cryo-embedding aracı ortadan kaldırılırken numuneyi dondurulmuş tutmak önemlidir. Eğer aşırı dikkat edilmiyorsaBu adım, post-Mohs örneği, protein ve / veya DNA analizi için ayrılmış olmalıdır. </li></ol></li><li> Taze ANT İşleme <ol><li> Mohs kapanırken, Mohs cerrahından ANT alın. </li><li> SCC örneğinden (yukarıya bakınız) normal dokunun apikal tarafından hasat edildiği gibi eşit veya daha fazla ANT&#39;yi çıkarın ve etiketlenmiş bir 1.5 mL tüp içeren kültür ortamı (1: 1 DMEM karışımı: Ham&#39;s F- 12, 25 mM HEPES, 100 IU / mL penisilin ve 100 ug / mL streptomisin ile takviye edilmiştir) cımbız kullanılmıştır. </li><li> Dokuyu aynı kültür ortamına tamamen batırın ve sonraki işleme kadar 4 ° C&#39;de saklayın (4-6. Adımlara bakın). </li></ol></li></ol> 2. Kan, tükürük ve bukkal bez işleme <ol><li> Venetikap ile EDTA toplama tüplerinde yaklaşık 10 mL kan elde edin. </li><li> Kanı toplama tüplerinden steril 15 veya 50 mL santrifüj tüpüne aktarın. Kabarcıkları önleyerek yaklaşık 1.5 ml kriyojenik tüp içine yaklaşık 200 mcL çıkarın; Gerekirse, gelecekteki genotiplendirme ve doku uyumu için kullanılmak üzere bu tam kan örneğini -80 ° C&#39;de saklayın. <ol><li> Kalan kanları 30 dakika 1,000 xg&#39;de döndürün ve plazma fraksiyonunu toplamak için standart prosedürleri takip edin. </li><li> Plazmayı 1.5 mL kriyojenik tüplerde 1 mL&#39;lik artışlarla bölün ve ilerideki sıvı biyopsi analizlerinde kullanmak için -80 ° C&#39;de saklayın. </li></ol></li><li> Bukkal bir sürüntü örneği almak için steril bir süpürge kullanın ve svabı, oda sıcaklığında steril bir tüp içinde saklayın. </li><li> Gerektiğinde, bir tükürük örneği alın ve oda sıcaklığında steril bir tüp içinde saklayın. NOT: Gerektiğinde, bu numuneler gelecekteki genotiplendirme ve doku eşleştirmesi için kullanılabilir. </li></ol> 3. Örneklerin Kayıt Dengesi <ol><li> Hasta numunelerinin kontrol listesinden bilgileri biyorepository veri tabanına aktarın. Hasta bilgilerini ve mesajı ekleHasta çizelgesindeki nosis. </li><li> Her bir örnek için bir barkod ile etiket basın ve toplanan her numuneyi hasta verileri ile ilişkilendirmek için her birini veritabanına kaydedin. </li><li> Numuneleri araştırma laboratuarı&#39;na aktarmadan önce, tanımlanmamış numunelerin dağılımını biyo-yatıştırma veritabanında kaydedin. </li></ol> 4. Protein İzolasyonu ve Western Blot Analizi <ol><li> Her doku örneğini (SCC ve / veya ANT), dokuyu kirletmek için 100 mg doku için proteaz inhibitörleri ihtiva eden 500 μL hücre liziz tamponu ihtiva eden bir şişeye yerleştirin. NOT: 50 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl,% 0.5 sodyum deoksikolat,% 1.0 NP-40 ve% 0.1 SDS&#39;den oluşan bir radyoimünopresipitasyon testi (RIPA) tamponu kullandık. Diğer hücre liziz tamponları kullanılabilir. </li><li> Doku homojenize edici kullanarak 5 ° C&#39;de 20&#39;lik aralıklarla homojenize edin. Numuneleri 21,000 xg&#39;de ve 4 ° C&#39;de 20 dakika döndürün ve protein içeren süpernatanı yeni bir tüpe toplayınolmak. Aynı koşulları kullanarak süpernatantı tekrar döndürün ve nihai süpernatanı yeni bir tüp içine alın. </li><li> Elektroforez% 4-20 SDS-poliakrilamid gradyan jel kullanarak her bir örnekten 30-50 μg protein. İsterseniz, protein bantlarını görselleştirmek için jel Coomassie Blue ile lekelenir. </li><li> Eksprese edilen proteinlerin Western blot analizine ihtiyaç duyulursa, standart protokolleri izleyerek proteinleri jelden bir poliviniliden difluoride (PVDF) zarına aktarın. Aktarıldıktan sonra, Ponceau, arzu edilirse, protein bantlarını görselleştirmek için PVDF zarını lekeledi. </li><li> Standart protokolleri izleyerek ilgilenilen proteinleri tespit etmek için PVDF membranını ve probu bloke edin. Üreticinin Western blot analizi için önerilen konsantrasyonlarda birincil antikorlara özgü ilgili sekonder antikorlarla birlikte, ilgili protein (ler) e özgün birincil antikorları kullanın. </li><li> Problanmış membranı bir kemilüminesan substrat kullanarak maruz bırakın ve membranı bir imgeNg sistemi. </li></ol> 5. RNA İzolasyonu ve Nicel Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qPCR) <ol><li> Yeni doku örneklerini (SCC ve / veya ANT) bir RNA stabilizasyon çözeltisi içeren 1.5 mL&#39;lik bir tüpe yerleştirin ve post-Mohs doku örneklerini üretici önerileri izlenerek dondurulmuş bir doku geçiş çözeltisi içeren 1.5 mL tüp içine yerleştirin. Dokunun tamamen batırılmış olduğundan emin olun. Bu örnekleri kullanana kadar -80 ° C&#39;de saklayın. </li><li> RNA örneklerini -80 ° C&#39;den kaldırın ve buz üzerinde çözündürün. Doku, 50-100 mg doku başına 1 mL RNA ekstraksiyon tamponu (fenol / guanidin tiosiyanat) içeren yeni bir 1.5 mL tüp içine aktarın. </li><li> Bir doku homojenleştirici kullanarak dokuları Lyse. Altı döngü homojenizasyon işlemini takiben bir örnek soğutma periyodu uygulayın; Her çevrim 4 ° C&#39;de 20 s homojenleştirme ve 40 s&#39;lik bir soğutma periyodundan oluşur. Homojenizasyondan sonra, numuneyi oda sıcaklığında 5 dakika inkübe edin. </li><li> 0.2 ekleML kloroform, 1 mL RNA ekstraksiyon tamponu başına karıştırın ve tüp 15 saniye boyunca elle çalkalayın. Oda sıcaklığında 2-3 dakika inkübe edin. </li><li> Numuneleri 12,000 xg&#39;de ve 4 ° C&#39;de 15 dakika döndürün. Numunenin sulu fazını çıkarın ve yeni bir 1.5 mL tüp içine yerleştirin. </li><li> Adım 5.2&#39;de kullanılan RNA ekstraksiyon tamponunun her bir mL&#39;si için 0.5 mL% 100 izopropanol sulu faza ilave edin ve 10 dakika oda sıcaklığında inkübe edin. NOT: RNA verimi düşük olursa ( örn. Başlangıç ​​dokusu hacmi 10 mg&#39;dan az ise), numuneler gece boyunca -80 ° C&#39;de çökeltilebilir. Ek olarak, RNA verimini arttırmak için izopropanol çökeltme aşamasında 500 uL RNA ekstraksiyon tamponu başına 5 μg RNaz içermeyen glikojen eklenebilir. </li><li> Numuneyi 12,000 xg&#39;de 4 ° C&#39;de 10 dakika döndürün. Süpernatantı çıkarın ve 1 mL% 75 etanol ile topağı yıkayın. </li><li> Örneği kısaca vorteksleyin ve daha sonra 7,500 xg ve 4 ° &#39;de döndürünC, 5 dakika boyunca. Yıkamayı atın ve pelleti 5-10 dakika boyunca havayla kurutun. </li><li> RNaz içermeyen suyun 20 μL&#39;sinde RNA peletini tekrar süspanse edin. <ol><li> İstenirse, üreticinin tavsiyelerine göre bir RNA temizleme kiti kullanarak her RNA örneğini arıtın. NOT: Bu adım atılırsa, küçük RNA&#39;lar örnekten kaybolacaktır. </li></ol></li><li> RNA kalitesini analiz etmek için% 1.2 formaldehit-MOPS agaroz jel kullanarak 1 μg elektroforez numunesi. NOT: Alternatif olarak, numuneleri bir biyolojik analizci kullanarak analiz ederek bir RIN numarası 13 elde edin. </li><li> İlgilenen hedef mRNA&#39;ların (veya miRNA&#39;ların) qPCR analizi için bir ters transkripsiyon protokolünü kullanarak RNA&#39;yı cDNA&#39;ya tersine transkribe edin. </li></ol> 6. Doku İfade Kültürleri <ol><li> Kültürden önce eksize edilmiş dokuyu% 70 etanol içine daldırarak sterilize edin. </li><li> Doku bir slayt ya da tabağa koyun ve yeterli kültür ortamı ilave edin (1: 1 DMEM karışımı: Ham &amp; #(Dokunun kurumasını önlemek için)% 100 FBS, 25 mM HEPES, 100 IU / mL penisilin ve 100 μg / mL streptomisin ile desteklenmiş F-12 F-12). Doku bir bistüriyle parçalara (&lt;1 mm 3 ) dikkatle kesin. </li><li> Doku parçalarını 35 mm&#39;lik bir doku kültürü çanağına aktarın ve her parçanın üzerine yaklaşık 20 mcL fetal sığır serumu (FBS) ekleyin. </li><li> Çanağı, 20-30 dakika boyunca ya da neredeyse kurumuşa kadar bir kültür davlumbazında bırakın. </li><li> Her çanağa 1 mL kültür ortamı (1: 1 DMEM karışımı: Ham F-12,% 10 FBS, 25 mM HEPES, 100 IU / mL penisilin ve 100 μg / mL streptomis ile takviye edilmiş) ilave edin ve 37 ° &#39;de inkübe edin C,% 5 C02 içinde. Kültürleri alt kültür veya alt klonlama gerekirse. </li></ol>

<ol><li>Baker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biorepositories%3A+Building+better+biobanks%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Biorepositories: Building better biobanks.</a> Nature. 486, 141-146 (2012).</li>
<li>Ambrosone, C. B., Nesline, M. K., Davis, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishing+a+cancer+center+data+bank+and+biorepository+for+multidisciplinary+research%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Establishing a cancer center data bank and biorepository for multidisciplinary research.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 15, 1575-1577 (2006).</li>
<li>Baird, P. M., Gunter, E. W., Vaught, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26974264">Building a biobank.</a> Biopreserv Biobank. 14, 87-88 (2016).</li>
<li>National Cancer Institute. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://biospecimens.cancer.gov/practices">http://biospecimens.cancer.gov/practices</a> (2016).</li>
<li>Caixeiro, N. J., Lai, K., Lee, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+assessment+and+preservation+of+RNA+from+biobank+tissue+specimens%3A+a+systematic+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">Quality assessment and preservation of RNA from biobank tissue specimens: a systematic review.</a> J Clin Pathol. 69, 260-265 (2016).</li>
<li>Campbell, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+the+ISBER+best+practices+for+repositories%3A+Collection%2C+storage%2C+retrieval+and+distribution+of+biological+materials+for+research%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreserv+Biobank%22%5BJournal%5D)">Development of the ISBER best practices for repositories: Collection, storage, retrieval and distribution of biological materials for research.</a> Biopreserv Biobank. 10, 232-233 (2012).</li>
<li>Neumeister, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tools+to+assess+tissue+quality%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Biochem%22%5BJournal%5D)">Tools to assess tissue quality.</a> Clin Biochem. 47, 280-287 (2014).</li>
<li>Vaught, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+NCI+perspective+on+creating+sustainable+biospecimen+resources%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst+Monogr%22%5BJournal%5D)">An NCI perspective on creating sustainable biospecimen resources.</a> J Natl Cancer Inst Monogr. 2011, 1-7 (2011).</li>
<li>Fu, T., Aasi, S. Z., Hollmig, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Management+of+high-risk+squamous+cell+carcinoma+of+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Treat+Options+Oncol%22%5BJournal%5D)">Management of high-risk squamous cell carcinoma of the skin.</a> Curr Treat Options Oncol. 17, (2016).</li>
<li>Rasmussen, C., Thomas-Virnig, C., Allen-Hoffmann, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Classical+human+epidermal+keratinocyte+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Classical human epidermal keratinocyte cell culture.</a> Methods Mol Biol. 945, 161-175 (2013).</li>
<li>Purdie, K. J., Pourreyron, C., South, A. P. Cancer cell culture: Methods and protocols. , Humana Press. 151-159 (2011).</li>
<li>Berglund, S. R., Schwietert, C. W., Jones, A. A., Stern, R. L., Lehman, J., Goldberg, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+methodology+for+sequential+extraction+of+RNA+and+protein+from+small+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Optimized methodology for sequential extraction of RNA and protein from small human skin biopsies.</a> J Invest Dermatol. 127, 349-353 (2007).</li>
<li>Schroeder, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RIN%3A+an+RNA+integrity+number+for+assigning+integrity+values+to+RNA+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements.</a> BMC Mol Biol. 7, 1-14 (2006).</li>
<li>Cooper, H. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+glycosylation+of+MUC1+in+epidermolysis+bullosa-associated+and+sporadic+cutaneous+squamous+cell+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Expression and glycosylation of MUC1 in epidermolysis bullosa-associated and sporadic cutaneous squamous cell carcinomas.</a> Br J Dermatol. 151, 540-545 (2004).</li>
<li>Riihila, P. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complement+factor+H%3A+a+biomarker+for+progression+of+cutaneous+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Complement factor H: a biomarker for progression of cutaneous squamous cell carcinoma.</a> J Invest Dermatol. 134, 498-506 (2014).</li>
<li>Ha Lan, T. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+the+p40+isoform+of+p63+has+high+specificity+for+cutaneous+sarcomatoid+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">Expression of the p40 isoform of p63 has high specificity for cutaneous sarcomatoid squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 831-838 (2014).</li>
<li>Alomari, A. K., Glusac, E. J., McNiff, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((p40+is+a+more+specific+marker+than+p63+for+cutaneous+poorly+differentiated+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">p40 is a more specific marker than p63 for cutaneous poorly differentiated squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 839-845 (2014).</li>
<li>Qiao, B., Johnson, N. W., Gao, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial-mesenchymal+transition+in+oral+squamous+cell+carcinoma+triggered+by+transforming+growth+factor-beta1+is+Snail+family-dependent+and+correlates+with+matrix+metalloproteinase-2+and+-9+expressions%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma triggered by transforming growth factor-beta1 is Snail family-dependent and correlates with matrix metalloproteinase-2 and -9 expressions.</a> Int J Oncol. 37, 663-668 (2010).</li>
<li>Vaught, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developments+in+biospecimen+research%5BTitle%5D)+AND+%22Br+Med+Bull%22%5BJournal%5D)">Developments in biospecimen research.</a> Br Med Bull. 114, 29-38 (2015).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Yazarın bilgisine göre, bu protokol, kutanöz doku örneklerinin hem maliyet açısından hem de hızlı bir yaklaşımla klinik olarak tedarik edilmesine odaklanan türünün ilk örneğidir. Mohs mikrocerrahisi geçiren hastalar, genellikle belirli zaman dilimlerinde planlanır ve toplama işlemi bu sürelerle sınırlıdır. Numune toplama işlemi, hasta bakımında görev alan tıbbi asistandan, tümör numunelerini işleyen Mohs histotechnologist&#39;ten ve numune girişini ve kan işlemeyi yürüten belirlenmiş bir laboratuar çalışanı çaba gerekti...

Kanser ve biyolojik belirteç araştırması, kaliteli insan dokusu örnekleri tedarikine dayanır ve sınırlı arz araştırmayı engelledi 1 , 2 . Pek çok dermatolojik çalışma, insan dokusunun kullanımı ile ilişkili yetersiz tedarik, değişken kalite ve maliyetlerle sınırlandırılmıştır. Büyük, özel bir biyobank kurma maliyetinin yaklaşık olarak 2 milyon dolar 3 olduğu tahmin edilmektedir ve bu maliyetler insan dokusunun kullanımını bir çok araştırmacıdan uzak tutmaktadır. Ayrıca, araştırma örnekleri üretme ve saklama süreci, klinik işlemleri etkileme ve dikkatli bir şekilde yürütülmemesine rağmen hasta bakımını erteleme riskini beraberinde getirir. Önerilen en iyi uygulamaları ve örnek validasyonunu takiben deri kanseri örneklerine odaklanan maliyet etkin, kliniğe dayalı bir biyorepositoryum oluşturulmuştur. 4 , 5 , 6 . <pClass = &quot;jove_content&quot;&gt; Bu protokol, skuamoz hücreli karsinomayı (SCC), bazal hücre karsinomasını (BCC) ve melanoma cilt kanserlerini çıkarmak için büyük miktarda Mohs mikrografi ameliyatı gerçekleştiren bir dermatoloji kliniğinde geliştirildi. Bu hasta popülasyonundan gönüllü bağışçılar işe alınabilir. Tedaviyi geciktirmeden muvaffakiyetli hastalardan doku ve kanları hızla yakalamak için toplanma sahasında biyorepositoryumun kurulması önemlidir. Aynı klinikteki örnekleri toplamak, toplama tekniklerindeki değişiklikleri en aza indirir ve numunelerin kalitesindeki farklılıkları en aza indirir ve bu da akışaşağı uygulamalar için sorun yaratabilir 7,8. Mohs mikrografik cerrahi tekniğinin amacı, tüm kanser dokularının mümkün olduğunca sağlıklı dokusu muhafaza ederken çıkartılmasını sağlamaktır. Prosedür, tümör dokusunun ince tabakalarının kademeli olarak çıkarılmasını içerir. Ardışık her katman onunTüm kanser dokusunun ortadan kaldırılıp kaldırılmadığını belirlemek için bir dermatolog tarafından tolojik olarak incelendi (tümör dokusunun kriyoteksiyonundan sonra ve H &amp; E boyaması uygulandıktan sonra). Dokuların müteakip katmanlarının eksizyonu ve muayenesi, hasta ofiste kalırken yapılır. Bu teknik SCC 9 için en iyi tedavi seçeneği olarak kabul edilmektedir. Bu noktada, yara kapanır ve iyileşme ve kozmetik görünümü iyileştirmek için bitişik normal doku (ANT) sıklıkla eksize edilir. Bu nedenle, bir tümörü çıkarmak için bu cerrahi prosedür, gelecekteki çalışmalar için histolojik olarak karakterize edilmiş doku toplamak için ideal bir şekilde uygundur. Tümör dokusunun, bitişik normal doku, tükürük ve kan numunelerinin elde edilmesi için tedarik prosedürü, normal personel görevleri üzerinde en az etkiye sahip olacak şekilde tasarlanmıştır ( Şekil 1 ). Tıbbi asistanlar, hastayı prosedüre hazırlarken kan çeker. Mohs prosedürünü tamamladıktan sonra, M<html> Ohs histotechnologist, numunenin ek histolojik slaytlarını hazırlar ve dokuyu biorepositoryale aktarır. Biyorepositoryumun kurulmasıyla ilgili maliyetler kriyoprezervasyon dondurucularının satın alınması, mütevazı klinik laboratuar alanının oluşturulması ve bir envanter izleme programının geliştirilmesini içerir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig1.jpg" /> Şekil 1: Numune toplama ve sorumlu personel sırası. Hasta muayenesi ve hasta onayının alınması üzerine tıbbi yardımcısı bukkal bir sürüntü toplar ve kan çekişi yapar. Dermatolog ve tıbbi asistan daha sonra tümörü çıkarır ve yarayı kapatır, bu sırada sırasıyla SCC ve ANT numuneleri toplanır. Özel bir laboratuar teknisyeni kanı işler ve SCC ve ANT örneklerini doku kültürü, korunması ve biyorepositoryale girmesi için keser.Ftp_upload / 55583 / 55583fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Bu figürde daha büyük bir versiyon görmek için lütfen tıklayınız. Toplanan numunelerin çeşitliliği, çeşitli deneysel yaklaşımlar sağlar ( Şekil 2 ). Hastadan toplanan numuneler bukkal svablar (gerekirse tükrük de toplanabilir), tam kan ve eksize edilen doku. Genetik ve doku eşleştirmesi için bukal svaplar ve tam kan örnekleri işlenmeksizin kaydedilir. Tam kan, gelecekteki analizler için beyaz kan hücresi (WBC) ve plazma fraksiyonlarına ayrılır. Mohs işlemesinden sonra, dondurulmuş tümör direkt olarak sıvı azota yerleştirilir ve -80 ° C&#39;lik bir dondurucuya aktarılır. Taze, canlı tümör dokusu ve ANT numuneleri önceki tekniğin 10,11 tadilatları kullanılarak kültürlenir ve daha sonra dondurularak saklanır. Tahsilat sırasında, her numune tipinin numarası, girişe başlamadan önce bir elektronik tablo üzerine kaydedilir.<html> Doğru işlemeyi kolaylaştırmak için envanter izleme programı ( Tablo 1 ). <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig2.jpg" /> Şekil 2: Klinik temelli biyorepositoryal örneklerin toplanması ve işlenmesinin ana hatları. Bukkal bir çubuk ve kan örneği hastadan toplanır ve aşağı akım genotiplendirme ve doku uyumu için saklanır. Tam kan, beyaz küre hücresi (WBC) izolasyonu ve CTC analizi için ve ayrıca plazma toplama ve sıvı biyopsi analizi için işlenir. Mohs işlemi sırasında eksize edilen doku, tanı amaçlı olarak histolojik olarak işlenir ve bundan sonra histolojik slaytlar, daha ileri immünohistokimyasal analizler için deneysel olarak kullanılabilir. Kesilen doku örneğinin yeterince büyük olması koşuluyla, taze dokuların bir kısmı çıkarılır ve protein ve RNA izolasyonu için ve kültürlenmiş hücre hatlarının kurulması için kesitlendirilir.55583 / 55583fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Bu figürde daha büyük bir sürümünü görmek için lütfen tıklayınız. <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> Koleksiyon Tarihi: </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td> Hasta 1 </td><td> Hasta 2 </td><td> Hasta 3 </td><td> Hasta 4 </td><td> Hasta 5 </td></tr><tr><td> Baş harfleri ve doğum tarihleri </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Göz rengi </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Örnek Türü </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Örnek Konum </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tükürük </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> WDelik kan </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Plazma </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tümör geçerli </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Doku Normal Normal </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tümör Mohs Sıvı Azot </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Doku Normal Sıvı Azot </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Slaytlar </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 1: Örnek koleksiyonları kaydetmek için kontrol listesi. Toplanan her numuneyle birlikte izlenen ve kaydedilen veriler hasta baş harfleri, doğum tarihleri ​​ve göz renginin (cilt tipi için) yanı sıra yereldirOn numune çıkarma. Toplanan tükürük numuneleri, kan alma hacimleri ve canlı ve korunmuş doku numunelerinin sayısı, daha sonraki kullanımlara tahsisler için referans olarak kaydedilir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55583/Table1.xlsx">Bu dosyayı indirmek için lütfen tıklayınız.</a> Numune toplama prosedürlerini doğrulamak için, her numune türü, aşağı akışlı uygulamalarda test edilmiştir. Önceki tekniklerin modifikasyonlarını kullanarak, tümör ve ANT, protein ve RNA izolasyonunda başarıyla kullanılmıştır ve potansiyel olarak DNA izolasyonu için kullanılabilir. Doku kesitlerinden kurulan canlı eksplantlar mikroskopi ile değerlendirilirken, depolanmış histolojik slaytlar immünohistokimya ve immünofloresan için kullanılmıştır. Burada açıklanan protokolü izleyerek, bu modeli diğer dermatoloji kliniklerine, diğer tümör tiplerine (melanom gibi) genişletmek mümkündür., Ve diğer cerrahi spesiyaliteleri ve uygulamaları, insan kanserlerine yönelik çok yönlü araştırmalar için insan dokusu örnekleri sağlamak için kullanılmıştır. Bu protokolün ufak değişiklikler muhtemelen diğer uygulamalar için gereklidir, ancak ilke olarak, bu protokol hasta muamelesi sırasında toplanan hasta örneklerini düzenli olarak atan herhangi bir cerrahi uygulama için geçerlidir.

<table><tbody><tr><td>BD Vacutainer K3EDTA'lı Plastik Kan</td><td>Alma Tüpleri ThermoFisher Scientific</td><td>02-685-2B</td><td></td></tr><tr><td>Elektron Mikroskobu Bilimleri Çift Kenarlı</td><td>Bıçaklar ThermoFisher Scientific</td><td>50-949-411</td><td></td></tr><tr><td>Kavisli Orta Nokta Genel Amaçlı Forseps</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>16-100-110</td><td></td></tr><tr><td>Premium Mikrosantrifüj Tüpleri</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-138</td><td></td></tr><tr><td>Lonza Walkersville KGM Keratinosit Ortamı</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NC9791321</td><td></td></tr><tr><td>Elektron Mikroskobu Bilimleri Doku TEK OCT Bileşik</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-363-579</td> Leica CM1950 <td></td></tr><tr><td>Kriyostat</td><td>Leica Biosystems</td><td>14047743909</td><td></td></tr><tr><td>Buzlu Mikroskop Slaytları</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-550-343</td><td></td></tr><tr><td>Shandon Hızlı-Krom H & E Dondurulmuş Kesit Boyama Kiti</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>99-900-01</td><td></td></tr><tr><td>Nalgene Uzun Süreli Depolama Kriyojenik Tüpler</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>03-337-7X</td><td></td></tr><tr><td>Falcon 15 mL Konik Santrifüj Tüpleri</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td></td></tr><tr><td>Boca Scientific BuccalT-Swab&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NC9679349</td><td></td></tr><tr><td>Hücresi Sinyalizasyon Teknolojisi 10x RIPA Tamponu</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-195-822</td><td></td></tr><tr><td>Durdurucu Proteaz ve Fosfataz İnhibitör Kokteyli</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>PI78443</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 5424R Mikrosantrifüj</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-401-203</td><td></td></tr><tr><td>Pelet Morter Kablosuz Homojenizatör</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-141-3</td><td></td></tr><tr><td>RNAse İçermeyen Pelet Havaneli</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>121-141-364</td><td></td></tr><tr><td>Forma SteriCycle CO2 İnkübatörü</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>13-998-089</td><td></td></tr><tr><td>HyClone Fetal Sığır Serumu</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>SH30071.02</td><td></td></tr><tr><td>Gibco Gelişmiş DMEM/F-12</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-634-028</td><td></td></tr><tr><td>Gibco Penisilin-Streptomisin</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15140148</td><td></td></tr><tr><td>Gibco 1 M Hepes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15-630-130</td><td></td></tr><tr><td>Nunc Hücre Kültürü 35 mm Havalandırmalı</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>1256591</td><td></td></tr><tr><td>Anti-CFH monoklonal antikor klonu OX-24</td><td>Abnova</td><td>MAB12583</td><td></td></tr><tr><td>Anti-p40 (p63 delta) antikor</td><td></td><td>Abnova ABX-144A</td><td></td></tr><tr><td>Anti MUC-1 antikoru</td><td>Santa Cruz Biotech</td><td>sc-7313</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Salyangoz + Sümüklü böcek (fosfo S246)</td><td>Abcam</td><td>Ab63568</td><td></td></tr><tr><td>Keçi anti-tavşan IgG, Alexa Fluor 488</td><td>Invitrogen</td><td>A-11034</td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 568 Phallodin</td><td>Moleküler Problar&nbsp;</td><td>A12380</td><td></td></tr><tr><td>ProLong DAPI Moleküler Problu Altın Antifade Mountant</td><td>&nbsp;</td><td>P36941</td><td></td></tr><tr><td>Zeiss Axio Imager Z1 Axiocam kameralı</td><td>mikroskop Zeiss</td><td>4300009901</td><td></td></tr><tr><td>Olympus IX51 DP72 kamera ile faz kontrastı</td><td>Olympus</td><td>IX511F3</td><td></td></tr></tbody></table>

kliniğe dayalı biyorepositoryum kurulması

Establishment of a Clinic-based Biorepository

Cilt kanseri insidansı (skuamöz hücreli karsinoma, bazal hücreli karsinom ve melanoma gibi) son birkaç yıldır artmaktadır. Biyomedikal araştırma çalışmaları için kutanöz tümör örnekleri için paralel bir talep olması bekleniyor. Bununla birlikte, klinik operasyonları etkilemeyen klinik örneklerin elde edilmesi için mevcut bir biyorepositoryasyonun sağlanması ve protokol eksikliğinden dolayı doku kullanılabilirliği sınırlıdır. Bir protokol, bir Mohs ameliyatı günü rutin klinik prosedürleri üzerinde en az etkili olan kutanöz tümör ve ilişkili kan ve tükürük numunelerini toplamak ve işlemek üzere oluşturulmuştur. Tümör örnekleri toplanır ve biyopside kanıtlanmış kutanöz habisler için ilk Mohs cerrahisi uygulanan hastalardan Mohs histotechnologist tarafından işlenir. Bitişik normal doku, cerrahi kapanma anında toplanır. Toplanan diğer numuneler tam kan ve böcek svaplarıdır. Normalde atılan doku örneklerini kullanarak, klinikte laboratuar ortamına göre ayarlanarak birkaç önemli avantaj sunan bir biyorepositoryum oluşturuldu. Bunlara, çok çeşitli toplanan numuneler dahildir; Patoloji raporları da dahil olmak üzere tanımlanmamış hasta kayıtlarına erişim; Ve tipik bağışta bulunanlar için, takip ziyaretleri sırasında ilave örneklere erişim.

Tümör ve ANT, protein izolasyonunda başarıyla kullanılmış ve Western blotlama ile test edilmiştir. Şekil 3&#39;te gösterildiği gibi, klinik tabanlı biyo-yatıskınımızda toplanan ve saklanan hasta numunelerinde kutanöz skuamoz hücre karsinom belirteçleri (Muc1 14 , FHL-115 ve p40 16 , 17 ) tespit edilebilir. <img alt="Şekil 3" src=...

Kutanöz tümörler genellikle Mohs mikrografik ameliyattan sonra atılır. Klinik destek personelinin klinik operasyonlara müdahale etmeden, aşağısındaki laboratuvar uygulamaları için kutanöz tümörün ( örn., Skuamöz hücreli karsinoma, bazal hücreli karsinoma ve melanom) örneklerini etkili bir şekilde işleyip saklayabilmesini sağlayan bir protokol açıklanmaktadır.

Kliniğe Dayalı Biyorepositoryum Kurulması

The incidence of skin cancer (e.g., squamous cell carcinoma, basal cell carcinoma, and melanoma) has been increasing over the past several years. It is ...

Bu protokolün genel amacı, bir dermatoloji pratiğindeki klinik destek personelinin, rutin klinik işlemleri aksatmadan, deri tümörü örneklerini sonraki laboratuvar uygulamaları için etkili bir şekilde işlemesini ve saklamasını sağlamaktır. Bu protokol, tıbbi asistanların ve Mohs histoteknisyenlerinin, günlük klinik operasyonlarının bir parçası olarak, gelecekteki biyomedikal araştırma projeleri için deri tümörü örnekleri toplamalarını ve saklamalarını sağlamak amacıyla tasarlanmıştır. Bu protokolün temel avantajı, normalde atılan ve imha edilen eksize dokuların, rutin klinik işlemleri asgari düzeyde etkileyen prosedürler kullanılarak araştırma için toplanması ve korunmasıdır.Toplanan örneklerin çeşitliliği, doku ve plazma örneklerindeki protein ve RNA biyobelirteçleri ile hasta sonuç verileri arasında korelasyonlar kurulmasına olanak tanır. Prensip olarak bu protokol, üzerinde küçük değişiklikler yapıldıktan sonra, hasta tedavisi sırasında toplanan hasta örneklerini rutin olarak atan her türlü cerrahi uygulama için uygundur. Prosedürü, bir Mohs histoteknisyeni olan Stefani Fawks ve kliniğimizdeki bir araştırma görevlisi olan Dr. Mitchell Manway uygulamalı olarak gösterecekler.Başlamak için, Mohs cerrahından alınan dokuyu kullanın ve bir bistüri yardımıyla dokunun apikal tarafının merkezinden 10 ila 50 milligramlık bir örnek kesin. Cımbızla, canlı dokuyu kültür ortamı ile önceden doldurulmuş, etiketli 1.5 milliliterlik bir tüpe aktarın. Dokunun tamamen ortamın içine daldığından emin olun.Örneği bir buzdolabına yerleştirin ve ileri işlemden önce 24 saatten fazla olmamak kaydıyla 4 °C'de saklayın. Tümör örneği yeterince büyükse ve bu işlem rutin Mohs işlemine engel olmayacaksa, eksize edilen dokunun apikal tarafından en az 10 mm³ doku parçası alın. Ardından, işlenmemiş kalan tümör örneğini bir kriyostat doku tutucuya yerleştirin.Histolojik lamlar hazırlamak için dokuyu optimal kesme sıcaklığı bileşiğine (OCT) gömün ve tutucu içinde dondurun. Bir kriyostat kullanarak dokuyu yedi mikron kalınlığında kesitler halinde kesin ve bir lam üzerine en fazla üç kesit yerleştirin. Kesit alma işleminden sonra, lamları bir ila iki saniye boyunca asetona daldırarak dokuyu sabitleyin.Ardından, lamların havada kurumasına izin verin. Kalan örneği kriyostat haznesinde tutarak, dokuyu kriyojenik gömme ortamından ayırın ve etiketli bir kriyojenik tüpe aktarın. Etiketli tüpü derhal sıvı azota transfer edin.Mohs işleminin ardından dokunun kriyoviyale aktarımı, -20 °C'lik kriyostat bölmesinde gerçekleştirilmelidir. Bu adım doğru şekilde uygulandığında ve doku donmuş halde tutulduğunda, Mohs sonrası doku örneklerinden RNA'nın başarıyla ekstrakte edilmesini sağlayacaktır. Ardından, Mohs cerrahından komşu normal doku örneği temin edin.Komşu normal dokunun apikal tarafından bir örnek kesin. Ardından, cımbız kullanarak kesilen örneği kültür ortamı ile doldurulmuş etiketli bir 1.5 mililitre tüpe aktarın. Dokuyu aynı kültür ortamına daldırın.Uygun bir numune torbasına yerleştirin ve sonraki işleme kadar 4 °C'de saklayın. EDTA kaplı toplama tüplerine yaklaşık 10 mL venöz kan alın. Kan örneklerini steril bir 15 mL santrifüj tüpünde birleştirin.Ardından, kabarcık oluşmamasına dikkat ederek kan örneğinin yaklaşık 1 ml'sini 1,5 ml'lik bir kriyojenik tüpe aktarın. Bu tam kan örneğini, sonraki genotipleme ve doku eşleştirme işlemlerine kadar -80 °C'de saklayın. Daha sonra, kan plazması elde etmek için kalan kan örneğini 1000 ×g'de 30 dakika boyunca santrifüjleyin.Santrifüj işleminden sonra, plazmayı toplayın ve 1,5 ml'lik kriyojenik tüplere birer mililitrelik alikotlar halinde bölün. Örnekleri, gelecekteki sıvı biyopsi analizlerinde kullanmak üzere -80 °C'de saklayın. Hasta çizelgesinden alınan hasta bilgileri ve tanıyla birlikte, hasta örnekleri kontrol listesindeki verileri biyorepozituvar veri tabanına girin.Son olarak, kimliksizleştirilmiş örneklerin konumunu biyobanka veri tabanına kaydedin ve örnekleri araştırma laboratuvarına taşıyın. Hemen ardından, dokuların tamamen daldırıldığından emin olarak, doku örneklerini uygun ekstraksiyon çözeltileriyle önceden doldurulmuş 1,5 mililitrelik tüplere aktarın. Örnekleri daha fazla işlem yapılana kadar -80 °C'de saklayın.Burada, bitişik normal doku ve bir tümör örneği için elde edilen bilinen skuamöz hücreli karsinom belirteçleri olan müsin bir, FHL-bir ve p40'a ait temsili Western blot görüntüleri sunulmuştur. Mohs örneklerinden izole edilen RNA'nın kalitesi önce jel elektroforezi ile, ardından RNA bütünlük analizi ile değerlendirilmiştir. Normal ve tümör örnekleri için elde edilen RNA bütünlük numarası değerleri, yüksek kaliteli ve bozulmamış RNA elde edildiğini göstermektedir.Tümör ve normal hasta dokularından alınan temsili RNA örnekleri için bantların sitometri profilleri, floresan birimleri ile nükleotid sayısı olarak grafiğe dökülmüştür. Bir skuamöz hücreli karsinom doku eksplantı faz kontrast mikroskopisi kullanılarak görüntülenmiş ve alt kültüre alınabilecek veya gelecekteki hücre hattı geliştirme çalışmaları için kullanılabilecek, keratinosit ve fibroblastlardan oluşan karma bir kültür olduğu gösterilmiştir. Son olarak, skuamöz hücreli karsinom doku kesitlerinde, epitelden mezenkime geçiş belirteci için pozitif boyanma gösterilmiştir.Bu protokolde uzmanlaşıldığında, doğru şekilde uygulandığı takdirde klinik personelin standart iş akışı 30 dakikanın altına inecektir. Adımların çoğu, hasta bakımı tamamlandıktan sonra mevcut klinik personel tarafından gerçekleştirilir. Bu protokol uygulanırken, örnekleri hastanın geçmişi ve tanısıyla ilişkilendirerek doğru kayıt tutmak önemlidir.Bu bilgiler genellikle sonraki uygulamalar için gerekli olduğundan, bu teknik, dermatoloji alanındaki araştırmacıların skuamöz hücreli karsinomlar ve melanomda sıvı biyopsiler ve biyobelirteçler geliştirmesinin önünü açmaya yardımcı olacaktır. Bu videoyu izledikten sonra, günlük uygulamaの一 parçası olarak elde edilen deri kanseri örnekleri için klinik tabanlı bir biyobanka sisteminin nasıl kurulacağı konusunda iyi bir anlayış kazanmış olmanız gerekir.

establishment-of-a-clinic-based-biorepository

Research

JoVE Journal

Medicine

Tıp

İnce bağırsak kriptlerinden insan enteroidlerini ve hem cerrahi dokudan hem de biyopsilerden toplanan kolon kriptlerinden kolonoidleri oluşturmak için bir yöntem tarif ediyoruz. Bu metodolojik makalede, insan enteroidlerinin ve kolonoidlerinin başarılı bir şekilde büyümesi ve sürdürülmesi için gerekli olan kültür modalitelerini sunuyoruz.

Tüm Doku ve Biyopsi İnsan Epitelyal Enteroids ve Colonoids kurulması

Bu yöntem, radikal prostatektomi sonrası biyobankacılık dokusunda örnekleme prosedürlerini yönlendirmek amacıyla prostat kanseri hastaları için klinik tanı salk›r›m verilerinin kullan›m›n› kapsamaktadır. Bu, daha geniş bir akış aşağı uygulama yelpazesi için taze dokunun verimliliği ve kullanılabilirliği etrafında daha önce yayınlanmış yöntemlerle ilgili sorunların üstesinden gelir.

Prostat Kanseri Biyobankacılık Için Örnekleme Prosedürleri Kılavuzu manyetik rezonans görüntüleme ve biyopsi verilerinin kullanımı

Aşağıdaki çalışmada, kolorektal ve pankreas kanserinden oluşan büyük bir biyobankanın kurulması için gerekli ardışık adımları açıklıyoruz.

Yaşayan Bir Biyobankanın Oluşturulması ve Bakımı - Nasıl Yaparız

Biyobankalar biyomedikal araştırmalar için çok önemli kaynaklardır ve Avrupa Onkoloji Enstitüsü'ndeki Translasyonel ve Dijital Tıp Birimi için Biyobanka bu alanda bir modeldir. Burada, biyobankaların farklı insan biyolojik numunelerinin yönetimi için standart çalışma prosedürlerinin ayrıntılı bir açıklamasını sunuyoruz.

Translasyonel Tıp için Biyobanka: Optimal Numune Yönetimi için Standart Çalışma Prosedürleri

Bu protokol, radikal prostatektomi örneklerinden örneklerin toplanmasını kolaylaştırmak için bir yöntemi tanımlar. Amaç, örneklerden alınan doku örneklerini bir Biyobankada saklamadan önce anatomopatolojik kriterlere dayalı olarak haritalamak, karakterize etmek ve mikro-makro diseksiyon yapmaktır.

Geliştirilmiş Örnekleme Tekniği ve Histolojik Karakterizasyon ile Prostat Tümörü Biyobankacılık Güvenilirliğinin Artırılması

Bu protokol, proteomik, metabolomik ve glikomikler dahil olmak üzere moleküler aşağı akış analizleri için yüksek kaliteli insan sulu mizah ve vitreus sıvı biyopsilerinin standartlaştırılmış toplanması, ek açıklama ve biyobankacılığı için entegre bir biyodepo platformu sunmaktadır.

Moleküler Analizler için İnsan Sulu ve Vitröz Sıvı Biyopsilerinin Biyobankacılığı

Bu protokol, farklı hastalık evrelerinden yumurtalık kanseri organoidlerinin oluşturulması için sistematik bir çerçeve sunar ve verimi artırmak ve sonraki uygulamalar için sağlam uzun vadeli genişleme sağlamak için hastaya özgü değişkenliğin zorluklarını ele alır. Doku işleme, tohumlama, ortam gereksinimlerini ayarlama ve immünofloresan boyama için ayrıntılı adımlar içerir.

Yumurtalık Kanseri Organoidlerinin Biyobankacılığı Stratejisi: Histolojik Alt Tipler ve Hastalık Evrelerinde Hastalar Arası Heterojenliğin Ele Alınması

Bu makale, biyobankacılık, kişiselleştirilmiş tıp ve diğer araştırma uygulamaları için faydalarını optimize etmek üzere tasarlanmış meme kanseri örneklerinin toplanması için ayrıntılı bir protokol sunmaktadır. Meme biyopsisi ve mastektomi prosedürleri de dahil olmak üzere numune toplama iş akışı, doku hasarını en aza indirmeye ve numune kalitesini en üst düzeye çıkarmaya odaklanarak ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

Meme Biyopsisi ve Mastektomi Örnek Toplama İşlemlerinin Biyobankacılık, Kişiselleştirilmiş Tıp ve Araştırma Uygulamaları için Optimizasyonu

Birincil invaziv kadavradan mesane kanseri zenograftlarını aşılamak için kurulan teknik laparotomi ve mesane seferberlik gerektirir. Bu prosedür, fareler üzerinde önemli morbidite uğratan teknik açıdan zor ve zaman alıcıdır. Bu nedenle perkütan yaklaşım ultrason rehberlik kullanarak, yüksek hassasiyet geliştirdi.

Kemirgen Ortotopik Mesane ksenogratflarının Minimal İnvaziv kurulması

Üriner sistem enfeksiyonlarını (İYE) modelleme yeteneği, bakteriyel patogenezi anlayabilmek ve yeni terapötiklerin geliştirilmesini sağlayabilmek için çok önemlidir. Bu çalışmanın amacı, insanlarda görülen bulguları özetleyen ve tahmin eden deneysel İYE ve kateterle ilişkili İYE'nin fare modellerini göstermektir.

Fare Modelinde Kuruluş ve İYE ve CAUTI Karakterizasyonu

Keşfedin, dermatoloji kliniğinde atılan deri tümörü örneklerini araştırma için nasıl toplanır ve saklanır. Bu yöntem, klinik iş akışını bozmadan biyobelirteç çalışmalarına olanak tanır.

Kliniğe Dayalı Biyorepositoryum Kurulması

Daha fazla video keşfet