Name: Sıçan Memesi Bezinde Dallanma Yoğunluğunun Nicelleştirilmesi Sholl Analiz Yöntemini Kullanarak Bütünüyle Tutturulur (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-07-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 2 s
Description: Öğrenin, sıçan memesi bezinde dallanma yoğunluğunu ve azalmasını Sholl analiziyle nicel olarak değerlendirmeyi. ImageJ kullanarak objektif ve tekrarlanabilir ölçümler elde edin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarlar, bu yöntemin geçerliliğine katkıda bulunmak için Dr. Michael Easterling&#39;i (Sosyal ve Bilimsel Sistemler, Inc., Durham, NC) ve Dr. Tiago Ferreira&#39;nın (McGill Üniversitesi, Montreal, Quebec, Kanada) daimi olarak çalışmasını onaylamak ister. Sholl uygulamasıyla ilgili yardım.

Bu çalışma için kullanılan tüm hayvan kullanımı ve prosedürleri, NIEHS Laboratuar Hayvan Bakımı ve Kullanım Komitesi tarafından onaylanmış ve Laboratuar Hayvan Bakıcılığının akredite edilmiş bir kuruluşunun Değerlendirilmesi ve Akreditasyonu için bir Kuruluşta yürütülmüştür. 1. Muayene Meme Bezleri <ol><li> Tüm slaytları ksilol geçirmez bir yöntem kullanarak önceden etiketleyin (kalem en iyi sonucu verir). Etiketi korumak için sonuna montaj çözeltisi ile örtün. </li><li> Hayvanı Kurumsal Hayvan Bakımı ve Kullanım Komitesi tarafından onaylanmış yöntemi kullanarak euthanize edin. </li><li> Ötenazi bittikten sonra, hayvanı bir diseksiyon tahtası üzerine sırtına yerleştirin ( Şekil 1 ). Arka kollar ters V (tutma iğneleri veya küçük iğne iğneleri iyi çalışır) ile dört uzuvun tümünü gerin ve pimleyin. </li><li> Saçları meme örneğinden uzak tutmak için karnın% 70 etanol ile bolca püskürtülmesi. </li><li> Forseps kullanarak, orta hatta karın cildi yukarı çekin ve ile küçük bir kesi yapmakMakasla diseksiyon yaparak, peritonun delinmemesine dikkat edin. <ol><li> İnsiziteden başlayarak, cildi boyun bölgesine kadar ve daha sonra ön ekstremiteye kadar kesiniz. Kasıktaki bölgeye kesin ve aynı taraftaki arka eklemin birinci eklemine kadar uzaklaşın; Bu kesi genellikle meme bezlerini 5 ve 6&#39;yı ayırır. Periton kesilmesinden kaçının. </li><li> Makasları kesmenin kör ucunu kullanarak nazikçe peritondan ayıran, forseps kullanarak bağlı meme yağ padi ile cildi geri çekin. Bildiğim kadarıyla dorsal mümkün olduğunca tamamen deri altındaki inguinal meme bezlerinde inci 4. ve 5. ortaya çıkarmak için ayırın; Cildi diseksiyon tahtasına tutturun ( Şekil 2 ). </li><li> Yavaşça kavisli bir forseps yuvarlatılmış yan kenarı ile 5. bezinin meme dokusu kavrayarak yavaşça nick için bezi veya cilt dikkat ederek, deriden uzak bezi kesin. </li><li> Döşeme işlemine devam et,4 ve 5. bezleri tamamen deriden kaldırılana kadar dorsal hareket ettirilmesi. Sholl analizi için başlangıç ​​noktası olarak görev yaptığı için bezin geri kalan kısmı ile emzik bölgesinin kaldırıldığından emin olun. Meme dokusunu, bezine 4 bağlandığı vücudun dışına kesin. </li></ol></li><li> Bez bezden çıkarıldıktan sonra, eşit derecede elektrostatik yüklü, 25 mm x 75 mm x 1 mm mikroskopik bir slayt üzerine serin ve cilde temas ettiği tarafı aşağıya bakacak şekilde yerleştirin. NOT: Yaşlı veya emzikli hayvanların bezleri için 51 x 75 x 1 mm&#39;lik bir kayma gerekebilir. </li><li> Eldiven takarken, hava kabarcıklarını yavaşça sıkıştırın. Bezi bir plastik parafin film ve başka bir mikroskop lamı ile kapatın ve bezi slayta yapıştırmak için sıkıştırın. NOT: Su ile dolu 50 mL&#39;lik konik bir tüp uygun bir ağırlık olarak işlev görür. Sürgüye uymak için gereken süre, bezin kalınlığına bağlıdır. İnce, postnahTal günde (PND) 4 bez en az 30 dakika sıkıştırılmalıdır; kalın, yetişkin bezleri ise 2-5 saat kadar sürebilir. </li></ol> 2. Meme Tam Montajları Hazırlayın <ol><li> Kaynatma ve soğutma gerektiren karmin alum çözeltisini en az 24 saat önceden hazırlayın. <ol><li> Kırmızı alum 1 g damıtılmış su, 500 mL, alüminyum potasyum sülfat, 2.5 g (alk (SO4) 2 • 12H 2 O) çözündürülür ve 1 L&#39;lik bir şişede, 20 dakika daha kaynatılır. Damıtılmış su kullanarak son hacmi 500 mL&#39;ye getirin. </li><li> Çözeltiyi bir vakum altında filtre kağıdından süzün ve saklama için soğutun. NOT: Carmine şap çözeltisi tekrar kullanılabilir ancak renk sönmeye başlarsa atılmalıdır. </li></ol></li><li> Sabitlemeden önce, bezin slayttan çekilmemesine dikkat ederek parafin filmini bezden soyun. Slaytları bir cam sürgü boyama kavanozuna yerleştirin ve fiksatif maddeye (% 100 etan) daldırınOl, kloroform ve glasiyal asetik asit 6: 3: 1 oranda) 12-48 saat süreyle salgılandı ve bezlerin kalınlığına bağlı olarak azaltıldı. </li><li> Sabitleyiciyi boşaltın ve 15 dakika boyunca% 70 etanol bezlerini ıslatın. Etan solüsyonunun 1 / 3&#39;ünü dökerek ve damıtılmış suyla değiştirerek bezlerini yavaş yavaş su haline getirin. 5 dakika boyunca ıslatın. Bu işlemi üç kez tekrarlayın. </li><li> Son durulamadan sonra, tüm etanol / su solüsyonunu boşaltın ve% 100 damıtılmış su ile değiştirin. Bezleri 5 dk bekletin. </li><li> Damıtılmış suyu boşaltın ve bezleri karamin alum çözeltisine batırın. Kalınlığa bağlı olarak bezleri 12-24 saat boyunca boyayın. NOT: Bezler aşırı boyanamaz, ancak çok sayıda yığın boyama zamanı aynı olmalı, böylece boyama yoğunluğu aynı olacaktır. </li><li> Karin alum çözeltisini boşaltın ve salgı bezlerini% 100 damıtılmış suda 30 s yıkayın. Boğazları 15 dakika boyunca% 70 etanol, 15 dakika süreyle% 95 etanol,20 dakika% 100 etanol. </li><li> Kalınlığa bağlı olarak 12-72 saat boyunca ksilende ıslatarak yağ bezlerini temizleyin. NOT: Bezler saydam olmalı (açık) olmalıdır. Herhangi bir opak (beyazımsı) alan kalırsa, yarı saydam oluncaya kadar ksilen ıslanmaya devam edin. Laktasyum veya çok kalın bezler lekelenir ve temizlenirse, bezleri tamamen temizlemek için ksilen bir kez değiştirilmelidir. </li><li> Slaytları, koldan örtmek için yeterli miktarda pipetle bir ksilen esaslı montaj ortamı ile monte edin. Hiçbir hava kabarcıklarının oluşmaması için bir lamel ekleyin. </li><li> Slaytların kurumasına izin verin. Montaj malzemesi kururken, lamelin altına katılır ve ek montaj ortamı eklemek gerekebilir. Ek ortam olmadığında, slaytların tamamen kurumasına izin verin; Bu 2-3 hafta sürebilir. </li><li> Slaytlar tamamen kuruduktan sonra kalan herhangi bir montaj ortamı pamuklu çubukla ve az miktarda ksilenle çıkartılabilir. Kullanmamaya dikkat edinÇok fazla ksilen, bu montaj ortamını eritebilir ve lamelleri gevşetebilir. Bu olur ve hava kabarcıkları lamel altına toplanırsa, lamel ksilen içinde çıkarılmalı ve montaj işlemi tekrar edilmelidir. </li></ol> 3. Analiz için bütünüyle monte edilmiş görüntüleri hazırlayın <ol><li> Makroskop veya diseksiyon mikroskopu ve uygun bir yazılım ile bir dijital kamera kullanarak tüm montajların görüntülerini ( Şekil 3 ) yakalayın. NOT: Tüm glandüler epitel&#39;i yakalayan herhangi bir büyütme seçilebilirken, aynı büyütmede birbiriyle karşılaştırılacak tüm tümüyle monte edilen görüntüleri yakalamak zorunludur. </li><li> ImageJ yazılımını (veya FIJI yazılımı) indirin 6 . </li><li> &quot;Dosya&quot; → &quot;Aç&quot; ı tıklayarak ImageJ&#39;deki mammary tüm montaj resmini açın. Freehand aletini seçin ve glandüler epitel etrafında iz yapın. &quot;Düzenle&quot; yi seçin &amp; #8594; &quot;Dışarıda temizle.&quot; <ol><li> Lenf düğümlerini düğüm etrafında dolaşarak ve Freehand aracını ve &quot;Düzenle&quot; → &quot;Kes&quot; i kullanarak çıkarın. </li></ol></li><li> &quot;Görüntü&quot; → &quot;Renk&quot; → &quot;Kanalları Böl&quot; i seçerek renk kanallarını ayırın. En iyi karşıtlığa sahip kanalı, tipik olarak mavi kanalı seçin. NOT: Bir RGB görüntüsü, o görüntünün kırmızı, yeşil ve mavi bileşenlerinden oluşan bir yığıntan oluşur. Bu eylem, bu bileşenleri üç 8-bit gri tonlamalı görüntülere ayırır. </li><li> Arka planı &quot;İşlem&quot; i seçerek çıkartın → &quot;Arka Planı Çıkart&quot;. İstediğiniz parametreleri seçin ve değişiklikleri önizlemek için &quot;Önizleme&quot; ye tıklayın. NOT: &quot;Çıktı Artır&quot; seçeneği düzgün ve sürekli arka planları kaldırır. Buna ek olarak, kontrast yaratmak için &quot;İşlem&quot; → &quot;Filters&quot; → &quot;Unsharp Mask&quot; kullanılabilir. </li><li> Th biri seçin<html> Aşağıdaki gürültüyü otomatik olarak gidermek için aşağıdaki yöntemleri uygulayın: şekilsizleştirin veya ayıktıkları çıkarın. NOT: ImageJ, otomatik gürültü giderme için üçüncü bir yöntem sunmaktadır: NaN&#39;leri kaldırın. Bununla birlikte, 32-bit görüntüleri kullandığı için NaNs kaldır komutu geçerli değildir ve geçerli yöntem 8-bit görüntüleri kullanmaktadır. <ol><li> &quot;İşlem&quot; → &quot;Gürültü&quot; → &quot;Çalkalama&quot; seçeneklerinden birini tıklayarak despeckle komutunu kullanarak gürültüyü giderebilirsiniz. NOT: Bu, her bir pikseli 3 × 3 mahalledeki medyan değerle değiştiren bir medyan filtre eklemeye eşdeğerdir. </li><li> &quot;İşlem&quot; → &quot;Gürültü&quot; → &quot;Dışarı Unsurları Kaldır&quot; ı seçerek dışlayıcıları kaldır komutunu kullanarak gürültüyü giderme. NOT: Bu işlem bir pikseli medyandan belirli bir değerden (eşik) fazla saparsa, hemen çevredeki piksellerin ortanca ile değiştirir. </li></ol></li><li> Kalan parazitleri manuel olarak çıkarın (Lass = &quot;xfig&quot;&gt; Şekil 4). <ol><li> Orijinal görüntünün bir kopyasını açın ve bunu neyin ve neyin gürültülü olmadığının bir kılavuzu olarak kullanın. Araç çubuğunun en sağındaki çift kırmızı ok düğmesini tıklayın. Çizim Araçları&#39;nı seçin; Çizim Aracı düğmeleri araç çubuğunda görünecektir. </li><li> Silgi aracını tıklayın. Silgi aletini sağ tıklayarak Silgi çapını ayarlayın. Gürültüyü silmek için sol fare tuşunu basılı tutun. NOT: Tek bir silme oturumu geri alınabilir. Sol fare düğmesi serbest bırakıldıktan ve tekrar tıklandıktan sonra, önceki silme işlemi geri alınamaz. </li></ol></li><li> &quot;Görüntü&quot; → &quot;Ayarla&quot; → &quot;Eşik&quot; i seçerek eşiği ayarlayın. Bezin yeterli gösterimi elde edilinceye kadar kaydırıcıları minimum (üst kaydırıcı) ve maksimum (alt kaydırıcı) eşik değerlerini ayarlamak için hareket ettirin. NOT: Eşik değer ayarını yapmak, gri tonlamalı görüntüleri ilgi ve arka plan özelliklerine ayırır.<ol><li> Uygula&#39;ya tıklayın. Gerekirse, 3.6.1 ve 3.6.2 adımlarını takip ederek bu noktada ek gürültüyü giderin. </li></ol></li><li> Glandüler epitelin eşik değerler ve gürültü giderme ile çıkarılan bölümlerini yeniden yapılandırın ( Şekil 5 ). <ol><li> Orijinal imajın bütünlüğünü korumak için görüntü yeniden yapılandırmayı dikkatlice ve en az düzeyde gerçekleştirin. Epitel nedir ve neyin olmadığı konusunda bir referans için orijinal görüntüye bakın. </li><li> Püskürtme Can aracı (Çizim Araçları araç çubuğunda) üzerine tıklayın. Püskürtme Cihazı alet düğmesine sağ tıklayarak püskürtme çapını ve hızını ayarlayın. Sol fare düğmesini tıklayarak veya basılı tutarak bezin eksik bölümlerini dikkatlice doldurun. </li></ol></li><li> Sholl Analizini gerçekleştirmek için bezin iskelet görüntüsünü oluşturun. Eşleştirilmiş görüntünün ikili olduğundan emin olun &quot;İşlem&quot; → &quot;İkili&quot; → &quot;B Yap<html> inary.&quot; <ol><li> Resim siyah bir zeminde beyaz ise, &quot;İşlem&quot; → &quot;İkili&quot; → &quot;Seçenekler&quot; i seçin ve &quot;Siyah Arka Plan&quot; ı işaretini kaldırın. &quot;İşlem&quot; → &quot;İkili&quot; → &quot;İskelet haline getir&quot; i seçerek görüntüyü iskelet haline getirin. NOT: Bu, art arda pikselleri, tek piksel genişliğine sahip bir şekle indirilinceye kadar ikili görüntünün kenarlarından kaldırır. </li><li> &quot;İşlem&quot; → &quot;İkili&quot; → &quot;Dilate&quot; seçeneklerini seçerek görüntüyü bir kez genişletin. NOT: Bu, ikili görüntülerin kenarlarına piksel ekleyerek eşik değerleme ve iskelet oluşturmayla oluşan boşlukları doldurur. </li></ol></li><li> &quot;Dosya&quot; → &quot;Farklı Kaydet&quot; i seçerek görüntüyü kaydedin. Bir resim türü seçin (genellikle jpeg), dosya adını girin ve &quot;Tamam&quot; ı tıklayın. </li><li> İskeletlenmiş görüntünün orijinal resmin üzerine bindirilerek doğruluğunu kontrol edin (Ass = &quot;xfig&quot;&gt; Şekil 6). <ol><li> Hem orijinal resmi hem de iskeletlenmiş görüntüyü açarak bir kaplama oluşturun. &quot;Görüntü&quot; → &quot;Yer paylaşımı&quot; → &quot;Resim Ekle&quot; seçeneğini seçin. &quot;Resim Ekle&quot; iletişim kutusunda, &quot;Eklenecek Görüntü&quot; açılır menüsünden iskelet görüntüsünü seçin ve opaklığı% 30 olarak ayarlayın. </li><li> &quot;Dosya&quot; → &quot;Farklı Kaydet&quot; i seçerek orijinal üzerine yerleştirilen iskelet görüntüsünün görüntüsünü kaydedin. Bir resim türü seçin, dosya adını girin ve &quot;Tamam&quot; ı tıklayın. </li></ol></li></ol> 4. Sholl Analizinin Uygulanması <ol><li> Bir iskelet görüntüsü açın ve &quot;İşlem&quot; → &quot;İkili&quot; → &quot;İkili Yap&quot; seçerek görüntü ikili yapın. <ol><li> Büyütme ölçeğini ayarlamadan önce, görüntülerin çekildiği büyütme için bir mikrometre kullanarak piksel / mm sayısını ölçün. </li><li> Ölçülen büyütme s&quot;Analyze&quot; (Analize Et) → Set Scale (Ölçeği Ayarla) seçeneklerini kullanarak seçiminizi yapın. Piksel / mm sayısını girin. &quot;Bilinen Uzaklık&quot; ve &quot;Piksel Boy Oranı&quot; nı her ikisine de 1&#39;e ayarlayın. &quot;Uzunluk Birimi&quot; için &quot;mm&quot; yazın ve &quot;Küresel&quot; seçeneğini işaretleyin (her görüntü için aynı ölçeği korur). </li></ol></li><li> Birincil kanalın başlangıcından (analiz merkezi) glandüler epitelyumun en uzak noktasına bir çizgi çizerek Sholl analizi için bitiş yarıçapını (yarıçap çevresi) belirleyin ( Şekil 7 ). <ol><li> Çıktı noktaları arasında bir çizgi çizmek için araç çubuğundaki çizgi çizim aracını kullanın. Bir ölçüm yapmak için &quot;M&quot; tuşuna basın ve bir sonuç penceresi açılacağını unutmayın. NOT: &quot;Uzunluk&quot; sütunundaki değer çizginin mm cinsinden uzunluğudur. Bu değer, Sholl parametrelerini ayarlarken Bitiş Yarıçapı olarak otomatik olarak girilir. Sholl eklentisi başlangıç ​​noktasını kullanacakÇizgisinin merkezi halkaların merkezi olarak görülmesi. </li></ol></li><li> Sholl Analizini Çalıştırmak. <ol><li> Analizleri &quot;Eklentiler&quot; &quot;Gelişmiş Sholl Analizi;&quot; seçeneğini seçerek çalıştırın. Bir parametre penceresi belirecektir. </li><li> Başlama Yarıçapını &quot;I. Kabukların Tanımı&quot; ndan 0.00 mm&#39;ye ayarlayın; Adım 4.2&#39;de ölçülen çizginin uzunluğu &quot;Sonlandırma Yarıçapı&quot; olarak otomatik olarak girilir. </li><li> &quot;Radius Step Size&quot; &#39;yi 0.1 mm olarak ayarlayın. NOT: Yarıçap basamağı boyutu, çalma sayısını belirler (etkin olarak yineleme sayısı); Daha küçük bir adım boyutu halka sayısını artıracak, daha büyük bir adım boyutu halka sayısını azaltacaktır. Çok küçük bir yarıçapa gereksiz yere fazla sayıda halka gelmesine rağmen, yarıçap çok küçük ayarlanamaz. Bununla birlikte, çok fazla ayarlanabilir, bu daha az zil sesi oluşturacak ve ardından gerçek kesişim sayısını hafife alacaktır. Stanko ve ark.(2015) adım boyutunun belirlenmesi hakkında daha fazla bilgi için. </li><li> &quot;II. Her Radius İçin Birden Çok Örnek&quot; bölümünde &quot;# Örnekler&quot; i &quot;1&quot; ve &quot;Bütünleştirme&quot; yı &quot;Ortalama&quot; olarak ayarlayın. </li><li> &quot;Kapanış yarıçapı kesilmesi&quot; ni 1 olarak ayarlayın ve &quot;III. Tanımlayıcılar ve Eğri Bağlantı&quot; daki &quot;# Birincil dallar&quot; için &quot;başlangıç ​​yarıçapından çıkarsama&quot; nı kontrol edin. NOT: &quot;Profil ve tanımlayıcı hesapla&quot; ve &quot;Dayanım detaylarını göster&quot; istenen şekilde kontrol edilebilir. </li><li> &quot;Doğrusal Olmayan Profillerde&quot; &quot;Doğrusal&quot; yı kontrol edin ve &quot;En uygun derece&quot; seçeneğini seçin; &quot;En bilgilendirici&quot; seçeneğini işaretleyin. &quot;IV.Soll Yöntemleri&quot; nde &quot;Normalleştirilmiş Profiller İçin Alan&quot; ı seçin. </li><li> Kavsakların ısı haritasını oluşturmak için &quot;V. Çıktı seçenekleri&quot; nde &quot;Kesişme Noktası Maskesi Oluşturma&quot; yı kontrol edin (isteğe bağlı). </li><li> Bölgeyi doğrulamak için halkalı görüntülerin önizleme penceresi oluşturmak için &quot;Cf. Segmentation&quot; a tıklayın.Analiz. </li></ol></li><li> Analizi çalıştırmak için &quot;Tamam&quot; ı tıklayın. </li></ol> 5. ÇÇA&#39;nın ölçülmesi <ol><li> Epitelyal ağacın etrafındaki en kısa mesafeyi izleyerek MEA&#39;yı ölçün ( Şekil 8 ). <ol><li> ImageJ&#39;de, bezin iskelet görüntüsü açıkken, Çokgen aracını tıklatın. Poligonu başlatmak, bezin çevresini dolaşmak ve bir çizgi parçası eklemek için tıklamak için epitel ağacının çevresindeki bir noktayı tıklayın. </li><li> Epitel bölgesinin tamamı engellendiğinde, çokgeni kapatmak için çift tıklayın. Bir sonuç penceresi açmak için &quot;M&quot; tuşuna basın; &quot;Alan&quot; sütunundaki değer MEA&#39;dır. </li></ol></li><li> Glandüler epitelin lenf düğümünün ötesine geçtiği durumlarda, dallanma yoğunluğunu hesaplarken lenf nodu alanını (LNA) MEA&#39;dan çıkarın. <ol><li> Aynı adamdaki lenf nodunu izleyerek LNA&#39;yı ölçünEr epitel ağacı olarak ve &quot;M&quot; basarak. NOT: Bu durumlarda LNA, MEA&#39;dan çıkartılmalıdır, çünkü lenf düğümü analizin LNA içindeki kesişim noktalarını saymasını engeller. Epitel lenf düğümüne ulaşmadığında LNA sıfırdır. </li></ol></li></ol> 6. Raporlama Verileri <ol><li> Çevreleyen yarıçap, MEA, N, k ve dallanma yoğunluğu için rapor değerleri. NOT: Çevreleyen yarıçap adım 4.2&#39;de belirlenir ve MEA adım 5.1&#39;de belirlenir. <ol><li> Bir Sholl sonuçları penceresi oluşturmak için analizi çalıştırın. NOT: Bildirilen N toplam kesişim değeridür. Bildirilen k , Sholl gerileme katsayısının (yarı log) değeridır. Sholl analizi, glandüler epitelyumun herhangi bir ölçülen bölgesi üzerinden k değeri döndürür. Tam epitel üzerinden k için doğru bir değer elde etmek için duktal uçlar bulunmalıdır. </li><li> Değiştir değiştirE Dallanma yoğunluğunu (bu yöntemin temel bitiş noktası) hesaplamak için N için çıkış değerini kullanarak meme bezi için Sholl analizi. Dallanma yoğunluğunu N / (MEA-LNA) formülü kullanarak hesaplayın ve değeri N / mm 2 olarak kaydedin. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Sholl, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dendritic+organization+of+the+neurons+in+the+visual+and+motor+cortices+of+the+cat%5BTitle%5D)+AND+%22J+Anat%22%5BJournal%5D)">Dendritic organization of the neurons in the visual and motor cortices of the cat.</a> J Anat. 87 (4), 387-406 (1953).</li>
<li>Ferreira, T. A., Iacono, L. L., Gross, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Serotonin+receptor+1A+modulates+actin+dynamics+and+restricts+dendritic+growth+in+hippocampal+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Serotonin receptor 1A modulates actin dynamics and restricts dendritic growth in hippocampal neurons.</a> Eur J Neurosci. 32 (1), 18-26 (2010).</li>
<li>Stanko, J. P., Easterling, M. R., Fenton, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+Sholl+analysis+to+quantify+changes+in+growth+and+development+in+rat+mammary+gland+whole+mounts%5BTitle%5D)+AND+%22Reprod+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Application of Sholl analysis to quantify changes in growth and development in rat mammary gland whole mounts.</a> Reprod Toxicol. 54, 129-135 (2015).</li>
<li>Assis, S., Warri, A., Cruz, M. I., Hilakivi-Clarke, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+Mammary+Gland+Morphology+and+Breast+Cancer+Risk+in+Rats%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Changes in Mammary Gland Morphology and Breast Cancer Risk in Rats.</a> J. Vis. Exp. (44), e2260(2010).</li>
<li>Plante, I., Stewart, M. K., Laird, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Mammary+Gland+Development+and+Function+in+Mouse+Models%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Mammary Gland Development and Function in Mouse Models.</a> J. Vis. Exp. (53), e2828(2011).</li>
<li>Ferreira, T. Sholl Analysis. ImageJ. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://imagej.net/Sholl_Analysis">http://imagej.net/Sholl_Analysis</a> (2012).</li>
<li>Ferreira, T., Rasband, W. ImageJ User Guide. IJ 1.46r. ImageJ. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/146.html">https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/146.html</a> (2012).</li>
<li>Tucker, D. K., Foley, J. F., Hayes-Bouknight, S. A., Fenton, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+High-quality+Hematoxylin+and+Eosin-stained+Sections+from+Rodent+Mammary+Gland+Whole+Mounts+for+Histopathologic+Review%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Pathol%22%5BJournal%5D)">Preparation of High-quality Hematoxylin and Eosin-stained Sections from Rodent Mammary Gland Whole Mounts for Histopathologic Review.</a> Toxicol Pathol. 44 (7), 1059-1064 (2016).</li>
<li>Fenton, S. E., Hamm, J. T., Birnbaum, L. S., Youngblood, G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Persistent+abnormalities+in+the+rat+mammary+gland+following+gestational+and+lactational+exposure+to+2%2C3%2C7%2C8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin+%28TCDD%29%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Sci%22%5BJournal%5D)">Persistent abnormalities in the rat mammary gland following gestational and lactational exposure to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD).</a> Toxicol Sci. 67 (1), 63-74 (2002).</li>
<li>Murray, T. J., Maffini, M. V., Ucci, A. A., Sonnenschein, C., Soto, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+mammary+gland+ductal+hyperplasias+and+carcinoma+in+situ+following+fetal+bisphenol+A+exposure%5BTitle%5D)+AND+%22Reprod+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Induction of mammary gland ductal hyperplasias and carcinoma in situ following fetal bisphenol A exposure.</a> Reprod Toxicol. 23 (3), 383-390 (2007).</li>
<li>Moral, R., Santucci-Pereira, J., Wang, R., Russo, I. H., Lamartiniere, C. A., Russo, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+utero+exposure+to+butyl+benzyl+phthalate+induces+modifications+in+the+morphology+and+the+gene+expression+profile+of+the+mammary+gland%3A+an+experimental+study+in+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Health%22%5BJournal%5D)">In utero exposure to butyl benzyl phthalate induces modifications in the morphology and the gene expression profile of the mammary gland: an experimental study in rats.</a> Environ Health. 10 (1), 5(2011).</li>
<li>Johnson, M. D., Mueller, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three+dimensional+multiphoton+imaging+of+fresh+and+whole+mount+developing+mouse+mammary+glands%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">Three dimensional multiphoton imaging of fresh and whole mount developing mouse mammary glands.</a> BMC Cancer. 13, 373(2013).</li>
<li>Enoch, R. R., Stanko, J. P., Greiner, S. N., Youngblood, G. L., Rayner, J. L., Fenton, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammary+gland+development+as+a+sensitive+end+point+after+acute+prenatal+exposure+to+an+atrazine+metabolite+mixture+in+female+Long-Evans+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Health+Persp%22%5BJournal%5D)">Mammary gland development as a sensitive end point after acute prenatal exposure to an atrazine metabolite mixture in female Long-Evans rats.</a> Environ Health Persp. 115 (4), 541-547 (2007).</li>
<li>Hovey, R. C., Coder, P. S., Wolf, J. C., Sielken, R. L., Tisdel, M. O., Breckenridge, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+assessment+of+mammary+gland+development+in+female+Long+Evans+rats+following+in+utero+exposure+to+atrazine%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Sci%22%5BJournal%5D)">Quantitative assessment of mammary gland development in female Long Evans rats following in utero exposure to atrazine.</a> Toxicol Sci. 119 (2), 380-390 (2011).</li>
<li>Mandrup, K. R., Hass, U., Christiansen, S., Boberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perinatal+ethinyl+oestradiol+alters+mammary+gland+development+in+male+and+female+Wistar+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Inter+J+of+Androl%22%5BJournal%5D)">Perinatal ethinyl oestradiol alters mammary gland development in male and female Wistar rats.</a> Inter J of Androl. 35 (3), 385-396 (2012).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Doğumdan puberteye kadar, meme bezi büyümesi allometriktir. Ergenlikten sonra meme bezi, geniş yalın dallanma ve uzama yoluyla gelişir ve meme epiteli tüm yağ yastığını kapayana kadar devam eder. Dallanma özellikleri, meme bezi gelişiminin önemli bir yönüdür ve bu özellikleri objektif olarak ölçebilme özelliği, normal meme gelişimini değerlendirmede ve meme zehirlenmelerine erken yaşlanma maruziyetlerini takiben anormal gelişimin belirlenmesinde son derece yararlı olabilir. Morfolojik özelli...

Meme bezi dallanma, bez gelişiminin bir göstergesi olarak yaygın olarak değerlendirilen bir özelliktir, ancak objektif olarak nicelik kazanmak zordur. 1953 yılında, Sholl 1 kedi görsel ve motor korteks nöronal dendritik arborization ölçülmesi için bir yöntem tarif edilmiştir ve bu yöntem için bir eklenti Ferriera ve arkadaşları 2 tarafından geliştirilmiştir. Hem nöronlar hem de meme bezleri benzer ağaç benzeri bir yapı sergilediğinden eklenti, peripubertal sıçan meme bezinin 2D görüntülerinde meme epitelyal dallanma yoğunluğunu belirlemek için kullanılmıştır. Peripubertal evre analiz için seçilmiştir, çünkü sütten kesme akademik laboratuvarlarda ve test kılavuz çalışmalarında değerlendirilen bir yaşam evresidir. Sholl analizi, ek eklentileri içeren, açık kaynak görüntü işleme paketi ImageJP olan FIJI ile dağıtılan bir eklentidir. Eklenti, bir predefin çevresini saran konsantrik halkalar dizisi oluşturur(Tipik olarak bir nöronun soma ya da bir meme bezinin birincil kanalının kaynağı) ve nesnenin en uzaktaki kısmına (çevreleyen yarıçap) uzanan bir bölgedir. Ardından halkaların her birinde oluşan kesişme sayısını (N) sayar. Eklenti ayrıca, epitel dallanmasının bozulma hızının bir ölçüsü olan bir Sholl geri dönüşüm katsayısı ( k ) döndürür. ImageJ kullanılarak, bir meme bezinin tümüyle monte edildiği bir iskelet görüntüsü oluşturulur ve meme epitelyal alanı (MEA) ölçülür. Görüntü, Sholl analizi eklentisi kullanılarak analiz edilir ve burada kullanılmayan diğer değerler arasında N ve k için değerler iade edilir. Göğüs epitelyal dallanma yoğunluğu N / MEA hesaplanarak belirlenir. Dallanma, glandüler epitelin dış bölgelerinde ne kadar devam ettiği dallanma karmaşıklığına eşittir ve üniform distal epitel büyümesinin bir göstergesidir. K , epiteki distal azalmanın bir ölçütüdürDallanma karmaşıklığının etkili bir ölçümüdür ve meme gelişiminin güvenilir bir göstergesidir. Bu protokol, peripubertal erkek ve dişi sıçanlarda, meme bezi tüm montajlarının iskelet görüntülerini oluşturmak ve meme dallanma özelliklerini kantitatif olarak değerlendirmek için bilgisayar destekli bir yöntemi açıklamaktadır. Bu yöntem nispeten hızlıdır ve özel mikroskopi ekipmanı kullanılmasını gerektirmez. Bu yöntemin geliştirilmesi ve geçerliliği Stanko ve ark. (2015) 3 . Bu rapor aynı zamanda sıçan meme bezi bütününün hazırlanışını anlatıyor = bağlar. Benzer meme tüm montaj prosedürleri, Assis ve ark. (2010) 4 ve Plante ve ark. (2011) 5 .

<table><tbody><tr><td>Diseksiyon tahtası</td><td>NA</td><td></td><td>NA Kabaca 10"x12" boyutunda bir strafor parçası uygundur.</td></tr><tr><td>Diseksiyon T-Pins</td><td>Daigger</td><td>EF7419A</td><td></td></tr><tr><td>Etanol içeren sprey şişesi</td><td>NA</td><td>NA</td><td>%70 etanol uygundur.</td></tr><tr><td>Kavisli diseksiyon makası</td><td>Güzel Bilim Araçları</td><td>14569-09</td><td></td></tr><tr><td>Düz dissek makası</td><td>Güzel Bilim Aletleri</td><td>14568-09</td><td></td></tr><tr><td>Kavisli forseps</td><td>Güzel Bilim Araçları</td><td>11003-12</td><td></td></tr><tr><td>Superfrost Plus 24 x 75 x 1 mm mikroskop slaytları</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4951PLUS-001</td><td>Thermo Scientific Superfrost Plus & Colorfrost Plus slaytları, IHC ve Anatomik Patoloji uygulamalarında pahalı kaplamalara ihtiyaç duymadan doku kesitlerini kalıcı olarak tutar. Bu tedavi, boyama sırasında doku kaybını ve saatlerce süren slayt hazırlığını azaltır. Slaytlar, donmuş doku kesitlerini ve sitoloji preparatlarını elektrostatik olarak çeker ve uygulama performansını iyileştirmek için optimize edilmiş olmasına rağmen silana benzer bir kimyaya sahiptir. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4951PLUS4.&nbsp;</td></tr><tr><td>Fisherfinest Premium Kapak Camı 24 x 60 x 1 mm</td><td>Fisher scientific</td><td>12-548-5P</td><td></td></tr><tr><td>Bemis Parafilm M Laboratuvar Sarma Filmi</td><td>Fisher scientific</td><td>13-374-12</td><td></td></tr><tr><td>Kloroform</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C2432</td><td></td></tr><tr><td>Buzlu asetik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9967</td><td></td></tr><tr><td>Etanol mutlak, > %99,8 (GC)&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>24102</td><td></td></tr><tr><td>Ksilen</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>214736</td><td></td></tr><tr><td>Karmin şapı&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C1022</td><td></td></tr><tr><td>Alüminyum potasyum sülfat&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A6435</td><td></td></tr><tr><td>Permount montaj ortamı</td><td>Fisher Scientific</td><td>SP15</td><td></td></tr><tr><td>Makroskop</td><td>Leica</td><td>Z16 APO &nbsp;</td><td>Bu laboratuvarda kullanılan görüntü yakalama donanımı ve yazılımıdır." Birçok farklı seçenek olduğu için yöntemler ve uygulamalar laboratuvarlar arasında farklılık gösterebilmektedir.</td></tr><tr><td>Dijital kamera</td><td>Leica</td><td>DFC295</td><td></td></tr><tr><td>Kamera yazılımı</td><td>Leica</td><td>Leica Application Suite v3.1&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>ImageJ yazılımı</td><td>Açık kaynak</td><td>http://imagej.net/Welcome</td><td></td></tr><tr><td>Sholl analizi&nbsp;</td><td>Açık kaynak</td><td>http://imagej.net/Sholl_Analysis</td><td></td></tr></tbody></table>

sıçan memesi bezinde dallanma yoğunluğunun nicelleştirilmesi sholl analiz yöntemini kullanarak bütünüyle tutturulur

Quantifying Branching Density in Rat Mammary Gland Whole-mounts Using the Sholl Analysis Method

Artan sayıdaki çalışmalar kemirgen meme bezini bir kimyasal maruziyetin gelişimsel toksisitesini değerlendirmek için bir son nokta olarak kullanmaktadır. Bu maruziyetlerin meme bezi gelişimine olan etkileri tipik olarak ya basit boyutlu ölçümler kullanılarak ya da morfolojik özellikleri puanlayarak değerlendirilir. Bununla birlikte, gelişimsel değişiklikleri yorumlama yöntemleri geniş kapsamlı laboratuarlarda tutarsız çevirilere yol açabilir. Yaygın bir değerlendirme yöntemi gereklidir; böylece, verilerin araştırmalar arasında karşılaştırılmasından uygun yorumlamalar oluşturulabilir. Bu çalışmada meme bezi dallanma özelliklerini belirlemek için Sholl analizi yöntemi uygulanmıştır. Sholl yöntemi başlangıçta nöronal dendritik kalıpların nicelleştirilmesinde kullanılmak üzere geliştirildi. ImageJ, bir açık kaynak görüntü analiz yazılım paketi ve bu analiz için geliştirilmiş bir eklenti kullanarak, meme bezi dallanma yoğunluğu ve ameliyatın karmaşıklığıPeripubertal dişi bir sıçandan meme bezi tespit edildi. Burada açıklanan yöntemler Sholl analizinin, meme bezi gelişiminin önemli bir özelliğinin nicelenmesinde etkili bir araç olarak kullanılmasını sağlayacaktır.

Ölçülen kapalı yarıçap, MEA, N, k için değerler ve bu protokolde analiz edilen meme bezi için hesaplanan dallanma yoğunluğu Tablo 1&#39;de gösterilmektedir . Sholl analizi, her yarıçaptaki kesişim sayısının doğrusal ve yarı-loglu grafikler oluşturur ( Şekil 9 ) ve eğer seçilirse, kesişimlerin bir ısı haritasını oluşturur ( Şekil 10 ). Az gelişmiş bezler aynı MEA içerisinde daha az kavşak sergiler ve bu ...

Kemirgen içindeki meme bezi gelişimi tipik olarak tanımlayıcı değerlendirmeler kullanılarak veya temel fiziksel özellikleri ölçerek değerlendirilmiştir. Dallanma yoğunluğu, meme gelişiminin objektif olarak ölçülmesi güç bir göstergesidir. Bu protokol, meme bezi dallanma özelliklerinin niceliksel değerlendirmesi için güvenilir bir yöntem tanımlamaktadır.

Sıçan Memesi Bezinde Dallanma Yoğunluğunun Nicelleştirilmesi Sholl Analiz Yöntemini Kullanarak Bütünüyle Tutturulur

An increasing number of studies are utilizing the rodent mammary gland as an endpoint for assessing the developmental toxicity of a chemical exposure. The ...

Bu bilgisayar destekli yöntemin genel amacı, meme bezi bütün bağlama (whole-mount) görüntülerine modifiye edilmiş bir Sholl analizi uygulayarak, kemirgenlerde iki önemli gelişimsel gösterge olan meme bezi dallanma yoğunluğunu ve dallanma azalmasını objektif olarak ölçmektir. Bu yöntem, kimyasal maruziyetlerin meme bezi gelişimini nasıl değiştirebileceği gibi meme bezi biyolojisi alanındaki soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, meme bezi gelişiminin temel özelliklerini objektif olarak ölçmek için açık kaynaklı yazılımlar kullanmasıdır.Bu prosedür için, sabit bir büyütmede glandüler epitelyumu gösteren bütün mount görüntüleri hazırlayın. Başlamak için ImageJ'de bir görüntü açın. Ardından, serbest el (freehand) aracını seçin.Bezi epitelin etrafını çizin ve çevresindeki alanı temizleyin. Ardından, lenf düğümünün etrafını çizin ve görüntünün bu kısmını kesme komutuyla kaldırın. Görüntünün arka planı siyahsa, beyaza dönüştürülmelidir.Düzenle, ardından Seçenekler ve sonra Renkler'e tıklayın. İletişim kutusunda, arka plan seçenekleri açılır menüsünden beyazı seçin. Arka plan siyah kalmaya devam etse bile, görüntü işlenirken beyaz olarak kabul edilecektir.Şimdi, renk kanallarını üç adet sekiz bitlik gri tonlamalı görüntüye ayırın. Ardından, genellikle mavi kanal olan, en iyi kontrasta sahip kanalı seçin. Şimdi, seçilen renk kanalından arka planı çıkarın.Ardından, istenen parametrelerin seçilmesine ve değişikliklerin önizlenmesine geçin. Diyalog kutusundaki açık renkli arka planı kontrol edin ve önizleme yapın, ardından istenen kontrast elde edilene kadar piksel sayısını ayarlayın. Ek kontrast gerekirse, Unsharp Mask seçeneğini kullanın.İletişim kutusundaki Önizleme'yi (Preview) kontrol edin ve istenen kontrast elde edilene kadar piksel yarıçapını ve maske ağırlığını ayarlayın. Keskinleştirme maskesi (unsharp mask) filtresini uyguladıktan sonra, filtre tarafından oluşturulan kenarlığı kaldırın. Araç çubuğundaki çift kırmızı ok düğmesine tıklayın ve Çizim Araçlarını (Drawing Tools) seçin.Ardından, Silgi aracını seçin. Silgi aracı düğmesine sağ tıklayarak çapını ayarlayın, ardından kenarlığı silmek için farenin sol düğmesine basılı tutun. Silme işlemi sırasında yalnızca bir seviye Geri Al işlemine izin verilir, bu nedenle dikkatli olun.Filtrelerden birini uyguladıktan sonra, geri kalan gürültüyü manuel olarak temizleyin. Orijinal görüntünün bir kopyasına bakarak ve önce araç çubuğundaki çift kırmızı ok düğmesine tıklayıp çizim araçlarını seçerek belirlenen gürültüleri kaldırın. Ardından silgi aracını seçin.Silgi aracı düğmesine sağ tıklayarak çapını ayarlayın. Ardından, gürültüleri silmek için sol fare düğmesini basılı tutun. Silme işlemi sırasında yalnızca bir seviye geri alma işlemine izin verildiğinden dikkatli olun.Ardından, görüntü eşiğini ayarlayın. Bezin görüntüsünü iyileştirmek için minimum ve maksimum eşik değerlerini ayarlamak üzere kaydırıcıları hareket ettirin. Daha sonra, Uygula'ya tıklayın.İki yöntemden birini kullanarak ek gürültüleri otomatik olarak giderin. İlk seçenek despeckle komutunu kullanmaktır. İkinci seçenek ise remove outliers komutunu kullanmaktır.Bu işlem, bir piksel kullanıcı tarafından tanımlanan bir eşik değerinden daha fazla saptığında, o pikseli yalnızca hemen çevresindeki piksellerin medyanı ile değiştirir. Şimdi, karşılaştırma için orijinal görüntüyü kullanarak, eşikleme ve gürültü giderme ile kaldırılan bezsi epitel kısımlarını yeniden oluşturun. Görüntüyü yeniden oluştururken, görüntünün bütünlüğünü korumak için bunu dikkatli ve minimum düzeyde yaptığınızdan emin olun.Çizim araçlarından sprey kutusu aracını seçin. Araç boyutunu ayarlamak için sprey kutusu aracı düğmesine sağ tıklayın, ardından farenin sol düğmesini kullanarak bezin eksik bölümlerini dikkatlice doldurun. Sonrasında, Sholl analizi için bezin iskeletleştirilmiş bir görüntüsünü oluşturun.Öncelikle, görüntüyü ikili (binary) formata getirin. Ardından, görüntüyü iskeletleştirin. Bu işlem, görüntü tek piksellik bir şekle indirgenene kadar ikili görüntünün kenarlarındaki pikselleri tekrar tekrar temizler.Şimdi, eşikleme ve iskeletleme tarafından oluşturulan boşlukları kapatmak için görüntüyü bir kez genişletin. Ardından, "farklı kaydet" komutunu kullanarak görüntüyü yeni bir dosya olarak kaydedin. Son olarak, iki görüntüyü üst üste bindirerek iskelet görüntüsünün orijinalle olan doğruluğunu kontrol edin.Resim ekleme iletişim kutusunda, iskelet resmini seçin ve opaklığını %30 olarak ayarlayın. Ardından, ileride başvurmak üzere bindirme katmanını yeni bir resim olarak kaydedin. Başlamak için, bir iskelet resmi açın ve resmi ikili (binary) formata dönüştürün. Şimdi, resim ölçeğini tanımlayın.Milimetre başına piksel sayısını girin, ardından hem bilinen mesafeyi hem de piksel en-boy oranını bir olarak ayarlayın, uzunluk birimi için milimetreleri girin ve ölçeği tüm görüntülere uygulamak için genel seçeneği etkinleştirin. Ardından, çizgi çizim aracını kullanarak Sholl analizi için bitiş yarıçapını belirleyin. Primer kanalın başlangıcından glandüler epitelin en distal noktasına kadar bir çizgi çizin.Ardından M tuşuna basın; hattın mesafesi raporlanacaktır. Şimdi, Sholl analizi için ayarları girin. İlk olarak, kabukların tanımı (definition of shells) bölümündeki seçenekleri belirleyin, başlangıç yarıçapını 0.00 millimeters olarak ve yarıçap adım boyutunu 0.1 millimeters olarak ayarlayın.Numune sayısını bir olarak ayarlayın. Az önce çizilen hattın uzunluğu, bitiş yarıçapı alanına otomatik olarak girilir. Yarıçap başına çoklu numune seçenekleri için, entegrasyonda ortalamayı seçin.Betimleyiciler ve eğri uydurma seçenekleri için, çevreleme yarıçapı kesme değerini bir olarak ayarlayın. Birincil dal sayıları için başlangıç yarıçapından çıkarım yap seçeneğini belirleyin; doğrusal ve en iyi uydurma derecesi seçeneklerini seçin. Ardından, normalizasyonsuz profiller altında, en bilgilendirici seçeneğini belirleyin.Şimdi, sholl yöntemleri bölümü altında, normalize profil için alanı seçin. Son olarak, çıktı bölümünde, kesişimlerin ısı haritasını oluşturmak için kesişim maskesi oluştur seçeneğini işaretleyin. Şimdi, halkalı görüntünün önizleme penceresini açın ve analiz alanını doğrulayın.Her şey uygun görünüyorsa, analizi çalıştırmak için tamam'a tıklayın. Analizin çalıştırılması; bir sholl profili lineer penceresi, bir sholl profili yarı-logaritmik penceresi, tüm sholl çıktı değerlerini içeren bir sholl sonuçları penceresi ve polinom tarafından belirlendiği üzere her bir yarıçaptaki kesişim sayısını sağlayan bir dosya adı sholl profilleri penceresi oluşturacaktır. MEA'yı ölçmek için ImageJ'deki bezin iskelet görüntüsü üzerinden çalışın.Poligon aracını açın ve bezin çevresine bir poligon çizin. Çizgi segmentleri eklemek için fareye tıklayın. Tüm epitel alan çevrelendiğinde, poligonu kapatmak için çift tıklayın.Ardından, sonuçlar penceresini açmak için M tuşuna basın. Alan sütunundaki değer MEA'ya karşılık gelir. Eğer bez epitelyumu lenf düğümünün ötesine uzanmışsa, dallanma yoğunluğunu hesaplarken lenf düğümü alanını MEA'dan çıkarın.Lenf düğümü alanı, MEA ile aynı şekilde ölçülebilir. Tanımlanan yöntemler kullanılarak, yaşları eşleştirilmiş iki sıçan grubu analiz edilmiştir. B grubundaki hayvanlara, meme bezinin erken gelişimine neden olduğu bilinen bir kimyasal uygulanmıştır.Bezin yarıçapı boyunca dal kesişim sayısının grafiğe dökülmesi, sonuçlardaki varyasyonu ortaya koymaktadır. Sholl analizi sonuçları, grupların ortalama kesişim sayısında belirgin bir fark olduğunu göstermiştir. Ancak, sonuçlar hakkında çıkarımlarda bulunabilmek için kesişim verileri meme bezi alanına göre normalize edilmelidir.Sholl analizi ve meme bezi epitel alan ölçümleri, karşılaştırmalı analiz yapmak için yararlı iki fizyolojik parametre sağlar. Glandların boyutunun tedavi grubunda çok daha büyük olduğu açıkça görülmektedir. Sholl analizi, dallanma yoğunluğu ve k değerinin hesaplanmasında kullanılan Sum N değerini verir.Tedavi grubunda, daha yüksek ortalama dallanma yoğunluğu ve daha düşük dallanma azalma hızını yansıtan daha düşük ortalama k değeri, tedavi edilen hayvanların tedavi edilmeyen hayvanlara göre daha gelişmiş bezlere sahip olduğunu göstermektedir. Bu prosedür uygulanırken, gürültü gideriminin en kritik adım olduğunu unutmamak önemlidir. Çok fazla veya çok az temizleme yapmak, bezin bütünlüğünü bozabilir ve sonuçları saptırabilir.Bu yöntem kullanılırken, işleme tertemiz bir meme tüm doku örneği ile başlamak önemlidir. Yırtıklar veya katlanmalar gibi kusurlar varsa, doğru bir iskeletleştirilmiş görüntü elde edilemez. Doğru bir iskeletleştirilmiş görüntü oluşturmak sabır ve pratik gerektirir.Bu teknik ustalığa erişildikten sonra, düzgün bir şekilde uygulandığında analiz edilen bez başına 15 ila 20 dakikada tamamlanabilir.

quantifying-branching-density-rat-mammary-gland-whole-mounts-using

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Gelişim Biyolojisi

Bizim protokol sıçan karın meme bezi nasıl incelemek ve meme bezi bütün bağlar hazırlamak için nasıl açıklamaktadır. Aynı zamanda üç uç noktaları (terminal sonuna tomurcukları sayısı, epitel uzama ve farklılaşma) kullanılarak meme bezi morfolojisi analiz etmek ve bu sonuçlar, diyet değişiklikleri maruz kalan farelerde meme kanseri riskini tahmin etmek için kullanmak nasıl...

Sıçanlarda Meme Bezi Morfolojisi ve Meme Kanseri Riski değişiklikler

Bu yöntem, farelerde meme bezi gelişimi ve işlevi incelemek ve değerlendirmek anlatılmaktadır. Eksize meme bezleri süt ejeksiyon bir oksitosin tabanlı miyoepitelyal hücre daralma tahlil kullanılarak değerlendirilmiştir ise bütün montaj kullanarak geliştirme derecesi değerlendirilir.

Fare Modeller Meme Bezi Geliştirme ve Fonksiyon Değerlendirme

3 boyutlu (3D) histoloji hacim rekonstrüksiyonu için, bir organın hücrelerden oluşan makroyapılar düzeyindeki değişikliklerinin incelenmesini kolaylaştıran bir görüntü kayıt yaklaşımı sunuyoruz. Bu yaklaşımı kullanarak, vahşi tip ve Igfbp7-boş meme bezleri arasındaki 3 boyutlu değişiklikleri inceledik.

3-Boyutlu Histoloji hacmi ve Fare meme bezlerinin Eğitim için onun Uygulama İmar

Hücre içi kavşak, meme bezi aşamasına özgü fonksiyonlar ve gelişim için şarttır. Bu el yazması, protein-protein etkileşimlerinin (PPI'lar) çalışılması ve murin meme bezlerinin birlikte lokalizasyonu için ayrıntılı bir protokol sunmaktadır. Bu teknikler, farklı gelişim evrelerinde hücre-içi kavşaklar arasındaki fiziksel ilişkinin dinamiklerinin araştırılmasına olanak tanır.

Murin Makat Boğazlarında Gap, Sıkı ve Aderans Bağlantılarının Bileşenleri Arasındaki Protein-Protein Etkileşimlerinin ve Ortak Lokalizasyon Analizleri

Başlangıçta slaytlar üzerinde sabitlenmiş olan meme dokusunu histopatolojik değerlendirme için başarıyla çıkarmak, işlemek, kesmek ve lekelenmek için bir yöntem geliştirdik. Bu yöntem, üreme ve gelişimsel test kılavuz çalışmalarında meme bezlerinin tümünün monte edilmesini ve değerlendirilmesini teşvik edebilir.

Lezyon Tanımlaması için Meme Bandı Bütün Dağılımları

Burada, hücre dışı Matriks (ECM) ifade ve duktal Morfoloji araştırmak için meme dokuları bütün, olduğu gibi fare yalıtım için bir iletişim kuralı mevcut. Fare #4 karın bezleri tarafsız tampon formalin içinde sabit kesitli ve ECM proteinler için immünhistokimya kullanarak lekeli 8-10 hafta eski kadın nulliparous fareler, elde.

Sağlam, Bütün fare meme dokuları yalıtım hücre dışı matriks ifade ve bezi Morfoloji analizi için

Bu makalede, alıcı hayvanların interscapular beyaz yağ yastığı içine donör sıçan meme epitel hücreleri greft bir transplantasyon yöntemi açıklanmaktadır. Bu yöntem, meme epitel gelişimi üzerindeki konak ve/veya donör etkilerini incelemek ve ön temizleme ihtiyacını ortadan kaldırmak ve böylece bu tekniğin kullanışlılığını genişletmek için kullanılabilir.

Interscapular Beyaz Yağ Ped içine Rat Mammary Epitel Hücre Nakli

Bu protokol, değiştirilebilir kapaklı (R.MIW) yeni bir meme görüntüleme penceresini tanımlar. R.MIW'nin implantasyonundan sonra intravital mikroskopi, farklı gelişim aşamalarında sağlıklı ve hastalıklı meme bezinin hücresel çözünürlükle uzunlamasına ve çok günlük görüntülenmesini sağlar.

Değiştirilebilir Kapaklı Meme Görüntüleme Penceresi Kullanarak Boyuna İntravital Mikroskopi

Meme kanserinin görüntü rehberliğinde önleyici tedavisi için sıçan meme duktal ağacına kimyasal bir ablatif çözeltinin verilmesi için bir prosedür açıklanmaktadır. Meme epitel hücreleri, doğrudan meme başı açıklığına kanülasyon ve %70 etanol bazlı ablatif solüsyonun intraduktal infüzyonu yoluyla minimal kollateral doku hasarı ile hedeflenebilir.

Sıçan Modellerinde Meme Kanserinin Önlenmesi için İntraduktal Etanol Bazlı Ablatif Tedavinin X-Ray Görselleştirmesi

Burada, İzolektin B4'ün tek boyamasını kullanarak tüm farelerin akciğer dokusu için pulmoner mikrovasküler yoğunluğun tarafsız bir şekilde ölçülmesini sağlamak için basit ve ekonomik bir protokol açıklıyoruz.

Lobüller Boyunca Farelerde Pulmoner Mikrovasküler Yoğunluğun Ölçülmesi

Öğrenin, sıçan memesi bezinde dallanma yoğunluğunu ve azalmasını Sholl analiziyle nicel olarak değerlendirmeyi. ImageJ kullanarak objektif ve tekrarlanabilir ölçümler elde edin.

Sıçan Memesi Bezinde Dallanma Yoğunluğunun Nicelleştirilmesi Sholl Analiz Yöntemini Kullanarak Bütünüyle Tutturulur

Daha fazla video keşfet