Name: Görüntü Analizi için Saat Tarama Protokolü: ImageJ Eklentileri (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-06-19T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 19 s
Description: Öğrenin, ImageJ eklentileriyle saat tarama protokolünü kullanarak görüntü analizi yapmayı. Bu yöntem, seçilen bölgelerdeki ortalama piksel yoğunluğunu hızlıca karakterize eder ve sinirbilim araştırmalarında değerli bir araçtır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Fuji ImageJ Saat Tarama eklentisinin kendi versiyonunu bizimle paylaştığımız ve programın bu sürümünü geliştirmemiz için bize ilham verdiğiniz için Dr. Tanja Maritzen&#39;e ve Dr. Fabian Feutlinske&#39;ye (Berlin, Almanya, Leibniz Moleküler Farmakoloji Enstitüsü) teşekkür ediyoruz. Ayrıca eklentiyi test etmek ve geliştirmek amacıyla bölümünün veri tabanındaki görüntüleri kullanmak için kendi izninizle Dr. Fritz Melchers&#39;a (Lymphocyte Development Departmanı, Max Planck Enfeksiyon Biyolojisi Enstitüsü) teşekkür ediyoruz. Destek: Translasyonel Sinirbilim Merkezi; NIH hibe: P30-GM110702-03.

1. Yazılım Kurulumu <ol><li> Paketlenmiş Java ve ImageJ veya Fiji ImageJ&#39;in ilgili web sitelerinde önerilen en son sürümlerini yükleyin (ilgili web sitelerine bağlantılar için malzeme tablosuna bakın). Aşağıdaki metinde her iki programa &quot;ImageJ&quot; denir. </li><li> Malzeme tablosunda verilen bağlantıyı kullanarak &quot;Clock_Scan-1.0.1. Jar&quot; ve &quot;Multi_Clock_Scan-1.0.1.jar&quot; eklenti dosyalarını kopyalayıp bunları ImageJ eklenti dizinine yapıştırın. Alternatif olarak, bu dosyalar bilgisayarın sabit disk sürücüsüne kaydedildikten sonra yüklemek için &quot;Eklentiler | Yükleme eklentisi&quot; menü seçeneğini kullanın. </li></ol> 2. Saat Tarama analizi <ol><li> Standart Saat Tarama eklentisi ( Şekil 1 ): <ol><li> İlgi çekici bir resmi açmak için ImageJ &quot;Dosya | Aç&quot; menü komutunu kullanın. </li><li> &#39;Çokgen&#39; aracını veya &#39;bölümlü çizgi seçimi&#39;ni tıklayınAracı seçin ve ardından ROI&#39;nin tamamını veya bu bölgenin bir bölümünü anahatlamak için görüntüyü çizin. Çokgen seçimi örneği (iç kesikli çizgi) için bkz. Şekil 1A. NOT: Yazılımda bulunan diğer seçim araçları (dikdörtgen, oval ve serbest el çizgisi seçimi) de kullanılabilir. </li><li> Standart saat tarama protokolü açılır pencere seçenek penceresini açmak için menüden &quot;Eklentiler | Saat Taraması&quot; nı seçin. Bu komutun ROI Yöneticisi penceresini otomatik olarak eklenen anahatla birlikte açacağını unutmayın. </li><li> Aşağıdakileri yapmak için eklenti seçenek penceresini kullanın. <ol><li> Kaydırma çubuklarını kullanarak veya ilgili giriş kutularındaki değerleri değiştirerek ROI merkezinin X ve Y koordinatlarını gözden geçirin ve değiştirin (fiziksel kütle merkezinin koordinatları olarak otomatik olarak hesaplanır). Şekil 1 B&#39;ye bakın. </li><li> Nesne dışındaki arka plan bölgesinin ne kadarına bağlı olarakTarama kapsamına girmek için &quot;tarama limiti&quot; kaydırma çubuğunu kullanarak tarama sınırlarını ayarlayın. Bakınız Şekil 1 A. NOT: Tarama sınırı, taramanın belirli bir yönde nesne sınırının ötesine ne kadar ilerleyeceğini gösteren kesirli sayıdır; Varsayılan değer 1.20 olup tarama uzunluğu tarama yönünde nesne yarıçapından% 20 daha uzun olacağını belirtir; Bakınız Şekil 1A, dışa kesik çizgi). </li><li> &quot;Gerçek yarıçap&quot;, &quot;arka plan çıkar&quot;, &quot;kutup dönüşümü&quot; ve / veya &quot;standart sapma ile çizim&quot; onay kutularını kullanarak eklentinin çıktısını değiştirin. </li><li> Eklentiyi çalıştırmak için &quot;Tamam&quot; ı tıklayın. Bakınız Şekil 1 C-H . NOT: &quot;Standart sapma ile çizim&quot; ve &quot;kutupsal dönüşüm&quot; ya da &quot;gerçek yarıçap&quot; ve &quot;kutupsal transfüzyon&quot; protokollerinin çıktı örnekleriOrm &quot;seçenekleri seçildiğinde, sırasıyla Şekil 1C ve 1D ve Şekil 1E ve 1F&#39;de gösterilmiştir Hesaplanan standart sapma (SD) değerleri, nesnenin radyal piksel yoğunluk taramaları arasındaki değişimi göstermektedir Not Ayrıca&quot; ROI seçimi Piksel olarak ölçülen ROI anahat uzunluğu hakkındaki bilgileri görüntüleyen eklenti penceresinde &quot;uzunluk&quot; satırı içerir. </li></ol></li><li> Oluşturulan &quot;Saat Tarama Profili Çizimi&quot; nde, Gri tonlama görüntüleri için iki, X ve Y veri sütunlarında ve RGB görüntüler için X ve dört Y veri sütununda gösterilen değerleri çizmek için &quot;Liste&quot; komutunu kullanın; bunlardan Y0, Y1, Y2 ve Y3 sütunları, integral ve bireysel (kırmızı, yeşil ve mavi) renk kanalı piksel yoğunluk değerleri ile doldurulacaktır. </li></ol></li><li> Çoklu ROI Saat Tarama eklentisi - birden fazla ROI ile çalışma ( <strongClass = &quot;xfig&quot;&gt; Şekil 2 ): <ol><li> Birden fazla ROI içeren bir resim açın. </li><li> &quot;Çözümle | Araçlar | ROI Yöneticisi&quot; yi tıklayarak ROI Yöneticisi&#39;ni açın. </li><li> Ardışık olarak özetleyin (adım 2.1.2&#39;ye bakın) ve ROI Yöneticisi penceresine &quot;Ekle&quot; düğmesini tıklatarak ROI Yöneticisine her bir ROI&#39;yi ekleyin; Bunu görüntüdeki tüm ROI&#39;ler için yapın. ROI metrikleri ilgileniyorsa, &quot;Analyze | Measure&quot; komutunu kullanın. <ol><li> Birden çok parçalı çizgi seçimi örneği için Şekil 2A&#39;ya ve çoklu çokgen seçimlerine örnek olarak Şekil 2E&#39;ye bakınız. </li></ol></li><li> Protokol seçenekleri açılır penceresini açmak için &quot;Eklentiler&quot; menüsünden &quot;Çoklu Saat Taraması&quot; nı seçin. </li><li> Aşağıdakileri yapmak için protokol seçenek penceresini kullanın. <ol><li> Gerekirse, tarama sınırını adım 2.1.4.2&#39;ye göre sıfırlayın; Varsayılan değer 1.20&#39;dir. </li><li> Gerekirse opt&#39;ı seçinStandart sapma ile çiz &quot;kutusunu işaretleyerek SD çubuklarıyla ortalama saat tarama profilini çizmek için kullanın. Bakınız Şekil 2 C ve D. NOT: Hesaplanan SD değerleri, farklı nesnelerin ayrılmaz saat tarama profilleri arasındaki değişimi temsil edecektir. Ayrıca eklenti penceresindeki &quot;seçilen ROI&#39;lerin sayısı&quot; ile ilgili bilgileri gösteren satırı unutmayın. </li><li> Protokolü çalıştırmak için &quot;Tamam&quot; ı tıklayın. </li></ol></li><li> Oluşturulan &quot;Saat Tarama Profili Plotu&quot; nda, &quot;Plot Values&quot; penceresinde görüntülenen değerleri çizmek için &quot;List&quot; komutunu kullanın. Renk kanalına göre sütun atanması için &quot;Multi Clock Scan Profile Plot&quot; penceresi göstergesine bakın. </li><li> ROI&#39;lerin numaralandırıldığına ve belirli bir renk kanalı için saat tarama profillerinin, ROI&#39;lerin ana hatlarıyla çizildiği ve &quot;ROI Yöneticisi&quot; ne eklendiği sırayla çizildiğine dikkat edin. </li></ol></li><li> MulTiple ROI Saat Tarama eklentisi - bir görüntü yığınıyla çalışmak ( Şekil 3 ): <ol><li> İlgilenilen bir görüntü yığını açın. </li><li> &quot;Çözümle | Araçlar | ROI Yöneticisi&quot; yi tıklayarak ROI Yöneticisi&#39;ni açın. </li><li> 2.1.2 ve 2.2.3 adımlarında açıklandığı gibi, yığın içindeki görüntülerin ROI&#39;sini özetleyip ROI yöneticisine ekleyin. ROI metrikleri ilgileniyorsa, &quot;Analyze | Measure&quot; komutunu kullanın. </li><li> Protokol seçenekleri açılır penceresini açmak için &quot;Eklentiler&quot; menüsünden &quot;Çoklu Saat Taraması&quot; nı seçin. </li><li> Aşağıdakileri yapmak için protokol seçenek penceresini kullanın. <ol><li> Tarama sınırını adım 2.1.4.2&#39;de açıklandığı gibi sıfırlayın; Varsayılan değer 1.20&#39;dir. </li><li> &#39;Ortalama sapma ile çizim&#39; kutusunu işaretleyerek, SD tarama çubuklarıyla ortalama saat tarama profilini çizme seçeneğini seçin. NOT: Hesaplanmış SD değerleri, görüntü stanasında seçilen nesnenin farklı örnekleri arasındaki değişimi temsil edecektirck. Ayrıca, eklenti penceresindeki &quot;sayıdaki yığın sayısı&quot; ile ilgili bilgileri gösteren satırı unutmayın. </li><li> Protokolü çalıştırmak için &quot;Tamam&quot; ı tıklayın. </li></ol></li><li> &quot;Saat Tarama Profili Çizimi&quot; penceresinde, &quot;Çizim Değerleri&quot; penceresinde görüntülenen değerleri (Y sütun numarasının yığın içindeki görüntü konumunu temsil ettiği - 1) gösteren değerleri görüntülemek için &quot;Liste&quot; yi tıklayın. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Dobretsov, M., Romanovsky, D. "Clock-scan" protocol for image analysis. Am J Physiol Cell Physiol. 291, 869-879 (2006).</li>
<li>Feutlinske, F., Browarski, M., Ku, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stonin1+mediates+endocytosis+of+the+proteoglycan+NG2+and+regulates+focal+adhesion+dynamics+and+cell+motility%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Stonin1 mediates endocytosis of the proteoglycan NG2 and regulates focal adhesion dynamics and cell motility.</a> Nat Commun. 6, 8535(2015).</li>
<li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NIH+Image+to+ImageJ%3A+25+years+of+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9, 671-675 (2012).</li>
<li>Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9, 676-682 (2012).</li>
<li>Dobretsov, M., Hastings, S. L., Stimers, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-uniform+expression+of+alpha+subunit+isoforms+of+the+Na%2B%2FK%2B+pump+in+rat+dorsal+root+ganglia+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Res%22%5BJournal%5D)">Non-uniform expression of alpha subunit isoforms of the Na+/K+ pump in rat dorsal root ganglia neurons.</a> Brain Res. 821, 212-217 (1999).</li>
<li>Hayar, A., Gu, C., Al-Chaer, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+method+for+patch+clamp+recording+and+calcium+imaging+of+neurons+in+the+intact+dorsal+root+ganglion+in+rats%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">An improved method for patch clamp recording and calcium imaging of neurons in the intact dorsal root ganglion in rats.</a> J Neurosci Methods. 173, 74-82 (2008).</li>
<li>Dobretsov, M., Pierce, D., Light, K. E., Kockara, N. T., Kozhemyakin, M., Wight, P. A. Transgenic mouse model to selectively identify alpha3 Na,K-ATPase expressing cells in the nervous system. Society for Neuroscience. , Online Program No. 123.01/B54 1(2015).</li>
<li>Lein, E. S., Hawrylycz, M. J., Ao, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+atlas+of+gene+expression+in+the+adult+mouse+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain.</a> Nature. 445, 168-176 (2007).</li>
<li>Romanovsky, D., Mrak, R. E., Dobretsov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Age-dependent+decline+in+density+of+human+nerve+and+spinal+ganglia+neurons+expressing+the+alpha3+isoform+of+Na%2FK-ATPase%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Age-dependent decline in density of human nerve and spinal ganglia neurons expressing the alpha3 isoform of Na/K-ATPase.</a> Neuroscience. 310, 342-353 (2015).</li>
<li>Campbell, J., Singh, D., Hollett, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+selective+photoconductive+stimulation+of+live+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Spatially selective photoconductive stimulation of live neurons.</a> Front Cell Neurosci. 8, 142(2014).</li>
<li>Yuryev, M., Pellegrino, C., Jokinen, V., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4701926/">In vivo Calcium Imaging of Evoked Calcium Waves in the Embryonic Cortex.</a> Front Cell Neurosci. 9, 500(2015).</li>
<li>Qiao, M., Sanes, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+Method+for+Labeling+Electrically+Coupled+Cells%3A+Application+to+Retina%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Genetic Method for Labeling Electrically Coupled Cells: Application to Retina.</a> Front Mol Neurosci. 8, 81(2015).</li>
</ol>

Yazarlar rakip mali çıkarları veya başka çıkar çatışması olmadıklarını beyan ettiler.

Saat Tarama Protokolü: Saat Tarama protokolü hızlı ve basit bir görüntü analizi aracıdır. Bu protokolün avantajları, görüntü analizinin mevcut yaygın yaklaşımları (doğrusal piksel yoğunluğu taramaları veya ROI&#39;nin ortalama piksel yoğunluğunun hesaplanması gibi) ile karşılaştırıldığında önceki yayınlar 1 , 9&#39;da ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Kısaca, bu protokol, nesnenin kenarlığı gibi ROI merkezinden farklı uzaklıklarda bulunan pikselle...

Bu çalışmanın amacı, bu tür bir görüntü analiziyle ilgilenen herhangi bir araştırmacıya platformdan bağımsız ve serbestçe erişilebilen bir Saat Tarama protokolü sunmaktır. Saat Tarama protokolü, daha iyi bütünleştirici kapasiteye ve gelişmiş mekansal çözünürlüğe sahip bir yöntem olan, konveks biçimli ilgi alanı (ROI) içindeki mevcut piksel yoğunluğu niceleme yöntemlerini geliştirmeyi amaçlayan, orijinal olarak 2006&#39;da geliştirildi. Satın alma işlemi sırasında, protokol, &quot;arka plan&quot; piksel yoğunluğunu ölçmek amacıyla ROI merkezinden kenara veya taramalı ROI dışındaki önceden belirlenmiş bir mesafeye taranan ardışık radyal piksel yoğunluğu profillerini toplar. Protokol, tarama yönünde ölçülen hücre yarıçapına göre bu profilleri ölçeklendirir. Böylece, merkezden her bir radyal taramanın ROI sınırına olan uzaklığı daima X ölçeğinin% 100&#39;üdür. Son olarak, program bu kişileri ortalama olarakAl profillerini tek bir radyal piksel yoğunluğu profiline dönüştürür. Ölçekleme nedeniyle, &quot;Saat Tarama&quot; protokolü tarafından üretilen ortalama piksel yoğunluğu profili, ne ROI boyutu ne de makul sınırlar içinde ROI şekline bağlı değildir. Bu yöntem, doğrudan ROI&#39;lerin profillerinin doğrudan karşılaştırılmasını veya gerekirse ortalamasını veya çıkarılmasını sağlar. Protokol, nesnenin dışında bulunan piksellerin ortalama yoğunluğunun basit bir çıkarılmasıyla arka plan gürültüsü için herhangi bir nesnenin integral piksel yoğunluğu profillerinin düzeltilmesine de olanak tanır. Sadece biyolojik örneklerde test edilmiş olsa da, protokolümüz orijinal bir noktanın etrafında düzenlenmiş fiziksel veya kimyasal süreç görüntüleri çalışmalarında kullanılan diğer mevcut görüntü analiz araçlarına değerli bir katkı sağlar (maddelerin bir nokta kaynaktan difüzyonu ) 1 . Bununla birlikte, orijinal görüntü analiz yönteminin en büyük kısıtlılığı protokolün devBir Visual Basic 6 (VB6) (kod ve bu nedenle, platforma bağımlı ve dağıtmak zordu (VB6 gerektiren) idi.) Bu soruna hitap etmek ve diğer araştırmacılar tarafından benzer yeni çabalara katılmak için 2 , VB6 Saat Taramasını Program kodunu NIH destekli ve serbestçe temin edilebilir açık kaynak ve platformdan bağımsız görüntü analiz programlarıyla uyumlu ImageJ 3 ve Fiji ImageJ 4&#39;e sahip iki Java tabanlı eklentiye dönüştürür.Ayrıca bu eklentiler, Birden fazla ROI ve görüntü yığınını işlemek için orijinal protokolün birçoğu.Birçok görüntü analizi uygulaması, birden çok nesnenin istatistiksel analizini gerçekleştirmek açısından kullanıcı dostu değildir ve bu nedenle genellikle sadece temsili veriler gösterilmektedir .. Çok Saatli Tarama ImageJ eklentisi ile, Aynı anda birden çok nesnenin analizini kolaylaştırmak mümkündür Mikroskopi verilerinin sağlam istatistiksel değerlendirmesi,Tekli hücreler / nesnelerdeki sinyal yoğunluğu dağılımı ile ilgili olarak, artık bu eklenti uzantısı ile mümkündür. Burada, Saat Tarama eklentilerini açıklıyor ve görüntü analizindeki uygulamalarının örneklerini gösteriyoruz.

<table><tbody><tr><td>Bilgisayar</td><td>Aşağıda listelenen yazılımlarla uyumlu</td><td>herhangi biri</td><td></td></tr><tr><td>ImageJ veya Fiji ImageJ</td><td>NIH</td><td>https://imagej.nih.gov/ij/ veya https://fiji.sc/</td> Java <td>1.8 veya üstü ile birlikte verilmiş</td></tr>, <tr><td>Saat tarama eklentileri</td><td>ücretsiz</td><td>https://sourceforge.net/projects/clockscan/</td> <td>Clock_Scan-1.0.1 jar ve Multi_Clock_Scan-1.0.1/ jar</td></tr><tr><td>Origin 9.0</td><td>OriginLab</td><td>Northampton, MA, ABD</td><td>Bu program, orijinal Saat Taraması verilerinin bazı grafiklerini oluşturmak için kullanıldı. Bu işlevi gerçekleştirmek için başka herhangi bir grafik yazılımı kullanılabilir</td></tr></tbody></table>

görüntü analizi için saat tarama protokolü: imagej eklentileri

Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins

Görüntü analizi için saat tarama protokolü, sınırdaki ve dışındaki (arka plan) kapalı veya bölmeli dışbükey biçimli bir bölge içindeki ortalama piksel yoğunluğunu ölçmek için etkili bir araçtır ve bu da ortalama bir radyal piksel- Yoğunluk profili. Bu protokol aslen 2006&#39;da görsel bir temel 6 senaryo olarak geliştirildi, ancak öyle olduğu gibi dağılımı sınırlıydı. Bu soruna hitap etmek ve başkaları tarafından benzer yeni çabalara katılmak için orijinal saat tarama protokol kodunu, NIH sponsorluğunda ve ImageJ veya Fiji ImageJ gibi özgürce mevcut görüntü analiz programlarıyla uyumlu olan iki Java tabanlı eklentiye dönüştürdük. Ayrıca, bu eklentilerin, birkaç farklı bölgenin analizi gibi orijinal protokolün yeteneklerini daha da genişleten birkaç yeni işlevi vardır. Programın ikinci özelliği, özellikle ilgili değişiklikleri belirlemenin önemli olduğu uygulamalarda yararlıdır.Zamana ve yere. Bu nedenle, biyolojik görüntü yığınlarının saat tarama analizi, tek bir hücre içerisinde Na + veya Ca ++ &#39; nin yayılmasının yanı sıra, sinaptik popülasyonlarda yayılma aktivitesinin ( örn. , Ca ++ dalgaları) analizine de uygulanabilir Bağlantılı veya boşluk birleşim bağlantılı hücreler. Burada, bu yeni saat tarama eklentilerini açıklıyor ve görüntü analizindeki uygulamalarının bazı örneklerini gösteriyoruz.

Buraya illüstrasyon amacıyla kullanılan resimler, önceki hücre ve doku biyolojik çalışmalarımızda 5 , 6 , 7 ve Allen Mouse Brain Atlas 8&#39;de oluşturulan veritabanlarından alınmıştır. Her iki eklenti de ImageJ 1.50i / Java 1.8.0_77, ImageJ 2.0.0-rc-44 / 1.50e / Java 1.8.9_66 ve Fiji ImageJ 2.0.0-rc54 / 1.51g / Java 1.8.0_66 program ortamı kullanılarak başarıyla test edi...

Bu yazı, &#39;Saat Tarama&#39; görüntü analizi için iki yeni ImageJ eklentisini açıklamaktadır. Bu eklentiler orijinal görsel temel 6 programının işlevselliğini genişletir ve daha da önemlisi, programı büyük bir araştırma topluluğunda ImageJ ücretsiz resim analizi yazılım paketi ile paketleyerek kullanılabilir hale getirir.

Görüntü Analizi için Saat Tarama Protokolü: ImageJ Eklentileri

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a ...

Bu saat tarama protokollerinin genel amacı, seçilen ilgi alanlarının içindeki, sınırları boyunca ve/veya dışındaki ortalama piksel yoğunluğunun hızlı bir şekilde karakterize edilmesini sağlamaktır. Bu yöntem, temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir ve görüntü analistlerine belirli ilgi alanları içindeki ortalama piksel yoğunluğu hakkında bilgi verebilir. Buradaki saat tarama tekniğinin temel avantajları, yörüngedeki tek veya birden fazla ilgi alanından ortalama piksel yoğunluğunu hızlıca karakterize etmek için kullanılabilmesidir.Standart saat tarama analizi için, uygun ImageJ programındaki Dosya menüsü altından Aç seçeneğini belirleyerek ilgilenilen görüntü dosyasını açın. Örneğin burada, ilgilenilen bir protein için işaretlenmiş nöronlar içeren bir doku kesiti analiz edilecektir. Uygun bir çizim aracını seçin ve ilgi bölgesinin ana hattını belirleyin.Standart saat tarama protokolü açılır seçenek penceresini açmak için Dosya menüsünden Plugin'ler ve Clock Scan'i seçin. Taslağı otomatik olarak eklenmiş olan ilgi alanı yöneticisi penceresi de açılacaktır. Plugin seçenek penceresinde, uygun şekilde ilgi alanının merkezindeki x ve y koordinatlarını değiştirmek için kaydırma çubuklarını kullanın.Nesnenin dışındaki arka plan bölgesinin ne kadarının tarama tarafından kapsanması gerektiğine bağlı olarak, tarama sınırlarını ayarlamak için tarama sınırı kaydırma çubuğunu kullanın. Deneysel olarak uygun şekilde gerçek yarıçap, arka planı çıkar, polar dönüşüm ve/veya standart sapma ile çizdir onay kutularını seçin. Ardından, eklentiyi çalıştırmak için Tamam'a tıklayın.Analiz tamamlandığında, daha ileri analizler için sayısal verilere erişmek üzere list komutunu kullanın. Birden fazla bölgenin saat taraması analizi için, birden fazla ilgi alanı içeren bir görüntü dosyası açın. Örneğin burada, az önce gösterildiği gibi, aynı doku kesiti içinde yakalanmış bir çerçeve paneli analiz edilecektir.Analyze, ardından Tools ve daha sonra Region of Interest Manager'a tıklayın ve her bir ilgi bölgesini belirlemek için uygun çizim aracını kullanın. Segmented line tool, asimetrik ilgi bölgelerini seçmek ve arka plan etiketlemelerini hariç tutmak için kullanışlıdır. Seçilen her bir ilgi bölgesini yöneticiye eklemek için Region of Interest Manager penceresindeki Add düğmesine tıklayın.Eklentiler menüsünden, protokol seçenekleri açılır penceresini açmak için Multi Clock Scan'i seçin ve gerekirse tarama sınırını sıfırlayın. Deneysel olarak uygunsa, standart sapma ile grafiği kontrol edin ve/veya arka planı çıkar kutucuklarını işaretleyin. Ardından, iki çıktı grafik penceresi oluşturacak olan protokolü çalıştırmak için Tamam'a tıklayın.Bir görüntü yığınının saat taraması analizi için, ilgili görüntü yığınını açın. Burada, hücre içi elektrot stimülasyonu öncesi ve sonrası görüntülenen, kalsiyuma duyarlı floresan ile işaretlenmiş izole bir dorsal kök ganglionuna ait görüntü yığını analiz edilecektir. Görüntü yığını içindeki ilgi bölgesini ana hatlarıyla belirleyin.Az önce gösterildiği gibi, seçilen görüntü yığınını ilgi alanı yöneticisine ekleyin ve protokol seçenekleri açılır penceresini açmak için Multi Clock Scan'i seçin. Gerektiğinde tarama sınırını sıfırlayın ve deneysel olarak uygunsa standart sapmalı grafiği ve/veya arka plan çıkarma kutucuklarını işaretleyin. Ardından, protokolü çalıştırmak için Tamam'a tıklayarak iki çıktı grafik penceresi oluşturun.Floresanla işaretlenmiş nöronların bir doku kesitinin bu temsili analizinde, ilgilenilen proteine ait parlak sinyal üzerinden bir ilgi bölgesi (ROI) çizilmiş ve ilgi bölgesinin merkezinden belirlenen tarama sınırına kadar radyal piksel yoğunluğu taramaları toplamak için standart bir saat yönlü tarama analizi gerçekleştirilmiştir. Radyal taramalar, tarama yönündeki ilgi bölgesi yarıçapına göre normalize edilmiştir. İntegral bir radyo piksel yoğunluk profili oluşturmak için alınan ortalama, ilgilenilen proteinin çoğunluğunun hücrenin plazma membranında ölçüldüğünü ortaya koymuştur.Bu analiz için standart sapmalı grafik seçildiğinden, dikey standart sapma çizgileri, tarama başlangıcından belirli bir mesafedeki bireysel radyal tarama profillerinin piksel yoğunlukları arasındaki farkı göstermiştir. Bu analizde, az önce gösterildiği gibi, nöron doku örneği içindeki birden fazla ilgi alanı taranmış ve ilgi alanı yöneticisine eklendikleri sırayla, taranan her bir nesne için integral bir piksel yoğunluk profili oluşturulmuştur. Ayrıca, seçilen her bir ilgi alanı için ortalama bir piksel yoğunluk profili elde edilmiştir.Bu nedenle, bu standart sapma çubukları, bireysel radyal taramalardan ziyade, bireysel nesnelerin integral taramaları arasındaki değişkenliği temsil etmektedir. Burada, hücre içi elektrot aracılığıyla stimülasyondan önce ve sonra, farklı zamanlarda görüntülenen izole bir dorsal kök ganglion nöronunun görüntü yığını analizi gerçekleştirilmiştir. Analizin sonunda, yığındaki farklı görüntülerde yer alan ilgi odağı nesnenin bireysel örneklerine ait bir integral piksel yoğunluk profili ve nesnenin tüm örnekleri için ortalama bir piksel yoğunluk profili görüntülenmiştir.Ayrıca, bir saat tarama (clock scan) görüntü yığınına uygulanan standart sapma analizi, görüntü yığını boyunca gerçekleştirilen integral taramalar arasındaki veri değişkenliğini ortaya koymaktadır. Bu videoyu izledikten sonra, saat tarama eklentilerini kullanarak piksel yoğunluklarının nasıl ölçüleceği konusunda iyi bir anlayış kazanmış olmalısınız. Bu eklentileri geliştirme amacımız, bu tür görüntü analizlerini her araştırmacı için ücretsiz olarak erişilebilir kılmaktı.Saat tarama protokolünün, biyolojik, kimyasal ve fiziksel görüntüleme uygulamaları da dahil olmak ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere, birçok araştırma alanında kullanılacağına inanıyoruz. Bu saat tarama eklentilerini geliştirmeye ve işletmeye devam ederken, ilgili taraflardan bu araçların nasıl iyileştirilebileceğine dair her türlü geri bildirimi ve öneriyi memnuniyetle karşılarız.

clock-scan-protocol-for-image-analysis-imagej-plugins

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Yüksek çözünürlüklü Ca Detayları...

Odak Ca 2 +</supDüz kas> Geçici Algılama

Kaynak: Mukherjee, K., et. al. Beyin Mitokondrilerinin Seri Blok Yüz Taramalı Elektron Mikroskobu Kullanılarak Analizi. J. Vis. Uzm.  (2016)Bu video hazırlığı göstermektedir,  Mitokondriyal üst yapıyı görselleştirmek için bir seri blok yüz taramalı elektron mikroskobu (SBFSEM) kullanarak fare beyin dokusunun görüntülenmesi ve analizi, aksonal ve dendritik nöronal bölmelerdeki morfolojilerinin ve uzamsal dağılımlarının hassas bir şekilde haritalanmasını sağlar.

 Nöronal Mitokondrinin Seri Blok Yüz Taramalı Elektron Mikroskobu Kullanılarak Görüntülenmesi

Bu makale, iki yeni açık kaynaklı ImageJ eklentisi aracılığıyla hemositometre ve migrasyon/invazyon mikrograflarının miktar tayinini açıklamaktadır: Hücre Konsantrasyonu Hesaplayıcısı ve migrasyon tahlili Sayacı.  Ayrıca, görüntü alma ve kalibrasyon protokollerini açıklar ve eklentilerin giriş gereksinimlerini ayrıntılı olarak tartışır.

ImageJ Eklentileri Kullanma Hücre Sayım Usul Otomatik Niceleme ve Analizi

Biz segmentlere ve bir ImageJ eklentisi kullanarak kemik'ın dış sınırında göre 2D ve 3D görüntü için Trabeküler kemik miktarının için bir iş akışı mevcut. Bu yaklaşım daha verimli ve geçerli el ile yaklaşım el şekillendirmenin daha doğru ve geçerli ticari yazılım kullanılamaz katman katman quantifications sağlar.

Segmentasyon ve Trabeküler kemik bir Imagej Plugin tarafından miktar sınırı dış destekli

Microglia anket ve değişmiş beyin fizyolojisi kantitatif değerlendirilecek morfolojik değişiklikleri ile tepki beyin bağışıklık hücreleri vardır. Bu iletişim kuralı özetliyor bir ImageJ microglia morfoloji hücre yaklaşım, karmaşıklık ve şekli gibi ölçümleri göre sürekli veri olarak temsil etmek için analiz protokolüne dayalı.

ImageJ kullanarak doku hazırlanan immünhistokimya Photomicrographs üzerinden Microglia morfoloji miktarının

Burada şeffaf nörovasküler hayaletler imalatı ve akışını orada karakterize için Basitleştirilmiş Yöntem mevcut. Biz birkaç önemli parametreler vurgulayın ve alan doğruluk ile ilişkilerini göstermektedir.

Mezo-ölçek Partikül İmaj Velosimetri çalışmaları nörovasküler Vitro akar

Genetik olarak kodlanmış Ca2 + göstergeleri (turk) nasıl yerinde Ca2 + görüntüleme gerçekleştirilir kökten değişti. Veri kurtarma gibi kayıtları en üst düzeye çıkarmak için Ca2 + sinyal uygun analiz gereklidir. Bu kağıt Protokoller'de Ca sinyalleri2 + yerinde kronolojik zamanmekansal haritalama ve analiz parçacık tabanlı kullanarak kaydedilen miktar kolaylaştırmak.

Kendisinin geçici eşleme ve parçacık analiz teknikleri intrasellüler Ca sinyal2 + in Situ ölçmek için uygulamaları

Burada sunulan yöntem, memeliyle ilgili kültürlerin içinde uzamsal organizasyon ortaya çıkarmak için nicel görüntüleme ile birlikte micropatterning kullanır. Teknik standart bir hücre biyoloji laboratuarında kurmak kolaydır ve in vitro desen çalışması için bir uysal sistemi sunar.

Meme hücrelerinin Mikrodesenler ve nicel görüntüleme kullanarak acil uzamsal organizasyonu haritalama

Biz psödomonas aeruginosa sürüleri bakteriyofaj (faj) ve antibiyotik stres bir flatbed belge tarayıcı kullanarak yanıt yüksek çözünürlüklü zaman atlamalı filmler üretmek için basit bir yöntem detay. Bu prosedür, sürü dinamiklerini izlemek için hızlı ve basit bir yöntemdir ve diğer bakteri türlerinin hareketliliğini ve büyümesini incelemek için uyarlanabilir.

Bakteriyel Sürülerin Hızlandırılmış Görüntülemesi ve Kolektif Stres Tepkisi

Bu protokol, aktif olarak kasıtlı bir kardiyak trabecula ex vivo'dansarkom, kalsiyum ve makroskopik geometrik verilerin bir koleksiyonunu sunar. Bu eşzamanlı ölçümler üç görüntüleme yönteminin entegrasyonu ile mümkün olmaktadır.

Kardiyak Trabeculae Ex Vivo'nun Eşzamanlı Brightfield, Floresan ve Optik Tutarlılık Tomografik Görüntülemesi

Bu yöntem, koloni oluşturma birimlerine (CFU'lar) plaka oluşturmak için 96 kuyucuklu bir plaka formatı kullanarak mikrobiyal bolluğu ölçer ve tüm sinek homojenat numunelerinde Drosophila mikrobiyomuna uygulanır. CFU'lar, burada sağlanan otomatik bir görüntü analiz yazılımı ile sayılır.

Drosophila Mikrobiyomuna Uygulanan 96 Delikli Plaka Formatında Hızlı Koloni Oluşturma Birimi Sayımı

Öğrenin, ImageJ eklentileriyle saat tarama protokolünü kullanarak görüntü analizi yapmayı. Bu yöntem, seçilen bölgelerdeki ortalama piksel yoğunluğunu hızlıca karakterize eder ve sinirbilim araştırmalarında değerli bir araçtır.

Görüntü Analizi için Saat Tarama Protokolü: ImageJ Eklentileri

Daha fazla video keşfet