Name: Situ Shewanella Corynebacterium MR1 biyofilmler SALVI ve ToF-SIMS tarafından karakterizasyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-08-18T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Öğrenin, Shewanella oneidensis MR-1 biyofilmlerini SALVI mikroakışkan reaktöründe yetiştirerek ToF-SIMS ile kimyasal dağılım haritalaması yapma yöntemini. Bu teknik, canlı biyofilmlerin doğal nemli durumlarında görüntülenmesini sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Destek için Pacific Northwest Ulusal Laboratuvarı (PNNL) toprak ve Biyolojik Bilimler (EBD) misyonu tohum laboratuvar yönelik araştırma ve geliştirme (LDRD) Fonu için sana şükrediyoruz. Enstrümantal erişim bir W. R. Wiley çevre moleküler Bilimleri Laboratuvarı (EMSL) genel kullanıcı öneri ile sağlandı. EMSL sponsor tarafından Office biyolojik ve çevresel araştırma (BER) PNNL adlı bir Ulusal Bilimsel kullanıcı tesisidir. Yazarlar Dr Yuanzhao Ding el yazması okuma ve yararlı geribildirim sağlama ispat için teşekkür ederiz. PNNL için sözleşme DE-AC05-76RL01830 altında DOE Battelle tarafından işletilmektedir.

<ol><li>Renner, L. D., Weibel, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physicochemical+regulation+of+biofilm+formation%5BTitle%5D)+AND+%22MRS+Bull%22%5BJournal%5D)">Physicochemical regulation of biofilm formation.</a> MRS Bull. 36 (5), 347-355 (2011).</li>
<li>Flemming, H. C., Wingender, J. <a target="_blank" href="http://www.nature.com/nrmicro/journal/v8/n9/abs/nrmicro2415.html">The biofilm matrix.</a> Nat Rev Microbiol. 8 (9), 623-633 (2010).</li>
<li>Aldeek, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterned+hydrophobic+domains+in+the+exopolymer+matrix+of+Shewanella+oneidensis+MR-1+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Patterned hydrophobic domains in the exopolymer matrix of Shewanella oneidensis MR-1 biofilms.</a> Appl Environ Microbiol. 79 (4), 1400-1402 (2013).</li>
<li>Hua, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+molecular+imaging+of+a+hydrated+biofilm+in+a+microfluidic+reactor+by+ToF-SIMS%5BTitle%5D)+AND+%22Analyst%22%5BJournal%5D)">In situ molecular imaging of a hydrated biofilm in a microfluidic reactor by ToF-SIMS.</a> Analyst. 139 (7), 1609-1613 (2014).</li>
<li>Yu, X. Y., Yang, L., Cowin, J. P., Iedema, M., Zhu, Z. Systems and methods for analyzing liquids under vacuum. US Patent. , (2013).</li>
<li>Yu, X. Y., Liu, B., Yang, L., Zhu, Z., Marshall, M. J. Microfluidic electrochemical device and process for chemical imaging and electrochemical analysis at the electrode-liquid interface in situ. US Patent. , (2014).</li>
<li>Yang, L., Yu, X. Y., Zhu, Z. H., Thevuthasan, T., Cowin, J. P. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/234016179_Making_a_hybrid_microfluidic_platform_compatible_for_in_situ_imaging_by_vacuum-based_techniques">Making a hybrid microfluidic platform compatible for in situ imaging by vacuum-based techniques.</a> J Vac Sci Technol A. 29 (6), (2011).</li>
<li>Yang, L., Yu, X. Y., Zhu, Z. H., Iedema, M. J., Cowin, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+liquid+surfaces+under+vacuum+using+SEM+and+ToF-SIMS%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Chip%22%5BJournal%5D)">Probing liquid surfaces under vacuum using SEM and ToF-SIMS.</a> Lab Chip. 11 (15), 2481-2484 (2011).</li>
<li>Ding, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+Situ+Molecular+Imaging+of+the+Biofilm+and+Its+Matrix%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">In Situ Molecular Imaging of the Biofilm and Its Matrix.</a> Anal Chem. , (2016).</li>
<li>Yang, J., Ghobadian, S., Montazami, R., Hashemi, N. Proceedings of the Asme 11th Fuel Cell Science, Engineering, and Technology Conference, 2013. , (2013).</li>
<li>Yu, F., Wang, C. X., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.mdpi.com/1996-1944/9/10/807">Applications of Graphene-Modified Electrodes in Microbial Fuel Cells.</a> Materials. 9 (10), (2016).</li>
<li>Yu, J., Zhou, Y., Hua, X., Zhu, Z., Yu, X. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+Situ+Characterization+of+Hydrated+Proteins+in+Water+by+SALVI+and+ToF-SIMS%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">In Situ Characterization of Hydrated Proteins in Water by SALVI and ToF-SIMS.</a> J Vis Exp. (108), e53708(2016).</li>
<li>Hill, E. A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Effects+of+Electron-Transport-System+Impairment+on+Hydrogen+Gas+Production+by+the+Bacterium+Shewanella+oneidensis+MR-1%22">Effects of Electron-Transport-System Impairment on Hydrogen Gas Production by the Bacterium Shewanella oneidensis MR-1</a>. , Washington State University. Master's thesis (2007).</li>
<li>McCormick, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2015/EE/C4EE03875D#!divAbstract">Biophotovoltaics: oxygenic photosynthetic organisms in the world of bioelectrochemical systems.</a> Energy Environ Sci. 8 (4), 1092-1109 (2015).</li>
<li>Liu, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+chemical+probing+of+the+electrode-electrolyte+interface+by+ToF-SIMS%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Chip%22%5BJournal%5D)">In situ chemical probing of the electrode-electrolyte interface by ToF-SIMS.</a> Lab Chip. 14, 855-859 (2014).</li>
<li>Keune, K., Hoogland, F., Boon, J. J., Peggie, D., Higgitt, C. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1387380608004259">Evaluation of the "added value" of SIMS: A mass spectrometric and spectroscopic study of an unusual Naples yellow oil paint reconstruction.</a> Int J mass Spectrom. 284 (1-3), 22-34 (2009).</li>
<li>Lee, M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLee%2C+M+%22Mass+Spectrometry+Handbook%22">Mass Spectrometry Handbook</a>. , John Wiley & Sons Inc. 988(2012).</li>
<li>Petrovic, M., Barcelo, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+anionic+and+nonionic+surfactants%2C+their+degradation+products%2C+and+endocrine-disrupting+compounds+in+sewage+sludge+by+liquid+chromatography%2Fmass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Determination of anionic and nonionic surfactants, their degradation products, and endocrine-disrupting compounds in sewage sludge by liquid chromatography/mass spectrometry.</a> Anal Chem. 72 (19), 4560-4567 (2000).</li>
<li>Vickerman, J. C. <a target="_blank" href="http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2011/an/c1an00008j#!divAbstract">Molecular Imaging and Depth Profiling by Mass Spectrometry--Sims, MALDI or DESI.</a> Analyst. 136 (11), (2011).</li>
<li>Weng, L. T., Bertrand, P., Stonemasui, J. H., Stone, W. E. E. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sia.740210611/abstract">Tof Sims Study of the Desorption of Emulsifiers from Polystyrene Latexes.</a> Surf Interface Anal. 21 (6-7), 387-394 (1994).</li>
<li>Peñuelas-Urquides, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+of+Mycobacterium+tuberculosis+crowth.+A+correlation+of+the+optical+measurements+with+colony+forming+units%5BTitle%5D)+AND+%22Braz+J+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Measuring of Mycobacterium tuberculosis crowth. A correlation of the optical measurements with colony forming units.</a> Braz J Microbiol. 44 (1), 287-289 (2013).</li>
<li>Dohnalkova, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+hydrated+microbial+extracellular+polymers%3A+comparative+analysis+by+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Imaging hydrated microbial extracellular polymers: comparative analysis by electron microscopy.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (4), 1254-1262 (2011).</li>
<li>Yang, L., et al. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sia.5252/abstract">In situ SEM and ToF-SIMS analysis of IgG conjugated gold nanoparticles at aqueous surfaces.</a> Surf Interface Anal. 46, 224-228 (2013).</li>
<li>Yu, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capturing+the+transient+species+at+the+electrode-electrolyte+interface+by+in+situ+dynamic+molecular+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Commun%22%5BJournal%5D)">Capturing the transient species at the electrode-electrolyte interface by in situ dynamic molecular imaging.</a> Chem Commun. 52 (73), 10952-10955 (2016).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Günlük-aşamasında aşı sonra gün ve 3.1 adımda anlatıldığı gibi sağlıklı ve görüntüleme için kalın önce hangi biyofilm büyümesini sıcaklık test etmek önemlidir. Bu yordam özellikle S. Corynebacterium MR1 biyofilm oda sıcaklığında kültür kapsar; ancak farklı oda sıcaklığında büyüme oranının etkisi altına alabiliyor. Bu nedenle, bu biyofilm ToF-SIMS analize devam etmeden önce hazır olup olmadığını anlamak için optik görüntüleme kullanmak önemlidir. Benzer şekilde, farklı bakteri suşları farklı büyüme koşulları ve analiz içi...

Bakteriyel biyofilmler neyin hücreleri eklemek ve birçok olası ortamlarda hayatta edebiliyoruz olumsuz fiziksel ve mekanik uyaranlara değişen hayatta kalmak bakteri için bir savunma olarak zaman içinde geliştiğini yüzey ilişkili topluluklar vardır. 1 , 2 biyofilmler büyük ölçüde incelenmiştir ve Biyomedikal, Biyomedikal Mühendisliği, tarım ve endüstriyel araştırma ve geliştirme gibi birçok alanda uygulamaları vardır. 1 , 2 kimyasal eşleme onların kendi ürettiği ekstraselüler polimer madde (EPS) ve yerel su-küme çevreleri de dahil olmak üzere bu karmaşık mikrobiyal toplulukların anlama doğru kazanıyor esastır ve detaylı biyolojik faaliyetlerini tasviri. 2
Biyofilmler var ve çok sulu bir devlet içinde büyür. Bu vakum uçucu sıvılar eğitim zorluk nedeniyle uçuş zaman ikincil iyon kütle spektrometresi (ToF-SIMS) gibi vakum tabanlı yüzey analiz teknikleri kullanarak büyük bir meydan okuma sunuyor. Sonuç olarak, vakum tabanlı yüzey analiz teknikleri biyofilm örnekleri kurutulmuş durumlarına, neredeyse sadece eğitim için sınırlı olmuştur. Ancak, bir biyofilm kurutulmuş haliyle okuyan onun gerçek biyolojik microenvironment doğru incelenmesi engeller. Bu kez situ içinde sıvı çalışmaları için Kuru biyofilm kitle spektral sonuçları karşılaştırarak sonra gösterdi EPS bütünlüğü ve biyofilm Morfoloji, köklü değişikliklere neden olur. 3 , 4 bu makale biyofilmler onların doğal sulu devlet içinde bizim sistem kullanım analizi, sıvı vakum arabirimi (SALVI),5,6 mikrosıvısal reaktör için istihdam ederek eğitim için bir çözüm sunar bu Böylece hala bir vakum içinde sıvı matris yapısal bütünlüğünü koruyarak ikincil iyon sonda ışın doğrudan erişim sağlayan polydimethylsiloxane (PMDS), yapılan bir microchannel onun ince silikon Nitrür (günah) membran altında sıvı içerir odası. 7 , 8
S. Corynebacterium Bay-1 yeşil Floresans protein (GFP) hızlı mutasyona metabolik çok yönlülük ve dayanıyordu çevre ve uygulamalı Mikrobiyoloji içinde yaygın kullanımı nedeniyle bu biyofilm yordamı illüstrasyon için bir model organizma olarak seçildi ağır metal azaltma ve ekstraselüler elektron transferi için kendi benzersiz yeteneğini. 9 , 10 , 11 Ayrıca, GFP varlığı kolay sürekli biyofilm-Floresans mikroskobu ile izleme, floresein isothiocyanate (FITC) filtre kullanarak kalınlığı için izin. Bizim önceki çalışmalar bu bakteri operando içinde Floresans Imaging'i kullanma ilâ 100 mikrometre kalınlığında bir biyofilm büyümesi için günah penceresine ek lehine kanıt göstermiştir. 4 , 12 bu kağıt sadece onay Floresans mikroskobu aracılığıyla biyofilm'ın varlığının ele alınacak, SALVI süper çözünürlük gibi diğer optik görüntüleme yöntemleri ile uyumlu iken Floresans görüntüleme (yani, yapılandırılmış aydınlatma mikroskobu (SIM)9) ve confocal lazer mikroskobu (CLSM)4Imaging tarama). Optik görüntü biyofilm kalınlığını ölçmek için hizmet ve göründüğü kalınlığı ve onun eki günah penceresine onaylayan bir 3D görüntü, biyofilm şeklinde elde edilir. 9 iken GFP SIMS analizde kullanılan, Corynebacterium S. GFP olmadan büyüme eğrisi için optik yoğunluk bu tek gerekli ölçüyü kullanıldı ve floresan herhangi bir görüntüleme gerek yoktu. Genel olarak, GFP arasındaki farkı öğesini ve büyüme eğrisi etiketsiz türler önemsizdir. Ayrıca, bu iletişim kuralını yordamı açıklamak için bir model organizma S. Corynebacterium Bay-1 GFP kullanırken bu yordamı SALVI içinde ekimi için gerekli olabilir bakteriyel herhangi bir zorlanma için tasarlanmıştır. Rağmen bilgi gerekli bakteri baskı göz önüne alındığında, süresi, sıcaklık ve oksijen çevre gibi bazı büyüme koşullar kullanılmak üzere bakteri suşu içerecek şekilde değişiklik yapmanız gerekebilir. Büyüme orta için kültür için "nanowires" orta, tryptic soya suyu (TSB) dekstroz ve tryptic soya agar (TSA) dekstroz olmadan olmadan bu yordamı kullanır. "Nanowires" orta kompozisyon özel olarak büyüme ve membran uzantıları izleme için formüle edilmiştir ve küçük tel ve orta kompozisyon şekillenmeye görünen S. Corynebacterium periplasm oldu önceki araştırma içinde kurulan. 13 , 14
Situ üzerinde bizim önceki iletişim kuralı sıvı ToF-SIMS SALVI protein immobilizasyon ve günah, hem de detaylı bir protokol ToF-SIMS analiz ve veri azaltma eki için sunabileceği yarar resimli. 12 veri azaltma adımları yinelemek yerine, bu kağıt kurma ve biyofilmler bizim SALVI microchannel yanı sıra biyofilm varlığı ve kalınlığı önceden tespit etmek için görüntüleme adımları içinde yetiştirilmesi benzersiz bir yaklaşım yerine odaklanmak için görev yapacak ToF-SIMS analiz için. Biyofilmler daha önce örnekleri vakum tabanlı yüzey analitik teknikler TMMOB içinde sadece kurutulmuş için sınırlı sahip iken, canlı biyofilmler detaylı EPS ve biyofilm kimyasal eşleme şimdi in situ bu yeni özellik nedeniyle elde edilebilir.

<table><tbody><tr><td>ToF-Sims</td><td>İYONTOF</td><td>TOF. SIMS 5</td><td>Çözünürlük: >10.000 m/&Delta; kütle çözünürlüğü için m; >4.000 m/&Delta; yüksek uzamsal çözünürlük için m</td></tr><tr><td>Sıvı Vakum Arayüzünde Analiz Sistemi (SALVI)</td><td>Pasifik Kuzeybatı Ulusal Laboratuvarı</td><td>N/A</td><td>SALVI, ilk kez, uçuş süresi ikincil iyon kütle spektrometresi (ToF-SIMS) gibi vakum tabanlı bilimsel araçların sıvı yüzeyleri moleküler düzeyde doğal hallerinde analiz etmesini sağlayan benzersiz, bağımsız, taşınabilir bir analitik araçtır.</td></tr><tr><td>-80 derece; C Dondurucu</td><td>New Brunswick Scientific N</td><td>/A</td><td>U410 Premium Enerji Verimli Ultra Düşük Sıcaklık Dondurucu</td></tr><tr><td>4&deg; C Buzdolabı</td><td>BioCold Scientific N</td><td>/A</td><td>COLDBOX1</td></tr><tr><td>Orbital Çalkalayıcı</td><td>New Brunswick Scientific N</td><td>/A</td><td>Innova 4900 Çok Katmanlı Çevresel Çalkalayıcı, serum şişesi ve şişe kültürü için 30 santigrat dereceye ayarlanmış, 150 rpm'ye ayarlanmış.</td></tr><tr><td>Şırınga Pompası</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-74905-02</td><td>Cole-Parmer Şırınga Pompası, Yalnızca İnfüzyon, Dokunmatik Ekran Kontrolü 74905-02, boru sistemine ve SALVI'ye sabit bir akış hızında sıvı enjekte etmek için kullanılır.</td></tr><tr><td>Kuluçka makinesi</td><td>Barnstead International</td><td>LT1465X3</td><td>Lab-Line inkübatör, tabak kültürü için 30 santigrat dereceye ayarlanmıştır.</td></tr><tr><td>Otoklav</td><td>Getinge</td><td>533LS</td><td>PEEK bağlantı parçalarını, boru sistemlerini, serum şişelerini ve ortamı sterilize etmek için kullanılır. Model 533LS Vakumlu Buharlı Sterilizatör</td></tr><tr><td>Spektrofotometre</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>4001-000</td><td>GENESYS 20 büyüme eğrileri için küvetlerin OD600 okumaları için spektrofotometre.</td></tr><tr><td>Biyolojik Güvenlik Kabini</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1385</td><td>1300 Serisi AZ Biyolojik Güvenlik Kabini</td></tr><tr><td>Floresan Mikroskobu</td><td>Nikon</td><td>N/A</td><td>Nikon OPTIPHOT-2 floresan mikroskobu, kameralı ve süper yüksek basınçlı cıva lambalı güç kaynağı.</td></tr><tr><td>pH Metre</td><td>Mettler Toledo</td><td>51302803</td><td>pH değerini test etmek için kullanılır " nanoteller" bittikten sonra ve otoklavlamadan önce orta.</td></tr><tr><td>PEEK Union</td><td>Valco</td><td>ZU1TPK</td><td>SALVI'nin giriş ve çıkışını, şırıngayı boru sistemine ve SALVI'nin girişini boru sisteminin damlama odasına bağlamak için.</td></tr><tr><td>5 Eksen Örnek Aşaması</td><td>IONTOF</td><td>N/A</td><td>Aşaması, SALVI'yi ToF-SIMS'e monte etmek için kendi kendine üretilmiştir.</td></tr><tr><td>Barnstead Nanopure Su Arıtma Sistemi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>D11921</td><td>ROpure LP Ters Ozmoz filtrasyon modülü (D2716)</td></tr><tr><td>Pipet</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>21-377-821</td><td>Aralık: 100 ila 1.000 &micro;L.</td></tr><tr><td>Pipet Ucu</td><td>Neptün</td><td>2112.96.BS</td><td>1.000 & L pipet uçları</td></tr><tr><td>Tıraş Bıçağı Sapı</td><td>Stanley</td><td>N/A</td><td>Stanley Bostitch Tıraş Bıçağı Sıyırıcı, PTFE boru kesmek için kullanılan 5 Tek Kenarlı Bıçaklı</td></tr><tr><td>Şırınga</td><td>BD</td><td></td><td>309659 1 mL</td></tr><tr><td>Şırınga</td><td>BD</td><td>309657</td><td>3 mL</td></tr><tr><td>Şırınga</td><td>BD</td><td>309646</td><td>5 mL; Damlama odası yapmak için kullanılır</td></tr><tr><td>Şırınga</td><td>BD</td><td>309604</td><td>10 mL</td></tr><tr><td>Şırınga</td><td>BD</td><td>302830</td><td>20 mL</td></tr><tr><td>Tek Kullanımlık Pipet</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>13-678-11</td><td>25 mL Fisherbrand & trade; Serum şişelerini doldurmak için Büyüteç Şeritli Steril Polistiren Tek Kullanımlık Serolojik Pipetler.</td></tr><tr><td>Elektrikli Pipet Dolgusu</td><td>Pipet yardımcısı</td><td>P-57260</td><td>Vakum basınçlı elektrikli serolojik pipet dolgusu</td></tr><tr><td>Serum Şişesi</td><td>Sigma</td><td>33109-U</td><td>Şişe başına 20 mL kültür kullanımı için optimum olan kültür büyümesi için yaklaşık 69 mL sıvı tutar.</td></tr><tr><td>Anaerobik Kültür Tüpü</td><td>VWR</td><td>89167-178</td><td>Anaerobik Tüpler, 18 x 150 mm, 20 mm Mavi Bütil Kauçuk Tıpa ve Alüminyum Conta ile Birlikte Verilir.</td></tr><tr><td>Kauçuk Tıpa</td><td>Sigma</td><td>27235-U</td><td>Silikon tıpa, serum şişelerini kapatmak ve boru sistemi/damlama odası oluşturmak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Alüminyum Sıkma Contası (septumsuz)</td><td>Sigma</td><td>27227-U</td><td>Serum şişesi kıvırıcı ile kullanım için serum şişesinin üstü için alüminyum conta.</td></tr><tr><td>Serum Şişesi Alüminyum Conta Kıvırıcı</td><td>Wheaton</td><td>224307</td><td>standart contalı 30 mm kıvırıcı.</td></tr><tr><td>PTFE Boru</td><td>Supelco</td><td>58697-U</td><td>1,58 mm OD x 0,5 mm İç Çap 50 ft. PTFE Teflon boru, boru sistemini oluşturmak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Spektrofotometre ile kullanım için</td> <td>tek kullanımlık Küvetler</td><td>GMBH</td><td>759085D</td> 1.5 Ml.</tr><tr><td>İğne</td><td>BD</td><td>303015</td><td>22G; serum şişesi enjeksiyonu için kullanılır.</td></tr><tr><td>İğne</td><td>BD</td><td>305120</td><td>23G; damlama borusu sistemi oluşturmak için kauçuk tıpayı delmek için kullanılır.</td></tr><tr><td>Shewanella oneidensis MR-1 ile GFP</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Matthysse AG, Stretton S, Dandie C, McClure NC, & Goodman AE (1996) Escherichia coli dışındaki Gram negatif bakterilerde kullanım için GFP vektörlerinin oluşturulması. FEMS Microbiol Lett 145(1):87-94.&nbsp;</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>&nbsp; S25310A</td><td>Bu</td></tr><tr><td>protokolde kullanılan model organizmanın (S. oneidensis) kültürlenmesi için</td>%95 Denatüre<td>TSA</td><td>BD</td><td>212305</td> Triptik soya agar</tr><tr><td>PIPES Buffer</td><td>Sigma</td><td>P-1851</td><td>" için kullanılır nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sodyum Hidroksit</td><td>Sigma</td><td>S-5881</td><td>" için kullanılır nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Amonyum Klorür</td><td>Sigma</td><td>A-5666</td><td>" için kullanılır nanoteller" orta {Hill, EA 2007}</td></tr><tr><td>Potasyum Klorür</td><td>Sigma</td><td>P-4504</td><td>" için kullanılır nanoteller" orta {Hill, EA 2007}</td></tr><tr><td>Sodyum Fosfat Monobazik</td><td>Sigma</td><td>S-9638</td><td>" için kullanılır nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sodyum Klorür</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S271-3</td><td>" için kullanılır nanoteller" orta ve mineral çözeltisi yapmak için kullanılır " nanoteller" orta {Hill, EA 2007}</td></tr><tr><td>Sodyum laktat</td><td>Sigma</td><td>L-1375</td><td>%60(a/a) şurup @ %98 saf, d=1.3 g/mL, 7M, " nanoteller" orta {Hill, EA 2007}</td></tr><tr><td>Sodyum Bikarbonat</td><td>Sigma</td><td>S-5761</td><td>Ferrik NTA çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, EA 2007}</td></tr><tr><td>Nitrilotriasetik Asit Trisodyum Tuzu</td><td>Sigma</td><td>N-0253</td><td>Ferrik NTA çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Demir (III) Klorür</td><td>Sigma</td><td>451649</td><td>Ferrik NTA çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Magnezyum Sülfat</td><td>Sigma</td><td>208094</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Manganez (II) Sülfat Monohidrat</td><td>Sigma</td><td>M-7634</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Demir(II) Sülfat Heptahidrat</td><td>Sigma</td><td>215422</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Kalsiyum Klorür Dihidrat</td><td>Sigma</td><td>223506</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Kobalt(II) Klorür</td><td>Sigma</td><td>60818</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Çinko Klorür</td><td>Sigma</td><td>229997</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Bakır(II) Sülfat Pentahidrat</td><td>Sigma</td><td>C-8027</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Alüminyum Potasyum Sülfat Dodekahidrat</td><td>Sigma</td><td>237086</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Borik Asit</td><td>Sigma</td><td>B-6768</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sodyum Molibdat Dihidrat</td><td>Sigma</td><td>331058</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Nikel(II) Klorür</td><td>Sigma</td><td>339350</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, EA 2007}</td></tr><tr><td>Sodyum Tungstat Dihidrat</td><td>Sigma</td><td>14304</td><td>Mineral çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>D-Biotin</td><td>Sigma</td><td>47868</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Folik Asit</td><td>Sigma</td><td>F-7876</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Piridoksin Hidroklorür</td><td>Sigma</td><td>P-9755</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Riboflavin (B2)</td><td>Sigma</td><td>47861</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Tiamin Hidroklorür</td><td>Sigma</td><td>T-4625</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Nikotinik Asit</td><td>Sigma</td><td>N4126</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>D-Pantotenik Asit Hemikalsiyum Tuzu</td><td>Sigma</td><td>21210</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Vitamin B12</td><td>Sigma</td><td>V-2876</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, EA 2007}</td></tr><tr><td>4-Aminobenzoik Asit</td><td>Sigma</td><td>A-9878</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Thioctic Acid</td><td>Sigma</td><td>T-1395</td><td>Vitamin çözeltisi yapmak için kullanılır, " nanoteller" orta {Hill, E.A. 2007}</td></tr></tbody></table>

situ shewanella corynebacterium mr1 biyofilmler salvi ve tof-sims tarafından karakterizasyonu

In Situ Characterization of Shewanella oneidensis MR1 Biofilms by SALVI and ToF-SIMS

Bakteriyel biyofilmler onların kendi ürettiği ekstraselüler polimer maddeler (EPS) ve çevre Mikrobiyolojisi kendi rollerini anlamak için büyük ölçüde incelendiği yüzey ilişkili topluluklar vardır. Bu çalışmada biyofilm eki için analiz sıvı vakum arabirimi (SALVI) adlı sistemine yetiştirmek ve in situ kimyasal bir yaşam biyofilm eşlenmesinin uçuş zaman ikincil iyon kütle spektrometresi (ToF-SIMS) elde etmek için bir yöntem özetliyor. Bu bakteri ile bizim özel tertibat SALVI kanal içinde ve dışında kültür aracılığıyla yanı sıra biyofilm varlığı ve kalınlığı ToF-SIMS analiz önce tespit etmek için optik görüntüleme teknikleri aracılığıyla yapılır. Sonuçlarımız Shewanella biyofilm karakteristik doruklarına doğal sulu haliyle göstermek onun yerelleştirilmiş su küme ortamında, hem de EPS vurgulayarak aynı biyofilm'ın büyük ölçüde farklı olan parçaları, sıvı kaybı Devlet. Bu sonuçlar in situ biyofilm görüntüleme için bir vakum tabanlı kimyasal görüntüleme aletle sağlar SALVI atılım kapasitesini gösterir.

Temsilcisi bu sonuçları nasıl ekli biyofilm kimyasal profil tespit edilebilir ve yorumlanır, ToF-SIMS elde gibi göstermek için hizmet. ToF-SIMS veri toplama, kısaca yordamlar bölümünde vurgulanan gelen kitle spectra komplo sonra en yüksek kimlik kimlikler her ilgili m/z değeri atamak için yapılmalıdır. Bu bakteri ve okudu, çeşitli su kümeleri, yağ asitleri ve protein parçaları gibi bakteri içinde bulunması beklenen belirli kimyasal parçaları üzerinde kütle spektrometresi üzerinde geniş li...

Bu makale bir biyofilm in situ uçuş zaman ikincil iyon kütle spektrometresi sulu durumda, kimyasal eşleştirmesi bir mikrosıvısal reaktör, sıvı vakum arabirimi analiz için sistemi tarafından etkinleştirilmiş için için büyüyen bir yöntem sunar. Shewanella Corynebacterium Bay-1 yeşil Floresans protein ile bir model olarak kullanıldı.

Situ Shewanella Corynebacterium MR1 biyofilmler SALVI ve ToF-SIMS tarafından karakterizasyonu

Bacterial biofilms are surface-associated communities that are vastly studied to understand their self-produced extracellular polymeric substances (EPS) ...

Bu prosedürün genel amacı, sıvı vakum arayüzü (SALVI) sisteminde bakterileri kültüre etmek ve ardından biyofilmlerin doğal hidrate durumlarını Time-of-Flight Sekonder İyon Kütle Spektrometrisi gibi vakum tabanlı tekniklerle görüntülemektir. SIMS gibi görüntüleme kütle spektrometrisi yöntemlerini kullanarak canlı biyofilmlerin kimyasal-uzaysal dağılımını görselleştirip çevre mikrobiyolojisindeki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olan bir yöntem sunuyoruz. Bu tekniğin temel avantajı, çoklu ölçümler elde etmek amacıyla biyofilmleri canlı bir şekilde bir kütle spektrometresine ve diğer birçok analitik platforma aktarabilmemizdir.Bu videoda Shewanella oneidensis kullanılmış olsa da, bu yöntem biyofilm gelişimi için anaerobik odalara da uygulanabilir. İkincisi, daha sıkı bir büyüme ortamı gerektirir. Boru hattı kurulum adımlarının öğrenilmesi zor olduğu için, bu yöntemin görsel olarak gösterilmesi kritik öneme sahiptir.Biyogüvenlik kabinine aktarma sırasında tüplerin spesifik yerleşimi ve dikkatli olunması gereklidir. 22 gauge bir iğne kullanarak, bir serum şişesi kauçuk tıpasına dikkatlice delik açın. Bir jilet yardımıyla, tüpün bir ucunun sivri olacak şekilde 20 inç uzunluğunda 1

in-situ-characterization-shewanella-oneidensis-mr1-biofilms-salvi-tof

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

Diş yüzeylerinde oluşan Biyofilmler, son derece karmaşık ve kendi mimari modüle doğuştan sabit ve dışsal çevre sorunlarına, fizyoloji ve transcriptome maruz. Bileşimi, yapısal organizasyon ve oral biyofilmlerin biyofilm araştırmanın diğer alanlara adapte olabilen gen ekspresyonu, incelemek için bir araç kutusu geliştirdi.

Analitik Oral Biyofilmler Kapsamlı biyokimyasal, yapısal ve Transcriptome Değerlendirme Aracı-box mutans Streptokok tarafından aracılığı ile

Biz biyofilm oluşumunu araştırmak için basit, yarı-nicel yöntem...

Buruşuk Koloni Gelişimi kullanarak Biyofilm Oluşumu değerlendirin Bir Yarı-kantitatif Yaklaşım

Kaynak: Tokunou, Y. ve ark., Shewanella oneidensis MR-1'de Deuteryum Kinetik İzotopunun Elektrokimyasal Tespiti Hücre Dışı Elektron Taşınımına Etkisi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, elektrot yüzeylerinde biyofilm oluşumunu simüle etmek için tasarlanmış bir elektrokimyasal reaktör modelinin montajını ve çalışmasını gösteriyor. Kontrollü elektrokimyasal uyarım, mikrobiyal yapışmayı teşvik eder ve bu da bakteriyel monotabakalı biyofilmin kademeli gelişimine yol açar.

Elektrokimyasal Reaktör Kullanarak Bakteriyel Tek Katmanlı Biyofilm Geliştirilmesi

Bir potansiyostat tarafından kontrol edilen üç elektrotlu bir kurulum kullanılarak beslenen kesikli bir reaktörde anodik elektroaktif mikrobiyal biyofilmlerin kronoamperometrik büyümesi gösterilmiştir. Hücre dışı elektron transferi, elektron vericisinin varlığında ve elektron vericisinin yokluğunda döngüsel voltametri kullanılarak karakterize edilir. Temel veri analizi gösterilmiştir.

Büyüme, Bakım ve Temel Karakterizasyonu: Atık Su Elektroaktif mikrobiyel filmlerin Türetilmiş

Biyofilmlerin çevreleriyle karmaşık etkileşimleri vardır. Biyofilm-çevre etkileşimlerini kapsamlı bir şekilde araştırmak için, burada biyofilm gelişimi için heterojen kimyasal ortam oluşturmak, yerel akış hızını ölçmek ve biyofilm kolonileri içinde ve çevresinde kütle taşınmasını analiz etmek için bir dizi yöntem sunuyoruz.

Biyofilm ve Habitat Heterojen Eş-geliştirme karakterize Yöntemleri

Bu çalışma, biyofilm inhibitörlerini ve bunların Bacillus subtilis çok hücrelilik üzerindeki etkilerini incelemek için tekrarlanabilir metodolojilerin geliştirilmesini sunmaktadır.

Araştırma yöntemleri<em&gt; B. subtilis</emKüçük Molekül Biyofilm İnhibitörleri Karakterizasyonu için Bir Model Olarak&gt; Biyofilmler

Fizyolojik olarak ilgili koşullar altında yaşayan mikrobiyal biyofilmler elektriksel iletkenlik ölçüm için bir protokol sunulmuştur.

Elektron taşıma yaşayan biyofilmler ile karakterize

Bu iletişim kuralı safra tuzu kaynaklı biyofilm oluşumu enterik patojenler bağlılık, hücre dışı polimer madde matris oluşumu değerlendirmek tarafından bakteriyel biyofilmler dinamik doğası yakalamak için çok yönlü bir yaklaşım kullanarak analiz okuyucu sağlar, ve dağılım.

Enterik patojenler safra tuzu kaynaklı biyofilm oluşumu: kimlik ve miktar teknikleri

Burada bir protokol proton taşıma dış membran cytochromes Shewanella Corynebacterium Bay-1'karmaşık yoluyla ekstraselüler elektron taşıma oranı katkısını çalışmaya bütün hücreli elektrokimyasal deneyler mevcut.

Elektrokimyasal algılama döteryum Kinetik izotop etkisi üzerinde ekstraselüler elektron taşıma Shewanella Corynebacterium Bay-1

Mikrobiyota ve biyofilm ile birlikte bitki ve mantar biyokütlesi içeren oldukça heterojen ve hassas numuneleri görselleştirmek için optimize edilmiş bir Taramalı Elektron Mikroskobu protokolü öneriyoruz. Bu protokol, mikrobiyota organizasyonunun mekansal boyutlarının tanımlanmasına izin verir.

Attine Karıncalarının Bahçelerinin Mikrobiyotası: Elektron Mikroskobunu Tarayarak Mikrobiyal Bir Manzarayı Görselleştirmek

Bu makale, Proteus mirabilis biyofilmleri için özel olarak tasarlanmış bir Genleşme Mikroskobu tekniği olan PmbExM için kapsamlı bir protokol sunmaktadır. PmbExM, izotropik, 4,3 kat genişleme elde etmek için biyofilm numunelerinin aşamalı olarak enzimatik bir şekilde işlenmesini kullanır ve bu sapsız mikrobiyal topluluklar içindeki hücresel ve hücre altı yapıların uzamsal organizasyonunun süper çözünürlüklü analizini sağlar.

Proteus mirabilis Biyofilminin Genleşme Mikroskobu ile Süper Çözünürlüklü Görüntülenmesi

Öğrenin, Shewanella oneidensis MR-1 biyofilmlerini SALVI mikroakışkan reaktöründe yetiştirerek ToF-SIMS ile kimyasal dağılım haritalaması yapma yöntemini. Bu teknik, canlı biyofilmlerin doğal nemli durumlarında görüntülenmesini sağlar.

Situ Shewanella Corynebacterium MR1 biyofilmler SALVI ve ToF-SIMS tarafından karakterizasyonu

Daha fazla video keşfet