Oluşturma ve tartışma ve proteinler arasında farklı grup sınıflandırılması kolaylaştırmak için bir başvuru uygulama

Bu prosedürün genel amacı, isimlendirme ve sınıflandırma için tutarlı kriterlere sahip olmayan bir gruptaki farklı proteinler için bir referans geliştirmek için standart elektronik tablo yazılımı kullanmaktır. Bu yöntem, omurgasız savunmalarını içeren savunma peptitlerinin sistein ile stabilize edilmiş alfa-beta süper ailesi gibi kafa karıştırıcı veya tutarsız isimlendirmeye sahip ilgili proteinler arasındaki ilişkilerin netleştirilmesine yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, ilgilenilen proteinlerin basit bir görsel temsilini sağlamasıdır.

Başlamak için, ilgilenilen protein grubunun tanımlayıcı özelliklerini tanımlayın. Örneğin, böcek savunmasının çözüm yapısındaki CS alfa-beta kıvrımı ve phormia terraenovae'den gelen yardım, CS alfa-beta süper ailesini tanımlar. Bu kıvrım aynı zamanda, bir CXC'nin yukarı akışında CXXXC ile tanımlanan sistein stabilize sarmal adı verilen daha küçük bir motif içerir.

Dört sistein, iki disülfür bağı oluşturur. CS alfa-beta motifini tamamlamak için, ek bir sistein çifti tarafından üçüncü bir disülfür bağı oluşturulur. Sonuç olarak, proteinin yapısı veya işlevi ile ilgili en azından bazı önemli özellikleri bilmek çok önemlidir.

Bu olmadan, bir referans oluşturmak için bir temel yoktur. Şimdi, bu tanımlayıcı özellikleri bir elektronik tabloya girin. Korunan özellikler için ve bu özellikler arasındaki boşlukları temsil etmek için sütunları kullanın.

Sütunları sayılara sığacak kadar geniş tutun ve onlara tutarlı bir genişlik verin. Satırlarda, dizileri açıklayın. Bir diziyi unsur olarak belirtmek için, doldurma işlevini kullanarak unsur kutusunu renkle doldurun.

Ardından, özellikler arasındaki boşluğu belirtmek için, aradaki kutuya amino asit sayısını girin. Şimdi, yapısal veritabanlarına ve yayınlanmış sonuçlara dayalı olarak daha önce grubun üyeleri olarak oluşturulmuş temsili dizileri ekleyin. Gerektiğinde, fazladan bir sistein gibi bir dizi alt grubunu tanımlaması muhtemel özellikler ekleyin.

Belirli bir dizide özellikler eksikse, kutuyu doldurmadan bırakın ve araya giren amino asitleri temsil eden kutularla birleştirin. Bunu yapmak için, Birleştir ve Ortala işlevini kullanırız. Temsili diziler girildikten sonra, açıkça ilişkili dizilerden oluşan grupları tanımlayın.

Ardından, bu grupların özelliklerini özetleyin. Özellikler arasındaki amino asitlerin sayısı değiştiğinde, bir aralığı belirtmek için kısa çizgi veya birkaç belirli sayıyı belirtmek için eğik çizgi kullanın. Gerektiğinde, alakalı olabilecek veya referansa dahil edilecek kadar yaygın olmayan özelliklere yaratıcı bir şekilde açıklama ekleyin.

Örneğin, sisteinler üst ailede önemli olduğundan, ek sisteinlerin varlığı etiketlenebilir. Bazen, elektronik tabloya yeni tanımlanan diziler eklenirken, bir türün dizileri, tardigradlar gibi süper ailenin birkaç farklı grubuna girer. Tamamlandıktan sonra, elektronik tablonun satırları daha sonra bir tür içindeki varyasyonu veya taksonomik gruplar arasındaki varyasyonu vurgulamak için sıralanabilir.

Bu gösteri, ücretsiz olarak kullanılabilen MEGA 6 yazılımını kullanır. Ancak, diğer yazılımlar da benzer şekilde kullanılabilir. Yeni bir hizalama başlatmak için, Align (Hizala) sekmesi altında Edit/Build Alignment (Hizalamayı Düzenle/Oluştur) öğesini seçin.

Ardından, görüntülenen kutuda Yeni hizalama oluştur'u seçin ve Tamam'a tıklayın. Ardından Protein'i seçin. Şimdi, dizileri içe aktarmak için Düzenle menüsünde Dosyadan Dizi Ekle'yi seçin. Diziler FASTA formatında olmalıdır.

Farklı amino asit türlerini yansıtan arka plan renkleri varsayılan olarak gösterilir ve Ekran menüsü altında bir geçiş ile kapatılabilir. Tüm diziler girildikten sonra, kas algoritmasını kullanarak dizileri hizalamak için esnek kol simgesine ve ardından Proteini Hizala'ya tıklayın. Mesaj, hizalama için hiçbir şey seçilmemiştir.

Tümünü seç mi? açılır, Tamam'ı seçin. Açılır pencerede bazı parametreler değiştirilebilir, ancak bu gösterim için varsayılanlar yeterli olacaktır. Şimdi, protein süper ailesinin önemli özelliklerine dayalı hizalamayı kontrol edin.

Üst çubuk, amino asidin tamamen korunduğu herhangi bir konumda bir yıldız işareti gösterir. İlk hizalama, korunmuş dört sisteinden üçünü tanımlar. Bir dizi açıkça yanlış hizalanmış.

Yanlış hizalanmış bir diziyi düzeltmek için kısa çizgileri vurgulayın ve yanlışlıkla amino asitleri silmeden Delete tuşuna basın. Ardından, boşluklar ekleyerek amino asitleri uygun hizalarına getirin. Diziyi manuel olarak hizaladıktan sonra, CXXXC motifinin son sisteinin hizalama boyunca korunduğuna dikkat edin.

Dizilerin en önemli özelliklerine öncelik vermek için genellikle manuel ayarlama gereklidir. Daha önce kurulmuş olan CS alfa-beta süper ailesinin elektronik tablo hizalaması, beş temel bağ oluşumu modelini ortaya çıkardı. Yeni tanımlanan tardigrad dizileri, bu modellerin tam spektrumuna girdi.

Daha sonra, bu protein grubunun nasıl evrimleşmiş olabileceğini incelemek için filogenetik analizler kullanıldı. Bununla birlikte, diziler genellikle kısa ve oldukça farklıdır. Bu nedenle, ortaya çıkan ağaçlar zayıf bir şekilde çözüldü ve çok az fikir verdi.

Çoklu dizi hizalaması referans kullanılarak optimize edildi, ancak maksimum olabilirlik analizinde ve Bayes filogenetik analizinde hala zayıf çözünürlük vardı. Çoğu klan sadece düşük destek seviyelerine sahipti. Bununla birlikte, iki ağaçtan en az birinde beş küçük grup desteklendi.

Taksonomik bir grup içinde farklı sistein sayılarına sahip diziler, farklı gruplardan aynı modele sahip dizilerden daha yakından ilişkili olabilir. Bu videoyu izledikten sonra, önemli protein özelliklerinin basit bir görselleştirmesini oluşturmak için elektronik tablo yazılımının nasıl kullanılacağını iyi anlamış olmalısınız. Bu prosedürü denerken, protein grubu için en uygun özelliklerin belirlenmesinin genellikle yinelemeli bir süreç olduğunu ve referansın gözden geçirilmesinin muhtemelen gerekli olacağını hatırlamak önemlidir.

Bir elektronik tabloya her zaman yeni diziler eklenebilir ve sınıflandırma ve analiz için yararlı olabilecek yeni özelliklerin eklenmesine izin veren birden çok sürüme sahip olmak kolaydır. Elektronik tablo hizalaması, yapısal ve işlevsel özelliklerin kolayca görselleştirilmesine izin verse de, evrimsel ilişkiler hakkında ek bilgi sağlamak için filogenetik analiz gibi diğer yöntemler de gerçekleştirilebilir.