Name: Su Macroinvertebrates kullanma gruba özel rDNA astar genetik Gut içerik analizleri için laboratuvar iletişim kuralı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-10-05T12:55:00.000+00:00
Duration: 10 min 17 s
Description: Öğrenin su makro omurgasızları için grup özel rDNA astar genetik bağırsak içeriği analiz yöntemini. Bu protokol trofik ekoloji ve besin ağı etkileşimlerini incelemek amacıyla geliştirilmiştir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Biz Silke Classen Araştırma Enstitüsü'nden ekosistem analizi ve değerlendirmesi (gaiac), bu protokol için kullanılan gruba özgü astar kümeleri kurulmasında yardımını RWTH Aachen için teşekkür ederim. Biz de teşekkür Peter Martin ve Laura Schynawa Kiel Üniversitesi işbirliği için gelen su akarları deneyler. Biz de sorunsuz çalışmasını ve şirketler ve Katalog numaraları kayıt hazırlık lab teknik laboratuar görevlileri tutmak için teşekkür ederiz. Bu eser (DFG; proje GE 2219/3-1) Alman Araştırma Vakfı tarafından desteklenmiştir.

<ol><li>Carreon-Martinez, L., Heath, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revolution+in+food+web+analysis+and+trophic+ecology%3A+diet+analysis+by+DNA+and+stable+isotope+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Revolution in food web analysis and trophic ecology: diet analysis by DNA and stable isotope analysis.</a> Mol Ecol. 9 (1), 25-27 (2010).</li>
<li>Hardy, C. M., Krull, E. S., Hartley, D. M., Oliver, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbon+source+accounting+for+fish+using+combined+DNA+and+stable+isotope+analyses+in+a+regulated+lowland+river+weir+pool%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Carbon source accounting for fish using combined DNA and stable isotope analyses in a regulated lowland river weir pool.</a> Mol Ecol. 19 (1), 197-212 (2010).</li>
<li>Baxter, C. V., Fausch, K. D., Saunders, W. C. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-2427.2004.01328.x/full">Tangled webs: reciprocal flows of invertebrate prey link streams and riparian zones.</a> Freshwater Biol. 50 (2), 201-220 (2005).</li>
<li>Baxter, C. V., Fausch, K. D., Murakami, M., Chapman, P. L. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1890/04-138/abstract">Fish invasion restructures stream and forest food webs by interrupting reciprocal prey subsidies.</a> Ecol. 85 (10), 2656-2663 (2004).</li>
<li>Traugott, M., Kamenova, S., Ruess, L., Seeber, J., Plantegenest, M. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/259188892_Chapter_Three_-_Empirically_characterising_trophic_networks_what_emerging_DNA-based_methods_stable_isotope_and_fatty_acid_analyses_can_offer">Empirically Characterising Trophic Networks: What Emerging DNA-Based Methods, Stable Isotope and Fatty Acid Analyses Can Offer.</a> Adv. Ecol. Res. Vol 49: Ecological Networks in an Agricultural World. 49, Elsevier Academic Press Inc. 177-224 (2013).</li>
<li>Diaz Arredondo, M. A., Guzman del Proo, S. A. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/292536291_Feeding_habits_of_the_spiny_lobster_Panulirus_interruptus_Randall_1840_in_Bahia_Tortugas_Baja_California_Sur">Feeding habits of the spiny lobster (Panulirus interruptus Randall, 1840) in Bahia Tortugas, Baja California Sur.</a> Cienc Mar. 21 (4), 439-462 (1995).</li>
<li>Letourneur, Y., Galzin, R., Harmelin-Vivien, M. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002209819602730X">Temporal variations in the diet of the damselfish Stegastes nigricans (Lacepède) on a Réunion fringing reef.</a> J Exp Mar Biol Ecol. 217 (1), 1-18 (1997).</li>
<li>Akin, S., Winemiller, K. O. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007%2FBF02784282?LI=true">Seasonal variation in food web composition and structure in a temperate tidal estuary.</a> Estuar Coast. 29 (4), 552-567 (2006).</li>
<li>Redd, K. S., Jarman, S. N., Frusher, S. D., Johnson, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+approach+to+identify+prey+of+the+southern+rock+lobster%5BTitle%5D)+AND+%22Bull+Entomol+Res%22%5BJournal%5D)">A molecular approach to identify prey of the southern rock lobster.</a> Bull Entomol Res. 98 (3), 233-238 (2008).</li>
<li>Gergs, R. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/30019761_Dreissena_polymorpha_in_Lake_Constance_An_example_of_a_keystone_engineer">Dreissena polymorpha in Lake Constance: An example of a keystone engineer?</a> Universität Konstanz. , (2009).</li>
<li>Sheppard, S. K., Harwood, J. D. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/profile/Samuel_Sheppard2/publication/227994386_Advances_in_molecular_ecology_Tracking_trophic_links_through_predator-prey_food-webs/links/0deec519bc75aa375c000000.pdf">Advances in molecular ecology: tracking trophic links through predator-prey food-webs.</a> Funct Ecol. 19 (5), 751-762 (2005).</li>
<li>Jarman, S. N., Ward, R. D., Elliott, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligonucleotide+primers+for+PCR+amplification+of+coelomate+introns%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Biotechnol+%28NY%29%22%5BJournal%5D)">Oligonucleotide primers for PCR amplification of coelomate introns.</a> Mar Biotechnol (NY). 4 (4), 347-355 (2002).</li>
<li>Verma, S. K., Singh, L. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1471-8286.2003.00340.x/abstract">Novel universal primers establish identity of an enormous number of animal species for forensic application.</a> Mol Ecol Notes. 3 (1), 28-31 (2003).</li>
<li>Deagle, B. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+scatology+as+a+tool+to+study+diet%3A+analysis+of+prey+DNA+in+scats+from+captive+Steller+sea+lions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Molecular scatology as a tool to study diet: analysis of prey DNA in scats from captive Steller sea lions.</a> Mol Ecol. 14 (6), 1831-1842 (2005).</li>
<li>Jarman, S. N., Deagle, B. E., Gales, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Group-specific+polymerase+chain+reaction+for+DNA-based+analysis+of+species+diversity+and+identity+in+dietary+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Group-specific polymerase chain reaction for DNA-based analysis of species diversity and identity in dietary samples.</a> Mol Ecol. 13 (5), 1313-1322 (2004).</li>
<li>Jarman, S. N., Redd, K. S., Gales, N. J. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1471-8286.2005.01172.x/full">Group-specific primers for amplifying DNA sequences that identify Amphipoda, Cephalopoda, Echinodermata, Gastropoda, Isopoda, Ostracoda and Thoracica.</a> Mol Ecol Notes. 6 (1), 268-271 (2006).</li>
<li>Hayashi, K., Yandell, D. W. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8257985">How sensitive is PCR-SSCP?</a> Hum Mutat. 2 (5), 338-346 (1993).</li>
<li>Glavač, D., Dean, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+the+single-strand+conformation+polymorphism+%28SSCP%29+technique+for+detection+of+point+mutations%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Mutat%22%5BJournal%5D)">Optimization of the single-strand conformation polymorphism (SSCP) technique for detection of point mutations.</a> Hum Mutat. 2 (5), 404-414 (1993).</li>
<li>Mülhardt, C. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aM%C3%BClhardt%2C+C+%22Der+Experimentator+Molekularbiologie+%2F+Genomics%22">Der Experimentator Molekularbiologie / Genomics</a>. , 7th ed, Spektrum Akademischer Verlag. Heidelberg. (2013).</li>
<li>Lee, S. V., Bahaman, A. R. Discriminatory Power of Agarose Gel Electrophoresis in DNA Fragments Analysis. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLee%2C+SV+%22Gel+Electrophoresis+-+Principles+and+Basics%22">Gel Electrophoresis - Principles and Basics</a>. , InTech. (2012).</li>
<li>Wang, X. W., et al. <a target="_blank" href="https://www.ajol.info/index.php/ajb/article/view/60628">A new electrophoresis technique to separate microsatellite alleles.</a> Afr J Biotechnol. 8 (11), 2432-2436 (2009).</li>
<li>Gemmer, I., Gergs, R. <a target="_blank" href="https://pubag.nal.usda.gov/catalog/612063">Characterization of the first twelve microsatellite loci for the amphipod Gammarus roeselii (Crustacea: Amphipoda).</a> Conserv Genet Resour. 5 (4), 955-957 (2013).</li>
<li>Olafsson, K., Hjorleifsdottir, S., Pampoulie, C., Hreggvidsson, G. O., Gudjonsson, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+set+of+multiplex+assays+%28SalPrint15%29+for+efficient+analysis+of+15+microsatellite+loci+of+contemporary+samples+of+the+Atlantic+salmon+%28Salmo+salar%29%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">Novel set of multiplex assays (SalPrint15) for efficient analysis of 15 microsatellite loci of contemporary samples of the Atlantic salmon (Salmo salar).</a> Mol Ecol Resour. 10 (3), 533-537 (2010).</li>
<li>Baric, S., Hollrigl, A., Fureder, L., Petutschnig, J., Dalla Via, J. <a target="_blank" href="https://www.kmae-journal.org/articles/kmae/abs/2006/01/kmae2006380-381p977/kmae2006380-381p977.html">First analysis of genetic variability in Carinthian populations of the white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes.</a> Bull. Fr. Peche Piscicult. (380-381), 977-990 (2006).</li>
<li>Koester, M., Gergs, R. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/265367886_No_evidence_for_intraguild_predation_of_Dikerogammarus_villosus_Sowinsky_1894_at_an_invasion_front_in_the_Untere_Lorze_Switzerland">No evidence for intraguild predation of Dikerogammarus villosus (Sowinsky, 1894) at an invasion front in the Untere Lorze, Switzerland.</a> Aquat Invasions. 9 (4), 489-497 (2014).</li>
<li>Sonnenberg, R., Nolte, A. W., Tautz, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+evaluation+of+LSU+rDNA+D1-D2+sequences+for+their+use+in+species+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Zool%22%5BJournal%5D)">An evaluation of LSU rDNA D1-D2 sequences for their use in species identification.</a> Front Zool. 4 (6), 6(2007).</li>
<li>Koester, M., Bayer, B., Gergs, R. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s10750-015-2558-9">Is Dikerogammarus villosus (Crustacea, Gammaridae) a 'killer shrimp' in the River Rhine system?</a> Hydrobiologia. 768 (1), 299-313 (2016).</li>
<li>Koester, M., Claßen, S., Gergs, R. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s12686-013-9998-1">Establishment of group-specific PCR primers for the identification of freshwater macroinvertebrates.</a> Conserv Genet Resour. 5 (4), 1091-1093 (2013).</li>
<li>Martin, P., Koester, M., Schynawa, L., Gergs, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((First+detection+of+prey+DNA+in+Hygrobates+fluviatilis+%28Hydrachnidia%2C+Acari%29%3A+a+new+approach+for+determining+predator-prey+relationships+in+water+mites%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Appl+Acarol%22%5BJournal%5D)">First detection of prey DNA in Hygrobates fluviatilis (Hydrachnidia, Acari): a new approach for determining predator-prey relationships in water mites.</a> Exp Appl Acarol. 67 (3), 373-380 (2015).</li>
<li>Deagle, B. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Studying+Seabird+Diet+through+Genetic+Analysis+of+Faeces%3A+A+Case+Study+on+Macaroni+Penguins+%28Eudyptes+chrysolophus%29%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Studying Seabird Diet through Genetic Analysis of Faeces: A Case Study on Macaroni Penguins (Eudyptes chrysolophus).</a> PLoS One. 2 (9), e831(2007).</li>
<li>Sint, D., Niederklapfer, B., Kaufmann, R., Traugott, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Group-Specific+Multiplex+PCR+Detection+Systems+for+the+Identification+of+Flying+Insect+Prey%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Group-Specific Multiplex PCR Detection Systems for the Identification of Flying Insect Prey.</a> PLoS One. 9 (12), e115501(2014).</li>
<li>Zarzoso-Lacoste, D., Corse, E., Vidal, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+PCR+detection+of+prey+in+molecular+diet+studies%3A+importance+of+group-specific+primer+set+selection+and+extraction+protocol+performances%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">Improving PCR detection of prey in molecular diet studies: importance of group-specific primer set selection and extraction protocol performances.</a> Mol Ecol Resour. 13 (1), 117-127 (2013).</li>
<li>Vestheim, H., Jarman, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blocking+primers+to+enhance+PCR+amplification+of+rare+sequences+in+mixed+samples+-+a+case+study+on+prey+DNA+in+Antarctic+krill+stomachs%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Zool%22%5BJournal%5D)">Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples - a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs.</a> Front Zool. 5 (1), 12(2008).</li>
<li>Harper, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+screening+of+invertebrate+predators+for+multiple+prey+DNA+targets%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Rapid screening of invertebrate predators for multiple prey DNA targets.</a> Mol Ecol. 14 (3), 819-827 (2005).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Burada, avcı-av etkileşimler aynı numune moleküler olmayan diğer analizler ile kombine edilebilir rDNA bölgeler için gruba özgü astar ile alan örneklerinden PCR tabanlı tespiti için kolay ve düşük maliyetli bir yöntem mevcut. Ancak, protokol içinde çeşitli kritik adımlar vardır. İlk olarak, kullanılan astar özgüllük temin esastır. İkinci olarak, mide-bağırsak hazırlanması ve DNA'ın sonraki çıkarma sırasında kontaminasyon ve gut içerik malzeme kaybı önlemek çok önemlidir. Çapraz-örnek kirlenme av DNA yanlış pozitif tespit...

Trofik etkileşimleri ve gıda web dynamics çoğunluğu teşkil, avcı-av etkileşimleri Cerayanlar madde ve enerji gıda ağları içinde ve ekoloji ana hedeflerinden biri, ekosistemler arasında boyunca karakterize etmek için önemli yönleri vardır 1. kaynak belirlenmesi ve karbon ve besin akışını ekolojik bağlantı ekosistemler2arasında anlayışı sürdürmek. Ancak, ekosistemler nehirler ve onların popülasyonuna gibi sadece tozlar organik madde ve besin aynı zamanda organizmaların3hareketleri bağlantılı değildir. Böylece, bu sistemleri bağlantı kaynak akışının kesintiye uğratmasını habitat değişiklikler şiddetle her iki ekosistemlerin gıda ağları sadece doğrudan ama aynı zamanda dolaylı olarak avcı-av topluluklar ilgili kompozisyon değiştirerek değiştirebilirsiniz. Örneğin, gıda ağları değişiklikleri tek avcı türler (örneğin, gökkuşağı alabalığı)4hareketleri için bağlanacak şekilde gösterilmiştir. Bu tür değişiklikleri potansiyel biyolojik çeşitlilik ve sucul ekosistemler işleyişini tehdit. Bu nedenle, alan avcı-av etkileşimleri analiz su yönetimi uygulamaları, sucul ekosistemlerin doğal biyolojik çeşitlilik gibi insan kaynaklı çevresel değişikliklerin etkisini belirlemek için önemlidir.
Trofik bağlantıları izleme karmaşık sistemlerinde zor olduğu için birkaç yaklaşım bu etkileşimleri alan5' te beslenme değerlendirmesi etkinleştirmek kurulmuştur. Geleneksel olarak, araştırmalar alanında etkileşimleri beslenme disseke cesaret av kalıntıları görsel tanımlama temel alır ve morfolojik av çeşitlilik hakkında geniş bir bilgi gerektirir. Görsel gut içerik analizleri anlayışlar kaynak kullanımında tüketiciler (Örneğin, mevsimsel değişimi diyet ıstakoz6 ve balık7,8 ya da beslenme tercihleri kopepodların) çeşitli gruplar hazırladık. Ancak, fiziksel sindirim sürecinin görsel gut içerik analizleri zor yapar ve genellikle yumuşak gövdeli yırtıcı-organizmalar9özlüyor. Türler tarafından sıvı sindirim besleme veya yoğun bir şekilde yemek yeme, solungaçlarınızı gibi önce comminute omurgasız bazı tüketiciler için görsel avcı türlerin bağırsak içeriği imkansız10tanımlamasıdır. Bu sınırlamalar nedeniyle, moleküler analiz umut verici bir alternatif sağlar.
Moleküler analiz şimdi hızlı ve hassas bir av algılama bağırsak içeriği sağlayan ortak bir araç haline gelmiştir. Bu tür teknikler farklı aralığıdır: monoklonal antikorlar veya Polimeraz zincir reaksiyonları (PCR) temel stratejileri sıkça kullanılır, onların yüksek özgüllük ve duyarlılık11yüzünden. Yeni monoklonal antikorlar geliştirme zaman ve maliyet yoğun, antikorlar zaten11mevcut bu nedenle, diğer moleküler tekniklerin uygulanması daha yararlıdır. Başka bir ortak yaklaşım deoksiribonükleik asit (DNA), ribozomal ribonükleik asit (RNA) genleri evrensel astar kullanarak çoğu türler içinde mevcut gibi bölgelerinde amplifikasyon12,13çalıştırabilmenizdir. Bu tekniği kullanırken, sık sık av organizmaların DNA14karışık kaynakları içinde bütün dizi tanımlamak mümkün değildir. Böyle bir dezavantajı önlemek için etkili bir yaklaşım gruba özgü astar kullanmak için genetik gut içerik analizleri için ayarlar olduğunu. Belirli hedef gruplar yalnızca DNA bölgelerinde yükseltmek veya tüm diğer türler15,16çıkartmak için tasarlanmış, gruba özgü astar kimlik belirtilen gruplardan taksonomik düzeyde av organizmaların etkinleştirmek zaman ve maliyet yoğun ikincil analizleri. Ancak, tüm içerik analizi gut gibi bu tür analizleri beslenme davranışı yalnızca anlık görüntü sağlar. Bu nedenle, moleküler gut içerik analizleri zaman entegre doğal tarayıcıları (Örneğin, kararlı izotop) analizleri ile birleştirerek yararlı1,2olarak kabul edilir.
Burada, aynı numune kararlı izotop analizi ile birleştirilmek üzere nükleer ribozomal DNA (rDNA) bölgeleri için gruba özgü astar kümeleri kullanarak avcı-av etkileşimlerin PCR tabanlı araştırmalar için detaylı bir yöntem açıklanmaktadır. Biz tek av grupları özel Jel Elektroforez ile DNA tespiti tanımlamak. Ayrıca, daha yüksek taksonomik çözünürlüğe primerler özgüllüğü daha gerekli olduğunda daha da aşağı akım analizleri böyle gruba özgü astar geçerli PCR ürünleri için bir fırsat sunuyoruz. Tek iplikçikli DNA (ssDNA) onların birincil sıra17tarafından belirlenir formu Tersiyer biçimler parçaları çünkü böyle gruba özgü astar tarafından güçlendirilmiş parçaları küçük değişimler konformasyon değişikliklere yol açar. Bu tür değişiklikleri tek iplikçik uyum çok biçimlilik (SSCP) analizleri ile polyacrylamide jeller17,18(tür düzeyine) av organizmaların daha kesin bir kimlik etkinleştirme, tarafından tespit edilebilir.
Özel Jel Elektroforez DNA parçalarının görselleştirmek ve onların yaklaşık uzunluğu19, çözünürlüğünü belirlemek için yaygın ve ucuz bir araç DNA miktarına bağlıdır ve boyama boya20kullanılan iken. Genellikle, görselleştirme yalındır saf DNA örnekleri ile çalışırken olmakla beraber av potansiyel olarak düşük miktarda özel Jel Elektroforez sonuçlarını puanlama DNA tüketici gut içeriğini karmaşık hale getirebilir. Yine de, bu algılama yöntemi alanından tüketici örneklerin düşük bir sayı için bir ekran için uygun veya birkaç grupları av, ama komplikasyon puanlama yapar örnekler çok sayıda tarama için birden çok av takson son derece zaman yoğun ve böylece uygulanamaz. Daha duyarlı bir algılama yöntemi parçaları ayrıca parçaları21tam olarak uzunluğunu tayini sağlar Kapiler Elektroforez ile otomatik analizidir. Birkaç microsatellite dayalı çalışmalar farklı floresan boyalar etiket olarak kullanarak, bu tespit ve karşılaştırılabilir uzunluğu farklı parçaları otomatik parça analizi22,23tarafındanbelirlemek mümkün olduğunu göstermiştir, 24. Bu nedenle, biz de detaylı bir protokol için birden çok av DNA'ın paralel algılama etiketli gruba özgü astar setleri ve algılama otomatik bir sequencer ile otomatik parça analizi yoluyla PCR kullanarak grupları mevcut. Ayrıca, otomatik parça analizi yoluyla av DNA tespiti hafızanın yırtıcı göreli bir miktar da sağlayan bir yaklaşım olduğunu gösteren bir örnek çalışma sonuçları sunmak.

<table><tbody><tr><td>sıvı nitrojen</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Makro omurgasızların saha örneklerinin laboratuvara taşınması için.</td></tr><tr><td>1,5 ml reaksiyon tüpleri - Safelock</td><td>Any</td><td>NA</td><td>Tüketici numunelerinin sahada toplanması ve ardından sıvı nitrojen reaksiyon tüplerinde muhafaza edilmesi için mutlaka PCR temiz olması gerekmez. Tüplerin patlamasını önlemek için, tüplerin kapağı bir iğne ile delinmelidir.</td></tr><tr><td>Stereomikroskop</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>İlgilenilen tüketicinin boyutunun gastrointestinal sistemini hazırlamak için büyütmenin uygun olduğundan emin olun.</td></tr><tr><td>Petri kapları</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Stereomikroskop altında tüketici örneklerinin gastrointestinal yolunu incelemek için.</td></tr><tr><td>Paslanmaz çelik foceps: Dumont forseps No. 7</td><td>Bioform</td><td>B40d</td><td>Bu kavisli paslanmaz çelik forseps, bazen mide-bağırsak yolunu delmeden eğri kısım arasına sabitlenmiş numuneyi tutmak için çok helezon olabilir.</td></tr><tr><td>Paslanmaz çelik foceps: Dumont forseps Elektronik No. 5</td><td>Bioform</td><td>B40b</td><td>Bu ince paslanmaz çelik forseps, tüketici numunelerinin mide-bağırsak yolunun hazırlanması için idealdir.</td></tr><tr><td>DNA-ExitusPlus</td><td>AppliChem</td><td>A7409,1000RF</td><td>DNA ve RNA kontaminasyonlarının giderilmesi için dekontaminasyon solüsyonu</td></tr><tr><td>tüysüz kağıt havlu</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Lab terazisi</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Hassasiyetinin en az 0,01 g olması gerekir.</td></tr><tr><td>Mikrolitre pipetler (0,5-10/10-100/50-200/100-1000 &mu; L)</td> <td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Güvenli Kilit Tüpü 2.0 ml</td><td>VWR</td><td>211-2165</td><td>Bu raksiyon tüplerinin DNA, DNaz, RNaz ve PCR inhibitörleri (PCR temiz) içermemesi çok önemlidir!</td></tr><tr><td>Güvenli Kilitli Tüpler 1.5 ml</td><td>VWR</td><td>211-2164</td><td>Bu raksiyon tüplerinin DNA, DNaz, RNaz ve PCR inhibitörleri (PCR temizliği) içermemesi çok önemlidir!</td></tr><tr><td>Sodyum klorür & % 99,5, pa, ACS, ISO</td><td>carlroth</td><td>3957.3</td><td>Tuz ekstraksiyon tamponu (SEB) ve DNA'nın ekstraksiyonu için gerekli 5M NaCl çözeltisi için.</td></tr><tr><td>Tris (hidroksimetil) -aminometan Tris</td><td>carlroth</td><td>4855.2</td><td>Tuz ekstraksiyon tamponu (SEB) ve TBE tamponu için</td></tr><tr><td>Mikrolitre pipetler (0.5-10 / 10-100 / 50-200 / 100-1000 & mu; L)</td> <td>carlroth</td><td>8043.1</td><td>Tuz ekstraksiyon tamponu (SEB) ve TBE tamponu Borik</td></tr><tr><td>asit &ge için; TBE tamponu için %99,8, pa, ACS, ISO</td><td>carlroth</td><td>6943.2</td><td>. Ticari olarak temin edilebilen TBE arabelleği elde edilirse gerekli değildir.</td></tr><tr><td>Sodyum dodesil sülfat (SDS)</td><td>carlroth</td><td>4360.1</td> DNA Proteinaz K <td>liyofilinin ekstraksiyonu için</td></tr><tr><td>.</td><td>carlroth</td><td>7528.1</td><td>10 mg / ml içeren bir çalışma çözeltisi hazırlayın.</td></tr><tr><td>TissueLyser II</td><td>Quiagen</td><td>85300</td><td>Numunelerin homojenizasyonu için boncuk değirmeni.</td></tr><tr><td>Paslanmaz Çelik Boncuklar, 5 mm</td><td>Quiagen</td><td>69989</td><td>Numunelerin homojenizasyonu için.</td></tr><tr><td>Isıtma Termoshaker</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Vorteks Karıştırıcı</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Soğutmalı santrifüj: himac CT 15 RE</td><td>Hitachi</td><td>NA</td><td>DNA ekstraksiyonu sırasında santrifüjleme için kullanılan soğutmalı santrifüj (Protokol 1).</td></tr><tr><td>İzopropanol</td><td>carlroth</td><td>6752.5</td><td></td></tr><tr><td>Etanol %99,8, pa</td>Herhangi <td>bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Su Moleküler biyoloji sınıfı (ddH2O)</td> <td>AppliChem</td><td>A7398,1000</td><td>nükleaz içermeyen (akışla sterilize edilmiş ve DEPC ile muamele edilmiş) su DNA'nın yeniden süspansiyonu için kullanılır ve el yazması içinde ddH2O'ya atıfta bulunulduğunda</td></tr><tr><td>Değiştirilmemiş Olegonükleotidler</td><td>Eurofins MWG</td><td>Operon NA</td><td>Primerler etiketlenmemiş</td></tr><tr><td>Modifiye olegonükleotidler</td><td>Metabion International AG</td><td>NA</td><td>PCR</td></tr><tr>reaksiyon karışımları için<td>peqGOLD Taq her şey dahil</td><td>VWR etiketli primerler Peqlab</td><td>01-1000</td><td>Taq her şey dahil (reaksiyon tamponu Y ve S, dNTP'ler ve MgCl2)</td></tr><tr><td>Primus 96 gelişmiş gradyan termodöngüleyici veya peqStar96x Evrensel Gradyan</td><td>Peqlab</td><td>NA</td><td>Astar setleri orijinal olarak bir Primus 96 gelişmiş gradyan termocycler üzerine kurulmuştur. Bu döngüleyici oldukça eski olduğu için, peqSta96x'i (eski modeli de simüle edebilir) kullanarak astar setlerimizin aynı koşullar altında verimli ve spesifik olup olmadığını kontrol ettik. Bununla birlikte, testler, astarlarımızın iyi çalıştığını ve eski makinenin simülasyonunu kullanmadan hala spesifik olduğunu gösterdi (bakınız Koester et al. 2013).</td></tr><tr><td>Standart 96 Kuyulu PCR Plakaları</td><td>VWR Peqlab</td><td>732-2879</td><td>PCR reaksiyonları için kullanılır.</td></tr><tr><td>Düşük Profilli Tüp Şeritleri 0.15 ml Düz Kapaklı Çizgili</td><td>VWR Peqlab</td><td>732-3223</td><td>PCR plakalarını kapatmak için kullanılan kapak şeritleri.</td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Peqlab</td><td>35-1020</td><td>Jel elektroforezi için kullanılır.</td></tr><tr><td>Mikrodalga</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Konik şişe</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Ölçüm silindiri</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Yatay elektroforez ünitesi ve dişli ilgili taraklar</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Agaroz jel elektroforezi için.</td></tr><tr><td>Elektroforez Güç Kaynağı PS3002</td><td>Yaşam Teknolojileri</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Etidyum bromür çözeltisi 1 %</td><td>carlroth</td><td>2218.1</td><td>Agaroz jelleri için boyama banyosu hazırlamak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Formamid</td><td>carlroth</td><td>6749.1</td><td>SSCP analizleri için denatürasyon tamponu için gereklidir.</td></tr><tr><td>Bromphenol blue</td><td>AppliChem</td><td>A3640.0010</td><td>Agaroz jel elektroforezi için yükleme boyası için gereklidir.</td></tr><tr><td>Sükroz</td><td>carlroth</td><td>4621.1</td><td>Agaroz jel elektroforezi için yükleme boyası için gereklidir.</td></tr><tr><td>100 bp-DNA-Merdiven uzatılmış</td><td>carlroth</td><td>T835.1</td><td>Agaroz jel elektroforezi için boyut standardı olarak.</td></tr><tr><td>UV Dokümantasyon sistemi</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Jel elektroforez sonuçlarını görselleştirmek için.</td></tr><tr><td>Rotiphorese NF-Akrilamid/Bis-çözeltisi %40 (29:1)</td><td>carlroth</td><td>A121.1</td><td>Poliakrilamid jellerin hazırlanması için.</td></tr><tr><td>Amonyum peroksidisülfat</td><td>carlroth</td><td>9592.2</td><td>Poliakrilamid jellerin hazırlanması için.</td></tr><tr><td>katlanır klipsler (32 mm)</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Poliakrilamid jellerin hazırlanması için.</td></tr><tr><td>kare şeklinde plastik kutu (21 & kez; 6,5 & kez; 5 cm)</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Poliakrilamid jellerin hazırlanması için.</td></tr><tr><td>Tetrametiletilendiamin (TEMED)</td><td>carlroth</td><td>23.67.1</td><td>Poliakrilamid jellerin hazırlanması için.</td></tr><tr><td>Beher</td><td>Any</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>RC 10 Dijital soğutucu</td><td>VWR</td><td>462-0138</td><td>Poliakrilamid jel elektroforezi kullanan SSCP analizleri için.</td></tr><tr><td>Dikey elektroforez ünitesi P10DS (OWL Ayırma Sistemleri)</td><td>VWR</td><td>700-2361</td><td>Poliakrilamid jel elektroforezi kullanılarak yapılan SSCP analizleri için.</td></tr><tr><td>Çentikli cam plaka</td><td>VWR</td><td>730-0261</td><td>Poliakrilamid jel elektroforezi kullanan SSCP analizleri için.</td></tr><tr><td>Boş cam plaka</td><td>VWR</td><td>730-0260</td><td>Poliakrilamid jel elektroforezi kullanılarak yapılan SSCP analizleri için.</td></tr><tr><td>Ara parçalar</td><td>VWR</td><td>730-0262</td><td>Poliakrilamid jel elektroforezi kullanılarak SSCP analizleri için.</td></tr><tr><td>25 dişli tarak</td><td>VWR</td><td>730-0294</td><td>Poliakrilamid jel elektroforezi kullanılarak yapılan SSCP analizleri için.</td></tr><tr><td>Sallama platformu</td><td>Herhangi bir</td><td>NA</td><td>Boyama banyosunun sürekli sallanması için.</td></tr><tr><td>GelStar Nükleik Asit Lekesi (Lonza Rockland, Inc.)</td><td>Biozym</td><td>850535 (50535)</td><td>Poliakrilamid jellerin boyanması için.</td></tr><tr><td>GenomeLab DNA Boyutu Standart Kiti 400bp</td><td>AB Sciex</td><td>608098</td><td>Otomatik parça analizleri için. Parti B için boyut standardı.</td></tr><tr><td>GenomeLab DNA Boyutu Standart Kiti 600bp</td><td>AB Sciex</td><td>608095</td><td>Otomatik parça analizleri için. Parti A için boyut standardı.</td></tr><tr><td>Numune Yükleme Çözümü (SLS)</td><td>AB Sciex</td><td>608082</td><td>Otomatik parça analizleri için.</td></tr><tr><td>Sıralama plakası - 96 Kuyulu Polipropilen PCR Mikroplaka</td><td>Costar</td><td>6551</td><td>Otomatik parça analizleri için.</td></tr><tr><td>Plaka santrifüjü, PCR</td> ürünlerini döndürmek için kullanılan PerfectSpin P <td>VWR Peqlab</td><td>NA</td><td>mini plaka santrifüjü.</td></tr><tr><td>Tampon plakası - 96 Kuyulu ÇED/RIA Şeffaf Düz Tabanlı Polistiren İşlem Görmemiş Mikroplaka</td><td>Corning</td><td>9017</td><td>Otomatik parça analizleri için.</td></tr><tr><td>GenomeLab Ayırma tamponu</td><td>AB Sciex</td><td>608012</td><td>Otomatik parça analizleri için.</td></tr><tr><td>Ayırma Jeli - LPAI</td><td>AB Sciex</td><td>608010</td><td>Otomatik parça analizleri için.</td></tr><tr><td>Sequenzer - CEQ8000 Genetik Analiz Sistemi</td><td>Beckman Coulter</td><td>NA</td><td>Otomatik parça analizleri için.</td></tr><tr><td>GeneMarker V1.95</td><td>Softgenetics</td><td>NA</td><td>Otomatik parça analizlerinin sonuçlarını analiz etmek için.</td></tr></tbody></table>

su macroinvertebrates kullanma gruba özel rdna astar genetik gut içerik analizleri için laboratuvar iletişim kuralı

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

Gıda ağları analiz daha iyi ekosistemler anlamak için önemlidir. Örneğin, gıda web etkileşimleri yerli olmayan türler tarafından işgal kaynaklanan şiddetli değişikliklerin uygulayabilir. Ancak, tam tanımlayıcı alan avcı-av etkileşimlerin çoğu zaman zordur. Bu analizler kez bağırsak içeriğinin görsel bir değerlendirme veya kararlı izotop oranları (δ15N ve δ13C) analizine dayalı. Morfolojik çeşitlilik veya bireysel av organizmalar, av organizmalar tam tanımlaması engelleri önde gelen izotopik imzadan, yaklaşık, sırasıyla, kapsamlı bilgi tür yöntemler gerektirir. Maserasyon, sindirim ve sindirim av organizmalar belirli türler tanımlaması zor yapmak çünkü görsel gut içerik analizleri özellikle yumuşak gövdeli yırtıcı organizmalar, hafife. Bu nedenle, Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) dayalı stratejiler, örneğin gruba özgü astar kullanımını ayarlar, gıda web etkileşimleri soruşturma için güçlü bir araç sağlar. Burada, nükleer ribozomal deoksiribonükleik asit (rDNA) için gruba özgü astar kümeleri kullanarak alanından macroinvertebrate tüketici gut içeriğini incelemek için ayrıntılı iletişim kurallarını açıklar. DNA olabilir tüm örnekler (söz konusu olduğunda küçük takson) ya da hulâsa ya da bağırsak içeriği alanında toplanan örneklerin dışında. Varlığı ve fonksiyonel etkinlik DNA şablonları doğrudan test bireysel onaylanması gereken evrensel astar kullanarak ayarlar DNA'ın ilgili alt birimi hedefleme. Biz de tüketilen av türler düzeyine PCR ile değiştirilmemiş gruba özgü astar ile daha da polyacrylamide Jeller kullanarak sonraki tek iplikçik uyum çok biçimlilik (SSCP) analizleri ile kombine belirlenebilir göstermek. Ayrıca, biz farklı floresan boyalar etiket olarak DNA parçaları farklı av gruplarının otomatik parça analizi yoluyla birden fazla gut içerik örnekleri için paralel tarama sağlar gösterir.

Bu iletişim kuralı için diyet analizleri farklı çalışmalar içinde açıklanan adımları başarıyla kullanılır. Bu bölümde, biz protokol farklı bölümlerini uygulanabilirliği açıklayan örnekler mevcut.
Örneğin, yazarlar28 ve daha da aşağı akım analizleri PCR ürünleri SSCP analizleri tarafından potansiyel tarafından kurulan gruba özgü astar kümeleri etkinliğini göstermek için bir besleme deney. Dikerogammaru...

En yaygın bağırsak içeriği macroinvertebrates, görsel analizlerdir. Av organizmaların morfolojik çeşitlilik hakkında yoğun bilgi gerektiren, onlar yumuşak gövdeli yırtıcı özledim ve, nedeniyle güçlü ezme yırtıcı solungaçlarınızı de dahil olmak üzere bazı organizmalar için neredeyse imkansız. Biz macroinvertebrate için detaylı, yeni genetik yaklaşımlar diyet tanımlaması solungaçlarınızı av sağlar.

Su Macroinvertebrates kullanma gruba özel rDNA astar genetik Gut içerik analizleri için laboratuvar iletişim kuralı

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...

Bu protokolün genel amacı, özellikle saha örneklerinden elde edilen trofik ekoloji araştırmalarını geliştirmektir. Bu yöntem, istilacı türlerin trofik etkileşimler üzerindeki etkisi gibi gıda ağı ekolojisi alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Temel avantajı, tam olarak aynı örneklemler üzerinde zamanla entegre olan daha fazla trofik analize ek uygulama imkanı sağlaması ve neredeyse her ekolog tarafından uygulanabilmesidir.Bu yaklaşımı, sucul tüketicilerin av tüketimine dair bilgi sağlamak amacıyla oluşturmuş olsak da, örneğin bentik makroomurgasız örnekleri içindeki tür kompozisyonunu belirlemek gibi diğer amaçlar için de uygulanabilir. Prosedürü laboratuvarımızdan teknisyen Christian Sodemann gösterecektir. Bu deneye başlamak için, daha önce diseke edilmiş yırtıcı gastrointestinal sistemini, 440 µL tuz ekstraksiyon tamponu içeren iki mililitrelik güvenli kilitli (safe-lock) reaksiyon tüpüne aktarın.Örnekleri, DNA ekstraksiyonuna kadar derhal -20 °C'de dondurun. Örnekleri dondurucudan çıkardıktan sonra, bir pens yardımıyla her bir örnek tüpüne bir adet 5 mm'lik paslanmaz çelik boncuk ekleyerek DNA ekstraksiyonuna başlayın ve ardından örneklerin çözünmesi içi

laboratory-protocol-for-genetic-gut-content-analyses-aquatic

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu yayın Agilent Balık Türleri Tanımlama Sistemi, DNA ayıklanması ve, PCR ve RFLP analizi yapan bir balık türü tanımlamak için nasıl kullanılacağı açıklanmıştır.

DNA tabanlı Balık Türleri Tanımlama Protokolü

Spodoptera littoralis gut ile ilişkili aktif bakteriyel topluluk, piro sıralamadır bağlanmış kararlı-izotop-tarama (SIP) ile belirlenmiştir. Bu yöntemi kullanarak, toplum içinde aktif metabolik bakteri türlerinin belirlenmesi, yüksek çözünürlük ve hassasiyet ile yapıldı.

Kültürlü ve Gut metabolik Aktif Bakterilerin Tanımlanması<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; DNA Kararlı İzotop yoluyla kullanma Probing<sup&gt; 13</sup&gt; C = Glukoz

Yüksek çözünürlüklü erime analizi (HRMA) ile bir araya PCR zebrafish genotip için hızlı ve etkili bir yöntem olarak gösterilmiştir.

Yüksek çözünürlüklü Melt Analizi ile PCR kullanarak hızlı ve verimli Zebra Genotiplemesi

Gerçek zamanlı PCR aracılığıyla kıyı çökeltilerinden bakteriyel 16S rRNA genlerini ve transkriptlerini ölçmek için bir protokol sağlanır. Metodoloji, DNA ve RNA'nın birlikte ekstraksiyonunu içerir; DNA'sız RNA'nın hazırlanması; ve standart eğri yapısı dahil olmak üzere RT-q-PCR yoluyla 16S rRNA geni ve transkript miktar tayini.

Gerçek zamanlı PCR ile Kıyı tortulları ve Niceleme 16S rRNA Genler ve Transkriptler eşzamanlı DNA-RNA Ekstraksiyon

Biz yüksek verimli sıralama kullanan proteinlerin kapsamlı tek site doyma mutagenezi kütüphanelerinin fonksiyonel değerlendirme için bir protokol mevcut. Daha da önemlisi, bu yaklaşım kütüphane inşaatı ve sıralama multipleks dik primer çiftleri kullanır. ampisilin klinik olarak anlamlı bir doz için seçilen TEM-1 β-laktamaz kullanılarak Örnek sonuçlar verilmiştir.

Yüksek verimlilik sıralaması kullanılması Tüm-Protein Doygunluk Mutagenez Kütüphaneleri Fonksiyonel Değerlendirme Protokolü

Bu el yazması yüksek üretilen iş 16S rRNA amplicon sıralama, detaylı bir standart protokolünü açıklar. Protokol dışkı örneği koleksiyonu veri analizleri ile başlayarak bir entegre, üniformalı, uygun ve ucuz protokol tanıttı. Bu protokol analiz örnekleri titiz standartları ile çok sayıda ve çeşitli denetimler sağlar.

16S rRNA Amplicon sıralama tarafından dışkı mikrobiyal karakterizasyonu için rehberli iletişim kuralı

Burada, toprak, rizosferde ve kök endosphere microbiomes amplicon sıra verileri elde etmek için bir protokol açıklayın. Bu bilgiler kompozisyon ve çeşitlilik bitki ilişkili mikrobiyal toplulukların araştırmak için kullanılan ve bitki türlerinin geniş bir kullanım için uygundur.

Kök Microbiome keşfetmek: toprak, rizosferde ve kök Endosphere bakteriyel topluluk verileri ayıklama

Zebra balığı güvenilir genetik canlılar arasında gen düzenleme teknolojileri advent ile özellikle Biyomedikal araştırma olarak kullanılmıştır. Larva fenotipleri bekleniyor, DNA ekstraksiyon ve genotip kimlik zor olabilir. Burada, biz bir verimli Genotipleme zebra balığı larva için kuyruk, 72-h sonrası döllenme gibi erken kırpma tarafından açıklayınız.

Yüksek işlem hacmi DNA ekstraksiyon ve 3dpf zebra balığı larva Fin kırpma tarafından Genotipleme

Bu protokol, Sipunculus nudus coelomic sıvısındaki mRNA ekspresyon düzeylerini ve hedef genlerin mekansal desenlerini saptamak için yerinde hibridizasyon yaklaşımını etkin bir şekilde tanımlar.

Sipunculus nudus Coelomic Sıvı için yerinde Hibridizasyon

Çevresel DNA tahlilleri, alan verilerinin toplanmasına başlamadan önce titiz bir tasarım, test, optimizasyon ve doğrulama gerektirir. Burada, çevresel örneklerden hedef tür DNA'sının tespiti ve nicelleştirilmesi için türe özgü, prob tabanlı bir qPCR testi tasarlamanın her adımında kullanıcıları götürecek bir protokol sunuyoruz.

ÇevreSEL DNA Uygulamaları için Türlere Özgü Nicel PCR Testlerinin Geliştirilmesi ve Testi

Protokol, Güney Teksas kıyı sulak alanlarındaki temel metan döngüsü genlerini tespit eder ve bu dinamik ekosistemlerdeki metan düzenlemesi ve çevresel etkilerinin anlaşılmasını geliştirmek için mekansal dağılımlarını görselleştirir.

Kıyı Sulak Alanlarında Metan Döngülü Mikrobiyal Dinamiklerin Görselleştirilmesi

Öğrenin su makro omurgasızları için grup özel rDNA astar genetik bağırsak içeriği analiz yöntemini. Bu protokol trofik ekoloji ve besin ağı etkileşimlerini incelemek amacıyla geliştirilmiştir.

Su Macroinvertebrates kullanma gruba özel rDNA astar genetik Gut içerik analizleri için laboratuvar iletişim kuralı

Daha fazla video keşfet