Name: Laboratuvarda ölçmek yüzeyler bitki bakterilerin bağlılık (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-06-19T12:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 7 s
Description: Öğrenin bitki köklerine bakteri bağlanmasını ölçme yöntemini. Bu hızlı ve ekonomik teknik, bitki patolojisi ve gıda güvenliği araştırmalarında bakteri tutunmasını değerlendirmek için kullanılır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yazar Susan Whitfield hazırlanması rakamlar ve Camille Martin ve Hillary Samagaio yardım için bazı deneyler için teşekkürler.

1. Axenic bitki materyali hazırlanması
<ol><li>Suda yetiştirilen Fideler hazırlayın.<ol>
<li>Tohum (az 30) az sayıda bir 30, 50, 100 veya 150 mL Cam kabı yerleştirin. Bu iletişim kuralı ile domates, yonca, Arabidopsis thaliana, bezelye, bakla, tütün, marul ve havuç tohumu kullandık. Not: kaç tohum birlikte bir tohum diğerine yayılan kirlenme olmadan sterilize belirlemek için adım 1.1.2 bakın.</li>
		<li>Tohum % 80 etanol ile kapak ve kısaca girdap. 1 dk. için emmek tohum izin.</li>
		<li>Etanol dökün ve bir çözüm cilt ticari çamaşır suyu (NaClO) % 50 ve % 0.1 ile tohum kapak Triton X-100 musluk suyundaki. 20 dk için emmek tohum izin. Not: tohum fasulye tohumu gibi büyük iseniz, tamamen tohum yüzeydeki mantarlar öldürmek için iliklerine zaman uzatmak gerekli olabilir.</li>
		<li>Çamaşır suyu karışımı dökün ve tohumlar 3 kez steril su ile yıkayın. Her yıkama için 1 dk suda ıslatın tohum izin.</li>
		<li>Elde etmek için axenic fidan tohum büyüklüğüne bağlı olarak 5 ile 25 mL arasında steril su az miktarda ekleyin. Tohum ve su içine tohum çimlenme için steril Petri kabına dökün. Not: Su çanak alt kapak ama kök tüyleri oluşumu teşvik için tohum kapsamaz. Sadece tek bir tür organizmanın mevcut Axenic hangi bir kültür açıklar.</li>
		<li>Fidan 1 cm ve 10 cm (yaklaşık 4 gün domates ve A. thaliana ve 1 ila 3 gün süreyle yonca) arasında istediğiniz boyuta ulaşana kadar karanlıkta kuluçkaya. İçin daha büyük tohum folyo ile kaplı bir cam tabak gibi daha--dan 100 mL kapasiteli bir kapalı steril kap kullanın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Belirli tohum çok yüzey-Sterilizasyon sonra uygulanabilir veya tohum içinde kalması mikroorganizmalar ile kirlenme sıklığını belirler. Not: zaman zaman tohum mikroorganizmaların yüzey-sterilizasyon tarafından öldürülemez tohum kat altında taşıdığı bu gereklidir. Kirli tohumlar sıklığı bir tohum yerinde grup tohum ile bakteri ve mantar tedavisi hayatta bir tohum nedeniyle kontamine olma riski yüksek bir anda sterilize etmek için kaç tohum belirlemek için kullanın.<ol>
<li>Adımları 1.1.1 1.1.3 aracılığıyla yerine getirir.</li>
		<li>Tohumlar bir besin agar Petri kabına yerleştirin. Koymak böylece bunların tek tek attı onları aralığı 10-30 tohum her yemek. Bulaşıkları teyp veya sızdırmazlık film ile kapatın.</li>
		<li>Her gün görünür mikroorganizmaların tohumlarından akıbet için Puanlama 25 ° C'de 3-5 gün kuluçkaya.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Kuma yetiştirilen Fideler hazırlayın. Fidan kum kullan bakteriyel yapışma deneylerde için yetiştirilen olabilir.<ol>
<li>Adımları 1.1.1 1.1.3 aracılığıyla yerine getirir.</li>
		<li><li><li><li><ol><li><li></li></ol></li><li></ol></li><li></ol><ol><li><ol><li></ol></li><li><ol><li></ol></li><li><ol><li><li><li></li></ol></li></ol><ol><li><ol><li></li><li></li></ol></li><li><ol><li><li></ol></li></ol><ol><li><li></li><li></li><li><li><ol><li></li><li></li><li></li></ol></li></ol><ol><li><ol><li><li></ol></li><li></ol><ol><li><ol><li> </li><li><ol><li></ol></li></ol></li><li> <ol><li><li></ol></li><li><ol><li> </li><li><li><ol><li><li></ol></li></ol></li></ol><img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56599/56599fig1.jpg"> <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56599/56599fig1large.jpg" target="_blank"></a><ol start="4"><li><ol><li><li></ol></li></ol><ol><li><ol><li><ol><li></li><li></ol></li><li><li><ol><li><li></li><li> </li><li></ol></li></ol></li><li><ol><li></li><li><li></ol></li><li><ol><li><ol><li><li><li></ol></li></ol></li><li><ol><li><ol><li></ol></li><li><li></ol></li><li><li><li></li></ol><ol><li><ol><li><li></ol></li><li><ol><li></li><li><li></li></ol></li></ol>

<ol><li>Heaton, J. C., Jones, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+contamination+of+fruit+and+vegetables+and+the+behaviour+of+enteropathogens+in+the+phyllosphere%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial contamination of fruit and vegetables and the behaviour of enteropathogens in the phyllosphere: a review.</a> J. Appl. Microbiol. 104, 613-626 (2008).</li>
<li>Beuchat, L. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11932192">Ecological factors influencing survival and growth of human pathogens on raw fruit and vegetables.</a> Microbes Infect. 4, 413-423 (2002).</li>
<li>Berger, C. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fresh+fruit+and+vegetables+as+vehicles+for+the+transmission+of+human+pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Fresh fruit and vegetables as vehicles for the transmission of human pathogens.</a> Environ. Microbiol. 12, 2385-2397 (2010).</li>
<li>Lugtenberg, B. J., Chin, A. W. T., Bloemberg, G. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbe-plant+interactions%3A+principles+and+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Antonie+Van+Leeuwenhoek%22%5BJournal%5D)">Microbe-plant interactions: principles and mechanisms.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 373-383 (2002).</li>
<li>Preston, G. M., Haubold, B., Rainey, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+genomics+and+adaptation+to+life+on+plants%3A+implications+for+the+evolution+of+pathogenicity+and+symbiosis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial genomics and adaptation to life on plants: implications for the evolution of pathogenicity and symbiosis.</a> Curr. Opin. Microbiol. 1, 589-597 (1998).</li>
<li>Compant, S., Duffy, B., Nowak, J., Clement, C., Barka, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+Plant+Growth-Promoting+Bacteria+for+Biocontrol+of+Plant+Diseases%3A+Principles%2C+Mechanisms+of+Action%2C+and+Future+Prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of Plant Growth-Promoting Bacteria for Biocontrol of Plant Diseases: Principles, Mechanisms of Action, and Future Prospects.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 4951-4959 (2005).</li>
<li>Mathews, S. L., Smith, R. B., Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparison+of+the+retention+of+pathogenic+Escherichia+coli.+O157+by+sprouts%2C+leaves+and+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">A comparison of the retention of pathogenic Escherichia coli. O157 by sprouts, leaves and fruits.</a> Microb. Biotechnol. 7, 570-579 (2014).</li>
<li>Fuqua, C., Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+studying+bacterial+biofilms+associated+with+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Methods for studying bacterial biofilms associated with plants.</a> Methods Enzymol. 337, 3-18 (2001).</li>
<li>Torres, A. G., Jeter, C., Langley, W., Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+binding+of+Escherchia+coli.O157%3AH7+to+alfalfa%2C+human+epithelial+cells%2C+and+plastic+is+mediated+by+a+variety+of+surface+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Differential binding of Escherchia coli.O157:H7 to alfalfa, human epithelial cells, and plastic is mediated by a variety of surface structures.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 8008-8015 (2005).</li>
<li>Matthysse, A. G., Deora, R., Mishra, M., Torres, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Polysaccharides+cellulose%2C+poly-beta-1%2C6-n-acetyl-D-glucosamine%2C+and+colanic+acid+are+required+for+optimal+binding+of+Escherichia+coli+O157%3AH7+strains+to+alfalfa+sprouts+and+K-12+strains+to+plastic+but+not+for+binding+to+epithelial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Polysaccharides cellulose, poly-beta-1,6-n-acetyl-D-glucosamine, and colanic acid are required for optimal binding of Escherichia coli O157:H7 strains to alfalfa sprouts and K-12 strains to plastic but not for binding to epithelial cells.</a> Appl. Environ. Microbiol. 74, 2384-2390 (2008).</li>
<li>Matthysse, A. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+cellulose+overproduction+on+binding+and+biofilm+formation+on+roots+by+Agrobacterium+tumefaciens%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Plant+Microbe+Interact%22%5BJournal%5D)">The effect of cellulose overproduction on binding and biofilm formation on roots by Agrobacterium tumefaciens.</a> Mol. Plant Microbe Interact. 18, 1002-1010 (2005).</li>
<li>Matthysse, A. G., Kijne, J. W. Attachment of Rhizobiaceae to plant cells. <a target="_blank" href="http://www.springer.com/us/book/9780792351801">The Rhizobiaceae</a>. Spaink, H. P., Kondorosi, A., Hooykaas, P. J. J. , Kluwer Academic Press. 235-249 (1998).</li>
<li>Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/BF01276821">Conditioned medium promotes the attachment of Agrobacterium tumefaciens.strain NT1 to carrot cells.</a> Protoplasma. 183, 131-136 (1994).</li>
<li>Matthysse, A. G., McMahan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+the+Agrobacterium+tumefaciens.+attR+mutation+on+attachment+and+root+colonization+differs+between+legumes+and+other+dicots%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The effect of the Agrobacterium tumefaciens. attR mutation on attachment and root colonization differs between legumes and other dicots.</a> Appl. Environ. Microbiol. 67, 1070-1075 (2001).</li>
<li>Jeter, C., Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+binding+of+diarrheagenic+strains+of+E.+coli.to+plant+surfaces+and+the+role+of+curli+in+the+interaction+of+the+bacteria+with+alfalfa+sprouts%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Plant+Microbe+Interact%22%5BJournal%5D)">Characterization of the binding of diarrheagenic strains of E. coli.to plant surfaces and the role of curli in the interaction of the bacteria with alfalfa sprouts.</a> Mol. Plant Microbe Interact. 18, 1235-1242 (2005).</li>
<li>Matthysse, A. G., McMahan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Root+colonization+by+Agrobacterium+tumefaciens+is+reduced+in+cel%2C+attB%2C+attD%2C+and+attR+mutants%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Root colonization by Agrobacterium tumefaciens is reduced in cel, attB, attD, and attR mutants.</a> Appl. Environ. Microbiol. 64, 2341-2345 (1998).</li>
<li>Morton, E. R., Fuqua, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phenotypic+analyses+of+Agrobacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Phenotypic analyses of Agrobacterium.</a> Curr. Protoc. Microbiol. , Chapter 3 (2012).</li>
<li>Brandl, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+lesions+promote+the+rapid+multiplication+of+Escherichia+coli+O157%3AH7+on+postharvest+lettuce%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Plant lesions promote the rapid multiplication of Escherichia coli O157:H7 on postharvest lettuce.</a> Appl. Environ. Microbiol. 74, 5285-5289 (2008).</li>
<li>Franz, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+contamination+of+lettuce+by+GFP-expressing+Escherichia+coli+O157%3AH7+and+Salmonella+enterica+serovar+Typhimurium%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantification of contamination of lettuce by GFP-expressing Escherichia coli O157:H7 and Salmonella enterica serovar Typhimurium.</a> Food Microbiol. 24, 106-112 (2007).</li>
<li>Morton, E. R., Fuqua, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laboratory+maintenance+of+Agrobacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Laboratory maintenance of Agrobacterium.</a> Curr. Protoc. Microbiol. , Chapter 1 (2012).</li>
<li>Lugtenberg, B. J., Kravchenko, L. V., Simons, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tomato+seed+and+root+exudate+sugars%3A+composition%2C+utilization+by+Pseudomonas+biocontrol+strains+and+role+in+rhizosphere+colonization%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Tomato seed and root exudate sugars: composition, utilization by Pseudomonas biocontrol strains and role in rhizosphere colonization.</a> Environ. Microbiol. 1, 439-446 (1999).</li>
<li>Murashige, T., Skoog, F. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1399-3054.1962.tb08052.x/abstract">A Revised Medium for Rapid Growth and Bio Assays with Tobacco Tissue Cultures.</a> Physiologia Plantarum. 15, 473-497 (1962).</li>
<li>Danhorn, T., Fuqua, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+formation+by+plant-associated+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Biofilm formation by plant-associated bacteria.</a> Annu. Rev. Microbiol. 61, 401-422 (2007).</li>
<li>Branda, S. S., Vik, S., Friedman, L., Kolter, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15639628">Biofilms: the matrix revisited.</a> Trends Microbiol. 13, 20-26 (2005).</li>
<li>O'Toole, G., Kaplan, H. B., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+formation+as+microbial+development%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Biofilm formation as microbial development.</a> Annu. Rev. Microbiol. 54, 49-79 (2000).</li>
<li>Charkowski, A. O., Barak, J. D., Sarreal, C. Z., Mandrell, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differences+in+growth+of+Salmonella+enterica+and+Escherichia+coli+O157%3AH7+on+alfalfa+sprouts%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Differences in growth of Salmonella enterica and Escherichia coli O157:H7 on alfalfa sprouts.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 3114-3120 (2002).</li>
<li>Loper, J., Suslow, T., Schroth, M. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/240593829_Lognormal_Distribution_of_Bacterial_Populations_in_the_Rhizosphere">Lognormal distribution of bacterial populations in the rhizosphere.</a> Phytopathology. 74, 1454-1460 (1984).</li>
<li>Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Attachment+of+Agrobacterium+to+plant+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Attachment of Agrobacterium to plant surfaces.</a> Front Plant Sci. 5, 252(2014).</li>
<li>Douglas, C. J., Halperin, W., Nester, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agrobacterium+tumefaciens+mutants+affected+in+attachment+to+plant+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Agrobacterium tumefaciens mutants affected in attachment to plant cells.</a> J. Bacteriol. 152, 1265-1275 (1982).</li>
<li>Tomlinson, A. D., Fuqua, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+and+regulation+of+polar+surface+attachment+in+Agrobacterium+tumefaciens%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Mechanisms and regulation of polar surface attachment in Agrobacterium tumefaciens.</a> Curr. Opin. Microbiol. 12, 708-714 (2009).</li>
<li>Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Attachment+of+Agrobacterium+to+plant+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Attachment of Agrobacterium to plant surfaces.</a> Front Plant Sci. 5, (2014).</li>
<li>Wright, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+endophytic+lifestyle+of+Escherichia+coli+O157%3AH7%3A+quantification+and+internal+localization+in+roots%5BTitle%5D)+AND+%22Phytopathology%22%5BJournal%5D)">The endophytic lifestyle of Escherichia coli O157:H7: quantification and internal localization in roots.</a> Phytopathology. 103, 333-340 (2013).</li>
<li>Berger, C. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fresh+fruit+and+vegetables+as+vehicles+for+the+transmission+of+human+pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Fresh fruit and vegetables as vehicles for the transmission of human pathogens.</a> Environ. Microbiol. 12, 2385-2397 (2010).</li>
<li>Erickson, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Internalization+and+Fate+of+Escherichia+coli+O157%3AH7+in+Leafy+Green+Phyllosphere+Tissue+Using+Various+Spray+Conditions%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Food+Prot%22%5BJournal%5D)">Internalization and Fate of Escherichia coli O157:H7 in Leafy Green Phyllosphere Tissue Using Various Spray Conditions.</a> J. Food Prot. 77, 713-721 (2014).</li>
<li>McKellar, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+different+approaches+for+modeling+Escherichia+coli+O157%3AH7+survival+on+field+lettuce%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Food+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Evaluation of different approaches for modeling Escherichia coli O157:H7 survival on field lettuce.</a> Int. J. Food Microbiol. 184, 75-85 (2014).</li>
<li>Wu, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Factors+influencing+the+detection+and+enumeration+of+Escherichia+coli+O157%3AH7+on+alfalfa+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Food+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Factors influencing the detection and enumeration of Escherichia coli O157:H7 on alfalfa seeds.</a> Int. J. Food Microbiol. 71, 93-99 (2001).</li>
</ol>

Yazar hiçbir rakip mali çıkarlarının olduğunu bildirir.

Tüm yüzeyler için bakteri deneme sırasında uygun haberdar olmak önemlidir. Geçerli hücre sayımları yapılırsa cam bağlama yeteneğine sahiptirler bakteriler böylece hafife cam tüpler ve pipetler kullanarak. Sonra bitkiler agar veya toprak ve agar bazıları yetiştirilir veya toprak bitkiler üzerinde kalır bakteri yapışan malzeme yerine bitkiler bağlamak. Öte yandan, özellikle kökleri, söz konusu olduğunda bitki yüzey yıkama doğal yüzey kaplamaları gibi kaldırabilir müköz ve böylece bağlılık test sonuçları.
Kuluçka karışıma eklenen bakteri deneme sırasında hayatta kalmak emin olmak önemlidir. Böylece uygun hücre sayımları ücretsiz hem de ekli bakterilerin düzenli olarak yapılmalıdır. Bazı tedaviler veya bakteriyel mutasyonlar bakteriyel büyüme oranını azaltmak veya aslında bakteriyel nüfusun bir kısmı ölüm sebebi. Özel lekeleri kullanılmadığı sürece canlı ve ölü bakteriler mikroskobu ayırt olabilir. Canlı/ölü bakteriler için bir yararlı leke kit boyalar hariç yaşayan bakterilerden bağlıdır vardır. Ancak, nüfus bakteri varsa o zaman uygun hücre sayımları ilgi tür kuluçka bakteriyel ölümle sonuçlanan olup olmadığını belirlemek için en kolay yöntem olması muhtemeldir.
Orta kompozisyon bakteriyel hayatta kalma ve büyüme etkiler. Kök çıktı ve yaradan serbest ve siteleri kesmek malzeme substrat mütevazı bakteriyel büyüme destek sağlayacaktır. Fosfat, azot ve demir bu şartlarda sınırlama eğilimindedir. Kalsiyum ve magnezyum gibi divalent katyonlar yapışma etkileyebilir. Bazı durumlarda karbon kaynağı yapışma etkisi altına alabiliyor. pH da önemli. Genel olarak rizosferde pH 5.5 6,5 arasındadır.
Bakterilerin antibiyotik direnci ile işaretlenmiş kullanırken dikkatli olması gereklidir. En sık kullanılan antibiyotikler rifampisin ve nalidixic asit vardır. Bu antibiyotiklere direnç olduğunu genellikle nedeniyle kromozom genlerdeki mutasyonlar (RNA polimeraz ve gyrase yapılabilir, sırasıyla) ve böylece kolayca başka bir soy için kuluçka sırasında transfer edilemez. Bu tür bir direnç de bozulma ya da antibiyotik modifikasyonu yol açmaz. Plazmid herhangi bir diğer bakteri transfer edilemez sürece bakteri gen plazmid kaynaklı marker ile işaretleme önerilmez. Antibiyotik hassas bakteri sonra eğer onlar yakın dirençli bakterilerin bulunduğu antibiyotik tabaklarda büyümek mümkün olacak gibi antibiyotik direnci antibiyotik bozulma ya da kimyasal değişiklik nedeniyle olmaması gerekir.
Bu makalede açıklanan yöntemleri örnekleri (örneğin, insan patojenleri içeren deneyler) bulunması gereken yere küçük örnek boyutları ve/veya deneyler için yararlı olur. Örneklerin boyutu büyük (yukarıda Malzeme ya da 50'den fazla bitki 100 g) için diğer yöntemleri veya bu yöntemlerin köklü değişiklik gerekli10,19,32,19,33, olur 34 , 35 , 36. mikroorganizmaların okudu türler dışında çok sayıda varlığı da önemli sorunlar oluşturabilir. Olası çözümler 6.1.2 ve 7.3 adımlarda açıklandığı gibi bir floresan protein veya antibiyotik direnci ile işaretlenmiş bakteri kullanımını içerir. Bakteri ilgi diğer mikroorganizmaların büyük bir nüfus içinde nadir kişiler vardır ancak, bu işaretleri okudu bakteri sayıda benzersiz bir değerlendirmesini sağlamak yeterli olmayabilir.
Tüm yöntem tanımlamak burada dayalı laboratuvar yöntemleri vardır. Küçük değişiklikler sera çalışmaları için gerekli olacaktır. Daha önemli değişiklikler nerede deneyler için tanımlanmış koşulların sağlanması tek hücreli, böcek ve diğer hayvan predasyona ve İklim değişimi karmaşık hale saha çalışmaları için gerekli olması muhtemeldir. Gelecekte bu yöntemlerin bitki yüzeyinde iki veya daha fazla mikroorganizmaların etkileşimleri dahil etmek uzatılabilir.

Yüzeyler tesisi için bakteriyel bağlama ölçümü üç farklı durumlarda önem kazanmıştır. İlk durum iletim tesisi yüzeyler1,2,3insan patojenlerin incelenmesidir. Burada amaç bakteriyel bağlama önlemek için veya kaldırmak ya da ilişkili bakterileri öldürmek için olduğunu ve bu nedenle bitki materyali tarafından hastalık iletim azaltmak için. İkinci durum için yüzeyler4bitki bitki patojenleri bağlama incelenmesidir. Bir kez daha burada bağlama önlemek için veya kaldırmak ya da ilişkili bakterileri öldürmek için hedeftir ve böylece hastalığı azaltmak için. Üçüncü durum bağlama simbiyotik veya bitki büyüme teşvik bakteri5,6incelenmesidir. Burada amaç bakteriyel bağlayıcı ve böylece artış bitki sağlığı ve ürün teşvik etmektir verir.
Bu makalede açıklanan yüzeyler tesisi için bakteriyel bağlama Ölçme teknikleri are ucuz ve nispeten kolay yapmak. Sadece şartları mikroskop ve genellikle Bakteriyolojinin laboratuvarda bulunan malzemeler vardır. Bazı teknikler için banyo sonicator yararlıdır. Açıklanan teknikleri nispeten küçük örnek boyutlarını kullanarak yapılan deneyler bağlama için tasarlanmıştır. Her ne kadar bazı teknikler kullanmak sera veya alan için değiştirmek mümkün olabilir bağlama ölçümleri laboratuvar olarak yapılır.
Bu teknikler kökleri, Brüksel lahanası, kesme yaprakları bakteriyel bağlama, kesilmiş meyve ve bozulmamış kiraz domates ' deki laboratuvar7,8,9,10,11ölçmek için kullanılmış, 12,13,14,15. Bunlar ayrıca laboratuvar16' kum veya toprakta büyüyen bitkilerin kök kolonizasyon ölçmek için kullanılmıştır. Agrobacterium tumefaciens, Sinorhizobium meliloti, Escherichia coli, Salmonella enterica ve Pseudomonas fluorescensdahil olmak üzere birçok bakteriyel türler ile teknikleri kullanılmaktadır. A. tumefaciens yüzeyler ile etkileşimi değerlendirmek için yöntem yararlı açıklamasını Morton ve Fuqua (2012)17bulunabilir. Her durumda örnek boyutları dahil 25-50 bitkiler küçük, daha az genellikle. Açıklanan teknikleri deneyler sırasında kapsanan tutulması gereken insan patojenler ile kullanım için uygundur.

<table><tbody><tr><td>ışık mikroskobu</td><td>herhangi bir</td><td>N/A</td><td>faz kontrastı veya Nomarski optiği yardımcı olur, floresan işaretleyiciler kullanan çalışmalar için bir floresan mikroskobu gereklidir.</td></tr><tr><td>tohumlar</td><td>herhangi&nbsp;</td><td>N / A</td><td>, tohum lot numarasını ve çeşit</td></tr><tr><td>ağartıcıyı</td>, <td>herhangi</td> bir <td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>banyo sonikatörünü</td>, <td>herhangi bir bilimsel tedarik şirketini</td>, <td>N / A</td><td></td></tr>, <tr><td>Triton X-100</td>, <td>Sigma-Aldrich,</td><td>T9284</td><td></td></tr><tr><td>besin agarını</td> not edin;<td>Difco&nbsp;</td><td>001-01-8</td><td></td></tr><tr><td>soya tonu</td><td>Difco&nbsp;</td><td>24360</td><td></td></tr><tr><td>Kum</td><td>deniz kumu Fisher Scientific</td><td>S25</td><td></td></tr><tr><td>kum</td><td>&nbsp; Sigma-Aldrich</td><td>S9887</td><td></td></tr><tr><td>conetainers</td><td>Stuewe & Oğullar, Inc.</td><td>Ray-Leach koni tutucular</td><td>, yetiştirmek istediğiniz bitki türüne uygun birçok farklı boyutta mevcuttur:</td></tr><tr><td>parafilm</td>, <td>herhangi bir bilimsel tedarik şirketi</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>, MS tuzları</td>, <td>Sigma-Aldrich</td><td>M5524</td><td></td></tr>, <tr><td>parafin,</td><td>herhangi bir</td><td>N/A</td> centrigfuge, <td></td></tr><tr><td></td><td>herhangi bir bilimsel şirket</td>, <td>N/A</td>, <td>çoğu bakteriyi peletlemek için, maksimum 10.000 XG kuvvete sahip sadece küçük bir santrifüj herhangi</td></tr><tr><td>bir bilimsel şirket</td><td></td><td></td>mikrometre<td>girdap karıştırıcı</td></tr><tr><td></td><td>gereklidir ACCU-SCOPE Aksesuarlar</td><td>A3145</td><td></td></tr><tr><td>Sedgwick-kiriş sayma hücresi</td><td>Hauser Scientific</td><td>HS3800</td><td></td></tr><tr><td>prob klipsi pres-conta inkübatin odası</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z359483</td><td></td></tr><tr><td>rifampisin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R3501</td><td></td></tr><tr><td>naladixic asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>n8878</td><td></td></tr><tr><td>Vitrojen Moleküler Biyoproblarda Canlı</td><td>/ ölü leke</td><td>L7007</td><td></td></tr></tbody></table>

laboratuvarda ölçmek yüzeyler bitki bakterilerin bağlılık

Adherence of Bacteria to Plant Surfaces Measured in the Laboratory

Bu el yazması bakteriyel axenic bitki yüzeyler ışık mikroskobu ve uygun hücre sayımları aracılığıyla bağlamaya ölçmek için bir yöntem açıklanır. Kullanılan bitki malzemeler dahil kökleri, Brüksel lahanası, yaprak ve meyve kesti. Açıklanan yöntemleri, kolay, ucuz ve küçük örnek boyutları için uygundur. Bağlama laboratuvarda ölçmek ve kuluçka ortam ve koşulları çeşitli kullanılabilir. İnhibitörleri etkisini belirlenebilir. Desteklenmesi ve bağlama inhibe durumlar da tespit edilebilir. Bazı durumlarda çeşitli koşullar bağlama etkileri bitki veya bakteri nedeniyle öncelikle değiştirme olup olmadığını ayırt etmek mümkündür.

A. tumefaciens kök yüzeyleri colonizes. Selüloz bakteriyel üretim kök kolonizasyon içinde bir rol çalýp selüloz sentez önlemek bakteri mutasyonların etkileri olduğunu belirlemek amacıyla16inceledi. 1.3 ve 7.1 adımlarda açıklanan teknikleri kullanılmıştır. Domates tohumları steril ve steril su germinated yüzey vardı. Kökleri yaklaşık 2 cm uzunluğunda iken onlar mL başına 105 bakterilerin bir süspansiyon daldırma ve pastörize toprak kaplarda ekili. Bitkiler için 25 ° c 14 gün 12 saat ışık/12 s karanlık döngü üzerinde yetiştirilen vardı. Sonra bitkiler kez belirtilen kapsayıcılardan çıkarıldı. Kökleri yıkanmış ve ilişkili bakteriler kaldırmak için bir banyo sonicator sonicated. Bakteriyel numaraları canlı hücre sayımları kullanılarak belirlenmiştir. Şekil 2 bakteri yeteneğini domates kökleri kolonize iki farklı selüloz-eksi mutasyon etkisini gösterir. Bazı ölçümler standart sapmalar olmasına rağmen 0,910 (a ortak problem ile bu tür bir ölçüm) oturum kadar bağlama azalma selüloz-eksi mutantların açıkça belirgin olduğunu ve biz bu bakteri üretimi sonucuna varabiliriz Selüloz bakteri domates kökleri kolonizasyon yardımcı olur.
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56599/56599fig2.jpg"> Resim 2 : Kök vahşi türü ve A. tumefaciensselüloz-eksi mutantlar tarafından kolonizasyonu. Günlük10 cm kök uzunluğu domates kökleri kurtarılan başına bakteri toplam sayısı vahşi türü A. tumefaciens zorlanma C58 ve selüloz-eksi mutantlar C58:1 ve C58:A60 ile aşılanmış. Gösterildiği anlamına gelir en az dört ayrı deney sayılardır. Çubuklar anlamına gelir standart sapmalar gösterir. Kökleri bir süspansiyon mL bir dakika başına 105 bakterilerin daldırma tarafından aşılanmış. Bitkiler kaplarda yetiştirilmiştir ve gevşek yapisan bakteri arabellekte bir cam şişe yıkama olarak kökleri yıkama tarafından çıkarıldı. Sıkıca yapışık bakteri bir banyo sonicator ve uygun hücre16sayar belirlemek için kaplama elde edilen süspansiyon kullanarak kaldırıldı. Bu rakam, Matthysse ve McMahan değiştirildi. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56599/56599fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Exopolysaccharides yonca filizi için diğer bakteri ve E. coli bağlamada rolü incelenmiştir. İshal hastalığı nedeniyle E. coli O157: H7 bazı salgınları kirlenmiş yonca filizi takip edilmiştir. Bağlama vahşi tipi bakteri ve mutantlar çeşitli exopolysaccharides yapamıyoruz 1.1, 5.1 ve 7,2 adımlarda açıklanan yöntemleri kullanarak ölçüldü. Yonca filizi steril ve steril su 25 ° c karanlıkta bir günlüğüne germinated yüzey vardı. Dört lahanası ile ekli tohum ceket 5 mL su içeren steril plastik yemekleri yerleştirildi. Luria suyu yetiştirilen bakteri için son bir konsantrasyon yaklaşık 5 x 10 mL3 eklendi. İnoculated filizi 3 gün boyunca karanlıkta 25 ° C'de inkübe. Filizi iki kez suda 5 mL steril bir şişe dinç INVERSION tarafından yıkanmış ve motorlu tahrik Teflon cam homogenizer kullanarak arabellek yıkama homojenize. Bakteri kullanarak önceki deneyleri içselleştirilmiş bakteri yüzey bakteri kolayca tespit edildi, ancak gösterdi GFP gen taşıyan bir plazmid ile işaretlenmiş. Sonuçları Tablo 1' de gösterilmiştir. E. coli O157: H7 iki soyu incelenmiş. Her iki suşlar poli-β-1,6-glucuronic acid(PGA) üretim yüzeyler bitki için patojen E. coli bağlama için en büyük katkı yapmak için ortaya çıktı. Kolon asit de bağlama içinde önemli bir rol oynadı. Selüloz-eksi mutantlar bağlamasında azalma önemli iken diğer iki polisakkaritler için bu kadar büyük değildi.
<table fo:keep-together.within-page="1"><tbody>
<tr>
<td colspan="4">Exopolysaccharide üretim genlerdeki mutasyonlar bağlama, E. coli O157: H7 lahanası ve açık tohum kat üzerine etkileri</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="2">Bakteriyel zorlanma</td>
			<td rowspan="2">Mutasyon veya genotip (ilgili fenotip)</td>
			<td colspan="2">Filiz veya tohum kat günlük10 numarası bakterilerin bağlı</td>
		</tr>
<tr>
<td>B yonca filizi
</td>
			<td>Açık tohum kat</td>
		</tr>
<tr>
<td>86-24</td>
			<td>Yok (vahşi türü)</td>
			<td>4.7 ± 0,6</td>
			<td>5.6 ± 0.2</td>
		</tr>
<tr>
<td>8624N</td>
			<td>
yhjN (selüloz-eksi)</td>
			<td>2.9 ± 0.7c
</td>
			<td>3.5 ± 0.6c
</td>
		</tr>
<tr>
<td>8624C</td>
			<td>
wcaD (kolon asit-eksi)</td>
			<td>1.8 ± 0.7c
</td>
			<td>2.4 ± 0.5c
</td>
		</tr>
<tr>
<td>8624P</td>
			<td>
pgaC (PGA-eksi)</td>
			<td>&lt; 1.0c
</td>
			<td>1.0 1.0 ±c
</td>
		</tr>
<tr>
<td>DEC4A</td>
			<td>Yok (vahşi türü)</td>
			<td>5.6 ± 0.2</td>
			<td>6.1 ± 0,3</td>
		</tr>
<tr>
<td>DEC4AN</td>
			<td>
yhjN (selüloz-eksi)</td>
			<td>4.8 ± 0,8d
</td>
			<td>4.1 ± 0,8d
</td>
		</tr>
<tr>
<td>DEC4AC</td>
			<td>
wcaD (kolon asit-eksi)</td>
			<td>3.9 ± 0.5c
</td>
			<td>4.8 ± 0,8d
</td>
		</tr>
<tr>
<td>DEC4AP</td>
			<td>
pgaC (PGA-eksi)</td>
			<td>&lt; 1.0c
</td>
			<td>1.2 ± 0.7c
</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="4">en az 3 gün sonra bağlı bakteri (günlük10) sayısının üç ölçümlerin ortalama ± standart sapması.</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="4">b lahanası ölçüm önce yıkanmış.</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="4">c vahşi türünden önemli ölçüde farklı: P &lt; 0,01.</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="4">d önemli ölçüde vahşi türünden farklı: P &lt; 0,05.</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="4">Bu tablo Matthysse, Deora, Mishra ve Torres10değiştirildi.</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: bağlama, exopolysaccharide üretim genlerdeki mutasyonlar etkileri E. coli O157: H7 için filizlenir. Çeşitli exopolysaccharides ve lipopolysaccharide bağlama, patojenik rolü belirlemede E. coli O157: H7 suşları yonca filizi, mutantlar lahanası ve açık tohum kat kümesi bağlama için muayene yöntemleri kullanarak 6. adımda açıklanan. Sonuçlar gösterdi o poli-β-1, 6 -N-asetil-D-glucosamine (PGA) lahanası bağlama için gerekli gibi görünüyor ve bu selüloz, colanic asit, E. coli O157 en fazla bağlama için gereklidir. Bu tablo Matthysse, Deora, Mishra ve Torres10değiştirildi.
PGA üretim yüzeyler, PGA için gerekli genler kodlama klonlanmış operon taşıyan bir plazmid (pMM11) bitki bakteriyel bağlama neden için yeterli olup olmadığını belirlemek amacıyla üretim-cekti değil iki farklı bakteri tanıtıldı Normalde domates kökleri10içinbağlamak mümkün. A. tumefaciens A1045 bir mutant vahşi türü baskı C58 döngüsel-β-1,2 glukan yapmak başarısız olur ve ayrıca yüzeyler29bitki bağlamak başarısız olduğunu. Sinorhizobium meliloti kök nodüller yonca üzerinde oluşturan 1021 sigara baklagiller için bağlamak başarısız domates12de dahil olmak üzere. 1.1, 5.1, 6.3 ve 7.1 adımlarda açıklanan teknikleri genellikle PGA yapma yeteneğini bakteriyel bağlama kök yüzeyleri için artan belirlemek için kullanılmıştır. Domates tohumları steril ve steril su germinated yüzey vardı. Kökleri 1 cm uzunluğunda parçalara kesip ve steril su yerleştirilir ve bakteri aşılanmış. Bu iki tür bakterilerin farklı oranlarda büyüdükçe, bağlama kabaca eşit miktarda bakteriyel büyüme için izin vermek için farklı zamanlarda ölçüldü. Plazmid pMM11 varlığı, her iki tür (Tablo 2)10ilişkili bakteriler sayısında benzer önemli bir artış neden oldu. Bağlama önemli bir artış da ışık mikroskobu görüldü ama bağlama iki tür (Şekil 3) için çok farklıydı. A. tumefaciens A1045 bireysel bakteriler kök yüzeyibağlı. S. meliloti hangi büyük kümeler halinde sadece birkaç bakteri doğrudan kök dizinine bağlı olduğunu ve bakterilerin çoğunluğu diğer bakterilere bağlı olduğunu bağlı. Bu örnek sadece mikroskobik gözlemler dahil olmadan bağlı bakteri sayıda analiz bir denemenin sonuçları yanıltıcı bir izlenim verebilir gösterir. Her iki Yöntem (canlı hücre sayımları ve mikroskobik gözlemler) o pMM11 domates kökleri için bakteriyel bağlama artış göstermesine rağmen PGA üretim tarafından neden olduğu bağlama türü için iki bakteri10farklı oldu.
<table fo:keep-together.within-page="1"><tbody>
<tr>
<td colspan="3">Bağlama, bakteri domates kökleri için plazmid pMM11 etkisi</td>
		</tr>
<tr>
<td>Bakteriyel zorlanma</td>
			<td>Plazmid</td>
			<td>Mm kök uzunluğu bağlı bakteri sayısı</td>
		</tr>
<tr>
<td>A. tumefaciens A1045bir
</td>
			<td>hiçbiri</td>
			<td>0,25 x 103 ± 0,25 x 103
</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>pBBR1mcs (vektör)</td>
			<td>0,25 x 103 ± 0,25 x 103
</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>pMM11 (PGA sentezi)</td>
			<td>10 x 103 ± 0,25 x 103
</td>
		</tr>
<tr>
<td>S. meliloti 1021b
</td>
			<td>hiçbiri</td>
			<td>hiçbiri algılandı</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>pBBR1mcs (vektör)</td>
			<td>hiçbiri algılandı</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>pMM11 (PGA sentezi)</td>
			<td>50 x 103 ± 5 x 103
</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="3">Bakteriyel bir bağlama 2 saat sonra ölçüldü</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="3">b bakteriyel bağlama ölçü 18 saat sonra yapıldı.</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="3">Bu tablo Matthysse, Deora, Mishra ve Torres10değiştirildi.</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 2: genler PGA sentezi için bağlama üzerinde taşıyan bir plazmid etkisini A. tumefaciens A1045 ve S. meliloti domates kök kesimine 1021. Poli-β-1, 6 - yetenek incelemek içinN-asetil-D-glucosamine (PGA) bitki için bağlama bakterilerin tanıtmak için kökler, iki bitki ilişkili bakteri suşları bağlama üzerinde PGA (pMM11) yapma yeteneği veriyor bir plazmid etkisi domates kökleri inceledi. Ne tür bakteri domates kökleri için önemli bağlama PGA sentezi (pBBR1mcs) kodlama genler plazmid veya plazmid varlığında yokluğunda gösterdi. PGA sentez genleri taşıyan plazmid eklenmesiyle bağlama her iki tür bakteri tarafından arttı. Çünkü A. tumefaciens S. meliloti bağlama, kuluçka A. tumefaciens için 2 h sonra ve sonra 18 h S. melilotiiçin ölçüldü daha hızlı büyür. 7. adımda açıklananlar kullanılan teknikler vardır. Bu tablo Matthysse, Deora, Mishra ve Torres10değiştirildi.
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56599/56599fig3.jpg"> Şekil 3 : Plazmid pMM11 etkisini A. tumefaciens A1045 ve S. meliloti 1021 domates kök tüyleri için bağlama üzerinde PGA biyosentezi genleri taşıyan. Domates kök tüyleri a bağlama) A. tumefaciens A1045, B) A. tumefaciens A1045 pMM11, C) S. meliloti 1021 ve D) S. meliloti 1021 pMM11. Işık mikroskobu görüldüğü gibi bağlama ayrıntılarını bağlama iki bakteri türlerinin artış aşağı yukarı benzer olmasına rağmen oldukça farklıdır. 6. adımda açıklananlar kullanılan teknikler vardır. Bu rakam Matthysse, Deora, Mishra ve Torres10değiştirildi. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56599/56599fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Bazen bakteri ve belirli bir etkileşim içinde bitkinin katkı ayırt yardımcı olmak için bağlama biyolojik olmayan yüzeylerde kullanmak mümkündür. A. tumefaciens tek kutuplu polysaccharide(UPP) her iki biyolojik ve biyolojik olmayan yüzeyleri30çeşitli bakteri bağlama aracılık edebilmek için gösterilmiştir. Kalsiyum tarafından UPP28aracılı yüzeyler tesisi için A. tumefaciens bağlama etkisizleştirmek için gözlendi. Kalsiyum iyonları tarafından inhibisyonu yüzeyler tesisi için bakteriyel bağlama bakteri veya bitki yüzeyinde bir etkisi nedeniyle olup olmadığını belirlemek için naylon konu için bakterilerin bağlama incelenmiştir. Teknikler açıklanır adımda 8.2 kullanılmıştır. Domates tohumları sterilize ve 1. adımda açıklandığı gibi suda germinated yüzey vardı. Bakteri sükroz ile en az orta yetiştirilen ve domates kökleri veya naylon konu yaklaşık 105/mL son bir konsantrasyon, 5.1 adımda anlatıldığı gibi eklendi. Domates kökleri ve naylon konu bakteriyel bağlama CaCl2 eklendi etkisi mikroskobu incelenmiştir. Şekil 4 tarafından her iki yüzey kalsiyum öncelikle bakteri10üzerinde etkisidir düşündüren kullanarak kalsiyum bağlama benzer inhibisyonu gösterir.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56599/56599fig4.jpg"> Şekil 4 : A. tumefaciens bağlama domates kök tüyleri ve naylon iplik için kalsiyum etkisi. A. tumefaciens inkübe domates kökleri (A ve B) veya naylon konu (C ve D) için 24 h ile bir 1:10 seyreltme MS tuzları ve 1:20 seyreltme AB en az orta, % 0,4 sukroz (A ve C) veya 1:10 seyreltme MS tuzları ve 1:20 seyreltme AB en az orta , % 0,4 Sükroz içeren 60 mM CaCl2 (B ve D)31. 2 eklendi CaCl bakteriyel bağlama kökleri ve inhibisyon öncelikle nedeniyle bakteri yerine bitki yüzeyinde bir etkisi olduğunu mu ima naylon konu inhibe. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56599/56599fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>

Ölçme ve bitkiler, özellikle kökleri ve Brüksel lahanası, bakteriyel yapışma karakterize için kolay bir yöntem bu makalede anlatılan.

Laboratuvarda ölçmek yüzeyler bitki bakterilerin bağlılık

This manuscript describes a method to measure bacterial binding to axenic plant surfaces in the light microscope and through the use of viable cell ...

Bu prosedürün genel amacı, bakterilerin bitki yüzeylerine bağlanmasını gözlemlemek, bir ölçmektir. Bu yöntem hem bitki patolojisinde hem de gıda güvenliğinde önemli sorulara cevap verebilir. Özellikle, bakterilerin bitki yüzeylerine nasıl bağlandığı ve nasıl uzaklaştırılabileceği ile ilgili sorulara cevap verebilir.Bu tekniğin temel avantajı kolay, hızlı ve ucuz olmasıdır. Suda yetişen fideleri hazırlamak için 30, 50, 100 veya 150 mililitrelik bir cam kabın içine az sayıda tohum koyun. Burada domates tohumları kullanılır.Tohumları% 80 etanol ile örtün ve kısa bir süre döndürün. Sonra tohumların bir dakika ıslanmasına izin verin. Etanolü dökün ve tohumları %50 ticari çamaşır suyu ve %0.1 Triton X-100 ve musluk suyu çözeltisine batırın.Fasulye tohumları gibi tohumlar büyükse tohumların 20 dakika veya daha uzun süre ıslanmasına izin verin. Çamaşır suyu karışımını dökün ve tohumları üç kez steril suyla yıkayın, tohumların her yıkamada bir dakika suda bekletilmesine izin verin. Tohumları ve az miktarda suyu steril bir petri kabına dökün ve fideler istenen boyuta ulaşana kadar bir santimetre ile 10 santimetre arasında karanlıkta inkübe edin.Kumda yetişen tohum veya fideleri hazırlamak için, tohumları ve ekim malzemelerini sterilize ettikten sonra, tohumları veya fideleri metin protokolüne göre bakteri ile aşılayın. Steril bir cam çubuk kullanarak, tohumu yüzeyin altına yerleştirmek için kumda yeterince derin sığ bir delik açın. Tohumu deliğe yerleştirin ve ince bir kum tabakasıyla örtün.Ardından, su kaybını ve ek mikropların girmesini önlemek için kabın üstünü kapatmak için sızdırmazlık filmi kullanın. Bitkileri laboratuvarda bir ışık altında veya serada bitkinin türü ve çeşidi için uygun sıcaklık ve gün uzunluğunda büyütün. Fideleri kuma dikin.Bir delik açmak için steril bir cam çubuk kullanın. Daha sonra steril bir paslanmaz çelik kroşe kancası ile kökü dikkatlice deliğe yönlendirin ve deliğin kenarlarını doldurmak için kum kullanın. Bitkileri metin protokolüne göre bakterilerle inkübe ettikten sonra, bir mikroskop lamı üzerinde bir damla suya veya inkübasyon ortamına yerleştirerek mikroskopi için bir numune hazırlayın ve doğrudan gözlemleyin.Görünür serbest bakteri yoksa, inkübasyonun gerçekleştirildiği kaba bakteri ölümü veya bakteri bağlanması olmuş olabilir. Numuneyi bir sıvı şişesine koyarak ve şişeyi hafifçe ters çevirerek su veya inkübasyon ortamında yıkayın. Daha sonra numuneyi gözlem için taze sıvı içinde mikroskop lamına yerleştirin.Numuneyi monte etmek için sıradan bir kapak fişi kullanın. Numune kalınsa ve bir çıkıntı yapıyorsa, sıvıyı ve numuneyi bir pres kuyusuna ekleyin, kenarında kauçuk veya plastik bir halka bulunan kapak kayması, uygulayın. Sürgüyü üstüne yerleştirin ve kapak kızağını sürgüye kapatmak için hafifçe aşağı bastırın.Örneği incelemek için slaydı ters çevirin. Alternatif olarak, benzer şekilde bir yosun sayma sürgüsü ve kapak fişi kullanın ve en fazla 20 kat büyütme ile görüntüleyin. Kumda yetişen bitkilerde bulunan canlı bakteri sayısını belirlemek için, sızdırmazlık malzemesini kabın üstünden ve altından çıkararak başlayın.Kabı bir parça steril kağıdın üzerine yerleştirin ve bitkiyle birlikte kumu kaptan nazikçe kaldırmadan önce kumu gevşetmek için kabı yüzeye hafifçe vurun. Kum silindiri ve bitki kağıt üzerinde serbest kaldığında, bitki kökünü ortaya çıkarmak için kumu ortadan ikiye bölün. İstenirse, kabın kenarına yakın bir yerden ve kökün yakın bir yerinden kum örnekleri alın.Bu, bakterilerin yayılmasını, birikmesini ve büyümesini belirlemek için yararlı olabilir. Kökü alın ve gevşek bir şekilde yapışan kum ve bakterileri, kökü ölçülen bir hacimde suya veya tampona batırarak ve hafifçe sallayarak çıkarın. Elde edilen süspansiyondaki bakterilerin canlı hücre sayısını, luria agar gibi uygun ortamlara kaplayarak belirleyin.Bu, kökle gevşek bir şekilde ilişkili bakteri sayısını temsil eder. Son olarak, sıkıca bağlı bakterileri sonikasyon ile çıkarın ve sayılarını belirleyin. Bu grafik, iki farklı selüloz eksi mutasyonunun bakterilerin domates köklerini kolonize etme yeteneği üzerindeki etkisini göstermektedir.Bazı ölçümlerin standart sapmaları 10'un 0.9 log tabanı kadar yüksek olmasına rağmen, selüloz eksi mutantların bağlanmasındaki azalma açıkça görülmektedir. Bu deneyde, çeşitli ekzopolisakkaritler üretemeyen mutantlarda yabani tip E.Coli 0157:H7 yonca filizlerine bağlanma ölçüldü. Her iki suşta da, poli-beta bir altı glukuronik asit veya PGA üretiminin, patojenik E.coli'nin bitki yüzeylerine bağlanmasına en büyük katkıyı yaptığı görülmüştür.Klonik asit ayrıca bağlanmada önemli bir rol oynamıştır. Burada, bitki yüzeylerine bağlanamayan iki bakteri türü, domates köklerine bakteri bağlanmasına neden olmanın yeterli olup olmadığını belirlemek için PGA üretecek şekilde tasarlanmıştır. A.tumefaciens A1045 durumunda, PGA bakterilerin kök yüzeyine ayrı ayrı bağlanmasına neden oldu.Öte yandan, S.meliloti, bakterilerin sadece birkaçının doğrudan köke bağlandığı ve bakterilerin çoğunluğunun diğer bakterilere bağlandığı büyük kümeler halinde bağlandı. Bir kez ustalaştıktan sonra, bu teknik, örneğe bağlı olarak ilk kurulum için bir saatten daha kısa sürede, artı kuluçka süresinde ve 10 dakika ile bir saatlik puanlama süresi arasında yapılabilir. Bu prosedürü denerken, bakterilerin hemen hemen her yüzeye yapışabileceğini hatırlamak önemlidir.Bu videoyu izledikten sonra, bakterilerin bitki yüzeylerine bağlanmasını nasıl gözlemleyeceğinizi iyi anlamış olmalısınız. Bakterilerin bitkinin neresine bağlandığını belirleyin ve bağlı bakteri sayısını belirleyin. Bu prosedürleri insan patojenleri ile gerçekleştirirseniz, prosedürün son derece tehlikeli olabileceğini ve bir muhafaza başlığında çalışmak ve eldiven giymek gibi önlemlerin her zaman alınması gerektiğini unutmayın.

adherence-of-bacteria-to-plant-surfaces-measured-in-the-laboratory

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Bu protokol, kültür hücreleri üzerine yapıştırılır birimler oluşturan bakteri kolonisi sayısının sayma oluşan basit bir bakteriyel yapışma testtir. Testin sağlam, adhesin bağımsız olarak okudu ve çeşitli varyasyonlar bakteriyel patogenezi üzerinde çalışan çoğu laboratuvarlarda kullanılır.

Bakteriyel Yapışma Memeli Epitel Hücreleri üzerine In Vitro Testi

Enfeksiyon süreci boyunca, önemli bir adım patojenlerin konak hücrelerine yapışma. Çoğu durumda bu yapışma adım akan sıvı tarafından üretilen mekanik stres varlığında oluşur. Biz kayma gerilmesi bakteriyel yapışma çalışmada önemli bir parametre olarak tanıtan bir tekniktir açıklar.

Bakteriyel Yapışma Çalışma Kesme Stres Tanıtımı

Bir sentetik operon kodlama hem salgı cihaz ve curli liflerin yapısal monomerlerin tasarımı açıklanmaktadır. Bu amiloidleri ve yapışık polimerlerin aşırı bir bağlılık ölçülebilir bir kazanç...

Tek Sentetik Curli Operon Oluşturma tarafından Mühendislik Bağlanan Bakteriler

Kaynak: Matthysse, A. G. Laboratuvarda Ölçülen Bitki Yüzeylerine Bakterilerin Yapışması. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, bitki köklerine bakteriyel yapışmanın faz kontrast mikroskopisi kullanılarak değerlendirilmesini göstermektedir. Bakterilerle kuluçka edilen fidelerden alınan kök örnekleri önce serbest bakteri kontrolü için monte edilir. Numuneler daha sonra gevşek şekilde yapışmış bakterileri çıkarmak için yıkanır ve hasarı önlemek için uygun bir örtü ile yeniden monte edilir. Son olarak, kök...

Bitki Kök Yüzeylerine Bakteriyel Bağlanmanın Mikroskopi Temelli Değerlendirmesi

Kaynak: Matthysse, A. G. Laboratuvarda Ölçülen Bitki Yüzeylerine Bakterilerin Yapışması. J. Vis. Exp., (2018)Bu video, vahşi tip ve selüloz eksikliği olan patojenik bakteriler tarafından domates fidelerinin kök kolonileşmesini ölçmek için bir protokol gösterilmektedir. Sıkı yapışan bakteri sayımları, vahşi tip suşun daha fazla yapışma ve mikrokoloni oluşumu göstererek, selülozun stabil kök kolonizasyonundaki rolünü vurgular.

Patojenik bir bakteri tarafından domates fidanlarının kök kolonizasyonunun canlı hücre sayıları kullanılarak değerlendirilmesi

Kaynak: Harris, S. L. ve diğerleri. Arabidopsis thaliana köklerinde bakteriyel kolonizasyonun ve bakımının izlenmesi, yüzen hidroponik sistemde. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, topraksız bir sistemde yetiştirilen Arabidopsis thaliana fidelerinde kökle ilişkili bakterilerin kolonileşmesini izlemek için bir protokolü göstermektedir. Kolonizasyondan sonra, bakteriler sonikasyon ile yerinden çıkarılır, ardından seyreltir, kaplama ve inkübe edilip bakteriyel bağlanma ve canlılığı yansıtan koloniler...

Arabidopsis thaliana köklerinin topraksız bir sistemde bakteriyel kolonizasyonunun izlenmesi

Bu video, floresan mikroskobu tabanlı görüntüleme kullanarak konak-patojen etkileşimlerinin dinamiklerini incelemek için epitel hücre kültürüne GFP etiketli bakteri yapışmasını değerlendirmek için bakteriyel uyum testini göstermektedir.

Floresan Görüntüleme Kullanılarak Konak Hücrelere Bakteri Yapışmasının Tespiti

Konak hücrelere bakteri bağlanması, konak kolonizasyonu ve enfeksiyonu sırasında önemli bir adımdır. Bu protokol, diğer bakteriyel faktörlerden bağımsız olarak, bireysel adezinlerin bu süreçlere katkısının analizine izin veren biyomimetik malzemeler olarak polimere bağlı rekombinant adezinlerin üretilmesini tanımlar.

Bakteri-konak Etkileşimleri karakterize etmek Biyomimetik Malzemeler

Burada bir hidroponik bitki büyüme tahlil türler varlığı ölçmek ve bitki kökleri ilk kolonizasyon ve farklı büyüme ortamları içine transfer edildikten sonra bakterilerin uzamsal dağılımı görselleştirmek için açıklanmaktadır.

Yüzen hidroponik sistemde Arabidopsis thaliana kökleri üzerinde bakteriyel kolonizasyon ve bakım izleme

Otomatik istatistiksel analiz yöntemleri ile birlikte yüksek verimli floresan etiketleme görüntüleme kullanılarak fenotipik yapışma esas alınarak konak-bakteriyel patojen etkileşimlerinin tespiti, konak hücrelerle potansiyel bakteriyel etkileşimlerin hızlı bir şekilde değerlendirilmesini sağlar.

Konak Hücrelere Bakteriyel Yapışmanın Otomatik, Yüksek Verimli Tespiti

Rizosferde bitki büyümesini teşvik eden rizobakterilerin (PGPR) kolonizasyonu, büyümeyi teşvik edici etkisi için gereklidir. Bakteriyel rizosfer kolonizasyonunun tespit yöntemini standartlaştırmak gerekir. Burada, kök yüzeyindeki bakteri kolonizasyonunu ölçmek için tekrarlanabilir bir yöntem açıklıyoruz.

Hidroponik Durumdaki Arabidopsis thaliana Köklerinde Bakteri Kolonizasyonunun Ölçülmesi

Öğrenin bitki köklerine bakteri bağlanmasını ölçme yöntemini. Bu hızlı ve ekonomik teknik, bitki patolojisi ve gıda güvenliği araştırmalarında bakteri tutunmasını değerlendirmek için kullanılır.

Laboratuvarda ölçmek yüzeyler bitki bakterilerin bağlılık

Daha fazla video keşfet