Name: X-ışını kristalografisi Nsa1 S. Cerevisiae üzerinden yapılandırılmamış bölgelerinde modellemek için küçük açı X-Ray saçılma ile birleştirerek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-01-10T15:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: Keşfedin, X-ışını kristalografisi ve SAXS kullanarak S. cerevisiae Nsa1 proteininin yapısal dinamiklerini modelleyin. Bu hibrit yöntem, düzenli ve düzensiz bölgeleri olan proteinlerin çözüm yapısını belirlemek için güçlü bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Kırınım veri Güneydoğu bölgesel işbirliği Access ekibi (SER-CAT) 22-ID ve 22-BM beamlines, Gelişmiş foton kaynak (APS), Argonne Ulusal Laboratuvarı, toplanmıştır. SAXS veri FALCILAR beamline, önceden ışık kaynağı (ALS), Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuvarı üzerinde toplandı. FALCI beamline onların yardımıyla uzak veri toplama ve işleme için personel teşekkür etmek istiyorum. Ulusal çevre sağlık Bilimler Enstitüsü (NIEHS) kütle spektrometresi araştırma ve destek grubu için protein etki alanı sınırları belirleme konusunda yardım için sana şükrediyoruz. Bu eser bize Ulusal Enstitüsü, sağlık Intramural araştırma programı tarafından desteklenen; ABD Ulusal Enstitüsü çevre sağlığı Bilimleri (NIEHS) (R. E. S. için Ziya ES103247) ve sağlık araştırması (CIHR, 146626 M.C.P için) Kanadalı Enstitüleri. APS kullanımı bize Enerji Bakanlığı, bilim Office, Office temel Enerji Bilimler altında Sözleşme No Filtresi tarafından desteklenen yapıldı. W-31-109-Eng-38. Kullanım gelişmiş ışık kaynağı (ALS) Yönetmen, bilim Office, Office temel Enerji Bilimler, Sözleşme No altında ABD Enerji Bakanlığı tarafından desteklenmiştir DE-AC02-05CH11231. Ek destek FALCILAR SAXS beamline Ulusal Sağlık Enstitüsü gelir için project MINOS (R01GM105404) ve bir yüksek-son araçları Grant S10OD018483. Biz de Andrea ay ve Dr Sara Andres Bu el yazması onların eleştirel okuma için teşekkür etmek istiyorum.

<ol><li>Thomson, E., Ferreira-Cerca, S., Hurt, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eukaryotic+ribosome+biogenesis+at+a+glance%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">Eukaryotic ribosome biogenesis at a glance.</a> J Cell Sci. 126 (Pt 21), 4815-4821 (2013).</li>
<li>Woolford, J. L. Jr, Baserga, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosome+biogenesis+in+the+yeast+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Ribosome biogenesis in the yeast Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 195 (3), 643-681 (2013).</li>
<li>Kressler, D., Hurt, E., Bassler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Puzzle+of+Life%3A+Crafting+Ribosomal+Subunits%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">A Puzzle of Life: Crafting Ribosomal Subunits.</a> Trends Biochem Sci. , (2017).</li>
<li>Tomecki, R., Sikorski, P. J., Zakrzewska-Placzek, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+preribosomal+RNA+processing+pathways+in+yeast%2C+plant+and+human+cells+-+focus+on+coordinated+action+of+endo-+and+exoribonucleases%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">Comparison of preribosomal RNA processing pathways in yeast, plant and human cells - focus on coordinated action of endo- and exoribonucleases.</a> FEBS Lett. , (2017).</li>
<li>Kressler, D., Hurt, E., Bassler, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19879902">Driving ribosome assembly.</a> Biochim Biophys Acta. 1803 (6), 673-683 (2010).</li>
<li>Kressler, D., Roser, D., Pertschy, B., Hurt, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+AAA+ATPase+Rix7+powers+progression+of+ribosome+biogenesis+by+stripping+Nsa1+from+pre-60S+particles%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The AAA ATPase Rix7 powers progression of ribosome biogenesis by stripping Nsa1 from pre-60S particles.</a> J Cell Biol. 181 (6), 935-944 (2008).</li>
<li>Hiraishi, N., Ishida, Y., Nagahama, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((AAA-ATPase+NVL2+acts+on+MTR4-exosome+complex+to+dissociate+the+nucleolar+protein+WDR74%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophy+Res+Co%22%5BJournal%5D)">AAA-ATPase NVL2 acts on MTR4-exosome complex to dissociate the nucleolar protein WDR74.</a> Biochem Biophy Res Co. 467 (3), 534-540 (2015).</li>
<li>Maserati, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wdr74+is+required+for+blastocyst+formation+in+the+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Wdr74 is required for blastocyst formation in the mouse.</a> PLoS One. 6 (7), e22516(2011).</li>
<li>Weinhold, N., Jacobsen, A., Schultz, N., Sander, C., Lee, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+analysis+of+noncoding+regulatory+mutations+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Genome-wide analysis of noncoding regulatory mutations in cancer.</a> Nat Genet. 46 (11), 1160-1165 (2014).</li>
<li>Lo, Y. H., Romes, E. M., Pillon, M. C., Sobhany, M., Stanley, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+Analysis+Reveals+Features+of+Ribosome+Assembly+Factor+Nsa1%2FWDR74+Important+for+Localization+and+Interaction+with+Rix7%2FNVL2%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">Structural Analysis Reveals Features of Ribosome Assembly Factor Nsa1/WDR74 Important for Localization and Interaction with Rix7/NVL2.</a> Structure. 25 (5), 762-772 (2017).</li>
<li>Lander, G. C., Saibil, H. R., Nogales, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Go+hybrid%3A+EM%2C+crystallography%2C+and+beyond%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struc+Biol%22%5BJournal%5D)">Go hybrid: EM, crystallography, and beyond.</a> Curr Opin Struc Biol. 22 (5), 627-635 (2012).</li>
<li>Putnam, C. D., Hammel, M., Hura, G. L., Tainer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((X-ray+solution+scattering+%28SAXS%29+combined+with+crystallography+and+computation%3A+defining+accurate+macromolecular+structures%2C+conformations+and+assemblies+in+solution%5BTitle%5D)+AND+%22Q+Rev+Biophys%22%5BJournal%5D)">X-ray solution scattering (SAXS) combined with crystallography and computation: defining accurate macromolecular structures, conformations and assemblies in solution.</a> Q Rev Biophys. 40 (3), 191-285 (2007).</li>
<li>Jaskolski, M., Dauter, Z., Wlodawer, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+brief+history+of+macromolecular+crystallography%2C+illustrated+by+a+family+tree+and+its+Nobel+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+J%22%5BJournal%5D)">A brief history of macromolecular crystallography, illustrated by a family tree and its Nobel fruits.</a> FEBS J. 281 (18), 3985-4009 (2014).</li>
<li>Zheng, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((X-ray+crystallography+over+the+past+decade+for+novel+drug+discovery+-+where+are+we+heading+next%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Opin+Drug+Dis%22%5BJournal%5D)">X-ray crystallography over the past decade for novel drug discovery - where are we heading next?</a> Expert Opin Drug Dis. 10 (9), 975-989 (2015).</li>
<li>Kikhney, A. G., Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+small+angle+X-ray+scattering+%28SAXS%29+of+flexible+and+intrinsically+disordered+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">A practical guide to small angle X-ray scattering (SAXS) of flexible and intrinsically disordered proteins.</a> FEBS Lett. 589 (19 Pt A), 2570-2577 (2015).</li>
<li>Bernado, P., Mylonas, E., Petoukhov, M. V., Blackledge, M., Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+characterization+of+flexible+proteins+using+small-angle+X-ray+scattering%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Structural characterization of flexible proteins using small-angle X-ray scattering.</a> J Am Chem Soc. 129 (17), 5656-5664 (2007).</li>
<li>Sheffield, P., Garrard, S., Derewenda, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overcoming+expression+and+purification+problems+of+RhoGDI+using+a+family+of+%22parallel%22+expression+vectors%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Expres+Purif%22%5BJournal%5D)">Overcoming expression and purification problems of RhoGDI using a family of "parallel" expression vectors.</a> Protein Expres Purif. 15 (1), 34-39 (1999).</li>
<li>Doublie, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+selenomethionyl+proteins+for+phase+determination%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Preparation of selenomethionyl proteins for phase determination.</a> Methods Enzymol. 276, 523-530 (1997).</li>
<li>Tropea, J. E., Cherry, S., Waugh, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+purification+of+soluble+His%286%29-tagged+TEV+protease%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Expression and purification of soluble His(6)-tagged TEV protease.</a> Methods Mol Biol. 498, 297-307 (2009).</li>
<li>Wlodawer, A., Minor, W., Dauter, Z., Jaskolski, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+crystallography+for+aspiring+crystallographers+or+how+to+avoid+pitfalls+and+traps+in+macromolecular+structure+determination%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+J%22%5BJournal%5D)">Protein crystallography for aspiring crystallographers or how to avoid pitfalls and traps in macromolecular structure determination.</a> FEBS J. 280 (22), 5705-5736 (2013).</li>
<li>Otwinowski, Z., Minor, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Processing+of+X-ray+diffraction+data+collected+in+oscillation+mode%5BTitle%5D)+AND+%22Macromolecular+Crystallography%2C+Pt+A%22%5BJournal%5D)">Processing of X-ray diffraction data collected in oscillation mode.</a> Macromolecular Crystallography, Pt A. 276, 307-326 (1997).</li>
<li>Adams, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PHENIX%3A+a+comprehensive+Python-based+system+for+macromolecular+structure+solution%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D%22%5BJournal%5D)">PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.</a> Acta Crystallogr D. 66 (Pt 2), 213-221 (2010).</li>
<li>Winn, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overview+of+the+CCP4+suite+and+current+developments%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D%22%5BJournal%5D)">Overview of the CCP4 suite and current developments.</a> Acta Crystallogr D. 67 (Pt 4), 235-242 (2011).</li>
<li>Terwilliger, T. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decision-making+in+structure+solution+using+Bayesian+estimates+of+map+quality%3A+the+PHENIX+AutoSol+wizard%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallographica+Section+D%22%5BJournal%5D)">Decision-making in structure solution using Bayesian estimates of map quality: the PHENIX AutoSol wizard.</a> Acta Crystallographica Section D. 65, 582-601 (2009).</li>
<li>Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G., Cowtan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+and+development+of+Coot%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D%22%5BJournal%5D)">Features and development of Coot.</a> Acta Crystallogr D. 66 (Pt 4), 486-501 (2010).</li>
<li>Afonine, P. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+automated+crystallographic+structure+refinement+with+phenix.refine%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D%22%5BJournal%5D)">Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.</a> Acta Crystallogr D. 68 (Pt 4), 352-367 (2012).</li>
<li>McCoy, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solving+structures+of+protein+complexes+by+molecular+replacement+with+Phaser%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D%22%5BJournal%5D)">Solving structures of protein complexes by molecular replacement with Phaser.</a> Acta Crystallogr D. 63 (Pt 1), 32-41 (2007).</li>
<li>McCoy, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phaser+crystallographic+software%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Crystallogr%22%5BJournal%5D)">Phaser crystallographic software.</a> J Appl Crystallogr. 40 (Pt 4), 658-674 (2007).</li>
<li>Dyer, K. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+SAXS+for+the+characterization+of+biomolecules+in+solution%3A+a+practical+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">High-throughput SAXS for the characterization of biomolecules in solution: a practical approach.</a> Methods Mol Biol. 1091, 245-258 (2014).</li>
<li>Forster, S., Apostol, L., Bras, W. <a target="_blank" href="http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?s0021889810008289">Scatter: software for the analysis of nano- and mesoscale small-angle scattering.</a> J Appl Crystallogr. 43, 639-646 (2010).</li>
<li>Petoukhov, M. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+developments+in+the+ATSAS+program+package+for+small-angle+scattering+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Crystallogr%22%5BJournal%5D)">New developments in the ATSAS program package for small-angle scattering data analysis.</a> J Appl Crystallogr. 45, 342-350 (2012).</li>
<li>Konarev, P. V., Volkov, V. V., Sokolova, A. V., Koch, M. H. J., Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ks5004">PRIMUS: a Windows PC-based system for small-angle scattering data analysis.</a> J Appl Crystallogr. 36, 1277-1282 (2003).</li>
<li>Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?wi0087">Determination of the Regularization Parameter in Indirect-Transform Methods Using Perceptual Criteria.</a> J Appl Crystallogr. 25, 495-503 (1992).</li>
<li>Rambo, R. P., Tainer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+assessment+of+mass%2C+models+and+resolution+by+small-angle+scattering%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Accurate assessment of mass, models and resolution by small-angle scattering.</a> Nature. 496 (7446), 477-481 (2013).</li>
<li>Petoukhov, M. V., Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+rigid+body+modeling+of+macromolecular+complexes+against+small-angle+scattering+data%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">Global rigid body modeling of macromolecular complexes against small-angle scattering data.</a> Biophys J. 89 (2), 1237-1250 (2005).</li>
<li>Tria, G., Mertens, H. D., Kachala, M., Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+ensemble+modelling+of+flexible+macromolecules+using+X-ray+solution+scattering%5BTitle%5D)+AND+%22IUCrJ%22%5BJournal%5D)">Advanced ensemble modelling of flexible macromolecules using X-ray solution scattering.</a> IUCrJ. 2 (Pt 2), 207-217 (2015).</li>
<li>Svergun, D., Barberato, C., Koch, M. H. J. <a target="_blank" href="http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0021889895007047">CRYSOL - A program to evaluate x-ray solution scattering of biological macromolecules from atomic coordinates.</a> J Appl Crystallogr. 28, 768-773 (1995).</li>
<li>Schrödinger, LLC. The PyMOL Molecular Graphics System Version 1.8. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://pymol.org">https://pymol.org</a> (2015).</li>
<li>Pelikan, M., Hura, G. L., Hammel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+flexibility+within+proteins+as+identified+through+small+angle+X-ray+scattering%5BTitle%5D)+AND+%22Gen+Physiol+Biophys%22%5BJournal%5D)">Structure and flexibility within proteins as identified through small angle X-ray scattering.</a> Gen Physiol Biophys. 28 (2), 174-189 (2009).</li>
<li>Deller, M. C., Kong, L., Rupp, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26841758">Protein stability: a crystallographer's perspective.</a> Acta Crystallogr F. 72 (Pt 2), 72-95 (2016).</li>
<li>Hinsen, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+flexibility+in+proteins%3A+impact+of+the+crystal+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Structural flexibility in proteins: impact of the crystal environment.</a> Bioinformatics. 24 (4), 521-528 (2008).</li>
<li>Shtykova, E. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+analysis+of+influenza+A+virus+matrix+protein+M1+and+its+self-assemblies+at+low+pH%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Structural analysis of influenza A virus matrix protein M1 and its self-assemblies at low pH.</a> PLoS One. 8 (12), e82431(2013).</li>
<li>Mallam, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solution+structures+of+DEAD-box+RNA+chaperones+reveal+conformational+changes+and+nucleic+acid+tethering+by+a+basic+tail%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Solution structures of DEAD-box RNA chaperones reveal conformational changes and nucleic acid tethering by a basic tail.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (30), 12254-12259 (2011).</li>
<li>Papaleo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Role+of+Protein+Loops+and+Linkers+in+Conformational+Dynamics+and+Allostery%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Rev%22%5BJournal%5D)">The Role of Protein Loops and Linkers in Conformational Dynamics and Allostery.</a> Chem Rev. 116 (11), 6391-6423 (2016).</li>
<li>Rozycki, B., Boura, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large%2C+dynamic%2C+multi-protein+complexes%3A+a+challenge+for+structural+biology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Phys+Condens+Matter%22%5BJournal%5D)">Large, dynamic, multi-protein complexes: a challenge for structural biology.</a> J Phys Condens Matter. 26 (46), 463103(2014).</li>
<li>Schlundt, A., Tants, J. N., Sattler, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+structural+biology+to+unravel+molecular+mechanisms+of+protein-RNA+recognition%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Integrated structural biology to unravel molecular mechanisms of protein-RNA recognition.</a> Methods. 118, 119-136 (2017).</li>
<li>Thompson, M. K., Ehlinger, A. C., Chazin, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Functional+Dynamics+of+Modular+Multidomain+Proteins+by+SAXS+and+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Analysis of Functional Dynamics of Modular Multidomain Proteins by SAXS and NMR.</a> Methods Enzymol. 592, 49-76 (2017).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Bu iletişim kuralını kullanan, rekombinant Nsa1 S. cerevisiae gelen yapısal çalışmaları için x-ışını kristalografisi ve SAXS tarafından oluşturuldu. Nsa1 çözümde su kuyusu-davranmak ve kristal yükseltgen kristalize. Bu kristaller en iyileştirme sırasında C-terminus Nsa1, proteaz düşmesine duyarlı keşfedilmiştir. Yüksek çözünürlüklü Ortorombik kristal formu sadece çoğaltılamaz C-terminal kesme türevleri Nsa1, büyük olasılıkla ile esnek C-terminus Nsa1, kristal ambalaj engelledi çünkü. Nsa1 yapısını x-ışını krista...

Ribozom mRNA tüm canlı hücrelerdeki protein dönüştürerek httpd'ye temel rolü gerçekleştirmek büyük Ribonükleoprotein makinelerdir. Ribozom ribozom biyongenezi1,2,3,4olarak adlandırdığı karmaşık bir süreç içinde üretilen iki altbirimden oluşur. Ökaryotik ribozom derleme gerekli ribozomal derleme faktörler2,3,5yüzlerce yardımıyla dayanır. Nsa1 (Nop7 ilişkili 1) özellikle büyük ribozomal altbirimde6üretimi için gerekli olan bir ökaryotik ribozom derleme bir faktördür ve WD yineleme olarak bilinen 74 (WDR74) daha yüksek organizmaların7içeren. WDR74 fareler8blastosist oluşumu için gerekli olduğu gösterilmiştir ve WDR74 düzenleyici sık kanser hücreleri9' mutasyona uğramış. Ancak, işlev ve Nsa1/WDR74 kesin mekanizmaları ribozom derlemesinde hala büyük ölçüde bilinmeyen vardır. Nsa1/WDR74 rolü ökaryotik ribozom olgunlaşma sırasında ortaya çıkarmak başlamak için birden çok yapısal analiz, x-ışını kristalografisi ve küçük açı X-ray saçılma (SAXS)10gibi yapıldı.
X-ışını kristalografisi, Nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi, elektron mikroskobu ve SAXS makromoleküllerin yapısı eğitim için tüm önemli teknikler vardır. Boyut, şekil, kullanılabilirliğini ve kararlılığını belirli bir makromolekül en iyi olacak Yapısal Biyoloji yöntemi uygun oluştururlar etkiler, ancak bir çok teknik bir sözde "melez" yaklaşımla birleştirerek haline geliyor bir giderek daha faydalı aracı11. Özellikle x-ışını kristalografisi ve SAXS yapısal oluştururlar12tespiti için güçlü ve tamamlayıcı yöntemler vardır.
Kristalografi ribozom gibi büyük hücresel makine küçük moleküller arasında değişen yüksek çözünürlüklü atomik yapıları sağlar ve proteinleri ve diğer biyolojik fonksiyonların anlamada çok sayıda devrimler yol açmıştır oluştururlar13. Ayrıca, uyuşturucu yapısı tabanlı tasarım hesaplama yöntemleri, ilaç bulma ve geliştirme14için kritik bir boyut ekleme tarafından Moleküler yerleştirme için kristal yapıları gücünü. Onun geniş uygulanabilirliği rağmen esnek ve düzensiz kristal ambalaj engel veya elektron yoğunluğu eşlemeleri tamamlanmamış olabilir beri kristalografisi, ya da düşük kaliteli değerlendirmek için zorlu sistemlerdir. Tersine, SAXS çözüm tabanlı ve düşük çözünürlüklü yapısal yaklaşım düzensiz döngüler ve termini özünde düzensiz proteinler12,15,16' kadar esnek sistemleri açıklayan yeteneğine sahip olduğunu. Parçacık boyutları12geniş bir yelpazesi ile uyumlu olduğunu düşünürsek, SAXS sinerjik kristalografisi yapısal çalışmaları tarafından ele alınması biyolojik sorular aralığı genişletmek için çalışabilirsiniz.
Bir fonksiyonel ama esnek C-hangi x-ışını kristalografisi yöntemleri için müsait değildir terminus ardından iyi yapılandırılmış bir WD40 etki alanı içerdiği için Nsa1 bir melez yapısal yaklaşım için uygundur. Klonlama, ifade ve arıtma S. cerevisiae Nsa1 x-ışını kristalografisi tarafından hibrid yapısal tayini için ve SAXS için bir protokol aşağıdadır. Bu iletişim kuralı bir arada düzenli ve düzensiz bölgeler oluşmaktadır diğer proteinler yapılarının çalışmaya adapte edilebilir.

<table><tbody><tr><td><Nsa1</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>pMBP2 paralel vektörünün</td> güçlü>Moleküler Klonlaması <td>Sheffield ve diğerleri, Protein Ekspresyonu ve Saflaştırma 15, 34-39 (1999)N-terminal</td><td></td> <td>His-tag (pHMBP)</td></tr><tr><td>S. cerevisiae genomik DNA</td><td>ATCC</td><td>204508D-5</td><td></td></tr><tr><td><güçlü>Nsa1</güçlü klonlama için primerler içeren pMBP2'nin</td> değiştirilmiş bir versiyonunu kullandık><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SC_Nsa1_FLFw</td><td>IDT</td><td></td><td>CGC CAA AGG CCT ATGAGGTTACTAGTCAGCTGTGT GGATAG</td></tr><tr><td>SC_Nsa1_FLRv</td><td>IDT</td><td></td><td>AATGCAGCAGCGGCCGCTCAAATTTT GCTTTTCTTACTGGCTTTAGAAGC AGC</td></tr><tr><td>SC_Nsa1_DeltaCFw</td><td>IDT</td><td></td><td>GGGCGCCATGGGATCCATGAGG TTACTAGTCAGCTGTGTGG</td></tr><tr><td>SC_Nsa1_DeltaCRv</td><td>IDT</td><td></td><td>GATTCGAAAGCGGCCGCTTAAAC CTTCCTTTTTTTTGCTTCCC</td></tr><tr><td>Nsa1Escherichia</td> coli BL21 (DE3) Yıldız Hücreleri İnvitrojen C601003 <td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>pMBP- NSA1'in Rekombinant Protein Üretimi ve Saflaştırılması ve çeşitli kesmeler</td><td>Lo ve diğerleri, 2017</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td> Selenometiyonin Moleküler Boyutları MD12-503B <td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>IPTG, Dioksan İçermeyen</td><td>Promega</td><td>V3953</td><td></td></tr><tr><td>EDTA İçermeyen Proteaz İnhibitörü Kokteyl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>4693159001</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Klorür</td><td>Caledon Laboratuvar Kimyasalları</td><td>7560-1-80</td><td></td></tr><tr><td>Magnezyum Klorür hekzahidrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M2670</td><td></td></tr><tr><td>Tris Tamponu, 1 M pH 7.5</td><td>KD Tıbbi</td><td>RGF-3340</td><td></td></tr><tr><td>Gliserol</td><td>Invitrogen</td><td>15514-029</td><td></td></tr><tr><td>beta-merkaptoetanol</td><td>Sigma</td><td>M6250</td><td></td></tr><tr><td>1M İmidazol, pH 8.0</td><td>Teknova</td><td>I6980-06</td><td></td></tr><tr><td>Pençe Afinite</td><td>Reçinesi Clonetech</td><td>635503</td><td></td></tr><tr><td>Amicon Ultra 15 mL Santrifüj Filtre (MWCO 10K)</td><td>Millipore</td><td>UFC901024</td><td></td></tr><tr><td>HiLoad 16/600 Superdex 200 Hazırlık Sınıfı Jel Filtrasyon Kolonu</td><td>GE-Healthcare</td><td>28989335</td><td></td></tr><tr><td>NIEHS Tarafından Hazırlanan TEV Proteaz Protein Ekspresyonu Çekirdek</td><td>Ekspresyon NCI tarafından sağlanan plazmid (Tropea et al. Methods Mol Biology, 2009)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>%4-15 Mini-PROTEAN TGX Prekast Protein Jelleri</td><td>BioRad</td><td>456-8056</td><td></td></tr><tr><td><güçlü>Kristalizasyon, Proteolitik Tarama</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kristal Ekran</td><td>Hampton Araştırma</td><td>HR2-110</td><td></td></tr><tr><td>Kristal Ekran 2</td><td>Hampton Araştırma</td><td>HR2-112</td><td></td></tr><tr><td>Tuz Rx</td><td>Hampton Araştırma</td><td>HR2-136</td><td></td></tr><tr><td>İndeks Ekranı</td><td>Hampton Araştırma</td><td>HR2-144</td><td></td></tr><tr><td>PEG / İyon Ekran</td><td>Hampton Araştırma</td><td>HR2-139</td><td></td></tr><tr><td>JCSG +</td> <td>Moleküler Boyutlar</td><td>MD1-37</td><td></td></tr><tr><td>Sihirbaz Çökeltici Sinerji</td><td>Moleküler Boyutlar</td><td>MD15-PS-T</td><td></td></tr><tr><td>Swissci 96 kuyulu 3 damlalı UVP oturma damla plakaları</td><td>TTP Labtech</td><td>4150-05823</td><td></td></tr><tr><td>3 İnç Geniş Kristal Berraklığında Sızdırmazlık Bandı</td><td>Hampton Research</td><td>HR4-506</td><td></td></tr><tr><td>Proti-Ace Kiti</td><td>Hampton Research</td><td>HR2-429</td><td></td></tr><tr><td>PEG 1500</td><td>Moleküler Boyutlar</td><td>MD2-100-6</td><td></td></tr><tr><td>PEG 400</td><td>Moleküler Boyutlar</td><td>MD2-100-3</td><td></td></tr><tr><td>HEPES/sodyum hidroksit pH 7.5</td><td>Moleküler Boyutlar</td><td>MD2-011-Sodyum</td><td></td></tr> <tr><td>Sitrat tribazik</td><td>Moleküler Boyutlar</td><td>MD2-100-127</td><td></td></tr><tr><td>22 mm x 0,22 mm Silikonize Kapak Kaydırakları</td><td>Hampton Research</td><td>HR3-231</td><td></td></tr><tr><td>Mastikli 24 Kuyulu Plakalar (VDX Plaka ile Mastik)</td><td>Hampton Research</td><td>HR3-172</td><td></td></tr><tr><td>18 mM Montajlı Naylon Halkalar (0,05 mm ila 0,5 mM)</td><td>Hampton Research</td><td>HR4-945, HR4-947, HR4-970, HR4-971</td><td></td></tr><tr><td>Tohum Boncuk Kiti</td><td>Hampton Research</td><td>HR2-320</td><td></td></tr><tr><td>Manyetik Kristal Kapaklar</td><td>Hampton Research</td><td>HR4-779</td><td></td></tr><tr><td>Manyetik Kriyo Değnek</td><td>Hampton Research</td><td>HR4-729</td><td></td></tr><tr><td>Kriyojenik Köpük Dewar</td><td>Hampton Research</td><td>HR4-673</td><td></td></tr><tr><td>Kristal Disk Sistemi</td><td>MiTeGen</td><td>M-CP-111-021</td><td></td></tr><tr><td>Tam Etek 96 kuyulu Şeffaf Plaka</td><td>VWR</td><td>10011-228</td><td></td></tr><tr><td>AxyMat Sızdırmazlık Matı</td><td>VWR</td><td>10011-130</td><td></td></tr><tr><td>Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>UVEX-m</td><td>JAN Scientific, Inc.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop Lite Spektrofotometre</td><td>Thermo-Fisher</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sivrisinek Robotu</td><td>TTP Labtech</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Software/Websites</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>HKL2000</td><td>Otwinoski ve Minor, 1997</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Phoenix</td><td>Adams ve diğerleri, 2010</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Coot</td><td>Emsley ve diğerleri, 2010</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ATSAS</td><td>Petoukhov ve diğerleri, 2012</td><td></td><td>https://www.embl-hamburg.de/biosaxs/atsas-online/</td></tr> <tr><td>Scatter</td><td>Rambo ve Tainer, 2013</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pymol</td><td>PyMOL Moleküler Grafik Sistemi, Sürüm 1.8 Schr&ouml; dinger, LLC.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>BUNCH</td><td>Petoukhov ve Svergun, 2005</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CRYSOL</td><td>Svergun ve diğerleri, 1995</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PRIMUS</td><td>Konarev ve diğerleri, 2003</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EOM</td><td>Tria ve diğerleri, 2015</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

x-ışını kristalografisi nsa1 s. cerevisiae üzerinden yapılandırılmamış bölgelerinde modellemek için küçük açı x-ray saçılma ile birleştirerek

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) elde ribozom derleme faktörü Nsa1 tam uzunlukta yapısını belirlenmesi zor nedeniyle düzensiz ve proteaz değişken C-terminus protein. Bu el yazması x-ışını kristalografisi ve SAXS göre yapısal analiz için S. cerevisiae üzerinden rekombinant Nsa1 arındırmak için yöntemleri açıklar. X-ışını kristalografisi Nsa1 iyi N-terminal WD40 etki alanı yapısını çözmek için kullanılmıştır ve sonra SAXS Nsa1, C-terminus yapısında çözüm çözmek için kullanıldı. Çözüm saçılma veriler çözüm tam uzunlukta Nsa1 üzerinden toplanmıştır. Teorik saçılma genlikleri WD40 etki alanı yüksek çözünürlüklü kristal yapısı hesaplanan ve C-terminus Nsa1, katı vücut ve ab initio modelleme bir arada ortaya koydu. Bu melez yaklaşımla tüm protein dördüncül yapısının yeniden. Burada sunulan yöntemleri genel olarak yapılandırılmış ve yapılandırılmamış etki alanları karışımından oluşan diğer proteinlerin hibrid yapısal kararlılık için uygulanabilir olmalıdır.

Nsa1 S. cerevisiae genomik DNA'güçlendirilmiş ve ardından MBP ve TEV proteaz site bir N-terminal 6 x-histidin benzeşme etiketi içeren bir vektör içine subcloned PCR yapıldı. Nsa1 E. coli BL21(DE3) hücrelere dönüştü ve yüksek verim protein ifade aşağıdaki IPTG ile indüksiyon ve 25 ° c gece (şekil 1A) büyüme elde edilmiştir. Nsa1 benzeşme saf üzerinde immobilize kobalt benzeşme reçine, MBP bölünme TEV proteaz ile izledi ve sonunda boyutu dışla...

Bu yöntem klonlama, ifade ve yapısal tayini için rekombinant Nsa1 arınma x-ışını kristalografisi ve küçük açı X-ray saçılma (SAXS) tarafından açıklar ve diğer proteinlerin hibrid yapısal analiz için geçerlidir her ikisi de içeren düzenli ve düzensiz etki alanları.

X-ışını kristalografisi Nsa1 S. Cerevisiae üzerinden yapılandırılmamış bölgelerinde modellemek için küçük açı X-Ray saçılma ile birleştirerek

Determination of the full-length structure of ribosome assembly factor Nsa1 from Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) is challenging because of the ...

Bu prosedürün genel amacı, hem x-ışını kristalografisi hem de küçük açılı x-ışını saçılımı ile hibrit yapısal analiz için sıralı ve düzensiz alanların bir karışımından oluşan bir rekombinant protein üretmektir. Bu yöntem, yapısal biyolojide, tüm çözeltilerin belirlenmesi proteinin yapısını koruyacak şekilde biyolojik fonksiyonun yerleştirilmesiyle ilgili temel soruları yanıtlamaya yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, x-ışını kristalografisi ile çözülemeyen bir protein veya makro molekülün dinamik bölgelerini modellemek için kullanılabilmesidir.Genel olarak, bu yönteme yeni olan kişiler, başlangıçta SAXS verilerinin kalitesini nasıl düzgün bir şekilde değerlendireceklerini öğrenmekte zorlanacaklardır. Prosedüre başlamak için, bir Nsa1 ekspresyon plazmidini uygun bir E.coli ekspresyon suşuna dönüştürün. Hücreleri kültürleyin, Nsa1 ekspresyonunu indükleyin ve hücreleri hasat edin.Hücreleri 25 mililitre lizis tamponunda yeniden süspanse edin, bir EDTA içermeyen proteaz inhibitör tableti içeren dört santigrat dereceye kadar soğutun. Hücreleri yedi dakika boyunca dört santigrat derecede sonikasyon, iki saniye açık, iki saniye kapalı bir döngü ile. Daha sonra, lizatı dört santig

combining-x-ray-crystallography-with-small-angle-x-ray-scattering-to

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Bu makale SPHIRE yazılım paketini kullanarak cryo-EM görüntüleri işlemek için bir protokol sunmaktadır. Mevcut protokol, neredeyse atomik çözünürlüğü hedefleyen hemen hemen tüm tek parçacılı EM projeleri için uygulanabilir.

SPHIRE Kullanılarak Elektron Kriyo-mikroskopi Görüntülerinden Yüksek Çözünürlüklü Tek Parçacık Analizi

Supramolecular protein derlemeler atomik çözünürlükte yüksek alaka nedeniyle çok önemli rolleri biyolojik olayları çeşitli yapılardır. Burada, biz bir protokol tarafından magic-açı katı hal Nükleer manyetik rezonans spektroskopisi (MAS SSNMR) iplik çözünmez ve kristal makromoleküllerin protein derlemeler üzerinde yüksek çözünürlüklü yapısal çalışmalar gerçekleştirmek için mevcut.

Atomik yapısal çalışmaların makromoleküllerin meclisleri tarafından katı hal Nükleer manyetik rezonans spektroskopisi

Karbonhidrat substrat bağlayıcı protein geniş bir biyokimyasal ve yapısal karakterizasyon Streptococcus pneumoniae gerçekleştirmek için akıcı bir protokol sunulmuştur.

Karbonhidrat taşıma substrat-bağlayıcı-protein SP0092 biyokimyasal ve yapısal karakterizasyonu

Bu protokolü nasıl imal ve mikrosıvısal cihazlar x-ışını kırınım veri toplama oda sıcaklığında için ayrıntılı olarak anlatılmaktadır. Ayrıca, protein kristalizasyon tarafından dinamik ışık saçılma izlemek açıklar ve nasıl işlemek ve analiz kırınım veri elde.

Mikrosıvısal çip Situ Crystal x-ışını kırınım ve in Situ dinamik ışık saçılma seri kristalografisi için için

Bu iletişim kuralı, düşük çözünürlüklü ab initio manken ve yapısal bir deterjan çözündürüldükten membran proteini küçük açı Nötron saçılma kontrast-eşleştirme ile deterjan kullanarak çözümde detaylarını elde etmek gösterilmiştir.

Kontrast eşleştirme deterjan küçük açı Nötron saçılma deneylerde membran proteini yapısal analiz ve Ab Initio modelleme

Burada, nasıl küçük açı X-Ray saçılma (SAXS) düşük çözünürlüklü zarflar makromoleküllerin yapıları temsil eden hakkında bilgi edinmek için kullanılması gereken mevcut. X-ışını kristalografisi ve nükleer manyetik rezonans gibi yüksek çözünürlüklü yapısal teknikleri ile birlikte kullanıldığında, SAXS detaylı yorumlara çok etki alanlı proteinler ve makromoleküllerin kompleksleri çözüm sağlayabilir.

Küçük açı x-ışını saçılması kullanarak çözüm yapısal oluştururlar çalışmaları

Biz kullanılmak üzere sonraki yapı belirlenmesi, kısmi kırınım veri kümeleri floresan protein Cerulean birçok küçük kristaller toplanan oluşan bir tam kırınım veri kümesi elde etmek için MeshAndCollect Protokolü'nün kullanılmasına mevcut.

MeshAndCollect kullanarak floresan Protein Cerulean yapı çözümü

Biyolojik makromoleküllerin SEC-BioSAXS ölçümleri makromoleküllerin ve komplekslerinin çözelti yapısını belirlemek için standart bir yaklaşımdır. Burada, sec-BioSAXS verilerini, tamamen çözülmüş ve kısmen çözülmüş zirvelere sahip, sık karşılaşılan iki tür SEC izlerinden analiz ediyoruz. Biz dağılım ve BioXTAS RAW kullanarak analiz ve dekonvolution göstermek.

EFA deconvolution ve Scatter ile SEC-SAXS verilerinin analizi

Nötron proteini kristalografisi, hidrojen atomlarının lokalizasyonuna izin veren ve böylece protein fonksiyonunun önemli mekanistik ayrıntılarını sağlayan yapısal bir tekniktir. Burada bir protein kristali montajı için iş akışını sunuyoruz, nötron kırınım veri toplama, yapı iyileştirme ve nötron saçılma uzunluğu yoğunluk haritalarının analizi.

Protein Yapılarında Hidrojen Atomlarının Modellenmesi için Nötron Kristalografisi Veri Toplama ve İşleme

Bu makalede, yüksek çözünürlüklü yapı belirleme için çeşitli tek parçacıklı veri kümelerine uygulanabilir tek ve sağlam bir iş akışı oluşturmak için üç kriyo-EM işleme platformunun, yani cryoSPARC v3, RELION-3 ve Scipion 3'ün etkili bir şekilde nasıl kullanılacağı açıklanmaktadır.

CryoSPARC, RELION ve Scipion ile Sağlam Tek Parçacıklı Kriyo-Elektron Mikroskobu (cryo-EM) İşleme İş Akışı

Keşfedin, X-ışını kristalografisi ve SAXS kullanarak S. cerevisiae Nsa1 proteininin yapısal dinamiklerini modelleyin. Bu hibrit yöntem, düzenli ve düzensiz bölgeleri olan proteinlerin çözüm yapısını belirlemek için güçlü bir yaklaşım sunar.

X-ışını kristalografisi Nsa1 S. Cerevisiae üzerinden yapılandırılmamış bölgelerinde modellemek için küçük açı X-Ray saçılma ile birleştirerek (Video) | JoVE Journal

X-ışını kristalografisi Nsa1 S. Cerevisiae üzerinden yapılandırılmamış bölgelerinde modellemek için küçük açı X-Ray saçılma ile birleştirerek

Daha fazla video keşfet