Name: Microprobe kılcal Elektroforez kütle spektrometresi canlı Kurbağa (Xenopus laevis) embriyo tek hücreli Metabolomics için (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-12-22T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 16 s
Description: Öğrenin canlı Xenopus laevis embriyolarında tek hücreli metabolomik analiz için mikroprob kılcal elektroforez-kütle spektrometrisi yöntemini. Bu hızlı ve minimal invaziv teknik, gelişim biyolojisinde hücre metabolizmasını incelemek için değerli bir araçtır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu eser Ulusal kurumları GM114854 sağlık hibe (için P.N.) tarafından desteklenen ve CA211635 (P.N. için) Arnold ve Mabel Beckman Vakfı Beckman Genç Araştırmacı (P.N. için), hibe DuPont genç Profesör Ödülü (için P.N.), kitle için American Society Spektrometresi Araştırma Ödülü (için P.N.) ve COSMOS Club Vakfı Bursu (için R.M.O. ve E.P.P.). Görüş ve sonuçlar bu yayında ifade sadece yazarların bulunmaktadır ve mutlaka finansman kaynakları resmi görüşlerini temsil etmemektedir.

Yazarlar ifşa gerek yok.

Microprobe CE-ESI-Bayan metabolitleri canlı, serbestçe embriyo gelişmekte olan tek hücrelere doğrudan karakterizasyonu sağlar. Yaklaşım kalbinde iki teknik alt bileşenleri, yani in situ kapiller microsampling ve yüksek-duyarlı CE-ESI-Bayan ile karşılaştırıldığında bütün hücreli diseksiyon, kapiller microsampling hızlı işlem (birkaç saniye 5 dk vs. avantajına sahiptir / hücre diseksiyon tarafından), embriyo ve ölçeklenebilirlik üstü yaşlardaki formu daha küçük hücrelere karmaşık üç boyutlu morfolojisi ile uyumlul...

Embriyonik geliştirme kapsamlı bir anlayış gelişmekte olan organizmanın her hücrede açılmak tüm moleküler değişiklikleri karakterizasyonu gerektirir. Yeni nesil Sekanslama moleküler güçlendirme ile sağlayan tek hücreli transcriptomes1 gelişmekte olan sistemleri2,3, önemli ölçüde daha az derin ölçüm daha küçük moleküller dizisi hakkında bilinir proteinler ve, özellikle, metabolitleri gibi tek embriyonik hücrelerinde üretilen (molekül ağırlığı &#60; ~ 1500 Da). Bir hızlı ve dinamik ile olaylara yanıt olarak içsel ve dışsal, metabolome bir hücrenin moleküler devlet güçlü bir tanımlayıcısı olarak hizmet vermektedir. Tek hücreli metabolome, bu nedenle, potansiyel hücre heterojenite erken embriyo içinde kayma ve temporal gelişimini izlemek ve fonksiyonel çalışmalar için yeni moleküller tanımlamak için yükseltir. Ancak, moleküler amplifikasyon bu moleküller için kullanılabilir olağanüstü duyarlılık metaboliti analiz için tercih edilen teknoloji olan kütle spektrometresi (MS),'ı kullanarak metabolome tespiti talepleri.
Tek hücreli MS bir metabolitleri (bakın değerlendirmeden 4,5,6,7,8,9 Tek Kişilik hücrelerde ölçmek için yeterli hassasiyetle teknolojidir ,10,11,12,13,14,15). Hücre tekrarlanabilir örnekleme ve metabolitleri verimli çıkarma metabolitleri Tek Kişilik hücrelerde başarılı tespiti için gerekli. Bütün hücre diseksiyon Xenopus embriyo tanımlı hücre küçük moleküller ve peptidler16karakterizasyonu sağlamıştır. Diğer yaklaşımlar MİKROPİPETLER tek tek canlı hücreler tarafından algılamayı electrospray iyonlaşma (ESI) MS kullanarak takip örnek istihdam. Örneğin, metabolitleri bitki veya memeli hücreleri tek hücre video MS17, basınç sonda18, tek sonda19ve sıvı güç mikroskobu20, diğer teknikleri21arasında tarafından ölçüldü, 22,23,24. Ayrıca, önce iyonlaşma tek hücreli MS iş akışı içine kimyasal ayırma birleşme verimli bir şekilde böylece potansiyel etkileşimler hafifletmek için algılama önce iyon oluşturma sırasında metabolome kolaylaştırır. Önemlisi, ayrılık da moleküler tanımlamaları yardımcı olacak bileşik özgü bilgiler verilmiştir. Kapiler Elektroforez (CE) metabolitler nöron fenotipleri arasındaki farklar küçük molekül yakalayan tek disseke25,26 veya microsampled27nöronlar, tespit edebilir kullanılmaya başlanmıştır. Biz son zamanlarda ESI tandem MS metabolitleri Xenopus laevis16,28erken embriyo disseke tek tek hücreleri içinde yüzlerce izleme düzeyi algılamasını etkinleştirmek için CE uyarlanmış. Bu çalışmalar gelişiminin erken bir aşamada embriyonik hücreler arasında şaşırtıcı metabolik farklılıklar ortaya ve metabolitleri ile daha önce keşfi bilinmeyen gelişimsel etkileri16yol açtı.
Burada doğrudan bir canlı omurgalı embriyo microprobe tek hücreli CE-ESI-Bayan29,30kullanarak Tek Kişilik hücrelerde metabolitleri algılama etkin bir protokol sağlar. Seçilen model organizma 8-için-32-hücre X. laevis embriyo, olsa da yaklaşım geliştirme ve diğer türleri canlılar sonraki aşamalarını da geçerlidir. Bu iletişim kuralı bilenmiş kılcal çok eksenli translasyonel kontrolü altında yardım ile bir yüksek çözünürlüklü görüntü sistemi tarafından tanımlanan hücreleri situ morfolojik karmaşık gelişmekte olan embriyo bir ~ 10 nL bölümünü Aspire için kullanır. Bu microprobe daha küçük hücrelere ölçeklenebilir ve saniyeler içinde hangi hücre soy embriyonun içinde izlemek için yeterince hızlı çalışır. Kutup ayıklarken ya da apolar küçük moleküllerin, metabolitleri ve peptidler, ~ 4-5'te toplanan örnekten sonra µL ayıklama çözüm, bir ~ 10 nL elde edilen ekstresinin bir ESI Kütle Spektrometre anavatanına bağlı özel olarak oluşturulmuş bir CE platform analiz. İnşaat ve CE-ESI-MS platform oluşturur başka bir bölümünde protokollerinde. 31 , 32 koaksiyel CE-ESI arabirimin başka bir yerde açıklandığı gibi inşa edilmiştir. 31 bu platform bir 4-5 günlük sipariş dinamik aralığında (göreli28,29,30 bir yeteneği miktar için izleme düzey hassasiyet elde etmek için koni-jet püskürtme rejimi saklanır ya da mutlak16). CE-ESI-MS platform algılama %8 bağıl standart sapma (MSB) ile a 60-Ekrem alt limiti Nefelometri içinde test edilmiş 10 sunmaktadır nM 1 µM küçük moleküller16 X endojen metabolitleri karakterize etmek yeterlidir için için. laevis hücreleri. Microprobed hücreleri aracılığıyla geliştirme30hücresel metabolizma geçici ve dağınık şekilde çözülmüş analiz için izin, embriyo ilerledikçe bölmek devam edin. Nitekim, tek hücreli CE-ESI-Bayan ventral dorsal16,29, hayvan bitkisel16, sol-sağ28 gelişimsel eksenleri ve hücreleri işgal hücreler arasında metabolik farkları bulun için kullanılabilir Bu ortak progenitör hücre içinde X. laevis30kaderde dorsal soyundan sinir dokusu oluştururlar. X. laevis embriyo30farklı gelişim aşamalarında bireysel embriyonik hücreler arasında metabolik farklılıklar sorgulama yanı sıra, biz burada açıklanan protokoller biomolecules geniş bir dizi ilgili tahmin ve Embriyonik geliştirme gibi diğer hücreleri ve model organizmalar türleri farklı aşamalarında gelen tek hücreler microsampled. Ayrıca, farklı bir platform minik örnekleri ile uyumlu ayırma ve/veya biomolecules karakterizasyonu için kullanılabilir gibi görünse microprobe microsampling için kullanılabilir.

<table><tbody><tr><td>< Embriyo Kültürü Ortamı için güçlü > Reaktifler< / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Potasyum klorür</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP 366-1</td><td></td></tr><tr><td>Magnezyum sülfat</td><td>Fisher Scientific</td><td>M 65-3</td><td></td></tr><tr><td>Kalsiyum nitrat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>C1396</td><td></td></tr><tr><td>Sistein</td> MP Trizma <td>101444</td><td></td><td>Biyomedikaller</td></tr><tr><td> hidroklorür</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td></td></tr><tr><td>Trizma tabanı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T1503</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum klorür</td><td>Fisher Scientific</td><td>5641-212</td><td></td></tr><tr><td><güçlü > Adı< / güçlü ></td> <td>< güçlü > Şirket< / güçlü ></td> <td>< güçlü > Katalog Numarası< / güçlü ></td> <td>< güçlü > Yorumlar< / güçlü</td></tr> <tr><td>>< güçlü > Metabolit Ekstraksiyon Çözücüleri< / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Asetonitril (LC-MS sınıfı)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>A955</td><td></td></tr><tr><td>Metanol (LC-MS sınıfı)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>A456</td><td></td></tr><tr><td>Su (LC-MS sınıfı)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>W6</td><td></td></tr> <tr><td>< güçlü > İsim< / güçlü ></td> <td>< güçlü > Şirket< / güçlü ></td> <td>< güçlü > Katalog Numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td>CE-ESI-MS< için Çözücüler ve Standartlar güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Formik asit (LC-MS sınıfı)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>A11710X1-AMP</td><td></td></tr><tr><td>Metanol (LC-MS sınıfı)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>A456-4</td><td></td></tr><tr><td>Su (LC-MS sınıfı)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>W6</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum klorür</td><td>Fisher Scientific</td><td>5641-212</td><td></td></tr><tr><td>Asetilkolin klorür</td><td>Acros Organics</td><td>159170050</td><td></td></tr><tr><td>Name<</td><td>strong>Company</td><td>Katalog Numarası</td><td>Yorumlar</td></tr><tr><td>Microprobe Üretim Kurulumu</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Micropippette çektirme</td><td>Sutter Instrument Co.</td><td>P-1000</td><td></td></tr><tr><td>Borosilikat kılcal damarlar</td><td>Sutter Instrument Co.</td><td>B100-50-10</td><td></td></tr><tr><td>İnce keskin forseps: Dumont #5, Biologie/Dumoxel</td><td>Fine Science Tools (USA) Inc</td><td>11252-30</td><td>Korozyona dayanıklı ve otoklavlanabilir.</td></tr><tr><td><güçlü > Adı</td> <td>Company</td><td> Katalog Numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td>Microprobe Örnekleme Kurulumu< / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Mikromanipülatör</td><td>Eppendorf, Hauppauge, NY</td><td>TransferMan 4r</td><td></td></tr><tr><td>Stereomikroskop</td><td>Nikon</td><td>SMZ18</td><td>Titreşimsel olarak izole edilmelidir.</td></tr><tr><td>Aydınlatıcı, örneğin Deveboynu,</td><td>Nikon</td><td>C-FLED2</td><td></td></tr>, <tr><td>Mikroenjektör</td>, <td>Warner Instrument, Handem, CT</td>, <td>PLI-100A</td><td></td></tr>, <tr><td>Transfer pipetleri (Plastik, tek kullanımlık)</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-711-7M,</td><td></td></tr><tr><td>Petri kabı, 60 mm ve 80 mm</td>, <td>Fisher Scientific</td><td>S08184</td><td></td></tr><tr><td>Cam Pastör Pipetleri (Borosilikat, tek kullanımlık)</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-678-20A</td><td></td></tr><tr><td>Santrifüj</td><td>Termo Bilimsel</td><td>Sorvall Legend X1R</td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Company</td><td>Katalog Numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td>CE-ESI-MS Kurulum</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Yüksek voltajlı güç kaynağı</td><td>Spellman</td><td>CZE1000R</td><td>HVPS, kişisel bir bilgisayar tarafından oluşturulan düşük voltajlı bir program kullanılarak uzaktan kontrol edilebilir. Dikkat: Yüksek voltaj elektrik çarpması tehlikesi oluşturur; Kullanıcıların kazara maruz kalmasını önlemek için tüm bağlantı parçaları topraklanmalı veya dikkatli bir şekilde korunmalıdır.</td></tr><tr><td>Şırınga pompaları (2)</td><td>Harvard Aparatı</td><td>704506</td><td></td></tr><tr><td>Stereomikroskop</td><td>Amscope</td><td>SM-3BZZ</td><td>CE-ESI arayüzünün püskürtme modunu izlemek için bir aydınlatıcı ile donatılmış, 4.5 ve kat büyütme özelliğine sahip stereomikroskop.</td></tr><tr><td>XYZ çeviri aşaması</td><td>Thorlabs</td><td>PT3</td><td></td></tr><tr><td>XYZ çeviri aşaması</td><td>Özel yapım</td><td></td><td>Bu platform, nanolitre miktarlarında numuneyi hidrodinamik enjeksiyon yoluyla ayırma kılcal damarına yükleme ve CE için BGE'yi sağlama yeteneğine sahiptir. Bu çalışmada açıklanan her iki arayüz de 6&ndash enjekte edebildi; 1 m ayırma kılcal damarına 1 dakika içinde 10 nL numune</td></tr> Paslanmaz <tr><td>çelik numune şişeleri</td><td>Özel yapım</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Paslanmaz çelik BGE şişesi</td><td>Özel yapım</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Erimiş silika kılcal damar (40 & mikro; M/105 ve Mikro; m Kimlik/OD; 100 cm)</td><td>Polymicro teknolojileri</td><td>TSP040105</td><td></td></tr><tr><td>Erimiş silika kılcal damar (75 & mikro; M/360 ve mikro; m Kimlik/OD; 100 cm)</td><td>Polymicro teknolojileri</td><td>TSP075375</td><td></td></tr><tr><td>Kör uçlu paslanmaz çelik emitör (130/260 & mikro; m Kimlik/OD)</td><td>Hamilton Co.</td><td>21031A</td><td>Daha iyi performans için, emitör ucunu lazerle ayırın ve ince cilalayın.</td></tr><tr><td>Şırıngalar (gaz geçirmez): 500 - 1000 &mikro; L</td><td>Hamilton A.Ş.</td><td>1750TTL</td><td></td></tr><tr><td>Dijital multimetre</td><td>Fluke</td><td>Fluke 117</td><td></td></tr><tr><td>Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektrometresi</td><td>Bruker Daltonics</td><td>Maxis Impact HD</td><td>ESI için yapılandırılmış atmosferik basınç arayüzü ile donatılmış yüksek çözünürlüklü tandem kütle spektrometresi</td></tr><tr><td>Kütle spektrometresi kalibrasyonu için ayar karışımı</td><td>Agilent teknolojileri</td><td>ESI-L G1969-85000</td><td></td></tr><tr><td>Veri Analizi 4.3 yazılım</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Name<</td><td>strong>Company</td><td>Katalog Numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td> Yardımcı Ekipman</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>4&ndash'ta çalışabilen vakum yoğunlaştırıcı; 10&derece; C</td><td>Labconco</td><td>7310022</td><td></td></tr><tr><td>Analitik mikro terazi (XSE105DU)</td><td>Fisher Scientific</td><td>01911005</td><td></td></tr><tr><td>Dondurucu (-20 ° C) C)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>97-926-1</td><td></td></tr><tr><td>Dondurucu (-80 &derece; C)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>88300ASP</td><td></td></tr><tr><td>Soğutmalı İnkübatör</td><td>Fisher Scientific</td><td>11475126</td><td></td></tr><tr><td>Vorteks karıştırıcı</td><td>Benchmark</td><td>BS-VM-1000</td><td></td></tr></tbody></table>

microprobe kılcal elektroforez kütle spektrometresi canlı kurbağa (xenopus laevis) embriyo tek hücreli metabolomics için

Microprobe Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry for Single-cell Metabolomics in Live Frog (Xenopus laevis) Embryos

Tek Kişilik hücrelerde küçük moleküllerin miktar embriyonik geliştirme altında yatan temel süreçleri daha iyi anlamak için yeni potansiyelleri yükseltir. Doğrudan içinde canlı embriyolar, yeni analitik yaklaşımlar ihtiyaç vardır, olanaklı kılmak tek hücreli araştırmalar özellikle de hassas, seçici, nicel, güçlü ve ölçeklenebilir farklı hücre boyutu için vardır için. Burada, serbestçe Güney Afrika pençeli kurbağası (Xenopus laevis), hücre ve gelişim biyolojisi güçlü bir model embriyoların gelişmekte olan tek hücre metabolizmasında situ analizini sağlayan bir iletişim kuralı mevcut. Bu yaklaşım bir kapiller microprobe daha sonraki analiz için komşu hücreleri dokunmadan embriyo, tek tanımlanan hücreleri tanımlanmış bir kısmı Aspire için kullanır. Toplanan hücre içeriğini yüksek çözünürlüklü tandem Kütle Spektrometre birleştiğinde bir microscale kılcal Elektroforez electrospray iyonlaşma (CE-ESI) arabirimi tarafından analiz edilir. Bu yaklaşım çeşitli hücre boyutları için ölçeklenebilir ve gelişmekte olan embriyo karmaşık üç boyutlu yapısı ile uyumlu. Örneğin, tek hücreli CE-ESI-Bayan progenitör hücre embriyo gelişimi sırasında torunlarına açmaktadır gibi izlerken metabolik hücre heterojenite aydınlatma sağlar bu microprobe göstermektedir. Hücre ve gelişim biyolojisi yanı sıra, burada açıklanan tek hücreli analiz protokolleri diğer hücre boyutları, hücre tipleri veya hayvan modelleri mükellef bulunmaktadır.

Son zamanlarda microprobe tek hücreli istihdam metabolitleri serbestçe Xenopus laevis embriyo29,30gelişmekte olan bireysel tespit hücrelerdeki karakterize etmek için CE-ESI-Bayan. Microprobe hızlı sağlar (~ 5 sn/hücre), in situ aspirasyon ~ 10 nL tek bir hücre, aynı hücre birden fazla beklentileri veya canlı embriyo (Şekil 1b) geliştirilmesi aynı veya daha sonraki aşamalarında birkaç...

Biz hızlı içinde in situ örnekleme yüksek kesinlik ve en az işgal kılcal tabanlı mikro-örnekleme, kimyasal bir anlık görüntüsünü metabolik aktivite karakterizasyonu kolaylaştırmak için kullanarak tek bir hücre bulunan küçük bir bölümünün etkinleştirmek adımları tarif canlı embriyolar bir ölçüye göre tek hücre Kapiler Elektroforez ve kütle spektrometresi platformu kullanarak.

Microprobe kılcal Elektroforez kütle spektrometresi canlı Kurbağa (Xenopus laevis) embriyo tek hücreli Metabolomics için

The quantification of small molecules in single cells raises new potentials for better understanding the basic processes that underlie embryonic ...

Bu protokolün genel amacı, gelişmekte olan embriyoların canlı hücrelerindeki metabolitleri in situ mikroörnekleme kapiler elektroforez-kütle spektrometresi ile karakterize etmektir. Bu yöntem, hücre ve gelişim biyolojisi alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir, çünkü tek hücrelerdeki metabolizmanın doğrudan canlı gelişmekte olan embriyolarda analiz edilmesini sağlar. Bu tekniğin temel avantajı, hızlı olması, farklı hücre boyutlarına ölçeklenebilir olması ve canlı embriyolarda tek tek hücrelerin minimal invaziv örneklemesini mümkün kılmasıdır.Bu yöntemin görsel gösterimi kritiktir, çünkü embriyo nispeten hızlı gelişir ve özel yapım bir kılcal elektroforez elektrosprey iyonizasyon aleti kullanılır, çünkü bazı adımların öğrenilmesi zordur. Bu prosedüre, 1X Steinberg çözeltisinde% 2 agaroz hazırlığı ile başlayın. Hala sıvı iken, 60 milimetrelik Petri kaplarının altını solüsyonla kaplayın.Agaroz jeli soğuduktan ve katılaştıktan sonra, altı inçlik bir Pasteur pipetinin ucunu bir top oluşturana kadar alevlendirin. Ardından, agarozun yaklaşık bir milimetre derinliğinde beş ila 10 kuyu basmak için ısıtılmış uca hafifçe dokunun. Konik uçlu mikropipetler üretmek için, önce

microprobe-capillary-electrophoresis-mass-spectrometry-for-single

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

Xenopus embriyonik epitel, epitel morfolojilerinden sırasında kutup geliştirme ve şekil değişikliği gibi hücre davranışlarını incelemek için ideal bir model sistem . Geleneksel sabit örnekleri histoloji giderek canlı hücre konfokal görüntüleme tarafından tamamlanmaktadır. Burada, kurbağa dokularda izole ve canlı hücre konfokal mikroskopi kullanılarak canlı epitel hücreleri ve hücre iskeletinin görselleştirmek için yöntemler göstermektedir.

Canlı hücre Görüntüleme ve Kantitatif Analiz Embriyonik Epitel Hücreleri Xenopus laevis</em

El yazması burada Xenopus floresan levhası 'ligandların salgılanmasını ve difüzyon analiz yöntemleri basit bir kümesi sağlar. Bu ligand dağılımını değiştirmek için başka proteinlerin yeteneğini test ve morfojen degradeler düzenleyen mekanizmalar içgörü verebilir deneyleri izin verdiği için bir ortam sağlar.

Konfokal Analizi Kullanımı<em&gt; Xenopus laevis</em&gt; Wnt ve Shh morfogen Gradyanların modülyatorlar Soruşturma

Burada, MS analizi için minyatür çok işlevli bir cihaz olan tek probu kullanarak hem dokuların ortam kütle spektrometresi görüntülemesini (MSI) hem de yerinde canlı tek hücreli MS (SCMS) analizini gerçekleştirmek için protokoller sunuyoruz.

Tek prob Uygulamalar: Ortam Koşullarında Kütle Spektrometre Görüntüleme ve Tek Hücre Analizi

Entegre hücre manipülasyon platformu, ortam koşullarında bireysel süspansiyon hücrelerinin on-line analizi için tek prob Kütle Spektrometrisi kurulumu ile birlikte kullanılmak üzere geliştirilmiştir.

Entegre hücre manipülasyon platformu tek süspansiyon hücrelerinde Ilaçların ve metabolitlerin Kütle Spektrometrisi analizi için tek prob ile birleştiğinde

Burada fare embriyonik dokularında gen ekspresyonunu profillemek için çok katlı tek hücreli mRNA dizileme yöntemi ni sunduk. Damlacık tabanlı tek hücreli mRNA dizileme (scRNA-Seq) yöntem çoklama stratejileri ile birlikte aynı anda birden fazla örnekten tek hücre profili olabilir, hangi önemli ölçüde reaktif maliyetlerini azaltır ve deneysel toplu etkileri en aza indirir.

Fare Embriyonik Hücrelerinin Çok katlı Tek Hücreli mRNA Sıralama Analizi

Floresan kalsiyum görüntülemeile in situ hibridizasyonunu birleştiren ve deneycinin kalsiyum aktivitesi modellerini tek hücreli düzeyde gen ekspresyonu profilleriyle ilişkilendirmesine olanak tanıyan iki parçalı bir protokol salıyoruz.

Xenopus laevis'te Nöronal Öncül Karakterizasyonu için Floresan Kalsiyum Görüntüleme ve Daha Sonra Yerinde Hibridizasyon

Burada, omurgalı Xenopus laevis embriyosunda bilinen doku kaderlerine sahip hücre soylarının kütle spektrometrisine dayalı proteomik karakterizasyonu açıklanmaktadır.

Gelişmekte Olan (Kurbağa) Embriyoda Hücre-Soy Kılavuzlu Kütle Spektrometrisi Proteomikleri

Bu protokol, uçucu tuz çözeltisi yıkama, hızlı sıvı nitrojen söndürme, dondurarak kurutma ve -8 °C'de depolamayı birleştirerek tek hücreli kütle spektrometrisi (SCMS) için hücre metabolitlerini korumayı amaçlamaktadır. Metabolit profillerini korumak için sıvı nitrojen söndürmenin gerekli olduğunu, metabolik değişiklikleri önlemek için uzun süreli soğuk depolamanın en aza indirilmesi gerektiğini göstermektedir.

Tek Hücreli Kütle Spektrometresi Metabolomik Çalışmaları için Numune Hazırlama: Kombine Hücre Yıkama, Söndürme, Kurutma ve Depolama

5-etinil-uridin (5-EU) kullanılarak Xenopus erken embriyolarında transkriptom analizi için yeni başlayan transkriptleri metabolik olarak etiketlemek ve saflaştırmak için ayrıntılı yöntemler sunuyoruz.

Xenopus erken embriyogenezinde yeni başlayan transkriptomun metabolik etiketlenmesi

Kütle spektrometresi (UPLC-MS) ile birleştirilmiş ultra performanslı sıvı kromatografisi ile hedeflenmemiş metabolit profili, metabolizmayı araştırmak için güçlü bir tekniktir.  Bu makale, numune organizasyonu ve hazırlama, veri toplama, veri analizi, kalite kontrol ve metabolit tanımlaması dahil olmak üzere serumun hedeflenmemiş metabolit profili için kullanılan tipik bir iş akışını özetlemektedir.

Ultra Performans Sıvı Kromatografisi-Kütle Spektrometresi (UPLC-MS) ile Serum Büyük Ölçekli Sigara hedefli metabolomik Profilleme

Öğrenin canlı Xenopus laevis embriyolarında tek hücreli metabolomik analiz için mikroprob kılcal elektroforez-kütle spektrometrisi yöntemini. Bu hızlı ve minimal invaziv teknik, gelişim biyolojisinde hücre metabolizmasını incelemek için değerli bir araçtır.

Microprobe kılcal Elektroforez kütle spektrometresi canlı Kurbağa (Xenopus laevis) embriyo tek hücreli Metabolomics için

Daha fazla video keşfet