Name: Yağ asidi 13C profil oluşturma Isotopologue trofik karbon Transfer ve Lipid metabolizması, omurgasız tüketicilerin sağlar (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-17T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 14 s
Description: Öğrenin, omurgasız tüketicilerde yağ asidi trofik transferini izotopolog profilleme ile nasıl izlersiniz. Bu yöntem lipid metabolizması ve besin ağı ekolojisindeki gizli ekosistem dinamiklerini açıklığa kavuşturur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

R. Menzel ve L. Ruess tarafından Deutsche Forschungsgemeinschaft (RU RU780/11-1) mali desteği minnetle kabul edilmektedir. R. Nehring RU 780/10-1 tarafından finanse edildi. Son olarak, biz bizim el yazması proofreading için Dr Hazel Ruvimbo Maboreke için son derece müteşekkir olan.

<ol><li>Ruess, L., et al. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1890/04-1399/abstract">Application of lipid analysis to understand trophic interactions in soil.</a> Ecology. 86 (8), 2075-2082 (2005).</li>
<li>Ruess, L., et al. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071707001046">Lipid composition of Collembola and their food resources in deciduous forest stands - Implications for feeding strategies.</a> Soil Biology and Biochemistry. 39 (8), 1990-2000 (1990).</li>
<li>Chamberlain, P. M., Bull, I. D., Black, H. I. J., Ineson, P., Evershed, R. P. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071705000477">Fatty acid composition and change in Collembola fed differing diets: identification of trophic biomarkers.</a> Soil Biology and Biochemistry. 37 (9), 1608-1624 (2005).</li>
<li>Stott, A. W., Davies, E., Evershed, R. P., Tuross, N. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s001140050354">Monitoring the routing of dietary and biosynthesised lipids through compound-specific stable isotope (delta C-13) measurements at natural abundance.</a> Naturwissenschaften. 84 (2), 82-86 (1997).</li>
<li>Ruess, L., Haggblom, M. M., Langel, R., Scheu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nitrogen+isotope+ratios+and+fatty+acid+composition+as+indicators+of+animal+diets+in+belowground+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Oecologia%22%5BJournal%5D)">Nitrogen isotope ratios and fatty acid composition as indicators of animal diets in belowground systems.</a> Oecologia. 139 (3), 336-346 (2004).</li>
<li>Pollierer, M. M., Scheu, S., Haubert, D. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071710000611">Taking it to the next level: Trophic transfer of marker fatty acids from basal resource to predators.</a> Soil Biology and Biochemistry. 42 (6), 919-925 (2010).</li>
<li>Ferlian, O., Scheu, S., Pollierer, M. M. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071712001575">Trophic interactions in centipedes (Chilopoda, Myriapoda) as indicated by fatty acid patterns: Variations with life stage, forest age and season.</a> Soil Biology and Biochemistry. 52, 33-42 (2012).</li>
<li>Ruess, L., Chamberlain, P. M. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071710002683">The fat that matters: Soil food web analysis using fatty acids and their carbon stable isotope signature.</a> Soil Biology and Biochemistry. 42 (11), 1898-1910 (2010).</li>
<li>Traugott, M., Kamenova, S., Ruess, L., Seeber, J., Plantegenest, M. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780124200029000032">Empirically characterising trophic networks: What emerging DNA-based methods, stable isotope and fatty acid analyses can offer.</a> Adv Ecol Res. 49, 177-224 (2013).</li>
<li>Hammer, B. T., Fogel, M. L., Hoering, T. C. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009254198000941">Stable carbon isotope ratios of fatty acids in seagrass and redhead ducks.</a> Chemical Geology. 152 (1-2), 29-41 (1998).</li>
<li>Budge, S. M., Iverson, S. J., Koopman, H. N. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1748-7692.2006.00079.x/abstract">Studying trophic ecology in marine ecosystems using fatty acids: A primer on analysis and interpretation.</a> Marine Mammal Science. 22 (4), 759-801 (2006).</li>
<li>Haubert, D., et al. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1600-0706.2009.17587.x/full">Trophic structure and major trophic links in conventional versus organic farming systems as indicated by carbon stable isotope ratios of fatty acids.</a> Oikos. 118 (10), 1579-1589 (2009).</li>
<li>Ngosong, C., Raupp, J., Richnow, H. H., Ruess, L. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S003140561100028X">Tracking Collembola feeding strategies by the natural 13C signal of fatty acids in an arable soil with different fertilizer regimes.</a> Pedobiologia. 54 (4), 225-233 (2011).</li>
<li>Bec, A., et al. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.2041-210X.2011.00111.x/abstract">Assessing the reliability of fatty acid-specific stable isotope analysis for trophic studies.</a> Methods in Ecology and Evolution. 2 (6), 651-659 (2011).</li>
<li>Gladyshev, M. I., Makhutova, O. N., Kravchuk, E. S., Anishchenko, O. V., Sushchik, N. N. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0075951115001243">Stable isotope fractionation of fatty acids of Daphnia fed laboratory cultures of microalgae.</a> Limnologica. 56 (Supplement C. 56 (Supplement C), 23-29 (2016).</li>
<li>Gladyshev, M. I., Sushchik, N. N., Kalachova, G. S., Makhutova, O. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+composition+of+fatty+acids+in+organisms+of+different+trophic+levels+in+the+Yenisei+river%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Stable isotope composition of fatty acids in organisms of different trophic levels in the Yenisei river.</a> PLoS One. 7 (3), e34059(2012).</li>
<li>Eisenreich, W., Dandekar, T., Heesemann, J., Goebel, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbon+metabolism+of+intracellular+bacterial+pathogens+and+possible+links+to+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Carbon metabolism of intracellular bacterial pathogens and possible links to virulence.</a> Nature Reviews Microbiology. 8 (6), 401-412 (2010).</li>
<li>Eylert, E., Bacher, A., Eisenreich, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NMR-based+isotopologue+profiling+of+microbial+carotenoids%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">NMR-based isotopologue profiling of microbial carotenoids.</a> Methods Mol Biol. 892, 315-333 (2012).</li>
<li>Garton, N. J., O'Hare, H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tuberculosis%3A+feeding+the+enemy%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Tuberculosis: feeding the enemy.</a> Chemical Biology. 20 (8), 971-972 (2013).</li>
<li>Rosenblatt, J., Chinkes, D., Wolfe, M., Wolfe, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+tracer+analysis+by+GC-MS%2C+including+quantification+of+isotopomer+effects%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol%22%5BJournal%5D)">Stable isotope tracer analysis by GC-MS, including quantification of isotopomer effects.</a> Am J Physiol. 263 (3), E584-E596 (1992).</li>
<li>Fernandez, C. A., Des Rosiers, C., Previs, S. F., David, F., Brunengraber, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correction+of+13C+mass+isotopomer+distributions+for+natural+stable+isotope+abundance%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Correction of 13C mass isotopomer distributions for natural stable isotope abundance.</a> J Mass Spectrom. 31 (3), 255-262 (1996).</li>
<li>Heuner, K., Eisenreich, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+intracellular+metabolism+of+legionella+by+isotopologue+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The intracellular metabolism of legionella by isotopologue profiling.</a> Methods Mol Biol. 954, 163-181 (2013).</li>
<li>Willenborg, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+pivotal+carbon+metabolism+of+Streptococcus+suis+serotype+2+under+ex+vivo+and+chemically+defined+in+vitro+conditions+by+isotopologue+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Characterization of the pivotal carbon metabolism of Streptococcus suis serotype 2 under ex vivo and chemically defined in vitro conditions by isotopologue profiling.</a> J Biol Chem. 290 (9), 5840-5854 (2015).</li>
<li>Menzel, R., Ngosong, C., Ruess, L. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00049-017-0236-2">Isotopologue profiling enables insights into dietary routing and metabolism of trophic biomarker fatty acids.</a> Chemoecology. 27 (3), 101-114 (2017).</li>
<li>Buse, T., Ruess, L., Filser, J. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0031405613000231">New trophic biomarkers for Collembola reared on algal diets.</a> Pedobiologia. 56 (3), 153-159 (2013).</li>
<li>Hutson, B. R. <a target="_blank" href="http://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=US201302427834">Effects of variations of the plaster-charcoal culture method on a Collembolan, Folsomia candida.</a> Pedobiologia. 18, 138-144 (1978).</li>
<li>Fountain, M. T., Hopkin, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Folsomia+candida+%28Collembola%29%3A+a+%26%2334%3Bstandard%26%2334%3B+soil+arthropod%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Entomol%22%5BJournal%5D)">Folsomia candida (Collembola): a &#34;standard&#34; soil arthropod.</a> Annu Rev Entomol. 50, 201-222 (2005).</li>
<li>ISO, I. O. fS. <a target="_blank" href="https://www.iso.org/standard/19245.html">Soil Quality-Inhibition of reproduction of Collembola (Folsomia candida) by soil pollutants</a>. , ISO 11267:1999 (1999).</li>
<li>Welch, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+cellular+fatty+acid+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Applications of cellular fatty acid analysis.</a> Clin Microbiol Rev. 4 (4), 422-438 (1991).</li>
<li>Dodds, E. D., McCoy, M. R., Rea, L. D., Kennish, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas+chromatographic+quantification+of+fatty+acid+methyl+esters%3A+flame+ionization+detection+vs.+electron+impact+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Lipids%22%5BJournal%5D)">Gas chromatographic quantification of fatty acid methyl esters: flame ionization detection vs. electron impact mass spectrometry.</a> Lipids. 40 (4), 419-428 (2005).</li>
<li>Kuppardt, S., Chatzinotas, A., Kastner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+fatty+acid+and+RNA+stable+isotope+probing-based+method+for+tracking+protist+grazing+on+bacteria+in+wastewater%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Development of a fatty acid and RNA stable isotope probing-based method for tracking protist grazing on bacteria in wastewater.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (24), 8222-8230 (2010).</li>
<li>Zhang, X., He, H., Amelung, W. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071707002489">A GC/MS method for the assessment of 15N and 13C incorporation into soil amino acid enantiomers.</a> Soil Biology and Biochemistry. 39 (11), 2785-2796 (2007).</li>
<li>Vetter, W., Thurnhofer, S. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/lite.200700062/abstract">Analysis of fatty acids by mass spectrometry in the selected ion monitoring mode.</a> Lipid Technol. 19 (8), 184-186 (2007).</li>
<li>Thurnhofer, S., Vetter, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+gas+chromatography%2Felectron+ionization-mass+spectrometry-selected+ion+monitoring+method+for+determining+the+fatty+acid+pattern+in+food+after+formation+of+fatty+acid+methyl+esters%5BTitle%5D)+AND+%22J+Agric+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">A gas chromatography/electron ionization-mass spectrometry-selected ion monitoring method for determining the fatty acid pattern in food after formation of fatty acid methyl esters.</a> J Agric Food Chem. 53 (23), 8896-8903 (2005).</li>
<li>Haubert, D., Haggblom, M. M., Scheu, S., Ruess, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+fungal+food+quality+and+starvation+on+the+fatty+acid+composition+of+Protaphorura+fimata+%28Collembola%29%5BTitle%5D)+AND+%22Comparative+Biochemistry+and+Physiology+B-Biochemistry+%26+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Effects of fungal food quality and starvation on the fatty acid composition of Protaphorura fimata (Collembola).</a> Comparative Biochemistry and Physiology B-Biochemistry & Molecular Biology. 138 (1), 41-52 (2004).</li>
</ol>

Isotopologue profil oluşturma
13C dağıtım FAs yılında niceliksel açıdan ayrıntılı bir analizini gıda ağları içinde bölümleme karbon atamak için son teknoloji ihtiyacı var. Mevcut çalışma istihdam 13C değerlendirmek için profil oluşturma isotopologue / tropic etkileşimler için ortak FA biyolojik12C oranlarının. Bu yöntem sıvı Kromatografi (LC-MS) amino asit analizi için iyi kurulmuş ve araştırmalar Patojen bakteriler17<su...

Toprak gibi şifreli bir yaşam alanı, trofik ilişkileri adresine zordur ve fauna küçük boyutuna göre daha fazla kısıtlanır. Son on yılda beslenme stratejileri toprak fauna altında alan koşulları1,2,3tanımlamak için kullanılan biyolojik olarak yağ asitlerinin özellikle biyokimyasal ekoloji gelişmeler gördü. Yağ asitleri kaynaklardan gelen tüketici dokusunda tüm molekül olarak dahil edilebilir gerçeğine dayanarak bu, bir işlemi diyet yönlendirme4olarak. Yani, mantar dan nematodlar Collembola5için üç trophic seviyeleri üzerinde transfer yağ asitlerinin bildirilmiştir. Son zamanlarda, yırtıcı fauna6,7 olarak kabul edildi ve yağ asitleri toprak gıda ağları içinde trofik işaretleyici olarak ilk incelemelere yayımlanmış8,9olmuştur.
Trofik etkileşimleri hakkında daha fazla bilgi (SK-SIP) sondalama yağ asidi kararlı izotop tarafından elde edilebilir. 13C belirlenmesi /12C oranları yağ asitleri diyetler ve tüketicilerin can ikili bağlantılar atfetmek ve ilişkili karbon akışını tahmin ve karasal olarak istihdam tatlı su ve deniz gıda ağları10,11 ,12,13. Temel varsayım diyet yönlendirilmiş yağ asitleri enzimatik süreçleri tabi değildir; Bu nedenle, onların 13C sinyal, Yani, 13C /12C yağ asidi, tüketici oranıdır diyet1benzer. Ancak, gıda zinciri 13C izi yavaş yavaş tükenmesi su sistemlerinde, böylece SK-SIP geniş uygulama trofik çalışmalar14,15,16engelleyen bildirilmiştir. Ayrıca, karasal gıda ağları içinde en omurgasızlar lipid metabolizmasında bilgide hala sınırlıdır.
Lipid metabolizma yollar tüketicilerin bir anlayış trofik marker yağ asitleri gıda web ekoloji nicel karbon akışında belirlenmesi için aracı olarak kullanımı için gereklidir. Bu akılda, 13C-isotopologue profil oluşturma, umut verici bir yöntemdir içinde hangi ilkeye herhangi bir biyolojik sistem17, karbon metabolizması incelenmesi için uygulanabilir. 13C etiketli karbon substrat, 13C metabolik ağ dağıtım getirilmesi sonrasında oluşturulan metabolik ürünler tüketici gösterisinde belirli isotopologue dağıtım beri izlenebilir. Bu nicel nükleer metabolik rezonans spektroskopisi18,19 veya kütle spektrometresi20,21, onun yüksek nedeniyle düşük biyokütle ile ikinci tercih içinde biyolojik örnekleri ile tespit edilebilir duyarlılık.
Her ne kadar isotopologue profil oluşturma edilmiş başarıyla amino asitler için uygulanan ve içgörü vivo içinde karbon metabolizması bakteriyel patojenler17,22,23, yağ kendi uygulamasında sağlanan asitler geride gecikmeli. İlk detaylı analiz öncü yağ asidi, diyet yönlendirme veya bozulma toprak omurgasız tüketicilerin, β-oksidasyon yoluyla etiketli bir kararlı izotop kaderi üzerinde son zamanlarda Menzel vd tarafından gerçekleştirildi 24. burada, metodolojik temelini 13C yağ asitleri sık toprak omurgasızlar, Collembola anahtar alt öğelerin analizini isotopologue ardından etiketli ile birleşme deneyleri için sağlanır. Onlar are iyi için onların trofik marker yağ asitleri8,25araştırıldı ve toprak gıda web önemli bileşenleri biçimi olarak bu microarthropods iyi model grubu vardır.
Lipid metabolizma yollar tüketicilerin bir anlayış trofik marker yağ asitleri gıda web ekoloji nicel karbon akışında belirlenmesi için aracı olarak kullanımı için gereklidir. Mevcut iletişim kuralı bir laboratuvar deney ve çıkarma ve baskın lipidler kesirler (nötr lipitler, fosfolipitler) metilasyonu biyokimyasal yordamları Collembola besleme için dizayn ve kurulum verir. Nasıl yağ asitlerinin isotopologue kompozisyon tarafından kütle spektrometresi analiz edilir gösterir ve ilgili formül ve hesaplamaları açıklar. Bu yordamı sonuçlanır: (i) üst iyon (Yani, yağ asidi moleküler iyon M+) kitle tarafından bir veya daha fazla aşan isotopologues oranları birimleri (M+ 1, M+ 2, M3, vb) ve (II) genel kitle 13 C zenginleştirme yağ asitleri 13C etiketli habercisi türetilmiş. Collembola için kullanılmış olmasına rağmen bu yaklaşım genellikle diğer avcı-av etkileşim bunlar kontrollü koşullarda başarılı etiket alımını sağlamak için yeterli miktarda culturable ve sonraki öncül uygulanabilir doğrulama.

<table><tbody><tr><td>neoLab-Yuvarlak kavanozlar</td><td>neoLab</td><td>2-1506</td><td>69 x 40 mm, 10 pacs/pack</td></tr><tr><td>Kömürle aktive edilmiş</td><td>Carl Roth</td><td>X865.1</td><td>pa, toz, CAS No. 7440-44-0</td></tr><tr><td>Alabaster Dental</td><td>R&Ouml; HRICH-GIPSE</td><td></td>---<td>http://www.roehrich-gipse.de/dentalgipse.php</td></tr><tr><td>Kloroform</td><td>Carl Roth</td><td>7331.1</td><td>HPLC &; %99,9</td></tr> <tr><td>Metanol</td><td>Carl Roth</td><td>P717.1</td><td>HPLC &; %99,9</td></tr> <tr><td>Hexan</td><td>Carl Roth</td><td>7339.1</td><td>HPLC & ge; %98</td></tr><tr><td>tert-Bütil metil eter (MTBE)</td><td>Carl Roth</td><td>T175.1</td><td>HPLC &; %99,5 </td></tr><tr><td>Aseton</td><td>Carl Roth</td><td>7328.2</td><td>HPLC & ge; 99,9</td></tr> <tr><td>% NaOH</td><td>Carl Roth</td><td>6771.1</td><td>pa & ge; % 99, peletlerde</td></tr><tr><td>di-Natriumhidrojenfosfat</td><td>Carl Roth</td><td>P030.1</td><td>pa &ge; % 99 , su içermeyen</td></tr><tr><td>Na-dihidrojenfosfat Dihidrat</td><td>Carl Roth</td><td>T879.1</td><td>pa & ge; %99</td></tr> <tr><td>Hipoklorik asit (6 N)</td><td>VWR International</td><td>26,115,000</td><td>AVS TITRINORM hacim çözeltisi</td></tr><tr><td>Bond Elut (Sütunlar)</td><td>Agilent Tech.</td><td>14102037</td><td>HF Bond Elut-SI, 500 mg, 3 mL, 50 / PK</td></tr><tr><td>Pr&auml; Paratengl&auml; ser Duran</td><td>Glasger&auml; tebau Ochs</td><td>135215</td><td>&Oslash; 16 x 100 mm, ayrıca kullanışlı tırtıklı vidalı kapak ve entegre PTFE/silikon conta</td></tr><tr><td>Supelco 37 Komponent FAME Mix</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47885-U Supelco</td><td>10&nbsp; metilen klorür içinde mg/mL, analitik standart</td></tr><tr><td>FlowMesh</td><td>Carl Roth</td><td>2796.1</td><td>Polipropilen ağ, yaklaşık 0,3 mm kalınlığında, 1 mm iplik aralıklı</td></tr><tr><td>Bakteriyel Asit Metil Ester (BAME) Karışımı</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47080-U Supelco</td><td>10&nbsp; metil kaproat içinde mg / mL, analitik standart</td></tr><tr><td>Metil nonadekanoat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>74208</td><td>analitik standart &ge; % 98.0</td></tr> <tr><td>Heksadekanoik asit-1-13C (Palmitik)</td> <td>Larodan İnce Kimyasallar</td><td>78-1600</td><td>GC & ge % 98.0 (13C: %99.0</td></tr>)<tr><td>RVC 2-25 CDplus</td><td>Martin Christ Gefrier-trocknungsanlagen</td><td></td><td>Kompakt tezgah üstü midi yoğunlaştırıcı</td></tr><tr><td>Alpha 2-4 LDplus</td><td>Martin Christ Gefrier-trocknungsanlagen</td><td></td><td>Kurutma manifoldu</td></tr><tr><td>MZ 2C NT</td><td>Vacuubrand GMBH</td><td></td><td>Vakum pompası</td></tr><tr><td>Roto-Shake Genie</td><td>Scientific Industries</td><td></td><td>Kombine sallanan ve dönen cihaz</td></tr><tr><td>XP64 Mikro Karşılaştırıcı</td><td>Mettler Toledo</td><td></td><td>Süper yüksek hassasiyetli terazi</td></tr><tr><td>GC-System 7890A</td><td>Agilent Tech.</td><td></td><td>Gaz kromatografı</td></tr><tr><td>7000 GC/MS Üçlü Dörtlü</td><td>Agilent Tech.</td><td></td><td>Üçlü Dörtlü kütle spektrometresi</td></tr><tr><td>7683B Serisi Enjektör</td><td>Agilent Tech.</td><td></td><td>10</td></tr><tr><td>ml tüp rotorlu</td> numune enjektörü<td>Heraeus Multifuge 3SR+</td><td>Thermo Scientific Santrifüj</td><td></td></tr></tbody></table>

yağ asidi 13c profil oluşturma isotopologue trofik karbon transfer ve lipid metabolizması, omurgasız tüketicilerin sağlar

Fatty Acid 13C Isotopologue Profiling Provides Insight into Trophic Carbon Transfer and Lipid Metabolism of Invertebrate Consumers

Çünkü onlar genellikle tam bir molekül asimile ve küçük veya diyet farklı trophic düzeyleri arasında yönlendirme sağlayan hiçbir değişiklik ile tüketici doku içine transfer yağ asitleri (FAs) gıda web ekoloji yararlı biyolojik vardır. Ancak, SK trofik marker yaklaşım hala toprak fauna lipid metabolizması sınırlı bilgi engel oluyor. Bu çalışmada yağ asidi metabolizması yollar iki yaygın toprak Collembola, Protaphorura fimata ve Heteromurus nitidusbir izleyici olarak tamamen etiketli palmitik asit (13C16:0, 99 atom %) kullanılır. Kader ve metabolik değişiklikler bu öncü araştırmak için isotopologue profil oluşturma yöntemi, tek iyon izleme kullanarak kütle spektrometresi tarafından gerçekleştirilen sunulur. Ayrıca, ters yönde laboratuvar deney besleme, ayıklama ve baskın lipid fraksiyonları (nötr lipitler, fosfolipitler) ve ilgili formül hesaplamaları metilasyonu yanı sıra açıklanmıştır. Isotopologue profil oluşturma yalnızca genel 13C zenginleştirme yağ asitleri 13habercisi etiketli C türetilmiş verim değil ama aynı zamanda üst iyon (Yani, SK moleküler iyon kütle aşan isotopologues desen oluşturur M+) her biri bir veya daha fazla kitle birimleri (M+ 1, M+ 2, M3, vb) tarafından SK etiketli. Bu bilgi de novo sentezi ile karşılaştırıldığında tamamen tüketilen bir SK diyet yönlendirilmesini oranı üzerinde sonuçlar sağlar. İsotopologue profil oluşturma trofik etkileşimleri disentangle için toprak hayvanlarda yağ asidi metabolizmasının değerlendirilmesi için yararlı bir araç olarak önerilmektedir.

Collembola taze ağırlık ve lipid içeriği Açıklanan deney sırasında NLFAs ve PLFAs içeriğinde önemli ölçüde zaman içinde değişmedi örneklerin taze ağırlık biraz önemli24artış ise. Her iki parametre Collembola örneklerin fiziksel fitness iyi bir düzeyde gösterir. Collembola'nın taze ağırlık ve lipid içerik örnekleme gün yağ asidi ve izotop analizi için karşılık gelen deney boyunca araştırmak için unutmayın. Kilo kaybı ve/veya deneysel dönemde lipi...

Yani, yağ asitleri asimilasyon tüm molekül ve transfer tüketici doku içine yağ asidi trofik marker yaklaşım değişiklik, engel olmayan ya da küçük küçük toprak omurgasızlar yağ asidi metabolizması bilgi boşlukları tarafından. Isotopologue profil oluşturma trofik etkileşimleri disentangle için değerli bir araç olarak sağlanır.

Yağ asidi 13C profil oluşturma Isotopologue trofik karbon Transfer ve Lipid metabolizması, omurgasız tüketicilerin sağlar

Fatty acids (FAs) are useful biomarkers in food web ecology because they are typically assimilated as a complete molecule and transferred into consumer ...

Bu izotopolog profillemesinin genel amacı, omurgasız tüketicilerde diyet yağ asitlerinin, zincir uzaması veya beta oksidasyonu gibi işleme ve lipid metabolizması dahil olmak üzere trofik transferini takip etmektir. Bu yöntem, kimin kimi yediği gibi gıda ağı ekolojisindeki kilit soruyu yanıtlamaya yardımcı olabilir, bu da toprak gibi şifreli bir ekosistemde yanıtlanması kolay olmayan bir sorudur. Tekniği gösteren, Profesör Liliane Ruess'in laboratuvarından bir yüksek lisans öğrencisi olan Dilara Şimşek olacak.Sıkıca oturan kapaklı plastik mikrokozmoslar hazırlamak için, bir alçı kabında, dokuz parça Paris alçısını ve bir parça kuru aktif kömürü karıştırın. 10 parça damıtılmış su ekleyin ve karışımın beş dakika karıştırmadan oda sıcaklığında oturmasına izin verin. Kalın, çorba kıvamında bir kıvam elde edilene kadar hava kabarcıklarını önlemek için karışımı saat yönünde orta hızda karıştırmak için bir laboratuvar kaşığı kullanın.Daha sonra, karışımı mikrokozmoslara yaklaşık bir santimetre yüksekliğe kadar dökün. Tezgahın üzerine hafifçe vurarak ve döndürerek alçıyı düzeltin. Steril bir spatula ile eklenen hava kabarcıkları ve oluklardan gelen deliklerin, verimli Collembola'yı oraya yumurta bırakmaya teşvik edebileceğini unutmayın.Bununla birlikte, bu çalışma, aynı tekrarlanabilir koşullara sahip olmak lehine deliklerden ve oluklardan kaçındı. Mikrokozmosların kurumasına izin verdikten ve ardından nemlendirdikten sonra, yumurtadan yeni çıkmış 30 Collembola'yı mikrokozmosların alçı tabanına aktarmak için küçük bir ağ parçasıyla donatılmış bir emme borusu kullanın. Yiyecek olarak yaklaşık bir bıçak ucu değerinde toz kuru ekmek mayası sağlayın ve haftada en az iki kez yenileyin.Örnekleme günü başına üç bağımsız çoğaltma planlayın. Bu çalışmada sıfırdan yediye ve 14. günler örneklenmiştir. Mikrokozmosları karanlıkta 15 santigrat derecede inkübe edin ve yağ asitleri, zar akışkanlığı gereksinimlerini karşılamak için hayvan metabolizması tarafından değiştirildiği için sabit bir sıcaklığı koruyun.Hayvanları hasat etmek için, metin protokolüne göre tartıldıktan hemen sonra, hayvanları tartı tavalarından dikkatlice 10 mililitrelik cam test tüplerine aktarın. Tüpleri doldurmak için bir mililitre HPLC dereceli metanol kullanın ve analize kadar eksi 20 santigrat derecede saklayın. Her bir numune grubu için üç cam test tüpü hazırladıktan ve saklama için numunelere uygulanan metanolü azalttıktan sonra, boşluklar da dahil olmak üzere her numuneye beş mililitre tek fazlı ekstraksiyon çözücüsü ekleyin ve Collembolan lipidlerini oda sıcaklığında 200 rpm'de çalkalayarak ekstrakte edin gece boyunca.Numuneleri metin protokolüne göre çıkardıktan sonra, yağ asidi model analizini gerçekleştirmek için, her kolona iki mililitre kloroform ekleyerek her numune için bir silika asit kolonunu ön koşullandırın. Kloroform sütunlardan geçtikten sonra, numunelerden alt kloroform fazını çıkarmak için bir cam Pasteur pipeti kullanın. Ardından, tek bir sütuna aktarın.Nötr lipitleri veya NLFA'ları fraksiyonlar halinde ayrı cam kaplara ayırmak için beş mililitre kloroform kullanın. Ardından, glikolipidleri elüte etmek için 10 mililitre aseton ve fosfolipid yağ asitlerini veya PLFA'ları elüte etmek için beş mililitre metanol kullanın. Ekstraksiyonun ardından, NLFA ve PLFA açık tüplerini bir rotasyonel vakum yoğunlaştırıcıya veya RVC'ye aktarın ve numuneleri 60 santigrat derecede 24 hPa'lık bir vakumda yaklaşık 90 dakika veya kuruyana kadar buharlaştırın.Yağ asidi metil esterlerini veya FAME'leri izole ettikten ve yıkadıktan sonra, üst lipid içeren fazı bir Teflon septum ile donatılmış bir cam kromatografi numune şişesine aktarmak için bir cam Pasteur pipeti kullanın. Şişeyi kapsülleyin ve analize kadar eksi 20 santigrat derecede saklayın. NFLA ve PLFA numunelerindeki FAME'leri tanımlamak için, bir GC-FID'de, üreticinin talimatlarına göre cihazın ilgili yazılımı ile bir dizi ayarlayın.Diziyi harici standart karışımlarla başlatın, ardından numuneler gelir. Her çalışmada yağ asitlerinin GC kolonundan elüsyon süresinde hafif bir gecikme olacaktır. Numune dizisine her 10. çalıştırmada bir standart ekleyin veya palmitik asit için tutma süresi kilitlemesini kullanın.Programı ayarlayın ve metin protokolüne göre yağ asidinin nmolünü hesaplayın. İzotopolog profillemesi ile karbon-13 analizi yapmak için, aynı sayıda çift bağla bile doymamış yağ asitlerinin ayrılmasına izin verdiği için polar bir kılcal kolon kullanın. GC kolonunun seçimi, yağ asitlerindeki molekül iyonunun iyi bir temsilini belirlediği için sonuçlar için kritik öneme sahiptir.Bir DB-23 sütunu için, fırın sıcaklığını 130 santigrat derecede başlatın ve dakikada 6,5 santigrat derece artırarak 170 santigrat dereceye çıkarın. Dakikada üç santigrat derece artışla 203 santigrat dereceye kadar takip edin ve 1,9 dakika basılı tutun. Ardından, dakikada 40 santigrat dereceden 230 santigrat dereceye kadar bir artışla devam edin ve 8.3 dakika tutun.Transfer hattı sıcaklığını 280 santigrat dereceye ayarlayın. Metin protokolüne göre program kurulumunu tamamladıktan sonra, neyin mevcut olduğunu görmek için önce bir ilk tarama yaparak yağ asitlerinin moleküler iyonuna karbon-13 katılımını belirleyin. Ardından, uygun iyonlar üzerinde seçilen iyon izlemeyi veya SIM'i çalıştırın ve ilgili yağ asidinin kromatografik tepe süresini kapsayan m/z tarama pencerelerini veya SIM gruplarını seçerek ilgilenilen moleküler kütlelerde veri elde edin.Tipik olarak, analit ve zaman penceresi başına iki ila dört iyonu izleyin. Kütle gelişimi için, harici yağ asidi standartlarına sahip toplam iyon sayımlarını kullanıyoruz. Tutma sürelerine ve parça iyonlarına bağlı olarak, zaman segmentleri seçilir.İlgili yağ asidinin ve tüm izotopologlarının, M artı bir, M artı iki, vb. moleküler iyonunu (M artı) tespit edin. Trofik karbon akısını, karbon-13 dahil etme konumunu atayın ve metin protokolüne göre karbon-13 zenginleştirmesini hesaplayın. Bu şekil, saf 16 ila sıfır palmitik asidin bir SIM-MS spektrumunu sunar.Bu bileşikteki karbon-13'ün doğal bolluğu, moleküler iyon M plus'a ek olarak M artı bir ve M artı iki izotopologun varlığı ile tespit edilebilir hale gelir. Karşılaştırıldığında, bu spektrogram etiketli palmitik asidin tamamını temsil eder. Burada, M artı 16 iyonunun tek oluşumu, sentetik olarak etiketlenmiş bileşiğin yüksek saflığını yansıtır.Aşağıdaki SIM taramaları, etiketlemeden sonraki ilk numune alma gününde Heteromurus nitidus'un PLFA fraksiyonundaki dört baskın yağ asidinden türetilmiştir. Etiketli işaretleyici molekülün palmitik aside asimilasyonu, etiketli yağ asidinin tamamını temsil ettiği için M artı 16 izotopologue'un bolluğu ile görünür hale gelir. Ayrıca, 16 ila sıfır desatürasyon veya uzama artı desatürasyon atanabilir.Böylece, M artı 16'dan daha büyük izotopologların, örneğin M artı 17 ve M artı 18'in tespiti, C2-13 fragmanlarının kullanılmasıyla etiketli öncü 16'nın sıfıra zincir uzamasını gösterir. Burada sunulan, M artı bir ila M artı üç ve M artı 16 ila M iyonlarının 20'si artı Protaphorura fimata'dan en yoğun şekilde etiketlenmiş beş NLFA ve PLFA'nın sıfırıncı gün ve birinci günde tahmin edilen nispi kısımlarıdır. Bu prosedürü denerken, tüketicilerin doğal olarak belirli C izotopları içerdiğini hatırlamak önemlidir.Bu miktar, etiketli diyet yapılmadan yapılan kontrol deneylerinde belirlenmelidir. Bu doğal belirli C sinyali, etiket şablonlarından arka plan olarak çıkarılır. Solvent ile çalışmanın son derece tehlikeli olabileceğini ve önlem alınması gerektiğini unutmayın.

fatty-acid-13c-isotopologue-profiling-provides-insight-into-trophic

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Kararlı izotop profil aracı metabolik akı gaz kromatografisi kütle spektrometrik analizi, nematod...

Kararlı İzotopik Profil geliştirilmesi ve Yetişkin Sahne Aracı Metabolik Akı Caenorhabditis elegans</em

Bu protokol, hücrelerden serbest ve esterlenmiş biyoaktif yağ asitlerinin ekstraksiyonunu ve analizini gösterecektir. Yağ asitleri, kararlı izotop seyreltme, kiral sıvı kromatografisi, elektron yakalama, atmosferik kimyasal iyonizasyon, çoklu reaksiyon izleme, kütle spektrometresi (SID-LC-ECAPCI-MRM/MS) kullanılarak doğru bir şekilde ölçülür.

Hücresel Lipid Ekstraksiyon Hedefli Kararlı İzotop Seyreltme Sıvı Kromatografi-Kütle Spektrometresi Analizi

Biz eğitim için sağlam biyokimyasal ve mikroskobik yöntemler...

Fat Kütle Biyokimyasal ve Yüksek Verimli Mikroskobik Değerlendirme<em&gt; Caenorhabditis Elegans</em

Memeli integument bireysel türlerin kimyasal bileşimleri özelliği sağlayabilir çözücü-ekstrakte lipidler içerir. Bu çalışma, ince tabaka kromatografisi kullanılarak deriye ait dokulardan izole geniş bir lipit sınıfları ayıran ve matris destekli lazer desorpsiyon / iyonizasyon time-of-flight kütle spektrometresi ile triasilgliseridler profilini belirlemek için rutin bir yöntem sunar.

Hazırlayıcı ince tabaka kromatografisi ve MALDI-TOF kütle spektrometresi ile Bat Örtü Lipidler triasilgliseridler İçeriği profil

Fosfolipid yağ asitleri toprak mikrobiyal toplulukların yapısı hakkında bilgi vermek. Bu tek fazlı kloroform karışımı, bir katı faz ekstraksiyon kolonları kullanılarak ekstre lipidlerin fraksiyonasyonu ve kılcal gaz kromatografisi ile analiz edilir yağlı asit metil esterlerinin üretilmesi için metanoliz toprak örneklerinden çıkarılması için yöntemler sunmak.

Ekstraksiyon ve Topraklarda Mikrobiyal Fosfolipid Yağ Asitleri Analizi

Zebra balığı, diyetle alınan lipid işleme ve metabolik hastalıkların değerli bir modeli olarak ortaya çıkmaktadır. Lipid açısından zengin larva yemlerinin protokolleri, diyet floresan lipid analoglarının canlı görüntülenmesi ve gıda alımının miktarının belirlenmesi açıklanmıştır. Bu teknikler çeşitli tarama, görüntüleme ve hipoteze dayalı sorgulama tekniklerine uygulanabilir.

Larva Zebra balığı için Paradigma Besleme Yüksek yağlı: Besleme, Canlı Görüntüleme ve Gıda Alımı miktarının belirlenmesi

Makale, birçok numuneyle yapılan çalışmalarda toprak mikrobik topluluk yapısını belirlemek için hem toplam lipidlerin hem de gösterge lipidlerinin göreceli olarak bolluğunun karakterize edilmesinde kullanılmak üzere, mikroorganizmaların hücre membranlarından lipidlerin ekstraksiyonu için çaba ve doğruluğu denkleştirirken, verimliliği arttıran bir yöntemi açıklıyor.

Çok Örnekli Deneylerde Toprak Mikroplarını Karakterize Etmek İçin Bir Lipid Ekstraksiyon ve Analiz Metodu

Burada, yüksek çözünürlüklü 1H ve 13C Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) spektroskopisi kapsüllenmiş balık yağı takviyeleri nicel ve nitel analiz için hızlı ve güvenilir bir araç olarak kullanılmıştır.

Balık Yağı Takviyeler Lipid Profilinin Rapid Değerlendirilmesi için Sağlam Aracı Olarak NMR Spektroskopisi

Bu protokol deniz suyu ve biyolojik örneklerde lipitlerin belirlenmesi içindir. Filtratlardaki lipitler, katı madde durumunda kloroform veya kloroform ve metanol karışımları ile çıkarılır. Lipid sınıfları, alev iyonizasyon tespiti ile çubuk ince katmanlı kromatografi ile ölçülür ve toplam lipit içeriği verir.

Deniz Örneklerinde Toplam Lipid ve Lipid Sınıflarının Belirlenmesi

Burada, in vivo kahverengi yağ dokusunda toplam yağ asidi de novo lipogenezinin analizi için döteryum oksit ve gaz kromatografisi kütle spektrometrisi (GCMS) kullanan ucuz bir kantitatif yöntem sunuyoruz.

Kahverengi Yağ Dokusunda De Novo Yağ Asidi Sentezinin Döteryum Oksit Kullanılarak Kantitatif Tayini

Burada sunulan, alıkonma sürelerini, hareketliliklerini ve parçalanmalarını kullanarak kararlı izotop etiketleme yoluyla lipid yapılarını taramak için bir yöntemdir.

Kararlı İzotop Etiketleme LC-TIMS-TOF MS/MS kullanarak de novo Lipidlerin İzlenmesi

Öğrenin, omurgasız tüketicilerde yağ asidi trofik transferini izotopolog profilleme ile nasıl izlersiniz. Bu yöntem lipid metabolizması ve besin ağı ekolojisindeki gizli ekosistem dinamiklerini açıklığa kavuşturur.

Yağ asidi ¹³C profil oluşturma Isotopologue trofik karbon Transfer ve Lipid metabolizması, omurgasız tüketicilerin sağlar

Daha fazla video keşfet