Name: Örnekleme stratejileri ve Biobank doku örnekleri domuz Biyomedikal modellerinden işlenmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-03-06T14:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 7 s
Description: Öğrenin, biyobank domuz doku örneklerinden dalma ve oryantatör teknikleriyle hacim ve morfolojik analiz yapmayı. Bu yöntemler, nörobilim ve biyomedikal araştırmalarda güvenilir sonuçlar sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yazar Lisa Pichl mükemmel teknik destek için teşekkür ederiz.

<ol><li>Aigner, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transgenic+pigs+as+models+for+translational+biomedical+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol.+Med%22%5BJournal%5D)">Transgenic pigs as models for translational biomedical research.</a> J Mol. Med. 88, 653-664 (2010).</li>
<li>Blutke, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Munich+MIDY+Pig+Biobank%3A+A+unique+resource+for+studying+organ+crosstalk+in+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Metab%22%5BJournal%5D)">The Munich MIDY Pig Biobank: A unique resource for studying organ crosstalk in diabetes.</a> Mol Metab. 6, 931-940 (2017).</li>
<li>Klymiuk, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dystrophin-deficient+pigs+provide+new+insights+into+the+hierarchy+of+physiological+derangements+of+dystrophic+muscle%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Mol+Genet%22%5BJournal%5D)">Dystrophin-deficient pigs provide new insights into the hierarchy of physiological derangements of dystrophic muscle.</a> Hum Mol Genet. 22, 4368-4382 (2013).</li>
<li>Klymiuk, N., Seeliger, F., Bohlooly, Y. M., Blutke, A., Rudmann, D. G., Wolf, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tailored+pig+models+for+preclinical+efficacy+and+safety+testing+of+targeted+therapies%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Pathol%22%5BJournal%5D)">Tailored pig models for preclinical efficacy and safety testing of targeted therapies.</a> Toxicol Pathol. 44, 346-357 (2016).</li>
<li>Renner, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Permanent+neonatal+diabetes+in+INSC94Y+transgenic+pigs%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Permanent neonatal diabetes in INSC94Y transgenic pigs.</a> Diabetes. 62, 1505-1511 (2013).</li>
<li>Abbott, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inside+the+first+pig+biobank%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inside the first pig biobank.</a> Nature. 519, 397-398 (2015).</li>
<li>Albl, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+sampling+guides+for+porcine+biomedical+models%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Pathol%22%5BJournal%5D)">Tissue sampling guides for porcine biomedical models.</a> Toxicol Pathol. 44, 414-420 (2016).</li>
<li>Gundersen, H. J. G., Mirabile, R., Brown, D., Boyce, R. W. Stereological principles and sampling procedures for toxicologic pathologists. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGundersen%2C+HJG+%22Haschek+and+Rousseaux%27s+Handbook+of+Toxicologic+Pathology%22">Haschek and Rousseaux's Handbook of Toxicologic Pathology</a>. Haschek, W. , 3rd ed, Academic Press. London. 215-286 (2013).</li>
<li>Howard, C. V., Reed, M. G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHoward%2C+CV+%22Unbiased+Stereology%3A+Three-Dimensional+Measurement+in+Microscopy%22">Unbiased Stereology: Three-Dimensional Measurement in Microscopy</a>. , 2nd ed, Garland science/Bios Scientific Publishers. Oxford. 1-277 (2005).</li>
<li>Mattfeldt, T., Mall, G., Gharehbaghi, H., Moller, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimation+of+surface+area+and+length+with+the+orientator%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Estimation of surface area and length with the orientator.</a> J Microsc. 159, 301-317 (1990).</li>
<li>Nyengaard, J. R., Gundersen, H. J. G. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-2818.1992.tb01497.x/abstract">The isector: A simple and direct method for generating isotropic, uniform random sections from small specimens.</a> J Microsc. 165, 427-431 (1992).</li>
<li>Tschanz, S., Schneider, J. P., Knudsen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design-based+stereology%3A+Planning%2C+volumetry+and+sampling+are+crucial+steps+for+a+successful+study%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Anat%22%5BJournal%5D)">Design-based stereology: Planning, volumetry and sampling are crucial steps for a successful study.</a> Ann Anat. 196, 3-11 (2014).</li>
<li>Dorph-Petersen, K. A., Nyengaard, J. R., Gundersen, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+shrinkage+and+unbiased+stereological+estimation+of+particle+number+and+size%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Tissue shrinkage and unbiased stereological estimation of particle number and size.</a> J Microsc. 204, 232-246 (2001).</li>
<li>Mattfeldt, T. Stereologische Methoden in der Pathologie [Stereologic methods in pathology]. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMattfeldt%2C+T+%22Normale+und+pathologische+Anatomie%22">Normale und pathologische Anatomie</a>. Doerr, W., Leonhardt, H. , Georg Thieme Verlag. Stuttgart-New York. (1990).</li>
<li>Gundersen, H. J., Jensen, E. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficiency+of+systematic+sampling+in+stereology+and+its+prediction%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">The efficiency of systematic sampling in stereology and its prediction.</a> J Microsc. 147, 229-263 (1987).</li>
<li>Scherle, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+volumetry+of+organs+in+quantitative+stereology%5BTitle%5D)+AND+%22Mikroskopie%22%5BJournal%5D)">A simple method for volumetry of organs in quantitative stereology.</a> Mikroskopie. 26, 57-60 (1970).</li>
<li>Nielsen, K. K., Andersen, C. B., Kromann-Andersen, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7500483">A comparison between the effects of paraffin and plastic embedding of the normal and obstructed minipig detrusor muscle using the optical disector.</a> J Urol. 154, 2170-2173 (1995).</li>
<li>Schneider, J. P., Ochs, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+of+mouse+lung+tissue+dimensions+during+processing+for+morphometry%3A+a+comparison+of+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Lung+Cell+Mol+Physiol%22%5BJournal%5D)">Alterations of mouse lung tissue dimensions during processing for morphometry: a comparison of methods.</a> Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol. 306, L341-L350 (2014).</li>
<li>von Bartheld, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distribution+of+particles+in+the+z-axis+of+tissue+sections%3A+Relevance+for+counting+methods%5BTitle%5D)+AND+%22NeuroQuantology%22%5BJournal%5D)">Distribution of particles in the z-axis of tissue sections: Relevance for counting methods.</a> NeuroQuantology. 10, 66-75 (2012).</li>
<li>Baddeley, A. J., Gundersen, H. J., Cruz-Orive, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimation+of+surface+area+from+vertical+sections%5BTitle%5D)+AND+%22J+microsc%22%5BJournal%5D)">Estimation of surface area from vertical sections.</a> J microsc. 142, 259-276 (1986).</li>
<li>Blutke, A., Schneider, M. R., Wolf, E., Wanke, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+hormone+%28GH%29-transgenic+insulin-like+growth+factor+1+%28IGF1%29-deficient+mice+allow+dissociation+of+excess+GH+and+IGF1+effects+on+glomerular+and+tubular+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Rep%22%5BJournal%5D)">Growth hormone (GH)-transgenic insulin-like growth factor 1 (IGF1)-deficient mice allow dissociation of excess GH and IGF1 effects on glomerular and tubular growth.</a> Physiol Rep. 4, e12709(2016).</li>
<li>Rasband, W. S. ImageJ. , U.S. National Institutes of Health. Bethesda, Maryland, USA. Available from:
 <a target="_blank" href="http://rsb.info.nih.gov/ij">http://rsb.info.nih.gov/ij</a> (1997).</li>
<li>Hermanns, W., Liebig, K., Schulz, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Postembedding+immunohistochemical+demonstration+of+antigen+in+experimental+polyarthritis+using+plastic+embedded+whole+joints%5BTitle%5D)+AND+%22Histochemistry%22%5BJournal%5D)">Postembedding immunohistochemical demonstration of antigen in experimental polyarthritis using plastic embedded whole joints.</a> Histochemistry. 73, 439-446 (1981).</li>
<li>Böck, P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aB%C3%B6ck%2C+P+%22Romeis+Mikroskopische+Technik%22">Romeis Mikroskopische Technik</a>. , Urban und Schwarzenberg. München, Wien, Baltimore. 17. Auflage 1-697 (1989).</li>
<li>Suvarna, K. S., Layton, C., Bancroft, J. D. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSuvarna%2C+KS+%22Bancroft%27s+theory+and+practice+of+histological+techniques%22">Bancroft's theory and practice of histological techniques</a>. Suvarna, K. S., Layton, C., Bancroft, J. D. , Churchill Livingstone. 1-654 (2013).</li>
<li>Knust, J., Ochs, M., Gundersen, H. J., Nyengaard, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stereological+estimates+of+alveolar+number+and+size+and+capillary+length+and+surface+area+in+mice+lungs%5BTitle%5D)+AND+%22Anat+Rec+%28Hoboken%29%22%5BJournal%5D)">Stereological estimates of alveolar number and size and capillary length and surface area in mice lungs.</a> Anat Rec (Hoboken). 292, 113-122 (2009).</li>
<li>Nyengaard, J. R., Gundersen, H. J. G. <a target="_blank" href="http://err.ersjournals.com/content/15/101/107">Sampling for stereology in lungs.</a> Eur Respir Rev. 15, 107-114 (2006).</li>
<li>Junatas, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stereological+analysis+of+size+and+density+of+hepatocytes+in+the+porcine+liver%5BTitle%5D)+AND+%22J+Anat%22%5BJournal%5D)">Stereological analysis of size and density of hepatocytes in the porcine liver.</a> J Anat. 230, 575-588 (2017).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Biobank domuz hayvan modelleri örnek koleksiyonlardan nesil organ/doku birimleri, temsilcisi, gereksiz doku örnekleri geniş bir yelpazesi için uygun tekrarlanabilir nesil belirlenmesi için güçlü teknikleri ve protokolleri gerektirir farklı analiz yöntemleri ve nicel stereological analizleri için örnek bölümleri yönünü randomizasyon için. Mevcut makalesinde açıklanan yöntemleri domuz organ ve dokulara boyutları için uyarlanmış ve etkili bir şekilde bu talepleri2,7...

1,2,3,4,5, domuz arasında birkaç avantajlı benzerlikler nedeniyle büyük hayvan modelleri gibi translasyonel tıpta, domuz kullanım için giderek daha yaygın ve insan anatomisi ve fizyolojisi ve kurulan moleküler biyolojik yöntemler nesil için izin durumu özel olarak tasarlanmış, domuz modelleri çok çeşitli hastalık koşulları1,4için genetik olarak değiştirilmiş.
Ancak, kemirgen modellerle karşılaştırıldığında, deneyler için herhangi bir zamanda sağlanan ilgili domuz manken hayvanların sayısı sınırlıdır. Bu domuz üretimi aralığı yaklaşık bir yıl ve domuz modelleri ve Hayvancılık üretimi için gerekli mali ve zaman yoğun çabaları kaynaklanmaktadır. Bu nedenle, bir domuz modeli yanı sıra bu domuzların oluşturulan örnekleri bireysel hayvanlar özellikle genetiği değiştirilmiş domuz modelleri ve/veya uzun vadeli deneysel sorunları (örneğin, geç komplikasyonlar çok değerli Kronik hastalıklar) yaşlı bireylerin2,6,7' incelenir.
Herhangi bir çalışma sırasında çalışma ilk deneysel tasarım zamanlanan değil ek Değerlendirmeler performansını daha sonra ilgili, olup çıkmak örneğin, farklı sorular daha önce doğan keşfetti adresine beklenmeyen bulgular. Böyle ek deneyleri için uygun örnekleri mevcut değilse, orantısız yüksek maliyet ve zaman yoğun harcamaları ek domuz ve doku örneği oluşturmak gerekli olabilir. Bu tür olasılıklar için hazırlıklı olmak, korunmuş yedekleme örnekleri farklı organ, doku veya biyo-sıvılar, nicelik ve nitelik uygun sonraki analizleri, geniş bir yelpazesi için biobank koleksiyon üretimi önemli bir kabul edilir 2,6,7yaklaşım. En iyi faydaları bir domuz hayvan modelden türeterek, yeterli biobank örnekleri kullanılabilirliğini de aynı örnek malzemeler bir çok organ düzeyi farklı analiz yöntemleri geniş bir yelpazede gerçekleştirmek için benzersiz imkanı sunuyor çok aynı bireysel hayvanlar, örneğin, dağıtım örnekleri için farklı çalışma gruplarının bilim adamları tarafından bir araştırma ağ2,6,7' düzenledi. Ayrıca, biobanking '' ileri '' örnekleme stratejisinde de hayvanların bir çalışmada gerekli sayıda bir azalma katkıda bulunur. Domuz modeli biobanking avantajları son zamanlarda bir çok organ, multiomics çalışma, organ inceleyerek gösterilmiştir çapraz konuşma Münih Geçireceğimi domuz Biobank üzerinden örnekler kullanarak uzun vadeli diyabet, genetiği değiştirilmiş bir domuz modeli 2.
Biobank örnekleri genel olarak güvenilirlik ve daha sonra gerçekleştirilen analizleri sonuçlarının interpretability kurmak için uymanız gerekir bazı zorunlu gereksinimleri bulunmaktadır. Örnekleri tekrarlanarak üretilen gerekir ve temsilcisi, Yani, yeterince olmaları gerekir doku/organ örnekleri7den alınmıştır baktılar morfolojik ve moleküler özelliklerini yansıtan. Aşağı akım analiz türleri geniş bir yelpazesi için uygun olmak, örnekleri gerekir yeterli miktarlarda alınır ve (zaman ve sıcaklık şartları da dahil olmak üzere) taleplerini açıklayıcı dahil olmak üzere farklı analitik yöntemleri göre işlenen cryohistology, parafin ve plastik Histoloji, immünhistokimya, in situ hibridizasyon, ultrastructural elektron Mikroskopik analizler ve klinik laboratuvar tanı analizleri, de moleküler gibi histopatolojik analizleri DNA, RNA, proteinler ve metabolitleri analizleri.
Randomize bölüm numaraları, birimler, uzunlukları veya farklı doku yapılarının yüzey alanları gibi farklı nicel morfolojik parametrelerin geniş değerlendirilmesi için nicel stereological analizleri tarafından izin vermek için uçak Histolojik örnekleri ilgili organ/dokuların7,8,9,10,11hazırlıklı olması gerekiyor. Nicel morfolojik çalışmalarda, doku, organ veya organ yuvası, Toplam hacim kesin olarak belirlenmesi (Yani, başvuru alanı) örnekleri alınmıştır en önemlisi önemli7,9 ' dur , baktılar parametreleri ilgili organ, doku veya organizma içinde mutlak miktarlarını hesaplamak için 12 . Sonunda, belirlenecek ve hesap13alınan gömme ile ilgili doku büzülme histolojik kesitler hazırlanması sırasında etkisi vardır. Bu nedenle, nicel stereological, özellikle önceki çalışmalar arşivlenmiş örnekleri (Sabit doku örnekleri, katıştırılmış doku blokları, histolojik kesitler, vb) bazen ciddi sınırlı veya hatta imkansız12analizlerdir, Hayır yeterli örnekleme tasarımları numaraları ve mevcut bireysel örnekleri miktarda yetersiz ise temsilcisi örnekleri, emri için uygulandıysa özellikle volumetry ilgili organ/dokuların, gerçekleştirilmedi veya varsa işlenmesi örnekleri, ilgi nicel morfolojik parametre tahmini ile uyumlu değil. Manifold mümkün etkileyen faktörler nedeniyle ayrı nicel morfolojik parametrelerinin analizler için arşiv-örnek malzemelerin uygunluğu tümden yanıtlanamaz, ancak tek tek her durum dikkatli değerlendirilmesi bağlıdır.
Böylece, konum, boyut, sayısı, işleme, süsleme yön ve örnekleri yönünü potansiyel olarak sonraki analizleri sonuçlarını etkileyecek gibi bu faktörlerin büyük önem taşıyan şeyler ve herhangi bir çalışmada deneysel tasarımında dikkate alınmalıdır. Bu yönleriyle ve domuz anatomi, kapsamlı, ayrıntılı, büyük ölçekli örnekleme yönergeleri adapte domuz hayvan modelleri son zamanlarda kurulmuş, özel özellikleri ile ilgili olarak standart, tekrarlanabilir için sağlam bir başvuru sağlayan ve 50'den fazla farklı domuz organ ve dokulara6,7yedek, yeterince işlenmiş, yüksek kaliteli örneklerinin verimli üretimi.
Metodolojik açıklamaları ve mevcut makalede gösterilen video öğretici detaylı, açıklayıcı, anlaşılır, adım-tarafından adım talimatları için pratik teknikler için volumetry, performansını sağlamak domuz dokuların örnekleme ve organ ve doku örnekleri farklı akış aşağı analiz yöntemleri için işlenmesi. Seçme teknikleri organ/doku birimleri ve Arşimet ve Cavalieri9ilkelerine dayanan yoğunlukları belirlenmesi için yöntemleri dahil, üç boyutlu büzülme doku boyutlarının belirlenmesi de dahil olmak üzere ilgili Histolojik inceleme için işleme sırasında farklı gömme medya14 içinde katıştırma, uygulanabilir hacim ağırlıklı sistematik rastgele örnekleme uygulanması için örneklenen doku örneklerin işleme yaklaşımları farklı sonraki analizleri7,8,9,15ve nesil uygun şekilde odaklı ve olası nicel stereological analizleri7,8için örnekleri işlenebilir, 9,10,11. Domuz biobank projeleri uygulama onların yanında, kanıtlanmış yöntemleri genellikle nicel histo-Morfolojik özellikleri organ/dokuların inceleyerek tüm çalışmalar için uygundur. Ayrıca, sistematik rastgele örnekleme tasarımlar kuşak temsilcisi örnekleri bereket değişiklikler, örneğin, RNA'ların, proteinler veya metabolitleri içinde algılamak için moleküler analiz yöntemleri kullanarak deneyler için özellikle yararlıdır çeşitli organ ve dokulara.
Pratik performanslarını Protokolü bölümünde anlatılan sonraki paragraflar bu yöntemler kısa bir giriş sağlar.
Organ/doku birimleri belirlenmesi Bu faktörler gösterebilir organ ağırlık ve birimleri belirlenmesidir dosyasında çeşitli deneysel ayarları, önemli değişiklikler, potansiyel olarak deneysel olarak ilgili faktörler ilgi bileşen incelenir. Bir organ/doku hacmi de genellikle mutlak nicel parametreleri, (örneğin, toplam telefon numarası), stereologically tahmini sayısal ses yoğunluğu (örneğin, birim birim başına hücre sayısı üzerinden hesaplamak için gereklidir doku)7,12. Bilgisayarlı Tomografi gibi karmaşık teknik ekipman kullanma teknikleri dışında temelde bir organ veya doku mutlak hacmi belirlemek için yaygın olarak kullanılan üç pratik yöntem vardır. Bir organ hacmi "Arşimet, Yaniilkesine göre su veya tamamen sular altında zaman yapı tarafından zorla göç ettirilmiş salin ses düzeyini ölçme doğrudan hacimsel ölçü" tarafından belirlenebilir. Ancak, onlar çok büyük hacimsel/ölçme şişeler gerektiren bu yana nispeten büyük domuz organları için bu yaklaşımlar pratik ve tutarsızlık, eğilimli vardır. Daha rahat bir organ/doku hacmi verimli bir şekilde "batma yöntem"7,12 kullanarak belirlenebilir, ağırlık ve yoğunluk7,12,16, hesaplanabilir ,16 (iletişim kuralı adım 1.1.). Organ/doku birimleri de "Cavalieri prensibi" üzerine (1598-1647) göre volumetry yaklaşımları kullanarak tahmin edilebilir. Basitçe, Cavalieri İlkesi devletler, iki nesne için zemin düzlemini paralel uçaklarda kesitli, ve bölümler profilleri iki nesne karşılık gelen edersen taban düzlemi uzaklıklar aynı alanlarda, iki nesne var aynı birim var. Böylece, keyfi olarak şekillendirilmiş nesneleri hacmi paralel, aynı derecede uzak bölüm uçaklar ve bölüm uçaklar arasındaki mesafe bölüm profil alanlarının ürün olarak tahmin edilebilir. Bu aşağıdaki benzetmeyle anlaşılır: aynı sikke aynı sayıda oluşan iki yığınlarını yerleştirilir yan yana birbiri verimli sikke yığını ve diğer silindir şeklinde yığılmış paralar bakıcıyla bir yığın düşünün paralar ile Merkezi kapalı yığın sikke (şekil 3A) konumlandırılmış. Her iki para yığınları şekilleri farklı olmasına rağmen onların birimler alanları, karşılık gelen her iki yığınları düzeylerindeki sikkelerin beri aynıdır (Yani, profilleri paralel bölümlerin alanlarında kesilmiş her iki para eşit uzaklıkta yığınlarda aracılığıyla zemin) aynıdır. Domuz organ ve dokulara Cavalieri ilke7,12,15 kullanarak hacimli tahmini 1.2. adımda anlatılan.
Histolojik katıştırma için ilgili doku büzülme ölçüde belirlenmesi Analizler çeşitli kantitatif morfolojik parametreleri histolojik dokusu bölümlerde ölçülen belirlenecek ve göz önünde doku histolojisi için işleme sırasında meydana gelen doku gömme ile ilgili büzülme etkisi var. Katıştırma ilgili doku büzülme ölçüde değişken olabilir ve hem doku, işleme ve gömme orta8,13,17,18,19üzerinde bağlıdır. Genel olarak, tüm üç boyutlu uzay ve bu nedenle, tüm boyutlu parametreleri nicel stereological analizleri8 tahmini etkiler katıştırma güvenlikle ilgili değişiklikler (Yani, çoğunlukla büzülme) doku örneği hacminin ortaya . Temel olarak, gömme ile ilgili doku büzülme, doğrusal doku büzülme faktörü (fS) ifade edilen ölçüde adım 1.3 gösterildiği gibi tahmin edilebilir. ve14(büzülme duyarlı) kantitatif morfolojik parametreleri düzeltilmesi için kullanılan.
Organ/dokuların sistematik rastgele örnekleme birimi ağırlıklı Domuz organ/doku örnekleri biobank topluluğu kurulması için birim ağırlıklı sistematik rastgele örnekleme yaklaşımlar gibi 2. adımda açıklanan pratik, zaman kazandıran ve verimli teknikleri nesil temsilcisi olduğu kanıtlanmıştır, çok amaçlı doku7,8,9,15örnekler.
Nesil izotropik Uniform rasgele bölümleri ve dikey Uniform rasgele bölümleri nicel stereological analizleri için Biobank doku örnekleri farklı nicel stereological analiz yöntemleri yeterince hazırlıklı bir numune belirlenemedi parametreleri maksimum tahmini için geniş bir yelpazesi için uygun olması gerekir. Neredeyse tüm nicel stereological parametreleri "izotropik (bağımsız) tek tip rasgele (diploması) bölümler"8,9kullanılarak belirlenebilir. Doktora diploması bölümlerde, doku örneği bölüm boyutunda üç boyutlu yönünü randomize. Bu doku örneği bölüm uçak konumuna göreceli konumunu randomizasyon tarafından "Isector" yöntemi11 (iletişim kuralı adım 3.1) veya göreli olarak bölüm uçak yönünü randomizasyon uygulandığı haliyle elde edilebilir "Orientator" yöntemi10 (iletişim kuralı adım 3.2) olduğu gibi doku örneği. Cilt - ya da mukoza numune doğal olarak mevcut veya tanımlanmış ve düzgün tanımlanabilir dikey eksen, "dikey tek tip rasgele (VUR) bölümler" hazırlanması görüntüleme gibi doku örneklerinde (iletişim kuralı adım 3.3.) kesinlikle kesitli boyutunda içinde onların dikey eksen avantajlı8,20' dir. İçin tam bir söylem diploması/VUR örnekleme teorik temelleri ve potansiyel aşağı akım nicel stereological analizleri ile kapsamlı bir tartışma baktılar okuyucu niceliksel stereology hayatta ders kitapları için denir Bilimler8,9.

<table><tbody><tr><td>Agar</td><td>Carl Roth GmbH, Almanya</td><td>Agar (toz), Kat.: 5210.3</td><td>Yaklaşık 1 g agarı 10 ml soğuk suda bir cam veya plastik beherde çözün, mikrodalga fırında 700 W'ta ısıtın, çözeltiyi iki kez iyice karıştırarak kaynatın. Hala sıcakken kalıba dökün ve katılaşmasına izin verin. Dikkat: Sıcak sıvı agar ile çalışırken koruyucu gözlük ve eldiven kullanın.</td></tr><tr><td>Kaliper</td><td>Hornbach Baumarkt GmbH, Bornheim, Almanya</td><td>Schieblehre Chrom/Vernickelt 120 mm Kat.: 3664902</td><td>Her türlü kumpas (mekanik veya elektronik) de işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Döküm kalıpları (metal)</td><td>Engelbrecht Medizin & Labortechnik, Ederm&uuml; nde, Almanya</td><td>Einbettsch&auml; lchen aus Edelstahl, 14 x 24 x 5 mm, Kat.: 14302b</td><td>Parafin gömme için kullanılan diğer her türlü metal döküm kalıbı da işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Çapraz ızgaraların kopya şablonları (5 mm - 6 cm)</td><td>n.a.n.a</td><td>.</td> <td>Çapraz ızgaraların (5 mm - 6 cm) kopya şablonları, Albl et al.&nbsp; ek veri dosyasında verilmiştir. Toksikol Pathol. 44, 414-420, doi: 10.1177/0192623316631023 (2016)</td></tr><tr><td>Eşkenar ve kosinüs ağırlıklı dairelerin kopya şablonları</td><td>n.a.n.a.Eşkenar</td><td></td> <td>ve kosinüs ağırlıklı dairelerin kopya şablonları <güçlü>Nyengaard & Gundersen</güçlü>. Eur Respir Rev. 15, 107-114, doi: 10.1183/09059180.00010101 (2006) ve <güçlü>Gundersen ve ark.</güçlü> Toksikolojik Patologlar için Stereolojik İlkeler ve Örnekleme Prosedürleri. İçinde: Haschek ve Rousseaux&akut; Toksikolojik Patoloji El Kitabı. 3. baskı, 215-286, ISBN: 9780124157590 (2013).</td></tr><tr><td>Katlanır kelepçeler (YIHAI bağlayıcı klipsler, 15 mm ve 19 mm)</td><td>Ningbo Tianhong Kırtasiye Co ltd., Çin</td><td>Y10006 ve Y10005</td><td>Diğer herhangi bir standart ofis katlanır kelepçesi de işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Forseps (anatomik)</td><td>NeoLab Migge GmbH, Heidelberg, Almanya</td><td>neoLab Standard -Pinzette 130 mm, anatomisch, rund, Cat.: 1-1811</td><td>Her türlü anatomik forseps yapacaktır.</td></tr><tr><td>Formaldehit çözeltisi %4</td> <td>SAV-Liquid Produktion GmbH, Flintsbach, Almanya</td><td>Formaldehit %37/40, Kat.: 1000411525005</td><td>Konsantre çözeltiden %4'e kadar seyreltin. Nötr pH'a tamponlayın. Uygun göz, el ve solunum koruması kullanın. Formaldehit çözeltisine sabitlenmiş doku örneklerini bir egzoz başlığı altında işleyin ve koruyucu gözlük ve laboratuvar eldivenleri giyin.</td></tr><tr><td>Grafik kağıdı (kalibrasyon için)</td><td>B&uuml; romarkt B&ouml; ttcher AG, Jena, Almanya. www.bueromarkt-ag.de</td><td>Penig Milimetre Kağıdı A4, Kat.: 2514</td><td>Her türlü grafik kağıdı (milimetre cinsinden ölçeklendirilmiş) yeterli olacaktır.</td></tr><tr><td>Laboratuvar beherleri (5ml, 10 ml, 50 ml, 100 ml)</td><td>NeoLab Migge GmbH, Heidelberg, Almanya</td><td>Becherglas SIMAX&reg; , niedrige Form, Borosilikatglas 3.3 Kat.: E-1031, E-1032, E-1035, E-1036</td><td>5 &ndash; 100 ml hacimli her türlü cam veya plastik beher yeterli olacaktır.</td></tr><tr><td>Laboratuvar terazi(ler)</td><td>Mettler Toledo GmbH, Gie&szlig; en, Almanya</td><td>PM6000</td><td>Sırasıyla 0,1 mg ila yaklaşık 20 g arasında, 100 mg ila yaklaşık 500 g arasında ölçüm aralıklarına sahip herhangi bir standart laboratuvar terazisi</td></tr><tr>Sartorius AG, G&ouml;<td></td><td> ttingen, Almanya</td><td>BP61S</td><td></td></tr><tr><td>Mikrotom bıçakları</td><td>Engelbrecht Medizin & Labortechnik, Ederm&uuml; nde, Almanya</td><td>FEATHER Microtome blasdes S35, Cat.:14700</td><td>Her türlü tek kullanımlık mikrotom bıçağı işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Morfometri/planimetri yazılımı/sistemi</td><td>Ulusal Sağlık Enstitüsü (NIH)</td><td>ImageJ</td><td>https://www. imagej.nih.gov/ij/'dan (1997) indirin.</td></tr><tr><td>Zeiss-Kontron, Eching, Almanya</td><td>VideoplanTM görüntü analiz sistemi</td><td>Stokta</td><td></td>yok</tr><tr><td>Fotoğraf makinesi</td><td>Nikon</td><td>D40</td><td>Tripoda monte edilebilen her türlü dijital fotoğraf makinesi işinizi görecektir.</td></tr><tr><td>Plastik asetatlar</td><td>Avery Zweckform GmbH, Oberlaindern, Almanya</td><td>Lazer Tepegöz-Folie DINA4 Cat.:&nbsp; 3562</td><td>Herhangi bir (lazer) yazdırılabilir plastik şeffaflık yeterli olacaktır.</td></tr><tr><td>Rastgele sayı tabloları</td> <td>n.a.n.a.Rastgele</td> <td>sayı tabloları, aşağıdakiler gibi rastgele sayı üreteçleri kullanılarak (tanımlanmış sayıda rastgele sayılarla ve belirli aralıklar içinde) kolayca oluşturulabilir: https://www.random.org/</td><td></td></tr> <tr><td>Tıraş bıçakları</td><td>Plano GmbH, Wetzlar, Almanya</td><td>T5016</td><td>Her türlü tıraş bıçağı işinizi görecektir.</td></tr><tr><td>Cetvel</td><td>B&uuml; romarkt B&ouml; ttcher AG, Jena, Almanya. www.bueromarkt-ag.de</td><td>Ofis Noktası Lineal 30 cm, Kunststoff, şeffaf, Kat.: ln30</td><td>Her türlü cm-mm ölçekli cetvel de işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Tuzlu su (%0,9)</td><td>Carl Roth GmbH, Almanya</td><td>Natriumchlorid, >%99 Kat.: 0601.1</td><td>% 0.9 tuzlu su hazırlamak için, 9 g NaCl'yi 20 ° C'de 1000 ml damıtılmış suda çözün.</td></tr><tr><td>Neşter bıçakları</td><td>Aesculap AG & Co KG, Tuttlingen, Almanya</td><td>BRAUN Cerrahi bıçaklar N&deg; 22</td><td>Her türlü neşter bıçağı işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Tarayıcı</td><td>Hewlett-Packard</td><td>hp scanjet 7400c</td><td>150-600 dpi arası çözünürlüklerde tarama yapabilen her türlü standart ofis tarayıcısı yeterli olacaktır.</td></tr><tr><td>Dilimleme cihazları</td><td>n.a.n.a.Kendi</td><td></td> <td>kendine yapılan dilimleme cihazları için örnekler Knust, et al. Anatomik kayıtta bulunabilir. 292, 113-122, doi: 10.1002/ar.20747 (2009) ve <güçlü> Albl ve ark.&nbsp; Toxicol Pathol. 44, 414-420, doi: 10.1177/0192623316631023 (2016).</td></tr><tr><td>Küresel döküm kalıpları (örneğin, 25,5 mm çapında)</td><td>Pralinen-Zutaten.de, Windach, Almanya</td><td>Pralinen-Hohlkugeln Vollmilch, 25,5 mm</td><td>Küresel döküm kalıpları kendi kendine inşa edilebilir veya diğer şekerleme tedarikçilerinden (pralin için) elde edilebilir. Burada belirtilen döküm kalıpları aslında içi boş pralin gövdelerinin paketi/sargısıdır (önce pralinleri yiyin ve ardından paketi i-sektör bölümlerinin oluşturulması için kullanın)</td></tr><tr><td>İnce tel</td><td>Basteln & Hobi Schobes, Stra&szlig; furth, Almanya. www,bastel-welt.de</td><td>Messingdraht (0,3 mm) Kat.: 216464742</td><td>Başka herhangi bir ince tel de işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Kağıt mendil</td><td>NeoLab Migge GmbH, Heidelberg, Almanya</td><td>Declcate Task Wipes-White, Cat.: 1-5305</td><td>Diğer her türlü laboratuvar kağıt mendili de işe yarayacaktır.</td></tr><tr><td>Su geçirmez kalem</td><td>Staedler Mars GmbH & Co KG, N&uuml; rnberg, Grmany</td><td>Lumocolor permanent 313, 0.4 mm, S, siyah, Cat.: 313-2</td><td>Başka herhangi bir su geçirmez kalem de işe yarayacaktır.</td></tr></tbody></table>

Örnekleme stratejileri ve biobank doku örnekleri domuz biyomedikal modellerinden işlenmesi

Sampling Strategies and Processing of Biobank Tissue Samples from Porcine Biomedical Models

Translasyonel tıbbi araştırma, domuz modelleri giderek daha popüler hale gelmiştir. Bireysel hayvanların, özellikle genetiği değiştirilmiş domuz yüksek değer modelleri ve bu modellerin mevcut hayvanların genellikle sınırlı sayıda göz önüne alındığında, yeterince işlenmiş doku örnekleri (biobank) koleksiyonları kurulması için uygun bir Sonraki analizleri yöntemleri, örnekleme, zaman noktada belirtilmemiş analizleri de dahil olmak üzere geniş yelpazede translasyonel değer modelinin tam yararlanmak için anlamlı yaklaşımlar temsil eder. Domuz anatomisi özellikleri ile ilgili kuralların son temsilcisi, yüksek kaliteli örneklerinden farklı domuz organ ve dokulara standart üretimi için kurulmuştur. Bu kurallar sonuçları ve onların karşılaştırılabilir farklı çalışmalar ve Müfettişler arasında tekrarlanabilirlik için gerekli önkoşullar vardır. Organ ağırlıkları ve birimleri, oluşturulacak, belirlenmesi örnekleme yerlerin ve doku örnekleri sayıların yanı sıra yönlendirme, boyutu, işleme ve düzeltme yönergeleri, gibi temel veri kaydı ilgili faktörlerdir generalizability ve moleküler, nitel ve nicel morfolojik analiz için numune kullanılabilirliği belirleniyor. Burada, en önemli teknikler bir açıklayıcı, pratik, adım adım gösteri kuşak temsilcisi için domuz dokular çok amaçlı biobank örneği sunulmaktadır. Burada açıklanan yöntemleri belirlenmesi organ/doku birimleri ve yoğunlukları, parenkimal organları tarafından noktası-sayma, doku büzülme ölçüde belirlenmesi için bir sistematik rastgele örnekleme birimi ağırlıklı yordam uygulama içerir Histolojik örnekleri ve rastgele odaklı örnekleri nesil izotropik uniform rasgele (diploması) bölümleri "Orientator" ve "Isector" yöntemleri ve dikey üniforma tarafından üretilen gibi nicel stereological analizleri için gömme için ilgili rasgele (VUR) bölümleri.

Doku/organ yoğunluk tayini için batma tekniği
Şekil 12A -B yoğunluk temsilcisi olarak belirlenmesi ve 1.1 (Resim 1, Resim 2). adımda anlatılan batma tekniği kullanarak bir domuz böbrek hacmi gösterir. Yoğunluk ölçümleri ek domuz organ ve dokuların daha temsilcisi sonuçları Tablo 2' de sunulmaktadır. Başvuru yo...

Pratik uygulaması ve yöntemleri performansını aşağı akım analizleri biobank projeleri geniş bir yelpazede için domuz hayvan modellerin temsilcisi doku örnekleri oluşturmada, volumetry, dahil olmak üzere içinde gösterilen sistematik rastgele örnekleme, ve doku örnekleri nitel ve nicel morfolojik ve moleküler analiz türleri için farklı işleme.

Örnekleme stratejileri ve Biobank doku örnekleri domuz Biyomedikal modellerinden işlenmesi

In translational medical research, porcine models have steadily become more popular. Considering the high value of individual animals, particularly of ...

Bu videoda, biyobanka domuz dokusu örneklerinden numune almak ve işlemek için iki temel teknik gösterilmektedir. Daldırma tekniği, toplam organ ve doku hacmini güvenilir bir şekilde tahmin eder ve oryantasyon tekniği, kantitatif morfolojik parametrelerin tarafsız tahmini için rastgele izotropik doku kesitleri oluşturur. Doku yoğunluğu tayini için daldırma tekniğinin temel avantajı, her türlü dokuya uygulanabilmesi ve hem küçük hem de büyük numuneler için güvenilir sonuçlar vermesidir.Oryantasyon tekniğinin avantajları, yüksek verimli olması ve aynı zamanda büyük doku örnekleriyle de çalışmasıdır. Büyük bir organ için hacim ölçümünü başlatmak için, organdan uygun büyüklükte bir doku parçası çıkarın. Fazla kan ve doku sıvısını çıkarmak için numuneyi bir kağıt havluyla dikkatlice temizleyin.Ardından numuneyi hassas bir terazide tartın ve numunenin ağırlığını kaydedin. Uygun boyutta bir behere %0,9 salin ekleyin. Doku çıkması sırasında taşmayı önlemek için kabı tamamen doldurmayın.Beheri teraziye yerleştirin, ardından forseps veya numune tutucu üzerindeki işaret sıvıya ulaşana kadar bir forseps veya kendi kendine yapılmış bir numune tutucuyu tuzlu suya batırın. Ardından, ölçeğin ekranı

sampling-strategies-processing-biobank-tissue-samples-from-porcine

Research

JoVE Journal

Medicine

Tıp

Bu, vahşi doğada yakalanan yarasaların genomik, transkripsiyonik ve proteomik analizleri için en uygun doku hazırlığı için bir protokoldür. Bu yarasa yakalama ve diseksiyon, doku koruma ve yarasa dokusunun hücre culturing için protokoller içerir.

-Omics Analizleri ve Birincil Hücre Kültürü için Yarasaların Doku Toplama

Bu protokolde, domuza özgü astarlar tasarlanmış, plazmid içeren domuz spesifik DNA parçaları inşa edilmiş ve nicellik için standart eğriler oluşturulmuştur. Türe özgü astarlar kullanılarak, domuzdan fareye hücre nakli modellerinde ve domuzdan maymuna arter yama transplantasyonu modellerinde cpsDNA qPCR ile ölçüldü.

Knenotransplantasyon Modelinin KanLarında Dolaşan Domuza Özgü DNA'nın Ölçülmesi

Bu protokol, domuz beyninin bütünüyle çıkarılması ve sinirbilimde yaygın olarak çalışılan birkaç beyin bölgesinin diseksiyonu tekniğini detaylandırıyor.

Evcilleştirilmiş Domuz Beyninin Ekstraksiyonu ve Diseksiyonu

Aşağıdaki çalışmada, kolorektal ve pankreas kanserinden oluşan büyük bir biyobankanın kurulması için gerekli ardışık adımları açıklıyoruz.

Yaşayan Bir Biyobankanın Oluşturulması ve Bakımı - Nasıl Yaparız

The endothelium is a dynamic integrated structure that plays an important role in many physiological functions such as angiogenesis, hemostasis, ...

Domuz Periferik Kanından Kan Büyümesi Endotel Hücrelerinin (BOEC) Karakterizasyonu

Biyobankalar biyomedikal araştırmalar için çok önemli kaynaklardır ve Avrupa Onkoloji Enstitüsü'ndeki Translasyonel ve Dijital Tıp Birimi için Biyobanka bu alanda bir modeldir. Burada, biyobankaların farklı insan biyolojik numunelerinin yönetimi için standart çalışma prosedürlerinin ayrıntılı bir açıklamasını sunuyoruz.

Translasyonel Tıp için Biyobanka: Optimal Numune Yönetimi için Standart Çalışma Prosedürleri

Bu protokol, radikal prostatektomi örneklerinden örneklerin toplanmasını kolaylaştırmak için bir yöntemi tanımlar. Amaç, örneklerden alınan doku örneklerini bir Biyobankada saklamadan önce anatomopatolojik kriterlere dayalı olarak haritalamak, karakterize etmek ve mikro-makro diseksiyon yapmaktır.

Geliştirilmiş Örnekleme Tekniği ve Histolojik Karakterizasyon ile Prostat Tümörü Biyobankacılık Güvenilirliğinin Artırılması

Bu protokol, 3 aylık bir Danimarka Landrace domuzu üzerinde yüksek hızlı bir pnömatik matkap kullanılarak bir kraniektomi yapılmasını açıklar. Erişim frontal kemikten yapılır ve ventral dura mater ve altta yatan serebral hemisferleri ortaya çıkarır. Bu prosedür, domuz beyninin büyük bir bölümüne erişim sağlar.

Yüksek Hızlı Pnömatik Matkap Kraniektomi ile Domuz Beynine Erişim

Burada, &gt;90% işlem süresi azalması, yüksek hücre canlılığı ve geniş uyumlulukla karakterize edilen yağ kaynaklı kök hücreleri ve adipositleri verimli şekilde izole etmek için standart bir yöntem sunuyoruz.

Domuz yağ dokusundan yağ kök hücrelerinin ve adipositlerin etkili izolasyonu

Aşağıdaki bölümlerde, biyomedikal uygulamalarda kullanım için aljinat mikroküreler hazırlanması için prosedürleri özetlemektedir. Biz özellikle tip 1 diyabet için potansiyel bir tedavi olarak hücre ve protein encapsulation çift amaçlı çok katmanlı aljinat mikroküreler oluşturmak için bir teknik göstermektedir.

Biyomedikal Uygulamalar için Aljinatta Mikrokürelerin Üretimi

Öğrenin, biyobank domuz doku örneklerinden dalma ve oryantatör teknikleriyle hacim ve morfolojik analiz yapmayı. Bu yöntemler, nörobilim ve biyomedikal araştırmalarda güvenilir sonuçlar sağlar.

Örnekleme stratejileri ve Biobank doku örnekleri domuz Biyomedikal modellerinden işlenmesi

Daha fazla video keşfet