Name: Deniz bir Model - olarak Barnacle Balanus improvisus kültür ve gen ekspresyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-08-08T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 47 s
Description: Öğrenin Balanus improvisus kültürü ve gen ekspresyonu yöntemlerini deniz biyolojisi ve osmoregülasyon çalışmaları için. Haftada 50.000 nauplii üreterek yüksek kaliteli RNA elde edin ve antifouling araştırmalarında kullanın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu araştırma hibe 2017-04559 İsveçli Araştırma Konseyi (VR) ve AB desteklenen proje SEAFRONT Anders Blomberg tarafından desteklenmiştir. Özellikle, kodlamayla Tesisin kurulması yıllar içinde hibe tarafından başına R. Jonsson aşağıdaki fon acentelerden desteklenmiştir: SSF (İsveç Stratejik Araştırmalar Vakfı) Deniz Bilimleri programı aracılığıyla ve teknoloji ve MISTRA deniz boya programı aracılığıyla. Kent Berntsson culturingfacility kadar ayar erken aşamada vesile oldu. Ek kodlamayla tesisin deniz Evrimsel Biyoloji (www.cemeb.science.gu.se) merkezinden geldi oluşturmak üzere finansman, olduğu İsveçli araştırma konseyleri FORMAS ve VR Linnaeus hibe tarafından desteklenen.

<ol><li>Darwin, C. <a target="_blank" href="https://www.biodiversitylibrary.org/bibliography/2104#/summary">A monograph of the sub-class Cirripedia, with figures of all species. The Balanidae (or sessile cirripedes); the Verrucidae, etc., etc., etc</a>. , Ray Society. London, UK. (1854).</li>
<li>Lind, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+aquaporins+from+the+euryhaline+barnacle+Balanus+improvisus+reveals+differential+expression+in+response+to+changes+in+salinity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Analysis of aquaporins from the euryhaline barnacle Balanus improvisus reveals differential expression in response to changes in salinity.</a> PLoS ONE. 12 (7), 0181192(2017).</li>
<li>Lind, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+characterization+of+the+alpha-subunit+of+Na%2B%2FK%2B+ATPase+from+the+euryhaline+barnacle+Balanus+improvisus+reveals+multiple+genes+and+differential+expression+of+alternative+splice+variants%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Molecular characterization of the alpha-subunit of Na+/K+ ATPase from the euryhaline barnacle Balanus improvisus reveals multiple genes and differential expression of alternative splice variants.</a> PLoS ONE. 8, 77069(2013).</li>
<li>Fyhn, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Holeuryhalinity+and+its+mechanisms+in+a+cirriped+crustacean%2C+Balanus+improvisus%5BTitle%5D)+AND+%22Comparative+Biochemistry+and+Physiology+-+Part+A%3A+Comparative+Physiology%22%5BJournal%5D)">Holeuryhalinity and its mechanisms in a cirriped crustacean, Balanus improvisus.</a> Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Comparative Physiology. 53 (1), 19-30 (1976).</li>
<li>Wrange, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+story+of+a+hitchhiker%3A+population+genetic+patterns+in+the+invasive+barnacle+Balanus+%28Amphibalanus%29+improvisus+Darwin+1854%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">The story of a hitchhiker: population genetic patterns in the invasive barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus Darwin 1854.</a> PLoS ONE. 11 (1), 0147082(2016).</li>
<li>Berntsson, K. M., Jonsson, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Temporal+and+spatial+patterns+in+recruitment+and+succession+of+a+temperate+marine+fouling+assemblage%3A+a+comparison+of+static+panels+and+boat+hulls+during+the+boating+season%5BTitle%5D)+AND+%22Biofouling%22%5BJournal%5D)">Temporal and spatial patterns in recruitment and succession of a temperate marine fouling assemblage: a comparison of static panels and boat hulls during the boating season.</a> Biofouling. 19 (3), 187-195 (2003).</li>
<li>Lind, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Octopamine+receptors+from+the+barnacle+Balanus+improvisus.+are+activated+by+the+alpha2-adrenoceptor+agonist+medetomidine%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Octopamine receptors from the barnacle Balanus improvisus. are activated by the alpha2-adrenoceptor agonist medetomidine.</a> Molecular Pharmacology. 78 (2), 237-248 (2010).</li>
<li>Semmler, H., Hoeg, J. T., Scholtz, G., Wanninger, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+reconstruction+of+the+naupliar+musculature+and+a+scanning+electron+microscopy+atlas+of+nauplius+development+of+Balanus+improvisus+%28Crustacea%3A+Cirripedia%3A+Thoracica%29%5BTitle%5D)+AND+%22Arthropod+Structure+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional reconstruction of the naupliar musculature and a scanning electron microscopy atlas of nauplius development of Balanus improvisus (Crustacea: Cirripedia: Thoracica).</a> Arthropod Structure & Development. 38 (2), 135-145 (2009).</li>
<li>Anderson, D. T. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAnderson%2C+DT+%22Barnacles+-+structure%2C+function%2C+development+and+evolution%22">Barnacles - structure, function, development and evolution</a>. , Chapman & Hall. London, UK. (1994).</li>
<li>Kennedy, V. S., DiCosimo, J. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.2307/1351700">Subtidal distribution of barnacles in Chesapeake Bay, Maryland.</a> Estuaries. 6, 95-101 (1983).</li>
<li>Dreanno, C., Kirby, R. R., Clare, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Locating+the+barnacle+settlement+pheromone%3A+spatial+and+ontogenetic+expression+of+the+settlement-inducing+protein+complex+of+Balanus+amphitrite%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Locating the barnacle settlement pheromone: spatial and ontogenetic expression of the settlement-inducing protein complex of Balanus amphitrite.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 273, 2721-2728 (2006).</li>
<li>Rittschoff, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/08927019809378344">Cues and context: larval responses to physical and chemical cues.</a> Biofouling. 12 (1-3), 31-44 (1998).</li>
<li>Berntsson, K. M., Jonsson, P. R., Lejhall, M., Gatenholm, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+behavioural+rejection+of+micro-textured+surfaces+and+implications+for+recruitment+by+the+barnacle+Balanus+improvisus%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Experimental+Marine+BIology+and+Ecology%22%5BJournal%5D)">Analysis of behavioural rejection of micro-textured surfaces and implications for recruitment by the barnacle Balanus improvisus.</a> Journal of Experimental Marine BIology and Ecology. 251 (1), 59-83 (2000).</li>
<li>Gamfeldt, L., Wallén, J., Jonsson, P. R., Berntsson, K. M., Havenhand, J. N. <a target="_blank" href="https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1890/05-0377">Increasing intraspecific diversity enhances settling success in a marine invertebrate.</a> Ecology. 86, 3219-3224 (2005).</li>
<li>Rittschof, D., Clare, A. S., Gerhart, D. J., Sister Avelin, M., Bonaventura, J. Barnacle in vitro assays for biologically active substances: toxicity and settlement inhibition assays using mass cultured Balanus amphitrite amphitrite Darwin. Biofouling. 6 (2), 115-122 (1992).</li>
<li>Pansch, C., Schaub, I., Havenhand, J., Wahl, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Habitat+traits+and+food+availability+determine+the+response+of+marine+invertebrates+to+ocean+acidification%5BTitle%5D)+AND+%22Global+Change+Biology%22%5BJournal%5D)">Habitat traits and food availability determine the response of marine invertebrates to ocean acidification.</a> Global Change Biology. 20 (3), 765-777 (2014).</li>
<li>Guillard, R. R. L. Culture of phytoplankton for feeding marine invertebrates. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGuillard%2C+RRL+%22Culture+of+marine+invertebrate+animals%22">Culture of marine invertebrate animals</a>. Smith, W. L., Chanley, M. H. , Springer. Boston, MA. 22-60 (1975).</li>
<li>Wrange, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Importance+of+plasticity+and+local+adaptation+for+coping+with+changing+salinity+in+coastal+areas%3A+a+test+case+with+barnacles+in+the+Baltic+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evolutionary+Biology%22%5BJournal%5D)">Importance of plasticity and local adaptation for coping with changing salinity in coastal areas: a test case with barnacles in the Baltic Sea.</a> BMC Evolutionary Biology. 14, 156(2014).</li>
<li>Bacchetti De Gregoris, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+an+adult+barnacle+%28Balanus+amphitrite%29+cDNA+library+and+selection+of+reference+genes+for+quantitative+RT-PCR+studies%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Construction of an adult barnacle (Balanus amphitrite) cDNA library and selection of reference genes for quantitative RT-PCR studies.</a> BMC Molecular Biology. 10, 62(2009).</li>
<li>Winnebeck, E. C., Millar, C. D., Warman, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Why+does+insect+RNA+look+degraded%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Insect+Science%22%5BJournal%5D)">Why does insect RNA look degraded.</a> Journal of Insect Science. 10, 159(2010).</li>
<li>Panova, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+extraction+protocols+for+whole-genome+sequencing+in+marine+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+BIology%22%5BJournal%5D)">DNA extraction protocols for whole-genome sequencing in marine organisms.</a> Methods in Molecular BIology. 1452, 13-44 (2016).</li>
<li>Berglin, M., Larsson, A., Jonsson, P., Paul Gatenholm, P. <a target="_blank" href="https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1163/156856101753213321">The adhesion of the barnacle, Balanus improvisus, to poly(dimethylsiloxane) fouling-release coatings and poly(methyl methacrylate) panels: the effect of barnacle size on strength and failure mode.</a> Journal of Adhesion Science and Technology. 15, 1485-1502 (2001).</li>
<li>Larsson, A. I., Granhag, L. M., Jonsson, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Instantaneous+flow+structures+and+opportunities+for+larval+settlement%3A+barnacle+larvae+swim+to+settle%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Instantaneous flow structures and opportunities for larval settlement: barnacle larvae swim to settle.</a> PLoS ONE. 11, 0158957(2016).</li>
<li>Toth, G. B., Lindeborg, M. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/237075903_Water-soluble_compounds_from_the_breadcrumb_sponge_Halichondria_panicea_deter_attachment_of_the_barnacle_Balanus_improvisus">Water-soluble compounds from the breadcrumb sponge Halichondria panicea. deter attachment of the barnacle Balanus improvisus.</a> Marine Ecology Progress Series. 354, 125-132 (2008).</li>
<li>Pansch, C., Jonsson, P. R., Berglin, M., Pinori, E., Wrange, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+flow-through+bioassay+for+testing+low-emission+antifouling+coatings%5BTitle%5D)+AND+%22Biofouling%22%5BJournal%5D)">A new flow-through bioassay for testing low-emission antifouling coatings.</a> Biofouling. 33 (8), 613-623 (2017).</li>
<li>Walne, P. <a target="_blank" href="https://www.cambridge.org/core/journals/journal-of-the-marine-biological-association-of-the-united-kingdom/article/observations-on-the-food-value-of-seven-species-of-algae-to-the-larvae-of-ostrea-edulis-i-feeding-experiments/11A8912C69162E0203BFC4079CD28070">Observation of food value of 7 species of algae to larvae of Ostrea edulis 1. Feeding experiments.</a> Journal of the Marine Biological Associateion of the UK. 43, 767-784 (1963).</li>
<li>Sandnes, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+monitoring+and+automatic+density+control+of+large-scale+microalgal+cultures+using+near+infrared+%28NIR%29+optical+density+sensors%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Real-time monitoring and automatic density control of large-scale microalgal cultures using near infrared (NIR) optical density sensors.</a> Journal of Biotechnology. 122 (2), 209-215 (2006).</li>
<li>Neufeldt, C. J., Palmer, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Precisely+proportioned%3A+intertidal+barnacles+alter+penis+form+to+suit+coastal+wave+action%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+Royal+Society+B+Biological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Precisely proportioned: intertidal barnacles alter penis form to suit coastal wave action.</a> Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences. 275, 1081-1087 (2008).</li>
<li>Dunstan, G., Volkman, J., Barrett, S., Leroi, J., Jeffrey, S. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0031942200905259">Essential polyunsaturated fatty acids from 14 species of diatom (Bacillariophyceae).</a> Phytochemistry. 35, 155-161 (1994).</li>
<li>Jonsson, P. R., Berntsson, K., André, C., Wängberg, S. -Å <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s002270050571">Larval growth and settlement of the European oyster (Ostrea edulis) as a function of food quality measured as fatty acid composition.</a> Marine Biology. 134 (3), 559-570 (1999).</li>
<li>Comps, M., Bonami, J. R., Vago, C. <a target="_blank" href="http://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=FR19770139223">Virus-disease of Portuguese oyster (Crassostrea angulata. lmk).</a> Comptes rendus hebdomadaires des séances de l'Académie des Sciences. Série D, Sciences naturelles. 282, 1991-1993 (1976).</li>
<li>Segarra, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+description+of+a+particular+Ostreid+herpesvirus.+1+genotype+associated+with+massive+mortality+outbreaks+of+Pacific+oysters%2C+Crassostrea+gigas%2C+in+France+in+2008%5BTitle%5D)+AND+%22Virus+Research%22%5BJournal%5D)">Detection and description of a particular Ostreid herpesvirus. 1 genotype associated with massive mortality outbreaks of Pacific oysters, Crassostrea gigas, in France in 2008.</a> Virus Research. 153 (1), 92-99 (2010).</li>
<li>Suquet, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Survival%2C+growth+and+reproduction+of+cryopreserved+larvae+from+a+marine+invertebrate%2C+the+Pacific+oyster+%28Crassostrea+gigas%29%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Survival, growth and reproduction of cryopreserved larvae from a marine invertebrate, the Pacific oyster (Crassostrea gigas).</a> PLoS ONE. 9 (4), 93486(2014).</li>
<li>Martínez-Páramo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryobanking+of+aquatic+species%5BTitle%5D)+AND+%22Aquaculture%22%5BJournal%5D)">Cryobanking of aquatic species.</a> Aquaculture. 472, 156-177 (2017).</li>
<li>Anil, A. C., Tulaskar, A. S., Khandeparkar, D. C., Wagh, A. B. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0011224096919914">Cryopreservation of Balanus amphitrite nauplii.</a> Cryobiology. 34, 131-140 (1997).</li>
<li>Oo, K., et al. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/288595251_Cryopreservation_of_Nauplius_Larvae_of_the_Barnacle_Balanus_amphitrite_Darwin">Cryopreservation of nauplius larvae of the barnacle, Balanus amphitrite Darwin.</a> Fisheries Science. 64, 857-860 (1998).</li>
<li>Lin, H. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((First+study+on+gene+expression+of+cement+proteins+and+potential+adhesion-related+genes+of+a+membranous-based+barnacle+as+revealed+from+next-generation+sequencing+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Biofouling%22%5BJournal%5D)">First study on gene expression of cement proteins and potential adhesion-related genes of a membranous-based barnacle as revealed from next-generation sequencing technology.</a> Biofouling. 30 (2), 169-181 (2014).</li>
</ol>

Yazarlar bildirmek için bir şey yok.

Barnacle kültür Tjärnö deniz Araştırma Laboratuvarı (İsveç) 20 yılı aşkın süredir çalışmakta olduğu ve birçok farklı araştırma alanda çalışmalar için kullanılır. 30'dan fazla bilimsel makale kodlamayla sistem çalışmaları da dahil olmak üzere zehirli13,22, hidrodinamik23, kimyasal ekoloji24son yıl içinde kullanılan yayınlanmıştır, iklim değişikliği16 , Evrimsel biyoloji5ve moleküler biyoloji2.
Laboratuar ortamında (vahşi nüfus temsilcisi olmayabilir bireyler) daha adapte olmuşlardır belirli kişilerin seçimine önlemek için yeni bir broodstock alandan her yıl toplamak için önerilir. Buna ek olarak, Ayrıca bu yana yaklaşık yetişkin mortalite % 50-80 normal bir yıl boyunca her yıl, kültür gençleştirmek için iyi bir yöntemdir. Ancak, amaç doğuştan hatları üretmeye veya deneysel evrim çalışmalar ayarlamak için ise, sadece Laboratuvar yetiştirilen aileler kullanılmak üzere vardır.
Çünkü o zaman, cyprid larva denizin içinde iyi bir kaynağı B. improvisus Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı panelleri üzerinde toplamak için iyi bir zaman Haziran-Ağustos ayında var. Kontrol panelleri haftalık barnacle kapatma başladığında görmek ve diğer el ile kaldırmak için yerleşmiş türler B. improvisus (Örneğin, midye, tunicates, bryozoans, hydroids, nemerteans/tubeworms ve diğer barnacle türler) daha--dan paneller (Örneğin, bir diş fırçası ile). Tjärnö var üç sığ su barnacle tür mevcut (B. improvisus, Semibalanus balanoidesve Balanus crenatus). Ancak, B. improvisus Temmuz – Ağustos sırasında yumuşak sert yüzeylerin Orklar'dan baskın olduğunu. S. balanoides erken bahar sırasında onun kapanış dönemi vardır ve çoğunlukla doğal yüzeylerde (Örneğin, taş) tercih ediyor. B. crenatus yaz aylarında panellerinde düşük numaralarından oluşabilir.
Bazı linages belirli özellikleri ile kurulmuş varsa gerekli olacaktır, kültürlü cyprids veya deneysel evrim çalışmalarda yeni yetişkin barnacle nesiller başlatmak mümkündür. Yetişkin yeni nesil başlatmak için en uygun cyprids laboratuvarda termoplastik paneller üzerine yerleşmek için yoludur. Bu paneller yeni kapatılan cyprids ile de deneysel tedaviler veya maruz alanında kullanılabilir. Acil durumlarda, bir de yakın bir sitede (Örneğin, Idefjorden Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı durumunda) B. improvisus ortak nerede gelen kayalar üzerinde yetişkin kullanabilirsiniz. Zaten kurulmuş bu yetişkinlerin böylece tepsilerde konuyor panellerinde, yetişkin olarak aynı şekilde tedavi ve sistem üzerinden akış yoluyla beslenir. Akış hücreleri panelleri kıskaç25ile kurmak için de kullanılabilir. Bu akış yoluyla chambers ile plankton net üzerinde cyprids, panel larvaların için tek yerleşim yüzey olarak ile razı değil tarafta vardır.
Tüm yaşam evreleri de dahil olmak üzere bir uzun vadeli işleyen barnacle kültürünü ayarlamak için kritik olan birkaç adım vardır. Kültür B. improvisus kullanılan yöntemleri muhtemelen, büyük ölçüde, free-swimming, planktotrophic larvaları ile deniz diğer omurgasız için de geçerli bulunmaktadır. Kodlamayla yordamlar için bazı türler zaten iyi açıklanan (Örneğin, mavi midye ve istiridye ve farklı türler için)26, diğer deniz omurgasızlar iken için sadece birkaç örnek hayatı boyunca yayılan uzun vadeli kültürlerin vardır döngüsü. İlk başarılı deneme kültür kıskaç (d. amphitrite) için birini Rittschof vd tarafından yapıldı 15. uzun vadeli finansal ve kişisel kaynakları barnacle kültür tesis kurma düşünmeden önce yerde olmalı. Yılın bu tür bakım-barnacle kültür en az bir kişi çalışma yarı süresi gerektirir. Bazı adımlar mikroalg27kültür ağırlıklı üretim hattında gelecekteki otomasyon için bazı potansiyel olabilir. Buna ek olarak, başarılı olmak adına, büyük miktarda yüksek kaliteli deniz suyu için erişim olması esastır. Mikroalg, Artemia ve kaya midyeleri kültür herhangi bir belirli güvenlik prosedürleri anlamına gelmez. Ancak, bazı zehirli maddeler veya toksik kimyasallar testleri özel önlemler gerekebilir.
Paneller contaminations için haftada birkaç kez kontrol edildi. Kültürde kullanılan deniz suyu Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı dışında Koster fiyort 40 m derinlemesine dan pompalanır oldu ve iki kum filtreleri yoluyla Laboratuvar su sistemi girmeden önce kabul edildi. Filtre yok sudan yapılmış eğer çok daha fazla kirlenme kültür olur. Düzenli olarak döküntü ve deniz suyu temini sisteminden alandan girin (Örneğin, stolon-bina hydroids ve yırtıcı nemerteans) diğer omurgasızlar kültüründen panellerinde temizlemek için esastır. Hiçbir larva rağmen üretilen Eğer örneğin, kültür iyi beslenmiş ve aksi halde olmuştur aslında iyi durumda gibi görünüyor sorun çiftleşme etkisizleştirmek için görünür nemerteans varlığı olabilir. Doğal olarak, birçok bulaşıcı canlılar kültür Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı arasında İsveç Batı kıyısında belirli ve organizmaların bulaşıcı başka türleri yaygın ve diğer coğrafi alanlarda bir sorun daha olabilir. İsveç'in Batı kıyısında kirlenme panellerinde diğer barnacle türler tarafından bulmak olağandışı bir durum. Bazen, S. balanoides kurulması bulundu, ama çok marjinal sorun (en azından, bir balanoides S. kirletici 10.000 B. improvisus örnekleri için) bu. Türler kirletici eksikliği büyük olasılıkla yeni kültürler larvaefrom B. improvisus son derece hakim olduğu zaman yaz aylarında kurmak için rejim bağımlı. Buna ek olarak, ayrıca oldu B. improvisus açık bir zenginleştirme panellerinde bu tür pürüzsüz yüzeylerde13için seçime bağlı olduğu için.
Ölü yetişkin kıskaç kaldırmak gereklidir. Boş kabukları panelleri üzerinde kalması durumunda, hem Artemia nauplii yanı sıra çeşitli bulaşıcı türler için bir sığınak haline gelebilir. Buna ek olarak, bu ölü bireylerin bireylerle, ayrışma sırasında toksik bileşikler sürümü muhtemelen komşu iyi olmak etkilemek fark edilmiştir. Bir ek, yetişkin ölüm bazı kişilerin rahat ve çok uzakta çiftleşme (kaya midyeleri en uzun penis büyüklüğü ile ilgili olarak hayvan dünyada olsa bile) izin vermek için herhangi bir yetişkin gelen kalır ki sonucudur28. Bu kişilerin hayatta kalacak ama larva için sigara-üretken. Ancak, bu yalnız yetişkin bireyler yavaşça Bankası-plaka zarar vermeden kaldırılabilir ve diğerlerine yakın çiftleşme etkinleştirmek için yatay olarak yerleştirilmiş. Kıskaç da üstünde her-paneller bir yetişkin ile yerleştirerek şeklindeki ama böylece karşılıklı etkileşimlere oluşabilir yeterince yakın. Bu şekilde, genetik satırları üretilen14olabilir.
Bir yem kaliteli üretmek için ve hemen hemen her gün kültürler beslemek için önemlidir. Hatta bir kaç gün yiyeceksiz larva azalan bir sürümde neden olabilir. Diyet kompozisyon önceki testler Diyatomlarla barnacle nauplii hayatta kalma ve büyüme için gerekli olan göstermiştir. Birçok diatom türü olarak yeterli gibi görünüyor besleme, her ne kadar küçük ya da soliter hücreleri (çapı 10 µm) nauplii'nın sindirim için gerekli olabilir. S. marinoi, C. simplexve T. pseudonana türlerin hepsi B. improvisus nauplii, yanı sıra kolay yetiştirmek için yeterli yem olduğu kanıtlanmıştır. Buna ek olarak, yem kalitesi genellikle yosun katlanarak büyüyen için yüksektir. Ayrıca Diyatomlarla B. amphitrite15üretken kültürleri kurmak için gerekli olan bildirilmiştir. Bir teori Diyatomlarla önemini bir benzersiz yağ asidi profile sahip ve özellikle son derece çoklu doymamış 20:5 yağ asidi29zengindir. Bu, bazı yağ asitleri istiridye larva30başarılı gelişimi için önemlidir gösterilmiştir.
Yıllar içinde barnacle kültüründe zararlı hastalıkları yok olaylar olmuştur. İstiridye ve midye gibi birçok ticari omurgasız aquacultures hastalıklar oldukça yaygındır ve çok zararlı olabilir. Virüsler zararlı etkileri de vahşi nüfus bildirilmistir. Fransa'da yerli istiridye 1925 yılında Portekizli istiridye Crassostrea angulata tarafından değiştirildi, ancak bu tür bir iridovirus 197031çevresinde tarafından yok olmuş. Daha yakın zamanlarda, Pasifik istiridye ostreid herpesvirus 132ile ilişkili gibi görünüyor Crassostrea gigas kültürlerde dünya çapında, içinde büyük ölüm hadise olmuştur. Patojenler, bakteri veya virüsler kıskaç üzerinde hiçbir rapor defa yayınlanmıştır. Ancak, devam eden genom-devam eden proje B. improvisus, virüs sıraları bulunmuştur (Alm Rosenblad vd., yayınlanmamış veri) ama hastalıklarının belirtileri belirgin bir bağlantı ile. Karışımlar antibiyotik bakteriyel enfeksiyonlar riskini en aza indirmek için kültürler daha önce uygulanmış olan; Ancak, bu yordamı Şu anda durdurulmuş ve şimdiye kadar bu herhangi bir kirlenme sorunları neden oldu değil.
Deniz suyu (yukarıda açıklandığı gibi) ısıtılır, aşırı ısınma kültür üretim hattı en ciddi tehlikede olabilir. Bu, tabii ki, sensörler ve uygun uyarı sistemleri (sorumlu kişilere e-posta veya metin mesajları gönderme kullanılanÖrneğin,) olabilir, ancak aşırı ısınma karşı korumak zordur. Olaylar geçmişte bu tür yetişkin kültüründe önemli öldürülmesi sonuçlandı. Bu, tabii ki, yıkıcı ve zaman ve para uzun vadeli yatırımlar berbat. Özellikle, bu doğuştan genetik çizgiler kurulmuş varsa felaket olabilir. Bu satırları uzun ömür sağlamak ve onları kayıplara karşı güvence altına almak için kıskaç bir dondurma metodoloji geliştirmeye arzu olurdu. Bu larvalar Pasifik İstiridye üzerinden aşağı donmuş ve kısmi başarı33ile canlanan bildirilmiştir. Cryobanking da çok çeşitli türler34genetik kaynakları korumak için değerli bir araç olmuştur. B. amphitrite üzerinden bile nauplii dondurucu35hayatta kalmak için rapor edilen ve dondurulmuş aşağı bireylerin % 20'si başarılı bir şekilde cyprids36başkalaşıma bulundu. Ancak, donma kültürlerin uzun vadeli sürdürülebilirlik için uygulama defa değil kabul edilmiştir, ama bu gerçekten seçili satırları bakımı için gerekli olacaktır; Bu sıkıca B. improvisus güçlü bir deniz modelsystem kurulması için önemli bir adım olacaktır.
Burada, bir protokol B. improvisus (yani, cirri, soma ve şömine) yetişkinlerden çeşitli dokularda diseksiyon için sunuldu. Ancak, diğer dokularda da çıkarılan stres. Örneğin, yumuşak doku Bankası membranöz türler Tetraclita japonica formosana dış ve iç manto arasında edilmiş dikkatli bir şekilde izole ve bir RNA çıkarma ve gen ifade37RNA-seq analizi için kullanılır. Burada açıklanan Seviyelendirilmiş en iyi duruma getirilmiş ayıklama Protokolü malzeme başlayan en az bir miktar üzerinden sıralama için yeterli miktarda yüksek kaliteli RNA sağlar. İlk olarak, bireysel larva koleksiyonu homojenizasyon tüpler içine doğrudan herhangi bir kayıp bir tüp transfer sırasında en aza indirir. Ayrıca, farklı yöntemler arasında test, Seramik Boncuklar RNA açısından en verimli verim olduğunu kanıtladı ve dürüst sonication veya havaneli homojenizasyon için karşılaştırıldığında, homojenizasyon. Gen ifadesinin veya genomik deneyler için planlama yaparken, bir kıskaç, yüksek genetik varyasyon meydan en az B. improvisusiçin unutmayın vardır. Barnacle Kodlayıcı bölgeler (Alm Rosenblad vd., yayınlanmamış veri) içinde bile 3-%5, aralıktaki bir genetik çeşitlilik var. Bu, tabii ki, qPCR analiz için astar tasarım belirli talepleri koyar, nerede daha korunmuş bölge tespit ve tutarlı ifade sonuçları betweenbatches almak için astar için şablon olarak kullanılır. Hedef genlerin, korunmuş bölgelerde gibi aquaporins ve Na +/ K + ATPases, RNA-seq veri bireylerin yüzlerce içeren cyprids gruplarından elde Bu genler sıra değişkenliği inceleyerek belirlenebilir. DNA Genom Analizi için örnek. Ancak, B. improvisus yüksek kaliteli DNA alma21zor olabilir.
Sonuç olarak, kurulan barnacle kültür deneysel çalışmalar farklı türde vesile olduğu ispatlanmıştır. Özellikle, larva üretim her yıl çevresinde ezelî varlık mahdut doğal olarak meydana gelen yumurtlama dönemine deneyler için bize izin verir ( B. improvisusiçin yaz aylarında bu). Elde edilen larvaların deneysel çalışmalar, yerleşim deneyleri, davranış deneyleri, belirli genlerin ifade çalışmaları yanı sıra genom-wide transcriptome çalışmaları da dahil olmak üzere geniş bir dizi gerçekleştirmek için kullanılabilir.

Kıskaç sesil bir yetişkin ile deniz kabukluları vardır ve free-swimming, planktonik larvaları. Kıskaç 1200 türlerin çoğu sığ suda yaşayan ve çoğu kez düşük tuzluluk maruz kalır. Charles Darwin bu tür küçük bir dere içinde Haliç üzerinden Rio de la Plata Uruguay1açıklanan ve bir türün, defne barnacle (B. improvisus), Balanus (Amphibalanus) improvises neredeyse tatlı su tolere edebilir. Aşırı hoşgörü tolow tuzluluk B. improvisus osmoregulatory mekanizmaları2,3etütler özellikle ilgili bir model haline getirir. Bu barnacle acı koşulları tercih ediyor fakat yaklaşık 1.6 psu dan salinities sularda yaşayan yetenekli 40 psu4olarak yüksek. Bu acı Baltık Denizi'nde bulunan tek barnacle türdür. B. improvisus Amerika kıtasının Doğu kıyısında kaynaklanan inanılıyor ancak bugün5nakliye tarafından yayılma nedeniyle Dünya çapında bulunur. Bu büyük bir kirlenme organizma ve yaygın kaya, jetties ve tekne gövde üzerinde bulunur ve bu nedenle genel ilgi biofouling deniz ve tuzlu suları6,7inşaatlarda üzerinde mekanizmaları anlamak için.
Çoğu diğer kaya midyeleri, B. improvisus ile karşılıklı etkileşimlere hermaphroditic benzer; üreme bir uzun penis ve iç döllenme kullanarak komşu bireyler arasında çiftleşme yoluyla oluşur. Üreme dönemi esas olarak Mayıs Eylül arasındadır. B. improvisus yedi pelajik larva aşamaları (altı nauplii bir cyprid sahne8tarafından takip) vardır. Döllenmiş yumurta kapakları olan free-swimming ve cyprid sigara besleme larva bir deri değiştirme önce birkaç hafta kadar su sütun için beslemeleri bir nauplius larva içine. Cyprid yerleşmek için uygun bir site bulmak için birden fazla ipuçları kullanır ve sonra metamorfoz sesil Juvenil barnacle9içine uğrar. Bu tür laboratuvarda kültürlü olabilir ve deniz (2-3 yıl içinde laboratuvar kültür) 1-2 yıllık bir ömrü vardır. Ortalama olarak, B. improvisus 10 mm çapında (ile en fazla 20 mm civarında) için büyür ve her ne kadar (kalabalık koşullarda uzun büyüyebilir) yaklaşık 6 mm maksimum yüksekliğe ulaşır. Belgili tanımlık tür-ebilmek var olmak onun pürüzsüz kalkerli hatta shell tarafından (beyaz veya gri), radyal desenli kalkerli Bankası kabuk plaka ve anlamlar plakaları1,10şeklinde tanımlanan.
Barnacle B. improvisus ozmoregülasyon, moleküler ve fizyolojik mekanizmaları hem de ekolojik etkileşimleri ve evrimsel sonuçları odaklanarak çalışmaları için bir model olarak çeşitli avantajlı özelliklere sahip. Biyoloji, özellikle yerleşim zehirli araştırma ve mekanizmaları dahil7,11,12,13ile ilgili araştırmalar için bir model olarak da yaygın kullanılır. Ancak, doğal mevsimlik yumurtlama cyprid larva araştırmaları öngörülemeyen bir kaynağı verir. Bu barnacle onun tüm yaşam döngüsü boyunca tüm yıl boyunca kültür, bu nedenle, moleküler ve mekanik çalışmaların çeşitli türlerini etkinleştirmek için önemli bir varlık yeteneğidir. Ayrıca, varlığını deniz/tuzlu sularda dünya çapında bir arada alan ve deneysel çalışmalar için sağlar. Kontrollü üreme de uzun vadeli kodlamayla14için bilinen soylular ailelerinin üretebilir ve birkaç aylık bir oluşturma süresi uzun vadeli deneysel evrim izin verebilir. Ayrıca mevcuttur bir taslak genom ve çeşitli transcriptomes ve bu kaynakları çeşitli genler (Örneğin, genler ozmoregülasyon önem)2,3' klonlama için kullanılmıştır.
Bu iletişim kuralının amacı kurmak ve yetişkin veya bu organizma larva gen ifade çalışmaları gerçekleştirmek için yıl boyunca barnacle B. improvisus kültürünü korumak nasıl tarif etmektir. Rittschof vd. 15 kısaca cyprids Balanus amphitritetürler için yerleşim nauplii yayımlanmasından itibaren kıskaç kültür yöntemi açıklanmıştır. İletişim kuralı tüm yıl yuvarlak B. improvisus Tjärnö deniz Araştırma Laboratuvarı (İsveç), kültür için adapte edilmiş ve üretim hattında tüm adımları ayrıntılı bir açıklamasını ve üretimi dahil olmak üzere barnacle yetiştirme özetlenen larva yanı sıra yetişkinler ve larva yem yönetimi. Tam yordam genel bakış için bkz: Şekil 1. Kodlamayla sisteminin kullanımı ile ortak bazı deneysel set-up örneği ve fonksiyonel genomik Na+çalışmalarda gösterilmiştir /K+ ATPaz ve olası işlevlerini ozmoregülasyon2, elucidating aquaporins, 3. Bazen belirli dokularda gen ekspresyonu incelemek için gereklidir ve bazı temel barnacle kandan da yer. Yüksek kaliteli deniz suyu iyi bir kaynağı ile barnacle B. improvisusve olabilecek birçok diğer türler, kültür Dünya çapında deniz laboratuarlarında mümkün olmalıdır.

<table><tbody><tr><td>Pleksiglas (poli-metil metakrilat) paneller</td><td>Plastik üretici, Bromma, İsveç</td><td></td><td>şeffaf cam</td></tr><tr><td>1,5 L PET şişe</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Artemia</td><td>INVE Su Ürünleri Yetiştiriciliği, Belçika</td><td></td><td>Farklı şirketleri test ettik; bu gerçekten en iyisi</td></tr><tr><td>Skeletonema marinoi (CCAP suşu 1077/5)</td><td>CCAP (Alg ve Protozoa Kültür Koleksiyonu); İskoçya&nbsp;</td><td>suş 1077/5</td><td></td></tr><tr><td>Chaetoceros simpleks var. gracilis (CCAP suşu 1085/3)</td><td>CCAP (Alg ve Protozoa Kültür Koleksiyonu); İskoçya&nbsp;</td><td>suş 1085/3</td><td></td></tr><tr><td>Kırlangıç kartuş filtre sistemi</td><td>Millipore&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>nominal gözenek boyutu 0,2 ve mikro olan kartuş; m</td><td>Millipore&nbsp;</td><td>kartuş CWSS01S03</td><td>Büyük hacimli</td></tr><tr><td>polikarbonat şişe</td> için yüksek kapasite <td>Nalgene</td><td></td><td>otoklavlanabilir</td></tr><tr><td>RNA daha sonra</td><td>Qiagen</td><td>76106</td> <td>& nbsp; RNA</td></tr><tr><td>TURBO DNA-içermeyen Kit</td><td>Invitrogen/Thermofisher Scientific'i korumak için sabitleme solüsyonu; &nbsp;</td><td>AM1907</td><td>Hazırlanan RNA'dan DNA'yı çıkarmak için DNAse kiti</td></tr><tr><td>iScript cDNA Sentez Kiti</td><td>Biorad</td><td>1708890</td><td>cDNA sentez kiti</td></tr><tr><td>SYBR Green supermix</td><td>Biorad</td><td>1708880</td><td>QPCR</td></tr><tr><td>RNeasy minikit</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Yetişkinlerin veya birçok cyprid'in RNA ekstraksiyonu</td></tr><tr><td>Yumuşak doku homojenizasyonu CK 14, 2 ml tüpler</td><td>Precellys</td><td>KT03961-1-003.2</td><td>Homojenizasyon için seramik boncuklar</td></tr><tr><td>RNeasy mikro kiti</td><td>Qiagen</td><td>74004</td><td>Birkaç cyprid'in RNA ekstraksiyonu</td></tr></tbody></table>

deniz bir model - olarak barnacle balanus improvisus kültür ve gen ekspresyonu

The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression

Kıskaç sesil bir yetişkin ile deniz kabukluları vardır ve free-swimming, planktonik larvaları. Barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus onun aşırı hoşgörü için düşük tuzluluk nedeniyle özellikle osmoregulatory mekanizmaları çalışmaları için bir model olarak uygundur. Ayrıca yaygın biyoloji, özellikle zehirli araştırma ile ilgili olarak yerleşme bir model olarak kullanılır. Ancak, doğal mevsimlik yumurtlama cyprid larva araştırmaları öngörülemeyen bir kaynağı verir. Bir iletişim kuralı tüm yıl yuvarlak B. improvisus kültür geliştirilmiştir ve tüm ayrıntılı bir açıklamasını üretim hattında adımları için özetlenen (yani, Yetişkin kültürleri paneller, koleksiyon ve yetiştirme kurulması Barnacle larva ve yetişkin ve larva yem yönetimi). Açıklama aynı zamanda sorun giderme üzerinde rehberlik sağlar ve kritik parametreleri (Örneğin, kontaminasyon kaldırılması, yüksek kaliteli yem üretimi, gerekli insan gücü ve yüksek kaliteli deniz suyu önemi) anlatılmaktadır. Kodlamayla sisteminden her toplu iş sonuna kadar yaklaşık 12.000 nauplii verimleri ve dört toplu işlemleri haftada neredeyse 50.000 larva kadar üretilen bu yüzden bir haftada teslim edebilirsiniz. Kültür B. improvisus kullanılan yöntem budur, muhtemelen, büyük ölçüde diğer deniz omurgasızlar ücretsiz-swimminglarvae ile de uygulanabilir. İletişim kuralları çeşitli dokularda diseksiyon için yetişkin yanı sıra yüksek kaliteli RNA gen ekspresyonu araştırmalar üretimini sunulmaktadır. Ayrıca açıklanan ne kadar kültürlü yetişkin ve yetiştirilen cyprids gen ekspresyonu dış faktörler ile ilgili olarak incelenmesi için Deneysel tasarımlar geniş bir dizi yararlı olabilir. Gen ifadesinde kültürlü kıskaç kullanımı mümkün osmoregulatory rolleri na+çalışmaları ile resimli /K+ ATPaz ve aquaporins.

B. improvisusyetişkin kıskaç kültür açıklanan yordamı ile haftalık larva nauplius dört toplu işlemleri kadar üretilebilir. Nauplius larvaları hemen hemen her gece toplamak mümkün olurdu, ama bu daha fazla kişi ve altyapı gerektirir (broodstock içinde birçok kıskaç ile bir kültür larva sürekli yayınlayacak). Larva üretim için ek bir sınırlayıcı faktör yem kaliteli, durumu özellikle diatom Skeletonemaile ilgili gibi görünüyor. Sonuna kadar her toplu kodlamayla sisteminden haftada 50. 000'nauplii kadar kültürlü böylece yaklaşık 12.000 nauplii oluşur. Ancak, birkaç hafta üretilen on kat daha az sayıda larva kadar olabilir. Tek bir yetişkin başına gün141-2 Yetişkin larva her toplu iş için yeniliyor anlamına gelir, ilâ 7,000 larva üretebilir. Bir hafta içinde toplanan nauplii yaklaşık % 70-90 yerleşim deneyleri ve Moleküler çalışmalar için kullanılabilir (kabaca 30.000 cyprids her hafta, sonuna kadar verimli) cyprids içine gelişecektir.
Bu cyprid Özellikler toplu işlemleri arasındaki farklılığı olan vurguladı ve genel olarak, daha büyük varyasyonları arasında gruplar içinde gruplar halinde daha vardır. Örneğin, yerleşim deneyleri dispersiyon başarısında 30 ve farklı toplu işlemler için % 70 arasında değişir. Büyük olasılıkla bu larvaların farklı örnekleme dönemleri sırasında serbest yetişkin belirli çiftleri arasındaki bireysel genetik varyasyon kaynaklanır. Bu tabii ki, Eğer sonuçları hakkında daha genel ifadeler yapılması için tekrarlanan deneyler (biyolojik çoğaltır) cyprids toplu işlemler bir dizi içermelidir tavsiye edilir. Toplu iş toplu iş değişim talepleri uygun denetimleri ve normalizations gen ifade çalışmalarda uygulanacağı yeri deneysel tasarım, koyar. Ancak, hatta birkaç istatistik normalleştirme prosedürler uygulandıktan sonra bu toplu iş iş arasında varyasyon önemli ölçüde azaltmak, bazı etkileri toplu genellikle hala belirgin (yayınlanmamış veri).
Sağlanan iletişim kuralı elde etmek, ortalama 500 mümkündür ng bakılmaksızın barnacle yerleşim (Tablo 1) aşaması olduğu kadar az 20 cyprids üzerinden yüksek kaliteli RNA'ın. RNA kalitesi genellikle (iki doruklarına beklenen konumunu Şekil 4' te belirtilir) 18S ve 28S tepeler arasındaki oran olarak ölçülür. Ancak, kıskaç ve birçok diğer eklembacaklılar, söz konusu olduğunda 28S rRNA (analiz yönteminin bir parçası) ısıtıldığında yıkar ve birlikte 18S tepe20geçirir. İşte, prensip olarak, bir tek rRNA tepe bu tür bir analiz için kıskaç bu yüzden. Bu bir homojenizasyon Seramik Boncuklar tarafından RNA ile en yüksek bütünlük sağlar ve olduğunu, bu nedenle, seçtiğiniz yöntemi bu testten (Şekil 4) açıktır. RNA ortalama 70 milyon okur (okuma, sayısı, tabii ki, nasıl yapılacağını sırasında çoğullama düzeyini bağlıdır) örnek başına sonuçlanan tutarı ve kalite için sıralama, yüksek kaliteli sıralama kitaplıkları oluşturmak için yeterlidir. RNA miktarı da cDNA sentezi ve qPCR ifade analizi çok sayıda gen için yeterlidir.
Şekil 5 aquaporins ve na+qPCR analizleri sonucu /K+ (NAK1) ATPaz değişik, splice gösterir nerede ifade değişiklik değişiklikler çevre ipuçları2,3' te araştırıldı. Uzun ve kısa göreli ifade karşılaştırılması splice değişik-in bir iki kat uzun NAK1 mRNA için artış ile ilgili olarak kısa NAK (Şekil 5A) düşük tuzluluk NAK1 gösterir. Böylece, verileri alternatif işlenim uzun formu düşük tuzluluk koşullar altında baskın yapar olduğunu gösterir. Aquaporins söz konusu olduğunda, iki su taşıma paralogs AQP1 ve AQP2 fark ifade (Şekil 5B) görüntülemek belirgindir. Özellikle, manto dokusunda belirgin AQP1 hangi AQP2 için görülmez önemli ölçüde daha düşük salinities aşağı düzenlenmiş olduğunu. Bunun yerine, AQP2 alt salinities at ama soma biraz artan ifade gösterir. Bu bulgular farklı fonksiyonel rolleri soruşturmalar için bir temel sağlar B. improvisus iyon taşıyıcılar ve barnacle ozmoregülasyon aquaporins.
<img alt="Deniz yaşam döngüsü diyagramı: DNA/RNA örneklemesi, nauplii'den cyprid'e yetiştirme, yetişkin yerleşim süreci." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig1.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> Resim 1 : Yordam ve RNA ayıklama yetişkin gen ifade araştırmaları bütün bakış. Yeni bir kültür başlatmak için panelleri bir çerçeveye bağlı ve denizin 1-3 m derinlik, dağıtılabilir. Birkaç hafta sonra yetişkin/gençlere panellerle dikey raflar laboratuvarda kasetlerine yerleştirilir. Her tepsisi yaklaşık 40 yetişkin panellerle taşıyabilir. Panel başına yaklaşık 100 yetişkin ile toplam ≈ tepsi 4.000 yetişkin bireyler kültürlenir. Yetişkin kıskaç Artemia ile beslenir ve tutulabilir yıl-çevresinde. Nauplius larva birkaç kez haftada bir bir elek ile filtreleme tepsileri üzerinden toplanır. Toplanan nauplii 26 ° c su banyosunda tutulur ve mikroalg ile beslenen bölümler için transfer edilir. Süzme yoluyla toplanan besleme cyprids içine tüy dökme kadar nauplii yetiştirilen. Yeni paneller cyprids paneller, ya yeni paneller için yıl sağlamak için yerleşme tarafından laboratuvar olarak kurulabilir-kültür çevresinde veya değiştirilmiş dış koşullara sahip belirli deneysel set-up için kullanılacak. RNA sonra genç/yetişkin deneme sonunda veya belirli zaman noktalarda üzerinden elde edilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/57825/57825fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Sucul filtrasyon deneyi; ekipman ve proses aşamaları; tortu ayırma kurulumu; araştırma." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig2.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> Resim 2 : Bazı önemli adımlar kodlamayla yordamdaki görüntülerini. (A) Bu görüntü gösterir yeni nüfus alandan toplamak için panelleri çerçevelerle. (B) Bu görüntü B. improvisus yetişkin kıskaç panellerle tepsilerde yerleştirilen raflar gösterir. Paneller yaklaşık 2 cm arayla yerleştirilir. (C) Bu görüntü ile yapışkan kardeşin tepsiler panelleri ve soldaki besleme tankı gösterir. Her tepsiden elekler nauplius larva toplamalarında yerleştirildiği bir çıkış vardır. (D) bu yem Artemia üretimi için yetişkin kıskaç gösterilir. (E) nauplii 26 ° C'ye ayarla bir su banyosu yerleştirilen kovalar yetiştirme bu görüntü gösterir <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/57825/57825fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Barnacle anatomi diyagramı; operküler plakalar, kabuk, gövde detayları; biyolojik çalışma." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig3.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> Şekil 3 : Yetişkin kıskaç ilk diseksiyon adımlardan açıklaması: vücut onun kabuğundan kaldırma. (A)bir forseps diyafram üzerinden yavaşça ekleyerek opercular plakaların kapmak. Plaka kaldırmak ve hayvan ortaya çıkarmak için yavaşça çekin. (B) hemen altında cirri soma bölümü kapma tarafından hayvan dışarı çekin. (C) Bu panel meşe palamudu kıskaç Genel anatomi gösterir. Vücut çekildiğinde manto ve potansiyel olarak döllenmiş yumurta (yumurtalık içinde) kabuk boşluğunda kal. Barnacle anatomisiyle ilgili bir not (daha ayrıntılı bir hesabı için bkz: Anderson)9: bir barnacle duvar plakaları içe doğru eğimlidir ve birlikte, onlar bir volkan gibi koni oluşturur. Bir açılış, diyafram, bir kapı veya diyafram kapatmak için operculum, oluşturan iki opercular tabak tarafından kaplıdır. Meşe palamudu kıskaç genellikle için terkedilemeyen sıkıca yapıştırılmış kalkerli bir bazal plaka var; Ancak, bazı türlerin kıskaç bu kalkerli plaka (Örneğin, S. balanoides) eksikliği. Kıskaç Koyu pigmentli manto (kabuk) üzerinden exoskeleton salgılar. Çift katmanlı manto dış yüzey süre manto iç yüzeyine değil kireçlenme ve bu nedenle esnek rijit, olmak kireçlenme. Diyafram içinde cirri retrakte bir konumda bulunur. Bu süspansiyon beslenmesi için kıskaç kullanmak torasik ekleri vardır. Testis içinde soma yalan ise yumurtalık barnacle Bankası yakın yer almaktadır. Bu rakam Panova vd. kabul edilmiştir 21 ve Springer izniyle yayınladı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/57825/57825fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Floresan zaman ve yoğunluk grafiği, emisyon tepe noktalarının veri analizi, spektroskopik çalışma." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig4.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> Şekil 4 : RRNA bütünlük kapiller jel elektroforez tarafından belirlenmesi. RNA iki farklı homojenizasyon yöntemine göre hazırlanmıştır:(a)sonication ve (B) Seramik Boncuklar. Y ekseni, FU, biriminde floresans birimleri için duruyor. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/57825/57825fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="NKA-L1/NAK-S ekspresyonu üzerindeki tuzluluk, pCO₂ etkilerini karşılaştıran çubuk grafikler; dokularda aquaporin ekspresyonu." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig5.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 5"> Şekil 5 : Gen ifadesi sonuçlar genlerin ozmoregülasyon içinde çok önemli iki farklı çalışmalar B. improvisus. (A) Bu panel gösterir fark ifade qPCR na+ek yeri versiyonlarının göre ölçülen /K+ ATPaz NAK1 çeşitli salinities ve pCO2 yanıt3düzeyleri. Düşük tuzluluk tedavisinde uzun izoformu (NAK1-L) ifadesi göreceli olarak kısa artırılır (ANOVA, P &lt; 0.001). (B) Bu panel aquaporins ifade sırasında çeşitli salinities2maruz kaldıkları B. improvisus erişkinlerde gösterir. qPCR göre aktin aquaporin ifade düzeylerini belirlemek için kullanıldı. Yetişkin bireyler 3 farklı salinities (3, 20 ve 33 güç kaynağı) 14 gün boyunca inkübe. İçin RNA hazırlık, soma, cirri ve yetişkin manto ayrı kaldık. Hem rakamlar hata çubukları standart sapma gösterir. ** Ve *** düzeyi ve önemi (ANOVA), belirtmek 0,01 ve 0,001, anılan sıraya göre. Bu rakamlar Lind vd. modifiye edilmiş 2 , 3. hem rakamlar PLoS bir izniyle yayınlanmaktadır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/57825/57825fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table fo:keep-together.within-page="1"><tbody>
<tr>
<td>Yerleşim faz</td>
			<td>Toplam RNA (ng) miktarı</td>
		</tr>
<tr>
<td>Ücretsiz yüzme</td>
			<td>512</td>
		</tr>
<tr>
<td>Keşif: Yakın arama</td>
			<td>518</td>
		</tr>
<tr>
<td>Ekli cyprid</td>
			<td>550</td>
		</tr>
<tr>
<td>Yeni çocuk başkalaşıma</td>
			<td>832</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: verimleri RNA'ın. Bu tablo farklı aşamalarında kapatma işlemi sırasında toplanan 20 cyprid bireyler takımlık bir RNA hazırlık seti ile çıkarılan RNA miktarı gösterir.

Balanus (Amphibalanus) improvisus barnacle ozmoregülasyon ve zehirli çalışmak için bir modeldir. Ancak, doğal mevsimlik yumurtlama cyprid larva öngörülemeyen bir kaynağı verir. Burada, larva üretimi dahil olmak üzere tüm yıl yuvarlak B. improvisus kültür için bir protokol anlatılan. Gen ifade çalışmalarda kültürlü kıskaç kullanımı gösterilmiştir.

Deniz bir Model - olarak Barnacle Balanus improvisus kültür ve gen ekspresyonu

Barnacles are marine crustaceans with a sessile adult and free-swimming, planktonic larvae. The barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus is particularly ...

Kültür tesisi, larva ekolojisi, biyolojik kirlenme ve evrimsel biyoloji ile ilgili temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Daha spesifik olarak, larva yerleşimi sırasında reseptör-ligand etkileşimleri, yeni zehirli boya teknolojilerinin geliştirilmesi ve osmoregülasyonda yer alan genlerin evrimi ve işlevi üzerine yapılan çalışmalarda kullanılabilir. Bu model organizmanın temel avantajı, midye Balanus doğaçlamasının sağlam olması, tüm yıl boyunca çoğalması ve nispeten kısa bir üretim süresine sahip olmasıdır.Bu yöntem, midyelerin kültürlenmesi hakkında fikir verebilse de, diğer deniz organizmalarının kültürlenmesine de uygulanabilir. Genel olarak, bu yönteme yeni olan kişiler, iyi deniz suyu temini, yüksek kaliteli yemlerin sağlam üretimi ve kültürlerin temizlenmesi ve beslenmesine sürekli katılım gibi başarı için önemli olan çok sayıda ayrıntı nedeniyle mücadele edeceklerdir. Prosedürü gösteren, midyelerle çalışan teknisyen ve araştırmacı Martin Ogemark ve Anna-Lisa Wrange olacak.Başlamak için, birkaç şeffaf termoplastik paneli tutabilen çerçeveler ayarlayın. Her panelin üst köşelerine iki delik açın ve panelleri çerçevelere bağlamak için kablo bağları kullanın. Yetişkin midyeleri toplamak için, panelleri sakin sularda bir ila üç metre derinlikte dikey olarak yerleştirin.Midyelerin yerleşmesine ve beş milimetre çapa kadar büyümesine izin verdikten sonra, panelleri laboratuvara getirin. Ardından panelleri bir polietilen tepside frezelenmiş olukları olan bir standa dikey olarak yerleştirin. İlk olarak, toksik olmayan, suya dayanıklı bant kullanarak, üstte açık bir küp oluşturmak için beş paneli birbirine bantlayın.Küpü küçük bir tepsiye koyun ve deniz suyu ile doldurun. Ardından, küpün üstüne yaklaşık 200 cyprid ekleyin. Her gün, yavru midyeleri 100 mililitre Skeletonema marinoi ile besleyin.İki ila üç hafta sonra, küpün panelleri en az beş milimetre çapında yerleşik yavrular içermelidir. Küpü ayırın ve panelleri akan deniz suyu ile tepsilere taşıyın. Artemia nauplii'yi hasat etmek için önce havalandırma pompasını kapatın ve şişeyi karartın, ardından şişenin alt kısmını 10 dakika aydınlatın.Yumurtadan çıkan Artemia nauplii ışığa doğru yüzecek. Yumurtadan çıkmamış kistler dibe çökerken, kist kabukları üste doğru yüzer. Alttaki kelepçeyi açın ve ara fraksiyonu yüzme Artemia nauplii'nin yoğun bir popülasyonu olarak toplayın.Panelleri yetişkin midyelerle temizlemek için, üzerlerine hafifçe tatlı su püskürtün ve yumuşak bir diş fırçasıyla kirlenmeyi giderin. Tepsileri midyesiz ve tüpleri sıcak tatlı su ile temizleyin. Ardından, taşma portu olan polietilen tepsiye bir elek yerleştirin.Gece boyunca elek içine yerleşen midye larvalarını toplayın. Daha sonra, mililitre başına 50.000 diatomluk bir yoğunluk oluşturmak için bir kovayı 20 litre filtrelenmiş deniz suyu ve bir litre diatom mikroalg karışımı ile doldurun. Önceden toplanan midye nauplii'yi kristalize bir kaba aktarın ve tabağı yandan aydınlatın.Daha sonra ışığa doğru yüzen nauplii'leri toplamak için bir pipet kullanın ve onları başka bir tabağa aktarın. Nauplii'yi saymak için bir litre filtrelenmiş deniz suyu içeren bir behere aktarın. Daha sonra, önceden hazırlanmış kovaya bir litre nauplii ekleyin.Üç gün sonra, midye nauplii'yi toplamak için 90 mikrometrelik bir elek kullanın, ardından kovayı temizleyin, filtrelenmiş deniz suyuyla doldurun ve yeni diatom beslemesi ve midye nauplii ekleyin. İki ila üç gün daha kuluçka döneminden sonra, erimemiş midye nauplii'yi Kıbrıslılardan ayırmak için 160 mikrometrelik bir eleğin üzerine 320 mikrometrelik bir elek kullanın. Mikroalg kültürü için dört adet dört litrelik şişe kurduktan sonra, şişeleri metrekare başına 50 ila 100 mikromol yoğunlukta ışığa yerleştirin.Kültürleri, beslenmek için kullanılacak kadar yoğun olduklarında hasat edin. İlk olarak, büyük bireyleri seçin ve diseksiyondan iki gün önce yiyecekleri durdurun. Ardından, midye kabuğunu bir diş fırçasıyla temizleyin ve çevrede bulunan diğer türlerden kaynaklanan kontaminasyonu en aza indirmek için suyla durulayın.Diseksiyon için düz bir yüzeye tek bir midye yerleştirin, ardından bir çift forsepsin ucunu tergal ve scutal plakalar arasına yerleştirin. Bir plakayı tutun ve çıkarmak için hafifçe çekin. Ardından, cirri'yi tutmak için forseps kullanın ve midyeyi düz bir şekilde dışarı çekin.Son olarak, disseke edilmiş midyeleri fiksasyon için doğrudan% 96 etanol veya RNA stabilize edici çözeltiye yerleştirin. Burada açıklanan protokolle, bir haftada dört partiye kadar midye nauplius larvası üretilebilir. Azami olarak, kültür sisteminden gelen her parti yaklaşık 12.000 nauplii'den oluşur, bu da haftada 50.000 nauplii'ye kadar kültürlenebileceği anlamına gelir.Bir hafta içinde, toplanan naupliilerin %70 ila 90'ı Kıbrıslılara dönüşecek ve haftada yaklaşık 30.000 Kıbrıs üretecektir. Ortalama 500 nanogram yüksek kaliteli RNA, yerleşim aşamasından bağımsız olarak en az 20 ayrı cyprid'den elde edildi. Midyelerde 28S rRNA ısıtıldığında parçalanır.Seramik boncuklarla homojenizasyon, RNA'ya en yüksek bütünlüğü sağlar, böylece midye ve eklembacaklı dokusunu işlemek için tercih edilen yöntem haline getirir. qPCR analizi kullanılarak, NAK1 mRNA'nın uzun varyantları için iki kat artış ve kısa NAK'a kıyasla düşük tuzluluk gözlendi. Bu, düşük tuzluluk koşulları altında uzun formun baskın olduğunu gösterdi.Midye kültüründe yer alan farklı adımlarda ustalaşmak için birkaç haftalık eğitim gereklidir. Bu prosedürü denerken, kültür iş akışının tüm adımlarında kontaminasyonu en aza indirmek özellikle önemlidir. Geliştirildikten sonra, bu kültür tekniği bize midye ekolojisi, fizyolojisi ve moleküler biyolojisi hakkında daha iyi bir anlayış kazandırmak için etkili olmuştur.Aynı zamanda, midye Balanus doğaçlamasını güçlü bir deniz modeli sistemine dönüştürmede önemli bir mihenk taşıdır.

the-barnacle-balanus-improvisus-as-marine-model-culturing-gene

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Amphipod Parhyale hawaiensis kabuklu embriyoloji ve karşılaştırmalı eklembacaklı gelişim ve evrim çalışmaları için umut verici bir model organizmadır. Bu protokol Parhyale erken bölünme evresindeki embriyolar, tek blastomerlerin elle çıkarılması için bir yöntem tarif eder.

Amphipod Crustacean Sekiz hücreli embriyolardan Tek Hücre Ablasyon<em&gt; Parhyale hawaiensis</em

Morphant embriyolar üretme yöntemleri gelişim düzenleyici mekanizmalarının ve gen ağları incelemek için gereklidir. Deniz yıldızı Patiria miniata bu çalışmalar için gelişmekte olan bir model sistem. Burada bir embriyo kültürleri, gamet elde üretmek için protokol ve bu türlerden zigot hızlı mikroenjeksiyon sunuyoruz.

Mikroenjeksiyonu Bir Yöntem Patiria Minata Zigotların

Biz Branchiostoma lanceolatum ve döllenmemiş oosit içine burada mRNA enjeksiyonundan sonra floresan proteinleri sağlam ve verimli bir ifade rapor. Bu bazal kordalısı içinde mikroenjeksiyon tekniği gelişimi, gelişmekte olan bu model sistemde teknik yenilikleri geniş kapsamlı vivo görüntüleme ve gen-spesifik manipülasyonlar dahil önünü açacak.

Floresan protein ifadesindeki Branchiostoma lanceolatum Döllenmemiş Oositlerinin içine mRNA Enjeksiyon

Bu protokolün amacı, kullanıcılara Lymnaea stagnalis embriyolarının ve larvalarının yüksek verimli dekapsülasyonu için bir dizi yöntem sağlamaktır.

A Whole Dağı<em&gt; In Situ</emGastropoda yumuşakça için&gt; Hibridizasyon Yöntemi<em&gt; Lymnaea stagnalis</em

Burada, bir model cnidarian anthozoan olan Starlet Sea Anemone Nematostella vectensis'te rejenerasyonun nasıl indükleneceğini ve izleneceğini gösteriyoruz.  Morfolojik bir evreleme sistemi kullanarak rejenerasyonun nasıl ampute edileceğini ve kategorize edileceğini gösteriyoruz ve bu sistemi polip yapılarının yenilenmesinde otofaji gereksinimini ortaya çıkarmak için kullanıyoruz.

Starlet Deniz Anemone Aboral physa Tam Polip Regeneration uyaran Nematostella vectensis

Bu iletişim kuralı, parafin içinde gömülü ve cam slaytlar kesitli yetişkin mercan örnekleri in situ hibridizasyon gerçekleştirileceği hedeftir. Bu bir RNA Anti-anlamda prob dokulara parafin katıştırılmış uzamsal ifade görselleştirmek için kullanılan bir nitel yöntemidir.

Situ Parafin gömülü yetişkin mercan örnekleri için hibridizasyon teknikleri

Bu protokolün amacı, embriyo ödün vermeden gastrasyon sırasında deniz anemone nematostella vectensis genotip etmektir.

Erken gelişim sırasında deniz anemon Genotipleme

Doliolidler, türleri Dolioletta gegenbauride dahil olmak üzere, dünya çapında üretken kıtaaltı raf sistemlerinde bulunan ekolojik önemi küçük jelatinimsi deniz zooplankton vardır. Bu hassas organizmaları kültüre çekmenin zorluğu araştırmalarını sınırlandırıyor. Bu çalışmada doliolid Dolioletta gegenbauri'nintoplanması, yetiştirilmesi ve bakımı için yetiştirme yaklaşımlarını açıklıyoruz.

Deneysel Çalışmalar için Deniz Pelajik Tunicate Dolioletta gegenbauri (Uljanin 1884) Yetiştiriciliği

Makale, gastropod Crepidula fornicata'nın larva kültürü için yöntemleri küçük hacimli laboratuvar ölçekli bir sistemde ve sahada konuşlandırılabilen bir ortam-deniz suyu mezokozm sisteminde sunmaktadır.

Terlik Limpeti (Crepidula fornicata) Larvalarının Laboratuvar ve Saha Kültürü

Bu çalışma, kistik fibroz akciğer ortamını yansıtan Pseudomonas aeruginosa gen ekspresyonunu değerlendirmek için bir agrega polimikrobiyal biyofilm modeli geliştirmek ve bir RNA ekstraksiyon protokolünü optimize etmek için bir çerçeveyi özetlemektedir. Uygulamalar, antimikrobiyal etkilerin değerlendirilmesini ve kistik fibroz ile ilgili koşullar altında antibiyotik alternatiflerinin çalışılmasını içerir.

Enfeksiyonla İlgili Gen Ekspresyonunu İncelemek için Kistik Fibroz Agregat Biyofilm Modeli

Bu çalışma, tatlı su elma salyangozu Pomacea canaliculata için stabil mutant hatların oluşturulması ve bakımı için bir iş akışı geliştirdi. Protokoller, zigotların toplanması, genom düzenlemesini teşvik etmek için CRISPR/Cas9 sistem bileşenleriyle mikroenjeksiyon, embriyoların ex ovo kültürü ve kontrollü çaprazlamalardan sonra genotipleme gibi konuları içerir.

Altın Elma Salyangozu Pomacea canaliculata: Zigotlardan Stabil Mutant Hatlara

Öğrenin Balanus improvisus kültürü ve gen ekspresyonu yöntemlerini deniz biyolojisi ve osmoregülasyon çalışmaları için. Haftada 50.000 nauplii üreterek yüksek kaliteli RNA elde edin ve antifouling araştırmalarında kullanın.

Deniz bir Model - olarak Barnacle Balanus improvisus kültür ve gen ekspresyonu

Daha fazla video keşfet