Name: Cyanobacterium Synechocystis Phycobiliprotein içeriğinde spektrofotometrik tayini (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-09-11T13:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Öğrenin, Synechocystis siyanobakterisinde spektrofotometri ile fikobiliprotein içeriğini nasıl tayin edeceğinizi. Bu yöntem, fikosiyanin ve allofikosiyanin miktarını güvenilir şekilde ölçmenizi sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Protokol bir önceki yayın11kabul edilmiştir. T. desteklenen Milli Eğitim Bakanlığı, gençlik ve spor ulusal sürdürülebilirlik programı içinde Çek Cumhuriyeti tarafından Z., ö. bölüm ve J. Č. ben (NPU ben), sayı LO1415 verin. J. Č. Ayrıca GA CR, Grant sayı 18-24397S tarafından desteklenmiştir. Erişim cihazları ve diğer özellikler için Çek araştırma altyapı sistemleri biyoloji C4SYS (proje yok LM2015055) tarafından desteklenmiştir. M. A. S. Rus Bilim Vakfı [No 14-14-00904] bir hibe tarafından desteklenmiştir.

1. Siyanobakteriler ekimi

<ol><li>Synechocystis hücreleri Erlenmeyer şişe veya &lt; 10 (17 mM HEPES10kullanarakÖrneğin,) pH korumak için arabelleğe alınan BG11 orta20 photobioreactors10,19 yetiştirmek. Not: Standart yetiştirme koşulları kontrollü bir sıcaklık gereklidir (genellikle, 30 ° C, en uygun sıcaklık 35 ° C olur)21, aydınlatma (tipik olarak, bir ışık bir yoğunluk en fazla 800 µmol [fotonlar] / [m2·s])21ve bir CO 2 kaynağı (400 mL düz panel photobioreactor CO2 konsantrasyonu doyurarak büyüme 1,700 ppm dir)21.</li>
	<li>Kültür yoğunluğu belirlemek için spectrophotometrically, 730 kültür optik yoğunluk ölçmek nm (OD730) alternatif olarak, bir ışık yolu 1 cm. ile bir küvet kullanarak otomatik bir hücre veya bir hemasitometre kullanarak bir mikroskop altında hücreleri saymak sayaç.</li>
</ol>2. numune hazırlama
<ol><li>Phycobiliprotein yıkımı önlemek için düşük olma altında çalışır.</li>
	<li>Hasat kültür süspansiyon güvenli kilit tüpler için 3 x 1 mL. Ölçüm Teknik hata tahmini için triplicates kullanın. Kültür örnekleme Steril koşullar altında gerçekleştirmek için laminer kukuIeta hücrelerde hasat ve uygun çalışma ve iş güvenliği uygulamaları izleyin.</li>
	<li>15.000 x g , laboratuvar sıcaklığında 5 dk. düzgün dengeli santrifüj rotor dikkat için hücreleri santrifüj kapasitesi. Santrifüjü sonra supernatants atın. Pelet bozmamaya dikkat edin.</li>
	<li>Örnekleri bir dolaba koydum. Uzun süreli depolama için örnekleri-80 ° C'de tutmak. Bu phycobiliprotein yıkımı önlemek gereklidir. Kısa süreli depolama için-20 ° C yeterli olur.</li>
	<li>Örnekleri gecede şeytanibir. Uygun bir freeze-drying işlem için-60 ° C altında donma kurutma makinesi kondansatör sıcaklığı tutmak ve donma kurutma makinesi basıncı Oda yaklaşık 1 inç.</li>
	<li>Freeze-drying döngüsü bittikten sonra en kısa zamanda su hava emiliminin önlemek için tüp kapatın.</li>
</ol>3. hücre homojenizasyon ve pigmentler çıkarma
<ol><li>Her örnek tüp için dört adet cam boncuk (2 mm çaplı) ekleyin ve tüpler kapatın. Not: homojenizasyon için kullanılan güvenli kilit tüp kapak çok ince olduğunda, homojenizasyon sırasında zarar verebilir; Bu nedenle, yalnızca güvenli kilit tüpler güçlü kapakları ile bu iletişim kuralı için tavsiye edilir.</li>
	<li>15 cam boncuk örnekleriyle homojenize laboratuvar sıcaklığında bir homogenizer s. Not: Düzgün homojenize bir örnek güvenli kilit tüpler bütün iç yüzeyi üzerine yayılır.</li>
	<li>PBS arabellek (pH 7,4), 1 ile 4 ° C arasında phycobiliproteins ayıklamak için örnekleri için precooled mL ekleyin. Not: Bu adımından örnekleri ayıklanan protein yıkımı önlemek için buz üzerinde tutun. Bu çok önemlidir.</li>
	<li>Örnekleri PBS ile 5 için karıştırın, laboratuvar sıcaklığında homogenizer s. Not: karıştırma sonra yeşilimsi örneklerindendir.</li>
	<li>Karıştırma sonra buz 60 dk. kapak örnekleri buz banyosu pigmentler yıkımı önlemek için bir kapak ile tutun.</li>
	<li>Phycobiliprotein ekstraksiyon 60 dk sonra santrifüj kapasitesi 15.000 x g 5 dk. düzgün santrifüj rotor dengelemek için dikkat 4 ° C'de de örnekleri. Not: Santrifüjü sonra Camgöbeği mavi renk süpernatant vardır.</li>
</ol>4. Phycobiliprotein miktar
<ol><li>Spektrofotometrik ölçüm önce PBS arabellek boş bir parola kullanarak temel spektrofotometre kalibre.</li>
	<li>Spektrofotometre kalibre edilmiş, PBS üzerinden bir spektrofotometre küvet atmak ve süpernatant ile atılan arabelleği ile yerine ayıklanan phycobiliproteins pipette.</li>
	<li>Phycobiliprotein toplama spectrophotometrically, 0,5 yarık genişliğini kullanarak ölçmek nm.<ol>
<li>Phycocyanin ve allophycocyanin karşı PBS arabellek 615 boş phycocyanobilins absorbans ölçmek nm (bir615) ve 652 nm (bir652), sırasıyla ve 720, hücresel enkaz absorbans ölçmek nm (bir720).</li>
		<li>Konsantrasyon phycocyanin ve allophycocyanin denklemler göre (1) ve (2), Bennett ve Bogorad12Hesapla: <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/58076/58076eq1.jpg"> <img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/58076/58076eq2.jpg"> Not:615,652ve bir720 spektrofotometre doğrusal absorbans aralığına uygun olmalıdır. Gerekirse, PBS arabellek örnekle oranında seyreltin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Orijinal örnekleri pigment konsantrasyon yeniden hesaplayın. Pigment konsantrasyon örnek denklemler (1) ve (2) kültürünün 1 mL ve 1 mL ayıklama arabellek analizi için kullanılır sonuçları ile doğrudan karşılık gelir. Siyanobakteriler örnekleri ve/veya PBS arabellek farklı birimleri kullanma durumunda, son pigment konsantrasyon Denklem (3) göre hesaplanması gereken: <img alt="Equation 3" src="/files/ftp_upload/58076/58076eq3.jpg">(3) Not: hücre Kuru ağırlık başına normalize bir phycobiliprotein içerik durumunda son pigment konsantrasyon Denklem (4) göre hesaplanması gereken<img alt="Equation 4" src="/files/ftp_upload/58076/58076eq4.jpg"> (4)</li>
</ol>5. (isteğe bağlı) hücre Kuru ağırlık tespiti
<ol><li>Üç boş kasa-kilit tüpler analitik bakiyelere tartın. Dikkat: Kasa kilidi tüpler kuru önemlidir. Tüpler bir ıslak ortamda saklanması durumunda, tüpler bir dondurma onları ağırlığında önce kurutma makinesi birkaç saat kuru. Tüpler yavaşça işlemek ve malzeme ve araştırmacı parmaklar arasında herhangi bir temas önlemek için yalnızca Pudrasız eldivenli elleri olan. Tüm sahipleri tutmak ve temiz herhangi bir malzeme transfer tüpler için önlemek için santrifüj kapasitesi.</li>
	<li>Örnek 15-mL konik tüp kültür süspansiyon 1 x 15 mL.</li>
	<li>Kültür süspansiyon içeren her 15 mL su üç ek 15 mL konik tüpler, 4.000 x g laboratuvar sıcaklık 10 dk. denge santrifüj rotor için de 15 mL konik tüpler santrifüj kapasitesi. Santrifüjü sonra 12 mL süpernatant atmak.</li>
	<li>Pelet kalan süpernatant içinde resuspend ve 3 x 1 mL karışımı üç 1.5 mL güvenli kilit tüpler bir pipet ile aktarın. Pelet artıklardan 15 mL konik tüp içinde kalması durumunda, konik Tüp, girdap veya kalan resuspend için tüp cips ve 3 x 0.5 mL karışımı üç 1.5 mL güvenli kilit tüpler (zaten containi aktarmak sallamak için 1,5 mL deiyonize su ekle NG Pelet 3 x 1 mL) ile bir pipet. Not: Pelet üç 1.5 mL güvenli kilit tüpler üzerinde bölme Kuru ağırlık ölçü herhangi bir teknik hata tahmin sağlayacaktır.</li>
	<li>1.5 mL güvenli kilit tüpler 15.000 x g , laboratuvar sıcaklığında 5 dk. denge için de hücrelerde 1 mL su içeren ek bir 1.5 mL güvenli kilit tüp ile santrifüj rotor santrifüj kapasitesi. Santrifüjü sonra supernatants atın.</li>
	<li>Örnekleri dondurucuya koydum. Uzun süreli depolama için örnekleri-80 ° C'de tutun; kısa vadeli depolamak için-20 ° C yeterli olur.</li>
	<li>Örnekleri gecede şeytanibir. Uygun bir freeze-drying işlem için donma kurutma makinesi kondansatör-90 ° C'den sıcaklığı tutmak ve donma kurutma makinesi basıncı Oda yaklaşık 1 inç.</li>
	<li>Dağılması sonra tüpler kapatın ve örnekleri analitik bakiyelere tartın. Not: Kuru ağırlık değeri hücre Kuru ağırlık başına phycobiliprotein içerik normalleştirme için kullanılabilir.</li>
</ol>

<ol><li>Mimuro, M., Kikuchi, H. Antenna Systems and Energy Transfer in Cyanophyta and Rhodophyta. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMimuro%2C+M+%22Light-Harvesting+Antennas+in+Photosynthesis%22">Light-Harvesting Antennas in Photosynthesis</a>. Green, B. R., Parson, W. W. , Springer. Dordrecht, The Netherlands. 281-306 (2003).</li>
<li>Spear-bernstein, L., Miller, K. R. <a target="_blank" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.1529-8817.1989.tb00245.x">Unique location of the phycobiliprotein light-harvesting pigment in the Cryptophyceae.</a> Journal of Phycology. 25 (3), 412-419 (1989).</li>
<li>Kirst, H., Formighieri, C., Melis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maximizing+photosynthetic+efficiency+and+culture+productivity+in+cyanobacteria+upon+minimizing+the+phycobilisome+light-harvesting+antenna+size%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimica+et+Biophysica+Acta+-+Bioenergetics%22%5BJournal%5D)">Maximizing photosynthetic efficiency and culture productivity in cyanobacteria upon minimizing the phycobilisome light-harvesting antenna size.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics. 1837 (10), 1653-1664 (2014).</li>
<li>Page, L. E., Liberton, M., Pakrasi, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reduction+of+photoautotrophic+productivity+in+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC+6803+by+phycobilisome+antenna+truncation%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Reduction of photoautotrophic productivity in the cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC 6803 by phycobilisome antenna truncation.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78 (17), 6349-6351 (2012).</li>
<li>Sonani, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+production%2C+purification+and+applications+of+phycobiliproteins%5BTitle%5D)+AND+%22World+Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Recent advances in production, purification and applications of phycobiliproteins.</a> World Journal of Biological Chemistry. 7 (1), 100(2016).</li>
<li>Bryant, D. A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBryant%2C+DA+%22The+Molecular+Biology+of+Cyanobacteria%22">The Molecular Biology of Cyanobacteria</a>. , Springer Netherlands. Dordrecht, The Netherlands. (1994).</li>
<li>Kaneko, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequence+analysis+of+the+genome+of+the+unicellular+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC6803.+I.+Sequence+features+in+the+1+Mb+region+from+map+positions+64%25+to+92%25+of+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Research%22%5BJournal%5D)">Sequence analysis of the genome of the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC6803. I. Sequence features in the 1 Mb region from map positions 64% to 92% of the genome.</a> DNA Research. 2, 191-198 (1995).</li>
<li>Kaneko, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequence+analysis+of+the+genome+of+the+unicellular+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC6803.+II.+Sequence+determination+of+the+entire+genome+and+assignment+of+potential+protein-coding+regions%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Research%22%5BJournal%5D)">Sequence analysis of the genome of the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC6803. II. Sequence determination of the entire genome and assignment of potential protein-coding regions.</a> DNA Research. 3, 109-136 (1996).</li>
<li>Grigorieva, G., Shestakov, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transformation+in+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp+6803%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Letters%22%5BJournal%5D)">Transformation in the cyanobacterium Synechocystis sp 6803.</a> FEMS Microbiology Letters. 13 (4), 367-370 (1982).</li>
<li>Zavřel, T., Sinetova, M. A., Búzová, D., Literáková, P., Červený, J. <a target="_blank" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/elsc.201300165">Characterization of a model cyanobacterium Synechocystis sp: PCC 6803 autotrophic growth in a flat-panel photobioreactor.</a> Engineering in Life Sciences. 15 (1), (2015).</li>
<li>Zavřel, T., Očenášová, P., Červený, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phenotypic+characterization+of+Synechocystis+sp.+PCC+6803+substrains+reveals+differences+in+sensitivity+to+abiotic+stress%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Phenotypic characterization of Synechocystis sp. PCC 6803 substrains reveals differences in sensitivity to abiotic stress.</a> PLoS One. 12 (12), e0189130(2017).</li>
<li>Bennett, A., Bogorad, L. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/4199659">Complementary chromatic adaption in a filamentous blue-green alga.</a> The Journal of Cell Biology. 58, 419-435 (1973).</li>
<li>Lüder, U. H., Knoetzel, J., Wiencke, C. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s003000100260">Acclimation of photosynthesis and pigments to seasonally changing light conditions in the endemic antarctic red macroalga Palmaria decipiens.</a> Polar Biology. 24 (8), 598-603 (2001).</li>
<li>Evans, L. V. The effects of spectral composition and irradiance level on pigment levels in seaweeds. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aEvans%2C+LV+%22Experimental+Phycology%3A+A+Laboratory+Manual%22">Experimental Phycology: A Laboratory Manual</a>. Lobban, C. S., Chapman, D. J., Kremer, B. P. , Cambridge University Press. Cambridge, New York, New Rochelle, Melbourne, Sydney. 123-133 (1988).</li>
<li>Sampath-Wiley, P., Neefus, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+method+for+estimating+R-phycoerythrin+and+R-phycocyanin+contents+from+crude+aqueous+extracts+of+Porphyra+%28Bangiales%2C+Rhodophyta%29%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+Phycology%22%5BJournal%5D)">An improved method for estimating R-phycoerythrin and R-phycocyanin contents from crude aqueous extracts of Porphyra (Bangiales, Rhodophyta).</a> Journal of Applied Phycology. 19 (2), 123-129 (2007).</li>
<li>Chung, Y. H., Park, Y. M., Moon, Y. J., Lee, E. M., Choi, J. S. <a target="_blank" href="https://www.semanticscholar.org/paper/Photokinesis-of-Cyanobacterium-Synechocystis-sp-.-Chung-Park/b66f59879db22c4e15684819fb355a59668aee11">Photokinesis of Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Journal of Photoscience. 11 (3), 89-94 (2004).</li>
<li>Sun, L., et al. Phycobilisomes from Cyanobacteria. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSun%2C+L+%22Handbook+on+Cyanobacteria%3A+Biochemistry%2C+Biotechnology+and+Applications%22">Handbook on Cyanobacteria: Biochemistry, Biotechnology and Applications</a>. Gault, P. M., Marler, H. J. , Nova Science Publishers, Inc. New York, NY. 105-160 (2009).</li>
<li>Six, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+and+evolution+of+phycobilisomes+in+marine+Synechococcus+spp.%3A+A+comparative+genomics+study%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Diversity and evolution of phycobilisomes in marine Synechococcus spp.: A comparative genomics study.</a> Genome Biology. 8 (12), (2007).</li>
<li>Sinetova, M. A., Červený, J., Zavřel, T., Nedbal, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+dynamics+and+constraints+of+batch+culture+growth+of+the+cyanobacterium+Cyanothece+sp.+ATCC+51142%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">On the dynamics and constraints of batch culture growth of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142.</a> Journal of Biotechnology. 162 (1), (2012).</li>
<li>Stanier, R. Y., Kunisawa, R., Mandel, M., Cohen-Bazire, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification+and+properties+of+unicellular+blue-green+algae+%28order+Chroococcales%29%5BTitle%5D)+AND+%22Bacteriological+Reviews%22%5BJournal%5D)">Purification and properties of unicellular blue-green algae (order Chroococcales).</a> Bacteriological Reviews. 35 (2), 171-205 (1971).</li>
<li>Zavřel, T., Sinetova, M. A., Búzová, D., Literáková, P., Červený, J. <a target="_blank" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/elsc.201300165">Characterization of a model cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 autotrophic growth in a flat-panel photobioreactor.</a> Engineering in Life Sciences. 15 (1), 122-132 (2015).</li>
<li>Hemlata, G., Fareha, B. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/287176545_Studies_on_Anabaena_sp_NCCU-9_with_special_reference_to_phycocyanin">Studies on Anabaena sp. nccu-9 with special reference to phycocyanin.</a> Journal of Algal Biomass Utilization. 2 (1), 30-51 (2011).</li>
<li>Rito-Palomares, M., Nuez, L., Amador, D. <a target="_blank" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jctb.507">Practical application of aqueous two-phase systems for the development of a prototype process for c-phycocyanin recovery from Spirulina maxima.</a> Journal of Chemical Technology & Biotechnology. 76 (12), 1273-1280 (2001).</li>
<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selenium-Containing+Allophycocyanin+Purified+from+Selenium-Enriched+Spirulina+platensis+Attenuates+AAPH-Induced+Oxidative+Stress+in+Human+Erythrocytes+through+Inhibition+of+ROS+Generation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Agricultural+and+Food+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Selenium-Containing Allophycocyanin Purified from Selenium-Enriched Spirulina platensis Attenuates AAPH-Induced Oxidative Stress in Human Erythrocytes through Inhibition of ROS Generation.</a> Journal of Agricultural and Food Chemistry. 59 (16), 8683-8690 (2011).</li>
<li>Nedbal, L., Trtílek, M., Cervený, J., Komárek, O., Pakrasi, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+photobioreactor+system+for+precision+cultivation+of+photoautotrophic+microorganisms+and+for+high-content+analysis+of+suspension+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+and+Bioengineering%22%5BJournal%5D)">A photobioreactor system for precision cultivation of photoautotrophic microorganisms and for high-content analysis of suspension dynamics.</a> Biotechnology and Bioengineering. 100 (5), 902-910 (2008).</li>
<li>Zavřel, T., Knoop, H., Steuer, R., Jones, P. R., Červený, J., Trtílek, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+quantitative+evaluation+of+ethylene+production+in+the+recombinant+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+PCC+6803+harboring+the+ethylene-forming+enzyme+by+membrane+inlet+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Bioresource+Technology%22%5BJournal%5D)">A quantitative evaluation of ethylene production in the recombinant cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 harboring the ethylene-forming enzyme by membrane inlet mass spectrometry.</a> Bioresource Technology. 202, 142-151 (2016).</li>
<li>Smith, P. K., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3843705">Measurement of protein using bicinchoninic acid.</a> Analytical Biochemistry. 150 (1), 76-85 (1985).</li>
<li>Lawrenz, E., Fedewa, E. J., Richardson, T. L. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s10811-010-9600-0">Extraction protocols for the quantification of phycobilins in aqueous phytoplankton extracts.</a> Journal of Applied Phycology. 23 (5), 865-871 (2011).</li>
<li>Lea-Smith, D. J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24760817">Phycobilisome-Deficient Strains of Synechocystis sp. PCC 6803 Have Reduced Size and Require Carbon-Limiting Conditions to Exhibit Enhanced Productivity.</a> Plant Physiology. 165 (2), 705-714 (2014).</li>
<li>Seo, Y. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isolation+of+phycocyanin+from+Spirulina+platensis+associated+with+high-pressure+extraction+process%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">Stable isolation of phycocyanin from Spirulina platensis associated with high-pressure extraction process.</a> International Journal of Molecular Sciences. 14 (1), 1778-1787 (2013).</li>
<li>Touloupakis, E., Cicchi, B., Torzillo, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+bioenergetic+assessment+of+photosynthetic+growth+of+Synechocystis+sp.+PCC+6803+in+continuous+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+for+Biofuels%22%5BJournal%5D)">A bioenergetic assessment of photosynthetic growth of Synechocystis sp. PCC 6803 in continuous cultures.</a> Biotechnology for Biofuels. 8 (1), 133(2015).</li>
<li>Touloupakis, E., Cicchi, B., Benavides, A. M. S., Torzillo, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+high+pH+on+growth+of+Synechocystis+sp.+PCC+6803+cultures+and+their+contamination+by+golden+algae+%28Poterioochromonas+sp.%29%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Microbiology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Effect of high pH on growth of Synechocystis sp. PCC 6803 cultures and their contamination by golden algae (Poterioochromonas sp.).</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 100 (3), 1333-1341 (2016).</li>
<li>Ishii, A., Hihara, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+AbrB-Like+Transcriptional+Regulator%2C+Sll0822%2C+Is+Essential+for+the+Activation+of+Nitrogen-Regulated+Genes+in+Synechocystis+sp.+PCC+6803%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiology%22%5BJournal%5D)">An AbrB-Like Transcriptional Regulator, Sll0822, Is Essential for the Activation of Nitrogen-Regulated Genes in Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Plant Physiology. 148 (1), 660-670 (2008).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Bu iletişim kuralı modeli cyanobacterium Synechocystisiçeriğinde phycobiliprotein miktar için basit, hızlı ve tekrarlanabilir yöntemi açıklar. Hücre homojenizasyon, protein çıkarma ve phycocyanin ve allophycocyanin miktar birkaç yöntem karşılaştırılır ve son iletişim kuralı tek her yordam en iyi adımlardan bir birleşimini temsil eder. Temsilcisi veri phycobiliproteins içeriğini ışık şiddeti artan altında Synechocystis hücrelerdeki sayısal. Labaratuar donanımları daha önce yayımlanmış yöntemleri<sup clas...

fPhycobiliproteins prokaryotik Siyanobakteriler (Cyanophyta) ışık-hasat anten ve birçok ökaryotik takson (Glaucophyta, Rhodophyta ana bileşenlerini temsil suda çözünen pigment-protein kompleksleri vardır ve Cryptophyta)1. Bunlar esas supramolecular kompleksleri phycobilisomes denilen ortaya ve fotosentetik membran yüzeyine stromal tarafında, Cryptophytanereye phycobiliproteins lokalize dışında genellikle takıldıkları thylakoid lümen2. Phycobiliproteins dört tür tarihine kadar tespit edilmiştir: çekirdek allophycocyanin ve periferik phycocyanin, phycoerythrin ve phycoerythrocyanin1. Işık-hasat ana kompleksler, phycobilisomes yosun ve Siyanobakteriler kitle kültürü verimlilik çok önemli faktörlerden biri temsil eder. O phycobilisomes kesme biyokütle birikimi güçlü ışık3altında geliştirebilirsiniz kanıtlanmıştır. Öte yandan, mütevazı veya düşük olma altında büyüme oranları ve biyokütle birikimi azaltma3,4anten kesme sonuçlandı. Phycobiliproteins ticari olarak yiyecek renklendirici, eczacılık ve kozmetik sanayi, gıda katkı maddeleri ve floresan olarak kullanılan probları akış sitometresi, floresan uzun ve floresan mikroskopi5uygulamaları ile.
Bu iletişim kuralı modeli cyanobacterium Synechocystisphycobiliproteins kantitatif tayin odaklanır. Siyanobakteriler temel erken fotosentetik Ototrofların vardır; Onlar Dünya'nın biyosfer 2.4 milyar yıl6' dan daha fazla bilgi için oluşturmuşlardır. Onlar azot, karbon, oksijen ve diğer öğeleri global biyojeokimyasal döngüleri çok önemli bir rol oynamaktadır. Siyanobakteriler arasında tek hücreli zorlanma tüm genomu ile ilk cyanobacterium olduğu benzersiz bir konum elde Synechocystis 7,8sıralı, eksojen DNA9tarafından doğal olarak transformable ve nispeten hızlı ve istikrarlı büyüme10,11gerçekleştirir. Synechocystis, çekirdek anten bileşeni allophycocyanin, integral membran proteinlerinin ile ilişkili ve ekli phycocyanin thylakoid membran çevre üzerinde yer alır.
Phycobiliprotein ayıklama ve miktar için birkaç yöntem bu protokolde karşılaştırılır. Son çıkarma yordamı başarıyla Synechocystisyanı sıra Cyanothece sp., Synechococcuselongatus, Spirulina sp., Arthrospira de dahil olmak üzere diğer Siyanobakteriler suşları için uygulandı SP.ve Nostoc sp. ve de başarıyla uygulanma kırmızı alg Porphyridium cruentum. Bu nedenle, bu protokol için geliştirilen Yöntem phycobiliprotein çıkarılması için evrensel bir yöntem olarak kabul edilebilir. Birkaç test ayıklama yöntemi daha yüksek toplam protein verimleri sonuçlandı olsa bile, klorofil bir kalıntı en düşük içeriği ile birlikte en yüksek phycobiliprotein verimleri sağlanan burada açıklanan çıkarma yordamı phycobiliprotein ayıklayın. Klorofil bir içeriğini azaltmak doğru phycocyanin ve allophycocyanin spektrofotometrik miktar için gerekli.
Phycobiliprotein emme spectra önemli ölçüde çeşitli yosun ve Siyanobakteriler türler12,13,14,15,16,17 arasında farklılık gösterir ve hatta bir tek Siyanobakteriler cins18çeşitli suşları arasında. Bu nedenle, belirli dalga boylarında ve phycocyanin ve Synechocystis allophycocyanin tespiti için kullanılan gibi emme katsayıları genellikle diğer suşları için uygun değildir. Ayrıca, Synechocystis phycoerythrin ve bazı diğer algler ve Siyanobakteriler bulunan phycoerythrocyanin içermiyor. Suşları Synechocystisdışında phycobiliproteins belirlenmesi amacıyla spektrofotometrik denklemler her zorlanma için ayrı ayrı değerlendirmeniz önerilir.
Protokol (hücresel granül ve 1 saatlik protein çıkarma gecede dağılması) iki uzun adımlar içerse de, phycobiliproteins miktar toplam çalışma zamanı 2 saatten daha uzun geldi.

<table><tbody><tr><td>PCC 6803</td><td>Institut Pasteur, Paris, Fransa</td><td>6803</td><td>Siyanobakteri suşu</td></tr><tr><td>Roti-CELL PBS</td><td>Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Almanya</td><td>9143.1</td><td>Fosfat Tamponlu Salin (PBS) çözeltisi, pH 7.4</td></tr><tr><td>Eppendorf güvenli kilitli tüpler ve nbsp;</td><td>Eppendorf, Hamburk, Almanya</td><td>30120086</td><td>Kilitli tüpler 1,5 ml</td></tr><tr><td>VWR 80'li Depolama Sistemi</td><td>VWR International, Radnor, Pensilvanya, ABD</td><td>30128-282</td><td>Güvenli kilitli tüpler için tutucu</td></tr><tr><td>RAININ 100 ve mikro; L -1000 ve mikro; l&nbsp;</td><td>Mettler-Toledo, Columbus, Ohio, ABD</td><td>17014382</td><td>Pipet</td></tr><tr><td>GP-LTS-A-1000&micro; L-/F-768/8</td><td>Mettler-Toledo, Columbus, Ohio, ABD</td><td>30389272</td><td>Pipet uçları</td></tr><tr><td>Rotina 420R</td><td>Hettich, Kirchlengern, Almanya</td><td>4701</td><td>1,5 ml kilitli tüpler ve 15 ml konik santrifüj tüpleri için soğutmalı santrifüj</td></tr><tr><td>LCexv 4010</td><td>Liebherr, Bulle, İsviçre</td><td></td><td>9005382197172 Buzdolabı ve dondurucu -20&nbsp; &deg; C</td></tr><tr><td>Revco ExF -86 derece; C Dik Ultra Düşük Sıcaklık Dondurucu</td><td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, Massachusetts, ABD</td><td>EXF24086V&nbsp;</td><td>Dondurucu -80&nbsp; &deg; C</td></tr><tr><td>CoolSafe</td><td>LaboGene, Liller&oslash; d, Danimarka</td><td>7.001.000.615</td><td>Dondurarak kurutucu&nbsp;</td></tr><tr><td>UV-2600</td><td>Shimadzu, Kyoto, Japonya</td><td>UV-2600</td><td>Spektrofotometre&nbsp;</td></tr><tr><td>Hellma absorpsiyon küvetleri, yarı Micro</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, ABD</td><td>Z600288&nbsp;</td><td>VIS/UV-VIS yarı mikro küvetler 0.75-1.5 ml, spektral aralık 200-2500 nm&nbsp;</td></tr><tr><td>Silamat S6</td><td>Ivoclar Vivadent, Schaan, Lihtenştayn</td><td>602286WU</td><td>Homojenizatör&nbsp;</td></tr><tr><td>Masif cam boncuklar</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, ABD</td><td>Z273627</td><td>Çapı 2&nbsp; mm</td></tr><tr><td>CPA225D-0CE</td><td>Sartorius AG, G&ouml; ttingen, Almanya</td><td>SECURA225D-1OBR</td><td></td></tr><tr><td>Spirulina sp.&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, ABD</td><td>P2172</td><td>Phycocyanin standardı</td></tr><tr><td>Allofikosiyanin</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, ABD</td><td>A7472</td><td>Allofikosiyanin standardı</td></tr><tr><td>Bikinkoninik Asit Kiti ve nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, ABD</td><td>BCA1, B9643</td><td>Toplam protein tayini için komple kit</td></tr><tr><td>AlgaeTron&nbsp;</td><td>Foton Sistem Aletleri Ltd., Dr&aacute; sov, Çek Cumhuriyeti</td><td>AG 130-ECO&nbsp;</td><td>Kontrol edilebilir ışık ve atmosfere sahip E. şişeleri için yetiştirme odası</td></tr><tr><td>Fotobiyoreaktör</td><td>Foton Sistemi Aletleri Ltd., Dr&aacute; sov, Çek Cumhuriyeti</td><td>FMT-150</td><td>Tamamen kontrol edilebilir ortam ile siyanobakteriler ve algler için yetiştirme ekipmanları</td></tr><tr><td>Selometre&nbsp;</td><td>Nexcelom Bioscience, Lawrence, Massachusetts, ABD</td><td>Otomatik M10</td><td>Hücre sayacı</td></tr><tr><td>Corning 15 mL santrifüj tüpleri</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, ABD</td><td>CLS430791&nbsp;</td><td>Kuru ağırlık örneklemesi için 15 ml Santrifüj tüpü</td></tr><tr><td>Herasafe KS</td><td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, Massachusetts, ABD</td><td>51024579</td><td>Laminer akış başlığı</td></tr></tbody></table>

cyanobacterium synechocystis phycobiliprotein içeriğinde spektrofotometrik tayini

Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis

Bu modeli cyanobacterium Synechocystisiçeriğinde phycobiliprotein kantitatif tayini için basit bir protokoldür. Phycobiliproteins phycobilisomes, büyük ışık-hasat anten Siyanobakteriler içinde en önemli bileşenleri ve birkaç yosun özellikleri vardır. Synechocystis phycobilisomes iki phycobiliproteins içerir: phycocyanin ve allophycocyanin. Bu iletişim kuralı, verimli, basit ve güvenilir yöntem phycocyanin ve allophycocyanin bu modeli cyanobacterium yılında niceliksel belirlenmesi için açıklar. Biz phycobiliprotein çıkarma ve spektrofotometrik miktar birkaç yöntem göre. Bu protokol için açıklandığı gibi çıkarma yordamı Cyanothece sp., Synechococcuselongatus, Spirulina sp., Arthrospira sp., gibi diğer Siyanobakteriler suşları için de başarıyla uygulandı ve Nostoc sp., de kırmızı alg Porphyridium cruentumolarak. Ancak, çeşitli özellikleri üzerinden belirli phycobiliproteins tükenme katsayıları farklı olabilir ve bu nedenle, tek tek tek her zorlanma için spektrofotometrik miktar yöntemi doğrulamak için tavsiye edilir. Protokol az zaman gerektirir ve yalnızca standart donanım gerektirir beri herhangi bir standart yaşam bilim laboratuarında gerçekleştirilebilir.

İlk yöntem sınavlara Erlenmeyer şişe üzerinde bir shaker kültürlerde toplu olarak ekili Synechocystis (17 mM HEPES ile desteklenmiş) BG11 ekimi orta-20 dakika 50 µmol (fotonlar) bir yoğunluk sıcak bir beyaz ışık altında 25 ° C / (m 2·s) ve kodlamayla atmosferde % 1 CO2 . Ekimi sırasında kültür güvenli kilit tüpler için örnek ve (15.000 x g 5 min için laboratuvar sıcaklığında) centrifuged, süpernatant atıldı ve örnekleri ya-80...

Burada, kantitatif spektrofotometrik yöntemle Synechocystis cyanobacterium phycobiliprotein içeriğini belirlemek için bir iletişim kuralı mevcut. Çıkarma yordamı diğer Siyanobakteriler ve yosun suşları için de başarıyla uygulandı; Ancak, pigment soğurma spektrumları farklılığı nedeniyle, tek tek her zorlanma için spektrofotometrik denklemler test gereklidir.

Cyanobacterium Synechocystis Phycobiliprotein içeriğinde spektrofotometrik tayini

This is a simple protocol for the quantitative determination of phycobiliprotein content in the model cyanobacterium Synechocystis. Phycobiliproteins are ...

Bu protokolün genel amacı, spektrofotometrik bir yöntem kullanarak model siyanobakteri Synechocystis'teki fikobiliprotein içeriğini kantitatif olarak belirlemektir. Fikobiliproteinler, prokaryotik siyanobakterilerde ve birkaç ökaryotik alg grubunda ışık hasat antenlerinin ana bileşenlerini temsil eden suda çözünür pigment-protein kompleksleridir. Ana ışık toplama kompleksleri oldukları için, fikobiliproteinler, alg ve siyanobakteri verimliliğini belirleyen en önemli faktörlerden birini temsil eder.Synechocystis, dünya çapında yüzlerce laboratuvarda kullanılan model bir siyanobakteridir. Synechocystis, fikosiyanin ve allofikosiyanin olmak üzere iki fikobiliprotein içerir. Bu protokol, bu küf suşundaki her iki fikobiliproteinin kantitatif tayini için basit, verimli ve güvenilir yöntemi açıklar.Fikobiliproteinlerin ekstraksiyonu ve spektrofotometrik miktar tayini olmak üzere çeşitli yöntemleri karşılaştırdık. Fikobiliproteinlerin absorpsiyon spektrumları farklı suşlar arasında değişebileceğinden, miktar belirleme yönteminin her bir suş için test edilmesi gerekir. Fikobiliprotein ekstraksiyonunun başlangıcında, bir mililitre siyanobakteri kültürünü güvenli bir kilitli tüpe aktarın.Numu

spectrophotometric-determination-phycobiliprotein-content

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Kaynak: Weber, N. ve diğerleri, İpliksi Siyanobakteri Phormidium lacuna'nın Doğal Dönüşümü, Protein Ekspresyonu ve Kriyopkonservasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, filamentli siyanobakterilerde fototaksiyi incelemek için odaklanmış bir LED tabanlı testi göstermektedir. Bakteriler ışık kaynağına doğru göç ederek, aydınlatılan merkezde, yakalanan görüntünün piksel yoğunluğu analizi yoluyla görselleştirilen ve ölçülen yoğun bir birikim oluşturur.

Odaklanmış Işık Aydınlatması Kullanılarak İpliksi Siyanobakterilerin Fototaksi Testi

Kaynak: Jiang, H., Ho, M. Siyanobakterilerde Bozulmamış Fikobilizomun İzolasyonu ve Karakterizasyonu. J. Vis. Uzm.(2021).Bu video, karbondioksit kaynağı ve besin açısından zengin koşullarla sürekli aydınlatma altında hücreleri büyüterek biyokütle elde etmek için siyanobakterilerin kültürlenmesi ve ardından santrifüjleme yoluyla hasat prosedürünü göstermektedir.

Biyokütle Üretimi için Siyanobakteri Kültürünün Hazırlanması

Kaynak: Zhan, Y. ve diğerleri. Foto ağartma, Cyanobacterium Prochlorococcus'taki ftsZ halkasının süper çözünürlüklü görüntülenmesini sağlar. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, büyüme düzenleyici proteinlerin floresans görüntülemesini iyileştirmek için soğuk koşullarda ksenon ışığı kullanılarak siyanobakteriyel hücrelerde pigmentlerin fotobeyazlaştırma prosedürünü göstermektedir.

Büyüme Düzenleyici Proteinlerin Görüntülemesi İçin Fotobeyazlama Siyanobakteriyel Pigmentler

Burada, siyanobakteriyel hücrelerdeki glikojen içeriğini ölçmek için güvenilir ve kolay bir test sunuyoruz. İşlem, çökeltme, seçilebilir depolimerizasyon ve glikoz artıklarının belirlenmesini gerektirir. Bu yöntem hem vahşi hem de genetik mühendisliği yapılmış suşlar için uygundur ve siyanobakterilerin metabolik mühendisliğini kolaylaştırabilir.

Siyanobakterlerde Glikojen İçeriğinin Belirlenmesi

Burada Siyanobakteriler autofluorescence azaltmak için photobleaching yöntemi açıklanmaktadır. Photobleaching sonra Stokastik optik imar mikroskobu siyanobakteriyel FtsZ ringin üç boyutlu Süper çözünürlük fotoğraf elde etmek için kullanılır.

Photobleaching Cyanobacterium Prochlorococcus FtsZ ringde Süper çözünürlük görüntüleme sağlar

Burada, siyanobakteryal serbest karbonhidrat polimerlerinin izolasyonu ve exoproteomlarının izolasyonu için protokoller açıklanmıştır. Her iki prosedür de, daha fazla analiz veya uygulama için kullanılabilecek yüksek saflık derecelerine sahip Polimerler veya proteinleri elde etmek için önemli adımları somutlaştırmak. Ayrıca, belirli kullanıcı ihtiyaçlarına göre kolayca adapte edilebilir.

Dışa bakıyor: Siyanobacterial serbest karbonhidrat polimerleri ve proteinleri Izolasyonu

Mevcut protokol, filobobizomların siyanobakterilerden santrifüjleme ile süreksiz bir sakkaroz yoğunluk gradyanı ile izolasyonunu detaylandırıyor. Sağlam fitoidürlerin fraksiyonları 77K floresan emisyon spektrumu ve SDS-PAGE analizi ile doğrulanır. Ortaya çıkan fitobilizom fraksiyonları TEM ve kütle spektrometresi analizinin negatif boyanması için uygundur.

Siyanobakterilerde Bozulmamış Fitoidinin İzolasyonu ve Karakterizasyonu

Bu protokol, spektral analize dayalı olarak kırmızı alglerdeki fikobiliprotein değişikliklerinin adım adım otofloresan görüntülemesini ve değerlendirilmesini açıklamaktadır. Bu, yalnızca kıt materyalin mevcut olduğu ve hücrelerin laboratuvar koşullarında yavaş büyüdüğü veya hiç büyümediği aşırı habitatlara hücresel adaptasyonu değerlendirmek için etiketsiz ve tahribatsız bir yöntemdir.

Kırmızı Alg Fizyolojisini Değerlendirmek için Otofloresan Görüntüleme

Geleneksel uç bazlı seri seyreltmeler sırasında plastik malzemelere peptit adsorpsiyonu, potens tayinini önemli ölçüde etkileyebilir ve ilaç keşfinin kurşun tanımlama ve kurşun optimizasyon aşamaları için kullanılan yapı-aktivite ilişkilerinin anlaşılmasını zorlaştırabilir. Burada, peptit numunelerinin otomatik akustik temassız seri seyreltilmesi için yöntemler açıklanmaktadır.

Etkili belirlenmesi tahlillerinde Peptit Agonistlerinin seri Seyreltme için Dağıtım Otomatik Akustik

Peptid rekabet testleri, çeşitli moleküler ve immünolojik deneylerde yaygın olarak kullanılır. Bu makale , in vitro oligopeptitle rekabet eden kinaz testi için ayrıntılı bir yöntem ve ilgili fosforilasyon sitelerini bulmak için yararlı olabilen ilişkili validasyon prosedürlerini açıklamaktadır.

Fosforilasyon Saha Tespiti İçin Oligopeptide Rekabet Testi

Öğrenin, Synechocystis siyanobakterisinde spektrofotometri ile fikobiliprotein içeriğini nasıl tayin edeceğinizi. Bu yöntem, fikosiyanin ve allofikosiyanin miktarını güvenilir şekilde ölçmenizi sağlar.

Cyanobacterium Synechocystis Phycobiliprotein içeriğinde spektrofotometrik tayini

Daha fazla video keşfet