Name: Cins Magnetospirillummagnetotactic bakteri büyüyen: suşları MSR-1, AMB-1 ve MS-1 (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-10-17T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 7 s
Description: Öğrenin, Magnetospirillum cinsine ait MSR-1, AMB-1 ve MS-1 magnetotaktik bakteri suşlarını sıvı ve yarı katı besiyerinde yetiştirme yöntemini. Oksijen kontrolü için optimize edilmiş bu protokol, manyetozom üretimi ve tekrarlanabilir araştırmalar için temel oluşturur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Biz Richard B. Frankel elektron mikroskobu tesise (McMaster Üniversitesi, eğitim ve erişim için MTB kültürler, Adam P. Hitchcock ve destekleri MTB kültürler McMaster Üniversitesi'nde kurma sırasında Xiaohui Zhu ve Marcia Reid ile onun yardım için teşekkür ««Sağlık Bilimleri Fakültesi). Bu eser Doğa Bilimleri ve Mühendislik Araştırma Konseyi, Kanada (NSERC) ve bize Ulusal Bilim Vakfı tarafından desteklenmiştir.

1. N2 İstasyonu montajı
Not: boru iç çapı en az sızıntı ile gaz tank için bağlanabilir ve 1 mL plastik enjektör silindir sıkıca bu boru içinde uyuyor seçin. Bir illüstrasyon istasyonu gaz tam N2 Şekil 1' de verilmiştir.
<ol><li>Güvenli bir şekilde N2 benzin deposu bir Bank üzerinde N2 İstasyonu (yaklaşık 50 cm uzunluğunda) ayarlamak için yeterli yer yakın yükleyin.</li>
	<li>Tank için yeterince nerede istasyonu inşa edilecek alana ulaşmak için boru bir parça bağlayın. Gerekirse, herhangi bir sızıntı önlemek için tank çıktısını, Teflon bant geçerlidir.</li>
	<li>Aynı zamanda orta kabarcıklanma beş şişe yetenekli bir istasyonu kurmak için dört adet tüp yaklaşık 5 cm uzunluğu kesti.</li>
	<li>Boru üç üç yönlü T şeklinde plastik parçaları ile bir çizgi parçalarını bir araya getirin. N2 tank ekstra T şeklinde bir montaj yoluyla çıktısını, boru parçası bu çizginin bir ucunu bağlayın. Diğer ucunda uygun bir 90 ° dirsek ekleyin.</li>
	<li>Kullanım bant yatay bir metal çubuk için yapı eklemek için yaklaşık 30 cm tezgah üzerinde yerleştirilir.</li>
	<li>Adım 1.4 yüklü bağlantı parçaları ücretsiz çıktılarının (yaklaşık 20 cm uzunluğunda) boru, beş parçaları bağlayın.</li>
	<li>Beş 1.0 mL plastik şırıngaların pistonlar kaldırmak ve bu şırıngaların büyük sonunda kesti (i.e., iğne tarafına karşısında), sadece mezun bölümü tutmak. Bu şırınga değil çok sıkı pamuk ile doldurun.</li>
	<li>Şırıngaları hortumunun 20 cm uzun dikey parçalar halinde yerleştirebilir ve sabunlu su N2 akıyor zaman hiçbir sızıntı olduğundan emin olmak için kullanabilirsiniz.</li>
	<li>Beş 25 G iğneler (0.5 mm x 25 mm) kapaklar çıkarıp bu iğneler ince boru 10 cm parçalar halinde yerleştirin. İğneler sıkıca boru içinde uygun sağlamak. Dikkat: Bu adımı sırasında bıçaklama riski vardır. Yavaş yavaş ve dikkatli bir şekilde yap.</li>
	<li>Adım 1.9 N2 istasyon şırınga için hazırlanan iğneler iliştirin. N2 tüm beş satır akıyor emin olun ve İstasyonu bekleme üzerinde tutun.</li>
</ol>2. büyüme orta hazırlık
Not: 2.1.2, 2.2.2 ve 2.3.8 adımlarda açıklandığı şekilde hazırlanmış, orta miktarını ayarlamak mümkündür. Su ve kimyasal madde miktarı orantılı olarak ayarlanması için adil lüzum kullanılır. Tüm Orta bileşenlerinin rolü ek tablo 1' de anlatılan.
<ol><li>MSR-1 için sıvı büyüme ortamının hazırlanması<ol>
<li>Bir 10 mM ferrik nitrat çözümü ferrik nitrat 0,245 g 100 mL distile deiyonize su ekleyerek hazırlayın. Isı ve bir sarı turuncu çözüm elde edilen net kadar çözülmeye karıştırın. Otoklav bir standart kullanarak çözüm (en az 15 dk pozlama 121 ° c) döngüsü ve karanlıkta bu hisse senedi çözüm oda sıcaklığında saklayın. Not: bir çökelti açık olduğunda ferrik nitrat çözüm atın.</li>
		<li>Bir ölçek deiyonize distile su, 1 L içeren karıştırma sırasında sırayla aşağıdakileri ekleyin: 1.0 mL iz mineral ek çözüm, KH2PO40.1 g, MgSO4.7 H2O 0,15 g, HEPES, 2,38 gr 0,34 g NaNO3 , 0.1 g maya özü, soya fasulyesi pepton, 3.0 g 4.35 mL potasyum laktat (% 60 w/w çözüm) ve 10 mm Fe(III) sitrat hisse senedi çözüm 5 mL. Not: büyüme orta daha az sayıda gerekirse miktarları orantılı olarak ayarlayın. Bir N2 istasyonu olan bu iletişim kuralı, adım 1'inşa gibi aynı anda kabarcıklanma beş şişe yeteneğine orta 300 mL hazırlamak. Dikkat: mineral ve Fe(III) sitrat hisse senedi çözümleri steril tutulması gereken izleme. Kirlenmesini önlemek için onları (alev açık Üstler şişe Bunsen burner kullanarak) kullanırken standart steril tekniği kullanmak ve dağıtımı için steril pipet ipuçlarını kullanın. Mineral çözüm bir buzdolabı 4 ° C'de depolayın</li>
		<li>Tüm kimyasallar eklenmesinden sonra 7.0 ile 1 M NaOH çözüm pH ayarlayın. Taze hazırlanmış Orta 125 mL serum şişeleri dağıtmak. Orta her şişe 60 mL dökün.</li>
		<li>Kabarcık N2 içine çözünmüş O2kaldırmak 30 dk için orta, küçük boru kullanma 1. adımda açıklanan N2 İstasyonu'na bağlı. Bütil kauçuk tıpa aşırı gaz şişe çıkmak izin vermek için küçük bir açılış bırakarak her şişe üzerine yerleştirin. Dikkat: N2ile köpüren köpük şeklinde. Gaz akışı köpük üretim önlemek için uygun şekilde ayarlayın.</li>
		<li>Kıvrım her şişe ile hazırlanan tıpa ve bir alüminyum mühür mühür. Alüminyum mühür şişe protokol geri kalan döneminde kapalı kalmasını sağlar.</li>
		<li>İğneler ve ince boru N2 istasyondan çıkarın ve temiz iğne (1 inç, ≤ 23 G) değiştirin. Gaz, nazik sürekli bir akış (yaklaşık 50 mL/dk) tank çıkar N2 tank valfleri ayarlayın. Not: İğneler yerine 23 G tıpa kalıcı unsealable delikler bırakmak daha büyük.</li>
		<li>N2 tank için orta, kauçuk tıpa aracılığıyla bir şişe içine bağlı iğne yerleştirin. Hemen başka bir temiz iğne aynı şişe içine yerleştirin. Diğer şişeler için bu adımı yineleyin ve N2 akışı şişeleri havada N2tarafından yerine yaklaşık 30 dk için sağlar.</li>
		<li>Bir şişe N2 İstasyonu'na karşılık gelen iğne kaldırarak çıkarın. Orta şişe basıncı atmosferik basınç azalır kadar birkaç saniye bekleyin ve ikinci iğne kaldırın. Tüm kalan şişeler için bu adımı yineleyin. Dikkat: O2 büyüme orta şişe 2.1.4 adımdan sonra yeniden girmesini önlemek için adımları 2.1.4 - 2.1.8 hızlı art arda uygulayın. Tüm şişeler N2 istasyon için aynı anda bağlı olamaz, adımları 2.1.4-2.1.8 şişe ilk kümesi için devam etmek ve kalan şişeler için bu adımları yineleyin.</li>
		<li>Basınçlı Kap şişeler. Onları aşağı oda sıcaklığına kadar serin gecede izin ve onları daha sonra oda sıcaklığında saklayın.</li>
	</ol></li>
	<li>AMB-1 ve MS-1 için sıvı büyüme orta hazırlanması<ol>
<li>Bir 10 mM ferrik quinate çözüm hazırlamak. Önce 0,19 g deiyonize distile su 100 ml quinic asitin erimesi, sonra FeCl3.6H2O. koyu kırmızı, açık bir çözüm elde edilir kadar çözülmeye heyecan 0,27 g ekleyin. Otoklav standart döngüsü (en az 15 dk pozlama 121 ° c) kullanılarak çözüm. Not: oda sıcaklığında ferrik quinate çözüm karanlıkta steril bir hisse senedi çözüm olarak depolar. Ne zaman bir çökelti belirginleşmektedir çözüm atın.</li>
		<li>Bir ölçek deiyonize distile su, 1 L içeren karıştırma sırasında sırayla aşağıdakileri ekleyin: 10,0 mL vitamini takviyesi çözeltisi, 5.0 mL iz mineral takviyesi çözeltisi, KH2PO4, sodyum süksinat dibasic 0,848 g 0,68 g hekzahidrat, di-sodyum tartarat dihydrate, sodyum asetat trihidrat, %0,1 0,45 mL 0,083 g 0.575 g sulu Resazurin, 0,17 g NaNO3, 0,04 g askorbik asit ve 10 mm Fe(III) quinate hisse senedi çözüm 3,0 mL. Not: büyüme orta daha az sayıda gerekirse miktarları orantılı olarak ayarlayın. Bir N2 istasyonu olan bu iletişim kuralı, adım 1'inşa gibi aynı anda kabarcıklanma beş şişe yeteneğine orta 300 mL hazırlamak. Dikkat: Vitamin, iz mineral ve Fe(III) quinate hisse senedi çözümleri steril tutulması gereken. Kirlenmesini önlemek için standart steril tekniği ve steril pipet ipuçları dağıtım kullanın. Mineral ve vitamin çözümleri bir buzdolabı 4 ° C'de depolayın</li>
		<li>Tüm kimyasallar eklenmesinden sonra pH 6,75 1 M NaOH çözümü kullanmak için ayarlayın.</li>
		<li>Adımları 2.1.3-2.1.9 protokol sonuna bakın.</li>
	</ol></li>
	<li>MSR-1 yarı katı büyüme orta hazırlanması<ol>
<li>0, 5 M fosfat tampon çözüm pH 7,0 3.362 g K2HPO4 ve KH2PO4 deiyonize distile su 100 ml 4.178 g çözülerek hazırlayın. PH 7,0 ise kontrol edin ve biraz ile KH2PO4 veya gerekirse NaOH pH ayarlayın. Çözüm mühürlü cam şişe (oksijen değişimi önlemek için plastik tercih edilir) saklayın.</li>
		<li>100 mL 0,02 M hidroklorik çözeltisi hazırlamak. FeCl2.4H2O 0.2 g bu ekleyin ve 10 mM Demir klorür çözüm elde etmek için dağıtılması için ilave edin. Çözüm mühürlü cam şişe karanlıkta saklayın.</li>
		<li>0, 8 M sodyum bikarbonat çözüm 6,72 g / 100 ml distile deiyonize su NaHCO3 çözülerek hazırlayın. Çözüm mühürlü cam şişede depolayın.</li>
		<li>Otoklav çözüm adımları 2.2.1 - 2.2.3 standart döngüsü (en az 15 dk pozlama 121 ° c) kullanılarak hazırlanan. Karanlıkta olarak steril hisse senedi çözümleri stok onları.</li>
		<li>Bir ölçek deiyonize distile su, 1 L içeren karıştırma sırasında sırayla aşağıdakileri ekleyin: 5 mL iz mineral takviyesi çözeltisi 0.2 mL % 1'sulu resazurin çözeltisi, 0.4 gram NaCl, 0.3 g NH4Cl, 0.1 g MgSO4.7H2 O,2.2H2O, 1 g / sodyum süksinat, 0.5 g sodyum asetat, Maya 0.2 g ayıklamak CaCl 0,05 g ve agar 1.6 g.</li>
		<li>Alüminyum folyo ve otoklav 2.3.5 adımda hazırlanan solüsyona kabı kapağı.</li>
		<li>Otoklav döngüsünün sonuna önce taze %4 hazırlamak L-cysteine· HCl· L-cysteine·, 0.8 g eriterek tarafından H2O çözüm HCl· H2O 20 mL deiyonize distile su içinde. PH 7,0 çözümü 5 M NaOH çözüm ile etkisiz hale getirin. Dikkat: sistein çözüm sistein oksidasyonunu önlemek için taze hazırlanır önemlidir. Mineral çözüm bir buzdolabı 4 ° C'de depolayın</li>
		<li>Isıyla sonra 50-60 ° C aşağı orta soğumaya bırakın ve kabı Bunsen burner alev altında getir. Alüminyum folyo kaldırın ve hızlı bir şekilde yavaşça karıştırarak aşağıdaki sırayla ekleyin: 0.5 mL 2,8 mL steril fosfat tampon stok çözeltisi, 3 mL steril Demir klorür stok çözeltisi, 1,8 mL steril sodyum bikarbonat stokunun vitamini çözeltisi çözüm ve 10 mL filtre sterilize sistein çözeltisi. Not: büyüme orta daha az sayıda gerekirse miktarları orantılı olarak ayarlayın. Genellikle bir toplu iş olarak orta 120 mL hazırlamak uygundur. Dikkat: Tüm çözümler gelecekteki kullanım için steril olarak kalması gerekir. Adımı gerçekleştirmeniz standart steril tekniği ve steril pipet kullanarak 2.3.8 ipuçları dağıtımı ne zaman.</li>
		<li>Tüm kimyasallar eklenmesinden sonra sıcak orta 16 mL steril vida-cap Hungate tüpler içine aktarın. Orta 12 mL her tüpün içine aktarmak ve tüpler mühür. Dikkat: kirlenmesini önlemek için adımı 2.3.9 Bunsen burner Alevi altında gerçekleştirin. Orta 40 ° C'de ya da yukarıda sırasında agar katılaşır önce gerçekleştirin.</li>
		<li>Tüpler rahatsız agar katılaşır ve OAI bir pembe renksiz arabirimine, yaklaşık 1-3 cm aşağıda orta olarak materializing belirgin hale gelir kadar birkaç saat bekletin. Not: Orta yavaş yavaş tüp renksiz açmalısınız. Bu geçiş için gereken süreyi değişkendir ve başlangıçta ortamda çözünmüş O2 miktarına bağlıdır.</li>
	</ol></li>
</ol>3. aşı MTB
Not: Suşları AMB-1, MS-1 ve MSR-1 kültürleri ticari olarak elde edilebilir (Tablo malzeme).
Dikkat: steril koşullarda Bunsen burner Alevi tüm aşağıdaki adımları gerçekleştirin.
<ol><li>Aşı suşları MSR-1, AMB-1 ve MS-1 sıvı ortamda<ol>
<li>Bir boş 125 mL serum şişeyle bütil kauçuk tıpa ve alüminyum kıvrım mühür mühür. İki iğne tıpa ile şişe takın ve olduğu gibi adım 1.7 onlardan biri için hazırlanan bir şırınga takın. O2 boru N2 istasyon için kullanılan aynı tür ile silindir şırıngayı takın.</li>
		<li>O2 akışı için yaklaşık 30 dk, şişe şişe tüm hava O2tarafından değiştirilir emin olmak için izin. Her iki iğneler, şişe ve basınçlı kap içinde hafif bir aşırı basınç için izin kaldırın. Oda sıcaklığında kullanmadan önce soğumasını şişeyi ver. Not: zaman kazanmak için adımları 3.1.1 ve 3.1.2 sırasında Orta hazırlama ve otoklav şişe ile birlikte orta veya hisse senedi çözümleri uygulayın.</li>
		<li>Stoper taze orta şişe ve O2 Şişe Üstler % 70 etanol çözüm onları üstüne birkaç damlacıkları uygulamak ve onları Bunsen burner alev sterilize.</li>
		<li>Steril bir şırınga ve iğne kullanarak, O2 1 mL O2 şişeden ayıklamak ve taze orta şişe içine aktarın. İğne sıkıca şırıngayı bu adımı sırasında şırınga herhangi bir havada önlemek için sığdığından emin olmak.</li>
		<li>İnoculum cam şişede yetiştirilen başka bir kültürden kullanıyorsanız, yanında bir kaç % 70 etanol çözüm onları üstüne damlacıkları uygulamak ve bunları Bunsen burner alev iletme stoper taze orta şişesi ve eski kültür şişe sterilize. İnoculum bir tüp donmuş kültürünün kullanıyorsanız, oda sıcaklığına kadar sıcak bir Bunsen burner alev altında kapalı tüp ile bırak.</li>
		<li>İnoculum cam şişede yetiştirilen başka bir kültürden kullanıyorsanız, eski kültür 1 mL taze orta aşılamak. İnoculate donmuş bir stoktan kullanıyorsanız, sadece 0.1 mL gliserol veya dimetil sülfoksit (DMSO) dondurma işleminde kullanılan seyreltik aşılamak. Her iki durumda da, steril bir iğne ve steril bir şırınga kullanın.</li>
		<li>32 ° c kültür kuluçkaya ve 4-7 gün sonra taze orta aşılamak.</li>
	</ol>
</li>
	<li>MSR-1 aşılama O2 degrade yarı katı orta<ol>
<li>Taze orta tüp bir pembe renksiz arabirimi tarafından hayata iyi tanımlanmış bir OAI yazdığını doğrulayın.</li>
		<li>Eğer inoculum başka bir O2 konsantrasyon gradyanı yarı katı kültüründen geliyor, bakteri kültürü pipetting 50 µL tarafından bakteriler tarafından kurulan grubu yerleştirilir steril pipet ucu ile hasat. Yavaş yavaş bu bakterilerin adlı arabirimin rahatsız edici kaçınarak OAI taze Orta (pembe/renksiz arabirimi), aşılamak. İnoculum donmuş bir kültürden geliyor, bunun yerine aynı şekilde inoculum 100 µL ile devam edin.</li>
		<li>Tüp ve 25 ° C ile 30 ° c arasında bakteri büyümeye izin mühür Bakteri grubu orta yüzeyine ulaşmadan önce aynı yordam kullanılarak taze orta aktarın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. bakteri gözlenmesi
<ol><li>Yanında %70 etanol çözeltisi üzerine uygulamak ve Bunsen burner alev geçen kültür şişe tıpa sterilize. Yarı katı orta için tüp Bunsen burner Alevi altında açın. Steril bir iğne ve şırınga steril bakteri ayıklamak için kullanın.</li>
	<li>Kullanım asılı bırakın bakteri manyetik ve hareketli olduğundan emin olmak için yöntem8 . Not: Faz kontrast mikroskobu mükemmel sonuçlar verir ancak zorunlu değildir. 10 X 60 X arasında değişen büyüklüklerde uygundur.</li>
	<li>Hücre yapısı ve ayrıntı8magnetosomes gözlemlemek için iletim elektron mikroskobu (TEM) kullanın.</li>
</ol>

<ol><li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev.mi.36.100182.001245">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36 (1), 217-238 (1982).</li>
<li>Uebe, R., Schüler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosome+biogenesis+in+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetosome biogenesis in magnetotactic bacteria.</a> Nature Reviews Microbiology. 14 (10), 621(2016).</li>
<li>Faivre, D., Schuler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria+and+magnetosomes%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria and magnetosomes.</a> Chemical Reviews. 108 (11), 4875-4898 (2008).</li>
<li>Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="https://works.bepress.com/rfrankel/88/">Controlled biomineralization of magnetite (Fe3O4) and greigite (Fe3S4) in a magnetotactic bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61 (9), 3232-3239 (1995).</li>
<li>Lefèvre, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+of+magneto-aerotactic+behaviors+and+oxygen+sensing+mechanisms+in+cultured+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Biophysical+Journal%22%5BJournal%5D)">Diversity of magneto-aerotactic behaviors and oxygen sensing mechanisms in cultured magnetotactic bacteria.</a> Biophysical Journal. 107 (2), 527-538 (2014).</li>
<li>Heyen, U., Schüler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+and+magnetosome+formation+by+microaerophilic+Magnetospirillum+strains+in+an+oxygen-controlled+fermentor%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Microbiology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Growth and magnetosome formation by microaerophilic Magnetospirillum strains in an oxygen-controlled fermentor.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 61 (5-6), 536-544 (2003).</li>
<li>Blakemore, R. P., Maratea, D., Wolfe, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+pure+culture+of+a+freshwater+magnetic+spirillum+in+chemically+defined+medium%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">Isolation and pure culture of a freshwater magnetic spirillum in chemically defined medium.</a> Journal of bacteriology. 140 (2), 720-729 (1979).</li>
<li>Oestreicher, Z., Lower, S. K., Lin, W., Lower, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collection%2C+isolation+and+enrichment+of+naturally+occurring+magnetotactic+bacteria+from+the+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment.</a> Journal of Visualized Experiments. (69), (2012).</li>
<li>Pósfai, M., Lefèvre, M., Trubitsyn, C., Bazylinski, D. A., Frankel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+significance+of+composition+and+crystal+morphology+of+magnetosome+minerals%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic significance of composition and crystal morphology of magnetosome minerals.</a> Frontiers in Microbiology. 4, 344(2013).</li>
<li>Wolfe, R. S., Thauer, R. K., Pfennig, N. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0378109787900395">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Ecology. 3 (1), 31-35 (1987).</li>
<li>Schübbe, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+a+spontaneous+nonmagnetic+mutant+of+Magnetospirillum+gryphiswaldense+reveals+a+large+deletion+comprising+a+putative+magnetosome+island%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Characterization of a spontaneous nonmagnetic mutant of Magnetospirillum gryphiswaldense reveals a large deletion comprising a putative magnetosome island.</a> Journal of Bacteriology. 185 (19), 5779-5790 (2003).</li>
<li>Nadkarni, R., Barkley, S., Fradin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparison+of+methods+to+measure+the+magnetic+moment+of+magnetotactic+bacteria+through+analysis+of+their+trajectories+in+external+magnetic+fields%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">A comparison of methods to measure the magnetic moment of magnetotactic bacteria through analysis of their trajectories in external magnetic fields.</a> PloS One. 8 (12), e82064(2013).</li>
<li>Waisbord, N., Lefèvre, C. T., Bocquet, L., Ybert, C., Cottin-Bizonne, C. <a target="_blank" href="https://arxiv.org/abs/1602.02966">Destabilization of a flow focused suspension of magnetotactic bacteria.</a> Physical Review Fluids. 1 (5), 053203(2016).</li>
<li>Komeili, A., Vali, H., Beveridge, T. J., Newman, D. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosome+vesicles+are+present+before+magnetite+formation%2C+and+MamA+is+required+for+their+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Magnetosome vesicles are present before magnetite formation, and MamA is required for their activation.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (11), 3839-3844 (2004).</li>
<li>Scheffel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+acidic+protein+aligns+magnetosomes+along+a+filamentous+structure+in+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An acidic protein aligns magnetosomes along a filamentous structure in magnetotactic bacteria.</a> Nature. 440 (7080), 110(2006).</li>
<li>Zhu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+spectroscopy+and+magnetism+of+extracted+and+intracellular+magnetosomes+using+soft+X-ray+ptychography%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Measuring spectroscopy and magnetism of extracted and intracellular magnetosomes using soft X-ray ptychography.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (51), E8219-E8227 (2016).</li>
<li>Schüler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+analysis+of+a+subcellular+compartment%3A+the+magnetosome+membrane+in+Magnetospirillum+gryphiswaldense%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Molecular analysis of a subcellular compartment: the magnetosome membrane in Magnetospirillum gryphiswaldense.</a> Archives of Microbiology. 181 (1), 1-7 (2004).</li>
<li>Kolinko, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biosynthesis+of+magnetic+nanostructures+in+a+foreign+organism+by+transfer+of+bacterial+magnetosome+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Biosynthesis of magnetic nanostructures in a foreign organism by transfer of bacterial magnetosome gene clusters.</a> Nature Nanotechnology. 9 (3), 193(2014).</li>
<li>Hergt, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0304885305001186">Magnetic properties of bacterial magnetosomes as potential diagnostic and therapeutic tools.</a> Journal of Magnetism and Magnetic Materials. 293 (1), 80-86 (2005).</li>
<li>Lefevre, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+magnetite-producing+magnetotactic+bacteria+belonging+to+the+Gammaproteobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Novel magnetite-producing magnetotactic bacteria belonging to the Gammaproteobacteria.</a> The ISME Journal. 6 (2), 440(2012).</li>
<li>Williams, T. J., Lefèvre, C. T., Zhao, W., Beveridge, T. J., Bazylinski, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetospira+thiophila+gen.+nov.%2C+sp.+nov.%2C+a+marine+magnetotactic+bacterium+that+represents+a+novel+lineage+within+the+Rhodospirillaceae+%28Alphaproteobacteria%29%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Systematic+and+Evolutionary+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetospira thiophila gen. nov., sp. nov., a marine magnetotactic bacterium that represents a novel lineage within the Rhodospirillaceae (Alphaproteobacteria).</a> International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 62 (10), 2443-2450 (2012).</li>
<li>Zhu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+a+marine+magnetotactic+spirillum+axenic+culture+QH-2+from+an+intertidal+zone+of+the+China+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Research+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of a marine magnetotactic spirillum axenic culture QH-2 from an intertidal zone of the China Sea.</a> Research in Microbiology. 161 (4), 276-283 (2010).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

MTB özel O2 konsantrasyon gereksinimlerini onları olmayan önemsiz laboratuvarda büyümeye yapmak. Bir anahtar için sıvı orta protokolün tüm O2 orta ilk kaldırılması O2, hemen önce aşı kesin hacmi ekleyerek son konsantrasyonu kontrol edebilmek için adımdır. MSR-1 neredeyse tamamen aerobik koşullarda büyür, ancak, manyetizma hücrelerin büyük ölçüde azalır kanıtlanmıştır. Aynı çalışma sonuçlarından suşları AMB-1 ve MS-1 tam aerobik koşulları6altında yetişir mi gösterdi...

Magnetotactic bakteri (MTB) gram-negatif prokaryot tatlı su ve deniz sucul yaşam alanları1' her yerde geniş bir temsil eder. Bu bakterilerin içine zincirleri hücrelere toplandı çoğu durumda olan manyetit (Fe3O4) veya greigite (Fe3S4), oluşan manyetik kristalleri üretmek için yetenek paylaşmak. Bu belirli yapısal motifi hem sitoplazmada bakteri ve her kristal2çevreleyen lipid membran üzerinde hareket birkaç spesifik proteinlerin varlığı nedeniyle var. Her bireysel kristal ve onun çevresindeki zar vezikül bir magnetosome denir ve yaklaşık 30 büyüklükleri ile 50 arasında değişen Magnetospirillum türler3nm. Magnetosomes zinciri düzenleme nedeniyle, bu bakterilerin onları pasif dışarıdan uygulanan manyetik alanlarıyla hizalamak yapan kalıcı bir manyetik dipol an sahip. Bu nedenle, bu bakterilerin yüzmek aktif kundağı mikro-pergel muhtemelen için daha etkili bir şekilde en uygun koşullarda bulmak olarak hareket manyetik alan çizgileri (Örn., O2 konsantrasyonu) büyüme için.
MTB ilginç bir özelliği hem Kimya hem de onların magnetosome kristalleri kristalografisi düzenleyen onların yeteneğidir. Çoğu suşları nispeten yüksek saflıkta kristalleri manyetit veya greigite, ancak bazı üretmek biomineralize her iki mineraller4. Her durumda, bakteri tam olarak boyutu ve onların tek manyetik etki kristalleri şeklinde kontrol edebiliyoruz. Bu neden araştırma büyük bir miktar nasıl MTB bu biomineralization süreci gerçekleştirmek daha iyi bir anlayış geliştirmek için üstlenilen açıklar. Bu süreci anlamak araştırmacılar terzi-manyetik nanocrystals birçok ticari ve tıbbi uygulama için yapmak için izin olabilir.
MTB kapsamlı araştırma için önemli bir engel onları laboratuvarda büyüyen zorluk olmuştur. Bu çalışmada kullanılan suşları dahil olmak üzere çoğu, zorunlu O2 elektron alıcısı olarak yetiştirilen da mikroaerofilik türdür. Bu neden bu bakterilerin en sık oxic ve anoksik koşulları (anoksik oxic arabirimi, OAI) arasındaki geçiş bölgesi bulunur açıklar. Bu açıkça MTB var belli ki dikkate alınmak ne zaman büyüme medya bu organizmalar için oluşturulması gereken kesin O2 toplama gereksinimleri gösterir. Ayrıca, mevcut çeşitliliği MTB, farklı suşları kimyasal gradyanlar ve besinlerin optimum büyüme elde etmek için farklı gerekir anlamına gelir.
Bu çalışmada, biz üç en çok incelenmiş MTB büyüyen yöntemleri tarif: Magnetospirillum magneticum (zorlanma AMB-1), M. magnetotacticum (MS-1) ve M. gryphiswaldense (MSR-1). Bu türlerin filogenetik Proteobakteriler filum Alphaproteobacteria sınıfta ait, morfoloji Helisel ve hücrenin her uçta kutupsal kamçı sahip. Biz iletişim kurallarını zorlanma MSR-1 sıvı ve önceden yayınlanmış orta tarifleri5,6tarihinde O2 konsantrasyon gradyanı yarı katı medya tabanlı, büyüyen için sağlar. Biz de suşları AMB-1 ve MS-1 değiştirilmiş manyetik Spirillum büyüme orta (MGSM)7' büyüyen için detaylı bir iletişim kuralı mevcut.

<table><tbody><tr><td>AMB-1</td><td>Amerikan Tipi Kültür Koleksiyonu (ATCC)</td><td>ATCC 700264</td><td></td></tr><tr><td>MS-1</td><td>ATCC</td><td>ATCC 31632&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>MSR-1</td><td>Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)</td><td>DSM 6361</td><td></td></tr><tr><td>Ferric sitrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F3388-250G</td><td></td></tr><tr><td>İz mineral takviyesi</td><td>ATCC</td><td>MD-TMS</td><td></td></tr><tr><td>KH2PO4</td><td>EMD</td><td>PX1565-1</td><td></td></tr><tr><td>MgSO4.7 H2O</td><td>EMD</td><td>MX0070-1</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>BioShop Canada Inc</td><td>HEP001.250</td><td></td></tr><tr><td>NaNO3</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S5506-250G</td><td></td></tr><tr><td>Maya özü</td><td>Fischer bilimsel</td><td>DF210929</td><td></td></tr><tr><td>Pepton</td><td>Fischer bilimsel</td><td>DF0436-17-5</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum L-laktat çözeltisi (%60)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>60389-250ML-F</td><td></td></tr><tr><td>D-(-)-Kinik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>138622</td><td></td></tr><tr><td>FeCl3.6H2O</td><td>Fischer scientific</td><td>I88-100</td><td></td></tr><tr><td>Vitamin takviyesi</td><td>ATCC</td><td>MD-VS</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum süksinat hekzahidrat</td><td>Fischer scientific</td><td>S413-500</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum L-tartrat dibazik dihidrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>228729-100G</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum asetat trihidrat</td><td>EMD</td><td>SX0255-1</td><td></td></tr><tr><td>Resazurin</td><td>Difco</td><td>0704-13</td><td></td></tr><tr><td>Askorbik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A4544-25G</td><td></td></tr><tr><td>K2HPO4</td><td>Caledon</td><td>6620-1-65</td><td></td></tr><tr><td>FeCl2 .4H2O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>44939-250G</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum bikarbonat</td><td>EMD</td><td>SX0320-1</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Caledon</td><td>7560-1</td><td></td></tr><tr><td>NH4Cl</td><td>EMD 1011450500</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CaCl2.2 H2O</td><td>EMD</td><td>1023820500</td><td></td></tr><tr><td>Agar A</td><td>Bio Temel Kanada Inc</td><td>FB0010</td><td></td></tr><tr><td>L-sistein.HCl.H<>sub2O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C7880-100G</td><td></td></tr><tr><td>1.0 mL şırıngalar</td><td>Fischer bilimsel</td><td>B309659</td><td></td></tr><tr><td>25G ve nbsp; x 1 iğne</td><td>BD</td><td>305125</td><td></td></tr><tr><td>125 mL serum şişeleri</td><td>Wheaton</td><td>223748</td><td></td></tr><tr><td>20 mm alüminyum contalar</td><td>Wheaton</td><td>224223-01</td><td></td></tr><tr><td>20mm EZ Crimper</td><td>Wheaton</td><td>W225303</td><td></td></tr><tr><td>Butil kauçuk tıpalar</td><td>Bellco Glass, Inc.</td><td>2048-11800</td><td></td></tr><tr><td>Hungate tüpleri</td><td>Chemglass (VWR)</td><td>CLS-4208-01</td><td></td></tr><tr><td>Septum tıpa, 13mm, Hungate</td><td>Bellco Glass, Inc.</td><td>2047-11600</td><td></td></tr><tr><td>Cam kültürü Tüpleri</td><td>Corning (VWR)</td><td>9826-16X</td><td></td></tr><tr><td>Hidroklorik asit %36,5-38, BioReagent</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H1758-100ML</td><td>11,6 - 12 N</td></tr></tbody></table>

cins magnetospirillummagnetotactic bakteri büyüyen: suşları msr-1, amb-1 ve ms-1

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Magnetotactic bakteri gram-negatif, hareketli, esas olarak su prokaryotlarda her yerde birden bulunan tatlı su ve deniz yaşam alanları vardır. Onlar içinde lipid bilayer membran tarafından çevrili manyetik nanometre boyutunda kristalleri manyetit (Fe3O4) veya greigite (Fe3S4) olan biomineralize magnetosomes kendi yeteneği ile karakterizedir onların sitoplazma. En bilinen magnetotactic bakteri için magnetosomes zincirleri böylece hücrelere bir kalıcı manyetik dipol an veriyor ve onları pasif dış manyetik alanlar ile hizalamak neden sitoplazma içine monte edilir. Bu özellikleri nedeniyle, magnetotactic bakteri ticari ve tıbbi uygulamalar için büyük bir potansiyele sahip. Ancak, çoğu türler da mikroaerofilik ve onları düzenli olarak pek çok diğer bakteri Escherichia coligibi daha büyümek daha zor hale belirli O2 toplama gereksinimleri vardır. Burada üç magnetotactic bakteri, tüm Magnetospirillumait en çok çalışılmış suşlarının büyüyen için detaylı protokolleri mevcut. Bu yöntemler bakteri için normalde büyümek ve magnetosomes sentez sağlamak için kullanılabilir O2 konsantrasyonu kesin kontrol için olanak sağlar. Magnetotactic bakteriler bu yordamları kullanarak daha fazla çalışmalar için büyüyen mikrobiyoloji uzmanı olmak deneyci gerektirmez. Büyüme medya kimyasal bileşimi değiştirilmesi gerekecektir olasılığı olmasına rağmen bu makalede sunulan genel yöntemleri yalıtmak ve diğer magnetotactic bakteri kültürü için de kullanılabilir.

Büyüme ortamının başarılı hazırlık aşağıdaki gibi tespit edilebilir. İşlemin sonunda, çözümleri temizleyin (i.e., ücretsiz herhangi bir çökelti olarak) alınmalıdır (sıvı medya ve O2 degrade yarı katı orta için de geçerlidir bu). Önce aşı Şekil 2agörülebilir MSR-1 sıvı orta beklenen yönünü gösteren bir resim. Başarılı bir O2 konsantrasyon gradyanı yarı katı orta varlığı 1-3 cm pembe orta üst kısmındaki tüp (Ş...

Biz birkaç soy-in Magnetospirillum iki farklı büyüme ortamının içinde büyüyen bir yordam mevcut. M. magneticum zorlanma AMB-1 ve M. magnetotacticum zorlanma MS-1 sıvı ortamda yetişir iken Magnetospirillum gryphiswaldense zorlanma MSR-1 yarı katı ortam sıvı ve O2 konsantrasyon gradyanı yetişir.

Cins Magnetospirillummagnetotactic bakteri büyüyen: suşları MSR-1, AMB-1 ve MS-1

Magnetotactic bacteria are Gram-negative, motile, mainly aquatic prokaryotes ubiquitous in freshwater and marine habitats. They are characterized by their ...

Bu yöntem, MSR-1, AMB-1 ve MS-1 adı verilen üç farklı manyetotaktik bakteri türü yetiştirmeyi sağlar. Tüm tatlı su türleri, ve tüm cins manyetospirillum. Bu organizmalar içeren tekrarlanabilir araştırma her türlü için önemli bir ilk adımdır.Manyetotaktik bakterilerin çok özel oksijen gereksinimleri vardır, bu yüzden manyetik bir navigasyon sistemi geliştirdiler. Bu nedenle onlara mevcut oksijen miktarını kontrol etmek çok önemlidir. Tüm bu protokol tatlı su manyetospirilla birkaç özel suşları için optimize edilmiştir.Detayları diğer manyetotaktik bakterilerin oksijen ve besin gereksinimlerini karşılamak için optimize edilebilir. Azot istasyonunu kurmak için yeterli alan bulunan bir bankın yakınına güvenli bir şekilde bir nitrojen gazı tankı kurun. İstasyonun inşa edileceği alana ulaşacak kadar uzun bir boru parçasını tanka bağlayın.Gerekirse, herhangi bir sızıntıyı önlemek için tankın çıkışına Teflon bandı uygulayın. Aynı anda orta beş şişe köpüren yeteneğine sahip bir istasyon inşa etmek için, uzunluğu yaklaşık beş santimetre boru dört adet kesti. Üç adet T şeklindeki plastik bağlantı parçaları ile bir çizgi de boru parçaları monte edin.Bu hattın bir ucunu ekstra T şeklinde bir montaj ile azot tankının çıkışındaki boru parçasına bağlayın. Diğer uça 90 derecedirsek takılması ekleyin. Yapıyı tezgahın 30 santimetre yukarısına yerleştirilmiş yatay bir metal çubukla takmak için bant kullanın.20 santimetre uzunluğundaki beş adet boruyu, monte edilmiş bağlantı parçalarının üç çıkışına bağlayın. Beş adet mililitrelik plastik şırıngadan pistonları çıkarın ve bu şırıngaların daha büyük ucunu kesin, sadece mezun olan kısmı tutarak. Çok sıkı paketi değil dikkat, pamuk ile bu şırıngalar doldurun.Şırıngaları 20 santimetre uzunluğundaki dikey boru parçalarına yerleştirin. Gazı açın ve azot akarken sızıntı olmadığından emin olmak için sabunlu su kullanın. Beş adet 25 gauge iğnenin kapaklarını çıkarın ve bu iğneleri 10 santimetrelik ince boru parçalarına yerleştirin.Hazırlanan iğneleri azot istasyonunun şırıngalarına takın. Nitrojenin beş hat boyunca aktığından emin olun ve istasyonu beklemede tutun. 100 mililitre distile deiyonize suya 0,245 gram ferrik sitrat ekleyerek 10 milimolar ferrik sitrat çözeltisi hazırlayın.Isı ve portakal berraklığında bir çözelti elde edilene kadar eritmek için karıştırın. Sterilize stok çözeltisini karanlıkta oda sıcaklığında depolamadan önce 121 santigrat derecede en az 15 dakikalık pozlama standart bir döngü kullanarak çözeltiyi otomatik klavlayın. MSR-1 için beş şişe sıvı büyüme ortamı hazırlamak için, metin protokolünde listelenen kimyasalları 300 mililitre distile deiyonize su içeren bir kabına ekleyin.Steril ferrik sitrat ve mineral çözeltilerinin ilavesi steril teknikler kullanılarak Bunsen brülörünün ateşi altında yapılmalıdır. Kültürün diğer bakteri türleri tarafından kirlenmesini önlemek için steril koşullar gereklidir. Tüm kimyasalların eklenmesinden sonra, bir molar sodyum hidroksit çözeltisi ile pH'ı 7.0 olarak ayarlayın.Her şişeye 60 mililitre orta litre dökerek, taze hazırlanmış ortamı 125 mililitrelik serum şişelerine dağıtın. Kabarcık azot 30 dakika boyunca azot istasyonuna bağlı küçük boru kullanarak çözünmüş oksijen kaldırmak için orta içine. Her şişenin üstüne bir butil kauçuk durdurucu yerleştirin, fazla gaz şişe çıkmak için izin vermek için küçük bir açıklık bırakarak.30 dakika sonra, crimp mühür her şişe hazırlanan stoper ve alüminyum mühür ile. Alüminyum conta, protokolün geri kalanında şişenin mühürlü kalmasını sağlar. İğneleri ve ince boruları azot istasyonundan koparın ve temiz iğnelerle değiştirin.Azot tankının vanalarını hassas ve sürekli bir gaz akışının depodan çıkması için ayarlayın. Şimdi, azot tankına bağlı iğnelerden birini kauçuk durdurucu aracılığıyla bir şişe orta içine yerleştirin. Hemen aynı şişeiçine başka bir temiz iğne takın.Diğer şişeler için bu adımı tekrarlayın ve azot ile şişelerde hava yerine yaklaşık 30 dakika azot akışı sağlar. 30 dakika sonra, ilgili iğne kaldırarak azot istasyonundan bir şişe kopdur. Orta şişedeki basınç atmosfer basıncına azalana kadar birkaç saniye bekleyin ve ikinci iğneyi çıkarın.Kalan tüm şişeler için bu adımı tekrarlayın. MSR-1 için 120 mililitre yarı katı büyüme ortamı hazırlamak için, kabı alüminyum folyo ile kaplayın ve metin protokolünde açıklandığı şekilde hazırlanan çözeltiyi otoklav. Otoklav döngüsünün bitiminden hemen önce, yeni bir %4 sistein çözeltisi hazırlayın ve metin protokolünde açıklandığı gibi beş molar sodyum hidroksit çözeltisi ile pH'ı 7.0'a ayarlayın.Otoklavlama sonra, orta 50 ila 60 santigrat derece soğumasını bekleyin ve bir Bunsen brülör alev altında beher getirmek. Alüminyum folyo çıkarın ve hızlı bir şekilde hafifçe karıştırarak steril teknikler kullanarak metin protokolü listelenen kimyasallar ekleyin. Filtre sterilize sistein çözeltisi 1,2 mililitre ekleyin.Tüm kimyasalların eklenmesinden sonra, 16 mililitre steril vida kapağı Hungate tüpleri içine sıcak orta aktarın. Her tüp içine orta 12 mililitre aktarın ve tüpleri mühürleyin. MSR-1, AMB-1 ve MS-1'i sıvı ortamda aşılamak için, stoperlere etanol uygulayarak ve bir Bunsen brülörünün ateşinden geçirerek oksijen ve taze orta şişelerin üstlerini ateşleyin.Steril bir şırınga ve bir iğne kullanarak, oksijen şişesinden bir mililitre oksijen ayıklayın ve taze orta şişeye aktarın. Cam şişede yetiştirilen başka bir kültürden gelen inoculum kullanıyorsanız, her iki şişe alev. Sonra taze orta içine eski kültürün bir mililitre aşılamak.Kültürü 32 derecede kuluçkaya yatırın ve dört ila yedi gün sonra taze ortama aşılayın. OKSIJEN gradyan, yarı katı ortamda MSR-1 aşılamak için, taze ortam tüpü iyi tanımlanmış bir OAI görüntüler doğrulamak, orta yüzeyinin yaklaşık bir ila üç santimetre altında pembe renksiz arayüzü ile somutlaşmış. Inoculum başka bir oksijen konsantrasyonu gradyan yarı katı kültürgeliyorsa, bakterilerin oluşturduğu bant üzerine yerleştirilen steril bir pipet ucu ile kültürün 50 mikrolitre aspire ederek bakteri hasat.Bu bakterileri oai'de yavaş yavaş taze ortamda aşılamak, arayüzü rahatsız edici kaçınarak. Tüpü kapatın ve bakterilerin 25 santigrat ile 30 santigrat derece arasında büyümesine izin verin. Bakterilerin hem manyetik hem de modal olduğundan emin olmak için mikroskop kapağı na bir damla kültür yerleştirin.Kapak fişini çevirin ve cam bir kaydırağa dayanarak o halkası üzerine töyüp kurun. Damlanın alt slayta dokunmadığından emin olun. Bir mikroskop altında asılı damla yerleştirin ve damlacık bir kenarına odaklanın.Mıknatısın güney kutbunu kenarına yakın bir yere yerleştirin ve bakterilerin kenara doğru yüzmesini izleyin. Onları ters yönde yüzmek yapmak için mıknatıs çevirin. Burada gösterilen aşılama öncesi ve bakteri büyüme sonra sıvı medya şişeleri vardır.İkinci şişedeki bulanıklık bakterilerin büyüdüğünü gösterir. Bu iki kez hızlandırılmış film bir modal ve manyetik manyetotaktik bakteri kültürü için bir asılı damla deney beklenen sonucu gösterir. Bir manyetik alan uygulandığında bakteriler başlangıçta damlacık kenarına doğru yüzdü.Mıknatısın alan yönü tersine çevrildiğinde, bakteriler manyetik alanın uygulandığı kenardan yüzerek uzaklaşmaktadırlar. Burada gösterilen aşıöncesi ve bakteri büyümesinden sonra yarı katı orta tüplervardır. Beklendiği gibi, oksik-anoksik arabirimde bir bakteri grubu oluşur ve oksijen tüketilir ve arayüz yukarı hareket ettikçe zaman içinde göç eder.Burada gösterilen bir manyetik spirillum temsili bir elektron mikrografı. Kamçı siyah oklarla gösterilirken, kırmızı oklar manyetozomları gösterir. Bu prosedürü denerken, manyetotaktik bakterilerin hem düzgün büyümek hem de manyetozom üretmek için çok özel oksijen seviyesi gereksinimleri olduğunu hatırlamak çok önemlidir.Bu protokol, bu organizmalar tarafından tercih edilen mikro koşullara ulaşmak için büyüme ortamındaki oksijen seviyelerinin nasıl kontrol edilip izlendiğini göstermektedir. Bu yöntemden sonra yüksek konsantrasyonlarda sağlıklı ve yüksek manyetik hücreler elde edilebilir. Bu şekilde, manyetozom çıkarma, genomik ve genetik çalışmalar veya mikroskopi ile kolektif hareketin gözlemi gibi büyük miktarlarda bakteri gerektiren deneyler yapılabilir.Laboratuvarda manyetotaktik bakterileri yetiştirme olasılığı, bilim adamlarının bu organizmaların büyüleyici biyokimyasal ve fiziksel özelliklerini sistematik bir şekilde keşfetmelerine olanak sağladı.

growing-magnetotactic-bacteria-genus-magnetospirillum-strains-msr-1

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Mama magnetosome aktivasyonu dahil olmak gösterildi eşsiz bir Magnetosome ilişkili protein. Burada Mama silme mutant arıtma protokolü (MamAΔ41)...

Saflaştırılması M. magneticum Deformasyon AMB-1 Magnetosome İlişkili Protein MamAΔ41

Kaynak: Le Nagard, L., et al. Magnetospirillum cinsinin büyüyen manyetotaktik bakterileri: MSR-1, AMB-1 ve MS-1 suşları. J. Vis. Uzm. (2018).Bu video, Magnetospirillum bakterilerinin hem sıvı hem de yarı katı ortamlar kullanılarak mikroaerobik koşullar altında nasıl kültürleneceğini göstermektedir. Oksik-anoksik arayüzde görünür bir bakteri bandının oluşumunu ve oksijen tükendikçe yukarı doğru göçünü vurgular. Video ayrıca, bir manyetik alana tepki olarak yönlü yüzmeyi gözlemleyerek...

Magnetospirillum bakterilerinin yetiştirilmesi ve manyetotaktik davranışlarının değerlendirilmesi

Bu doğal sularda da uygulanabilir magnetotactic bakteriler (MTB) toplamak için bir yöntem göstermektedir. MTB izole ve bakteri doğal manyetizma yararlanır nispeten basit bir kurulumu kullanarak sediment örneklerinin zenginleştirilebilir. İzole MTB sonra ışık ve elektron mikroskobu kullanarak hem ayrıntılı olarak incelenebilir.

Doğal Çevre gelen Magnetotactic Bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve Zenginleştirme

Matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş süresi kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ve moleküler teknikler (16S rRNA gen dizilimi), rutin teşhiste nadir görülen bakteriyel patojenlerin tanımlanmasına izin verir. Bu protokolün amacı, daha doğru ve güvenilir verilere yol açan her iki tekniğin kombinasyonunda yatmaktadır.

16S rRNA gen Sıralama ve MALDI-TOF MS tarafından Nadir Bakteriyel patojenlerin tanımlanması

Kobalt katkılı manyetoferritinin sentezi ve katyizasyonu için bir protokolün yanı sıra kök hücreleri katyonlaştırılmış manyetoferritin ile hızlı bir şekilde manyetize etmek için bir yöntem sunulmaktadır.

Hücrelerin ultra hızlı Mıknatıslanma için katyonize Magnetoferritin sentezi

Hızlı algılama özellikle patojenik bakterilerin manyetik gevşeme ve floresan emisyon modaliteleri kombinasyonu ile hedef ve bu protokol genel amacı, düşük maliyetli, taşınabilir için fonksiyonel nanosensors sentez etmektir.

Gıda kaynaklı patojen tarama kullanarak Manyeto-floresan Nanosensor: E. Coli O157: H7 hızlı tespiti

Bu makale bir biyofilm in situ uçuş zaman ikincil iyon kütle spektrometresi sulu durumda, kimyasal eşleştirmesi bir mikrosıvısal reaktör, sıvı vakum arabirimi analiz için sistemi tarafından etkinleştirilmiş için için büyüyen bir yöntem sunar. Shewanella Corynebacterium Bay-1 yeşil Floresans protein ile bir model olarak kullanıldı.

Situ Shewanella Corynebacterium MR1 biyofilmler SALVI ve ToF-SIMS tarafından karakterizasyonu

MAPS teknolojisi, belirli bir düzenleyici RNA in vivo'nun targetom'ını incelemek için geliştirilmiştir. İlgi çekici sRNA, RNA ortaklarının birlikte arındırılmasını ve RNA dizilimi ile tanımlanmasını sağlayan bir MS2 aptamer ile etiketlenmiştir. Bu modifiye protokol özellikle Gram-pozitif bakteriler için uygundur.

MS2-Benzeşim Saflaştırma gram-pozitif bakterilerde RNA Dizilimi ile birleştiğinde

Bu protokol, Mycobacterium smegmatis'in (Msm) aksenik kültürlerinden doğal mikobakteriyel hücre dışı veziküllerin (mEV'ler) zenginleştirilmesini ve mCherry (kırmızı floresan raportör) içeren rekombinant MsmEV'lerin nasıl tasarlanabileceğini ve zenginleştirilebileceğini detaylandırır. Son olarak, Mycobacterium tuberculosis'in EsxA proteinini içeren MsmEV'lerin zenginleştirilmesiyle yeni yaklaşımı doğrulamaktadır.

Mikobakterilerin Doğal ve Rekombinant Hücre Dışı Veziküllerinin Zenginleştirilmesi

Sıvı tabanlı kültür ve dağıtımı için bir...

Floresan ile yüksek verim Tarama ve Biyoalgılayıcı C. elegans Suşlarının

Öğrenin, Magnetospirillum cinsine ait MSR-1, AMB-1 ve MS-1 magnetotaktik bakteri suşlarını sıvı ve yarı katı besiyerinde yetiştirme yöntemini. Oksijen kontrolü için optimize edilmiş bu protokol, manyetozom üretimi ve tekrarlanabilir araştırmalar için temel oluşturur.

Cins Magnetospirillummagnetotactic bakteri büyüyen: suşları MSR-1, AMB-1 ve MS-1

Daha fazla video keşfet