Nesnenin şeklini ve boyutunu Agar bir açık kaynak yazılım boru hattı ile immobilize aktif çamur parçacıkların ölçme

Aktif çamur parçacıklarının büyüklüğü ve şekli atık su arıtma verimliliği açısından önemlidir. Ancak onların ölçümü genellikle geçicidir. Bu protokol, ölçümleri için tekrarlanabilir, iyi tanımlanmış ve yarı otomatikleştirilebilir bir ölçü sağlar.

Bu protokolün en büyük avantajı, öznel ve sistematik önyargıyı azaltırken çok çeşitli morfolojiler üzerinde geniş bir parçacık popülasyonunu ölçebiliyor olmasıdır. Bu teknik aktif çamura odaklanırken, teknik olarak mikroplastikler gibi aynı parçacık morfolojisi olan her şey bu yöntemle ölçülebilir. Bu tekniği ilk kez denerken, her seferinde bir tabak yapmayı deneyin ve o tek plakayı yapmanın fiziksel hareketlerini uygulayın.

Ayrıca, mikroskopi ile zaman ayırın. Örnekleme ve plaka hazırlama en iyi görsel olarak iletilir küçük teknikler bir sürü gerektirir, çünkü bu makalenin video sürümü önemlidir. Ayrıca, plakaların iyi resimlerini göstermek ve görmek, tekrarlanabilirliği sağlamak için önemlidir.

Bugün bu protokolü gösteren Joseph Weaver, laboratuvarımda doktora adayı. Başlamak için, reaktörün iyi karışık bir bölümünden temsili bir örnek elde edin. Yavaşça karışımı ve sonra hemen 15 mililitrelik bir santrifüj tüp içine belirlenen örnek hacmi dökün.

Sonraki her örnek için yüzde bir metilen mavi beş mikrolitre ekleyin. Tüpü en az üç kez hafifçe ters çevirerek numuneyi kaplayın ve karıştırın. Örneklerin oda sıcaklığında en az beş dakika ama en fazla 30 dakika boyunca lekeolmasına izin verin.

Bir kez lekeli, 6,5 ve 9 mililitre arasında toplam tüp hacmi getirmek için santrifüj tüpü ne kadar erimiş yüzde 7,5 agar ve deiyonize su yeterli hacim transfer. Sonra santrifüj tüpleri recap ve yavaşça agar içine örnek karıştırmak için en az üç kez ters. Kapağı kendinden uzağa doğru çekerken kapağı açın.

Her tüpün tüp içeriğini kendi 100 mililitrelik plastik petri kabına boşaltın ve çanak ları hafifçe sallayarak tam, pürüzsüz bir kaplama ve parçacıkların görsel olarak düzgün bir şekilde dağılımını elde edin. Agar katılanına kadar tabakların oda sıcaklığında en az 5 dakika soğumasını bekleyin. Ortaya çıkarılan plakayüzünü, 10 ila 20 kat büyütme kapasitesine sahip bir stereo mikroskobun mikroskop aşamasına yerleştirin.

LED aydınlatma standı veya ışık plakası gibi ekipmanları kullanarak numuneyi aşağıdan bile dağınık ışıkla aydınlatın. Görüntü yakalama yazılımını açın ve mikroskop ışık yolunun fotoğrafa ayarlandığından emin olun. Ardından, kamera listesinden uygun kamerayı seçin.

Mikroskobu, büyük, iyi tanımlanmış kenarlara sahip odak düzleminde birden fazla partikülün görünmesi için ayarlayın. Nispeten derin bir odak düzlemi korurken parçacıkları ölçmek için 10 ila 20 kez büyütme kullanın. Geçici olarak agar plakasını çıkarın ve mikrometreyi sahneye yerleştirin.

Mikrometredeki mezuniyetler görüntü yakalama yazılımına odaklanmış gibi görünene kadar ince odağı ayarlayın. Ve pikseli mikron oranına kalibre edin. Ardından, görünüme tıklayıp gerçek boyutu seçerek yakınlaştırmayı yüzde 100'e ayarlayın.

Sonra seçenekleri seçin ve kalibre gidin. Burada, mikrometrenin uzun ekseni boyunca ana görüş portundaki kırmızı kalibrasyon çubuğunu hizalayabilirsiniz. Sıfır ve 200 mikron mezuniyet merkezli dikey çubuklar ile.

Ayarlama diyalog kutusuna, geçerli büyütme düzeyini ve 200 mikron gerçek uzunluğunu girin. Önceden kalibre edilmişse, menü çubuğundan büyütmeyi seçin ve ardından kalibrasyonu onaylamak için geçerli büyütme düzeyini seçin. Ölçümler menüsünde satıra gidin ve rasgele satırı seçin.

Mikrometrenin sıfır ve uzun ekseninin kesiştiği yerin üzerine tıklayın. Sonra 200 mikron çizgi ve uzun eksen de kavşak tekrar tıklatın. Doğru bir kalibrasyon yaklaşık 200 mikron olarak görüntülenmelidir.

Nesne seç düğmesini tıklatarak, satıra tıklayarak, sil tuşuna basarak ve onay kutusuna evet tuşuna basarak satırı silin. Ardından, agar plakasını değiştirin ve görüntüleme yazılımında maksimum ayrıntıelde etmek için ince odağı ayarlayın. Bunu başarmak için, öncelikle kamera kenar çubuğunun bit derinliği panelindeki radyo düğmesini seçerek izin verilen maksimum değerin bit derinliğini artırın.

Ayrıca, kamera kenar çubuğunun renk derecesi panelinde uygun radyo düğmesini seçerek gri tonlama görüntüleri elde etmek için yazılım ayarlayın. Şimdi, maruz kalma ve histogram arasındaki açık kenar çubuğu panellerini daralt. Kazancı bire düşürün ve görüntü portunda net bir görüntü görünene kadar ve histogram histogram kutusunun her iki ucundan kırpılmayan bir dağılım olarak görünene kadar pozlamayı artırın.

Tekrar tekrar maruz kalmaktan kaçınmak için histogramı ayarlayın. Kamera kenar çubuğunun histogram panelinde, histogramın sol sınırını en düşük değerlerin hemen dışına, sağ sınırı da en yüksek değerlerin hemen dışına kaydırın. Görüntüyü sıkıştırılmamış bir TIF dosyası olarak kaydedin.

Kaydeder'i kaydeder ken kalibrasyon bilgi kutusuyla kontrol ederek görüntü meta verilerine büyütme bilgilerini ekleyin. Plakadan aşağı doğru hareket ederken soldan sağa ve sağa doğru hareket eden bir yolu izleyerek önceki görüntülerle örtüşmeyen başka bir alan seçin. Analiz için en az 500 görsel olarak tahmin edilen parçacığı yakalayın.

GIT deposunu klonlayarak parçacık analiz kodunu edinin. Komut satırında, burada gösterilen komutu yazarak kodun en son sürümünü alın. Klonlanmış deponun üst düzey dizininde bulunan okuma metni dosyasındaki yönergeleri izleyerek çözümleme kodunu yükleyin.

Ardından, isteğe bağlı parametrelerle birlikte işlenecek dizinleri listeleyen bir metin dosyası edin. Parametreler ve örnekler listesi için örneklere ve analiz alt dizine bakın. Şimdi, burada gösterilen komutu yazarak komut satırında analizi çalıştırın.

Fiji yolu hangi imageJ-win64 dizin olduğunu. exe bulunur. Ve analiz kurulum açıklayan metin dosyasının yerini paramsfile.

Çalıştırılabilir in adı, Fiji'nin hangi işletim sistemine yüklendiğine bağlı olarak farklılık gösterebilir. Analiz otomatik olarak çalışır ve görüntü boyutu ve sayısına bağlı olarak birkaç saat sürer. Ardından, belirtilen çıktı dizininin yer kaplama alt dizini bulunan kalite kontrol dosyalarını inceleyin.

Sahte sis veya kötü yakalanan parçacıklar ile görüntüleri not edin, tüm arka plan eşleşmedi gölgeli anahatlar olarak görünür. İşte bu kadar. Veriler artık deneye özgü analiz ve şekil üretimi için hazırdır.

Parçacık eşiği yöntemi mükemmel olmasa da, burada kabul edilebilir sonuçlara bir örnek verilmiştir. QC görüntüleri değerlendirilirken, üç yaygın hata bulunur. Parçacık sınırlarına tam olarak uyulmaması, parçacıkların tanımlanmaması ve yapı nın eklenmesi.

Burada, zaman içinde iki deneysel reaktör arasındaki parçacık dağılımları görüntülenir ve araştırmacı tarafından belirtilen nitel meta verilerle birleştirilir. Bu grafik, bu durumda, reaktörler in zaman ilerledikçe daha büyük bir ortalama ve daha geniş yayılma eğiliminde genellikle benzer parçacık boyutu dağılımları olduğunu göstermektedir. Bu yordamı gerçekleştirirken, düzgün dağılmış parçacıklar içeren agar ince bir tabaka ile plaka eşit kaplamak için önemlidir.

Pratik ve zaman ayırın emin olun. Bu prosedürün ötesinde, ilginç parçacıklar agar dan excised ve incelenmiş olabilir. Veri açısından, bu protokolden elde edilen dosyalar iyi tanımlanmıştır ve gökyüzü analitik olarak sınırdır.

Bu teknik aerobik granüler çamur içine yeni anlayışlar sağlayan içine yol açtı. Bu morfolojisi çok önemli ve standart bir şekilde ölçmemizi sağladı. Atık su biyolojik olarak aktiftir.

Biyo güvenlik seviyesi bir uygulama teşvik edilmektedir. Ayrıca, nasıl agar mikrodalga ve santrifüj tüp açarken sıcak damlacıkları sprey üzerinde kabarcık olabilir.