Name: Yüzen hidroponik sistemde Arabidopsis thaliana kökleri üzerinde bakteriyel kolonizasyon ve bakım izleme (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-05-28T09:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 4 s
Description: Keşfedin yüzen hidroponik sistemde Arabidopsis thaliana köklerinde bakteriyel kolonizasyon ve bakım izleme yöntemini. Bu protokol bitki-mikrop etkileşimlerini nicel ve görsel olarak analiz etmeyi sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, enerji biyolojik ve çevresel araştırmalar bölümü (DOE-BER 0000217519 için E.A.S.), Ulusal Bilim Vakfı (E. A. S için IOS-1343020 Ilham) tarafından sağlanan araştırma fonları tarafından destekleniyordu. SLH Ayrıca Ulusal Bilim Vakfı lisansüstü araştırma bursu programı tarafından destekleniyordu. Dr. Jeffery Dangl 'a, bakteriyel suşlar ve paha biçilmez bir anlayış sağlamak için teşekkür ederiz. Biz deneysel öneriler için Dr Andrew Klein ve Matthew J. Powers teşekkür ederiz. Son olarak, SLH bize bilim yaymak bir ayrıcalık ve bir sorumluluk, özellikle yaratıcı ve erişilebilir yollarla olduğunu hatırlatan için sosyal medya bağlantıları teşekkür etmek istiyorum.

Not: deneysel kurulum, netlik için açıklanmıştır ve bu rapora dahil edilen temsili sonuçları oluşturmak için kullanılır, ancak koşullar istediğiniz gibi değiştirilebilir. Kullanılan bakterilerin BSL durumuna göre, tüm adımlar KKD kullanılarak ve güvenlik için kurumsal ve Federal kaldığımız aşağıdaki yapılmalıdır.
1. bakterilerin karakterizasyonu
<ol><li>Büyüme orta agar plaka üzerinde bakterilerin morfolojisi belirleyin. Yaklaşık bir OD600 = 0,5 ve plaka bir 1 μL hacim tercih agar orta üzerine resuspend hücreleri. Özel bakteriyel topluluğun bireysel üyelerini daha iyi ayırt etmek için 20 mg/mL 'Lik son konsantrasyon için agar plakalarına X-GAL ekleyin. Kolonilerin formuna kadar 24 °C veya 30 °C ' de büyütün, sonra koloni morfolojisine ait resimler ve notlar alın.</li>
	<li>Her bir bakteriyel gerilimin optik yoğunluğu ve mL16başına CFU (koloni şekillendirme üniteleri) sayısı arasındaki korelasyon tanımlayın. Yaklaşık bir OD600 = 5 için 24-iyi plaka su 1 ml içinde resuspend bakteriler, iki kat seri seyreltme gerçekleştirmek, tüm seyreltme od600 izlemek, ve plaka her her örnekteki uygulanabilir CFU/ml belirlemek için birden fazla optik yoğunlukları.</li>
	<li>Her bakteriyel gerginlik için maksimum sonication toleransı belirleyin. Bunu yapmak için, bir 24-kuyu plaka sıvı orta içeren içine kısım hücreleri, bir unsonicated kontrol örneği olarak bazı hücreler rezerve. 24 uçlu bir boynuz eki ile bir ultrasonicator kullanarak, 2 s darbeleri ile 40 amfi at sonication 12 s üç tur uygulayın. Not: 24-iyi ultrasonicator kullanımı, ancak bir mikroipucu ile donatılmış bir ultrasonicator kullanın ve bağımsız olarak her örnek sonication gerçekleştirmek, üretim tesisi örneklerinin akış çoğullama kolaylaştırmak için tavsiye edilir. Her zaman en az 25 NRR koruması için derecelendirilmiştir earmuffs giymek.</li>
	<li>On-sonicated ve unsonicated numuneler ve nokta agar plakaları üzerinde 10 kat seri seyreltme gerçekleştirin. Sonication sonra uygun hücrelerde bir azalma olup olmadığını belirleyin. Eğer öyleyse, yeni bir örnek kullanın ve tedavi son CFU/mL17üzerinde hiçbir etkisi olana kadar azalan toplam sonication zaman veya genlik kullanarak sonication adım tekrarlayın.</li>
</ol>2. plastik bir kafes üzerinde Arabidopsis thaliana fide hazırlanması
<ol><li>Standart bir delik puncher kullanarak plastik Mesh diskleri oluşturun.<ol>
<li>Alüminyum folyo gevşek bir kapak ile bir cam kap içinde diskleri toplamak ve bir otoklav 20 dk kuru döngüsü13ayarlamak kullanarak sterilize.</li>
		<li>Alev sterilize Cımbız kullanarak, bir bitki büyüme-orta agar plaka yüzeyinde tek bir katmanda yaklaşık 40 sterilize Mesh diskleri dağıtın. Kullanmak 0.5 x Murashige ve Skoog (MS) tuzları, içeren 500 mg/L mes tampon [2-(N-morpholino) etesulfonik asit] ve 1,5% Bacto agar, bitki büyüme orta olarak, ile 50 μg/ml Benomyl fide, mantar kontaminasyon limitine eklendi.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Daha önce17açıklandığı gibi A. thaliana akıenik tohumları hazırlayın.<ol>
<li>Yaklaşık 100 – 300 tohum her bir raf ve bir duman kaputu bir resealable cam veya ağır Plastik Konteyner ("jar") içine bireysel santrifüjler tüpleri içine yerleştirin.</li>
		<li>Dikkatli kullanarak, kavanoz içine çamaşır suyu 100 ml bir kabı koyun, çamaşır suyu için konsantre HCL 3 ml ekleyin ve hemen kavanoz mühür ve en az 4 h için tohumları sterilize etmek dumanı izin.</li>
		<li>Dikkatle kavanoz ve mühür altında sterilize tohum tüpleri kaldırın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Her kafes merkezinde iki tohum yerleştirin. Cerrahi bantla mühür plakaları ve 2 – 6 gün boyunca 4 °C ' de karanlıkla tohumların vernalize edilmesi için inküye yapın.</li>
	<li>Fidanları çimdikmek ve büyümek için, kısa gün ayarlarında 8 – 10 gün boyunca bir bitki büyüme odasına plaka agar yan yere yerleştirin: 21 °C ' de 9 h ışık ve 18 °C ' de 15 h karanlık (Şekil 1, adım 2).</li>
</ol>3. sıvı bakteriyel büyüme ortamında bitkilerin kolonizasyonu
<ol><li>Sadece medya kontrol kuyuları dışında, steril 24 kuyu plakasının her bir kuyusu için 1 mL bakteriyel büyüme ortamı ekleyin. Kullanım Lennox Luria broth (Tripton 10 g, maya özü 5 g, NaCl 5 g) bakteriyel büyüme ortamı olarak.</li>
	<li>Örgü agar plakalardan sıvı (Şekil 1, adım 3A) gömülü çimlenme fidanları aktarın.<ol>
<li>Yavaşça iki çimlenmiş fide içeren Mesh soyma yukarı ve alev sterilize forseps kullanarak agar plaka kapalı. Eşit büyüklükte ve hasarlı fide ile mesh seçin.</li>
		<li>Agar kaldırma pürüzsüz değilse, bu Mesh ve bitki atın. Bir float her iyi bakteriyel büyüme sıvı, kök yan aşağı aktarın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Yüzen fide içeren kuyuları içine bakterileri inoculate.<ol>
<li>Resuspend bakteri bir OD600 için agar plakaları üzerinde gece yetiştirilen 108 CFU/ml bakteriyel büyüme orta sıvı eşdeğer. İyi başına 106 CFU bakteri son konsantrasyon için her iyi Için 10 μL bakteriyel süspansiyon ekleyin.</li>
		<li>Eğer bakteri karışımı hazırlıyorsanız, her biri OD600 için 108 CFU/ml 'ye eşdeğerdir, eşit oranlarda karıştırın ve sıvı iyi başına son karışımı 10 μL ekleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Steril büyüme için plakayı mühürleyin. Yapışkan tarafa dokunmadan, plaka genelinde gaz geçirgen film dikkatle basın. Her bir kuyu, kuyular tarafından yapılan Yüzüklerin her birinin etrafında basınç uygulayarak ayrı olarak mühürlendiğinden emin olun. Plakanın plastik kapağını, plaka ve gaz geçirgen film üzerinde (Şekil 1, adım 3B) yerine takın.</li>
	<li>Bir bitki büyüme odasında 18 h için plakaları inküye, fide başlangıçta çimlenme olduğu gibi aynı koşullarda, 220 RPM için ayarlanmış bir orbital plaka Shaker dışında.</li>
</ol>4. bakteriyel kolonizasyon Bakımı
<ol><li>Tüm yüzer (Mesh üzerinde bitkiler) durulama için, yeni bir 24-kuyu plaka kuyuları için steril su 1 mL ekleyin. Gaz geçirgen filmi çıkarın. Steril forseps kullanarak, su ile kuyulara transfer yüzer (Şekil 1, adım 4a). Ajitasyon olmadan oda sıcaklığında (RT) 10 dakika boyunca dinlenerek durulayın. Not: zaman içinde kolonizasyon korumak için kendi yeteneğini yerine kökleri bakteriyel kolonizasyon verimliliği belirlemek Için, bitkiler adım 5,1 doğrudan alarak bu adımda feda edilebilir.</li>
	<li>1 mL bitki büyüme ortamına sahip yeni 24 kuyu plakasının kuyularını doldurun. Her kuyunda bir kafes aktarın. Bir gaz geçirgen mühür ile kapak ve bitki büyüme odasında 220 RPM orbital plaka Shaker üzerinde 72 h için inkük (Şekil 1, Adım 4B).</li>
	<li>72 h kuluçk döneminden sonra yüzer ile adım 4,1 olarak gerçekleştirilen durulama tekrarlayın.</li>
</ol>5. uygun hücre sayıları için bakteri toplama
Not: fide kökü başına bakteri sayısı herhangi bir inkübasyon timepoint tespit edilebilir. Kolonizasyon 0 saat ile 18 saat arasında izlenebilmektedir, ancak bakım 18 saat sonrasına kadar izlenebilmektedir. Görüntüleme için mukadder bitkiler Bölüm 6 doğrudan devam edebilirsiniz.
<ol><li>Fidanları Mesh 'ten çıkarın (Şekil 1, adım 5). Yavaşça yaprakları altında alev sterilize forseps yerleştirin (ama Mesh yaprak tarafında), ve hafifçe kök çimdik. Çekirdeklerini yukarı ve uzak kafes onu kırmadan kökünü koparmak için oynatın. Kök kırıldığında, yavaşça tam uzunluğu toplamak için Mesh alt kazımak.</li>
	<li>Bitki kökleri bakteri çıkarın. 1 mL ddH20 içeren 24 kuyu plakasının kuyularına bakterileri aktarın. 1,3 adımda açıklandığı gibi örnekleri sonikat. Not: mikroskop kullanarak, sonicated örnekteki kök yüzeyinde kalan tüm bakterileri arayın. Bakteri kalırsa, hiçbir bakteri bağlı kalması kadar toplam sonication zaman veya yoğunluğu artırmak, Bölüm 1 ' de belirlendiği gibi uygun hücre sayar etkilemez sonication en üst seviyeye kadar.</li>
	<li>Kökleri üzerinde bakteri ölçmek.<ol>
<li>Bakteriyel büyüme ortamında 10-6 seyreltme kadar sonicated numunelerin seri 10-Fold seyreltmeleri gerçekleştirin. Bireysel agar plakalarına her seyreltme 50 μL ekleyin ve steril cam boncuklar (veya bakteriyel Spreader) ile yayılır. Bireysel koloniler sayılana kadar plakaları bakteri için optimum sıcaklıkta inküye.</li>
		<li>Bir kez ayırt, her koloni morfoloji sayısını saymak (Bölüm 1 ' de belirlendiği gibi), ve fide başına her bakteriyel türlerin CFU hesaplayın. Kolonizasyon veya bakım sırasında kontaminasyon bakteriyel varlığı etkileyebilir gibi, kontaminasyon gösteren tüm örnekleri atın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>6. mikroskobik için bozulmamış bitki kökleri koleksiyonu
<ol><li>Forseps kullanarak, Bölüm 5 ' te olduğu gibi fidanları Meshden çıkarın.</li>
	<li>Her tesisi mikroskop slaytlarına aktarın.<ol>
<li>Slaytta kökünün ucunu yerleştirin ve slaytla Flush aşağı ateş ayarlamak için ucunu uzağa sürükleyin, en iyi görüntüleme için düzleştirilmiş bir kök sağlanması. Kaplamalar ve slaytlar arasında arayüzleri hidrat örnekleri için su veya steril bitki büyüme orta bir damla ekleyin.</li>
		<li>Kök taç ( Şekil 1' de en üst kutulu bölge) hemen üzerinde bir cam lamel magazini yerleştirin ve çekim altında lamel magazini (kök taç görüntüleme için izin vermek için) eğimli önlemek için bırakır ve yavaşça aşağı basın17.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Floresan bakteriler kullanarak, görüntü uygun uyarılma/emisyon filtreleri kullanarak birbirinden ve bitki kökü18bakteri ayırt etmek.</li>
</ol>

<ol><li>Strange, R. N., Scott, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+disease%3A+a+threat+to+global+food+security%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Phytopathology%22%5BJournal%5D)">Plant disease: a threat to global food security.</a> Annual Review of Phytopathology. 43, 83-116 (2005).</li>
<li>Cook, A. M., Grossenbacher, H., Hütter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+cultivation+of+microbes+with+biodegradative+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Experientia%22%5BJournal%5D)">Isolation and cultivation of microbes with biodegradative potential.</a> Experientia. 39 (11), 1191-1198 (1983).</li>
<li>Vacheron, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+growth-promoting+rhizobacteria+and+root+system+functioning%5BTitle%5D)+AND+%22Fronteirs+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">Plant growth-promoting rhizobacteria and root system functioning.</a> Fronteirs in Plant Science. 4, 356(2013).</li>
<li>Backer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+Growth-Promoting+Rhizobacteria%3A+Context%2C+Mechanisms+of+Action%2C+and+Roadmap+to+Commercialization+of+Biostimulants+for+Sustainable+Agriculture%5BTitle%5D)+AND+%22Fronteirs+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">Plant Growth-Promoting Rhizobacteria: Context, Mechanisms of Action, and Roadmap to Commercialization of Biostimulants for Sustainable Agriculture.</a> Fronteirs in Plant Science. 9, 1473(2018).</li>
<li>Zamioudis, C., Pieterse, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+host+immunity+by+beneficial+microbes%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Plant-Microbe+Interactions%22%5BJournal%5D)">Modulation of host immunity by beneficial microbes.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 25 (2), 139-150 (2012).</li>
<li>Kröber, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+the+strain+Bacillus+amyloliquefaciens+FZB42+on+the+microbial+community+in+the+rhizosphere+of+lettuce+under+field+conditions+analyzed+by+whole+metagenome+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Effect of the strain Bacillus amyloliquefaciens FZB42 on the microbial community in the rhizosphere of lettuce under field conditions analyzed by whole metagenome sequencing.</a> Frontiers in Microbiology. 5, 252(2014).</li>
<li>Bulgarelli, D., Schlaeppi, K., Spaepen, S., Ver Loren van Themaat, E., Schulze-Lefert, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+functions+of+the+bacterial+microbiota+of+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Plant+Biology%22%5BJournal%5D)">Structure and functions of the bacterial microbiota of plants.</a> Annual Review of Plant Biology. 64, 807-838 (2013).</li>
<li>Niu, B., Paulson, J. N., Zheng, X., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simplified+and+representative+bacterial+community+of+maize+roots%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+USA%22%5BJournal%5D)">Simplified and representative bacterial community of maize roots.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 114 (12), E2450-E2459 (2017).</li>
<li>Richter-Heitmann, T., Eickhorst, T., Knauth, S., Friedrich, M. W., Schmidt, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Strategies+to+Separate+Root-Associated+Microbial+Communities%3A+A+Crucial+Choice+in+Rhizobiome+Research%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Strategies to Separate Root-Associated Microbial Communities: A Crucial Choice in Rhizobiome Research.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 773(2016).</li>
<li>Shank, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+coculture+to+detect+chemically+mediated+interspecies+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visual+Experiments%22%5BJournal%5D)">Using coculture to detect chemically mediated interspecies interactions.</a> Journal of Visual Experiments. (80), e50863(2013).</li>
<li>Woodward, A. W., Bartel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biology+in+Bloom%3A+A+Primer+on+the+Arabidopsis+thaliana+Model+System%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Biology in Bloom: A Primer on the Arabidopsis thaliana Model System.</a> Genetics. 208 (4), 1337-1349 (2018).</li>
<li>Alatorre-Cobos, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved%2C+low-cost%2C+hydroponic+system+for+growing+Arabidopsis+and+other+plant+species+under+aseptic+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biology%22%5BJournal%5D)">An improved, low-cost, hydroponic system for growing Arabidopsis and other plant species under aseptic conditions.</a> BMC Plant Biology. 14, 69(2014).</li>
<li>Haney, C. H., Samuel, B. S., Bush, J., Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Associations+with+rhizosphere+bacteria+can+confer+an+adaptive+advantage+to+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Plants%22%5BJournal%5D)">Associations with rhizosphere bacteria can confer an adaptive advantage to plants.</a> Nature Plants. 1 (6), (2015).</li>
<li>Massalha, H., Korenblum, E., Malitsky, S., Shapiro, O. H., Aharoni, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+imaging+of+root-bacteria+interactions+in+a+microfluidics+setup%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+USA%22%5BJournal%5D)">Live imaging of root-bacteria interactions in a microfluidics setup.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 114 (17), 4549-4554 (2017).</li>
<li>Townsley, L., Yannarell, S. M., Huynh, T. N., Woodward, J. J., Shank, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cyclic+di-AMP+Acts+as+an+Extracellular+Signal+That+Impacts%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Cyclic di-AMP Acts as an Extracellular Signal That Impacts.</a> MBio. 9 (2), (2018).</li>
<li>Beauregard, P. B., Chai, Y., Vlamakis, H., Losick, R., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacillus+subtilis+biofilm+induction+by+plant+polysaccharides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Bacillus subtilis biofilm induction by plant polysaccharides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences U S A. 110 (17), E1621-E1630 (2013).</li>
<li>Matthysse, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adherence+of+Bacteria+to+Plant+Surfaces+Measured+in+the+Laboratory%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visual+Experiments%22%5BJournal%5D)">Adherence of Bacteria to Plant Surfaces Measured in the Laboratory.</a> Journal of Visual Experiments. 136 (136), (2018).</li>
<li>Garcia-Betancur, J. C., Yepes, A., Schneider, J., Lopez, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+of+Bacillus+subtilis+biofilms+using+fluorescence+microscopy+and+flow+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visual+Experiments%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis of Bacillus subtilis biofilms using fluorescence microscopy and flow cytometry.</a> Journal of Visual Experiments. (60), (2012).</li>
<li>Cole, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+identification+of+bacterial+plant+colonization+genes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biology%22%5BJournal%5D)">Genome-wide identification of bacterial plant colonization genes.</a> PLoS Biology. 15 (9), e2002860(2017).</li>
<li>Lundberg, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defining+the+core+Arabidopsis+thaliana+root+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Defining the core Arabidopsis thaliana root microbiome.</a> Nature. 488 (7409), 86-90 (2012).</li>
<li>Grandchamp, G. M., Caro, L., Shank, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pirated+Siderophores+Promote+Sporulation+in+Bacillus+subtilis%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Pirated Siderophores Promote Sporulation in Bacillus subtilis.</a> Applied Environmental Microbiology. 83 (10), (2017).</li>
<li>Gange, A. C., Gadhave, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+growth-promoting+rhizobacteria+promote+plant+size+inequality%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Reports%22%5BJournal%5D)">Plant growth-promoting rhizobacteria promote plant size inequality.</a> Science Reports. 8 (1), 13828(2018).</li>
<li>Levy, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+features+of+bacterial+adaptation+to+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Genetics%22%5BJournal%5D)">Genomic features of bacterial adaptation to plants.</a> Nature Genetics. 50 (1), 138-150 (2018).</li>
<li>Martínez-Hidalgo, P., Maymon, M., Pule-Meulenberg, F., Hirsch, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+root+microbiomes+for+healthier+crops+and+soils+using+beneficial%2C+environmentally+safe+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Canada+Journal+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Engineering root microbiomes for healthier crops and soils using beneficial, environmentally safe bacteria.</a> Canada Journal of Microbiology. , 1-14 (2018).</li>
<li>Niu, B., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+the+Composition+Dynamics+of+a+Maize+Root-associated+Simplified+Bacterial+Community+and+Evaluation+of+Its+Biological+Control+Effect%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protocol%22%5BJournal%5D)">Quantification of the Composition Dynamics of a Maize Root-associated Simplified Bacterial Community and Evaluation of Its Biological Control Effect.</a> Bio Protocol. 8 (12), (2018).</li>
</ol>

Yazarların ifşa etmesi gereken hiçbir şey yok.

Tüm ortamlarda bitkiler milyonlarca farklı bakteri ve mantar5,7ile etkileşim. Bu etkileşimler, bitki sağlığını olumsuz ve olumlu yönde etkileyebilir, ürün verimi ve gıda üretiminde potansiyel etkilere neden olabilir. Son çalışmalar ayrıca PGPBs tarafından bitkileri değişken kolonizasyon öngörülemeyen bitki boyutu ve alan denemeleri22ürün verimi için hesap olabileceğini göstermektedir. Bu etkileşimlerin arkasındaki mekanizmaları anlamak, st...

Bakteriyel ve mantar hastalıklarla mahsul imha azaltılan gıda üretimi ile sonuçlanır ve ciddi küresel istikrar bozabilir1. Bastırıcı topraklarda mikropların bitki sağlığı artırmak için sorumlu olduğunu keşif dayanarak2, bilim adamları bitki mikrobiome varlığı ve belirli bolluğu değiştirerek bitki büyümesini desteklemek için yararlanarak olup olmadığını sordu bakteriyel türler3. Bitki büyüme veya gelişim yardım bulundu bakteri topluca bitki büyüme teşvik bakteri (PGPB) olarak adlandırılır. Daha yakın zamanda, çalışmalar sadece potansiyel pgpb tanımlamak için nasıl toprak, kökleri etrafında veya rizosfer 'de (bölge doğrudan çevreleyen ve kök yüzeyi dahil) pgpb etkileyebilir nasıl interkingdom etkileşimleri anlamak için kaymıştır Etkinlik4.
PGPB tarafından Rhizosphere kolonizasyonu, kolonize edilmemiş tesislere göre çeşitli streslere yanıt olarak ev sahibi tesislerin sağlığını veya gelişimini artırabilir5. Ancak, sonuçlar sıklıkla doğal toprak koşullarında yakından kontrollü sera ve laboratuar ayarlarında gözlenen göre daha değişkendir6. Bu fark için bir hipotez, pgpb 'nin büyüme veya davranışının7,8' deki yerli toprak bakterileri veya mantarları tarafından önlenmesi olabilir. Rizosfer 'de bakterilerin yararlı etkileri genellikle 1 bakteri yeteneğine bağlıdır) bulmak ve köküne doğru hareket, 2) biyofilm oluşumu ile kök kolonize, ve 3) küçük molekül üretimi ile ev sahibi bitki veya patojenler ile etkileşim metabolitler7,9. Bu kolonizasyon davranışları herhangi komşu mikropların varlığı ve aktivite etkilenebilir10.
Rizosfer 'de 'in bu farklı bakteriyel kolonizasyon aşamalarını ölçmek ve görselleştirecek bir sistem tasarladık (Şekil 1). Bu yaklaşım, uzun vadeli PGPB bakımının bazen bitkilerin önceden inoculated Fide dikimi sırasında olduğu gibi yeni ortamlar içine aktarılması sonrasında nasıl gözlemlendiği konusunda araştırmalar yapmayı kolaylaştıracaktır. Arabidopsis thaliana olarak laboratuvar çalışmalarında geniş kullanımı yanı sıra mikrobiyal etkileşimleri hakkında mevcut geniş veri nedeniyle bir bitki modeli olarak seçildi11. Sistemde üç aşama vardır: 1) A. thaliana büyüme, 2) bakteriyel kolonizasyon, ve 3) bakteriyel bakım (bkz. Şekil 1). Çünkü a. thaliana bir karasal bitki, bu Hydroponic sistemi12içinde gereksiz su stres acı olmadığını sağlamak için önemliydi. Haney ve el.13tarafından kullanılan yöntemlerden esinlenerek, fide sıvı büyüme ortamından çekimi ayırmak için plastik mesh üzerinde yetiştirilen. Bu sistem sağlık ve bitki Konağı gelişimi tehlikeye görünmüyor ve sıvı11 bir. thaliana büyüme geliştirir. Bitki çekimi yüzeyin üzerinde yüzen gibi, kökleri tamamen sıvı bakteriyel büyüme ortamına aşı bakteriler tarafından kolonizasyon maruz kalır. Bu ilgi bakteriler en büyüme için elverişli besin kolonizasyon için incelenmesini sağlar, daha sonra bitki büyüme desteklemek için tasarlanmış bir besin ortamında büyüyen devam etmek için koşullar değişen süre. Her iki aşamada da kök13kanda oksijen azlığı önlemek için sabit sallayarak içerir. Bakteriler, kolonizasyon ortamından veya bakım ortamına transfer edildikten sonra bitki köklerinden görüntülenebilir veya niceleyilebilir. Bu hidroponik sistem çok esnektir, deneysel koşullara izin verir ve uygulamalı stresler araştırmacılar ilgi alanlarına bağlı olarak kolayca değiştirilecektir.
Bu tanımlanan yöntem, bitki-mikrobe etkileşimleri hakkında literatürde daha büyük gövde bağlamında önemlidir, çünkü kök yüzeyinde bu etkileşimlerin incelenmesi için sağlam bir sistem sağlar, çünkü aynı zamanda büyüme tercihlerine göre özelleştirilebilir farklı bakteriler. Bitki biyoloji laboratuvarları genellikle katı agar bitki mikrobe kolonizasyon denemeleri gerçekleştirmek, sadece düzlemsel hareket için izin (Eğer bu) bakteri de sonraki transfer sırasında bitkilerin potansiyel olarak yıkıcı manipülasyon gerektirirken. Buna karşılık, Mikrobiyoloji laboratuvarları genellikle onların deneyler içinde bakterilerin sağlığını önceliklenmiş, bitkilerin zarar için14,15. Bitki ve Mikrobiyoloji odaklı laboratuvarlar bu farklı öncelikleri tarihsel zor bu gruplar arasında sonuçları karşılaştırmak için yapılmış, çünkü her genellikle ilgi organizmalarını optimize etmek için deneysel koşulları optimize15. Burada açıklanan yüzen Mesh-bitki-büyüme sistemi tam bitki dalgıç, önceki Mikrobiyoloji odaklı çalışmalar için önemli bir avantaj önler, aynı zamanda geçici kolonizasyon kolaylaştırmak için bakteri büyüme ve hayatta kalma optimize ederken. Böylece, biz burada mevcut tahlil her iki bitki biyologlar (aşırı hidrasyon ve bitki dokunsal manipülasyon hakkında) mikrobiyologlar kriterleri tatmin ederken (farklı bakteriyel büyüme koşulları ve birden fazla izin kaygıları adres olabilir tür etkileşimleri)7. Bu protokol çeşitli bakteriler, bitkiler ve çevresel koşullar ile kullanılmak üzere uyarlanabilir şekilde tasarlanmıştır.

<table><tbody><tr><td><>Gerekli Malzemeler</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1.5 mL eppendorf tüpleri</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>24 oyuklu plakalar</td><td>BD Falcon</td><td>1801343</td><td></td></tr><tr><td>Aeraseal</td><td>Excel Scientific</td><td>BE255A2</td><td></td></tr><tr><td>Otoklav</td> İlgilenilen <td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr>bakteri herhangi <td>bir</td><td>N / A</td><td>Depolanmış</td><td>- 80? % 40 gliserol içinde C</td></tr><tr>,<td>BactoAgar</td><td>BD</td><td>2306428'i tercih etti; REF 214010</td><td></td></tr><tr><td>ağartıcı</td><td>herhangi bir</td><td>N/A</td> Conviron herhangi bir N/A <td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td>Kısa Gün Aydınlık-Karanlık Döngüleri: 460-600 & mikro; mol/m&sup2;/s 9/15 saat, aydınlık/karanlık 18/21'de ayarlandı mı? C, iç elektrik prizi ile</td></tr><tr><td>Kurutucu Kavanoz: cam veya ağır plastik</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Etanol</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Alev</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Forseps</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>İnkübatör</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td>Belirtilen bakterilerin büyümesi için en uygun sıcaklıkta</td></tr><tr><td>Hidroklorik Asit</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Lennox LB Et Suyu</td><td>RPI</td><td>L24066-1000.0</td><td></td></tr><tr><td>Herhangi bir</td><td>N/A</td><td></td><td>Mikropipetleyici,</td></tr><tr><td></td><td>herhangi bir</td><td>N/A</td><td>Cilt 5 ve mikro mikrosantrifüj; L ila 1000 ve mikro; L</td></tr><tr><td>Mikroskop (tercihen floresan)</td> <td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td>En iyi tanım önemli değilse hafif olabilir</td></tr><tr><td>MS Tuzları + MES</td><td>RPI</td><td>M70300-50.0</td><td></td></tr><tr><td>Orbital Plaka Çalkalayıcı</td><td>herhangi bir</td><td>Yok</td><td>En az 96 saat 220 rpm'de çalışabilir</td></tr><tr><td>Petri Kapları</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td>50 mL toplam hacim</td></tr><tr><td>Rezervuarlar</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Spektrofotometre</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Standart Delik Zımba</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td>Yaklaşık 7mm zımba çapı</td></tr><tr><td>Steril su</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Cerrahi Bant</td><td>3M</td><td>MMM1538-1</td><td></td></tr><tr><td>Teflon Mesh</td><td>McMaster-Carr</td><td>1100t41</td><td></td></tr><tr><td>Ultrasonikatör</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>Vorteks Karıştırıcı</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td></td></tr><tr><td>X-gal</td><td>GoldBio</td><td>x4281c</td><td>diğer satıcılar mevcut</td></tr><tr><td>< güçlü > Önerilen Malzemeler< / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>24 Çatal Ultrasonikatör eki</td><td>herhangi bir</td><td>N / A</td><td>Aynı anda birden fazla örneği sonikasyon için. Bireysel olarak yapılabilir:</td></tr><tr><td>Alumaseal II</td>, <td>Excel Scientific</td><td>FE124F</td><td></td></tr><tr><td>, Cam boncuklar</td>, <td>herhangi bir</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Multipetter/Repeter</td>, <td>herhangi bir</td><td>N/A</td><td></td>,</tr><tr><td>Steril 96 oyuklu plakalar</td>, <td>herhangi bir</td><td>N/A,</td><td>Seri seyreltmeler için. Eppendorf tüpleri ile değiştirilebilir</td></tr><tr><td><güçlü >Kullanılan Biyolojik Malzemeler</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Arabidopsis thaliana herhangi</td><td>bir</td><td>N / A</td><td>Tohum stokları için Arabidopsis Biyolojik Kaynak Merkezi'ni öneriyoruz</td></tr><tr><td>Arthrobacter nicotinovorans</td><td></td><td></td><td>Levy, et al. 2018</td></tr><tr><td>Curtobacterium oceanosedimentum</td><td></td><td></td><td>Levy, et al. 2018</td></tr><tr><td>Microbacterium oleivorans</td><td></td><td></td><td>Levy, et al. 2018</td></tr><tr><td>Pseudomonas simiae WCS417r</td><td></td><td></td><td>Haney, et al. 2015'te benzer bir sistemde yayınlanmıştır. Cole, et al. 2017</em'de geliştirilen kullanılan suş></td></tr></tbody></table>

yüzen hidroponik sistemde arabidopsis thaliana kökleri üzerinde bakteriyel kolonizasyon ve bakım izleme

Monitoring Bacterial Colonization and Maintenance on Arabidopsis thaliana Roots in a Floating Hydroponic System

Bakteriler, etkileşen mikroplar, daha büyük organizmalar ve Abiotik çevre ile şekillendirilen kompleks rizosfer 'de microbiomes oluşturur. Laboratuvar koşullarında, bitki büyüme teşvik bakteri (pgpb) tarafından rizosfer 'de kolonizasyon sağlığını veya kolonize bitkiler göreli ev sahibi bitkilerin gelişimini artırabilir. Ancak, alan ayarlarında, PGPB ile bakteriyel tedaviler genellikle bitkileri için önemli faydalar sağlamaz. Bir açıklama bu bitki ömrü boyunca endojen toprak mikroplar ile etkileşimler sırasında PGPB kaybı nedeniyle olabilir olmasıdır. Bu olasılık, çoğu çalışmada rizosfer 'de topluluklar içinde pgpb bakım yerine ilk kolonizasyon odaklanmak beri, onaylamak zor olmuştur. Burada hipotez, montaj, birlikte olma ve bakteriyel toplulukların Bakımı rizosfer 'de mikroortamın deterministic özellikleri ile şekillendirilir ve bu etkileşimlerin yerel ayarlarında pgpb hayatta kalma etkileyebilir. Bu davranışları incelemek için, bir hidroponik bitki büyüme tahlil ölçmek ve bitki kökleri ilk kolonizasyon sırasında bakterilerin uzamsal dağılımı görselleştirmek ve farklı büyüme transfer sonra Arabidopsis thaliana kullanılarak optimize edilmiştir Ortam. Bu sistemin yeniden üretilebilirliği ve yarar daha sonra iyi okudu PGPB Pseudomonas simiaeile doğrulanır. Birden fazla bakteriyel türün varlığının bitki kökü üzerinde kolonizasyon ve bakım dinamiklerini nasıl etkileyebileceğini araştırmak için, üç bakteriyel sudan bir model topluluğu (bir Arthrobacter, Curtobacteriumve microbacterium türleri) aslen A. thaliana rizosfer 'de 'den izole edilmiştir. Bu farklı bakteriyel türlerin varlığı bu Hidroponik bitki-bakım tahlil kullanılarak ölçülebilir gösterilmiştir, hangi sıralama tabanlı bakteriyel toplum çalışmaları için bir alternatif sağlar. Bu sistemi kullanarak gelecekteki çalışmalar multispecies bitki mikrobiomes zaman içinde ve değişen çevresel koşullarda bakteriyel davranışlar anlayışını artırabilir.

İyi karakterize PGPB P. simiae WCS417r hidroponik kültürde A. thaliana kökleri kolonize bilinmektedir. Bu doğal floresan bakterisi, kolonizasyon sonrasında fidanların kökleri üzerindeki mikroskobik kullanarak kolayca görselleştirilebilir (Şekil 2). Bu a. thaliana fide ' (4 – 6 mm uzunluğunda) köklerinin tam uzunluğu görüntü mümkün olmasına rağmen, birçok bitki için bunu yaparken zaman yasak bir miktar alacaktır. Zaman noktaları ve b...

Burada bir hidroponik bitki büyüme tahlil türler varlığı ölçmek ve bitki kökleri ilk kolonizasyon ve farklı büyüme ortamları içine transfer edildikten sonra bakterilerin uzamsal dağılımı görselleştirmek için açıklanmaktadır.

Yüzen hidroponik sistemde Arabidopsis thaliana kökleri üzerinde bakteriyel kolonizasyon ve bakım izleme

Bacteria form complex rhizosphere microbiomes shaped by interacting microbes, larger organisms, and the abiotic environment. Under laboratory conditions, ...

Çoğu deney kolonizasyona odaklanarak bitki-mikrop etkileşimlerini inceler, ancak protokolümüz kökteki bakterilerin hem kolonizasyonuna hem de bakımına bakmak için tasarlanmıştır. Deneyi farklı bakteri ve bitkilere uyacak şekilde değiştirebiliriz ve hatta her 24 kuyuluk tabakta birden fazla bakteriyi test edebiliriz. Başlamak için, plastik örgü diskleri oluşturmak için standart bir delik zımba kullanın.Bir cam kapta diskleri toplamak ve gevşek kapağı. 20 dakikalık kuru bir döngü ye ayarlanmış bir otoklav kullanarak sterilize edin. Daha önce hazırlanmış bitki büyüme orta agar plaka yüzeyinde tek bir tabaka içinde yaklaşık 40 steril örgü diskler dağıtmak için alev sterilize cımbız kullanın.Her kafesin ortasına önceden sterilize edilmiş iki tohum yerleştirin. Tabağı cerrahi bantla kapatın ve tohumları eritmek için karanlıkta dört derece lik bir sıcaklıkta 2-6 gün kuluçkaya yat. Daha sonra, çimlenme ve fide büyümek için 21 santigrat derece ve 15 saat karanlık 15 saat ışık dokuz saat kısa gün ayarları altında sekiz ila 10 gün boyunca bir bitki büyüme odasında aşağı plaka agar tarafı yerleştirin.Steril 24 kuyulu bir plakanın her kuyuya bir mililitre bakteri büyüme ortamı ekleyin. Mesh gömülü çimlenmiş fideaktarmak için, yavaşça iki çimlenmiş içeren örgü soymak için alev steril leştirilmiş çiflikler kullanın, eşit büyüklükte, ve zarar görmemiş fideler yukarı ve agar plaka kapalı. Bir float ile fide ile bakteriyel büyüme sıvı her kuyuya, kök tarafı aşağı aktarın.Daha sonra, sıvı bakteri büyüme orta agar plakaları üzerinde bir gecede yetiştirilen bakterileri resuspend. Her kuyuya 10 mikrolitre bakteriyel süspansiyon ekleyin, sadece medya kontrol kuyuları hariç, her kuyuda bir milyon koloni oluşturan bakteri birimlerinin son konsantrasyonu için. Plakayı steril büyüme için mühürlemek için, yapışkan tarafa dokunmadan gaz geçirilebilir filmi plaka boyunca dikkatlice bastırın.Her kuyunun ayrı ayrı mühürlenmiş olduğundan emin olmak için kuyular tarafından yapılan halkaların her birinin etrafına basınç uygulayın. Daha sonra, gaz geçirilebilir film üzerinde snuggly plastik kapağı ile plaka kapatın. 220 rpm olarak ayarlanmış bir yörünge plaka shaker bir bitki büyüme odasına plaka yerleştirin ve fideler başlangıçta çimlenmiş olduğu gibi aynı koşullar altında 18 saat kuluçka.Tüm bitkileri ile yüzer durulamak için, yeni bir 24-well plaka her kuyuya steril su bir mililitre ekleyin. Bitkilerle birlikte plakadan gaz geçirilebilir filmi çıkarın ve su ile kuyulara yüzen aktarmak için steril forseps kullanın ve ajitasyon olmadan oda sıcaklığında 10 dakika kuluçka. Daha sonra, bitki büyüme orta bir mililitre ile yeni bir 24-well plaka her kuyu doldurun.Her kuyuya bir örgü aktarın ve gaz geçirilebilir bir mühürle kaplayın. Bitki büyüme odasında 220 rpm orbital plaka shaker üzerinde 72 saat kuluçka. Kuluçkadan sonra, daha önce yapıldığı gibi bitkileri durula.Duruladıktan sonra, kafesin yaprak tarafındaki yaprakların altına alevle sterilize edilmiş ençeleri yavaşça yerleştirerek fideleri örgüden çıkarın. Sapı hafifçe çimdikle ve fideleri kırmadan kökü yerinden çıkarmak için örgüden yukarı ve uzağa doğru çekin. Bitki köklerinden bakterileri uzaklaştırmak için, her bir kafesten fidelerin bir mililitre çift distile su içeren 24 kuyuluk bir sonication plakasının ayrı kuyularına aktarılması.El yazmasında açıklandığı gibi çok yönlü bir sonicator kullanarak plaka içindeki tüm örnekleri aynı anda sonicate. Bakterileri ölçmek için, bakteri büyüme ortamında sonicated örneklerinin seri 10 kat seyreltme gerçekleştirin. Steril cam boncuklar kullanarak yayılır ve tek tek koloniler sayılabilir olana kadar bakteriler için en uygun sıcaklıkta kuluçkaya yat.Bozulmamış bitki kökü toplamak için, örgü fideler kaldırmak için forceps kullanın. Daha sonra, her bitkiyi kökün ucunu slayta yerleştirerek ve uçtan uzağa sürükleyerek slaytla çekimi aşağı doğru ayarlayarak en iyi görüntüleme için düzleştirilmiş bir kök sağlayarak bir mikroskop slaytına aktarın. Kapaklar ve slaytlar arasındaki arayüzleri nemlendirmek için her numuneye bir damla su veya steril bitki büyüme ortamı ekleyin.Kapak kaymasının eğimini önlemek için kök taç ve sürgün yapraklarının altına cam bir kapak kaydırın ve hafifçe bastırın. Daha sonra, bakterileri birbirinden ve bitki kökünden ayırt etmek için uygun uyarma/emisyon filtrelerini kullanarak bakterileri görüntüleyin. Pseudomonas simiae, doğal floresan bakteri, kolonize Arabidopsis thaliana kökleri ve bitki büyüme ortamınakil aşağıdaki kök üzerinde muhafaza edildi.Kök taç, orta uzunlukta, ve ucu Pseudomonas simiae kolonizasyonu nedeniyle floresan göstermektedir. No-bakteri negatif kontrol hiçbir kolonizasyon gösterdi. Arabidopsis thaliana köklerindeki Pseudomonas simiae'si 18 saatlik kolonizasyon veya 72 saatlik bakımdan sonra ölçüldüğünde, her iki zaman noktasında da fide başına koloni oluşturan birimlerin toplam sayısı farklı günlerde yapılan biyolojik kopyalar arasında iyi bir tekrarlanabilirlik göstermiştir.Bakım aşamasında 72 saat sonra fidan başına koloni oluşturan birimlerin sayısında bir artış yaşandı, kolonizasyon sonrası 18 saatlik zaman diliminde gözlenen sayılarla karşılaştırıldığında, bitki kökündeki kolonileşmiş bakterilerin aktif büyümesi bakım aşamasında meydana geldi. Laboratuvar koşullarında doğal toprakta yetişen Arabidopsis thaliana'dan izole edilen üç bakteri türü, bitki kökleri üzerinde birden fazla türün ilişkisini izlemek için kullanılmıştır. Koloni morfolojisi ve rengindeki farklılıklar nedeniyle X-gal içeren medyada açıkça ayırt edildiler ve bu da çok türlü bir kültürde bile antibiyotik seçimi olmaksızın her türün fidebaşına koloni oluşturan birimlerin saymasına olanak sağladı.Bu üç bakteri türünün hepsi tek başına ya da bakteri kokültüründe kolonize edildi ve köküzerinde muhafaza edildi. Her tür farklı biyolojik ve teknik kopyalar arasında benzer eğilimler göstererek, bu protokolün her türün kökü başına göreceli veya toplam koloni oluşturan birimleri ölçmek için kullanılabileceğini göstermiştir. Tek başına yetiştirildiğinde, hiçbir tür bakım aşamasında bollukta önemli bir artış göstermedi, ancak birleşik toplumun kökü başına genel koloni oluşturan birimler, bu bakterilerin diğer suşların kolonizasyonunu yasaklamadığını göstererek, ortak kültürlerde arttı.En zor adımlar, kafes disklerinden sağlam bitkilerin kaldırılmasını gerektiren adımlardır. Sabırlı ve nazik olmak bunu mümkün kılar. Bakteri hücreleri floresan ise, örnekler hücrelerin göreli sayısını belirlemek için akış sitometri tarafından sıralanmış olabilir.

monitoring-bacterial-colonization-maintenance-on-arabidopsis-thaliana

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Kaynak: Nathoo, N., ve diğerleri. Bitki/Mikrop Moleküler Etkileşimlerinin ve Sinyallemenin Eşzamanlı ve Sistematik Analizi için Hidroponik Birlikte Yetiştirme Sistemi. J. Vis. Uzm. (2017).Bu video, steril koşullar altında bitki-bakteri etkileşimlerini incelemek için hidroponik bir birlikte yetiştirme sistemini göstermektedir. Bitki fideleri steril, asidik bir büyüme ortamına aktarılır, inkübe edilir ve Agrobacterium ile aşılamadan önce kontaminasyon açısından incelenir. Aktive edilmiş...

Bitki konakçılarının ve etkileşen bakterilerin moleküler tepkilerini incelemek için bir birlikte yetiştirme sistemi

Kaynak: Harris, S. L. ve diğerleri. Arabidopsis thaliana köklerinde bakteriyel kolonizasyonun ve bakımının izlenmesi, yüzen hidroponik sistemde. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, topraksız bir sistemde yetiştirilen Arabidopsis thaliana fidelerinde kökle ilişkili bakterilerin kolonileşmesini izlemek için bir protokolü göstermektedir. Kolonizasyondan sonra, bakteriler sonikasyon ile yerinden çıkarılır, ardından seyreltir, kaplama ve inkübe edilip bakteriyel bağlanma ve canlılığı yansıtan koloniler...

Arabidopsis thaliana köklerinin topraksız bir sistemde bakteriyel kolonizasyonunun izlenmesi

Patojen büyümesinin niceliksel olarak belirlenmesi, çeşitli Arabidopsis thaliana (bundan böyle Arabidopsis olarak anılacaktır) bağışıklık tepkilerini karakterize etmek için güçlü bir araçtır. Burada açıklanan yöntem, Pseudomonas syringae pv'yi ölçmek için optimize edilmiş bir şırınga infiltrasyon testi sunar. maculicola ES4326 yetişkin Arabidopsis yapraklarında büyüme.

Kullanarak Bitki Savunma Yanıtları ince Karakterizasyonu için Bakteriyel Yaprak Sızma Deneyi<em&gt; Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae</em&gt; Pathosystem

Tarif edilen hidrofobik kokültivasyon sistemi, metal örgülü elekler ile bozulmamış bitkileri destekler ve bunları bakteriler ile birlikte yetiştirir. Bitki dokuları, bakteriler ve salgılanan moleküller daha sonra aşağı akış analizleri için ayrıca hasat edilebilmekte, aynı anda her iki bitki barınağının ve etkileşen mikropların veya mikrobiyolojilerin moleküler tepkileri araştırılabilmektedir.

Bitki / Mikrop Moleküler Etkileşimlerinin ve Sinyalizasyonunun Eşzamanlı ve Sistematik Analizi için Hidroponik Birlikte Yetiştirme Sistemi

Bu makalede, ana kök ve kök tüyleri tek bir optik uçağı için confines bir iki katlı mikrosıvısal platformda Arabidopsis thaliana fidan kültür gösterilmiştir. Bu platform iyi kök morfolojisi de yüksek çözünürlüklü görüntüleme gelince gerçek zamanlı optik görüntüleme için başka araçlar tarafından kullanılabilir.

Kök saç Morfoloji Arabidopsis fidan bir iki katlı mikrosıvısal platformda görüntüleme

Basit, çok yönlü ve düşük maliyetli vitro hydroponic sistemi başarılı bir şekilde, Steril koşullar altında büyük ölçekli deneyler etkinleştirme optimize edildi. Bu sistem bir çözüm ve moleküler, biyokimyasal ve fizyolojik çalışmalar için kökleri tarafından verimli kendi emilimi kimyasal uygulama kolaylaştırır.

Küçük moleküllere steril koşullarda bitki yanıt-e doğru değerlendirmek için Hydroponic sistemi esnek bir düşük maliyetli

Arabidopsis ve Medicago'nun kök sistem mimarisini (RSA) incelemek için basit laboratuvar araçları kullanıyoruz. Fideler ağ üzerinde hidroponik olarak yetiştirilir ve RSA'yı ortaya çıkarmak için bir sanat fırçası kullanılarak yayılır. Görüntüler tarama veya yüksek çözünürlüklü bir kamera kullanılarak alınır, daha sonra özellikleri haritalamak için ImageJ ile analiz edilir.

Bitki kök sistemi mimari özelliklerini haritalamak için basit bir protokol

Mikroplu veya mikropsuz filogenetik olarak farklı çeşitli bitkilerin büyümesini destekleyen cam bazlı, yarı hidroponik bir deney sistemi için bir protokol sunuyoruz. Sistem, farklı büyüme ortamlarıyla uyumludur ve aşağı akış analizi için tahribatsız kök eksüda örneklemesine izin verir.

Yarı Hidroponik Kök Eksüda Profillemesi için Çok Yönlü Cam Kavanoz Sistemi

Rizosferde bitki büyümesini teşvik eden rizobakterilerin (PGPR) kolonizasyonu, büyümeyi teşvik edici etkisi için gereklidir. Bakteriyel rizosfer kolonizasyonunun tespit yöntemini standartlaştırmak gerekir. Burada, kök yüzeyindeki bakteri kolonizasyonunu ölçmek için tekrarlanabilir bir yöntem açıklıyoruz.

Hidroponik Durumdaki Arabidopsis thaliana Köklerinde Bakteri Kolonizasyonunun Ölçülmesi

Immünkompetan Fare Seröz Yumurtalık Kanseri bir Ortotopik Model In vivo</emTümör Bağışıklık Yanıtları> Tümör Görüntüleme ve İzleme

Keşfedin yüzen hidroponik sistemde Arabidopsis thaliana köklerinde bakteriyel kolonizasyon ve bakım izleme yöntemini. Bu protokol bitki-mikrop etkileşimlerini nicel ve görsel olarak analiz etmeyi sağlar.

Yüzen hidroponik sistemde Arabidopsis thaliana kökleri üzerinde bakteriyel kolonizasyon ve bakım izleme

Daha fazla video keşfet