Name: Vibrio fischeri Izolatlar arasında rekabetçi etkileşimleri ölçmek için kokuluçak assay (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-07-22T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 43 s
Description: Öğrenin, Vibrio fischeri izolatları arasındaki rekabetçi etkileşimleri karakterize etmek için bu kültür tabanlı protokolü. Floresan proteinler ve antibiyotik direnç genleri kullanarak bakteri popülasyonlarının uzamsal yapısını inceleyin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Biz onların yararlı geribildirim için yorumcular teşekkür etmek istiyorum. A.N.S., Gordon ve Betty Moore Vakfı tarafından Grant GBMF 255,03 aracılığıyla Yaşam Bilimleri Araştırma Vakfı 'na destekleniyordu.

<ol><li>Hibbing, M. E., Fuqua, C., Parsek, M. R., Peterson, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+competition%3A+surviving+and+thriving+in+the+microbial+jungle%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Bacterial competition: surviving and thriving in the microbial jungle.</a> Nature Reviews Microbiology. 8 (1), 15-25 (2010).</li>
<li>Nyholm, S. V., McFall-Ngai, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+winnowing%3A+establishing+the+squid-Vibrio+symbiosis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">The winnowing: establishing the squid-Vibrio symbiosis.</a> Nature Reviews Microbiology. 2 (8), 632-642 (2004).</li>
<li>Dörr, N. C. D., Blockesh, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+type+VI+secretion+system+facilitates+niche+domination%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Bacterial type VI secretion system facilitates niche domination.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (36), 8855-8857 (2018).</li>
<li>Maclntyre, D. L., Miyata, S. T., Kitaoka, M., Pukatzki, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Vibrio+cholerae+type+VI+secretion+system+displays+antimicrobial+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">The Vibrio cholerae type VI secretion system displays antimicrobial properties.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (45), 19520-19524 (2010).</li>
<li>Salomon, D., Gonzalez, H., Updegraff, B. L., Orth, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vibrio+parahaemolyticus+type+VI+secretion+system+1+is+activated+in+marine+conditions+to+target+bacteria%2C+and+is+differentially+regulated+from+system+2%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Vibrio parahaemolyticus type VI secretion system 1 is activated in marine conditions to target bacteria, and is differentially regulated from system 2.</a> PloS One. 8 (4), e61086(2013).</li>
<li>Sana, T. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salmonella+Typhimurium+utilizes+a+T6SS-mediated+antibacterial+weapon+to+establish+in+the+host+gut%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Salmonella Typhimurium utilizes a T6SS-mediated antibacterial weapon to establish in the host gut.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (34), E5044-E5051 (2016).</li>
<li>Schwarz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Burkholderia+type+VI+secretion+systems+have+distinct+roles+in+eukaryotic+and+bacterial+cell+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathogens%22%5BJournal%5D)">Burkholderia type VI secretion systems have distinct roles in eukaryotic and bacterial cell interactions.</a> PLoS Pathogens. 6 (8), e1001068(2010).</li>
<li>Wenren, L. M., Sullivan, N. L., Cardarelli, L., Septer, A. N., Gibbs, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two+independent+pathways+for+self-recognition+in+Proteus+mirabilis+are+linked+by+type+VI-dependent+export%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Two independent pathways for self-recognition in Proteus mirabilis are linked by type VI-dependent export.</a> MBio. 4 (4), (2013).</li>
<li>García-Bayona, L., Guo, M. S., Laub, M. T. J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Contact-dependent+killing+by+Caulobacter+crescentus+via+cell+surface-associated%2C+glycine+zipper+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Contact-dependent killing by Caulobacter crescentus via cell surface-associated, glycine zipper proteins.</a> Elife. 6, 24869(2017).</li>
<li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multifaceted+interfaces+of+bacterial+competition%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">Multifaceted interfaces of bacterial competition.</a> Journal of bacteriology. 198 (16), 2145-2155 (2016).</li>
<li>Cornforth, D. M., Foster, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotics+and+the+art+of+bacterial+war%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Antibiotics and the art of bacterial war.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (35), 10827-10828 (2015).</li>
<li>Shank, E. A., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+developments+in+microbial+interspecies+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">New developments in microbial interspecies signaling.</a> Current Opinion in Microbiology. 12 (2), 205-214 (2009).</li>
<li>Roelofs, K. G., Coyne, M. J., Gentyala, R. R., Chatzidaki-Livanis, M., Comstock, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteroidales+secreted+antimicrobial+proteins+target+surface+molecules+necessary+for+gut+colonization+and+mediate+competition+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Bacteroidales secreted antimicrobial proteins target surface molecules necessary for gut colonization and mediate competition in vivo.</a> MBio. 7 (4), e01055-e01016 (2016).</li>
<li>Dey, A., Vassallo, C. N., Conklin, A. C., Pathak, D. T., Troselj, V., Wall, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sibling+rivalry+in+Myxococcus+xanthus+is+mediated+by+kin+recognition+and+a+polyploid+prophage%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">Sibling rivalry in Myxococcus xanthus is mediated by kin recognition and a polyploid prophage.</a> Journal of bacteriology. 198 (6), (2016).</li>
<li>Danka, E. S., Garcia, E. C., Cotter, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Are+CDI+systems+multicolored%2C+facultative%2C+helping+greenbeards%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Are CDI systems multicolored, facultative, helping greenbeards?</a> Trends in Microbiology. 25 (5), 391-401 (2017).</li>
<li>Willett, J. L., Ruhe, Z. C., Coulding, C. W., Low, D. A., Hayes, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Contact-dependent+growth+inhibition+%28CDI%29+and+CdiB%2FCdiA+two-partner+secretion+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+molecular+biology%22%5BJournal%5D)">Contact-dependent growth inhibition (CDI) and CdiB/CdiA two-partner secretion proteins.</a> Journal of molecular biology. 427 (23), 3754-3765 (2015).</li>
<li>Cianfanelli, F. R., Monlezun, L., Coulthurst, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aim%2C+load%2C+fire%3A+the+type+VI+secretion+system%2C+a+bacterial+nanoweapon%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Aim, load, fire: the type VI secretion system, a bacterial nanoweapon.</a> Trends in Microbiology. 24 (1), 51-62 (2016).</li>
<li>Joshi, A., Kostiuk, B., Rogers, A., Teschler, J., Pukatzki, S., Yildiz, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rules+of+engagement%3A+the+type+VI+secretion+system+in+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+microbiology%22%5BJournal%5D)">Rules of engagement: the type VI secretion system in Vibrio cholerae.</a> Trends in microbiology. 25 (4), 267-279 (2017).</li>
<li>Speare, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+symbionts+use+a+type+VI+secretion+system+to+eliminate+competitors+in+their+natural+host%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Bacterial symbionts use a type VI secretion system to eliminate competitors in their natural host.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (36), E8528-E8537 (2018).</li>
<li>Shank, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+coculture+to+detect+chemically+mediated+interspecies+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Using coculture to detect chemically mediated interspecies interactions.</a> Journal of Visualized Experiments. (80), (2013).</li>
<li>Long, R. A., Rowley, D. C., Zamora, E., Liu, J., Bartlett, D. H., Azam, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antagonistic+interactions+among+marine+bacteria+impede+the+proliferation+of+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Antagonistic interactions among marine bacteria impede the proliferation of Vibrio cholerae.</a> Applied and Environmental Microbiology. 71 (12), 8531-8536 (2005).</li>
<li>Dunn, A. K., Millikan, D. S., Adin, D. M., Bose, J. L., Stabb, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+rfp-and+pES213-derived+tools+for+analyzing+symbiotic+Vibrio+fischeri+reveal+patterns+of+infection+and+lux+expression+in+situ%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">New rfp-and pES213-derived tools for analyzing symbiotic Vibrio fischeri reveal patterns of infection and lux expression in situ.</a> Applied and Environmental Microbiology. 72 (1), 802-810 (2006).</li>
<li>Sana, T. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+second+type+VI+secretion+system+of+Pseudomonas+aeruginosa+strain+PAO1+is+regulated+by+quorum+sensing+and+Fur+and+modulates+internalization+in+epithelial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">The second type VI secretion system of Pseudomonas aeruginosa strain PAO1 is regulated by quorum sensing and Fur and modulates internalization in epithelial cells.</a> Journal of Biological Chemistry. 287 (32), 27095-27105 (2012).</li>
<li>Bachmann, V., Kostiuk, B., Unterweger, D., Diaz-Satizabal, L., Ogg, S., Pukatzki, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bile+salts+modulate+the+mucin-activated+type+VI+secretion+system+of+pandemic+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS%22%5BJournal%5D)">Bile salts modulate the mucin-activated type VI secretion system of pandemic Vibrio cholerae.</a> PLoS. 9 (8), e0004031(2015).</li>
<li>Ishikawa, T., Rompikuntal, P. K., Lindmark, B., Milton, D. L., Wai, S. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quorum+sensing+regulation+of+the+two+hcp+alleles+in+Vibrio+cholerae+O1+strains%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Quorum sensing regulation of the two hcp alleles in Vibrio cholerae O1 strains.</a> PloS One. 4 (8), e6734(2009).</li>
<li>Ishikawa, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathoadaptive+conditional+regulation+of+the+type+VI+secretion+system+in+Vibrio+cholerae+O1+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Infection+and+immunity%22%5BJournal%5D)">Pathoadaptive conditional regulation of the type VI secretion system in Vibrio cholerae O1 strains.</a> Infection and immunity. 80 (2), 575-584 (2012).</li>
<li>Pollack-Berti, A., Wollenberg, M. S., Ruby, E. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+transformation+of+Vibrio+fischeri+requires+tfoX+and+tfoY%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Natural transformation of Vibrio fischeri requires tfoX and tfoY.</a> Environmental Microbiology. 12 (8), 2302-2311 (2010).</li>
<li>Meibom, K. L., Blockesh, M., Dolganov, N. A., Wu, C. Y., Schoolnik, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chitin+induces+natural+competence+in+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Chitin induces natural competence in Vibrio cholerae.</a> Science. 310 (5755), 1824-1827 (2005).</li>
<li>Borgeaud, S., Metzger, L. C., Scrignari, T., Blockesh, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+type+VI+secretion+system+of+Vibrio+cholerae+fosters+horizontal+gene+transfer%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The type VI secretion system of Vibrio cholerae fosters horizontal gene transfer.</a> Science. 347 (6217), 63-67 (2015).</li>
<li>Townsley, L., Mangus, M. P. S., Mehic, S., Yildiz, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Response+of+Vibrio+cholerae+to+low-temperature+shift%3A+CpsV+regulates+type+VI+secretion%2C+biofilm+formation%2C+and+association+with+zooplankton%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Response of Vibrio cholerae to low-temperature shift: CpsV regulates type VI secretion, biofilm formation, and association with zooplankton.</a> Applied and Environmental Microbiology. 82 (14), 00807-00816 (2016).</li>
<li>Huang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+characterization+and+conditional+regulation+of+the+type+VI+secretion+system+in+Vibrio+fluvialis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+microbiology%22%5BJournal%5D)">Functional characterization and conditional regulation of the type VI secretion system in Vibrio fluvialis.</a> Frontiers in microbiology. 8, 528(2017).</li>
</ol>

Yazarların ifşa etmesi gereken hiçbir şey yok.

Yukarıda açıklanan kokuluzasyon tahlil interbakteriyel rekabet keşfetmek için güçlü bir yöntem sağlar. Bu yaklaşım, V. fischeri izolatlar ve rekabetçi mekanizma19karakterizasyonu arasında intraspecific rekabetin tanımlanması için izin. Tanımlanan yöntem Marine bakteri V. fischeriiçin optimize edilmiştir rağmen, kolayca klinik ve çevresel izolatlar dahil olmak üzere diğer bakteriyel türler yerleştirmek için değiştirilebilir. Rekabetçi mekanizmaların genellikle şartlı olarak düzenl...

Bu yazıda iki bakteriyel yalıtın rekabetçi etkileşimlere sahip olup olmadığını belirlemek için kültür tabanlı bir yöntem özetlenmiştir. Karışık nüfus okurken, özellikle izolatlar doğrudan girişim mekanizmaları ile rekabet olup olmadığını, bakteriyel yalıtılmaların etkileşim ölçüde değerlendirmek önemlidir. Girişim Yarışması, bir nüfusun doğrudan büyüme inhibe veya bir rakip nüfus öldürür etkileşimleri anlamına gelir1. Bu etkileşimlerin bir mikrobiyal topluluğun yapısı ve işlevi2,3üzerinde derin etkileri olabilir çünkü tanımlamak için önemlidir.
Mikrobiyal yarışma mekanizmaları, hem konak bağlantılı hem de serbest yaşayan bakteri4,5,6,7dahil olmak üzere çeşitli ortamlarda bakterilerin genomlarını geniş ölçüde keşfedilmiştir. 8,9. Çeşitli rekabet stratejileri, bakterisidal kimyasallar1,12 ve salgılanan antimikrobiyal peptitler gibi difüzyon mekanizmaları da dahil olmak üzere10,11 olarak tanımlanmıştır.13 , bir inhibitör efektör hedef hücrelere aktarmak için hücre hücresi temas gerektiren temas bağımlı mekanizmalar yanı sıra9, 14,15,16,17 ,18.
Kültür tabanlı kokulinasyonlar yaygın Mikrobiyoloji5,8,19, bu makalede kullanılan rağmen nasıl test rekabet mekanizmasını karakterize etmek için, hem de uyarlama için öneriler özetlemek diğer bakteriyel türler ile kullanım için protokol. Ayrıca, bu yöntem, rekabetçi etkileşimlerin niteliği hakkında farklı sorulara yanıt vermek için verileri analiz etmek ve sunmak için birden çok yaklaşım açıklar. Burada açıklanan teknikler daha önce, koizole Vibrio fischeri bakterilerinin simbiyotik suşları arasında intraspecific rekabet altta yatan interbakteriyel öldürme mekanizması tanımlamak için kullanılmış olmasına rağmen19, onlar için uygundur çevresel izolatlar ve insan patojenleri de dahil olmak üzere birçok bakteriyel tür ve hem kontakt bağımlı hem de yayılabilen rekabetçi mekanizmaları değerlendirmek için kullanılabilir. Protokoldeki adımlar diğer bakteriyel türler için optimizasyon gerektirebilir. Daha fazla model sistemleri, farklı genotip10,16,20,21dahil etmek için izojenik organizmaların kullanımı ötesinde çalışmalarını genişletiyor göz önüne alındığında, bu yöntem değerli bir kaynak olacak nasıl rekabet etkileri Multi-strain veya çok türler sistemleri anlamak isteyen araştırmacılar için.

<table><tbody><tr><td>1.5 mL Mikrosantrifüj Tüpleri</td><td>Fisher</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>10 &mu; L çok kanallı pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>100 & mu; L çok kanallı pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>300 & mu; L çok kanallı pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 & mu; L tek kanallı pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>20 & mu; L tek kanallı pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>200 &mu; L tek kanallı pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1.000 &mu; L tek kanallı pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>24 oyuklu plakalar</td><td>Fisher</td><td>07-200-84</td><td>kapaklı steril</td></tr><tr><td>96 oyuklu plakalar</td><td>VWR</td><td>10062-900</td><td>kapaklı steril</td></tr><tr><td>Hesap makinesi</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kloramfenikol</td><td>Sigma</td><td>C0378</td><td>stoğu (Etanol içinde 20 mg / mL); ortamdaki son konsantrasyon (2 & mu; g/mL LBS)</td></tr><tr><td>Kamera ve görüntüleme yazılımı</td><td></td><td></td><td></td>ile floresan diseksiyon mikroskobu</tr><tr><td>Forseps</td><td>Fisher</td><td>08-880</td><td></td></tr><tr><td>Kanamisin Sülfat</td><td>Fisher</td><td>BP906-5</td><td>stok (su içinde 100 mg/mL, filtre sterilize); ortamdaki son konsantrasyon (1 & mu; g/mL LBS)</td></tr> <tr><td>Nitroselüloz membran (FS MCE, 25MM, NS)</td> <td>Fisher</td><td>SA1J788H5</td><td>0.22 & mu; m nitroselüloz membran (100 pk)</td></tr><tr><td>Petri plakaları,</td><td>Fisher</td><td>FB0875713</td><td>steril, kapaklı</td></tr><tr><td>Spektrofotometre</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Yarı mikro küvetler</td><td>VWR</td><td>97000-586</td><td></td></tr>, <tr><td>TipOne 0.1-10 &; L başlangıç sistemi</td><td>USA Scientific</td><td>1111-3500</td><td>10 raf</td></tr><tr><td>TipOne 200 & mu; L başlangıç sistemi</td><td>USA Scientific</td><td>1111-500</td><td>10 raf</td></tr><tr><td>TipOne 1000 & mu; L başlangıç sistemi</td><td>USA Scientific</td><td>1111-2520</td><td>10 raf</td></tr><tr><td>Vortex</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Company</td><td>Katalog Numarası</td><td>Comments</td></tr><tr><td>LBS media</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris Tamponu (pH ~ 7.5)</td><td></td><td></td><td>50 mL 1 M stok tamponu (62 mL HCl, 938 mL DI su, 121 g Trizma Tabanı)</td></tr><tr><td>Agar Technical</td><td>Fisher</td><td>DF0812-17-9</td><td>15 g (Sadece plakalar için ekleyin)</td></tr><tr><td>DI su</td><td></td><td></td><td>950 mL</td></tr><tr><td>Sodyum Klorür</td><td>Fisher</td><td>S640-3</td><td>20 g</td></tr><tr><td>Tripton</td><td>Fisher</td><td>BP97265</td><td>10 g</td></tr><tr><td>Maya Özü</td><td>Fisher</td><td>BP9727-2</td><td>5 g</td></tr></tbody></table>

vibrio fischeri izolatlar arasında rekabetçi etkileşimleri ölçmek için kokuluçak assay

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

Bu yazıda iki bakteriyel nüfus arasındaki rekabet etkileşimlerini algılamak ve karakterize etmek için kültür tabanlı, kokuluçlama tahlili açıklanmaktadır. Bu yöntem, her nüfusun, sırasıyla her nüfusun seçim ve görsel ayrımcılığı için farklı antibiyotik direnci yetenekleri ve floresan proteinleri ile ayırt edilmesini sağlayan istikrarlı plazmids kullanır. Burada, rakip Vibrio fischeri suşları, floresans mikroskopisi görüntüleme ve nicel veri analizinin hazırlanması ve kokulerasyonu açıklanmaktadır. Bu yaklaşım basittir, hızlı sonuçlar verir ve bir nüfus öldürür veya başka bir nüfusun büyümesini inhibe olup olmadığını belirlemek için kullanılabilir, ve rekabet bir differe molekül yoluyla aracılık veya doğrudan hücre hücresi temas gerektirir. Her bakteriyel nüfus farklı bir floresan protein ifade ettiği için, tahlil karma bir koloni içinde rakip nüfusun uzamsal ayrımcılık izin verir. Açıklanan yöntemler bu tür için optimize koşulları kullanarak simbiyotik bakteri V. fischeri ile gerçekleştirilir rağmen, protokol en culturable bakteriyel izolatlar için adapte edilebilir.

Bakteriyel nüfus arasında rekabetçi etkileşimleri değerlendirmek için, bir kokulerasyon tahlil Protokolü geliştirilmiştir ve V. fischeriiçin optimize edilmiştir. Bu yöntem, antibiyotik direnci genler ve floresan proteinleri kodlayan istikrarlı plazmids kullanır, diferansiyel seçimi ve her gerinin görsel ayrımcılık için izin. Coinkübasyon testinden toplanan verileri analiz ederek, bir etkileşimin rekabetçi sonucu ve etkileşimin mekanizması tespit edilebilir. Örneğin, aşağıdaki den...

Bakteriler, interbakteriyel rekabetle uğraşmak için farklı mekanizmalar kodlayabilir. Burada, bakteriyel izolatlar ve karma bir nüfusun uzamsal yapısını nasıl etkilediğini arasında rekabetçi etkileşimleri karakterize etmek için kültür tabanlı bir protokol sunuyoruz.

Vibrio fischeri Izolatlar arasında rekabetçi etkileşimleri ölçmek için kokuluçak assay

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. ...

Protokolümüz, Vibrio fischeri bakterilerinin farklı suşları arasındaki rekabet mekanizmalarını belirlemek ve karakterize etmek için basit ama sağlam bir yaklaşım sağlar. Bu yöntem, farklı antibiyotik direnci genlerini kodlayan kararlı plazmidler ve karışık bir kültürde her bakterisi farklıseçip görsel ayrımcılığa olanak tanıyan floresan proteinler kullanır. Başlamak için, pirinç bir tane büyüklüğünde agar plaka hücreleri kazımak için steril bir kürdan kullanın.LBS suyu bir mililitre içeren bir 1.5 mililitre mikrosantrifüj tüp hücreleri resuspend. Hücre kümelerini ayırmak için tüpün kenarına bastırın ve sonra pipetleri şiddetle yukarı ve aşağı doğru bastırın. Tüpü ve girdabı 1-2 saniye kapatın ve hücre kümeleri örnek görsel olarak düzgün olana kadar hala görünürse tekrarlayın.Tüm numuneler için hücre kazıma girdap için bu hazırlık adımları tekrarlayın. Tüm numuneler için optik yoğunluğu 600 nanometre olarak ölçün ve kaydedin. Doğru bir OD ölçümü elde etmek için, lbs suyu kullanarak numuneleri 10 kata kadar seyreltin.Daha sonra her numuneyi istenilen OD 600'e normalleştirin. Referans gerilimi ve rakip gerilimi bire bir oranında karıştırmak için, 1,5 mililitrelik centrifuge tüpüne ve girdabA 1-2 saniye boyunca od 1.0'a normalleştirilmiş her bir suştan 100 mikrolitre ekleyin. Bir kontrol olarak, referans türünü kendisinin ve girdabın farklı etiketli bir sürümüyle karıştırın.Deneyin sonucunu önemli ölçüde değiştirebileceğinden doğru başlangıç oranını elde etmek çok önemlidir. Başarıyı sağlamak için, bu adım belirli bir bakteri türleri için optimizasyon gerektirebilir. Her biyolojik çoğaltma için bu adımı tekrarladıktan sonra, kontrol olarak farklı etiketlenmiş referans suşları ve farklı etiketli referans ve rakip suşları ile dört biyolojik çoğaltma ile dört biyolojik çoğaltmalar olmalıdır.Kuluçka dan sonra floresan mikroskopisi için kullanılacak kültür lekeleri yapmak için, LBS agar içeren bir Petri plaka üzerine her kontrol ve deneysel karışımı 10 mikrolitre ekleyin. Lekeler tezgahta tamamen kuruduktan sonra, 24 derece santigrat derecede 24 saat boyunca plakaları kuluçkaya yatırın. Deney sonunda her bir suşu oluşturan koloni oluşturan birimleri ölçmek için kullanılacak kültür lekeleri yapmak için, her bir kontrol ve deneysel karışımları 10 mikrolitre eklemek 24 kuyu plakaları 24 kuyu plakaları içinde LBS agar bir mililitre içeren.Lekeler tamamen kuruduktan sonra, plakaları 24 derecede beş saat kuluçkaya yatırın. Başlangıç coincubaation karışımları bir seri seyreltme gerçekleştirmek için, sekiz sütun ve 12 satır böylece 96 iyi plaka 90 derece döndürün. Her satırı zorlanma kimliği, çoğaltma numarası ve t sıfırile başlayan süre ile etiketlayın.Etiket LBS agar plakaları her antibiyotik plaka için seçerek hangi zorlanma belirlemek için emin olun yaparken seyreltme serisi nokta için uygun antibiyotik ile takviye. Çok kanallı pipet ile, her kuyuya 180 mikrolitre LBS suyu ekleyin ve seyreltilmemiş coincubation karışımı için ilk sütunu boş bırakın. 200 mikrolitrelik tek kanallı pipet kullanarak, 100 mikrolitre coincubaation karışımını tüpten ilk sütunun ilk kuyuya aktarın, sonra ucu atın ve tüm coincubaation karışımları için tekrarlayın.Çok kanallı pipetle, 20 mikrolitreyi birinci sütundan ikinci sütuna ve pipetleri yukarı ve aşağı karıştırmak için aktarın. Her seyreltme için yukarı ve aşağı boru lama sayısı ile tutarlı olarak her sütun için ipuçlarını atın ve tekrarlayın. Sonunda, her satır ilk karışımın 10 kat seri seyreltme içerecektir.Bir seyreltme serisi ve referans zorlanma için seçer Kanamisin takviyeLBS agar plaka üzerine nokta her kuyudan beş mikrolitre aspire etmek için sekiz ipuçları ile donatılmış bir çok kanallı pipet kullanın. Kloramphenicol takviyeplaka üzerine rakip zorlanma tespit için seçmek için bu adımı tekrarlayın. Lekeler tamamen kuruduktan sonra, 24 santigrat derece kuvözde plakaları yerleştirin.Coincubation noktalar ve 24 kuyu plakaları 24 santigrat derece beş saat kuluçka ya da sonra, her kuyu ya LBS suyu bir mililitre ekleyin. Tüm hücreler tüm çoğaltmalar arasında yeniden askıya alındığı canlılıkla tutarlı olana kadar yukarı ve aşağı borular oluşturarak yeniden askıya alın. Her coincubation nokta resuspended sonra, daha önce yapılan aynı şekilde seyreltme nokta için uygun antibiyotikler ile bir seri seyreltme ve LBS agar plakaları için 96 iyi plaka hazırlamak.24 kuyu plakasında t son ölçümler için seri seyreltme tamamlamak için, başlangıç inoculum seri seyreltme için kullanılan adımları gerçekleştirmek ve daha önce yapılan LBS agar plakaları üzerinde her seyreltme nokta. Petri plakaları üzerindeki coincubation noktalarını görüntülemeye ve el yazmasında açıklandığı gibi veri analizine devam edin. Deneysel tedavide, deney başlangıcında ve sonunda kontrol tedavisiile uyumlu referans zorlanma ve rakip zorlanma 0,5 oranında mevcuttur.Log RCI değerleri kontrol tedavisi için veya referans zorlanma rakip zorlanma bir ile kuluçkaya yattığında istatistiksel olarak sıfırdan farklı değildi. Bu veriler, referans ve rakip zorlanma arasında bir rekabet olmadığını göstermektedir. Buna karşılık, referans zorlanma rakip zorlanma iki ile kuluçkaya yattığında, referans zorlanma deney sonunda 0,01 daha az bir oranda başında 0,5 oranında netti.Ayrıca, referans zorlanma rakip zorlanma iki ile kuluçkaya yatırıldığında günlük RCI değerleri sıfırdan önemli ölçüde daha büyüktü. Bu veriler birlikte, rakip zorlanma nın varlığında referans geriliminin oranının azaldığını göstermektedir. Referans zorlanma rakip zorlanma bir ile kuluçka yadadığında, her iki suş CTÜ beş saat boyunca arttı ve hiçbir rekabet meydana geldiğini düşündüren önemli ölçüde farklı değildi.Ayrıca, yaklaşık %3200 iyileşme gözlendi ve bu durum kontrolden istatistiksel olarak farklı değildi. Ancak, referans zorlanma rakip zorlanma iki ile kuluçkaya yattığında, referans zorlanma CPU'lar beş saat içinde kontrol iki CPU zorlanma önemli ölçüde daha düşüktü. Ayrıca, yaklaşık% 4 iyileşme kontrol den önemli ölçüde daha düşük gözlendi.Bu veriler, iki suş uncamanın hücrelerini öldürerek referans zorlanmasıyla yarıştığını gösteriyor. Bu yordamdaki en önemli adım, sonuçları önemli ölçüde etkileebileceğinden doğru başlangıç oranını elde etmektir.

coincubation-assay-for-quantifying-competitive-interactions-between

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Kaynak: Speare, L., ve diğerleri. Vibrio fischeri İzolatları Arasındaki Rekabetçi Etkileşimleri Ölçmek için Coincubation Asword. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, bakteri suşlarının ortak bir ortamda nasıl rekabet ettiğini incelemek için kullanılan bir ortak inkübasyon testini göstermektedir. Bu etkileşimleri yönlendiren temasa bağlı veya temastan bağımsız öldürme gibi mekanizmaları tanımlamak için mikrobiyolojide yaygın olarak uygulanır.

Bakteri Suşları Arasındaki Rekabetçi Etkileşimleri İncelemek için Coincubation Testi

Kaynak: Brumfield, K. D. ve diğerleri. Vibrio cholerae biyotiplerinin klinik ve çevresel izolatlarının korunması ve ayırt edilmesi için kullanılan laboratuvar teknikleri. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, aktif göç eden hücreler etrafında kırmızı bölge oluşumu yoluyla metabolik aktiviteyi görselleştirerek trifeniltetrazolyum klorür kullanılarak Vibrio cholerae suşlarının hareketliliğini değerlendirip karşılaştırmak için yumuşak bir agar testini göstermektedir.

Trifeniltetrazolyum klorür kullanarak Vibrio cholerae suşlarını karşılaştırmak için hareketlilik testi

Kaynak: Brumfield, K. D. ve diğerleri, Vibrio cholerae Klinik ve Çevresel İzolatlarının Biyotiplerini Korumak ve Ayırt Etmek İçin Laboratuvar Teknikleri. J. Vis. Exp. (2017).Bu video, Vibrio cholerae'nin üç biyotipini ayırt etmek için yapılan Voges-Proskauer (VP) testini gösteriyor: klasik, vahşi tip El Tor ve El Tor varyantı. Her kültür, glikoz içeren bir ortama aşılanır, inkubasyon edilir ve asetoin varlığını tespit etmek için α-naftal ve potasyum hidroksit ile muamele edilir.

Vibrio cholerae'nin Biyotiplerini Ayırt Etmek İçin Voges-Proskauer Testi

Kaynak: Nag, D. ve diğerleri. Yetişkin Zebrafish modelinde Vibrio kolera kolonizasyonu ve ishalinin nicelendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, antibiyotiklere dirençli Vibrio cholerae stürüyle enfekte olmuş yetişkin zebrafishlerde bağırsak bakteri yükünü niceliklendirmek için bir protokolü göstermektedir. Ötenazi ve diseksiyon sonrası, bağırsak sistemi izole edilir, cam boncuklarla homojenleştirilir ve bakteriler serbest bırakılmak için işlenir. Ortaya çıkan homojenat, seçici bir ortama...

Vibrio cholerae ile enfekte olan zebrabalıklarda bağırsak bakteri yükünün nicelendirilmesi

Bu video, tek hücre düzeyinde bakteri rekabetini incelemek için floresan mikroskobu tabanlı bir yöntemi göstermektedir. Bu yöntem, bakteri topluluklarının yapısı ve işlevi hakkında bilgi sağlar.

Bakteriyel Ko-İnkübasyon Testi: Tek Hücre Düzeyinde Spesifik Dışı Bakteriyel Rekabeti Görselleştirmek için Floresan Mikroskobu Tabanlı Bir Teknik

Biz aracılık bakteriyel rekabet izlemek için kalitatif bir testtir...

T6SS aracılı Bakteriyel Rekabet Monitör A Görsel Assay

Konak hücrelere bakteri bağlanması, konak kolonizasyonu ve enfeksiyonu sırasında önemli bir adımdır. Bu protokol, diğer bakteriyel faktörlerden bağımsız olarak, bireysel adezinlerin bu süreçlere katkısının analizine izin veren biyomimetik malzemeler olarak polimere bağlı rekombinant adezinlerin üretilmesini tanımlar.

Bakteri-konak Etkileşimleri karakterize etmek Biyomimetik Malzemeler

Klinik olarak anlamlı Vibrio türlerinin tespiti ve izolasyonu, seçici ve diferansiyel kültür ortamı gerektirir. Bu çalışma, yeni bir kromojenik ortamın V. parahaemolyticus ve diğer ilgili türleri tespit etme ve tanımlama yeteneğini değerlendirdi. Yeni ortamın geleneksel ortamdan daha iyi duyarlılığa ve özgüllüğe sahip olduğu bulundu.

Tespiti için daha duyarlı ve özgül Chromogenic Agar Orta Gelişimi<em&gt; Vibrio parahaemolyticus</em&gt; Ve Diğer<em&gt; Vibrio</em&gt; Türler

Bu el yazması, klinik ve çevresel V arasındaki hızlı ve güvenilir diferansiyasyon için topluca kullanılan bir dizi biyokimyasal tahlilin yanı sıra, uygun Vibrio kolera bakımı tekniklerini tanımlamaktadır. Bir laboratuar ortamında kolera biyotipleri.

Biyotiplerin Bakımında ve Türevinde Kullanılan Laboratuvar Teknikleri<emVibrio cholerae</em&gt; Klinik ve Çevresel İzolatlar

Bu makalede, kokültürdeki bakteriyel rekabeti görselleştirmek ve ölçmek için tek hücreli floresan mikroskopisi kullanma yöntemi açıklanmaktadır.

Tek Hücreli Floresan Görüntüleme Kullanılarak Interbakteriyel Rekabetin Nicelemesi

Öğrenin, Vibrio fischeri izolatları arasındaki rekabetçi etkileşimleri karakterize etmek için bu kültür tabanlı protokolü. Floresan proteinler ve antibiyotik direnç genleri kullanarak bakteri popülasyonlarının uzamsal yapısını inceleyin.

Vibrio fischeri Izolatlar arasında rekabetçi etkileşimleri ölçmek için kokuluçak assay

Daha fazla video keşfet