Name: Floresan Etiketli Bakteriler Sucul Ekosistemlerde Organik Karbon Akışının Yeni Yollarını Ortaya Çıkaracak Bir İzleyici Olarak (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-09-13T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 35 s
Description: Keşfedin, floresan etiketli bakterileri izleyici olarak kullanarak sucul ekosistemlerde protist avcılığını ve besin akışını tek hücre düzeyinde nicelendirmeyi. Bu yöntem, mikrobiyal besin ağlarında karbon ve enerji transferini yüksek çözünürlükle görselleştirir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma Çek Bilim Vakfı tarafından sırasıyla K. Š. ve D. S.'ye verilen 13-00243S ve 19-16554S araştırma hibesi kapsamında desteklenmiştir. Bu makale aynı zamanda Avrupa Bölgesel Kalkınma Fonu tarafından finanse edilen "Baraj rezervuarlarının su kalitesini artırmak için bir araç olarak biyomanipülasyon" (No CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_025/0007417) projesi tarafından desteklenmiştir. ve Eğitim.

1. Örnek toplama
<ol><li>
Rezervuar su numunesi toplama: ilk vaka çalışması (Exp I; düşük doğal in situ yırtıcı ve av bolluk sistemi)<ol>
<li>Uygun bir derinlikte istenilen yerden su örnekleri toplayın. Numuneleri laboratuvara taşıma sırasında sıcaklık kontrollü bir soğutucuda yerinde sıcaklıkta (sıcaklık şokundan kaçınarak; protistlerin alım oranlarının ısıya bağlı olduğu unutulmamalıdır) olarak saklayın. NOT: Örneklememiz mezo-ötrofik kanyon şeklindeki Římov rezervuarında (Güney Bohemya, hacim 34.5 x 106 m3,maksimal derinlik 43 m, ortalama bekletme süresi 100 gün, dimiktik) yapılmıştır. Örnekleme alanı 30 m derinlikte, baraja yakın bir yerde bulunuyordu. 0,5 m derinlikte karışık bir numune 2-l Friedinger örnekleyici tarafından toplandı.</li>
		<li>Bölüm 1.2'ye mümkün olan en kısa sürede devam edin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Etobur Utricularia refleksa bitkilerin tuzaklarından sıvı toplama: ikinci vaka çalışması (Exp II; yüksek yırtıcı ve av bollukları, son derece küçük örnek hacmi ile bir sistem)<ol>
<li>Yavaşça su altında bitkiler sallamak, yetiştirme kabından kaldırmak ve aşırı su emmek için emici malzeme üzerine yerleştirin. Bitkilerin sağlamlığına ve tuzakların büyüklüğüne bağlı olarak, 8-10 bitki bireyleri seçin.</li>
		<li>Her çekimi, bindirme organlarını taşıyan yaprak düğümlerini sayarak kabaca eşit parçalara bölün. Her çekim segmenti genç, orta yaşlı ve eski tuzakları temsil eden karışık örnekleri toplamak için hizmet edecektir.</li>
		<li>Peristaltik bir pompaya numune almak için ince bir cam kılcal damar ve Eppendorf flakon takın. Kılcal damar ucunu kapan ın açılmasına takın. Vakum pompası kullanarak, her tuzak yaş kategorisi için 900 ± 100 μL tuzak sıvısı toplanana kadar her kapandaki tüm sıvıyı emdirin.</li>
		<li>Protistan otlatma deneyleri için havuzlu kapan sıvısının 200 μL'lik trilye alt örneklerini kullanın. Bunları bölüm 3'te ayrıntılı olarak belirtildiği şekilde hemen işle. Numunenin kalan ±300 μL'sini, aşağıda açıklandığı gibi, sıvıda yaşayan mikrobiyal bileşenlerin diğer tüm analizleri için saklar (bölüm 2).</li>
		<li>Hemen bölüm 2'ye gidin.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. Toplanan numunelerin fiksasyonu
<ol><li>Exp I ve II: bakteriyel numaralandırma için su/tuzak sıvı alt numunelerini (sırasıyla bölüm 4; yaklaşık 20 mL ve 0,3 mL) formaldehit ile en az 1 saat boyunca düzelterek %2 nihai hacim elde edin: her numunede hacim konsantrasyonu. NOT: Formaldehiti sadece duman kaputunda kullanın ve numuneleri manipüle ederken her zaman eldiven takın.</li>
</ol>3. Numune filtrasyonu
<ol><li>Numune seyreltme (Exp I): rezervuar su numuneleri için seyreltme gerekmez. (Exp II): epifloresan mikroskopi ile sayma dan önce filtre yüzeylerinde hedef mikropların uygun bir dağılım elde etmek için parçacıksız MQ su ile tuzak sıvı örnek 10x-100x seyreltmek.</li>
	<li>Filtre 1-2 mL (Exp I) rezervuar su veya 10-30 μL (Exp II) siyah 0,2 μm gözenek boyutu filtreler üzerine bakteriyel sayma için tuzak sıvıalt örnek, bir filtrasyon hunisi (25 mm çapı) kullanarak.</li>
	<li>4 dakika boyunca DAPI (4',6-diamidino-2'-fenilindole dihidroklorür, %0.2 son konsantrasyon) ile filtreleri lekeleyin. NOT: Cilt ve çalışma yüzeyi kontaminasyonundan kaçının ve eldiven giyin.</li>
	<li>Mikroskop slaytÜzerinde bir damla daldırma yağı (floresan mikroskop için) üzerine konsantre mikroplar ile filtre yerleştirin. Filtrenin ortasına başka bir yağ damlası yerleştirin ve bir kapak ile kaplayın, yağ eşit olarak dağıtılır emin olun.</li>
	<li>Bu noktada, tercihen numuneleri hemen veya alternatif olarak, daha fazla analiz edilinceye kadar birkaç hafta ile aylarca dondurucuda (-20 °C) saklayın.</li>
</ol>4. Filtrelerde bakteri numaralarının numaralandırması
<ol><li>Slaytı epifloresan mikroskobun altına yerleştirin (florokrom DAPI'ye karşılık gelen filtre seti ile). Oküler birine 10 x 10 sayma ızgarası yerleştirin. Slaydını rasgele bir konuma taşıyın.</li>
	<li>Sayma ızgarası alanında bakteri hücrelerini (mavi floresan) ölçün (büyütme 1000x altında). Sayımlarda, sayma ızgarasının sol ve üst kenarlarından geçen hücreleri içerirken, sağ ve alt kenarlarda bulunanhücreleri hariç tkar.</li>
	<li>Başka bir rasgele konuma taşıyın ve toplam sayılan 500 hücretutarında en az 10-15 sayma ızgaraları üzerinde numaralandırmatekrarlayın.</li>
	<li>Belirli bir mikroskop ve büyütme için, bir ızgara alanının filtrenin toplam etkin filtrasyon alanına oranı bilgisine dayalı bir dönüşüm faktörü belirleyin. Daha sonra, sayılan şebeke sayısına göre sayılan toplam hücre sayısını bölün ve ızgara başına ortalama bakteri sayısı elde edin.</li>
	<li>İkinci parametreyi kurulan dönüşüm faktörüyle çarpın ve mL başına toplam bakteri bolluğunu elde etmek için bir numunenin mL başına elde edilen sayıyı (filtrelenen numunenin hacmine bağlı olarak) normalleştirin.</li>
</ol>5. Protistan bolluğunun belirlenmesi
<ol><li>Su örneğini (Exp I) veya trap sıvı (Exp II) alt numunelerini glutaraldehit (%1 nihai konsantrasyon, fiksasyondan haftalar sonra işlenecek parçacıklar içeren klorofil varlığı olan numuneler için daha uygun) veya formol-tiyosülfat decolorization tekniği aşağıda belirtilmiştir. NOT: Her iki koruma tekniği de protistlerin gıda vakuollerinden yutulan malzemenin egesini önler8.</li>
	<li>Formol-tiyosülfat renklendirme tekniği ile ilgili olarak, Lugol çözeltisinin 100 μL/1 μL'lik kısmını su/tuzak sıvı alt numunesinin 20 mL/200 μL'sine (Sırasıyla Exp I/Exp II) ekleyin.</li>
	<li>0.5 mL/50 μL borat tamponlu formalin ilavesi ile hemen takip edin ve sırasıyla %3 sodyum tiyosülfat (Exp I/Exp II) 20 μL/2l'yi takip edin. NOT: Sodyum tiyosülfat, lugol sarı rengini renkten arındırarak epifloresan mikroskobu altında hücrelerin gözlemlemesini sağlar8.</li>
	<li>1 μm gözenek boyutundaki siyah polikarbonat filtrelere bilinen bir numune hacmini (hedef protist sayısına bağlı olarak) filtreleyin.</li>
	<li>Protist türlerin sayısını tahmin etmek, sayma ızgarasını kullanarak büyütme 600x altında en az 200 hücre sayarak (yukarıya bakın).</li>
	<li>Filtreleme hunisindeki vakum altındaki numunenin hacmini düşük vakum la yaklaşık 2 mL'ye düşürün. Sonra, under-pressure bırakın ve DAPI florokrom ekleyin (4',6-diamidino-2-fenilindole dihidroklorür13, 0.2% son konsantrasyon) için 2 dakika.</li>
</ol>6. Plankton örneklerinde sitiatların topluluk yapısının belirlenmesi
NOT: Tatlı su habitatlarındaki ciliate toplulukları çok çeşitlidir14,15,16,18, ve mikroskobik tayinleri zordur. Silikat gruplarının fonksiyonel loncalar10,14,16,17 olarak sıralanması, pelajik bakterivorlar olarak farklı silikat gruplarının daha ayrıntılı analizini sağlar.
<ol><li>Aşağıdakileri birleştirerek toplumsal yapıyı değerlendirin:<ol>
<li>Epifloresan mikroskopisi DAPI lekeli örnekler (farklı boyutlarda ve morfolojide makro ve mikro çekirdeklerin parlak floresanile silyat hücreleri lokalize etmek için) floresan etiketli bakterilerin alımı ile birlikte (FLB8; ayrıntılar için, aşağıya bakınız), bakterilerle beslenme yeteneğini izleyin.</li>
		<li>Seçili vakalarda canlı örnek gözlem17,19. Yukarıdaki yaklaşımlar ve kriterler farklı taksonomik kategorilere siliates gruplandırma için kullanılan daha fazla bilgi için, önceki yayınlar16,17bakın. NOT: Atıf yapılan çalışmalar, stichotrichia (Halteria ve Pelagohalteriacinsi) ve Oligotrichia (yani Rimostrombidium spp.) gelen omnivor türler arasında en önemli pelajik tüketiciler olduğunu göstermiştir tatlı su habitatlarının büyük bir çoğunluğunda bacterioplankton10,17,18.</li>
	</ol>
</li>
</ol>7. Silikat otlatma oranlarının tahmin
<ol><li>Ortalama izleyici sayısındaki değişikliklere göre bakterilerüzerindeki siliatların alım oranlarını hesaplayın [yani, kuluçka süresine bağlı olarak flb8 (5-15 dakika)] ve toplam bakterilerin en fazla %5-15'ini oluşturan FLB'nin izleyici miktarı.</li>
	<li>Farklı protistan türleri arasında alım oranlarını karşılaştırmak için, gerçek kuluçka süresi ve tracer FLB oranına dayalı hesaplamalar ile, saatte siliat başına bakteri sayısı olarak alım oranlarını normalleştirmek ekledi. NOT: Doğal örneklerde hem hücre hem de türe özgü ve toplu bakterilasyon oranlarını tahmin etmek için FLB yöntemi uygulamasının genel şeması Şekil 1'degösterilmiştir.</li>
	<li>FlB'nin bakteriyel suşlardan tatlı su ortamına hazırlanması8<ol>
<li>Araştırılan su sistemindeki bakteriplankton/bakteri hücrelerinin tipik boyutlarını etkili bir şekilde taklit etmek için uygun bir boyut (ortalama hücre hacmi = MCV) ve bakterilerin morfolojisini seçin. NOT: Exp I için, cins Limnohabitans ve Polynucleobacter çalışma yerinden izole suşların bir karışımı kullanılmıştır (yani, göller ve göletlerde son derece bol bakteritoplankton)20. Morfoloji ve suşların boyutları hakkında ayrıntılı bilgi için, öncekiyayınlar3,17,18,21bakın .</li>
		<li>Erken sabit fazda 15 dakika boyunca kültürden bakteri hücrelerini (5.000 x g)hasat edin ve seçilen yerde tipik MCV bakteri mcv'sine karşılık gelen karışımdaki hücrelerin MCV ± SD'sini veren sayısal bir oranda karıştırın.</li>
		<li>10 mL fosfat tamponlu salin (PBS; pH = 9) peletleri askıya alın.</li>
		<li>Sarı-yeşil floresan boya 5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF, proteinlere bağlanır) fosfat-tuzlu tampon hücre süspansiyon ve 2 saat için 60 ° C su banyosu kuluçka 2 mg ekleyin.</li>
		<li>Kuluçkadan sonra hücreleri aşağı santrifüj edin, DTAF çözeltisini dekantın ve PBS ile 3x yıkayın ve santrifüj edin.</li>
		<li>Son yıkamadan sonra PPi-tuzlu arabelleğin 20 mL'lik hücrelerini yeniden askıya alın.</li>
		<li>FlB süspansiyon ve pipet 1,5 mL aliquots içine 2 mL kriyo-şişeler, sonra dondurulmuş tutmak (at -20 °C) PPi-tuzlu tampon kullanım akadar.</li>
		<li>Ön filtre PPi-tuzlu tampon bir sonraki adımda kullanılmak üzere 0,2 μm polikarbonat filtre ile.</li>
		<li>FLB konsantrasyonu belirlemek için, küçük bir aliquot (genellikle 20-40 μL) parçacıksız PPi-tuzlu tampon 2 mL, birkaç 2 s patlamalar için 30 W sonicate ve epifloresans yoluyla numaralandırma için 0,2 μm polikarbonat siyah filtre üzerine filtre aktarın mikroskopisi (1.000X büyütme) DTAF (448 nm/520-540 nm) için optik filtre ayarları altında.</li>
	</ol></li>
	<li>Siliate bakterisivory tahmini için tracer tekniği<ol>
<li>Doğal planktonik habitatlarda otlatma deneyleri için, 300 mL numuneyi iyi durulanmış 1 L şişeye dağıtın ve 15 dakika boyunca yerinde sıcaklıkta kuluçkaya yatırın (protistlerin taşıma şokundan kurtulmalarını sağlamak için).</li>
		<li>Toplam bakterilerin %5-15'ini oluşturmak için FLB izleyicileri ekleyin ve mevsime ve su sıcaklığına bağlı olarak eklenen miktarlar. NOT: Silyate türlerine özgü alım oranlarında çok geniş, mevsime bağlı bir spektrum vardır (örneğin, 101-104 bakteri siliat-1 saatte)10,16, 17,18,22,23,24.</li>
		<li>Yüksek alım oranları (genellikle yaz aylarında) ile siliates gelişmiş oluşum dönemlerinde, aynı zamanda çok düşük FLB eklemeler ile paralel bir kuluçka çalıştırmak, izleyici FLB tarafından siliate vakuollerin aşırı yüklenmesi önlemek için toplam bakterilerin sadece% 2-4 oluşturan (bkz. örnekler Şekil 2'de).</li>
		<li>5-15 dakika FLB ile inkübat silikate / plankton örnekleri.</li>
		<li>Protistlerin 8 gıda vakuollerinden yutulan malzemenin egestion önlemek için örnekfiksasyon için iki olasılık vardır. %1 glutaraldehit (yosun gibi klorofil içeren partiküllere sahip numuneler için daha uygun olan son konsantrasyon) ekleyerek kuluçkaları sonlandırın. Alternatif olarak, Lugol çözeltisinin 100 μL/10 μL'sini 20 mL/200 μL su/tuzak sıvıalt numunesine kullanın ve hemen ardından 0,5 mL/10 μL borat tamponlu formalin ilave edilir ve ardından %3 sodyum tiyosülfat (I/Exp II, sırasıyla).</li>
	</ol></li>
	<li>Fiksatif ekledikten sonra, silikat hücrelerinin tam olarak korunmasını sağlamak için numuneler 4 °C'de karanlıkta en az 1 saat dinlendirin.</li>
	<li>4-30 mL/10-30 μL (Exp I/Exp II, sırasıyla; hacim silikat bolluğuna bağlıdır) ve DAPI ile leke (son konsantrasyon% 0.2 wt/vol; ayrıntılar için, yukarıdaki adım 3.2 bakınız) doğal plankton alt örnekleri alın.</li>
	<li>1 μm siyah filtreler den geçirin ve siliates (600x büyütme) saymak ve önceki yayınlarda ayrıntılı olarak (çoğunlukla 1000x büyütme) yutulan FLB izleyicilerin sayısını numaralandırmak için epifloresan mikroskobu ile inceleyin2,17 . Numuneleri muhafazadan sonraki 7 gün içinde inceleyin.</li>
	<li>Toplam protozoon/türe özgü otlatma tahmin etmek için, tüm situ'ların ortalama alım oranlarını veya sadece situ bolluk tarafından tespit edilen situ türlerini çarpın.</li>
	<li>Římov su deposundan in situ verilerinden hücre başına alım oranlarının hesaplanmasına örnek olarak aşağıdaki gibi açıklanmıştır:<ol>
<li>Bakteri konsantrasyonunun 3.55 x 106 bakteri/mL ve tracer FLB'nin 0.25 x 106 FLB/mL olduğunu varsayalım, bu da toplam bakteri partiküllerinin toplamı olan 3.8 x 106 bakteri/mL'dir (doğal bakteri + FLB = av partiküllerinin %100'ü) doğal örnekte fagotrofik protistler için kullanılabilir. NOT: Böylece eklenen FLB izleyicileri toplam bakteri partiküllerinin %6,58'ini (0.25/0.038'lik bir proje) temsil eder. Halteria başına flb ortalama sayısı 5 dk kuluçka 6.2 FLB olduğunu.</li>
		<li>Saat başına alımı normalleştirmek için aşağıdaki hesaplamayı kullanın: (6,2 x 12)/(6,58/100) = Halteria hücre/saat başına 1131 bakteri. NOT: Değişken su sıcaklıkları altında tespit edilen Halteria sp. bireysel alım oranlarının dağılımları, flb'nin eklenen izleme miktarı (yüzde olarak) ve FLB ile farklı kuluçka süreleri için Şekil 3'ebakınız.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol><li>Azam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ecological+role+of+water-column+microbes+in+the+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Marine+Ecology+Progress+Series%22%5BJournal%5D)">The ecological role of water-column microbes in the sea.</a> Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+finely+tuned+symphony+of+factors+modulates+the+microbial+food+web+of+a+freshwater+reservoir+in+spring%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring.</a> Limnology & Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+prey+food+characteristics+modulate+community+growth+response+of+freshwater+bacterivorous+flagellates%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates.</a> Limnology & Oceanography. 63, 484-502 (2018).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+bacterial+community+composition%2C+dynamics+and+viral+mortality+rates+associated+with+enhanced+flagellate+grazing+in+a+meso-eutrophic+reservoir%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+%26+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir.</a> Applied & Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).</li>
<li>Jürgens, K., Matz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predation+as+a+shaping+force+for+the+phenotypic+and+genotypic+composition+of+planktonic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Antonie+Van+Leeuwenhoek%22%5BJournal%5D)">Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).</li>
<li>Pernthaler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predation+on+prokaryotes+in+the+water+column+and+its+ecological+implications%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).</li>
<li>Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protozoan+control+of+bacterial+abundances+in+freshwaters%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters.</a> Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).</li>
<li>Sherr, E. B., Sherr, B. F. Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSherr%2C+EB+%22Handbook+of+Methods+in+Aquatic+Microbial+Ecology%22">Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology</a>. Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. , Lewis Publishers. Boca Raton, Florida. 695-701 (1993).</li>
<li>Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqué, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+the+grazing+losses+of+picoplankton%3A+methodological+improvements+in+the+use+of+fluorescently+tracers+combined+with+flow+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry.</a> Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ecological+role+and+bacterial+grazing+of+Halteria+spp.%3A+Small+oligotrichs+as+dominant+pelagic+ciliate+bacterivores%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores.</a> Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).</li>
<li>Montagnes, D. J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+feeding+behaviour+of+key+free-living+protists%3A+avenues+for+continued+study%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study.</a> Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).</li>
<li>Kirchman, D. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKirchman%2C+DL+%22Processes+in+Microbial+Ecology.+2nd+Edition%22">Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition</a>. , Oxford University Press. Oxford, UK. (2018).</li>
<li>Porter, K. G., Feig, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+DAPI+for+identifying+and+counting+aquatic+microflora%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora.</a> Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).</li>
<li>Foissner, W., Berger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+user-friendly+guide+to+the+ciliates+%28Protozoa%2C+Ciliophora%29+commonly+used+by+hydrobiologists+as+bioindicators+in+rivers%2C+lakes%2C+and+waste+waters%2C+with+notes+on+their+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Freshwater+Biology%22%5BJournal%5D)">A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology.</a> Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).</li>
<li>Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+ecology+of+limnetic+plankton+ciliates%5BTitle%5D)+AND+%22Informationsberichte+des+Bayer+Landesamtes+f%C3%BCr+Wasserwirtschaft+Heft%22%5BJournal%5D)">Identification and ecology of limnetic plankton ciliates.</a> Informationsberichte des Bayer Landesamtes für Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliate+grazing+on+picoplankton+in+a+eutrophic+reservoir+during+the+summer+phytoplankton+maximum%3A+a+study+at+the+species+and+community+level%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level.</a> Limnology & Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).</li>
<li>Skibbe, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+quantitative+protargol+stain+for+ciliates+and+other+planktonic+protists%5BTitle%5D)+AND+%22Archiv+f%C3%BCr.+Hydrobiolgie%22%5BJournal%5D)">An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists.</a> Archiv für. Hydrobiolgie. 130, 339-347 (1994).</li>
<li>Macek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+rates+of+dominant+planktonic+ciliates+in+two+freshwater+bodies+of+different+trophic+degree%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Plankton+Research%22%5BJournal%5D)">Growth rates of dominant planktonic ciliates in two freshwater bodies of different trophic degree.</a> Journal of Plankton Research. 18, 463-481 (1996).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+food+webs+in+hypertrophic+fishponds%3A+omnivorous+ciliate+taxa+are+major+protistan+bacterivores%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Microbial food webs in hypertrophic fishponds: omnivorous ciliate taxa are major protistan bacterivores.</a> Limnology & Oceanography. , in press (2019).</li>
<li>Jezbera, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Major+freshwater+bacterioplankton+groups%3A+Contrasting+trends+in+distribution+of+Limnohabitans+and+Polynucleobacter+lineages+along+a+pH+gradient+of+72+habitats%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Ecology%22%5BJournal%5D)">Major freshwater bacterioplankton groups: Contrasting trends in distribution of Limnohabitans and Polynucleobacter lineages along a pH gradient of 72 habitats.</a> FEMS Microbiology Ecology. 81, 467-479 (2012).</li>
<li>Kasalický, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+the+Limnohabitans+genus%2C+an+important+group+of+freshwater+bacterioplankton%2C+by+characterization+of+35+isolated+strains%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The diversity of the Limnohabitans genus, an important group of freshwater bacterioplankton, by characterization of 35 isolated strains.</a> PLoS One. 8, 58209(2013).</li>
<li>Stabell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliate+bacterivory+in+epilimnetic+waters%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Ciliate bacterivory in epilimnetic waters.</a> Aquatic Microbial Ecology. 10, 265-272 (1996).</li>
<li>Zingel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliates+are+the+dominant+grazers+on+pico-+and+nanoplankton+in+a+shallow%2C+naturally+highly+eutrophic+lake%5BTitle%5D)+AND+%22Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Ciliates are the dominant grazers on pico- and nanoplankton in a shallow, naturally highly eutrophic lake.</a> Microbial Ecology. 53, 134-142 (2007).</li>
<li>Bickel, S. L., Tang, K. W., Grossart, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliate+epibionts+associated+with+crustacean+zooplankton+in+german+lakes%3A+distribution%2C+motility%2C+and+bacterivory%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory.</a> Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).</li>
<li>Sirová, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hunters+or+gardeners%3F+Linking+community+structure+and+function+of+trap-associated+microbes+to+the+nutrient+acquisition+strategy+of+a+carnivorous+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant.</a> Microbiome. 6, 225(2018).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ecological+traits+of+a+zoochlorellae-bearing+Tetrahymena+sp.+%28Ciliophora%29+living+in+traps+of+the+carnivorous+aquatic+plant+Utricularia+reflexa%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Eukaryotic+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).</li>
<li>Pitsch, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+green+Tetrahymena+utriculariae+n.+sp.+%28Ciliophora%2C+Oligohymenophorea%29+with+its+endosymbiotic+algae+%28Micractinium+sp.%29%2C+living+in+the+feeding+traps+of+a+carnivorous+aquatic+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Eukaryotic+Microbiology%22%5BJournal%5D)">The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).</li>
<li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diet+tracing+in+ecology%3A+Method+comparison+and+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Ecology+and+Evaluation%22%5BJournal%5D)">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li>
<li>Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+guide+to+methods+for+estimating+phago-mixotrophy+in+nanophytoplankton%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Plankton+Research%22%5BJournal%5D)">A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton.</a> Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).</li>
<li>Dolan, J. D., Šimek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Processing+of+ingested+matter+in+Strombidium+sulcatum%2C+a+marine+ciliate+%28Oligotrichida%29%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida).</a> Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).</li>
<li>Massana, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Grazing+rates+and+functional+diversity+of+uncultured+heterotrophic+flagellates%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates.</a> The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).</li>
<li>Grujčić, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryptophyta+as+major+freshwater+bacterivores+in+experiments+with+manipulated+bacterial+prey%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey.</a> The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Sucul sistemlerde trofik etkileşimi çözmek her zaman zordur28, özellikle protistler ve av, bakterileriçeren nano-plankton ölçeklerde. Besin alımı yolları ve niceleme söz konusu olduğunda, biyotik etkileşimlerin yüksek karmaşıklığı nedeniyle, daha yüksek trofik seviyelerde başarıyla kullanılan yöntemlerin uygulanması daha az mümkündür. Bunlar, örneğin, kararlı izotop etiketleme yaklaşımları içerir. Bu protokol, karbon akışını izlemek ve yarı ölçmek/tahmin etmek için epifloresan mikroskobu ve flores...

Heterotrofik prokaryotlar su sistemlerinde önemli bir biyolojik bileşendir ve planktonbiyokütlesininönemli bir kısmını 1,2,3. Onların bolluk, çeşitlilik ve aktivite kontrol faktörler biyojeokimyasal bisiklet rollerini anlamak için çok önemlidir (yani, organik karbon ve diğer besin ve prokaryotlardan daha yüksek trofik seviyelere enerji akışı kaderi). Protozoon otlatma bu önemli faktörlerden biridir. Heterotrofik nanoflagellates ve silyates Bacterivory prokaryotik bolluk üzerinde güçlü bir yukarıdan aşağıya kontrol empoze, toplum fonksiyonu, yapısı, çeşitlilik, ve hatta hücresel morfoloji ve belirli bakteri gruplarının büyüme hızı4, 5,6. Bazı sistemlerde, protistler bakteriyel mortalitenin başlıca nedeni olarak hizmet6,7.
Bir süredir kullanılan protozoan bakteritomutaminin değerlendirilmesinde kullanılan standart yaklaşım, floresan olarak etiketlenmiş bakterilerin (FLB) av analogları ve epifloresan mikroskopisi olarak kullanılmasını içerir. Hücreye özgü alım oranları, protistan gıda vakuollerinde etiketlenmiş av partiküllerinin sayısının seçili bir zaman rotası8üzerinden ölçülmesi ile belirlenebilir. Bu yaklaşımın çeşitli avantajları vardır. Tracer doğal yırtıcı ve av toplulukları ile doğal örneklere eklenir. Kuluçkadan önce minimum numune manipülasyonu, ilave FLB izleyicisi tarafından minimum numune değişimi vardır ve inkübasyon süreleri, yerinde koşullara yakın koşullarda elde edilen sağlam sonuçları sağlamak için kısadır. Alternatif olarak, düşük sayıda bakteriyvorous protistveya zooplankton (örneğin, offshore deniz sistemleri) olan ortamlarda, flb'nin kaybolma oranları düşük miktarlarda ki numunelere eklenebilir (%2-3 izleyici) uzun vadede akış sitometrisi ile tespit edilebilir (12-24 saat) kuluçka deneyleri. Daha sonra, başlangıç ve bitiş noktalarındaki FLB sayıları (tüm bakterivorların etkisini entegre etmek) akış sitometrisi ile ölçülür (ayrıntılar için, önceki yayına bakın9). Ancak, böyle bir parametre sadece doğrudan herhangi bir protistan ve zooplankton otlatma grupları veya türlerine atfedilemez toplam toplam bakteriyon oranları temsil eder.
Genel olarak, protistan türlerinin veya morfotipe özgü bakteriyel mortalite oranlarının doğru ve ekolojik anlamla ölçülmesi zor olabilir. Bazı protistler seçici otlatıcılar, ve boyutu ve eklenen FLB tracer hücre şekli av alım Doğal oranları bozabilir10,11. Ayrıca, protistan aktivitesi ve metabolizması yüksek ısıya duyarlı12; bu nedenle, eklenen FLB izleyici miktarı dikkatle her bir örnek türü için manipüle edilmesi gerekir (sadece doğal bolluk dayalı, boyut, ve bakteriroriorların morfolojisi ve bakterivores hakim türleri, ama aynı zamanda sıcaklık). Çoğu çalışma toplu protistan otlatma aktivitesi üzerinde duruluyor; ancak, belirli protistan türlerinin bakteriyonu genellikle çok daha yüksek bir bilgi değerine sahiptir ve tercih edilebilir. Bu durumda protist türlerin taksonomik bilgisine bir örnekte mevcut ve davranışlarının anlaşılması gerekmektedir. Bu nedenle, belirli bir protistan grubu veya türüne atfedilen türe özgü bakteriton oranları hakkında sağlam sonuçlar elde etmek için önemli miktarda zaman ve emek gereklidir.
Tüm bu zorluklara rağmen, bu yaklaşım doğal ortamlarda protistan bakteritoru değerlendirmek için mevcut en uygun araç olmaya devam etmektedir. Burada sunulan sumikrobiyal ekoloji çalışmalarında bir izleyici olarak FLB kullanmak için kapsamlı, kolay takip yöntemidir. Yaklaşımın bahsedilen tüm sorunlu yönleri hesaba katılır ve daha iyi bir iş akışı açıklanır, zıt ortamlardan iki deney ve karşıt silikat türleri örnek olarak tanımlanır.
İlk vaka çalışması, Çek Cumhuriyeti'ndeki mezotrofik Římov su rezervuarından epilimnetik bir ortamda yapılmıştır ve bu da çoğu yüzey tatlı su cismiyle karşılaştırılabilir otlatıcı ve bakteriyel bolluklar gösterir (cf.5,7). İkinci vaka çalışması sucul etobur bitki Utricularia reflexatuzakları içinde son derece özel bir ortamda yapılmıştır , her iki otlatma mikofrofik siliates son derece yüksek sayıda barındıran (Tetrahymena utriculariae) ve bakteri hücreleri. Her iki numune türünde hücreye özgü otlatma oranları ve bakteriyel duran stokların hesaplamaları gösterilmiştir. Sonuçların bir dizi ekolojik yorumu tartışılır ve olası takip çalışmalarının örnekleri nihayet önerilmektedir.

<table><tbody><tr><td>0.2-&mikro; m gözenek boyutu filtreleri&nbsp;</td><td>SPI malzemeleri, https://www.2spi.com/</td> <td>B0225-MB</td><td>Siyah, polikarbonat paletli aşındırma membran filtreleri, kullanılan filtreleme aparatı için uygun çap</td></tr><tr><td>5- (4,6-diklorotriazin-2-il) aminofloresein (DTAF)</td> <td>Herhangi bir marka</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ayarlanabilir hacimli otomatik pipetler&nbsp;</td><td>Herhangi bir marka, çeşitli boyutlarda</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Santrifüj</td><td>22 000 x g</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kriyoviyaller</td><td>Herhangi bir marka, 2 mL boyutunda</td><td></td><td></td></tr><tr><td>DAPI (4 akut;, 6-Diamidino-2 & akut; -fenilindol dihidroklorür)</td> <td>Herhangi bir marka&nbsp;</td><td></td><td>1 mg ml-1</td></tr><tr><td>Epifloresan mikroskobu</td><td>400 x'ten 1000 x'e</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td> kadar büyütme <td>DAPI ve DTAF aralığında</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td> görüntülemeye uygun filtreler <td>Oküler</td><td></td><td></td>bir tanesinde sayma ızgarası</tr><tr><td>Filtreleme aparatı</td><td>Genellikle 25 mm çapında&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Formaldehit</td><td>Mikroskopi</td><td></td><td></td>için bir marka</tr><tr><td>Glutaraldehit</td><td>Mikroskopi</td><td></td><td></td>için bir marka</tr><tr><td>Mikroskopi için daldırma yağı</td><td>Düşük floresanslı</td><td></td><td></td>özel yağ</tr><tr><td>Lugol ve akut; s çözeltisi</td><td>Herhangi bir marka veya yoruma</td><td></td> bakın <td>Aşağıdaki gibi bir alkali Lugol çözeltisi yapın: Çözüm 1 - 10 g potasyum iyodürü 20 ml içinde MQ suda eritin> ardından 5 g iyot ekleyin. Çözüm 2 - 5 g sodyum asetat ekleyin. 50 ml MQ suya kadar. Çözelti 2'yi çözelti 1'e ekleyin ve iyice karıştırın</td></tr><tr><td>Metanol stabilize formalin</td><td>Mikroskopi amaçlı</td><td></td><td></td>herhangi bir marka</tr><tr><td>Mikroskop lamları ve lameller Mikroskopi</td><td>amaçlı üretilen herhangi bir marka&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Numuneleri seyreltmek için MQ su</td><td>Herhangi bir marka &nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu tuzlu su (PBS; pH = 9)pH 9'a</td> ayarlanmış <td>herhangi bir marka</td><td></td><td>0.05 M Na2HPO4-NaCl çözeltisi</td></tr><tr><td>PPi-tuzlu su tamponu</td><td>Herhangi bir marka</td><td></td><td>0.02 M Na4P2O7-NaCl çözeltisi. 100 ml MQ suya 0.53 g Na4P2O7 artı 0.85 g NaCl&nbsp ekleyin;</td></tr><tr><td>Numune alma cihazı&nbsp;</td><td>Temsili numune almak için uygun&nbsp;</td><td></td><td>örneğin göl planktonu için Friedinger örnekleyici</td></tr><tr><td>Sodyum tiyosülfat çözeltisi</td><td>Protokolde herhangi bir marka</td><td></td><td>% 3 çözelti kullanılır</td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Herhangi bir marka</td><td></td><td>30 W</td></tr><tr><td>Vorteks</td><td>Çözünen maddelerin ve numunelerin</td><td></td><td></td>iyice karıştırılmasına izin veren herhangi bir marka</tr><tr><td>Su banyosu</td><td>Sıcaklığın 60 ° C'de tutulmasına izin veren herhangi bir marka; Ç</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

floresan etiketli bakteriler sucul ekosistemlerde organik karbon akışının yeni yollarını ortaya Çıkaracak bir İzleyici olarak

Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

Predasyon ve etkileri gibi trofik etkileşimlerin aydınlatılması ekoloji alanında birçok araştırmacının sık rastlanan bir görevidir. Mikrobiyal toplulukların incelenmesi birçok sınırlamaları vardır ve bir yırtıcı, av ve yırtıcı oranları belirlemek genellikle zordur. Burada sunulan bir tracer olarak floresan etiketli av eklenmesine dayalı optimize edilmiş bir yöntemdir, hangi suda yırtıcı ökaryotlar da otlatma oranları güvenilir quantitation ve daha yüksek trofik seviyelere besin transferi tahmini sağlar.

Örnek deney Ben Římov su rezervuar (Güney Bohemya, CZ), hangi yerinde yırtıcı ve av bolluğu düşük doğal bir site çalıştırıldı. Temsili veriler omnivor siliate türleri Halteria grandinellaiçin rapor edilir , picoplankton bol ve verimli bir otlatma olduğunu (&lt;2 μm) parçacıklar10,16,17,18 ,22. Şekil 3, S...

Burada sunulan yüksek hassasiyet ve taksonomik çözünürlük ile sucul yırtıcı ökaryotlar otlatma oranları ölçmek için tek hücreli, epifloresan mikroskobik tabanlı teknik için bir protokoldür.

Floresan Etiketli Bakteriler Sucul Ekosistemlerde Organik Karbon Akışının Yeni Yollarını Ortaya Çıkaracak Bir İzleyici Olarak

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

Bu yaklaşım önemlidir, çünkü prokaryotlardan mikrobiyal gıda ağlarında karbon ve enerji akışlarını çok yüksek çözünürlükte görselleştirmemize ve tahmin etmemize olanak sağlar. Bu, şu anda hangi protist türlerin in situ bakteri tükettiğinizi belirlemek ve aynı zamanda bu sürecin hızını tek hücreli düzeyde ölçmek için mevcut olan tek tekniktir. Bakteriler çözünmüş organik karbonu organik karbonu partiküle değiştirmek için değişen tek önemli mikroplar olduğundan, ilgili oyuncuların bilgisi ve bunun meydana geldiği oranlar genel olarak sucul ekosistemlerin anlaşılmasıiçin temel oluşturur. Araştırmacıların herhangi bir otlatma deneyi yapmadan önce çalışma sistemlerine aşina olmalarını şiddetle tavsiye ediyoruz. Bu, numunelerin mikroskopi incelemesinin ışık ve epifloresansını, mevcut ana takson bilgisive mevsimsel dinamiklerini içerir. Prosedürü gösteren Jitka Jezberov olacak

fluorescently-labeled-bacteria-as-tracer-to-reveal-novel-pathways

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Çevre bacterioplankton bir model ile çözünmüş organik karbon (DOC) bileşik ve bir DNA etiketleme reaktif bromodeoxyuridine (BrdU) inkübe edilir. Daha sonra floresan aktif hücre sıralama (FACS) kullanarak kendi yükseltilmiş BrdU dahil dayalı toplu topluluk, DOC-aşağılayıcı hücreleri ayrılır. Bu hücreler daha sonra sonraki moleküler analizleri ile tespit edilir.

Bromodeoxyuridine (BrdU) Etiketleme ve Çözünmüş Organik Kültür bağımsız Kimlik sonraki Floresan Aktive Hücre Sıralama Karbon-aşağılayıcı Bacterioplankton

Kaynak: Pioli, R., ve diğerleri, Sıralı Kılcallık Destekli Montaj Yoluyla Mikroorganizmaların ve Mikropartiküllerin Modellenmesi. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, karbonsuz bir süspansiyon ve kontrollü akış kullanarak mikroakışkan tuzaklarda tek floresan etiketli Escherichia coli (E. coli) hücrelerini yakalama yöntemini ve ardından mikrokolonilerin büyümesini ve floresan görüntülemesini tetiklemek için besin ilavesini göstermektedir.

Tek Hücreli Bakteri Büyümesinin Mikroakışkan Desenleme ve Floresan Tabanlı İzlenmesi

Kaynak: Chetrit, D. ve diğerleri.  Legionella pnömofila nokta/icm salgı sisteminin mekansal ve zamansal özelliklerini çözmek için canlı hücre görüntüleme ve kriyo-elektron tomografi uygulanıyor. J. Vis. Exp. (2020).Bu video, floresan olarak işaretlenmiş patojenik bakterilerin hazırlanmasını ve görüntülenmesini göstermektedir. Agarose pedleri önce hazırlanır ve yapıştırıcı bir çerçeve içine yerleştirilir. Hücreleri hareketsiz hale getirmek için pedde floresan protein ifade eden genetik olarak...

Flüoresans Etiketlenmiş Bakterilerin Örnek Hazırlanması ve Görüntülemesi

Chlamydia içeren hücresel vakuolleri (inklüzyonlar) aydınlatmak için canlı hücre floresan proteini bazlı bir yöntem tanımlanmıştır. Bu strateji, numunelerde Chlamydia enfektivitesinin hızlı ve otomatik olarak belirlenmesini sağlar ve inklüzyon büyüme dinamiklerini kantitatif olarak araştırmak için kullanılabilir.

Görselleştirme ve Miktarının Belirlenmesi için floresan proteinleri kullanarak<em&gt; Chlamydia</em&gt; Vakuol Büyüme Dinamikleri Yaşayan Hücrelerde

Biyomoleküllerin in vivo çalışmaları, biyolojik bağlamda moleküler işlevi anlamak için çok önemlidir. Burada, DNA veya proteinler gibi floresan biyomoleküllerin canlı mikroorganizmalara içselleştirilmesine izin veren yeni bir yöntemi açıklıyoruz. Floresan mikroskobu ile kaydedilen in vivo verilerin analizi de sunulmakta ve tartışılmaktadır.

Elektroporasyon yoluyla Yaşam Mikroorganizmalar içinde içselleştirilmesi ve Floresan biyomoleküllerin Gözlem

Burkholderia sartisoli RP037-mChe ile bir bütün hücre bioreporter deney, bir su doymamış model sisteminde hava dolu gözenekler köprü misel aktif taşıma sonra bakteriyel indirgenmesi için uygun bir organik kirlilik (örneğin, floren) fraksiyonları tespit etmek için geliştirilmiştir.

A Whole Hücre Bioreporter Yaklaşımı Su Doymamış Sistemleri Organik Kontaminantların Taşıma ve Biyoyararlanımını Değerlendirmek için

evrim senaryolarda çeşitler (mekansal ayrışmanın) rolü mekansal dağılımı ayarı kontrollü izin laboratuvarda basit mikrobik sistemler kullanılarak incelenebilir. Kurucu hücre yoğunluğu değiştirerek, çeşitli çeşitler seviyeleri, Bacillus subtilis, koloni biyofilm floresan etiketli bakteriyel suşlar kullanılarak görüntülenebilir.

Yüzey koloniler Mikrobiyal Populasyonlarında Mekansal Ayrışma İzleme

Bakterilerde temel süreçleri işlevini anlamak zordur. Floresans mikroskobu hedef özel boyalar ile mikrobiyal hücre büyüme ve hücre döngüsü ilerleme içine anahtar anlayışlar sağlayabilir. Burada, Agrobacterium tumefaciens yöntemleri canlı hücre görüntüleme için gerekli işlemleri karakterizasyonu için vurgulamak için bir model bakteri kullanılmaktadır.

Temel işlemler sırasında mikrobiyal hücre büyümesini gözlemlemek için hücre Floresans mikroskobu canlı

Bu el yazması ile DNA probları fluorescently etiketli tek molekül Floresans in situ hibridizasyon (smFISH) E. colideneylerde kullanmak için bireysel mesajcı RNA (mRNA) Tutanaklar etiketleme yöntemi açıklar. smFISH eş zamanlı algılama, Yerelleştirme ve miktar tek mRNA molekülleri sabit tek tek hücreleri içinde izin veren bir görselleştirme yöntemidir.

Transkript bireysel Escherichia coli hücrelerdeki tek molekül Floresans In Situ hibridizasyon deneyleri için etiketleme yöntemi

Bu canlı-bakteriyel hücre görüntüleme protokolü zaman içinde tek hücre düzeyinde birden fazla bakteri türü arasındaki etkileşimlerin görselleştirilmesiiçin izin verir. Hızlandırılmış görüntüleme, tek tek kültür veya ortak kültürdeki her bakteri türünün gözlemlenmesine olanak sağlar ve bireysel hücre hareketliliği ve canlılığı da dahil olmak üzere çok türler arası bakteri topluluklarındaki türler arası etkileşimleri sorgular.

Tek Hücreli Türler Arası Bakteri Etkileşimlerinin Kinetik Görselleştirilmesi

Burada, enfeksiyon sırasında patojenik bakterilerin organ çapında tespit edilmesini ve floresan raportör aktivitelerinin miktarını belirlemeyi sağlayan bir prosedürü açıklıyoruz.

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Keşfedin, floresan etiketli bakterileri izleyici olarak kullanarak sucul ekosistemlerde protist avcılığını ve besin akışını tek hücre düzeyinde nicelendirmeyi. Bu yöntem, mikrobiyal besin ağlarında karbon ve enerji transferini yüksek çözünürlükle görselleştirir.

Floresan Etiketli Bakteriler Sucul Ekosistemlerde Organik Karbon Akışının Yeni Yollarını Ortaya Çıkaracak Bir İzleyici Olarak

Daha fazla video keşfet