Name: Kanserlerde Yaygın Genetik Olmayan TranskripsiyonEl Uzaması Defektlerini (TEkesinlikle)Incelemek için Kronik CDK9 İnhibisyonu Bir Murine Hücre Hattı Tabanlı Modeli (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-09-26T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 49 s
Description: Keşfedin, kronik CDK9 inhibisyonu ile fare karsinoma hücre hatlarında transkripsiyon uzaması defektlerini incelemeyi. Bu model, immünoterapiye dirençli kanserlerdeki genetik olmayan anormallikleri çalışmak için kullanılır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma kısmen NCI (CA193549) ve CCHMC Araştırma İnovasyon Pilot ödülleri tarafından Kakajan Komurov ve Savunma Bakanlığı (BC150484) ödülü Navneet Singh tarafından desteklendi. İçerik sadece yazarların sorumluluğundadır ve Ulusal Kanser Enstitüsü veya Savunma Bakanlığı'nın resmi görüşlerini temsil etmez. Fon layıcıların çalışmanın tasarımı, veri toplama ve analizi, yayımlama kararı veya makalenin hazırlanmasında hiçbir rolü yoktu.

Cincinnati Çocuk Araştırma Vakfı Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi ve Kurumsal Biyogüvenlik Komitesi tüm hayvan deneysel prosedürlerini (IACUC protokolü #2017-0061 ve IBC protokolü #IBC2016-0016) onayladı ve bunlar deneyler, NIH Laboratuvar Hayvanlarının Bakımı ve Kullanımı Kılavuzu'nda açıklandığı gibi standartlara uygun olarak gerçekleştirilmiştir.
1. RNA Pol II'nin flavopiridol tedavisi ile kronik inhibisyonu—temel strateji
<ol><li>Tohum B16/F10 fare melanom hücreleri düşük yoğunluklu (0.2 x 106) kendi karşılık orta (Dulbecco's Modifiye Kartal Orta [DMEM], 10% fetal sığır serum [FBS], 1% penisilin ve streptomisin [Pen /Strep]) ve inkümet bir gecede 10 cm kültür plakası 37 °C,% 5 CO2 nemli inkübatör.</li>
	<li>Ertesi gün, hücreleri 1x fosfat tamponlu salin (PBS) ile yıkayın ve rna Pol II uzama faktörü p-TEFb (siklin T/CDK9) bir inhibitörü olan flavopiridol'un öldürücü dozu (25 nM olarak tahmin edilir) ile yeni bir kültür ortamı grubu ekleyin. alt-culturing.</li>
	<li>Flavopiridol tedavisi bir hafta sonra, TEkesinlikle kanserlerde görülen transkripsiyonel uzama kusurları çeşitli özelliklerini özetlemek için modelyeteneğini değerlendirmek için doğrulayıcı tahliller gerçekleştirin.</li>
</ol>2. Oluşturulan fare TEkesinlikle modelinde kusurlu RNA Pol II fonksiyonu ve interferon (IFN) yolu ve tümör nekroz faktörü (TNF) yol sinyalinin bozulmasını değerlendirmek için doğrulayıcı immünoblot tsay
<ol><li>Kültür eşit sayıda (105) flvopiridol tedavi B16/F10 fare melanom hücreleri ve ebeveyn B16/F10 fare melanom hücreleri 12 kuyu plakaları iki farklı setleri (RNA Pol II fonksiyonel karakterizasyonu için bir set ve sitokin için diğer set stimülasyon) 37 °C'de %5 CO2 nemli bir inkübatör gecede.</li>
	<li>Ertesi gün, sitokin stimülasyon setindeki hücreleri fare IFN-γ, IFN-α (5 ng/mL) veya TNF-α (5 ng/mL) ile 37 °C'de 45 dakika boyunca tedavi edin.</li>
	<li>Şimdi, hem sitokin hem de RNA Pol II fonksiyonel karakterizasyonundaki hücrelerden protein özü tonu aşağıdaki şekilde radioimmunoenanaliz (RIPA) lysis tamponu kullanarak kümelenir:<ol>
<li>Hücreleri 1x PBS ile yıkayın ve kuyu başına 50 μL lysis tampon ile lyse. Kazıyın ve sonra 4 °C, 21.130 x glysed hücreleri pelet .</li>
		<li>Deterjan çözünmesi (Bradford veya benzer bir test) sonrasında protein konsantrasyonu için standart bir kolorimetrik test kullanarak hücre lysate supernatants protein ölçün.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Her numuneden %4−−%18 sodyum dodecyl sülfat (SDS) poliakrilamid jeli ile çalışmak için eşit miktarda ölçülen protein (15 μg) yükleyin ve bunları poliviniliden diflorür (PVDF) membranlara aktarın.</li>
	<li>PVDF membranlarını tris-tamponlu tuzlu tuzlu−polisorbat 20 (TBST) içinde %5 kuru sütte bloke edin ve ardından 4 °C'de primer antikorlarla bir gecede kuluçka (RNA Pol II 1:1000; p-SER2 RNA Pol II 1:1000; p-SER5 RNA Pol II 1:1000; p-SER5 RNA Pol II 1:1000; p-SER5 RNA Pol II 1:1000; p-SER5 RNA Pol II 1:1000; p-SER5 RNA Pol II 1:1000; H3K36me3 01:2000; toplam H3 01:2000; STAT1 1:1000; p-STAT1 1:1000; NFκB 1:1000; p-NFκB 1:1000; β-Actin 1:5000) %5 büyükbaş serum albumin.</li>
	<li>Ertesi gün, PVDF membranları oda sıcaklığında 15 dakika (RT) için 1x TBST ile yıkayın ve uygun ikincil antikorlarla (RNA Pol II, p-SER2 RNA Pol II ve p-SER5 RNA Pol II; anti-tavşan (1:5000) h3K36me3 için, toplam H3, STAT1, p-STAT1, NFκB ve p-NFκB) rt 50 dakika. Gelişmiş kemilüminesans ile ticari olarak kullanılabilir horseradish peroksidaz (HRP) substrat kullanarak protein sinyalleri tespit. NOT: β-Actin birincil kullanılan HRP konjuge, bu nedenle ikincil olmadan geliştirilebilir.</li>
</ol>3. Oluşturulan fare TEkesinlikle modelinde mRNA işleme kusurlarını değerlendirmek için doğrulayıcı bir titre
<ol><li>Tohum eşit sayıda (0.2 x 106) flavopiridol tedavi B16/F10 fare melanom hücreleri ve ebeveyn B16/F10 fare melanom hücreleri 6-iyi plakalar 37 °C bir% 5 CO2 nemli inkübatör gecede.</li>
	<li>Bir RNA ekstraksiyon reaktifi veya kiti(Malzeme Tablosu)kullanarak % 60 birleşme yle kültürlü hücrelerden toplam RNA ayıklayın.</li>
	<li>RRNA'yı toplam çıkarılan RNA'dan aşağıdaki şekilde tüketin: NOT: Düşük girişli bir protokol, rRNA'yı tüketmek için ticari olarak kullanılabilen bir kitten ortaklaşa kullanılmıştır<ol>
<li>Bir su banyosu veya ısı bloğunu 70−75 °C'ye, 37 °C'de başka bir su banyosu veya ısı bloğu ayarlayın.</li>
		<li>1 μL seçici rRNA tükenme probu ve mikrosantrifüj tüpünde 30 μL hibridizasyon tamponu ile toplam RNA'yı (100−500 ng in 2 μL nükleaziçermeyen su) ekleyin, girdap ile hafifçe karıştırın ve 5 dk için 70−75 °C'de inküleyin.</li>
		<li>Şimdi, tüpleri 37 °C'lik bir su banyosu/ısı bloğuna aktarın ve numunenin 30 dakika boyunca 37 °C'ye soğumasını bekleyin.</li>
		<li>Selektif rRNA tükenme probu manyetik boncukları girdap ile yeniden askıya alın ve aliquot 75 μL boncuk1,5 mL RNase içermeyen mikrosantrifüj tüp.</li>
		<li>Boncuk süspansiyonu 1 dk. Yavaşça aspire ve supernatant atın. 75 μL nükleaz içermeyen su ekleyerek ve manyetik ayırma sonrasında süpernatant atarak boncukları bir kez daha yıkamatekrarlayın.</li>
		<li>Yıkanmış boncukları 75 μL hibritleştirme tamponunda yeniden askıya alın ve 25°L'ini başka bir tüpe yerleştirin ve daha sonra kullanmak üzere 37 °C'de saklayın.</li>
		<li>Kalan 50°L boncukları 1 dk boyunca manyetik ayırıcıya yerleştirin ve süpernatantı atın. 20 μL hibritleştirme tamponundaki boncukları yeniden askıya alın ve daha sonra kullanmak üzere 37 °C'de saklayın.</li>
		<li>RNA/selektif rRNA tükenme probu karışımının 30 dakika boyunca 37 °C'ye soğutulmasından sonra, numuneyi tüpün dibine kadar toplamak için tüpü kısaca santrifüj edin.</li>
		<li>RNA/selektif rRNA tükenme probu karışımının 33 μL'lik kısmını 3.3.7 adımdan hazırlanan manyetik boncuklara aktarın. Düşük hızlı girdap ile karıştırın.</li>
		<li>Tüpü 37 °C'de 15 dakika kuluçkaya yatırın. Kuluçka sırasında, yavaşça zaman içeriğini karıştırın. Tüpün altına örnek toplamak için kısa santrifüj izledi.</li>
		<li>Tüpü rRNA-sonda kompleksini peletlemek için 1 dakika boyunca manyetik bir ayırıcıya yerleştirin. Bu kez supernatant atmayın. Supernatant rRNA-tükenmiş RNA içerir.</li>
		<li>Adım 3.3.6'dan 25 μL'lik boncuk tüpünü 1 dk. Aspire için manyetik bir ayırıcıya yerleştirin ve süpernatantı atın. Ad 3.3.11'den yeni boncuk tüpüne supernatant ekleyin. Düşük hızlı girdap ile karıştırın.</li>
		<li>Tüpü 37 °C'de 15 dakika kuluçkaya yatırın. Kuluçka sırasında, yavaşça zaman içeriğini karıştırın. Kısaca tüpün altına örnek toplamak için tüp santrifüj.</li>
		<li>Tüpü rRNA-sonda kompleksini peletlemek için 1 dakika boyunca manyetik bir ayırıcıya yerleştirin. Supernatant atmayın. RRNA'da tükenmiş RNA içeren süpernatantı (yaklaşık 53°L) yeni bir tüpe aktarın.</li>
		<li>RNA veriminin konsantrasyonunu bir spektrofotometre ile ölçün.</li>
	</ol></li>
	<li>Aşağıdaki şekilde poliA+ RNA ayıklamak için oligo (dT)25 içeren manyetik boncuklar için giriş olarak rRNA tükenmiş örneklerin yarısını kullanın: NOT: Manyetik boncukyüzeyine bağlı oligo dT dizileri kullanarak polyA kuyruk haberci RNA izole bu protokol ticari olarak kullanılabilir kiti(Tablo Malzemeler)co-opted edilmiştir.<ol>
<li>Şişedeki oligo dT boncuklarını kısaca >30 s için girdap layarak yeniden askıya alın ve 200 μL oligo dT boncuklarını bir tüpe aktarın. Aynı birimde (200 μL) bağlama arabelleği ekleyin ve yeniden askıya alın.</li>
		<li>1 dakika için bir mıknatıs tüp yerleştirin ve supernatant atın. Şimdi, mıknatıstan tüpü çıkarın ve yıkanmış oligo dT boncukları 100 μL bağlayıcı tamponda yeniden askıya alın.</li>
		<li>RRNA tarafından tükenmiş toplam RNA numunesinin hacmini 10 mM Tris-HCl pH 7,5 ile 100°L'ye ayarlayın. Şimdi, 100 μL bağlayıcı arabellek ekleyin.</li>
		<li>Isı 65 °C için 2 dakika ikincil RNA yapıları bozmak için. Şimdi, hemen buzun üzerine yerleştirin.</li>
		<li>Toplam 200 μL'lik RNA'yı 100°L yıkanmış boncuklara ekleyin. Iyice karıştırın ve RT 5 dakika boyunca bir rotor üzerinde sürekli dönerek bağlama izin verin.</li>
		<li>1-2 dakika için mıknatıs üzerine tüp yerleştirin ve dikkatle tüm supernatant çıkarın ve dikkatle tüm supernatant çıkarın.</li>
		<li>Tüpü mıknatıstan çıkarın ve 200 μL Yıkama Tamponu ekleyin.</li>
	</ol></li>
	<li>Çıkarılan poliA+ RNA'nın saflığını ve konsantrasyonu bir spektrofotometre ile ölçün. NOT: 1.90−2.00 260/280 oranı ve tüm RNA örnekleri için 2.00−2.20 260/230 oranı kabul edilebilir kabul edilir.</li>
	<li>Bölüm 3.3'ten alınan rRNA tükenmiş örneklerin kalan yarısını protein A sütunlarına (RNA immünopresimünoenaz [RIP] kitinde sağlanan, Malzeme Tablosundasağlanan) monoklonal 7-methylguanozin kullanarak beş asal kapaklı RNA'ları immünopprepitite etmek için kullanın aşağıdaki şekilde antikor: NOT: Ticari olarak kullanılabilen RNA immünoentri kiti kullanılarak m7G kapaklı haberci RNA'yı izole etme protokolü birlikte kullanılmıştır ve daha da değiştirilmiştir.<ol>
<li>Proteini yıkayın Antioriyi boncuklara önceden bağlamak için üreticiprotokolüne göre RIP kitinden elde edilen manyetik boncuklar.</li>
		<li>Kitinden 100 μL yıkama tamponu askıda bir mikrocentrifuge tüp boncuklar için 7-metilguanozin antikor (tavşan IgG sağlanan kiti sağlanan tavşan IgG) 3 μg aktarın.</li>
		<li>RT. Centrifuge tüpleri kısa bir süre için 30 dakika düşük hız rotasyonu ile kuluçka ve sonra bir manyetik ayırıcı tüpler yerleştirin, kaldırmak ve supernatant atın.</li>
		<li>Tüpleri çıkarın ve kısa bir süre için kit ve girdaptan 500 μL yıkama tamponu ekleyin. Tüpleri kısa bir süre sonra manyetik ayırmayı bir kez daha merkeze, süpernatantı çıkarın ve atın.</li>
		<li>Adım 3.6.4'u bir kez daha tekrarlayın.</li>
		<li>Önceden yıkanmış 7-metilguanozin antikor bağlı boncuklar için (bölüm 3.3) tükenmiş rRNA yaklaşık 120 ng ekleyin. 1 μL RNase inhibitörü ekleyin. HAFIF ajitasyon ile 1−1.5 saat boyunca RT'de kuluçka.</li>
		<li>10 s için 300 x g boncuk aşağı spin ve yeni bir mikrosantrifüj tüp kapaksız (non-7-metilguanozin) mRNA içeren supernatant kaldırın.</li>
		<li>100 μL yıkama tamponu ekleyin ve benzer şekilde iki kez daha yıkayın. Havuz toplanan supernatant aynı mikrosantrifüj tüp uncapped etiketli (non-7-metilguanozin) mRNA. Buzda saklayın.</li>
		<li>7 M üre lysis tampon (ULB) içeren 300 μL üre lysis tampon (ULB) ile boncuklardan kapaklı (7-metilguanozin) mRNA, %2 SDS, 0,35 M NaCl, 10 mM EDTA ve 10 mM Tris, pH 7.5 boncukları 65 °C'de 2−3 dk ısıtarak emdirin.</li>
		<li>300 μL'lik eluted numuneleri (kapaklı ve kapaksız mRNA) 300 μL fenol:chloroform:isoamyl alkol (25:24:1; ticari olarak mevcuttur) (4 °C'de saklanır) karıştırın. Ters çevirerek iyice karıştırın ve yaklaşık 10 dakika bekletin sonra yavaşça tekrar karıştırın.</li>
		<li>2 dk için 18.928 x g santrifüj ve dikkatle taze tüp üst tabaka pipet ve alt tabaka atın.</li>
		<li>Örneklere 300 μL fenol ekleyin:kloroform:isoamyl alkol (25:24:1; 4 °C'de depolanır). 1 dk. Dikkatli, yeni bir tüp için üst tabaka pipet ve alt tabaka atın 18.928 x g de ters ve sonra santrifüj tarafından iyice karıştırın.</li>
		<li>Kapaklı ve kapaksız RNA'ya 300 μL 2-porpanol ve 30 μL 3 M sodyum asetat (pH 5.2) ekleyin. Numuneyi birkaç kez ters çevirin ve -20 °C'ye 20 saat ekadar koyun.</li>
		<li>Şimdi, 4 °C'de 10 dk için 18.928 x g'de numuneleri santrifüj edin. Supernatant'ı dikkatlice çıkarın ve %70 etanol 500 μL ekleyin.</li>
		<li>4 °C'de 10 dk için 18.928 x g tekrar santrifüj. Supernatant'ı dikkatlice atın ve rt'deki peleti 5 dakikadan az bir süre kurulayın.</li>
	</ol></li>
	<li>RNA veriminin saflığını ve konsantrasyonu bir spektrofotometre ile ölçün. 260/280 oranı 1.90−2.00 aralığında, 260/230 oranı ise tüm RNA numuneleri için 2.00−2.20 aralığında olmalıdır.</li>
</ol>4. FasL aracılı hücre ölümüne fare TEkesinlikle model in yanıtını değerlendirmek için doğrulayıcı bir tofme
<ol><li>Tohum eşit sayıda (30.000 hücre) flavopiridol tedavi B16/F10 fare melanom hücreleri ve ebeveyn B16/F10 fare melanom hücreleri kendi ilgili ortamda 96-iyi kültür plaka (DMEM) ve kuluçka gecede 37 °C, 5% CO2 nemli Inkübatör.</li>
	<li>Hücreleri farklı konsantrasyonlarda honun6FasL (0.1−1000 ng/mL) ile tedavi 10 g/mL anti-His antikor ve inkübat24 saat için 37 °C, 5% CO2 nemli inkübatör.</li>
	<li>1x PBS arabellek ile yıkayarak ölü hücreleri çıkarın. RT 20 dakika için% 4 paraformaldehit bağlı hücreleri düzeltin.</li>
	<li>Musluk suyundaki tabakları hafifçe durulayarak fazla lekeyi çıkarın. RT'de tabakları kurutun.</li>
	<li>1x PBS'de çözünmüş 1x nonionic yüzey aktif antonun 100 μL'lik kristal menekşesini yeniden çözündürün ve mikroplaka okuyucuda 570 nm'de emiciliği ölçerek hücre yoğunluğunu ölçün.</li>
</ol>5. Araştırmacı tsay fare TEkesinlikle model antijen spesifik sitotoksik T-hücre atamı yanıtını değerlendirmek için
<ol><li>OT-I CD8+ sitotoksik T-hücre atasının (CTL) izolasyonu ve aktivasyonu<ol>
<li>CD8+ hücrelerini FARE CD8 T hücre izolasyon kiti kullanarak manyetik hücre ayırma ile OT-I TCR Tg RAG-1−/− farelerin dalaklarından arındırın:<ol>
<li>Tam RPMI ortamlarında iki OT-I TCR Tg RAG-1−/− fareden iki dalak hasat edin.</li>
			<li>20 mL RPMI dolu 50 mL'lik bir tüpte tutulan 70 m'lik filtredeki dalakları püre haline getirin ve filtrede sadece yağ kalana kadar şırınganın arkasını kullanarak.</li>
			<li>4 °C'de 5 dk için 220 x g'de akışı santrifüj edin. Supernatant atın.</li>
			<li>Bir önceki santrifüj adımından dalak peletine 1 mL kırmızı kan hücresi (RBC) lysis tamponu ekleyin ve 1 dk boyunca karışımı pipetlendirin.</li>
			<li>10 mL'ye kadar RPMI ekleyerek çözeltiyi nötralize edin.</li>
			<li>Santrifüj 220 x g'de 5 dk 4 °C'de. Supernatant atın ve RPMI 10 mL yeniden askıya.</li>
			<li>Saymak için küçük bir aliquot alın. Kalan santrifüj 220 x g'de 5 dk 4 °C'de.</li>
			<li>Sayılan her milyon hücre için, ticari olarak kullanılabilir manyetik ayırma sistemi arabelleği (Mojo arabelleği veya benzer bir arabellek) 1 mL pelet resuspend.</li>
			<li>Adım 5.1.1.8'de her 1 mL peletli hücre için hacim 100 μL'lik bir antikor kokteyli hazırlayın. Antikor kokteyl içerir: biotin anti-CD4, CD105, CD45R/B220, CD11c, CD49b, TER-119, CD19, CD11b, TCR γ / δ, ve CD44.</li>
			<li>1 mL peletli hücrelere bu kokteyl ekleyin ve 15 dakika buz üzerinde tutun.</li>
			<li>1 mL yeniden askıda peletli dalak hücrelerine eklenen antikor kokteylinin her 100 μL'sine 100°L manyetik (streptavidin) boncuk ekleyin. 15 dakika buzüzerinde tutun.</li>
			<li>7 mL ticari olarak kullanılabilir manyetik ayırma sistemi tampon ekleyin. Şimdi, taze bir tüp karışımı yaklaşık 3−4 mL aliquot. Iyice karıştırın ve 5 dakika boyunca mıknatıs için düzeltin.</li>
			<li>Sıvıyı buz üzerinde taze bir tüpe dekant (CD8+ hücreleri içerir). Şimdi, kalan 3−4 mL karışımı adım 5.1.1.12'den tüpe aktarın ve 5 dakika boyunca mıknatısa sabitle. Sıvıyı (izole edilmiş CD8+ hücrelerinin ikinci partisi) buzda tutulan ilk CD8+ hücresini içeren aynı tüpe yerleştirin.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Tohum mühendislik yapışık fibroblast APC-(MEC. B7' ye. SigOVA) belirli bir ovalbumin ifade hattı (OVA)-türetilmiş, H-2Kb-sınırlı peptid epitop ova257-264 (SIINFEKL), co-uyarıcı molekül B7.1 ile birlikte, 75.000 hücreleri iyi başına 24-iyi plakalar, 37 ° C, 5% CO2 nemlendirilmiş inkuvtor. NOT: Kullanılan yapışık fibroblast, Dr. Edith Janssen'in CCHMC'deki laboratuvarından bir hediyedir. Çizgi aslında Dr Stephen P. Schoenberger's lab La Jolla Enstitüsü Alerji ve İmmünoloji6için oluşturuldu.</li>
		<li>24 saat sonra, Hepes tampon, sodyum pirüuvat, L-glutamin ve yüksek glikoz ile ticari olarak kullanılabilir Iscove modifiye Dulbecco's orta (IMDM) ile Bir kez APC monolayer yıkayın ve 0.5 x 106 saf OT-I CD8 + hücreleri ekleyin (adım 5.1.1.13) IMDM 2 mL 50 mM β-ME, 2 mL EDTA, 4 mM L-glutamin ve HEPES ve %10 FBS ile desteklenir.</li>
		<li>20 saat sonra, yapışmaz OT-I hücrelerini yavaşça hasat edin (yüzen OT-I hücreleri ile kültür çanağının içinde ortam toplayarak ve hücreleri 191 x g'de 2 dk için peletleyerek; uygun OT-I hücrelerini sayarak) ve ortak kültür için aktarın.</li>
	</ol></li>
	<li>Cd8+ hücrelerinin B16/F10-OVA hücreleri ile ortak kültürü<ol>
<li>B16/F10 (antijen ovalbumin eksikliği), işlenmemiş B16/F10-OVA ve B16/F10-OVA hücreleri ile ortak kültürde 1:1 (her biri 300.000 hücre) oranında 1:1 (her biri 300.000 hücre) oranında tohum OT-I-türetilmiş CD8+ hücreleri ve B16/F10-OVA hücreleri 1 hafta boyunca flavopiridol (25 nM) ile ön işlemden geçirilmiştir, tam DMEM ile 6 iyi yemeklerde %5 CO2 nemlendirilmiş inkübatörde 37 °C'de 20 saat boyunca ortam.</li>
		<li>20 saat sonra, OT-I-türetilmiş CD8+ hücrelerini çıkarın (yüzen OT-I türetilmiş CD8+ hücreleriyle kültür çanağının içinde ortam toplayarak). Yapışık B16/F10-OVA hücrelerini 1x PBS'de yıkayın.</li>
		<li>Ekli B16/F10-OVA hücrelerinin üç grubu 5 dk. Pesin içeren %0,05 EDTA'da 191 x g'de tripsinli hücreleri 5 dk.</li>
		<li>Hasat edilen B16/F10-OVA hücrelerini soğuk PBS'de (%0,5 FBS ve %0,05 sodyum azit içeren) canlılık boyası ve ilgili etiketli antikorlarla (düzeltilebilir canlılık boya e780, AF647 konjuge fare CD8 ve BV421 konjuge fare CD45 ile) kuluçkaya yatırarak lekeleyin ).</li>
		<li>B16/F10-OVA hücrelerinin üç grubuncanlılığını akış sitometrisi ile analiz edin.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol><li>Adelman, K., Lis, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Promoter-proximal+pausing+of+RNA+polymerase+II%3A+emerging+roles+in+metazoans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Promoter-proximal pausing of RNA polymerase II: emerging roles in metazoans.</a> Nature Reviews Genetics. 13 (10), (2012).</li>
<li>Margaritis, T., Holstege, F. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Poised+RNA+polymerase+II+gives+pause+for+thought%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Poised RNA polymerase II gives pause for thought.</a> Cell. 133 (4), 581-584 (2008).</li>
<li>Modur, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defective+transcription+elongation+in+a+subset+of+cancers+confers+immunotherapy+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Defective transcription elongation in a subset of cancers confers immunotherapy resistance.</a> Nature Communications. 9 (1), 4410(2018).</li>
<li>Hargreaves, D. C., Horng, T., Medzhitov, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+inducible+gene+expression+by+signal-dependent+transcriptional+elongation%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Control of inducible gene expression by signal-dependent transcriptional elongation.</a> Cell. 138 (1), 129-145 (2009).</li>
<li>Adelman, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immediate+mediators+of+the+inflammatory+response+are+poised+for+gene+activation+through+RNA+polymerase+II+stalling%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Immediate mediators of the inflammatory response are poised for gene activation through RNA polymerase II stalling.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (43), 18207-18212 (2009).</li>
<li>van Stipdonk, M. J., Lemmens, E. E., Schoenberger, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Na%C3%AFve+CTLs+Require+a+Single+Brief+Period+of+Antigenic+Stimulation+for+Clonal+Expansion+and+Differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Immunology%22%5BJournal%5D)">Naïve CTLs Require a Single Brief Period of Antigenic Stimulation for Clonal Expansion and Differentiation.</a> Nature Immunology. 2 (5), 423-429 (2001).</li>
<li>Gilchrist, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulating+the+regulators%3A+the+pervasive+effects+of+Pol+II+pausing+on+stimulus-responsive+gene+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Regulating the regulators: the pervasive effects of Pol II pausing on stimulus-responsive gene networks.</a> Genes & Development. 26 (9), 933-944 (2012).</li>
<li>Danko, C. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Signaling+pathways+differentially+affect+RNA+polymerase+II+initiation%2C+pausing%2C+and+elongation+rate+in+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Signaling pathways differentially affect RNA polymerase II initiation, pausing, and elongation rate in cells.</a> Molecular Cell. 50 (2), 212-222 (2013).</li>
<li>Nechaev, S., Adelman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pol+II+waiting+in+the+starting+gates%3A+Regulating+the+transition+from+transcription+initiation+into+productive+elongation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimica+et+Biophysica+Acta+%28BBA%29-Gene+Regulatory+Mechanisms%22%5BJournal%5D)">Pol II waiting in the starting gates: Regulating the transition from transcription initiation into productive elongation.</a> Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Gene Regulatory Mechanisms. 1809 (1), 34-45 (2011).</li>
<li>Zhou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tat+modifies+the+activity+of+CDK9+to+phosphorylate+serine+5+of+the+RNA+polymerase+II+carboxyl-terminal+domain+during+human+immunodeficiency+virus+type+1+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Biology%22%5BJournal%5D)">Tat modifies the activity of CDK9 to phosphorylate serine 5 of the RNA polymerase II carboxyl-terminal domain during human immunodeficiency virus type 1 transcription.</a> Molecular and Cellular Biology. 20 (14), 5077-5086 (2000).</li>
<li>Palancade, B., Bensaude, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigating+RNA+polymerase+II+carboxyl%E2%80%90terminal+domain+%28CTD%29+phosphorylation%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Investigating RNA polymerase II carboxyl‐terminal domain (CTD) phosphorylation.</a> European Journal of Biochemistry. 270 (19), 3859-3870 (2003).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

RNA Pol II uzama kontrolü malign hücrelerin yararına uyarıcı duyarlı gen ekspresyonunu düzenleyen belirleyici bir kol olarak ortaya çıkmıştır5,7,8. Uzama ve müteakip mRNA üretimi için organizatör-proksimal duraklama üstesinden P-TEFb9,10,11kinaz aktivitesi gerektirir. Modelimiz, tekesinlikle kanserlerde Pol II uzaması sırasın...

Hemen hemen tüm aktif genlerin ekspresyonunda önemli bir hız sınırlayıcı adım RNA polimeraz II (RNA Pol II) organizatörün proksimal verimli uzama1,2duraklama geçiştir. Transkripsiyonel uzamanın epigenetik disregülasyonununTEolarak tanımlanan birden fazla insan malignitesinin ilerlemesine yardımcı olduğu göz önüne alındığında, kötü yanıt alabilen pro-inflamatuar yanıt yollarında suboptimal sinyalizasyona yol açar ve immünoterapisonucu 3, Bu protokolün kapsamlı amacı kanserlerde bu yaygın olmayan genetik transkripsiyonel anormallikleri incelemek için yararlı bir in vitro model kurmaktır. Bu ışıkta, CDK9'un kronik farmakolojik inhibisyonu transkripsiyon uzaması ve mRNA işleme kusurlarında genetik olmayan yaygın bozulmanın genelleştirilebilir bir modelini oluşturmak için etkili bir stratejidir. Kronik CDK9 inhibisyonu kullanmanın ardındaki mantık, RNA Pol II'nin C-terminal tekrar etki alanında (CTD) serin2 kalıntısının fosforilasyonunu ortadan kaldırarak RNA Pol II'nin verimli transkripsiyon uzaması için bastırılmasıdır. Ayrıca, TEkesinlikle kanserler, bizim grup tarafından daha önce açıklanan3,herhangi bir özel somatik mutasyon altında sınıflandırılır değildir. Bu nedenle, genetik olmayan (farmakolojik) bir model avantajlıdır ve en iyi onlarda gözlenen yaygın transkripsiyonel ve epigenetik kusurları taklit eder. Buradaki yöntem, minüri kanseri hücrelerinin kronik flavopiridol tedavi modelinin oluşumunu ve karakterizasyonunu ayrıntılarıyla anlatmaktadır. Bu yöntem, daha uzun genomik uzunluklarla karakterize genler boyunca transkripsiyon uzaması, tnf/NF-κB ve interferon/STAT sinyalizasyonu gibi indükleyici ifadeler ile transkripsiyon uzama3,4,5. Genel olarak, transkripsiyonel uzama kusurları bu optimize edilmiş murine hücre hattı modeli-bilgimizin yeni açıklanan TEkesinlikle tümörler ilim için tek model-anti-tümör bağışıklık atağına direnç sürücüler, yararlanmak için yararlı bir sistem render ve bağışıklık aracılı hücre atağına karşı kanserlerde çekirdek transkripsiyon makinelerinde genetik olmayan kusurların güvenlik açıklarını inceleyin.

<table><tbody><tr><td>hhis6FasL</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>5452</td><td></td></tr><tr><td>10X TBS</td><td>Bio-Rad</td><td>170-6435</td><td></td></tr><tr><td>12 kuyulu plakalar</td><td>Falcon</td><td>353043</td><td></td></tr><tr><td>%20 metanol</td><td>Fisher Chemical</td><td>A412-4</td><td></td></tr><tr><td>24 kuyulu plakalar</td><td>Falcon</td><td>351147</td><td></td></tr><tr><td>4&ndash; %18 SDS poliakrilamid jel</td><td>Bio-Rad</td><td>4561086</td><td></td></tr><tr><td>%4 Paraformaldehit</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AAJ19943K2</td><td></td></tr><tr><td>%5 kuru süt</td><td>Bio-Rad</td><td>170-6404</td><td></td></tr><tr><td>7-Metilguanozin antikoru</td><td>BioVision</td><td>6655-30T</td><td></td></tr><tr><td>96 oyuklu plakalar</td><td>Cellstar</td><td>655180</td><td></td></tr><tr><td>AF647 konjuge fare CD8</td><td>Biolegend</td><td></td><td></td>100727</tr><tr><td>antibiyotik ve antimikotik</td><td>Gibco</td><td>15240-062</td><td></td></tr><tr><td>anti-His antikoru</td><td>Hücre Sinyali</td><td>2366 &thinsp; P</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Rabit</td><td>Hücre Sinyali</td><td>7074</td><td>Seyreltme 1:5000</td></tr><tr><td>Anti-Sıçan</td><td>Hücre Sinyali</td><td>7077S</td><td>Seyreltme 1:5000</td></tr><tr><td>Bradford Test Kiti</td><td>Bio-Rad</td><td>5000121</td><td></td></tr><tr><td>BSA</td><td>ACROS Organics</td><td>24040-0100</td><td></td></tr><tr><td>BV421-konjuge fare CD45</td><td>Biolegend</td><td>109831</td><td></td></tr><tr><td>kristal menekşe</td><td>Sigma</td><td>C3886-100G</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Gibco</td><td>11965-092</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads Oligo (dT)25</td><td>Ambion</td><td>61002</td><td></td></tr><tr><td>FBS</td><td>Gibco</td><td>45015</td><td></td></tr><tr><td>Sabitlenebilir Canlı / Ölü boyama boyası e780</td><td>eBioscience</td><td>65-0865-14</td><td></td></tr><tr><td>Flavopiridol</td><td>Selleckchem</td><td>S1230</td><td></td></tr><tr><td>H3k36me3</td><td>Abcam</td><td>ab9050</td><td>Seyreltme 1:2000</td></tr><tr><td>IFN-&alfa;</td><td>Ar-Ge D sistemleri</td><td>12100-1</td><td></td></tr><tr><td>IFN-&gama;</td><td>Ar-Ge D sistemleri</td><td>485-MI-100</td><td></td></tr><tr><td>IMDM</td><td>Gibco</td><td>12440053</td><td></td></tr><tr><td>Immobilon Western Kemilüminesan HRP Substrat</td><td>Millipore</td><td>WBKLS0500</td><td></td></tr><tr><td>MojoSort Mouse CD8 T Hücre İzolasyon Kiti</td><td>Biolegend</td><td>480007</td><td></td></tr><tr><td>NF-&kappa; B</td><td>Hücresi Sinyalizasyonu</td><td>8242s</td><td>Seyreltme 1:1000</td></tr><tr><td>PBS</td><td>Gibco</td><td>14190-144</td><td></td></tr><tr><td>p-NF-&kappa; B</td><td>Hücre Sinyali</td><td>3033s</td><td>Seyreltme 1:1000</td></tr><tr><td>p-Ser2-RNAPII</td><td>Aktif Motif</td><td>61083</td><td>Seyreltme 1:500</td></tr><tr><td>p-Ser5-RNAPII</td><td>Aktif Motif</td><td>61085</td><td>Seyreltme 1:1000</td></tr><tr><td>p-STAT1</td><td>Hücre Sinyali</td><td>7649s</td><td>Seyreltme 1:1000</td></tr><tr><td>RiboMinu Ökaryot Kiti</td><td>Ambion</td><td>A10837-08</td><td></td></tr><tr><td>RIPA tamponu</td><td>Santa Cruz Biyoteknoloji</td><td>sc-24948</td><td></td></tr><tr><td>RNAPII</td><td>Aktif Motif</td><td>61667</td><td>Seyreltme 1:1000</td></tr><tr><td>STAT1</td><td>Hücre Sinyali</td><td>9175s</td><td>Seyreltme 1:1000</td></tr><tr><td>TNF-&alfa;</td><td>Ar-Ge D sistemleri</td><td>410-MT-010</td><td></td></tr><tr><td>toplam H3</td><td>Hücre Sinyali</td><td>4499</td><td>Seyreltme 1:2000</td></tr><tr><td>Tri reaktif</td><td>Sigma</td><td>T9424</td><td></td></tr><tr><td>Triton</td><td>Sigma</td><td>T8787-50ML</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>AA Hoefer</td><td>9005-64-5</td><td></td></tr> <tr><td>& beta;-Aktin</td><td>Hücre Sinyali</td><td>12620S</td><td>Seyreltme 1:5000</td></tr><tr><td>&beta;-ME</td><td>G Biyolojik Bilimler</td><td>BC98</td><td></td></tr></tbody></table>

kanserlerde yaygın genetik olmayan transkripsiyonel uzaması defektlerini (tekesinlikle)incelemek için kronik cdk9 İnhibisyonu bir murine hücre hattı tabanlı modeli

A Murine Cell Line Based Model of Chronic CDK9 Inhibition to Study Widespread Non-Genetic Transcriptional Elongation Defects (TEdeff) in Cancers

Daha önce kanserlerin bir alt kümesi mRNA transkripsiyon uzaması (TE) yaygın eksiklikleri ile küresel transkripsiyonel deregülasyon ile tanımlanır bildirdik-biz TEkesinliklegibi kanserler diyoruz . Özellikle, TEkesinlikle kanserler, interferon/JAK/STAT ve TNF/NF-κB yolları gibi genlerin büyük bir kümesinde sahte transkripsiyon ve hatalı mRNA işleme ile karakterizedir ve bunların bastırılmasına yol açar. Renal hücreli karsinom ve metastatik melanom hastalarında tümörlerin TEkesinlikle alt tipi immünoterapide kötü yanıt ve sonuç ile anlamlı olarakilişkilidir. TEkesinlikle kanserleri araştırmanın önemi göz önüne alındığında-immünoterapikarşı önemli bir barikat portends gibi-Bu protokolün amacı bu yaygın, genetik olmayan çalışma için bir in vitro TEkesinlikle fare modeli kurmaktır kanserlerde transkripsiyonel anormallikler ve yeni anlayışlar kazanmak, mevcut ilaçlar için yeni kullanımlar, ya da bu tür kanserlere karşı yeni stratejiler bulmak. RNA polimeraz II'nin (RNA Pol II) C-terminal tekrar etki alanında (CTD) serin2 kalıntısının fosforilasyonunun giderilmesi için kronik flavopiridol aracılı CDK9 inhibisyonunun kullanımını ayrıntılarıyla anlatıyoruz ve RNA Pol II'nin verimli transkripsiyona salınımını baskılıyoruz. Uzama. TEkanserlerinin spesifik somatik mutasyonlar altında sınıflandırılmadığı göz önüne alındığında, farmakolojik bir model avantajlıdır ve en iyi şekilde gözlenen yaygın transkripsiyonel ve epigenetik kusurları taklit eder. Flavopiridol'un optimize edilmiş bir sublethal dozu kullanımı, transkripsiyon uzaması ve mRNA işleme kusurlarında genetik olmayan yaygın bozulmanın genelleştirilebilir bir modelini oluşturmada, klinik olarak gözlenen TE'yi yakından taklit eden tek etkili stratejidir. kesinlikle özellikleri. Bu nedenle, TE bu modelkesinlikle incelemek için kaldıraçlı olabilir, bağışıklık aracılı hücre saldırısına karşı onları sağlayan hücre özerk faktörler.

Burada, 25 nM'de flavopiridol ile kronik sub-lethal(Şekil 2)tedavisi ile elde edilen bir TEkesinlikle hücre modeli oluşturmak için ayrıntılı bir şema(Şekil 1)salıyoruz. Şekil3'te, flavopiridol ile tedavinin 3 gününde, B16 OVA hücreleriKESINLIKLE TE'nin kısmi özelliklerini gösterir, ancak bir haftalık tedaviden sonra, B16/F10 OVA hücreleri RNA Pol II'nin CTD'sinde derin bir fosfo...

Protokol, genetik olmayan kusurlu transkripsiyon uzaması için in vitro murine karsinom modelini ayrıntılarıyla anlatır. Burada, CDK9 kronik inhibisyonu taklit etmek ve klinik olarak aşırı TEkesinlikle fenomen çalışma pro-inflamatuar yanıt genleri boyunca RNA Pol II üretken uzama bastırmak için kullanılır, tüm kanser türlerinin yaklaşık% 20 mevcut.

Kanserlerde Yaygın Genetik Olmayan TranskripsiyonEl Uzaması Defektlerini (TEkesinlikle)Incelemek için Kronik CDK9 İnhibisyonu Bir Murine Hücre Hattı Tabanlı Modeli

We have previously reported that a subset of cancers is defined by global transcriptional deregulations with widespread deficiencies in mRNA transcription ...

TEdeff kanserlerinin immünoterapiye karşı önemli bir engel olduğu göz önüne alındığında, farmakolojik modelimiz avantajlı bir araçtır çünkü bu tür kanserlerde gözlenen yaygın transkripsiyonel ve epigenetik kusurları taklit eder ve bu genetik olmayan anormallikleri inceleyip yeni bilgiler edinmek, mevcut ilaçlar için yeni kullanımlar bulmak veya bu kanserlere karşı yeni stratejiler bulmak için bu genetik olmayan anormallikleri incelemenize olanak sağlar. Bu, kanserlerde transkripsiyonel uzama defektlerini incelemek için kolay ve genelleştirilebilir bir modeldir, bu da hem in vitro hem de in vivo tümör-immün etkileşimleri incelemesini sağlar. Bu yöntem insan karsinom hatlarına da uygulanabilir.Bunu T47D ve CAL51 üzerinde kısa bir süre için test ettik ve bu da benzer TEdeff benzeri özelliklere yol açtı. Burada tanımladığımız protokol, kronik CDK9 inhibisyonu ile TEdeff benzeri özelliklerin üretimi için kritik olan bilinen değişkenleri en aza indirmek için temel bir çerçeve sağlar. Ancak, diğer murine hatları için flavopiridol tam sublethal dozu optimize etmek için dikkatli olunmalıdır.Hücre kaplama yoğunluğu, kültür koşulları, sitokin stimülasyon koşulları varyasyon etkisi farklı hücre lirdik hatları için değişebilir. Oligo dT manyetik boncuklar kullanarak daha önce ribozomal RNA-tükenmiş örneklerin yarısından poliA-pozitif RNA ayıklayarak başlayın. Şişedeki boncukları 30 saniye girdap yaparak yeniden askıya alın ve 200 mikrolitre lik boncukları bir tüpe aktarın.Eşit hacimli bağlama arabelleği ekleyin ve içeriği karıştırın. Bir dakika için bir mıknatıs tüp yerleştirin ve supernatant atın. Daha sonra, mıknatıs tan tüp çıkarın ve bağlayıcı tampon 100 mikrolitre yıkanmış boncuklar yeniden askıya.Ribozomal RNA ile tükenmiş numunenin hacmini pH 7.5'te 10 milimolar Tris-HCl ile 100 mikrolitreye ayarlayın. Örneğe 100 mikrolitre bağlama tamponu ekleyin. İkincil RNA yapılarını bozmak için karışımı 65 dereceye ısıtın ve hemen buza yerleştirin.Toplam 200 mikrolitre RNA'yı 100 mikrolitre yıkanmış boncuklara ekleyin ve beş dakika boyunca bir rotor üzerinde iyice karıştırın. Tüpü mıknatısın üzerine bir ila iki dakika yerleştirin, dikkatlice tüm supernatant çıkarın, sonra mıknatıs tüp kaldırmak ve yıkama tampon 200 mikrolitre ekleyin. Dikkatle yukarı ve aşağı birkaç kez pipetleme tarafından örnek karıştırın, bir dakika için mıknatıs için tüp dönmek ve supernatant çıkarın.Daha sonra, izole boncuk bağlı mRNA saflık ve konsantrasyonu ölçmek için bir spektrofotometre kullanın. Monoklonal 7-methylguanozin antikor ile beş asal kapaklı RNA immünoppresipitate protein A sütunlar giriş olarak ribozomal RNA tükenmiş örnek kalan yarısını kullanın. Proteini yıkayın Üreticinin protokolüne göre RIP kitinden manyetik boncuklar antikor boncuklar için önceden bağlamak için, 7-metilguanozin antikor boncuk için 100 mikrolitre yıkama tampon askıda asılı.Düşük hızda dönerken 30 dakika oda sıcaklığında karışımı kuluçkaya yatırın. Sonra tüpleri kısa bir süre santrifüj edin ve manyetik ayırıcıya koyun. Süpernatant'ı çıkarın ve atın, sonra tüpleri manyetik ayırıcıdan çıkarın ve 500 mikrolitre yıkama tamponuyla boncukları askıya alın.Tüpleri girdap, kısa bir süre santrifüj, ve manyetik ayırıcı geri yerleştirin, ve tekrar supernatant atın. Daha sonra, antikorbağlı boncuklara 120 nanogram ribozomal RNA'yı ekleyin ve karışımı bir mikrolitre RNase inhibitörü ile birlikte 60 ila 90 dakika oda sıcaklığında hafif ajitasyonla kuluçkaya yatırın. Kuluçkadan sonra, numuneyi 10 saniye boyunca 300 kez g'de döndürün ve kapaksız mRNA ile süpernatantı yeni bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın.Yıkama tampon 100 mikrolitre ile yıkama iki kez daha tekrarlayın ve toplanan supernatant havuz. El yazması talimatlara göre hazırlanan 300 mikrolitre üre lysis tamponu ekleyerek boncuklardan kapaklı mRNA'yı alın ve karışımı 2-3 dakika boyunca 65 dereceye ısıtın. 300 mikrolitre eluted numuneile 300 mikrolitre fenol:chloroform:izoamyl alkol, karıştırmak için ters ve 10 dakika bekletin.Numuneyi tekrar hafifçe karıştırın ve iki dakika santrifüj edin. Üst katmanı dikkatlice yeni bir tüpe yerleştirin ve alt katmanı atın. Numuneye 300 mikrolitre 2-propanol ve 30 mikrolitre üç molar sodyum asetat ekleyin, birkaç kez ters çevirin ve 20 saat boyunca eksi 20 derece santigrat koyun.Kuluçkadan sonra, numuneyi 10 dakika 4 santigrat derecede santrifüj edin. Dikkatle supernatant atın ve beş dakika oda sıcaklığında pelet kuru. Nükleaz içermeyen sudaki peleti yeniden askıya alın ve RNA'nın saflığını ve konsantrasyonu bir spektrofotometre ile ölçün.Cd8-pozitif hücreleri el yazması yönlere göre izole edin, ardından ticari olarak mevcut manyetik ayırma sistemi arabelleğindeki hücreleri yeniden askıya alın. Hücrelerin her bir mililitre için antikor kokteyl 100 mikrolitre ekleyin ve 15 dakika boyunca buz hücreleri kuluçka. Daha sonra, antikor kokteyl her 100 mikrolitre başına manyetik boncuk 100 mikrolitre ekleyin ve başka bir 15 dakika buz üzerinde hücreleri bırakın.Kuluçkadan sonra, hücrelere yedi mililitre manyetik ayırma tamponu ekleyin, taze bir tüpe 3-4 mililitre aliquot ekleyin ve tüpü beş dakika boyunca manyetik bir yere yerleştirin. CD8 pozitif hücrelerle sıvıyı buz üzerinde taze bir tüpe ayırın. Daha sonra, manyetik boncuklar için hücrelerin kalan üç ila dört mililitre ekleyin ve beş dakika boyunca mıknatıs üzerinde tüp yerleştirin.CD8 pozitif hücrelerin ikinci toplu ilk toplu ile tüp için decant. Tohum, 75'teki ortak uyarıcı molekülle birlikte yapışık fibroblast SAMBOK hücreleri ile birlikte, 24 kuyuplakasında her 100 hücreyi ve bunları 37 derecelik bir santigrat, %5 karbondioksit nemlendirilmiş kuluçka makinesinde yetiştirmiştir. 24 saat sonra, APC monolayer'ı Iscove'un modifiye edilmiş Dulbecco'su ile bir kez yıkayın ve el yazması talimatlara göre desteklenen iki mililitre lik orta daki altı saf hücreye 0,5 kat 10 ekleyin.Kültür hücreleri 20 saat, daha sonra yavaşça medya toplayarak ve iki dakika için 191 kez g hücreleri peletleme yapışmaz OT-I hücreleri hasat. Hücreleri sayın ve b16/F10, işlenmemiş B16/F10-OVA ve Flavopiridol ile önceden işlenmiş B16/F10-OVA hücreleri ile ortak kültürde bire bir oranında tohumlayın. Kültür 37 derece santigrat, 5% karbondioksit nemlendirilmiş inkübatör 20 saat boyunca hücreleri, sonra OT-I CD8-pozitif hücreleri kaldırmak ve PBS yapışık B16/F10-OVA hücreleri yıkayın.Ekli hücrelerin üç grup trypsinize %05 EDTA'da tripsin ile beş dakika boyunca 191 kez g'de beş dakika peletleyin. Soğuk PBS'de hasat edilen B16/F10-OVA hücrelerini canlılık boyası ve ilgili etiketli antikorlarla kuluçkaya yatırın, ardından akış sitometrisi ile canlılığı analiz edin. Bu protokol, RNA polimeraz II'nin C-terminal tekrar etki alanında serin 2 konumunda derin bir fosforilasyon kaybı ve ekson sınırlarının tanımlanması nda ve kaçak şifreli transkripsiyonların inhibe edilmesinde rol alan H3K36me3'te önemli bir azalma gösteren transkripsiyon uzama kusurlu hücre modeli oluşturmak için kullanılmıştır.Hücreler, yanlış kapaklı ve poliadenemamış mRNA oranlarıartan kritik mRNA işleme kusurları göstermektedir. Ayrıca bu hücre modelinde anahtar inflamatuar yanıt yolu genlerinin ve Fasl aracılı hücre ölümünün spesifik baskısı gözlenmektedir. Hücre modeli sitotoksik T-hücre saldırısına direnç confers olup olmadığını test etmek için bir keşif testi kronik flavopiridol kaynaklı transkripsiyon uzama defektleri bir anti-tümör bağışıklık atağı kaçış aracı ihsan edebilir gösterir.Flavopiridol tarafından tedavi edilen B16/F10 hücreleri, OVA genini aşırı ifade eden CD8-pozitif sitotoksik T hücrelerine duyarlı değildi, ova ifade eden hücrelere karşı seçici bir toksisiteye sahip. Flavopiridol ile önceden tedavi edilmeyen hücreler büyük hücre ölümü ile uğrarken, OVA antijenini ifade etmedeki ebeveyn B16/F10 hayatta kaldı. 25-nanomolar flavopiridol tedavisinde fosfoserin 2 ve H3K36 trimethylation düzeyinde azalmanın hem phopsho-STAT1 hem de fosfo-NF-kappaB düzeyinde bir azalma sağlamadığını unutmamak önemlidir.Her fare karsinom hattı benzersizdir ve JAK1 ve CCNT1 flavopiridol etkisini kurtarabilir. Ayrıca, Bu model doğuştan gelen ve adaptif anti-tümör bağışıklık yanıtlarına karşı TEdeff kanserleri tarafından sunulan direnci izlemek için in vivo kullanılabilir. Örneğin, anti-asialo tedavileri NK hücrelerinin aktivitesini düzenlemek için kullanılabilir, ve bağışıklık kontrol noktası tedavisi TEdeff tümör taşıyan farelere uygulanabilir.Tümöre infiltrasyon lu lenfosit veya TIL yükü immünoterapide başarının bir göstergesidir. Modelimiz, tedeff kanser mikroortamında immünoterapi öncesi ve sonrası TIL'lerin aktivasyon ve tükenme derecesini keşfetmemizin önünü açmıştır.

a-murine-cell-line-based-model-chronic-cdk9-inhibition-to-study

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Indüklenebilir ve ilgilenilen genin reversibl cDNA aşırı veya shRNA aracılı knock-down ile insan hücre hatları oluşturmak için bir hızlı ve kolay yolu. Bu yöntem geçici transfeksiyon yöntemleri veya konvansiyonel knockdown / nakavtla stratejileri değiştirmek zordur güvenilir ve son derece tekrarlanabilir işlemek hücre hatları için araştırmacılar sağlar.

Tetrasiklin-indüklenebilir (Tet-on) shRNA veya cDNA Expression Durağan İnsan Hücre Üretimi

Klinik açıdan uygun bir metastatik meme kanseri duktal meme sistemi sonuçları içine adenovirüs-Cre ile gizli mutasyonlar aktivasyonu. YFP bir promoter dahil edilmesi uzak metastatik tümör hücrelerinin izleme sağlar. Bu model, latent metastazı, anti-tümör bağışıklık ve meme kanseri tedavisi için yeni immünoterapiler tasarımı için incelemek için yararlı olan.

Meme Kanseri Bir Roman Transgenik Fare Modeli: Adenovirüs-Kretasedekine ile epiteli Hedefleme ile Metastatik Meme Kanseri Başlatma

Telomer ve telomeraz yaşlanma ve tümör oluşumunda önemli roller oynar. Bu protokolün amacı, murin ile indüklenebilir iki telomeraz knock-in alelinin nasıl oluşturulacağını ve bunların doku dejenerasyonu/rejenerasyonu ve kanser çalışmalarında nasıl kullanılacağını göstermektir.

Doku Dejenerasyonu / Yenilenme ve Kanser Araştırmaları Murin İndüklenebilir Telomeraz allelleri kullanılması

Burada, anti-kanser terapötiklerine yanıt olarak tek hücreleri uzunlamasına izlemek için uzun süreli hızlandırılmış mikroskopi yöntemini açıklıyoruz.

Looking Glass sayesinde: Time-lapse Mikroskopi ve Tek Hücre Boyuna izleme Anti-kanser Therapeutics Eğitim için

Insan tümör ksenograftlarının vaskülarize ve in vivo olarak büyüme aşamasında, fare kökenli hücreleri tarafından filtre edilemeyen bulunmaktadır. aşağı analizi sırasında bu kirletici hücrelerinin neden olduğu önyargı aşmak için, biz manyetik hücre sıralama tarafından tüm fare hücrelerinin kapsamlı tükenmesi için izin veren bir yöntem geliştirdi.

İnsan Tümör ksenogratflarının gelen Fare Hücrelerinin tükenmesi Anlamlı Hedef Hücre Alt Analizi geliştirir

Bu yazıda, in vitro ve enjeksiyondan sonra farelerde akut lösemide C1498 hücre kültürlerinin karakterize etmek için kullanılabilen bir teknik prosedürü sağlar. Fenotipik ve fonksiyonel analizler flow sitometri, immünofloresan mikroskopi, histokimya ve Mayıs-Grünwald Giemsa boyama kullanılarak gerçekleştirilir.

Fare C1498 Cep Hattı ve İlişkili Lösemi Fare Modeli Karakterizasyonu için Detaylı Protokolü

Burada, c-Fos ve Dusp1 genetik ve kimyasal doğrulama uyuşturucu hedef olarak tüp bebek ve içinde vivo genetik ve insanlaşmış fare modelleri kullanarak lösemi için iletişim kuralları açıklar. Bu yöntem, herhangi bir hedef için genetik doğrulama ve terapötik geliştirme için uygulanabilir.

C-Fos rolü ve Dusp1 onkogen bağımlılığı değerlendirme yöntemleri

Burada içinde protein var koşullu olarak ters bir baskın negatif mutant yorum overexpressing tarafından inaktive bir baskın negatif indüklenebilir sistemi geliştirmek için bir iletişim kuralı mevcut.

İndüklenebilir ve tersinir baskın-negatif (DN) Protein inhibisyon

miRNA tedavi kanser ilerleme düzenlenmesinde önemli potansiyele sahip. Aşağıda gösterildiği analitik yaklaşımlar hücre döngüsü ve anjiogenezi durdurma içinde bir birleşimsel miRNA tedavi faaliyetinin tanımlaması için kullanılır.

Kombinatorik miRNA düzenleyen hücre döngüsü ve anjiogenezi tedavilere analizi

Neoplazi anlayışı için baş ve boyun kanseri hastalarında mutasyona uğramış spesifik genler ile murine modellerinin geliştirilmesi gereklidir. Burada, belirli genomik değişikliklerile murine HNC hücre hatları oluşturmak için adeno-ilişkili bir virüs-Cas9 sistemi kullanarak primer minür dil hücrelerinin in vitro dönüşümü için bir protokol salıyoruz.

Adeno-Associated Virus-Cas9 Sistemi Kullanılarak Genetiği Değiştirilmiş Bir Murine Baş ve Boyun Kanseri Hücre Hattı In Vitro Kurulması

Bu protokol, in vitro/in vivo fonksiyonel tahliller, transkriptomik ve hesaplamalı analiz dahil olmak üzere murin CAF'lerini kültürleme, manipüle etme ve analiz etme yöntemlerini ana hatlarıyla belirtir. Ayrıca, insan meme kanseri tümörlerinden oluşan bir koleksiyondan lazer yakalama mikro diseke stromal ve epitel bileşenlerinin halka açık transkriptomlarını analiz etmek için geliştirilen web tabanlı bir platformu tanımlar.

Moleküler ve Hesaplamalı Çalışmalar için Araçlar Olarak Fare Meme Tümörlerinden Kanserle İlişkili Fibroblastlar

Keşfedin, kronik CDK9 inhibisyonu ile fare karsinoma hücre hatlarında transkripsiyon uzaması defektlerini incelemeyi. Bu model, immünoterapiye dirençli kanserlerdeki genetik olmayan anormallikleri çalışmak için kullanılır.

Kanserlerde Yaygın Genetik Olmayan TranskripsiyonEl Uzaması Defektlerini (TEkesinlikle)Incelemek için Kronik CDK9 İnhibisyonu Bir Murine Hücre Hattı Tabanlı Modeli (Video) | JoVE Journal

Kanserlerde Yaygın Genetik Olmayan TranskripsiyonEl Uzaması Defektlerini (TE^kesinlikle)Incelemek için Kronik CDK9 İnhibisyonu Bir Murine Hücre Hattı Tabanlı Modeli

Daha fazla video keşfet