Kimyasal Çapraz Bağlama Kütle Spektrometrisi ile Kuaterner Yapı Modellemesi: TX-MS Jupyter Raporlarının Genişletilmesi

Bu yöntem, Jupyter Notebook'un gücünü kullanarak bilgilendirici ve görsel olarak çekici raporlar sunarken, kullanıcıların raporu yeniden üretilebilir ve izlenebilir bir şekilde genişletmesine ve özelleştirmesine olanak tanır. Bu esnek teknik, tüm kullanıcı değişikliklerinin daha sonraki bir zaman diliminde veya farklı bir kullanıcı tarafından çoğaltılmak üzere yeterli ayrıntıda yakalanmasını sağlar. Bu yöntem genellikle herhangi bir araştırma alanında uygulanabilir olsa da, öncelikle karmaşık veriler üretebilen bir araştırma alanı olan Mucor yaşam bilimi için tasarlanmıştır.

Analize başlamadan önce, hedeflenen çapraz bağlama kütle spektrometresi web sitesini açın. Web sitesine gittikten sonra, TX MS.web hizmetinin üst düzey bir açıklamasını sağlayan bir karşılama ekranı görünecektir. Öğretici sekmesi altında, hizmetin nasıl kullanılacağı ve sonuçların nasıl analiz edileceği hakkında bilgiler de dahil olmak üzere sağlanan hizmetlerin ayrıntılı bir açıklaması gözlemlenebilir.

İndirme sekmesi altında, yazılım ve kaynaklar indirilebilir. Tüm yazılımlar açık kaynaklı bir lisans altında mevcuttur. Lisans sekmesi altında, BSD 3 maddelik lisans, yazılımı mümkün olduğunca geniş çapta kullanılabilir hale getirir.

İletişim sekmesi, soru veya yorum göndermek için iletişim bilgilerini sağlar. Kullanıcı kimlik bilgilerini isteyen bir e-posta göndermek için Çita sekmesine dönün ve sayfanın altındaki e-posta adresi köprüsünü tıklayın. İlgili bilgileri e-postanın gövdesindeki konu satırına girin.

Mümkün olan en kısa sürede bir cevap gönderilecektir. Kullanıcı kimlik bilgilerini içeren bir onay e-postası aldıktan sonra, oturum açın ve kütle spektrometresi verilerini web sitesine yükleyin. İş akışı gönder'i tıklatın ve bir başlık ve açıklama girin.

Ardından iş akışını görüntüle'ye tıklayın ve Çita iş akışını seçin. Sihirbazı izledikten sonra, Jupyter Not Defteri'ni incelemek için çevrimiçi görüntüleyiciyi kullanın. JupyterHub'ı yüklemek için Docker'ı talimat verildiği gibi yükleyin ve Jupyter openBIS uzantısıyla JupyterHub Docker kapsayıcısını indirin.

Docker'ı başlattıktan sonra P8171:8000 malmstroem/jove:latest container'ı çalıştırın. Belirtilen web adresine gidin ve Kullanıcı kullanıcı adı ve şifresi ile oturum açın. Raporu indirmek için Python 3'te yeni'ye tıklayarak başlıksız bir not defteri içeren yeni bir sekme açın.

Jupyter araç menüsünde openBIS bağlantılarını yapılandır'a tıklayın ve ad olarak TX MS, URL için TX MS web adresi, kullanıcı için Guest ve parola için G-U-E-S-T-P-A-S-S-W-D girin. Yeni bağlantıyı seçin ve raporu aramak için bağlantı seç'i tıklatın. Ardından tıklayın, hücreye indirin ve raporu döndürmek için tümünü çalıştırın.

Raporu genişletmek için hücre'yi tıklayın ve altta yeni bir hücre eklemek için aşağıya ekleyin. Ardından kodu tıklayın ve hücreyi yürütmek için shift ve enter tuşuna basın. Raporu yüklemek için yükle düğmesini tıklayarak yeni bir veri kümesi oluşturun.

M1 ve albüminin temsili bir yapısı, yapı üzerinde üst çapraz bağlantılar eşlenmiş olarak burada gösterilmiştir. Tüm çapraz bağlantılar, yüksek çözünürlüklü MS1 verisine bağımlı ve bağımsız toplama verileri ayrıştırıldıktan sonra hedeflenen çapraz bağlama kütle spektrometresi ile elde edildi ve hesaplama modelleri RosettaDock protokolü tarafından sağlandı. Protein protein etkileşimlerinin stabiliteleri açısından çeşitli olduğunu hatırlamak önemlidir.

Bu nedenle, sonuçlarınız değişebilir. Mevcut metodoloji ikili etkileşimlerle sınırlıdır ve bu nedenle daha karmaşık protein kuaterner yapılarına uygulanamaz. Bununla birlikte, bireysel çiftlerin modellenmesi, daha karmaşık yapılar oluşturmak için iyi bir temel sağlayabilir.

Bağlanma arayüzü ile ilgili ayrıntılar, örneğin protein etkileşimlerini stabilize edebilecek veya istikrarsızlaştırabilecek mutasyonlar önermek için birçok yönden yararlı olabilir. Bu nedenle, protein-protein etkileşimlerinin rolünü daha iyi anlamak için bu yararlı olabilir.