Name: Updegraff Yöntemi Kullanılarak Bitki Biyokütlesinin Kristal Selüloz İçeriğinin Tahmini (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-05-15T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 34 s
Description: Öğrenin, bitki biyokütlesindeki kristal selüloz içeriğini Updegraff yöntemiyle nasıl tahmin edeceğinizi. Bu güvenilir teknik, asetik asit ve nitrik asit kullanarak hemiselüloz ve lignini ayırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bitki ve Toprak Bilimi Bölümü ve Pamuk A.Ş.'ye bu çalışmaya verdikleri kısmi destek için teşekkür ederiz.

1. Deneysel hazırlık
<ol><li>Kurutulmuş bitki malzemeyi ince bir toz haline getirin.</li>
	<li>Protein Çözünürlüğü Tamponu (PSB): 1 M Tris (pH 8.8), 0.5 M etilenediaminetetraasetik asit (EDTA) (pH 8.0) stok çözeltilerini hazırlayın ve otoklavlayın. Steril suda 50 mM Tris, 0,5 mM EDTA ve %10 sodyum dodecyl sülfat (SDS) konsantrasyonlarında bu stok çözeltilerinden taze PSB tamponu yapın.</li>
	<li>%70 etanol (v/v) 100 mL hazırlayın: %100 etanol 70 mL ve 30 mL steril su.</li>
	<li>100 mL metanol hazırlayın: 1:1 oranında kloroform (50 mL metanol ve 50 mL kloroform).</li>
	<li>82,5 mL Updegraff reaktifi hazırlayın. 7,5 mL nitrik aside 75 mL asetik asit ekleyin, böylece suyun nihai oranı: asetik asit: nitrik asit 2:8:1'dedir (v/v). % 80 asetik asit hazırlamak için, 80 mL buzul asetik asetik asetik asetik asidi 20 mL steril suda (v/v) çözün.</li>
	<li>1 mg/mL glikoz çözeltisi taze bir stok hazırlayın. 10 mg glikozu 10 mL suda çözün (w/v).</li>
	<li>%67 sülfürik asit (v/v) 100 mL hazırlamak için 33 mL suya 67 mL konsantre sülfürik asit ekleyin. Her zaman bir cam şişe kullanın ve suya yavaşça asit ekleyin. Bu adım eksotermiktir (ısıyı serbest bırakır). Bu nedenle, bu çözeltiyi buz üzerinde hazırlayın ve kullanmadan önce buzdolabında en az 2 saat soğutun.</li>
	<li>Her deneysel numune grubu için taze %0,2 antron (w/v) hazırlayın. 0,2 g anthrone tartın ve alüminyum folyo ile sarılmış bir cam şişede 100 mL önceden soğutulmuş konsantre sülfürik asit içinde çözün. Kullanmadan önce buzdolabında 1-2 saat saklayın. NOT: Deney günü buzdolabında önceden soğutulmuş konsantre sülfürik asit ve glikoz içeriğinin doğru tahmin edilmesi için yeni anthrone hazırlanması şiddetle tavsiye edilir.</li>
</ol>2. Bitki biyokütle malzemesinin hazırlanması
<ol><li>Serada yetişen 2 aylık pamuk deney hatlarından aynı büyüme koşullarına, aynı gelişim aşamasına, bitkilerin aynı konumuna ve aynı doku türüne (yaprak/kök/kök) bitki biyokütle örnekleri toplayın. NOT: Her örnek için en az üç biyolojik çoğaltma toplayın. Kök dokusundaki tüm kiri temizlemek için suyla iyice yıkayın.</li>
	<li>Nem içeriğini gidermek için oda sıcaklığında kağıt havlular üzerinde 2 gün boyunca hava kuru kök dokusu (Şekil 1). NOT: Herhangi bir mantar kirlenmesini önlemek için selüloz tahmini için hava kuru istenen doku.</li>
	<li>Kök örneklerini tek tek kapsayıcılara yerleştirin. Daha sonra bunları 49 °C'de 10 gün boyunca inkübatördeetiketleyinve kurutun ( Malzeme Masası ). NOT: Alternatif olarak, bitki biyokütle malzemesinde herhangi bir kimyasal değişikliğe neden olmadan bitki dokusunu daha kısa sürede (1 veya 2 gün) kurutmak için bir dondurarak kurutucu kullanılabilir.</li>
	<li>Kurutulmuş numuneleri küçük parçalar halinde kesin, sıvı nitrojen içinde dondurun ve bir harç ve pestle, bir dondurucu değirmeni veya bir biyokütle öğütücü kullanarak düzgün ince toz haline getirin (Şekil 1). NOT: Dondurucu değirmeni 3 döngü boyunca 10 cps hızında kullanılmıştır.</li>
	<li>Topraklanmış dokuyu toplayın (Şekil 2) ve hücre duvarı ekstraksiyonu ile devam edin. NOT: Numuneler oda sıcaklığında hava geçirmez kaplarda saklanarak işlem bu noktada duraklatılabilir.</li>
</ol>3. Bitki biyokütlesinden ham hücre duvarlarının çıkarılması
NOT: Bitki hücre duvarları selüloz, lignin, selüloz olmayan bileşenler, pektin, matris proteinleri, fenolik bileşikler ve suiçerir 26. Selüloz hücre duvarlarında mevcut olduğundan, ilk adım hücre duvarı bileşenini bitki biyokütlesinin hücre dışı duvar bileşenlerinden ayırmaktır26.
<ol><li>Hücre duvarı çıkarma işlemine başlamadan önce tek tek boş 2 mL tüpleri etiketleyin ve tartın.</li>
	<li>Daha fazla ilerlemeden önce laboratuvar defterindeki boş tüp ağırlıklarını not edin.</li>
	<li>Adım 2.5'ten itibaren 20 mg toz doku tartın ve önceden tartılmış 2 mL tüplere aktarın ve etiketleyin.</li>
	<li>Proteinleri çözünürlükize etmek için 1 mL protein çözünürlüğü tamponu (PSB) (50 mM Tris hidroklorür (HCl) tampon pH 8.8, 0.5 mM EDTA ve% 10 sodyum dodecyl sülfat (SDS) ekleyin. Oda sıcaklığında (RT) 5 dakika boyunca 25.200 x g'da girdap ve santrifüj. Santrifüjlemeden sonra, süpernatantı atın ve peletin kaydedilsin. NOT: Protein bileşeninin analiz edilmesi gerekiyorsa, süpernatant kaydedilebilir.</li>
	<li>3.4. adımı iki kez daha yineleyin.</li>
	<li>Tutulan peletin içine 1 mL damıtılmış su ve girdap ekleyin. Oda sıcaklığında (RT) 5 dakika boyunca 25.200 x g'da santrifüj ve üst yapıyı çıkarın.</li>
	<li>3.6. adımı iki kez daha yineleyin.</li>
	<li>Tasarruf edilen pelet, girdap içine 1 mL% 70 etanol ekleyin ve çözünür bileşenleri ve nişastayı numunelerden çıkarmak için bir su banyosu / ısı bloğunda 1 saat boyunca 70 ° C'de ısıtın. RT'de 5 dakika boyunca 25.200 x g'da Vortex ve santrifüj.</li>
	<li>3.8. adımı bir kez daha tekrarlayın.</li>
	<li>Peletin içine 1 mL% 100 metanol ve girdap ekleyin. Oda sıcaklığında (RT) 5 dakika boyunca 25.200 x g'da santrifüj ve üst yapıyı çıkarın.</li>
	<li>Pelet ve girdaba 1 mL kloroform/metanol (1:1 oranında kloroform ve metanol) ekleyin. RT'de 5 dakika boyunca 25.200 x g'da santrifüj ve süpernatantı çıkarın. Metanol ve kloroform çözücü ilavesi lipit fraksiyonunu çözünür ve biyokütleden çıkarır27.</li>
	<li>Pelete, % 100 aseton ve girdap 1 mL ekleyin. Oda sıcaklığında 5 dakika kuluçkaya yatır. RT'de 5 dakika boyunca 25.200 x g'da santrifüj ve süpernatantı çıkarın. Aseton, klorofil ve serbest yağ asitleri gibi pigmentleri biyokütleden çıkarır28,29.</li>
	<li>Peletin gece boyunca 37 °C'de kurutun veya vakumla kurutarak daha fazla ilerleyin. NOT: Kurutulmuş pelet, kristal selüloz tahmini için kullanılan ham hücre duvarıdır. İşlem bu noktada duraklatılabilir veya numunelerin kurutılması için vakum kurutucu kullanılarak daha fazla ilerleyebilir.</li>
</ol>4. Selülozik olmayan bileşenleri çıkarmak için Updegraff reaktifi (asetik ve nitrik asit) ile tedavi
NOT: Protokol asitlerin ve diğer kimyasalların kullanımını içerir. İşlem boyunca kişisel koruyucu ekipman (KKD) giyin.
<ol><li>5 mg kurutulmuş ham hücreli duvar peletini taze 2 mL vidalı kapaklı bir tüpe ölçün. Tam ağırlığa dikkat edin (Şekil 3)30.</li>
	<li>Bu noktada pozitif bir denetim ekleyin. % 80 selüloz içeriği sağlayan pozitif bir kontrol olarak 2 mg filtre kağıdı (Malzeme Tablosu) kullanın.</li>
	<li>Tartılmış 5 mg hücre duvarı ekstresine ve pozitif kontrole 1,5 mL Updegraff reaktifi ekleyin. Girdapla karıştırın. NOT: Pozitif kontrol, bu adımdan itibaren deneysel örneklerle aynı şekilde işlenmelidir. Bu adım duman kaputunda uygun kişisel koruyucu ekipman (KKD) ile yapılmalıdır. DİkKAT: Bu adım, numunenin sıçramasını ve tüplerin patlamasını önlemek için vidalı kapak tüplerinde yapılmalıdır. Pozitif kontrol için her numunenin üç biyolojik çoğaltılması ve üç çoğaltılması dahil edilmelidir.</li>
	<li>Süspansiyonu kaynar su banyosunda 30 dakika 100 °C'de ısıtın ve bir bankta 10 dakika soğutun. RT'de 10 dakika boyunca 25.200 x g'da santrifüj. NOT: Üretilen atıklar organik çözücüler, sülfürik asit ve Updegraff reaktifi (asetik asit ve nitrik asit) için ayrı ayrı toplanmalıdır. Asetik asit ve nitrik asit içeren atıklar, havalandırılmış kapaklarla serin sıcaklıklarda tutulmalı ve herhangi bir patlamayı önlemek için asla diğer organik çözücüler ve diğer asitlerle karıştırılmamalıdır.</li>
	<li>Peletin içine 1 mL su ekleyin. RT'de 10 dakika boyunca 25.200 x g'da santrifüj.</li>
	<li>RT'de 5 dakika boyunca 25.200 x g'da santrifüj.</li>
	<li>Santrifüjlemeden sonra, tüm süpernatantı çıkarın ve peleti 1 mL asetonda askıya alın. Tüpleri oda sıcaklığında 5 dakika kuluçkaya yatırın ve RT'de 5 dakika boyunca 25.200 x g'da döndürün.</li>
	<li>Üstnatant atın ve pelet kaydedin. Peletin gece boyunca 37 °C'de kurutun(Şekil 3). NOT: İşlem bu noktada duraklatılabilir veya kurutma için vakum kurutucu kullanarak daha fazla devam edebilir ve bir sonraki adıma geçilebilir.</li>
</ol>5. Glikoz monomer üniteleri üretmek için selülozun asitle hidroliz
<ol><li>Kurutulmuş pelete 1 mL% 67 sülfürik asit ekleyin. Peleti asitle tamamen karıştırmak için girdap.</li>
	<li>Selüloz peletini% 67 sülfürik asitte çözmek için oda sıcaklığında 1 saat boyunca tüpleri çalkalayın. NOT: Alternatif olarak, selüloz peletinin% 67 sülfürik asitte çözünmesi, çalkalayıcıda 30 dakika inkübasyondan sonra her numunenin 10 dakika boyunca sonication ile iyileştirilebilir. Sonication sonra, örnekler RT çalkalayıcıda yeniden inkübe edilebilir. Bununla birlikte, 5 mg ham hücre duvarı özü ile başladığımızda selüloz peletinin sonikasyon olmadan tam çözünürlük gözlemledik (Şekil 3). Bu prosedür çeşitli bitki biyokütle örnekleri için iyi çalıştı3.</li>
</ol>6. Glikoz içeriğinin antron tahlil ve selüloz içeriğinin tahmini ile ölçülmesi
<ol><li>Bu aşamada, selüloz serbest glikoz monomerleri şeklindedir. Spektrofotometri ile numunede bulunan glikoz miktarını ölçerek selüloz miktarını belirleyin.</li>
	<li>5. adımdan numunenin 10 μL'sini alın ve her numunenin 500 μL'ye seyreltilmesini sağlamak için 490 μL steril damıtılmış suya ekleyin.</li>
	<li>Her tüpe 1 mL taze hazırlanmış %0,2 anthrone reaktif ekleyin ve vorteks yaparak hemen karıştırın.</li>
	<li>Numuneleri 100 °C'de 10 dakika kaynatın ve tüpleri 5 dakika buz üzerinde soğutun. Her numunenin 200 μL'lik kısmını 96 kuyu plakasının üç kuyusuna aktarın. Absorbansı 620 nm olarak ölçmek için 96 kuyu plakasını bir spektrofotometreye yükleyin. NOT: Yüksek sıcaklıkta kaynatmak için, zararlı kimyasalların sıçramasını önlemek ve numune kaybını önlemek için vidalı borular kullanın.</li>
</ol>7. Glikoz standart eğrisinin hazırlanması
<ol><li>Glikoz standardını hazırlamak için, 10 mL steril damıtılmış suda 10 mg glikoz eriterek 1 mg / mL glikoz taze bir stok yapın. 1 mg/mL'lik bu stok çözeltisini 20 μL artışlarla ekleyin (0, 20, 40, 60, 80.100.120.140, 160, 180 μL) steril damıtılmış suya (toplam hacim 1 mL) 0 μg ila 180 μg/mL konsantrasyon arasında değişen glikoz standartları hazırlamak için (Şekil 3). Steril su ekledikten sonra her glikoz standardında girdap.</li>
	<li>Bu 10 farklı konsantrasyondan, her glikoz konsantrasyonunun 500 μL'lik aliquot'unun taze 2 mL vidalı kapaklı bir tüpe dönüşmesi.</li>
	<li>Her tüpe 1 mL taze hazırlanmış %0,2 anthrone ekleyin ve vorteks ile hemen karıştırın. Buz üzerinde kuluçkaya yatırın ve 10 dakika boyunca 100 ° C'de kaynatın ve ardından 5 dakika23boyunca buz üzerinde inkübasyon.</li>
	<li>Her standardın 200 μL'sini üç teknik çoğaltma için 96 kuyu mikro titre plakasında üç kuyuya aktarın ve emiciliği 620 nm olarak ölçün (Şekil 3).</li>
	<li>620 nm'de normalleştirilmiş absorbans değerlerine karşı farklı glikoz konsantrasyonları (0 ila 180 μg/mL) çizerek standart bir glikoz eğrisi geliştirin(Şekil 7). Hazırlanan örneklerdeki selüloz içeriğini hesaplamak için absorbans değerlerinden oluşturulan Y= mx+c regresyon satırını kullanın. NOT: Glikoz standartları her deney seti için taze olarak hazırlanmalıdır. OD değerleri çok yüksek / düşükse glikoz konsantrasyonu artırılmalıdır, böylece bu değerler standart eğri absorbans değerleri aralığına girer. Regresyon çizgisi, her numune grubu için kullanılan glikoz standartlarına göre farklı m ve c değerleri oluşturur. Anthrone23'üneklenmesinden hemen sonra tüpleri karıştırın. Anthrone, seyreltilmiş numuneler ve hazırlanan standartlar, bu reaksiyonun eksotermik doğası nedeniyle anthrone tahlili yapılana kadar her zaman soğuk tutulurdu.</li>
</ol>

<ol><li>Somerville, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+synthesis+in+higher+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Cell+and+Developmental+Biology%22%5BJournal%5D)">Cellulose synthesis in higher plants.</a> Annual Review of Cell and Developmental Biology. 22, 53-78 (2006).</li>
<li>Balasubramanian, V. K., Rai, K. M., Thu, S. W., Hii, M. M., Mendu, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+identification+of+multifunctional+laccase+gene+family+in+cotton+%28Gossypium+spp.%29%3B+expression+and+biochemical+analysis+during+fiber+development%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Genome-wide identification of multifunctional laccase gene family in cotton (Gossypium spp.); expression and biochemical analysis during fiber development.</a> Scientific Reports. 6, 34309(2016).</li>
<li>Mendu, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+thermochemical+analysis+of+high-lignin+feedstocks+for+biofuel+and+biochemical+production%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+for+Biofuels%22%5BJournal%5D)">Identification and thermochemical analysis of high-lignin feedstocks for biofuel and biochemical production.</a> Biotechnology for Biofuels. 4, 43(2011).</li>
<li>Kraszkiewicz, A., Kachel-Jakubowska, M., Lorencowicz, E., Przywara, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Influence+of+cellulose+content+in+plant+biomass+on+selected+qualitative+traits+of+pellets%5BTitle%5D)+AND+%22Agriculture+and+Agricultural+Science+Procedia%22%5BJournal%5D)">Influence of cellulose content in plant biomass on selected qualitative traits of pellets.</a> Agriculture and Agricultural Science Procedia. 7, 125-130 (2015).</li>
<li>Jordan, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+cell+walls+to+ethanol%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">Plant cell walls to ethanol.</a> Biochemical Journal. 442, 241-252 (2012).</li>
<li>Brett, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+microfibrils+in+plants%3A+biosynthesis%2C+deposition%2C+and+integration+into+the+cell+wall%5BTitle%5D)+AND+%22International+Review+of+Cytology%22%5BJournal%5D)">Cellulose microfibrils in plants: biosynthesis, deposition, and integration into the cell wall.</a> International Review of Cytology. 199, 161-199 (2000).</li>
<li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+synthase+complexes+act+in+a+concerted+fashion+to+synthesize+highly+aggregated+cellulose+in+secondary+cell+walls+of+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Cellulose synthase complexes act in a concerted fashion to synthesize highly aggregated cellulose in secondary cell walls of plants.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 113, 11348-11353 (2016).</li>
<li>Polko, J. K., Kieber, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+regulation+of+cellulose+biosynthesis+in+plants%5BTitle%5D)+AND+%22The+Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The regulation of cellulose biosynthesis in plants.</a> The Plant Cell. 31, 282-296 (2019).</li>
<li>Brown, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+biosynthesis+of+cellulose%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Macromolecular+Science%2C+Part+A%22%5BJournal%5D)">The biosynthesis of cellulose.</a> Journal of Macromolecular Science, Part A. 33, 1345-1373 (1996).</li>
<li>Gautam, S. P., Bundela, P. S., Pandey, A. K., Jamaluddin, M. K., Sarsaiya, A., Sarsaiya, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+on+systematic+study+of+cellulose%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+and+Natural+Science%22%5BJournal%5D)">A review on systematic study of cellulose.</a> Journal of Applied and Natural Science. 2, (2010).</li>
<li>Coughlan, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymic+hydrolysis+of+cellulose%3A+An+overview%5BTitle%5D)+AND+%22Bioresource+Technology%22%5BJournal%5D)">Enzymic hydrolysis of cellulose: An overview.</a> Bioresource Technology. 39, 107-115 (1992).</li>
<li>Robak, K., Balcerek, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Review+of+second+generation+bioethanol+production+from+residual+biomass%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Technology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Review of second generation bioethanol production from residual biomass.</a> Food Technology and Biotechnology. 56, 174-187 (2018).</li>
<li>Cross, C. F., Bevan, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+and+chemical+industry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+Society+of+Chemical+Industry%22%5BJournal%5D)">Cellulose and chemical industry.</a> Journal of the Society of Chemical Industry. 27, 1187-1193 (1908).</li>
<li>Paloheimo, L., Eine, H., Kero, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+cellulose+determination%5BTitle%5D)+AND+%22Agricultural+and+Food+Science%22%5BJournal%5D)">A method for cellulose determination.</a> Agricultural and Food Science. 34, (1962).</li>
<li>Kurschner, K., Hanak, A., Diese, Z. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKurschner%2C+K+%22Zeitschrift+f%C3%BCr+Lebensmittel-Untersuchung+und-Forschung%22">Zeitschrift für Lebensmittel-Untersuchung und-Forschung</a>. 59, 448-485 (1930).</li>
<li>Norman, A. G., Jenkins, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+method+for+the+determination+of+cellulose%2C+based+upon+observations+on+the+removal+of+lignin+and+other+encrusting+materials%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journalournal%22%5BJournal%5D)">A new method for the determination of cellulose, based upon observations on the removal of lignin and other encrusting materials.</a> Biochemical Journalournal. 27, (1933).</li>
<li>Kiesel, A., Semiganowsky, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose-Bestimmung+durch+quantitative+verzuckerung%5BTitle%5D)+AND+%22Berichte+der+deutschen+chemischen+Gesellschaft+%28A+and+B+Series%29%22%5BJournal%5D)">Cellulose-Bestimmung durch quantitative verzuckerung.</a> Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft (A and B Series). 60, 333-338 (1927).</li>
<li>Waksman, S. A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+system+of+proximate+chemical+analysis+of+plant+materials%5BTitle%5D)+AND+%22Industrial+Engineering+Chemistry+and+Analytical+Edition%22%5BJournal%5D)">A system of proximate chemical analysis of plant materials.</a> Industrial Engineering Chemistry and Analytical Edition. 2, 167-173 (1930).</li>
<li>Salo, M. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+carbohydrates+in+animal+foods+as+seven+fractions%5BTitle%5D)+AND+%22Agricultural+and+Food+Science%22%5BJournal%5D)">Determination of carbohydrates in animal foods as seven fractions.</a> Agricultural and Food Science. , 32-38 (1961).</li>
<li>Giger-Reverdin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Review+of+the+main+methods+of+cell+wall+estimation%3A+interest+and+limits+for+ruminants%5BTitle%5D)+AND+%22Animal+Feed+Science+and+Technology%22%5BJournal%5D)">Review of the main methods of cell wall estimation: interest and limits for ruminants.</a> Animal Feed Science and Technology. 55, 295-334 (1995).</li>
<li>Updegraff, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Semimicro+determination+of+cellulose+inbiological+materials%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Semimicro determination of cellulose inbiological materials.</a> Analytical Biochemistry. 32, 420-424 (1969).</li>
<li>Viles, F. J., Silverman, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+starch+and+cellulose+with+anthrone%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Determination of starch and cellulose with anthrone.</a> Analytical Chemistry. 21, 950-953 (1949).</li>
<li>Scott, T. A., Melvin, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+dextran+with+anthrone%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Determination of dextran with anthrone.</a> Analytical Chemistry. 25, 1656-1661 (1953).</li>
<li>Kumar, M., Turner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol%3A+a+medium-throughput+method+for+determination+of+cellulose+content+from+single+stem+pieces+of+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Methods%22%5BJournal%5D)">Protocol: a medium-throughput method for determination of cellulose content from single stem pieces of Arabidopsis thaliana.</a> Plant Methods. 11, 46(2015).</li>
<li>Yemm, E. W., Willis, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+estimation+of+carbohydrates+in+plant+extractsby+anthrone%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">The estimation of carbohydrates in plant extractsby anthrone.</a> Biochemical Journal. 57, 508-514 (1954).</li>
<li>Houston, K., Tucker, M. R., Chowdhury, J., Shirley, N., Little, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plant+cell+wall%3A+A+complex+and+dynamic+structure+as+revealed+by+the+responses+of+genes+under+Stress+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">The plant cell wall: A complex and dynamic structure as revealed by the responses of genes under Stress conditions.</a> Frontiers in Plant Science. 7, (2016).</li>
<li>Jiang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomass+extraction+using+non-chlorinated+solvents+for+biocompatibility+improvement+of+polyhydroxyalkanoates%5BTitle%5D)+AND+%22Polymers%22%5BJournal%5D)">Biomass extraction using non-chlorinated solvents for biocompatibility improvement of polyhydroxyalkanoates.</a> Polymers. 10, 731(2018).</li>
<li>Li, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+saponification+method+for+chlorophyll+removal+from+microalgae+biomass+as+oil+feedstock%5BTitle%5D)+AND+%22Marine+Drugs%22%5BJournal%5D)">A saponification method for chlorophyll removal from microalgae biomass as oil feedstock.</a> Marine Drugs. 14, 162(2016).</li>
<li>Wiltshire, K. H., Boersma, M., Möller, A., Buhtz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+pigments+and+fatty+acids+from+the+green+alga+Scenedesmus+obliquus+%28Chlorophyceae%29%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Ecology%22%5BJournal%5D)">Extraction of pigments and fatty acids from the green alga Scenedesmus obliquus (Chlorophyceae).</a> Aquatic Ecology. 34, 119-126 (2000).</li>
<li>Foster, C. E., Martin, T. M., Pauly, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+compositional+analysis+of+plant+cell+walls+%28lignocellulosic+biomass%29+part+II%3A+carbohydrates%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Comprehensive compositional analysis of plant cell walls (lignocellulosic biomass) part II: carbohydrates.</a> Journal of Visualized Experiments. (1837), (2010).</li>
<li>Haigler, C., Betancur, L., Stiff, M., Tuttle, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cotton+fiber%3A+a+powerful+single-cell+model+for+cell+wall+and+cellulose+research%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">Cotton fiber: a powerful single-cell model for cell wall and cellulose research.</a> Frontiers in Plant Science. 3, (2012).</li>
<li>Spirk, S., Nypelö, T., Kontturi, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Editorial%3A+Biopolymer+thin+films+and+coatings%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Editorial: Biopolymer thin films and coatings.</a> Frontiers in Chemistry. 7, (2019).</li>
<li>Long, L. -Y., Weng, Y. -X., Wang, Y. -Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+aerogels%3A+Synthesis%2C+applications%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Polymers%22%5BJournal%5D)">Cellulose aerogels: Synthesis, applications, and prospects.</a> Polymers. 10, 623(2018).</li>
</ol>

Yazarlar çıkar çatışması olmadığını beyan ederler.

Pamuk lifleri pamuklu elyaftan üretilen doğal liflerdir. Pamuk lifi, tekstil endüstrisindeki kapsamlı uygulamaları ile yüksek kristal selüloz içeriğine sahip ~% 95 selüloz içeriği2 olan tek bir hücredir31. Pamuk lifi ~ % 95 selüloz içerdiğinden, kristal selüloz içeriğinin tahmininin gösterimi için pamuk kök dokuları kullandık. Pamuk kök dokuları kristal selüloz içeriği bakımından orta derecede zengindir ve yaygın olarak bulunan bir bitki biyokütleyi temsil eder. Kristal sel...

Selüloz, hem birincil hem de ikincil hücre duvarlarında bulunan hücre duvarlarının birincil yük taşıyan bileşenidir. Hücre duvarı, bitki hücrelerini çevreleyen hücre dışı bir matristir ve öncelikle selüloz, lignin, hemiselüloz, pektin ve matris proteinlerinden oluşur. Bitki biyokütlesinin yaklaşık üçte biri selüloz1'dir ve güç, sertlik, hücre büyüme hızı ve yönü, hücre şekli bakımı ve biyotik ve abiyotik stresörlerden korunma sağlayarak bitki büyümesinde ve gelişmesinde önemli roller oynar. Pamuk lifi% 95 selüloz2 içeriği içerirken, ağaçlar bitki türlerine ve organ türlerine bağlı olarak selülozun% 40 ila% 50'sini içerir3. Selüloz, β-1,4 glikosidik bağ4ile birbirine bağlanan glikoz kalıntılarının bir disakkarit olan tekrarlayan selobioz ünitelerinden oluşur. Selülozik etanol bitki hücre duvarlarında bulunan selülozdan elde edilen glikozdan üretilir5. Selülozik lif, her mikro fibril'in 500-15000 glikoz monomerleri1,6ile çekirdek birim olarak hareket ettiği birkaç mikro fibrilden oluşur. Selüloz homopolimer plazma membran gömülü selüloz synthase kompleksleri (CSC'ler)1,7ile sentezlenmiştir. Bireysel selüloz synthase A (CESA) proteinleri glukan zincirlerini sentezler ve bitişik glukan zincirleri hidrojen bağları ile bağlanarak kristal selülozoluşturur 1,8. Selüloz, iki baskın formla çeşitli kristal formlarda bulunur, selüloz Iα ve selüloz Iβ yerel formlar olarak9. Daha yüksek bitkilerde selüloz Iβ formunda selüloz bulunurken, daha düşük bitki selülozu Iα formundabulunur 10,11. Genel olarak, selüloz bitki hücre duvarlarına güç ve sertlik vermede önemli bir rol oynar.
Birinci nesil biyoyakıtlar öncelikle gıda kaynakları olan mısır nişastası, kamış şekerleri ve pancar şekerlerinden üretilirken, ikinci nesil biyoyakıtlar gıda dışı bitki biyokütle hücre duvar malzemesinden biyoyakıt üretimine odaklanmaktadır12. Kristal selüloz içeriğinin doğru tahmini sadece selüloz biyosentezi ve hücre duvarı dinamikleri üzerine temel araştırmalar için değil, aynı zamanda uygulamalı biyoyakıt ve biyo ürünler araştırmaları için de önemlidir. Bitki biyokütlesinde selülozun tahmini için çeşitli yöntemler geliştirilmiş ve optimize edilmiştir ve Updegraff yöntemi selüloz tahmini için en yaygın kullanılan yöntemdir. Selüloz tahmini için bildirilen ilk yöntem 1908'de Cross ve Bevan tarafından13. Yöntem, sodyum sülfat ile alternatif klorlama ve ekstraksiyon prensibine dayanıyordu. Bununla birlikte, Cross ve Bevan yönteminin orijinal ve değiştirilmiş protokolleri tarafından elde edilen selüloz, önemli miktarda kslan ve mannans14'eek olarak lignin küçük fraksiyonlarının kirlenmesini gösterdi. Lignin ve hemiselülozları selüloz fraksiyonundan çıkarmak için yapılan çeşitli değişikliklere rağmen, Cross-Bevan yöntemi selülozla birlikte önemli miktarda mannan tuttu. Daha sonra Kurschner'in yöntemi selüloz çıkarmak için nitrik asit ve etanol kullanarak geliştirilmiştir15. Bu yöntemde total lignin ve pentosanların %75'inin çıkarıldığı ancak gerçek selüloz sonuçlarının Cross ve Bevan klorlama yöntemi ile tahmin edilenlerle aynı olduğu belirtilmiştir. Başka bir yöntem (Norman ve Jenkins) selüloz çıkarmak için metanol-benzen, sodyum sülfat ve sodyum hipoklorit kullanarak geliştirilmiştir16. Bu yöntem ayrıca lignin bazı fraksiyonunu da korudu (%3) ve selülozun doğru tahmin edilmesine yol açan önemli miktarda pentosan. Daha sonra, Kiesel ve Semiganowsky% 80 konsantre sülfürik asit kullanarak selülozu hidrolize etmek için farklı bir yaklaşım kullandılar ve hidrolizlenmiş azaltılmış şekerler Bertrand'ın yöntemi ile tahmin edildi17. Kiesel ve Semiganowsky'nin yöntemine dayanarak geliştirilen Waksman's ve Stevens18ve Salo 14 ,19 olmak üzere iki yöntem, önceki yöntemlere kıyasla % 4-5 daha az selüloz içeriği sağladı20.
Updegraff yöntemi, kristal selüloz içeriğinin tahmin edilmesi için en yaygın kullanılan yöntemdir. Bu yöntem ilk olarak Updegraff tarafından 1969 yılında selüloz ölçümü içintanımlanmıştır 21. Updegraff yöntemi Kurschner yöntemini (nitrik asit kullanımı), Kiesel ve Seminowsky yöntemlerini (selülozun sülfürik asit kullanarak glikoz monomerlerine hidrolizi) ve glikoz ve kristal selüloz içeriğinin basit kolorimetrik tahmini için Viles ve Silverman'ın antroni tahlilini entegre eder22. Bu yöntemin prensibi, daha fazla işleme ve tahmin için asetik/nitrik aside dirençli selüloz bırakan homojen bitki dokularından hemiselüloz ve lignin ortadan kaldırmak için asetik asit ve nitrik asit (Updegraff reaktifi) kullanılmasıdır15. Asetik/nitrik aside dirençli selüloz, selülozu glikoz monomerlerine kırmak için% 67 sülfürik asit ile tedavi edilir ve salınan glikoz monomerleri anthrone tahlil21,23. Prosedürü ve selüloz tahminini anthrone tahlil24ile basitleştirmek için orijinal Updegraff yönteminin çeşitli modifikasyonları kullanılmıştır. Genel olarak, bu yöntem beş aşamaya ayrılabilir. İlk aşamada, bitki malzemesi hazırlanır. İkinci aşamada, selüloz bitki hücre duvarlarının anahtar bileşeni olduğu için ham hücre duvarı toplam biyokütleden ayrılır. Daha sonra üçüncü fazda selüloz, Updegraff reaktifi ile tedavi ederek selüloz olmayan hücre duvarı bileşenlerinden ayrılır. Dördüncü evrede asetik/nitrik aside dirençli selüloz sülfürik asit tedavisi ile glikoz monomerlerine ayrılır. Selülozun sülfürik asit tedavisi, glikotik monomerlerin sülfürik asit ile reaksiyonundan 5-hidroksimetilfurfural bileşiklerin oluşumu ile sonuçlanır. Son olarak, son aşamada, anthrone önceki faz25'teüretilen furfural bileşik ile kaynatılarak yeşilimsi mavi bir kompleks oluşturur. Bu anthrone tabanlı kolorimetrik yöntem ilk olarak 1942 yılında Dreywood tarafından kullanılmıştır. Antroron, asidik koşullar altında 5-hidroksimetilfurfural gibi pentoz ve altıgen susuz ürünlerin furfural bileşiklerini tanımlayan bir boyadır. Altıgen ile reaksiyon pentozlara kıyasla yoğun bir renk ve daha iyi tepki üretir25. Bağlı glikoz miktarı 620 nm'de spektrofotometre emilimi ile ölçülür ve yeşilimsi mavi kompleksin yoğunluğu numunedeki şeker miktarı ile doğru orantılıdır. Ölçülen absorbans değerleri, numunenin glikoz konsantrasyonunu hesaplamak için bir glikoz standart eğri gerileme hattı ile karşılaştırıldı. Ölçülen glikoz içeriği, bitki biyokütlesinin selüloz içeriğini tahmin etmek için kullanılmıştır.

<table><tbody><tr><td>Aseton</td><td>Fisher Chemical</td><td>A18-500</td><td></td></tr><tr><td>Anthrone</td><td>Sigma Aldrich</td><td>90-44-8</td><td>protokolünde kullanılır Kolorimetrik tahlil için</td></tr><tr><td>Santrifüj</td><td>Eppendorf</td><td>5424</td><td>Santrifüjleme için</td></tr><tr><td>Kloroform</td><td>Mallinckrodt</td><td>67-66-3</td><td>Protokolde kullanılır</td></tr><tr><td>Etilendiamintetraasetik asit (EDTA)</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>6381-92-6</td><td>Protokolde kullanılan</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Millipore Sigma</td><td>EM-EX0276-4S</td><td>Protokolde kullanılan</td></tr><tr><td>Filtre kağıdı</td><td>Whatman</td><td>1004-090</td><td>Pozitif kontrol</td></tr><tr><td>Buzlu asetik asit</td><td></td><td>Sigma SKU A6283</td><td>Protokolde kullanılan</td></tr><tr><td>Isı bloğu/ ThermoMixer F1.5</td><td>Eppendorf</td><td>13527550</td><td>Kontrollü sıcaklıklar için</td></tr><tr><td>İnkübatör</td><td>Fisherbrand</td><td>150152633</td><td>Bitki numunesini kurutmak için kullanılır</td></tr><tr><td>Ölçüm Ölçeği</td><td>Mettler Toledo</td><td>30243386</td><td>Belirli miktarlar için</td></tr><tr><td>Metanol %100</td> <td>Fisher Chemical</td><td>A412-500</td><td>Protokolde kullanılan</td></tr><tr><td>Mikroplaka (96 kuyulu)</td><td>Evergreen Scientific</td><td>222-8030-01F</td><td>Anthrone tahlili için</td></tr><tr><td>Nitrik asit</td><td>Sigma Aldrich</td><td>695041</td><td>Protokolde kullanılır</td></tr><tr><td>Polipropilen Mikrovials (2 mL) / vidalı kapaklı tüpler</td><td>BioSpec Products</td><td>10831</td><td>Yüksek sıcaklıklar için</td></tr><tr><td>Spektrofotometre (Çok Modlu Dedektör)</td> <td>Beckmancoulter DTX880 1000814</td><td></td><td>Absorbansları ölçmek için</td></tr><tr><td>Spex SamplePrep 6870 Dondurucu / Değirmen</td><td>Spex Numune Hazırlama</td><td>68-701-15</td><td>Bitki dokularını ince toz haline getirmek için</td></tr><tr><td>Sülfürik asit</td><td>J.T.Baker</td><td>02-004-382</td><td>Protokolde kullanılan</td></tr><tr><td>Sodyum dodesil sülfat (SDS)</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>151-21-3</td><td>PSB tampon tüplerinde kullanılır</td></tr><tr><td>(2 mL)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>05-408-138</td><td>Protokolde kullanılan</td></tr><tr><td>Tris Hidroklorür</td><td>Sigma Aldrich</td><td>&nbsp; 1185-53-1</td><td>PSB tamponunda kullanılır</td></tr><tr><td>Ultra saf damıtılmış su</td><td>Invitrogen</td><td>10977</td><td>Protokolde kullanılır</td></tr><tr><td>Vakumlu kurutucu (vacufuge plus)</td><td>Eppendorf</td><td>22820001</td><td>Numuneleri kurutmak için</td></tr><tr><td>Vorteks karıştırıcı</td><td>Fisherbrand</td><td>14-955-151</td> Su banyosunu <td>karıştırmak için</td></tr><tr><td></td><td>Termobilimsel</td><td>TSGP02PM05</td><td>Belirli sıcaklık kontrollü koşullar için adımlar</td></tr><tr><td>Tartı</td><td>Kağıdı Fisher Scientific</td><td>09-898-12A</td><td>Protokolde kullanılır</td></tr></tbody></table>

updegraff yöntemi kullanılarak bitki biyokütlesinin kristal selüloz İçeriğinin tahmini

Estimation of Crystalline Cellulose Content of Plant Biomass using the Updegraff Method

Selüloz, fotosentez ve hücre duvarlarının ana yük taşıyan bileşeni tarafından üretilen dünyadaki en bol polimerdir. Hücre duvarı, güç, sertlik, hücre büyüme hızı ve yönü, hücre şekli bakımı ve biyotik ve abiyotik stresörlerden korunma sağlayarak bitki büyümesinde ve gelişmesinde önemli bir rol oynar. Hücre duvarı öncelikle selüloz, lignin, hemiselüloz ve pektin oluşur. Son zamanlarda bitki hücre duvarları ikinci nesil biyoyakıt ve biyoenerji üretimi için hedeflenmiştir. Özellikle, bitki hücre duvarının selüloz bileşeni selülozik etanol üretimi için kullanılır. Biyokütlenin selüloz içeriğinin tahmini, temel ve uygulamalı hücre duvarı araştırmaları için kritik öneme sahiptir. Updegraff yöntemi basit, sağlam ve bitki biyokütlesinin kristal selüloz içeriğinin tahmin edilmesi için en yaygın kullanılan yöntemdir. Updegraff reaktifi ile tedavi üzerine alkol çözünmeyen ham hücre duvarı fraksiyonu hemiselüloz ve lignin fraksiyonlarını ortadan kaldırır. Daha sonra, Updegraff reaktif dirençli selüloz fraksiyonu, selüloz homopolimerini monomerik glikoz birimlerine hidrolleştirmek için sülfürik asit tedavisine tabi tutulur. Çeşitli glikoz konsantrasyonları kullanılarak bir gerileme hattı geliştirilir ve deneysel örneklerde selüloz hidrolizi üzerine salınan glikoz miktarını tahmin etmek için kullanılır. Son olarak, selüloz içeriği kolorimetrik anthrone testine göre glikoz monomerlerinin miktarına göre tahmin edilmektedir.

Bu çalışma için yeşil evde yetişen pamuk bitkileri seçilmiştir. Selüloz içeriğinin karşılaştırmalı analizi için iki farklı deneysel pamuk çizgisi seçildi. Her deneysel çizgi için kök doku üç biyolojik kopyadan toplanmıştı. Toplam 500 mg doku homojenize edildi ve 20 mg'ı ham hücre duvarı ekstraksiyonu için kullanıldı. Daha sonra, selülozdan hemiselüloz ve lignin çıkarmak için Updegraff reaktif tedavisi için 5 mg ham hücre duvarı özü kullanılmıştır. Saflaştırılmış selüloz, selülozu glikoz birimlerine bölmek için sülfürik a...

Updegraff yöntemi selüloz tahmini için en yaygın kullanılan yöntemdir. Bu gösterimin temel amacı, bitki biyokütle örneklerinde selüloz içeriğinin tahmini için ayrıntılı bir Updegraff protokolü sağlamaktır.

Updegraff Yöntemi Kullanılarak Bitki Biyokütlesinin Kristal Selüloz İçeriğinin Tahmini

Cellulose is the most abundant polymer on Earth generated by photosynthesis and the main load-bearing component of cell walls. The cell wall plays a ...

Burada, kristal selüloz içeriğinin tahmin edilmesi için dünyanın en yaygın kullanılan yöntemi olan Updegraff yöntemini gösteriyoruz. Selüloz temel olarak beta-1, 4 glikosidik bağlarla birbirine bağlı glikoz monomerlerinden oluşur. Bu protokolü beş aşamaya ayırdık.İlk aşamada bitki biyokütle malzemesini hazırlıyoruz. İkinci aşamada, ham hücre duvarını çıkarıyoruz. Üçüncü aşamada, Updegraff'ın numunelerimizden hemiselüloz ve lignin çıkarılmasına yardımcı olan asetik asit ve nitrik asitten oluşan Updegraff tedavisini kullanıyoruz.Dördüncü fazda glikoz monomerlerini üreten sülfürik asit yardımıyla asit hidrolizine tabi tutmaktadır. Son olarak, beşinci aşamada, kristal selüloz içeriğini tahmin etmek için anthrone testini kullanıyoruz. Bitki malzemesini seradan toplayın, suyla iyice yıkayın, iki gün boyunca hava kurutun, dokuyu ayırın ve dokuyu ayrı ayrı etiketlenmiş kaplara aktarın ve 10 gün boyunca 49 santigrat derecede inkübatörde kuluçkaya yatırın.Son olarak makas veya bıçak kullanarak parçalara bölün. Dokuyu dondurun ve düzgün toz haline ince öğütmek için harç ve pestle içine yükleyin veya alternatif olarak Dondurucu / Değirmen kullanın. Burada, Dondurucu / Değirmen kullanarak gösteriyoruz, bu yüzden doku örneklerimizi bu taşlama şişelerine yüklüyoruz ve Dondurucu / Değirmen'e yerleştiriyoruz ve üç döngü boyunca 10 CP hızını çalıştırıyoruz.Doku tozu burada gösterildiği gibi Falcon tüpünde toplanır. 20 mg doku tozunun ağırlığını ölçün ve önceden tartılmış iki mL tüpe aktarın. Proteinleri çıkarmak için bir mL protein çözünürlüğü tamponu ekleyin. girdap.15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj. Üstnatant atın. Bu adımı iki kez daha yineleyin.Tutulan peletin içine bir mL steril su ekleyin. girdap. 15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj. Bu adımı iki kez daha yineleyin.Tutulan peletin içine bir ML%70 etanol ekleyin. girdap. Önceden ısıtılmış 70 derecelik bir bloğa bir saat boyunca aynı anda sallanarak aktarın. Bir saatlik inkübasyondan sonra, beş dakika boyunca 15.000 RPM'de santrifüj yapın.Bu adımı bir kez daha yineleyin. Kaydedilen peletin için% 100 methylone bir mL ekleyin. girdap. 15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj.Bir mL kloroform metanol ekleyin. girdap. 15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj. Süpernatant atın ve bir mL aseton ekleyin. girdap.Oda sıcaklığında beş dakika kuluçkaya yaslanın. 15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj. Süpernatant'ı yeniden atın ve bir gecede 37 santigrat derecede havayla kurutun veya vakumla kurutarak devam edin.Numunelerinizi vakumlu kurutucuya yükleyin ve iki ila üç saat boyunca veya pelet tamamen kuruyana kadar kurulayın. Önceki adımdan elde edilen hücre duvarı ekstresinin beş mg'ını tartın. İki mL vidalı kapak tüpüne aktarın.Ayrıca bu noktada pozitif kontrol ekleyin. Bu amaçla iki mg Whatman filtre kağıdı kullanın. İki mL vidalı kapak tüpüne aktarın.Tartılan her hücre duvarı ekstresine 1,5 mL Updegraff reaktifi ekleyin. Girdap ve 30 dakika önceden ısıtılmış bir blokta 100 santigrat derecede kuluçkaya yaslanın. 30 dakika kuluçkadan sonra bir rafa aktarın.10 dakika boyunca bankta soğumasını bekleyin. 10 dakika boyunca 15.000 RPM'de santrifüj. Peletin rahatsız etmeden süpernatant atın.Bir mL steril su ekleyin. girdap. 10 dakika boyunca 15.000 RPM'de santrifüj. Süpernatantın 500 mikrolitresini atın.Bir mL aseton ekleyin. girdap. 15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj. Üstndan birinin bir mL'sini atın.Bir mL aseton ekleyin. girdap. 15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj. Üsttant tamamen atın.Bir mL aseton ekleyin. girdap. 15,000 RPM'de 5 dakika santrifüj. Üstnatant atın.Bir gecede 37 santigrat derecede kurutun. Bir gecelik bir kuluçkadan sonra, bir rafa aktarın. %67 sülfürik asit bir mL ekleyin. girdap.Aynı anda sallanarak bir saat boyunca 25 santigrat derecede kuluçkaya yatır. Bir saatlik inkübasyondan sonra, peletin tamamen çözüldüğünden emin olun. Rafa aktarın.Bu selüloz ekstraksiyonunun son adımıdır. Şimdi numuneler numune seyreltme için hazır. Numune seyreltme için, önceki adımdaki her numuneden 10 mikrolitre kullanın ve 490 mikrolitre steril su ekleyin.Tüm deneysel örnekler için bunu tekrarlayın. Glikoz standart eğrisi hazırlığı için, mL glikoz başına bir mg taze stok hazırlayın ve 20 mikroliter artışlarla mL glikoz başına bir mg ekleyerek 200 mikrogram konsantrasyonlarına sıfır mikrogram hazırlayın ve son hacmi steril su ile bir mL'ye oluşturun. Bir vidalı kapak tüpüne hazırlanan her standarttan 500 mikroliter alın ve bir mL% 0.2 anthrone ekleyin.Ve şimdi numuneler bir kron tahlil için hazır. Yeni hazırlanmış bir mL anthrone ekleyin. Girdapla hemen karıştırın ve buza aktarın.Tüm standartlar ve numuneler için aynı şekilde tekrarlayın. Ardından 10 dakika boyunca önceden ısıtılmış 100 derecelik bir bloğa aktarın. 10 dakika kuluçkadan sonra, buza aktarın ve buzda beş dakika kuluçkaya yatır.Kuluçkadan sonra, her numuneden 200 mikrolitreyi üç kopya halinde alın. Hem standartlar hem de numuneler için aynı şekilde tekrarlayın. Ve dolu bir 96 kuyu plakası multimode dedektörüne yüklendi.Smart Max Pro programını kullanarak filtre ayarını 620 nanometre olarak ayarladık. Plaka tipi 96 kuyu tipine. Tüm okuma alanını seçin.Tamam'ı tıklatın. okumak. Tablayı oku. Selüloz içeriğinin daha fazla analizi ve tahmini için Excel sayfasında toplanacak olan hem standartların hem de örneklerin absorbans okumalarını elde edersiniz.Glikoz standart eğrisi, x ekseninde mL başına mikrogram olarak glikoz konsantrasyonları ve y ekseninde 620 nanometrede ilgili konsantrasyonun normalleştirilmiş absorbans değerleri kullanılarak hazırlanır. Örnek kristal selüloz içeriğini tahmin etmek için kullandığımız çizilmiş dağılım grafiğinde m ve c değerlerine sahip regresyon çizgisini elde ediyoruz. İlk adımda, 620 nanometrede OD değerlerinin ortalamasını aldık.Ve sonra boş değeri çıkararak verileri normalleştirdik. Standart eğrideki regresyon çizgisinin önceki adımından c ve m değerlerini taktığımız x formülünün OD eksi c/m'ye eşit olduğunu kullanarak glikoz konsantrasyonunu hesaplıyoruz. Anthrone test için kullanılan toplam hacim 500 mikrolitre olduğundan, seyreltme faktörü iki ile böleriz.Kullanılan örnek hacmi sadece 10 mikrolitre olduğundan, mL konsantrasyonu başına mg'a eşit olan mikrolitre glikoz konsantrasyonu başına mikrogram elde etmek için 10'a daha fazla böleceğiz. Ve sonra işlemdeki nem kazancı olan nem faktörü 1.11'i kullandık. Ve son olarak, yüzde kristal selüloz içeriğini, beş mg'a yakın olan hücre duvarı ağırlığıyla bölerek hesaplıyoruz ve yüzdeyi elde etmek için 100 ile çarpıyoruz.Daha sonra, üç biyolojik kopyanın kristal selüloz içeriğinin ortalamasını adlaarak bireysel örneklerin değerini elde ettik, bu da üç biyolojik kopyanın başka bir deneysel çizgi ortalamasıyla karşılaştırılacak. Ve t-testi, önem düzeylerini test etmek için kullanılabilir. Burada, A tablosunda, konsantrasyonun tablo değerlerini ve ilgili OD'yi 620 nanometrede gösteriyoruz, bu da iki deneysel çizgi arasındaki selüloz içerik farklılıklarını elde etmek için C'de kullanılan m ve c değerleriyle bir dağılım grafiği ve bir gerileme çizgisi çizmek için daha fazla kullanıldı.Sonuç olarak, her iki örnek de selüloz farklılıklarını göstermektedir. İzlerken teşekkürler.

estimation-crystalline-cellulose-content-plant-biomass-using

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Bitki biyokütle, biyoyakıt üretimi için kullanılan olabilir önemli bir karbon-nötr yenilenebilir bir kaynaktır. Bitki biyokütle esas hücre duvarları, lignocellulosics olarak adlandırılan bir kompleks yapılara sahip kompozit malzemeden oluşmaktadır. Burada içerik ve polifenolik lignin bileşimi kapsamlı bir analiz için bir protokol açıklar.

Bitki Hücre Duvarları kapsamlı Kompozisyonel Analizi (Lignocellulosic biyokütle) Bölüm I: Lignin

Bitki biyokütle, biyoyakıt üretimi için kullanılan olabilir önemli bir karbon-nötr yenilenebilir bir kaynaktır. Bitki biyokütle esas hücre duvarları, lignocellulosics olarak adlandırılan bir kompleks yapılara sahip kompozit malzemeden oluşmaktadır. Burada içerik ve duvar türetilen karbonhidrat bileşimi kapsamlı bir analiz için bir protokol.

Bitki Hücre Duvarları Kapsamlı Kompozisyonel Analiz (Lignocellulosic biyokütle) Bölüm II: Karbonhidratlar

Bir ekstrasellüler matriks polisakkaritlerin yapısına anlayışlar kazanmak için hızlı bir şekilde açıklanmıştır. Yöntemi dakika miktarda malzeme analiz edilmesi için izin kütle spektrometresi glycosylhydrolases özgüllüğü ve duyarlılığı yararlanır. Bu teknikte doku kendisini doğrudan kullanılmak üzere uyarlanabilir.

Ekstrasellüler polisakkaritler Oligo Kitle Profil (Olimp)

Bir çift sarmallı RNA girişimi (dsRNAi) tekniği mısır sinamoil koenzim alt bitki lignin içeriğine A redüktaz (ZmCCR1) geni aşağı regüle etmek için kullanılır. Lignin hücre duvarından aşağı-regülasyon mikroskopik analiz ile görselleştirilmiştir ve Klason yöntemi ile ölçülür. Yarı selüloz ve kristalin selüloz içinde Bileşim değişiklikler analiz edilmiştir.

Lignin Aşağı düzenleme<em&gt; Zea mays</em&gt; DsRNAi ve Klason Lignin Analizi ile

Bitki hücre duvarı yapısı ve kimyası özellikleri, biyoyakıtlar ve biyo-malzemeler için ideal hammaddeleri belirlemek için değerlendirilir. Standart yöntemlerin büyük veri kümelerine uygulandığında sınırlamaları vardır. Bu yüksek verimli ön arıtma, enzim sakarifikasyonu ve piroliz-moleküler ışın kütle spektrometresi yöntemleri, çok sayıda biyokütle örneğini düşük deney süresi ve maliyeti ile karşılaştırır.

Toplam Lignin, lignin Monomer ve enzimatik Şeker Yayın: Lignocellulosic Biyokütle rekalsitrantların Varyasyonları yüksek verimlilik Taraması

Kristalin selüloz, bitki hücre duvarının önemli bir bileşenidir. Bununla birlikte, hücresel bir çözünürlükte nicelleştirilmesi teknik olarak zordur.  Burada, uzay-zamansal bir çözünürlükte hücre duvarı bileşimi hakkında bilgi elde etmek için polarize ışık teknolojisinin ve kök kesitlerinin kullanımını rapor ediyoruz.

Kristalin Selüloz Birikimin Yüksek Çözünürlüklü Niceleme<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Kökler Doku spesifik Hücre Duvarı Değişiklikler Monitör

Bu protokol, bitki hücre duvarlarındaki lignin, selüloz ve hemiselülozun Raman görüntüleme ve çok değişkenli analizi kullanılarak görselleştirilmesi için genel bir yöntem sunmayı amaçlamaktadır.

Bitki Hücresi Duvarında Lignin, Selüloz ve Hemiselülozu Görselleştirmek için Raman Görüntüleme ve Çok Değişkenli Analizin Birleştirilmesi

Burada, siyanobakteriyel hücrelerdeki glikojen içeriğini ölçmek için güvenilir ve kolay bir test sunuyoruz. İşlem, çökeltme, seçilebilir depolimerizasyon ve glikoz artıklarının belirlenmesini gerektirir. Bu yöntem hem vahşi hem de genetik mühendisliği yapılmış suşlar için uygundur ve siyanobakterilerin metabolik mühendisliğini kolaylaştırabilir.

Siyanobakterlerde Glikojen İçeriğinin Belirlenmesi

OrganoCat, lignoselülozun hafif koşullar altında lignin, fermente edilebilir şekerler ve selüloz hamuruna ön işlem ve fraksiyonasyonu için bir yöntemdir. Biyojenik, bifazik solvent su sisteminde ve katalizör olarak 2,5 furancarboxylic asitli 2-metiltetrahidrofuranda, OrganoCat ürünleri basit ürün geri kazanımı için yerinde ayrılır.

OrganoCat Prosesi kullanılarak Lignoselülozik Biyokütlenin Fraksiyonasyonu

Derin ötektik solvent bazlı, mikrodalga destekli ön işlem, lignoselülozik fraksiyonasyon ve yüksek saflıkta lignin geri kazanımı için yeşil, hızlı ve verimli bir süreçtir.

Olağandışı Akdeniz Lignoselülozik Kalıntılarından Ultra Hızlı Lignin Ekstraksiyonu

Burada, otsu bitki biyokütlesinde lignin içeriğinin tahmin edilmesi için değiştirilmiş bir TGA yöntemi sunuyoruz. Bu yöntem lignin ile belirli tiyoether bağları oluşturarak lignin içeriğini tahmin eder ve lignin içeriği tahmini için nispeten küçük bir örnek gerektirdiğinden Klason yöntemine göre bir avantaj sunar.

Tiyoglikolik Asit (TGA) Kullanılarak Bitki Biyokütle Lignin İçeriğinin Tahmini

Öğrenin, bitki biyokütlesindeki kristal selüloz içeriğini Updegraff yöntemiyle nasıl tahmin edeceğinizi. Bu güvenilir teknik, asetik asit ve nitrik asit kullanarak hemiselüloz ve lignini ayırır.

Updegraff Yöntemi Kullanılarak Bitki Biyokütlesinin Kristal Selüloz İçeriğinin Tahmini

Daha fazla video keşfet