Diamond Light Source'da Sabit Hedef Seri Veri Toplama

Diamond beamline I24'te seri senkrotron kristalografisi için sabit hedef numune hazırlama, veri toplama ve veri işleme için kapsamlı bir kılavuz sunuyoruz.

Seri senkrotron kristalografisi veya SSX, MX'in nispeten yeni ve hızla gelişen bir alanıdır.Düşük doz ve oda sıcaklığı deneyleri için çok uygundur, ancak belki de en önemlisi, dinamikleri takip etmek için gerçekten uygundur. Bu, hareket halindeki proteinlerin stop-motion filmlerinin yapılmasını sağlar. I24'te birden fazla SSX modu mevcuttur.

Bu protokol, sınırlı miktarda örnek kullanarak çok çeşitli seri denemelere izin veren sabit hedefli SSX'e odaklanır. Silikon çipler, onları tanınamıyorsanız, yüklerken ve temizlerken zarar verebilir. Ayrıca, yonga hizalama protokolü birçok kristalografici için tamamen yenidir ve veri işleme standart döndürme verilerinizden biraz farklıdır.

Bir talaş tutucu hazırlamak için, iki yaprak polyester folyoyu yaklaşık 6'ya 6 santimetre kareler halinde kesin ve levhaları iki taban plakasının üzerine yerleştirin. Metal sızdırmazlık halkaları kullanarak, levhaları yerine sabitleyin, ardından kırışıklıkları gidermek için fazla folyoyu dikkatlice çekin. Ardından, analiz edilecek kristallerin boyutuna göre uygun boyutta diyaframlara sahip bir silikon çip seçin.

Işıma çipi 0.39 milibarda 25 saniye deşarj, 15 miliamper akım ile. Silikon çipi, yükseltilmiş çubuklar aşağı bakacak şekilde talaş yükleme aşamasına yerleştirmek için cımbız kullanın. Daha sonra, bir pipet kullanarak, çipin düz tarafına 200 mikrokristal bulamacı uygulayın ve bulamacı çipin tüm şehir bloklarını kapsayacak şekilde yayın.

Talaş hasar görürse, eşit bir vakum uygulanabilmesini sağlamak için herhangi bir deliği küçük bir polyester folyo parçasıyla kapatın. Daha sonra talaştan tüm fazla sıvıyı epire etmek için hafif bir vakum uygulayın. Çipi talaş yükleme aşamasından çıkarın ve fazla sıvıyı çıkarmak için çipin alt kısmını filtre kağıdı ile dikkatlice lekeleyin.

Yüklü çipi kılavuz işaretleri arasında talaş tutucusunun daha büyük yarısına yerleştirin, düz tarafı aşağı. Çip tutucunun küçük yarısını mühürlemek için çipin üzerine yerleştirin. Talaş tutucunun iki yarısı yerine yapışmalıdır.

Ardından, altıgen cıvatalar kullanarak çipi güvenli bir şekilde yerine sabitleyin. Çipi hizalamak için, montaja yaklaşırken talaş tutucuyu 30 derecelik bir açıyla tutun. Ardından, yüklü çipi kiriş hattındaki XYZ aşamasına yerleştirmek için kinematik montajları kullanın.

Mıknatıslar temas ettiğinde, talaş tutucunun akışa paralel dönmesine izin verin ve yerine tıklayın. Çip yerleştirildikten sonra, çipin sol üst fidücialini bulmak için eksendeki beamline görüntüleme sistemini ve yonga hizalama grafik kullanıcı arayüzünü kullanın. X, Y ve Z'deki fiducial 0'ı ortalamak için, Z'yi hizalamak için yukarı ve aşağı, X'i hizalamak için sola ve sağa hareket edin.Ardından Fiducial 0'ı ayarla"Fiducial 1 ve 2'yi X-ışını ışını ışını ile aynı şekilde hizaladıktan sonra, bir koordinat matrisi oluşturmak için "Eşgüdüm sistemi oluştur"u tıklatın.

Ardından, XYZ aşamasını her şehir bloğunun ilk kuyusuna taşımak için Blok Denetimi"ne tıklayın. X-ışını çapraz çizgisi diyaframlarla hizalanırsa, çip hizalanır. DIALS'tan gelen nokta bulma sonuçlarının bu grafiksel gösteriminde, güncellenen bir isabet hızı grafiği gözlemlenebilir.

Bir isabet tıklatılırsa, karşılık gelen kırınım görüntüsü DIALS görüntü görüntüleyicisinde görüntülenir. Bu tabloda, ziyaret sırasında veriler toplandıkça gerçek zamanlı olarak güncellenen geçerli dizin oluşturma ve tümleştirme oranları görselleştirilebilir. Birim hücre parametrelerinin görselleştirilmesi polimorfları ortaya çıkardı.

Yükleme veya dehidrasyon etkileri nedeniyle ortaya çıkan varyasyonları ortaya çıkarmak için yararlı parametrelerin iki boyutlu çizimleri de üretilebilir. Stereografik projeksiyonlar, yükleme protokolüne geri beslenebilecek tercih edilen yönelimlerin varlığını veya yokluğunu ortaya koyabilir. Örneğin, bu projeksiyonda, bir çipin lysozyme kristalleri ile aşırı yüklenmesinin etkileri gözlenebilir.

Çipi yüklerken pipeti yavaşça kullanın ve pipeti çipin üzerinde dinlendirmek için parmağınızı kullanın. Bu, çipe dokunmanızı ve silikondaki delikleri yanlışlıkla bıçaklamanızı önler. Verileri işlerken, kullanılabilir otomatik işlem hatlarından yararlanın.

Bu, denemenizin nasıl ilerlediklerine ve bir şeyi değiştirmeniz gerekip gerek olmadığına dair iyi bir fikir verecektir. Bu yöntem önemli miktarlarda kristalize edilebilen herhangi bir protein sistemine uygulanabilir. Ve reaksiyon ışık X ışınları veya hızlı karıştırma ile tetiklenebilir.

Bir dizi yapı üzerinde yapılan dinamik çalışmalar, proteinlerin nasıl çalıştığına dair fikir verebilir.