gP2S, CryoEM Deneyleri için Bir Bilgi Yönetim Sistemi

gP2S'ye giriş yapmak için kullanıcı adınızı ve şifrenizi yazın. Sol tarafta, bir proje seçici ve CryoEMEM iş akışının deneysel varlık türlerini listeleyen bir dizi gezinti öğesinden oluşan gezinti çubuğunu, proteinlerden veya ligandlardan oluşan örnekleri veya bu ikisinin birleşimini, ızgaraları, mikroskopi oturumlarını, işleme oturumlarını, haritaları ve modelleri görebilirsiniz. Gezinti çubuğundaki son öğe, uygulamanın ayarlar bölümüne bir bağlantıdır.

Burada, gP2S'deki denemeleri kaydetmenize izin verecek bir dizi varlık ekleyebileceksiniz. Doldurulması, sistem genelinde kullanılacak çeşitli açılır listeler için bilgi sağlayacaktır. Eşlik eden makale, gP2S'nin denemeleri günlüğe kaydetmek için kullanılabilecek şekilde nasıl yükleneceği ve yapılandırılacağı hakkında ayrıntılı bilgi içerir.

Bu videoda, yapılandırma adımlarından yalnızca birini, kriyojenik bir örnek tutucunun nasıl kaydedilebileceğini ve daha sonra kullanıcıların gP2S'deki denemeleri nasıl kaydedebileceğini daha ayrıntılı olarak gösteriyoruz. Numune tutucular, mikroskoplar kaydedildikten sonra numune tutucu bölümüne geçerek yapılandırılabilir. Yeni bir örnek tutucu kaydederken, yapılandırılmış mikroskoplardan hangileriyle kullanılabileceğini ve örnekleri kriyolamak için kullanılıp kullanılmayacağını belirtmeniz gerekir.

gP2S uygulaması proje odaklıdır. Bu, iş akışı varlığının yalnızca bir proje bağlamında oluşturulabileceği anlamına gelir. İlgili projenin bir açılır men izne seçilmesi gerekir.

Bir proje seçtiğinizde, bu projeyle ilişkili her türden varlığın sayısı iş akışı bölümünde görüntülenir. Bu özel durumda, 89 numunenin kaydedildiğini, 203 ızgara, 80 mikroskopi seansı, beş işlem oturumu, yedi harita ve iki model olduğunu görebilirsiniz. İş akışı varlık türlerinden herhangi birini (örneğin mikroskopi oturumları) tıklattğınızda, bu varlıkların bir listesi gösterilir.

Bu liste bir etiketten oluşur. Bu durumda olduğu gibi, kriyo veya negatif leke mikroskopisi oturumu olup olmadığını ve en fazla altı temel meta veri alanı olup olmadığını gösteren bir bayrak da olabilir. Mikroskopi seansı durumunda, hangi ızgaranın görüntülendiğini, toplanan görüntü sayısını, oturumun başlangıç ve bitiş tarih saatlerini ve hangi mikroskop ve dedektörün kullanıldığını görebilirsiniz.

Listelenen varlıklardan birini seçmek, bu öğe için kullanılabilir tüm bilgileri listeleyen bir ayrıntılar sayfası açar; Mikroskopi ayrıntılarının altında, ızgaralar ve örnekler gibi tüm üst varlık varlıklarının özet listesini görebilirsiniz. Bu, görüntülenen varlığın soyunda çok hızlı gezinmeye izin verir.

Bunu daha iyi görselleştirmek için modellere atlayalım. Son olarak, gP2S'deki herhangi bir varlık yorum seçerek yorum yapılabilir. Bu model için görebileceğiniz gibi, bir yorum zaten var.

Üzerine tıkladığınızda kim ve ne zaman oluşturulduğu gösterilir. Boş metin girerek ve isteğe bağlı olarak bir veya daha fazla dosya ekleyerek başka bir açıklama ekleyebilirsiniz. Şimdi uygulamanın ana bölümünü gezdiğimize göre, bir CryoEM deneyi sırasında deneysel varlıkların nasıl kaydedileceğini göstereceğiz.

İş akışının ilk adımında, örneğinizi açıklamanız istenir. Bunu yapmak için, önce en az bir bileşen, protein veya ligand tanımlamanız gerekir. Yeni bir protein eklemek sadece bir protein etiketi gerektirir, ancak proteini daha iyi tanımlamaya yardımcı olmak için bir saflaştırma tanımlayıcısı da ekleyebilirsiniz.

Bu alan çok sayıda toplu iş numarası içerebilir veya barkod etiketi için bir yer olarak hizmet verebilir. gP2S bir protein kayıt sistemiyle entegre olacak şekilde özelleştirilmişse, PUR kimliği otomatik olarak doğrulanabilir ve bu protein miktarı hakkında ayrıntılı bilgi almak ve görüntülemek için kullanılabilir. Ligandlar için bir etiket ve stok konsantrasyonu zorunludur ve diğer iki alan isteğe bağlıdır, konsept ve toplu iş lot tanımlayıcısı.

Bir örnek, proteinlerin ve ligandların herhangi bir kombinasyonu ve son konsantrasyonları ile tanımlanır. Bizim durumumuzda, daha önce gP2S'de kayıtlı olan bir protein içeren bir örnek oluşturacağız. Aranabilir açılır menüsü sayesinde bileşenleri bulmak kolaydır.

Bileşeninizi bulamazsanız, bu adımda sıfırdan bir tane oluşturabilirsiniz. İsteğe bağlı olarak, örneğiniz için kuluçka süresi ve sıcaklığı, arabellek ve serbest metin protokolü açıklaması gibi diğer deneysel ayrıntıları da belirtebilirsiniz. Örneğiniz hazır olduğunda ve ızgaralar yaparken, ızgaralara gidin ve yeni bir cryo oluşturun.

Izgara türünü ve kullanılan yüzey işleme protokolünü seçin, örneğin bir ışıma deşarj protokolü. Ardından, bir kriyo veya negatif leke ızgarası hazırlayıp hazırlamayacağınızı belirtin ve açılır listeden önceden yapılandırılmış vitrifikasyon protokollerinden birini seçin. Ardından, kılavuza uyguladığınız örneği açılan listeden seçin.

Seçilen numuneyi seyreltmeyi veya konsantre etmeyi seçerseniz, geçiş kartını kullanın ve ilgili seyreltme veya konsantrasyon faktörünü belirtin. Ayrıca, kılavuza uygulanan birimi belirtmeniz ve isteğe bağlı olarak bir inkübasyon süresi kaydetmeniz gerekir. Son olarak, ızgara depolama konumunu tanımlamanız gerekir.

İstersenz, varsayılan etiketi değiştirin ve ızgarayı kaydedin. Izgaralarınızı kaydettikten sonra, bir mikroskopi oturumu oluşturarak veri toplama denemelerini kaydedebilirsiniz. Form dört bölümden oluşur: temel bilgiler, mikroskop ayarları, pozlama ayarları ve mikroskop kontrolü.

İlk bölüm temel bilgileri, bir etiketi içerir, isterseniz varsayılan değeri değiştirin. Sistemin başlangıç tarihini ve saatini otomatik olarak doldurduğuna dikkat edin. Denemeniz devam ederken muhtemelen mikroskopi oturumunu kaydedeceğiniz için bitiş tarihi ve saati isteğe bağlıdır.

Bitiş tarihini ve saatini biliyorsanız, el ile yazabilir veya geçerli olanı girmek için şimdi düğmesini kullanabilirsiniz. Ardından hangi ızgaranın görüntülendiğini ve hangi mikroskopun kullanıldığını seçin. Varsayılan olarak, geçerli projede en son kullanılan mikroskop önceden seçilir.

Bir dedektör seçin ve isteğe bağlı olarak kaç görüntü toplandı. Mikroskopi seansının üçüncü bölümünde maruz kalma ayarları hakkında bilgiler yer alıyor. Bu bölümde, aşağıdaki meta veriler kaydedilir:büyütme, spot boyutu, ışıklı alanın çapı, pozlama hızı, pozlama süresi ve kare sayısı.

Nanoprobe, sayım modu, doz fraksiyonasyonu ve süper çözünürlük kullanılıp kullanılmadığını belirtmelisiniz. Yalnızca seçilen mikroskop ve dedektör bu özelliklere sahipse etkinleştirilirler. Piksel binning faktörü girdikten sonra, varsa, deneysel olarak önemli bir dizi parametre anında hesaplanır ve görüntülenir.

Görüntü işleme işi bir işleme oturumunda kaydedilir. Her işlem oturumu, açılan listeden seçtiğiniz en az bir mikroskopi oturumuyla ilgilidir. İşleme sırasında birkaç oturumdan verileri birleştirirseniz daha fazla mikroskopi oturumu ekleyebilirsiniz.

Yazılım etiketini ve sürümünü seçerek hangi yazılım paketlerinin kullanıldığını da belirtmeniz gerekir. Bazı ilgili notlar için bir yer de vardır. Mikrografilerin ve toplanan parçacıkların sayısını sağlamalısınız.

Dizinin adını veya işlemeyi yaptığınız tam yolu da kaydedebilirsiniz. Bir veya daha fazla üç boyutlu rekonstrüksiyon elde edildikten sonra, haritalar gP2S'ye yatırılabilir. Her harita bir işleme oturumuyla ilişkilidir ve gerçek harita dosyasından oluşur.

gP2S herhangi bir dosya türüne izin verir. Pikselin boyutu gibi önemli meta verileri girin, önerilen yüzey işleme için bir kontur düzeyi, uyguladığınız simetri, haritayı oluşturmak için kullanılan görüntü sayısı ve en iyi bölümlerindeki tahmini çözünürlük, ortalama genel çözünürlük ve en kötü kısımlarda çözünürlük. Örneğin, gP2S'nin birçok bölümünde, doğrulama kuralları girişinizi bariz hatalar için kontrol eder.

Haritalar farklı ilişki türleri kullanılarak birbirleriyle ilişkilendirilebilir. Böyle bir ilişkiyi kaydederken, ilişki türünü ve ilgili haritayı seçmelisiniz. Atomik bir model elde edildikten sonra gP2S'ye biriktirilebilir.

Bir model dosyası, çözünürlük ve harita veya modelin türetildiği haritaların listesini ekleyin. Ayrıca, bir modelin daha önce yatırılmış bir modelin rafine bir sürümü olduğunu belirtmek mümkündür. Etiketi değiştirin ve kaydı kaydedin.

Uygulamaya erişimi olmayan diğer araştırmacılarla işbirliği yapıyorsanız, daha sonra paylaşabileceğiniz özet belgeler oluşturmanız gerekebilir. Bu amaçla, gP2S bir rapor işlevselliği sağlar. Bu, varlığı ve tüm açıklamalar da dahil olmak üzere her bir alt varlığını açıklayan tüm meta verileri içeren yazdırılabilir bir PDF dosyası oluşturur.

Bu özellik özellikle model biriktirmeyi takiben değerlidir, çünkü son atomik modelin soyunun izini süren tüm veriler ve meta veriler, mikroskopi seansları ve ızgaralar aracılığıyla belirli protein ve küçük molekül ligand lotlarına kadar tek bir belgede mevcuttur. Ancak pdf herhangi bir ayrıntı görüntüleme sayfasından oluşturulabilir. Gördüğünüz gibi, gP2S iyi yapılandırılmış ve gezinmesi kolay çeşitli varlıkları izlemenizi sağlar.

Daha önce gösterildiği gibi, belirli varlıkları kaydederken veri doğrulaması, klasik elektronik tablolarda veya not defterlerinde elde edilebilenden daha yüksek kaliteli meta verilere katkıda bulunur. İzlediğiniz için teşekkür ederim. Bu videonun, CryoEM laboratuvarınız için laboratuvar bilgi yönetim sistemi olarak gP2S'yi denemenizi teşvik edeceğini umuyoruz.