Dendritik Dalların Otomatik Tanımlanması ve Oryantasyonları

SOA, karmaşık 2D hat ağlarının görüntülerinden önemli morfolojik bilgilerin tanımlanması, segmentasyonu ve çıkarılması için kullanıcı dostu bir arayüze sahip otomatik bir araçtır. Çalışma süreci basit ve sezgiseldir ve veriler hemen ve kolayca elde edilir. Ayrıca, SOA uyarlanabilir ve esnek olduğundan, analitik kapasitesi diğer uygulamalar için genişletilebilir.

SOA, sinirsel olmayan hücre ağları, sitoskeleton tarafından oluşturulan karmaşık yapılar ve nanotüpler gibi biyolojik olmayan ağlar gibi diğer 2D ağ türlerinin analizi için kullanılabilir. Web sayfasını açın, SOA'yı bulun. fermuarlı klasörü tıklatın ve çift tıklatarak zip dosyasını indirin.

Dosyaları ayıkla'yı sağ tıklatıp seçerek klasörün fermini çözün. Ayıklanan dosyaların yolunu görüntüleyen hedef adres metin kutusunda açılan seçenekler penceresinde ayıklama yolunu gözlemleyin. Ardından, ayıklanan SOA dosyasını açın ve SOA.exe'a çift tıklayın.

Siyah bir pencerenin açılmasını bekleyin, ardından uygulama görünecektir. SOA görüntüleyici yükleme menü çubuğunda dosya seç'i seçin, ardından bilgisayar dosyalarından bir resim seçin ve üzerine tıklayın. Aç'ı tıklatın, dosyanın yolunu gözlemleyin ve sonra İleri'yi tıklatın.

Kenarlarda segmentasyon iyileştirmesi için, eşiği seçip bir sayı girerek görüntü için eşiği ayarlayın. Birleştirme çizgilerinde, birleştirilecek en az uzaklığı seçip bir sayı girerek ekran için birleştirilecek minimum mesafeyi ve birleştirilecek min açısını seçip bir sayı girerek ekran için birleştirilecek minimum açıyı ayarlayın. Ardından, önizleme segmentasyon görüntüsü oluştur'a tıklayın ve segmentlerin maksimum tanımlamasını elde etmek için parametreleri değiştirin.

Özelliklerin değiştirilmesi gerekiyorsa, pencereyi kapat düğmesine tıklayın ve eşiği birleştirmek için minimum mesafe ve açıda yeniden yapın. Çıktı dosyalarını oluşturmak için, çözümleme grafiklerindeki segmentasyon görüntülerini görselleştirmek için Tamam'a basın. Görüntülenen pencerede, xlsx dosyasının kaydedileceği konumu seçin.

Bir dosya adı ekleyin, sonra kaydet'i seçin ve verilerin oluşturulup kaydedilmesini bekleyen xlsx dosyasını bekleyin. Önceden tanımlanmış görünümler arasında ileri geri gezinmek için ileri ve geri düğmelerini kullanın. Yakınlaştırma düğmesine basarak kaydırmayı ve yakınlaştırmayı etkinleştirin, ardından fareyi istediğiniz konuma getirin.

Ardından, yeni bir konuma sürüklerken sol fare düğmesine basıp basılı tutarak şekli tavalayın. Fare düğmesini bırakın ve görüntüdeki seçili nokta yeni konumda görünecektir. Eksenlerin hareketini kısıtlamak için X veya Y tuşlarını basılı tutun.

Yakınlaştırmak için sağ fare düğmesini basılı tutun ve yeni bir konuma sürükleyin. X eksenini yakınlaştırmak için sağa, x ekseninde uzaklaştırmak için sola hareket edin. Aynı şeyi yukarı ve aşağı hareketlerde y ekseni için de yapın.

Yakınlaştırırken, farenin altındaki noktanın sabit kaldığını ve bu noktanın etrafında yakınlaştırmayı veya uzaklaştırmayı mümkün kındığını unutmayın. Yakınlaştırmayı sırasıyla X, Y veya en boy oranı korumasıyla sınırlamak için X, Y veya Control değiştirici tuşlarını kullanın. Yakınlaştırmayı dikdörtgen moduna etkinleştirmek için dikdörtgene yakınlaştırma düğmesini tıklatın.

İmleci görüntünün üzerine yerleştirin ve sol fare düğmesine basın. Dikdörtgen bir bölge tanımlamak için düğmeyi basılı tutarken fareyi yeni bir konuma sürükleyin. Alt pilotun görünümünü yapılandırmak için alt pilot yapılandırma aracını kullanın.

Dosya kaydetme diyaloğu açmak için kaydet düğmesini tıklatın ve dosyayı uygun biçimlerde kaydedin. Tipik bir SOA iş akışı, floresan anti-MAP2 antikoru ile etiketlenmiş bir dendritik ağın temsili 2B görüntüsüne uygulanır. SOA'nın GUI'si, orijinal görüntünün parçalı görüntüyle karşılaştırılmasını sağlar ve segmentasyon ayarlarında yapılan değişikliklerin etkisinin gerçek zamanlı olarak izlenmesini sağlar.

Dendritik dallar paralel ve paralel olmayan büyüyen olarak sınıflandırılır. Analiz tamamlandıktan sonra, test edilen aralıktaki paralel dalların sayısı ayıklanır ve bir frekans grafiğinde çizilir. Dendritik dallar arasındaki paralel büyümenin boyutunun rastgele mi yoksa yönlendirilmiş mi olduğunu anlamak için, bu grafiğin sonuçları, kültürlerdeki dendritik dallarınkiyle aynı sayıdaki çizgilerin rastgele büyümesinin simülasyonundan çıkarılanlarla karşılaştırılır.

SOA daha sonra paralel dallar arasındaki mesafeleri, paralel ve paralel olmayan dendritik dalların uzunluklarını ve ortalama uzunluklarını ölçar. Tercihli büyüme yönlerinin var olup olmadığını belirlemek için SOA, dendritik dalların büyüme açılarının bir dağıtım histogramını görüntüler ve her grupta tercih edilen büyüme yönlerinin ve belirli dendritik dalların hızlı bir şekilde tanımlanmasını sağlar. SOA çıktısı, daha derinlemesine ve karmaşık analizler yapan bir araç için bir veritabanı olarak kullanılabilir.