Name: Kısa ve Uzun Süredir Okunan Dizileme Teknolojilerini Kullanarak İdrar Bakterilerinin Tam Genomlarının Üretilmesi için Hibrit De Novo Genom Montajı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-08-20T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 8 s
Description: Öğrenin, idrar bakterilerinin tam genomlarını hibrit de novo montajla üretmeyi. Bu yöntem, kolonizasyon ve virülans genlerini incelemek için tam dairesel genom dizileri sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dr. Moutusee Jubaida Islam ve Dr. Luke Joyce'a bu protokole katkılarından dolayı teşekkür ederiz. Ayrıca Dallas Genom Merkezi'ndeki Teksas Üniversitesi'ni geri bildirimleri ve destekleri için tanımak istiyoruz. Bu çalışma Welch Vakfı tarafından finanse edildi, ödül numarası AT-2030-20200401'den N.J.D.'ye, Ulusal Sağlık Enstitüleri tarafından, R01AI116610 ödül numarası K.P.'ye ve P.E.Z.'nin elinde bulunan Felecia ve John Cain Kadın Sağlığı Başkanı tarafından finanse edildi.

<ol><li>Brubaker, L., Wolfe, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+urinary+microbiota%3A+a+paradigm+shift+for+bladder+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Obstetrics+%26+Gynecology%22%5BJournal%5D)">The urinary microbiota: a paradigm shift for bladder disorders.</a> Current Opinion in Obstetrics & Gynecology. 28 (5), 407-412 (2016).</li>
<li>Neugent, M. L., Hulyalkar, N. V., Nguyen, V. H., Zimmern, P. E., De Nisco, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+understanding+the+human+urinary+microbiome+and+its+potential+role+in+urinary+tract+infection%5BTitle%5D)+AND+%22mBio%22%5BJournal%5D)">Advances in understanding the human urinary microbiome and its potential role in urinary tract infection.</a> mBio. 11 (2), (2020).</li>
<li>Klein, R. D., Hultgren, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Urinary+tract+infections%3A+microbial+pathogenesis%2C+host-pathogen+interactions+and+new+treatment+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews.+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Urinary tract infections: microbial pathogenesis, host-pathogen interactions and new treatment strategies.</a> Nature Reviews. Microbiology. 18 (4), 211-226 (2020).</li>
<li>Horsley, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enterococcus+faecalis+subverts+and+invades+the+host+urothelium+in+patients+with+chronic+urinary+tract+infection%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Enterococcus faecalis subverts and invades the host urothelium in patients with chronic urinary tract infection.</a> PLoS One. 8 (12), 83637(2013).</li>
<li>Reitzer, L., Zimmern, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+growth+and+metabolism+of+uropathogenic+Escherichia+coli+in+relation+to+urine+composition%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Microbiology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Rapid growth and metabolism of uropathogenic Escherichia coli in relation to urine composition.</a> Clinical Microbiology Reviews. 33 (1), 00101-00119 (2019).</li>
<li>Snyder, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptome+of+uropathogenic+Escherichia+coli+during+urinary+tract+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Infection+and+Immunity%22%5BJournal%5D)">Transcriptome of uropathogenic Escherichia coli during urinary tract infection.</a> Infection and Immunity. 72 (11), 6373-6381 (2004).</li>
<li>Ipe, D. S., Horton, E., Ulett, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+basics+of+bacteriuria%3A+Strategies+of+microbes+for+persistence+in+urine%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Cellular+and+Infection+Microbiology%22%5BJournal%5D)">The basics of bacteriuria: Strategies of microbes for persistence in urine.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 6, 14(2016).</li>
<li>Babikir, I. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+impact+of+cathelicidin%2C+the+human+antimicrobial+peptide+LL-37+in+urinary+tract+infections%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Infectious+Diseases%22%5BJournal%5D)">The impact of cathelicidin, the human antimicrobial peptide LL-37 in urinary tract infections.</a> BMC Infectious Diseases. 18 (1), 17(2018).</li>
<li>Jancel, T., Dudas, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Management+of+uncomplicated+urinary+tract+infections%5BTitle%5D)+AND+%22The+Western+Journal+of+Medicine%22%5BJournal%5D)">Management of uncomplicated urinary tract infections.</a> The Western Journal of Medicine. 176 (1), 51-55 (2002).</li>
<li>Ventola, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+antibiotic+resistance+crisis%3A+part+1%3A+causes+and+threats%5BTitle%5D)+AND+%22P+%26+T%22%5BJournal%5D)">The antibiotic resistance crisis: part 1: causes and threats.</a> P & T. 40 (4), 277-283 (2015).</li>
<li>Price, T. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+clinical+urine+culture%3A+Enhanced+techniques+improve+detection+of+clinically+relevant+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">The clinical urine culture: Enhanced techniques improve detection of clinically relevant microorganisms.</a> Journal of Clinical Microbiology. 54 (5), 1216-1222 (2016).</li>
<li>Kass, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Asymptomatic+infections+of+the+urinary+tract%5BTitle%5D)+AND+%22Transactions+of+the+Association+of+American+Physicians%22%5BJournal%5D)">Asymptomatic infections of the urinary tract.</a> Transactions of the Association of American Physicians. 69, 56-64 (1956).</li>
<li>Garcia, L. S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGarcia%2C+LS+%22Clinical+microbiology+procedures+handbook.+3rd+edn%22">Clinical microbiology procedures handbook. 3rd edn</a>. , ASM Press. (2010).</li>
<li>Fraser, C. M., Eisen, J. A., Nelson, K. E., Paulsen, I. T., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+value+of+complete+microbial+genome+sequencing+%28you+get+what+you+pay+for%29%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">The value of complete microbial genome sequencing (you get what you pay for).</a> Journal of Bacteriology. 184 (23), 6403-6405 (2002).</li>
<li>Chen, Z., Erickson, D. L., Meng, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+hybrid+assembly+approaches+for+genomic+analyses+of+bacterial+pathogens+using+Illumina+and+Oxford+Nanopore+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Benchmarking hybrid assembly approaches for genomic analyses of bacterial pathogens using Illumina and Oxford Nanopore sequencing.</a> BMC Genomics. 21 (1), 631(2020).</li>
<li>Greig, D. R., Dallman, T. J., Hopkins, K. L., Jenkins, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MinION+nanopore+sequencing+identifies+the+position+and+structure+of+bacterial+antibiotic+resistance+determinants+in+a+multidrug-resistant+strain+of+enteroaggregative+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Microbial+Genomics%22%5BJournal%5D)">MinION nanopore sequencing identifies the position and structure of bacterial antibiotic resistance determinants in a multidrug-resistant strain of enteroaggregative Escherichia coli.</a> Microbial Genomics. 4 (10), 000213(2018).</li>
<li>Carraro, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PCR-assisted+contig+extension%3A+stepwise+strategy+for+bacterial+genome+closure%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">PCR-assisted contig extension: stepwise strategy for bacterial genome closure.</a> Biotechniques. 34 (3), 626-628 (2003).</li>
<li>Tettelin, H., Radune, D., Kasif, S., Khouri, H., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+multiplex+PCR%3A+efficiently+closing+a+whole-genome+shotgun+sequencing+project%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics%22%5BJournal%5D)">Optimized multiplex PCR: efficiently closing a whole-genome shotgun sequencing project.</a> Genomics. 62 (3), 500-507 (1999).</li>
<li>Wick, R. R., Judd, L. M., Gorrie, C. L., Holt, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unicycler%3A+Resolving+bacterial+genome+assemblies+from+short+and+long+sequencing+reads%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Computational+Biology%22%5BJournal%5D)">Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads.</a> PLoS Computational Biology. 13 (6), 1005595(2017).</li>
<li>Singhal, N., Kumar, M., Kanaujia, P. K., Virdi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry%3A+an+emerging+technology+for+microbial+identification+and+diagnosis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry: an emerging technology for microbial identification and diagnosis.</a> Frontiers in Microbiology. 6, 791(2015).</li>
<li>Turner, S., Pryer, K. M., Miao, V. P., Palmer, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigating+deep+phylogenetic+relationships+among+cyanobacteria+and+plastids+by+small+subunit+rRNA+sequence+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Eukaryotic+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Investigating deep phylogenetic relationships among cyanobacteria and plastids by small subunit rRNA sequence analysis.</a> The Journal of Eukaryotic Microbiology. 46 (4), 327-338 (1999).</li>
<li>Weisburg, W. G., Barns, S. M., Pelletier, D. A., Lane, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((16S+ribosomal+DNA+amplification+for+phylogenetic+study%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study.</a> Journal of Bacteriology. 173 (2), 697-703 (1991).</li>
<li>Janda, J. M., Abbott, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((16S+rRNA+gene+sequencing+for+bacterial+identification+in+the+diagnostic+laboratory%3A+pluses%2C+perils%2C+and+pitfalls%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls.</a> Journal of Clinical Microbiology. 45 (9), 2761-2764 (2007).</li>
<li>Stevenson, K., McVey, A. F., Clark, I. B. N., Swain, P. S., Pilizota, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((General+calibration+of+microbial+growth+in+microplate+readers%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Reports%22%5BJournal%5D)">General calibration of microbial growth in microplate readers.</a> Science Reports. 6, 38828(2016).</li>
<li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trimmomatic%3A+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li>
<li>De Coster, W., D'Hert, S., Schultz, D. T., Cruts, M., Van Broeckhoven, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NanoPack%3A+visualizing+and+processing+long-read+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data.</a> Bioinformatics. 34 (15), 2666-2669 (2018).</li>
<li>Wilson, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+UNIX+Shell%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">The UNIX Shell.</a> Zenodo. , (2019).</li>
<li>Bankevich, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SPAdes%3A+a+new+genome+assembly+algorithm+and+its+applications+to+single-cell+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Computational+Biology%22%5BJournal%5D)">SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing.</a> Journal of Computational Biology. 19 (5), 455-477 (2012).</li>
<li>Vaser, R., Sovic, I., Nagarajan, N., Sikic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+and+accurate+de+novo+genome+assembly+from+long+uncorrected+reads%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads.</a> Genome Research. 27 (5), 737-746 (2017).</li>
<li>Walker, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pilon%3A+an+integrated+tool+for+comprehensive+microbial+variant+detection+and+genome+assembly+improvement%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement.</a> PLoS One. 9 (11), 112963(2014).</li>
<li>Wick, R. R., Schultz, M. B., Zobel, J., Holt, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bandage%3A+interactive+visualization+of+de+novo+genome+assemblies%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Bandage: interactive visualization of de novo genome assemblies.</a> Bioinformatics. 31 (20), 3350-3352 (2015).</li>
<li>Gurevich, A., Saveliev, V., Vyahhi, N., Tesler, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QUAST%3A+quality+assessment+tool+for+genome+assemblies%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">QUAST: quality assessment tool for genome assemblies.</a> Bioinformatics. 29 (8), 1072-1075 (2013).</li>
<li>Simao, F. A., Waterhouse, R. M., Ioannidis, P., Kriventseva, E. V., Zdobnov, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BUSCO%3A+assessing+genome+assembly+and+annotation+completeness+with+single-copy+orthologs%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs.</a> Bioinformatics. 31 (19), 3210-3212 (2015).</li>
<li>Seemann, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prokka%3A+rapid+prokaryotic+genome+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Prokka: rapid prokaryotic genome annotation.</a> Bioinformatics. 30 (14), 2068-2069 (2014).</li>
<li>Aziz, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RAST+server%3A+rapid+annotations+using+subsystems+technology%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">The RAST server: rapid annotations using subsystems technology.</a> BMC Genomics. 9, 75(2008).</li>
<li>Tatusova, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NCBI+prokaryotic+genome+annotation+pipeline%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">NCBI prokaryotic genome annotation pipeline.</a> Nucleic Acids Research. 44 (14), 6614-6624 (2016).</li>
<li>Carattoli, A., Hasman, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PlasmidFinder+and+In+Silico+pMLST%3A+Identification+and+Typing+of+Plasmid+Replicons+in+Whole-Genome+Sequencing+%28WGS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">PlasmidFinder and In Silico pMLST: Identification and Typing of Plasmid Replicons in Whole-Genome Sequencing (WGS).</a> Methods in Molecular Biology. 2075, 285-294 (2020).</li>
<li>Carattoli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+silico+detection+and+typing+of+plasmids+using+PlasmidFinder+and+plasmid+multilocus+sequence+typing%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrobial+Agents+and+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 58 (7), 3895-3903 (2014).</li>
<li>Larsen, M. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multilocus+sequence+typing+of+total-genome-sequenced+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria.</a> Journal of Clinical Microbiology. 50 (4), 1355-1361 (2012).</li>
<li>Bortolaia, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ResFinder+4.0+for+predictions+of+phenotypes+from+genotypes%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Antimicrobial+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">ResFinder 4.0 for predictions of phenotypes from genotypes.</a> The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 75 (12), 3491-3500 (2020).</li>
<li>Joensen, K. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+whole-genome+sequencing+for+routine+typing%2C+surveillance%2C+and+outbreak+detection+of+verotoxigenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic Escherichia coli.</a> Journal of Clinical Microbiology. 52 (5), 1501-1510 (2014).</li>
<li>Arndt, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PHASTER%3A+a+better%2C+faster+version+of+the+PHAST+phage+search+tool%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">PHASTER: a better, faster version of the PHAST phage search tool.</a> Nucleic Acids Research. 44 (1), 16-21 (2016).</li>
<li>Couvin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPRCasFinder%2C+an+update+of+CRISRFinder%2C+includes+a+portable+version%2C+enhanced+performance+and+integrates+search+for+Cas+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins.</a> Nucleic Acids Research. 46 (1), 246-251 (2018).</li>
<li>Totten, P. A., Amsel, R., Hale, J., Piot, P., Holmes, K. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+differential+human+blood+bilayer+media+for+isolation+of+Gardnerella+%28Haemophilus%29+vaginalis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Selective differential human blood bilayer media for isolation of Gardnerella (Haemophilus) vaginalis.</a> Journal of Clinical Microbiology. 15 (1), 141-147 (1982).</li>
<li>Nagarajan, N., Pop, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequence+assembly+demystified%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Reviews.+Genetics%22%5BJournal%5D)">Sequence assembly demystified.</a> Nat Reviews. Genetics. 14 (3), 157-167 (2013).</li>
<li>Phillippy, A. M., Schatz, M. C., Pop, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+assembly+forensics%3A+finding+the+elusive+mis-assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly.</a> Genome Biology. 9 (3), 55(2008).</li>
<li>Wick, R. R. Unicycler Wiki. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://github.com/rrwick/Unicycler/wiki">https://github.com/rrwick/Unicycler/wiki</a> (2017).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Burada açıklanan kapsamlı hibrit genom montaj protokolü, çeşitli üriner mikrobiyota ve üropatojenlerin başarılı bir şekilde kült haline getirildirilmeleri ve genomlarının tam olarak bir şekilde birebriasyonu için kolaylaştırılmış bir yaklaşım sunmaktadır. Bakteri genomlarının başarılı WGS'si, genomik DNA'larını çıkarmak için çeşitli ve bazen titiz mikropların izolasyonu ile başlar. Bugüne kadar, mevcut idrar kültürü protokolleri ya birçok idrar türünü tespit etmek için gerekli hassasiyete sahip değil ya da uzun zaman ve kaynak gerektiren uzun ve kapsamlı yaklaşımlar içeriyor11. Açıklanan Modifiye Geliştirilmiş İdrar Kültürü yaklaşımı, potansiyel patojenik veya faydalı kommensal türler ve hem öğretim üyesi hem de zorunlu aerobik veya anaerobik bakteriler de dahil olmak üzere 17 yaygın üriner cinse ait bakterilerin başarılı bir şekilde izole edilmesi için basitleştirilmiş ancak kapsamlı bir protokol sunmaktadır. Bu da bakteriyel genomların doğru dizilimi ve montajı ve üriner sağlık ve hastalığın anlaşılmasına katkıda bulunan kritik fenotipik deneyler için gerekli başlangıç malzemesini sağlar. Ayrıca, bu değiştirilmiş kültür yaklaşımı, idrar örneklerinde bulunan canlı mikroorganizmaların daha tanımlanmış bir klinik tanısını sağlar ve gelecekteki genomik çalışmalar için biyobankalanmalarına izin verir. Ancak, bu protokol sınırlamalar olmadan değildir. Organizmaya bağlı olarak uzun kuluçka sürelerinin yanı sıra hipoksi odası veya kontrollü inkübatörler gibi kaynakların kullanımı gerektirebilir. Anaerobik GasPak kullanımı alternatif bir çözüm sunar, ancak bunlar maliyetlidir ve her zaman sürekli ve kontrollü bir ortam üretmez. Son olarak, kültür önyargısı ve örnek çeşitliliği, belirli organizmaların ve üropatojenlerin titiz bakterileri alt etmesine izin verebilir. Bu sınırlamalara rağmen, bu yaklaşımla çeşitli üriner bakteri kültürü mümkün olmaktadır.
Genomik dizileme, sıralama verilerinin hem verimini hem de doğruluğunu muazzam bir şekilde artıran Yeni Nesil Sıralama teknolojilerinin ilerlemesiyle popülerlik kazanmıştır14,15. Veri işleme ve de novo montajı için algoritmaların geliştirilmesiyle birleştiğinde, tam genom dizileri acemi ve uzman bilim adamlarının parmak uçlarında15,45. Tam genomlar tarafından sağlanan genel genom organizasyonu bilgisi, gen çoğaltma, gen kaybı ve yatay gen transferi dahil olmak üzere önemli evrimsel ve biyolojik içgörüler sunar14. Ek olarak, antimikrobiyal direnç ve virülans için önemli genler genellikle taslak genom derlemelerinde çözülmeyen mobil elemanlar üzerinde lokalize edilir15,16.
Buradaki protokol, tam genom derlemeleri oluşturmak için kısa ve uzun okuma platformlarından gelen sıralama verilerinin kombinasyonu için karma bir yaklaşım izler. İdrar bakteri genomlarına odaklanılırken, bu prosedür çeşitli izolasyon kaynaklarından çeşitli bakterilere uyarlanabilir. Bu yaklaşımdaki kritik adımlar arasında yeterli steril tekniğin takip edilmesi ve saf idrar bakterilerinin izolasyonu için uygun ortam ve kültür koşullarının kullanılması yer almaktadır. Ayrıca, sağlam, yüksek verimli gDNA'nın çıkarılması, montaj başarısını engelleyebilecek kontamine okumalardan arınmış sıralama verileri oluşturmak için gereklidir. Sonraki kütüphane hazırlama protokolleri, yeterli uzunluk ve derinlikte kaliteli okumaların üretilmesi için kritik öneme sahiptir. Bu nedenle, özellikle uzun süre okunan sıralama için kütüphane hazırlığı sırasında gDNA'yı özenle ele almak son derece önemlidir, çünkü bu teknolojinin en büyük yararı teorik üst uzunluk sınırı olmayan uzun okumaların üretilmesidir. Ayrıca, gürültülü verileri ortadan kaldıran ve montaj sonucunu iyileştiren sıralama okumalarının uygun kalite kontrolü (QC) için bölümler de özetlenmiştir.
Başarılı DNA izolasyonu, kütüphane hazırlığı ve dizilişine rağmen, bazı türlerin genomik mimarisinin doğası hala kapalı bir genom derlemesinin üretilmesi için bir engel sağlayabilir45,46. Yinelenen diziler genellikle derleme hesaplamasını zorlaştırır ve uzun okuma verilerine rağmen, bu bölgeler düşük güvenle çözülebilir veya hiç çözülmeyebilir. Bu nedenle uzun okumalar, genomdaki veya kapsamadaki en büyük tekrar bölgesinden ortalama olarak daha uzun olmalıdır yüksek olmalıdır (>100x)19. Bazı genomlar eksik kalabilir ve tamamlanması için manuel yaklaşımlar gerektirebilir. Bununla birlikte, hibrit monte edilmiş eksik genomlar tipik olarak kısa okumalı taslak genomlardan daha az contigs oluşur. Montaj algoritmasının varsayılan parametrelerini ayarlamak veya QC okumak için daha sıkı kesmeleri takip etmek yardımcı olabilir. Alternatif olarak, önerilen bir yaklaşım, en olası montaj yolu için kanıt aramak için eksik bölgelere uzun okumaları haritalamak ve daha sonra güçlendirilmiş bölgenin PCR ve Sanger dizilimini kullanan yolu onaylamaktır. Minimap2 kullanılarak okumaların haritalanması önerilir ve Bandaj, contig bağlantısı47için kanıt sağlayan birleştirilmiş contigs boyunca eşlenen okumaların görselleştirilmesi için yararlı bir araç sunar.
Tam genom üretmenin ek bir zorluğu, komut satırı araçlarına aşinalık ve konforda yatır. Birçok biyoinformatik araç, herhangi bir kullanıcıya hesaplama fırsatları sunmak için geliştirilmiştir; ancak, kullanımları UNIX ve programlamanın temellerini içeren bir anlayışa dayanır. Bu protokol, önceden komut satırı deneyimi olmayan bireylerin kapalı genom derlemeleri oluşturmalarını ve bunlara açıklama eklemelerini sağlamak için yeterince ayrıntılı talimatlar sağlamayı amaçlamaktadır.

İdrar mikrobiyomu, idrar yollarının sağlıklı bireylerde steril olduğuna dair onlarca yıllık yanlış algıyı paramparça eden gelişmekte olan bir araştırma alanıdır. İdrar mikrobiyotası üyeleri idrar ortamını dengelemeye ve idrar yolu enfeksiyonunu önlemeye hizmet edebilir (UTI)1,2. Üropatojenik bakteriler idrar yollarını istila eder ve yerleşik mikrobiyotayı yerinden etmek, ürotelyumu kolonileştirmek, bağışıklık tepkilerinden kaçınmak ve çevresel baskılara karşı koymak için çeşitli virülans mekanizmaları kullanmaktadır3,4. İdrar, yüksek ozmolarite, sınırlı azot ve karbonhidrat kullanılabilirliği, düşük oksijenasyon ve düşük pH 5 ,6,7ile karakterize nispeten besin sınırlı bir ortamdır. İdrar ayrıca antimikrobiyal olarak kabul edilir, yüksek konsantrasyonlarda inhibitör üre ve insan katetisin LL-378gibi antimikrobiyal peptitlerden oluşur. İdrar yollarını kolonize etmek için hem yerleşik bakteriler hem de üropatojenler tarafından kullanılan mekanizmaların araştırılması, idrar yolu sağlığını daha iyi anlamak ve UTI tedavisi için yeni stratejiler geliştirmek için kritik öneme sahiptir. Ayrıca, ön cephe antimikrobiyal tedavilerin başarısızlığı daha yaygın hale geldikçe, üriner bakteri popülasyonlarında antimikrobiyal direnç belirleyicileri taşıyan mobil genetik elementlerin yayılmasını izlemek giderek daha önemlidir9,10.
İdrar bakterilerinin genotiplerini ve fenotiplerini araştırmak için başarılı kültürleri ve sonraki tüm genom dizilimleri (WGS) zorunludur. İdrar örneklerinde uygulanabilir mikropları tespit etmek ve tanımlamak için kültüre bağımlı yöntemler gereklidir11. Standart klinik idrar kültürü, idrarı% 5 koyun kanı agar (BAP) ve MacConkey agar üzerine kaplamayı ve 24 saat12için 35 ° C'de aerobik olarak kuluçkalamayı içerir. Bununla birlikte,≥10 5 CFU / mL13algılama eşiği ile üriner mikrobiyotanın birçok üyesi bu yöntemle bildirilmez. Gelişmiş Nicel İdrar Kültürü (EQUC)11 gibi geliştirilmiş kültleme teknikleri, standart idrar kültürü tarafından yaygın olarak kaçırılan mikropları tanımlamak için farklı idrar hacimleri, kuluçka süreleri, kültür medyası ve atmosferik koşulların çeşitli kombinasyonlarını kullanır. Bu protokolde açıklanan EQUC modifiye bir sürümüdür, burada modifiye Geliştirilmiş İdrar Kültürü protokolü olarak adlandırılan, seçici medya ve optimal atmosferik koşullar kullanarak çeşitli üriner bakteri ve üropatojenlerin kültünü sağlayan ancak doğası gereği nicel değildir. İdrar bakterilerinin başarılı izolasyonu, aşağı akış WGS ve genom montajı için genomik DNA'nın (gDNA) çıkarılmasını sağlar.
Genom derlemeleri, özellikle komple montajlar, hem yerleşik mikrobiyota hem de üropatojenik bakteriler arasında kolonizasyona, niş bakımına ve virülansa katkıda bulunabilecek genetik faktörlerin keşfedilmesini sağlar. Taslak genom derlemeleri, sıralama hataları içerebilecek ve yönlendirme bilgilerinden yoksun çeşitli bitişik diziler (contigs) içerir. Tam bir genom montajında, her baz çiftinin hem yönü hem de doğruluğu doğrulanmıştır14. Ayrıca, tam genom dizileri elde etmek genom yapısı, genetik çeşitlilik ve mobil genetik elementler hakkında fikir verir15. Kısa okumalar tek başına önemli genlerin varlığını veya yokluğunu tanımlayabilir, ancak genomik bağlamlarını tam olarak belirleyemeyebilir16. Oxford Nanopore ve PacBio gibi uzun süredir okunan dizileme teknolojilerini etkinleştirerek, bakteri genomlarının kapalı de novo derlemelerini üretmek artık çok katlı PCR 17,18ile de novo montajlarının manuel olarak kapatılması gibi yorucu yöntemler gerektirmez. Yeni Nesil kısa okuma dizileme ve Nanopore uzun okumalı dizileme teknolojilerinin kombinasyonu, nispeten düşük maliyetlerle doğru, eksiksiz ve kapalı bakteri genom derlemelerinin facile üretimine izin verir19. Kısa okuma dizilimi, genellikle ortalama 40-100 contigs'den oluşan doğru ancak parçalanmış genom derlemeleri üretirken, Nanopore dizileme, daha az doğru olan ancak contigs'i birleştirmek ve genomik sentezi çözmek için iskele görevi görebilen yaklaşık 5-100 kb uzunluğunda uzun okumalar üretir. Hem kısa okuma hem de uzun okuma teknolojilerini kullanan hibrit yaklaşımlar doğru ve eksiksiz bakteri genomları üretebilir19.
Burada, insan idrarından bakterilerin izolasyonu ve tanımlanması, genomik DNA ekstraksiyonu, dizileme ve hibrit bir montaj yaklaşımı kullanılarak tam genom montajı için kapsamlı bir protokol açıklanmıştır. Bu protokol, kapalı bir bakteri kromozomunun ve plazmidler gibi ekstrakromosomal elemanların doğru montajı için kısa okuma ve uzun okuma dizilimi tarafından oluşturulan okumaları düzgün bir şekilde değiştirmek için gereken adımlara özel bir vurgu sağlar.

<table><tbody><tr><td>< güçlü > Ekipman: < / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Biyoanalizör 2100</td><td>Agilent</td><td>G29398A</td><td>İsteğe bağlı ancak önerilen</td></tr><tr><td>Santrifüj</td><td>Eppendorf</td> <td>-</td> <td>Konikleri ve mikrosantrifüj tüplerini eğirmek için herhangi bir santrifüj (örn. Model 5810R / 5424R)</td></tr> <tr><td>Elektroforez</td><td>BioRad Laboratuvarları</td><td>1645070</td><td></td></tr><tr><td>Jel Görüntüleme Sistemi</td><td>BioRad Laboratuvarları</td><td></td><td>ChemiDoc modelleri</td></tr><tr><td>İnkübatör</td><td>ThermoFisher Scientific</td> <td>-</td> <td>Herhangi bir CO2 İnkübatör (örneğin Thermo Forma model 3110)</td></tr> <tr><td>Manyetik Raf</td><td>New England BioLabs</td><td>S15095</td><td>12 tüplü raf</td></tr><tr><td>MinION</td><td>Oxford Nanopore Teknolojileri</td> <td>-</td><td></td></tr> <tr><td>Nanodrop</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND-ONE-W</td><td></td></tr><tr><td>SonrakiSeq 500</td><td>Illumina</td><td>SY-415-1002</td><td>Diğer Illumina modelleri kabul edilebilir</td></tr><tr><td>Plaka Okuyucu</td><td>BioTek</td><td>--</td><td>Synergy H1</td></tr><tr><td>Qubit florometre</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>Q33238</td><td></td></tr><tr><td>Rotator</td><td>Benchmark Scientific</td><td>H2024</td><td></td></tr><tr><td>Thermocycler ThermoFisher</td><td>Scientific</td> <td>-</td> <td>PCR için herhangi bir termodöngüleyici reaksiyonlar (örneğin ProFlex PCR sistemi)</td></tr> <tr><td>< güçlü > Malzemeler: < / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>10X Fosfat Tamponlu Salin (PBS)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>BP3991</td><td></td></tr><tr><td>10X TBE tamponu</td> <td>--</td><td>--</td> <td>1M Tris, 1M Borik Asit, 0.2M EDTA (pH 8.0)</td></tr> <tr><td>1429R astar</td><td>Sigma Aldrich (Özel oligolar)</td> <td>-</td> <td>GGTTACCTTGTTACGACTT</td></tr><tr><td>1kb Merdiven</td><td>VWR</td><td>101228-494</td><td></td></tr><tr><td>1M Tris-Cl (pH 7.5)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15567027</td><td></td></tr><tr><td>6x Yükleme boyası</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC0783588</td><td></td></tr><tr><td>8F astar</td><td>Sigma Aldrich (Özel oligolar)</td><td>--</td><td>AGAGTTTGATCCTGGCTCAG</td></tr><tr><td>Agar</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1423-2</td><td></td></tr><tr><td>Agarose</td><td>BioRad Laboratuvarları</td><td>63001</td><td></td></tr><tr><td>AMPure XP</td><td>Beads Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td></td></tr><tr><td>Anaerob Torba Sistemi - GasPak EZ</td><td>BD Tanı Sistemleri</td><td>B260683</td><td></td></tr><tr><td>Borik Asit</td><td>Fisher Scientific</td><td>A73-500</td><td></td></tr><tr><td>Beyin Kalp İnfüzyon Suyu</td><td>BD Tanı Sistemleri</td><td>212304</td><td></td></tr><tr><td>CDC Anaerob %5 Koyun Kanı Agar</td><td>BD Tanı Sistemleri</td><td>L007357</td><td></td></tr><tr><td>CHROMagar Oryantasyon</td><td>BD Tanı Sistemleri</td><td>PA-257481.04</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy Kan & Doku</td><td>QIAGEN</td><td>69504</td><td></td></tr><tr><td>DreamTaq Master Mix</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>K1081</td><td></td></tr><tr><td>Kuru Anaerobik İndikatör Şeritleri</td><td>BD Teşhis Sistemleri</td><td>271051</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Fisher Scientific</td><td>S311-500</td><td></td></tr><tr><td>Etanol 200 Kanıt</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E7023</td><td>Moleküler biyoloji için</td></tr><tr><td>Etidyum Bromür</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>BP130210</td><td></td></tr><tr><td>Akış hücresi hazırlama kiti</td><td>Oxford Nanopore Teknolojileri</td><td>EXP-FLP002</td><td></td></tr><tr><td>Akış hücresi yıkama kiti</td><td>Oxford Nanopore Teknolojileri</td><td>EXP-WSH003</td><td></td></tr><tr><td>Jel Ekstraksiyonu Miniprep Kiti</td><td>BioBasic</td><td>BS654</td><td></td></tr><tr><td>Ligasyon sıralama kiti</td><td>Oxford Nanopore Teknolojileri</td><td>SQK-LSK109</td><td></td></tr><tr><td>Lizozim</td><td>Araştırma Ürünleri International Corp</td><td>L381005.05</td><td></td></tr><tr><td>Mutanolizin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M9901-5KU</td><td></td></tr><tr><td>Yerel barkodlama genişletme 1-12</td><td>Oxford Nanopore Teknolojileri</td><td>EXP-NBD104</td><td></td></tr><tr><td>NEB Künt / TA Ligaz Master Karışımı</td><td>New England BioLabs</td><td>M0367L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext FFPE DNA Onarım Karışımı</td><td>New England BioLabs</td><td>M6630L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext hızlı ligasyon tamponu</td><td>New England BioLabs</td><td>B6058S</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II Uç onarım / dA-kuyruk modülü</td><td>New England BioLabs</td><td>E7546L</td><td></td></tr><tr><td>Nextera DNA CD İndeksleri</td><td>Illumina</td><td>20018708</td><td></td></tr><tr><td>Nextera DNA Flex Library Hazırlık - (M) Etiketleme</td><td>Illumina</td><td>20018705</td><td></td></tr><tr><td>Nükleaz içermeyen su</td><td>Sigma Aldrich</td><td>W4502</td><td></td></tr><tr><td>Kübit 1X dsDNA HS Test</td><td>Kiti ThermoFisher Scientific</td><td>Q33230</td><td></td></tr><tr><td>Kübit Test Tüpleri</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Hızlı T4 DNA Ligaz</td><td>New England BioLabs</td><td>E6056L</td><td></td></tr><tr><td>R9 Akış hücresi</td><td>Oxford Nanopor Teknolojileri</td><td>FLO-MIN106D</td><td></td></tr><tr><td>RNase A</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>EN0531</td><td></td></tr><tr><td>Koyun Kanı</td><td>Kanama Durdurucu Laboratuvarları</td><td>DS13250</td><td></td></tr><tr><td>TE tamponu</td><td>--</td><td>-</td><td>10mM Tris, 1mM EDTA (pH 8.0)</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>Triptik Soya Suyu</td><td>BD Teşhis Sistemleri</td><td>211825</td><td></td></tr><tr><td>Yazılım & Biyoinformatik Araçlar: </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bandage</td><td>--</td><td>-https://rrwick.github.io/Bandage/</td><td></td></tr> <tr><td>Genomik Epidemiyoloji Merkezi</td><td>--</td><td>-http://www.genomicepidemiology.org/</td><td></td></tr> <tr><td>CLC Genomics Workbench 12</td><td>QIAGEN</td><td>--</td><td></td></tr><tr><td>CRISPRcasFinder</td><td>--</td><td>--</td><td>https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/</td></tr><tr><td>FastQC</td><td>--</td><td>-</td><td>-https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/</td></tr> <tr><td>Geneious Prime</td><td>Geneious</td><td>--</td><td></td></tr><tr><td>gVolante (BUSCO)</td><td>--</td><td>--</td><td>https://gvolante.riken.jp/</td></tr> <tr><td>Kbase Prokka Wrapper</td><td>--</td><td>-https://kbase.us/applist/apps/ProkkaAnnotation/annotate_contigs/release</td><td></td></tr> <tr><td>Minimap2</td><td>--</td><td>-- </td><td>https://github.com/lh3/minimap2</td></tr><tr><td>MinKNOW</td><td>Oxford Nanopore Teknolojileri</td><td>--</td><td></td></tr><tr><td>NanoFilt</td><td>--</td><td>-</td><td>-https://github.com/wdecoster/nanofilt</td></tr><tr><td>NanoStat</td><td>--</td><td>-</td><td>-https://github.com/wdecoster/nanostat</td></tr><tr><td>PHASTER</td><td>--</td><td>--https://phaster.ca/</td><td></td></tr> <tr><td>Prokka</td><td>--</td><td>--</td><td>https://github.com/tseemann/prokka</td></tr><tr><td>QUAST</td><td>--</td><td>-</td><td>-http://quast.sourceforge.net/quast</td></tr><tr><td>Bolca Trim</td><td>--</td><td>-</td><td>https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/</td></tr> <tr><td>Trimmomatic</td><td>--</td><td>--</td><td>http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic</td></tr><tr><td>Unicycler</td><td>--</td><td>--</td><td>https://github.com/rrwick/Unicycler#necessary-read-length</td></tr></tbody></table>

kısa ve uzun süredir okunan dizileme teknolojilerini kullanarak İdrar bakterilerinin tam genomlarının Üretilmesi için hibrit de novo genom montajı

Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Komple genom dizileri, üriner mikropların genetik çeşitliliğinin ve benzersiz kolonizasyon faktörlerinin anlaşılması için değerli veriler sağlar. Bu veriler, antimikrobiyal direncin yayılmasına ve idrar yolu enfeksiyonunun (UTI) tedavisini daha da zorlaştıran plazmidler ve ekstrakromozomal faj gibi mobil genetik unsurları içerebilir. Genom yapısının ince çözünürlüğünü sağlamanın yanı sıra, tam, kapalı genomlar ayrıntılı karşılaştırmalı genomik ve evrimsel analizlere izin verir. Tam genom de novo'nun üretimi, mevcut sıralama teknolojisinin sınırlamaları nedeniyle uzun zamandır zorlu bir görev olmuştur. Eşleştirilmiş uçlu Yeni Nesil Dizileme (NGS), genellikle doğru ancak parçalanmış genom derlemeleriyle sonuçlanan yüksek kaliteli kısa okumalar üretir. Aksine, Nanopore dizilimi normalde hataya eğilimli komple montajlara yol açan daha düşük kalitenin uzun okumalarını sağlar. Bu tür hatalar genom çapındaki ilişkilendirme çalışmalarını engelleyebilir veya yanıltıcı varyant analizi sonuçları sağlayabilir. Bu nedenle, hem kısa hem de uzun okumaları birleştiren hibrit yaklaşımlar, son derece doğru kapalı bakteri genomları elde etmek için güvenilir yöntemler olarak ortaya çıkmıştır. Burada bildirilen, çeşitli üriner bakterilerin kültürü, 16S rRNA gen dizilimi ile tür tanımlama, genomik DNA'nın (gDNA) çıkarılması ve NGS ve Nanopore platformları tarafından kısa ve uzun okumaların üretilmesi için kapsamlı bir yöntemdir. Ek olarak, bu yöntem, açıklamalı tam genom dizilerinin üretimi için kalite kontrol, montaj ve gen tahmin algoritmalarının biyoinformatik bir boru hattını açıklar. Biyoinformatik araçların kombinasyonu, hibrit genom montajı ve aşağı akış analizi için yüksek kaliteli okuma verilerinin seçilmesini sağlar. Bu protokolde açıklanan hibrit de novo genom tertibatı için kolaylaştırılmış yaklaşım, herhangi bir kült bakteride kullanılmak üzere uyarlanabilir.

Bu protokol Şekil 1'de listelenen cinse ait üriner bakterilerin kültürü ve dizilimi için optimize edilmiştir. Tüm üriner bakteriler bu yöntemle kült değildir. Kültür ortamı ve koşulları Şekil 1'de cins tarafından belirtilir. GDNA bütünlüğünün örnek jel elektroforez değerlendirmeleri Şekil 2'detasvir edilmektedir. Okuma işleme, genom montajı ve ek açıklama sıralama için biyoinformatik işlem hattına genel bir bakış Şekil 3'teaçıklanmıştır. İletişim kuralı anlayışını basitleştirmek ve başarılı bir organizasyon için çerçeve sağlamak üzere Şekil 4'te hesaplamalı dizin yapısı kılavuzu sağlanmıştır. Ayrıca, bu protokol tarafından oluşturulan iki Klebsiella spp., K. pneumoniae ve K. oxytoca'nın temsili tam genomları da dahildir. Bu derlemelerin bir gösterimi Şekil 5'te verilmiştir ve ayrıca eksik bir örnek K. pneumoniae genom içerir. Şekil 6'da her tam açıklamalı tam genomun ayrıntılı bir özeti gösterilmiştir. Son olarak, yüksek kaliteli kapalı genom derlemelerinin üretimi için yeterli ham ve kırpılmış verilerin geniş bir anlayışını sunmak için Tablo 1'de okuma istatistiklerinin sırasının bir özeti sağlanmıştır. Ayrıca, iki temsilcinin anahtar parametreleri Klebsiella spp'yi tamamlar. genomlar listelenmiştir. Genomlar ve ham veriler Genbank'ta BioProject PRJNA683049 kapsamında biriktirildi.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62872/62872fig01.jpg"> Şekil 1: Çeşitli idrar cinslerinin değiştirilmiş gelişmiş idrar kültürü. Çeşitli idrar cinsini kültüre etmek için kullanılabilecek agar ve sıvı suyu grafiği. Tüm kültlemenin 1.1 alt bölümünde açıklandığı gibi 35 °C'de yapılması önerilmiştir. Daireler belirli bir cinsi kültleme için uygun medyayı temsil eder, renkler bir ortam türünü diğerinden ayırmak için keyfi olarak seçilmiştir. CDC-AN BAP (kırmızı), CDC Anaerobe Koyun Kanı Agar; % 5 Koyun-BAP (turuncu), Koyun Kanı Agar; BHI (yeşil), Beyin Kalbi infüzyonu; TSB (sarı), Triptik Soya Suyu; CHROMagar Oryantasyon (mavi). birGardnerella vajinalis mikroaerofilik atmosferde ve özel et suyu kültürü gereksinimleri altında HBT Bilayer G. vaginalis Seçici agar kültürlü olmalıdır44. bLactobacillus iners mikroaerofilik atmosferde% 5 Tavşan-BAP plakaları ve NYCIII suyu üzerinde kültürlenmelidir. cLactobacillus spp. mikroaerofilik koşullarda MRS'de kültürlenebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62872/62872fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62872/62872fig02.jpg"> Şekil 2: Genomik DNA ekstraksiyonu agarose jel görüntüleri. GDNA ekstraksiyon sonuçlarını gösteren temsili jel görüntüler. (A) Şerit 1: 1 kb merdiven, Şerit 2: başarılı ekstraksiyonu temsil eden sağlam gDNA, Şerit 3: parçalanmış gDNA'yı gösteren lekeleme. (B) Şerit 1: 1 kb merdiven, Şerit 2 ve 3: rRNA kontaminasyon 1.5 kb ile 3 kb arasında iki bantla gösterilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62872/62872fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62872/62872fig03.jpg"> Şekil 3: Hibrit genom montaj iş akışı. Okuma kalitesi denetimi ve ön işlemeden montaj ek açıklamasına kadar adımların şeması. Okuma kırpması belirsiz ve düşük kaliteli okumaları kaldırır. Q-score ve length parametreleri belirtilir ve tutulan okumaları temsil eder. Montaj, hibrit de novo genom montajı oluşturmak için hem kısa hem de uzun okumalar kullanır. Montaj kalitesi, belirtilen araçlar ve parametreler kullanılarak eksiksizlik ve doğruluk esas alınarak değerlendirilir. Son genom montajı tüm genler ve belirli ilgi alanları için açıklamalı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62872/62872fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62872/62872fig4v2.jpg"> Şekil 4: Biyoinformatik dizin yapısı kılavuzu. Kısa ve uzun okumaların, karma derlemenin ve genom ek açıklama ve QC'nin işlenmesi için önerilen dizin ve dosya kuruluşunun şeması. Anahtar komut satırı veri işleme adımları, karşılık gelen dosya ve dizinlerin yanında vurgulanır. Komutlar ve bayraklar (kalın), giriş dosyaları (mavi), çıktı dosyaları veya dizinler (kırmızı), dosya adlandırma kuralı (macenta) gibi kullanıcı girdileri. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62872/62872fig4v2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62872/62872fig05.jpg"> Şekil 5: Bandaj ile genom montaj grafikleri. (A) Klebsiella oxytoca KoPF10 ve (B) Klebsiella pneumoniae KpPF25'in temsili tam genom montaj grafikleri ve (C) Klebsiella pneumoniae KpPF46'nın tamamlanmamış genom montajı. KoPF10'un tam genomunda tek bir kapalı kromozom ve KpPF25'in tam genomunun kapalı bir kromozom ve beş kapalı plazmidden oluştuğu gösterilmiştir. KpPF46'nın tamamlanmamış kromozomu birbirine bağlı iki contigsten oluşur. Unicycler hybrid de novo montajı Bandaj tarafından görselleştirilen bir montaj grafiği oluşturur. Montaj grafiği, tek bir kontrtun iki ucunun birbirine bağlanan bir bağlayıcı tarafından kapalı kromozom veya plazmidleri gösteren genomun basit bir şemasını sağlar. Birden fazla birbirine bağlı contig varlığı tamamlanmamış derlemeyi gösterir. Contig boyutu ve derinliği Bandajda da not edilebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62872/62872fig05large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62872/62872fig06.jpg"> Şekil 6: Açıklamalı hibrit montajların tam genom haritaları. Geneious Prime tarafından (A) K. oxytoca KoPF10 ve (B) K. pneumoniae KpPF25'in plazmid omurgalar boyunca renkli oklarla gösterilen açıklamalı genleri gösteren tam genomu için oluşturulan montaj haritaları. Kromozomlar basitlik için sadece rRNA ve tRNA genlerini gösterir. Genom ek açıklamaları, bu protokolün 10. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62872/62872fig06large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Table 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62872/62872table1.jpg"> Tablo 1: Temsilci Klebsiella spp. komple montaj özellikleri. K. oxytoca strain KoPF10 ve K. pneumoniae strain KpPF25.'nin montaj parametreleri NCBI'de biriken veriler için katılım numaraları sağlanır. Her iki sıralama teknolojisi için de kırpmadan önce ve sonra okuma sayısı belirtilir. N50, yalnızca kısa okumalar kontrollü bir uzunlukta olduğundan uzun okumalar için sağlanır. Plasmid replicon, PlasmidFinder v2.1 Enteroebacteriaceae veritabanı kullanılarak tahmin edildi ve parametreler% 80 kimlik ve% 60 uzunluğa ayarlandı. MLST, Multilocus Sıra Türü. b CDS, Kodlama Dizileri. c Plasmid replicon PlasmidFinder v2.1 Enterobacteriaceae veritabanı kullanılarak tahmin edildi parametreler% 80 kimlik ve% 60 uzunluğa ayarlandı. d Oxford Nanopore Technologies (ONT) okuma verilerini biriktirdi. e Illumina okuma verilerini yatırdı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62872/Table%201_Sharon_JoVE_Revised.xlsx" target="_blank">Bu Tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>

Bu protokol, üriner bakterilerin kültleme, dizileme ve de novo hibrid genom montajı için kapsamlı bir yaklaşımı detaylandırmak. İdrar kolonizasyonuna, patogeneze ve antimikrobiyal direncin yayılmasına katkıda bulunan kromozomal ve ekstrakrozomal genetik elementlerin incelenmesinde yararlı olan tam, dairesel genom dizilerinin üretimi için tekrarlanabilir bir prosedür sağlar.

Kısa ve Uzun Süredir Okunan Dizileme Teknolojilerini Kullanarak İdrar Bakterilerinin Tam Genomlarının Üretilmesi için Hibrit De Novo Genom Montajı

Complete genome sequences provide valuable data for the understanding of genetic diversity and unique colonization factors of urinary microbes. These data ...

Bu kapsamlı protokol, çeşitli üriner bakterilerin yakın genomlarının nasıl üretilmelerini sağlar ve kodlama deneyimi olmayan okuyucuların terminal tabanlı genom montaj ve analiz boru hatlarını başarıyla uygulamasına olanak tanır. Komple genom derlemeleri, kommensal ve üropatik bakteriler arasında kolonizasyona ve virülansa katkıda bulunan genlerin keşfedilmesini sağlar. Yakın genomlar, genom mimarisi ve mobil genetik elementler hakkında fikir sağlar.Hibrit genom montaj yöntemi, genom içeriği ve mimarisi hakkında benzer içgörüler sağlamak için diğer anatomik bölgelerden veya çevresel nişlerden izole edilmiş herhangi bir kült bakteriye uygulanabilir. Çift iplikli bir DNA havuzu hazırlamak için protokol ve üretici kılavuzunu izleyin ve DNA havuzuna 2,5 kat daha fazla paramanyetik boncuk ekleyerek ve ardından içeriği karıştırmak için tüpü hafifçe sallayarak temizlemeye devam edin. Numuneyi kısaca 2.000 kez G'de döndürün ve numuneyi oda sıcaklığında beş dakika boyunca bir rotatora yerleştirin, ardından boncukları mıknatısa saçma.Daha sonra, peletı bozmadan nükleaz içermeyen suda 250 mikrolitre taze hazırlanmış% 70 etanol ile iki kez yıkayın. Yıkama sırasında tüpü mıknatısın üzerinde bırakın. Her yıkamadan sonra etanol epirat, sonra mıknatısa geri vermeden önce numuneyi 2.000 kez G'de kısa bir süre döndürün.Pipet artık etanol kapalı ve pelet 30 saniye kurumaya bırakın. Kuruduktan sonra, peletı 60 ila 70 mikrolitre çekirdeksiz suda yeniden depolayın ve numuneyi oda sıcaklığında iki dakika kuluçkaya bırakın, ardından numuneyi elute temizleninceye kadar mıknatıs üzerinde peletleyin. Elute'yi temiz bir 1,5 mililitre mikrosantrifüj tüpüne aktarın.Konsantre çift iplikli DNA havuzunu bir florometre kullanarak ölçün, ardından adaptör ligasyon adımına devam etmek ve ilk çalıştırma bittikten sonra havuzun geri kalanını ikinci bir çalışma için dört santigrat derecede tutmak için 65 mikroliter son hacimde numunenin 700 nanogramlık bir aliquotunu hazırlayın. Üretici talimatlarına göre adaptör ligasyonuna devam edin. Sıralamaya devam etmek için astar tamponlarını karıştırın ve akış hücresini astarlayın.DNA kitaplığı çözümünü hazırlayın ve numuneyi damla yönünde yükleme bağlantı noktasına yükleyin. Sıralama çalıştırmasını başlatın. Sıralama için işletim yazılımını açın ve başlat düğmesine tıklayın, ardından deneme için bir ad girin.Kullanılan uygun kitaplık hazırlık kitini ve barkod genişletme paketini seçmek için kit seçimine devam edin ve ardından Çalıştırmaya devam et seçeneklerine tıklayın. İkinci bir çalışma için yeterli bir kitaplık hazırlamayı planlıyorsanız, çalışma uzunluğunu varsayılan 72 saatten 48 saate ayarlayın ve basecalling'e devam edin. Config fast basecalling'de basecalling seçeneğini işaretleyin.Çıkış FASTQ'sunda barkod dizilerinden kırpılacak ve barkoda dayalı ayrı dizinler halinde çoklamadan devre dışı bırakılacak şekilde barkodlamayı etkin olarak ayarlayın. Çıktı almaya devam et'e tıklayın. Ardından, çıktı sıralama verilerinin kaydedileceği yeri seçin.Yalnızca FASTQ çıktısını kaydediyorsa yaklaşık 30 ila 50 gigabayt veri ve FAST5 çıkışını kaydediyorsanız 500 gigabayttan fazla veri bekleyin. Sıralamadan sonra el ile filtrelemeye devam etmeyi planlıyorsanız, okuma uzunluğundaki Qscore seven filtreleme seçeneğinin işaretini filtresiz olarak kaldırın. Aksi takdirde, seçeneği işaretli bırakın.Tüm ayarları gözden geçirmek için Kurulum sekmesini çalıştırmaya devam edin. Ayarlar doğruysa, başlat düğmesine tıklayın. Aksi takdirde, gerekli ayarlamaları yapmak için geri tıklayın.Uzun okuma dizininde, çalıştırmada kullanılan her barkod için yeni dizinler oluşturun. Her barkoda karşılık gelen tüm fastq dosyalarını uygun klasöre kopyalayın. Her çalıştırmadan her barkod için tüm fastq dosyalarını birleştirin.Dosyalar birleştirildikten sonra, terminali açın ve cd komutunu kullanarak uzun okuma dizini içindeki barkod dizinlerine gidin. Barkod başına tüm fastq dosyalarını tek bir fastq dosyasında bire bir yapmak için komutu çalıştırın ve her barkod için yordamı yineleyin. Komutu yürüterek örneğin okuma kalitesini değerlendirmek için NanoStat'ı kullanın ve sonra çıktıyı ileride başvurmak üzere bir metne veya Word dosyasına kopyalayarak sonuçları kaydedin.Sonuçlar kaydedildikten sonra, Komutu çalıştırarak Q yediden küçük ve uzunluğu 200'den az olan okumaları atarak MinION okumalarını filtrelemek için NanoFilt'i kullanın. Oluşturulan kırpılmış dosyada, NanoStat komutunu çalıştırın. Çıktıyı bir metne veya Word dosyasına kopyalayarak sonuçları kaydedin ve filtrelemenin başarılı olduğundan emin olmak için önceki sonuçlarla karşılaştırın.Sıralama çalıştırmasında kullanılan her barkod için adımları yineleyin. Karma genom derlemesi oluşturmak için, kısa okuma dosyalarını ve uzun okuma dosyalarını trimmed_reads adlı tek bir dizinde düzenleyin. Yani dizin daha önce oluşturulmuş bir fastq içeriyor.kesilmiş uzun okumalar ve iki fastq için gz dosyası. gz dosyaları olarak R1 ve R2 kesilmiş kısa okumalar için. Terminaldeki cd komutunu kullanarak okuma dosyalarını depolayan dizin trimmed_reads gidin.Doğru dizine girdikten sonra, fastq'ta saklamak için iki kısa okuma dosyasını fermuarlayın. komutu yürüterek gz biçimini. Hem R1 hem de R2 için adımı yineleyin. Tüm okuma dosyalarının fastq'ta olduğundan emin olun.gz biçimini kullanın ve tüm dosyaların aynı yalıtıcıyla eşleştiğini doğrulayın. Komutu çalıştırarak Unicycler kullanarak karma derlemeye başlayın. Çalıştırma tamamlandığında, tek tekerlekli bisikleti gözden geçirin.hata olmadığından emin olmak için günlük dosyasına bakın. Oluşturulan bağlamın sayısını, boyutunu ve tam veya eksik durumunu kaydedin. Unicycler günlüğünde tamamlanmamış bağlamlar tanımlanmışsa, bayrağı komuta ekleyerek Unicycler'ı kalın modda yeniden çalıştırın.Bandaj'ı açın ve dosyaya tıklayın, ardından yükleme grafiğini seçin ve montajı seçin. daha önce Unicycler tarafından oluşturulan unicycler_output_directory kaydedilen gfa dosyası. Dosya yüklendikten sonra, sol araç çubuğundaki grafik çiz düğmesine tıklayın ve contigs'in nasıl bağlanıp düzenlendiğini inceleyerek montajın tamamlanıp tamamlan olmadığını değerlendirin.Terminal içinde CD komutunu kullanarak Unicycler çıktısını depolayan klasöre gidin. Ardından komutu yürüterek quast protokolünü çalıştırın. Quast_output_directory çıktı dizininde quast tarafından oluşturulan raporları gözden geçirin.Terminal içinde cd komutunu kullanarak Unicycler çıktısını depolayan klasöre gidin, sonra komutu yürüterek prokka'yı çalıştırın. Tsv tablosunu açarak ve oluşturulan gff dosyasını sıra analiz yazılımına yükleyerek ek açıklamaları gözden geçirin. Yazılımdaki ek açıklamaları görselleştirin ve analiz edin.Temsili jel görüntülerinde genomik DNA veya gDNA ekstraksiyon sonuçları tasvir edilir. Başarılı ekstraksiyon ve bozulmamış gDNA'nın ayrılması gözlenebilir. Parçalanmış gDNA ve RNA kontaminasyon gösteren başarısız ekstraksiyon da tasvir edilir.Bakterilerin genom montaj grafikleri Unicycler hybrid de novo montajı tarafından üretildi ve Bandaj tarafından görselleştirildi. Klebsiella oxytoca KoPF10'un tam genomunda tek bir kapalı kromozom ortaya çıktı ve Klebsiella pneumoniae KpPF25'in tam genomları kapalı bir kromozom ve beş kapalı plazmidden oluşuyordu. Klebsiella pneumoniae KpPF46'nın tamamlanmamış kromozomu birbirine bağlı iki contigsten oluşuyordu.Geneious Prime tarafından Klebsiella oxytoca KoPF10 ve Klebsiella pneumoniae KpPF25'in tam genomu için oluşturulan montaj haritaları, plazmid omurgalar boyunca renkli oklarla gösterilen açıklamalı genleri gösterir. Akış hücresi yüklemesinin başarılı olduğundan emin olmak için, önerilen ayarları kullanarak uzun okumaları filtreleyin ve tüm dosyaların fastq'ta olduğundan emin olun. gz biçimi.Aynı örneğe ait dosyaları kullanarak doğru Unicycler komutunu çalıştırın.

hybrid-de-novo-genome-assembly-for-generation-complete-genomes

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Biz kimyasal mutagenez ve tüm genom dizileme dayalı Chlamydia genetik analiz gerçekleştirmek için bir metodoloji tarif. Buna ek olarak, enfekte olmuş hücrelerde DNA'nın değişimi için bir sistem genetik haritalama için kullanılabilir olduğu tarif edilmektedir. Bu yöntem dönüşüm sistemleri ve moleküler genetik araçları eksik mikrobiyal sistemlerine geniş uygulanabilir.

Ileri Genetik Yaklaşımlar<em&gt; Chlamydia trachomatis</em

Mikrobiyal topluluğu karakterize etmek, çevresel mikrobiyolojide uzun süredir devam eden bir hedef olmuştur. Yeni nesil dizileme yöntemleri artık mikrobiyal toplulukların minimum maliyet ve iş gücü ile benzeri görülmemiş bir derinlikte karakterizasyonuna izin veriyor. Burada, bir tezgah üstü dizileyici kullanarak bakteriyel 16S ribozomal RNA genlerini dizileme yaklaşımımızı detaylandırıyoruz.

16S Ribozomal RNA Gen amplikonlarının nesil Sıralama

Biz 16S rRNA gen sıralama amplikon kullanarak bakteri topluluklarının karakterizasyonu için sürüntü nükleik asidin çıkarmak için etkili, sağlam ve uygun maliyetli bir yöntem açıklanmaktadır. yöntem birden fazla örnek türleri için ortak bir işleme yaklaşımı sağlar ve alt analitik süreçlerin bir dizi barındırmaktadır.

Bakteriyel Topluluk Karakterizasyonu Verimli Nükleik Asit Ekstraksiyonu ve 16S rRNA gen Sıralama

Mikroskobik organizmaların genomik sıralama sırasında kontaminasyon büyük bir sorun olmaya devam etmektedir. İşte, bir tardigrade tek bir örnekten genom genomik DNA tüm genom amplifikasyon olmadan bulaşma riskini en aza indirmek için olduğu kadar az 50 pg ile sıralamak için bir yöntemi göstermektedir.

Ultralow giriş genom Kütüphane hazırlık bir tek Tardigrade örnekten sıralama

Bu iletişim kuralının amacı bilinen yalnızca kısmen bir ortak arındırıcı serisinden kolayca ayrılamayan roman dizileri bulamadı bir arada hesaplamalı ve tezgah araştırma kullanmaktır.

Eksiltici genomik tarafından roman sıra bulma

Uzun okunur dizileri büyük ölçüde karmaşık genleri ve yapısal değişim karakterizasyonu montajı kolaylaştırmak. Biz sıralama nanopore tabanlı platformlar tarafından olağanüstü uzun dizileri oluşturmak için bir yöntem açıklanmaktadır. Yaklaşım kilobaz okuma orta kapsama ile yüzlerce insan hücreleri oluşturmak için değiştirilen kitaplığı hazırlıklar ardından en iyi duruma getirilmiş bir DNA ekstraksiyon benimser.

Bütün genomik DNA analizi için olağanüstü uzun okunur sıralama

Daha önce bir nanopore sıralama platformu üzerinde amplicon tabanlı tüm genom Usutu virüsü (USUV) sıralama için bir protokol doğruladı. Burada, daha ayrıntılı olarak kullanılan yöntemleri açıklar ve nanopore R10 akış hücresinin hata oranını belirleriz.

Tüm Genom Nanopore Sıralama doğrulama, Örnek olarak Usutu Virüs kullanarak

Gram-negatif bakterilerde doymak üzere transpozon mutant kütüphaneleri oluşturmak ve daha sonra yüksek işlemli sıralama için DNA amplicon kütüphanelerinin hazırlanmasını tanımlayan bir yöntem. Örnek olarak, biz ESKAPE patojen, Acinetobacter baumanniiodaklanmak , ama bu protokol Gram-negatif organizmaların geniş bir yelpazede için münasip olduğunu.

Yüksek İşlem Likör Sıralaması Için Gram-Negatif Bakterilerde Transposon Ekleme Kitaplıkları Oluşturma

Bu protokol, Mycobacterium tuberculosis'teki 18 ilaca dirençli bölgenin uzun okumalı bir dizileme platformu kullanılarak hedeflenen derin dizilimi için optimize edildi ve ardından uzun okunan veriler için tasarlanmış tüberküloza özgü bir biyoinformatik boru hattı ile analiz edildi.

Uzun Okuma Dizileme Teknolojilerini Kullanarak Amplikon Dizileme

Burada, hedef zenginleştirme kullanarak klinik örneklerden bakteriyel cinsel yolla bulaşan enfeksiyonların tüm genom dizilimini sağlamak için bir protokol sunuyoruz. Bu yeni, sendromik panel tabanlı yöntem, bol miktarda insan DNA'sı ve düşük bakteri yüklerinin zorluklarının üstesinden gelerek Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum ve Mycoplasma genitalium için genomik sürveyansı kolaylaştırır.

Hedef Zenginleştirme İş Akışı Kullanarak Klinik Örneklerden Tüm Bakteri Genomları Oluşturma

Mevcut çalışma, kromozom dizisi zaten biliniyor veya ilgi çekici olmayan plazmidlerin nanopore dizileme iş akışını açıklıyor. Başlangıçta bir plazmid DNA zenginleştirme adımı, optimal plazmid dizisi derinliğini sağlar ve akış hücresi başına dizilenebilen örnek sayısını maksimize eder.

Nanopore dizileme tabanlı iş akışları kullanarak uzun okuma plazmid dizileme ve montajı

Öğrenin, idrar bakterilerinin tam genomlarını hibrit de novo montajla üretmeyi. Bu yöntem, kolonizasyon ve virülans genlerini incelemek için tam dairesel genom dizileri sağlar.

Kısa ve Uzun Süredir Okunan Dizileme Teknolojilerini Kullanarak İdrar Bakterilerinin Tam Genomlarının Üretilmesi için Hibrit De Novo Genom Montajı (Video) | JoVE Journal

Kısa ve Uzun Süredir Okunan Dizileme Teknolojilerini Kullanarak İdrar Bakterilerinin Tam Genomlarının Üretilmesi için Hibrit De Novo Genom Montajı

Daha fazla video keşfet