Name: Glifosat Bazlı Ürünlerin Mikrobiyomlar Üzerindeki Potansiyel Etkisinin Ölçülmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-01-10T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 42 s
Description: Keşfedin, glifosat bazlı ürünlerin bitki, hayvan ve toprak mikrobiyomları üzerindeki etkisini ölçmek için biyoinformatik analizler ve alan deneyleri kullanarak. Bu yöntem, mikrobiyal disbiyoz riskini değerlendirmek için sağlam bir çerçeve sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma Finlandiya Akademisi tarafından finanse edilmiştir (Marjo Helander'a 311077 no. hibe).

Çıkar çatışmaları: yok.

Bu protokol, EPSPS proteininin analizine dayanarak GBP'nin mikrobiyomlar üzerindeki etkisinin nasıl ölçüleceği konusunda genel rehberlik sağlar. Protokolün üç ana kritik adımı vardır: (i) EPSPS proteininin mikrobiyom verilerinden miktarının belirlenmesi. Bu adım kritiktir çünkü EPSPS herbisitin doğrudan hedef enzimidir. Bu nedenle, EPSPS geninin bir kopyasına sahip olan türler GBP kullanımından etkilenebilir. Bununla birlikte, EPSPS geninin bir kopyasından yoksun olan türler bile, alternatif hedef dışı mekanizmalar yoluyla herbisitten etkilenebilir43,44. (ii) EPSPS geninin analizi çalışmanın tasarımına dahil edilmemişse, 16S rRNA (bakteri) veya ITS'yi (mantarlar) analiz ederek iyi bir tahmin elde etmek mümkündür. Bu durumda, kapsamlı bir referans tablosuna güvenmek önemlidir (örneğin, ATGC veritabanı, yakından ilişkili birkaç türden EPSPS proteininin dizilerini sağlar). (iii) EPSPS proteini, EPSPS'nin aktif bölgesinin belirli amino asit kalıntılarına bağlı olarak glifosata potansiyel olarak duyarlı veya dirençli olarak ayrılır. Bununla birlikte, tek bir amino asidi etkileyen mutasyonlar bu sınıflandırmayı değiştirebilir45 ve sınıflar arasındaki geçişler nispeten kısa bir süre içinde gerçekleşebilir14.
Organizmaların glifosata karşı potansiyel duyarlılığı referans genomlar, amino asit belirteçleri ve dizi hizalamaları ile belirlenebilir. (i) Referans genomlar: EPSPS enzimi, amino asit belirteçlerinin ve motiflerinin varlığına (sınıf III durumunda) dayanarak glifosata potansiyel olarak duyarlı (sınıf I [alfa veya beta]46,47) veya dirençli (sınıf II48,49, III50 ve IV51) olarak sınıflandırılabilir. Bu amino asit belirteçleri ve motifleri, Vibrio kolerae (vcEPSPS, sınıf I), Coxiella burnetii (cbEPSPS, sınıf II), Brevundimonas vesicularis (bvEPSPS, sınıf III) ve Streptomyces davawensis'in (sdEPSPS, sınıf IV) EPSPS proteinindeki amino asit kalıntılarının konumuna dayanmaktadır. (ii) Amino asit belirteçleri: Glifosat, EPSPS enzimi ile etkileşime girer ve fosfoenolpiruvat (PEP, EPSPS enziminin ikinci substratı) ile rekabet eder52,53. Bazı türlerde, EPSPS dizisindeki küçük amino asit değişiklikleri, PEP için daha yüksek bir afinite ve glifosat12,14,52,54,55'e karşı bir direnç sağlar. Diğer sekanslarda, glifosat EPSPS dizisini inhibitör olmayan bir konformasyona bağlar 45. Glifosata dirençli 12,14,48,49,52,54,55 ve toleranslı 56,57 EPSP dizileri tanımlanmış olmasına rağmen, EPSPS için mevcut sınıflandırma sistemi dört ana sınıfa ayrılmıştır (I-IV )12 (Tablo 5 ). (iii) Dizi hizalamaları: Bir EPSPS enzimini sınıflandırmak için, referans dizilerinin her birine (vcEPSPS, cbEPSPS, bvEPSPS ve sdEPSPS) karşı sorgu dizisinin çoklu dizi hizalama programı-varsayılan parametreleri35-- ile ikili hizalamalar gerçekleştirdik. Bu hizalamalar, sorgu dizisindeki amino asit belirteçlerinin konumlarını tanımlamak için gereklidir. Sonuç olarak, bir enzim, amino asit belirteçlerinin ve sınıf III bazlı motif belirteçlerinin varlığına bağlı olarak tanımlanan12 sınıf I, II ve / veya IV olarak sınıflandırılır.
Protokol, bilinen dört EPSPS tipine dayanmaktadır: bir tip hassas, diğer üçü dirençlidir). Bununla birlikte, prokaryotlardaki EPSPS dizilerinin yaklaşık% 10'u henüz sınıflandırılmamıştır (arkelerde% 16 ve bakterilerde% 8)12. Bu nedenle, daha fazla araştırma glifosat duyarlılığını belirlemek için bu dizileri analiz etmelidir. EPSPSClass sunucusu yeni genetik belirteçleri test etmek için bir seçenek sunar. EPSPS'nin bilinen sınıflarının tanımlanması, bölüm 4.4'te gösterildiği gibi basittir. ve Şekil 5. Ayrıca, kullanıcıların kendi sorgularını ve referans proteinlerini karşılaştırmak istedikleri durumlarda, sunucu bir referans dizisini ve bir dizi amino asit belirtecini manuel olarak dahil etme seçeneği sunar (Şekil 11). Bu seçenek, EPSPS'nin yeni sınıflarını tanımlamanın yanı sıra diğer herbisitleri ve hedef dizileri test etmek için de kullanılabilir.
EPSPS sınıfının analizi, dizi analizi ve amino asit belirteçlerinin varlığı / yokluğu ile belirlenir. Bu, sahada hipotez testi için kullanılabilecek bir ön tahmindir. Amino asit belirteçleri literatürde ampirik ve gözlemsel çalışmalara dayanarak belirlenmiştir 46,47,48,49,50,51. Bununla birlikte, EPSPS sınıfını belirlemek için referans protein dizileri sadece sınırlı sayıda türde test edilmiştir ve bazen glifosata direnci açıklayamayabilir. Telafi edici mutasyonların ve EPSPS ile ilişkili alanların (çoğunlukla mantarlarda) etkisi de glifosat58'e duyarlılığı etkileyebilir. Bu makalenin analizi dört EPSPS sınıfına dayanmaktadır. İnsan bağırsak mikrobiyomundaki bakterilerin bir araştırması, bunların yaklaşık% 30'unun sınıflandırılmamış olduğunu (yani, bu türlerden EPSPS proteinlerinin bilinen sınıfların hiçbirine ait olmadığını) ve diğer EPSPS sınıflarını tanımlamak için ek çalışmalara ihtiyaç duyulduğunu göstermiştir. Ayrıca, bakteri ve bitkilerdeki EPSPS protein dizisinin tek alanlı olduğu, mantar EPSPS proteinlerinin ise birkaç alan içerdiği fark edilmelidir59. Bu nedenle, mantarlarda katlanan bir protein, EPSPS enziminin glifosata farklı bir tepkisine yol açabilir. Ayrıca, hedef olmayan ek direnç mekanizmaları (örneğin, efflux pompaları ve EPSPS gen13'ün aşırı ekspresyonu) veya glifosata duyarlılık (örneğin, glifosatın mitokondriyal taşıma zinciriüzerindeki etkisi 12) dikkate alınmaz.
GBP'ler 1974'ten beri herbisit olarak kullanılmasına ve 1991'den beri yaygın olarak kullanılmasına rağmen, bu, organizmaların glifosata karşı potansiyel duyarlılığını belirleyen ilk biyoinformatik yöntemdir. Yöntem, hedef dizilimdeki bilinen amino asit kalıntılarının tanımlanmasına dayanmaktadır. Bu nedenle, yöntemimiz glifosatın türler üzerindeki potansiyel etkisinin temel bir tahminini sağlar. Yakın gelecekte, yeni biyoinformatik yöntemler, sınıflandırılmamış dizilerin glifosatına potansiyel duyarlılığını belirlemek için EPSPS proteininin ek sınıflarını içermelidir 12,54,55. Ek olarak, EPSPS enziminin tam davranışının tek amino asit değişikliklerine göre değişebileceği göz önüne alındığında, 12,14,52,54,55, ayrıca siliko deneylerinde EPSPS proteininin katlanmasındaki küçük değişikliklerin yanı sıra EPSPS ile ilişkili alanların mantarlardaki protein yapısı üzerindeki etkisi de dikkate alınmalıdır 58 . Ayrıca, glifosata toleransın EPSPS proteini 56,57'nin aşırı ekspresyonu ile üretilebileceği gösterilmiştir; Bu nedenle, kodon kullanımı60'ın iyileştirilmesine dayanan biyoinformatik analizler, gen ekspresyonunu en üst düzeye çıkaran veya en aza indiren yeni EPSPS dizilerini tanımlamak için kullanılabilir.
Çiftçiler, politikacılar ve karar vericiler, pestisitlerin yoğun kullanımıyla ilişkili risklerin acilen tam olarak anlaşılmasına ihtiyaç duymaktadır. Bu nedenle, hem organizmaların pestisitlere karşı potansiyel duyarlılığını ortaya koyan biyoinformatik araçlar hem de farklı ortamlarda yürütülen iyi çoğaltılmış, randomize ve saha gerçekçi deneysel çalışmalar gereklidir. Organizmaların glifosata duyarlılığını incelemek için tasarlanan sunulan biyoinformatik yöntem, diğer pestisitler için modüle edilebilir. Benzer şekilde, deneysel ekoloji yöntemleri, ilgili ekolojik soruları incelemek için uygulanabilir. Birlikte, yöntemler saha gözlemleri, genomik veriler ve pestisit kullanımı arasındaki kayıpları göstermek için kullanılabilir. Sunulan tüm yöntemler risk değerlendirmesinde paha biçilmezdir. Biyoinformatik yöntemler, örneğin, zirai kimyasallara mikrobiyal adaptasyonların izlenmesinde ve patojenlerin zirai kimyasallara karşı direncinin artması, entegre haşere yönetiminde (IPM) biyolojik kontrol ajanları olarak kullanılan mikroplar üzerindeki olumsuz etkiler ve bakterilerde antibiyotik direnci gibi potansiyel diğer ilişkili riskleri test etmek için nicel bir yöntem sağlamak için kullanılabilir.

Modern tarımda pestisitlerin yoğun kullanımı, biyolojik çeşitliliğin azalmasına açıkça büyük katkıdabulunmaktadır 1. Bu makale glifosata odaklanmaktadır, çünkü glifosat bazlı ürünler (GBP'ler), verimlilikleri ve uygun fiyatları nedeniyle küresel olarak en yaygın kullanılan pestisitler haline gelmiştir 2,3. Tarım alanlarındaki yabani otları öldürmenin yanı sıra, GBP'ler silvikültürde, kentsel ortamlarda ve ev bahçelerinde yaygın olarak kullanılmaktadır; Ek olarak, üreticinin talimatlarına uygun olarak kullanıldığında, hedef olmayan organizmalar için toksik olmayan olarak ilan edilmiştir. Bununla birlikte, giderek artan sayıda yeni çalışma, glifosat kalıntılarının ve bozunma ürünlerinin topraklarda tutulabileceğini ve taşınabileceğini, böylece hedef olmayan organizmalar üzerinde basamaklı etkilere sahip olabileceğini ortaya koymuştur 4,5,6,7,8 . Glifosatın etkileri sadece bitkilerle sınırlı değildir - shikimate yolu birçok mantar ve prokaryotta da mevcuttur. Glifosat, aroA9 olarak da bilinen shikimate yolundaki 5-enolpiruvylshikimate-3-fosfat sentaz (EPSPS) enzimini hedefler. Bu enzim, üç temel aromatik amino asidin (fenilalanin, tirozin ve triptofan) sentezinde shikimat yolunun merkezindedir ve çoğu prokaryotta, bitkide ve mantarda bulunur10,11. Bazı mikrobiyal türler, EPSPS dizilerindeki mutasyonlar da dahil olmak üzere çeşitli mekanizmalar vasıtasıyla glifosata karşı kısmi veya mutlak direnç geliştirmiştir. Bu nedenle, GBP'lerin kullanımının, insan bağırsak mikrobiyomu12,13,14 de dahil olmak üzere bitki ve hayvan mikrobiyomları üzerinde doğrudan bir etkisi olabileceği öne sürülmüştür. Bununla birlikte, GBP kullanımı, mikroplara ve mikropların kolaylaştırdığı süreçlere dayanan hemen hemen her ekosistem işlevi ve hizmeti üzerinde olumsuz bir etkiye sahip olabilir. Bunun sonucunda ortaya çıkan tehditler biyokimyasal toprak süreçleri, tozlaşma biyolojisi ve hayvan ve insan refahı ile ilgili olabilir. Bu, glifosatın shikimat yollarını nasıl etkilediğinin ve mikropların glifosata duyarlılığını değerlendirmek için yöntemlerin daha kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını gerektirir.
Bu protokolde, glifosat ve GBP'nin mikrobiyom üzerindeki etkisini, saha deneylerinden biyoinformatik analizlere kadar test etmek için bir boru hattı sunuyoruz. Organizmaların glifosata karşı potansiyel duyarlılığını belirlemek için kullanılabilecek yakın zamanda yayınlanmış bir biyoinformatik yöntemini ayrıntılı olarak açıklıyoruz12. Araştırmacıların bilgisine göre, bu, EPSPS enziminin GBP'lerin aktif bileşenine içsel duyarlılığını değerlendiren ilk ve şimdiye kadarki tek biyoinformatik araçtır. Bu biyoinformatik yöntem, glifosat hedef enziminde (EPSPS) bilinen amino asit belirteçlerinin tespitine dayanmaktadır12. Boru hattı beş ana çalışma aşamasına ayrılmıştır (Şekil 1): 1) GBP'lerin etkisini test etmek için iki saha deneyine kısa bir giriş, 2) mikrobiyom analizlerinin kısa bir özeti (16S rRNA, ITS ve EPSPS geni), 3) halka açık depolardan EPSPS dizileri toplamak, 4) organizmaların glifosata potansiyel duyarlılığını belirlemek ve 5) EPSPS sınıfını evrensel mikrobiyal belirteçlerden (16S rRNA ve ITS) değerlendirmek.

<table><tbody><tr><td>2100 Biyoanalizör Cihazı</td><td>Agilent</td><td>G2939B</td><td>PCR ürünlerinin konsantrasyonunu ve kalitesini kontrol etmek için</td></tr><tr><td>dNTP karışımı (her biri 10 mM)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>R0192</td><td>PCR reaksiyonları için</td></tr><tr><td>GoTaq G2 DNA Polimeraz kiti</td><td>Promega</td><td>M7848</td><td>PCR tamponu ve PCR amplifikasyonu için DNA Polimeraz</td></tr><tr><td>Invisorb Spin Plant Mini Kiti</td><td>INVITEK Moleküler</td><td>1037100300</td><td>Bitki dokularından genomik DNA ekstraksiyonu</td></tr><tr><td>İyon Çip Minifüj</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4479672</td><td>Mikrobiyal PCR ürünlerinin hedefli dizilimi için</td></tr><tr><td>İyon PGM Sistemi</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4462921</td><td>Mikrobiyal PCR ürünlerinin hedefli dizilimi için</td></tr><tr><td>İyon PGM Torrent Sunucusu</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4483643</td><td>Mikrobiyal PCR ürünlerinin hedefli dizilimi için</td></tr><tr><td>Pippinprep</td><td>SageScience</td><td>PIP0001</td><td>PCR amplikonların boyut fraksiyonlaması için</td></tr><tr><td>Basınç tankı</td><td>Berthoud</td><td>102140</td><td>Tarlada spreyin glifosat bazlı ürünler için</td></tr><tr><td>Primerler</td><td>Sigma Aldrich</td><td>Özel yapım</td><td>PCR amplifikasyonu için</td></tr><tr><td>Döner yeke</td><td>Grillo</td><td>984511</td><td>Deneysel parsellerde toprağı sürmek için</td></tr><tr><td>S1000 ThermalCycler</td><td>PCR amplifikasyonu için</td> <td>BIO-RAD</td><td>1852196</td></tr></tbody></table>

glifosat bazlı Ürünlerin mikrobiyomlar Üzerindeki potansiyel etkisinin Ölçülmesi

Quantification of the Potential Impact of Glyphosate-Based Products on Microbiomes

Glifosat bazlı ürünler (GBP), dünya çapında en yaygın geniş spektrumlu herbisitlerdir. Glifosatın hedefi, bitkilerde neredeyse evrensel olan shikimate yolundaki 5-enolpiruvylshikimate-3-fosfat sentaz (EPSPS) enzimidir. Enzimin inhibisyonu üç esansiyel amino asidin üretimini durdurur: fenilalanin, tirozin ve triptofan. EPSPS ayrıca arkeler ve bakteriler gibi mantar ve prokaryotlarda da bulunur; Bu nedenle, GBP kullanımı toprakların, bitkilerin, otoburların ve ikincil tüketicilerin mikrobiyom bileşimi üzerinde bir etkiye sahip olabilir. Bu makale, GBP'nin saha deneylerinden biyoinformatik analizlere kadar mikrobiyomlar üzerindeki etkisini değerlendirmek için genel kılavuzlar sunmayı ve birkaç test edilebilir hipotez sunmayı amaçlamaktadır. GBP'yi hedef olmayan organizmalar üzerinde test etmek için iki saha deneyi sunulmuştur. İlk olarak, 10 çoğaltılmış kontrolden bitki ile ilişkili mikroplar ve no-till kırpmayı simüle eden GBP arıtma arazileri örneklenir ve analiz edilir. İkinci deneyde, glifosat kalıntıları içeren kanatlı hayvan gübresi veya işlenmemiş kontrol gübresi ile döllenmiş deneysel arazilerden örnekler elde edilmiştir. EPSPS protein dizilerinin biyoinformatik analizi, mikropların glifosata karşı potansiyel duyarlılığını belirlemek için kullanılır. GBP'nin mikrobiyomlar üzerindeki etkisini tahmin etmenin ilk adımı, hedef enzime (EPSPS) potansiyel duyarlılıklarını belirlemektir. Mikrobiyal sekanslar ya halka açık depolardan ya da PCR amplifikasyonu yoluyla elde edilebilir. Bununla birlikte, saha çalışmalarının çoğunda, mikrobiyom bileşimi, 16S rRNA ve dahili transkribe edilmiş aralayıcı (ITS) gibi evrensel DNA belirteçlerine dayanarak belirlenmiştir. Bu durumlarda, glifosata duyarlılık ancak yakından ilişkili türler kullanılarak EPSPS dizilerinin olasılıksal bir analizi ile tahmin edilebilir. EPSPS enzimine dayanan organizmaların glifosata karşı potansiyel duyarlılığının ölçülmesi, hedef ve hedef olmayan dirençli mekanizmaları incelemek için daha ileri deneyler için sağlam bir yaklaşım sağlar.

Bu protokolün amacı, organizmaların herbisit glifosata karşı potansiyel duyarlılığını ölçen saha deneylerinden biyoinformatik analizlere kadar genel bir boru hattı sağlamaktır. Deney 2'de bıldırcın yemindeki ortalama glifosat konsantrasyonu 164 mg / kg ve dışkı örneklerinin (idrar ve dışkı maddesi kombinasyonu) ortalama glifosat konsantrasyonu 199 mg / kg idi. GBP ile kontamine yemle beslenen bıldırcınlardan toplanan yataklarda ortalama 158 mg/kg ve 0,17 mg/kg glifosat ölçülen kontrol yatakları vardı (Tablo 3). Saha deneylerinde, bitki türleri topraklardaki glifosat kalıntılarına farklı tepki vermiştir (bölüm 1). Yulaf ve şalgam tecavüzünün biyokütlesi, GBP ile muamele edilmiş topraklara kıyasla kontrol topraklarında daha fazlaydı. Bununla birlikte, faba fasulyesi ve patates, büyüme mevsimi15'in sonunda GBP tedavisinden fayda gördü. Kanatlı hayvan gübresindeki glifosat, çimlerde (Festuca pratensis) ve çilekte (Fragaria x vescana) (bölüm 1) bitki büyümesini azaltmıştır. Saha deneylerinden elde edilen mikrobiyota analizleri henüz tam olarak analiz edilmemiştir ve burada sunulmamıştır (bölüm 2). Bu protokolün sonuçları, doğrudan (bölüm 3 ve 4'te gösterildiği gibi) veya dolaylı olarak (bölüm 5) okunduğunda, potansiyel olarak hassas ve dirençli organizmaların bir veri kümesindeki glifosata oranının bir ölçüsünü sağlar (Şekil 9). Bu yöntemin kullanımı, halka açık depolardan elde edilen çekirdek insan bağırsak mikrobiyomunun mikrobiyal türlerinden EPSPS protein dizilerinin bir koleksiyonu ile test edilmiştir12. Çalışmada, hassas ve dirençli bakterilerin oranını ölçmek için en bol bulunan 101 bakteri türünden 890 suş EPSPSClass yöntemiyle analiz edildi. Sonuçlar, çekirdek insan bağırsak mikrobiyomundaki türlerin% 54'ünün glifosat12'ye potansiyel olarak duyarlı olduğunu göstermiştir. Bu eğilim prokaryotik dünyanın çoğunda da gözlenir; Ek olarak, ökaryotlarda (esas olarak bitkiler ve mantarlar), potansiyel olarak hassas türlerin oranı daha da yüksektir12. Ayrıca, bu yöntemi EPSPS proteinindeki duyarlılıktaki değişiklikleri mikroevrimsel düzeyde ölçmek için kullandık (Şekil 10)14. İncelenen yakından ilişkili 32 prokaryot grubundan 12'sinde duyarlılık durumundaki değişiklikleri tespit ettik (Tablo 4)14. Bu nedenle, GBP'lerin sürekli kullanımı, bitki, hayvan ve toprak mikrobiyomlarında mikrobiyoz (yani, hassas ve dirençli bakteri türlerinin dengesizliği) üretebilir. Ayrıca, glifosata dirençli bakterilerdeki bir artışın, çoklu ilaca dirençli mikrobiyomları14,41,42 teşvik edebileceği varsayılmıştır. Bu nedenle, bu protokol tüm bu senaryoların yorumlanmasına ışık tutmaktadır, çünkü EPSPS sınıflandırma yöntemi, mikrobiyomların glifosata karşı içsel duyarlılığının doğrudan bir tahminini sağlamaktadır. EPSPS proteininin glifosata karşı içsel duyarlılığı filogenetik olarak korunduğundan14, mevcut veri kümelerinden elde edilen sonuçları bilinmeyen mikrobiyomlara ekstrapolasyon yapmak mümkündür (Şekil 8).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig01.jpg"> Şekil 1: Genel boru hattı Bu, saha deneylerinden biyoinformatik analizine kadar GBP'ye duyarlılığı analiz etmek için kullanılan genel bir boru hattıdır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig01large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig02.jpg"> Şekil 2: GBP kalıntılarının mahsul bitkisiyle ilişkili mikroplar üzerindeki etkilerini test etmek için saha deneyi 1. Deney alanı, alternatif 10 kontrol parseli ve 10 GBP arıtma parselinden (23 m x 1,5 m) ve parseller arasında 1,5 m tampon şeritlerinden oluşmaktadır. 2014'ten bu yana yılda iki kez, GBP arazileri ticari GBP (glifosat konsantrasyonu 450 g L-1, uygulama oranı arsa başına 5 L musluk suyunda 6.4 L ha-1) ve glifosatsız aynı miktarda musluk suyu içeren kontrol arazileri ile muamele edildi. Tedaviler, GBP'lerin arıtma alanlarının dışına yayılmasını önlemek için sprinkler ucunda plastik bir başlık kullanılarak elle çalıştırılan bir basınç tankı ile uygulandı. GBP uygulamasını takiben iki haftalık bir güvenlik döneminden sonra, yulaf (Avena sativa), faba fasulyesi (Vicia faba) ve şalgam tecavüzleri (Brassica rapa subsp. oleifera) ekildi ve patates (Solanum tuberosum) arazilere ekildi. İncelenen mahsul bitkileri, yaprakları ve köklerinden mikrobiyota örnekleri, deneyin 2014 yılında başlamasından bu yana birkaç kez toplandı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig02large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig03.jpg"> Şekil 3: Saha deneyi 2, iki çok yıllık ürün ve bunlarla ilişkili mikrobiyota için gübre gübresindeki GBP kalıntılarının sonuçlarını test etmiştir. Kontrol veya GBP ile kontamine yemle beslenen Japon bıldırcınlarıyla yapılan 12 aylık bir kuş kafesi deneyinden toplanan yataklar, bir tarla deneyinde gübre gübresi olarak kullanılmıştır. Deney alanı, 6 x 6 satranç tahtası ızgarasında düzenlenmiş 18 kontrol ve 18 GBP arsadan (1 m x 1 m) oluşuyordu. Yataklar, Ağustos 2018 ve Mayıs 2019'da (25 L / arsa) deneysel alana iki kez yayıldı. Kontrol arazileri, kontrol yemi ile beslenen bıldırcınlardan toplanan yataklarla ve GBP ile kirlenmiş yemle beslenen bıldırcınlardan gelen yataklarla GBP arazileriyle gübrelendi. Kontrol yataklarındaki glifosat kalıntıları 0.17 mg/kg glifosat, GBP yataklarında ise miktar 158 mg/kg glifosat idi. İki endofit-simbiyotik (E +), iki endofit içermeyen (E-) Festuca pratensis ve iki Fragaria x vescana , ilk yatakların yayılmasından yaklaşık bir ay sonra, Eylül 2018'de arsa başına ekildi. Bitki performansı ve uygunluğunun yanı sıra kök ve yaprak ile ilişkili mikrobiyota için örnekleme ölçümleri, iki ardışık büyüme mevsimi boyunca (2019 ve 2020) gerçekleştirilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig03large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig04.jpg"> Şekil 4: 16S rRNA geni/ITS bölgesi kullanılarak mikrobiyal taksonların analizi ve EPSPS genini kullanarak mikrobiyomların glifosata duyarlılığı. (A) Mikrobiyal taksonları tanımlamak için 16S rRNA veya ITS dizilerinin analizi. (B) Mikropların glifosata duyarlılığını tanımlamak için EPSPS dizilerinin analizi (GS-glifosata duyarlı/GR-glifosata dayanıklı) <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig04large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig05.jpg"> Şekil 5: EPSPS protein dizilerinin sınıfını tanımlayan algoritma. Girdi, FASTA formatında bir EPSPS protein dizisidir. Algoritma, glifosata potansiyel duyarlılığı belirleyen referans protein dizilerindeki bilinen amino asit belirteçleriyle karşılaştırmalar yapar. Algoritma, serbestçe erişilebilen EPSPSClass29 web sunucusunda uygulandı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig05large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig06.jpg"> Şekil 6: EPSPSClass web sunucusunun temel giriş ve çıkışları. (A) Giriş: FASTA formatında bir EPSPS protein dizisi. (B) Çıktı 1 - kimlik: sorgu dizilerinde (Sınıf I-IV) ve motiflerde (Sınıf III) bulunan amino asit belirteçlerinin fraksiyonu. (C) Çıktı 2 - kimlik: sorgu ve başvuru dizilerinin hizalamaları. (D) Çıktı 3 - sorgu ve başvuru dizilerinin çift yönlü hizalamaları. (E) Referans EPSPS dizileri: Vibrio cholerae (vcEPSPS, sınıf I), Coxiella burnetii (cbEPSPS, sınıf II), Brevundimonas vesicularis (bvEPSPS , sınıf III), Streptomyces davawensis (sdEPSPS, sınıf IV). (F) Ek blastp aramaları yapmak ve korunan etki alanlarının tanımlanması <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig06large.jpg" target="_blank">için bağlantılar Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig07.jpg"> Şekil 7: EPSPS dizilerinin önceden hesaplanmış veri kümelerine erişim. EPSPS dizilerinin önceden hesaplanmış veri kümesine erişmek için şekildeki göstergeleri izleyin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig07large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig08.jpg"> Şekil 8: EPSPS dizileri olmadan mikrobiyom projelerinde potansiyel duyarlılığın nasıl tahmin edileceğine dair örnek. Örnek, prokaryotik türlerden diziler içeren Hizalanabilir Sıkı Genomik Kümeler30 veritabanındaki değerleri kullanır. Bir mikrobiyom projesinden varsayımsal türler Staphylococcus aureus, Corynebacterium diphtheriae, Campylobacter jejuni, Chlamydia psittaci ve Sulfolobus islandicus'tur. Glifosata duyarlılık skoru Number_Sensitive_Sequences/Total_Number_Of_Sequences olarak hesaplanır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig08large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig09.jpg"> Şekil 9: Bu protokolden elde edilen sonuçların yorumlanması şeması ve varsayımsal evrim senaryoları. (A) Bir mikrobiyomda, potansiyel duyarlılık (yeşil renkte) ve direnç (kırmızı renkte) bakterilerin oranı yaklaşık 50:50'dir. Siyah noktalar, sınıflandırılmamış mikrobiyal türleri gösterir; bu nedenle, glifosata duyarlılıkları bilinmemektedir. Bazı mikrobiyomlarda, hassas bakterilerin oranı, insan bağırsak mikrobiyomu12'de olduğu gibi biraz daha yüksektir. (B) Zamanla, glifosat kullanımı mikrobiyoza (yani, hassas ve dirençli bakterilerin oranında bir dengesizlik) yol açabilir ve farklı varsayımsal senaryolara yol açabilir. (C) Varsayımsal durum 1 (seçim yok): Glifosat kullanımı mikrobiyomu etkilemez; böylece hassas ve dirençli bakterilerin oranı sabit kalır. (D) Varsayımsal durum 2: Glifosat kullanımı, glifosata duyarlı bakterileri popülasyondan uzaklaştırır. Bu senaryonun doza bağımlı olabileceğini düşünüyoruz. (E) Varsayımsal durum 3: Glifosat kullanımından kaynaklanan seçim baskısı, EPSPS genindeki bakterilerin duyarlılık durumunu değiştiren mutasyonları arttırır. Böylece, tüm mikrobiyal popülasyon glifosata dirençli hale gelir. Dahası, bu senaryoda, çoklu ilaca dirençli bakterilerde bir artış olabilir. (F) Varsayımsal durum 4: glifosat kullanımı, bazı bakteri türlerinin bileşimini değiştirerek dirençli bakterilere karşı bir dengesizlik yaratırken, bazı bakteri türleri, muhtemelen efflux pompaları gibi ek dirençli mekanizmalar veya EPSPS gen13'ün aşırı ekspresyonu nedeniyle değişmeden kalır. Bu senaryo aynı zamanda glifosata dirençli bakterilerde bir artışa ve ek antibiyotiklere karşı bakteriyel direncin artmasına neden olabilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig09large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig10v2.jpg"> Şekil 10: Glifosata karşı öngörülen duyarlılığın tür ağacı boyunca dağılımı. Pasta grafikler, glifosata karşı varsayılan olarak hassas (yeşil) veya dirençli (kırmızı) ve sınıflandırılmamış (siyah) türlerin oranını gösterir. Bu rakam Rainio ve ark.14'ün izniyle uyarlanmıştır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig10largev2.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 11" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig10.jpg"> Şekil 11: Kullanıcının kendi referans sırasını test etmek için EPSPSClass web sunucusunun giriş ve çıkışları. (A) Giriş 1: sorgu sırası. (B) Giriş 2: referans sırası. (C) Giriş 3: referans dizilerindeki amino asit belirteçleri. (D) Çıktı: kimlik: sorgu dizilerindeki amino asit belirteçlerinin fraksiyonu (sınıf I-IV ve kullanıcının kendi referans dizileri). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig10large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Tablo 1: Mikrobiyom analizinde 16S rRNA geninin ve ITS bölgesinin PCR amplifikasyonu için primerlerin listesi <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%201-63109R2.xlsx" target="_blank">Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Tablo 2: Farklı veri tabanlarında 5-enolpiruvilshikimate-3-fosfat sentaz (EPSPS) enziminin kodları <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%202_63109R2.xlsx" target="_blank">Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Tablo 3: Ortalama glifosat konsantrasyonu <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%203-63109R2.xlsx" target="_blank">Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Tablo 4: Glifosata duyarlı/dirençli türlerin yüzdesinin özet tablosu. Bu tablo Rainio ve ark.14'ün izniyle uyarlanmıştır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%204-63109R2.xlsx" target="_blank">Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Tablo 5: Amino asit belirteçlerinin referans dizilerdeki konumları <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%205-63109R2.xlsx" target="_blank">Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>

Glifosat bazlı ürünler (GBP), dünya çapında en yaygın geniş spektrumlu herbisitlerdir. Bu makalede, GBP'nin mikrobiyomlar üzerindeki etkisini ölçmek için saha deneylerinden biyoinformatik analizlere kadar genel kılavuzlar sunuyoruz.

Glifosat Bazlı Ürünlerin Mikrobiyomlar Üzerindeki Potansiyel Etkisinin Ölçülmesi

Glyphosate-based products (GBP) are the most common broad-spectrum herbicides worldwide. The target of glyphosate is the enzyme ...

Burada, glifosatın mikrobiyomlar üzerindeki etkisini değerlendirmek için deneyleri yürütmek için en iyi biyoinformatik yöntemini içeren bir iş akışı sunuyoruz. Başlıca avantajı, gelecekteki saha ve laboratuvar deneyleri için sağlam bir test edilebilir hipotez sağlamasıdır. Açıklanan metodoloji, bitkiler, hayvanlar ve mikroplar dahil olmak üzere çeşitli sistemlere uygulanabilir.Metodolojinin her bir parçası oldukça basittir. Belki de en zor kısım, işin farklı bölümlerini gerçekleştirebilecek multidisipliner bir ekibi entegre etmektir. Prosedürü gösteren, laboratuvarımdan bir araştırmacı olan Suni Matthew olacak.Başlamak için, deney alanını 10 kontrol kopyasına bölerek ve araziler arasındaki tampon bitki örtüsü şeritleriyle GBP işlemine bölerek birinci deneye başlayın. Tarımsal uygulamalarda izin verilen maksimum glifosat dozajını taklit etmek için kontrol arazilerini musluk suyuyla ve GBP arazilerini ticari GBP ile tedavi edin. Mikrobiyotayı deneysel bitkilerden örnekleyin.Bitki örneklerinin 10 kopyasını tarladan toplayın, hemen buzun üzerine yerleştirin ve daha fazla işlem için laboratuvara getirin. İkinci deney için, 12 aylık bir kuş kafesi deneyinde odun talaşı, dışkı ve GBP kontamine veya kontrol yemleriyle beslenen bıldırcınlardan dökülen bazı yemler de dahil olmak üzere yatak takımlarını toplayın. Yatak numunelerini, yayıldıktan hemen sonra glifosat konsantrasyon ölçümleri için akredite bir laboratuvara gönderin.Kök ve yaprak mikrobiyotalarını incelemek için her arsaya çok yıllık çim ve çilek bitkileri ekin. Bitki örneklerini yıkayarak ve sterilize ederek endofitik mikropları tanımlayın ve çıkarın. Numuneler sterilize edildikten sonra, üreticinin protokolünü izleyerek ticari olarak temin edilebilen bir bitki DNA ekstraksiyon kiti kullanarak genomik DNA'yı çıkarın.İç içe geçmiş bir yaklaşım kullanarak, 16S rRNA geninin V6 ila V8 değişken bölgelerini yükseltin ve metin makalesinde açıklandığı gibi gerekli sayıda örnek için PCR ana karışımını yapın. PCR'nin ilk turu için, 799 ileri ve 1492 geri primerleri kullanın. Termosikletteki amplifikasyon profilini 35 döngü için ayarlayın.Amplifikasyonu doğrulamak için, beş mikrolitre yükseltilmiş ürün kullanarak elektroforez yapın ve daha sonra PCR ürününün geri kalan 25 mikrolitresini otoklavlanmış ultra saf suda bir ila 10 oranında seyreltin. 1062 ileri ve 1390 geri üniversal primerleri kullanarak, ikinci amplifikasyon turunu 25 döngü ile gerçekleştirin. Elde edilen PCR ürünlerini otoklavlanmış ultra saf suda eşit oranda seyreltin.Ürünleri barkodlar ve P1 adaptör dizisi ile etiketlemek için sekiz döngü ile üçüncü amplifikasyon turunu gerçekleştirin. Bir biyoanalizör üzerinde PCR ürünlerinin kalitesindeki konsantrasyonu doğrulayın ve bir equimolar kütüphane hazırlamak için her bir numunenin 30 nanogramlık DNA'sını oluşturan hacimleri 1.5 mililitrelik bir tüpte toplayın. Bir agaroz jel kaseti üzerinde otomatik bir DNA boyutu seçim sistemi kullanarak boyut fraksiyonasyonuna göre 350 ila 550 baz çifti boyutlarındaki amplikonları seçin.Belirtilen boyuttaki amplikonları içeren elute'yi kasetteki bir şişede toplayın ve saflaştırılmış bir 16S rRNA gen kütüphanesi elde edin. Toplanan elüenti 1,5 mililitrelik bir tüpe aktarın ve biyoanalizör üzerindeki saflığı ve konsantrasyonu doğrulayın. DNA kütüphanesini otoklavlanmış ultra saf su kullanarak 26 pikomolar'lık son konsantrasyona kadar seyreltin.ITS bölgesini yükseltmek için, reaksiyonu ITS astarlarıyla ayarladıktan sonra, termosiklustaki amplifikasyon profilini ayarlayın. Daha sonra% 1.5 agaroz jeli üzerinde güçlendirilmiş ürünün beş mikrolitresini analiz edin ve otoklavlanmış ultra saf su kullanarak kalan 25 mikrolitre ürünü bir ila 10 oranında seyreltin. Barkod etiketli ileri astarlar ve P1 adaptörü etiketli ters astarlarla gerekli sayıda numune için PCR ana karışımını yapın.Seyreltilmiş PCR ürününü şablon olarak kullanarak, ikinci amplifikasyon turunu gerçekleştirin. 16S rRNA geni için kütüphane hazırlığına benzer şekilde, saflaştırılmış ITS bölgesi için kütüphaneyi hazırlayın. EPSPS protein dizisinin biyoinformatik analizlerini başlatın.Sorgu dizisinin, sorgu dizilerinde bulunan amino asit işaretleyicilerinin fraksiyonunu ve motiflerin sayısını gösterdiği sunucudan sağlanan çıktılardan glifosata karşı potansiyel duyarlılığını değerlendirin. İkinci çıktı, sorgunun hizalamalarını ve işaretçi kalıntılarına dayalı başvuru dizilerini gösterir. Üçüncü çıktı, sorgu ve başvuru dizilerinin çift yönlü tam hizalamalarını gösterir.Dördüncü çıktı, Vibrio cholerae, Coxiella burnetii, Brevundimonas vesicularis ve Streptomyces davawensis'in EPSPS referans dizilerini göstermektedir. Çıktı sayfasının sonunda, sorgu EPSPS sırasını daha ayrıntılı çözümlemek için BLASTp ve korunmuş etki alanları gibi harici araçların bağlantılarını bulun. Genel depolardan EPSPS dizilerini tanımladıktan sonra, bu veri kümelerine EPSPS sınıfı sunucusunun taksonomik bilgileri ve 50.000'den fazla diziden oluşan EPSPS sınıfını içeren ana sayfasından erişin.GBP'deki bitkilerin büyümesini karşılaştırmak ve arazileri kontrol etmek için tarla mevsiminin sonunda bitkilerin toprak üstü biyokütlesini tartın. Bir elektronik tabloda, mikrobiyom deneyleri için bakteriyel OTU'ları önceden hesaplanmış veri kümelerine eşleyin. Ve olasılıksal bir skora dayanarak, glifosata karşı içsel duyarlılığı hesaplayın.Bu yöntem, EPSPS proteinindeki duyarlılıktaki değişiklikleri mikro evrimsel düzeyde ölçmek için kullanıldı. Analiz edilen yakından ilişkili 32 prokaryot grubundan 12'sinde duyarlılık durumundaki değişiklikleri tespit ettik. Bu nedenle, glifosat bazlı ürünlerin sürekli kullanımı, bitki, hayvan ve toprak mikrobiyomlarında mikrobiyoz üretebilir.Optimum amplikon kütüphaneleri elde etmek için PCR öncesi ve sonrası prosedürlerin kalitesini sağlayın. Ayrıca, yazılımı kullanmadan önce EPSPS protein dizisinin kısmi olmadığından emin olun. Saha deneylerinde, kontrollerin glifosat ile kontaminasyonunu önlediğinizden emin olun.

quantification-potential-impact-glyphosate-based-products-on

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Bumble arı kovanlarını içinde mikrobiyal konsorsiyumlar zenginleştirmek ve polen arı larvaları için korumak. Laboratuvar ve deneyler, alan bazlı ile birlikte sonraki nesil sıralama kullanarak bu el yazması mantar ilacı artıkları polen microbiome ve koloni demografi, sonuçta koloni için önde gelen alter varsayımını sınamak için kullanılan iletişim kurallarını açıklar kaybı.

Ampirik, Metagenomic ve bilgisayar teknikleri mekanizma hangi mantar ilaçları uzlaşma arı sağlık ile aydınlatmak

Kazı alanından bitki köklerinin yanı sıra endosphere, rizosferde ve toprak içine örnekleri işleme DNA ekstraksiyon ve veri analiz yöntemleri de dahil olmak üzere ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Bu kağıt bu teknikleri toprak, endosphere ve rizosferde microbiomes çalışma için kullanmak diğer laboratuvarlar sağlamak için tasarlanmıştır.

Yalıtım ve mikrobiyal topluluklarda toprak, rizosferde ve kökleri çok yıllık çim deneylerde Analizi

Burada biz ayrıntılı iletişim kuralları antibiyotik sözlü yönetimi için fareler, dışkı örnekleri, DNA ekstraksiyon ve miktar dışkı bakteri topluluğu tarafından qPCR sağlar.

Oral antibiyotik tedavisinden sonra fare bağırsak Microbiota nicel polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı analiz

Bu protokol, insan dışkı Mikrobiyota bir in vitro toplu kültür fermantasyon sistemi açıklar, inulin kullanarak (iyi bilinen bir prebiyotik ve en yaygın olarak okudu Mikrobiyota Modulators) belirli etkileri tahmin bu sistemin kullanımını göstermek için dışkı mikrobiota kompozisyon ve metabolik faaliyetler üzerinde müdahaleler.

Bir In vitro Batch-kültür modeli ınsan dışkı microbiota üzerinde girişimsel rejimlerin etkilerini tahmin etmek

Kök eksüdalarının salgılanması genellikle stres koşulları altındaki bitkiler için harici bir detoksifikasyon stratejisidir. Bu protokol, ksenobiyotiklerin yonca üzerindeki etkisinin hedefsiz metabolomik analiz yoluyla nasıl değerlendirileceğini açıklar.

Di (2-etilheksil) Ftalatın Metabolit Üretimi Üzerindeki Etkisini İncelemek için Yonca Kökü Eksüdalarının Toplanması

Caenorhabditis elegans , konakçı-mikrobiyom etkileşimlerini yönlendiren moleküler belirleyicileri incelemek için güçlü bir modeldir. C. elegans fizyolojisinin temel yönleriyle birlikte bağırsak mikrobiyom kolonizasyonunun tek hayvan seviyelerinin profilini çıkaran yüksek verimli bir boru hattı sunuyoruz.

Caenorhabditis elegans Bağırsak Mikrobiyomunun Miktar Tayini ve Analizi için Akış Vermimetrisinin Uygulanması

Burada, sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometresi (LC-MS-MS) kullanılarak hidroponik koşullar altında buğdayda imidaklopridin emiliminin, translokasyonunun ve dağılımının belirlenmesi için bir protokol sunulmaktadır. Sonuçlar, imidacloprid'in buğday tarafından emilebileceğini ve imidacloprid'in hem buğday köklerinde hem de yapraklarında tespit edildiğini gösterdi.

Buğdayda Imidacloprid'in Emiliminin, Translokasyonunun ve Dağılımının Belirlenmesi

Mevcut protokol, bitkilerde 2,4-dibromofenol metabolitlerinin tanımlanması için basit ve etkili bir yöntemi açıklamaktadır.

Bitkilerde 2,4-Dibromofenol Metabolizmasının Aydınlatılması

Protokol, bitkilerde triazol pestisitlerinin metabolitlerinin integral sitotoksisitesini değerlendirmek için yeni bir yöntemi açıklamaktadır.

Bitkilerde Tipik Triazol Pestisitlerin Metabolitlerinin Sitotoksisitesinin Değerlendirilmesi

Toprak dışı enzim faaliyetlerinin muhtemel değerlerini ölçmek için, bir floresan boya bağlanmıştır sentetik alt-tabakalar toprak örneklerinin eklenir. Floresan boya yüksek flüoresans daha fazla alt bozulmasını gösteren bir enzim-katalizörlü reaksiyonu ile alt-tabakadan salınmaktadır gibi enzim aktivitesi ölçülmüştür.

Potansiyel Toprak Ekstrasellüler Enzim Aktivitelerinin Yüksek verim Florimetrik Ölçme

Keşfedin, glifosat bazlı ürünlerin bitki, hayvan ve toprak mikrobiyomları üzerindeki etkisini ölçmek için biyoinformatik analizler ve alan deneyleri kullanarak. Bu yöntem, mikrobiyal disbiyoz riskini değerlendirmek için sağlam bir çerçeve sunar.

Glifosat Bazlı Ürünlerin Mikrobiyomlar Üzerindeki Potansiyel Etkisinin Ölçülmesi

Daha fazla video keşfet