Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations

Natasha Pavlovikj; Joao Carlos Gomes-Neto; Andrew K. Benson

doi:10.3791/63115

Dergi

/

Genetik

/

Bakteriyel Popülasyonlarda Hiyerarşik Genotiplerin ve Aksesuar Genom Loci'nin Sezgisel Madenciliği

Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations

JoVE Journal
Genetik

Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.

JoVE Journal Genetik

Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations

Bakteriyel Popülasyonlarda Hiyerarşik Genotiplerin ve Aksesuar Genom Loci'nin Sezgisel Madenciliği

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

2,126 Views

•

08:03 min

•

December 07, 2021

DOI:

10.3791/63115-v

DOI:

10.3791/63115-v

•

08:03 min

December 07, 2021

•

2086 Views

Natasha Pavlovikj*¹, Joao Carlos Gomes-Neto*^2,3, Andrew K. Benson^2,3

¹Department of Computer Science and Engineering,University of Nebraska-Lincoln ²Department of Food Science and Technology,University of Nebraska-Lincoln ³Nebraska Food for Health Center,University of Nebraska-Lincoln

Özet

Bu analitik hesaplama platformu, bakteriyel popülasyon genomiği ile ilgilenen mikrobiyologlar, ekolojistler ve epidemiyologlar için pratik rehberlik sağlar. Özellikle, burada sunulan çalışma nasıl gerçekleştirileceğini göstermiştir: i) hiyerarşik genotiplerin filogeni rehberliğinde haritalanması; ii) genotiplerin frekansa dayalı analizi; iii) akrabalık ve klonalite analizleri; iv) Soy farklılaştırıcı aksesuar lokuslarının tanımlanması.