Atomik Ölçekli Basamaklamadan Kaba Taneli Difüzyona Kadar DNA Boyunca Transkripsiyon Faktörü Protein Hareketlerinin Yapı Tabanlı Simülasyonu ve Örneklemesi

2.7K görüntüleme

2 kez atıf

09:17 dk

1 Mart 2022

10.3791/63406-v

1 Mart 2022

2.7K görüntüleme

Chao E^*¹ , Liqiang Dai^*¹^,² , Jiaqi Tian³^,⁴ , Lin-Tai Da⁴ , Jin Yu⁵^,⁶^,⁷

¹Beijing Computational Science Research Center, ²Shenzhen JL Computational Science and Applied Research Institute, ³School of Medical Informatics and Engineering, Xuzhou Medical University, ⁴Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, ⁵Department of Physics and Astronomy, University of California, Irvine, ⁶Department of Chemistry, University of California, Irvine, ⁷NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research, University of California, Irvine

^* These authors contributed equally

Bu protokolün amacı, örnek bir sistem olarak bir bitki transkripsiyon faktörü WRKY alan proteini kullanarak, DNA boyunca proteinin tek boyutlu difüzyonunun yapısal dinamiklerini ortaya çıkarmaktır. Bunu yapmak için, hem atomistik hem de kaba taneli moleküler dinamik simülasyonları ve kapsamlı hesaplamalı örneklemeler uygulanmıştır.