Name: Enfeksiyon Sırasında Agar ve Dokuda Yetişen Bakteri Kolonilerinin Görüntüleme Kütle Spektrometrisi Analizi Yoluyla Mikrobiyal İşbirliğinin İncelenmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-11-18T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 49 s
Description: Keşfedin, MALDI-IMS ile agar ve dokuda yetişen bakteri kolonilerinin görüntüleme kütle spektrometrisi analizini. Bu yöntem, enfeksiyon sırasında mikrobiyal işbirliğinin mekânsal metabolizmasını görselleştirir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, GM138660 ödülü altında Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü (NIGMS) tarafından desteklenmiştir. J.T.S., Florida Üniversitesi'nden Charles ve Monica Burkett Ailesi Yaz Bursu tarafından desteklendi. J.P.Z., NIH hibeleri K22AI7220 (NIAID) ve R35GM138369 (NIGMS) tarafından desteklenmiştir. A.B.S., Pennsylvania Üniversitesi'ndeki Hücre ve Moleküler Biyoloji Eğitim Bursu (T32GM07229) tarafından desteklenmiştir.

NOT: Hayvan deneyleri, Philadelphia Çocuk Hastanesi ve Pennsylvania Üniversitesi Perelman Tıp Fakültesi Hayvan Bakım ve Kullanım Komiteleri tarafından onaylanmıştır (protokoller IAC 18-001316 ve 806279).
DİKKAT: Clostridium difficile (C. difficile) ve Enterococcus faecalis (E. faecalis) BSLII patojenleridir ve çok dikkatli kullanılmalıdır. Gerektiğinde uygun dekontaminasyon protokollerini kullanın.
1. Bakteri kültürü makrokolonilerinin büyümesi ve gece sevkiyatına hazırlık
<ol><li>C. difficile ve E. faecalis gece kültürlerini hazırlayın ve bunları 37 ° C'de anaerobik bir odada (% 85 azot,% 10 hidrojen,% 5 karbondioksit) beyin-kalp-infüzyon suyunda% 0.5 maya ekstresi ve% 0.1 l-sistein (BHIS) ile desteklenmiş ayrı ayrı büyütün. Tüm kaplanmış numuneler için% 1,5 agar kullanın.</li>
	<li>Bakteri kültürü ortamını 600 nm'de (OD600) optik yoğunluğa normalleştirin. Her makrokoloninin 5 μL'sini BHIS + l-sistein agar plakalarına yerleştirin ve 37 ° C'de 7 gün boyunca anaerobik olarak büyür. Karışık tür makrokolonileri için, kaplamadan önce bakteri kültürü ortamını 1: 1 oranında karıştırın.</li>
	<li>İndiyum kalay oksit (ITO) kaplı mikroskop slaytlarını, slaytın kenarını iletken kaplama ile tanımlamak için bir ohmmetre kullanarak hazırlayın. Mikroskop slaytının İTO kaplı tarafını kazımak ve etiketlemek için elmas uçlu bir kağıt kullanın.</li>
	<li>Tüm kültürü agar büyüme plakasından çıkarın ve daha sonra hava kabarcıklarının agar ve slayt arasında sıkışmamasını sağlarken İTO kaplı bir mikroskop sürgüsüne monte edin. NOT: Agar ortamındaki su içeriği, kültürün mikroskop slayt yüzeyine doğal olarak yapışmasına izin vermelidir. Bu süreci örnekleyen bir video, Yang ve ark.22'nin ek belgelerinde verilmiştir.</li>
	<li>Kolonileri korumak için mikroskop slayt kutularına yerleştirin. Sürgü kutularını 8 inç x 8 boyutlarında, biyolojik tehlike numunesi taşıma torbalarında bir avuç kurutucu pelet ile saklayın ve daha fazla işleme ve analiz için gece boyunca nakliye için mühürleyin. NOT: Bakteriyel büyüme ve metabolizmayı yavaşlatmak ve analize kadar bakteri örneklerinin sabitlenmesini sağlamak için ortam koşulları altında sevk edildiğinde bakteri kültürleri için kuru bir ortam sağlamak önemlidir. Bu nakliye yöntemi kapsamlı deneylerle optimize edilmiştir ve kuru buzda dondurulmuş kolonilerin nakliyesine göre tercih edilmektedir. Kurumadan önceki büyük sıcaklık değişimleri, monte edilmiş agar numunesinin altında sökülmeye ve köpürmeye neden olma eğilimindedir.</li>
</ol>2. C. difficile + E. faecalis bakteriyel makrokolonilerinin ortam kurutulması
<ol><li>İTO kaplı mikroskop kızaklarına monte edilen agaroz bakteri kolonilerini ambalaj malzemesinden çıkarın. Numuneleri oda sıcaklığında 48-72 saat kurutuculu kuru bir kutuya koyun. NOT: Bu, agar ortamının mikroskop slayt yüzeyinden köpürmesini, çatlamasını veya ayrılmasını en aza indiren hafif ve yavaş kuruyan bir işlemdir.</li>
	<li>Kirlenmiş tüm ambalaj malzemelerini uygun şekilde atın ve çalışma alanını uygun bir bakteri öldürücü/sporisidal dezenfektan ile dekontamine edin.</li>
	<li>Kolonileri agar yüzeyindeki deformasyonlar açısından görsel olarak inceleyin (örneğin, köpürme, çatlama, sökme). NOT: Agaroz yüzeyinin yüksekliği gözle görülür şekilde azalmalı ve slayt boyunca düz durmalıdır.</li>
</ol>3. C. difficile + E. faecalis bakteriyel makrokolonilerinin vakumlu ve ısı aracılı kurutulması
NOT: Agar numunelerinden fazla nemin uzaklaştırılmasını kolaylaştırmak için özel yapım bir vakumlu kurutma aparatı (Şekil 1) üretilmiştir. Bu aparat, bir HEPA biyofiltresine paralel olarak bağlanmış bir döner kanatlı vakum pompası, bir soğuk tuzak ve bakteri numunelerinin yerleştirildiği paslanmaz çelik bir oda kullanır. Değişken voltajlı bir transformatör, kullanıcının kurutma işlemini hızlandırmak için odayı ısıtmasını sağlayan yalıtımlı bir tel filamentine bağlanır.
<ol><li>Vakum hattını numune odasına kapatın ve vakum pompasının ısınmasına ve uygun vakum basıncına ulaşmasına izin vermek için güç anahtarını döner kanatlı pompaya açın.</li>
	<li>Odanın etrafına sarılmış tel filamentini ısıtmak için değişken voltajlı transformatörü açın. Vakum odasının iç sıcaklığı ~ 50 ° C'ye ulaşana kadar değişken güç kaynağını ayarlayın. Pompa ısınırken, soğuk tuzağın kondenserine bir bulamaç kuru buz ve% 100 etanol yerleştirin. NOT: Soğuk tuzak, numunedeki buharları veya sporları yoğunlaştırır ve döner kanatlı pompa sisteminin ve vakum pompası yağının kirlenmesini önler.</li>
	<li>16 mm çift pençeli flanş kelepçelerini gevşetmek için bir anahtar kullanarak vakum odasını açın. Agaroz numunelerini hazneye yerleştirin ve odacığı 16 mm çift pençeli flanş kelepçeleriyle sıkıca kapatın.</li>
	<li>Odayı boşaltmak için pompa valfini açın. Numunelerin 60-120 dakika kurumasını bekleyin (örneğin, ~ 150 mTorr'da). NOT: Bu kuruma süresi, küçük agar kesitlerindeki nemin çoğunu gidermek için yeterlidir. Nem giderimi için optimum kuruma süresinin ampirik olarak belirlenmesi ve agar yüksekliğinin azaltılması, bireysel kuruluma ve numunelere bağlı olarak gerekli olabilir. Önemli ölçüde daha uzun kuruma süreleri, kurutulmuş agarın kırılgan hale gelmesine ve çatlamaya eğilimli olmasına neden olabilir.</li>
	<li>Tamamlandığında, döner kanatlı pompadaki valfi kapatarak ve harici vanayı ortam havasına açarak vakum odasını yavaşça ortam basıncına boşaltın. Daha önce bahsedilen protokolü kullanarak odayı açın ve kurutulmuş agaroz örneğini odadan çıkarın.</li>
	<li>Numuneyi matris uygulamasına kadar kurutuculu kuru bir kutuda saklayın. NOT: Şekil 2 , agar yüzeyinin kurumadan önceki ve sonraki görüntülerini göstermektedir.</li>
</ol>4. Robotik püskürtme ile MALDI matris uygulaması
NOT: Agaroz numuneleri iyice kurutulduktan ve kültür kesitlerinin yüksekliği gözle görülür şekilde azaldıktan sonra, kimyasal bir MALDI matris bileşiğinin ince bir kaplamasını homojen bir şekilde uygulamak için robotik bir matris püskürtücü kullanın. Bu prosedür kimyasal bir duman başlığında ve eldivenler, laboratuvar gözlükleri ve laboratuvar önlüğü dahil olmak üzere uygun kişisel koruyucu ekipmanlarla yapılmalıdır.
<ol><li>Uygun MALDI matrisini seçin. Bu protokolü takip etmek için, negatif iyon modunda amino asitlerin olumlu desorpsiyonu ve iyonizasyonu için 1,5-diaminonaftalin (DAN) MALDI matrisini kullanın.</li>
	<li>90/10 (v/v) asetonitril/su içinde 10 mL/mL DAN MALDI matris çözeltisinin 10 mL'sini hazırlayın. HPLC sınıfı çözücüler kullanın, 30 dakika boyunca sonikat yapın ve robotik püskürtücü şırınga pompasına girmeden önce çözeltiyi 0,2 μm naylon şırınga filtrelerinden filtreleyin. Ek olarak, püskürtücü hattının her kullanım arasında temiz olmasını sağlamak için yıkama çözeltileri hazırlayın. NOT: Yıkama çözeltileri, matrisin ve diğer kirleticilerin püskürtücü hattındaki çözünürlüğünü arttırmak ve sistemden uzaklaştırılmalarını kolaylaştırmak için seçilir. Burada kullanılan yıkama çözeltileri 90/10 (v/v) asetonitril/su, 50/50 (v/v) su/metanol, 99/1 (v/v) asetonitril/asetik asit ve 95/5 (v/v) su/amonyum hidroksittir.</li>
	<li>Numuneyi püskürtücü tepsisine takın ve hazırlanan çözeltileri püskürtücü hattına yükleyin (Şekil 3). Bilgisayar yazılımını kullanarak, matris bileşiğinin düzgün bir şekilde kaplanmasına izin vermek için gerekli parametreleri belirtin: 30 °C nozul sıcaklığı, sekiz geçiş, 0,1 mL / dak akış hızı, CC deseni, 0 s kuruma süresi, 10 psi. NOT: Genel olarak, çoğu patojenin, tipik olarak küçük bir organik asit veya baz olan MALDI matrisinin uygulanmasıyla inaktive edileceği kabul edilmektedir.</li>
	<li>Püskürtme sırası bittikten sonra, numuneyi püskürtücü tepsisinden çıkarın ve analize kadar bir kurutma kabininde saklayın.</li>
</ol>5. MALDI görüntüleme kütle spektrometresi veri toplama için bakteriyel makrokolonilerin hazırlanması
NOT: Tüm görüntüleme kütle spektrometrisi analizleri bir Fourier dönüşümü iyon siklotron rezonans (FTICR) kütle spektrometresi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu cihaz bir Nd: YAG MALDI lazer sistemi (2 kHz, 355 nm) ile donatılmıştır.
<ol><li>Matris kaplı numuneyi MALDI hedef plakası mikroskop slayt adaptörüne yerleştirin ve kalıcı belirteçler kullanarak numune alanını kapsayan en az üç referans işaretleyici yazın (Şekil 4). Referans işaretleyicileri de dahil olmak üzere mikroskop slaytının optik görüntüsünü elde etmek için düz yataklı bir tarayıcı kullanın. NOT: Referans işaretleyicileri, optik görüntünün cihazda gözlemlenen MALDI kamera görünümüne kaydedilmesine izin verecektir.</li>
	<li>Kütle kalibrasyonu, MALDI lazer ayarları, iyon optik parametreleri ve ICR hücre koşullarını içeren, istenen kütle aralığı, hassasiyet ve çözünürlük için optimize edilmiş bir MS cihaz yöntemi tanımlayın. Bu yöntem için, seçilen iyonların sürekli birikimi (CASI) yaklaşımını23 kullanarak negatif iyon modunda gaz fazı sinyal zenginleştirmesi için m/z 100 ila 200 arasında bir 100 Da kütle penceresi seçin, bu da ilgili metabolitlerin m/z değerlerini kapsar.</li>
	<li>Cihazın görüntü alma yazılımını açın ve dosya adını ve konumunu, MS alma yöntemini, örneklenecek ilgi alanlarını ve görüntünün uzamsal çözünürlüğünü tanımlamak için kurulum sihirbazını kullanın. NOT: 100-300 μm'lik uzamsal çözünürlükler tipik olarak bakteriyel makrokoloni görüntülemesi için kullanılır.</li>
	<li>Tüm parametreler tanımlandıktan sonra, tanımlanan ilgili bölge (ler) deki her pikselde seri olarak bir kütle spektrumu elde etmek için edinme dizisini başlatın. NOT: Görüntü alma süresi cihaz ayarlarına bağlıdır, ancak genellikle 5.000-10.000 piksel içeren görüntüler için 2 ila 6 saat arasında değişir.</li>
</ol>6. Görüntüleme kütle spektrometresi veri analizi ve bileşik tanımlama
<ol><li>Görüntü alımını takiben, verileri kütle spektrometresi platformlarını görüntülemek için satıcıya özgü bir dosya biçimi olan ".mis" dosya uzantısıyla kaydedin. Veri dosyasını flexImaging veya SCiLS yazılım paketlerinde açın veya .mzml gibi tescilli olmayan bir veri biçimine dışa aktarın ve satıcıdan bağımsız yazılımı (örneğin, Cardinal24 veya MSIreader25,26) kullanarak görselleştirin. NOT: FlexImaging'de görüntüleme verileri açıldığında ortalama bir kütle spektrumu görüntülenir ve bu da örneklenen bölgelerde tespit edilen tüm iyonların ortalama yoğunluklarını temsil eder. İlgilenilen zirveler, doğru kütle ölçümlerine dayanarak geçici olarak tanımlanabilir. Tipik olarak, milyonda 5 parçadan (ppm) daha iyi kütle doğrulukları, FTICR kütle spektrometrelerinde metabolit tanımlaması için yeterlidir.</li>
	<li>Başvurulan yazılımı kullanarak, örneklenen bölgeler arasındaki iyon dağılımlarının yanlış renkli ısı haritalarını oluşturmak için ilgi çekici zirveler için kütle pencereleri tanımlayın.<ol><li>Ortalama kütle spektrumu ekranında, ilgi çekici zirveye yakınlaştırın ve tepe profilinin alanını kapsayan uygun bir kütle penceresi seçin.</li>
		<li>Vurgulanan kütle penceresine sağ tıklayın ve Kütle Filtresi Ekle'yi seçin. Seçilen m/z değerini, yüksek çözünürlüklü doğru kütle ölçümü ile belirlenen şüpheli metabolit için geçici tanımlamayı kullanarak etiketleyin.</li>
		<li>Yanlış renkli ısı haritası tarafından görüntülenen analit görüntüsünün dinamik aralığını ayarlamak için yoğunluk eşiğini seçin. Kütle filtreleme parametrelerini , kütle penceresi tepe profilinin alanını kapsayacak şekilde ayarlayın ve ardından kütle filtresini ekleyin. NOT: Yoğunluk normalleştirmesi, ölçülen bölgeler arasında göreceli nicelemeyi iyileştirmek için uygun şekilde gerçekleştirilebilir. Buradaki deneylerde, toplam iyon sayımı (TIC) ve kök ortalama kare (RMS) normalleştirme yöntemlerini yanlış hale getirebilecek CASI veri toplama (vide infra) kullanılmıştır. Bu nedenle, burada gösterilen tüm iyon görüntüleri normalleştirme olmadan görüntülenir.</li>
	</ol></li>
</ol>7. Enfekte olmayan kontrol ve C. difficile ile enfekte fare çekal dokularının hazırlanması ve gönderilmesi
<ol><li>Antibiyotiklerle (0.5 mg / mL sefoperazon veya 0.5 mg / mL sefoperazon + 1 mg / mL vankomisin) 4-8 haftalık C57BL / 6 erkek fareleri 5 gün boyunca içme suyu ad libitumunda innoküle edin, ardından 2 günlük bir iyileşme süresi ve ardından enfeksiyon.</li>
	<li>CO2 asfiksasyonu ile hayvanları ötenazi yapın ve fare çekum organını hemen hasat edin. Damıtılmış suya %20'lik bir optimum kesme sıcaklığı (OCT) bileşiği karışımı yerleştirin.</li>
	<li>Numuneleri kuru buz üzerine yerleştirin ve ardından analiz için paketleyip gönderin; analize kadar -80 °C'de saklayın.</li>
</ol>8. Enfekte olmayan kontrol verus C. difficile ile enfekte fare çekal dokularının kriyoseksiyonu
<ol><li>Tüm kriyoseksiyon ekipmanlarını %100 etanol ile durulayarak temizleyin ve numuneleri kriyostat odasına yerleştirmeden önce kurumaya bırakın. İletken kaplama ile slaytın kenarını tanımlamak için bir ohmmetre kullanarak İTO kaplı mikroskop slaytları hazırlayın. Mikroskop slaytının İTO kaplı tarafını kazımak ve etiketlemek için elmas uçlu bir kağıt kullanın. NOT: Eldivenler, laboratuvar gözlükleri, laboratuvar önlüğü ve kriyostat kılıflar dahil olmak üzere uygun kişisel koruyucu ekipman giyilmelidir.</li>
	<li>Bir araştırma kriyomikrotomunda kriyoseksiyon yapın. OCT'ye gömülü fare ceca dokularını -80 °C dondurucudan kuru buz üzerindeki kriyomikrotom odasına (30 °C oda sıcaklığı, -28 °C nesne sıcaklığı) aktarın. Her iki doku tipinin aynı numune hazırlanmasını sağlamak ve doğru metabolit karşılaştırmalarını sağlamak için görüntüleme kütle spektrometresi (örneğin, enfekte olmayan kontrol ve C. difficile ile enfekte edilmiş) kullanılarak karşılaştırılacak doku örneklerini aynı mikroskop slaytına monte edin.</li>
	<li>Kriyomikrotom odasının içine, OCT gömülü dokuyu ek OCT çözeltisi kullanarak bir numune mandren üzerine monte edin. OCT çözeltisi katılaştıktan sonra, aynayı numune kafasına sabitleyin. Organın istenen doku derinliğine / düzlemine ulaşmak için kriyoseksiyona 10-50 μm artışlarla başlayın.</li>
	<li>Dokunun optimal bir kesitine ulaşıldığında, 12 μm kalınlığında kesitler toplamaya başlayın. Sanatçı boya fırçalarını kullanarak dilimi nazikçe manipüle edin ve Teflon kaplı mikroskop slaydına yerleştirin.</li>
	<li>Teflon kaplı slayttan dokuyu almak için ICO kaplı mikroskop slaytını doku bölümünün üzerine yuvarlayın. Çöz, avuç içini ICO kaplı slaydın arkasına bastırarak doku bölümünü mikroskop slaytına monte edin. Doku kesiti yarı saydamdan opak/mat bir dokuya geçene kadar montajı eritmeye devam edin.</li>
	<li>Dokuya monte mikroskop slaytlarını kuru buz üzerinde aynı gün analiz için depolamak üzere kurutuculu kuru bir kutuya aktarın veya daha uzun süreli depolama için -80 ° C'de saklayın.</li>
</ol>9. Matriks uygulaması ve MALDI görüntüleme kütle spektrometrisi için C. difficile ile enfekte fare çekal dokularına karşı enfekte olmayan kontrolün hazırlanması
<ol><li>Adım 4'te açıklanan aynı protokolü kullanarak MALDI matris uygulamasını gerçekleştirin (30 ° C nozul sıcaklığı, sekiz geçiş, 0,1 mL / dak debi, CC modeli, 0 s kuruma süresi, 10 psi).</li>
	<li>Adım 5 ve 6'da açıklanan protokolleri kullanarak MALDI görüntüleme kütle spektrometresini gerçekleştirin.</li>
	<li>Birden fazla biyolojik replikasyondan iyon görüntülerini analiz edin ve yukarıda belirtilen SCiLS istatistiksel yazılımını kullanarak yoğunluk kutusu grafiği karşılaştırmaları yoluyla anlamlılık sonuçlarını karşılaştırın. NOT: Uygun istatistiksel testler ve karşılaştırmalar uygulamaya bağlı olacaktır ve ayrımcı ve ilişkili spektral özelliklerin belirlenmesi için uzamsal segmentasyon, sınıflandırma modelleri ve karşılaştırmalı analiz içerebilir. Karşılaştırmalı analizler, önemli özelliklere p değerleri atamayı, doku karşılaştırmaları için ana bileşen analizleri oluşturmayı ve varyasyonları tanımlamak için kutu grafiklerini görselleştirmeyi içerebilir. Görüntüleme kütle spektrometrisini takiben hematoksilin ve eozin (H&E) ile boyanan doku kesitinin parlak alan mikroskopisi kullanılarak dokunun görselleştirilmesi de yararlıdır. Bu, dokudaki morfolojik özelliklerin net bir şekilde tanımlanmasını sağlar ve eğitimli bir patologa danışılarak analiz edilebilir.</li>
</ol>

<ol><li>Biteen, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tools+for+the+microbiome%3A+nano+and+beyond%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Tools for the microbiome: nano and beyond.</a> ACS Nano. 10 (1), 6-37 (2016).</li>
<li>Shreiner, A. B., Kao, J. Y., Young, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+gut+microbiome+in+health+and+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">The gut microbiome in health and in disease.</a> Current Opinion in Gastroenterology. 31 (1), 69-75 (2015).</li>
<li>Watrous, J. D., Alexandrov, T., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+evolving+field+of+imaging+mass+spectrometry+and+its+impact+on+future+biological+research%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">The evolving field of imaging mass spectrometry and its impact on future biological research.</a> Journal of Mass Spectrometry. 46 (2), 209-222 (2011).</li>
<li>Gessel, M. M., Norris, J. L., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI+imaging+mass+spectrometry%3A+spatial+molecular+analysis+to+enable+a+new+age+of+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteomics%22%5BJournal%5D)">MALDI imaging mass spectrometry: spatial molecular analysis to enable a new age of discovery.</a> Journal of Proteomics. 107, 71-82 (2014).</li>
<li>Fang, J., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emerging+mass+spectrometry+techniques+for+the+direct+analysis+of+microbial+colonies%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Emerging mass spectrometry techniques for the direct analysis of microbial colonies.</a> Current Opinion in Microbiology. 19, 120-129 (2014).</li>
<li>Wheatcraft, D. R. A., Liu, X., Hummon, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sample+preparation+strategies+for+mass+spectrometry+imaging+of+3D+cell+culture+models%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Sample preparation strategies for mass spectrometry imaging of 3D cell culture models.</a> Journal of Visualized Experiments. (94), e52313(2014).</li>
<li>Zink, K. E., Dean, M., Burdette, J. E., Sanchez, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capturing+small+molecule+communication+between+tissues+and+cells+using+imaging+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Capturing small molecule communication between tissues and cells using imaging mass spectrometry.</a> Journal of Visualized Experiments. (146), e59490(2019).</li>
<li>Li, H., Hummon, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+mass+spectrometry+of+three-dimensional+cell+culture+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Imaging mass spectrometry of three-dimensional cell culture systems.</a> Analytical Chemistry. 83 (22), 8794-8801 (2011).</li>
<li>Watrous, J. D., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+mass+spectrometry+in+microbiology%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Imaging mass spectrometry in microbiology.</a> Nature Reviews Microbiology. 9 (9), 683-694 (2011).</li>
<li>Dunham, S. J. B., Ellis, J. F., Li, B., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry+imaging+of+complex+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Accounts+of+Chemical+Research%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry imaging of complex microbial communities.</a> Accounts of Chemical Research. 50 (1), 96-104 (2017).</li>
<li>Frydenlund Michelsen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+metabolic+divergence+in+Pseudomonas+aeruginosa+during+long-term+infection+facilitates+a+proto-cooperative+interspecies+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22Multidisciplinary+Journal+of+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Evolution of metabolic divergence in Pseudomonas aeruginosa during long-term infection facilitates a proto-cooperative interspecies interaction.</a> Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology. 10 (6), 1323-1336 (2016).</li>
<li>Si, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+Bacillus+subtilis+colony+biofilms+via+mass+spectrometry+and+fluorescence+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteome+Research%22%5BJournal%5D)">Characterization of Bacillus subtilis colony biofilms via mass spectrometry and fluorescence imaging.</a> Journal of Proteome Research. 15 (6), 1955-1962 (2016).</li>
<li>Wakeman, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+innate+immune+protein+calprotectin+promotes+Pseudomonas+aeruginosa+and+Staphylococcus+aureus+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">The innate immune protein calprotectin promotes Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus interaction.</a> Nature Communications. 7, 11951(2016).</li>
<li>Phelan, V. V., Fang, J., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry+analysis+of+Pseudomonas+aeruginosa+treated+with+azithromycin%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry analysis of Pseudomonas aeruginosa treated with azithromycin.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 26 (6), 873-877 (2015).</li>
<li>Ferreyra, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota-produced+succinate+promotes+C.+difficile+infection+after+antibiotic+treatment+or+motility+disturbance%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+%26+Microbe%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota-produced succinate promotes C. difficile infection after antibiotic treatment or motility disturbance.</a> Cell Host & Microbe. 16 (6), 770-777 (2014).</li>
<li>Buffie, C. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Precision+microbiome+reconstitution+restores+bile+acid+mediated+resistance+to+Clostridium+difficile%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Precision microbiome reconstitution restores bile acid mediated resistance to Clostridium difficile.</a> Nature. 517 (7533), 205-208 (2015).</li>
<li>Schubert, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbiome+data+distinguish+patients+with+Clostridium+difficile+infection+and+non-C.+difficile-associated+diarrhea+from+healthy+controls%5BTitle%5D)+AND+%22mBio%22%5BJournal%5D)">Microbiome data distinguish patients with Clostridium difficile infection and non-C. difficile-associated diarrhea from healthy controls.</a> mBio. 5 (3), 01021-01014 (2014).</li>
<li>Auchtung, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+simplified+microbial+communities+that+inhibit+Clostridioides+difficile+infection+through+dilution%2Fextinction%5BTitle%5D)+AND+%22mSphere%22%5BJournal%5D)">Identification of simplified microbial communities that inhibit Clostridioides difficile infection through dilution/extinction.</a> mSphere. 5 (4), 00387(2020).</li>
<li>Zackular, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dietary+zinc+alters+the+microbiota+and+decreases+resistance+to+Clostridium+difficile+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Medicine%22%5BJournal%5D)">Dietary zinc alters the microbiota and decreases resistance to Clostridium difficile infection.</a> Nature Medicine. 22 (11), 1330-1334 (2016).</li>
<li>Tomkovich, S., Stough, J. M., Bishop, L., Schloss, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+initial+gut+microbiota+and+response+to+antibiotic+perturbation+influence+Clostridioides+difficile+clearance+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22mSphere%22%5BJournal%5D)">The initial gut microbiota and response to antibiotic perturbation influence Clostridioides difficile clearance in mice.</a> mSphere. 5 (5), 00869(2020).</li>
<li>Hoffmann, T., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homogeneous+matrix+deposition+on+dried+agar+for+MALDI+imaging+mass+spectrometry+of+microbial+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Homogeneous matrix deposition on dried agar for MALDI imaging mass spectrometry of microbial cultures.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 26 (11), 1959-1962 (2015).</li>
<li>Yang, J. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer+on+agar-based+microbial+imaging+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Primer on agar-based microbial imaging mass spectrometry.</a> Journal of Bacteriology. 194 (22), 6023-6028 (2012).</li>
<li>Prentice, B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+range+expansion+by+gas-phase+ion+fractionation+and+enrichment+for+imaging+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Dynamic range expansion by gas-phase ion fractionation and enrichment for imaging mass spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 92 (19), 13092-13100 (2020).</li>
<li>Bemis, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cardinal%3A+an+R+package+for+statistical+analysis+of+mass+spectrometry-based+imaging+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Cardinal: an R package for statistical analysis of mass spectrometry-based imaging experiments.</a> Bioinformatics. 31 (14), 2418-2420 (2015).</li>
<li>Robichaud, G., Garrard, K. P., Barry, J. A., Muddiman, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MSiReader%3A+An+open-source+interface+to+view+and+analyze+high+resolving+power+MS+imaging+files+on+Matlab+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">MSiReader: An open-source interface to view and analyze high resolving power MS imaging files on Matlab platform.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 24 (5), 718-721 (2013).</li>
<li>Bokhart, M. T., Nazari, M., Garrard, K. P., Muddiman, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MSiReader+v1.0%3A+Evolving+open-source+mass+spectrometry+imaging+software+for+targeted+and+untargeted+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">MSiReader v1.0: Evolving open-source mass spectrometry imaging software for targeted and untargeted analyses.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 29 (1), 8-16 (2018).</li>
<li>Smith, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enterococci+enhance+Clostridioides+difficile+Pathogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Enterococci enhance Clostridioides difficile Pathogenesis.</a> Nature. , (2022).</li>
<li>Korte, A. R., Lee, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-MS+analysis+and+imaging+of+small+molecule+metabolites+with+1%2C5-diaminonaphthalene+%28DAN%29%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">MALDI-MS analysis and imaging of small molecule metabolites with 1,5-diaminonaphthalene (DAN).</a> Journal of Mass Spectrometry. 49 (8), 737-741 (2014).</li>
<li>Hankin, J. A., Barkley, R. M., Murphy, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sublimation+as+a+method+of+matrix+application+for+mass+spectrometric+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Sublimation as a method of matrix application for mass spectrometric imaging.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 18 (9), 1646-1652 (2007).</li>
<li>Thomas, A., Charbonneau, J. L., Fournaise, E., Chaurand, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sublimation+of+new+matrix+candidates+for+high+spatial+resolution+imaging+mass+spectrometry+of+lipids%3A+Enhanced+information+in+both+positive+and+negative+polarities+after+1%2C5-diaminonapthalene+deposition%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Sublimation of new matrix candidates for high spatial resolution imaging mass spectrometry of lipids: Enhanced information in both positive and negative polarities after 1,5-diaminonapthalene deposition.</a> Analytical Chemistry. 84 (4), 2048-2054 (2012).</li>
<li>Huizing, L. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+evaluation+of+matrix+application+techniques+for+high+throughput+mass+spectrometry+imaging+of+tissues+in+the+clinic%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Development and evaluation of matrix application techniques for high throughput mass spectrometry imaging of tissues in the clinic.</a> Clinical Mass Spectrometry. 12, 7-15 (2019).</li>
<li>Anderton, C. R., Chu, R. K., Tolić, N., Creissen, A., Paša-Tolić, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utilizing+a+robotic+sprayer+for+high+lateral+and+mass+resolution+MALDI+FT-ICR+MSI+of+microbial+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Utilizing a robotic sprayer for high lateral and mass resolution MALDI FT-ICR MSI of microbial cultures.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 27 (3), 556-559 (2016).</li>
<li>Gilmore, M. S., Clewell, D. B., Ike, Y., Shankar, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enterococci%3A+From+commensals+to+leading+causes+of+drug+resistant+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Massachusetts+Eye+and+Ear+Infirmary%22%5BJournal%5D)">Enterococci: From commensals to leading causes of drug resistant infection.</a> Massachusetts Eye and Ear Infirmary. , Boston. (2014).</li>
</ol>

Yazarlar rakip finansal çıkarlar olmadığını beyan ederler.

MALDI görüntüleme kütle spektrometrisi sırasında, numune substratı üzerindeki olay MALDI lazerinin tutarlı bir odak çapını sağlamak için düz bir numune yüzeyine sahip olmak önemlidir. Numune yüksekliğindeki sapmalar, MALDI lazer ışınının odak dışına kaymasına neden olarak ışın çapı ve yoğunluğunda değişikliklere neden olabilir ve bu da MALDI iyonizasyon verimliliğini etkileyebilir. İyonizasyon verimliliğindeki bu değişiklikler, doku yüzeyi boyunca altta yatan doku biyokimyasını yansıtmayan, bunun yerine yüzey topografyas...

İnsan mikrobiyomu, bakterilerin, virüslerin, arkelerin ve diğer mikrobiyal ökaryotların moleküler etkileşimlerini içeren oldukça dinamik bir ekosistemdir. Mikrobiyal ilişkiler son yıllarda yoğun bir şekilde incelenmiş olsa da, kimyasal düzeyde 1,2 mikrobiyal süreçler hakkında anlaşılması gereken çok şey vardır. Bu kısmen, karmaşık mikrobiyal ortamları doğru bir şekilde ölçebilen araçların bulunamamasından kaynaklanmaktadır. Son on yılda görüntüleme kütle spektrometresi (IMS) alanındaki ilerlemeler, biyolojik substratlardaki birçok metabolitin, lipitin ve proteinin in situ ve etiketsiz uzamsal haritalanmasını sağlamıştır 3,4. Matris yardımlı lazer desorpsiyonu / iyonizasyonu (MALDI), kütle spektrometrisi ile ölçüm için ince bir doku kesitinin yüzeyinden malzemeyi ablate etmek için bir UV lazerinin kullanılmasını içeren, kütle spektrometrisinin görüntülenmesinde kullanılan en yaygın iyonizasyon tekniği olarak ortaya çıkmıştır4. Bu işlem, numunenin yüzeyine homojen olarak uygulanan kimyasal bir matrisin uygulanmasıyla kolaylaştırılır ve numune yüzeyi boyunca sıralı ölçümlerin raster deseninde yapılmasına izin verir. Analit iyon yoğunluklarının ısı haritaları daha sonra veri toplamayı takiben oluşturulur. İyonizasyon kaynakları ve örnekleme tekniklerindeki son gelişmeler, besin agar üzerinde yetiştirilen bakteriyel5 ve memeli 6,7,8 hücresel örnekleri gibi geleneksel olmayan substratların analizini sağlamıştır. IMS tarafından sağlanan moleküler mekansal bilgi, enfeksiyon 9,10,11,12,13,14 sırasında mikrop-mikrop ve konakçı-mikrop etkileşimlerinin biyokimyasal iletişimi hakkında benzersiz bir fikir verebilir.
Clostridioides difficile enfeksiyonu (CDI) üzerine, C. difficile gastrointestinal sistemde hızla değişen bir mikrobiyal ortama maruz kalır ve polimikrobiyal etkileşimlerin enfeksiyon sonuçlarını etkilemesi muhtemeldir15,16. Şaşırtıcı bir şekilde, enfeksiyon sırasında C. difficile ve yerleşik mikrobiyota arasındaki etkileşimlerin moleküler mekanizmaları hakkında çok az şey bilinmektedir. Örneğin, enterokoklar, bağırsak-mikrobiyomdaki fırsatçı kommensal patojenlerin bir sınıfıdır ve CDI17,18,19,20'ye duyarlılığının ve şiddetinin artmasıyla ilişkilendirilmiştir. Bununla birlikte, bu patojenler arasındaki etkileşimlerin moleküler mekanizmaları hakkında çok az şey bilinmektedir. Bağırsak mikrobiyomunun bu üyeleri arasındaki küçük moleküllü iletişimi görselleştirmek için, kontrollü bir ortamda mikrop-mikrop etkileşimlerini ve bakteriyel biyofilm oluşumunu simüle etmek için burada agar üzerinde bakteriyel makrokoloniler yetiştirildi. Bununla birlikte, bakteri kültürü örneklerinin MALDI görüntüleme kütle spektrometrisi analizi üzerine temsili metabolik dağılımların elde edilmesi, bu örneklerin yüksek su içeriği ve düzensiz yüzey topografyası nedeniyle zordur. Bu, büyük ölçüde agarın yüksek hidrofilik doğasından ve nem giderme sırasında düzgün olmayan agar yüzey tepkisinden kaynaklanır.
Agarın yüksek su içeriği ayrıca homojen MALDI matris kaplaması elde etmeyi zorlaştırabilir ve vakum21'de gerçekleştirilen sonraki MALDI analizine müdahale edebilir. Örneğin, birçok MALDI kaynağı, agardaki nemi gidermek için yeterli bir vakum olan ve numunenin deformasyonuna neden olabilen 0.1-10 Torr basınçlarında çalışır. Vakum ortamının neden olduğu agardaki bu morfolojik değişiklikler, kurutulmuş agar materyalinde köpürme ve çatlamaya neden olur. Bu artefaktlar, agarın slayta yapışmasını azaltır ve numunenin alet vakum sistemine sökülmesine veya dökülmesine neden olabilir. Agar numunelerinin kalınlığı kızaktan 5 mm'ye kadar çıkabilir, bu da cihazın içindeki iyon optiklerinden yetersiz boşluk oluşturarak kontaminasyona ve/veya cihaz iyon optiklerinde hasara neden olabilir. Bu kümülatif etkiler, altta yatan mikrobiyal biyokimyasal etkileşimlerden ziyade, yüzey topografyasını yansıtan iyon sinyalinin azalmasına neden olabilir. Agar numuneleri homojen olarak kurutulmalı ve vakumda analizden önce mikroskop kaydırağına kuvvetlice yapıştırılmalıdır.
Bu yazıda, agar ortamında yetiştirilen bakteri kültürü makrokolonilerinin kontrollü kurutulması için bir numune hazırlama iş akışı gösterilmektedir. Bu çok adımlı, daha yavaş kurutma işlemi (daha önce bildirilenlere göre), mikroskop slaytlarına monte edilmiş agar numunelerinin köpürmesi veya çatlaması etkilerini en aza indirirken, agarın eşit şekilde dehidrate olmasını sağlar. Bu kademeli kurutma yöntemi kullanılarak, numuneler mikroskop sürgüsüne kuvvetlice yapıştırılır ve sonraki matris uygulaması ve MALDI analizi için uygun hale getirilir. Bu, kommensal ve fırsatçı patojen Enterococcus faecalis'in varlığı olan ve olmayan CDI'yi barındıran agar ve murin doku modellerinde yetiştirilen C. difficile modeli bakteri kolonileri kullanılarak örneklendirilmiştir. Hem bakteri hem de doku modellerinin MALDI görüntüleme kütle spektrometrisi analizleri, amino asit metabolit profillerinin mekansal haritalandırılmasına izin vererek, biyoenerjetik mikrobiyal metabolizma ve iletişim hakkında yeni bilgiler sağlar.

<table><tbody><tr><td>0.2 ve mu; m Titan3 naylon şırınga filtreleri</td><td>Thermo Scientific</td><td>42225-NN</td><td></td></tr><tr><td>1,5-diaminonaftalin MALDI matrisi</td><td>Sigma Aldrich</td><td>2243-62-1</td><td></td></tr><tr><td>20 mL Henke Ject luer kilit şırıngaları</td><td>Henke Sass Wolf</td><td>4200.000V0&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>275i serisi konveksiyon vakum ölçer</td><td>Kurt J. Lesker şirketi</td><td>KJL275807LL</td><td></td></tr><tr><td>Smartbeam II Nd:YAG MALDI lazer sistemi (2 kHz, 355 nm) ile donatılmış 7T solariX FTICR kütle spektrometresi&nbsp;</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Asetik asit çözeltisi, HPLC için uygun</td><td>Sigma Aldrich</td><td>64-19-7</td><td></td></tr><tr><td>Asetonitril, HPLC için uygun, gradyan derecesi, vb; % 99.9</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>75-05-8</td><td></td></tr><tr><td>Amonyum hidroksit çözeltisi,% 28 NH3 H2O, &ge; %99,99 eser metal bazlı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1336-21-6</td><td></td></tr><tr><td>Otoklavlanabilir biyolojik tehlike torbaları: 55 gal</td><td>Grainger</td><td>45TV10</td><td></td></tr><tr><td>Biyolojik tehlike numune taşıma torbaları (8 x 8 inç)</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-800-07</td><td></td></tr><tr><td>Beyin kalp infüzyon suyu</td><td>BD Biosciences</td><td>90003-040</td><td></td></tr><tr><td>C57BL / 6 erkek fareler&nbsp;</td><td>Jackson Laboratuvarları</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CanoScan 9000F Mark II fotoğraf ve belge tarayıcı</td><td>Canon</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CM 3050S araştırma kriyomikrotomu</td><td>Leica Biosystems</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kurutucu dolabı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>Z268135</td><td></td></tr><tr><td>Elmas uçlu yazıcı, Elektron Mikroskobu Bilimleri&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-254-51</td><td></td></tr><tr><td>Driyerit kurutucu peletler</td><td>Driyerit</td><td>21005</td><td></td></tr><tr><td>Etanol, 200 Kanıt Decon</td><td>Labs</td><td>2701</td><td></td></tr><tr><td>flexImaging yazılımı</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ftmsControl yazılımı</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cam vakum kapanı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>Z549460</td><td></td></tr><tr><td>HTX M5 TM robotik püskürtücü</td><td>HTX Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>İndiyum Kalay Oksit (ITO) kaplı mikroskop slaytları</td><td>Delta Technologies</td><td>CG-81IN-S115</td><td></td></tr><tr><td>Vakum pompasına sıralı HEPA filtre</td><td>LABCONCO</td><td>7386500</td><td></td></tr><tr><td>Metanol, HPLC Sınıfı</td><td>Fisher Chemical</td><td>&nbsp; 67-56-1</td><td></td></tr><tr><td>MTP kayar adaptör II</td><td>Bruker Daltonics</td><td>235380</td><td></td></tr><tr><td>Optimum kesme sıcaklığı (OCT) bileşiği</td><td>Fischer Scientific</td><td>23-730-571</td><td></td></tr><tr><td>Peridox RTU Sporisit, Dezenfektan ve Temizleyici</td><td>CONTEC</td><td>CR85335&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>PTFE (Teflon) baskılı slaytlar, Elektron Mikroskobu Bilimleri</td><td>VWR</td><td>100488-874</td><td></td></tr><tr><td>Döner kanatlı vakum pompası RV8</td><td>Edwards</td><td>A65401903</td><td></td></tr><tr><td>Tissue-Tek Accu-Edge Tek Kullanımlık Yüksek Profilli Mikrotom Bıçakları Elektron</td><td>Mikroskobu Bilimleri</td><td>63068-HP</td><td></td></tr><tr><td>Şeffaf vakum tüpü</td><td>Cole Palmer</td><td>EW-06414-30</td><td></td></tr><tr><td>Ultragrade 19 vakum pompası yağı</td><td>Edwards</td><td>H11025011</td><td></td></tr><tr><td>Değişken voltaj trafosu</td><td>Powerstat</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Su, HPLC</td><td>Sigma Aldrich</td><td>7732-18-5</td><td></td></tr><tr><td>için uygun Geniş ağızlı dewar şişesi</td><td>Sigma Aldrich</td><td>Z120790</td><td></td></tr></tbody></table>

enfeksiyon sırasında agar ve dokuda yetişen bakteri kolonilerinin görüntüleme kütle spektrometrisi analizi yoluyla mikrobiyal İşbirliğinin İncelenmesi

Investigation of Microbial Cooperation via Imaging Mass Spectrometry Analysis of Bacterial Colonies Grown on Agar and in Tissue During Infection

Enfeksiyon sırasında ortaya çıkan mikrobiyal etkileşimlerin metabolik sonuçlarını anlamak, biyomedikal görüntüleme alanına benzersiz bir meydan okuma sunmaktadır. Matris yardımlı lazer desorpsiyon/iyonizasyon (MALDI) görüntüleme kütle spektrometrisi, çok çeşitli metabolitler için uzamsal haritalar üretebilen, etiketsiz, yerinde bir görüntüleme yöntemini temsil eder. İnce kesitli doku örnekleri artık bu teknoloji ile rutin olarak analiz edilirken, mikrobiyoloji araştırmalarında yaygın olarak agar üzerinde yetiştirilen bakteri kolonileri gibi geleneksel olmayan substratların görüntüleme kütle spektrometresi analizleri, bu örneklerin yüksek su içeriği ve düzensiz topografyası nedeniyle zor olmaya devam etmektedir. Bu yazıda, bu numune türlerinin kütle spektrometrisi analizlerinin görüntülenmesine olanak tanıyan bir numune hazırlama iş akışı gösterilmektedir. Bu süreç, iki gastrointestinal patojenin bakteriyel ko-kültür makrokolonileri kullanılarak örneklendirilmiştir: Clostridioides difficile ve Enterococcus faecalis. Bu iyi tanımlanmış agar ortamında mikrobiyal etkileşimlerin incelenmesinin, fare enfeksiyon modellerinde bu iki patojenik organizma arasındaki mikrobiyal metabolik işbirliğini anlamayı amaçlayan doku çalışmalarını tamamladığı da gösterilmiştir. Arjinin ve ornitin amino asit metabolitlerinin görüntüleme kütle spektrometrisi analizleri temsili veri olarak sunulmuştur. Bu yöntem, diğer analitlere, mikrobiyal patojenlere veya hastalıklara ve hücresel veya doku biyokimyasının mekansal bir ölçüsünün istendiği doku tiplerine geniş ölçüde uygulanabilir.

Mikrop-mikrop etkileşimlerinde amino asitlerin rolünü incelemek için model bakteri kolonilerinin ve E. faecalis ve C. difficile ile birlikte kolonileştirilen farelerin metabolit MALDI görüntüleme kütle spektrometrisini gerçekleştirdik. Agar üzerinde yetiştirilen bakteriyel makrokoloniler, bakteriyel biyofilm oluşumundaki farklı biyokimyasal değişiklikleri analiz etmek için iyi tanımlanmış bir model olarak hizmet eder. Agar yüzeyinde deformasyonları ve çatlamaları en aza indirmek için agar ortamında yeti...

Matris yardımlı lazer desorpsiyon/iyonizasyon görüntüleme kütle spektrometrisi ile agara bazlı, bakteriyel makrokolonilerin analizi için yeni bir numune hazırlama yöntemi gösterilmiştir.

Enfeksiyon Sırasında Agar ve Dokuda Yetişen Bakteri Kolonilerinin Görüntüleme Kütle Spektrometrisi Analizi Yoluyla Mikrobiyal İşbirliğinin İncelenmesi

Understanding the metabolic consequences of microbial interactions that occur during infection presents a unique challenge to the field of biomedical ...

Protokolümüz, enfeksiyon sırasında meydana gelen mikrobiyal etkileşimlerin mekansal metabolizmasının görselleştirilmesini sağlar. Bu görüntüleme kütle spektrometresi iş akışını, agar ve doku modellerinde yetiştirilen bakteriyel ko-kültürler için geliştirdik. Agar üzerinde yetiştirilen bakteri kültürleri gibi geleneksel olmayan substratları analiz etmek birçok zorluk ortaya koymaktadır.Protokolümüzü kullanarak, bakteri örnekleri, sonraki görüntüleme kütle spektrometrisi analizinde MALDI matris uygulamasını kolaylaştırmak için uygun şekilde kurutulabilir. Bu yöntem, çeşitli metabolitlere, mikrobiyal patojenlere veya hastalıklara ve özellikle analizden önce dehidrasyon gerektiren numune türlerini incelerken, hücresel veya doku biyokimyasının mekansal bir ölçüsünün istendiği numune tiplerine geniş ölçüde uygulanabilir. Bakteri kültürü makrokolonilerini hazırladıktan sonra, ICO kaplı mikroskop slaytlarına monte edilen agaroz bakteri kolonilerini ambalaj malzemesinden çıkarın.Numuneleri oda sıcaklığında 48 ila 72 saat boyunca kurutuculu kuru bir kutuya koyun. Kolonileri agar yüzeyindeki deformasyonlar açısından görsel olarak inceleyin. Ardından, vakum hattını numune odasına kapatın ve vakum pompasının ısınmasına ve uygun vakum basıncına ulaşmasına izin vermek için güç anahtarını döner kanatlı pompaya açın.Odanın etrafına sarılmış tel filamentini ısıtmak için değişken voltajlı transformatörü açın. Vakum odasının iç sıcaklığı yaklaşık 50 santigrat dereceye ulaşana kadar değişken güç kaynağını ayarlayın. Pompa ısınırken, soğuk tuzak kondenserine bir bulamaç kuru buz ve% 100 etanol yerleştirin.16 milimetrelik çift bez flanş kelepçelerini gevşetmek için bir anahtar kullanarak vakum odasını açın. Agaroz örneklerini odaya yerleştirin ve odayı 16 milimetrelik çift bez flanş kelepçeleriyle sıkıca kapatın. Ardından, odayı boşaltmak için pompa valfini açın ve numunelerin 60 ila 120 dakika kurumasını bekleyin.Tamamlandığında, döner kanatlı pompadaki valfi kapatarak ve vakum flanşını ortam havasına açarak vakum odasını yavaşça ortam basıncına boşaltın. Odayı daha önce gösterildiği gibi açın ve kurutulmuş agaroz örneğini odadan çıkarın. Amino asitlerin ve negatif iyon modunun uygun desorpsiyonu ve iyonizasyonu için 1, 5-Diaminonaftalin MALDI matrisi kullanın.Numuneyi püskürtücü tepsisine takın ve hazırlanan çözeltileri püskürtücü hattına yükleyin. Bilgisayar yazılımını kullanarak, matris bileşiğinin düzgün bir kaplaması için gerekli parametreleri belirtin. Bitene kadar püskürtme sırasını izleyin.Numuneyi püskürtücü tepsisinden çıkarın ve analize kadar bir kurutma kabininde saklayın. Matris kaplı numuneyi MALDI hedef plakalı mikroskop slayt adaptörüne yerleştirin. Kalıcı belirteçler kullanarak numune alanını kapsayan en az üç referans belirteci yazın.Güvenilir belirteçler de dahil olmak üzere mikroskop slaytının optik görüntüsünü elde etmek için düz yataklı bir tarayıcı kullanın. Şimdi makalede açıklandığı gibi bir kütle spektrometresi alet yöntemi tanımlayın. Negatif iyon modunda, 100 dalton kütle penceresini kütleden 100 ila 200 yüke göre seçin, gaz fazı sinyal zenginleştirmesi için, seçilen iyonların sürekli birikmesi yaklaşımını kullanarak, ilgili metabolitlerin kütle değerlerine göre kütleyi kapsar.Cihazın görüntü alma yazılımını açın ve dosya adını ve konumunu, MS alma modunu, örneklenecek ilgi alanlarını ve görüntünün uzamsal çözünürlüğünü tanımlamak için kurulum sihirbazını kullanın. Cihaz numune taşıyıcısıyla senkronize etmek için optik görüntüdeki referans işaretleyicilerini kullanarak numuneyi öğretin. Ardından, yazılımın ilgi alanları seçim aracını kullanarak optik görüntüdeki ilgi alanlarını tanımlayın.Tüm parametreler tanımlandıktan sonra, tanımlanan ilgi bölgesindeki her pikselde seri olarak bir kütle spektrumu elde etmek için edinme dizisini başlatın. Görüntü alımını takiben, verileri kütle spektrometresi platformlarını görüntülemek için satıcıya özgü bir dosya formatı olan MIS dosya uzantısıyla kaydedin. Veri dosyasını flexImaging veya SCiLS yazılım paketlerinde açın veya mzML gibi tescilli olmayan bir veri biçimine dışa aktarın ve satıcıdan bağımsız yazılımı kullanarak görselleştirin.Referans yazılımı kullanarak, örneklenen bölgeler arasındaki iyon dağılımlarının yanlış renkli ısı haritalarını oluşturmak için ilgilenilen zirveler için kütle pencereleri tanımlayın. Ortalama kütle spektrumu ekranında, ilgilenilen zirveye yakınlaştırın ve tepe profilinin alanını kapsayan uygun bir kütle penceresi seçin. Şimdi, vurgulanan kütle penceresine sağ tıklayın ve Kütle Filtresi Ekle'yi seçin.Yüksek çözünürlüklü doğru kütle ölçümü ile belirlenen şüpheli metabolitin geçici tanımlamasını kullanarak seçilen kütleyi yük değerine göre etiketleyin. Yanlış renkli ısı haritası tarafından görüntülenen analit görüntüsünün dinamik aralığını ayarlamak için yoğunluk eşiğini seçin. Kütle filtreleme parametrelerini, kütle penceresi tepe profilinin alanını kapsayacak şekilde ayarlayın ve ardından kütle filtresini ekleyin.Tüm kriyoseksiyon ekipmanlarını% 100 etanol ile durulayarak temizleyin ve numuneleri kriyostat odasına yerleştirmeden önce kurumaya bırakın. İletken kaplama ile slaytın kenarını tanımlamak için bir ohmmetre kullanarak İTO kaplı mikroskop slaytları hazırlayın. Elmas uçlu bir yazıcı kullanarak, mikroskop slaytının İTO kaplı tarafını kazıyın ve etiketleyin.Daha sonra bir araştırma kriyomikrotomunda kriyoseksiyon yapın. OCT'ye gömülü fare çeka dokularını 80 santigrat derece dondurucudan kuru buz üzerindeki kriyomikrotom odasına aktarın. Kriyomikrotom odasının içinde, OCT gömülü dokuyu ek bir OCT çözeltisi kullanarak bir numune mandren üzerine monte edin.OCT çözeltisi katılaştıktan sonra, mandren numune kafasına sabitleyin ve organın istenen doku derinliğine veya düzlemine ulaşmak için 10 ila 50 mikrometrelik artışlarla kriyoseksiyona başlayın. Dokunun optimal bir kesitine ulaşıldıktan sonra, 12 mikrometre kalınlığında kesitler toplamaya başlayın. Sanatçı boya fırçalarını kullanarak dilimi yavaşça manipüle edin ve Teflon kaplı mikroskop slaydına yerleştirin.Teflon kaplı slayttan doku almak için, ICO kaplı mikroskop slaytını doku bölümünün üzerine yuvarlayın. Avuç içini ICO kaplı slaytın arkasına bastırarak doku bölümünü mikroskop slaytına dikin. Doku bölümü yarı saydamdan opak veya mat bir dokuya geçene kadar çözülmeye devam edin.Aynı gün analizi için, dokuya monte mikroskop slaytlarını kuru buz üzerinde depolama için dezikantlı kuru bir kutuya aktarın. Daha önce gösterildiği gibi MALDI matris uygulamasını ve MALDI görüntüleme kütle spektrometresini gerçekleştirin. Birden fazla biyolojik replikasyondan iyon görüntülerini analiz edin ve SCiLS istatistik yazılımını kullanarak yoğunluk kutusu grafiği karşılaştırmaları yoluyla sonuçları bir anlamlılık için karşılaştırın.Bakteri kültürü örneklerinin negatif iyon modu MALDI analizi, düzinelerce metabolitin tespit edilmesini sağlar. Yüksek çözünürlüklü doğru kütle ölçümleri, ornitin ve arginin'in geçici olarak tanımlanmasına izin verir. Görüntüleme kütle spektrometresi analizi için ölçüm bölgeleri gösterilmiştir.Bu örneklerin görüntüleme kütle spektrometrisi, Enterococcus faecalis varlığında değişmiş ve farklı şekilde lokalize edilmiş bulunan hem ornitin hem de arginin amino asit metabolitlerinin mekansal haritalandırılmasına izin verir. Enfekte fare cecasının doku morfolojisi hematoksilin ve eozin boyama kullanılarak görselleştirildi. Fare ceca dokularının optik görüntüleri 1, 5-Diaminonaftalin MALDI matriks tabakası uygulandıktan sonra gösterilmiştir.Ornitin ve arginin için MALDI iyon görüntüleri, doku örnekleri boyunca benzersiz uzamsal dağılımlar gösterir. Bu protokol için en önemli husus, numunenin köpürmesini, çatlamasını ve diğer deformasyonunu en aza indirmek için bakteri kültürü örneklerinin nazik bir şekilde kurutulmasını ve işlenmesini sağlamaktır. Görüntüleme kütle spektrometrisini takiben, doku morfolojisini değerlendirmek için doku örneklerinin parlak alan ve floresan mikroskopi analizleri yapılabilir.Bu aynı zamanda antikor tabanlı görüntüleme yöntemlerini kullanarak moleküler yolakların hedefli olarak doğrulanmasını da sağlayabilir.

investigation-microbial-cooperation-via-imaging-mass-spectrometry

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Kaynak: Specker, J. T. ve diğerleri. Mikrobiyal İşbirliğinin Görüntüleme, Kütle Spektrometrisi Yoluyla İncelenmesi, Enfeksiyon sırasında Agar ve dokuda yetişen bakteri kolonilerinin analizi. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, Clostridioides difficile ile enfekte olmuş farelerin bağırsak dokularındaki amino asit dağılımını, tek başına veya Enterococcus faecalis ile birlikte görselleştirmek için matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon (MALDI) kütle spektrometrisinin kullanımını göstermektedir. Bu...

Enfekte Farelerin Bağırsak Dokularındaki Amino Asit Metabolitlerinin Görselleştirilmesi

Bu video, tek hücre düzeyinde bakteri rekabetini incelemek için floresan mikroskobu tabanlı bir yöntemi göstermektedir. Bu yöntem, bakteri topluluklarının yapısı ve işlevi hakkında bilgi sağlar.

Bakteriyel Ko-İnkübasyon Testi: Tek Hücre Düzeyinde Spesifik Dışı Bakteriyel Rekabeti Görselleştirmek için Floresan Mikroskobu Tabanlı Bir Teknik

Fiksasyon, parafin katıştırma ve mikrobiyal koloni biyofilmler için ince parça teknikler açıklanmaktadır. Hazır örnekleri, mikroskobu tarafından biyofilm altyapı ve muhabir ifade desenleri görüntülenmeyecektir.

Parafin gömme ve ince mikrobiyal koloni biyofilmler mikroskobik analizlerin yapıldığı için kesit

Burada açıklanan bakteri gen ekspresyonu hayvan dokularında hücresel düzeyde analiz etmek için bir yöntemdir. Bu yöntem ve doku ortamındaki bakteriyel bir nüfus enfeksiyon sırasında içinde meydana gelen fenotipik çeşitlilik eğitimi için bir kaynak sağlar.

Bakteriyel gen düzenlemesi enfekte dokularda çalışmaya bir floresan tabanlı yöntemi

Bu makalede, protein subselliyerizasyon dinamiklerini araştırmak ve Bacillus subtilis ve Staphylococcus aureus'ta yüksek çözünürlüklü floresan mikroskobu kullanarak morfolojik değişiklikleri izlemek için adım adım kılavuz verilmektedir.

Bakterilerde Hücre Altı Protein Lokalizasyonu ve Hücre Morfolojisi Değişikliklerini Araştırmak Için Canlı Hücre Floresan Mikroskobu

Bu protokolde sunulan ortak kültür etkileşimi tahlilleri ucuz, yüksek iş ortası ve basittir. Bu tahliller, ortak kültürdeki mikrobiyal etkileşimleri gözlemlemek, etkileşim kalıplarını belirlemek ve insan ve çevresel patojenlere karşı mikrobiyal bir ilgi nin önleyici potansiyelini karakterize etmek için kullanılabilir.

Mikrobiyal Etkileşimlerin İncelemi için Yüksek İş-İş Ortağı Tahlilleri

Bakteri hücrelerinin görüntülenmesi, büyük makromoleküler makinelerin işlevini belirleyen statik ve dinamik süreçleri tanımlamaya odaklanmış yeni ortaya çıkan bir sistem biyolojisi yaklaşımıdır. Burada Lejyonella pnömophila tip IV salgı sistemi mimarisi ve fonksiyonlarını incelemek için kantitatif canlı hücre görüntüleme ve kriyo-elektron tomografisi entegrasyonu kullanılmaktadır.

Legionella pnömophila Dot/Icm Salgı Sisteminin Spatiotemporal Özelliklerini Çözmek İçin Canlı Hücre Görüntüleme ve Kriyo-Elektron Tomografisi Uygulama

Bu canlı-bakteriyel hücre görüntüleme protokolü zaman içinde tek hücre düzeyinde birden fazla bakteri türü arasındaki etkileşimlerin görselleştirilmesiiçin izin verir. Hızlandırılmış görüntüleme, tek tek kültür veya ortak kültürdeki her bakteri türünün gözlemlenmesine olanak sağlar ve bireysel hücre hareketliliği ve canlılığı da dahil olmak üzere çok türler arası bakteri topluluklarındaki türler arası etkileşimleri sorgular.

Tek Hücreli Türler Arası Bakteri Etkileşimlerinin Kinetik Görselleştirilmesi

Atomik Kuvvet Mikroskopisi-Kızılötesi Spektroskopi (AFM-IR), bakteriyel çalışmalar için güçlü bir platform sağlayarak nano ölçekli çözünürlük elde etmeyi sağlar. Her ikisi de, hücre altı değişikliklerin haritalandırılması (örneğin, hücre bölünmesi üzerine) ve kimyasal bileşimin karşılaştırmalı çalışmaları (örneğin, ilaç direncinden kaynaklanan) bakterilerde tek bir hücre düzeyinde yapılabilir.

Atomik Kuvvet Mikroskopisi, Tek Bakteri Kimyasını Araştırmak için Bir Araç Olarak Kızılötesi Spektroskopi ile Birleştirildi

Bu kolaylaştırılmış protokol, karmaşık doku örneklerindeki bakterileri tespit etmek ve görüntülemek için, dokuyu sabitlemekten floresan in situ hibridizasyonlu mikropları boyamaya kadar bir iş akışını detaylandırıyor.

Floresan In Situ Hibridizasyon, Lectin Boyama ve Görüntüleme Yoluyla Gut Mikrobiyota-konak Etkileşimlerinin Görselleştirilmesi

Bu makalede, kokültürdeki bakteriyel rekabeti görselleştirmek ve ölçmek için tek hücreli floresan mikroskopisi kullanma yöntemi açıklanmaktadır.

Tek Hücreli Floresan Görüntüleme Kullanılarak Interbakteriyel Rekabetin Nicelemesi

Keşfedin, MALDI-IMS ile agar ve dokuda yetişen bakteri kolonilerinin görüntüleme kütle spektrometrisi analizini. Bu yöntem, enfeksiyon sırasında mikrobiyal işbirliğinin mekânsal metabolizmasını görselleştirir.

Enfeksiyon Sırasında Agar ve Dokuda Yetişen Bakteri Kolonilerinin Görüntüleme Kütle Spektrometrisi Analizi Yoluyla Mikrobiyal İşbirliğinin İncelenmesi (Video) | JoVE Journal

Enfeksiyon Sırasında Agar ve Dokuda Yetişen Bakteri Kolonilerinin Görüntüleme Kütle Spektrometrisi Analizi Yoluyla Mikrobiyal İşbirliğinin İncelenmesi

Daha fazla video keşfet